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样本条形码相关的资讯

  • 安捷伦获得Population Genetics公司分子条形码等专利组合
    p   北京时间2017年7月25日,安捷伦科技公司(NYSE:A)(“安捷伦”)今天宣布,安捷伦获得了Population Genetics Technologies (PG)公司的分子条形码和样本条形码专利组合。PG成立于2005年,主要从事将诺贝尔奖得主Sydney Brenner的知识产权(IP)组合商业化的工作,该IP组合主要涉及高灵敏度和高特异性的第二代测序(Next Generation Sequencing ,NGS)技术。 2015年,PG成为拥有30余项专利的IP持股实体。关于这次购买的相关财务条款没有被披露。 /p p   “我们的客户越来越需要具有最高性能的完整的第二代测序工作流程。”安捷伦科技副总裁兼基因组部总经理Herman Verrelst说,“随着IP组合的增加,我们现在可以为客户提供从QC到靶向序列捕获,再到结果分析和解析完整的值得信赖的目标富集解决方案,以满足客户的需求。” /p p   此次从PG公司获得的知识产权包括分子条形码和样本条形码相关的专利,这些专利是有关提高NGS检测的准确性和灵敏度的技术。通过整合这些专利,安捷伦能为客户提供可定制的靶向序列捕获解决方案,使客户能够检测极少量DNA的超低突变频率,是检测癌症和生殖遗传中罕见变异的理想方案,包括液体组织活检。 /p p   “我们很高兴将这些技术带给客户。”安捷伦诊断与基因组集团总裁Jacob Thaysen表示:“我们制定了一个在诊断领域保持增长并建立完整的临床常规NGS工作流程的策略。这次收购便是执行该策略的又一个例子,同时也贯彻了我们帮助客户提高生活质量的宗旨。“ /p p   安捷伦最新的NGS文库预备解决方案Agilent SureSelectXT HS采纳入了该IP组合的分子条形码。这些分子条形码的并入提高了整体精度,并且形成了比竞争产品更丰富的数据库,涵盖更多的组织类型及高、低质量FFPE样本。 /p p   安捷伦和PG公司早前达成协议,授权安捷伦使用PG公司相关分子条形码专利技术,这使得安捷伦NGS平台的少数基因变异水平低于0.1%。 /p
  • DNA宏条形码技术成为肉类检测“火眼金睛”
    DNA宏条形码技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术,具有高通量、高精度、速度快等特点,为同时检测食物基质中的多个物种提供了理想的方法,包括产品中非预期的物种,因而该技术在肉类及其制品的掺假检测方面具有明显的优势,已成为肉类成分鉴定的新方法。  很多人都爱吃肉,常吃的肉有猪肉、牛肉、羊肉、鸡肉、鸭肉、鱼肉等,其中牛肉成了“造假”的重灾区。近日,一对江苏夫妻因把猪肉上色当牛肉卖被管理部门发现后受罚的新闻也引起了网友的关注和热议。  “民以食为天,食以安为先”。用猪肉、鸭肉伪造牛羊肉,用低价肉冒充高价肉,动物源性食品中肉类掺假一直是影响食品质量与安全的主要问题之一。那么应该如何快速、准确和高效地进行肉类掺假检测,从而更好地保护好老百姓的“肉篮子”呢?  DNA宏条形码技术成肉类鉴定新方法  卖肉作假古已有之。虽然我国已制定相关法规对肉类和肉制品的质量和安全进行监督,但是近年来随着牛肉、羊肉市场需求量增大,以次充好所带来的巨大利润,让肉类掺假现象屡见不鲜。  如何辨别真假牛肉?有人在网上支招:用眼睛去看,观察和辨别;用鼻子去闻肉的气味;用手去感觉肉的弹性… …   但是,消费者仅凭自己的眼睛鉴别肉的真假还是太难。因此,加强检测技术攻关,不断提高检测能力,成为市场监管部门的重要任务。  “快速、有效、准确和可靠的检测技术是有效监管肉类掺假的关键手段。”广西壮族自治区食品药品检验所微生物室副主任、副主任药师甘永琦表示,脱氧核糖核酸(DNA)检测方法特异性强、灵敏度高,结果不易受到食品加工方式的影响,是检测肉类和肉制品掺假最常用的技术。  甘永琦介绍,DNA条形码是DNA中的特殊片段,通常由用于区分目标物种的中心可变区和两侧保守区组成,可以作为生物体的遗传标记。利用DNA条形码技术,研究人员对特定区域DNA片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和测序,然后于在线数据库中搜索比对,可以识别出掺假的肉类物种。  近年来随着基因测序技术的发展,DNA宏条形码技术应运而生。  “DNA宏条形码技术结合了DNA条形码技术和高通量测序技术,比传统的DNA条形码技术功能更强大,具有高通量、高精度、速度快等特点,为同时检测食物基质中的多个物种提供了理想的方法,包括产品中非预期的物种,因而该技术在肉类及其制品的掺假检测方面具有明显的优势,已成为肉类成分鉴定的新方法。”甘永琦说。  该怎样具体应用DNA宏条形码技术进行肉类及其制品检测呢?  甘永琦介绍,为了鉴定样品中的物种,首先要建立一个可靠的数据库,包含目标物种的DNA条形码。使用特定引物对物种DNA的条形码序列进行PCR扩增并获得扩增子,然后合并来自不同样品的扩增子,在一次程序运行中对不同扩增子同时进行测序,将测序得到的物种基因序列与条形码数据库进行匹配,最后通过生物信息学软件分析得到鉴定结果。  “该方法可以在6小时内同时进行至少96个样品的成分及组分测序分析,提高了检测的效率,节省了时间和人力成本。”甘永琦说。  最近,甘永琦所在的实验室就从市场上购买了香肠、火腿肠、培根、腊肉、火锅肉片、肉干、肉松、肉丸、烤肉串、肉罐头、肉脯等11种不同类型的肉制品共70多份,使用DNA宏条形码技术进行动物源性成分检测。  “各样品测序分析结果均符合预期。比如在1份鱼籽包里检测出5种不同动物成分,分别是鸡、猪、鸭、鳙鱼和鲹鱼,与产品标签标示一致。”甘永琦说。  近年来,该实验室从国内肉制品市场、自然环境中常见的动物及国家重点保护野生动物名录中遴选硬骨鱼纲、软骨鱼纲、哺乳纲、鸟纲、爬行纲等物种作为研究对象,构建了包含1500多个属、2700多个种的动物分类数据库。  他表示,实验室目前正在扩大测试样本的范围,深入开展肉类掺假检测方法的特异性、灵敏度和准确性研究。  在全球范围内多个领域得到广泛应用  目前,DNA宏条形码技术在肉类掺杂检测中还面临哪些挑战?  有研究表明,目前用于动植物分类鉴定的标准DNA条形码并不完全适用于环境样本的应用。  甘永琦介绍,首先,标准DNA条形码倾向于那些能够识别相似物种的特殊片段,通常具有较长的基因序列。然而,环境中的DNA容易降解成较短的基因片段,从而阻碍条形码的扩增。  其次,DNA宏条形码技术需要同时扩增一个样本中所有物种的DNA,那么就必须限制某些物种DNA的过度扩增。因此,需要筛选比较几个非标准的候选条形码,确定新的DNA区域,以达到该方法的限制要求。  另外,在物种多样性定量分析中,由于高通量测序过程中部分因素可能会导致结果存在偏差,进而影响原始样品中物种定量估算的准确性。  作为食品安全的主要问题之一,肉类及其制品的掺假问题近年来越来越受到人们的关注。尽管面临一些挑战,但DNA宏条形码技术可以对未知物种进行快速、准确地识别,无疑为肉类掺假检测提供了优异的技术手段。  除了用于肉类掺假检测,DNA宏条形码技术目前还可以应用在哪些领域?  “在理论上几乎任何一个样本都可以通过DNA条形码技术进行物种识别。近年来,该技术已应用于多个领域,如生态学、法医学、生物技术、食品工业、动物饮食、食品质量等。”甘永琦说。  目前,DNA宏条形码技术已经在全球范围内多个领域得到广泛应用。但是由于该技术在国内外未形成完善的检测标准,因此还处于研究阶段。  甘永琦表示,基于该技术的研究,他们团队已申请2项国家发明专利和1项检测方法的团体标准,未来将搭建一个免费共享的数据分析网络平台,为该技术的应用推广扫清障碍。
  • 华大智造发布中草药DNA条形码高通量基因测序一体机(HMBI-G30)新品
    可靠的核心条形码序列采用ITS2序列精确鉴定中草药物种,高效,简便,可实现多样本批量鉴定全面的物种覆盖涵盖2010版和2015版《中国药典》收录的几乎所有动植物药材及其常见混伪品,数据库物种超3万个权威的中草药DNA条形码数据库经国内外权威专家采用经典分类方法确定数据库基原序列,严格的校对机制确保条形码序列和基原样本高度一致准确的序列测定DNBSEQTM测序技术无测序错误累积,测序准确性高一站式鉴定通过HERB LIMS中草药实验室信息管理系统形成从样本录入到鉴定报告的本地化整体解决方案应用场景中草药物种鉴定中草药育种选种药品生产中草药鉴定流通市场中草药鉴定创新点:1. 可靠的核心条形码序列:采用ITS2序列精确鉴定中草药物种,高效,简便,可实现多样本批量鉴定 2. 全面的物种覆盖:涵盖2010版和2015版《中国药典》收录的几乎所有动植物药材及其常见混伪品,数据库物种超3万个 3. 权威的中草药DNA条形码数据库:经国内外权威专家采用经典分类方法确定数据库基原序列,严格的校对机制确保条形码序列和基原样本高度一致 4. 准确的序列测定:DNBSEQ测序技术无测序错误累积,测序准确性高 5. 一站式鉴定:通过HERB LIMS中草药实验室信息管理系统形成从样本录入到鉴定报告的本地化整体解决方案 中草药DNA条形码高通量基因测序一体机(HMBI-G30)
  • 中药DNA条形码技术获“国家火炬计划”立项
    p   6日,记者从中智药业获悉,在近日国家科技部公布的2015年“国家火炬计划”立项项目中,该企业的“DNA条形码在中药破壁饮片中的产业化应用”项目顺利获得了国家立项。这标志着该企业的破壁草本“亲子鉴定”产业化应用升到“国家级”。 /p p   据了解,中药DNA条形码技术是近年来新兴的 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/industry-S22.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 中药分子鉴定 /strong /span /a 技术,可从基因技术方面快速、有效地对中药的物种来源进行鉴定。中药物种来源鉴定,好比人类基因鉴定,相当于现代医学上的“亲子鉴定”,对于中药物种的来源和真实性等,具有非常科学和权威的鉴定依据。 /p p   为了打造一个具有高技术含量、产品有效成分符合标准要求、物种来源道地、消费者可放心应用的大健康新产品,中智药业自2014年开始便着力构筑国内领先的DNA鉴别平台。 /p p   该平台的建立,得到了DNA条形码著名专家、中国中医科学院陈士林教授的技术支持,平台硬件和软件达到了一流的水平。DNA条形码技术在“草晶华· 破壁草本”产业化中的应用,包括对药材GAP种植的选种育种,原料药、中间品和产品的质量监测等环节的监控,将有力促使破壁草本品类快速被市场广泛认可与推崇,为广大顾客获得真正的利益和消费保证提供保障。 /p p   从2003年开始研发,直到2011年才有产品上市,到如今历时10多年的科技创新,使得中智药业在中药破壁饮片技术上处于领先地位,并成为广东省唯一的中药破壁饮片生产试点企业。2014年4月,落户该集团的国家中医药管理局中药破壁饮片技术与应用重点研究室正式投入使用。在这个投入2000万元、面积达3000平方米的研究室里,有价值数百万元的中药重金属、农药等残留检测仪器,有全球最先进的药物稳定性监测仪器等。 /p p   中智药业集团的相关负责人介绍,通过该平台,企业已完成了62个破壁草本产品标准的建立并获得生产批件。“近年来,随着国家推动中医药产业步伐的加大和中医药创新项目成果的展现,中医药逐渐走向国际化。屠呦呦因发现青蒿素在抗疟方面的巨大作用而获得诺贝尔奖,更是增加了企业走向国际化的信心。”该负责人表示。 /p p br/ /p
  • 中草药的DNA条形码鉴定技术获国家科技进步二等奖
    依托863计划课题支持,中草药的DNA条形码鉴定技术取得重要进展。该技术相当于现代医学上的“亲子鉴定”,简单来说,就是给每一个中药材基因身份证,通过一段DNA片段来鉴定中药材的来源和具体物种。  在中药材鉴定技术落后的年代,或者经营者受经济利益驱使,市场上中药材混伪品以假乱真或以次充好的现象由来已久。现代破壁技术制成的颗粒状产品“草晶华?破壁草本”应用中药DNA条形码技术,就很好地解决了这个问题。该技术在现代化种植中的应用,保证了道地药材的良好药效和品质。在“中国智慧”节目受访中,中国中医科学院中药研究所所长陈士林讲到:“DNA条形码和相应的质量控制指标在整个品种溯源系统里面,作为草晶华破壁草本整个品种管理的应用也是非常重要的,它可以保证品种从田间地头到使用过程中间它都保证了供应链的管控,所以这个技术(DNA)的应用保证了整个中药品质起到非常大的作用”。  据相关媒体报道,“中草药DNA条形码鉴定体系”由王老吉与中国中医科学院中药研究所所长陈士林领衔的研究团队联合完成,通过世界顶尖药材鉴定DNA技术的应用,实现了对中药资源信息检索、查询以及比对鉴定。王老吉相关负责人介绍,研究团队通过对中草药及其易混伪品的DNA条形码进行实验研究,获得DNA条形码序列,并制定了“基因身份证”。而根据这些“基因身份证”数据,创建出的中草药DNA条形码鉴定体系,不仅突破传统鉴定方法主要依赖经验、受形态和化学特征影响的限制,还可以通过互联网和手机等多媒体信息平台实现中药资源信息检索、查询以及比对鉴定。该技术为中草药混用和掺假等行业问题提供了强有力工具,改变了生药鉴定学科被动追赶其他学科的局面。目前,中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入2010版、2015版《中国药典》。该项技术于2017年初获得国家科技进步奖二等奖。【以上信息来源于科技部、南方都市报,仪器信息网整理】
  • 哈希TNT plus条形码预制试剂能为您实现多少种可能? 答案在这里!
    哈希TNT plus条形码预制试剂能为您实现多少种可能? 答案在这里!20世纪60年代,用于光度分析的即用型预制试剂问世,对水质分析产生了深远的影响。如今,Hach® TNTplus™ 条形码预制试剂和光度计则成为过程控制和合规性监测中的理想选择。10次旋转测量和Truecal等先进技术不仅简化了分析过程,并且进一步提高了测量的准确性和可靠性。每个实验室都可通过使用TNTplus条形码预制试剂获得高质量的分析测量值。那么,哈希TNT plus条形码预制试剂在日常工作的使用中能给您提供多少种可能性?它不但可以应用于各个场合的水质分析工作;也可以助您轻松进行水质分析;并且具有高效、安全、绿色环保等特点… 也许,您对哈希TNT plus条形码预制试剂的可能性,可以有更多期待… 1测试多样性,提高工作效率超过30个不同参数的分析系统——从氨氮到TOC,近50个测量范围。测试的多样性使其适用于饮用水、污水和工业用水等多种分析需求。可覆盖从现场到大型实验室的多种应用范围,无需频繁寻找多种试剂以达成测试目标,以节省时间用于其他研究工作,将提高工作效率和提升自我价值变得可能。2减少错误结果,满足标准与哈希DR6000™ 紫外可见光分光光度计或DR3900™ 台式分光光度计配套使用时,分光光度计将自动读取每个Hach® TNTplus试剂上独有的条形码标签,确定相应的方法进行测量,从而减少了错误的发生。同时仪器会对10次测量值取平均值,且剔除异常值,即便存在划痕、缺陷或污渍的玻璃器皿也减少其对结果产生影响。每个预制试剂瓶均采用了Truecal™ 技术,其中包括每个单独批次的校准数据,由此减少了结果的不稳定性。轻松助您满足报告标准,节省时间的同时让您更加富有信心进行测试,将提升自信心和工作熟练度成为了可能。3操作安全简易TNTplus条形码预制试剂采用了先进的Dosicaps设计,比粉枕包或液体试剂更易于操作。由于试剂被完全内装于小瓶盖内,使用Dosicaps可大幅降低喷溅、安全及污染的风险。所用的玻璃器皿可确保高精度。每个TNTplus测试瓶都有不同颜色的色标用于快速、方便地识别参数和量程,以准确挑选您所需的测试用品。包装盒上还印有测试方法的步骤分解图,以便快速参考。让同时实现试剂的便捷性、安全性和准确性变得可能。Dosicap Zip可精确地对冻干试剂进行非接触式分配多年来,哈希一直致力于使水质分析过程更方便、更迅捷、更可靠。TNT plus条形码预制试剂的使用已为广大中国用户提供了更加方便、周到、准确的测试体验,期待您的加入!2022年哈希试剂试用活动现已全新开启,点击链接即可申请您想要试用的哈希试剂!试剂申请 (hach.com.cn)欢迎各位告诉我们您对哈希预制试剂的使用心得。我们将从中抽取30名幸运儿获得中国风精美书签(长56mm*宽28mm),20名幸运儿获得小米移动电源。(活动时间:即日起至2022.3.25)中国风精美书签小米移动电源END
  • 纳米孔测序和DNA“条形码”相结合 一次检测数十种生物标志物
    英国帝国理工学院的科学家与牛津纳米孔技术公司合作研制出一种新方法,可同时分析数十种不同类型的生物标志物,改变了对心脏病和癌症等疾病的检测,从而让临床医生收集到有关患者疾病的更多信息。研究成果25日发表在《自然纳米技术》杂志上。  目前,许多疾病是通过血检来诊断的,血检能寻找一种生物标志物(例如蛋白质或其他小分子)或最多几种相同类型的生物标志物。  心力衰竭检测就是依靠寻找几种常见的蛋白质来判断病情的。但最新方法能额外检测40种不同类型的miRNA分子,有望提供一种低成本和快速的方案来发现病情,并帮助指导治疗方案。  这种结果在不到一毫升的血液中就能实现。研究人员先将短DNA序列组成小标签,每个标签编码一个独特的探针,旨在附着在不同的生物标志物上,这就像DNA“条形码”。一旦血液样本与DNA“条形码”混合,所得溶液就会注入牛津纳米孔公司之前开发的低成本手持设备MinION中。  该设备包含一系列纳米孔,能够从通过它们的每个DNA“条形码”中读取电信号。设备产生的复杂电信号由机器学习算法解释,负责识别样品中存在的每个生物标志物的类型和浓度。  这意味着,该方法以两种方式用于加快诊断速度:除了一次测量更多生物标志物外,它还可以帮助找到新的生物标志物。虽然目前只有少数生物标志物被验证用于诊断心脏病,但通过同时测量40种额外的miRNA类型,研究人员可看到其中的关联性,未来还可通过更多的测试进行验证。  只要去医院,人们基本都会和生物标志物打交道。比如,检测血液中的葡萄糖含量,看是否患上糖尿病,这是生化标志物;再比如,做个CT,看体内是否有不正常的“疙瘩”,这是影像学标志物。通常一种检测手段只能检测特定的几种标志物,本文介绍的方法,则可以额外检测40种不同类型的miRNA分子,而且仅仅需要“一滴血”。它的意义不仅在于加快检测速度,还可以帮助发现更多生物标志物与疾病的对应关系,提高对特定疾病的监测、诊断准确度。
  • 谭蔚泓:基于核酸适体质谱条形码的精准分子分型
    近日,湖南大学谭蔚泓院士团队与浙江大学医学院附属第一医院黄河教授团队开发了一种基于核酸适体的质谱流式技术,用于单细胞的细胞表面蛋白分析,旨在为疾病的精准分子分型提供一个新的平台技术。该方法不仅能够实现培养细胞的分子分型和分类,还能结合机器学习,实现临床样本亚型的分类。该方法极大地扩展了核酸适体的应用领域,并为疾病的分类和诊断提供了新方法。  背景介绍:  高度异质性是恶性肿瘤的重要特征,同一疾病的不同亚型可能对临床治疗有着完全不同的反应。因此,疾病的精准分子分型对其诊疗研究具有重要意义。虽然基因组测序和转录组测序已经成为最常用的分类策略,但它们无法提供蛋白质的表型和功能数据。单细胞水平的膜蛋白分析将为疾病分型提供重要信息。流式细胞术提供了高通量的单细胞测量技术。然而,由于荧光光谱重叠问题,限制了荧光流式细胞术的多元分析能力。质谱流式作为一种先进的替代方法,具有信号重叠小和细胞背景噪声低等优点,已展现出在一次实验中同步测量超过40个细胞参数的能力。尽管质谱流式技术在多路复用单细胞分析中的巨大潜力,但其在肿瘤分类中的潜力受到识别探针种类不足的限制。  核酸适体作为一种新型的识别配体,具有特异性高、合成简单、免疫原性低、修饰方便等优势。此外,以完整的活细胞为筛选对象,可以通过Cell-SELEX(指数富集配体进化技术)获得大量能够特异性识别细胞膜蛋白标志物的核酸适体。  本文亮点:  基于以上研究背景,湖南大学谭蔚泓院士团队联合浙江大学医学院附属第一医院黄河教授团队设计、合成了一种由二乙烯三胺五乙酸(DTPA)基元组成的聚合物,用于螯合多个金属离子。然后,选择了一系列识别不同细胞表面生物标志物的核酸适体,每个适体分别与螯合了不同金属离子的聚合物偶联(Apt-MICP)。最后,评估了基于Apt-MICP的细胞表面蛋白分析在培养细胞和临床样本中用于血液恶性肿瘤(HM)精确分类的潜力(图1)。图1. 基于核酸适体的质谱流式分析技术用于血液恶性肿瘤的分子分型作者首先对聚合物进行了设计与合成,并通过点击化学将其与核酸适体相连(图2a)。利用琼脂糖凝胶电泳和高效液相色谱对产物进行表征,证明了sgc8c-MICP的成功合成(图2b,c)。同时,在核酸适体上修饰上荧光基团,利用荧光流式验证了sgc8c-MICP仍然能够靶向CEM细胞,而不会结合Ramos细胞(图2d,e)。图2. sgc8c-MICP的合成与表征  在证明了该策略的有效性之后,作者挑选了15条相关的核酸适体,将其连接上螯合了不同金属离子的聚合物,得到15条Apt-MICP。将15条核酸适体联用,依次对8种血液恶性肿瘤细胞系进行结合,通过质谱流式进行分析。将得到的结果进行归一化,并用热图进行展示(图3a)。利用viSNE降维分析方法对分型结果进行分析,实现8种细胞的区分(图3b)。结合无监督的主成分分析方法,实现血液恶性肿瘤细胞系更精确的区分(图3c)。图3. 血液恶性肿瘤细胞系的细胞表面特征分析及分类  利用上述合成的15条Apt-MICP,结合五种相关的抗体,实现了31例血液恶性肿瘤临床样本(包括AML、ALL、B淋巴瘤以及CML四种亚型)的分子分型(图4a)。由于临床样本的异质性高,作者利用机器学习的方法进行PLS-DA建模,并成功将四种亚型的样本区分开来(图4b),总体准确率达到了100%(图4c)。图4. 临床样本训练集的分子分型和分类  为了进一步验证该模型的有效性,作者又收集了15例临床样本,得到了分子图谱(图5a)。将分型结果输入到模型当中,实现对每个样本亚型的判定,总体准确率达到了80%(图5b)。图5. 临床样本测试集的分子分型和分类  总结与展望:  综上所述,该研究开发了一个基于核酸适体的质谱流式检测平台,用于精确的癌症分类。作者合成了一系列核酸适体-金属标签探针,并证明了它们在细胞类型特异性结合以及质谱流式检测方面的良好性能。通过用15个核酸适体探针分析细胞表面特征,可以很好地区分8个HM细胞系。此外,通过结合机器学习(PLS-DA),对HM临床样本的四个亚型构建了一个高质量的分类模型,在训练集中分类总准确率为100%,在测试集中分类总准确率为80%。基于这些结果,基于核酸适体的质谱流式平台有望在其他疾病的分类和诊断中得到广泛应用。该工作以Research Article的形式发表在CCS Chemistry。
  • 安捷伦收购强大的二代测序系列知识产权
    p style=" text-align: center " strong 分子和样本条形码系列知识产权巩固了安捷伦在下一代测序靶向富集解决方案的领导地位,这一系列知识产权旨在提高二代测序检测的准确度和灵敏度 /strong /p p   2017年7月27日,北京——安捷伦科技公司(NYSE: A)(“安捷伦”)今天宣布,已成功收购 Population Genetics Technology公司(“Population Genetics”公司)的分子和样本条形码系列专利。Population Genetics公司成立于 2005 年,致力于将诺贝尔奖得主 Sydney Brenner 在高敏感度和高特异性下一代测序检测方面的系列知识产权实现商业化。2015 年,Population Genetics 公司成为拥有超过 30 项专利的知识产权持有实体。本次收购的财务条款未予披露。 /p p   安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理 Herman Verrelst 表示:“我们的客户日益迫切地需要具有高性能、全面集成的二代测序流程方案。通过收购这一系列知识产权,我们可以向客户提供值得信赖的完整靶向富集解决方案,满足他们从质检到靶向富集,以及分析和解析的各方面要求。” /p p   此次收购获得的 Population Genetics 公司知识产权包括与分子和样品条形码相关的专利,这些专利能够提高下一代测序检测的准确度和灵敏度。这些专利可以提供定制化的靶向富集解决方案,让客户通过非常小的 DNA 量即可检测超低突变频率。这些功能非常适合检测癌症和生殖遗传学中的罕见变种,包括液态活检。 /p p   安捷伦诊断和基因集团总裁 Jacob Thaysen 表示:“我们很高兴将这些技术带给客户。我们已经规划了今后的发展战略,准备大力拓展诊断业务和构建完整的常规临床二代测序工作流程方案。本次收购就是贯彻这一战略的又一实例,也是我们致力于帮助客户改善人类生活质量的例证。” /p p   安捷伦最新的二代测序文库制备解决方案 Agilent SureSelectXT HS 纳入了该系列知识产权中的分子条形码技术。分子条形码技术的融合提高了文库的整体精度,使其与竞争产品相比,在更广泛的组织类型以及从低质量到高质量 FFPE 样本方面具有更高的复杂度。了解 SureSelectXT HS 的信息,请访问安捷伦网站。 /p p   安捷伦和 Population Genetics 公司此前曾达成专利许可协议,授权安捷伦使用 Population Genetics 公司的某些分子条形码专利技术。这些技术可以在新一代测序平台上灵敏、可靠地检测低于0.1%的少数基因变异。 /p p    strong 关于安捷伦科技公司 /strong /p p   安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是全球生命科学、诊断和应用化学市场的领导者。拥有 50 多年的敏锐洞察和创新,安捷伦的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。2016 财年,安捷伦的收入达到 42 亿美元。公司在全球拥有大约 13,000 名员工。 /p p    strong 前瞻性陈述 /strong /p p   本新闻稿包含 1934 年《证券交易法》中定义的前瞻性陈述,并受其中规定的安全港规则约束。前瞻性陈述包括但不限于:关于安捷伦未来收入、盈余和盈利能力的信息 规划的新产品 市场趋势 未来对安捷伦产品和服务的需求 客户期望 以及 2017 年第三季度和整个财年的收入和非公认会计准则(GAAP)获利指导。这些前瞻性陈述涉及风险和不确定因素,可能导致安捷伦的业绩与管理层当前预期产生实质性差异。这些风险和不确定因素包括但不限于:客户业务实力不可预见的变化 对当前以及新产品、技术和服务的需求不可预见的变化 当前市场不可预见的变化 客户的购买决策和时机,以及我们不能实现由于整合和重组活动所带来的预期节省的风险。 /p p   此外,安捷伦在经营方面所面临的其他风险包括:顺利度过各个业务周期的能力 达到和实现其成本节约目标而受益的能力,或将其成本结构成功调整到适应业务状况不断变化的能力 持续的竞争、定价和毛利率压力 成本削减举措带来的风险,如可能会损害我们开发产品、保持竞争力和有效经营的能力 地缘政治方面的不确定性和全球经济状况给安捷伦的运营、市场和业务能力带来的影响 提高资产绩效以适应需求变化的能力 我们的供应链适应需求变化的能力 在正确的时间,以正确的价格和两者兼具的情况下成功推出新产品的能力 安捷伦成功整合近期并购的企业的能力 安捷伦成功符合特定复杂法规的能力 以及安捷伦向证券交易委员会提交的文件(包括我们截止到 2017 年 4 月 30 日 的 10-Q 表格季度报告)中详述的其他风险。前瞻性陈述是根据安捷伦管理层的理解和假设以及当前可以得到的信息而作出的。安捷伦不负责公开更新或修改任何前瞻性陈述。 /p
  • 百泰克分杯处理系统丨四通道,超快速,精准实现十合一采样管样本分装!
    百泰克生物分杯处理系统BF4096正式获得国家药品监督管理局一类医疗器械认证。该系统集合样品管扫码、开盖、吸液、加样、关盖等操作,快速提升大规模核酸的检测能力。可精准实现十合一样本管分装12分钟完成96个样本管的分装及信息处理工作,时长00:18↑十合一样本管分装百泰克分杯处理系统将需要大量人工操作的样品前处理步骤整合到一个封闭系统中,内设独立四通道开盖模块,有效移液范围10-1000μL,快速精准;同时,内置HEPA过滤系统及UV紫外消毒系统,安全可靠。01多重防护,避免样本交叉污染BF4096配备独立的HEPA排风过滤系统,可有效规避气溶胶的外泄,增加安全性能;内置双条紫外消杀灯及外接式液滴捕捉盘设计,多重防护,保证检测结果的稳定可靠,避免样本交叉污染和人员感染。02信息统计,可追溯力强.四个扫码模块兼容二维码和条形码,通过快速旋转样本管,实现无漏扫可能性,在设备运行过程中识别并统计样本管信息,无需人员反复核对。03四通道同时进行扫码,开盖,移液,关盖.BF4096可兼容多种规格病毒保存管,无需预处理,原始管上机,最大上样量96个,四通道同时扫码,开盖,移液,关盖,通道间距可伸缩,自动适应板管不同间距要求,日处理样本1万余份,高自动化程度,使研究人员从繁重的手工样本处理中解放出来。04机身小巧,优化空间.采用向上式电动自动开门,充分利用实验室上层空间,仪器整体占地面积约1.1㎡。BF4096配备了4组扫码模块/开盖/移液/关盖/,并行处理效率高。12分钟内可完成96例样本从单管到96孔板的快速精准分装,消除了繁琐的前处理流程,降低了实验人员的工作负荷。同时,它还支持十合一混采管分装,为实现大规模筛查奠定基础,也为国家卫健委提出的将发热门诊出具核酸检测报告时间缩短至4小时的目标加码提速。
  • 《中药分子鉴定通则》团体标准正式发布
    2016年12月12日,中华中医药学会批准《中药分子鉴定通则(T/CACM 010-2016)》标准,并予以公告。该通则由中国中医科学院中药资源中心、中国食品药品检定研究院、国药种业有限公司起草,集结了我国中药分子鉴定二十余年发展成果,综合考虑中药分子鉴定中不同送检样本对物种、变种、种质鉴定的技术需求,兼顾准确、简便、高通量、低成本的特点,将为分子鉴定应用于中药生产全链条质量控制发挥重要作用。  本标准的全部技术内容为推荐性。  本标准在遵从《中华人民共和国药典》的基础上,提出了《中药分子鉴定标准通则》。  本标准由中华中医药学会归口。  适用范围  本标准适用于对主要中药材、中药饮片、中药提取物、中成药、中药材种子种苗生产基地、加工、经营等场所开展的抽样检验活动中,需要对其进行真实性验证或身份鉴定的,允许采用DNA分子检测方法。  标准内容  中药鉴定范围包括中药材、中药饮片、中药提取物、中成药、中药材种子种苗,在实际生产、加工、经营过程中鉴定需求不同,如中药材、中药饮片、中药提取物、中成药主要侧重于物种水平的基原鉴别 而中药材种子种苗还侧重于种下水平的种质或品种鉴定。且由于不同检测样本中DNA含量和质量存在显著差异,因此本标准分为三个部分,即第1部分:中药材与中药饮片、第2部分:中药提取物与中成药、第3部分:中药材种子种苗。  本标准主要内容包括范围、规范性引用文件、术语和定义、方案选择要求、仪器设备、试剂、溶液配制、检验程序、结果分析和表示、结果报告、质量保证、废弃物处理。每个部分内容分别依据各分子鉴定技术特点确定,且均遵循科学性、实用性、先进性原则。  中药分子鉴别发展历程  1994年,单引物PCR扩增用于中药材人参和西洋参鉴别(香港中文大学,Cheung K S 等)。  1995年,提出分子生药学概念,明确分子标记鉴别研究方向(中国中医科学院,黄璐琦)。  1995年,随机扩增多态 DNA技术应用于蛇类的分类学研究和鉴定(南京师范大学,王义权等)。  1996年,Cytb序列分析用于鉴别鸡内金和鸭内金(中国科学院昆明动物所,王建云, 王文等)。  1997年,PCR-RFLP和MASA技术用于人参、西洋参和竹节参药材鉴别(Toyama Medical and Pharmaceutical University, Fushimi H等)  1998年,RAPD技术被用于鉴定中药复方制剂玉屏风散中黄芪、白术、防风等3味生药(台北医学院,Cheng K T等)   1999年,RAPD技术对瓜蒌农家品种种苗进行鉴别(中国中医科学院,黄璐琦等)。  2000年,《分子生药学(第一版)》中提出生药鉴定分子标记研究在近源生药品种、名贵易混淆生药、动物类生药、药材道地性、生药野生与家种(养)、中药原粉制剂、中医药古迹、药用植物种子种苗鉴别的应用前景,以及技术规范化的重要性。  2001年,ITS2序列被用于16种石斛属物种鉴别(香港中文大学,Lau D T W等)  2003年,加拿大科学家提出了DNA条形码鉴别的概念并随后发起了国际生命条形码计划(iBOL)  2004年,《中药分子鉴定》出版(香港中文大学,邵鹏柱、曹晖主编)   2005年,利用SCAR标记对续命汤等40个中药汤剂中人参属物种基原进行了鉴别(韩国中央大学,Shim Y H等)  2006年,《分子生药学(第二版)》在第一版的基础上,增加了SNP标记技术、基因芯片技术、DNA生物条形编码等中药分子鉴定新技术,并提出要充分利用我国丰富的生物资源进行DNA条形编码工作。  2007年,提出ITS2通用引物,并用于48科药材基原鉴别(台湾清华大学,Chiou SJ等) 提出了中药DNA条形码(中国医学科学院药用植物研究所,陈士林等)  2008年,我国正式加盟国际生命条形码研究计划(iBOL)。  2009年,启动中国维管植物DNA条形码计划。  2010年,蕲蛇、乌梢蛇饮片聚合酶链式反应鉴别法被2010版《中国药典》收载,成为世界上首个中药、天然药分子鉴定国家标准(中国中医科学院,黄璐琦等起草)   2011年,启动中国动物药材DNA条形码研究计划及建立动物药材分子鉴定标准数据库(中国中医科学院,黄璐琦等)  2011年,推荐ITS作为种子植物的核心DNA条形码(中国植物BOL工作组)  2012年,川贝母聚合酶链式反应-限制性酶切长度多态性鉴别法被2010版《中国药典》第二增补本收载(中国药科大学,李萍等起草)   2012年,《中药DNA条形码分子鉴定》出版(中国医学科学院药用植物研究所,陈士林主编)  2012年,高通量测序技术用于牙痛一粒丸等15种中成药中的原料药材鉴定(澳大利亚莫道克大学,Coghlan ML等)  2013年,使用碱裂解法快速提取130余种药材DNA(中国中医科学院中药资源中心,蒋超等)  2013年,提出中药材分子鉴别现场运用策略(中国中医科学院中药资源中心,袁媛等)   2013年,提出中药材DNA条形码分子鉴定指导原则(中国医学科学院药用植物研究所、中国中医科学院中药研究所陈士林等)   2014年,提出中药分子鉴定使用原则(中国中医科学院中药资源中心,黄璐琦等)  2014年,中药材DNA条形码分子鉴定指导原则被《中国药典》第三增补本收载(陈士林等起草,国家食品药品监督管理总局2014年第53号公告)   2014年,《中药分子鉴定操作指南》出版(中国中医科学院中药资源中心,黄璐琦主编)   2014年,CCP-based FRET检测技术用于中药鉴定,DNA检测灵敏度可达ng级(中国中医科学院中药资源中心,袁媛等)   2015年,建立金银花种苗DNA身份证(中国中医科学院中药资源中心,黄璐琦等)  2016年,团体标准《中药分子鉴定通则》由中华中医药学会发布(中国中医科学院,黄璐琦等起草)   2016年,《中国药典》聚合酶链式反应鉴别法(通则)修订项目立项(中国中医科学院,袁媛、黄璐琦等起草)
  • 盘点:2015年那些横空出世的“非典型”测序仪
    提及测序仪,那就不得不说Illumina和Thermo两只&ldquo 大鳄&rdquo 。这两家公司提供的测序仪占据了绝大部分市场份额。出于应对特殊政策的需要,国内的几家企业也纷纷推出了&ldquo 自己&rdquo 的测序仪。放眼国际市场,有一些企业另辟蹊径,研发出别具特色的测序仪,力图从垄断者手中分得一杯羹。小编今天就带大家认识一下这些&ldquo 非典型&rdquo 的测序仪。   10*Genomics 的GemCode   本月初,10X Genomics公司宣布正式发售GemCode测序平台。GemCode平台能够与现有的短读取测序仪互补,产生长片段信息(10-100 kb),实现结构变异和单体型等分析。   GemCode技术的核心是对1 ng的DNA进行精确分区,形成皮升(pl)大小的液滴,其中包含分子条形码。凝胶珠(Gel beads)是GemCode技术的核心部分。每个凝胶珠都带有条形码oligo的千万个拷贝。每条oligo包含14 bp的分子条形码以及与Illumina测序兼容的组分。这些凝胶珠在分区之后溶解,释放oligo,启动文库构建。之后,数据分析软件将10X Genomics条形码的独特能力与短读取数据相结合,产生一种强大的新数据类型:Linked-Reads。在比对和变异检出后,新的算法利用条形码将来自同一条基因组DNA分子的短读取连接起来。所产生的读取长度在10-100 kb。   目前,多个机构已经开始使用GemCode平台,Broad研究院便是其中一个。据悉,GemCode平台的售价约为75,000美元,而耗材成本大约是每个样品500美元。   Sigma Aldrich的 Genius 笔记本测序仪   近日,Sigma-Aldrich宣布与加州的创业公司GenapSys合作,共同推广Genius测序仪。这款仪器的大小与笔记本电脑相似,而价格也可能相当。Genius DNA 测序将适用于诊断、农业、食品检验、生物能源以及法医学等领域。   这款仪器采用基于聚合酶的边合成边测序技术,以及基于芯片的电子检测,实现经济的测序。GenapSys表示,这是一种真正小型的设备,价格仅相当于一台笔记本电脑。它填补了Illumina或Ion Torrent尚未涉足的市场。不过,这家公司没有公布任何性能参数,或此平台上产生的测序数据,也没有公布上市日期。之前,GenapSys科学顾问委员会的成员之一,斯克里普斯研究所的Eric Topol表示,这款设备的重量仅有几磅,在读长上表现良好。   Complete Genomics的Revolocity系统   2015年6月6日,华大基因全资子公司、人类全基因组测序的创新领导者Complete Genomics宣布正式推出其Revolocity&trade 测序系统。澳大利亚健康服务公司Mater和荷兰奈梅亨大学医学中心成为Revolocity&trade 测序系统的首批用户。   Revolocity测序系统一年可完成10,000个全基因组测序,并将增加到每年30,000个&mdash &mdash 超越所有现有的测序方案。该系统也支持全外显子组测序。它可以对人全血、唾液等各种样本进行自动化的DNA提取,并将样本进行文库制备、测序和数据分析的无缝连接操作。该系统可以交付高准确度的小变异数据,包括单核苷酸多态性(SNP)、插入,缺失、替换、拷贝数变异(CNVs)和结构变异。   Oxford nanopore 掌上测序仪MinION   2015年4月,英国Oxford Nanopore Technologies公司推出了一款掌上测序仪MinION。该设备利用纳米孔技术制成,体积小巧,价格便宜。而且,纳米孔技术使得成千上万个的超长碱基构成的DNA链在一个单通道中就能够被解码和识别,而不需要将长链分割成小短链一一破译。   测序的开始是特异的酶将DNA片段化,再连接接头。双链DNA的一端被系住,让测序过程更加容易。纳米孔中的酶使其变成单链DNA,再通过纳米孔。随着单链DNA 通过纳米孔,测序系统根据电流变化确定DNA序列。它能准确测序小基因组(比如细菌和酵母基因组),区分亲缘关系很近的细菌和病毒,读取人类基因组的复杂区域等等。MinION还可以插入笔记本电脑的USB接口,在屏幕上显示数据生成的过程。   目前MinION已经遍地开花。加州大学的生化学家David Deamer用它来研究地球生命的起源 意大利生物学家用MinION,去测序坦桑尼亚南部的雨林的一种青蛙 NASA的科学家甚至计划将MinION送到国际空间站,让宇航员在微重力的情况下进行测试。
  • 新算法可早期检测废水中新冠病毒变异株|国际战“疫”行动
    据近日发表在《自然》杂志上的论文,美国加州大学圣地亚哥分校和斯克利普斯研究所联合开发了一种名为“Freyja”的算法,用于在早期检测废水中的新冠病毒变异株,只需两茶匙未经处理的污水,就可准确测定新冠病毒变异株。加州大学圣地亚哥分校在数十个地点通过自动采样机器人收集了废水样本,加州大学圣地亚哥分校的实验室分析了这些样本中的新冠病毒RNA水平,并在斯克利普斯研究所实验室做进一步的计算分析。图片来源:埃里克杰普森/加州大学公共艺术委员会 斯克利普斯研究所研究人员开发了一个“条形码”库,可根据每个变异株特有的短RNA片段来识别新冠病毒变异株,并编写了一种新算法,通过筛选废水中的大量遗传信息来匹配这些条形码。由此生成的免费程序Freyja,已经被美国公共卫生机构广泛用于废水监测。  研究人员表示,在实验室对废水样本进行测序后,只需运行Freyja,20秒就可得到结果。当研究人员将Freyja应用于废水样本并将结果与圣地亚哥市的临床数据进行比较时,他们发现该工具在临床报告前14天就在废水中检测出了“值得关切的变异株”,包括阿尔法、德尔塔和奥密克戎变异株。  2021年7月27日,研究人员在加州大学圣地亚哥分校的废水中检测到缪变异株9(B.1.621),这是在校园首次临床检测的4周前检测出来的。同年11月27日,该团队还在圣地亚哥首次临床报告前11天检测到废水中的奥密克戎变异株。
  • 壁纸行业亟待新规出台
    近日,经走访昆明大商汇等多家墙面装饰材料卖场后发现,每家壁纸 专营店都代理了几十甚至上百种品牌壁纸,每个品牌又区分出多种系列,上百种花色,材料方面包括了纯纸,胶面,无纺布等 在元素上有中国风格,欧式风情,卡通图案等多种系列,让人看得眼花缭乱。几乎每家店内都堆放着几十本厚重的壁纸样本供消费者翻阅选择,其中不乏一些“洋品牌”,最常见的是韩国壁纸,也有美国、英国、德国等国外品牌。因为号称是“洋品牌”,所以壁纸的样本背面全是让人看不懂的外文,几乎看不见标有中文字样的产品介绍。在一家专卖进口壁纸的壁纸店里,销售员拿出的几卷壁纸上只找到了一些德文符号。“这个品牌的壁纸是纯进口的,已经没有现货了,订货的话需要等段时间。”   价格水分大   销售人员表示,这些“洋品牌”价格一般比国产货贵上很多,而且打折的幅度很小。业内人士表示,无论是哪个品牌的进口壁纸,在产品的外包装上都应有中文标识,否则很有可能是“山寨”产品,实际上绝大多数产品产地都在中国,好一点的话,就是合资的,所谓的纯进口货基本不存在。   其实,消费者根本分辨不出所谓进口货的质量真伪,而且所有店内样品均未标明价格。询问店内销售人员,他们都说得“天花乱坠”,大都以“这个系列做工图样较复杂,要1000余元一卷,纸质更厚一些的,算下来大概600元一卷”等含糊的报价回复消费者。当问及某进口壁纸价格时,同一品牌两家不同的壁纸行给出的价格竟有天壤之别,行业价格十分混乱。“不标价格早已是行业内大家都默认的规矩,这其中存在着价格虚高。”中林建材城内宏旺墙纸总汇的老板说。   采访中,当问及是否有合格证和保修范围事宜时,昆明旺通装饰经营部何老板称他的产品都有合格证书,并保证如果出现任何质量问题的话可以终身保修。当问及有没有保修卡或保修凭证时,该老板却称没有。关于质保的说法互相矛盾,根本无法分辨,消费者权益难以得到保障。   行业亟待新规出台   据了解,目前整个壁纸行业存在缺乏科学管理、产品质量没保证、价格虚高、售后服务跟不上等问题。   根据中国装饰装修材料协会信息,2009年12月底由国家环保部编制的“壁纸行业规范”要出台,新标准将弥补旧标准的不足。但直到现在,仍未见到相关行业规范的出台,昆明市装饰材料行业协会负责人呼吁,新规应尽快出台。新规的出台将有利于规范市场的产品、价格及来源。有了新标准,壁纸销售商也会加强自律,那些信用不良的商家将会逐渐被淘汰出局,这在一定程度上会改善目前壁纸市场纷乱复杂的局面。   对于应如何选购壁纸,昆明市装饰材料行业协会负责人表示,单凭肉眼去看,普通消费者通常不能分辨出优劣,但可以要求商家提供产品的相关证书,正规店铺出售的壁纸一般会有相关的证书。例如市民最关心的环保性能,商家应能提供其环保检测合格证书。真正环保的壁纸都有此证书,就连粘贴用的乳胶粉及胶水都有检测报告。另外,市民可尽量选择明码标价或品牌直销的壁纸店,多走几家多做对比。对于“山寨货”,市民虽难以肉眼分辨,但可要求商家出示相关的证明,或者向商家提出查看没有拆封的整卷墙纸的商品身份证——条形码。国外的正规品牌一般都是不同型号、不同花色拥有不同的独立条形码,即使是同一个型号下不同花色也拥有不同的条形码可供区分真伪。
  • eDNA技术或使PCR和DNA测序仪成环境监测必用设备
    p   作为一门应用学科,环境监测领域一直不断吸收、引进其它领域的新成果,而随着环境DNA(eDNA)技术不断发展,用于基因鉴定的PCR和DNA测序仪未来可能不仅用于环境科研领域,更将在环境监测常规任务中大显身手! /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201909/uepic/d48bd1ca-f2f1-4ab2-ba71-e28ec4159f75.jpg" title=" 视频预览_副本.jpg" alt=" 视频预览_副本.jpg" / /p p   中国环境监测总站与南京大学近日在南京联合举办了首届“环境DNA与生态健康评估”学术研讨会,与会专家以“推动eDNA技术在我国环境监测领域的应用与发展”为主题展开了深入研讨!会上各位专家分别从eDNA技术的成熟度、 strong 标准化 /strong 以及建立生态健康评估指标等方面交流看法,并初步成立了专家委员会,致力于后续eDNA技术的研究应用工作,为我国水生生物的有效监测和水环境的科学管理提供新的思路和方法。 /p p   上世纪80年代,eDNA的概念被首次提出,用于研究陆地动物食性或淡水环境中的微生物组成等。eDNA的环境样品是一个非常宽松的概念,可以包括土壤、沉积物、排泄物、空气、水体,甚至生物个体本身(如马氏网捕获的昆虫)。动物在某个环境中生活,身上的各种痕迹会携带着自身DNA掉落到四周。在一份环境样品中,可包含的DNA片段能达到上千万个,而每一个物种能携带的DNA又是独一无二的。将从样品中获得的遗传标记序列与DNA数据库中的序列相比对,就像是在通讯录里找到相应的电话号码,从而确认分析的DNA来自什么物种。 /p p   目前eDNA技术主要用于环境生物多样性调查和特定生物调查。 /p p   对环境的生物多样性调查,方法是检测环境样品中尽可能多的DNA序列,与数据库比对分析它们所属的物种分类信息,最终鉴定在这个环境中生活的所有物种,这个方法又被称为DNA宏条形码。在样品处理上,DNA宏条形码使用普通的PCR或直接霰弹枪法(shotgun strategy)测序,这两个实验方法都比较成熟,能够方便获得多个DNA序列。 /p p   特定生物调查,目标是寻找在环境样本中是否有单一物种的DNA存在,通常用于研究和追踪珍稀物种在自然界的分布。它与第一类DNA宏条形码的区别在于它并不在意环境中属于其它物种的DNA,因此在样品处理上通常使用更精确的定量PCR(qPCR)技术,目标是找到极其少量的目标物种的DNA。 /p p   2018年4月12日,美国华盛顿州立大学助理教授Caren Goldberg通过检测环境DNA(eDNA),确证了全球第四只斑鳖的存在。2018年,首届海洋环境DNA会议在美国洛克菲勒大学举行,会议指出对渔业、濒危物种进行监控时,应该让海水中的环境DNA“物尽其用”。 /p p   eDNA技术在环境生物多样性调查中有多种优势。以水体为例,以前水体中生物多样性调查多采用垂钓、拖网、潜水等方法,如果靠传统捕捞手段,研究者在同一海域能捕获到约20种不同的鱼类 但用环境DNA,在同一水域中则可以有100多个物种被检测出来。而且跟拖动笨重的渔网相比,舀一杯水会轻快得多。之前,测定DNA不仅费用昂贵,而且需要的时间较长。随着基因测序技术的发展,弄清环境中有哪些生物的DNA不像先前一般昂贵,而且效率越来越高。 /p p   但eDNA技术若要真正发挥实力,还需要一些工作,如是否能成功提取出所有目标生物的DNA,测序结果能否从DNA数据库的序列中找到参照。在不同的环境中,生物掉落的DNA可能随着水流、温度、酸碱性等因素,在较短的时间内稀释、降解,从而给提取出所需要的物种DNA带来难度。 /p p   生物的整个DNA携带的信息量非常庞大,只要选取其中一段就可以判定物种种类,但具体选择哪一段基因需要好好考量。比如COI基因作为使用最广泛的标准条形码基因,有当前最丰富的参考序列数据库,对于物种的鉴定特异性较高,但是可能不足以涵盖高度的多样性。 /p p   另一方面,若DNA数据库没有全面、高质量的序列储备,即便从海洋中提取出环境DNA,也只能是“巧妇难为无米之炊”。有时我们将检测结果与数据库相对比,得出的结果是“未知”,但答案真的是未知吗?或许传统的物种鉴定学家应该和环境DNA的研究者一起工作,DNA数据库需要扩充。 /p p   不论如何,环境DNA研究受到了越来越多的关注,近两年环境DNA相关的研究人员和研究课题都明显变多。不过,这项技术能否成为未来的主流,还需要更多的时间和经费去验证。 /p
  • 中草药研究人员注意了!全球首创中草药基因测序专业智能鉴定仪发布
    p style=" text-indent: 2em text-align: justify margin-bottom: 10px " 我国中草药基因鉴定研究与产业化获得重要进展。全球首创中草药基因测序专业智能鉴定仪——中草药DNA条形码高通量基因测序一体机(HMBI-G30)近日在京通过验收。该仪器简化繁琐的生物信息流程,可准确、快速、稳定鉴定中草药样品,推动我国中药鉴定进入标准化智能化时代。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify margin-bottom: 10px " 中药材的真伪鉴别直接关系到用药安全以及科学研究的准确性,中药安全性已引起全民关注,成为中药产业化和国际化的主要挑战之一。与传统以经验为主的鉴定手段相比,于本世纪初发展起来的应用DNA分子标记技术鉴定中药原植(动)物及其药材和饮片的方法,具有特异性强、微量、便捷、准确等特点,但此前市场上没有一款仪器可以自动完成中药基原物种的基因鉴定。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify margin-bottom: 10px " 据中国中医科学院中药研究所所长陈士林介绍,此次发布的中草药DNA条形码高通量基因测序一体机,通过片段化测序和比对拼接解决高通量测序读长较短问题;通过DNBSEQTM技术解决扩增子串混的问题;可实现一站式序列处理,完成从原始序列到物种鉴定的全流程;利用碱基占比替代一代序列荧光强度峰图,实现序列细节的更高精度展示。研究团队攻克产业链条上游壁垒,完成硬件仪器的自主知识产权和国产化,摆脱我国中草药基因鉴定对国外仪器的依赖,进一步稳固我国在中草药基因鉴定领域的国际领先地位。 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify margin-bottom: 10px " 评审专家认为,该仪器可实现一站式序列处理,完成从原始序列到物种鉴定的全流程。通过大样本多批次的实验,突破了传统一代测序技术一条通道一次智能测序一条序列的局限。该仪器由深圳华大智造科技有限公司、中国中医科学院中药研究所、武汉华大智造科技有限公司联合开发。 /p p br/ /p
  • 德国Gonotec 3000渗透压仪新品上线,全新触摸屏
    德国高能泰克(GONOTEC GmbH) 公司成立于1979年,是欧洲专业的渗透压仪制造商,产品种类齐全,拥有冰点法、蒸气法、渗透膜法等适用于各种检测原理的渗透压仪,广泛用于工业、科研、临床、医疗等领域的水溶液、有机溶液、胶体溶液的渗透压及分子量的测定。 德国GONOTEC 2012年8月重磅推出全新触摸屏冰点渗透压仪,主要用于测量水溶液的冰点渗透值。Gonotec 3000冰点渗透压仪冰点测定仪采用冰点原理,冰晶注入式,取样量小,测量范围宽,能满足各种体液渗透压摩尔浓度的测定。 OSMOMAT 3000 &bull 自动测量 &bull 通过触摸屏操作控制 &bull 标配3点校准 &bull 标配配套的PC记录软件 &bull 坚固的测量装置设计,易于处理和维护 &bull 可选配内置打印机,可即时打印测量数据 产品技术参数 标准配置 显示 LCD - 触摸屏 触发结晶 通过自动尖端不锈钢针注入冰晶 制冷 两个独立操作的珀耳帖冷却系统 冷却系统 PID温度控制 样品量 50 uL 测量时间 60秒 单位 mOsmol /kg测量范围 0到3000 mOsmol /公斤H 2 Ø 数据传输 RS-232,USB数据输入端口,用于条形码阅读器 线性 100-240V,50/60HZ,80 VA 尺寸 220× 205× 360毫米 重量 约6.4公斤 可选配件 选项 D 打印机 图形化的点阵打印机,日期,时间信息,对每个测量的样本信息 数字位数 &ge 每行16个字符 纸 普通纸,43毫米宽模式 单打印,批量打印 打印方式 色带打印 错误消息 以纯文本打印 选项 M 样品量 15&mu L 重复性 &le ± 2.0%[0 -3000] mOsmol /kg 选项BC 数字数据输入 连接条形码阅读器 应用领域 渗透压测定在医药及临床上具有重要意义,主要用于测定血清或血浆、尿液、胃液、脑脊液、唾液、汗液以及各种代血浆、注射液透析液、婴儿饮料、电镜固定液、组织细胞培养液和保存液等溶液的渗透压,对于研究水盐代谢平衡、评价肾功能紊乱、监护糖尿病、观察ADH内分泌失调、了解创伤、烧伤、休克、大手术后等外科危急病情的变化以及对人工透析、输液疗法的监护和药物(尤其对中草药)的药理分析等,都有着重要意义。 全科医学 法医学 制药 强化实验室 妇科 泌尿科学 血液透析/血兽医 药房 常规与研究 电子 临床实验室 儿科 体外授精 肾脏病 植物学 生理 莱比信中国 市场营销部 上海市长宁区中山西路1277号海螺大厦1号楼602室 (200051) 联系电话:021-51767117, 51103181/82/83 传 真:021-51767118 邮 箱:info@labsun.net 网 站www.labsun.net
  • 快速检测中草药马兜铃酸方法问世
    p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201508/noimg/e0e4a279-f022-4d99-8d7d-8b10a0506f93.jpg" title=" 马兜铃.jpg" / /p p   近日,中国中医科学院中药研究所所长陈士林及其课题组找到一种用于识别传统草药中是否含有马兜铃酸的方法,该项研究日前在线发表于自然出版集团的《科学报告》上。 /p p   马兜铃酸来自马兜铃科植物,是一种具有肾毒性和致癌性的化学物质。研究显示由马兜铃酸引发的基因突变高于比烟草和紫外线对人体的影响。自2001年开始,欧洲、北美、中国台湾和香港等地区已经陆续禁止销售含有马兜铃酸的植物制剂。2003年至2004年,我国食品药品监督管理总局发布了关于禁止中药材青木香、广防己、关木通等含有马兜铃酸成分的中药材制剂的通知。此外,中国食品药品监督管理总局还颁布了含有马兜铃、天仙藤、寻骨风和朱砂莲的中成药需按照处方药管理的规定。 /p p   据悉,目前我国正在组织开展对含有马兜铃酸药材的鉴定、化学成分、药理、毒理等全方面的研究工作。为了开发一种区分马兜铃科植物以及寻找潜在替代品的方法,陈士林及其课题组分析了来自46个物种的158种马兜铃科样品和来自33个物种的131种非马兜铃科样品,利用DNA条形码技术,对这些中药材从基因层面进行了识别和分析。基于此,研究人员建立起一个可以成功分辨马兜铃科植物草药的标准条形码序列库和一个实时的PCR检测方案,可以快捷、准确得到检测结果。 /p p   经过检验,研究人员发现来自马兜铃科的大多数样本中都含有有毒的马兜铃酸。鉴于传统识别干燥后的草本植物方法易于出错,研究人员提出的整合系统可以为草药产品提供高效可靠的认证系统,从而保护消费者免受马兜铃酸类带来的相关健康风险。 /p p br/ /p
  • 2015 IBO工业设计奖:令人叹为观止的9款仪器
    每年的8月中旬,仪器市场展望(Instrument Business Outlook,IBO)都会公布年度IBO工业设计奖获奖者,旨在表彰那些在工业设计方面非常优秀的分析仪器、便携式分析仪器以及实验室设备,获奖的产品更重要的是基于它们良好的外观视觉效果而不是仪器性能。  今年也不例外,IBO官网近日宣布了2015年度第21届IBO工业设计奖的获奖名单:  分析仪器工业设计  金奖:Fluidigm公司全新SNP基因分型平台 – Juno系统  Juno系统可在3小时内处理完成低至2.5ng/ul的DNA样本SNP基因分型,有效突破了基因分型领域目前对高浓度、高质量DNA要求的瓶颈。  银奖:FUNGILAB公司V-紧凑型旋转粘度计  这是世界上第一款没有内置屏幕的旋转粘度计,可与移动设备联用,其参数和功能可在APP上设置实现,为现代的科研人员提供良好的访问体验。  铜奖:Xenocs公司Nano-inXider小角X射线散射(SAXS)/广角X射线散射(WAXS)系统  受益于Xeuss 2.0独特技术,Nano-inXider紧凑的外型适用于各种实验室环境,可广泛用于消费保健品、药物发现、石油化工、可再生能源等领域的纳米材料表征工作。  便携式分析仪器工业设计  金奖:DetectaChem公司SEEKERe毒品炸药检测仪  Seeker系列产品是美国Datectachem最新研发和生产的手持式毒品炸药检测设备,它采用了比色技术,可以说是当前世界上最小的一款掌上型毒品/炸药探测器。  银奖:Spectro Scientifics公司Q6000燃油稀释仪  Q6000采用的是Spectro Scientificss与美国军方共同研发的表面声波传感器,可用于实验室和现场检测,非常适合车队维护人员快速分析和判断燃油泄漏情况。  铜奖:Tribogenics公司Watson X射线荧光光谱分析(XRF)系统  过去20年,XRF技术已成为合金鉴别的行业标准,而Watson的问世,或将重新定义这项标准,然而这款突破性XRF产品的售价仅为9999美元。  实验室设备工业设计  金奖:BioCision公司ThawSTAR自动样品解冻系统  ThawSTAR采用全固态加热方式,可提供快速、一致和可重复的解冻过程,填补了细胞冻存工作流程的最后一块空白。  银奖:Hamilton Storage Technologies公司 LabElite条形码阅读器  LabElite高速I.D.阅读器可自动试读所有常见管架上的二维条形码,可以提供样品加工过程中完整的样品追踪。  铜奖:Retsch公司Emax高能球磨机  Emax结合了传统球磨仪摩擦力和混合球磨仪撞击力的优势,并以2000转/分的速度在最短时间内将样品研磨至纳米级,“这是一个颠覆性的创新研磨产品”。  2014 IBO工业设计大奖揭晓 岛津、赛默飞获奖  2013 IBO工业设计大奖揭晓 岛津、布鲁克获奖  IBO 2012年工业设计奖揭晓 安捷伦、马尔文获奖编辑:刘玉兰
  • 这家初创单细胞公司推出新技术:无需专用仪器 可适应多个测序平台
    英国初创公司CS Genetics正致力于将一种无需专单细胞专用析仪器的单细胞分析技术商业化,该公司称这种技术简单、灵活、易于扩展。 预计该公司将在2024年发布首个单细胞RNA测序试剂盒。首席执行官杰里米-普雷斯顿(Jeremy Preston)于2022年加入CS Genetics公司,此前曾在Illumina公司工作十多年,他表示:"我们的第一款产品将是SimpleCell™ 3′基因表达产品,名为SimpleCell,这个名字展示了我们拥有最简单的单细胞技术,没有之一。CS Genetics 技术的核心是一种单细胞索引方法,它借助所谓的动力学约束(kinetic confinement)来控制三维溶液空间内的反应动力学。"公司的基础技术是由公司创始人兼首席技术官卢卡斯埃德尔曼(Lucas Edelman)博士开发的。总体而言,CS Genetics 的动力学约束技术利用了两种专有解决方案:一种名为 CPair 的索引试剂,可将索引序列直接传递给单个细胞;另一种是动能封闭缓冲液 (KCB),这是一种双功能试剂,可实现热激活细胞裂解和动力学约束索引。更具体地说,CPair解决方案包含细胞结合分子,这些分子锚定在所谓的编码链的末端(这正是CS Genetics的名字来源),这些编码链是附着在珠子上的工程化DNA链。编码链还包含用于对核酸进行条形码处理的索引寡核苷酸。当细胞被引入CPair 试剂时,经过优化的化学计量促使 CPair 与细胞以一比一的比例结合。随后加入一种专有的粘性缓冲液,这种缓冲液的设计目的是防止索引寡核苷酸在细胞-CPair 复合物之间的空间扩散。细胞与CPair 试剂结合后,可在进一步处理前冰冻或冷藏保存。细胞配对后,加入动力学约束缓冲液,通过热激活裂解细胞,释放细胞中的核酸成分。温度升高也会释放编码链上的索引寡核苷酸,然后通过冷却反应将条形码与目标核酸杂交。之后,用户可以使用标准分子生物学技术制备测序就绪的单细胞文库。据普雷斯顿介绍,该方法的一个优点是,不需要物理分离细胞来进行单细胞定位,因此不需要专用的单细胞处理设备。此外,他还表示,该方案以溶液为基础,不涉及组合索引或乳状液,执行起来相对简单。"只要你有一台可以旋转条形试管或平板的离心机,有吸管,精准的多通道移液器,和一台热循环PCR机,你就可以进行测定,基本上就是这样。"他还表示,在细胞配对和热激活裂解之间停止这一过程的能力 "非常有价值"。"通常情况下,单细胞检测一旦开始,工作量就很大。CPair解决方案给了你巨大的灵活性——可以批量处理更多样品,也可以进行一些时间点和多参数实验。"到目前为止,该公司已在人和小鼠细胞上 "广泛"测试了这项技术,包括外周血单核细胞(PBMC)、神经元、小鼠脑组织离体细胞和脾脏组织细胞。该公司还没有在福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本上测试过这种方法,但普雷斯顿表示 "没有理由说它行不通"。至于灵敏度,内部数据显示,该方法可以常规地捕获每个细胞中的2000多个基因,不过普雷斯顿认为这一指标还可以更高。虽然该公司尚未最终确定其产品规格,但他表示公司的目标是每个样本最多能捕获约 5000 个细胞,此外,细胞捕获率达到 40% 以上。就周转时间而言,从进行实验到测序的工作流程大约需要七个小时,CS Genetics将努力进一步缩短周转时间。普雷斯顿表示,自动化也还有 "很大的空间",有可能为 "更大规模的单细胞研究 "采用这种方法打开大门。虽然公司的初始产品是基于Illumina测序平台开发的,但单细胞文库可以通过商业化工具包去适配到其他测序平台。他补充说,内部研究表明,使用 Element Biosciences 和 Illumina 平台对相同样本进行测序时,数据质量 "完全相同"。此外,普雷斯顿声称该公司的方法可以 "自然地获得最长的 RNA 片段",因为它 "对细胞非常温和",没有任何微流体或剪切成分。该公司还用 PacBio 测序技术测试了该产品,在没有任何优化的情况下,测序结果 "很好",读取长度达到 2 kb。定价方面,普雷斯顿表示该技术将比市场领先者 "便宜很多",同时与其他无仪器单细胞技术 "相当"。CS Genetics公司在 6 月份启动了一项技术开放计划。由于 "资源有限",该公司只接受了十几家早期客户,包括英国癌症研究中心、斯托沃斯医学研究所、苏黎世大学和纽卡斯尔大学。普雷斯顿说:"我们正在努力解决一些小问题,并提高产品的稳定性和可重复性。"该实验的 "占地面积极小",只有两个盒装组件。第一款产品设计可容纳 8 个样本,但该公司计划随后推出 16 个样本的版本。最初的目标客户将是核心实验室,但该公司也瞄准了可能在药物研发流程中部署单细胞分析的制药公司。据悉,CS Genetics 已经获得了一笔 "小额 A 轮投资",计划在 2024 年进行 B 轮融资。普雷斯顿表示,随着公司筹集到更多资金,他们将在欧洲和美国建立并扩大一支跨洲团队。目前,公司在英国剑桥设有小型研发总部,约有 20 名员工,另外,包括普雷斯顿在内的五名员工在加利福尼亚州负责商业运营。除转录分析外,该公司还计划进一步开发动力学约束技术的其他应用,如利用抗体选择性捕获单细胞。该公司还在单细胞水平上开展了蛋白质组学分析的概念验证工作。征稿通知:基因测序仪是解码生命科学的利器,因其技术壁垒高、开发难度大,市场长期被少数几家跨国企业垄断。近些年,基因测序仪市场格局正在快速发生变化,涌现出许多新企业并纷纷推出自主研发的商品化测序仪。基于此,仪器信息网特别策划“基因测序仪新势力”专题,并向测序技术研究专家、测序仪应用专家和基因测序仪企业广泛约稿,充分了解基因测序新企业、新仪器、新技术及新应用进展。投稿邮箱:lizk@instrument.com.cn点击图片了解详情
  • 单细胞转录组测序的最新进展盘点
    单细胞转录组分析(scRNA-seq)尽管是一项相当年轻的技术,但商业化的scRNA-seq平台正在不断涌现,而生物信息学方案也越来越多。现在就让我们来盘点一下最新的研究进展。 SPLiT-seq:成本低至一美分 艾伦脑科学研究所的副主任Bosiljka Tasic指出,全基因组的单细胞分析目前很受欢迎。它让人们了解整个系统中的单个组分,也就是单细胞。与PCR和原位杂交等技术不同,全基因组分析无偏向地告知了细胞正在表达什么,而不需要你去选择分析什么。 现在有许多平台和技术可用于制备测序用的单细胞RNA。这些技术大体是在微孔板的各个孔中分离单个细胞,或者使用微滴来充当单个细胞的反应室。无论采用哪种方式,Tasic认为关键是在分析的某个时刻将细胞分离并添加条形码,这样才能将RNA序列分配到它们当初来源的那个细胞。 Bosiljka Tasic联合华盛顿大学的Georg Seelig团队开发出一种称为SPLiT-seq的技术,其中细胞本身作为反应室。这种技术将细胞或细胞核固定,以便捕获RNA,不过洗涤试剂可以进进出出。通过一系列合并和分离的步骤,它开展逆转录并连接条形码标签,最终进行裂解和PCR(使用条形码引物)。 SPLiT-seq技术于今年3月发表在《Science》杂志上。据Tasic介绍,这是一种低成本的技术,每个细胞的建库成本低至一美分(约合人民币七分钱),大大降低了实验室开展单细胞分析的门槛。“真正强大的是它几乎无需任何特殊仪器,”Tasic补充说。 研究团队利用SPLiT-seq技术对出生后第2天和第11天小鼠大脑和脊髓组织的细胞核进行分析。他们成功地鉴定出100多种细胞类型,其基因表达模式与细胞功能、区域特异性和分化阶段相对应。这些数据可用于创建基因表达图谱,与艾伦研究所的其他参考图谱互补。snDrop-seq:单核RNA测序 加州大学圣地亚哥分校的张鹍(Kun Zhang)团队则关注人体组织的单细胞分析。“你需要将细胞彼此分离,才能开展各种单细胞分析,”他说。不过,大脑组织很难解离,“这就使结果存在很大的偏向性,因为有些细胞分离,而有些细胞则彼此相连。相比之下,提取完整的细胞核则相对简单”。 他们采用了一种经过改进的snDrop-seq方案,希望破坏微滴中的核膜,并尽量避免RNA降解。“常规的Drop-seq或10X Genomics方案不行,因为膜不会破裂,”张鹍解释说。目前有几种方法可以完成这项任务,比如改变微流体芯片,让核膜在机械力作用下分解。“我们实际上提高了温度来破坏核膜。” 他们同时开展了snDrop-seq和scTHS-seq,后者为染色质开放性检测。“这使得我们能够在RNA水平和染色质水平上比较这些单细胞,”张鹍指出。他们能够重建各种脑细胞的表观遗传图谱,并利用单细胞多组学方法将风险因素与特定的细胞类型相关联,了解神经元、小胶质细胞和少突胶质细胞对阿尔茨海默病、自闭症或精神分裂症等病的贡献。Smart-seq2:处理少量样本 Wellcome Sanger研究所的Adam Reid及其同事想要了解疟疾生命周期中的遗传控制。 通过测序不同步的单细胞并分析转录组,他们发现寄生虫阶段的发育实际上有很大的变化。“如果对大量RNA进行测序,这一点并不明显,”研究人员谈道。 他们对低通量的Smart-seq2方案进行了修改,目标是分析每个阶段的100个细胞。 Reid表示,与高通量的10X Genomics或Drop-seq平台相比,“你可以获得更多关于哪些基因表达以及表达丰度如何的信息”。 引起疟疾的疟原虫非常小,含有极少量的RNA,并且基因组偏向性非常明显,GC含量 低至20%,而哺乳动物大约是35-40%。因此,建库的试剂往往不能很好地发挥作用,不过通过增加PCR循环次数和尝试不同的酶,研究人员还是很好地解决了这一问题。生物信息学工具:ASAP 人们也许会对scRNA-seq望而却步,因为需要购买复杂的仪器和掌握生物信息学流程。有时,生物学家和信息学家之间的沟通“非常糟”,瑞士生物信息学研究所的负责人Bart Deplancke回忆说。在准备开展脂肪组织的单细胞转录组学研究时,他们有许多数据集需要处理,却发现其合作者往往无法开展。 于是,他们着手安排合作,让两类研究人员能以更直观的方式观察和处理数据。他们开发出一个名为Automated Single-cell Analysis Pipeline(ASAP)的平台。这是一个基于Web的完整流程,提供了标准工具,包括过滤、降维、聚类、差异表达和功能富集。它能够与各种数据库交互,并以2D或3D显示结果。“对于每个步骤,我们都提供了基本教程,它将告诉你每种分析工具能做什么,”Deplancke说。 他指出,“即使是生物信息学家也很喜欢用,因为它能够快速处理和查看数据。然后他们与生物学家一起观察数据,提出一些新的假设,并通过实验或计算手段来进一步证明它。”
  • 国产全自研纳米孔基因测序仪迈向矩阵化发展 齐碳科技再发测序仪新品
    6月28日,“以齐之力 共话病原 齐碳科技新品发布会暨在线学术研讨会“顺利举行,齐碳科技发布纳米孔基因测序仪QNome-3841hex,以及相关试剂盒,为灵活测序场景提供全新解决方案。齐碳科技线上发布会作为齐碳QNome家族新成员,QNome-3841hex的成功发布,标志着国产纳米孔基因测序仪开始矩阵化发展,将满足市场更多元的测序需求,为各领域的研究及应用提供核心支持。6张芯片独立运行 响应灵活测序的市场需求发布会上,齐碳科技联合创始人谢丹表示,“纳米孔基因测序仪QNome-3841hex为一款桌面式测序仪,是QNome-3841的升级版,其最大的特点在于更为灵活的通量,支持最多6个测序任务独立运行,测序过程中可自由组合测序芯片,灵活可控,无需凑样,最大程度上降低开机成本“。纳米孔基因测序仪QNome-3841hex数据产出方面,QNome-3841hex搭载全新升级测序芯片QCell-384,单张芯片可产出3G数据量,在6张芯片同时运行的环境下,一次测序可获取18G数据,满足了更高通量的测序需求。准确率和读长方面,QNome-3841hex延续了上一代产品的特性,单次准确率依然保持在90%,一致性准确率达99.9%。长读长一直是纳米孔单分子基因测序的显著特点,理论上的测序读长没有限制,只取决于样本核酸的读长长度,因此QNome-3841hex的读长范围很大,短则200bp,最长读长超过2Mbp。应用表现上,齐碳内部针对各类场景需求,在QNome-3841hex上进行了不同芯片组合的性能测试,并在病原鉴定、微生物组装、肿瘤融合基因鉴定、法医鉴定、人基因组低深度测序等多个方向进行了应用测试,均得到超预期的结果或指标,表明了QNome-3841hex应用的广泛性和可靠性。作为一款桌面式纳米孔基因测序仪,QNome-3841hex外观简洁、操作简便,可摆脱中心实验室的限制,加之其文库制备简单、边测序边分析、实时basecall的特点,有助于在突发公共卫生事件中,随时随地深入一线,快速查找问题源头,以及在病原体研究场景下,助力快速检测,全面掌握病原体基因信息。对于业界关注的齐碳半年内两度发布新品,谢丹表示,“随着齐碳QNome测序平台在越来越多的场景和领域提供价值,国产纳米孔基因测序技术硬实力被见证和认可的同时,市场端和应用端也赋予其更多期待:更灵活的测序、更高的通量、更低的成本等等。历经半年,齐碳科技携QNome-3841hex为市场交出一份新答卷。”作为齐碳纳米孔基因测序仪的早期体验者,扬州大学兽医学院李瑞超教授表示,我们感受到齐碳QNome平台在测序读长方面有优势明显。QNome-3841hex作为升级版,在通量方面有显著提升,势必会进入到更多应用场景,期待新品能够助推更多科研成果的产生。测序技术的发展,将极大推动生命科学和医学研究的进步,期待国产纳米孔基因测序技术更加成熟稳定,造福技术研究和临床应用。发布会上,齐碳科技还带来一款PCR条形码建库试剂盒,满足单张芯片多个样本混合测序需求。该试剂盒包含条形码试剂盒与PCR建库试剂盒两个模块,提供12个条形码,支持6组混合文库构建需求,3小时即可完成建库,简单快速,配合齐碳QNome测序平台,可极大降低单个样本的测序成本。国产纳米孔基因测序技术赋能微生物研究 为快速检出提供核心支持今年以来,齐碳纳米孔基因测序仪及配套芯片、试剂等产品,已陆续实现用户端交付,代表着国产纳米孔基因测序仪正式走向市场。借此发布会契机,齐碳科技还邀请到北京大学人民医院检验科主任王辉教授和中国科学院武汉病毒研究所杨航研究员两位专家,就纳米孔基因测序仪在微生物研究领域中的实测及应用探索,进行主题分享。王辉教授表示,近半年来,与齐碳合作了细菌基因组组装、宏基因组测序等项目,以及对齐碳宏基因组病原检测解决方案进行临床验证。很欣喜地看到齐碳纳米孔基因测序技术的突破,齐碳QNome测序平台可快速、稳定检出病原,并且对临床阳性样本的检测结果与经典方法高度一致。此外,纳米孔基因测序在耐药菌检测领域,也潜力无限。杨航研究员表示,在对噬菌体、耐药菌及其相互作用的研究中,快速、准确的基因测序技术,对科研和临床都十分有意义,希望与齐碳QNome测序平台继续合作,为噬菌体、细菌互作以及噬菌体耐受的研究,持续提供价值。作为生命科技的核心工具,齐碳的纳米孔基因测序仪还在司法刑侦、公共卫生防疫、动植物研究、感染诊断等多元领域中实现应用,目前,使用齐碳QNome测序平台的机构已超过100家,国产纳米孔基因测序技术正在赋能越来越多学者、科研人员的研究突破工作。发布会上,来自中国科学院昆明动物所、清华大学附属北京清华长庚医院、四川大学华西基础医学与法医学院的专家指出,齐碳QNome测序平台展现出国产自主研发精密仪器的卓越性能,在测序稳定性和速度方面表现优秀,很期待齐碳的纳米孔单分子测序技术不断升级优化,在更多领域提供价值。 乘势而上 带领国产新一代基因测序技术产品迈向矩阵化发展当前,生命科技革命席卷全球,加速融入到经济社会发展当中,为人类生命健康需求的快速增长,提供更为丰富的解决方案。以基因测序为代表的生物技术,迎来前所未有的发展机遇。日前,国家发改委印发《“十四五”生物经济发展规划》,这是我国首部生物经济五年规划,《规划》提出,加快发展高通量基因测序技术,推动以单分子测序为标志的新一代测序技术创新,不断提高基因测序效率、降低测序成本。可以说,新一代测序技术的创新已上升至国家战略层面,如同谢丹在发布会上表示,“纳米孔基因测序技术已经展现出极大的潜力和颠覆力,我们相信,接下来的几年将成为纳米孔基因测技术与应用爆发的关键窗口期”。齐碳科技将借势政策东风,持续提升科技创新能力,驱动产品迭代,秉承开放、合作的态度,在不同研究领域开展科研合作,进一步打破转化壁垒,推进新一代基因测序技术在各领域的开创性应用,让科技成果尽快转化为现实生产力。
  • 多种单细胞RNA测序平台性能大比拼,七大平台各有所长
    p   自2009年以来,单细胞RNA测序一直是推动生物医学研究进步的重要动力。越来越多的单细胞RNA测序平台被应用于科研和临床。对于大规模的单细胞RNA测序研究来说,一个主要的技术障碍是高通量和灵敏度,还要考虑成本问题。随着低成本、高通量的液滴单细胞RNA测序平台的推出,研究人员在单细胞研究中有了更多的选择,但现有的平台性能如何?科研人员又该如何选择? /p p   为帮助研究人员根据自身需求选择最适合单细胞RNA测序平台。部分国内外科学家对已有平台进行了系统的性能比较,今年4月,生物分子资源设施协会(ABRF)公布了四种单细胞RNA测序平台Fluidigm、WaferGen、10X Chromium Controlle和Illumina/Bio-Rad测序平台的性能差异。11月,中国北京大学黄岩谊研究组、清华大学王建斌研究组等研究人员,联合发表了三种基于液滴的单细胞RNA测序平台10X Genomics Chromium、inDrop和Drop-seq的性能比较结果。两项独立研究结果均显示,没有一种平台可以很好的满足用户的所有需求,各个平台均有优缺点以及各自的应用范围。 /p p strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 研究一:10X Genomics Chromium、inDrop、Drop-seq性能比较 /span /strong /p p    img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/9a5662b2-a9e7-410e-a2a7-94d503182763.jpg" title=" 12.jpg" alt=" 12.jpg" style=" text-align: center " / /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(127, 127, 127) text-align: center " 黄岩谊(左) 王建斌(右) /span /p p style=" text-indent: 2em " 黄岩谊、王建斌的联合研究成果已发表在Molecular Cell。研究人员利用同一个淋巴母细胞系,对常用的三种基于液滴的超高通量单细胞RNA测序平台10X Genomics Chromium和inDrop、Drop-seq进行了性能比较,每种平台进行2~3个重复检测。同时,他们还开发了可适用于三个分析平台的生物信息分析框架。研究团队表示,研究开始时BioRad的ddSeq平台尚未推出,所以未包括在内。 /p p style=" text-align: center "    img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/c5b014fc-594b-4ba1-a190-a5cd100b026f.jpg" title=" 1.jpg" alt=" 1.jpg" style=" text-align: center width: 485px height: 512px " width=" 485" height=" 512" / /p p style=" text-align: center" span style=" color: rgb(127, 127, 127) " 研究概要 /span br/ /p p   研究团队表示,该研究中的单细胞RNA测序平台各有优缺点,并适用于不同应用。 strong 总体来说,10X Genomics的Chromium系统比Drop-seq或inDrop表现更强大,其技术噪音最小,稳定性最高。 /strong /p p    img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/eaf126b2-b5e6-4153-a06e-fe83a0259c2f.jpg" title=" 0.jpg" alt=" 0.jpg" style=" text-align: center " / /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(127, 127, 127) " 三个平台实验特征示意图及比较 /span /p p   该研究发现,基因表达聚类与分析使用的平台有关,表明存在基因水平的系统特异性量化偏差。研究人员仔细分析了每个平台中偏差的来源, strong 发现Chromium平台偏爱较短的序列和GC含量较高的序列,而Drop-seq对GC含量较低的基因检测效果较好 /strong 。 /p p   分析结果显示, strong 三个平台在重复性方面都是一致的,表明在同一平台上可以合并来自多个实验的检测数据 /strong 。但比较不同平台产生的数据仍非常有挑战性,为此,研究团队开发了可适用于三个分析平台的数据分析框架,方便数据比较。 /p p    img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/7f81f1a2-e4e6-4453-9409-dd9962161c24.jpg" title=" 4.jpg" alt=" 4.jpg" style=" text-align: center " / /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(127, 127, 127) " 左:各平台检测性能 右:各平台技术噪音 /span br/ /p p   在该研究中,就性能而言, strong 10X Genomics的灵敏度最高 /strong ,可在3000个基因中平均捕获17000个转录组 Drot-seq检测到2500个基因的8000个转录组;InDrop可检测到1250个基因的2700个转录组。灵敏度高的一个好处就是可以通过较少的reads获取相同级别的分子标记。此外,10X Genomics平台的噪音也最少。研究人员认为,inDrop平台噪音的一个来源是微珠的易变性,因为研究中出现了两批微珠检测同一样本的结果完全不同的情况。 /p p   该研究还意外发现了不同微珠对检测结果的影响。研究中的三个平台都在微珠上附加了条形码。为了确保一个细胞对应一个条形码,微珠和细胞都需要进行稀释。但微珠自身可能会影响稀释效果,进而影响细胞的捕获效率。例如, strong 10X Genomics和inDrop都使用水凝胶珠,它们体积大、柔软灵活,流经系统的速度较低,能够避免两个细胞或两个微珠被包裹在一个水滴中,因此只需要较小的稀释就能获得较高的捕获效率 /strong 。Drop-seq使用的微珠更小更硬,需要更大的稀释度避免微珠成对出现,但这会降低细胞捕获效率。 /p p   此外,检测结果表明,10X Genomics微珠的条形码错配较少,另外两个平台有超过一半的细胞条形码出现明显的错配。其中,Drop-seq约10%微珠的条形码出现一个碱基缺失。 /p p   转录组检测的试验成本和效率取决于具体场景。为方便研究人员选择合适的单细胞RNA测序平台进行研究,研究团队针对三个平台的表现与特性给出了指导意见。虽然大多数项目的细胞数量相对较多, strong 但对于稀少样本,如人类胚胎,需要细胞捕获效率更高的平台,10X Genomics是较为合适的选择 /strong 。但在三款平台中,10X Genomics的成本最高,定价为125000美元,仅运行单细胞实验的平台为75000美元,估计每个细胞的检测成本为0.50美元。 /p p   Drop-seq平台是较便宜的一个选择。Drop-seq平台制造成本为6000美元,购买花费不到30000美元,每个细胞的检测成本为0.10美元。但目前国内使用Drop-seq的成本明显高于国外。由于细胞捕获效率较低,Drop-seq平台适合样本丰富的研究,不太适合用于少量样本和珍贵样本的检测。 /p p    strong 当低丰度转录组的检测可选择时,选择inDrop更合适 /strong 。研究团队估计inDrop仪器成本约为50000美元,每个细胞检测成本为0.25美元。InDrop的主要优势是开放系统,用户可以根据自己的需求对其进行调整和定制。研究人员表示,inDrop还没有10X Genomics平台那么强大,但预计它会不断改善。总体来说,这三个平台都能提供令人满意的检测效率。 /p p strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 研究二:Fluidigm、WaferGen、10X Chromium Controller、Illumina/Bio-Rad平台性能比较 /span /strong /p p style=" text-align: center" img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201812/uepic/0a19edf1-b943-4748-b6ee-dc3ec8f54b18.jpg" title=" 5.jpg" alt=" 5.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em " ABRF研究小组针对一组经治疗和未经治疗的乳腺癌细胞系比较了Fluidigm、WaferGen、10X Chromium Controller和Illumina/Bio-Rad测序平台在易用性、成本和时间方面的差异。 /p p   在捕获能力方面, strong Fluidigm平台具有较低的细胞捕获能力 /strong ,该平台最高捕获400个细胞。除Fluidigm外,其他平台的捕获能力约为单臂4000个细胞。在捕获效率方面,不同单细胞测序平台的表现不尽相同,如10X Chromium Controller平台的捕获效率为65%,WaferGen平台为30%,而Illumina / BioRad平台的效率仅为3%。但每个单细胞RNA测序平台都可以区分已治疗和未经治疗的癌细胞,只是有些平台更具有特异性,有些平台更加适合处理解决治疗组的相关问题。 /p p   就基因检测结果而言,各检测平台在测试条件下具有相似的灵敏度。其中,Fluidigm平台的表现稍好,其他平台则差异不大。此外,研究人员发现这些平台都非常擅长检测低表达的基因。这四种平台也存在一些系统特异性偏差,尤其在GC含量和基因长度方面。这与黄岩谊等人的研究结果相似。 /p p   该研究结果显示,不同单细胞RNA测序平台在易用性和周转时间方面也各不相同。根据报告,10X Chromium Controller和Illumina / BioRad平台更易于操作人员使用,但Fluidigm HT则被认为使用较为困难。此外,Fluidigm HT-IFC平台的耗时为12小时,时间最长 Fluidigm 96 IFC、Illumina / BioRad和10X Chromium Controller平台耗时均约为10小时,相比之下,WaferGen仅用7小时。 /p p   ABRF研究小组也做了成本分析。Fluidigm HT-IFC方法从细胞捕获到测序需花费2500美元,每个细胞花费在3.13美元到6.25美元之间,96 IFC方法则花费2000美元,即每个细胞20.83美元 Illumina / BioRad每个细胞花费1~4美元 WaferGen每个细胞约花费3美元 10X Chromium Controller每个细胞花费0.15~1.50美元。 /p p   由于测序平台的性能各不相同,所以在不同测序试验中选择使用什么平台非常重要。实验人员在选择测序平台时需要根据实际情况考虑多种因素,以选择一种最能满足试验需求的平台。 /p
  • 安捷伦科技公司隆重推出两项创新型产品以推进临床癌症研究
    安捷伦科技公司隆重推出两项创新型产品以推进临床癌症研究HaloPlexHS 靶向序列捕获系统和 ClearSeq 综合癌症研究试剂盒提高了变异体检测的速度和准确度 2015 年 2 月 26 日,北京 — 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日推出了两项新产品(HaloPlexHS 靶向序列捕获系统和 ClearSeq 综合癌症研究试剂盒),专为提高临床癌症研究速度和准确度而设计。 这两项产品将使研究人员能够快速、准确地鉴定肿瘤样本中的疾病相关变异体,从而获得研究癌症治疗所需的重要信息。 安捷伦在本周于佛罗里达州马科岛召开的基因组生物学技术 (AGBT) 进展年会上展示了该新产品。 HaloPlexHS 靶向序列捕获系统 HaloPlexHS 以安捷伦创新的 HaloPlex 技术为基础,是高灵敏度的基于扩增子的目标测序方法。 该新方法使临床研究人员能够应对其中一个最严峻的挑战:准确地鉴定实体瘤和血液癌症中的低频体细胞变异。 HaloPlexHS 新一代测序产品作为第一类市售高灵敏度靶向序列捕获技术之一,配备有超过一百万个独特的分子条形码,以便在低频下准确检测等位基因。分子条形码对研究驱动突变出现在亚克隆细胞群中的异质样品的癌症研究人员而言尤为重要。 “我们需要具有高灵敏度、特异性和快速的方法来对1%以下的突变进行肿瘤负荷监测,”密苏里州圣路易斯华盛顿大学分子病理学培训主任 Eric Duncavage 博士说道, “HaloPlexHS 已证实为这项研究应用所需的理想产品。我期望 HaloPlexHS 能成为准确低频变异体检测的新临床研究标准。”ClearSeq 综合癌症试剂盒 ClearSeq 是安捷伦与华盛顿大学的研究人员共同开发的癌症研究试剂盒成品,它为许多癌基因和肿瘤抑制基因的分析提供了快速的解决方案。 该试剂盒是安捷伦不断扩增的 ClearSeq 癌症研究试剂盒中的最新产品,并且靶向 151 个含有疾病相关变异体的关键肿瘤基因。 该新试剂盒是针对临床研究人员而设计,它使临床研究人员能快速分析癌症样品中出现的多个突变。 “癌症是由多个基因中的基因改变而引起的复杂疾病,许多这类基因在低频下存在,”安捷伦诊断和基因组学事业部总裁 Jacob Thaysen 说道, “这些安捷伦测序解决方案产品组合的最新成员提供了创新型方法,使重要变异体的鉴定能达到前所未有的准确度。 加上我们的 Dako 产品组合的行业领先的癌症诊断工具,安捷伦提供了独有的一套解决方案,让您可以更全面地了解癌症,包括从发现性研究到诊断。” 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司(纽约证交所:A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者,是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。 安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作,提供仪器、软件、服务和消耗品,产品可覆盖到整个实验室工作流程。 在 2014 财年,安捷伦的净收入为 40 亿美元。全球员工数约为 12000 人。 如需了解安捷伦科技公司的详细信息,请访问 www.agilent.com。 编者注:更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻,请访问安捷伦新闻网站:www.agilent.com.cn/go/news。
  • 人工智能在硅谷造了一个全自动实验室
    p   旧金山湾地区的初创生物技术公司 Zymergen 的实验室,乍看之下普普通通——实验室的桌子上整齐的放着试管,架子上是各种化学药品。然而环顾四周,你会发现,这个实验室的工作人员似乎不太一样,他们身上发出一些机械运动以及风扇的声音。没错,在这个实验室里工作的全是机器人,这里是 Zymergen 公司的未来生物学实验室。 /p p   在这里你可以看到机器人伸出一个机械手,抓取一个上面有数百个小孔的塑料板,然后扫描了这个板上的条形码。下一步动作则是肉眼无法观察到的,机器人通过给予这个塑料板一个声波的冲击,使每个小孔都能溅出一滴小液珠,这个液滴迅速地被机械手获取,然后送往下一个仪器进行分析。相比起传统上科研人员使用移液器一个孔一个孔的操作,这个机器人 1 秒钟可以取 500 个样本。 /p p   不过,Zymergen 的科学家会告诉你,这些一点都不未来。使用机器人进行实验操作,通过条形码来进行记录都已经获得了相当广泛的应用。而通过声波取液的技术,称之为声微滴喷射,甚至已经存在了数十年之久。那么这个实验室究竟“未来”在哪里呢?Zymergen 的共同创始人 Jed Dean 博士会告诉你:“我不知道这些机器人在做什么实验。因为这些实验完全是由一个人工智能程序设计的。” /p p   没错,尽管机器人在实验室中有了普遍的应用,但是,从提出假说、设计实验、到分析数据,这些还都是人类科学家的工作。对于 Zymergen 来说,他们的目标就是完全取代人类科学家们的作用,由人工智能程序完成这些工作。最近一段时间以来在机器学习方面的发展,使得机器人有望完全胜任这些工作。 /p p   Zymergen 公司的实际业务是想提高可以生产重要工业原料的微生物的产量,这些原料可以用于生物燃油、塑料、制药等许多领域。通过改造这些微生物的基因组,Zymergen 想要找到大量提高产量的方法。 /p p   不过,这些工业微生物已经经过多年的选择和优化,要想更进一步的提高产量,需要对其基因组进行非常深入的研究,并且根据初步数据再做下一步研究。这即使对于非常优秀的科学家来说也是一件费时费力的事情。Zymergen 首席执行官 Joshua Hoffman 的估计是一个科学家一个月大约可以完成 10 项实验。通过传统机器人的帮助,这个数字可以提高到每周 1000 项,不过前提是需要给机器人提供正确的实验设计和指令,这往往是一个瓶颈。 /p p   对于一个有 5000 个不同基因的微生物来说,如果每个基因可以有 10 个变种,那么至少有 50000 个不同的微生物需要测试。你可以从中找出可以提高产量的几十个,接下来还要对这些不同的单个基因变种的组合进行测试。即使每周能够测试 1000 种,这仍然是一个漫长的过程。此外,光测试产量是不够的,微生物本身的生长能力也需要密切关注。而这就是机器学习能够发挥作用的地方,通过上一步实验的结果,机器学习算法能够设计出下一步需要进行试验的假说。 /p p   Hoffman 先生表示,目前为止,Zymergen 能够提升一些微生物产量的 10%。这看上去是一个小数字,但是对于年产值 1600 亿美元的化学工业来说,10% 的提升可能意味着数十亿美元的经济效益。 /p p   不过,人工智能能够找到提升产量的方法,但是却不知道其背后的生物学机制。Dean 博士却认为,这其实是人工智能的优势之一。因为传统科学方法只会从已知的与生产特定产品相关的基因入手,这其实有很大的局限性。Zymergen 的实验发现,许多人工智能发现的能够提高产量的基因变化与其化学合成通路没有直接的联系,其中甚至许多基因的功能是未知的。 /p p   科学的许多环节,都可以交由人工智能来完成 /p p   而对于生物学家来说,这些发现又是令人激动的。因为他们可以通过提高产量这一结果出发,进行反向推理,这有望揭开更多不为人所知的基因的功能。还有一种更终极的可能,那就是有一天人工智能程序能够自己去寻找这背后的机制。到那时,恐怕人类科学家真的没有用武之地了。 /p
  • 拉曼光谱赋能智能手机,实现精准药物分类
    光谱信息可视为材料的独特“指纹”,利用无处不在的智能手机,实现检测、记录、分析材料的光谱信息,一直是科学家和消费者所期待的。由于线上药店和药品供应链的不断增加,假药甚至已逐渐威胁到了公共健康安全。而拉曼光谱可以为药物分类识别提供有价值的信息。据麦姆斯咨询报道,近日,韩国三星综合技术院(Samsung Advanced Institute of Technology)、忠南大学(Chungnam National University)、成均馆大学(Sungkyunkwan University)和韩国中央大学(Chung-Ang University)组成的科研团队在Nature Communications期刊上发表了以“Drug classification with a spectral barcode obtained with a smartphone Raman spectrometer”为主题的论文。三星综合技术院的Un Jeong Kim和Suyeon Lee为该论文的共同第一作者,通讯作者为三星综合技术院的Hyuck Choo。这项研究重点展示了基于智能手机的拉曼光谱仪,该设备足以用于药物分类。该拉曼光谱仪是由三星Galaxy Note 9智能手机图像传感器上的二维(2D)带通滤波器周期阵列与紧凑型外置拉曼模块组成。该图像传感器所捕获的拉曼强度图被定义为类似于传统条形码的拉曼光谱条形码,即能够进行定位、识别和/或跟踪功能的机器可读光学标签。研究中,利用卷积神经网络(CNN)对药物的11种主要成分进行分类,准确率高达99.0%。光谱条形码的优势在于:它可以识别药物的品牌名称和未知药物的主要成分。将光谱条形码与红绿蓝(RGB)成像系统所获信息相结合,或直接应用图像识别技术,这种基于材料固有特性的标签系统将促进基础研究的进步并有望获得更多商业机遇。图1为基于智能手机的拉曼光谱仪和光谱条形码示意图。光谱条形码即通过智能手机拉曼光谱仪获取的2D拉曼强度图,智能手机内嵌了用于分类的人工智能(AI)算法。拉曼信号由一个集成了785 nm激光二极管的紧凑型外置模块来产生和收集。小型化的外置拉曼模块安装于Galaxy Note 9的后置摄像头上。图1 基于智能手机的拉曼光谱仪和数据处理分析的示意图研究人员演示了使用智能手机拉曼光谱仪进行药物分类的实验。该研究选择了三种常见疾病(高血压、糖尿病和高脂血症)最常用的处方药和三种非处方药(维生素B6、维生素C和对乙酰氨基酚)来进行药物分类实验。图2显示了在高血压、糖尿病、高脂血症和其他非处方药中发现的11种主要成分的代表性光谱条形码。图2 11种主要药物成分的代表性光谱条形码图3呈现了基于光谱条形码技术的药物分类数据处理示意图。当与CNN相结合时,拉曼光谱可成为预测药物主要成分甚至药物品牌的强大工具。图3 光谱条形码编码及数据处理分析的示意图图4展现了用于对药物主要化学成分进行分类的混淆矩阵。混淆矩阵主要用于评估药物分类的准确性、比较药物实际类别,并利用分类算法预测药物类别。图4 54种药物主要成分分类的混淆矩阵有时可能需要识别同一药物组中药物的名称和品牌,这是因为不同药物品牌特定的添加剂或涂层会影响药物在体内的作用过程,例如吸收速度或过敏反应。图5显示了三种品牌二甲双胍药物(Diabex 1000mg、Dybis、Glu-M SR)的光谱条形码及其光谱。图5 具有相同主成分的药物的光谱条形码比较综上所述,该研究介绍了利用基于智能手机的拉曼光谱仪获得光谱条形码的构想和实验。与安装光栅和CCD的市售光谱仪相比,尽管由于带通滤波器阵列和CMOS图像传感器的固有特性,智能手机拉曼光谱仪仍获得了相对较低的光谱分辨率和信噪比(SNR);但作为便携式光谱仪,其品质因数(Q因数)仍足够高,而且功耗低。只需要外部光源和收集光学元件就可以从药物样品中激发并收集其拉曼信号,无需额外将电路板连接到智能手机。这使得这款智能手机光谱仪更为紧凑(外置模块最小化),用途更广泛。在智能手机光谱仪中集成人工智能功能,可使开发的光谱仪功能更加强大。实验结果表明:(1)利用包含弱拉曼信号的光谱条形码进行药物分类,对药物主要成分识别和药物品牌识别的准确率分别为99.0%和79.5%。(2)通过结合CNN处理药物的RGB图像,可将药物品牌识别的准确率提高到83.2%。未来,通过减小通道(CH)尺寸到像素级并增加通道阵列密度,利用智能手机摄像头有望同时测量目标的光谱和形态信息,即实现高光谱成像。这将大大提高光谱仪的便携性和可用性,在智能手机领域开辟新的应用。这项研究获得了韩国国家研究基金(NRF-2021R1F1A1062182、NRF- 2020R1A6A1A03047771、NRF-2021R1A2C1010747)和韩国卫生福利部(HR21C0885)的资助和支持。论文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-023-40925-3
  • VELP发布意大利VELP全自动纤维素新品
    意大利VELP公司全新推出全自动纤维素分析仪,可以测定粗纤维,酸性洗涤纤维和中性洗涤纤维。具有如下特点:彩色显示手触屏,更便捷:具有内置标准程序和可编辑程序;全自动完成包括试剂预加热,消煮、过滤、排废等操作步骤,自动添加酸,碱,蒸馏水,酶和消泡剂,酸和碱试剂瓶配备液位传感器,液位低时会自动报警提醒。可通过网线或者Wifi连接VELP Ermes云平台,通过手机或者PC端实时监控仪器运行情况,并可以远程操控仪器。消煮时,设置加热强度百分比,以减少浸提时的泡沫产生。创新点:1,实现了全自动运行:包括试剂预加热,消煮、过滤、排废等操作步骤;同时试剂的添加实现全自动,包括自动添加酸,碱,蒸馏水,酶和消泡剂。 2,物联网:可以通过Wifi或者网线和Ermes云平台连接,随时随地和机器进行信息交换。 3,扩展性和数据准确性创新:可以外接扫码器和天平,在称重前扫描坩埚上的条形码可以自动把传输并保存在机器上,避免样本重量和编号出现错误。 意大利VELP全自动纤维素
  • VELP发布意大利VELP全自动纤维素新品
    意大利VELP公司全新推出全自动纤维素分析仪,可以测定粗纤维,酸性洗涤纤维和中性洗涤纤维。具有如下特点:彩色显示手触屏,更便捷:具有内置标准程序和可编辑程序;全自动完成包括试剂预加热,消煮、过滤、排废等操作步骤,自动添加酸,碱,蒸馏水,酶和消泡剂,酸和碱试剂瓶配备液位传感器,液位低时会自动报警提醒。可通过网线或者Wifi连接VELP Ermes云平台,通过手机或者PC端实时监控仪器运行情况,并可以远程操控仪器。消煮时,设置加热强度百分比,以减少浸提时的泡沫产生。创新点:1,实现了全自动运行:包括试剂预加热,消煮、过滤、排废等操作步骤;同时试剂的添加实现全自动,包括自动添加酸,碱,蒸馏水,酶和消泡剂。 2,物联网:可以通过Wifi或者网线和Ermes云平台连接,随时随地和机器进行信息交换。 3,扩展性和数据准确性创新:可以外接扫码器和天平,在称重前扫描坩埚上的条形码可以自动把传输并保存在机器上,避免样本重量和编号出现错误。 意大利VELP全自动纤维素
  • 昆明市场销售的牦牛肉干9成系假冒
    许多游客来云南、四川旅游都会买上一些牦牛肉干,但却无法知道真假。记者30日从正在昆明举行的第五届国际生命条形码大会上获悉,中国科学院昆明动物研究所2011年以来,利用DNA条形码技术对昆明市场11种袋装牦牛肉产品进行科学鉴定,结果9成为假冒。   当日,第五届国际生命条形码大会展出43个国家和地区科学家在DNA条形码方面的科研成果。中科院昆明动物研究所首次对外展出了该所利用DNA条形码技术鉴定牦牛肉干的科研成果。   中科院昆明动物研究所生命条形码南方中心副主任王文智博士介绍,2011年以来,该所陆续收集云南昆明、四川成都、青海西宁等地超市销售的30种牦牛肉产品,通过DNA条形码技术,鉴定出昆明市场的11个产品中有91%为假冒,成都市场的8个产品中假冒率为75%,成分多为黄牛、水牛、猪、野生的老鼠。   据悉,中科院昆明动物研究所在进行鉴定的时候,鉴定品牌只在大型超市购买,这样品牌名称会出现在购物小票上,且每一步骤都照相留证。昆明市场鉴定的11个产品均购买于家乐福白云路店和沃尔玛大观店。   随后,针对牦牛肉干产品的真假问题,记者致电沃尔玛大观店,但无人接听。家乐福云南区公关经理苏晓辉称,家乐福只选择有资质的供应商,此外供应商还必须出示生产许可证和每年至少两个批次的质检报告,进而保证牦牛肉干的质量。   王文智透露,目前该院还未发布假冒牦牛肉干产品的品牌,但会在近期以论文的形式公布。
  • PacBio公司2015愿景:测序通量提高4倍
    近日,PacBio公司首席安全官Jonas Korlach在官网上发表博客表示,PacBio公司计划提高PacBio RS II测序平台的通量,使每SMRT cell一次运行可输出超过4GB数据,平均读取长度增加到15-20KB。   去年秋天该公司升级了测序聚合酶和化学染料(P6-C4),使每SMRT cell 数据输出量从0.5G提升到1GB,平均读长达到10-15KB。最初的PacBio RS II平台,一天运行16个SMRT Cell只能产生6.4G的原始数据。   PacBio公司计划通过提升化学试剂,操作流程及软件来提高测序质量。包括将单一聚合酶加载到芯片上,从而提高装载效率。   此外,该公司计划提升样本制备流程并将其简单化,为混合样本添加条形码,发布长插入片段和全长cDNA文库的操作手册。   在数据分析方面,PacBio公司计划与生物信息学团队合作开发更快的de novo组装基因组的算法,进一步开发Falcon assembler及其他软件来解决二倍体或多倍体基因组的分析工作,简化全长转录本测序、Iso-Seq&trade 全长转录本/异构体测序以及人类白细胞抗原(HLA)单体型定相的工作流程。
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