序列变异库

p 　　近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发了国际领先、国内首个规模最大的基因组序列变异库——GVM(Genome Variation Map)。该库基于人工审编整合了多个物种的大量基因组序列单核苷酸多态位点和小的插入与删除变异信息，是基因组序列变异信息汇交、管理与检索的资源库。研究成果以Genome Variation Map: a data repository of genome variations in BIG Data Center为题，在线发表在Nucleic Acids Research上。 /p p 　　基因组序列变异是基因组DNA水平发生的可遗传变异，是生物多样性的基础，是物种进化、分子育种、优良性状选育、人类疾病等研究最为宝贵的遗传资源。近年来，随着测序技术发展，越来越多物种的基因组被精细解析 物种内遗传多态变异位点也通过大规模的群体测序获得，并广泛应用于复杂性状的关联解析。国际两大数据中心NCBI和EBI旗下的dbSNP和EVA是主要的基因组序列变异资源库。今年5月，NCBI宣布自2017年9月1日起，dbSNP和dbVar两大数据库停止接收非人物种的SNP提交信息，自2017年11月1日起停止非人物种的SNP在线查询与提交。这对基于序列变异研究的科研人员造成了不便。 /p p 　　为此，GVM作为生命与健康大数据中心的核心数据资源库之一，搜集了以二代测序和芯片技术为主要检测手段的全基因组序列变异检测的原始数据，通过标准化的变异位点鉴定与注释，获得包括人、畜牧动物、主要农作物和其他资源物种在内的19个物种共约50亿的变异信息，8,884个个体的基因型数据，并通过人工审编收录了13,262条高质量非人物种的基因型与表型知识数据，整合了180,911条人变异位点的知识信息。其中，大熊猫、虎鲸、毛竹、橡胶、小麦是GVM数据库所特有的物种。 /p p 　　GVM开发了友好的数据提交、浏览、搜索和可视化功能。用户可通过基因组位置、变异影响、基因名称和基因功能等检索变异位点信息，并下载数据 可通过ftp服务下载VCF和FASTA文件格式的全基因变异信息 可在线或离线方式向系统提交数据，这方便了科研人员的数据共享。 /p p 　　研究工作得到了中科院战略性先导科技专项、中科院国际大科学计划、国家科技攻关计划、国家高技术研究发展计划(863计划)、国家自然基金项目、中科院百人计划、中科院青年创新促进会等的资助。 /p p 论文标题：Genome Variation Map: a data repository of genome variations in BIG Data Center /p p style=" text-align: center " img title=" W020171027507396378092.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201710/insimg/a8ee4d25-d8cb-4e86-a1de-06e90d767ff5.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong GVM数据库物种变异信息统计表 /strong /p

被誉为生命科学“登月计划”的人类基因组测序再次取得重大进展：国际科学团队端粒到端粒联盟（T2T）发表了第一个完整的、无间隙的人类基因组序列，首次揭示了高度相同的节段重复基因组区域及其在人类基因组中的变异。这是对标准人类参考基因组，即2013年发布的参考基因组序列（GRCh38）的“重大升级”。当地时间31日，《科学》杂志连发6篇论文报告这一成就。2001年2月12日，由6国科学家共同参与的国际人类基因组计划首次公布人类基因组图谱及初步分析结果；2003年4月15日，公布了人类基因组序列草图。然而由于技术限制，当初的人类基因组计划留下了大约8%的“空白”间隙。这部分很难被测序，由高度重复、复杂的DNA块组成，其中包含功能基因以及位于染色体中间和末端的着丝粒和端粒。新的无间隙版本被称为T2T-CHM13，由30.55亿个碱基对和19969个蛋白质编码基因组成。增加了近2亿个碱基对的新DNA序列，包括99个可能编码蛋白质的基因和其中近2000个需要进一步研究的候选基因。这些候选基因大多数是失活的，但其中115个仍然可能表达。团队还在人类基因组中发现了大约200万个额外的变异，其中622个出现在与医学相关的基因中。此外，新序列还纠正了GRCh38中的数千个结构错误。具体而言，新序列填补的空白包括人类5条染色体的整个短臂，并覆盖了基因组中一些最复杂的区域。其中包括在重要的染色体结构中及其周围发现的高度重复的DNA序列，如染色体末端的端粒和在细胞分裂过程中协调复制染色体分离的着丝粒。新序列还揭示了以前未被发现的节段重复，即在基因组中复制的长DNA片段，已知其在进化和疾病中发挥重要作用。新序列还在识别和解释遗传变异方面具有重要改进，并揭示了关于着丝粒周围区域的前所未见的细节。这一区域内的变异性可能为人类祖先如何进化提供新证据。研究人员称，这一完整的、无间隙的序列对于了解人类基因组变异的全谱和了解某些疾病的遗传贡献至关重要。研究人员表示，下一阶段的研究将对不同人的基因组进行测序，以充分掌握人类基因的多样性、作用以及我们与近亲、其它灵长类动物的关系。【总编辑圈点】基因组的某些区域，其实是一遍又一遍的重复，这些重复区域包括细胞分裂中一些极其关键的部分，也包括可能帮助物种适应的新基因。在过去，所有这些重复使得科学家无法以正确的顺序“组装碎片”——就像高难度的、几乎每一块都相同的拼图，而人们不知道其中哪一块该放在哪，就在基因组图谱上留下了巨大空白。现在的最新成果不再有任何隐藏或未知的部分，或者也可以说，一个全新的基因宝库正在全人类面前徐徐打开。

安捷伦科技针对新一代测序的定制靶向序列捕获试剂盒序列范围扩展5 倍，碱基覆盖可高达34 Mb 2011 年4 月12 日，北京 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出用于新一代测序（NGS） SureSelect XT靶向序列捕获系统的最新定制试剂盒，该试剂盒可捕获高达34 Mb 的目标基因组区域。 新版定制试剂盒的序列覆盖范围比旧版扩展了5 倍，这使得研究人员能够将研究范围从人类外显子扩展到对动物、微生物、植物及其它生物体中较大的目标区域进行测序，目前尚没有针对此类研究的商业化预定义或目录版的靶向序列捕获试剂盒。 现在研究人员可以利用目录试剂盒或定制试剂盒对高达34 Mb 的序列进行研究，这种撒大网的方式有利于发现SNP、插入/缺失以及拷贝数变异。然后他们可以设计有针对性的自定义序列捕获文库，用于后续的大量样品研究。安捷伦提供eArray在线靶向序列捕获和芯片设计工具，可帮助用户设计并订购 SureSelect XT 定制版靶向序列捕获试剂盒（可选 10 到5000 次反应，及适用于各种主流 NGS 平台的格式）。 安捷伦SureSelect 平台市场总监Fred P. Ernani 博士说：&ldquo 安捷伦在定制长链寡核苷酸制造方面的出众能力再加上eArray 设计工具的强大功能，能够为研究人员带来卓越的具有高度灵活性且可定制的NGS 靶向序列捕获系统。现在，安捷伦能够为研究人员提供 200 Kb 到34 Mb 的大范围定制捕获试剂盒，几乎适用于任何规模的研究。&rdquo 随着测序结果的不断产生，研究人员可以不断采用 SureSelect 和eArray 工具反复进行快速设计和完善。现在，SureSelect XT 用户拥有全面的文库设计选择，从可直接使用的目录版试剂盒到结合了目录版和定制版内容的复合设计试剂盒，再到完全定制设计的试剂盒。 拥有DNA 靶向序列捕获和RNA 靶向序列捕获的SureSelect XT 产品线成为应用范围最广的新一代靶向测序技术平台。定制试剂盒的不断发展使得早期使用的客户能够捕获超过60 Mb 的序列。 靶向序列捕获工作流程 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化NGS工作流程。结合领先的新一代测序系统的更高速度，SureSelect XT的多重检测支持功能使得研究人员在每次实验中都能更全面地认识更多样品的基因组，这在过去是难以实现的。文库制备和靶向序列捕获流程的瓶颈已经得到有效解决。 为进一步提高处理通量，安捷伦还提供了集成式工作站，用于自动化完成SureSelect XT文库制备和靶向序列捕获工作流程。可针对多重测序对样品进行索引，且所有试剂都适合自动化操作。不久之后，安捷伦的Bravo 自动化液体处理系统所支持的自动化方案将增加RNA 捕获自动化统包方案。 SureSelect 靶向序列捕获平台作为基因发现的核心工具，现已被50 多篇同行评审的论文所引用。《科学》杂志12 月17 日刊登的2010 年十大科学突破中，其中两项突破&ldquo Reading the Neandertal Genome&rdquo （解读尼安德特人基因组）和&ldquo Homing In on Errant Genes&rdquo （外显子组测序/罕见疾病基因）均采用了本系统。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500名员工为 100多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技针对新一代测序仪的靶向序列捕获技术提速四倍 2012 年 3 月 26日，加利福尼亚州圣克拉拉市&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）推出了 HaloPlex 靶向序列捕获系统的加速版本，该版本适用于台式测序仪。使用该系统后，从前需要大约 24 小时才能完成的实验方案，现在不到 6 小时便可轻松结束。这就意味着，用户可在一个工作班次内完成从样品制备到测序的一系列流程。 &ldquo 我们近期有机会参与了6小时操作流程的早期测试。应用这一新流程，我们在早晨开始准备文库，下午就可以开始测序。&rdquo Ontario癌症研究所Andrew Brown说：&ldquo 实验结果表明，无论是血液还是石蜡包埋样本，也不论是900ng还是100ng的gDNA起始量，我们都可以清晰无误地检测出变异。&rdquo 新的 HaloPlex 系统只需要 200 ng DNA，仅仅是以前用量的四分之一，可以大大节省珍贵的样品。HaloPlex 也可用于石蜡包埋样本。该产品随试剂盒配有 96 种不同的索引序列，支持同时对多个样品进行平行测序。 独特的 HaloPlex 技术完美融合了聚合酶链反应系统的速度和特异性以及基于液相杂交体系的可扩展性和捕获片段大小的灵活性。该实验方案无需文库构建，利用单管操作，从而解决了多重 PCR 由于存在交叉杂交问题而使靶向序列数量受限的问题。该实验方案适用于 Illumina MiSeq 台式测序仪以及 HiSeq 和 GAIIx 测序仪。该工作流程比杂交捕获和微流体 PCR 方法更加简便快捷。 Halo Genomics 创始人、现安捷伦 DNA 测序市场部主管 Olle Ericsson说道：&ldquo HaloPlex 是一项创新技术，在台式测序和靶向序列捕获广泛用于临床研究的当今，使用该系统能够产生巨大价值。这个版本运行周期短、定制简单，能够完全满足行业需求。&rdquo HaloPlex 是一款定制产品。用户使用免费的在线设计向导（Web Design Wizard），在不到 10 分钟时间内就可完成设计，富集数以千计的目标基因组序列。 安捷伦于 2011 年 12 月收购了位于瑞典乌普萨拉的 Halo Genomics 公司和 HaloPlex 平台。这项新产品如今也受益于安捷伦强大的研发、生产和分销资源。HaloPlex 技术完美补充了安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获系统。 要了解更多信息，请访问 www.agilent.com.cn/genomics/ngs。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn. 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学的研究团队开发了可用于百万级生物样本库的全基因组关联研究的分析工具，相关成果在《Nature Genetics》发表，题为：A generalized linear mixed model association tool for biobank-scale data。　　随着近年来十万级、甚至百万级大型生物样本库的出现，目前的GWAS分析工具已不能满足数据分析的需求。该研究团队开发了一款高效的广义线性混合模型，克服了传统分析工具耗时长等缺点，并且对硬件的要求较低。研究人员通过对包含两百万人的模拟样本进行分析，发现这种工具预算效率最高时可达已有技术的36倍。利用这种工具分析英国生物样本库中的2989个疾病相关性状也验证了其稳健高效的特征，研究人员已将所有的关联分析结果共享到在线数据平台上以供生物医学类研究参考。　　此项成果不仅为超大型生物样本库关联分析研究提供了有力工具，也为揭示人类复杂疾病遗传奥秘带来了新希望。　　注：此研究成果摘自《Nature Genetics》，文章内容不代表本网站观点和立场。 　　论文链接：　　https://www.nature.com/articles/s41588-021-00954-4

安捷伦科技推出可实现当日完成待测序样品制备的 SureSelectQXT 靶向序列捕获试剂盒以快速的工作流程和最少的样品量完成临床研究测序的解决方案 2014 年 6 月 2 日，北京 — 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出 SureSelectQXT 试剂盒，这是一款革命性的新一代靶向序列捕获解决方案，可在短短七个小时内生成待测序样本文库并且只需 50 ng 的 gDNA。 经过设计的 SureSelectQXT 试剂盒能够真正满足临床研究员对快速、简单的“当日完成待测序样品制备”工作流程的需求，其速度是现有基于转座酶方法的三倍，所需时间比手动操作时间少 30%。它们经优化后可用于处理数量有限的样品并有效覆盖基因组靶序列，实现可靠的变体识别。这些试剂盒与市场上最快速的测序仪相结合，可在 24 到 36 个小时内完成“从样品到数据”的工作流程。 安捷伦诊断和基因组学事业部全球市场高级总监 Victor Fung 表示：“我们非常高兴能够为临床研究界提供这款快速且功能强大的新型靶向序列捕获解决方案。SureSelectQXT 试剂盒可帮助研究人员快速分析外显子组或特定靶基因，其变异识别的准确度高，并且能当日完成待测序样品的制备。” 基于转座酶的文库制备技术与先进的杂交化学技术相结合，使 SureSelectQXT 试剂盒获得了前所未有的高速度，不仅将杂交时间从 16 个小时大大缩短到 90 分钟，而且还保持了出色的性能。此试剂盒的杂交技术已得到验证，利用其高灵敏性和特异性能够对外显子组或自定义基因组区域进行完整且准确的变异分析。此试剂盒与各种靶向序列捕获解决方案相结合，可满足文库制备、捕获、自动化、质量控制和数据分析的需求。 安捷伦的 SureSelect 系列产品是行业领先的靶向序列捕获解决方案。SureSelect 利用各种试剂解决测序流程各步骤的需求，为研究人员快速轻松分析基因组、转录组和甲基化组的特定区域提供了完整的解决方案。在这个完整的解决方案中，为 SureSelect 提供支持的包括具有自定义功能的 SureDesign 软件、实现高重现性和高通量样品前处理的 Bravo 自动化平台，以及可简单快速分析目标基因组区域的 SureCall 软件。 了解更多有关 SureSelectQXT的信息，请访问：www.agilent.com/genomics/qxt. 关于安捷伦基因组学 安捷伦科技是新一代测序靶向序列捕获解决方案和基因组学微阵列芯片领域的全球领导者。SureSelect和HaloPlex靶向序列捕获解决方案通过合成定制的复杂长寡核苷酸混合物，可帮助研究人员识别目标基因组区域，从而对重点区域进行经济有效的变异分析，其工作流程仅在一天内即可生成待测序的文库。安捷伦独特的生产技术基于安捷伦的基因组系列产品，包括适用于全基因组范围基因表达准确检测的 SurePrint 技术、适用于结合了 SNP 信息的拷贝数评价的 arrayCGH，以及适用于高灵敏度、高特异性寡核苷酸荧光原位杂交的 SureFISH。安捷伦还提供了微流控生物分析仪和 TapeStation，以及用于样品定量分析和质量评估的试剂和软件。如需更多信息，请访问安捷伦基因组。 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A) 是全球领先的测试测量公司，同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。公司拥有 20600 名员工，遍及全球 100 多个国家，为客户提供卓越服务。在 2013 财年，安捷伦的净收入达到 68 亿美元。如需了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。 2013 年 9 月 19 日，安捷伦宣布将通过对旗下电子测量公司进行免税剥离，分拆为两家上市公司的计划。分拆后的电子测量公司命名为是德科技 (Keysight Technologies, Inc.)，此次分拆预计将于 2014 年 11 月初完成。 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

安捷伦科技新一代测序靶向序列捕获系统 在两年内已被100 篇学术论文引用 2011 年8 月1 日，安捷伦科技公司（纽约证交所：A）宣布了用于新一代测序的SureSelect 靶向序列捕获系统自2009 年初面世后已被100 篇发表的学术论文引用，成为一个重要的里程碑。 第100 篇论文发表于2011 年7 月的《自然遗传学（电子版）》，作者是加拿大蒙特利尔大学卓越神经科学研究中心的Simon J. Girard 等人。研究人员利用SureSelect 全外显子试剂盒分析精神分裂症患者和他们健康的父母，从而确认突变。 Girard 说到：&ldquo 在高通量测序和外显子捕获时代以前，进行如此大规模的分析是根本不可能的。正是凭借SureSelect 试剂盒，我们能够捕获14 名精神分裂症患者的外显子并确认了15 个新生（de novo）突变。这些突变可视为是开创精神分裂症遗传学领域新纪元的重要标志。&rdquo 安捷伦应用与化学研发部主管Emily Leproust 表示：&ldquo 我们很高兴SureSelect 能迅速被遗传学领域所接受。我们推出首款商用液相靶向序列捕获产品才两年，SureSelect 就因其强大功能和高度灵活性成为市场上被论文引用次数最多的靶向序列捕获工具。我们非常乐于知道研究人员如何使用SureSelect 应对巨大难题。&rdquo 研究人员通过SureSelect 靶向序列捕获系统已经确认了和50 多种孟德尔疾病、10 种不同癌症类型以及其他复杂疾病比如精神分裂症和老年痴呆症相关的突变。这些研究所取得的突破性进展发表在影响力很大的期刊上，文中表明使用SureSelec 进行靶向重测序对于确认不同疾病相关的变异具有重要研究意义。 SureSelect 平台提供最全面的产品目录和定制捕获试剂盒，包括人、小鼠和其他模型生物的外显子试剂盒，灵活定制的DNA 或RNA 靶向序列捕获溶液，均可用于所有主要的新一代测序平台。此外，安捷伦还提供文库定量qPCR 试剂盒及其Bioanalyzer 系列产品进行新一代测序文库质量控制。安捷伦Bravo 液体处理系统实现了新一代测序工作流程自动化。 关于安捷伦SureSelect 安捷伦SureSelect 靶向序列捕获系统是一种溶液型杂交捕获技术，由安捷伦与麻省理工学院-哈佛大学博德研究所共同开发，研究成果随后刊登在《自然生物技术》上。该技术使研究人员能够将测序范围缩小到感兴趣的基因组区域，从而简化新一代测序。120-mer RNA 寡核苷酸能够可靠地捕获更多大小变异，包括SNP、CNV 和Indel，具有无与伦比的等位基因平衡。SureSelect XT 提供完整的靶向序列捕获工作流程，包括SureSelect 靶向序列捕获试剂盒、gDNA 提取试剂盒和文库构建试剂盒。还提供用于各个研究阶段的自动化友好的试剂。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500 名员工为100 多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

p style=" text-align: center " strong 全新解决方案可简化工作流程并消除测序误差 /strong /p p 　　2017年7月19日，北京——安捷伦科技公司(纽约证交所： A)今日宣布推出最新的新一代测序 (NGS) 文库制备解决方案 Agilent SureSelectXT HS，这是一款完整的靶向序列捕获研究解决方案，能够帮助实验室进行从 QC 到靶向序列捕获，再到分析和解析整个工作流程的管理。 /p p 　　SureSelectXT HS 是一款经过简化的高灵敏度 (HS) 研究解决方案，专为需要对福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样品中的 DNA 进行测序的实验室而优化，这种样品会随时间推移而发生降解。SureSelectXT HS 中包含的分子条形码提高了整体精度，与竞争产品相比，可利用多种组织类型以及低质量和高质量 FFPE 样品产生复杂程度更高的文库。 /p p 　　伦敦 Royale Marsden 医院与癌症研究所的 Marco Gerlinger 博士表示：“这项可定制的靶向序列捕获技术与集成式分子条形码误差校正工具相结合，可以帮助我们检测极小 DNA 含量中的超低频率变异。 这项功能使这一工具成为了检测与追踪液态活检中克隆与亚克隆变异的最佳手段。” /p p 　　通过SureSelectXT HS 制备的文库，读出序列有更高比较在靶向区域中，最少仅需 10 ng 起始 DNA，并可利用分子条形码辅助进行误差校正。 此外，利用可缩短手动操作时间的反应预混试剂实现更快速更高效的处理，结合 90 分钟的杂交(市场上速度最快的杂交)，可让实验室在一天内完成样品测序前的流程。 /p p 　　安捷伦基因组学营销主管 Jeff Heimburger 谈道：“SureSelectXT HS 可对低起始量的降解 FFPE 样品实现稳定的文库制备，同时可显著缩短分析周期。 这些改进体现了安捷伦始终致力于为客户排忧解难以及通过创新提高实验室效率。” /p p 　　 strong 关于安捷伦科技公司 /strong /p p 　　安捷伦科技公司(纽约证交所： A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者， 拥有 50 多年的敏锐洞察与创新，我们的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。 在 2016 财年，安捷伦的净收入为 42 亿美元，全球员工数约为 13000 人。 /p

新型冠状病毒引起的疫情仍在持续，如何研发一种既能对抗当下流行毒株、又能对抗未来可能出现的变异流行株的相对广谱的疫苗，是一个重要的科学问题。武汉大学病毒学国家重点实验室教授蓝柯、徐可课题组通过追踪新冠病毒刺突蛋白（S蛋白）的进化和突变规律，提出了“基于病毒进化共识序列，优化设计疫苗免疫原”的广谱疫苗设计新策略，该成果于2023年1月4日经同行评议，正式发表于学术期刊SCIENCE Translational Medicine（《科学转化医学》）。论文题目为“Vaccination with Span, an antigen guided by SARS-CoV-2 S protein evolution, protects against challenge with viral variants in mice”（《基于新冠病毒刺突蛋白进化设计的免疫原Span可保护小鼠免受病毒变异株攻击》）。武汉大学病毒学国家重点实验室博士后赵永亮，博士生倪文佳、梁斯萌、董良辉、向敏、牛丹萍，实验师蔡曾博士等为论文共同作者，蓝柯和徐可为共同通讯作者。该研究研发了一种覆盖“共性突变”的广谱疫苗免疫原Span（泛新冠病毒S抗原），可诱导产生针对阿尔法（Alpha）、贝塔（Beta）、伽马（Gamma）、伊塔（Eta）、卡帕（Kappa）、德尔塔（Delta）、拉姆达（Lambda）和奥密克戎（Omicron）及其亚系在内的广谱中和抗体，保护实验小鼠抵抗包括Omicron在内多种新冠病毒变异株的致死性攻击。图1.截至2022年12月SARS-CoV-2突变株出现的频率该研究首次报道了新冠病毒的进化路径，发现在人群中存活下来的病毒分离株中，新冠病毒刺突（Spike，S）蛋白的突变并非完全随机，而是沿着三条定向路径进化。其中一条路径是突变导致高细胞感染性的同时保持弱的免疫逃逸能力（如Delta株和Lambda株），第二条路径是突变导致低细胞感染性的同时获得强免疫逃逸能力（如Gamma株），第三条路径的变异株数量相对较少，它们的细胞感染性和免疫逃逸能力同时增强（如Beta株）（图2）。这说明在大多数情况下，S蛋白的突变对功能的调控需要协调，而不是简单的增强或减弱。图2.新冠病毒S蛋白的进化规律（包含11,650,487条序列）为了获得一个能够覆盖绝大多数变异株的广谱免疫原，研究团队分析了NCBI数据库中的2675条新冠病毒S蛋白序列，通过进化聚类（图3A），计算所有突变位点的发生频率（图3B），最终设计了一种覆盖共性突变的拟合新抗原（Span）（图3C）。结果表明，Span序列位于S蛋白系统发育树的中心位置（图3D）。图3.Span位于系统发育树中心位置Span在Delta和Omicron流行暴发前就已设计完成，但其覆盖了进化计算得到的共性突变，反应了S蛋白突变的趋同规律，因此与后来出现的Omicron聚类到一起，说明Span具有覆盖未来变异株的潜力（图3E）。进一步分析证明，研究团队得到的上述6个共性突变位点在后来爆发的Omicron亚系毒株中均保留，显示出很强的共性规律和预见性（图4）。上述共性突变位点和广谱疫苗抗原设计方案已于2022年8月5日获中国发明专利授权（专利名称：新型冠状病毒突变株S蛋白及其亚单位疫苗；专利号：ZL 2021 1 1181856.X）。图4.研究团队发现的6个共性突变位点（横向标记）在后来爆发的Omicron流行株（纵向标记）中均有很大程度的保留（红色表示该位点保留）与设计预期相符，研究团队发现Span免疫原相比于原型株免疫原（Swt）展现出明显的广谱中和优势：在免疫2针原型株S蛋白再加强免疫1针Span蛋白后，与免疫3针原型株S蛋白相比，Span诱导出针对WT、Beta、Delta、Omicron毒株及其亚系更高效的、广泛的中和抗体（图5A，图5B），并能100%保护小鼠免受Omicron毒株的致死性攻击（图5C）。这说明，Span作为加强针能提供广谱保护。即便是单纯的2针Span免疫，也可以提供跨谱系的交叉免疫保护，同时抵抗WT、Beta和Delta毒株的致死攻击。研究人员也观察到，原型株免疫原（Swt）是无法提供跨Beta毒株的有效交叉保护的。Span能高效诱导针对Delta和Omicron及其变异株的广谱中和抗体，表明该研究提出的免疫原设计策略具有前瞻性。因此，基于新冠的共性进化突变设计的泛新冠病毒S蛋白免疫原（Span）有望成为预防新冠病毒现有及未来潜在流行株的广谱候选疫苗（图6）。该研究工作对这一创新的广谱疫苗设计构想进行了概念性验证（Proof of Concept），取得了优异的效果。图5.Span疫苗免疫在小鼠体内提供了广谱性免疫保护作用图6.Span疫苗效果科普图(广谱疫苗免疫原(Span)如坚固的城堡抵御多种新冠病毒变异株)武汉生物制品所在抗原纯化过程中提供了技术支持。该工作依托武汉大学病毒学国家重点实验室、动物三级生物安全实验室/疫苗研究院、泰康生命医学中心完成，研究得到了国家自然科学基金、湖北省创新团队、武汉大学新冠肺炎专项研究基金、北京泰康溢彩公益基金会的资金资助。论文链接：https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abo3332

罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案，Kapa Biosystems公司将为罗氏NimbleGen定制二代测序建库试剂盒，搭配NimbleGen的各款序列捕获产品使用。该款试剂盒将有罗氏NimbleGen负责销售，该产品已经在国内上市。通过这次与Kapa的合作，客户将可以从罗氏NimbleGen购买到捕获测序上机前的所有实验用的试剂，换而言之，即NimbleGen提供包括二代测序文库构建试剂、目标区域捕获探针、杂交洗脱试剂等等各实验步骤的试剂。捕获实验操作方法、流程也再次进行了测试和优化，更新标准实验操作手册1。内部测试数据表明新试剂盒可以用于低起始量样品建库后进行目标区域捕获，包括可用于福尔马林包被（FFPE）的样品外显子组或其他捕获测序，相关技术文献可从NimbleGen官方网页下载2。除可用于低起始量的样本建库外，此次推出的建库试剂盒，相比其他同类实验，可以减少建库的GC偏好，保证更好的文库多样性，从而提高探针捕获后的富集效果。图1：不同起始量样本进行SeqCap EZ Exome v3捕获测序的结果（每个样本以随机抽取75M条测序数据位标准）。可见即使低至10 ng起始量，在目标区域的覆盖度上都是相当的。图2：此次推出的建库试剂盒可以提高测序结果的均一度。图中横坐标显示了捕获目标区域上GC含量，纵坐标表示该GC含量的目标区段的测序深度。蓝色为此次推出试剂盒的实验结果，相比红色用其他方法进行实验的结果，可以看到此次推出的建库试剂在AT富集和GC 富集区域的测序深度都有提高。对于此次合作，罗氏NimbleGen公司总裁Rebecca Selzer表示：” 罗氏NimbleGen不但一直追求技术上的创新，我们也不断努力为客户带来更便捷的体验。这次通过我们两家公司的合作，整合优秀的产品，将为我们的客户带来更完整、更高效的实验体验。” Kapa Biosystems公司的创始人及首席技术官John Foskett也表示：”与罗氏NimbleGen的合作，整合两个具有互补性的产品，提供优异的定向捕获富集方案，可对更多种类、不同样本量的样本实现高质量测序。我们将致力于持续提高产品，提供更多测序解决方案。 除新的建库试剂盒外，罗氏NimbleGen也推出了一些新的试剂，包括新版的扩增试剂、大豆、玉米、大麦、小麦等外显子组捕获探针等。更多产品相关信息请浏览罗氏NimbleGen官方网页www.nimblegen.com。NIMBLEGEN 及 SEQCAP是罗氏注册商标，KAPA是Kapa Biosystems的注册商标，归各自公司所有。 1. Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. RocheNimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf 2. Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D.(2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixed paraffinembedded (FFPE) tissue samples for next-generation sequencing. Roche NimbleGenInc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

DNA序列中稍有变异就会对身体产生深远的影响。现代基因组学研究已经表明，只要一个突变就占领了决定是否成功治愈一种疾病还是使该病猖獗地蔓延到全身各部位的制高点。 　　研究人员通过一种新的方法检测特定DNA片段，找出单一突变位点，从而帮助疾病(如癌症、肺结核)的诊断和治疗。DNA序列中这些微小变化是导致疾病或某些传染性疾病具有抗生素耐药性的根源所在。 这项最新的研究结果已经发表在《自然化学》杂志上。 　　&ldquo 相较之传统的检测方式，我们的方法的确有所改善。它不需要任何复杂的反应或添加一些活性酶，唯一使用的就是DNA。这就意味着该方法对温度变化及环境变量的敏感性很低，极适合低资源配置下的诊断应用。&rdquo 华盛顿大学的电气工程和计算机科学与工程系助理教授 Georg Seelig说。 　　随着基因组学研究的发展，人们深知哪怕仅有一对碱基对发生变化(突变、插入或删除)都会引起重大的生物学后果。基因位点的突变也可用来解释疾病的发生或某些疾病产生抗生素耐药性的原因。 　　&ldquo 以肺结核为例，其对抗生素的耐药性往往是由于特定基因的少数序列发生突变引起，如果某位患者对治疗肺结核的抗生素产生耐药性，证明很可能存在某个位点的突变。&rdquo Georg Seelig说。现在，研究人员有能力做到检查该突变的可预见性。 　　Seelig、莱斯大学的 David张和威斯康星大学的电气工程学博士Sherry 陈设计了一组探针，可检测目标DNA片段中单一碱基对的突变。该探针可详细检测DNA长序列中的某些突变片段，范围达到200碱基对，而当前的基因突变检测方法其范围仅能达到20个碱基对。 　　测试探针与怀疑突变的DNA序列绑定在一起，研究人员首先创建一个免费的双螺旋DNA分子，将分子混合于含盐水的试管中，如果碱基对完好无损，双链DNA会采取配对原则结合在一起。相对传统技术而言，新的分子检测探针可检测目标DNA双螺旋链的特异突变，而不是单一的仅一条链，这也解释了该探针的特异性所在。如果分子探针和目标DNA 达到最大匹配度，将发出荧光。如果探针没有发射荧光，意味着目标DNA没有与其达到最佳匹配度，即发生了突变。 　　研发人员已为该技术申请了专利，并希望它能够应用于疾病的诊断与测试。

1月30日，COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果，快来看看，你家试剂是否会漏检~（1）开放阅读框ORF1a和ORF1b开放阅读框的ORF1a和ORF1b RNA通过基因组RNA合成，再接着分别翻译合成pp1a和pp1ab蛋白。这两种蛋白会被蛋白酶裂解，形成16个非结构蛋白。非结构蛋白会形成复制-转录复合物，使用正链基因组RNA为模板进行复制，然后形成新的病毒粒子基因组。通过转录翻译合成结构蛋白（S蛋白、E外膜蛋白、M膜蛋白、N核衣壳蛋白）。S蛋白、E蛋白、M蛋白进入内质网，N蛋白与正链基因组RNA结合形成核蛋白复合物。在高尔基体内完成病毒颗粒的组装，然后通过高尔基体和囊泡释放新生成的病毒到细胞外，进而感染别的细胞。从已上传的11组Omicron突变株的测序数据来看，ORF1b在P314L和I1566V这两位点全部发生了突变。 （2）S蛋白基因S蛋白是冠状病毒最重要的表面蛋白，与病毒的传染能力及发病机制等密切相关。S蛋白的主要功能是与宿主细胞表面受体结合，引起自身构象变化，使疏水性的融合肽与细胞膜接近并融合介导病毒进入细胞内。S蛋白基因也是目前Omicron突变最多的地方，从报告数据来看， 突变达到24处。 去年曾有新冠研究人员称，他们在新冠病毒的S蛋白（刺突蛋白）中发现了4个插入片段，这4个片段是新冠病毒（2019-nCoV）所独有的，其他冠状病毒中没有这些插入片段。然而，作者声称，所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。 HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。有学者推测此次发现的 Omicron变异毒株就是艾滋病毒和新冠病毒“碰撞”的结果。但是，该病毒是否从HIV患者体内进化而来，目前并无确切研究说明。 （3）E基因和N基因新冠病毒主要由结构蛋白和非结构蛋白组成，结构蛋白包括 E 基因编码的包膜蛋白、M 基因编码的膜蛋白、N 基因编码的核衣壳蛋白、S 基因编码的刺突蛋白。 N蛋白与病毒基因组ＲＮＡ相互缠绕形成病毒核衣壳，在病毒ＲＮＡ的合成过程中发挥着重要的作用。同时，Ｎ蛋白相对保守，在病毒的结构蛋白中所占比例最大。N蛋白基因在冠状病毒内相对保守，会和其他病毒基因有交叉，容易导致单基因阳性。而ORF1ab基因具有较好的特异性，同时检测两个基因能有效避免误诊。从已经上传的测序数据来看，E基因的突变仅有1处，N基因的突变有4处，是否会影响到具体试剂盒的检测性能，就要看各个厂家自己的探针和引物设计的位置了。如何确定是否会漏检？目前大家所关心的点在于Omicron的出现是否会导致现有的检测试剂盒出现漏检的情况，据业内人士反馈，IVD试剂企业会在拿到Omicron（奥密克戎）毒株的全基因序列之后，检查引物是否在 Omicron毒株的保守区域，如果与引物互补配对的新冠RNA序列没有碱基突变，那么引物可能不需要调整。 我国获批的实时荧光定量 PCR 法试剂盒检测靶标主要针对新冠病毒基因组开放性读码框 ORF1ab、N 基因、E 基因保守区域进行引物设计，从目前数据来看，这三个区域的突变位点并不是很多。另一方面，很多引物设计软件都可以预测核酸扩增效率（Omicron序列已知），通过生信分析+软件模拟即可大致确定是否会出现漏检，当然更严谨起见，通过合成包含Omicron毒株全基因序列的质粒，用自家试剂盒进行检测也是非常重要的，但实际PCR检测结果的因素有很多，是否会产生漏检还要看真实样本的检测情况了。

2015年2月1日 讯 /生物谷BIOON/-- 美国国家儿童医院(Nationwide Children' s Hospital)的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件。 　　第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的发展，使得即使是很小的研究小组都可以在几天之内完成基因组测序。但是从测序产生的巨大的数据分析得出真正能用于研究或者临床的信息一直是一个挑战。而彼得· 怀特博士和他带领的团队针对这个问题，利用新颖的计算技术，开发了一个名为"丘吉尔"(Churchill)的计算管道，表示"丘吉尔"可以在短短90分钟内完成全基因组样品的有效分析。 　　"丘吉尔"自动输入原始序列资料，通过一系列密集复杂和计算，最终分析出有临床或者科研意义的的遗传变异体。这个过程中的每一步，"丘吉尔"都有优化，以显著减少分析时间，但不损害数据的完整性，该分析是100%的可重复性。"丘吉尔"采用的平行化(parallelization)的算法克服了染色体带来的平行化限制，极大提升了数据输入的平衡性和分析中数据重新组合，去分，再校准和基因型分型的执行性。通过检查在数据分析过程中的计算资源的利用，相比其他两种分析管道-HugeSeq和GATK-Queue只能分别利用46%和30%的数据资源，"丘吉尔"的利用率达到了92%，并在多个服务器非常有效地进行缩放。"丘吉尔"输出结果，在与其他计算管道比较，被证明具有最高99.7%的灵敏度 最高99.99%的精读和99.66%最高整体诊断效率。 　　这种效率和能力，证明"丘吉尔"或能够进行人口规模的基因组分析。为了证明"丘吉尔"的能力，怀特博士和他的团队成功地分析了千人基因组项目所产生的第一阶段的原始数据(千人基因组项目是以生成世界各地的多个群体人类遗传变异的公众目录为目的的国际合作项目)。利用亚马逊网络服务(AWS)的云计算资源，"丘吉尔"仅用七天便完成1088个全基因组样本的分析，并确定了数以百万计的新的遗传变异。 　　"丘吉尔"的发布是测序技术一个极大的进步。它极大降低测序分析的成本，突破了当今测序分析计算的瓶颈，特别为现在大人口规模的基因组学的研究提供便利。

安捷伦科技推出新一代测序样品制备、靶向富集和自动化方案，完善靶向序列捕获系统 2010 年 11 月 3 日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日发布新一代测序产品的新成员——安捷伦 SureSelect XT 靶向序列捕获系统，继续保持快速的新产品推出步伐。SureSelect XT 在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备系统和基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化产品搭配使用，即可畅享高性能靶向富集方案带来的超高效率和前所未有的便捷操作。 安捷伦SureSelect XT 靶向序列捕获系统 “安捷伦一直致力于帮助科学家简化样品制备流程，”安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 说道，“SureSelect XT 系统配备完全整合并经过验证的试剂，使工作流程效率达到一个新的水平。这套系统使研究人员有理由相信，他们的样品和资源必能产生高质量的数据。” 靶向富集使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化了工作流程。结合先进的新一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。文库制备和靶向富集步骤一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量样品处理，安捷伦现已发布综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 “我们将安捷伦的自动化液体处理平台与 SureSelect XT 工作流程相结合，创造出了充分优化且成熟可靠的解决方案，从而使科学家能够平行处理多个操作步骤，最大程度地实现无人干预的自动化，”安捷伦全球自动化解决方案业务部营销经理 Todd P. Christian 说道，“这套系统的通量高于以往，每个工作站每周可处理 192 个样品，并可快速生成数据，显著提高实验室工作效率，其强大的性能有目共睹。” 安捷伦的自动化液体处理平台与 SureSelect XT 工作流程相结合 SureSelect XT 发布后，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类升至 32 种（第一种试剂盒于 2009 年 2 月发布）。本年内就有 17 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。与此同时，安捷伦“通过指定元素降低序列复杂性的方法”的专利申请获得美国专利局通过，专利号为 10/927809，从而进一步扩大了靶向富集知识产权的范围。该专利包括了一种制备指定核酸混合物的方法。在某些实例中，该方法使用与固相载体相连的寡核苷酸探针作为序列特异性亲和物，来分离指定核酸片段混合物并促使其扩增。多年以来，安捷伦不遗余力地在基因组学研究领域进行突破性的技术创新，获得该项专利授权实至名归。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集产品以及针对多种不同测序方法和平台的最优化方案。SureSelect XT 产品实现在单管中富集从 200 Kb 到超过 50 Mb 的靶向序列。本方案除了可以支持Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持SOLiD系统上的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦eArray xD桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而提高研究效率。安捷伦还提供eArray在线设计工具，用户使用该工具可定制和安捷伦目录SureSelect试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 人全外显子系列产品。 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18500 名员工在 100 多个国家为客户服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

12月9日，由中国农业科学院烟草研究所参与规划设计与实施的全球第一套烟草全基因组序列图谱&mdash &mdash 绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成，这是继马铃薯和番茄基因组之后，全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。 　　烟草是重要的科研模式植物，绒毛状烟草和林烟草是栽培烟草的两个祖先种。这两个品种的全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。此项工作的完成标志着烟草研究从此全面进入基因组时代。 　　绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱测序是中国烟草基因组计划的一部分。中国烟草基因组计划于2010年12月启动，由国家烟草基因研究中心、中国农业科学院烟草研究所等单位承担。目前，重大专项已在多个领域取得突破性进展，烟草突变体库创制已达27万份并正在进行大规模鉴定和分析，烟草分子遗传图谱构建和重要突变基因定位克隆也取得了突破。在此基础上，科研人员将有序开展绒毛状烟草和林烟草的遗传图谱和物理图谱绘制，并启动大量四倍体栽培烟草的基因组测序工作。

记者18日在内蒙古自治区呼和浩特市召开的&ldquo 世界首例蒙古族人全基因组序列图谱绘制完成成果发布会&rdquo 上获悉，我国科学家绘制完成了全世界首个蒙古族人全基因组序列图谱。 　　据项目总负责人、内蒙古农业大学生命科学学院动物生物技术重点实验室主任周欢敏介绍，这一研究成果是我国科学家首次独立完成的、具有自主知识产权的蒙古族人全基因组序列图谱，标志着我国的人类学、民族学、人类遗传学及医学健康研究进入了基因组水平。 　　项目核心研究人员之一、内蒙古民族大学教授白海花说，在这个项目中，科研人员首先对苏尼特王爷家系后代&mdash &mdash 成吉思汗的第三十四代、健康蒙古族男性进行了全基因组测序，并绘制出一个较为完整的蒙古族人全基因组图谱，测序深度和水平达到世界领先水准。 　　据介绍，项目组还将进行更多样本的蒙古族人全基因组测序分析，构建蒙古族人遗传信息数据库，为今后的医学及其他相关研究提供坚实的基础数据支持。

安捷伦科技针对台式测序仪推出靶向序列捕获平台 2012 年 2 月 14 日，佛罗里达州马科岛（基因组生物学和技术，AGBT）- 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）推出SureSelect 靶向序列捕获系统，支持台式测序仪的HaloPlex 靶向序列捕获系统。该产品将于明日在基因组生物学技术进展年会上正式亮相。 独特的HaloPlex 技术完美融合了聚合酶链反应系统的速度和特异性以及基于液相杂交体系的可扩展性和捕获片段大小的灵活性。该实验方案无需文库构建，利用单管操作，从而解决了多重 PCR 由于存在交叉杂交问题而使靶向序列数量受限的问题。该方案使样品制备时间缩短到不到一天，适用于 Illumina MiSeq 台式测序仪以及 HiSeq 和 GAIIx 测序仪。 &ldquo 虽然新一代测序技术使全基因组分析成为可能，但是当我们想要在数量庞大的个体中测定少部分基因时，我们通常会遇到如何富集的问题。&rdquo Hubrecht 研究所基因组生物学首席研究员 Edwin Cuppen 说，&ldquo 对于几个到几十个范围的目标基因捕获，当前的杂交捕获技术有其局限性。HaloPlex 技术很好地填补了这个空白，可以帮助我们实现了在单次反应中捕获 2 至 20 个基因的完整编码序列，而且其在目标序列片段的的测序效率超过 90 %。 &ldquo HaloPlex 富集技术与 Ion Torrent 半导体测序技术联用，这种灵活高效的组合非常适用于高通量的小片段靶向基因重测序。&rdquo Cuppen 博士参与了安捷伦针对Ion Torrent 平台推出的 HaloPlex 技术的早期测试项目。 &ldquo HaloPlex只是我们为进一步巩固 SureSelect市场 领先地位而制定雄心勃勃的产品开发项目的一个例子。&rdquo Olle Ericsson 说道。他是 Halo Genomics 创始人，目前在安捷伦担任 DNA 测序市场总监一职。&ldquo 面世后的短短两年时间内，SureSelect 就已被超过200 篇的重要学术论文引用，在研究领域发挥了重要作用。在台式测序和靶向序列捕获技术通往临床研究的道路中，HaloPlex 这一创新技术使安捷伦成为领跑者。 HaloPlex 是一款定制产品，用户使用免费的在线设计向导（Web Design Wizard），在不到 10 分钟时间内就可完成设计，富集数以千计的目标基因组序列。 安捷伦于 2011 年 12 月收购了位于瑞典乌普萨拉的 Halo Genomics，从而获得了该产品。HaloPlex 技术完美补充了 Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统。这项新产品如今也受益于安捷伦强大的研发、生产和分销资源。 要了解更多信息，请访问 www.agilent.com/genomics/ngs。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

胰蛋白酶消化，质谱法轻松鉴定蛋白质，已经是非常成熟的工作流程。即使是刚接触MS的使用者也可以很快掌握。在质谱法鉴定蛋白的工作流程中，蛋白质鉴定是通过使用搜索引擎，例如 Mascot或Matrix Science进行简单的数据库搜索来实现的。然而，对于数据库中未列出的蛋白质鉴定需求，或需要进行蛋白质末端序列分析的这两种情况，通常采用更昂贵的高端仪器和更复杂的工作流程，需要熟练的操作员。此外，蛋白质测序仪也通常用作蛋白质末端序列分析的方法，但遇到 N 端封闭的蛋白质，去封闭是必要的。作为样品序列分析前的预处理，预处理效果取决于蛋白质类型，可能效果不佳，对操作人员有一定要求，需要一定程度的技能和经验，这些可能会限制其使用。 近年来，利用MALDI-TOF离子源（ISD：In-Source Decay）中发生的蛋白质碎裂离子，可以分析N末端被封闭或未在数据库中登记的蛋白质序列MS图谱。此外，ISD理论上不受每个样品质量的限制，因此无需胰蛋白酶消化即可直接对高质量蛋白质进行测序。结合电泳胶提取蛋白和岛津台式机MALDI-8020，通过N端封闭蛋白的分子量测定和序列分析的例子，让我们来了解下大蛋白分子直接测序技术MALDI-ISD。 将模型样品N 端被乙酰化的牛碳酸酐酶 (Sigma-Aldrich)溶解在缓冲溶液中进行电泳， 95 °C 下加热 5 分钟，然后在聚丙烯酰胺凝胶（ATTO 12.5 %，预制 e-PAGEL）上进行电泳。所得聚丙烯酰胺凝胶用考马斯亮蓝染色以检测蛋白质斑点。使用含有表面活性剂的提取缓冲溶液，我们从凝胶分离的碳酸酐酶的条带中提取蛋白质。使用氯仿/甲醇在提取缓冲溶液中沉淀蛋白质以去除表面活性剂和盐，并使用 MALDI-TOF 质谱仪进行测量。芥子酸用作 MALDI 基质用于蛋白质分子量测量，1,5-二氨基萘 (DAN) 用于 ISD 的序列分析。 图1、碳酸酐酶电泳图图2、从凝胶中提取的碳酸酐酶MS图（基质芥子酸） 接下来，从25 pmol凝胶蛋白条带中提取碳酸酐酶，与基质DAN混合，MALDI-8020线性模式进一步分析。结果如图3所示，主要检测到c离子（从蛋白质N段产生的片段）质量一致的峰。通过使用免费软件Mass++ TM和蛋白质氨基酸序列比对工具Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)，我们对从检测到的峰中获得的氨基酸序列进行了同源性搜索。 图3、MALDI-ISD鉴定结果 鉴定结果显示匹配结果最高的是碳酸酐酶。通过检测到的c离子片段质量和数据库中已有的碳酸酐酶氨基酸序列，我们可以推断出N段序列是SHHWGYGKH...，并且是N-乙酰化的。 MALDI-8020线性模式MALDI-ISD技术，无需复杂的工作流程，无需胰蛋白酶消化即可直接对高质量蛋白质（如本文所述m/z 29030示例）进行N端测序。 该方法在岛津应用专家与美国佛罗里达州立大学、日本爱媛大学高级研究支持中心生物医学分析部、利物浦大学生化与系统生物学系等共同发表的一篇文献中也有应用到。PEPPI-MS基于聚丙烯酰胺凝胶的预分馏，实现质谱法鉴定完整蛋白或蛋白复合物。凝胶分离回收14种人血清蛋白，提取后，用MALDI-8020的MALDI-ISD产生的产物离子鉴定人血清白蛋白N端氨基酸序列。 MALDI-8020是岛津MALDI家族一款体积小巧，性能卓越的特色产品。荣获2018 IBO工业设计大奖银奖。 主要特点：● 线性台式MALDI-TOF● 200Hz固态激光器，355nm波长● 进样速度快● TrueClean™ 自动源清洁功能。配备大口径离子光学系统，使仪器长期使用中源的污染风险降到最低。配备基于紫外激光器的源清洁功能，可自动快速实现源自清洁。● 静音（参考文献：岛津应用新闻 No.B83J. Proteome Res. 2020, 19, 3779−3791

p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 宋体,SimSun " 国家生物信息中心（CNCB）/国家基因组科学数据中心（NGDC）首批自主收录的5株2019新型冠状病毒基因组序列实现与美国NCBI核酸数据库GenBank数据同步与共享。 /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 宋体,SimSun " CNCB/NGDC建立的2019新型冠状病毒信息库（2019nCoVR）已汇交并整合全球范围内产出的82株病毒的87条非冗余基因组序列信息，是目前收录2019新型冠状病毒基因组数目最多的数据库。 /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 宋体,SimSun " 为了进一步扩大2019-nCoV基因组序列应用范围，CNCB/NGDC与国际生物信息数据库建立了数据同步共享机制，第一批自主收录的5个2019-nCoV全基因组序列（序列编号为GWHABKF00000000-GWHABKJ00000000）已经在NCBI发布。通过共享机制，国内研究人员只需将数据递交一次，即可实现数据在CNBC/NGDC和NCBI同时发布。 /span br/ /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 宋体,SimSun " 据悉，从2020年1月以来，陆续有30余株2019新型冠状病毒的基因组序列被国内外科学家破译，绝大部分数据都递交到由德国建立的全球流感序列数据库（GISAID）系统。而2020年1月22日，我国搭建的新型冠状病毒信息库正式上线。国家生物信息中心/国家基因组科学数据中心一直致力于构建国家级组学数据存储与共享公共平台，力争第一时间为国内乃至全球科学家提供基因组数据的存管用服务。此次疫情爆发后，新型冠状病毒信息库上线，保持该病毒基因组数据发布动态，持续为国内外科研人员提供方便快捷的数据检索及下载资源。 /span /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 宋体,SimSun " & nbsp /span /p p br/ /p

近日，记者从中国农业科学院特产研究所获悉，该所和深圳农业基因组研究所，联合发布了梅花鹿高质量全基因组组装序列，并在梅花鹿耐受毒性食物的分子机制方面取得了重大进展。梅花鹿基因组序列的公布，开启了我省梅花鹿分子育种新时代，也为梅花鹿108个药用部位的物质基础解析，奠定坚实的基础。 据了解，中国梅花鹿全基因组测序计划于2010年启动，中国农业科学院特产研究所建设有全国唯一的梅花鹿种源基因库，特产所经过12年的不懈努力，终于成功组装了梅花鹿高质量基因组序列。基因组序列框架图谱的绘制，将大大加速中国梅花鹿的育种过程，对于寻找与鹿生产性能有关的SNP标记和功能基因，特别是寻找控制鹿茸再生的相关基因具有重大的意义。 我省是我国梅花鹿养殖的发源地和主产区，养殖梅花鹿历史悠久，文化底蕴深厚，产业发展基础好，特色优势明显。2021年，全省梅花鹿饲养量60万只，占全国总量的一半以上。梅花鹿作为我省农业十大产业集群之一，是我省重要的特色农业资源，梅花鹿产业凭借资源优势不断成长为我省畜牧业经济的新兴增长点，成为农民持续增收的重要支撑。 特产研究所此次破解梅花鹿高质量全基因组序列，不但奠定了中国梅花鹿功能基因组学、蛋白组学和分子遗传育种的研究基础，还大大促进了我省梅花鹿基因库、梅花鹿遗传资源保种场和核心育种场建设，对于提高吉林梅花鹿良种纯度及种用和生产性能，刺激我省梅花鹿养殖业、药理功效科技研发、加工业快速发展有着巨大促进作用。

安捷伦科技针对模式生物，推出世界首款 商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒 2011 年 1 月 19 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出 安捷伦 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒，这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统，用以简化下一代测序实验。 日本 RIKEN 研究所使用安捷伦的 SureSelect 人全外显子试剂盒，取得了优异成果。在此基础上，安捷伦与该所的 Yoichi Gondo 博士联手开发了小鼠外显子靶向序列捕获产品。 Gondo 博士说：&ldquo 我们非常高兴有机会与安捷伦共同开发这一创造性的新产品。我们使用自己的 ENU-诱变的小鼠基因组样品对这一新产品进行了测试，该基因组中大约每 1Mb 就有一个位点出现 ENU 诱导的突变。使用 SureSelect 小鼠全外显子试剂盒，在第一次试验中就找到了 61 个 ENU 诱导的突变，这远远超出了我们的预期。&rdquo 安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道：&ldquo 人类外显子靶向测序方法已被公认为是遗传学中一种非常强大的研发工具，而安捷伦推出的用户自定义 SureSelect 试剂盒和人外显子 SureSelect 试剂盒系列产品凭借目前在业界遥遥领先的文献引用记录，当仁不让地走在了这一轮发现大潮的最前方。小鼠作为一种模式生物，在人类疾病研究中一直扮演着重要的角色，因此小鼠外显子靶向序列捕获试剂盒的研发便顺理成章地成为我们积极的 SureSelect 产品战略的下一步重要举措。&rdquo SureSelect XT在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备以及基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化系列产品搭配使用，用户即可畅享高性能靶向富集方案所带来的超高效率的和前所未有的便捷操作。 随着 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒的推出，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类增至 34 种（首款SureSelect试剂盒于 2009 年 2 月推出）。目前已有超过 25 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集完整解决方案以及针对多种不同测序方法和平台的最优化分析流程。SureSelect XT 产品可用于在单管中富集从 200 Kb 到 50 Mb 的目标序列。 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化工作流程。结合先进的下一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。在过去，文库制备和靶向富集一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量的样品处理，安捷伦提供了综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 本方案除了可以支持 Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持 SOLiD 系统的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。最近，SureSelect 平台还进一步扩展到 Roche 454 系统，从而可以为所有三大下一代测序主流平台的用户提供SureSelect 全线产品（包括用户自定义产品和目录产品）。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任何目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可定制与安捷伦目录 SureSelect 试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 小鼠全外显子系列产品。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为 54 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技将华大基因（BGI）指定为中国首家新一代测序靶向序列捕获系统的认证服务提供商 2011 年4 月4 日，北京 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布知名的基因组学研究中心深圳华大基因（BGI）正式成为新一代测序技术安捷伦 SureSelect XT 靶向序列捕获系统的认证服务提供商（CSP）。安捷伦CSP 计划是一项针对全球服务提供商的合作计划，旨在为其客户提供更高质量的数据和服务。 位于深圳的BGI是世界上最大的基因组学研究机构，也是中国第一家SureSelect XT 的认证服务提供商。该机构已通过了所有SureSelect XT 靶向序列捕获操作方案的认证，其中包括人类全外显子捕获、SureSelect 索引捕获、DNA 捕获、RNA 捕获、激酶组RNA捕获和定制捕获。 &ldquo 我们非常高兴能够成为安捷伦的认证服务提供商，&rdquo BGI 的基因组测序运营总监李京湘说道，&ldquo 安捷伦SureSelect XT 靶向序列捕获系统是性能卓越的国际著名产品，借助此系统我们能够为客户提供最好的外显子靶向测序服务。&rdquo &ldquo 我们非常高兴地看到，这座顶尖的测序中心正在将SureSelect XT 靶向序列捕获技术的优势推广到极其广泛的基因组学实验中。&rdquo 安捷伦基因组学SureSelect 平台市场总监Fred P. Ernani 博士说道。 自2009 年该平台发布以来，安捷伦至今已推出35 种SureSelect 靶向序列捕获试剂盒。包括涉及各种遗传性疾病研究和发现的论文在内，已有超过45 篇同行评审的相关论文发表。 SureSelect XT 简化了靶向序列捕获流程，研究人员可以仅针对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序。结合领先的新一代测序系统不断增加的样品容量，SureSelect XT 平台的多重检测支持功能使科学家们可以在每次实验中分析更多样品的基因组，这在过去是难以实现的。迄今为止，文库制备和靶向序列捕获一直是此类实验的一个瓶颈。为了实现高通量的样品处理，安捷伦还提供了集成式工作站，用于自动化完成SureSelect XT文库制备和靶向序列捕获工作流程。 SureSelect XT 还能实现最大程度的定制化。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具可轻松设计靶向任意目标基因组（均在单管内进行）的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可对预定义的 SureSelect XT 试剂盒，例如SureSelect XT 小鼠全外显子系列产品进行自行定制。 《科学》杂志12 月17 日刊登的2010 年十大科学突破中，其中两项突破&ldquo Reading the Neandertal Genome&rdquo （解读尼安德特人基因组）和&ldquo Homing In on Errant Genes&rdquo （外显子组测序/罕见疾病基因）均采用了SureSelect 靶向序列捕获系统。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500名员工为 100多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

p style=" line-height: 1.5em " 　 & nbsp 中科院院士、中国科学技术大学教授杜江峰带领中科院微观磁共振重点实验室，提出并实现了一种可突破时钟速度极限的时序发生方法，并实现了时间分辨率达5皮秒(1皮秒为1万亿分之一秒)的任意序列发生器，从而将高精度时间序列发生功能的时间精度首次提升至皮秒量级。近日，该成果作为编辑精选文章和头条文章发表于《科学仪器评论》。 /p p style=" line-height: 1.5em " 　　高精度的序列发生器广泛应用于高端仪器、测试测量、前沿科学研究等重要领域，其可用于产生高时间分辨率的控制脉冲序列，对各分系统进行高精度同步控制。目前，高精度序列发生器在量子计算、量子精密测量、自动化控制与测量、脉冲成像技术、医学诊疗等诸多方向得到广泛应用。 /p p style=" line-height: 1.5em " 　　在过去的数十年中，序列发生技术绝大部分采用高速时钟法。这种方法中序列的时间精度依赖于时钟速度，提高序列时间精度即需提高时钟速度。然而，技术上实现10吉赫以上速度的时钟难度很大，因此利用现有技术得到皮秒量级的时序发生功能是极其困难的。 /p p style=" line-height: 1.5em " 　　在最新研究中，杜江峰团队创新性地提出一种称之为“时间折叠”的高时间精度序列发生方法。与“时间内插”法相结合，最新研究不仅突破了传统的高速时钟法实现序列发生的时间精度的上限，得到皮秒量级的序列发生功能，还同时在皮秒尺度改善序列发生的时间线性，保障高质量、高稳定度的序列发生功能。 /p p style=" line-height: 1.5em " 　　测试表明，新的序列发生技术可实现时间分辨率为5皮秒、动态范围为5纳秒至10秒的序列发生功能。新提出的“时间折叠”技术还提供了进一步提升时间性能的潜力。 /p p br/ /p

安捷伦科技公司与维康信托基金会桑格研究院和 Gencode 研究团队合作开发了 用于新一代测序的最新人全外显子靶向序列富集工具 2010 年 8 月 4 日，加利福尼亚州圣克拉拉市和英国剑桥市 &mdash 安捷伦科技公司（NYSE：A）今日推出用于新一代 DNA 测序的 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒。研究人员使用该试剂盒能够有效地去除非目标区域，只对基因组表达序列进行测序，从而大大简化实验步骤。 该新型试剂盒是安捷伦科技与维康信托基金会桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）和 Gencode 研究团队合作开发而成，科学家们为原有的 Agilent SureSelect 人全外显子试剂盒增加了 12 兆碱基（Mb）的新内容，使覆盖碱基总数达到约 50 Mb。原试剂盒是安捷伦与哈佛大学-麻省理工学院博德研究所 （Broad Institute）的研究者合作开发的，新增内容则由维康信托基金会桑格研究院的研究者确定，作为他们参与 Gencode 项目研究的部分工作。维康信托基金会桑格研究院的研究者和国际癌症基因组研究团队（ICGC）的成员作为早期用户，一年前已经开始使用该新型 SureSelect 人全外显子试剂盒。现在，该试剂盒的商业化产品正式推出。 &ldquo 这一新型试剂盒是安捷伦与维康信托基金会桑格研究院长期合作而开发的最新工具，&rdquo Agilent SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道，&ldquo 我们希望这种富有成效的合作关系能一直持续，在未来为基因组学研究领域带来更好的工具。&rdquo 此外，维康信托基金会桑格研究院已决定采用 Agilent SureSelect 靶向序列富集系统进行其未来的新一代测序工作。但是因为该研究院是一个慈善机构，它不会为商业化产品代言。 &ldquo 序列捕获流程是我们科研团队深入了解基因功能的最重要的环节，&rdquo 维康信托基金会桑格研究院基因组分析生产主任 Cordelia Langford 博士说道，&ldquo 所以，我们必须确保该流程能够为这一重要研究工作提供可重现的高质量和高效处理的样品。&rdquo Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向序列富集产品以及最优化的方案，适用于多种不同的测序方法和平台。SureSelect 产品线目前包括 14 种产品，更多产品正在开发当中。SureSelect 产品可用于在单个试管中捕获从小于 200 Kb 到大于 50 Mb 大小范围内的靶向序列。该产品现在除了可以支持Illumina系统的 单末端和双末端测序以及indexing方案外，还支持SOLiD 系统的片段文库测序、双末端测序和barcoding方案。 用户使用 Agilent eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单个试管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。或者，用户可利用安捷伦的 eArray 在线设计工具，定制基于原人全外显子试剂盒的SureSelect 靶向序列富集产品。在线定制 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒的产品，也将于不久后推出。 更多资讯，请访问：https://www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Product&SubPageType=ProductDetail&PageID=2317.在 earray.chem.agilent.com 上查找 eArray，并单击&ldquo eArray 产品页面&rdquo 。 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通讯领域的技术领导者，公司的 19,000 名员工在 110 多个国家为客户服务。在 2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技将 IMAXIO 指定为新一代测序技术靶向序列富集服务的认证服务供应商 2012年7月3日，北京 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）日前宣布，IMAXIO 正式成为安捷伦SureSelect新一代测序技术靶向序列富集系统的认证服务供应商。在过去的数年中，IMAXIO 一直是安捷伦芯片的认证服务供应商，2012 年初，该公司成功通过安捷伦的 SureSelect 服务供应商认证，扩展了服务范围。 IMAXIO 是一家专注于基因组学和疫苗研究的综合型生物技术公司，可以提供广泛的综合性基因组学服务，包括基于芯片的研究（比较基因组杂交研究和比较转录组学研究）和使用新一代测序方法进行DNA 和 RNA测序。最近，IMAXIO 采购了安捷伦 NGS 文库和芯片样品制备的自动工作站，有效提高了处理通量。 &ldquo 此次最新的靶向序列富集认证是一步重要举措，不仅增强了我们与安捷伦的合作关系，同时也可满足整合性基因组学研究中日益增长的需求&rdquo 。IMAXIO 基因组学事业部主任 Vé ronique Vidal 博士表示。 &ldquo SureSelect 是新一代测序技术（NGS）靶向序列富集领域中的顶尖技术，相关论文达 250 多篇，&rdquo 安捷伦基因组学市场高级总监 Kathleen Shelton 说道，&ldquo 我们希望与 IMAXIO 结成高效且富有成果的合作关系。&rdquo 为了获得认证服务供应商的身份，IMAXIO 参加了全面的现场培训，并通过了对专业知识和技能的一系列严格评估。 SureSelect 可与主要的 NGS 平台（例如 Illumina、SOLiD 与 454）相兼容。安捷伦 eArray 设计工具的用户可轻松设计定制型产品，靶向锁定任何目标基因组区域，有效提高研究效率。SureSelect 还可通过添加客户定制的基因来对通用试剂盒进行定制设计。 关于 IMAXIO IMAXIO 是一家专注于基因组学和疫苗领域的生物制药公司。基因组学事业部的工作涉及人类健康领域中伴随诊断测试开发的相关项目。IMAXIO 致力于独立开发或与合作伙伴共同开发应用于人类和动物健康领域的重组疫苗。在法国，IMAXIO 已经推出了应对细螺旋体病的人体疫苗 Spirolept。要了解更多信息，请访问 www.genomics-imaxio.com。 关于安捷伦的基因组学 安捷伦科技公司是新一代测序技术靶向序列富集和基因组学芯片领域中的全球领导者。安捷伦 SureSelect 和 HaloPlex 靶向序列富集系统可帮助研究者轻松选择要进行测序的基因组片段，避免了进行全基因组测序而造成的时间和成本浪费。HaloPlex 及其一天之内完成&ldquo 样品制备到测序仪&rdquo 的工作流程极好的配合了新一代台式测序仪的理念，而 SureSelect 在单次反应中精确捕获所有外显子组和甲基化组的功能则可与新一代测序系统完美匹配。这只是安捷伦利用从芯片生产中积累的定制合成长链寡苷酸的复杂混合物的专业技术开发出来的两个产品。其它都建立在此核心技术之上的产品系列还包括用于全基因组基因表达测定和用于比较基因组杂交的芯片，以及具有高度特异性和灵敏度的寡核苷酸荧光原位杂交产品系列 &mdash SureFISH。除了以寡核苷酸为基础的产品外，安捷伦还提供有用于样品质量检测的微流控芯片生物分析仪、加速新一代测序技术的靶向序列富集工具以及用于基因组实验的完整系列试剂、硬件、方法和生物信息学软件。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。公司的 20,000 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问 www.agilent.com。

日本研究人员在6日的英国《自然纳米技术》杂志网络版上发表论文说，他们开发出只需少量DNA(脱氧核糖核酸)就能快速解读其碱基序列的新技术。这将有助于提高基因诊断、犯罪侦破等工作效率。 　　日本大阪大学产业科学研究所田中裕行等研究人员利用能在真空中以千分之一秒速度喷射液体的喷雾器，将含有微量DNA的水溶液喷射到铜板上。为使水溶液更容易附着到铜板上，研究人员令铜板倾斜45度，喷射后再冷却铜板。这时，在细胞内呈螺旋状的DNA就会在铜板上伸展开并停留在铜板上。这样一来，研究人员利用“扫描隧道显微镜”就很容易观察DNA的碱基序列。

近日，深圳华大基因研究院(BGI)与基因组光学图谱技术的独家供应机构OpGen公司共同宣布，双方将致力于推广基因组光学图谱技术在人类和动植物全基因组测序组装中的应用。 　　华大基因和OpGen公司已经成功地合作完成了对人类基因组现有的序列中&ldquo 漏洞&rdquo 的填补工作。双方的研发团队将继续合作完成更多人类及动物全基因组序列。 　　随着DNA测序技术的发展，研究人员可以花费更低的成本得到更多有效的数据，但是，测序获得的基因组中仍然有许多无法定位和无法鉴别的基因序列存在。OpGen公司的光学图谱技术与新一代测序技术相结合将有助于高效、精确地将组装的基因组序列定位到染色体上，获得高质量的全基因组序列图谱。 　　华大基因拥有一流的测序能力和强大的计算能力，每年可完成千万个基因组序列。在全基因组测序组装技术的基础上，配合基因组光学图谱技术，该合作项目将会为全基因组测序及基因组学研究的飞速发展提供一个卓越的平台。 　　OpGen公司开发的基因组光学图谱技术，不依赖序列信息，可以快速生成基于单个DNA分子的高分辨率、有序、全基因组的限制性内切酶酶切图谱。该技术已经被广泛应用于微生物基因组学研究，如比较基因组学研究，菌株分类，全基因组序列组装等。 　　华大基因研发部门的副总裁徐讯说：&ldquo 通过基因组光学图谱技术与新一代测序技术相结合，我们可以获得更多高质量的具有代表性的参考基因组序列。这将有助于对不同的人群进行更加精确且有针对性的基因组学研究。此外，这两种技术的结合可以改进微生物基因组序列组装结果，在人类元基因组研究领域有巨大潜力，将会极大地促进人类疾病研究的发展和应用。&rdquo 　　OpGen公司的执行总裁道格· 怀特(Doug White)说：&ldquo 我们很高兴能够与华大基因一起合作，实现基因组光学图谱技术在微生物研究以外领域的应用。我们相信，基因组光学图谱技术与新一代测序技术相结合将为完成复杂的大基因组的全基因组序列带来很大的帮助，能够有效的降低这些基因组学项目的总体研究经费和时间。&rdquo

中国科学家31日在青岛宣布，他们绘制完成了牡蛎全基因组序列图谱，这是中国首次发布海洋生物的全基因组序列，也是世界上首张贝类全基因组序列图谱。 　　牡蛎全基因组序列图谱项目首席科学家张国范介绍说，根据绘制成功的牡蛎基因组序列图谱，发现牡蛎基因组由8亿个碱基对组成，大约包含2万个基因，基因组数据支持了海洋低等生物具有高度遗传多样性的结论。 　　据张国范介绍，牡蛎全基因组序列的完成对牡蛎养殖和减少牡蛎所带来的海洋生物污损具有重要应用价值，而且也标志着基于短序列的高杂合基因组拼接和组装技术获得重大突破。 　　牡蛎隶属软体动物门，共100余种，除极地地区的各大洲沿海均有分布，是目前人类世界上产量最大的海水养殖品种，年产值达到35亿美元，中国牡蛎年产量超过海水养殖产量的四分之一。 　　山东省科技厅副厅长李乃胜说，牡蛎全基因组序列图谱的绘制完成，使科研工作者可以在分子水平对生物的目标性状进行预先设计，有效解决常规育种方式中周期长和准确性低的问题，具有里程碑式的意义。同时，随着牡蛎基因组数据的深入挖掘，有可能改变牡蛎生活习性，使其更好地为人类所利用。 　　牡蛎全基因组序列图谱的完成也为研制和生产新材料奠定了基础。科研人员介绍说，牡蛎附着在礁石或者船舶上时的粘度很大，可能是世界上粘度最大的胶体，在牡蛎基因组中找到相关基因后，就可制成粘度很强的新材料。 　　基因组测序项目科技合作伙伴深圳华大基因研究院总监倪培相说，牡蛎全基因组序列图谱的完成也为高杂合物种的基因组测序奠定了基础。 　　张国范说，牡蛎全基因组序列图的绘制完成还可解答一系列科学之谜。&ldquo 例如，为何牡蛎具有极强的繁殖能力，但是绝大部分后代却都在出生后不久就死亡?这可从基因图中找到答案。&rdquo 他说。 　　牡蛎全基因组序列图谱绘制由中国科学院海洋研究所研究员张国范和美国新泽西州立大学教授郭希明于2008年5月发起，并成立了牡蛎基因组计划，历时两年，于今年7月底完成了绘制工作。 　　基因组是生物所携带遗传信息的总和，包括单倍体细胞核、细胞器或病毒粒子所包含的全部DNA分子或RNA分子。 　　人类基因组序列草图于2000年6月完成，发现人类基因由30亿个碱基对组成。从2000年至2009年，完成全基因组测序的物种从42个上升至1100个，每年平均增加118个。 　　目前，中国已完成了水稻、家蚕和家鸡等重要经济种类物种和大熊猫及藏羚羊等濒危物种的基因组测序。

外泌体和其他细胞外囊泡 (sEVs) 提供了一种特殊的细胞间交流方式。miRNA是高度保守的非编码小分子RNA。有的miRNA滞留细胞内，通过沉默目的mRNA来参与细胞自身重要生理功能的调控，而有的 miRNA能被分泌出去 ，包裹进具有脂质双层膜结构的外泌体里，被其他细胞吸收，从而介导不同细胞和组织间的信号交流和协调【1-3】。一直以来，外泌体/细胞外囊泡及其分泌的miRNA均被作为多种重要疾病的明星分子得到关注，这是因为它们不仅在疾病诊断和检测中具有重要意义，还可被外源性加工以治疗疾病 (图1)。图1. 细胞外miRNA的疾病治疗前景(摘自C. Ronald Kahn院士组2019年在Cell Metabolism的综述) 【1】尽管外泌体和miRNA的研究如火如荼，我们对决定miRNA是被释放到外泌体还是滞留细胞内的分子机制知之甚少，极大地阻碍了我们对miRNA的生物学功能的研究及疾病治疗的应用。2021年12月22日，来自美国哈佛大学医学院C. Ronald Kahn院士组 (美国国家科学院及美国医学科学院) 的研究人员在Nature杂志在线发表了题为MicroRNA sequence codes for small extracellular vesicle release and cellular retention 的研究论文，在此前同一课题组发表的另一篇研究miRNA在组织脏器间介导信号交流的Nature文章【2】的基础上，通过比较分析5种不同组织来源细胞系的细胞培养基，发现了决定miRNA被分泌到外泌体中或滞留胞内的特定序列，揭示了循环外泌体miRNA导向特定组织器官的重要机制。这一发现有助于我们更好地提高RNA治疗的精准性。为研究决定miRNA在细胞滞留 (cellular retention) 或从外泌体分泌的分子机制，研究人员从代表5种重要组织器官的小鼠细胞系中分离外泌体。这些细胞系包括3T3-L1细胞 (白色脂肪细胞)、棕色脂肪细胞、C2C12细胞 (骨骼肌细胞)、SVEC细胞 (内皮细胞) 及AML12细胞 (肝脏细胞)。通过提取外泌体中及相应细胞内的miRNA并进行下游检测，研究人员确定了不同类型细胞的miRNA特征，并发现外泌体来源的miRNA和各自细胞来源的miRNA具有显著不同的特征，约三分之一外泌体来源的miRNA具有细胞类型特异性的富集特征，可用于预测其器官组织来源。图2. 使用5种细胞系研究sEVs或细胞来源的miRNA特征通过比较细胞和外泌体内miRNA相对丰度，研究人员确定了miRNA在外泌体和细胞内的差异程度——部分miRNA表现出外泌体富集，而有些miRNA则表现出细胞内富集，即细胞滞留(retention)。进一步分类发现，43个miRNA主要存在于所有细胞类型的细胞内，而13个miRNA则存在于所有细胞类型的外泌体内，这一有趣发现提示，可能存在一种决定miRNA是细胞内滞留还是被分泌入外泌体的适用于所有细胞类型的通用机制。为揭示miRNA富集及分泌的机制，研究人员对表现出仅外泌体富集或仅细胞富集的miRNA进行了序列和结构分析，发现表现出外泌体高富集的miRNA序列具有更高的G+C含量及Gibbs自由能。随后对各个细胞类型深入序列分析，研究人员鉴定出了与外泌体富集显著程度相关的EXOmotifs (各细胞类型具有1-4种该序列，表现出更高的G+C含量)，同时也鉴定出与细胞富集显著相关的CELLmotifs (各个细胞类型具有2-5种该序列，G+C含量较低)。部分序列反复出现在外泌体富集或细胞内富集的miRNA中(无论细胞种类)，该序列具有四核苷酸特征，被研究人员命名为核心EXOmotifs或核心CELLmotifs。这些体外系统鉴定出的miRNA分类特征同样也可以在原代细胞系中得到重复。接下来，为研究调控外泌体分类的序列是否具有改变细胞和外泌体之间miRNA分布的充分性，研究人员引入或移除特定序列以进行突变研究 (图3)。将属于CELLmotifs的AGAAC引入只在外泌体富集的miR-431-5p后能引起该miR 在外泌体中的富集度降低约35%。对本身拥有AGAAC序列的miR-140-3p而言，在该Cellmotif被突变后，其外泌体的转运程度倍增。更显著的是，将miR-677-5p中存在的两个核心CELLmotifs同时突变，能引起该miR在外泌体中的富集程度增加14倍左右。同样类似的结果也可以在核心EXOmotifs突变中得到验证。这些实验结果在其他细胞系中也得到了验证。因此，研究人员鉴定出的这些核心EXOmotifs或核心CELLmotifs能参与miRNA保留或分泌，对其进行引入或移除操控能改变miRNA的分布。图3. 研究人员使用突变实验研究序列功能基于这一现象，研究人员做出假设，认为 EXOmotifs或CELLmotifs可能与特定miRNA结合蛋白相互作用。因此，研究人员开展可基于生物素的pulldown实验 (图4)，将与miRNAs结合的蛋白进行LC-MS/MS蛋白组分析，鉴定出了67个差异表达蛋白。使用siRNA对其中两个蛋白Alyref和Fus进行敲减后，外泌体中含CGGGAG 的miRNA显著减少。因此认为，Alyref和Fus是参与了miRNA序列识别和外泌体转运的两个重要蛋白。研究人员随后也使用了Transwell系统引入特定EXOmotifs至miRNAs以提高其进入外泌体的几率，也验证了分泌后的miRNA能抑制受体细胞的靶基因。图4. 使用pulldown实验验证与特定EXOmotif或CELLmotif相互作用的miRNA结合蛋白本文通过对5种代谢关键的细胞系进行miRNA测序，发现了不同细胞系的外泌体能释放与原细胞系内存在的miRNA显著不同的miRNAs。测序分析发现miRN在外泌体的富集与EXOmotifs (外泌体分泌序列) 和CELLmotifs(细胞保留序列)的存在密切相关。这一发现提示机体存在控制miRNA外泌体富集、分泌和细胞滞留的复杂整合机制 (图5)。对这一机制的深入理解不仅能帮助我们提高调控靶基因表达的miRNA递送效率，还能更好地帮助我们利用将循环miRNA导入至特定组织脏器以治疗重大疾病。因此，本研究提供的调控miRNA在细胞内保留或分泌的机制具有重要的疾病治疗意义。图5. EXOmotifs和CELLmotifs介导的细胞类型特异性的miRNA在外泌体/sEV分泌和细胞保留的机制。哈佛大学医学院Joslin糖尿病中心的Ruben Garcia-Martin博士为本文第一作者，C. Ronald Kahn院士为本文通讯作者。C. Ronald Kahn教授为美国科学院、美国医学科学院、美国科学艺术学院院士，为糖尿病及胰岛素抵抗研究的世界领军人物，培养了100多位遍布世界各地的糖尿病、代谢疾病研究的科学家，其中重要弟子包括哈佛医学院前院长Jeffrey Flier在内的十余位哈佛教授以及担任多个重要研究机构的领军人物，如Eric Verdin (UCSF大学Buck研究所主席、CEO)、Jens Bruning (德国马普代谢研究所所长)等。C. Ronald Kahn教授曾荣获70余个重要国际学术奖项，包括素有“诺奖风向标”之称的沃尔夫医学奖、首届亥姆霍兹糖尿病终身成就奖、美国医师协会George M. Kober奖章，以及美国糖尿病学会(ADA)、美国英国内分泌协会、英国内分泌协会、欧洲糖尿病研究协会、美国临床内分泌医师协会等组织颁发的最高奖等。此外，还C. Ronald Kahn教授领导多个重要学术组织，曾担任美国临床研究学会主席、美国糖尿病学会President-Elect、美国科学院生物医学部门主席、美国国会任命的糖尿病研究工作小组主席、NIDDK战略规划工作组主席等。C. Ronald Kahn教授论文引用达16.5万次，H-index为210，连续多年入选科睿唯安的“高被引科学家”榜。课题组长期致力于多个重要组织脏器的胰岛素信号通路研究，如肝脏、肌肉、脂肪、大脑等，近年来尤其感兴趣利用iPSC研究代谢型疾病中的胰岛素抵抗以及应用miRNA研究不同重要组织间的信号交流，C. Ronald Kahn教授组现有1-2名博士后职位空缺，欢迎有iPSC及miRNA(以及神经代谢)研究背景的研究人员申请。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41586-021-04234-3

p style=" text-indent: 2em " 新冠肺炎疫情牵动着每一个人的心。全力做好肺炎疫情防控工作，是华大智造和社会各界的共同目标。面对这场没有硝烟的战争，华大智造DNBSEQ系列高通量基因测序仪被用于基因组序列组装，疑似患者检测，变异检测等肺炎防控关键时刻。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-indent: 2em " MGISEQ-2000成为最早发布新型冠状病毒基因组测序仪之一 /span /p p style=" text-indent: 2em " MGISEQ-2000作为中高通量测序仪，在临床和科研上都广泛使用，在全国各地本地化数据测序、助力分析新冠病毒基因组序列等发挥了重要作用。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/199ac2a2-55a3-4348-89f7-8c20ccf3a5da.jpg" title=" 1 MGISEQ-2000.jpg" alt=" 1 MGISEQ-2000.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " MGISEQ-2000 br/ /p p style=" text-indent: 2em " 12月30日，在最早一批提交至全球共享流感病毒数据库GISAID发布的13例新型冠状病毒基因组序列数据中，有5例数据来自华大智造高通量测序仪——MGISEQ-2000，这为研究分析武汉新型冠状病毒的进化来源、致病病理机制提供了第一手资料。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 489px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/5e96bf64-e3ad-4050-9944-570b44d1b8d5.jpg" title=" 2 基于MGISEQ-2000技术平台提交的序列数据.jpg" alt=" 2 基于MGISEQ-2000技术平台提交的序列数据.jpg" width=" 600" height=" 489" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " 基于MGISEQ-2000技术平台提交的序列数据 br/ /p p style=" text-indent: 2em " 1月23日，MGISEQ-2000在北京紧急检测任务中发挥了至关重要的作用，接到任务后，快速进行建库、上机，在1月25日凌晨3点成功下机。同一时间，在全球共享流感病毒数据库GISAID数据库中，已公开发布的新型冠状病毒基因组序列已增加至26例【1】。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/759afe43-166a-4705-8e7e-e83a3cbce148.jpg" title=" 3 新型冠状病毒2019-nCoV基因组结构示意图.jpg" alt=" 3 新型冠状病毒2019-nCoV基因组结构示意图.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " 新型冠状病毒2019-nCoV基因组结构示意图 br/ /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " (来源：Nextstrain) /p p style=" text-indent: 2em " 1月25日，在深圳某医院MGISEQ-2000配合临床诊疗过程需要，参与溯源分析和研究。 /p p style=" text-indent: 2em " 1月27日，位于北京的MGISEQ-2000再次发挥了其全面灵活、质量稳定、测序速度快等优势。作为核酸检测试剂盒（PCR方法）的补充，对于部分病毒含量较低的样本，基于MGISEQ-2000高通量测序仪进行测序，可以提高阳性检出率，避免漏检和错检；对于疑似感染、多重感染或继发感染病原样本，而基于DNBSEQ高通量测序仪进行测序，可以进行并发检测，提供更多可能感染的病原信息。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 450px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/9ae52c75-9296-432f-97b0-c9346b38869a.jpg" title=" 华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上.jpg" alt=" 华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上.jpg" width=" 600" height=" 450" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 399px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/4894ddaa-44b0-4038-a8f0-77eecda384dd.jpg" title=" 4 华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上.jpg" alt=" 4 华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上.jpg" width=" 600" height=" 399" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " 华大智造高通量测序仪MGISEQ-2000在路上 br/ /p p style=" text-indent: 2em " 超高通量测序仪DNBSEQ-T7成为规模化检测重器 /p p style=" text-indent: 2em " 年末岁初，武汉，在中国科学院微生物研究所、山东第一医科大学和华大基因的通力合作下，来自华大智造的DNBSEQ-T7出色完成基因组测序任务，快速完成该新型冠状病毒组测序。【2】 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/4e5d026f-a592-481f-bf90-a0df68f0a552.jpg" title=" 5 基于DNBSEQ-T7的4个样本组装文件.jpg" alt=" 5 基于DNBSEQ-T7的4个样本组装文件.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " 基于DNBSEQ-T7的4个样本组装文件 /p p style=" text-indent: 2em " 1月21日，紧急新增的DNBSEQ-T7测序仪连夜部署，最快可在20小时内对128个病例实现从样本到下机报告的输出，且每个样本经高通量测序获得的总Reads数超过100 Million reads，能有效提高病原微生物的检测灵敏度。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 626px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202001/uepic/08ecc298-0485-4194-adb6-c37c142fd483.jpg" title=" 6 领域应用专家在DNBSEQ-T7前进行上机操作.jpg" alt=" 6 领域应用专家在DNBSEQ-T7前进行上机操作.jpg" width=" 600" height=" 626" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em text-align: center " 领域应用专家在DNBSEQ-T7前进行上机操作 br/ /p p style=" text-indent: 2em " 除此之外，1月22日，位于上海、广州等地的DNBSEQ高通量测序仪——MGISEQ-200也完成数据更新，更新后的数据库包含引新型冠状病毒序列。 /p p style=" text-indent: 2em " 华大智造成立应急专项小组，开通技术支持专线 /p p style=" text-indent: 2em " 为了更好支持各地区测序仪的运作，华大智造成立应急专项小组、开通应急技术支持专线，24小时待命，共同助力疫情防控。在全国配备精锐力量，24小时待命，提供基于高通量测序方法的新型冠状病毒应急方案，支持临床鉴别提供诊断依据包括新型冠状病毒在内的其他冠状病毒和呼吸道病原感染，实现病毒序列快速检测，并为监测可能存在的病毒变异提供支持。 /p p style=" text-indent: 2em " 华大智造也开通了应急技术支持专线（4000-966-988，按语音提示输入5，即可实现呼叫），全力协助疫情防控。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 华大智造2019-nCoV高通量测序解决方案总联系人 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 江博士，15972014336 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 华大智造2019-nCoV全国各区应急小组组长 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 华北区：杜先生，18911279162 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 华东区：赵先生，17621034555 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 华南区：曾先生，18718924024 /strong /p p style=" text-indent: 2em " strong 华中区：蒋先生，13681802511 /strong /p