靶向突变

p 　　LUXTURNA& #8482 (voretigene neparvovec)由Spark Therapeutics公司研发，用于治疗由RPE65基因突变导致的遗传性视网膜病变。 /p p 　　2016年，LUXTURNA获得FDA孤儿药资格与突破性疗法认定。2017年，LUXTURNA被纳入优先审评通道，并于10月以16：0的投票结果获得FDA专家团的一致认可。两个月后的今天，FDA批准LUXTURNA上市，适用于患有特定遗传性眼疾的儿童和成人患者。 /p p 　　纠正缺陷基因，治疗遗传性眼疾 /p p style=" text-align: center " img title=" 001.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/4f953efd-d66a-448b-82b7-5209c0b59cf4.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong LUXTURNA(图片来源：Spark公司官网) /strong /p p 　　RPE65基因负责编码一种对视力不可或缺的酶，一旦发生突变会损伤眼睛对光的反应，最终导致视网膜感光细胞失活，所以患者多表现出先天性弱视、甚至于失明的症状。 /p p 　　作为首个治疗遗传性视网膜病变的制剂，LUXTURNA填补了这一疾病的治疗空白。它的核心机制在于“纠正错误的基因”，通过直接注射携带正常RPE65基因的腺相关病毒载体(AAV)进入患者研究，促使RPE65蛋白的正常表达和功能发挥。患者只需要接受一次制剂注射，视力就能够得到显著改善。 /p p 　　在最新的临床试验中，LUXTURNA表现出良好的治疗效果——相比于对照组，接受治疗的患者视力得到显著改善，并很好地通过一项特殊的视觉障碍测试。而且，这种效果能够持续一整年。鉴于这一积极数据，FDA认为该疗法益大于弊，大大促成了它的获批上市。 /p p 　　基因疗法又一个“第一次” /p p 　　LUXTURNA不但拥有全新的作用机理，还验证了基因疗法应用于非癌症疾病的可行性。它的获批上市标志着基因疗法领域的又一个“第一次”，进一步强调了该疗法广泛应用的潜能。 /p p 　　2017年，基因疗法领域成果显著——成功延长了15名身患严重遗传性疾病1型脊髓性肌萎缩症(SMA1)患儿的生命，让他们有机会重获健康 借助于转基因干细胞，成功挽救一名患有毁灭性皮肤病的小男孩，使其拥有全新的皮肤 成功治疗10名B型血友病患者，点燃实现血液类疾病 “一次性治疗、永久性获益”终极目标的希望! /p p 　　美国FDA委员Scott Gottlieb博士认为，当下基因疗法正处于一个转折点。FDA正致力于建立正确的政策框架，促使更多的科研技术造福更多的患者。 /p p 　　参考资料： /p p 　　FDA approves novel gene therapy to treat patients with a rare form of inherited vision loss /p p 　　FDA Approves Spark Therapeutics’ LUXTURNA& #8482 (voretigene neparvovec-rzyl), a One-time Gene Therapy for Patients with Confirmed Biallelic RPE65 Mutation-associated Retinal Dystrophy /p p /p

导读非小细胞肺癌（NSCLC）和大肠癌是常见的恶性肿瘤，随着基因检测技术的不断发展，KRAS基因突变检测技术逐渐被运用到癌症检测和临床治疗。KRAS基因突变检测是目前癌症患者在使用靶向药物治疗前必做的检测项目。根据患者的基因突变情况不同，可以筛选出对靶向治疗敏感和耐药的人群，从而制定更个性化的治疗方案，既节省了大量的医疗资源，又提高了治疗的有效性和合理性。本文对现今分子临床诊断中的最先进的12种KRAS突变检测技术做了一个评估对比，结果显示，不同的KRAS检测方法，相应的灵敏度不同（如图1）表1 中列举每种技术和方法的特点和优势 结论在本研究中可以看到，质谱检测相对于测序检测而言，存在着可以明显读出密码子突变类型的优点。MALDI-TOF方法在KRAS突变检测中具有灵敏度高、准确度高、分辨率高、质量范围广及速度快等特点，在操作上制样简单、可微量化、大规模检测。MALDI-TOF将逐渐成为一种具有潜力的高通量、自动化基因分型的金方法。

肺癌是全球和我国癌症发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，据世界卫生组织统计，全球每年约有180万人死于肺癌，我国肺癌死亡病例约占全球的40%。数十年来，手术治疗，放射治疗及化疗一直是肺癌治疗的三驾马车，虽然药物和技术有所进步，但对生存率的改善有限。然而近年来随着各种靶向药物和免疫治疗药物的相继问世，各种治疗模式的综合应用，使得肺癌治疗取得了突破性进展，肺癌的总体生存率获得了很大的提升，很多肺癌从绝症变成了慢性病。　　所谓靶向治疗，顾名思义即是专门针对癌细胞上的驱动基因作为靶点，来抑制肿瘤的生长和扩散的治疗方法。驱动基因是指癌细胞上存在的一种特定类型的基因，其突变或异常活性可以导致细胞异常增殖、生存和扩散。靶向治疗相较传统的化疗更为精准，起效快，可减少对健康组织的伤害，通常不会产生传统化疗药物导致的骨髓抑制，肾功能损害等严重毒副作用。靶向药物常见的副作用主要表现为皮疹、腹泻及肝功能损害等，但一般都比较轻微，通过对症治疗基本都能缓解和耐受，一般都无须停药或减量。而且靶向药物基本都是口服的，给药方便，无须住院。约有一半的晚期肺癌患者在其病程中会合并脑转移，传统化疗药物通常不能入脑，而靶向药物则能在脑内达到一定的血药浓度，对脑转移有效。因此，靶向治疗已成为失去手术机会的患者最主要的治疗手段之一，也越来越多的应用于围手术期的患者。　　随着靶向治疗在临床上的广泛应用，如何正确的服用靶向药物需要患者及家属充分知晓。首先服用靶向药物需要定时定量，即每天服药固定在某个时间点；定量是指必须根据医生指导服用相应的剂量，切忌随意增减。但饭前亦或饭后服用引起的疗效差异可以忽略不计，患者可以根据自身胃肠道反应情况灵活选择。靶向治疗究竟需要持续多长时间，也经常困扰患者。晚期肺癌患者，只要靶向药物仍然有效，且无严重不良反应，就需要长期服用，直至耐药的出现。另外对于术后辅助靶向治疗的患者，一般推荐服用吃1-2年，可考虑停药。另外，服用靶向药物期间，需要避免同服某些药物和食物。因为多数靶向药都是通过肝内一种主要的药物代谢酶(CYP3A4酶)进行代谢的，某些药物，如利福平、异烟肼、苯妥英、糖皮质激素、卡马西平、巴比妥类等会诱导CYP3A4酶的产生，导致其含量过高，从而加快靶向药代谢，从而降低药物疗效；而某些食物，如柑橘类水果、石榴、杨桃等，能抑制CYP3A4酶的活性，也会影响靶向药的药效。　　然而需要强调的是，靶向治疗并不适用于所有肺癌患者，通常只适用于特定的肺癌亚型和分子特征。　　肺癌从病理上主要分为两大类型，即小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC)，NSCLC占肺癌的大多数，包括腺癌、鳞癌和大细胞癌等。随着肺癌系列致癌驱动基因的相继确定，肺癌的分型也由过去单纯的病理组织学分类，进一步细分为基于驱动基因的分子亚型，而其中EGFR突变是亚洲NSCLC患者最常见的驱动基因，中国EGFR突变阳性患者约占50%，在女性非吸烟患者中EGFR突变比率则更高。ALK突变的阳性率较低，肺腺癌患者中ALK阳性发病率为6.6%-9.6%，肺鳞癌患者中ALK阳性发病率为3.7%。然而ALK突变是公认的“钻石突变”，其靶向药物的治疗效果尤其好。多项研究表明靶向治疗对比化疗，能够改善和延长驱动基因阳性NSCLC患者的预后和生存。图：驱动基因阳性患者使用靶向治疗疗效好。　　然而以上靶向治疗相较传统化疗更好的疗效，是在明确了驱动基因，选择了合适的靶向药物后取得的。众多研究表明，突变状态未知，盲试靶向药物，耽误治疗时机，无法取得良好疗效，切不可取。因此，为了给给患者提供个体化精准治疗，需要在选择合适的靶向治疗药物之前，进行基因检测。所谓基因检测(也称为分子诊断或分子生物学检测)是一种通过分析肿瘤组织、胸腹腔积液或血液中的DNA来检测驱动基因突变和其他分子标志物的方法。　　那么哪些患者应该做基因检测呢？权威指南推荐首次接受治疗的晚期NSCLC患者接受基因检测，指南推荐初治患者确定EGFR、ALK、ROS1、HER2、BRAF和KRAS等驱动基因突变情况，早期NSCLC患者演变为IV期也应进行基因检测。手术、经皮肺穿刺、气管镜活检等取得的肿瘤组织样品是基因检测首选的样品，检测结果可靠，是首选推荐的分子检测金标准。但有些患者无法通过上述有创的手术或操作获得肿瘤组织标本，这时胸腔积液或腹腔积液等中的细胞学样品，以及血液检查可作为一种补充，但存在假阴性结果。　　基因检测技术及检测基因选择众多，须听取正规医院临床医师的建议，科学、精准地选择检测方案。ARMS和super ARMS适用于组织样品，cobas和微滴式数字PCR适用于组织、细胞学样品和血液样品，FISH、IHC适用于ALK突变检测，荧光-PCR适用于ROS1检测；而二代测序NGS适用于组织样本，可同时检测多个基因，目前临床应用较广泛。　　进行靶向治疗的患者，短则数月，长者数年终将出现耐药，这是目前临床尚无法克服的难题。当一线靶向治疗发生耐药、出现疾病进展后，应该再次取得样本进行基因检测，明确耐药基因突变状态，精准指导后续治疗方案的确立，此即二次基因检测。例如一代靶向药EGFR-TKI耐药后，二次基因检测T790M突变阳性可达到60%左右，这部分患者使用三代EGFR-TKI靶向药物仍可获得临床缓解，延长患者的总生存期。当然经由二次基因检测还会发现其他一些罕见的耐药突变，从而有机会选择针对性的靶向药物。靶向药物耐药后的治疗非常棘手，争议颇多，亟待突破。对于靶向耐药后出现缓慢进展或寡转移的患者，继续原靶向药物治疗的同时辅以局部治疗(放射治疗或手术切除)，同时加用抗血管药物(如贝伐珠单抗等)是已被广泛接受的治疗选择。对于靶向耐药后出现快速进展的患者，如果二次基因检测没有靶点或没有进行二次基因检测，化疗仍是主要治疗手段，近来有研究发现，这部分患者化疗同时联用抗血管药物及免疫治疗，能获得总生存率的改善。　　总之，肺癌靶向治疗的本质是将治疗焦点放在特定的分子异常上，以提高治疗的精准性和有效性，同时减少对患者健康的不必要损害，极大地改善了某些肺癌患者的生存率和生活质量。未来，如何克服靶向药物的耐药仍是亟需解决的难题；对于某些难以成药的靶点，如KRAS突变等，找到有效、低毒的相应靶向药物仍是我们需要面对的挑战。

前言人类基因组中仅有1%是负责蛋白质编码的基因，其中疾病相关的蛋白大约有 3000个，只有不到700种被目前获批的药物作为靶点，绝大多数疾病相关的蛋白被认为是不可靶向的。针对疾病相关的非编码RNA以及不可成药的蛋白靶点，使用小分子靶向RNA的结构是治疗相关疾病的一种策略。但是小分子的结合并不一定能产生生物活性，有些小分子可能结合在RNA的非功能位点，或者小分子的结合强度不足以影响RNA的生物功能。高分文献解读2023年5月24日，Scripps研究所的Matthew D. Disney教授及其合作者在Nature杂志发表了题为“Programming inactive RNA-binding small molecules into bioactive degraders”的研究论文，利用核糖核酸酶靶向嵌合体技术将非活性小分子重编程为靶向RNA降解剂，成功降解miR-155和癌症靶标MYC、JUN的RNA。https://doi.org/10.1038/s41586-023-06091-8IF: 69.504 Q1研究人员基于二维组合筛选进行RNA和小分子高通量分子间相互作用检测，发现了一些可以与pre-miRNA-155结合的小分子。接下来使用Monolith分子互作仪完成了大量RNA小分子结合表征。研究人员验证了C1仅结合于5′GAU/3′C_A motif，其他RNA凸起或者点突变RNA在相同检测浓度范围内看不到明显的结合信号。在使用Monolith检测时无需固定RNA，仅需带有CY5标记即可直接在溶液中精确表征Kd，检测一对样品仅需10min。图1：pre-miR-155-binder C1结合曲线构建靶向嵌合体小分子结合于pre-miRNA-155的非活性位点，并不会对细胞内的miRNA-155表达水平产生影响。接下来研究人员构建了双功能小分子核糖核酸酶靶向嵌合体，一端与目标RNA结合，另一端招募并激活RNA酶，从而靶向降解目标RNA。改造后的嵌合体成功在细胞内降低miRNA-155的表达水平，并且在细胞和小鼠模型中抑制了三阴乳腺癌。图2：将结合pre-miR-155的惰性结合物转化为活性RIBOTAC降解剂为了测试该方法的适用性，研究人员又构建了靶向MYC和JUN的核糖核酸酶靶向嵌合体。这两种蛋白都是重要的癌症靶点，但都是无序蛋白，被认为是不可成药的。改造后的核糖核酸酶靶向嵌合体获得了生物活性并在细胞内精准地靶向降解各自的靶向RNA，使这些癌蛋白驱动的转录和蛋白组学进程失效。这项研究表明对于由这些常见但具有挑战性的致癌基因驱动的癌症，重编程非活性小分子为靶向RNA降解剂可能会带来新的变革。图3. JUN-RIBOTAC选择性降解JUN mRNA抑制胰腺肿瘤细胞的增殖和迁移Monolith系列分子互作检测仪在此项研究中，NanoTemper的Monolith分子互作检测仪在RNA小分子结合表征的检测中提供了可靠的实验数据。RNA分子量小，体外容易降解，而Monolith系列分子互作仪对分子量无限制，同时10分钟的快速检测可以最大程度避免RNA的降解。Monolith系列分子互作仪覆盖几乎任何分子类型、缓冲液成分或亲和力强弱的检测项目，并且检测不依赖于分子量，能够轻松应对不同类型的分子间相互作用检测难题，助力靶向RNA降解剂研究。NanoTemper微量热泳动分子互作检测仪Monolith-实用应用手册_诺坦普科技（北京）有限公司 (instrument.com.cn)

p style=" text-align: center " img title=" 001.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/00d9b235-be44-41f1-b785-e7198d4e9109.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 图片来源：Cell /strong /p p 　　12月14日，最新发表在Cell杂志上的这项研究中，来自美国哥本哈根大学和MRC分子生物学实验室等机构的科学家们通过挖掘现有的数据集，描绘出了“个体中GPCR药物靶点发生突变”的程度，并揭示了这些突变对药物疗效的影响。 /p p 　　GPCRs是人类基因组中最大的膜蛋白家族，在视觉、嗅觉、味觉以及神经传递等人类各项生理代谢活动过程中发挥着重要的作用。关于GPCR的研究极大改变了我们对生命活动的认识以及革新了现代医药研究。 /p p 　　在这项新研究中，科学家们首先利用来自“1,000 Genomes计划”(约2,500参与者)的全基因组测序数据和来自“ExAC计划”(超过60,000名参与者)的外显子组数据，分析了人类GPCR中的突变 然后，利用结构数据，分析了GPCRs中的关键位点，以揭示哪些突变更有可能改变药物的效果。 /p p style=" text-align: center " img title=" 002.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/08092e86-e3b9-41b5-8c21-dcbb58d6d75e.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 图片来源：Cell /strong /p p 　　结果显示，平均有3%的人含有能够影响药物效果的突变GPCR受体。受体包含这类突变可能意味着，药物的疗效会降低，也可能意味着，药物将彻底不起作用，或者对患者产生不良影响。 /p p 　　论文的第一作者兼共同通讯作者Alexander Hauser解释道：“3%的受影响人群是指平均水平。对一些重要受体来说，受影响的人群要大得多。举例来说，就糖尿病药物靶点GLP1受体而言，相关突变发生在69%的人中。而对CNR2受体(药物通过靶向这一受体来说缓解化疗引发的恶性)来说，这一比例为86%。” /p p 　　总结来说，作者们认为，个体间药物反应差异的存在和潜在影响是进一步研究这一领域的有力证据。同时，这些新发现也很好地证明了，为什么个性化医疗将是医学领域未来必然的发展方向。 /p p 　　参考资料： /p p 　　Distinct human mutations can alter the effect of medicine /p p /p

北京大学化学与分子工程学院教授陈鹏正在实验中。　　作为生物体内含量最多的一类生物大分子，蛋白质是生物功能的主要执行者，在各种生命活动中扮演着关键角色。科学家一直在探索适用于活体环境的蛋白质操纵工具，以实现对目标蛋白质结构和功能的深入研究，这已经成为当今化学生物学领域的前沿热点之一。　　在国家自然科学基金委“基于化学小分子探针的信号转导过程研究”重大研究计划的资助下，科学家们围绕“蛋白质靶向探针的发现及其在信号转导研究中的应用”取得了多项进展。　　据北京大学化学与分子工程学院教授陈鹏介绍，国内多个课题组通过化学脱笼技术、双光子和近红外调控技术以及靶向小分子探针等策略，实现了细胞内蛋白质的特异激活，并研究了细胞信号转导过程的分子机制。　　在化学脱笼技术方面，陈鹏课题组将非天然氨基酸定点插入技术与生物正交的“化学脱笼”反应相结合，提出了一种理性设计小分子激活剂的全新策略。例如，由蛋白激酶介导的磷酸化是细胞信号转导的关键过程，对绝大多数生理活动都有重要影响，但很多激酶在正常生理及病理条件下的分子机理还不明确。利用小分子激活剂可以在激酶的信号转导研究中获得新的信息。“我们在活细胞内激活‘效应蛋白OspF’，发现这种蛋白使细胞核内的‘磷酸化Erk蛋白’发生了由不可逆去磷酸化介导的‘核质转运’现象。”陈鹏表示。　　近年来，蛋白质光控技术成为研究细胞信号转导的又一有力工具。其中，与紫外光激发探针相比，利用双光子激发的探针可以极大地降低细胞毒性，具有广阔的应用前景。清华大学刘磊课题组以蛋白质化学合成为核心技术，发展了靶向免疫蛋白的光控探针，并使用新发展的蛋白质探针研究了免疫细胞在精确的时空刺激下的定向运动。该探针将为理解和控制活体组织中细胞定位及与定位相关的细胞生命活动提供理想的分子工具。北京大学陈兴课题组则发展了利用近红外光激活并调控细胞信号转导通路的新方法。　　在靶向蛋白质生成与降解方面，华东理工大学杨弋课题组利用天然光敏元件，构建了方便使用的光控基因表达系统。实验中，研究人员利用光对活细胞或活体动物的蛋白质生成水平进行了时间、空间上的精确调控，成功地控制了糖尿病小鼠体内胰岛素的生成与血糖浓度。　　清华大学李艳梅课题组则利用蛋白质可调降解策略，实现了细胞内靶标蛋白质水平的降低，以达到降低其活性的目的。研究人员针对阿尔茨海默氏症相关重要“非酶蛋白Tau”在病人脑中含量异常升高的现象，采用“识别—切割”策略，对细胞内这类蛋白的含量进行调控。　　在超高亮度光激活荧光蛋白质方面，研究人员围绕发展具有更高亮度及转化效率的荧光蛋白突变体这一难点，开展了诸多工作。中科院生物物理所徐涛课题组设计了新型单体光活化荧光蛋白，并成功应用于活细胞的超分辨率显微成像。实验中，研究人员解析了一种目前具有最高光子输出信号的荧光蛋白晶体结构，并发现其在亮度、稳定性、光子负荷等方面具有最佳整体性能，有望作为新的探针应用于超分辨率显微成像中。

在药物设计领域，K-Ras蛋白是一个传奇。作为人类癌症中最常见的突变癌基因，30多年来它一直位列在所有研究人员的&ldquo 靶点&rdquo 清单上。尽管如此的高调，由于许多的制药、生物技术公司和高校实验室都未能设计出一种能够成功靶向这一突变基因的药物，在科学界里K-Ras被视作是&ldquo 无药可及&rdquo 的靶点。 现在，来自加州大学旧金山分校霍华德休斯医学研究所（HHMI）的研究人员，鉴别并利用了K-Ras一个新发现的&ldquo 阿喀琉斯之踵&rdquo （Achilles heel）。这一薄弱点就是HHMI研究人员Kevan M. Shokat和同事们在K-Ras上新发现的一个 &ldquo 口袋&rdquo （结合位点）。Shokat和他的研究小组设计出了一种化合物，证实它可以进入到这一口袋里，抑制突变K-Ras的正常活性，但不会影响正常的蛋白。 Shokat 说：&ldquo 人们将K-Ras视作是癌症中最重要的癌基因，并广泛认为它&lsquo 无药可及&rsquo 。我们报告称发现了K-Ras上一个药物可及的新口袋。我们相信这对于患者将具有真正的转化意义。&rdquo 在发表于11月20日《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中，Shokat研究小组描述了一种新型的化合物，其能够进入到K-Ras上一个从前未知的口袋中，干扰该酶的功能。Ras蛋白是一种在细胞内负责传送信号的小GTPase。由于它们在细胞生长和存活中发挥核心作用，对于细胞至关重要。 Ras这一名称也用于指代编码这些蛋白质的基因家族。其中的一个基因K-Ras大约30年前被发现，在30%的人类肿瘤，包括90%的胰腺癌、40%的结肠癌和20%的非小细胞肺癌中存在突变。携带Ras突变的癌症具有侵袭性，对标准治疗反应不佳。 尽管靶向突变Ras基因的研究工作一直遭受挫折，美国国家癌症研究所（NCI）近日强调将继续重视这一难对付的药物靶点，并宣布了一项1000万美元的RAS计划。这项计划将汇集研究人员共同开发阻断Ras的新思路，以激励研发出新药或新疗法让癌症患者受益。 Shokat的HHMI研究小组在大约6年前开始启动对Ras的研究工作。利用他们的化学专业知识，Shokat和两个研究小组成员：博士后研究人员Ulf Peters以及博士生Jonathan Ostrem拟定了一些早期的想法：研发一类新的Ras突变体抑制药物。&ldquo 其中一些早期的策略行不通，&rdquo 他说。 &ldquo 我们不得不开发出一种新的筛选方法，其最终推动研发出了这一新抑制剂。&rdquo Shokat说当确定了他们的攻击范围时他们做了一些不一样的事情。他们将焦点缩小，专注于其他科学家们没有采用的策略。他们还选择了研究一种叫做G12C的K-Ras突变体，这种K-Ras突变体广泛存在于大约7%的肺癌患者中。 这一突变使得K-Ras蛋白中第12位的甘氨酸被半胱氨酸所替代。重要的是，这一半胱氨酸处在对Ras正常功能至关重要的一个位置。偏离从前的研究工作，Shokat和同事们没有试图靶向天冬氨酸和缬氨酸突变的Ras版本&mdash &mdash 这些突变相对常见，因此过去许多的科学家们都将焦点放在这些突变上。反之，他们挑选出了G12C突变体，因为这些Ras突变体影响了大批的肺癌和结直肠癌患者。 Shokat说，这一半胱氨酸所赋予的一些化学特性，为他的研究小组提供了一个独特的药物设计把柄。在20种天然氨基酸中半胱氨酸具有一种独特的能力：可以形成共价键。通常两个半胱氨酸之间形成共价键起稳定蛋白质结构的作用，但如果存在游离半胱氨酸，就如同G12C K-Ras，一种特别设计的药物就可以与这一半胱氨酸形成共价键。 Shokat说：&ldquo 其他人一直认为他们必须去追逐所有的Ras突变体。我们寻找的是别人没有做过的，我们挑选出这一特殊突变是因为它的一些化学特性。&rdquo 在三年的时间里，该研究小组对500多个化合物进行了初步筛查，看看他们能否鉴别出一个可以与K-Ras G12C共价结合和&ldquo 连接&rdquo 的化合物。他们的研究导致鉴别出了一种有效的K-Ras抑制剂。为了获得这一化合物与K-Ras互作机制的更好图像，科学家们解析了这一化合物与K-Ras结合的晶体结构。 当他们检测数据时，Shokat和研究小组发现在靠近这一半胱氨酸残基的K-Ras蛋白表面上有一个之前从未描述过的口袋。Shokat说：&ldquo 这个口袋是新发现的，此前从未有人找到它。&rdquo 通过进一步的调查，他们发现化合物是通过改变Ras与底物GTP的自然亲和力从而对其形成干扰的。&ldquo 其中最重要的一个方面就是这一小分子只抑制突变K-Ras，而不影响正常蛋白，&rdquo Shokat说。 接下来的工作包括：继续优化这一化合物，进一步测试了解这一化合物在多大程度上能够杀死具有G12C突变的细胞。Shokat说他和同事们成立了一家叫做Araxes Pharma, LLC的公司，与强生的下属部门Janssen Biotech建立了合作关系，以开发出有潜力应用于临床的化合物。 人透明质酸结合蛋白(HABP)ELISA试剂盒 Human Hya]uronate binding protein,HABP ELISA试剂盒 人Ⅰ型胶原N末端肽(NTX)ELISA试剂盒 Human cross linked N-telopeptide of type Ⅰ collagen,NTX ELISA试剂盒 人幽门螺旋杆菌IgM(Hp-IgM)ELISA试剂盒 Human Helicobacter pylori IgM,Hp-IgM ELISA试剂盒 人细胞毒素相关蛋白A(CagA)ELISA试剂盒 Human Cytotoxin-associated protein,CagA ELISA试剂盒 人胃抑素(GIP)ELISA试剂盒 Human gastric inhibitory polypeptide,GIP ELISA试剂盒 人胃泌素释放多肽(GRP)ELISA试剂盒 Human gastrin-reliasing peptide,GRP ELISA试剂盒 人胃泌素释放肽前体(ProGRP)ELISA试剂盒 Human pro-gastrin-releasing peptide, ProGRP ELISA试剂盒 人胶原蛋白Ⅱ(HCBⅡ)ELISA试剂盒 Human Collagen-like Bioprotein Ⅱ,HCBⅡ ELISA试剂盒 人促胰液素/胰泌素(Secretin)ELISA试剂盒 Human Secretin ELISA试剂盒 人多肽YY(Peptide-YY)ELISA试剂盒 Human Peptide YY ELISA试剂盒 人促胃液素受体(GsaR)ELISA试剂盒 Human gastrin receptor,GsaR ELISA试剂盒 人胆囊收缩素/缩胆囊素八肽(CCK-8)ELISA试剂盒 Human cholecystokinin octapeptide,CCK-8 ELISA试剂盒 人胰蛋白酶原激活肽(TAP)ELISA Human trypsinogen activation peptide,TAP ELISA试剂盒 人&alpha 1酸性糖蛋白(&alpha 1-AGP)ELISA试剂盒 Human &alpha 1-Acid glycoprotein,&alpha 1-AGP ELISA试剂盒 人内皮型一氧化氮合成酶3(eNOS-3)ELISA试剂盒 Human &alpha 1-Acid glycoprotein,&alpha 1-AGP ELISA试剂盒 人丙二醛(MDA)ELISA试剂盒 Human malondialchehyche,MDA ELISA试剂盒 人胰淀素(Amylin)ELISA试剂盒 Human Amylin ELISA试剂盒 人血管活性肠肽(VIP)ELISA试剂盒 Human Motilin,MTL ELISA试剂盒 人胆囊收缩素/肠促胰酶肽(CCK)ELISA试剂盒 Human cholecystokinin,CCK ELISA试剂盒 人Ⅲ型前胶原肽(PⅢNP)ELISA试剂盒 Human N-terminal procollagen Ⅲ propeptide,PⅢNP ELISA试剂盒 人Ⅱ型胶原(Col Ⅱ)ELISA试剂盒 Human Collagen Type Ⅱ,Col Ⅱ ELISA试剂盒 人Ⅰ型胶原(Col Ⅰ)ELISA试剂盒 Human Collagen Type Ⅰ,Col Ⅰ ELISA试剂盒 人Ⅰ型前胶原羧基端肽(PⅠCP)ELISA试剂盒 Human procollagen Ⅲ N-terminal peptide,PⅢNT ELISA试剂盒 人透明质酸(HA)ELISA试剂盒 Human Hyaluronic acid,HA ELISA试剂盒 人Ⅳ型胶原(Col Ⅳ)ELISA试剂盒 Human Collagen Type Ⅳ,Col Ⅳ ELISA试剂盒 人Ⅲ型胶原(Col Ⅲ)ELISA试剂盒 Human Collagen Type Ⅲ,Col Ⅲ ELISA试剂盒 人层连蛋白/板层素(LN)ELISA试剂盒 Human Laminin,LN ELISA试剂盒 人纤连蛋白(FN)ELISA试剂盒 Human Fibronectin,FN ELISA试剂盒 人纤连蛋白(FN)ELISA试剂盒 Human Fibronectin,FN ELISA试剂盒 人NOGO-A抗体(Nogo-A Ab)ELISA试剂盒 Human anti-Nogo-A antibody,NOGO-A Ab ELISA试剂盒 人抗组织转谷氨酰胺酶抗体IgA(tTG-IgA)ELISA试剂盒 Human Anti-tissue tranGSlutaminase IgA,tTG-IgA ELISA试剂盒 人抗存活素抗体/生存蛋白(Surv)ELISA试剂盒 Human anti-Survivin antibody,Surv ELISA试剂盒 人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子抗体(GM-CSF Ab)ELISA试剂盒 Human anti-Granulocyte-Macrophage Colony Stimulating Factor antibody,GM-CSF Ab ELISA试剂盒 人抗肌联蛋白抗体(TTN)ELISA试剂盒 Human Anti-titin Antibody,TTN ELISA试剂盒 人抗突触前膜抗体(PsmAb)ELISA试剂盒 Human anti-presynaptic membrane antibody,PsmAb ELISA试剂盒 人血管紧张素Ⅱ受体2抗体(AT2R-Ab)ELISA试剂盒 Human Angiotensin Ⅱ Receptor 2 antibody,AT2R-Ab ELISA试剂盒 人血管紧张素Ⅱ受体1抗体(ATⅡR1)ELISA试剂盒 Human angiotension Ⅱ receptor 1 Antibody,ATⅡR1 Ab ELISA试剂盒 人血管紧张素Ⅰ受体抗体(ANG-ⅠR)ELISA试剂盒 Human angiotension I receptor Antibody,ANG-ⅠR antibody ELISA试剂盒 人卵清蛋白特异性IgG(OVA sIgG)ELISA试剂盒 Human ovalbumin specific IgG,OVA sIgG ELISA试剂盒 人抗钙调素特异抗体(CAM-ab)ELISA试剂盒 Human anti-calmodulin specific antibody,CaM-ab ELISA试剂盒 人甲状腺非肽激素抗体(THAA)ELISA试剂盒 Human thyroid hormone autoantibodies,THAA ELISA试剂盒 人抗类固醇生成细胞抗体(SCA)ELISA试剂盒 Human steroid producing cell autoantibody,SCA ELISA试剂盒 人粒细胞特异性抗核抗体(GS-ANA)ELISA试剂盒 Human granulocyte specific antinuclear antibody,GS-ANA ELISA试剂盒 人抗信号识别颗粒抗体(SRP)ELISA试剂盒 Human signal recognization particle antibody,SRP ELISA试剂盒 人封闭抗体(BA)ELISA试剂盒 Human Blocking antibody,BA ELISA试剂盒 人抗细胞膜DNA抗体(cmDNA)ELISA试剂盒 Human anti-cell membrane DNA antibody,cmDNA ELISA试剂盒 人抗钙蛋白酶抑素抗体(ACAST-DⅣ)ELISA it Human autoantibodies against the C-terminal domain Ⅳ,ACAST-DⅣ ELISA试剂盒 人卵清蛋白特异性IgE(OVA sIgE)ELISA试剂盒 Human ovalbumin specific IgE,OVA sIgE ELISA试剂盒 人抗核仁纤维蛋白抗体(AFA/snoRNP/U3RNP)ELISA试剂盒 Human anti-fibrillarin antibody,AFA/snoRNP/U3RNP ELISA试剂盒 人系统性红斑狼疮(SLE)ELISA试剂盒 Human systemic lupus erythematosus,SLE ELISA试剂盒 人抗神经节苷脂抗体(GM1)ELISA试剂盒 Human anti-ganglioside antibody,GM1 ELISA试剂盒 人抗髓鞘相关糖蛋白抗体(MAG Ab)ELISA试剂盒 Human anti-myelin associated glycoprotein antibody,MAG Ab ELISA试剂盒 人抗中性粒细胞颗粒抗体(ANGA)ELISA试剂盒 Human anti-neutrophil granules antibody,ANGA ELISA试剂盒 人抗中性粒细胞抗体(ANA)ELISA试剂盒 Human anti-neutrophil antibody,ANA ELISA试剂盒 人抗载脂蛋白抗体A1(Apo A1)ELISA试剂盒 Human anti-apolipoprotein A1 antibody,Apo A1 ELISA试剂盒 人抗胰岛素受体抗体(AIRA)ELISA试剂盒 Human anti-insulin receptor antibody,AIRA ELISA试剂盒 人抗胃壁细胞抗体(AGPA/PCA)ELISA试剂盒 Human anti-gastric parietal cell antibody,AGPA/PCA ELISA试剂盒 人抗网硬蛋白抗体(ARA)ELISA试剂盒 Human anti-gastric parietal cell antibody,AGPA/PCA ELISA试剂盒 人抗网硬蛋白抗体(ARA)ELISA试剂盒 Human anti-Reticulin antibody,ARA ELISA试剂盒 人抗突变型瓜氨酸波形蛋白抗体(MCV)ELISA试剂盒 Human anti-mutated citrullinated vimentin antibody,MCV ELISA试剂盒 人抗髓磷脂抗体IgA(AMA IgA)ELISA试剂盒 Human anti-myelin antibody IgA,AMA IgA ELISA试剂盒 人抗突变型瓜氨酸波形蛋白抗体(MCV)ELISA试剂盒 Human anti-myelin antibody IgA,AMA IgA ELISA试剂盒 人抗髓磷脂抗体IgA(AMA IgA)ELISA试剂盒 Human anti-myelin antibody IgA,AMA IgA ELISA试剂盒 人抗腮腺管抗体(anti-parotid duct Ab)ELISA试剂盒 Human anti-parotid duct antibody ELISA试剂盒 人抗软骨抗体(anti-cartilage-Ab)ELISA试剂盒 Human anti-cartilage-antibody ELISA试剂盒 人抗人绒毛膜促性腺激素抗体(AhCGAb)ELISA试剂盒 Human anti-chorionic gonadotropin-antibody,AhCGAb ELISA试剂盒 人抗染色体抗体(anti-chromosome Ab)ELISA试剂盒 Human anti-chorionic gonadotropin-antibody,AhCGAb ELISA试剂盒 人抗脑组织抗体(ABAb)ELISA试剂盒 Human anti-brain tissue antibody,ABAb ELISA试剂盒 人抗麦胶蛋白/麦醇溶蛋白抗体(AGA)ELISA试剂盒 Human anti-gliadin antibody,AGA ELISA试剂盒 人抗磷脂酰丝氨酸抗体(APSA)ELISA试剂盒 Human Anti-phosphatidyl serine antibody,APSA ELISA试剂盒 人抗磷壁酸抗体(TA)ELISA试剂盒 Human anti-teichoic acid antibody,TA ELISA试剂盒 人抗淋巴细胞毒抗体(ALA/LCA)ELISA试剂盒 Human anti-lymphocytotoxic antibody,ALA/LCA ELISA试剂盒 人抗巨噬细胞抗体(anti-macrophage Ab)ELISA试剂盒 Human anti-macrophage antibody ELISA试剂盒 人抗甲状腺过氧化物酶抗体(TPO-Ab)ELISA试剂盒 Human anti-Thyroid-Peroxidase antibody,TPO-Ab ELISA试剂盒 人抗红细胞抗体(RBC)ELISA试剂盒 Human anti-red cell antibody ELISA试剂盒 人28S抗核糖体抗体(28S rRNP)ELISA试剂盒 Human 28S ribosome RNP antibody,28S rRNP ELISA试剂盒 人抗核仁抗体(ANA)ELISA试剂盒 Human anti-nucleolus antibody,ANA ELISA试剂盒 人抗核膜糖蛋白210抗体(gp210)ELISA试剂盒 Human Anti-glucoprotein 210,GP210 ELISA试剂盒 人抗肝细胞胞质1型抗体(LC1)ELISA试剂盒 Human anti-liver cytosolantibody type 1,LC1 ELISA试剂盒 人抗肺泡基底膜抗体(ABM-Ab)ELISA试剂盒 Human alveoli basement membrane zone antibody,ABM-Ab ELISA试剂盒 人抗胸腺细胞球蛋白(ATG)ELISA试剂盒 Human anti-thymocyte globulin,ATG ELISA试剂盒 人抗表皮细胞基底膜抗体(EBMZ)ELISA试剂盒 Human epidermal basement membrane zone,EBMZ ELISA试剂盒 人抗中性粒/中心体抗体(ACA)ELISA试剂盒 Human anti-centrol and centrosome antibody,ACA ELISA试剂盒

宫颈癌、内膜癌、卵巢癌是妇科领域的三大恶性肿瘤，其中，卵巢癌因死亡率排第一而被称为“妇癌之王”和 “沉默杀手”，其恶性程度高、复发率高、预后差是影响患者生存时间的最突出问题。“任何肿瘤的早期诊断都是治疗中的先决条件，卵巢癌的早期诊断仍是难题，有约70%的患者发现卵巢癌就是晚期状态，这是卵巢癌治疗的最大难点。”10月28日，在“薰衣草花环”公益活动上，北京大学肿瘤医院妇瘤科主任医师高雨农教授接受媒体采访时表示。图为高雨农教授“在中国差不多有1/4的病人存在BRCA基因突变。”高雨农教授表示，有研究发现，一般女性终身发生卵巢癌风险约为1.3%，而BRCA1突变携带者，终身发生卵巢癌风险可高达39%，BRCA2突变携带者，终身发生卵巢癌风险可升高至11%。所以说，对于有卵巢癌家属史的女性而言，BRCA基因检测可以作为预防卵巢癌的手段。《卵巢癌诊疗指南（2022年版）》也强调了基因检测尤其是BRCA检测的重要性。指南提出，对于BRCA1和BRCA2胚系突变携带者，推荐从30—35岁起，开始定期进行盆腔检查、血CA125和经阴道超声的联合筛查。随着临床研究的开展和治疗手段的优化，卵巢癌治疗越来越精准，“手术+化疗+靶向治疗”让患者的生存质量明显改善、生存期不断延长。高雨农教授指出，在治疗的过程中，卵巢癌的治疗是按一定的程序，比如说化疗、手术，包括靶向治疗，甚至部分卵巢癌患者可以通过接受免疫治疗获益，但是有一个非常大的问题就是在治疗过程中很容易出现耐药，耐药以后的卵巢癌治疗起来是非常困难，所以卵巢癌的治疗，尤其是晚期卵巢癌的治疗，它治疗的过程中伴随着她的耐药、复发，治疗再治疗。“卵巢癌现在是慢病状态，它会有一个持续治疗的阶段。”近年来，在卵巢癌的靶向治疗中，我们也能看到长足的进步。例如PARP抑制剂已成为我国卵巢癌患者治疗的重要选择之一。PARP抑制剂是一类新型的上皮性卵巢癌靶向治疗药物，主要通过合成致死机制介绍肿瘤细胞的凋亡，是近年来卵巢癌治疗领域的重大进展。高雨农教授指出，在病人接受了手术化疗的治疗之后，用这样的靶向药物进行维持治疗。这种治疗能够延长患者的复发间隔，从而改善患者的生存期。过去只有手术和化疗，病人只能“等待”复发，没有什么办法能让病人活得更长、复发得更晚，现在PARP抑制剂出现了之后，确实有了很大的改观。对于患者而言，多次复发造成严重的生理和心理负担使患者常常难以坚持治疗，丧失信心，高雨农教授认为，肿瘤患者及家属需要对规范治疗有正确认识，初期的治疗计划对患者十分重要，走一步以后没有回头路，只能往下走，所以很难，肿瘤治疗是需要非常专业的医生，投入治疗，才给患者更多的治愈机会。

近日，由上海市卫生和健康发展研究中心组织的关于《人类8基因突变联合检测试剂盒卫生技术评估研究》结题会在上海召开。研究全面分析了泛生子人类8基因突变联合检测试剂盒（以下简称“8基因试剂盒”）用于诊断非小细胞肺癌患者的成本效果，并进行卫生经济学评估，为地方医保部门和医院采购决策提供科学依据。值得一提的是，本次评估研究也成为国内首份基因检测行业的卫生经济学研究报告。本次研究的内容包括国内各省市伴随诊断项目收费现状梳理、“8基因试剂盒”卫生经济性评价，以及“8基因试剂盒”准入建议。并通过系统梳理已发表的文献和临床研究报告，总结归纳“8基因试剂盒”用于诊断非小细胞肺癌的有效性、经济性和创新性。有效性方面，“8基因试剂盒”具有较好的性能表现，临床试验结果表明与对照试剂检测结果和伴随诊断试剂均有较好的一致性，并通过靶向药物回顾性疗效分析，验证了临床用药有效性，具有较高的临床应用价值。经济性方面，卫生经济学评价结果显示，与3基因（EGFR，ALK，ROS1）PCR联合基因试剂盒相比，采用8基因突变联合检测试剂盒所需要的诊断成本更高，但带来的诊断效果、治疗效果更好，具有一定的经济性以及成本-效果。创新性方面，与传统检测方法相比，“8基因试剂盒”基于“一步法” 快速检测技术，具有较高的技术创新性。同时，“8基因试剂盒”具有简单、快速、方便、低成本、稳定等特点，适合医院自行开展检测，具有较高的应用创新性。肺癌是中国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤，国家癌症中心数据显示，2015年中国新发肺癌病例约为78.7万例，发病率为57.26/10万，位于恶性肿瘤发病率第1位[1]。患者的分子遗传学特征可指导靶向药物的选择，因此，伴随诊断对于广大非小细胞肺癌患者具有较大的临床价值。海军军医大学第二附属医院肿瘤科主任臧远胜海军军医大学第二附属医院肿瘤科主任臧远胜认为，非小细胞肺癌诊疗已进入精准时代，有明确驱动基因突变的非小细胞肺癌患者使用靶向治疗有更长的生存获益，而基因检测技术的发展为非小细胞肺癌的诊疗提供了更多的便利，NGS检测与传统测序方法相比可以给患者提供更多靶药选择。针对NGS检测能够具备更高的可及性，本次研究的主报告人、上海市卫生和健康发展研究中心卫生技术评估研究部研究员符雨嫣也做了系统介绍，其建议逐步尽快统一收费模式，规范收费计价单位，促进各地探索打包收费模式，设置不同的诊断基因包，简化目录，提升医疗服务效率。在技耗分离背景下，医用耗材从价格项目中逐步分离，发挥市场机制作用，实行集中采购，“零差率”销售。上海市卫生和健康发展研究中心卫生技术评估研究部符雨嫣同时，应积极探索采用卫生技术评估作为对伴随诊断相关的医用耗材（如伴随诊断试剂等）定价证据，考虑其成本效果，在与原有技术合理比较的基础上进行价格制定。上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林认为，卫生经济学研究的最直接目的就是找到最佳的技术，并尽快应用到临床让更多患者受惠。现场来自上海市医学会、复旦大学、瑞金医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属中山医院、仁济医院、安徽省立医院临床病理中心、首都医科大学国家医疗保障研究院等十余位专家通过线上、线下的方式，针对本次卫生技术评估研究展开讨论。现场嘉宾讨论除现场嘉宾外，复旦大学教授陈英耀、安徽省立医院临床病理中心主任叶庆、仁济医院肿瘤科副主任涂水平、瑞金医院胸腔介入中心主任项轶、首都医科大学国家医疗保障研究院副研究员蒋昌松等专家也在线上参与讨论。多位来自肿瘤科、放疗科、病理科和呼吸科的专家，对NGS检测给予了肯定，其中不乏实际操作使用过8基因试剂盒的数位专家，他们表示也是首次看到癌症基因检测领域的卫生经济学报告，以及产品有效性、经济性、创新性量化依据，可帮助其更清晰、客观的了解产品对患者的价值。有专家表示，NGS检测试剂盒能够发现许多未知靶点，其中像EGFR非经典突变如果只进行PCR检测则无法被发现。同时，目前二、三代药物在临床广泛应用，这类药物耐药后产生的如MET、BRAF、ALK突变也是PCR无法检测的。相比于3基因PCR试剂盒，8基因试剂盒涵盖了目前肺癌临床上最常见的、且拥有靶向药物的几种基因，可以有效避免使用靶向治疗的患者漏检。此外，8基因试剂盒还比全基因检测更具实用价值和临床指导意义。“如果能有一个实用的NGS检测试剂盒进入医保范畴，相信会非常受欢迎。”现场专家表示。泛生子首席商务官刘焰泛生子首席商务官刘焰表示，基因检测对癌症全周期的耐药检测具有很大的指导作用，而用药的精准则有助于医保预算的有效控制。在技术方面泛生子希望能够协助到更多临床专家和机构，提供符合临床需求的高性价比产品，同时也希望我们的产品进入到医保或商保，从而不断提升患者的可支付性及治疗的可及性。[1] 郑荣寿,孙可欣,张思维,等. 2015年中国恶性肿瘤流行情况分析[J]. 中华肿瘤杂志, 2019, 41(1):19-28.

液体活检技术的不断发展为癌症领域带来了重大突破，这种非侵入性的检测方法凭借其样本可及性、可持续性、可消除异质性等特点，为肿瘤的早期诊断、伴随诊断等带来了新的希望，但其进一步广泛应用仍受制于目前检测灵敏度及精确度的限制。QIAGEN全新推出的QIAseq Targeted cfDNA Ultra靶向测序方案专为液体活检而生，在针对低至0.1%突变的检测上依然可实现99%的特异性。特殊的建库方案实现更低的检测限基于杂交捕获的靶向方案由于步骤较为繁琐，实验过程中起始模板的损失较大降低了灵敏度，因此所需的样本量通常较高。传统多重PCR靶向方案因模板利用率高因此起始样本要求低，但是由于扩增产物的起始位置均相同，很难通过这些“复制的”分子进行等位基因突变频率的计算，也很难排除扩增的错误和偏差。QIAseq Panel基于特殊的单端特异性引物延伸(Single Primer Extension, SPE)技术，作为多重PCR的一种，与一般扩增子技术不同的是扩增产物起始位置并不完全相同，多样性的产物更有利于重复数据的消除，同时对杂交捕获与多重PCR两种技术进行了取长补短，而最低仅需5 ng起始cfDNA样本。均一的覆盖度由于cfDNA较短，传统多重PCR可能出现上下游引物无法同时结合在一个DNA模板上而无法扩增的情况，浪费了大量起始模板，而SPE技术仅需一条引物结合到靶向区域即可扩增，因此也能解决这一难题。同时我们也根据cfDNA片段较短的特点有针对性优化了引物设计，增加了引物密度，结合完善的扩增体系，在实现目标区域扩增特异性90%以上的同时也确保了整体扩增均一性指标（Uniformity）超过97%。特异分子条形码 (Unique Molecular Indices, UMI)的引入也可以有效解决PCR扩增所带来的偏倚，为检测的准确性、灵敏度及全面性提供了前所未有的保障。HiFi Ultra高保真酶助力更高测序品质NGS的理论检测极限受到扩增酶的影响，PCR扩增错误作为背景噪音会极大的影响低于0.3%突变检测的准确性。QIAGEN将原有扩增酶进一步升级为HiFi Ultra高保真酶，同时搭配双端唯一标签（Unique Dual Index, UDI）接头，极大提高了低频突变的检测准确度和灵敏度，进一步提升了NGS分析结果。QIAseq Targeted cfDNA Ultra目前已推出Breast Cancer、Colorectal Cancer、Lung Cancer等多款预制产品可供选择，后续也会推出定制服务。

肿瘤免疫治疗的策略之一就是使免疫系统特异性靶向肿瘤细胞而不是正常细胞。而突变相关的新抗原（neoantigen）正是这样的靶标，肿瘤细胞中体细胞突变产生的序列改变的肽段被细胞处理，被主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex，MHC）呈递至细胞表面，进而被T细胞识别，对肿瘤细胞进行杀伤。由于新抗原只在肿瘤细胞中存在，其成为肿瘤免疫治疗的热门靶标之一【1】。但是大部分肿瘤只有有限的肿瘤突变荷载并不能够产生新抗原相关的反应，同时只有5%的新抗原能被MHC分子提呈，而能激活有效的杀伤性T细胞的新抗原更少【2】。同时，肿瘤细胞中大部分的促癌因子和蛋白都是胞内蛋白，这也限制它们作为新抗原被人白细胞抗原（human leukocyte antigen, HLA, 人MHC分子）呈递作为肿瘤治疗的靶标【1】。神经母细胞瘤（Neuroblastoma）是儿童中常见的一种恶性肿瘤，其具有很少的肿瘤突变，相反其是由于转录调控网络表观遗传学上的失调而引起的【3】。在实体瘤，尤其是肿瘤突变荷载少的实体瘤中发现特异性以及免疫原性都较好的肿瘤免疫治疗新靶标，一直以来是肿瘤免疫治疗存在的挑战。2021年11月3日，来自美国宾夕法尼亚儿童医学院的John M. Maris团队在Nature上发表题为Cross-HLA targeting of intracellular oncoproteins with peptide-centric CARs的文章。团队分析神经母细胞瘤的免疫肽组，在HLA-A*24:02上发现来自神经母细胞瘤主要促癌转录因子PHOX2B的未突变肽段QYNPIRTTF具有很好的肿瘤特异性，以该肽为中心设计的CARs能识别多种不同HLA呈递的QYNPIRTTF，且在体外和小鼠模型中具有不错的效果。高度多态性的人白细胞抗原（HLA-A,-B,-C）基因编码的MHCI分子能够将来自于细胞内蛋白质组的一段8-14个氨基酸长度肽段提呈至细胞表面，这些肽段为免疫肽组（immunopeptidome），随后T细胞识别监视这些肽-MHC复合体（pMHC），发现来自于外来病原的抗原。研究团队假设肿瘤细胞的免疫肽组中存着在一部分来自于肿瘤发生必须的促癌因子的特异性的肽，针对这些肽便可设计出以肽为中心的嵌合抗原受体（peptide-centric CARs, PC-CARs）来特异性靶向肿瘤细胞。首先，研究团队对8个神经母细胞瘤细胞来源的异种移植物和病人来源的异种移植物（cell-derived xenografts (CDX), patient-derived xenografts PDX）进行免疫肽组的检测，通过MHC的捕获，肽段洗脱以及后续LC-MS/MS质谱等一共发现了7608个肽段。筛选这些肽段和HLA的结合力，筛选到2286个强亲和力的肽段。随后分析肿瘤组织和正常组织的RNA-Seq数据，研究团队筛选到61个肽段，其来源的母基因在肿瘤组织中高表达。最后研究团队分析正常组织中MHC肽组，进一步把可能在正常组织中提呈的肽段筛选掉。最后得到13个肽段，其来自于9个特异在神经母细胞瘤中表达的基因。同时研究团队在原代神经母细胞瘤中也进行同样的免疫肽组筛选，发现56个肽段。CDX和PDX筛选的13个肽有7个在原代肿瘤细胞中也被筛选到。随后，根据pMHC结合力，HLA等位基因频率，母基因表达情况以及神经母细胞瘤生物学信息对这些肽进行排序，6条分别来自来自CHRNA3, GFRA2, HMX1, IGFBPL1, PHOX2B 和TH的肽段被选择继续研究。分析不同发育时期的转录组学数据，研究团队发现PHOX2B只在胎儿发育过程中表达而在出生前的正常组织中PHOX2B完全被沉默。PHOX2B也是神经母细胞瘤发生的主要调控因子，PHOX2B的表达也是神经母细胞瘤诊断检测的手段之一。这表明，PHOX2B是神经母细胞瘤高度特异性的肿瘤抗原且是免疫治疗的理想靶标。由于自身抗原的免疫原性较弱，研究团队决定设计基于scFv-CARs而不是TCRs来靶向PHOX2B。随后研究团队筛选sc-Fvs库，寻找能结合PHOX2B肽的特异性克隆，并通过sCRAP算法预测排除其抗原交叉反应。研究团队筛选到10LH克隆并进一步研究，scFv 10LH和PHOX2B具有很强的亲和力，KD为13 nM，kd是 7.6 × 10-4 s-1。据此，研究团队设计出识别在HLA-A*24:02上提呈的PHOX2B 9氨基酸肽QYNPIRTTF的PC-CARs。发现PHOX2B 9氨基酸肽QYNPIRTTF也可被其他类型的HLA-A提呈，而10LH PC-CARs能打破传统的HLA限制和不同种类pMHC识别结合。随后在体外细胞模型以及体内PDX模型中证明了PHOX2B特异性的PC-CAR T细胞的跨HLA肿瘤杀伤能力。图1 肿瘤抗原的发现以及PC-CARs设计工作流程本文利用多种技术手段从非突变的促癌蛋白中发现神经母细胞瘤的肿瘤特异性抗原，并靶向这些肿瘤自身肽段设计出了PC-CARs，具有较好的肿瘤杀伤能力以及跨HLA的反应活性。该方法将非免疫原性的胞内促癌蛋白纳入到选择中，极大扩大了肿瘤免疫治疗的候选靶标，有助于神经母细胞瘤以及其他肿瘤的免疫疗法的发展。同时打破传统的HLA限制，也会扩大肿瘤免疫治疗的受益人群。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41586-021-04061-6

美国加州大学欧文分校（UCI）研究人员开发出一种DNA酶，可区分一个细胞内的两条RNA链，并切割与疾病相关的链，同时保持健康链的完整性。这项突破性的“基因沉默”技术可能会彻底改变用于治疗癌症、传染病和神经疾病的DNA酶的发展。相关研究论文刊登于最新一期《自然通讯》杂志。一个信使核糖核酸（mRNA）的发夹环，绿色为核碱基，蓝色为磷酸核糖骨架。（图片来源：物理学家组织网）DNA酶是切割其他分子的核酸酶。利用酶让“基因沉默”技术已经存在20多年，美国食品药品监督管理局批准了一些药物，但没有一种药物能够区分RNA链中的单点突变，而UCI团队研制出的Dz 46酶可识别和切割特定的基因突变。Dz 46酶外表看起来像希腊字母Ω，通过加速化学反应起到催化剂的作用，其左右两侧的“臂”与RNA的靶区结合，组成的环与镁结合，并在一个非常特定的位置折叠和切割RNA，但其发挥作用非常依赖镁。为此，研究团队使用化学方法重新设计了这种DNA酶，降低了其对镁的依赖性。得到的Dz 46酶专门靶向KRAS基因内的等位基因特异性RNA突变，KRAS基因是细胞生长和分裂的主要调节因子，出现于25%的人类癌症中。研究人员表示，他们的研究结果表明，化学进化可以为开发多种疾病的新疗法铺平道路。他们计划进一步调整Dz 46酶，然后开展临床前试验。

作者：青岛大学附属医院王晓囡、邢晓明2013年，好莱坞知名女星安吉丽娜朱莉在《纽约时报》发表了一篇名为《My Medical Choice》的文章，讲到自己的母亲与癌症斗争了近十年，于56岁时去世。而她遗传了母亲的BRCA1突变基因，这使她患乳腺癌的几率高达87%，患卵巢癌的几率也达到50%。为了尽可能地降低患癌风险，她决定接受预防性双乳切除术。两年后她又选择预防性的切除了卵巢和输卵管。BRCA1突变真的这么可怕吗？我们一起走进BRCA以及他的家族HRR来一探究竟。01 BRCA基因是什么？BRCA是breast cancer这两个英文单词前两个字母的缩写，研究者于上世纪90年代先后发现了与遗传性乳腺癌有关的基因，分别命名为乳腺癌1号基因、2号基因，英文简称BRCA1/2。实际上，BRCA1/2是两种抑癌基因，通俗的讲也就是对人体有好处的基因，它们翻译出来的蛋白质就像故障工程师一样，兢兢业业的修补受损伤或者有缺陷的基因。哪里有基因的双链断裂，哪里就有他们忙碌的身影。其实人体内不是只有BRCA1/2具有基因修复功能，而是有一个负责基因修复的大家族，被称为HRR（同源重组修复）通路，它包含的基因有：BRCA1,BRCA2，ATM,ATR,BARD1,BLM,BRIP1,CDK12,CHEK1,CHEK2,FANCA,FANCC,FANCD2,FANCE,FANCF,FANCI,FANCL,FANCM,MRE11,NBN,PALB2,RAD50,RAD51,RAD51B,RAD51C,RAD51D,RAD52,RAD54L,RPA1等。BRCA1/2是其中比较关键的两个基因，是HRR通路中的中流砥柱。02 如何检测BRCA1/2基因有没有突变？穿刺或者手术切取的组织都会被送往病理科，由病理科的医生对其进行处理并最终制作成蜡块（由石蜡包裹着的组织块）。进行BRCA1/2检测，首先需要从蜡块中提取DNA或者直接从血液中提取DNA，然后通过生物学技术对DNA中的BRCA1/2基因进行测序。由于BRCA1/2基因没有热点突变，即它的突变不集中于某几个区域上，而是在所有区域都有可能发生，所以需要利用下一代测序技术（Next generation sequencing，NGS）对BRCA1/2基因进行全外显子测序。最后根据测序数据分析可能的BRCA1/2基因突变，判定是否携带BRCA1/2基因的突变。03 有BRCA1/2突变一定得肿瘤吗？当然不是啦。其实BRCA1/2的突变分为5类，只有被归为第五类和第四类的突变才可能导致肿瘤的发生。第五类的突变被称为致病性突变，有99%的可能导致肿瘤的发生，第四类的突变被称为可能致病性的突变，有95%-99%的可能导致肿瘤的发生。那为什么发生这两类突变的BRCA1/2基因就从原来的好基因变成坏基因了呢？这是因为发生了这些突变的BRCA1/2基因在翻译时遇到了麻烦，不能翻译出具有正常功能的BRCA1/2蛋白，导致其丧失修复基因双链断裂的能力，这会影响基因组的稳定性，并引起多种肿瘤的发生。有研究指出，BRCA1/2胚系突变可使女性患卵巢癌的风险提高10-30倍，也增加了人们患乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌、黑色素瘤等多种癌症的风险。04 BRCA1/2突变会遗传吗？BRCA1/2突变分为体细胞突变和胚系突变两种类型。体细胞突变是指只有肿瘤细胞发生了突变，而人体其他部位的正常细胞则没有发生突变。这种突变不会遗传给后代。那胚系突变是什么呢？我们都知道每个人都是爸爸妈妈爱的结晶，精子和卵子结合形成受精卵，再经过妈妈十月怀胎的辛苦最终有了我们每一个个体。精子和卵子里有来自爸爸和妈妈的染色体，这两部分染色体汇集到一起就变成了我们自己的染色体。如果爸爸或者妈妈贡献给我们的染色体里含有BRCA1/2的突变，那么我们就遗传了这个突变。我们体内的每一个细胞（每个细胞都是从最初的受精卵分裂来的，都跟受精卵有相同的染色体）里都带有这个突变，我们的后代也有可能带有这个突变，这就是胚系突变。胚系突变是可以遗传的。05 怎么区分BRCA1/2的突变到底是体细胞突变还是胚系突变呢？抽取静脉血3ML，分离其中的白细胞，提取DNA进行检测，如果检测出BRCA1/2的突变，这个突变就是胚系突变。如果血液里没有检测到突变，却在肿瘤组织中检测到了，那这种突变就是体细胞突变。06 有BRCA1/2的致病性或者可能致病性突变应该怎么办？对于携带BRCA1/2胚系突变的正常人来说，可以找专业的医生进行遗传咨询，并加强高风险疾病（女性如乳腺癌、卵巢癌等；男性如前列腺癌、胰腺癌等）的筛查，做到早发现早治疗。或者根据医生的建议并结合自身状况，选择是否像安吉丽娜朱莉一样进行预防性切除术以降低患癌风险。同时建议对有风险的亲属如父母、兄弟姐妹、子女等进行遗传咨询并考虑是否进行基因检测。对携带BRCA1/2胚系突变的肿瘤患者来说，一方面可以做遗传咨询，另一方面可以选择相应的药物进行治疗。而对于BRCA1/2体细胞突变的患者来说，可直接进行药物治疗而不用做遗传咨询。07 PARP抑制剂为什么可以用来治疗具有BRCA1/2的致病性或者可能致病性突变的肿瘤患者？前面我们提到BRCA是修复DNA双链损伤的酶，而PARP则是一种修复DNA单链损伤的酶，它的全称聚腺苷二磷酸核糖聚合酶。PARP抑制剂可以选择性的抑制PARP介导的DNA单链损伤修复途径，使发生损伤的DNA单链进一步转化成DNA双链断裂。这个时候就需要BRCA闪亮登场，而如果BRCA基因发生致病性或者可能致病性的突变，如同前文所述，DNA双链断裂就得不到修复，DNA损伤不断积累，最终就导致了细胞的死亡，这被称为合成致死效应。所以在选择此类药物进行治疗前，一定要先进行基因检测，BRCA基因确实存在致病性或者可以致病性突变才可用药，用药才有效果。此外，上文我们提到BRCA1/2是HRR通路中的核心成员，其实HRR通路中的其他基因如果出现问题，如发生致病性或者可能致病性的突变，同样可以影响基因的稳定性，导致肿瘤的发生。2020年PARP抑制剂奥拉帕利获得美国FDA（美国食品药品监督管理局）批准一项新的适应症，即用于治疗HRR通路基因突变的前列腺癌患者。 了解了BRCA1/2的前世今生，揭开了它的面纱，是不是觉得它也没有那么可怕了呢？可能不是每个人都能像安吉丽娜朱莉那样喊出自己的医学宣言，但是知己知彼，百战不殆，了解它，走进它，干掉它，愿每一位患者都能战胜病魔拥抱健康。

癌症是由渐进的基因和表观遗传变化驱动，在整个过程中，癌细胞可以获得复杂的异质性，进而更具侵袭性和转移性，并扩散到身体其他部位形成新的肿瘤，加速疾病的进程。因此，深入了解肿瘤亚克隆选择和转移的分子基础、转录状态的起源和转变以及肿瘤进化路径的遗传决定因素，不仅有助于阐明肿瘤进化的基本原则，还具有临床意义。基因工程小鼠模型（Genetically engineered mouse models, GEMMs）是研究肿瘤进展的一个关键工具，研究人员能够通过GEMMs研究肿瘤在原生微环境和实验定义的条件下的演化过程。其中，KrasLSL-G12D/+ Trp53fl/fl（KP）模型通过病毒传递Cre重组酶到少量肺上皮细胞引发肿瘤，导致致癌基因Kras的激活、P53肿瘤抑制基因的纯合缺失和肿瘤的克隆生长等，真实模拟了新生细胞转化成侵袭性转移肿瘤的主要步骤，从分子和组织病理学上再现了人肺腺癌的进展。因此，我们可以通过KP模型来探究肿瘤演变过程中尚未解决但非常关键的问题。 近日，美国加州大学Jonathan S. Weissman研究团队及合作者在Cell上发表了题为“Lineage tracing reveals the phylodynamics, plasticity, and paths of tumor evolution”的文章。研究团队将基于单细胞RNA-seq的进化谱系示踪系统引入KP小鼠模型中，连续并全面监测了一个携带致癌突变的单细胞演变为侵袭性肿瘤的全过程，揭示罕见的亚克隆可以通过独特的转录程序驱动肿瘤扩张。此外，研究团队还发现肿瘤通过典型、独特的进化轨迹发展，干扰额外的肿瘤抑制因子可以加速肿瘤的进展。该研究以前所未有的规模和分辨率重建了从单一转化细胞到复杂、侵袭性肿瘤群体的肿瘤演化全过程。 文章发表在Cell主要研究内容KP-Tracer小鼠可以连续和高分辨率追踪肿瘤的起始和进展为生成高分辨率的肿瘤演化系统，研究团队开发了一种具有谱系追踪能力的肺腺癌小鼠模型KP-Tracer，能够连续数月进行细胞谱系追踪。后续实验证实，在5-6个月后，该模型成功追踪了肿瘤发生，并且示踪剂能够在相应部位表达。此外，在对癌细胞进行单细胞转录组测序分析后，发现细胞状态、谱系、样本身份和肿瘤克隆性在肿瘤中的表达与预期一致。 图1. KP-Tracer小鼠模型的构建。来源：Cell罕见的亚克隆在肿瘤发展过程中显著扩增肿瘤进化中的一个关键问题是，基于肿瘤生长促进基因或表观遗传变化的亚克隆选择以及由此产生的亚群动态变化如何导致侵略性亚克隆对同一肿瘤的其他部分的扩展。为研究KP肿瘤的亚克隆动力学，研究团队采用了一种统计检验方法，即将每个亚克隆的相对大小与没有亚克隆被选择的“中性”进化模型中的大小进行比较分析。结果显示，有些肿瘤似乎是中性进化的，即没有证据表明阳性选择；有些亚克隆则显示出明显的阳性选择迹象。此外，研究团队发现肿瘤主要由一个（有时两个）正在扩增的亚克隆驱动。在肿瘤中，扩增细胞的比例分布广泛， 表明了亚克隆扩展的侵袭性；扩增细胞以增加的DNA拷贝数变异、细胞周期评分和适应度评分为标志。 图2. 罕见亚克隆的显著扩增及其特性。来源：Cell绘制细胞状态之间的系统发育关系揭示肿瘤进化的共同路径原则上，KP模型中观察到的细胞可塑性、转录异质性可能来自于通过转录状态的随机或结构化进化路径。为了研究肿瘤进化路径的一致性，研究团队开发了一个称为“进化耦合”的统计数据，扩展了克隆耦合统计数据来量化成对细胞状态之间的系统发育距离。基于不同转录状态的占比和进化耦合的全套肿瘤的数据驱动分层聚类显示，肿瘤可以分为三个不同的组（Fate Cluster1、Fate Cluster2及Fate Cluster3）。Fate Cluster1、2之间共享一些转录状态，Fate Cluster1主要通过包括胃样和内胚层样状态进化；Fate Cluster2通过肺混合状态进化，Fate Cluster3以高适应度状态为主，如前上皮间质转化（Pre-EMT）和间质状态。进一步，研究团队开发了“Phylotime”对Fate Cluster 1、2背后的转录变化进行分析。分析结果证实，Fate Cluster1、Fate Cluster2是两条独立的进化途径，并且每条途径显示出与Phylotime相关的不同转录变化。上述结果表明，KP肿瘤可能主要通过两种途径进化，一条是胃样和内胚层样状态，另一条是肺混合状态，且每种进化轨迹都显示出明显的转录变化。 图3. 细胞状态之间系统发育关系的构建。来源：Cell肿瘤抑制因子的缺失会改变肿瘤的转录组、可塑性和进化轨迹肿瘤抑制基因可以调节多种细胞活动，其丧失与肿瘤侵袭性的增加有关，但这些基因对体内肿瘤进化动力学的影响目前尚不清楚。因此，研究团队结合基因干预和定量系统动力学方法探索了额外的致癌突变如何改变KP肿瘤的进化轨迹，重点研究了人类肺腺癌中两种频繁突变的肿瘤抑制因子LKB1和APC，以及经CRISPR sgRNA敲除LKB1和APC后产生两种动物模型（KPL和KPA）。结果显示，靶向LKB1或APC会增加肿瘤负担，但亚克隆扩增的数量和相对大小没有改变；与肿瘤适应性相关的基因在遗传背景中差异较大。 图4. 遗传扰动会改变肿瘤的转录适应性和可塑性。来源：Cell 为检测LKB1和APC的异常是否改变了KP肿瘤的转录图谱，研究团队整合了KPL、KPA肿瘤和之前的KP肿瘤的单细胞转录组数据集。结果显示，经额外的LKB1和APC干扰后产生了四个新的转录状态。此外，针对LKB1/APC的干预也导致主导转录组状态的改变：KPL肿瘤主要富集在上皮细胞-间充质转化前状态（Pre-EMT），KPA肿瘤富集在APC特异性早期、间质和转移状态。 为研究肿瘤抑制因子的缺失如何改变进化轨迹，研究团队对单个肿瘤的转录状态占比和进化耦合进行了主成分分析。结果显示，靶向性肿瘤抑制因子LKB1或APC均可促进肿瘤生长，但其对细胞状态、可塑性和进化路径的影响差异较大 。具体而言，KPL肿瘤能够迅速发展到Pre-EMT状态下并稳定下来；KPA肿瘤则通过新的APC特异性状态开辟了一条独特的进化路径。图5. 肿瘤抑制因子的缺失对肿瘤进展及细胞状态的影响。来源：Cell结 语综上所述，该研究首次在基因工程肺腺癌小鼠模型中使用基于CRISPR的谱系示踪剂追踪肿瘤从单一转化细胞到侵袭性肿瘤的演化过程，以连续、高分辨率的肿瘤谱系追踪为肿瘤进化建模提供了一个重要参考，绘制了从激活单个细胞的致癌突变发展成为具有侵袭性的转移肿瘤的路径图，揭示了细胞转录图谱、细胞可塑性、进化路径以及肿瘤抑制因子在肿瘤发展中的作用。研究团队表示，随着谱系示踪工具的发展和其他新兴数据的集成，也期望该研究提出的实验和计算框架为未来构建肿瘤演化的高维、定量和预测模型奠定良好的基础，从而为新的治疗策略提供新思路。 图6. 研究总结概图，来源：Cell

新产品将Illumina Genome Analyzer的读长和安捷伦SureSelect平台有效结合，大大简化实验操作流程 　　2009年4月30日，北京&mdash &mdash Illumina公司(NASDAQ：ILMN)和安捷伦科技(NYSE：A)于日前宣布，他们已经启动了一个非排他性的合作市场营销协议，旨在支持一项可以帮助研究人员进行靶向测序研究，全新的并且可扩展的解决方案。Illumina的Genome Analyzer是一款已经获得了广泛认同的新一代测序平台。安捷伦的SureSelect靶向序列捕获系统，针对该平台进行了特别优化，为研究人员提供了一种可以对基因组中感兴趣的特定区域进行有效测序的方法。这种低成本高效益的方法，不仅大大简化了实验室的处理过程，而且同时提供了测序数据的均一覆盖度和高可比对率。安捷伦的SureSelect靶向序列捕获系统与Illumina的Genome Analyzer的组合应用，可以让研究人员突破技术瓶颈，从事以往无法进行的研究。 　　在美国癌症研究协会(AACR)本周于科罗拉多州丹佛市召开的会议上，Illumina和安捷伦突出展示了他们联合推出的解决方案的优点。这一新的研究方案，帮助研究人员在得益于起始样品量要求很低优点的同时，还能够检测多个感兴趣的区域，从而检出罕见的基因突变(如在癌症中常见的突变)。靶向测序技术，也使研究人员除了可以对候选基因和候选区段进行测序外，还可以对全基因组关联研究中确定的区域进行测序。 　　麻省理工学院Broad研究院的基因组测序和分析项目主任Chad Nusbaum，在2009年2月的Nature Biotechnology杂志上介绍了安捷伦SureSelect采用的杂交选择技术(论文联接)：&ldquo 我们开发了一种杂交选择方法，用于捕获基因组的特定序列。该方法具有灵活性、可扩展性和高效率的特点。基于杂交选择的靶向捕获，在很多应用领域可能极为有用。例如，对受到无关DNA严重污染、珍贵、保存久远的DNA的捕获，对临床样本中病毒群体的深度测序，或对环境或医学样本的宏基因组学分析等。&rdquo 在上述这些应用中，如果选择传统的单重PCR方法，可能费用过高或者通量过低。 　　&ldquo 我们与安捷伦的合作强调了我们将新一代测序技术推向应用的承诺，帮助研究人员用以往不可想象的规模化来计划并实施研究工作。&rdquo Illumina公司总裁兼首席执行官Jay Flatley说:&ldquo 我们将不断扩展我们的解决方案系列产品，提供更多可用于基因组变异研究的强有力工具。这个解决方案为研究人员提供了一种低成本、高效益、易于自动化而且灵活的靶向测序方法，完全可以适用于多种不同的应用领域。&rdquo 　　&ldquo 安捷伦SureSelect靶向序列捕获系统，只需要新一代测序操作流程中已有的标准设备，就可以运行。&rdquo 安捷伦科技副总裁兼生命科学事业部总经理Nick Roelofs博士说，&ldquo 安捷伦是市场上唯一一家能够准确、可靠地定制生产含有100个以上碱基对的寡核苷酸的制造商。SureSelect平台凭借安捷伦的这一独有能力，能够高度特异地捕获基因组变异。通过SureSelect与Illumina Genome Analyzer的联合应用，研究人员可以自行设计实验，利用Illumina的读长能力，获得及时、可重现的结果，并同时降低成本和提高耐用性。 SureSelect系统，使研究人员能够方便有效地通过eArray探针设计工具完成自定义设计，并且可以结合自动化系统以获得更高的可扩展性和成本效益。&rdquo 　　更多信息，请访问www.illumina.com/resequencing 或www.opengenomics.com/SureSelect。 　　关于Illumina Genome Analyzer 　　Illumina Genome Analyzer因其设计能够适应不同规模的实验室设施，已为世界各地的实验室所接受，包括基因组中心、个人研究实验室、核心和服务设施，以及生物技术和制药公司等。Genome Analyzer 可提供最高日产量以及最简单、最友好的工作流程。Genome Analyzer支持最广泛的应用，包括记录和发现新转录点，创造DNA -蛋白质结合位点的高分辨全基因组图，并以提高30倍的覆盖率测定人类基因组序列。更多有关Genome Analyzer的信息，以及客户应用Illumina测序技术的信息，请访问www.illumina.com/sequencing。 　　关于SureSelect靶向序列捕获系统 　　SureSelect靶向序列捕获系统是一个独特的工具，允许科学家仅仅捕获感兴趣的基因组区域的序列，大大简化了新一代测序研究。当仅对基因组的某一特定区段进行测序时，安捷伦SureSelect平台可用于捕获一个外显子的子集或其他基因组目标，并洗去基因组的余下部分。SureSelect取代了其他劳动密集型的靶向重测序方法(如聚合酶链反应(PCR)技术)，这些方法也是新一代测序工作流程中的主要瓶颈。 　　关于安捷伦科技 　　安捷伦科技(NYSE：A)是全球领先的测量公司，也是通信、电子、生命科学和化学分析的技术领导者。公司的19,000名员工为遍及世界110多个国家的客户提供服务。安捷伦2008财年的净收入为58亿美元。 有关安捷伦的信息，请访问www.agilent.com。 　　关于Illumina公司 　　Illumina公司 (www.illumina.com)是全球领先的新一代生命科学工具的开发和生产者，并开发大规模分析遗传变异和生物功能的集成工具。我们利用专利技术，为测序、基因分型和基因表达提供全面的产品和服务，还将进入分子诊断市场。我们的客户包含一流的基因研究中心、药厂、研究院、临床研究机构和生物公司。我们的工具有足够的表现力、通量、成本效益和灵活性，使全世界的研究者能通过成百万次的遗传实验从基因组学和蛋白组学中得到有价值的医学信息。我们相信这些信息能够帮助研究者把遗传变异与生物功能关联起来，从而促进药物开发和临床研究，让疾病得以更早的检测，并为患者提供更好的药物选择。

在非小细胞肺癌(NSCLC)靶向治疗过程中，有可能会出现获得性耐药的问题。虽然目前已经发现了许多获得性耐药的驱动因素，但在治疗过程中导致肿瘤进化的潜在分子机制还不完全了解，治疗在多大程度上通过促进突变过程积极推动肿瘤的发展尚不明确。因此来自美国马萨诸塞州总医院的Hideko Isozaki和Ammal Abbasi等科学家发表了一篇名为《APOBEC3A drives acquired resistance to targeted therapies in non-small cell lung cancer》的文章，文中作者研究了在NSCLC靶向治疗期间，是否有特定的突变机制驱动肺癌的基因组进化。结果表明靶向治疗诱导胞苷脱氨酶APOBEC3A (A3A)突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。作者在研究中发现，临床常用的肺癌靶向治疗诱导A3A的表达，导致耐药癌细胞持续发生突变。诱导A3A可以促进了药物治疗细胞中双链DNA断裂(DSBs) 的形成，从而导致耐药细胞进化过程中的染色体不稳定性，如拷贝数改变和结构变异。通过基因缺失或RNAi介导的抑制来预防治疗诱导的A3A突变可以延缓耐药的出现。因此，靶向治疗诱导A3A突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。抑制A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。因此靶向治疗诱导A3A突变可能促进非小细胞肺癌获得性耐药的发展。抑制A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。在DNA双链损伤形成时,H2AX的Ser139 位点会被迅速磷酸化,从而形成γH2AX，γH2AX可以作为双链修复的标志物。文章中作者通过免疫荧光技术，利用ECHO Revolve正倒置一体荧光显微镜进行免疫荧光观察。在奥希替尼治疗2周后，我们观察到PC9细胞中组蛋白变体H2AX的Ser139磷酸化水平升高（图1），说明TKI诱导的A3A突变导致基因组不稳定，促进耐药克隆的进化。将γH2AX映射到TKI处理的PC9细胞的细胞周期分布上显示，γH2AX最显著地定位于一个恢复细胞分裂并处于G2期的细胞亚群（图2），因此，TKI治疗诱导增殖耐药细胞中A3A催化的基因组损伤。▲图1：用1 μM奥希替尼处理PC9细胞0或14天，用γH2AX染色以量化DNA损伤。NT，没有处理；比例尺= 70μm。▲图2：左图是用1 μM奥希替尼处理PC9细胞14天，用EdU/DAPI染色以分辨细胞周期，代表G1、S、G2细胞 比例尺= 10 μm。右图是EdU细胞周期试验的散点图，用γH2AX定量DNA损伤。NT：未处理。作者的研究结果表明，TKI治疗后APOBEC突变信号的获取可能指示了耐药克隆的进化路径，并提供了一种新的机制，通过该机制，靶向治疗可能在治疗期间无意中增加了癌细胞的适应性突变。因此，阻止A3A的表达或酶活性可能是一种潜在的治疗策略，以预防或延迟获得性耐药的肺癌靶向治疗。参考文献：H Isozaki, Abbasi A , Nikpour N , et al. APOBEC3A drives acquired resistance to targeted therapies in non-small cell lung cancer. 2021.DOI:10.1101/2021.01.20.426852Revolve Gen 2正倒置一体电动荧光显微镜新一代Revolve正倒置一体电动荧光显微镜，拥有流行的触屏操控方式，配备智能荧光成像系统，将Z-Stacking全景深成像和DHR数字处理功能有机联合，提升分辨率告别照片模糊，为您打造全新的成像体验。

p 　　 strong 草案一 /strong /p p strong 　　DevelopingTargeted Therapies in Low-Frequency Molecular Subsets of a Disease /strong /p p style=" text-align: center " img title=" 001.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/e38e4fd0-771c-4640-8b50-8ba899f0fb2c.jpg" / /p p 　　在第一个名为《在分子低频突变的疾病中靶向治疗开展》的草案中(Developing Targeted Therapies inLow-Frequency Molecular Subsets of a Disease)，FDA指出在临床研究中针对某些疾病中某类基因突变率低的不同分子变化的一组患者，可以衡量药物治疗的获益与风险。FDA的这项草案就鼓励研究者在入组患者的时候能够针对不同靶标的变化来探索不同研究。 /p p 　　草案目的： /p p 　　1. FDA对如何将具有不同分子变化的患者纳入临床研究中的资格建议 /p p 　　2.对于一些疾病的分子突变发生低频时，如何评估靶向药物治疗的获益与风险。 /p p 　　证据：免疫治疗药物Keytruda (pembrolizumab)被FDA获批治疗多种高突变的瘤种，复发或进展的MSI-H或者dMMR实体瘤患者均可使用。Keytruda的获批针对了多瘤种，他的研究研究属于篮子研究，也就是不同六种选择同样标记物，MSI-H和dMMR。 /p p 　　本草案内容包括四部分： /p p 　　- 纳入临床试验的患者识别 /p p 　　- 普遍性发现 /p p 　　- 适应症获益与风险 /p p 　　- 细化目标人群/适应症获批后 /p p 　　||FDA局长Scott Gottieb说：“FDA需要新的方法去允许创新者去基于分子变化研发新的药物，而非用传统的检测方法进行药物研发。因为更多证据表明是在分子水平的变化驱动了疾病的发展。” /p p strong 　　草案二 /strong /p p strong 　　Investigation IVD Used in ClinicalInvestigations of Therapeutic Products /strong /p p style=" text-align: center " img title=" 002.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/db5df3a0-526f-490c-bed9-a9b673ed7886.jpg" / /p p 　　第二个草案名为《药物治疗研究中IVD的应用》，目前很多研究者并不明白体外诊断(IVD)在临床研究的使用其实是有风险的，会影响到药物疗效的结果。FDA担心研究者并未理解“许多IVD的使用在药物研究中起到了很重要的作用”，因此需要研究前进行研究设备豁免(IDE)。 /p p 　　做什么：草案中指出，研究者与伦理委员会在评估药物研究风险是，需要提交一个研究设备豁免(IDE)。 /p p 　　本草案内容包括： /p p 　　1. 简介：IVD与药物研究效果的关系 /p p 　　2. 背景：IVD在药物研究中的使用 /p p 　　3. 政策：IVD、IDE、评估IVD使用、对IRB和Sponsor的建议、共性问题等 /p p 　　4. 附录：IDE申请内容及FDA审批办法 /p p 　　FDA局长Scott Gottieb说：“最终这项草案将明确IVD在药物治疗研究中的应用法规路径，这很重要，因为和新型靶向治疗的开发直接关联，目前诊断检测确定的新靶标之前可能还没有法规标准。此次法案的目的是给‘药物与诊断系统‘规范一个流程，使得后续的研究更高效简便。“ /p

1月30日，COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果，快来看看，你家试剂是否会漏检~（1）开放阅读框ORF1a和ORF1b开放阅读框的ORF1a和ORF1b RNA通过基因组RNA合成，再接着分别翻译合成pp1a和pp1ab蛋白。这两种蛋白会被蛋白酶裂解，形成16个非结构蛋白。非结构蛋白会形成复制-转录复合物，使用正链基因组RNA为模板进行复制，然后形成新的病毒粒子基因组。通过转录翻译合成结构蛋白（S蛋白、E外膜蛋白、M膜蛋白、N核衣壳蛋白）。S蛋白、E蛋白、M蛋白进入内质网，N蛋白与正链基因组RNA结合形成核蛋白复合物。在高尔基体内完成病毒颗粒的组装，然后通过高尔基体和囊泡释放新生成的病毒到细胞外，进而感染别的细胞。从已上传的11组Omicron突变株的测序数据来看，ORF1b在P314L和I1566V这两位点全部发生了突变。 （2）S蛋白基因S蛋白是冠状病毒最重要的表面蛋白，与病毒的传染能力及发病机制等密切相关。S蛋白的主要功能是与宿主细胞表面受体结合，引起自身构象变化，使疏水性的融合肽与细胞膜接近并融合介导病毒进入细胞内。S蛋白基因也是目前Omicron突变最多的地方，从报告数据来看， 突变达到24处。 去年曾有新冠研究人员称，他们在新冠病毒的S蛋白（刺突蛋白）中发现了4个插入片段，这4个片段是新冠病毒（2019-nCoV）所独有的，其他冠状病毒中没有这些插入片段。然而，作者声称，所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。 HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。有学者推测此次发现的 Omicron变异毒株就是艾滋病毒和新冠病毒“碰撞”的结果。但是，该病毒是否从HIV患者体内进化而来，目前并无确切研究说明。 （3）E基因和N基因新冠病毒主要由结构蛋白和非结构蛋白组成，结构蛋白包括 E 基因编码的包膜蛋白、M 基因编码的膜蛋白、N 基因编码的核衣壳蛋白、S 基因编码的刺突蛋白。 N蛋白与病毒基因组ＲＮＡ相互缠绕形成病毒核衣壳，在病毒ＲＮＡ的合成过程中发挥着重要的作用。同时，Ｎ蛋白相对保守，在病毒的结构蛋白中所占比例最大。N蛋白基因在冠状病毒内相对保守，会和其他病毒基因有交叉，容易导致单基因阳性。而ORF1ab基因具有较好的特异性，同时检测两个基因能有效避免误诊。从已经上传的测序数据来看，E基因的突变仅有1处，N基因的突变有4处，是否会影响到具体试剂盒的检测性能，就要看各个厂家自己的探针和引物设计的位置了。如何确定是否会漏检？目前大家所关心的点在于Omicron的出现是否会导致现有的检测试剂盒出现漏检的情况，据业内人士反馈，IVD试剂企业会在拿到Omicron（奥密克戎）毒株的全基因序列之后，检查引物是否在 Omicron毒株的保守区域，如果与引物互补配对的新冠RNA序列没有碱基突变，那么引物可能不需要调整。 我国获批的实时荧光定量 PCR 法试剂盒检测靶标主要针对新冠病毒基因组开放性读码框 ORF1ab、N 基因、E 基因保守区域进行引物设计，从目前数据来看，这三个区域的突变位点并不是很多。另一方面，很多引物设计软件都可以预测核酸扩增效率（Omicron序列已知），通过生信分析+软件模拟即可大致确定是否会出现漏检，当然更严谨起见，通过合成包含Omicron毒株全基因序列的质粒，用自家试剂盒进行检测也是非常重要的，但实际PCR检测结果的因素有很多，是否会产生漏检还要看真实样本的检测情况了。

如果您持续关注全球新冠疫情，您可能知道截止2021年10月8日，全球确诊患者已高达236599025（https://covid19.who.int/）。您可能不知道的是，每年全球还有大约1-4亿人感染登革病毒（Dengue virus），仅出现症状的患者据估计就高达9600万。登革病毒是一种由蚊子叮咬传播的黄病毒，其主要传播媒介是埃及伊蚊（Aedes aegypti）及白纹伊蚊（A. albopictus），它们也是基孔肯雅热病毒、黄热病毒和寨卡病毒的传播载体。在过去50年间，登革病毒的感染率已增长30倍，目前全球128个国家和地区出现登革病毒感染，39亿人处于病毒威胁之下。登革病毒共有四种血清型（DENV-1~4），一种血清型的感染可能会加重其他血清型感染的几率，这是由于患者体内产生的低效或中效的抗体促进后续血清型病毒的感染，该现象称为ADE效应。目前一款名为Dengvaxia的疫苗已在部分国家获批用于九岁以上个体的预防，但仅建议曾有登革暴露史的患者使用。不过治疗性药物仍无获批，开发难点在于：药物应适于口服，并可快速降低病毒载量以阻止病程演进为重症，且应对四种血清型均有效。尽管困难重重，药物开发的进程从未停止，2021年10月6日，比利时科学家Marnix Van Loock和Johan Neyts团队合作在Nature发表题为A pan-serotype dengue virus inhibitor targeting the NS3–NS4B interaction的研究文章，公布一种名为JNJ-A07的抑制剂可以纳摩尔至皮摩尔浓度抑制4种血清型的21种登革病毒临床毒株；该分子不易产生耐药突变，靶向阻断病毒NS3和NS4B的相互作用从而阻止病毒复制复合体的形成；小鼠实验显示其具备优异的药代特征和良好的安全性，可起到预防效果，延迟给药时同样有效。该分子的类似物已进入后续开发。JNJ-A07类分子并非首次面世，事实上，该团队在2018年就已报道其先导化合物的合成和测试工作：通过体外细胞实验在约2000种候选药物中筛选到一种新型吲哚化合物，可有效抑制DENV-II型毒株感染细胞。在本次报道中，研究者首先确认JNJ-A07在Huh7、Vero、C6/36等多种细胞系中均能以纳摩尔至皮摩尔浓度发挥抗病毒作用，尤其是在非成熟的树突状原代细胞中同样有效的，这种细胞被认为是病毒入侵时的首要靶细胞。作者还发现JNJ-A07对4种血清型的21种登革毒株的半数效应浓度（EC50）均达到纳摩尔至皮摩尔级别，这21种临床毒株涵盖目前已知的所有登革病毒基因型，而JNJ-A07对其他多种黄病毒不存在抑制作用，因此是一款登革病毒特异性抑制剂。接下来是找靶点。作者发现只要在病毒的RNA合成尚未启动或未达检测线时，即使延迟向被感染细胞中加入JNJ-A07，抗病毒活性也没有明显减弱；而病毒RNA一旦起始合成，抗病毒活性即逐渐丧失。因此，JNJ-A07的作用指向病毒RNA合成机器。为确定靶点，作者进行了抗药突变株筛选实验，发现添加有化合物的连续传代培养中，DENV-2对JNJ-A07的耐药突变在第15周才可以检出，而完全突变株直到40周后才出现。经测序发现突变导致病毒NS4B基因上的三个氨基酸发生替换（在两组平行试验中，一组均出现L94F、T108I、T216N突变；另一组均出现V91A、L94F、T108I突变，部分出现F47Y、P104S、T216P突变），这一方面说明NS4B就是靶点，另一方面也表明JNJ-A07的耐药门槛很高。后续实验还发现，在人源细胞株中发生的突变位点会导致病毒无法在蚊子细胞中复制，换言之，即使在用药治疗时病毒产生耐药突变，突变株也几乎失去继续通过蚊子叮咬传播的可能。登革病毒的NS4B蛋白可以诱导内质网来源膜囊泡的产生，后者正是病毒复制发生之处；NS4B还可通过阻断IFN-α/β通路阻止宿主细胞抗病毒反应的建立。黄病毒的编码蛋白都是首先翻译成一条长多肽链，经宿主和病毒蛋白酶切割成熟；其中NS4B需经NS4A-2K-NS4B前体加工而来，病毒蛋白酶-螺旋酶复合体NS2B-NS3参与此过程。于是作者检测JNJ-A07对NS3-NS4B相互作用的影响，利用NS4B特异性的pull-down实验，发现在45倍的EC50浓度下JNJ-A07可以抑制95%的NS4B-NS3相互作用；而当病毒发生V91A、L94F、T108I、T216N突变时，JNJ-A07则几乎不再影响NS4B-NS3的相互作用。进一步实验还发现突变体V91A和T108I以剂量依赖型增强NS3-NS4B相互作用。JNJ-A07在体内的作用如何呢？作者首先在小鼠和大鼠中验证其具备良好的药代特征，在300mg/Kg剂量下连续口服给药15天时无副作用。然后，使用感染模型AG129小鼠攻毒DENV-2型RL毒株，通过每天两次口服给药，发现JNJ-A07可以剂量依赖地显著抑制脾、肾、肝等多种脏器中的病毒载量，IL-18、IFN-γ、TNF、IL-6等炎性因子水平接近恢复正常。接着，研究者测试JNJ-A07对致死剂量病毒（106 PFU）攻毒小鼠的保护效果，发现以30mg/kg剂量给药时，小鼠存活率达90%，即使以1mg/kg给药，存活率依然可达75%。在非致死剂量下，30、10、3 mg/kg给药均可使病毒RNA维持在检测线附近。最后，作者发现JNJ-A07兼具预防和治疗效果，在非致死剂量病毒感染4-5天后使用依然迅速产生抗病毒效果。故，JNJ-A07在小鼠体内显示出优异的抗病毒活性。目前的实验结果表明，JNJ-A07是一款高效的、泛血清型登革病毒抑制剂，靶向NS4B、不易产生耐药突变，在小鼠体内显示出良好的药代特征和安全性、可有效预防和治疗登革病毒感染，显示出不俗的开发前景。Nature杂志同期还发表了加州大学伯克利分校的Scott B. Biering和Eva Harris撰写的观点文章A step towards dengue therapeutics，介绍该研究取得的结论并展望其后续开发，同时指出JNJ-A07抑制NS4B的具体机制有待结构生物学研究，其是否可与其他抗病毒药物联用等问题仍有待进一步研究确认。JNJ-A07类似物在后续开发中能否取得理想结果？我们拭目以待。

安捷伦科技新一代测序靶向序列捕获系统 在两年内已被100 篇学术论文引用 2011 年8 月1 日，安捷伦科技公司（纽约证交所：A）宣布了用于新一代测序的SureSelect 靶向序列捕获系统自2009 年初面世后已被100 篇发表的学术论文引用，成为一个重要的里程碑。 第100 篇论文发表于2011 年7 月的《自然遗传学（电子版）》，作者是加拿大蒙特利尔大学卓越神经科学研究中心的Simon J. Girard 等人。研究人员利用SureSelect 全外显子试剂盒分析精神分裂症患者和他们健康的父母，从而确认突变。 Girard 说到：&ldquo 在高通量测序和外显子捕获时代以前，进行如此大规模的分析是根本不可能的。正是凭借SureSelect 试剂盒，我们能够捕获14 名精神分裂症患者的外显子并确认了15 个新生（de novo）突变。这些突变可视为是开创精神分裂症遗传学领域新纪元的重要标志。&rdquo 安捷伦应用与化学研发部主管Emily Leproust 表示：&ldquo 我们很高兴SureSelect 能迅速被遗传学领域所接受。我们推出首款商用液相靶向序列捕获产品才两年，SureSelect 就因其强大功能和高度灵活性成为市场上被论文引用次数最多的靶向序列捕获工具。我们非常乐于知道研究人员如何使用SureSelect 应对巨大难题。&rdquo 研究人员通过SureSelect 靶向序列捕获系统已经确认了和50 多种孟德尔疾病、10 种不同癌症类型以及其他复杂疾病比如精神分裂症和老年痴呆症相关的突变。这些研究所取得的突破性进展发表在影响力很大的期刊上，文中表明使用SureSelec 进行靶向重测序对于确认不同疾病相关的变异具有重要研究意义。 SureSelect 平台提供最全面的产品目录和定制捕获试剂盒，包括人、小鼠和其他模型生物的外显子试剂盒，灵活定制的DNA 或RNA 靶向序列捕获溶液，均可用于所有主要的新一代测序平台。此外，安捷伦还提供文库定量qPCR 试剂盒及其Bioanalyzer 系列产品进行新一代测序文库质量控制。安捷伦Bravo 液体处理系统实现了新一代测序工作流程自动化。 关于安捷伦SureSelect 安捷伦SureSelect 靶向序列捕获系统是一种溶液型杂交捕获技术，由安捷伦与麻省理工学院-哈佛大学博德研究所共同开发，研究成果随后刊登在《自然生物技术》上。该技术使研究人员能够将测序范围缩小到感兴趣的基因组区域，从而简化新一代测序。120-mer RNA 寡核苷酸能够可靠地捕获更多大小变异，包括SNP、CNV 和Indel，具有无与伦比的等位基因平衡。SureSelect XT 提供完整的靶向序列捕获工作流程，包括SureSelect 靶向序列捕获试剂盒、gDNA 提取试剂盒和文库构建试剂盒。还提供用于各个研究阶段的自动化友好的试剂。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500 名员工为100 多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

p 　　日前，《科学》子刊《科学· 转化医学》杂志刊载论文，报道我国哈尔滨医科大学申宝忠团队成功构建了一种PET(正电子发射计算机断层显像)成像的分子探针——18F-MPG。通过该探针能够实时、动态、精准识别肺癌EGFR(表皮生长因子受体)分型，指导临床靶向药物治疗的决策，预测并评价癌症靶向治疗效果。 /p p 　　研究团队发明了能与肺癌细胞内的特定蛋白结合的分子成像探针18F-MPG，利用探针，研究者们可以通过PET成像手段，在活体状态下捕捉到探针结合位置、数量，从而判断肺癌的EGFR分型状态以及动态变化，无创地筛选出能够接受EGFR分子靶向治疗的患者群。 /p p 　　“分子探针筛选出的靶向治疗敏感患者群治疗后平均肿瘤无进展生存时间是348天，而未筛选的患者群平均肿瘤无进展生存期是183天。”申宝忠教授介绍，数据表明，探针敏感的肺癌患者群有更好的治疗效果，更长的肿瘤无进展生存期及更佳预后，探针可用于靶向癌症治疗效果的预测。 /p p 　　“如果肺癌患者发生了颅内转移，目前常规的PET成像判断是不敏感的，而新探针18F-MPG在正常脑组织内无摄取，在EGFR 突变的转移瘤内高摄取，可以实现颅内转移的精确诊断。”申宝忠教授表示，安全性方面，受试者中无一例发生副反应。 /p

p 　　据多家媒体报道，武汉大学药学院教授刘天罡，武汉大学人民医院教授李艳、余锂镭，武汉臻熙医学检验实验室有限公司总负责人付爱思博士等组建的联合团队开发了纳米孔靶向测序检测方法(Nanopore Targeted Sequencing， NTS)，能够大幅提升病毒阳性检出率，并能实现当天同时检测新冠病毒和其他10类40种常见呼吸道病毒并监测病毒突变，有助于破解临床疑似病例难以确诊的问题。 br/ /p p 　　据介绍，NTS技术不局限于中国或美国疾病控制中心(CDC)目前在qPCR方法中推荐的位点，而是将检测范围扩大到9个基因、12个位点，近10 kb区域，全面覆盖病毒基因组上主要基因区域，100%覆盖病毒基因组上毒力相关的重要基因，检测病毒基因组范围提升100倍，从而显著提高检测敏感性和准确性。而qPCR方法仅针对病毒基因组上2-3个位点进行检测分析，覆盖& lt 0.5%病毒基因组，样本在采样、存储、检测过程发生中稍有偏差，会导致仅针对少数基因位点的PCR检测手段的效率降低，甚至漏检，造成“假阴性”，且检测区域一旦发生变异，会造成检测结果失效。 /p p 　　“核酸检测好比是用狙击枪瞄准样本中的病毒核酸，有可能击不中，而新方法则是撒十几张网，捕获病毒核酸的概率大大增加，而且在捕获的同时读出序列。”刘天罡说：“从收到样本到出具结果，全程控制在6—10小时”，首次实现测序后4小时内高敏感性、高准确性检测新型冠状病毒。 /p p 　　此外，新的检测方法还可以检测其他10类呼吸道病毒，包括博卡病毒、鼻病毒、人间质肺病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、腺病毒、副流感病毒、甲型流感病毒、乙型流感病毒和丙型流感病毒等。这样便于分类管理，快速确定诊疗方案。据介绍，该检测方法还有一个优势就是能够监测病毒突变情况，为疫情监测提供可进行诠释和实时的流行病学信息。该技术所需的纳米孔测序平台对实验室要求不高，适合在医院和CDC等实验室开展。 /p p 　　据悉，团队将在预印版平台medRxiv发表题为Nanopore target sequencing for accurate and comprehensive detection of SARS-CoV-2 and other respiratory viruses(《纳米孔靶向测序精准全面检测新冠病毒以及其他呼吸道病毒》)的研究论文。 /p p br/ /p p br/ /p

肺癌是最常见的癌症类型,肺癌病例的85%为非小细胞肺癌(NSCLC)。非小细胞肺癌中一个极其重要的驱动突变基因是表皮生长因子受体(EGFR),大约三分之一的肺腺癌中都发现了其突变。EGFR突变可以赋予肿瘤细胞更强的CD8+T细胞的抑制功能，EGFR突变的肺腺癌亚型（EGFR MT）在TME中的B7-H4表达增强，CD8+ TILs功能降低，这与抗PD-1疗法的不良反应有关。最近，越来越多的临床研究将 B7-H4 作为肿瘤免疫治疗策略的靶点。近日，苏州大学药学院章良课题组在Cancer Letters发表题为“The deubiquitinase USP2a promotes tumor immunosuppression by stabilizing immune checkpoint B7–H4 in lung adenocarcinoma harboring EGFR-activating mutants”的文章，研究了去泛素化酶 USP2a 在肺腺癌中的作用，特别是其如何通过稳定免疫检查点 B7-H4 来促进肿瘤免疫抑制，提供了一个潜在的肿瘤治疗靶点。这项研究发现，B7–H4 是一个关键的免疫检查点，能够抑制 CD8+ T 细胞的活性。目前正在进行一项临床试验，研究 B7–H4 作为潜在免疫治疗剂的作用。然而，B7–H4 通过泛素-蛋白酶体途径（UPP）降解的调控机制仍然不清楚。在这项研究中，我们发现蛋白酶体抑制剂有效地增加了 B7–H4 的表达，而 EGFR 激活突变体通过 UPP 促进了 B7–H4 的表达。通过进一步研究 USP2a 在体内肿瘤生长中的作用。发现在免疫健全的 C57BL/6 小鼠肿瘤模型中，USP2a 的缺失促进了 CD95+CD8+ 效应 T 细胞的浸润，并通过破坏 B7–H4 的稳定性阻碍了 Tim-3+CD8+ 和 LAG-3+CD8+ 耗竭 T 细胞的浸润。临床肺腺癌样本显示，B7–H4 的丰度与 USP2a 的表达显著相关，表明 EGFR/USP2a/B7–H4 轴对肿瘤免疫抑制的贡献。实验部分文章使用TissueGnostics公司TissueFAXS Spectra全景多光谱组织扫描定量分析系统获取图像。通过Tissue Cytometry技术获得了精准的单细胞定量结果、空间定量数据及蛋白表达水平的量化。Panel 1：EGFR、Cyclin D1、PCNA、Ki67、DAPIPanel 2：EGFR、CD8、PD-1、TIM-3、LAG-3、DAPIPanel 3：：EGFR、CD8、CD137、CD95、CD69、DAPITissue Cytometry技术，也称为组织细胞定量分析技术，是一种先进的组织成像和分析方法，不仅能帮助临床医师更深入地理解肿瘤的生物学特性，还能提升科研能力和效率，克服科研过程中的挑战。01肿瘤微环境中的作用文章中提到USP2a通过去泛素化作用稳定B7-H4，从而促进肿瘤免疫抑制。利用Tissue Cytometry技术，作者可以定量分析肿瘤组织中B7-H4的表达和分布，深入理解其在肿瘤微环境中的作用；为研究B7-H4与其他免疫细胞（如CD8+ T细胞）的关系，Tissue Cytometry技术在一张病理切片中同时检测多个标记物，提供多参数分析，帮助揭示这些复杂相互作用；研究USP2a的敲除影响了肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用时，作者借助Tissue Cytometry技术的空间分析功能，揭示了免疫细胞在肿瘤微环境中的空间分布，这对于理解免疫细胞如何参与肿瘤免疫调节至关重要。02高通量自动化的分析Tissue Cytometry技术拥有国际领先的组织切片原位定量分析思路、算法与验证工作流，参与使用Tissue Cytometry技术的项目，临床医师可以通过实际操作提升其科研技能，特别是关于组织成像和定量分析的技能。使用该技术能够处理来自大量患者的样本，使得研究更具代表性和统计学意义，对于研究如肺腺癌这样具有高度异质性的疾病尤为重要。利用TissueFAXS Cytometry技术的自动化和高通量分析能力，临床医师可以更高效地处理大量样本，从而在繁重的临床工作之余，还能有效进行科研工作。尽管资金是科研的一大挑战，但以Tissue Cytometry技术作为数据深入分析的基础，提供的高通量和高精度分析可以在有限的预算内产生更多的研究成果，在科研项目中提高资金的使用效率。03提升多学科交叉合作，帮助临床拓宽科研领域，打开合作思路文章中的研究表明，USP2a的作用涉及多个生物学领域，如分子生物学、免疫学和肿瘤学等，这些也同样是Tissue Cytometry技术的应用范畴。利用Tissue Cytometry技术，临床医师可以更容易地与其他领域的专家合作，共同解决复杂的医学问题。相比之下，Tissue Cytometry技术发表文章的影响因子普遍较高，研究结果具有国际影响力，利用该技术，临床医师可以与国际同行分享和讨论研究数据，提升研究的国际认可度。Figrure1. USP2a 可促进免疫缺陷裸鼠的肿瘤增殖(F) 具有代表性的裸鼠肿瘤多色染色图在裸鼠体内形成的肿瘤的代表性多色染色：表皮生长因子受体（绿色）、细胞周期蛋白 D1（红色）、PCNA（灰色）、Ki67（紫色）、SN470（蓝色）。(G) EGFR+ 肿瘤细胞中 Cyclin D1+ EGFR+、Ki67+ EGFR+、PCNA+ EGFR+ 的百分比统计。Figure2. USP2a在免疫健全的C57BL/6小鼠中促进肿瘤免疫抑制，B7-H4参与这一过程。(B) 代表性多色染色显示耗竭的CD8+ T细胞标志物：EGFR（绿色）、CD8（红色）、PD-1（灰色）、Tim-3（黄色）、LAG-3（紫色）、SN470（蓝色）。(C) 统计了EGFR+肿瘤细胞和CD8+ T细胞在所有细胞中的百分比。(D) 类流式散点图显示了肿瘤浸润的Tim-3+CD8+、PD-1+CD8+和LAG-3+CD8+ T细胞的百分比。统计分析显示三组之间浸润的Tim-3+CD8+ T细胞百分比存在显著差异。(E) Tim-3+CD8+和LAG-3+CD8+ T细胞在EGFR+肿瘤细胞距离梯度（0–5 μm、5–10 μm、10–20 μm和20–100 μm）内的空间分布。(F) 代表性多色染色显示效应CD8+ T细胞标志物：EGFR（绿色）、CD8（红色）、CD69（灰色）、CD137（黄色）、CD95（紫色）、SN470（蓝色）。(G) 类流式散点图显示了肿瘤浸润的CD69+CD8+、CD137+CD8+和CD95+CD8+ T细胞的百分比。统计分析显示三组之间浸润的CD95+CD8+ T细胞百分比存在显著差异。(H) CD95+CD8+ T细胞在EGFR+肿瘤细胞距离梯度（0–5 μm、5–10 μm、10–20 μm和20–100 μm）内的空间分布。

p style=" text-indent: 2em " 二代测序技术，也称为高通量测序技术，一次可对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定。靶向捕获测序技术是二代测序技术衍生出来的一个重要分支，只对感兴趣的目标基因进行扩增测序，能够更高效经济地测定DNA序列。靶向捕获建库是测序流程中的重要环节，目前具有代表性的方法是罗氏Nimblegen序列捕获芯片、安捷伦Sureselect基于液相靶向捕获系统和基于多重PCR扩增的基因捕获系统。 /p p 　　目前常用的靶向文库制备方法多样，但在捕获均一性、中靶效率、操作流程、检测成本等方面需要改进。基于PCR扩增引物设计的灵活性及简单的操作流程，多家公司开发了多重PCR扩增的捕获体系。多重PCR扩增体系通过多对引物对基因组进行扩增捕获，但随着引物增加时，扩增引物之间或引物与微量扩增模板之间的相互作用会降低扩增效率。微液滴数字PCR作为一种新兴的检测技术，通过数以万计的微液滴将扩增模板分散到不同微液滴中，降低引物对模板的竞争作用，实现对微量模板如循环肿瘤DNA等有效扩增，获得更高的捕获效率(如下图所示)。 /p p style=" text-align: center" img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/bcef21ce-bed4-40fb-8419-d1eaccc0b6f0.jpg" title=" 1.jpg" alt=" 1.jpg" / /p p 　　Tewhey最早将微液滴数字PCR平台应用于靶向捕获测序中，该研究先制备包含不同扩增引物和打断基因组DNA的微液滴库，然后将两种不同液滴按照1:1比例融合，PCR扩增后完成捕获(如下图所示)。该方法通过微液滴将不同引物进行分隔，避免了引物之间的竞争作用，提高了目标序列捕获的特异性和均一性。研究结果表明微液滴数字PCR技术适用于高通量测序的文库构建。 /p p style=" text-align: center" img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/501f40e0-1a28-4973-a941-ed9813c483cf.jpg" title=" 2.jpg" alt=" 2.jpg" / /p p 　　Taylor建立了Digital Deletion Detection(3D)检测方法，通过微液滴数字PCR技术最低可对10-8频率的线粒体DNA突变进行检测。该方法在PCR扩增后将微液滴打破进行测序分析。数字PCR使目标模板在微液滴中进行均一的扩增，提高了对稀有分子的捕获效率。 /p p style=" text-align: center" img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/eeedc0e0-6d46-4404-a3c0-94b7104c6145.jpg" title=" 3.jpg" alt=" 3.jpg" / /p p 　　微液滴数字PCR技术在遗传病检测、肿瘤液态活检等领域中已经成为极具竞争优势的检测方法。数字PCR技术的下一个爆发点是应用于靶向测序领域，如测序文库的精准定量、靶向捕获扩增等，展示出令人兴奋的结果。微液滴数字PCR与高通量测序技术的完美融合，将更好地推进精准医疗的进步。 /p

安捷伦科技推出用于生物标记物发现的表达激酶组研究的靶向序列捕获系统 该系统可帮助研究人员寻找新的癌症疗法和药物靶标 2010年10月，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出SureSelect激酶组靶向序列捕获试剂盒，帮助研究者实现针对表达激酶（激酶组）的新一代测序研究。科研人员逐渐发现，人体内的激酶不仅是一个丰富的生物标记物来源，还是治疗癌症和其他疾病的潜在药物靶标。 这种由荷兰癌症研究所Antoni van Leeuwenhoek医院的Rene Bernards博士开发的新型分析试剂盒，能够特异性地捕获500余种已知激酶基因以及一些癌症基因和非翻译区。 &ldquo 能够同时研究大约500种激酶基因，其优势是显而易见的，通过这种方法我们可以了解激酶突变情况及其与疾病状态的关联关系，从而为在日后实现为每个癌症患者制定个性化的治疗方案提供可能，&rdquo Bernards博士说道，&ldquo 通过在SureSelect研究获得的信息，我们可以更好地将患者群分层，为他们提供特定的靶向治疗方案。因为这些激酶基因的突变通常是反映病人对癌症靶向治疗应答效果的重要生物标记物，所以我们可以借助该试剂盒对激酶进行更深入的研究。通过集中精力研究有限的基因，我们能够将测序深度最大化，并且大幅降低总体测序费用。&rdquo &ldquo 通过与Bernards博士携手合作，安捷伦成功推出了人类激酶组试剂盒，该产品能够全面富集激酶和激酶相关基因，&rdquo 安捷伦应用与化学研发基因组学中心主任Emily LeProust博士说道，&ldquo 该试剂盒使科学家能够高效地绘制整个基因组的突变，加速生物标记物的发现，并实现对患者群更合理的分层。&rdquo SureSelect 激酶组靶向序列捕获试剂盒以安捷伦高度成熟的SureSelect平台为基础，后者可以仅针对目标基因组区域进行测序，从而大大简化了实验流程。仅今年一年，在涉及各类遗传性疾病研究的论文中，就有8篇引用了SureSelect靶向序列捕获系统。 安捷伦SureSelect靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的的靶向富集产品以及针对多种不同测序方法和平台的最优化方案。SureSelect产品线目前包括16种产品，更多产品正在开发当中。SureSelect产品可实现在单管中富集从200 Kb到50 Mb的靶向序列。本方案除了可以支持Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持SOLiD系统上的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。 用户使用安捷伦eArray xD桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而提高研究效率。安捷伦还提供eArray在线设计工具，用户使用该工具可定制和安捷伦目录SureSelect试剂盒类似的产品，例如SureSelect人全外显子系列产品。SureSelect系列产品均可采用安捷伦自动化解决方案中的机器人系统，实现高度的流程自动化。 要了解更多信息，请访问www.agilent.com/genomics/sureselect 和www.agilent.com/genomics/earray 安捷伦科技公司简介 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的18,500名员工在100多个国家为客户服务。2009财政年度，安捷伦的业务净收入为45亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

大家好，本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章，mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation1，文章的通讯作者是威斯康星大学麦迪逊分校的李灵军教授和国家蛋白质科学中心的常乘、贾辰熙教授。　　蛋白质精氨酸甲基化是一种广泛存在于真核生物中且相对保守的翻译后修饰，参与包括RNA加工、DNA修复、染色体组织、蛋白质折叠和基因表达在内的多种生物学过程。蛋白质精氨酸二甲基化在生物过程和人类疾病中发挥着重要作用，但与此同时，精氨酸二甲基化的相对丰度和化学计量通常很低，并且表现出较宽的动态变化范围，这些问题都给分析带来了巨大的挑战。在这篇文章中，作者设计了一种用于二甲基精氨酸代谢标记的mNeuCode标签，并开发了一个名为NeuCodeFinder的软件工具，用于在MS全扫描中筛选NeuCode信号，从而能够在蛋白质组范围内对蛋白质二甲基化进行靶向LC-MS/MS分析。作者将该方法应用到HeLa细胞精氨酸二甲基化的全蛋白质组分析中，证实了该方法的有效性：在70种蛋白质上鉴定到176个精氨酸二甲基化位点，其中38%是新位点。　　图1 用于细胞培养代谢标记的mNeuCode的化学设计。含有由稳定同位素标记的甲硫氨酸和精氨酸的不同组合的mNeuCode-I(红色)和mNeuCode-II(蓝色)分别用于两组细胞培养。同位素标记的甲硫氨酸经过代谢转化为甲基供体S-腺苷甲硫氨酸(AdoMet ),随后由蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMT)催化转移到精氨酸侧链的甲基上。细胞裂解后，将两种样品混合并制备用于高分辨率LC-MS分析。含有二甲基精氨酸的肽的NeuCode同源物被解析后，将显示出43 mDa的质量差异并作为诊断峰。　　图2 基于mNeuCode的精氨酸二甲基化靶向蛋白质组分析。(A)NeuCodeFinder从高分辨率质谱数据中筛选NeuCode同位素峰对的工作流程。从原始数据文件中提取全扫描质谱。单峰被配对以形成NeuCode等值线簇。最终的NeuCode对列表与提取的离子色谱(XIC)值一起导出。(B)靶向LC-MS/MS分析的工作流程，包括样品制备、富集以及MS1和MS2分析。　　在mNeuCode-I标记组中，使用含有正常L-精氨酸和同位素标记L-蛋氨酸[D3]的培养基 在mNeuCode-Ⅱ标记组中，则使用同位素标记的L-精氨酸[15N4]和L-甲硫氨酸[13C]进行培养(图1)。收集两组全细胞蛋白提取物并等量混合，蛋白经还原烷基化与酶切后，得到的肽段通过StageTip分级分离和HILIC tip富集，以提高样品肽段的识别率。处理的样品先进行LC-MS全扫描，通过作者的自制软件NeuCodeFinder生成包含列表，此包含列表用于辅助进一步的平行反应监测(PRM)模式分析(图2)。　　　　图3 已鉴定的精氨酸甲基化位点的生物信息学分析。(A)鉴定的精氨酸二甲基化位点和(B)精氨酸二甲基化蛋白质。橙色柱表示未报道的精氨酸二甲基化位点或蛋白质。绿色柱表示只有单甲基化是已知的，但是二甲基化还没有报道。(C)韦恩图显示，通过使用胰蛋白酶和镜像胰蛋白酶作为消化试剂，从两组实验中鉴定的精氨酸二甲基化位点。(D)蛋白质上位点数目的分布。每个蛋白质上精氨酸二甲基化位点的数量显示在饼图周围，蛋白质的数量列在饼图中。鉴定的精氨酸-二甲基化蛋白质的(E) GO富集和(F)KEGG途径分析。(G)使用STRING数据库将二甲基化蛋白质映射到蛋白质相互作用网络上。综合得分 0.4。(H)已鉴定的精氨酸二甲基化位点中-6和+6氨基酸残基的序列标志。　　通过对数据结果的分析，最终共鉴定到70种蛋白质上的176个精氨酸二甲基化位点，其中37-38%的精氨酸二甲基化位点是新的修饰位点，29%的精氨酸二甲基化蛋白没有被报道过，这证明了mNeuCode方法的有效性。与常规的鸟枪法蛋白质组学策略所获得的数据相比，mNeuCode方法在鉴定低丰度精氨酸二甲基化肽方面具有独特的优势，并且能够补充许多传统鸟枪法蛋白质组学所无法鉴定到的精氨酸二甲基化位点。对mNeuCode方法鉴定到的精氨酸二甲基化蛋白进行生物信息学分析后，发现这些蛋白质主要与RNA的加工、剪接和稳定性相关，参与了RNA的代谢过程。　　图4 FAM98A上精氨酸二甲基化位点的突变抑制了细胞迁移。(A)通过蛋白质印迹检测FAM98A在HeLa细胞中敲除和重建的效果。用siFAM98A-1和siFAM98-2沉默HeLa细胞，然后用Flag标记的WT或突变的FAM98A质粒重建。Anti-FAM98A显示内源性FAM98A的干扰。Anti-Flag显示外源FAM98A的重建。(B)图像和(C)柱状图显示了HeLa细胞的细胞迁移。　　FAM98A是一种微管相关蛋白，与结直肠癌和非小细胞肺癌的增殖有关。有研究者发现FAM98A是PRMT1的底物，但未能确定确切的甲基化位点。而在作者的研究结果中，成功鉴定到FAM98A上五个新的精氨酸二甲基化位点。为了验证这些二甲基化位点是否参与细胞迁移的调节，作者使用FAM98A敲除和FAM98A WT或突变重建细胞系进行了伤口愈合试验。将HeLa细胞的FAM98A基因敲除后，分别用WT或突变的flag-FAM98A重建FAM98A沉默细胞，其中突变的flag-FAM98A将二甲基化位点R351、R360、R363、R371和R375突变为赖氨酸以抑制甲基化。实验结果显示，当FAM98A基因被敲除时，细胞的迁移能力受到抑制，WT FAM98A的重建挽救了FAM98A敲除导致的细胞迁移缺陷，但是突变型FAM98A的重建却不能挽救。该结果证实了FAM98A上的二甲基化位点在细胞迁移中起到的作用。　　总之，在这篇文章中作者发明了一种mNeuCode方法，并开发了NeuCodeFinder软件，使得能够以全蛋白质组的方式进行精氨酸二甲基化的靶向MS/MS分析。实验结果证明了mNeuCode技术对于精氨酸二甲基化的靶向蛋白质组分析的能力和有效性，并证实HeLa细胞FAM98A上新的精氨酸二甲基化位点在细胞迁移调节中的功能，有助于更好地理解癌症发展的潜在机制，为蛋白质组分析的方法学提供了新的思路。　　撰稿：梁梓欣　　编辑：李惠琳　　文章引用：mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation　　李惠琳课题组网址www.x-mol.com/groups/li_huilin　　参考文献　　Wang, Q., Yan, X., Fu, B., Xu, Y., Li, L., Chang, C., & Jia, C. (2023). mNeuCode Empowers Targeted Proteome Analysis of Arginine Dimethylation. Analytical chemistry

近日，重庆陆军军医大学西南医院病理科&西南癌症中心研究所卞修武院士和王岩教授研究团队在胶质母细胞瘤（Glioblastoma，GBM）的治疗策略方面取得了新的进展，相关研究成果已发表在Nature子刊“Signal Transduction and Targeted Therapy”（IF= 18.005，JCR1）。△ 图1Nature子刊《Signal Transduction and Targeted Therapy》（IF:18.187,JCR 1区）胶质瘤是最常见的脑肿瘤，2016年世界卫生组织(World Health Organization，WHO)将其分为四级(I-IV)。数字越大，恶性程度越高，预后越差，其中，GBM属于IV级。GBM恶性程度高、侵袭性强，患者的平均生存期约为15个月，5年生存率不到5%，因此，探究GBM的发生、发展机制，寻找复发相关的分子标志物，针对相关靶点进行转化研究，具有重要的意义。在临床上，大多数GBM患者(约90%)被诊断为野生型IDH1/2，定义为原发或新发的GBM；大约10%的GBM患者携带IDH1/2突变，定义为继发性GBM。根据癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas，TCGA)中脑胶质瘤基因转录组，可以将GBM分为4种亚型：前神经元型、神经元型、经典型、间质型。经典型以EGFR基因扩增/突变为特征，前神经元型主要表现为PDGFRA（Platelet-derived growth factor receptor α）突变或IDH1/2 突变，间质型主要存在神经纤维蛋白1(Neurofibromatosis type 1，NF1 )突变。血小板衍生生长因子受体α（PDGFRA） 和受体β（PDGFRB） 属于受体酪氨酸激酶（Receptor tyrosine kinase，RTK）家族，并作为血小板衍生生长因子（Platelet-derived growth factor，PDGF）的受体发挥作用。哺乳动物中的四种 PDGF 基因（PDGFA、PDGFB、PDGFC 和 PDGFD）分别编码四种肽（PDGFA、PDGFB、PDGFC 和 PDGFD），它们形成五种功能同源或异源二聚体：PDGF-AA、PDGF- AB、PDGF-BB、PDGF-CC 和 PDGF-DD。研究发现PDGFA 和 PDGFRA 在胶质瘤发生和进展中起关键作用。实验也表明，PDGFA 和 PDGFRA 的过表达成功地诱导了小鼠模型中GBM的发育，这些结果表明PDGFRA 在GBM中的关键作用，并将 PDGFA/PDGFRA 轴确定为 GBM 的潜在治疗靶点。虽然已经开发出几种针对 PDGFRA 的抗肿瘤药物，体外和体内的数据也支持靶向PDGFRA对GBM细胞的有效抑制作用，然而，单一PDGFRA抑制剂的临床试验均未显示出抗肿瘤作用。基于上述背景，研究人员对GBM 中 PDGFA 和 PDGFRA 的调控机制进行了详细研究。首先开展的实验数据表明，PDGFRA 的活性或表达缺陷并没有有效地阻断PDGFA活性，所以推测PDGFRA 可能不是 PDGFA 功能所必需的。为了分析参与 PDGFA 功能的蛋白质，研究人员进行了免疫共沉淀 (Co-IP) 和质谱 (MS)实验，并首次描绘了 PDGFA 相关蛋白网络。令人惊讶的是，实验结果表明，即使没有激活 PDGFRA 和 AKT，EPHA2 也可以被 PDGFA 暂时激活。此外，MS、Co-IP、体外结合热力学（In vitro binding thermodynamics）和邻近连接实验（Proximity ligation assay）都一致地证明了EPHA2与PDGFA的相互作用，EPHA2的高表达导致 TCGA-GBM 数据库和临床 GBM 样本中 PDGF 信号靶标的上调。由于 PDGFA 诱导的 EPHA2 活化，通过抑制剂阻断 PDGFRA 不能有效抑制 GBM细胞的增殖，但同时抑制 EPHA2 和 PDGFRA后，在体外和体内的实验结果都显示出对GBM 细胞的协同抑制作用。因此，靶向PDGFRA 和 EHA2的双重抑制剂有望作为未来GBM的治疗新策略。△ 图2 PDGFRA和EPHA2联合抑制对GBM细胞的协同抑制作用。a、MTT实验测量过表达EPHA2（左）或敲低EPHA2（右）的LN18细胞的IC50。b、抗体阵列分析载体、EPHA2抑制剂(ALW)和PDGFRA抑制剂(IMA)处理的LN18细胞，显著变化的蛋白质用框架标记并单独列出。c、MTT实验评价联合药物在四种GBM细胞株的作用。d、载体、IMA、ALW 或 IMA + ALW 处理过的 U251 细胞原位生长的代表性图像（使用博鹭腾AniView100多模式动物活体成像系统拍摄）。e、生物发光信号强度绘制的肿瘤大小统计图。f、载体、IMA、ALW或IMA+ALW治疗的小鼠原位GBM肿瘤组织切片上Ki67的代表性免疫组织化学图像。论文链接https://www.nature.com/articles/s41392-021-00855-2广州博鹭腾博鹭腾作为一家集生命科学仪器设备的研发、生产、服务于一体的国家高新技术企业，目前已开发并上市了多款具有自主知识产权的产品，形成了活体成像、分子影像、蛋白凝胶预制及印迹处理系统、发光检测四个系列，用户包括清华大学、中山大学、西北农林科技大学等上百家高校及科研单位。

安捷伦科技针对模式生物，推出世界首款 商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒 2011 年 1 月 19 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出 安捷伦 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒，这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统，用以简化下一代测序实验。 日本 RIKEN 研究所使用安捷伦的 SureSelect 人全外显子试剂盒，取得了优异成果。在此基础上，安捷伦与该所的 Yoichi Gondo 博士联手开发了小鼠外显子靶向序列捕获产品。 Gondo 博士说：&ldquo 我们非常高兴有机会与安捷伦共同开发这一创造性的新产品。我们使用自己的 ENU-诱变的小鼠基因组样品对这一新产品进行了测试，该基因组中大约每 1Mb 就有一个位点出现 ENU 诱导的突变。使用 SureSelect 小鼠全外显子试剂盒，在第一次试验中就找到了 61 个 ENU 诱导的突变，这远远超出了我们的预期。&rdquo 安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道：&ldquo 人类外显子靶向测序方法已被公认为是遗传学中一种非常强大的研发工具，而安捷伦推出的用户自定义 SureSelect 试剂盒和人外显子 SureSelect 试剂盒系列产品凭借目前在业界遥遥领先的文献引用记录，当仁不让地走在了这一轮发现大潮的最前方。小鼠作为一种模式生物，在人类疾病研究中一直扮演着重要的角色，因此小鼠外显子靶向序列捕获试剂盒的研发便顺理成章地成为我们积极的 SureSelect 产品战略的下一步重要举措。&rdquo SureSelect XT在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备以及基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化系列产品搭配使用，用户即可畅享高性能靶向富集方案所带来的超高效率的和前所未有的便捷操作。 随着 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒的推出，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类增至 34 种（首款SureSelect试剂盒于 2009 年 2 月推出）。目前已有超过 25 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集完整解决方案以及针对多种不同测序方法和平台的最优化分析流程。SureSelect XT 产品可用于在单管中富集从 200 Kb 到 50 Mb 的目标序列。 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化工作流程。结合先进的下一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。在过去，文库制备和靶向富集一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量的样品处理，安捷伦提供了综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 本方案除了可以支持 Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持 SOLiD 系统的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。最近，SureSelect 平台还进一步扩展到 Roche 454 系统，从而可以为所有三大下一代测序主流平台的用户提供SureSelect 全线产品（包括用户自定义产品和目录产品）。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任何目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可定制与安捷伦目录 SureSelect 试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 小鼠全外显子系列产品。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为 54 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

p & nbsp & nbsp & nbsp CRISPR具有改变DNA的力量。 /p p 　　CRISPR基因编辑技术会导致上千个不想要的突变吗?这是一项小鼠研究提出的问题。 /p p 　　基因编辑的想法是改变细胞基因组中某个单一的DNA序列，而不触及其他的基因组序列。然而，实际上，每个基因编辑方法有时候都会导致不希望的改变。 /p p 　　如果不希望改变的基因比率较低，这并不是什么问题，因为大多数突变都没有影响。但一些特定的基因变异却会导致癌症，因此，CRIPSR技术的安全性取决于它产生的脱靶变异宾律有多高。 /p p 　　如果说CRISPR技术存在不希望的突变，大多数研究发现的突变都很少。然而，几乎所有这些研究都是通过预测它们可能会是什么来寻找脱靶变异，然后了解是否能够找到变异。 /p p 　　美国哥伦比亚大学医学中心的Stephen Tsang和团队现在利用一个更加广泛的方法，测序两只经过CRISPR技术编辑的小鼠的基因，并将其与未经过基因编辑的控制组进行对照。他们通过这种方法在两只基因修饰小鼠中鉴定出超过1000个普通基因突变，并认为这是由CRISPR技术导致的。 /p p 　　Tang表示，这是一项极小的研究，他们尚不知晓其他的团队如果用同样的技术是否能够得到类似的结果。 /p p 　　即便这些结果可以重复，问题是还要利用这一案例中采用的具体的CRISPR技术。即便进一步实验表明利用CRISPR技术大体上存在问题，这应该仍然是可以解决的。其他团队已经改变了CRISPR/Cas9系统以减少脱靶变异的风险，此外还有很多潜在的选择性蛋白在利用CRISPR时可能会产生更少的不希望的效应。 /p p 　　尽管Tsang和同事表示，他们依然对CRISPR技术表示乐观，他们还是希望其他研究人员利用自己的方法确保脱靶变异被找到，如果可能的话采用一些方法避免过多的突变。 /p p 　　“这将会进入临床试验，并且正在被应用到作物上。”Tsang说，“或许美国农业部和食药监局应该在批准人类和食品CRISPR指导规范之前先获得我们的方法。” /p p /p p /p

有投资者向中源协和(600645)提问， 请问中源维康试剂盒临床试验，截止目前进展如何?　　公司回答表示，投资者，您好。北京中源维康基因科技有限公司持续推进核酸质谱肺癌、结直肠癌靶向药筛查试剂盒临床报批工作。目前人循环肿瘤DNA多基因突变联合检测试剂盒于2020年通过注册检验后，完成入组样本近70%，进展顺利，该试剂盒核心技术于2021年获得发明专利授权 人6基因突变组织样本试剂盒于2021年4月19日取得注册检验合格报告 由中国医学科学院肿瘤医院牵头、北京市胸科医院、南京市鼓楼医院、河南省肿瘤医院4个临床中心均获得委员会批准和临床协议签署，并已获得人类遗传办公室审批，现已启动临床试验。　　中源协和公司主要业务包括“精准预防”领域的细胞检测制备及存储 “精准诊断”领域的体外诊断原料、体外诊断试剂和器械的研产销，生物基因、蛋白、抗体等科研试剂产品，以及基因检测服务 “精准治疗”领域的干细胞、免疫细胞临床应用的研发等 形成“精准医疗”产业链。公司主要产品和服务包括：(1)细胞检测制备和存储服务：包括脐带血造血干细胞、脐带间充质干细胞、胎盘亚全能干细胞、免疫细胞、脂肪干细胞及牙源干细胞的检测、制备与存储服务。(2)体外诊断业务：包括单克隆抗体及多克隆抗体产品等的体外诊断原料 以及Ⅰ类、Ⅱ类、 Ⅲ类体外诊断试剂和医疗器械的研发、生产、销售。覆盖了生化诊断、免疫诊断、分子诊断、POCT 等。(3)生物基因、蛋白、抗体，医药中间体、实验用综合剂的研发、生产、销售。(4)基因检测服务：包括针对孕期的无创产前基因检测 针对儿童及成人的安全用药指导基因检测、疾病遗传基因检测、疾病易感基因检测等。　　精准诊断板块，公司继续加大抗体和蛋白产品的研发，推出新产品，加大市场推广力度，美国科研市场抗体产品和蛋白产品增长较快，病理诊断方面，继续推动全自动免疫染色系统 UltraPATH 装机，报告期内新装机 47 台，促进业务实现快速增长。分子诊断方面，北京中源维康基因科技有限公司持续推进核酸质谱肺癌、结直肠癌靶向药筛查试剂盒临床报批工作。目前人循环肿瘤 DNA 多基因突变联合检测试剂盒于 2020 年通过注册检验后，完成入组样本近 70%，进展顺利，该试剂盒核心技术于 2021 年获得发明专利授权 人 6 基因突变组织样本试剂盒于 2021 年 4 月 19 日取得注册检验合格报告 由中国医学科学院肿瘤医院牵头、北京市胸科医院、南京市鼓楼医院、河南省肿瘤医院 4 个临床中心均获得伦理委员会批准和临床协议签署，并已完成人类遗传办公室审批，现已启动临床试验。