人类蛋白质组

前不久，历经多年论证、被誉为我国生命科学研究领域里程碑事件的中国人类蛋白质组计划（简称CNHPP）正式在京启动，来自清华大学、北京大学、中国科学院、军事医学科学院、解放军总医院、复旦大学等40多所高校、科研机构的近百名专家，共同见证了这一历史性时刻。 蛋白质组计划和基因组计划有何不同？中国的蛋白质组研究在国际上处于什么位置？中国人类蛋白质组计划将如何进行？ 围绕上述问题，人民日报记者独家采访了有关专家。 一问 为什么要搞中国人类蛋白质组计划？ 生，源于基因组；命，却一定由蛋白质组决定。只有蛋白质组才能从根本上阐释生命 相比&ldquo 蛋白质组&rdquo ，&ldquo 蛋白质&rdquo 一词更为人们所熟知。它是生物体内一种极为重要的高分子有机物，占人体干重的54%，1838年由荷兰科学家格里特首先发现。 基于此，1994年，澳大利亚科学家率先提出&ldquo 蛋白质组&rdquo ，意指某个时刻，某个组织、器官或个体中所有蛋白质的集合，是一个整体的概念。 科学家们之所以对蛋白质组产生浓厚兴趣，还得从人类基因组计划说起。2003年4月，经由6国科学家历时13年奋战的人类基因组计划画上了句号。 &ldquo 科学界曾经认为，只要绘制出人类基因组序列图，就能了解疾病的根源。但我们错了。&ldquo 国际蛋白质组组织首任主席萨姆 哈纳什说，事实上，我们只了解10%基因的功能，剩下的90%仍是未知的。 &ldquo 人们总以为蛋白质组计划是基因组计划的附庸或者说是子产品，这也是一个误区。人类基因组计划并不像事前所预期的那样，能够逾越蛋白质这一生物功能去揭示人类 生、老、病、死的全部秘密，基因组序列只是提供了一维遗传信息，而更复杂的多维信息则发生在蛋白质组层面。&rdquo 国际人类蛋白质组计划执委、亚太蛋白质组组织 主席、中国科学院院士贺福初说，基因组和蛋白质组的关系，好比词典与文章、元素表与化工厂。 &ldquo 基因组学中微小的差异，在蛋白质组学中可以被千倍甚至近万倍地放大，想要解密基因组，必须先系统认识蛋白质组。&rdquo 贺福初认为。 他举例说，人体各个器官如耳、鼻、喉、心、肝、肺，其基因组完全相同，不同的是蛋白质组。因此，不同器官形态、功能各异，是蛋白质组在背后&ldquo 操盘&rdquo 。 &ldquo 就 像蛹化蝶，无论形态如何变化，基因组是不变的。&rdquo 军事医学科学院放射与辐射医学研究所研究员钱小红这样比喻。在她看来，人的每一种生命形态，都是特定蛋白 质组在不同时间、空间出现并发挥功能的结果。比如，某些蛋白质表达量偏离常态的高或低，就能够表征人体可能处于某种疾病状态。 &ldquo 生，源于基 因组；命，却一定由蛋白质组决定。只有蛋白质组才能从根本上阐释生命。&rdquo 贺福初进一步解释道，&ldquo 蛋白质组，可以揭示疾病的发病机制和病理过程，发现新型诊 断标志物、治疗和创新药物，可以全面提高疾病防诊治水平。这个项目如完成，将揭示人体器官蛋白质组的构成，一旦哪一部位出现异常即可实现&lsquo GPS定位&rsquo ， 进而找到针对性的诊断措施、干预措施和预防措施。&rdquo 二问 中国能搞人类蛋白质组计划吗？ 以贺福初院士为代表的中国蛋白质组研究团队，在该领域向世界交上了一份漂亮的答卷，在某些方面已走在全球前列 近代以来，中国先后错过了多次世界科技革命的机遇。蛋白质组学研究，恰恰是我国生命科学中少数几个能够始终跻身世界前沿的科学领域。 据专家介绍，中国人类蛋白质组事业的发展，也催生了一系列大型研究基地和覆盖全国的协作网络。据不完全统计，目前包括中科院、教育部、卫生计生委、军队以及 湖南、广东、重庆、浙江等在内的省部级重点实验室已超过10个。由贺福初院士发起，以军事医学科学院、清华、北大为代表的7家单位共同筹建的北京蛋白质组 研究中心，于2005年被确立为&ldquo 人类肝脏蛋白质组计划&rdquo 国际执行总部，成为一座世界级的&ldquo 生命之都&rdquo 。 此外，自2000年至2010年，中国累计发表论文2800多篇，位列全球该领域第四。值得一提的是，最近4年，中国在该领域发文量直线上升，历史性地达到1000多篇，年度论文发表数已跃居世界第二（第一为美国），位居全国其他学科前列。 历经十余年的努力，中国蛋白质组研究团队向世界交上了一份漂亮的答卷：成功构建迄今国际上质量最高、规模最大的人类第一个器官&mdash &mdash 肝脏蛋白质组的表达谱、修 饰谱、连锁图及其综合数据库；首次实现人类组织与器官转录组和蛋白质组的全面对接；在炎症诱发肿瘤等方面，发现一批针对肝脏疾病、恶性肿瘤等重大疾病的潜 在药靶、蛋白质药物和生物标志物。如，2008年，张学敏课题组首次发现炎症和免疫的新型调控分子CUEDC2，可作为肿瘤耐药的新标志物，从而为克服癌 细胞耐药提供了原创性的药物新靶点和治疗新思路。2010年，周钢桥课题组&ldquo 逮到&rdquo 肝癌的易感基因，为肝癌的风险预测和早期预警提供了重要理论依据和生物 标记&hellip &hellip 上述几项成果均发表于国际顶级的《科学》《自然》系列杂志。 三问 中国人类蛋白质组计划怎样进行？ 将分三个阶段进行，计划产生的大数据将全景式地揭示人体蛋白质组成及其调控规律，解读人类基因组这部&ldquo 天书&rdquo 世界蛋白质组学领域内的新一轮科技竞赛已开始。中科院院士张玉奎指出，虽然中国在蛋白质组一些领域走在了世界前列，但国外有些团队如今正快马加鞭。这警醒我们：必须加快步伐，否则很快将被甩出第一阵营。 &ldquo 逆水行舟不进则退，我们绝不能丧失已经取得的优势。&rdquo 贺福初说。 据悉，中国人类蛋白质组计划将分三个阶段展开。第一阶段，全面揭示肝癌、肺癌、白血病、肾病等十大疾病所涉及主要的组织器官的蛋白质组，了解疾病发生的主要 异常，进而研制诊断试剂、筛选药物，力争2017年左右完成；第二阶段，争取覆盖中国人的其他常见疾病，提升中国人群疾病的防治水平；第三阶段，实现人类 更多疾病的覆盖。 当前，全球每年产生的生物数据总量高达EB级（10的18次方比特），生命科学领域正在爆发数据革命。生物数据最大的是基因组数据，它完成后，蛋白质组数据 无疑将成为更大、更重要和更核心的科学数据。我国已部署建设的蛋白质科学基础设施将相继投入运行，这是国际上最大的蛋白质组学研究基地，将有力支撑和推动 中国人类蛋白质组计划的实施和大数据的产生。中国人类蛋白质组计划产生的大数据将全景式地揭示人体蛋白质组成及其调控规律，解读人类基因组这部&ldquo 天书&rdquo 。 &ldquo 这 项计划，是以中国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组&lsquo 百科全书&rsquo ， 为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段和中国生物医药产业发展提供原动力。&rdquo 贺福初说，&ldquo 我们首先看重科学价值，其次才是经济效益，因为这是真正的原始创 新，是中国能够引领世界科技发展的重要领域之一。&rdquo

1 人类蛋白质组草图公布 　　之前，尽管不少大型的蛋白质组数据集，已经收集约上万个蛋白数据，然而覆盖80%的人类蛋白质组的草图却并未绘制。此次的研究，则突破了这一局限。 　　该图谱由德国慕尼黑工业大学、约翰霍普金斯大学/印度生物信息研究所等机构的两个团队独立完成。其中，在印度生物信息研究所和美国约翰霍普金斯大学等机构绘制了17 924个基因编码的蛋白质草图，其总数约占人类基因总数的84% 而慕尼黑理工大学领衔的团队，则对19 629个基因编码的蛋白质绘制草图，其总数约占人类基因总数的92%。不过，印度和美国团队，与德国团队所采用的实验数据来源略有不同，印度和美国的研究者从30个人体组织的许多不同的样品及细胞系(包括7种胎儿组织和6种血细胞类型)中提取、纯化所有蛋白质，并用质谱技术揭示组成各蛋白片段的氨基酸序列，因而两种数据的分析方法相对统一 德国的团队所采用的数据从公共数据库收集获得，而后与实验室生成的数据合并完成分析。在德国的研究中，慕尼黑工业大学的Bernhard Kü ster等人建立了搜索性公共数据库ProteomicsDB，而公共数据库收集获得的质谱分析数据约占ProteomicsDB数据的60%，其他的数据来自于60个人类组织体液，13个体液，147个癌细胞系。 　　这些蛋白大多为健康人群中组织和器官中表达的蛋白，对于理解疾病状态下发生的变化，具有现实的意义，如德国团队完成的数据能用于识别数百个翻译的基因间非编码RNAs(lincRNAs)，比较分析通过蛋白质对癌症药物的敏感性，发现mRNA和组织中蛋白的定量关系等。同时，这两项研究也发现了许多新蛋白，而编码这些蛋白的基因之前被认为位于基因组的非编码区域，因而也丰富了对于遗传学研究的认识。 　　2 研究团队的基本背景 　　此次研究的美国和印度团队，由约翰霍普金斯大学的副教授Akhilesh Pandey领衔，而他也是印度生物信息学研究所首席科学顾问。此前，印度生物信息学研究所和约翰霍普金斯大学的生物信息学团队就有广泛的合作，例如两个机构的26名科学家经过18个月的努力，排列出了人类的X染色体顺序，并将其与黑猩猩、老鼠的基因组相比较，发现了新基因。 　　慕尼黑工业大学的化学和功能蛋白质组学分析者Bernhard Kü ster，其研究的主要领域是探索蛋白质的相互作用及其与活性药物成分的相互作用，分析癌症发生发展的分子机制，以及开发相应的临床治疗方法。作为研究者，Bernhard Kü ster也曾参与了蛋白质组技术平台上具有雄厚基础的Cellzome公司的发明(新的酶相互作用化合物的方法)。而Cellzome公司的药物研发平台，可对于特定蛋白相互作用的药物进行筛选，其具有高度的灵敏性，而葛兰素史克(GSK)公司也正在看中了这一点已将其并购。 　　3 中国人类蛋白质组计划(CNHPP) 　　在人类蛋白质组草图公布的同时，&ldquo 中国人类蛋白质组计划(CNHPP)&rdquo 已经由科技部正式批准启动实施。此前，中国科学家已倡导并领衔人类第一个器官(肝脏)国际蛋白质组计划(HLPP)。 　　在&ldquo 中国人类蛋白质组计划&rdquo 中，&ldquo 激光解析基体辅助离子源-蛋白测序仪器&rdquo 课题是重点研究方向之一，致力于蛋白质测序仪器和试剂国产化，从而加速蛋白质组学和生物质谱技术在临床领域的研究与应用。 　　4 蛋白质组测序技术的开发 　　蛋白质组是一个细胞、组织、有机体在一定时间内表达的所有蛋白质(总蛋白质)。对蛋白质组进行系统的、全面的研究，而快速、准确、低成本的蛋白质分离纯化技术(如双向电泳、计算机图像分析与大规模数据处理技术以及质谱技术等)的发展，则是系统、全面研究的基础。有了基因组计划和基因组测序技术的发展经验，人类在蛋白质组草图公布的前后，也就有了对低成本、高效率的蛋白质组测序技术的格外重视。例如，亚利桑纳州立大学的Stuart Lindsay团队正在致力于研究让单链肽段穿过纳米孔的技术，从而将纳米孔单分子DNA测序技术(第三代基因测序技术，采用纳米孔的单分子读取，与之前的测序技术测序时间长、价格比较昂贵、测序分子需要大量扩增、还需要进行荧光标记等相比，第三代测序技术读取数据更快，测序成本明显降低)的设计理念应用于蛋白质组的测序，开发蛋白质单分子测序技术。 　　5 蛋白质组学与个性化医疗 　　人类蛋白质组草图的成果表明，有数百种蛋白质是由此前认为不具备相关功能的DNA片段(脱氧核糖核酸)及&ldquo 假基因&rdquo 形成。这也说明了基因组和蛋白质组之间的巨大差别。例如，表观遗传研究的核心内容即是基因的拼接和翻译后修饰，而蛋白质随时间和空间的动态变化等，使得蛋白质组的研究远比基因组研究复杂。 　　尽管目前的个性化医疗以基因解析为特征，然而真正衔接基因型与疾病表型的还是蛋白质。随着蛋白质组测序技术的快速发展，也许蛋白质组学的研究会带动个性化医疗新的发展阶段。 　　本文作者：中国科学院上海生命科学信息中心 于建荣 江洪波。

中新社悉尼9月21日电 在悉尼出席第9届国际蛋白质组学(HUPO)大会的中国科学院院士、中国人类蛋白质组组织(CNHUPO)主席贺福初9月21日在这里举行的新闻发布会上表示，中国将加速实施“人类蛋白质组计划”。 　　身为中国军事医学科学院院长的贺福初介绍，中国在1998年启动了第一个国内的蛋白质组项目。2001年后，国家加大对蛋白质组研究的支持力度，先后以“973”、“863”计划项目形式给予资助，使蛋白质组研究不断发展壮大，并在国际舞台上占有一席之地。 　　他说，国际人类蛋白质组组织(HUPO)自2002年以来相继启动了10多个国际性的蛋白质组研究项目。其中，由中国科学家倡导并领衔的国际人类肝脏蛋白质组计划是最早启动的两个蛋白质组计划之一，为首个人类组织器官的蛋白质组计划。这也是中国在生命科学领域领导的第一个大型国际科技合作计划，具有普遍的示范和指导作用。 　　中国政府部门2008年批复同意国家蛋白质科学基础设施项目建议，在北京和上海各安排国家投资5.5亿元人民币进行建设，其中北京设施以蛋白质组学为主，军事医学科学院为项目法人，并组织专家于2010年8月进行了全面评估，建议尽快启动。 　　贺福初表示，这次HUPO大会首次在澳大利亚召开，将进一步推进蛋白质组学研究。在新一轮的生命科学领域竞争中，中国将全面实施“十二五”蛋白质组研究计划，加强国际合作，全面推进中国蛋白质组学乃至生命科学的发展。

中国全面启动人类蛋白质组计划 　　&mdash &mdash 生物医学研究院杨芃原教授等复旦团队深度参与 　　&ldquo 中国人类蛋白质组计划&rdquo (CNHPP)6月10日在京全面启动实施，主要目标是以我国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组&ldquo 百科全书&rdquo ，全景式揭示生命奥秘，为提高重大疾病防治水平提供有效手段，为我国生物医药产业发展提供原动力。 　　该计划分为三个项目具体实施：&ldquo 中国人类蛋白质组草图&rdquo A类S973项目，&ldquo 人类蛋白质组大数据库和知识挖掘&rdquo 国际合作项目和&ldquo 蛋白质测序新技术新装备及配套试剂国产化&rdquo 863主题项目。复旦大学有关课题组作为核心团队之一深度参与CNHPP计划。化学系和生物医学研究院杨芃原教授担任专项管理委员会委员, 并作为首席科学家领衔&ldquo 蛋白质测序新技术新装备及配套试剂国产化&rdquo 863主题项目。生物医学研究院申华莉副研究员(课题组长)负责&ldquo 蛋白质测序新技术新装备及配套试剂国产化&rdquo 项目中的电喷雾-质谱仪器国产化课题, 化学系杨芃原、徐国宾博士参加激光解析基体辅助-质谱仪器国产化课题。中山医院钱菊英教授(课题组长)和生物医学研究院张莉娟博士负责&ldquo 中国人类蛋白质组草图&rdquo 项目中的循环系统蛋白质组课题(包括心脏和血细胞)，参加人员还有来自生命科学学院和肿瘤医院的课题组。中山医院刘银坤教授参加&ldquo 中国人类蛋白质组草图&rdquo 项目中的消化腺系统蛋白质组课题(肝脏和胰脏等)，肿瘤医院蔡三军教授和生物医学研究院陆豪杰教授参加&ldquo 中国人类蛋白质组草图&rdquo 项目中的消化道系统蛋白质组课题(胃、肠等)。化学系张祥民(课题组长)、陆豪杰(课题组长)、邓春辉(课题组长)、杨芃原等教授和基础医学院顾建新教授(课题组长)还为主参加了&ldquo 中国人类蛋白质组计划&rdquo 中建立新技术新方法的S973/863项目的有关课题。化学系杨芃原教授负责染色体蛋白质组计划中8号染色体蛋白质组任务，生物医学研究院钟凡副研究员(课题组长)负责染色体蛋白质组计划中缺失蛋白质的发现和验证课题。生物医学研究院吴飞珍副研究员和钟凡副研究员还参与&ldquo 人类蛋白质组大数据库和知识挖掘&rdquo 的有关任务。 　　人类蛋白质组计划(HPP)是继基因组计划之后人类全面探索自我奥秘征程中又一伟大科技工程，是新世纪第一个国际大型科技合作计划。中国科学家率先倡导并领衔了人类第一个器官(肝脏)国际蛋白质组计划(HLPP)，开中国引领国际大型科技合作计划之先河，所形成的理论框架、整体策略和技术标准被国际同行认可和应用，为人类蛋白质组计划的全面展开发挥了示范和指导作用。近4年，中国在这一领域国际核心刊物发文章1000多篇，跃居世界第二。在乙酰化新的代谢通路调控机制、炎症诱发肿瘤、骨形成调节、疾病易感性等方面取得系列原创成果。 　　CNHPP产生的大数据将全景式地揭示人体蛋白质组成及其调控规律，解读人类基因组这部&ldquo 天书&rdquo 。构建的人类蛋白质组生理和病理图谱，将准确呈现各种病理状态下蛋白质组的变化，揭示疾病的发病机制和病理过程，发现系列新型诊断标志物、治疗靶点和创新药物，为全面提高疾病防诊治水平提供新策略新手段。

重磅！史上首次定量检测完整的人类蛋白质组在一项新的研究中，来自瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）和美国系统生物学研究所等机构的研究人员开发出人类SRMAtlas（Human SRMAtlas），即靶向识别和可重复地定量预测的人类蛋白质组中所有蛋白质的高度特异性质谱检测方法汇编目录，包括许多剪接变异体、非同义突变和翻译后修饰。利用一种被称作选择性反应监控（selected reaction monitoring, SRM）的技术，研究人员利用166174种已被充分了解的化学合成蛋白特征性肽（proteotypic peptide）开发出这些检测方法。相关研究结果发表在2016年7月28日那期Cell期刊上，论文标题为“Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome”。论文第一作者为来自美国系统生物学研究所的Ulrike Kusebauch博士。论文通信作者为来自美国系统生物学研究所的Robert Moritz教授和来自瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold。SRMAtlas资源在http://www.srmatlas.org网站上可以免费获取，将有助于公平地开展重点的、假设驱动的和大型蛋白质组规模的研究。研究人员期待这一资源将极大地加快基于蛋白质的实验室生物学发展从而有助理解疾病转化和健康轨迹，这是因为如今在理论上能够鉴定和定量检测出任何样品中的任何人类蛋白。能够可靠地和可重复性地检测任何组织或细胞类型的人类蛋白质组中的任何一种蛋白在理解系统层次的性质以及正常生理下和患病时的特异性途径方面引发变革。在Moritz教授实验室中，研究团队能够利用SRM方法产生并验证了一种由高度特异性地靶向蛋白质组检测方法组成的汇编目录，而且通过这种广泛获取的、灵敏的和强健的靶向质谱方法SRM，能够定量检测20,277种已被标注的人类蛋白中的99.7%。这种人类SRMAtlas提供明确的检测坐标来确定性地鉴别生物样品中蛋白质特征性的肽。尽管2003年，人们成功地了完成人类基因组计划（Human Genome Project），构建出所有人类基因的目录，但是大多数蛋白质研究仍然聚焦在在绘制出人类基因组图谱之前科学家们研究的蛋白中相对较小的一部分蛋白上。若要超越这种停滞不前的蛋白质-基因组学研究方法，就应需要为几乎每种人类蛋白开发高度特异性的检测方法。利用人类SRMAtlas等资源，测量任何一种人类蛋白质的前景如今变成现实。如今，人类SRMAtlas提供已经过验证的质谱检测方法，这些检测方法是基于一种统一的一致的检测人类蛋白质组中几乎每种蛋白的过程开发出的SRM技术而开发的。这些检测方法可快速地用于系统生物学和生物医学研究中以便高度灵敏地和高度选择性地鉴定和定量检测任何一种人类蛋白，以及指导完整的蛋白质图谱绘制来了解它们的生物学功能。个人化医学奖依赖于分子特征来监控人们的健康状态，提供信号来鉴定健康轨迹发生的变化，以及首先在临床试验随后在临床实践中提供信息来让合适的患者匹配正确的药物。这种人类SRMAtlas计划稳步地将蛋白组学推到前沿，并且为蛋白质组学在癌症登月计划（Cancer Moonshot）中发挥较大的作用添砖加瓦。

贺福初，中国蛋白质组学创始人、国际肝脏蛋白质组计划牵头人，中国科学院院士，发展中国家科学院院士。主要研究方向为蛋白质组学、精准医学和系统生物学。　　当人类历史行进到20世纪，尖端科技研究已经超越了个人兴趣，上升到国家使命，大科学计划应运而生。在第二次世界大战硝烟中开启的“曼哈顿工程”，首次让人类掌握了利用核能的能力，其意义比肩人类历史上对“火”的初次利用 在美苏争霸背景下实施的“阿波罗计划”，首次让人类踏足另一颗星球，浩瀚的宇宙因人类的“一小步”而不再寂寥。美国则凭借这两大手笔脱颖而出，首超欧洲之师，继越苏联之敌，迅速成为人类科技史上新的“盟主”。20世纪末，冷战阴云尚未散尽，美国便开启了被誉为“生命登月计划”的人类基因组计划。该计划首次从“整体”角度认识生命，开启了生物医学的大科学时代，不仅为美国带来了高达140倍的经济回报率，而且稳固了其超一流科技大国的地位。因此，大科学计划不仅是科学之终途，也是国运之王道。下一个指引人类命运方向的大科学计划，会在何方?西方不断行动，东方亦然觉醒。2018年初，国务院正式印发《积极牵头组织国际大科学计划和大科学工程方案》，明确了中国牵头组织国际大科学计划和大科学工程“三步走”战略，标志着中国迈入大科学的“快车道”，将在全球科技治理中发出东方之声，为解决人类共同面对的科学难题贡献中国智慧。在此国家使命的召唤下，究竟应当做什么样的大科学计划呢?人类基因组计划虽已结束，但其强大“惯性”促使美国在随后启动了一系列由基因组学为主导的大科学计划，包括DNA元件百科全书计划(ENCODE)、肿瘤基组图谱计划(TCGA)、临床肿瘤蛋白质组计划(CPTAC)等，试图巩固其在生物医药领域的领先优势。然而，基因组既不直接反映生物系统的空间差异，也不直接反映生命过程中的时序变化，因而并不直接代表生物系统的真实世界与实时状态。蛋白质作为所有生物系统、生命过程结构与功能的主体，其个体、群体乃至整体的不断变化及其协同构成的海量网络，可形成巨大复杂性与超高动态性的蛋白质组，体现人体构造与功能实现的本质。正所谓，“生”在基因组，“命”在蛋白质组!中国科学家始终走在蛋白质组研究的前列，建成了国际领先的蛋白质组学国家重大科技基础设施——凤凰工程，领衔了国际首个人类器官(肝脏)蛋白质组计划，中国人蛋白质组计划等大科学协作项目，为国际人类蛋白质组计划阶段性目标的完成贡献了超过30%的数据与成果，并在国际上率先创立“蛋白质组学驱动的精准医学”新范式。基于20年雄厚的研究和国际合作基础，中国团队于2019年正式提出下一代人类蛋白质组计划的主体构想和全球倡议 2020年，作为全国三项之一、医学领域唯一的国际计划培育项目，通过科技部多轮遴选后批准立项。经过近两年的培育与国内外多轮迭代论证，最终形成并正式向全球科技界发起“人体蛋白质组导航计划”(π-HuB：Proteomic Navigator of the Human Body)。π-HuB计划旨在全球统一的技术标准与数据共享模式下，全人类共同揭示宇宙中最复杂的物质系统“人体”的蛋白质组谱系及其构成原理与演变规律，系统阐释人类发育、衰老及其重大疾病发生发展机制并依此制定覆盖人类生命全周期的精准防控诊治康养策略，开创智慧医学新范式，引领新一轮生物医药产业革命。概而言之，大科学计划不仅是重大技术创新与科学发现的发射塔，也是大国崛起与强盛的发动机。中国科技正拉开大科学时代的帷幕。π-HuB计划等一批由中国团队领衔的大科学计划正承载着国家使命，面向人类命运共同体，全力以赴为开拓知识疆域、探索未知世界和解决重大全球性问题做出彪炳史册的中国贡献。　　原文发表于《科技导报》2023年第20期。

仪器信息网讯，由中国军事医学科学院放射与辐射医学研究所、北京蛋白质组研究中心和复旦大学共同承办的“第六届亚太人类蛋白质组组织(AOHUPO)大会”于2012年5月5日-7日在国家会议中心(北京)隆重召开，这也是该会议首次在中国召开。 第六届亚太人类蛋白质组组织(AOHUPO)大会现场（国家会议中心） 　　来自色列、美国、日本、英国、法国、俄罗斯等20多个国家和地区的1000多名专家学者参加了此次大会，提交学术论文近400篇。2004年诺贝尔化学奖得主、以色列技术研究院Aaron Ciechanover教授，美国系统生物学研究所所长Leroy Hood教授，北京生命科学研究所所长、美国科学院王晓东院士，中国科学院饶子和院士，中国科学院张玉奎院士，中国人民解放军总医院陈香美院士、军事医学科学院贺福初院士、张学敏院士等应邀作专题报告，国家卫生部、科技部、自然基金委和总后卫生部领导也应邀出席大会。　　亚太人类蛋白质组组织主席中村和行(Kazuyuki Nakamura)教授(日本)，中国人类蛋白质组组织名誉主席、军事医学科学院贺福初院士和中国人类蛋白质组组织主席、复旦大学杨芃原教授共同担任此次大会主席。 左至右：中村和行(Kazuyuki Nakamura)教授(日本)、贺福初院士和杨芃原教授 　　AOHUPO由在亚洲、大洋洲地区一批知名蛋白质组学科学家于2002年组建而成。在创立者的共同努力下，该组织已发展成为人类蛋白质组组织的重要分支机构之一。从AOHUPO成立至今，一直致力于积极推动该地区研究团队之间的蛋白质组学学术交流。迄今为止，AOHUPO 已成功举办了五届（每两年一次）亚太人类蛋白质组大会。随着中国蛋白质组学研究的迅速发展，AOHUPO 理事会决定在中国北京举办第六届亚太人类蛋白质组大会。 　　本次大会主题为“蛋白质组学：让生活更美好”，议题包括人类染色体蛋白质组计划、蛋白质-蛋白质相互作用国际合作计划、疾病蛋白质组学和个性化医疗、植物与微生物蛋白质组学、药物蛋白质组学和蛋白质药物及其体内代谢、结构蛋白质组学、蛋白质翻译后修饰、定量蛋白质组学、生物信息学和蛋白质组学新技术新方法等研究领域。 　　另外，在中国人类蛋白质组组织(CNHUPO)成立十周年即将到来之际，CNHUPO为在中国蛋白质组学相关领域做出杰出贡献的中国科学院张玉奎院士，中国科学院饶子和院士，军事医学科学院贺福初院士、复旦大学杨芃原教授颁发了杰出贡献奖。 CNHUPO为在中国蛋白质组学相关领域做出杰出贡献的中国科学家颁奖，上：中国科学院张玉奎院士，复旦大学杨芃原教授；下：军事医学科学院贺福初院士，中国科学院饶子和院士 　　大会特邀报告：

今天上午，&ldquo 中国人类蛋白质组计划(CNHPP)&rdquo 在军事医学科学院召开第一次工作部署会，国家科技部、总后勤部相关领导、重点专项管理委员会成员及全国40多个科研单位的70余名院士、专家出席，这标志着CNHPP全面启动实施，这是我国科学界乃至世界生命科学领域一件具有里程碑意义的大事。 &ldquo 中国人类蛋白质组计划(CNHPP)&rdquo 正式启动 　　人类蛋白质组计划(HPP)是继基因组计划之后人类全面探索自我奥秘征程中又一伟大科技工程，是新世纪第一个国际大型科技合作计划。在国家科技部等部门的大力支持下，中国科学家率先倡导并领衔了人类第一个器官(肝脏)国际蛋白质组计划(HLPP)，开中国引领国际大型科技合作计划之先河，所形成的理论框架、整体策略和技术标准被国际同行广泛认可和应用，为人类蛋白质组计划的全面展开发挥了示范和指导作用，得到学术界高度评价。 　　中国科学家构建了人类第一个器官(肝脏)蛋白质组图谱，出版人类首个器官蛋白质组&ldquo 百科全书&rdquo ，相关数据得到国际著名专业机构等认同及广泛使用，成为人类蛋白质百科全书主体内容之一，部分工作被《自然》杂志最近发表的人类蛋白质组草图的文章引用。近4年，中国在该领域国际核心刊物发文量直线上升，历史性地达到1000多篇，跃居世界第二。在新的代谢通路调控、炎症诱发肿瘤、骨形成调节、疾病易感性等方面取得系列原创成果，相关论文发表在《科学》、《自然》等国际一流刊物，并被国际同行评述为重大突破性进展。总体来说，我国蛋白质组学研究已处于国际先进水平。 　　亚太蛋白质组组织主席、该计划首席科学家贺福初院士介绍说，CNHPP是在系统总结HLPP成功经验基础上，经过4年迭代论证提出的，主要目标是以我国重大疾病的防治需求为牵引，发展蛋白质组研究相关设备及关键技术，绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组&ldquo 百科全书&rdquo ，全景式揭示生命奥秘，为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段，为我国生物医药产业发展提供原动力。这是我国863高技术计划、973基础研究计划、国际合作计划再次联手资助的重点专项，也是国家大科学设施与大科学计划的首次会师，将在我国开创大科学设施、大科学计划、大数据产出、大发现孕育的新时代。 　　当前，全球每年产生的生物数据总量高达EB级，生命科学领域正在爆发一次数据革命。据统计，2000 年以来，国际上共发表2万余篇有关高通量生物数据的文献 近几年，《自然-遗传》近三分之一的论文是介绍关于高通量生物数据的工作。数据已成为矿物或化学元素一样的原始材料，未来可能形成&ldquo 数据探矿&rdquo 、&ldquo 数据化学&rdquo 等新学科和&ldquo 数据驱动&rdquo 的新模式，孕育着科学大发现、大突破和产业大发展的前所未有的重大机遇。 　　大数据的产生、管理和利用正逐步成为衡量一个国家创新能力以及竞争力的关键要素。但目前生物大数据的产生和分析还被美国、欧洲、日本等少数国家所垄断。我国生物数据主权受到严重威胁。从过去来看，生物数据最大的是基因组数据，基因组计划实施和完成后，蛋白质组数据无疑将成为最大、最重要和最核心的科学数据。我国已部署建设蛋白质科学基础设施，这是国际上最大的蛋白质组学研究基地，将有力支撑和推动CNHPP的实施和大数据的产生，有望迅速改变现有格局，打破垄断，维护国家生物数据主权。 　　CNHPP产生的大数据将全景式地揭示人体蛋白质组成及其调控规律，解读人类基因组这部&ldquo 天书&rdquo 。构建的人类蛋白质组生理和病理图谱，将呈现多种病理状态下蛋白质组的变化，揭示疾病的发病机制和病理过程，发现系列新型诊断标志物、治疗靶点和创新药物，为全面提高疾病防诊治水平提供新策略新手段。 　　最近英国《自然》杂志同时刊登两篇文章，介绍了美国和德国、印度等合作完成的人类蛋白质组草图的工作。中国科学院院士饶子和说，这是蛋白质组学领域乃至整个生命科学领域和人类科技史上具有里程碑意义的一项重要科学贡献，拉开了新一轮科技竞赛的序幕。中国科学院院士张玉奎指出，逆水行舟不进则退，中国科学家在这场新世纪最重要、最核心和最具代表性的大数据资源争夺中没有犹豫的时间，没有回头的道路，只有勇往直前，直面竞争的选择。我们必须充分发挥体制优势，借鉴&ldquo 两弹一星&rdquo 、&ldquo 载人航天&rdquo 等国家重大工程实施的成功经验，集中力量，重点突破，打赢这场没有硝烟的科技竞赛和资源争夺战。 　　贺福初院士表示，在人类基因组计划中，中国作为六国中唯一的发展中国家，做出了1%的贡献，2001年，江泽民总书记与美英等国首脑共同宣布了人类基因组草图的问世 在人类蛋白质组计划中，中国作为第二大经济体和复兴崛起的大国，将做出不少于30%的贡献，并有望成为最大的贡献国。我们梦想在2017年，习近平总书记可以代表主要完成国宣布人类蛋白质组精细图的问世。我们将为实现这一梦想而不懈努力!中国必须为人类做出更大贡献!中国必然为人类做出更大贡献!

英国新一期《自然》杂志公布两组科研人员分别绘制的人类蛋白质组草图。这一成果有助于了解各个组织中存在何种蛋白质，这些蛋白质与哪些基因表达有关等，从而进一步揭开人体的奥秘。 上世纪９０年代，人类基因组计划开始成形时，有科学家提出了破译人类蛋白质组的想法。其目标是将人体所有蛋白质归类并描绘出它们的特性、在细胞中所处的位置以及蛋白质之间的相互作用。但人类蛋白质组的规模和复杂性使此类研究困难重重。 德国慕尼黑工业大学等机构研究人员报告说，尽管人类已对基因组有所了解，但大约２万个编码基因中，哪些会指导合成蛋白质、合成哪些蛋白质都是未知数。为探明这一问题，他们从人体多个组织样本和细胞系中提取蛋白质并将它们&ldquo 切&rdquo 成小块，然后用质谱分析法分析出形成每个蛋白质片段所需的氨基酸序列。 研究人员借助计算机对这些蛋白质片段与基因组进行了大量比对工作，并据此列出一个&ldquo 清单&rdquo ，描绘出哪些组织中的哪些基因表达与蛋白质的形成有关。在另一项研究中，美国约翰斯· 霍普金斯大学研究人员与印度等国同行也采用质谱分析法绘制出一张蛋白质组草图。 这两个团队均发现，有数百种蛋白质是由此前认为不具备相关功能的ＤＮＡ片段（脱氧核糖核酸）及&ldquo 假基因&rdquo 形成，&ldquo 假基因&rdquo 是指由于发生突变，丧失原有功能的基因。此外他们还发现了一些与蛋白质产生无关的&ldquo 多余&rdquo 基因。 研究人员表示，绘制人类蛋白质组图谱有助于了解人体内蛋白质的出处、功能和特性，这对于生命科学、医学等领域都有重要意义。

在一项新的研究中，来自瑞士苏黎世联邦理工学院(ETH Zurich)和美国系统生物学研究所等机构的研究人员开发出人类SRMAtlas(Human SRMAtlas)，即靶向识别和可重复地定量预测的人类蛋白质组中所有蛋白质的高度特异性质谱检测方法汇编目录，包括许多剪接变异体、非同义突变和翻译后修饰。利用一种被称作选择性反应监控(selected reaction monitoring, SRM)的技术，研究人员利用166174种已被充分了解的化学合成蛋白特征性肽(proteotypic peptide)开发出这些检测方法。相关研究结果发表在2016年7月28日那期Cell期刊上，论文标题为“Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome”。论文第一作者为来自美国系统生物学研究所的Ulrike Kusebauch博士。论文通信作者为来自美国系统生物学研究所的Robert Moritz教授和来自瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold。　　SRMAtlas资源在http://www.srmatlas.org网站上可以免费获取，将有助于公平地开展重点的、假设驱动的和大型蛋白质组规模的研究。研究人员期待这一资源将极大地加快基于蛋白质的实验室生物学发展从而有助理解疾病转化和健康轨迹，这是因为如今在理论上能够鉴定和定量检测出任何样品中的任何人类蛋白。　　能够可靠地和可重复性地检测任何组织或细胞类型的人类蛋白质组中的任何一种蛋白在理解系统层次的性质以及正常生理下和患病时的特异性途径方面引发变革。在Moritz教授实验室中，研究团队能够利用SRM方法产生并验证了一种由高度特异性地靶向蛋白质组检测方法组成的汇编目录，而且通过这种广泛获取的、灵敏的和强健的靶向质谱方法SRM，能够定量检测20,277种已被标注的人类蛋白中的99.7%。这种人类SRMAtlas提供明确的检测坐标来确定性地鉴别生物样品中蛋白质特征性的肽。　　尽管2003年，人们成功地了完成人类基因组计划(Human Genome Project)，构建出所有人类基因的目录，但是大多数蛋白质研究仍然聚焦在在绘制出人类基因组图谱之前科学家们研究的蛋白中相对较小的一部分蛋白上。若要超越这种停滞不前的蛋白质-基因组学研究方法，就应需要为几乎每种人类蛋白开发高度特异性的检测方法。利用人类SRMAtlas等资源，测量任何一种人类蛋白质的前景如今变成现实。如今，人类SRMAtlas提供已经过验证的质谱检测方法，这些检测方法是基于一种统一的一致的检测人类蛋白质组中几乎每种蛋白的过程开发出的SRM技术而开发的。这些检测方法可快速地用于系统生物学和生物医学研究中以便高度灵敏地和高度选择性地鉴定和定量检测任何一种人类蛋白，以及指导完整的蛋白质图谱绘制来了解它们的生物学功能。　　个人化医学奖依赖于分子特征来监控人们的健康状态，提供信号来鉴定健康轨迹发生的变化，以及首先在临床试验随后在临床实践中提供信息来让合适的患者匹配正确的药物。这种人类SRMAtlas计划稳步地将蛋白组学推到前沿，并且为蛋白质组学在癌症登月计划(Cancer Moonshot)中发挥较大的作用添砖加瓦。

凤凰中心 中国科学院院士贺福初有一个比喻：基因组和蛋白质组的关系就像词典与文章、元素表与化工厂。基因组学中微小的差异，在蛋白质组学中可以被千倍甚至近万倍地放大。因此，要真正阐释生命，必须从蛋白质组中寻找答案。 北京市昌平区中关村生命科学园的主入口处，一栋由南北双楼组成的银白色建筑呈一字型展开。这里是国家蛋白质科学中心—北京（凤凰中心）的总部大楼，也是“中国人类蛋白质组计划”（以下简称CNHPP）的主要研究基地，从2014年6月至今，有关人类蛋白质组的庞大数据在这栋建筑中陆续被测量和解读。 偶尔从门口经过的人也许无法想象，这些数据有一天会完全改变眼前的生活。基于人类基因组这部“天书”而发展起来的精准医疗，将因为人类蛋白质组信息的清晰而变得更加精细和普适。 不久前，凤凰中心主任、北京蛋白质组研究中心主任、蛋白质组学国家重点实验室副主任秦钧在第一届生命组学与精准医学大会上对CNHPP作了介绍，《中国科学报》记者就该计划对其进行了专访。 只有蛋白质组才能从根本上阐释生命 《中国科学报》：人类基因组计划完成了对人类23对染色体上全部DNA携带的遗传信息的总和——30亿个碱基对的测序工作，人体“天书”已完整地呈现在了人类面前。现在对人类蛋白质组展开研究，其意义是什么？ 秦钧：科学界曾经认为，只要绘制出人类基因组序列图，就能了解疾病的根源，但事实并非如此。 基因是人类遗传信息的载体，是生命奥秘最原始、最根本的物质基础。蛋白质是基因表达的产物，是构成有机体的主要成分，是所有生命活动的载体和功能执行者，是细胞执行生长、发育、衰老和死亡等各种生命活动的基本单位。蛋白质与基因密切相关，但是在此基础上又产生很多变化，造就了生物体不同的形态、形状，或者执行不同的功能。 一个有机体只有一个基因组，但是同一个有机体的不同细胞中的蛋白质的组成和数量却随细胞种类和功能状态的不同各有差异。比如，人体不同组织器官的基因组是一样的，但是各个组织器官的蛋白质组不完全一样。人和鼠的基因组的差别仅为1%，但是其形态、性状差别非常大，这就是蛋白质组不一样的体现。 中国科学院院士贺福初有一个比喻：基因组和蛋白质组的关系就像词典与文章、元素表与化工厂。确实如此，基因组学中微小的差异，在蛋白质组学中可以被千倍甚至近万倍地放大。因此，要真正阐释生命，必须从蛋白质组中寻找答案。 《中国科学报》：在CNHPP开展之前，中国科学家已经主导执行过“人类肝脏蛋白质组计划”（HLPP）。和HLPP相比，CNHPP对研究方法和技术提出哪些新的要求？ 秦钧：与前期的HLPP相比，无论从研究思路、技术方法，还是平台和团队，CNHPP都有较大的改进和完善，研究范围也显著扩大。特别是对数据质量、数据产出的速度等要求也越来越高。比如，蛋白质组的分析速度、精度以及在定量、可视化等方面要求不断提升。在CNHPP中，我们将对象扩展到心脏、肝脏、胃、肺脏、肾脏等人体器官，获得的实验数据不仅可以在器官内比较，更可以在器官间分析，获得全面的认识。 样本检测效率可提升6倍 《中国科学报》：为了绘制人类蛋白质组的精细图谱，CNHPP都将展开哪些研究？秦钧：主要开展的研究包括：建立样本采集方法标准、样本预处理和生物质谱分析策略；进行含有定量信息的正常组织和疾病、疾病旁组织蛋白质表达谱、磷酸化谱、转录因子谱构建；建立临床蛋白质组大数据平台；通过数据分析、知识挖掘，发现若干疾病人群特征性信号通路变化的线索以及它们和病人手术后存活的关系。 这其中包含了很多难题。首先需要攻克的是蛋白质分离鉴定的速度、样本通量，除此之外，还有微量或痕量蛋白质的分析、蛋白质组大数据构建和多维度组学对接、蛋白质组数据的深入分析和知识挖掘的方法策略等。 《中国科学报》：CNHPP从2014年6月启动，迄今取得了哪些进展？ 秦钧：主要包括五个方面的进展。 首先，建立了样本采集方法标准，并推广至全体项目团队，各临床团队已完成100组以上的样本，包括正常组织、疾病组织、疾病旁组织的收集。第二，建立了样本预处理和生物质谱分析策略，包括表达谱、磷酸化谱、转录因子谱方法标准。第三，建立了一种新蛋白质组分析策略，可在接近和达到样本蛋白表达数量的水平上，将检测时间缩短至传统蛋白质组技术的1/7左右。该分析策略已作为本项目的技术规范应用在所有样本的检测分析中。第四，通过测定和分析个体的蛋白质组数据，进行含有定量信息的正常组织和疾病、疾病旁组织蛋白质表达谱、磷酸化谱、转录因子谱构建。最后，通过初步数据分析，发现若干疾病人群特征性信号通路变化的线索。 蛋白质是最终解决精准医学问题的出路 《中国科学报》：你刚才提到了对蛋白质组数据的分析，其实将所得到的海量数据转换成有意义的海量信息才是研究的主要目的，现有的信息分析技术能够达到这一目标吗？ 秦钧：我们通过联合相关生物学家、临床学家以及生物分析学家分析海量实验数据，一是通过各种生物信息学分析方法，努力从数据中挖掘有用的信息；二是依靠生物学家、临床学家，从生物学问题，临床问题、临床需求等方面研读数据。 现有的生物信息技术还不能完全按照我们的要求和期望分析蛋白组学数据。从规模和深度来看，CNHPP产生的数据对当前生物信息学是个挑战。因此，我们还在不断开发和整合新的生物信息技术，希望构建一个整合、快速、功能强大、完善的生物信息分析平台，以满足不断产生的海量数据的分析，这其实也是CNHPP的一个主要发展方向。 《中国科学报》：CNHPP的科学价值如何切实造福人类？ 秦钧：从现阶段看，至少在以下几个方面可造福人类。 一是通过对重大疾病发生发展过程中的重要调控通路和重要调控蛋白质进行研究，揭示重大疾病的发生发展机制，同时获得一批重要疾病诊断标志物、药物靶标，从而提高重大疾病的防诊治水平。比如，通过筛选更多更具有诊断和判别意义的生物标志物，提高重大疾病的早期诊断能力或者为疾病早期预警、健康体检监测等提供重要依据，通过对疾病发生发展密切相关的蛋白质及其信号通路等的研究，为精准医疗提供判别依据和相应的手段。二是可以通过新的诊断试剂、创新药物以及相关科学仪器、诊疗设备等多种产品的市场化推动生物医药经济的发展。 《中国科学报》：CNHPP如何促进精准医疗的发展？ 秦钧：我要特别强调CNHPP对目前正在筹划、即将启动的中国精准医疗计划的启示。美国的精准医疗计划没有包含蛋白组学的内容，是个很大的缺陷。中国的精准医疗计划在蛋白组学上有考虑和布局，是一个显著的进步。 蛋白质最终会是精准医学的出路。现在蛋白组学刚刚起步，相当于基因组学10~15年前的水平，但其发展势头已展现出蓬勃生机。中国的蛋白组学起步早，进步快，在世界的蛋白质组学领域占有一席阵地。最近建成、投入试运行的国家蛋白质组学大科学设施——凤凰中心已在CNHPP的实施中发挥了作用。其强大的蛋白质组解析能力，正在发展的蛋白质组生物信息学技术和方法，统一的样本准备流程，均一的质量控制方法和与临床医生的紧密合作、无缝连接，已对CNHPP高质量数据的产出和分析提供了坚实的基础和保障。

尊敬的专家学者： 　　第六届亚太人类蛋白质组组织(AOHUPO)大会定于2012年5月5-7日在国家会议中心(北京)召开，我们谨代表大会主办方荣幸地邀请您参加本次大会。 　　2002年，AOHUPO由在亚洲、大洋洲地区一批知名蛋白质组学科学家组建而成。在创立者的共同努力下，该组织已发展成为人类蛋白质组组织的重要分支机构之一。从AOHUPO成立至今，一直致力于积极推动该地区研究团队之间的蛋白质组学学术交流。迄今为止，AOHUPO已成功举办5届每两年一次的亚太人类蛋白质组大会。随着中国蛋白质组学研究的迅速发展，AOHUPO理事会决定于2012年5月在中国北京举办第六届亚太人类蛋白质组大会。 　　本次大会主题为“蛋白质组学：让生活更美好”，议题包括人类染色体蛋白质组计划、蛋白质-蛋白质相互作用国际合作计划、疾病蛋白质组学和个性化医疗、植物与微生物蛋白质组学、药物蛋白质组学和蛋白质药物及其体内代谢、结构蛋白质组学、蛋白质翻译后修饰、定量蛋白质组学、生物信息学和蛋白质组学新技术新方法等研究领域。本次大会将为增进亚太地区乃至国际蛋白质组学领域专家学者的相互了解提供难得机会，也为促进本领域及相关交叉学科的信息交流与科研合作搭建良好的平台。预计将有上千名科学家出席大会并参与交流。我们相信在大会期间您将尽情享受蛋白质组学带来的乐趣，感受各国科学家的热忱友情以及首都北京带给您丰富多彩的文化活动。 　　我们热忱欢迎您的参与，并期待在北京与您相聚。 　　此致 　　敬礼 中村和行 贺福初 杨芃原 AOHUPO主席 AOHUPO副主席 AOHUPO理事 CNHUPO名誉主席 CNHUPO主席 　　大会信息 　　主办方： 　　亚太人类蛋白质组组织(AOHUPO) 　　中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO) 　　承办方： 　　军事医学科学院放射与辐射医学研究所 　　北京蛋白质组研究中心 　　大会主席： 　　中村和行：AOHUPO主席 　　贺福初：AOHUPO副主席，CNHUPO名誉主席 　　杨芃原：AOHUPO理事，CNHUPO主席 　　大会主题： 　　蛋白质组学：让生活更美好 　　大会语种： 　　英语 　　会场： 　　中国 北京 国家会议中心 　　科学议题: 　　疾病标志物与个性化医疗 　　植物与微生物蛋白质组学 　　蛋白质翻译后修饰 　　糖蛋白和蛋白聚糖：结构、功能与应用 　　治疗性蛋白质：结构表征与体内代谢 　　化学蛋白质组学与药物发现 　　定量蛋白质组学、目标导向蛋白质组学和系统生物学 　　蛋白质组学新技术与新方法 　　生物信息学：数据库、翻译后修饰、定量与验证 　　时间表: 时间 5/4/2012周五 5/5/2012周六 5/6/2012 周日 5/7/2012 周一 5/8/2012 周二 8:30-9:10 注册/ 国际相互作用组计划(I3) 研讨会 注册/培训 膜蛋白质组计划 (MPI) 研讨会 大会报告 大会报告 会后参观 9:10-9:50 9:50-10:10 茶歇 茶歇 10:10-10:30 染色体蛋白质组计划 (CHPP) 研讨会 大会报告 专题分会 10:30-12:10 12:10-14:00 专题午餐会/ 墙报/展览 专题午餐会/ 墙报/展览/ AOHUPO理事会 14:00-16:00 专题分会 专题分会 16:00-16:20 茶歇 茶歇 16:20-17:00 大会报告 大会报告 17:00-17:30 开幕式 闭幕式 17:30-17:40 大会报告 17:40-18:50 京剧演出 19:00-21:00 欢迎晚宴 　　特邀大会报告人: 姓名 单位 报告题目 Aaron Ciechanover 2004年诺贝尔化学奖得主 Technion-Israel Institute of Technology, Israel Why Our Proteins Have to Die so We shall Live or The Ubiquitin Proteolytic System - From Basic Mechanisms thru Human Diseases and onto Drug Development Ruedi Aebersold Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Switzerland 待定 Tom L Blundell University of Cambridge, Cambridge, UK The Structural Proteome and Drug Discovery: Chemical Tools for Targeting Protein Networks 陈竺 国家卫生部；上海交通大学医学院 待定 管坤良 复旦大学 University of Michigan, USA Protein Lysine Acetylation in Metabolism Regulation Denis Hochstrasser University Hospitals of Geneva, Switzerland Proteomics & Clinical Mass Spectrometry Leroy Hood Institute for Systems Biology, USA 待定 John Craig Venter J. Craig Venter Institute, USA 待定 王晓东 北京生命科学研究所 待定 John Yates Scripps Research Institute, USA The Use Of Quantitative Proteomics To Study Disease 　　(待更新……) 　　特邀专题报告人: 姓名 单位 报告题目 N. Leigh Anderson Plasma Proteome Institute, USA The Diagnostic Proteome: Challenges and Opportunities in the Discovery and Clinical Implementation of Protein Biomarkers Mark Baker Macquarie University, Australia 待回复 Amos Bairoch Swiss Institute of Bioinformatics 待定 John Bergeron Research Institute of McGill University Health Center, Royal Victoria Hospital, Canada 待回复 Pierre-Alain Binz Swiss Institute of Bioinformatics, Switzerland 待回复 Lewis C. Cantley Harvard Medical School, USA 待回复 Yu-Ju Chen Institute of Chemistry, Academia Sinica，Chinese Taipei 待定 Daniel W. Chan The Johns Hopkins UniversitySchool of Medicine, USA Translating Proteomics into TheClinical Laboratory: The Future is Now Maxey C.M. Chung National University of Singapore, Singapore 待定 Catherine Costello Boston University School of Medicine, USA 待定 Robert E. Gerszten Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School, USA 待回复 Bill Hancock Northeastern University, USA 待回复 Bill Jordan Victoria University of Wellington, New Zealand 待定Pierre Legrain Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), France From Genes and proteins to Human being : can we revisit the role of heredity? Kazuyuki Nakamura Yamaguchi University Graduate School of Medicine, Japan Disease Biomarker Discovery -HSP27 for Diagnostics and Therapeutics of Pancreatic Cancer Eugene N. Nikolaev The Institute for Energy Problems of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Russia 待回复 Gilbert S. Omenn University of Michigan, USA The Role of the HUPO Human Proteome Project in Advancing the Field of ProteomicsYoung-Ki Paik Yonsei Proteome Research Center, Korea A Chromosome-Centric Human Proteome Project to Characterize the Sets of Proteins Encoded in the Genome Peipei Ping University of California at Los Angeles (UCLA), USA 待定 Richard J. Simpson Ludwing Institute for Cancer Research, Australia 待回复 Michael K.W. Siu York University, Canada Diagnostic, Prognostic and Therapeutic Significance of Head and Neck Cancer Biomarkers Discovered by Mass Spectrometry-Based Proteomics Gyorgy Marko Varga Lund University, Sweden 待回复 　　(待更新……) 　　论文摘要征稿： 　　欢迎提交论文摘要，经遴选安排分会口头报告或海报形式进行交流。 　　1. 论文摘要应简明，具有教育意义且涵盖研究目的、方法、结果和总结 　　2. 请用英语撰写 　　3. 每篇摘要不超过350个英文单词，格式参照摘要模板(附件1) 　　4. 截稿日期是2012年2月25日 　　5. 请通过大会网站http://www.aohupo2012.cn提交您的摘要(由于会议注册系统升级，摘要提交功能将于2011年12月25日至2012年1月6日关闭，特此说明)。 　　青年学者旅行奖： 　　本次大会将设立青年学者旅行奖。参选人员为参加本次大会的在读研究生或近五年内获得博士学位的青年学者，年龄在35岁以下(按照2012年5月5日计算)，且为1篇大会论文摘要的第一作者。获奖者每人奖励人民币2000元。 　　申报要求: 　　1. 请提交申请人简历(A4纸1页)，包括近期发表代表性论文清单。请在大会网站http://www.aohupo2012.cn成功注册后将简历及投稿论文摘要发送至CNHUPO办公室电子邮箱(aohupo2012@vip.163.com)。 　　2. 请提交符合本次大会议题的论文摘要。大会学委会将评审所提交相关材料。 　　3. 申请人必须在2012年2月25日前完成注册。 　　4. 请同时提交申请人年龄证明。 　　5. 青年学者旅行奖申请截止日期为2012年2月25日. 　　会前培训: 　　大会安排于2012年5月5日举办蛋白质组学新技术培训，届时将邀请蛋白质组领域的国际著名专家教授主讲培训课程，培训内容敬请关注大会网站http://www.aohupo2012.cn。 　　重要日期: 　　会前预注册截止日期延至2012年2月25日! Ÿ 提交论文摘要截止日期 2012.02.25 Ÿ 预注册截止日期 2012.02.25 Ÿ 现场注册 2012.05.04-05 　　注册： 注册类型 2012.02.25前 2012.02.25后 现场注册 学术代表 1400元 1600元 1800元 学生代表 1000元 1200元 1400元 企业代表 3000元 3500元 4000元 AOHUPO理事 免费 免费 免费 会前培训 200元 200元 300元 　　请通过大会网站http://www.aohupo2012.cn提交您的注册信息(由于会议注册系统升级，网上注册功能将于2011年12月25日至2012年1月6日关闭，特此说明)。 　　展览: 　　第六届亚太人类蛋白质组学大会同期将举办生物化学与分子生物学、蛋白质组学相关研究领域的仪器设备和新技术的展会。展会将延续并创新已成功举办七届的中国蛋白质组学学术大会展会的经验与模式，不断提升规模和层次，为贵公司提供与国内外最优秀的科研团队进行近距离交流的难得机会和展示实力、推广产品、拓展市场的良好契机。会议拥有最新最前沿的生命科学研究信息、巨大的潜在市场、多渠道的强劲宣传以及国家会议中心良好的展览环境和专业的服务，将为打造本次盛会提供有力的保证。详细信息请联系第六届亚太人类蛋白质组学大会秘书处，或登录大会网站查看：http://www.aohupo2012.cn. 　　联系方式 　　第六届亚太人类蛋白质组学大会秘书处: 　　CNHUPO办公室 　　地址：北京市昌平区科学园路33号北京蛋白质组研究中心(邮编：102206)学术咨询电话: +8610-80705188 　　参展咨询电话: +8610-80705888 　　注册咨询电话: +8610-84351699 　　传真: +8610-80705155 　　电子邮箱: aohupo2012@vip.163.com, aohupo2012@pharmatable.com 　　大会网址: 　　http://www.aohupo2012.cn 　　http://www.pharmatable.com/en/aohupo2012.cn 　　附件1　　论文摘要模板 　　Identification of the nonspecific binding proteins in depletion of Albumin and IgG from Human plasma 　　Wang Yundan1, Ning Yunshan1,3, Jiang Yin2, Deng Xinyu2, Fang Qinmei2, Hong Yanhua3, 　　Li Ming1,3 　　1 College of Biotechnology, Southern Medical University, Guangzhou, P. R. China, 510515 　　2 Beijing Institute of radiation Medicine, Beijing, P. R. China, 100850 　　3 Boang Antibody Company, Shanghai, P. R. China, 200233 　　tommy604@fimmu.com 　　Depletion of high abundant proteins in plasma samples is necessary for deep searching the new biomarkers. We utilized the high specific mouse mAbs against human albumin and protein G to optimize premeters for removing these two kinds of most abundant proteins in human plasma with denatured or native conditions respectively. We found that the depletion efficiency is significantly changed with different combination of chaos reagents, non-ionic detergent and varied concentration of salts. In native condition, the elution proteins were separated by 2DE and 104 spots in the gel were excised and trypsin digested for tandem mass spectrum (MS/MS) analysis. After two dimension gel andMS analysis, the abundant proteins, such as albumin, IgG, fibrinogen, vitamin D binding protein, alpha-1 antitrypsin, transferrin, transthyretin, proapolipoprotein, keratin, and complement component 3 were identified from the eluted sample with depletion under the native condition. However, the depletion efficiency under denatured condition for albumin became lower but IgG did not change. The results may explain the relationship between low non-specific binding and presence of albumin fragments in condensed plasma samples processed by MARC or MARS system using commercial buffer. 　　Keywords:　　High abundant protein / Depletion / 2-DE / MS / Nonspecific / Human plasma protein / Monoclonal antibody / Denature 　　References 　　1. Huang, H. L., Stasyk T., Morandell, S., Mogg, M., et al., Electrophoresis 2005, 26, 2843-2849 　　2. Anderson, N. L., Polanski M., Pieper, R., Gatlin, T., et al., Molecular & Cellular Proteomics 2004 Apr 3(4):311-26. 　　3. Shen, Y. F., Kim, J. K., Strittmatter, E. F., Jacobs, J.M., et al., Proteomics 2005, 5,4034-4045

2015年1月23日一期的Science公布了基于人类蛋白质图谱的大分析结果，包括与癌症相关的详细蛋白质图片，血液中蛋白质种类和数量，以及市场上被批准的所有药物所作用的目标蛋白质。 人类蛋白质图谱（The Human Protein Atlas）,是由Knut and Alice Wallenberg基金会于2014年11月支持的一个大型跨国研究项目。近期他们又开放了一个以人器官组织为基础的蛋白质图谱数据库。基于1300万个注释的图像，整个数据库涵盖了人体中的所有主要组织和器官的蛋白质分布，也标注了仅表达在特定组织，如脑，心脏或肝脏的蛋白。作为一个开放的数据资源，这个数据库提高了对人类生物学的基本见解，更有望帮助推动新的诊断和药物的开发。 在Science的这篇文章里，"基于组织的人类蛋白质组图谱" 结合基因组学，转录组学，蛋白质组学，以及基于抗体的分析，详细分析了大约20,000个蛋白质编码基因。分析结果表明，蛋白编码基因几乎一半都是普遍表达在所有分析的组织。而有大概的15％的蛋白质编码基因大量表达在一个或几个特定的组织或器官，包括众所周知的组织特异性蛋白质，如胰岛素和肌钙蛋白。睾丸是含有最丰富种类蛋白质的器官，其后是大脑和肝脏。分析结果还表明，大约3000种蛋白质是从细胞中分泌释放的，另有5500种蛋白位于细胞膜结构。 这一蛋白质图分析结果为制药行业的提供了重要信息。研究小组的Uhlé n表示,他们发现了市场上使用的药品有70%的作用目标是分泌或膜结合蛋白。有趣的是，另外30%被发现是作用其他组织和器官，这可能有助于解释药物的一些副作用，并且对未来药物开发提供一定的参考价值。 该数据库已经免费对外开放，网址是www.proteinatlas.org.

中国上海，2011年9月9日－ 全球科学服务领域的领导者，赛默飞世尔科技(以下简称：赛默飞)于9月5日宣布生命科学质谱研发总监Alexander Makarov博士荣获国际人类蛋白质组研究组织（HUPO）颁发的首个HUPO科学技术奖。该奖项高度表彰了Makaro博士对OrbitrapTM质量分析器的发展所作出的巨大贡献，并于9月7日在瑞士日内瓦召开的2011年第10届国际人类蛋白质组大会上颁发该奖项。 Makarov博士迄今已发表了40余篇文章，拥有超过40项专利，并于2000年首次发表Orbitrap质量分析器的文章。2005年问世的Thermo Scientific LTQ Orbitrap组合式质谱仪是以该类型质量分析器为基础的首台商业化质谱仪。基于Orbitrap技术的质谱仪能够提供极高的分析性能，大大拓宽超高分辨率和精确质量仪器的应用范围，在此之前只有体积更大、价格更昂贵、操作更复杂且可靠性相对较低的傅里叶变换离子回旋共振（FT-ICR）质谱仪才能实现这一性能。 Orbitrap质谱仪迅速成为众多领域的必备工具，在蛋白质组学，即蛋白质及其在生物体系中的结构和功能的大规模研究领域实现了巨大突破。自首台商业化仪器问世6年后，Orbitrap已出现在全球各地领先的蛋白质组学实验室中，用于识别完整蛋白和酶消化蛋白、找到发生化学修饰的蛋白及识别修饰的类型和位点，为了解生物体系提供基本信息。Orbitrap质谱仪技术已在大量的科学文章中被引用。 &ldquo 我们非常高兴Alexander能够荣获这一殊荣，同时也感谢HUPO以这种方式认可他的工作。&rdquo 赛默飞高级副总裁兼分析仪器部总裁Greg Herrema先生如是说，&ldquo 我们为Orbitrap质谱仪在蛋白质组学、代谢组学、代谢和其他众多领域发挥的作用感到自豪，Alexander将一如既往致力于Orbitrap技术的发展工作。&rdquo 今年六月，赛默飞在位于科罗拉多州丹佛市举行的第59届ASMS展会上发布了多款基于Orbitrap技术的新型质谱仪。Thermo Scientific Orbitrap Elite组合式质谱仪集成了一个全新的高场Orbitrap质量分析器，虽然体积小于之前的分析器，其性能却显著增强。Thermo Scientific Q Exactive质谱仪是首台将四极杆质量分析器和Orbitrap质量分析器相结合的组合式质谱仪。在国际人类蛋白质组大会上，这两台仪器都将会分别作为赛默飞综合蛋白质组学和蛋白QuanfirmationTM工作流程的一部分进行展示。 欲了解更多有关Orbitrap技术和Orbitrap质谱仪的详细信息，请致电800-810-5118，或发送邮件至cru.cn@thermofisher.com，或登录网站www.thermo.com.cn/Category88.html（中文）或www.planetorbitrap.com（英文）。 关于赛默飞世尔科技 赛默飞世尔科技（纽约证交所代码： TMO）是科学服务领域的世界领导者。我们致力于帮助我们的客户使世界更健康、更清洁、更安全。公司年销售额接近 110 亿美元，拥有员工约37000人。主要客户类型包括：医药和生物技术公司、医院和临床诊断实验室、大学、科研院所和政府机构，以及环境与工业过程控制行业。借助于Thermo Scientific 和 Fisher Scientific 两个首要品牌，我们将持续技术创新与最便捷的采购方案相结合，为我们的客户、股东和员工创造价值。我们的产品和服务有助于加速科学探索的步伐，帮助客户解决在分析领域所遇到的各种挑战，无论是复杂的研究项目还是常规检测或工业现场应用。 欲了解更多信息，请浏览公司网站：www.thermofisher.com，中文：www.thermofisher.cn。

从不同角度显示的人类蛋白质PSD95-PDZ3 的三维图像。图片来源：安德烈福尔/CRG科技日报根据6日发表在《自然》网站上的一项新研究，人类蛋白质表面的潜在治疗靶点的数量比之前认为的要多得多。西班牙巴塞罗那基因组调控中心（CRG）的研究人员开发出一项突破性新技术，揭示了许多控制蛋白质功能的“秘密大门”，从理论上讲，这些“门”可以显著改变痴呆症、癌症和传染病等各种疾病的进程。现在，他们已经绘制出这些被称为“变构位点”的靶点的第一张图。这种发现靶点的方法可能会改变药物发现的“游戏规则”，从而研发更安全、更智能且更有效的药物。它使世界各地的研究实验室能够靶向任何蛋白质，包括那些以前被认为“无药可及”（undruggable）的蛋白质。蛋白质在所有生物体中发挥着核心作用，并执行重要功能，如提供支撑结构、加速反应、充当信使或对抗疾病。它们由氨基酸组成，在三维空间中折叠成无数不同的形状。蛋白质的形状对其功能至关重要，氨基酸序列中只要有一个错误就会对人类健康造成潜在的毁灭性后果。变构是蛋白质功能中一大未解之谜。当分子与蛋白质表面结合时会产生变构效应，这反过来又会导致该蛋白质远处的位置发生变化，从而通过“遥控”来调节其功能。许多致病突变，包括许多癌症驱动因素，都是因为其变构效应而具有病理性。尽管变构位点很关键，但它们却非常难找。此次，研究人员开发了一种名为双深度PCA（ddPCA）的技术来应对这一挑战。他们将其描述为一种“蛮力实验”，就好比发现一辆车有问题之后，不只是检查局部，而是拆卸整辆车，并逐个检查零件。通过一次性测试一万件零件，研究人员确定了所有真正重要的部件。CRG系统生物学项目协调人、该研究报告的作者本莱纳教授解释说：“我们故意以数千种不同的方式打破事物，以建立一个事物如何运作的完整图景。”该方法通过改变构成蛋白质的氨基酸来发挥作用，从而产生数千种不同版本的蛋白质，而序列中只有一两个差异。然后，研究人员在实验室的活细胞中同时测试突变蛋白质的影响。研究人员称，每个细胞都是一个小工厂，会生产不同版本的蛋白质。在一个试管中有数百万个不同的工厂，因此可以非常迅速地测试一种蛋白质的所有不同版本的工作情况。实验收集的数据被输入计算机神经网络进行分析，产生全面的地图，精确定位蛋白质表面的变构位置。该技术有望促进蛋白质功能和进化的研究。如果扩大规模，可以从氨基酸序列中精确预测蛋白质的特性。研究人员认为，一旦成功，这将开启预测性分子生物学的新时代，使发展新药和清洁的、以生物学为基础的工业成为可能。

大家好，本周为大家分享一篇发表在Nat. Struct.上的文章，Towards a structurally resolved human protein interaction network，该文章的通讯作者是瑞典斯德哥尔摩大学的Petras Kundrotas、Arne Elofsson和欧洲分子生物学实验室的Pedro Beltrao。蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）的表征对于理解形成功能单位的蛋白质组和细胞生物学研究的基础是至关重要的。同时，蛋白质复合物的结构表征是理解蛋白质的功能机制、研究突变的影响和研究细胞调控过程的关键步骤。最近，基于神经网络的方法已经被证明了准确预测单个蛋白质和蛋白质复合物的结构的能力；然而，其在大规模预测人类复杂结构中的应用尚未得到有效测试。在此，本文测试了应用AlphaFold2在预测人类蛋白质相互作用结构上的潜力和局限性，并通过实验提示了界面残基中潜在的调节机制。除此之外，本文还提供了使用预测的二元复合物来构建高阶组装的案例，以此拓展了对于人类细胞生物学的理解。人类蛋白质相互作用的结构预测本文基于AlphaFold2的FoldDock管道对65484对来源于HuRI与hu.MAP V.2.0数据库中实验测定的PPIs的结构进行预测。文章合并了一个pDockQ分数，该分数可以根据置信度对模型进行排序。结果显示，已知相互作用蛋白的pDockQ往往高于随机集；对于hu.MAP数据集显示出平均比HuRI数据集更高的可信度，这表明，高可信度模型集中在具有高亲和力和直接相互作用的蛋白质相互作用区域。实验表明，AlphaFold2可以预测大型复合物中直接相互作用的蛋白对的结构（图1）。图1 | AlphaFold2复合物预测在大规模人类PPIs数据集上的应用影响预测置信度的特征如图1a所示，相较于HuRI和hu. MAP数据库中的蛋白质对，出现在蛋白质数据库（PDB）中的蛋白质对更加富集于高分模型部分。为了更好地理解这种差异，本文首先研究了一个由大型（10链）异质蛋白复合物构建的额外数据集。通过实验，结果显示直接相互作用对与间接相互作用对之间pDockQ分数的差异是显著的，这表明与间接相互作用对相比，即使直接相互作用对是大型复合体的一部分，也往往能够被预测。除此之外，由于HuRI数据库中的许多蛋白质间相互作用很可能是短暂的，而AlphaFold2无法可靠地预测这种相互作用（图2）。图2 | 影响预测置信度的蛋白质和相互作用特征：不同数据集的分析预测的复合物结构在化学交联上的验证化学交联结合质谱分析是一种识别蛋白质对中邻近的活性残基的方法，可以用来帮助确定可能的蛋白质界面。为了确定预测的复合物结构是否满足这种正交空间约束，本文获取了528对具有预测模型的蛋白质对的残基对的交联集合。在此章节中，文章提供了多个案例证明了化学交联验证的有效性（图3）。图3 | 对于预测复合物模型的化学交联支持复合物界面上与疾病相关的错义突变与人类疾病相关的错义突变可以通过多种机制改变蛋白质的功能，包括破坏蛋白质的稳定性、变构调节酶活性和改变PPIs。为了确定预测结构的有效性，本文汇编了一组位于界面残基上的突变，这些突变之前曾被实验测试过对于相应相互作用的影响。文章使用FoldX预测突变时结合亲和力的变化，并观察到破坏相互作用的突变强烈影响了结合的稳定性；另外，本文就在一系列生物学功能中具有界面疾病突变的蛋白质网络簇进行了举例说明（图4）。图4 | 蛋白质复合物界面残基的疾病突变蛋白质复合物界面的磷酸化调节蛋白质磷酸化可以通过改变修饰残基的大小和电荷来调节结合亲和力来调节蛋白质的相互作用，将磷酸化位点定位到蛋白质界面可以为它们在控制蛋白质相互作用中的功能作用产生机制假说。本文使用了最近对人类磷酸化蛋白质组26的鉴定，在高置信度模型中鉴定出了界面残基上的4,145个独特的磷酸化位点。实验表明，某些界面可能受到特定激酶和条件的协调调控。虽然不是所有界面上的磷酸位点都可能调节结合亲和力，但这一分析为特定扰动后的相互作用的潜在协调调控提供了假设（图5）。图5 | 界面残基上磷酸化位点的协同调控来自二元蛋白质相互作用的高阶组装蛋白质既能够同时与多个伙伴相互作用组成更大的蛋白复合物，又能够在时间和空间上分离。这也反映在文章的结构特征网络中，即蛋白质可以在群体中被发现，如蛋白质相互作用全局网络视图所示（图6）。由于使用AlphaFold2预测更大的复合物组装可能受到计算需求的限制，文章测试了蛋白质对的结构是否可以迭代结构上对齐。文章在上述网络中覆盖的一组小的复合物上测试了这一过程，并将一个实验确定的结构与预测的模型进行对齐，展示了该过程的潜力和局限性。受测试例子的鼓励，本文定义了一个自动化过程，通过迭代对齐生成更大的模型。总之，文章发现可以迭代地对齐相互作用的蛋白质对的结构来构建更大的组装，但同时也发现了目前限制这一过程的问题。图6 | 对高阶组装的蛋白质复合物的预测结论本文通过一系列的实验评估了应用AlphaFold2预测已知人类PPIs的复杂结构的潜力与局限性。分析结果表明，由亲和纯化、共分馏和互补的方法组合支撑的蛋白质相互作用能够产生更高置信度的模型。文章证明，可以使用模型指标（如pDockQ评分）对高置信度模型进行排序，为大规模PPIs和稳定复合物的详细研究提供支持；而来自交联质谱实验的数据为进一步验证这些预测提供了理想的资源。除此之外，本文用疾病突变和磷酸化数据证明了蛋白质界面的结构模型对于理解分子机制以及突变和翻译后修饰的影响至关重要；最后，文章提出了从预测的二元配合物出发构建更大的组件结构模型的想法。后续仍需要更多的工作来确定确切的化学计量学，设计方法和评分系统来构建如此更大的复杂组件，以及预测具有弱和瞬态相互作用的蛋白质之间的相互作用。参考文献(1) Burke DF, Bryant P, Barrio-Hernandez I, et al. Towards a structurally resolved human protein interaction network [published online ahead of print, 2023 Jan 23]. Nat Struct Mol Biol. 2023 10.1038/s41594-022-00910-8. doi:10.1038/s41594-022-00910-8

在日前结束的第381次香山科学会议上，国内外众多专家呼吁，在国际蛋白质组计划呼之欲出的之际，应尽快启动中国人类蛋白质组计划。 　　军事医学科学院研究员杨晓明介绍，蛋白质组学是一门新兴但发展迅速的学科。1994年，蛋白质组概念的提出加速了蛋白质组学的凝聚和发展，国际上主要发达国家和地区自此纷纷加大对蛋白质组学的支持力度，蛋白质组学成为各强国科技角力新的“战场”，尤其是2001年国际人类蛋白质组组织成立之后，蛋白质组研究进展迅速。 　　10余年来，蛋白质组学无论从技术方法和研究策略，还是研究资源和研究领域等都有了质的飞跃。近几年来，在蛋白质组定量分析、翻译后修饰研究、规模化相互作用及功能研究、生物标志物的筛选验证、抗体制备、数据标准和数据挖掘等方向取得一系列突破性进展。同时，蛋白质组研究的核心技术，一直在不断的发展和完善，实现更高通量、定量地分析生物样本中的蛋白质组成和变化。目前，蛋白质组学研究已逐渐从全蛋白质组学向亚细胞蛋白质组学转变，从定性分析向定量描述转变，从实验室研究到临床应用拓展，从数据积累向知识挖掘转变。 　　目前，蛋白质组学已成为几乎所有国际著名医学研究机构的重要支撑平台，在疾病研究中的应用十分广泛。国际上也先后启动了多种疾病的蛋白质组研究计划，直接寻找疾病相关特异蛋白质或对疾病相关已知蛋白质进行深入机制分析。 　　本次会议执行主席之一、中国科学院院士、军事医学科学院院长、蛋白质组学国家重点实验室主任贺福初研究员认为，蛋白质组学不仅自身发展迅速，并且作为生命科学与生物高技术的新一代引擎，带动了大量相关学科领域的快速发展，为生命科学的研究、生物技术的应用和人类疾病的防治带来新的革命。通过与基因组研究的对接，极大推动了基因组的全面阐释、“基因组”天书的系统解读 通过其学术与技术的系统性、全息性，全局性地揭示了生命活动的规律和本质、人类重大疾患(及其病原体)致病的物质基础以及发生与发展的病理分子机制 通过其强大的需求牵引和突出的集成融合，直接推动了分析科学与技术、信息科学与技术、材料科学与技术等学科在生命科学与生物高技术中的深层次应用及其各自的快速发展。 　　据悉，我国政府历来重视和支持蛋白质组学的发展，并较早部署和启动蛋白质组学一系列重大项目。在国际人类蛋白质组组织先后启动的十多个国际性蛋白质组计划中，由我国科学家倡导并领衔的国际人类肝脏蛋白质组计划是最早启动的两个蛋白质组计划之一，也是首个人类组织器官的蛋白质组计划，该计划成功建立了蛋白质组研究框架、模式和标准，是国际人类蛋白质组计划各分计划中成就最为显著的核心计划之一。我国科学家无论是在蛋白质组学技术方法，还是在重要生物学功能和重大疾病相关的蛋白质组研究方面，都取得了一系列令国际学术界瞩目的重要成就，据统计，中国科学家在国际蛋白质组学主要刊物《分子细胞蛋白质组学》、《蛋白质组研究》和《蛋白质组学》上发表的论文数量排世界第二位。 　　据介绍，不久前在澳大利亚悉尼召开的第九届国际蛋白质组大会上，国际人类蛋白质组组织宣布全面启动实施国际人类蛋白质组计划，各国政府和科学家对该计划的全面实施给予了高度关注，并纷纷申领任务，中国有必要也有能力在这一宏大计划中发挥主流作用。 　　在这个大背景下，与会专家一致呼吁，我国应抓住蛋白质组学发展的新契机，立足国际发展前沿，加强蛋白质组学新技术新方法的研究 在建设国家蛋白质科学基础设施的基础上，通过对原始创新、集成创新与消化吸收再创新，大力发展一批具有自主知识产权的新技术新方法和新设备新试剂 充分整合现有蛋白质组研究基础，建立完善国家层面的蛋白质组学协作网络 结合国际人类蛋白质组计划的全面实施，整合国内优势力量，加快启动实施中国人类蛋白质组计划 推进前期基础研究成果的转化，使其真正成为重大疾病防诊治和创新药物研发的源头创新的成果 综合我国产出的海量人类蛋白质组数据，建立以中国为主的蛋白质数据库，充分利用这些数据，积极推进蛋白质组数据对人类基因组的注释，并全面揭示生理功能调控规律和病理机制 加大蛋白质组学推广和普及的力度，针对不同人群加强蛋白质组学的培训和教育，培养更多的蛋白质组学人才，拓宽其应用领域和方向。同时针对严重制约我国医药、农业、工业、资源环境与能源、国防等行业/产业改造、换代中的蛋白质关键科学与技术问题进行系统、深入研究，实现我国蛋白质科学与技术领域的跨越式发展，带动我国生命科学与生物技术的快速突破，为我国经济社会的全面、协调、可持续的发展提供强大的科学技术原动力和战略性基础性支撑。

5月5日，第六届亚太人类蛋白质组大会在北京开幕，作为亚太地区规模最大、影响最广、学术水平最高的蛋白质组学学术峰会，吸引了来自全球20多个国家和地区的1000多名专家学者参加会议。RIGOL携L-3000系列高效液相色谱系统及Ultra-6000系列紫外-可见光分光光度计参加了此次行业盛会。 RIGOL秉承持续为客户创造价值的理念，不断创新，致力于为客户提供全面适用的定制化解决方案，其分析仪器产品以人性化的设计、卓越的性能、以及专业的产品定位在各种领域都具有广泛的应用。 L-3000高效液相色谱系统，2011年荣获BCEIA金奖 Ultra-6000系列紫外可见分光光度计 RIGOL简介 RIGOL是业界领先从事电子测量和分析仪器研发、生产和销售的多元化高新技术企业，产品已销往全球60多个国家和地区，并在全球50个国家注册了RIGOL商标，已成为世界级的供应商和客户首选伙伴之一。 　　RIGOL科技园区占地约120亩，是国内技术领先的生产、研发基地，其中技术人员占40%。RIGOL拥有世界领先的SMT产线、精密的CNC数控机床加工中心和注塑车间、先进的影像分析系统及多种生产线设备，建立了一流的生产工艺及严格的质量保证体系，已通过ISO9001：2000 质量管理体系认证和ISO14001：2004 环保管理体系认证。 　　RIGOL秉承为客户创造价值、持续创新的公司理念，为客户提供具备国际领先技术水准，更高性价比的产品、系统、服务以及一站式的解决方案。RIGOL致力于成为分析仪器行业技术领先的革新者，其产品正在化学、环保、食品、医药和生命科学领域中广泛使用。 　　RIGOL自主研制的L-3000高效液相色谱系统，已获得8项专利。该仪器耐压高达8000psi，具有2.5AU的线性范围及最高100Hz的采样率，整机性能稳定，自上市以来受到广大用户的一致好评。业界专家评价RIGOL L-3000整机性能已经达到同类仪器的国际先进水平。

为贯彻落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》的部署，经研究，决定批准国家重大科学研究计划2014年重大科学目标导向项目&ldquo 中国人类蛋白质组草图&rdquo (项目编号：2014CBA02000)立项。项目依托部门为中国人民解放军总后勤部卫生部，由中国人民解放军军事医学科学院作为项目第一承担单位，钱小红研究员任项目首席科学家。 　　根据国家科技计划管理的安排，该项目将于2014年2月启动实施。请有关单位按照国家重点基础研究发展计划管理办法和经费管理办法的要求，认真做好项目组织实施的相关工作。 　　科 技 部 　　2014年1月27日

仪器信息网讯 第十七届美国人类蛋白质组学会议（US HUPO 2021）将于3月8日-11日在线上召开。今年的会议主题是“蛋白质组学利用从单细胞技术到系统生物学的健康与疾病研究”。会议链接：https://www.ushupo.org/Conference今年会议的特色是：将由杰出的全体演讲嘉宾组成的完整节目，14个并行的科学会议和口头演讲以及教育性短期课程和特定主题的夜间研讨会。口头报告会涵盖各种有趣的蛋白质组学主题，例如“单细胞蛋白质组学”，“细胞信号与系统生物学”，“中枢神经系统组学”，“传染病与蛋白质组学（COVID-19）”，“生物标记物和精准医学”，“心血管蛋白质组学”，“多组学技术创新”，“表观遗传学和染色质生物学”，“蛋白质翻译后修饰”，“自上而下的蛋白质组学”，“机器学习和计算蛋白质组学” ，“多重组学-方法和应用”，“结构生物学中相互作用组学的新策略”和“药物发现中的干细胞蛋白质组学和化学蛋白质组学”。此外，会议主办方还为年轻科学家提供了很多机会，可以通过200多个海报演来展示他们的工作。会议日程一览会议组织者：威斯康星大学 葛瑛教授伊利诺伊大学芝加哥分校 Stephanie Cologna博士密歇根大学 Alexey Nesvizhskii博士芝加哥大学 Yingming Zhao 博士关于会议美国人类蛋白质组学会议（US HUPO 2021）对蛋白质组学跨学科的科学领域保持高度重视，特别关注该领域当前的技术进展及其在解决与人类健康相关的生物学和临床问题中的应用。会议涵盖的主题反映了蛋白质组学领域的多种学科、策略和技术，以及它们用于解决复杂的生物医学问题并实现旨在促进人类疾病的诊断、预后和治疗的新发现。往届会议一览

2009年11月30日，北京——系统生物学研究所(ISB)和安捷伦科技公司(NYSE: A)今天宣布，合作开发人类多反应监测(MRM)Atlas，一种让科学家对所有人类蛋白质进行定量分析的综合方法。该项目将有望使生物标志物的发现与验证，以及基于蛋白水平的诊断检验、个性化医疗、人类健康监测等工作获得重要进展。 　　该项目获得“美国复兴与再投资法案——投资机会”项下国立卫生研究院国家人类基因组研究所提供的460万美元资助，由ISB的Robert Moritz 和 Leroy Hood开发“全人类多肽和MRM Atlas ”。苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 也将携欧洲科研理事会提供的经费加入该项合作研究。 　　该研究将历时2年，分别在西雅图的ISB和苏黎世ETH进行，将使用安捷伦三重串联四极杆和四极杆飞行时间液相色谱/质谱(LC/MS)系统和纳流液相色谱-芯片/质谱系统。 　　“我们相信这将是蛋白质分析领域一个革命性的进展，”ISB成员兼蛋白质组学负责人Rob Moritz说，“这将促进蛋白质定量的常规应用，在人类疾病的机理研究、早期诊断和监测中发挥重要作用。” 　　“安捷伦很高兴共同担纲开发人类MRM Atlas，并且基于MRM方法，支持蛋白定量研究，”安捷伦LC/MS营销负责人Ken Miller说，“我们的三重串联四极杆质谱系统、蛋白质分析专用软件工具、以及独特的液相色谱-芯片/质谱技术，构成了分析这些大量样品稳定而灵敏的平台。” 　　MRM Atlas旨在让科学家们能够对人类组织、细胞系和血浆中大约20,000种蛋白质进行定量处理，从而对关乎人类健康的众多领域产生影响。该计划对每个人类蛋白编码基因，可生成多达四种多肽的数据库，经过快速精确的质谱MRM方法分析验证，实现对人类蛋白质组中几乎所有蛋白的明确鉴定与定量，从而将对普通生物学研究和大规模蛋白质组研究产生积极推动作用。

日前，两个国际小组均在《自然》杂志上公布了人类蛋白质组第一张草图，这些在大部分非患病人体组织和器官中表达的精选蛋白，为更好的理解疾病状态下发生的机体变化，奠定了坚实的基础。 　　英国新一期《自然》杂志公布两组科研人员分别绘制的人类蛋白质组草图。这一成果有助于了解各个组织中存在何种蛋白质，这些蛋白质与哪些基因表达有关等，从而进一步揭开人体的奥秘。 　　上世纪90年代，人类基因组计划开始成形时，有科学家提出了破译人类蛋白质组的想法。其目标是将人体所有蛋白质归类并描绘出它们的特性、在细胞中所处的位置以及蛋白质之间的相互作用。但人类蛋白质组的规模和复杂性使此类研究困难重重。 　　德国慕尼黑工业大学等机构研究人员报告说，尽管人类已对基因组有所了解，但大约2万个编码基因中，哪些会指导合成蛋白质、合成哪些蛋白质都是未知数。为探明这一问题，他们从人体多个组织样本和细胞系中提取蛋白质并将它们&ldquo 切&rdquo 成小块，然后用质谱分析法分析出形成每个蛋白质片段所需的氨基酸序列。 　　研究人员借助计算机对这些蛋白质片段与基因组进行了大量比对工作，并据此列出一个&ldquo 清单&rdquo ，描绘出哪些组织中的哪些基因表达与蛋白质的形成有关。在另一项研究中，美国约翰斯· 霍普金斯大学研究人员与印度等国同行也采用质谱分析法绘制出一张蛋白质组草图。 　　这两个团队均发现，有数百种蛋白质是由此前认为不具备相关功能的DNA片段(脱氧核糖核酸)及&ldquo 假基因&rdquo 形成，&ldquo 假基因&rdquo 是指由于发生突变，丧失原有功能的基因。此外他们还发现了一些与蛋白质产生无关的&ldquo 多余&rdquo 基因。 　　研究人员表示，绘制人类蛋白质组图谱有助于了解人体内蛋白质的出处、功能和特性，这对于生命科学、医学等领域都有重要意义。

arrayjet advance生产服务为客户提高芯片产量的同时减少样品消耗 ultra marathon ii 在美国巴尔的摩安装后，客户对仪器非常满意。ultra marathon ii 加上jetmax 环境控制系统，实现在极低的温度下进行点样。 案例cdi实验室是一家美国蛋白质组学公司，之前采用低通量接触式的针式点样平台。他们经历了频繁的生产延误，产量降低，批间差异大，样品损失等问题。他们缺少生产高通量、高质量的蛋白芯片的技术平台。随着需求的不断增加，cdi面临有效商业化他们的产品，降低不断上升的设备维修费用的压力。 arrayjet adance 芯片点样服务arrayjet的 adance 芯片点样服务起始于2011年，非常有效的支持了cdi公司的项目。这种直接面向客户的芯片服务，客户可以直接得到arrayjet 总部75年的全面的生物芯片经验的支持，来实现他们的蛋白芯片的技术优化，转让和商业化。 实验优化人类蛋白库中的一部分人类蛋白通过arrayjet公司的ultra marathonii飞行喷墨式生物芯片点样平台点到环氧硅烷（图2）和硝酸纤维素膜上，整个点样环境通过jetmax环境控制系统控制在4°c。通过测试各种点样体积来优化最后的每个点的样品体积。14个微矩阵重复中，样品点圆形形态合格率大于99%。采用该微矩阵获得预期的表达图谱。 图2: 在环氧硅烷芯片上进行试验优化 批量点样更多来自cdi人类蛋白库的蛋白样品被点到200张环氧硅烷和硝酸纤维素玻片上，来进一步分析点样的重复性点样形态（图3）。arrayjet 的jetguard 确保在长时间点样过程中最少的样品蒸发。 图3：从人类蛋白库中纯化的一个小组的蛋白样品被点到200块相同的grace bio-lab path 硝酸纤维素膜上。 高密度点样通过功能学蛋白实验确认，我们成功的进行从针点到arrayje飞行喷墨式点样的方法学转移。我们进一步评估了ultra marathon ii飞行喷墨式点样平台进行高密度点样的能力。cdi 人类蛋白库的样品进行一个高密度的六边形矩阵喷点，来评估在不同点样基质上，芯片内和芯片间点样的重复性，以及背景信号。结果显示，芯片具有出非常好的矩阵，没有点的重叠。 全人类蛋白组芯片制备超过19000个gst融合蛋白从cdi 人类蛋白质库中纯化出来，并被重复的喷点到500张芯片上，每个点200pl 的样品 (图4)。实验成功的标准如下：?97%的样品需要被点到芯片上?圆形点数量90%?芯片内和芯片间的cv通过方法学的成功转移，cdi 公司目前能生产全球最大的人类蛋白组芯片，一个批次能生产100张3.1 版本的huprot 芯片。采购ultra marathon ii飞行喷墨式点样平台让cdi能够制备蛋白组芯片和其他客户定制的芯片。通过这些芯片，客户能使用最小量的临床样品进行上万种蛋白的分子相互作用检测。arrayjet advance芯片服务和非接触压电式点样技术显著的提高大规模、高质量的蛋白芯片生产效率。环境控制单元不仅仅保证了完美的样品点形态和矩阵，同时保护了蛋白的天然构象，最终证保实验结果的一致性。 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------“cdi 采购ultra marathon ii 飞行喷墨式点样平台用于研发和生产huprot 蛋白芯片和杂交瘤细胞筛选项目的特定芯片。cdi正在计划在不远的将来，采用该新技术平台制备单克隆抗体芯片和膜蛋白芯片。 我们选择arrayjet 是因为我们需要实现通量5倍的提升，而且最好是一台仪器来实现这个目标。arrayjet的高科技，精确和用户友好的设计是一个明显的优势。 另一个arrayjet 公司结构的优势在于，他还通过arrayjet advance 提供内部芯片服务。我们可以通过数个月，多个项目的测试，来再次加深我们对该平台的信任, 这个平台可以在多个方面提升我们目前运营。” dr. ignacio pino, ceo, cdi laboratories“ arrayjet 的jetspyder 样品进样装置有效的减少了蛋白样品间任何的交叉污染，我们的蛋白芯片的质量有了显著的提高。此前，我们一个批次仅仅能生产150片质量合格的芯片，这个通量不能满足规模生产和目前以及未来增长的需求。arrayjet的技术平台能够快速高效的制备1000张芯片的特点对我们有很大的吸引力。”dr. heng zhu, professor, johns hopkins school of medicine

人类和老鼠的外貌可说是天渊之别，但实际上他们却有着近99%相同的基因组。何以&ldquo 失之毫厘差之千里&rdquo ？正是蛋白质放大了他们基因上的细微差别。 日前，中国人类蛋白质组计划全面启动。&ldquo 基因组学中微小的差异，在蛋白质组学中可以被千倍甚至几近万倍地放大。&rdquo 亚太蛋白质组组织主席、中国科学院院士贺福 初表示，这一计划的实施将对基因组序列图进行&ldquo 解码&rdquo ，进而全景式揭示生命奥秘，为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段。 解码生命的&ldquo 密钥&rdquo 提起蛋白质，大家并不陌生。它是生物体内一种极为重要的高分子有机物，约占人体干重的54%。 不过，&ldquo 蛋白质组&rdquo 一词却鲜有人了解。其实，蝴蝶由卵变虫、成蛹、再破茧成蝶，幕后&ldquo 操盘者&rdquo 并非基因组，而是蛋白质组。&ldquo 1994年澳大利亚科学家率先提出蛋白质组这个概念，指某个时刻、某个组织、器官或个体中所有蛋白质的集合。&rdquo 贺福初说。 科学家们之所以对蛋白质组产生浓厚兴趣，还要从人类基因组计划说起。2003年4月，耗资27亿美元、经由6国科学家历时13年奋战的人类基因组计划，以人类基因组序列图的绘制完成为标志，画上了句号。 没想到，更大的挑战还在后头&mdash &mdash &ldquo 科学界曾经认为，只要绘制出了人类基因组序列图，就能了解疾病的根源，但是错了&rdquo 。国际蛋白质组组织启动计划主席萨姆· 哈纳什说，事实上，我们此时只了解10%的基因的功能，剩下的90%仍是未知的。 &ldquo 人类基因组计划并不像事前所预期的那样，能够逾越蛋白质这一生物功能的执行体层次，揭示人类生、老、病、死的全部秘密。基因组序列只是提供了一维遗传信息，而更复杂的多维信息发生在蛋白质组层面。&rdquo 贺福初表示。 就 人体而言，各个器官的基因组是一样的，而它们之所以形态、功能各异，正是其结构与功能的物质基础&mdash &mdash 不同的蛋白质组在&ldquo 操盘&rdquo 。&ldquo 就像蛹化蝶，无论形态如 何变化，基因组是不变的。&rdquo 军事医学科学院放射与辐射医学研究所研究员钱小红说，人的每一种生命形态，都是特定蛋白质组在不同时间、空间出现并发挥功能的 结果。比如，某些蛋白质表达量偏离常态，就能够表征人体可能处于某种疾病状态。 &ldquo 无论是正常的生理过程还是病理过程，最直接的体现是蛋白质以及它们的集合体&mdash &mdash 蛋白质组。&rdquo 上述专家们表示。&ldquo 生，源于基因组；命，却一定由蛋白质组决定。只有蛋白质组才能根本阐释生命。&rdquo 贺福初说。 独辟蹊径的&ldquo 中国画卷&rdquo 事实上，早在上世纪90年代人类基因组计划成形之际，已有科学家提出解读人类蛋白质组的想法。其目标是，将人体所有蛋白质归类，并描绘出它们的特性、在细胞中所处的位置以及蛋白质之间的相互作用等。 《科学》杂志在2001年，也将蛋白质组学列为六大科学研究热点之一，其&ldquo 热度&rdquo 仅次于干细胞研究，名列第二。 不过，严峻的现实挑战，让这一想法迟迟停留在&ldquo 纸上谈兵&rdquo 阶段。&ldquo 生物蛋白质数的差别大概是基因数差别的三个数量级左右，人类基因总数大概2万多个，人体内的蛋白质及其变异、修饰体却是百万级的数量。&rdquo 贺福初表示。 不仅如此，人类基因组图谱只有一张，而蛋白质组图谱每个器官、每个器官的每一种细胞都有一张，且在生理过程和疾病状态时还会发生相应改变。工程的艰巨性可想而知。 但困难并未阻挡住科学家们对其探索的脚步。1995年，首先倡导&ldquo 蛋白质组&rdquo 的两家澳大利亚实验室分别挂牌成立蛋白质组研究中心。随后欧美日韩等国均有行动。 1998年初，从事基因组研究的贺福初敏锐地嗅到这朵夜幕后悄然盛开的&ldquo 莲花&rdquo ，逐渐将精力投入到这个新兴领域。 2001年，&ldquo 基因组会战&rdquo 尚未鸣金，《自然》、《科学》杂志即发出&ldquo 蛋白质组盟约&rdquo 。同年秋，&ldquo 人类蛋白质组计划&rdquo 开始孕育。 2002 年4月，贺福初在华盛顿会议上阐述&ldquo 人类肝脏蛋白质组计划&rdquo 。同年11月，&ldquo 人类血浆蛋白质组计划&rdquo &ldquo 人类肝脏蛋白质组计划&rdquo 正式启动，贺福初担任&ldquo 人类 肝脏蛋白质组计划&rdquo 主席。其后两年间，德国牵头的&ldquo 人类脑蛋白组计划&rdquo 、瑞士牵头的&ldquo 大规模抗体计划&rdquo 、英国牵头的&ldquo 蛋白质组标准计划&rdquo 及加拿大牵头的 &ldquo 模式动物蛋白质组计划&rdquo 相继启动。 然而，很少有人知道，这种以生物系统为单元的研究策略酝酿之初饱受诟病。贺福初回忆，在华盛顿，中国人提出蛋白质组计划必须按生物系统（如器官、组织、细胞）进行一种战略分工和任务分割，一石激起千层浪，争议四起。 &ldquo 要想通过分工合作来完成全景式分析人类蛋白质组的宏大目标，必须以人体的生物系统作为研究单元和分工的规则。这个策略，10年来合者渐众，不过目前仍存争议，中国的先见之明可能得在下个10年成为不可阻挡的潮流。&rdquo 贺福初坦陈。 定位疾病的&ldquo GPS&rdquo 历经10余年的努力，以贺福初为代表的中国蛋白质组研究团队，在该领域向世界交了一份漂亮答卷： 成功构建迄今国际上质量最高、规模最大的人类第一个器官（肝脏）蛋白质组的表达谱、修饰谱、连锁图及其综合数据库； 首次实现人类组织与器官转录组和蛋白质组的全面对接； 在 炎症诱发肿瘤等方面，发现一批针对肝脏疾病、恶性肿瘤等重大疾病的潜在药靶、蛋白质药物和生物标志物。如，2008年，张学敏课题组首次发现炎症和免疫的 新型调控分子CUEDC2，可作为肿瘤耐药的新标志物，从而为克服癌细胞耐药提供了原创性的药物新靶点和治疗新思路。2010年，周钢桥课题组&ldquo 逮到&rdquo 肝 癌的易感基因，为肝癌的风险预测和早期预警提供了重要理论依据和生物标记。2012年，张令强课题组研制出世界上首个能特异性靶向成骨细胞的核酸递送系 统，提供了一种基于促进骨形成的全新骨质疏松症治疗途径，向解决骨丢失无法补回这一医学难题迈出了坚实的一步。2014年，张令强课题组首次在国际上揭示 泛素连接酶Smurf1是促进结直肠癌发生发展，并且导致病人预后差的一个重要因子&hellip &hellip 上述几项成果均发表于国际顶级的《科学》、《自然》系列杂志。 还没来得及分享这一喜悦，激烈的角逐又让他们绷紧了神经。日前，英国《自然》杂志公布美国、印度和德国等合作完成的人类蛋白质组草图。研究人员表示，这一成果有助于了解各个组织中存在何种蛋白质，这些蛋白质与哪些基因表达有关等，从而进一步揭开人体的奥秘。 &ldquo 尽 管还有许多不完善的地方，但确实是蛋白质组学领域乃至整个生命科学领域，具有里程碑意义的科学贡献。&rdquo 中国科学院院士饶子和直陈。中国科学院院士张玉奎指 出，虽然中国在蛋白质组的一些领域走在了世界前列，但国外有些团队正快马加鞭，我们不得不警醒，否则很快将被甩出第一阵营。 6 月10日，中国人类蛋白质组计划全面启动实施。&ldquo 蛋白质组，可以揭示疾病的发病机制和病理过程，发现新型诊断标志物、治疗和创新药物，可以全面提高疾病防 诊治水平。这个项目完成后，将揭示人体器官蛋白质组的构成，一旦哪一部位出现异常即可实现&lsquo GPS定位&rsquo ，进而找到针对性的诊断措施、干预措施和预防措 施。&rdquo 记者了解到，中国人类蛋白质组计划第一阶段，将全面揭示肝癌、肺癌、白血病、肾病等十大疾病所涉及的主要组织器官的蛋白质组，了解疾病发生的主要异常，进而研制诊断试剂以及筛选药物。这将在2017年左右完成。 &ldquo 这是真正的原始创新，也是中国能够引领世界科技发展的重要领域之一。&rdquo 贺福初强调说。

21世纪是生命科学的世纪，随着人类基因组计划的完成，人类蛋白组研究成为了生命科学乃至自然科学领域下一步的重大科学命题。在这一背景下，2004年6月30日，由军事医学科学院院长贺福初院士牵头，军事医学科学院、中国科学院、中国医学科学院、清华大学、北京大学、北京生物技术和新医药产业促进中心及江中集团共同发起，组建成立BPRC，并于2005年10月29日正式入驻中关村生命科学园。 　　2012年7月26日，仪器信息网编辑和我要测工作人员走访了中关村生命科学园内的北京蛋白质组研究中心(Beijing Proteome Research Center以下简称BPRC)。走访得到了BPRC技术部史冬梅部长的热情接待，不但了解了BPRC的一些具体情况，还参观了部分实验室。 　　据了解，BPRC专注于具有自主知识产权的蛋白质组和功能基因组的研究与开发，经过5年的建设，已经成为国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部、蛋白质组学国家重点实验室、全军蛋白质组学重点实验室、蛋白质组学北京市重点实验室、“首都科技条件平台”和“中关村开放实验室”。另外，申报的蛋白质药物国家工程研究中心、国家蛋白质科学基础设施也已获得国家发改委批准，即将启动建设。BPRC建成“产、学、研、用”四维一体的综合基地的目标正在逐步实现中。 　　 BPRC取得的部分资质 　　BPRC内部办公区 　　BPRC部分专家简介 　　BPRC实验室部分仪器：AB SCIEX三重四极杆质谱 　　BPRC实验室部分仪器：赛默飞三重四极杆质谱 　　BPRC实验室部分仪器 　　仪器信息网编辑和史冬梅部长(中)合影 　　科研项目 　　BPRC现有蛋白质分离鉴定、翻译后修饰蛋白质组、多肽组、蛋白质相互作用、蛋白质定位、功能蛋白质组、功能基因组、肝脏免疫学、脑/神经蛋白质组、模式生物蛋白质组、抗体工程、蛋白质工程、蛋白质组新技术、生物信息学、网络与信号转导共15个研究室，仅拥有的大型设备总价值就达六、七百万，研究团队200多人，包括1名中科院院士、16名研究员、23名副研究员，还有国际人类蛋白质组组织理事1人、亚太地区人类蛋白质组组织副主席1人、蛋白质组学国际权威刊物Proteomics编辑4人，CNHUPO委员12人。 　　目前，BPRC承担的各类科研任务共计172项，其中由中心牵头承担的重大项目包括973有4项，863项目4项，国际合作项目4项，国家自然科学基金项目13项，国家自然基金创新群体1项，“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”专项2项，国家重大新药创制和军用特需新药创新专项7项。 　　在接受任务的同时，BPRC也取得了很多骄人的成绩：多人多次获得国际、国家、军队和北京市的科研奖项，仅2011年，BPRC就有10名科技人员获奖，其中贺福初院士获得由人类蛋白质组组织颁发的“杰出贡献奖”，张令强研究员一人获得了“国家杰出青年科学基金” 、“中国科协求是杰出青年实用工程奖”和“贝时璋青年生物物理学家奖”3个奖项 在国际刊物Nature、Science、Mol Cell Proteomics等发表了多篇文章，平均影响因子达5.7 除此之外，BPRC还获得了40项国家、欧盟专利及软件著作权，并将部分开发的软件放到互联网上，供有需要的人免费使用。 　　人才培养 　　人才是科研的关键和未来，BPRC对人才的培养主要分三个方面进行：一、对现有人员的扶持和激励，设立“凤凰”杰出人才奖励基金、“雏鹰计划”、“青苗计划”、“重点实验室青年研究项目”和“绿叶奖”等各类人才基金，鼓励人才大胆创新 二、对生力军的大力培养，除军事研究科学院招收的部分研究生外，BPRC还接受访问学者、留学生和进修生，至今已培养出100余名博士、80余名硕士、20余名博士后，其中2人获得全国百篇优秀博士学问论文 三、面向蛋白质相关研究人员的技术培训，BPRC已举办各类培训班50余期，培训学员近万人次，包括医疗、制药等多个行业的从业人员，对推进中国蛋白质组学领域的研究和应用起到了推动。 　　在人才的培养的同时，BPRC也不忘交流和互动，先后主办了多次大型学术会议和科研交流活动。一方面鼓励科研人员走出去，参加国外的高端科研会议学习、取经，如2011年9月4-7日，贺福初院士等一行十余人赴瑞士日内瓦参加第十届国际蛋白质组大会 另一方面欢迎国外的专家学者来BPRC进行学术交流，如世界知名制药企业罗氏和默克公司，都曾由全球研发总裁带队，带领公司高层和技术人员到BPRC参观、考察。 　　对外服务 　　BPRC充分发挥自身技术平台的人力、技术和设备优势，本着资源共享的宗旨，接受委托研究并对外提供技术服务。资质方面，BPRC参与了国际人类蛋白质组组织(HUPO)组织的全球27家实验室比对评估实验，是首批获得100%正确结果的6家实验室之一，并通过了ISO/IEC17025:2005(CNAS-CL01)实验室认可，有着完善的质量控制体系，是首都科技条件平台和中关村开放实验室成员，可提供蛋白质组学、多肽组学及相关药物结构确认等多项服务。目前为止，服务范围已覆盖全国各省市，为500余家研究院所、高校、医院、食品及生物医药企业提供过技术服务。 　　另外，BPRC还对外提供一些科研检测试剂盒和毛细管液相色谱填充柱。这些都是BPRC自主研发，平时应用于研究中的一些成熟产品，对于特定实验有着更高的灵敏度和更短的检测时间，并可根据客户需要量身订制，满足客户实际需求。 　　附录：北京蛋白质组研究中心 　　http://www.bprc.ac.cn

2003年12月15日，由中国科学院院士贺福初牵头的“人类肝脏蛋白质计划”（HLPP）启动，这是我国领导的第一项重大国际合作计划，也是第一个人类组织/器官的蛋白质组计划。 北京蛋白质组研究中心主任、蛋白质组学国家重点实验室副主任秦钧告诉《中国科学报》记者，十余年来，HLPP经历了三代更迭，从第一代版本的肝脏总蛋白质组，到第二代的肝脏细胞器蛋白质组，以及到刚刚完成的第三代肝脏不同细胞亚群的蛋白质组解析。HLPP的肝脏蛋白质组研究正在并将继续作为“中国人类蛋白质组计划”（CNHPP）的先导，为CNHPP的发展探明道路。 事实上，通过HLPP研究十余年的努力，中国蛋白质组研究团队已向世界交上了一份漂亮的答卷。 据记者了解，中国科学家成功构建了迄今国际上质量最高、规模最大的人类第一个器官蛋白质组的表达谱、修饰谱、连锁图及其综合数据库；首次实现人类组织与器官转录组和蛋白质组的全面对接；在炎症诱发肿瘤等方面，发现一批针对肝脏疾病、恶性肿瘤等重大疾病的潜在药靶、蛋白质药物和生物标志物。 2008年，张学敏课题组首次发现炎症和免疫的新型调控分子CUEDC2，可作为肿瘤耐药的新标志物，从而为克服癌细胞耐药提供了原创性的药物新靶点和治疗新思路。2010年，周钢桥课题组“逮到”肝癌的易感基因，为肝癌的风险预测和早期预警提供了重要理论依据和生物标记̷̷上述几项成果均发表于国际顶级的《科学》《自然》系列杂志。 秦钧认为，蛋白质组学研究是我国生命科学中几个能够始终跻身世界前沿的科学领域之一。 而现在，世界蛋白质组学领域内的新一轮科技竞赛已开始。中国科学院院士、中国科学院大连化学物理研究所研究员张玉奎表示，虽然中国在蛋白质组学领域走在了世界前列，但国外有些团队如今正快马加鞭，中国科学家必须加快步伐，不能丧失已经取得的优势。 这也是我国开展CNHPP研究的一个重要原因。“这是真正的原始创新，是中国能够引领世界科技发展的重要领域之一。”贺福初说。

第八届国际蛋白质组学大会于2009年9月26-30日在加拿大多伦多召开。利用国际蛋白质组学顶级专家云集的机会，首届“国际蛋白质组学高峰论坛”在此同期召开，来自30多个国家的100多位知名学者参加了此次论坛。 　　这次论坛是国际蛋白质组学领域的一次高层次、高规格的盛会，被誉为“蛋白质组学的嘎纳节”。三位国际著名学者分别获得了此次会议颁发的“先锋奖”、“成就奖”和“金球奖”。其中，贺福初院士荣获“成就奖”，并应邀做了精彩的学术报告，系统介绍了他所领导的国际人类肝脏蛋白质组计划及其重大进展。另外两名获奖者分别是美国加州大学旧金山分校质谱中心的副主任，国际蛋白质组学顶级刊物《分子细胞蛋白质组学》主编Ralph Bradshaw教授(“金球奖”)和美国斯坦福大学遗传系主任Michael Snyder教授(“先锋奖”)。 　　本次大会主席、加拿大约克大学Michael Siu院士在介绍贺院士所取得的学术成就的同时，高度评价了他在推动国际人类蛋白质组计划及中国蛋白质组学发展方面所起的巨大作用。他提到，贺福初院士不仅在蛋白质组学研究中取得了系列令人瞩目的学术成就，同时在中国人类蛋白质组组织、亚太地区人类蛋白质组组织和国际人类蛋白质组组织中都发挥了重要的领导作用，为国际蛋白质组学的快速发展做出了巨大贡献。国际权威期刊《蛋白质组研究》近期特地为他所领导的人类肝脏蛋白质组计划组织出版一期专刊，已经在线发表的10余篇文章、尤其是他所领导的中国核心团队发表的2篇纲领性文献引起与会代表的热议与好评。 　　我国科学家首获“国际蛋白质组学成就奖” 　　9月29日，在加拿大多伦多举办的首届“国际蛋白质组学高峰论坛”暨第八届国际蛋白质组学大会上，军事医学科学院院长、中科院院士贺福初荣获“国际蛋白质组学成就奖”。这是我国科学家首次获此殊荣，标志着我国蛋白质组学研究跻身世界前列。据了解，此次论坛是由30多个国家的100多位知名学者参与的国际蛋白质组学研究领域最高级别的科学盛会，被誉为“蛋白质组学的嘎纳节”，“国际蛋白质组学成就奖”是此次论坛设立的三个最高奖项之一。 　　贺福初院士是由我国、我军自己培养成长起来的世界知名分子生物学家。2001年，他作为首席科学家，领衔了“973”重大研究项目“人类重大疾病的蛋白质组学研究”。2002年又作为首席科学家领衔了“十五”重大专项“人类重大疾病及重要生理功能相关的蛋白质组学研究”。他在组织建立“中国人类蛋白质组组织”的同时，作为首席科学家首次在国际上领衔启动了人类第一个组织器官的“人类肝脏蛋白质组计划”，成为我国有史以来在生命科学领域领导的第一项重大国际合作计划。7年来，贺福初带领科研团队不仅在蛋白质组学研究中取得了一系列令人瞩目的学术成就，同时在中国人类蛋白质组组织、亚太地区人类蛋白质组组织和国际人类蛋白质组组织中发挥了重要的领导作用，为国际蛋白质组学的快速发展做出了巨大贡献。据统计，国际权威期刊《蛋白质组研究》刊发贺福初团队的文章高达10余篇。该期刊还将特地为他所领导的人类肝脏蛋白质组计划组织出版一期专刊。 　　“国际蛋白质组学成就奖”落户中国，充分证实中国蛋白质组学研究不仅得到了世界的承认和鼓励，同时也提升了中国科学家在国际舞台上的话语权。贺福初表示，中国蛋白质组学团队将继续科学发展，努力让蛋白质组学为世界的生物医学、为人类的发展进步做出更大贡献。（科技日报）

仪器信息网讯 2013年9月8日，由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)主办，军事医学科学院放射与辐射医学研究所、重庆医科大学、蛋白质组学国家重点实验室、北京蛋白质组研究中心承办的&ldquo 第八届中国蛋白质组学大会&rdquo 在重庆市国际会展中心开幕，会议为期三天，本次会议主题为&ldquo 人类蛋白质组计划：让人类更健康&rdquo 。 会议现场 　　中国蛋白质组学大会始于2003年，至今已成功举办了七届，上一届于2011年在杭州召开。该会已经成为中国蛋白质组学研究顶级会议，聚集了来自全国各地，乃至世界各地的科学家参与，本次会议参会者约1000人。 大会主席贺福初院士致辞 杨芃原教授主持开幕式 　　军事医学科学院贺福初院士、重庆市副市长吴刚、重庆医科大学校长雷寒教授、科技部基础研究司原司长张先恩研究员、新加坡国立大学Maxey C.M. Chung教授、军事医学科学院张学敏院士、美国密歇根大学Gilbert S. Omenn教授、北京蛋白质组研究中心主任秦钧教授、北京蛋白质组研究中心钱小红研究员、中科院北京基因组研究员刘斯奇研究员等出席大会开幕式。开幕式由复旦大学杨芃原教授主持。 北京蛋白质组研究中心钱小红研究员 　　在此次会议上，北京蛋白质组研究中心钱小红研究员代表发表了&ldquo 中国人类蛋白质组计划&rdquo ，计划总体构想通过器官/组织蛋白质组、疾病蛋白质组、染色体蛋白质组三方面来共同构建。一期计划于2013-2016年实施，主要绘制人类蛋白质组图谱，包括表达谱、修饰谱、连锁图、定位图，以此为基础建设人类蛋白质&ldquo 大数据库&rdquo ，同时整合产业链，包括蛋白质组技术、蛋白质测序装置、蛋白质相互作用分析装置及配套试剂。 　　本届会议设有大会报告、分会专题报告、墙报，邀请了蛋白质组学及相关领域内多位国内外著名专家和教授作大会报告或专题报告，就疾病标志物/药物蛋白质组学、模式生物(动、植物、微生物)蛋白质组学、功能蛋白质组学、蛋白质组生物信息学、蛋白质组新技术、 蛋白质组学和系统生物学(基因组学、蛋白质组学和代谢组学)等焦点问题进行了演讲和探讨，共同交流蛋白质组学研究工作中的经验与体会，探讨蛋白质组领域的合作与发展。 墙报展示 会议举办地重庆国际会议中心 　　会议同时还设立了与生物化学与分子生物学、蛋白质组学等研究领域相关的仪器、设备、试剂和新技术的展览。赛默飞世尔、AB Sciex、沃特世、布鲁克&bull 道尔顿、安捷伦、岛津、通用电气生命科学部、伯乐、赛多利斯、西格玛奥德里奇、默克密理博等公司参展。(撰稿：杨娟)

16年来，他们针对肝脏疾病、恶性肿瘤、免疫系统疾病、骨质疏松等重大疾病潜在药靶及蛋白质药物方面创造了一批引领世界的创新成果，一篇篇科研论文登上了《自然-遗传学》、《自然-细胞生物学》、《自然-医学》、《自然-免疫学》等国际著名期刊的殿堂。 16年来，中国科学院院士、973项目首席科学家、总后科技金星、&ldquo 千人计划&rdquo 科学家、&ldquo 万人计划&rdquo 科学家等一座座学术&ldquo 桂冠&rdquo 在这里扎根，国家创 新团队奖、国家自然科学奖、国家科技进步奖、何梁何利奖、求是奖、中国青年女科学家奖、中国青年科技奖等一座座丰碑在这里崛起。 16年来，一个个年富力强的杰出&ldquo 海归&rdquo 和国内著名高校的骄子们从这里踏上了为&ldquo 中国梦&rdquo 、&ldquo 强军梦&rdquo 奋斗的新征程。 这就是军事医学科学院蛋白质组学创新团队。 10日，在国家科技奖励大会上，这个创新团队被授予国家科技进步奖框架下的创新团队奖。 梦想，瞄准最浩瀚的&ldquo 生命海洋&rdquo 蝴蝶从卵变虫、成蛹、化蝶，变幻诡异。让科学家们意想不到的是，其幕后操盘者竟是蛋白质组，而非基因组。 2003年，记录人类生命&ldquo 天书&rdquo 的基因组计划宣告完成，但&ldquo 蝴蝶迷案&rdquo 更加扑朔。全球科学家愈来愈意识到一项更艰巨、更宏大的任务&mdash &mdash 解读&ldquo 天 书&rdquo ，即基因组功能的阐明已经摆在面前。人类经过百年跋涉，重返近代生命科学的发源地之一：蛋白质，但不仅关注个体，而是全面揭示数以万计的整体。 1838年，荷兰科学家发现了蛋白质。这是生物体内一种极为重要的高分子有机物，占人体干重的54%。&ldquo 蛋白质组&rdquo 一词，1995年最早由澳大利亚科学家正式提出，其含义是指一个基因组、一种生物或一种细胞/组织所表达的全套蛋白质。 &ldquo 1998年初，我在科学海洋里寻觅更有效的研究工具与策略。机缘巧合之下，敏锐地关注到刚刚出现的蛋白质组学，并逐渐把精力投入到这个新兴领域。&rdquo 国际人类蛋白质组计划的奠基人和开拓者之一、中国科学院院士贺福初介绍说。 蛋白质是基因的编码产物，科学家将它们的关系，比作建筑材料与设计图纸。就人体而言，基因组固定，蛋白质组就能变幻出形态、功能各异的不同器官。由此可见，蛋白质组对进一步阐释&ldquo 生命天书&rdquo 的重要性不言而喻。 拼搏，为中国科学开辟&ldquo 新天地&rdquo 2002年4月，人类蛋白质组计划开始孕育。贺福初院士在华盛顿筹备会议上提出了&ldquo 两谱两图三库&rdquo 的研究策略，阐述了人类肝脏蛋白质组计划暨 &ldquo HLPP蓝图&rdquo ，打动了各国与会学者。他们接受邀请，来到北京香山继续研讨。2002年11月，第一届国际人类蛋白质组学大会在五四运动爆发的源头&mdash &mdash 法国凡尔赛召开，40岁的贺福初院士在这里当选为&ldquo HLPP&rdquo 首任执行主席，成为该领域全球科研大军统帅。时任国家科技部部长徐冠华说，这是首次由我国科 学家牵头负责的重大国际合作计划。 &ldquo 酝酿之初争议非常大。&rdquo 贺福初院士回忆到。&ldquo 2002年，在华盛顿，论证中我们提出：蛋白质组计划必须按生物系统(如器官、组织、细 胞)进行一种战略分工和任务分割。否则，就是一盘散沙。这个策略从华盛顿争到凡尔赛，争到蒙特利尔，然后再争到北京，后来是德国慕尼黑，一直在争。可现 在，国际上不少科学家已逐步按照这个方式进行了。&rdquo 在华盛顿会议上，中国学者的发言激起了千层浪，来自世界各国的科学家议论纷纷，有赞赏、有疑惑、更有激辩，可是唯独没有无动于衷！事实证明，中国科学家在蛋白质组学领域最终赢得国际尊重和广泛支持。

“蛋白质组”是“一种基因组所表达的全套蛋白质”，或一种生物、一种细胞组织所表达的全套蛋白质。研究表明，生命体的统一性源于基因组，但生命体的多样性、复杂性和功能性则源于蛋白质组。人体绝大多数疾病都是由蛋白质组的变异或被破坏引起的，而药物也大多是通过影响或修复蛋白质组起作用的。因此，人类蛋白质组研究对直接揭示生命活动规律和本质、发现人类重大疾患发生发展规律具有深远的意义。 　　在本次中国蛋白质组学大会上，多位专家、学者围绕“蛋白质组学研究的现状及其进展”的会议主题作了大会报告，着重探讨了“人类蛋白质组计划、疾病蛋白质组学、功能蛋白质组学、药物蛋白质组学、结构蛋白质组学、蛋白质化学、生物信息学、蛋白质修饰和相互作用、抗体相关技术、蛋白质组微分析、蛋白质芯片以及蛋白质组新技术新方法”等研究领域的内容。以下为部分专家在大会上作学术报告： 饶子和院士 南开大学 报告题目：Structural proteomics of important pathogens 贺福初院士 北京蛋白质组研究中心 报告题目：Systematic-omics analysis of HBV-associated hepatocellular carcinoma 王红阳院士 第二军医大学 报告题目：Novel cancer biomarkers and molecular classification: what they could do and what we should do 杨芃原教授 复旦大学 报告题目：Chinese Human Proteome Project—problems and prospective 刘斯奇研究员 中国科学院北京基因组研究所 报告题目：Screening cancer biomarkers in body fluid with antibody-based 丁建平研究员 中国科学院上海生命科学研究院 报告题目：Molecular basis of the high fidelity in protein synthesis 　　除大会报告外，大会还举办了分会(专题)报告和墙报另外两种报告形式，并有Agilent Technologies、Thermo Scientific、Waters、GE Healthcare、Applied Biosystems Trading、Dionex等6家国外知名仪器厂商举办了技术交流会。此外，会议同期还举办了与生物化学与分子生物学、蛋白质组学等研究领域相关的仪器、设备、试剂展览会。 　　分会(专题)报告： 　　中国蛋白质组学大会组委会7月19日和30日在海燕大酒店的不同会议室举分别办了“疾病蛋白质组学、功能蛋白质组学、蛋白质组学支撑技术”为主题的分会，多名国内著名专家、教授作精彩演讲。 疾病蛋白质组学专题会议现场 功能蛋白质组学专题会议现场 蛋白质组学支撑技术专题会议现场 　　大会墙报： 展会两边的大会墙报 　　厂商技术交流会： 6家国外知名仪器厂商的专家在技术交流会上做技术讲解 　　会议同期举办的展会： 展会上的部分展商 　　据了解，中国蛋白质组学大会由中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会主办，旨在促进中国蛋白质组学专家和学者的学术交流与合作。该活动每年举行一次，代表着该领域的国内最高水平，已成为本领域及相关交叉学科领域信息交流与科研合作的重要平台。