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单细胞活性分析

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单细胞活性分析相关的资讯

  • “单细胞内活性小分子物种检测荧光分析仪”项目过验
    p   近日,国家自然科学基金委员会化学科学部在北京召开了2017年度“科学仪器基础研究专款”项目结题验收会。唐波教授作为山东师范大学获批的首个科学仪器基础研究专款项目“适用于单细胞内活性小分子物种检测的荧光分析仪”的负责人参加会议,并进行结题汇报。 /p p   该项目在以活性小分子为重点对象的新型荧光探针研究的基础上,以设计的多功能微流控、单细胞分析芯片、双激光诱导荧光三色检测以及信号采集与系统控制等关键技术为单元模块,研制出了适用于单细胞内活性小分子物种检测的荧光分析仪 建立了单细胞内浓度差别大的多种重要小分子(活性氧、活性氮、巯基化合物、金属离子等)的同时定量检测新方法,获取了单细胞内这些活性小分子的含量、水平变化与细胞分子事件的相关性信息。 /p p   项目研制的仪器,解决了目前商品化荧光光谱仪不适应单细胞、激光共聚焦与流式细胞仪难以准确定量单细胞内活性小分子的不足,为单细胞分析、小分子检测等领域提供了一种重要的科学仪器。项目建立的分析方法,突破了难以同时获取单细胞内多种重要小分子定量信息的瓶颈,将在单细胞水平上为活性小分子相关的生理病理机制研究提供一种全新的分析方法。项目执行期间发表SCI论文74篇,总引用1676次 申请发明专利14件,授权5件 研究成果获得省部级奖励2项,并在人才培养方面取得了显着成效。 /p p   验收专家组听取了项目负责人的汇报,审阅了相关资料,观看了研制仪器核心部件及仪器正常工作状态的录像,经质询、评议,认为该项目研究工作全面完成了研究计划,取得了突出进展,以综合评价优秀的优异成绩通过验收。 /p p br/ /p
  • ​基于HOOKE单细胞分选平台的嗜冷电活性微生物的mini-metagenome分析研究
    2020年11月,哈尔滨工业大学城市水资源与环境国家重点实验室邢德峰教授团队应用辰英核心产品——拉曼单细胞分选仪HOOKE PRECI SCS-R300,在期刊《Science of the Total Environment》上发表文章“Mini-metagenome analysis of psychrophilic electroactive biofilms based on single cell sorting”。相关文章链接一、研究背景微生物群落的活性对生物电化学系统(BES)中的细胞外电子转移(EET)过程具有重要影响,而了解这些复杂的微生物代谢相互作用是一个巨大的挑战。温度是影响细菌活性和胞外电子转移效率的主要环境因素之一。嗜冷电活性细菌的代谢功能对于研究低温(4-15℃)下细胞外电子转移(EET)机制具有重要意义。本研究采用拉曼细胞分选耦合高通量测序技术,准确获得嗜冷细菌群落的基因信息。首次通过拉曼光谱聚类分析,精准识别出杆菌属目标类群,并通过mini-metagenome测序分析,获知生物膜群落中膜运输功能基因ftsEX的相对丰度较高,说明其对低温的适应有助于电活性细菌在低温下生存;基础代谢如柠檬酸循环和糖酵解途径为胞外电子转移过程提供电子,高丰度铁(iii)转运系统基因的鉴定表明它们存在于电子转移过程的主动代谢反应中,细胞色素c(coxA和cox1)可能参与胞外电子转移。本研究揭示了嗜冷地杆菌在低温下具有细胞色素c介导的有效EET。二、实验设计mini-metagenome具有单细胞分辨率、低复杂度和高通量等优点,非常适合环境样本。在本研究中,作者通过单细胞拉曼分选获得了嗜冷微生物Geobacter,通过MDA扩增获得mini-metagenome。通过结合SCS和宏基因组测序,进而对嗜冷EABs的代谢功能有了更深入的了解。三、结果与讨论1. 单细胞分选和分类鉴定嗜冷微生物燃料电池(MFC)的电压持续时间曲线如图1A所示,峰值电压达到0.419~0.448 V。对运行至300天的嗜冷MFC中的微生物群落进行了基于16S rRNA基因的扩增子高通量测序,分析了嗜冷阳极生物膜的细菌群落结构。分析表明,大多数优势种群属于地杆菌属 Geobacter(相对丰度为68.29%)(图1B)。Fig.1 嗜冷MFC的电压持续时间曲线(A)和原始生物膜的群落结构(B)。结合拉曼光谱对35个具有短杆状形态的细菌细胞进行了检测,并通过依照其拉曼图谱进行的聚类分析将它们分为3个聚类组别(图2A和B)。单细胞拉曼分选后,目标菌从分选芯片上调入接收器中,其他菌保持不变(图2C和D)。Fig.2 基于拉曼光谱的嗜冷微生物单细胞聚类分析。不同簇的拉曼光谱(A)和聚类分析图(B),分选前(C)和分选后(D)。分离菌成功获得基因组DNA,并通过16S rRNA基因扩增验证(图3)。Fig.3 分选细胞的基因组扩增(A)和PCR验证(B)。通过16S rRNA基因测序确定了mini-metagenome(聚类组别)的群落组成。从三个拉曼聚类组别样本中获得了超过100,000个高质量的16S rRNA基因有效reads。 Chao1以及Shannon和Simpson多样性指数表明,Cluster2的丰富度和物种均匀度比其他簇最低(Table 1)。Table 1. 16S rRNA基因测序分析不同类群的群落多样性在纲水平上确定的主要菌群是Cluster1中的Alphaproteobacteria(94.41%)和Cluster2中的Deltaproteobacteria(99.97%),而在Cluster3中,GammaProteobacteria(53.16%)和Deltaproteobacteria(46.56%)占主导地位(图4A)。此外,在属水平上,不同簇之间的微生物群落组成存在实质性差异(图4B和C)。在Cluster1和Cluster2中,主要属为Sphingomonae(94.41%)和Geobacter(99.97%),而在Cluster3中,Geobacter(46.56%)和Polaromonas(44.25%)是两种主导菌属。在Cluster1和Cluster3中,本研究感兴趣的Geobacter的相对丰度分别为5.43%和46.56%。这些结果表明,Cluster2是目标细菌的准确选择,因为Geobacter的相对丰度为99.97%。随后,对Cluster2进行了宏基因组测序,以生成微型宏基因组,以研究嗜冷细菌的潜在代谢活性。Fig.4 (A)和(B)不同簇的微生物群落结构,基于OTU(C)的PCA和基于微型宏基因组(D)中代表性回收细菌的基于16S rRNA基因的系统树。2. 嗜冷微生物的mini-metagenome分析基于16S rRNA基因的系统发育研究表明,基于单细胞分选回收得到的mini-metagenome与Geobacter thiogenes 和 Geobacter lovleyi的基因组相似(图4D)。 与KEGG数据库匹配的mini-metagenome序列显示了嗜冷细菌的代谢网络和功能的概述。这表明,膜运输(membrane transport)功能在mini-metagenome中占主导地位(图5A)。Fig.5 mini-metagenome中KEGG注释基因的数量(A)和特定基因的相对丰度(B)。此外,有大量的基因参与细胞运动(cell motility)、信号转导(signal transduction)、转运(translation)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism),也有很多占比的未知功能基因。为了进一步表征嗜冷EAB的潜在代谢途径,列举了一些重要代谢途径(翻译、膜运输、电子转移和能量代谢物)的功能基因(图5B)。其中,与膜转运相关的基因afuAB和ftsEX的丰度相对较高(12%)。其他相对丰度较高的基因序列包括核糖体蛋白编码基因rpsDEKM(0.33%)和rplFTOQR(2.10%),编码cox1的细胞色素c氧化酶亚基1(1.36%),柠檬酸循环(TCA循环)或与糖酵解相关的korABD (0.51%) icd(0.50%)和pckA(1.31%)。此外,鞭毛蛋白(fliEOZ)、电子转移黄蛋白β亚基(fixA)和细胞色素c氧化酶亚基I (coxA)相关基因的相对丰度也较低。四、结论采用单细胞分选、层次聚类分析和群落结构高通量测序、宏基因组测序相结合的方法,深入研究了嗜冷EAB的代谢功能。成功地表征了地杆菌属Geobacter的生理信息和胞外电子传递的潜在代谢途径,并实现了准确的分离。mini-metagenome表现出嗜冷MFC群落结构对低温的适应和对电位电子转移过程的主动代谢反应。细胞色素c等关键基因在低温嗜冷EAB的EET中起重要作用。文章中提到的相关仪器:辰英科仪自主研制的单细胞分选仪PRECI SCS具有独特的可视化分选功能,所见即所得,精准实现目标细胞的逐一分离。采用独特的激光与物质相互作用原理,对于复杂生物样本中形态各异的细胞,可实现非标记状态下的精准分离。对于百纳米级的单个微生物细胞也同样适用。单细胞分选仪HOOKE PRECI SCSPRECI SCS具有可视化、精准、广泛适用等特点。分选过程不依赖标记,可与形态、拉曼、荧光等多种识别方式结合,多种机型可选,满足不同应用需求。搭载潜心研制的HOOKE IntP智能软件,实现单细胞图像智能识别、一键自动分选、全自动细胞获取等。设备操作流程简易,为单细胞测序、未培养微生物开发、工程细胞筛选、细胞图谱绘制等研究提供完美解决方案,助力前沿科学研究。拉曼单细胞分选仪HOOKE PRECI SCS-R300PRECI SCS具有可视化、精准、广泛适用等特点。分选过程不依赖标记,可与形态、拉曼、荧光等多种识别方式结合,多种机型可选,满足不同应用需求。搭载潜心研制的HOOKE IntP智能软件,实现单细胞图像智能识别、一键自动分选、全自动细胞获取等。设备操作流程简易,为单细胞测序、未培养微生物开发、工程细胞筛选、细胞图谱绘制等研究提供完美解决方案,助力前沿科学研究。
  • 多组分时空分析:走进单细胞的“社会”
    p style=" text-indent: 2em " 1952年,美国细胞生物学家威尔逊曾提出,“一切生命的关键问题都要到细胞中去寻找答案。”纵观近50年来荣获诺贝尔奖生理学或医学奖和化学奖的重大突破,70多个都与细胞生物学密切相关。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em " img title=" 20197282317511500.jpg" style=" max-height: 100% max-width: 100% " alt=" 20197282317511500.jpg" src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201907/uepic/8e8f4b00-dde2-40b2-8c13-4213c687f8ec.jpg" / /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " span id=" _baidu_bookmark_start_182" style=" line-height: 0px display: none " ? /span 研究团队进行相关实验 /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " 图片来源于网络 /p p style=" text-indent: 2em " 作为研究细胞生命活动规律的科学,细胞生物学在科学家的显微镜下经历了近180年的历史,但细胞对人类来说依然是“黑箱”一般的存在。如今,研究人员正在尽力通过对单个细胞进行研究来阐明细胞的“天性”。 /p p style=" text-indent: 2em " 自2014年起,在国家自然科学基金重大项目“单细胞多组分时空分析”支持下,中国科学家在有关单细胞生物学的重大科学问题上取得了一系列进展。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 没有两个细胞是完全相同的 /strong /span /p p style=" text-indent: 2em " 如果把细胞环境比作一个社会,每个细胞就是一个独立的人。 /p p style=" text-indent: 2em " 在对人类社会的研究中,不仅个体的特征和行为值得关注,研究所处环境中个体之间相互协调或对抗作用等关系以及群体所产生的集体行为,也相当重要。细胞研究亦是如此。 /p p style=" text-indent: 2em " 多年来,通过对细胞的研究,科学家已经对生命体的生长发育、遗传变异、认知与行为、进化与适应性等若干生命科学问题有了较为清晰的认识。不过,在清华大学副教授陆跃翔看来,这些还远远不够。 /p p style=" text-indent: 2em " “在之前的研究中,科学家探索出细胞新陈代谢、生命运动过程中的各种表征方法,如蛋白表达分析、基因转录检测(反转录PCR)等,这些方法更多的是在大样本的细胞中进行观察与测量后,得到一个平均结果。”陆跃翔解释到。 /p p style=" text-indent: 2em " 然而,没有两个细胞是完全相同的。这些平均结果掩盖了细胞之间微小的差异,这些差异可能在某些关键生命过程如细胞分化、肿瘤的发展过程中起着决定性作用。 /p p style=" text-indent: 2em " 为了获取细胞生理状态和过程中更准确、更全面的信息,科研人员将目光瞄准单个细胞。 /p p style=" text-indent: 2em " “单细胞内部的生命活动,可以被认为是生物活性分子之间复杂的化学反应的结果,正是这些分子的时空分布、结构、功能及其相互作用方式,决定了细胞增殖、分化、凋亡以及重大疾病发生、发展、迁移等过程。”陆跃翔分析道。 /p p style=" text-indent: 2em " 但是想要研究这些生物活性分子形成的精密复杂的相互作用和调控网络并非易事。它不仅要求科学家了解其化学成分,更要理解它们之间相互作用的复杂过程,以及在细胞内部细胞器中特定位置的作用区域和时空变化。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 2014年,国家自然科学基金委员会发布重大项目“单细胞多组分时空分析”申请指南, /strong 清华大学化学系教授张新荣组织的研究团队的申请获批。他们凝练出 strong 荧光探针制备与合成、新型时空分辨成像方法以及在细胞内生物分子相互作用 /strong 研究等关键科学问题。 /p p style=" text-indent: 2em " “我们希望发展建立适于单细胞中多种生物活性分子时空分辨的荧光分析新方法,驱动生命科学和基础与临床医学研究进步。”谈及科学目标,张新荣如是说。 /p p style=" text-indent: 2em " span style=" color: rgb(255, 0, 0) " strong 新技术带你深入了解“社会” /strong /span /p p style=" text-indent: 2em " 如何实现这一目标?在张新荣看来,这需要从单细胞中多组分分子的时空信息获取方法出发。为此,项目组将其分为“荧光探针制备与合成”“新型时空分辨成像方法”以及“细胞内生物分子相互作用”三大方向进行攻关。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 要了解细胞这个独特的“社会”,首先需要的是一台可以钻进细胞内部获取关键分子信息的“放大镜”。因此,荧光探针制备与合成至关重要。 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 针对单细胞中极低含量分子检测问题,山东师范大学教授唐波课题组综合运用共轭聚合物信号放大、无光源激发、光谱红移、核酸杂交链式放大等技术,构建了若干超灵敏的分子与纳米荧光探针,实现了细胞及活体中某些活性分子浓度皮摩尔水平的原位、动态检测。 /p p style=" text-indent: 2em " 同时,细胞中生理过程的发生和发展往往不是一类分子的孤立事件,涉及到多种分子的参与。因此课题组还开发了一系列的两组分、三组分和四组分同时检测的荧光探针,并设计了多模态探针来获取更丰富的成像信息。 /p p style=" text-indent: 2em " “本项目的一个重要特色工作是时任中国科学院上海应用物理研究所研究员樊春海课题组基于框架核酸构建的多组分分析探针和成像方法。”张新荣介绍,框架核酸是一类人工设计的结构核酸,具有尺寸精确、结构精确、修饰精确的特点,通过精确的化学修饰,可以将多种小分子及大分子探针负载到框架核酸上,实现多组分探针的可控构建。 /p p style=" text-indent: 2em " 不过,实现探针在亚细胞区域内对胞内生物活性分子的精确定位和实时检测可并不那么容易。 /p p style=" text-indent: 2em " “细胞核内分子密度大且背景荧光特别高,导致人们对单分子的观察非常困难。传统光学显微成像分辨率,不足以解析染色体DNA的构造。”陆跃翔告诉记者,尤其在超高空间分辨率的前提下,要实现持续的动态观察,对荧光探针和成像方法都提出了更大的挑战。 /p p style=" text-indent: 2em " 在活细胞超分辨成像方面,北京大学生物动态光学成像中心研究员孙育杰课题组研发了高性能探针Gmars-Q,使其在光照时进入暗态,从而延长成像时长,比已有最好探针的活细胞超分辨成像时间长一个数量级,这种超高分辨成像技术实现了纳米尺度的活细胞核内动态观测。 /p p style=" text-indent: 2em " “Gmars-Q的独特机制打开了基于蛋白结构和动力学优化荧光蛋白的设计策略。”德国卡尔斯鲁厄理工学院教授Gerd Ulrich Nienhaus曾对此给予高度评价。 /p p style=" text-indent: 2em " strong 在现代分析化学的发展中,大科学装置的应用也越来越受到科学家的重视。 /strong /p p style=" text-indent: 2em " 依托中国科学院高能物理研究所和中国科学院上海应用物理研究所的两台 strong 同步辐射光源, /strong 樊春海课题组和中国科学院高能物理研究所研究员高学云课题组开展了 strong 同步辐射X射线细胞成像方法 /strong 的研究。 /p p style=" text-indent: 2em " 实验团队通过搭建X射线全场三维成像平台,合成了一系列X射线成像探针,发展了细胞成像算法,实现了单细胞的X射线三维成像。为了应对单一技术无法在高分辨率下同时实现细胞的结构与功能定位的挑战,课题组又发展了X射线与超分辨荧光联用技术,实现了在纳米分辨下的细胞结构与功能融合成像的突破。 /p p style=" text-indent: 2em " 已有研究发现DNA不仅有序列信息,还有三维结构信息。基于此,北京大学教授、中国科学院外籍院士谢晓亮课题组通过对sgRNA改造,开发了一种全新的活细胞染色质DNA的多色、稳定标记系统,实现对活细胞内基因位点的长时间连续观察追踪。 /p p style=" text-indent: 2em " 2018年,该重大项目迎来一项重磅突破。谢晓亮课题组在《科学》上发表文章,介绍他们在单细胞水平研究双倍体哺乳动物细胞的基因组结构研究方面取得的成果。利用新发展的Dip-C技术,项目组构建了人源双倍体细胞的具有高空间分辨率的单细胞基因组三维结构。 /p p style=" text-indent: 2em " “这种结构分型对研究细胞功能有着至关重要的作用,也为唐氏综合症等染色体非整倍体疾病提供了研究和干预手段。”谢晓亮说。 /p p style=" text-indent: 2em " strong span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 让基础研究走出实验室 /span /strong /p p style=" text-indent: 2em " 对于细胞“社会”的深层解析,不仅为了阐明各种生命现象与本质,科学家更是希望据此对这些现象和规律加以控制和利用,以达到造福人类的目的。在该重大项目支持下,诸多研究展现出了良好的社会应用前景。 /p p style=" text-indent: 2em " “许多疾病的研究和治疗最终都必须回归细胞水平。”在张新荣看来,一系列单细胞多组分时空分析技术能够有效加深人们对生命现象的本质理解,也有助于了解疾病机理,进而促进生物医药科学和相关产业的发展。 /p p style=" text-indent: 2em " strong “项目研发的诊疗一体化功能纳米探针,为相关重大疾病成因、诊断提供表征手段和依据,对疾病的早期预警以及提高疾病治愈率有着重要意义。 /strong ”张新荣讲道,部分创制的探针已经进行了市场转化,基于探针建立的荧光成像技术也成为国家重大新药创制课题中药效评价的关键技术之一。 /p p style=" text-indent: 2em " 例如,唐波课题组研究的“超高灵敏度—可逆探针”能够在活体水平上示踪炎症发生发展过程中超氧阴离子的浓度水平及动态变化过程,缩短了药物临床试验周期,提高了药物筛选效能。为即将进入临床Ⅱ、Ⅲ期的鼻敏胶囊、咳敏胶囊、结肠炎栓3个中药新品种的作用靶点、药效评价研究提供了技术支撑。 /p p style=" text-indent: 2em " 而基于同步辐射装置的X射线细胞显微成像技术,分辨率很容易达到数十纳米,可以在大视场下实现完整细胞的纳米分辨无损成像,与荧光显微装置相比具有巨大优势,在细胞显微成像方面也展现出了巨大的应用前景。 /p p style=" text-indent: 2em " 然而,对于人类来说,走进细胞“社会”是一个任重而道远的过程。还有无数未知的奥秘等着科学家去探索。 /p p style=" text-indent: 2em " 张新荣表示,该重大项目成果为下一步融合多种分析方法、发展全器官跨尺度高灵敏三维成像提供了基础。 /p p style=" text-indent: 2em " “通过研发同步辐射X射线相衬—电镜融合成像,有可能在全脑三维微米精度地图引导下选取局部特征区域进行纳米精度的结构解析,大幅降低高精度神经网络解析的盲目性。在特定位点,也可利用荧光分子成像和质谱分子解析,进一步作功能研究。”项目组成员表示,在有关“社会”的探索与发现之旅上,中国科学家一直砥砺前行。 /p
  • 单细胞分析技术研究呈“井喷”式增长
    学理工的人大概都有这样的感觉,很多规律和现象都可以用理论、公式或算法来描述及推导。只要知道了所有的条件,便能预测结果。反过来,也可以通过现象反推关键的成因。久而久之,我们也习惯并爱上了这样逻辑清晰、条理分明的世界。以至于我们时常因为意外的结果徒然而叹,也为寻找到那孜孜以求的&ldquo 理&rdquo 而欢欣鼓舞。抛开现实里的林林总总,理工男女的生活可以很简单&mdash &mdash 以&ldquo 理&rdquo 立身,有&ldquo 理&rdquo 走遍天下,无&ldquo 理&rdquo 无地容身。这样的准则对某些人来说甚至可以上升到人生哲学的高度&mdash &mdash 直到他们遇上了生物学。   相比数理化,生命科学相当&ldquo 后进&rdquo 。在数理化已经发展到有相当完整的理论体系的今天,生物学,尤其是分子生物学可谓是才刚刚起步。&ldquo 不幸的&rdquo 生物工作者还处于认知的原始积累阶段。我们研究的几乎每一个对象,每一种方法,大概还没有可以宣称已经研究透彻的例子&mdash &mdash 即使对象是简单如病毒这样连生命都算不上的活性大分子。实验不能重复,现象无法解释这样的事在生物实验室里是家常便饭。许多人都遇到过PCR扩增失败,或电泳多出一条带这样的事。多数选择再做一次看看,而不是寻根究底。因为整个系统太复杂、变量太多太多了。      系统的复杂程度太高是一方面,另外一个原因是研究手段的局限(当然还有更多客观原因,非本文主旨所以省略)。微观世界的研究手段的升级依赖于其他科学门类的进步,对手段的依赖必然导致方法论的单调。在分子和细胞生物学领域,许多人习惯用宏观思维去理解微观世界,比如重视群体现象而忽视个体差异,用一群相关的细胞代替一个系统。而对一个复杂的系统用笼统的手段进行研究,得出的结论自然是粗浅的。   虽然没人做过统计,但据估计至少95%以上的现代生物学研究成果是建立在对细胞群体的研究基础上。忽略细胞异质性(Cellular Heterogeneity)的方法固然降低了系统的复杂度,简化了流程。其带来的生物信息不可逆的丢失也是显而易见的。这种平均化的方法必然导致信息的稀释或丢失,在某些情况下甚至会让人得出矛盾的结论。另外,该方法让发现并分离细胞群体中的&ldquo 异类&rdquo 的尝试变得难上加难。如此,只有强信号才有可能被检测到。而这不仅让以往科学家们的努力有了不过是摘取了低处枝条上果实的意味,也让部分成果的准确性打上了问号。   单细胞分析技术正是解决上述问题的方法,其中最引人注目的是单细胞测序技术(Single-Cell Sequencing)。然而,细胞异质的不确定性导致需要同时分析很多单细胞以消除小量样品可能带来的偏差,而这直接和实验可行性挂钩。幸运的是,由于技术的进步和费用的降低,单细胞测序技术近年来已得到迅速推广。通过对单个细胞的逐个测序,信息的精度、深度,以及信息量可获得几何级数的增长,随之带来的是我们对具体对象更加翔实和准确的了解。而且,通过数学方法,高度相关的细胞可以被整合起来当作亚群体处理以部分消除单个细胞的随机异质性,或者按相关性重排以构建全新的不依赖于传统时间轴的图谱。这些新手段已经给我们带来了一些前所未有的认知。那些前沿科学家们所取得的成就,同时也刺激着更多的人加入他们的行列,形成了正反馈。   近年来,单细胞测序逐渐大众化,相关的论文发表数量在2010年后呈指数增长之势,在高品质期刊上发表的单细胞研究成果屡见不鲜。其产生的影响深远,以致Nature Methods将单细胞测序选为2013年度重大技术,并在2014年首刊专述。在后面的文章中我将会挑选几篇有代表性的文章谈谈它们的意义。有意思的是,二代测序技术已经在2007年当选Nature的年度重大技术。单细胞研究的流行无疑让它的使用拓展到了更广阔的领域。   单细胞研究不仅在DNA和RNA测序方面取得了极大的进展,单细胞质谱分析(Mass Cytometry)也正在逐渐得到更多的关注。该技术用带有重金属原子标记的单克隆抗体对细胞表面和细胞内的关键蛋白进行标记,然后依次等离子化细胞,通过质谱分离重金属原子并分析其丰度来获取相应蛋白在各细胞内的表达情况。该技术也叫质谱流式细胞技术,相比荧光流式细胞技术,其主要特点是背景低、通道互扰小,所以可以同时分析更多的蛋白质。如今可用的重金属标记已达35种,这是基于荧光的检测手段无法企及的(最新的荧光流式技术可一次检测16-18种蛋白)。该技术可以一次分析百万量级的单细胞,而且没有理论上限,超出单细胞测序几个数量级。因此可以用来构建非常详细的细胞关联图,尤其适合分析高复杂度的系统,比如血液中的细胞。另一方面,单细胞质谱无法像测序那样对全基因组进行分析,但是由于它是直接对细胞的功能的执行者&mdash &mdash 蛋白质进行解析,跳过了对细胞内各种基因表达调控机制的考量,其意义是非常明显的。   此外,单细胞测序技术让微流控芯片技术(Microfluidics)得到了发展。除了在制备单细胞测序文库方面具有优势以外,该技术在其他领域内的应用也得到了拓展,如在微流控环境中进行细胞培养。该方法可将少数细胞分离到纳升级(nL)的独立单元中分别培养并进行定向引导,然后可以立即利用微流控系统制备测序文库。在干细胞研究以及生物制药领域,该技术应该有着广阔的应用前景。   在单个细胞层面的研究近年来经历了井喷式的增长。然而,其应用主要体现在基础研究中。目前临床上唯一被使用的单细胞检测法是胚胎植入前遗传学诊断(PGD, Preimplantation Genetic Diagnosis)。循环肿瘤细胞(CTCs, Circulating Tumor Cells)虽然在定义上是存在于循环系统中的极少量单个细胞,临床上仍然是先富集然后进行整体分析。对单个CTC进行分析的必要性已有探讨,但开发出相应的技术并在临床上被接受还有一段路要走。
  • Cytek 发布全新台式高维细胞分选仪,助力超高分辨单细胞分析
    仪器信息网讯 6月7日,Cytek Biosciences宣布推出全新的台式高维细胞分选仪- Cytek Aurora CS。全新台式流式细胞分选仪发布,实现超高分辨细胞分析Cytek Aurora CS流式细胞分选系统据了解,该流式细胞分选仪采用Cytek独特的全光谱分析技术(Full Spectrum Profiling, FSP™ ),Aurora CS可在单细胞水平提供超高分辨率的数据结果,帮助科学家和研究人员将复杂实验简单化,轻松解决最具挑战性的细胞分析,如高自发荧光的细胞分析、或关键生物标志物表达水平低的细胞分析等。使用Aurora CS,研究人员可以从微孔板或试管中轻松分选活细胞或其他颗粒,用于下游分析实验,如单细胞RNA测序、蛋白质组学和细胞生物学研究等。Cytek于2017年首次推出了其旗舰级产品-Aurora流式细胞分析系统,Aurora系统利用突破性的Cytek FSP™ 技术,采集来自多个激光器激发的荧光素全光谱信号,轻松分辩单细胞上的多种荧光标记,显著提高了高参数细胞分析的灵敏度,极好的解决了流式检测受技术局限的问题。Aurora CS基于同样的FSP™ 技术,保持了与Aurora一致的优秀特性和强大功能。独特的光学设计和解析方法能让使用者体会到更高的灵活性, 不仅可广泛选择大量新的荧光染料,且无需为每个应用重新设置仪器。先进的光学系统和低噪音电子系统,带来超强灵敏度和卓越分辨率的细胞分析体验,包括分析那些高自发荧光或关键生物标志物表达水平低的细胞。Cytek Aurora分析系统和Aurora CS分选系统,利用Cytek独有的FSP™ 技术,可以检测标记在每个细胞上的多种荧光探针的全光谱信号,在单管样本中,即可完成高度复杂方案(40色方案)的分析和分选,使科学家们能够更深入更完整的了解生物系统。结合FSP™ 技术和高端分选特性,Aurora CS为研究人员提供了一个可应用于多种生物学场景和分选条件的解决方案。搭配SpectroFlo CS软件,在更短的设置时间下,即可轻松实现6路分选、自定义分选、自动液滴延迟和分选液流监控等操作,满足各种科学研究与应用的需求。网络会议预告 点击报名参会
  • 实时单细胞多模态分析仪加入PerkinElmer生命科学产品序列
    今年1月1日起,江苏瑞明生物科技有限公司的实时单细胞多模态分析仪正式加入PerkinElmer生命科学产品序列!实时单细胞多模态分析仪功能概述单细胞研究对于理解细胞的组成、生理行为与功能的多样性具有重要意义,基因组、转录组、蛋白组、代谢组学等分析技术为单细胞研究提供了有力工具。实时单细胞多模态分析仪可以实时、连续、定量检测单个活细胞的小分子含量及酶活性。核心特点主要性能实时单细胞多指标检测:实时检测单个活细胞内小分子含量(如葡萄糖、乳酸、ATP、胆固醇、Ca2+、K+等)及酶活性 (葡萄糖苷酶、鞘磷脂酶、乳酸脱氢酶等),可匹配160余种商品化试剂盒;实时亚细胞原位检测:在亚细胞水平(胞质、胞核、胞膜)实时连续、原位检测;超微量提取、注射:单细胞水平提取细胞器(如溶酶体、线粒体)、胞质进行质谱或其它平台的联用分析;单细胞注射药物、代谢剂等,并进行药效评估;活体水平检测:活体水平实时检测生化指标(用药前后、中医药针灸刺激前后)的变化。技术原理电信号检测通过电探头对细胞释放的电活性物质进行检测,如过氧化氢、一氧化氮、多巴胺、超氧阴离子等物质。通过试剂盒的量化级联反应产生的过氧化氢等电活性物质,实现单细胞小分子含量或酶活性的检测。荧光信号检测光探头传输激发光激发预染色细胞,通过光学检测系统收集细胞发射的荧光信号,荧光信号强弱反映细胞预染色指标的含量,可实现细胞整体或亚细胞激发检测。通过单细胞超微量提取注射,向单个活细胞注射荧光检测试剂盒,光探头传输激发光激发细胞的生化反应产物而产生荧光,荧光信号强弱反映细胞内相应的小分子含量或酶活。经典应用肿瘤细胞代谢
  • 最新!瑞明生物单细胞分析仪加入PerkinElmer生命科学产品序列
    今年1月1日起,江苏瑞明生物科技有限公司的实时单细胞多模态分析仪正式加入PerkinElmer生命科学产品序列!江苏瑞明 实时原位单细胞生化分析仪(点击索取报价参数)实时单细胞多模态分析仪功能概述单细胞研究对于理解细胞的组成、生理行为与功能的多样性具有重要意义,基因组、转录组、蛋白组、代谢组学等分析技术为单细胞研究提供了有力工具。实时单细胞多模态分析仪可以实时、连续、定量检测单个活细胞的小分子含量及酶活性。核心特点主要性能实时单细胞多指标检测:实时检测单个活细胞内小分子含量(如葡萄糖、乳酸、ATP、胆固醇、Ca2+、K+等)及酶活性 (葡萄糖苷酶、鞘磷脂酶、乳酸脱氢酶等),可匹配160余种商品化试剂盒;实时亚细胞原位检测:在亚细胞水平(胞质、胞核、胞膜)实时连续、原位检测;超微量提取、注射:单细胞水平提取细胞器(如溶酶体、线粒体)、胞质进行质谱或其它平台的联用分析;单细胞注射药物、代谢剂等,并进行药效评估;活体水平检测:活体水平实时检测生化指标(用药前后、中医药针灸刺激前后)的变化。技术原理电信号检测通过电探头对细胞释放的电活性物质进行检测,如过氧化氢、一氧化氮、多巴胺、超氧阴离子等物质。通过试剂盒的量化级联反应产生的过氧化氢等电活性物质,实现单细胞小分子含量或酶活性的检测。荧光信号检测光探头传输激发光激发预染色细胞,通过光学检测系统收集细胞发射的荧光信号,荧光信号强弱反映细胞预染色指标的含量,可实现细胞整体或亚细胞激发检测。通过单细胞超微量提取注射,向单个活细胞注射荧光检测试剂盒,光探头传输激发光激发细胞的生化反应产物而产生荧光,荧光信号强弱反映细胞内相应的小分子含量或酶活。经典应用肿瘤细胞代谢肿瘤细胞异质性研究,包括糖代谢、脂代谢、蛋白代谢相关的小分子和酶活分析;结合抑制实验,研究肿瘤细胞代谢过程中关键激活酶,为抗癌药物研发提供理论基础;通过抗癌新药直接刺激细胞或配合专用探头实现细胞内送药,评估其对单细胞内代谢参数指标的影响。代表文献1) Zheng XT, Yang HB, Li CM. Optical detection of single cell lactate release for cancer metabolic analysis. Anal Chem. 2010 Jun 15 82(12):5082-7. (DOI: 10.1021/ac100074n)2) Pan R, Xu M, Jiang D, Burgess JD, Chen HY. Nanokit for single-cell electrochemical analyses. Proc Natl Acad Sci USA. 2016 Oct 11 113(41):11436-11440. (DOI: 10.1073/pnas.1609618113)3) Zheng XT, Li CM. Single living cell detection of telomerase over-expression for cancer detection by an optical fiber nanobiosensor. Biosens Bioelectron. 2010 Feb 15 25(6):1548-52.. (DOI:10.1016/j.bios.2009.11.008)4) Zheng XT, Hu W, Wang H, Yang H, Zhou W, Li CM. Bifunctional electro-optical nanoprobe to real-time detect local biochemical processes in single cells. Biosens Bioelectron. 2011 Jul 15 26(11):4484-90.(DOI:10.1016/j.bios.2011.05.007)新药研究新药研究离不开细胞学实验,实时单细胞多模态分析仪在药物研究中的常见应用:药物的极性和分子量会影响其透过细胞膜的效率,如果药物的细胞膜透性较低或未知,可以单细胞内定点注射药物并实时检测药效相关指标(Ca2+和ROS等),可以反映药物发挥作用的潜在位置;为了理解药物作用机制,需要预先判断可能的转运体、药物靶点、及涉及到的关键代谢酶,然后通过实时单细胞多模态分析仪进行验证,由于是实时的,可以添加相关抑制剂或增强剂直接进行判断验证;用于单细胞亚细胞水平的定向给药及实时原位检测药物作用效果,提供亚细胞水平药物-细胞相互作用研究的重要工具,实现单细胞层面药物保护性研究和抑制性研究,可为药物载体的单细胞层面载药能力研究和亚细胞层面的定位提供选择性平台。代表文献1)Xin T Z , Peng C , Chang M L . Anticancer Efficacy and Subcellular Site of Action Investigated by Real‐Time Monitoring of Cellular Responses to Localized Drug Delivery in Single Cells[J]. Small, 2012, 8(17):2670-2674. (DOI: 10.1002/smll.201102636)2)Yuning Han, Bin Hu, Mingyu Wang, Yang Yang, Li Zhang, Juan Zhou*, Jinghua Chen*. pH-Sensitive Tumor-Targeted Hyperbranched System Based on Glycogen Nanoparticles for Liver Cancer Therapy, Applied Materials Today, 2020, 18, 100521.(DOI: 10.1016/j.apmt.2019.100521)神经领域应用单细胞胞质的超微量抽提,和质谱平台联用完成递质成分的分析;纳米级探头实现单个神经细胞或脑组织的小分子电化学检测。代表文献1)Molecular profiling of single axons and dendrites in living neurons using electrosyringe-assisted electrospray mass spectrometry[J]. Analyst, 2019, 144 2) Development of Au Disk Nanoelectrode Down to 3 nm in Radius for Detection of Dopamine Release from a Single Cell[J]. Analytical Chemistry, 2015, 87(11):5531.3)Electrochemically Probing Dynamics of Ascorbate during Cytotoxic Edema in Living Rat Brain[J]. Journal of the American Chemical Society, 2020, 142(45):19012-19016.活体研究中医药领域,可对特定穴位血清素(5-羟色胺)、一氧化氮、乙酰胆碱、抗坏血酸等关键指标的实时监测,可配合组织解剖学实验,研究不同组织类型的指标差异,辅助针灸机理研究;活体动物模型在体检测,辅助肿瘤疾病药物研究。代表文献1)Li, YT., Tang, LN., Ning, Y. et al. In vivo Monitoring of Serotonin by Nanomaterial Functionalized Acupuncture Needle. Sci Rep 6, 28018 (2016). (DOI: https://doi.org/10.1038/srep28018)2)Tang, L., Li, Y., Xie, H. et al. A sensitive acupuncture needle microsensor for real-time monitoring of nitric oxide in acupoints of rats. Sci Rep 7, 6446 (2017). (DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-06657-3)3)Tang, L., Du, D., Yang, F. et al. Preparation of Graphene-Modified Acupuncture Needle and Its Application in Detecting Neurotransmitters. Sci Rep 5, 11627 (2015). (DOI: https://doi.org/10.1038/srep11627)关于江苏瑞明(点击进入在线展位)江苏瑞明生物科技有限公司是一家集研发、生产与销售单细胞检测仪及其它高端生物化学检测设备的高科技企业。公司坐落于风景宜人的江苏省宜兴经济技术开发区光电子产业园。公司目前的主要产品为纳米光电生化检测仪,该设备采用世界首创且具有自主知识产权的技术,将精密光、电探测与纳米加工有机的结合为一体,实现了对单个活细胞在亚细胞水平的实时在线同时检测,填补了国内在此单细胞检测领域的空白。此设备在生命科学、医学、药理学或毒理学、农业、食品科学、生物能源等领域有着广泛的应用。公司目前主要产品有四大类,仪器设备、耗材、试剂和微流控及生物芯片。公司已有发明专利十几项,高新技术产品多项。(更多详情点击查看)
  • 微生物所开发出新型微滴反应筛选技术及单细胞分析应用
    p style=" text-indent: 2em " 微生物所 strong 微生物资源前期开发国家重点实验室 /strong 杜文斌研究组和黄力研究组共同开发了一种新型的 strong 微流控界面纳升注射技术 /strong (Interfacial Nanoinjection, INJ),该技术可以将传统的生化反应体系微缩在一个纳升体积的油包水微液滴体系中完成。 /p p    strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 界面纳升注射(INJ)具有诸多显著优势 /span /strong /p p   针对这一技术创新,团队申请了多项中国发明专利和美国专利,并研制了基于INJ技术的小型桌面系统。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201910/uepic/fe470173-c411-4a4f-857f-952adad6e8d5.jpg" title=" 界面纳升注射(INJ)系统.jpg" alt=" 界面纳升注射(INJ)系统.jpg" / /p p style=" text-align: center " 界面纳升注射(INJ)系统 /p p   该系统和国外同类产品如美国Labcyte公司的Echo超声纳升移液系统、以及美国TTP Labtech公司的mosquito HTS微量筛选系统相比, strong 在仪器成本、耗材成本、最小液滴体积、流式细胞仪兼容性、操作的灵活性、以及污染控制等方面,均具有显著优势, /strong 适用于各类单细胞微体积反应分析,也可应用于其他微体积反应分析,在微生物培养筛选、合成生物学、药物筛选、蛋白结晶条件筛选等方面均具有应用潜力。 /p p   在性能方面,INJ系统通过高精密度的微体积控制实现不同试剂组分的纳升体积分步添加,兼容96和384孔板,可以在预先填装矿物油的孔板上,按照程序设定加入纳升样品或试剂液滴,用于实现高通量筛选。利用低成本探针可以精确加注的最小体积达到1 nL,当加样体积为5 nL时,体积标准偏差小于11 %。加注的液滴通过离心可以沉降到孔板底部并融合,液滴的融合效率最高,达到99%以上。利用多次加注样品、试剂的方法,可以实现多步反应和浓度梯度配置。系统加注的体积精确性、线性和重现性良好。 /p p   strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) "  FACS-INJ单细胞分析流程和应用 /span /strong /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 281px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201910/uepic/7cc806a5-55aa-475f-a110-69b3c5038b70.jpg" title=" 杜文斌-流式细胞分选+界面纳升注射技术图示.jpg" alt=" 杜文斌-流式细胞分选+界面纳升注射技术图示.jpg" width=" 600" height=" 281" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: center " span style=" text-align: center " FACS-INJ单细胞分选分析流程 /span /p p    strong 单细胞分析是一项变革性技术 /strong ,在单细胞基因组异质性研究及复杂微生物群落中稀有微生物种群多样性研究等领域应用广泛。然而,如何进一步降低单细胞分析的成本,提高可靠性和效率,仍然面临重大挑战。流式细胞荧光激活细胞分选(FACS)是目前最高效的单细胞分选技术,可实现病毒、细菌、真菌和动物细胞的多参数检测和分选 利用荧光标记,可对不同类型的细胞进行有效的区分,分选成功率高。研究团队将INJ与FACS平台相结合,建立了FACS-INJ单细胞分选分析流程,应用覆盖了单细胞表型分析、基因型分析、基因表达分析以及全基因组扩增测序。 /p p   研究团队首先利用FACS-INJ系统实现了 strong 病原菌微生物单细胞耐药基因的PCR筛查和单细胞药敏表型筛查 /strong 。经优化,多孔板可预先装载纳升体积的PCR引物或不同浓度的抗生素液滴。PCR筛查体积缩小到500 nL,试剂消耗和成本和常规体系相比降低至原先的1/40,耐药检测的体积控制在200 nL,试剂消耗和成本和常规体系相比降低至原先的1/1000,时间从& gt 12小时缩短至5小时,这对于大幅降低临床病原检测的成本,实现脑脊液、房水等难获取微量样品的耐药基因和表型筛查具有重要意义。 /p p   其次,FACS-INJ系统还可用于 strong 动物细胞的单细胞基因表达分析 /strong 。以小鼠巨噬细胞RAW264.7在细菌胞外多糖处理前后的炎症反应为例,通过荧光激活流单细胞式分选处理前后的小鼠巨噬细胞,基于一步法反转录实时荧光PCR扩增,在单细胞水平解析了次黄嘌呤鸟嘌呤转磷酸核糖基酶(HPRT)基因(看家基因)和白介素1β(IL-1β)基因(炎症反应)表达水平的变化。 /p p   最后,团队与北京大学黄岩谊课题组合作,建立了 strong 基于FACS-INJ的微生物全基因组扩增测序流程 /strong ,以获得未培养微生物的全基因组信息。流程包括流式分选微生物单细胞、单细胞裂解、酸碱中和、MDA扩增和建库测序。以热泉来源的古菌硫化叶菌(Sulfolobus sp. A20)菌株为模型,将单细胞扩增的体积优化至360nL,硫化叶菌全基因组覆盖度达到80%以上。在纳升级微液滴中实现西南印度洋未培养单细胞微生物全基因组DNA的MDA扩增与测序,拼接后获得15个单细胞基因组,大小在0.1~3.7Mb大小。该方法获得的微生物基因组污染度较传统的MDA扩增方法显著降低(& lt 5%),显著提高了微生物单细胞基因组数据质量。平台也适用于肿瘤、胚胎等动物细胞的全基因组扩增测序,对肿瘤细胞的单细胞测序的覆盖度达到60-80%。 /p p   上述研究工作近期作为特邀论文在线发表在Small上。微生物研究所助理研究员贠娟莉博士、郑小伟博士、徐鹏博士为论文共同第一作者,杜文斌研究员、黄力研究员和北京大学黄岩谊教授为论文共同通讯作者。该研究该研究得到了中国大洋协会大洋十三五重点项目、中科院战略性先导科技专项(B类),中国科学院重点部署项目、中国科学院前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金面上项目和优青项目等支持。 /p p   论文出处: /p p   Yun, J.L. sup # /sup Zheng, X.W. sup # /sup Xu. P. sup # /sup Zheng, X. Xu, J.Y. Cao, C. Fu, Y.S. Xu, B.X. Dai, X. Wang, Y. Liu, H.T. Yi, Q.L. Zhu, Y.X. Wang, J. Wang, L. Dong, Z.Y. Huang, L.* Huang, Y.Y.* Du, W.B.* Interfacial Nanoinjection-based Nanoliter Single-cell Analysis, Small, 2019, doi:10.1002/smll.201903739. /p p    a href=" https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/smll.201903739" target=" _self" style=" text-decoration: underline font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai color: rgb(255, 0, 0) " strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai color: rgb(255, 0, 0) " 查看原文戳这里 /span /strong /a /p p    strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 杜文斌 /span /strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " ,男,中科院微生物研究所研究员。2007年于浙江大学化学系,获博士学位。2007-2011年于美国芝加哥大学化学系从事博士后研究工作。2013年11月加入中科院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室。主要从事微流控芯片技术及新型分析微生物技术与应用研究。已发表论文60余篇,申请中国和美国专利30余项,授权20多项。主持国家优秀青年科学基金项目,国家重点研发计划 “数字诊疗装备研发”项目,中国科学院前沿科学重点研究项目等。 /span /p
  • 单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组
    抗生素耐药性(AMR)在人类、环境和动植物间的传播,加剧全球“One Health”的负担。土壤是“One Health”的关键环节之一,所携带的抗生素耐药性可通过食物链等方式转移至人类而带来健康威胁。土壤中栖息着地球上最丰富多样的微生物,其中活性耐药菌在驱动土壤耐药性传播中具有关键作用。然而,由于高达99%的土壤微生物不可培养,针对土壤原位活性耐药菌的探索较少,土壤中抗生素耐药性风险的研究面临挑战,阻碍了AMR环境行为及阻控策略的发展。  虽然分子生物学技术提升了我们对土壤微生物组和抗性组的认识,但基因信息仅反映耐药潜力而非耐药表型,且不能区分胞外、死亡或休眠菌的DNA,因此难以解析具体发挥作用的耐药微生物,影响AMR健康风险的精确评估。基于培养的方法仅能关注少数可培养的指示菌,忽视了土壤中大量未培养菌的贡献。因此,亟需开发合适的技术手段,从表型和基因型两个层面全面解析土壤中重要的活性耐药菌。  中国科学院院士、中科院城市环境研究所研究员朱永官团队在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上,发表了题为Active antibiotic resistome in soils unraveled by single-cell isotope probing and targeted metagenomics的论文。该研究通过发展单细胞拉曼-稳定同位素标记和靶向宏基因组联用技术,示踪了土壤原位活性抗生素耐药菌,量化了其表型耐药水平,并结合单细胞靶向分选与测序揭示了土壤高活性耐药菌的抗性组和移动组。朱永官团队长期致力于环境耐药性研究,并在“One Health”的背景下提出监测和防控抗生素耐药风险的方法理论框架。  该研究利用单细胞拉曼-重水同位素标记技术,针对土壤的复杂性以及对抗生素有效性的影响,通过优化抗生素剂量、孵育时间、采谱深度,建立了准确示踪土壤活性耐药菌的单细胞方法与判别标准,利用土壤原位环境的多种已知抗性菌和敏感菌,对方法在不同土壤和不同机制抗生素的普适性和准确性进行交互验证,将方法从简单的临床耐药菌的研究拓展至包含大量未培养菌的复杂土壤环境。  利用该方法,研究在单细胞水平和表型层面克服培养限制,直接示踪和定量了土壤原位活性耐药菌的丰度和活性水平,揭示了人类活动(如农业耕种和污染排放)显著增加土壤的表型耐药水平。由于高代谢活性耐药菌对AMR环境传播的重要作用,研究进一步提出将表型耐药水平作为环境AMR风险评价的新指标,改进了长期以来AMR风险评价仅有基因信息而无耐药表型信息的境况。  该研究针对拉曼技术识别具有潜在健康风险的高度活跃土壤耐药菌,利用单细胞分选与靶向宏基因组测序技术,鉴定出多数高表型耐药菌属于之前难以研究的未培养菌以及一株新型的抗生素抗性病原菌,证明了土壤未培养菌是AMR的重要宿主。科研团队在单细胞水平破译了活性耐药菌携带的抗性基因、毒力因子、可移动遗传元件(包括质粒、插入序列和前噬菌体)。该工作将多种抗生素耐药表型和多种基因型关联,为剖析环境中大量未培养耐药菌提供了崭新的方法。  该工作发展的单细胞拉曼结合靶向宏基因组的方法,为复杂环境耐药研究提供了新手段,深化了科学家对土壤活性抗生素耐药性的认知。该方法可广泛用于其他生态系统,并对在“One Health”框架下推进环境耐药性的风险评估与制定防控策略具有重要价值。研究工作得到国家自然科学基金优秀青年科学基金项目、创新研究群体项目、面上项目,以及中科院基础前沿科学研究计划“从0到1”原始创新项目的支持。
  • 建立单细胞分析新方法——访朱良漪分析仪器青年创新奖获得者江德臣
    p   2018年8月8日,由中国仪器仪表学会分析仪器分会、长三角科学仪器产业技术创新战略联盟主办的“第五届中国分析仪器学术年会”(ACAIC 2018)在苏州召开。主办方于当晚颁发2018年“朱良漪分析仪器创新奖”,南京大学江德臣教授荣获“青年创新奖”。仪器信息网于次日采访了江德臣,介绍团队在单细胞仪器研制方面的创新成果。 /p p   “朱良漪分析仪器青年创新奖”评审组认为:江德臣瞄准单细胞分析存在的需个体化设计识别探针,难以提供胞内生物分子化学信息的技术挑战,系统设计了“单细胞试剂盒”和“单细胞器试剂盒”,并研制成装置,建立了通用性强、可测量生物分子活性/结构等化学信息的新型单细胞分析方法,成功用于动脉硬化类疾病的研究,揭示了细胞的个体差异性和细胞器的均一性等特征,成果突出。 /p p   近年来,单细胞的研究格外火热,多篇 Nature、Cell 的高分文章都是通过单细胞水平研究获得的。单细胞的分析能够揭示细胞的个体特征,帮助理解细胞自身的复杂性及彼此之间存在的种种差异,具有十分重要的生物学价值。过去几年南京大学化工学院生命分析化学国家重点实验室研制了基于电驱动模式的单细胞分析仪,以及基于电质化学发光的单细胞高通量分析装置,并与部分医院建立合作,突破了单细胞内生物分子活性测量难的技术瓶颈。团队已与江苏瑞明生物等企业开展合作,推动单细胞分析仪装置的产业化。 /p p   更多详情,点击视频查看: /p script src=" https://p.bokecc.com/player?vid=A0AADB1947658C1E9C33DC5901307461& siteid=D9180EE599D5BD46& autoStart=false& width=600& height=490& playerid=2BE2CA2D6C183770& playertype=1" type=" text/javascript" /script p br/ /p
  • Life Tech 激光显微切割和微量细胞单细胞分析最新进展新技术交流会
    2011年6月16-17日,美丽的西子湖畔,Life Tech美国总部及中国区技术专家携手中国用户针对激光显微切割Arcturus技术平台和单细胞微量细胞分析共同展开了为期两天的热烈讨论及技术交流。Life Technologies的Applied Biosystems Arcturus 激光捕获显微切割系统是世界上唯一的将激光捕获显微切割(LCM)和紫外(UV)激光切割融为一体的显微切割仪器。开放、模快化的设计实现了前所未有的研究灵活性和多功能性。 激光显微切割和微量细胞单细胞分析新技术交流会 来自全国的60位科研及公安法医领域的客户参与了本次技术交流会。Life Tech大中华区市场总监Jason Liu博士致欢迎词并介绍了公司的最新发展。未来30年,将从基础科研向应用科研发展,最终走向临床诊断治疗。随后美国总部研发专家Shirley Chu博士,中国区科研市场经理以及LCM技术专家分别介绍了Arcturus激光显微切割技术平台硬件软件,主要耗材样品提取以及此技术平台在活细胞切割中的应用。 Life Tech大中华区市场总监Jason Liu博士致欢迎词并介绍公司的最新发展 同时Life Tech很荣幸地邀请到上海复旦大学医学院病理学系的朱虹光主任和浙江省公安厅法医DNA室的吴微微主任分别介绍了激光显微切割技术在生命科学研究领域以及法医科学中的最新应用。 上海复旦大学医学院病理学系朱虹光主任作应用报告 浙江省公安厅法医DNA室的吴微微主任作应用报告 在单细胞和微量细胞下游分析领域,Life Tech的产品技术专家也针对新一代测序,荧光定量PCR, OpenArray和digital PCR在单细胞微量细胞分析技术中的最新应用做出了精彩的报告。 本次交流会在各位专家与客户的热烈互动及经验探讨中,圆满落幕。
  • 单细胞基因测序市场分析
    p    span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 什么叫做单细胞基因测序(Single-Cell Sequencing)? /span /p p   一句话说,就是单个细胞水平上对基因组进行测序。2013年,自然杂志把年度技术授予了单细胞 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 基因测序 /span /a (Single Cell Sequencing),认为该技术将改变 a title=" " href=" http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-3-1-1.html" target=" _self" span style=" color: rgb(255, 0, 0) " 生物界和医学界 /span /a 的许多领域。 /p p    span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 我们为什么要进行单细胞基因测序? /span /p p   传统的测序方法,无论是基因芯片或者二代基因测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)都需要从超过10万个细胞中提取一大堆(bulk)DNA或者RNA,而提供的信息是一大堆细胞的平均值。但是传统的方法,对于理解人体细胞的多样性有着明显的局限性。 /p p   在人体的每一个组织中,比如说,肾脏组织,拥有着大量不同的细胞类型,每一种细胞类型有着独特的起源和功能。每一个细胞的谱系和发展的状态又决定了每个细胞如何和周围的细胞和环境如何反应,把基因测序应用到单个细胞层面,对于我们理解细胞的起源,功能,变异等有着至关重要的作用。 /p p   关于二代基因测序已经详细在我们的前期两篇深度报告中进行了介绍,在本篇报告中,我们将详细解读单细胞基因测序,以及该技术对癌症,辅助生殖以及免疫学等领域带来的新的突破。 /p p    strong 一、单细胞基因测序行业:刚启程,面临引爆点 /strong /p p   BCC Research的一项分析报告指出,2014年全球单细胞分析(Single-cell Analysis)的市场达5.4亿美金,预测将从2015年的6.3亿美金增长到2020年的16亿美金,复合增长率达21%。根据GENReports的报告,关于单细胞分析的文章发表在过去的几年也有着爆发性的增长。 /p p style=" text-align: center "   图2:单细胞分析的文章发表数量 /p p style=" text-align: center " img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/006c9fd7-a2cd-46b2-a028-18b51b5ea3cd.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:GEN,民生证券研究院 /p p   其中,传统的单细胞基因组学主要是由基因芯片和PCR主导的,随着二代基因测序的成本以超摩尔定律下降,目前单细胞基因组学逐渐由二代基因测序技术接棒。 /p p   和qPCR在90年代的发展一样,目前所有的刺激因素(高度的科研兴趣,生物医药巨头公司的关注等)正在解锁这个市场,单细胞基因测序行业正面临引爆点。 /p p   strong  二、单细胞基因测序的基本流程:单细胞分离--基因组扩增--测序和分析 /strong /p p   单细胞测序,简单地说,主要经过如下的步骤:单细胞的分离--DNA/RNA的提取和扩增(全基因组扩增和全转录组扩增)---测序以及后续的分析和应用。 /p p style=" text-align: center "   图3:单细胞测序的步骤 /p p style=" text-align: center " img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/782ee757-3c06-4a1b-9103-4c7336ac2929.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Recent advances and current issues in single-cell /p p style=" text-align: center " sequencing of tumors,民生证券研究院 /p p   2.1 单细胞的捕捉和分离 /p p   单细胞测序的第一步是单细胞的分离和提取,目前的方法主要有如下几种方法:流式细胞术,激光捕获显微切割技术以及微流控技术。 /p p style=" text-align: center "   图4:单细胞分离的三种方式:流式细胞术,激光捕获显微切割以及微流控技术 /p p style=" text-align: center " img title=" 3.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/ea66e087-c9b2-4930-a4d3-50025543fe8b.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Technologies for Single-Cell Isolation,民生证券研究院 /p p   1)流式细胞术 (Flow Cytometry) /p p   是指通过对于悬浮于流体中的细胞或者其他颗粒进行定量分析和分选的技术。在各种流式细胞仪中,大家主要讨论的是荧光活化细胞分类计FACS(Fluorescence Activated Cell Sorting)系统分离单细胞。定量原理:待测细胞经特异性荧光染料染色后,加入样品管中,经过测量区,由染色后的细胞在激光照射下的荧光产生的电信号来进行定量分析 分选原理:通过流束形成含有细胞的带电液滴来实现的。 /p p   2)激光捕获显微切割技术Laser Capture Microdissection(LCM) /p p   LCM技术可以在显微镜直视下快速、准确获取所需的单一细胞亚群,甚至单个细胞,从而成功解决了组织中细胞异质性问题。其基本原理是通过一低能红外激光脉冲激活热塑模-乙烯乙酸乙烯酯(EVA)膜,在直视下选择性地将目标细胞或组织碎片粘到该膜上。 /p p   3)微流控技术(Microfluidics) /p p   微流控技术是一种用于精确控制微量液体的技术。微流控芯片是实施该技术的平台,通常通过细微的管道对液体实施操控,微流控对液体的操控尺度, 刚好适合于单细胞样品的处理操作。 /p p   2.2 全基因组扩增 (Whole Genome Amplification. WGA)/ 全转录组扩增 (Whole Transcriptome Amplification,WTA):单细胞测序的难点 /p p   2.2.1 主要的三种全基因组扩增技术,各有优势 /p p   由于在单细胞中的DNA和RNA的数量非常小(几个pg),用传统的测序仪无法检测,所以科学家们必须首先对这些分子进行扩增,同时尽量的减少错误。目前的全基因组扩增技术主要有三种:简并寡核苷酸引物PCR扩增(DOP-PCR),多重置换扩增(MDA) 和基于多次退火和成环的扩增循环(MALBAC)。 /p p   1)基于PCR技术的全基因组扩增技术,例如DOP-PCR(简并寡核苷酸引物PCR扩增) /p p   DOP-PCR是一种部分随机引物法, 其引物构成为3& amp #8242 -ATGTGG-NNNNNN-CCGACTCGAG-5& amp #8242 ;主要 利用3& amp #8242 端ATGTGG这6个在人体中分布频率极高的碱基作为引导, 以6个碱基的随机序列来决定特异的扩增起始位点,从而达到扩增整个基因组的目的。 /p p   2)多重置换扩增(MDA) /p p   MDA是一种等温的链置换扩增反应, 其使用随机的6碱基引物在多位点和模板链结合, 接着利用 phi29DNA 聚合酶很强的模板结合和置换能力实现对全基因组的扩增。 /p p style=" text-align: center "   图5:DOP-PCR和MDA全基因组扩增技术简介 /p p style=" text-align: center " img title=" 4.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/d9b0aef0-e3b1-4c63-8313-c20796064bb3.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Single-cell genome sequencing: current state /p p style=" text-align: center " of the science,民生证券研究院 /p p   3)MALBAC(Multiple annealing and looping-based amplification cycles)基于多次退火和成环的扩增循环 /p p   通过采用特殊引物,使得扩增子的结尾互补而成环,从而达到近乎线性的扩增,该技术是哈佛大学谢晓亮教授团队发明的。 /p p style=" text-align: center "   图6:MALBAC全基因组扩增的示意图 /p p style=" text-align: center " img title=" 5.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/83e2f828-d990-4b9c-afd6-bd692fc52888.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Single-cell sequencing by Doug Brutlag,民生证券研究院 /p p   表1:三种类型的全基因组扩增方式比较 /p p style=" text-align: center " img width=" 600" height=" 302" title=" QQ截图20160302115018.jpg" style=" width: 600px height: 302px " src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/297e4e6e-a134-4101-a297-456cd703c3af.jpg" border=" 0" vspace=" 0" hspace=" 0" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Single-Cell Sequencing Technologies: Current and Future, /p p style=" text-align: center " 民生证券研究院 /p p   Navin 在研究报告中指出(来源:Cancer genomics: one cell at a time),对于检测CNV(Copy Number Variation)的时候,DOP-PCR以及MALBAC较有优势,另一方面, MDA方法一般用来检测点突变。Gawad et al., (2015)更是指出,三种全基因组扩增技术并没有明显的胜者,具体方法的使用取决于研究的目的。 /p p   2.2.2 全转录组扩增 /p p   一个哺乳动物的单细胞大约含有10pg的RNA,其中mRNA大约在0.1-0.5pg,并不能满足目前测序平台的要求,所以需要进行全转录组扩增技术。 /p p   单细胞中提取的RNA首先经过逆转录出cDNA,然后对逆转录生成的cDNA进行扩增。目前主要的转录组扩增技术主要包括如下几种:传统的PCR,改进的PCR,T7-in vitro 体外转录组扩增以及Phi29聚合酶扩增。 /p p   三. 单细胞测序的主要应用:癌症,辅助生殖以及免疫学领域 /p p   当单细胞被分离,细胞内的DNA/RNA被提取和扩增后,二代基因测序(Next Generation Sequencing)可以用来进行后续的测序。当把基因测序应用于单个细胞层面,在下游应用领域有着先天独到的优势。 /p p   3.1单细胞基因测序技术有助研究癌症起因和治疗 /p p   首先谈一下癌症的异质性:中晚期的肿瘤或由一系列的肿瘤克隆组成,每一种克隆有着独立的变异,形态和药物反应。对于肿瘤克隆精准的诊断非常重要,因为一个占据原发性肿瘤5.1%的亚克隆种群在复发的时候可能成为主要的致病因素。 /p p style=" text-align: center "   图7:肿瘤的异质性 /p p style=" text-align: center " img title=" 6.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/88b49609-3a47-4577-ad2a-7e9b36b6a4dc.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Illumina,民生证券研究院 /p p   实体瘤由一系列不同的细胞组成,包括癌症纤维细胞,内皮细胞,淋巴细胞,巨噬细胞等。同时,实体瘤由多个肿瘤克隆亚种群构成,使得临床样本的分析更加复杂。当多个肿瘤克隆同时存在时,标准方法检测的要么是平均信号要么是主要的克隆群体(并不一定是最致病的)的信号。 /p p   而同时,肿瘤的异质性和癌症产生抗药性以及转移密切相关,所以,单细胞测序开始用来检测肿瘤内基因异质性,对于癌症起因以及后续治疗的研究非常关键和重要。 /p p   例如,Navin et al.(2011), 利用单细胞基因测序的方法(流式细胞术提取细胞-全基因组扩增-NGS),在某个乳腺癌肿瘤组织中检测了100个乳腺癌细胞的CNVs,覆盖度大约6%,发现了三种完全不一样的克隆亚种群。 /p p   除了肿瘤细胞,单细胞基因测序同样可以应用于循环肿瘤细胞(Circulating tumor cells)和外周血播散肿瘤细胞DTC(disseminated tumor cells),该部分内容将在后续的研究报告中深入讨论。 /p p   3.2 单细胞基因测序助力辅助生殖 /p p   PGS(Pre-implantation Genetic Screening)是胚胎注入前遗传学筛查,主要是通过检测胚胎的23对染色体结构、数目,来分析胚胎是否有遗传物质异常 PGD(Pre-implantation Genetic Diagnosis),主要用于检测胚胎是否携带遗传缺陷的基因,关于PGS/PGD的介绍,请参考我们之前的行业深度《基因+大数据的颠覆:从癌症基因测序到辅助生殖》。 /p p   PGD过程中,目前主要有三种方式获得活检材料:1)卵子的第一极体和第二极体 2)培养至第3天胚胎卵裂期的卵裂球细胞(一般取1-2个细胞) 3)培养第5天左右的囊胚细胞。 /p p   例如,牛津大学的Dr.Dagan Wells团队,通过对囊胚细胞进行单细胞基因测序,选择健康的胚胎植入。另外,谢晓亮教授团队通过对女方卵细胞极体细胞进行测序,结合胚胎选择,选择正常的胚胎移植。 /p p style=" text-align: center "   图8:卵母细胞减数分裂产生极体的过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 7.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/a1c2724b-0f2c-4b27-9eca-d304dccd613c.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Genome Analyses of Single Human Oocytes,民生证券研究院 /p p style=" text-align: center "   (注:其中PB1和PB2是第一极体和第二极体) /p p   3.3 单细胞基因测序打开免疫报多样性研究之门 /p p   用单细胞基因测序分析免疫细胞的原因是现存的多样的病原体导致了免疫细胞的高度异质性,传统的检测方法,取样来自一大堆细胞,低估了单个免疫细胞的多样性,所以我们需要更加精确检测单个免疫细胞的遗传物质,从而理解机体复杂的免疫机制。正如开篇提到的Juno收购的单细胞基因测序公司AbVitro致力于T细胞和B细胞的基因测序。 /p p   图9展示了对单个T细胞受体基因测序(TCR Sequencing)的流程。TCR & amp #945 和& amp #946 mRNA经过逆转录,扩增,重叠延伸,目的基因被选择性地进行PCR扩增以及后续的分析。 /p p style=" text-align: center "   图9:TCR Sequencing过程 /p p style=" text-align: center " img title=" 8.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/04e7c357-80bd-4709-89dc-92ee07a28fa9.jpg" / /p p style=" text-align: center "   资料来源:Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR, /p p style=" text-align: center " Illumina,民生证券研究院 /p p   四. 单细胞基因测序未来的发展之路 /p p   在目前来看,单细胞基因测序还处在非常初级的阶段,也面临很多技术的挑战,包括:如何高效的分离细胞,全基因组无偏差的扩增,以及下游的数据分析等。但各大生物医药巨头都已经目光锁定了这个方向,除了今年初Juno收购AbVitro(单个T细胞和B细胞进行基因测序),去年八月BD公司收购了单细胞测序公司Cellular Research。Illumina也通过和Clontech合作,推出了单细胞RNA测序服务。 /p p   我们认为,未来的基因测序一定朝着更精准,更微观的方向前进,如今,单细胞测序正面临着一场革命,在单个细胞层面让我们在前所未有的水平理解基因组学,表观基因组学和转录组学的多样性。 /p p   背景案例: /p p   2016年1月,肿瘤免疫疗法的领头羊公司Juno宣布以1.25亿美金的股票和现金收购波士顿的一家单细胞测序公司:AbVitro Inc.。 AbVitro公司的技术起源于哈佛大学George Church的实验室,AbVitro的技术包括对单个T细胞和B细胞进行基因测序,帮助科学家们理解T细胞受体(T cell receptor & amp #945 和& amp #946 链的基因的复杂性。 /p p   图:Juno收购AbVitro之后的布局 /p p style=" text-align: center " img title=" 9.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201603/noimg/6ef1eca1-dc46-4600-9c6d-d95f77a85f9e.jpg" / /p
  • 将国产单细胞分析仪器推向临床——访“朱良漪奖”获得者南京大学江德臣
    朱良漪,原机械部国家仪表总局副局长、中国仪器仪表学会分析仪器分会名誉理事长,是仪器仪表和自动化控制领域最早的开拓者,影响中国仪器仪表和自动化控制行业发展的奠基人。为纪念朱良漪先生矢志不渝推动我国分析仪器事业发展的精神,以及激发企业及广大科技工作者积极投身于分析仪器的创新工作中,由中国仪器仪表学会设置、中国仪器仪表学会分析仪器分会承办执行“朱良漪分析仪器创新奖”,共分为“创新成果奖”和“青年创新奖”两个奖项。  “朱良漪分析仪器创新奖”的设立不只是对朱老的怀念与敬意,更是对分析仪器创新精神的坚守与传承。自2017年举办至今,“朱良漪分析仪器创新奖”已成功颁发四届,先后有12项分析仪器创新成果、14位青年创新科学家获奖。  2021年度朱良漪分析仪器创新奖已经完成评审,最终获奖结果即将揭晓公布。在此之前,中国仪器仪表学会分析仪器分会与仪器信息网将联合走访 “朱良漪分析仪器创新奖” 往届获得者,倾听了解他们在获奖之后的新成就与新感受。南京大学 江德臣教授  南京大学江德臣教授于2018年荣获“朱良漪分析仪器创新奖”之“青年创新奖”。评审组认为:江德臣瞄准单细胞分析存在的需个体化设计识别探针,难以提供胞内生物分子化学信息的技术挑战,系统设计了“单细胞试剂盒”和“单细胞器试剂盒”,并研制成装置,建立了通用性强、可测量生物分子活性/结构等化学信息的新型单细胞分析方法,成功用于动脉硬化类疾病的研究,揭示了细胞的个体差异性和细胞器的均一性等特征,成果突出。  一直以来,江德臣教授课题组始终围绕“单细胞中生物分子定量分析”这一科学问题建立分析方法并构建原创仪器。早期,课题组通过电化学泵实现检测试剂向单细胞中的精准输运,构建了“单细胞活性分析仪”,完成对单个细胞内酶分子活性的定量检测。为了实现对单细胞内多种酶分子同时检测这一目标,更好地研究单个细胞的生理过程,目前课题组着力构建基于质谱分析的第二代单细胞活性分析仪。该仪器利用试剂与酶分子反应前后底物和产物的分子量差异进行分析,突破了第一代仪器依赖“过氧化氢”作为中间产物加以测量的限制,可同时对单个活细胞内多个生物分子的活性加以测定,有望在单细胞生物分析及临床应用上发挥更大的作用。  2018年后,江德臣教授本人获得基金委杰出青年基金资助,“单细胞活性分析仪”还获得了2021年度日内瓦发明金奖。当前,课题组正在开发“单细胞多元生物分子分析仪”,有望申报新一轮的“朱良漪分析仪器创新奖”。据了解,该仪器可以同时对单个细胞内多种生物分子的活性及含量进行测量,完整地研究细胞内整条信号通路中的分子水平波动,有助于更好的理解该过程的化学机制。  “十四五”开局,对于科研工作者的科研创新提出了哪些新的机遇与挑战?江德臣教授感受到目前国家高度重视原创仪器研究工作。科技部和基金委都在“十四五”期间加大了对于该领域的投入,这对从事原创仪器开发的科研工作者来说,是个绝佳的发展机遇。但是,当下国际环境使得仪器工作者需要更多地从源头开发所有的仪器零配件,这也加大了仪器开发的难度,延长了仪器开发时间。需要科研工作者去思考:如何构建具有完全自主知识产权的仪器 如何构建100%零配件国产化的高端原创仪器?这既是挑战,更是机遇。“因为这会促使我们从更高的角度来审视整个仪器的开发,构建出更高原创性和国产化的科学仪器。”  荣获“朱良漪创新奖”对江德臣教授这样的科研工作者而言是一种激励。下一步将如何发挥奖项精神,更好地开展科研工作,江德臣教授表示:“朱良漪先生作为老一代科学家和仪器开发工作者,在一穷二白的情况下,独立建立成一系列的原创仪器,促进了国民经济发展。这种精神将成为我们后辈人奋斗的动力。下一步,我希望能够深入地思考‘单细胞分析’领域中的难点。针对这些科学挑战,构建新型的单细胞分析仪器 通过积极和临床大夫进行合作,更快地将我们的仪器应用于临床分析,提升仪器的应用价值,更好地服务于人民健康。”  同时,江德臣教授建议:“如有可能,可以开展一些年轻科研工作者的交流活动。邀请一些学界和产业界的前辈,向年轻人更多地传经送宝,减少年轻人摸索的进程 也便于产业界更好的了解年轻人开发出仪器的性能,提出宝贵意见,促进后期开发。”  江德臣教授还表达了对行业的祝福:“衷心祝愿中国的科学仪器行业能够发展得越来越好,研发出更多的具有完全自主知识产权和‘中国芯’的高端科研仪器,在国际市场上成为旗舰产品,在各种高端学术成果中能够看到中国仪器所发挥的关键作用。也祝福我的同行,能够每天开心地工作,身体健康,万事如意!”
  • 视频回放|近千人云聚iCCA2024 单细胞分析/类器官技术尽收眼底
    仪器信息网讯 07月03日,由仪器信息网举办的第七届细胞分析网络会议(iConference on Cell Analysis,iCCA 2024)顺利在线召开,近千人云端出席参会。会议紧跟技术市场前沿,上半场围绕单细胞分析技术,就微流控、单细胞蛋白质组学、原位测序、单细胞脂质组、单细胞质谱分析展开精彩技术分享。下半场就近两年异军突起的类器官与器官芯片技术,特别邀请国内第一梯队研究专家分别就类器官技术的发展,在疾病发生机理、新靶点发现、诊疗新策略探索、药敏检测、新药研发、再生医学等多方向拥有广泛的应用前景展开了讨论。现根据广大直播间网友呼吁,征求专家老师意见,现公布部分报告回放视频供大家学习。——01分会场——【单细胞分析技术】报告主题:微流控单细胞分析方法研究新进展报告嘉宾:林金明 清华大学 教授细胞是生物体结构和功能的基本单位。近年来,不同种细胞间、同种细胞不同个体间以及同个细胞不同位置间广泛存在的细胞异质性,使得单细胞分析成为了一个热门的研究领域。单细胞分析可以从结构、功能、遗传、行为等方面揭示和解释细胞异质性,为我们更细致的了解生命活动提供了新的方向。微流控技术,藉由其诸多优点,成为了单细胞分析中举足轻重的一件工具。本次报告将结合我们实验室的部分研究结果,重点介绍近几年来国内外有关微流控单细胞分析方法研究的最新进展。报告主题:全新4D-质谱解锁单细胞蛋白质组学应用新场景报告嘉宾:邵钰银 布鲁克生命科学质谱 应用工程师布鲁克 timsTOF Ultra 2 捕集离子淌度质谱系统品牌:布鲁克型号:timsTOF布鲁克自2017年发布了第一代timsTOF Pro产品,至今发布新一代超高灵敏度质谱仪timsTOF Ultra2已历经7年。报告从《Nature》年度关注技术来看组学发展趋势,其中单细胞、多组学、原位分析等关键词一直倍受业内关注。单细胞蛋白质组学目前面临的挑战主要有:亟需高灵敏度的分析系统;亟需一套成熟可复制的单细胞分析流程;要求超快的仪器扫描速度和稳定性。新一代 timsTOF Ultra 质谱仪 timsTOF Ultra 2,与强大的 CaptiveSpray Ultra 2 离子源相结合,这一动态组合释放出无与伦比的灵敏度,使您能够征服具有挑战性的样本,检测低丰度肽段,为组学研究的突破性提供助力。报告主题:亚细胞分辨率原位空间转录测序报告嘉宾:黄岩谊 北京大学 教授空间转录组技术已经彻底改变了我们对细胞类型和组织结构的理解,为研究人员探索亚细胞水平的转录分布开辟了新的可能性。然而,现有的方法在分辨率、灵敏度或速度方面存在限制。为了克服这些挑战,我们研发了SPRINTseq(空间分辨和信号稀释的下一代靶向测序)方法,这是一种创新的原位测序策略,结合了混合块编码和分子稀释策略。我们的方法能够实现快速且灵敏的高分辨率数据采集,可以在不到两天内从四个小鼠脑冠状切片的453,843个细胞中获取超过1.42亿个转录本。利用这种技术,我们揭示了阿尔茨海默病的细胞和亚细胞分子结构,为异常细胞行为及其亚细胞mRNA分布提供了更加细致的数据。这种改进的空间转录组技术对于探索复杂的生物过程和疾病机制具有巨大的潜力。报告主题:单细胞结构脂质组分析报告嘉宾:马潇潇 清华大学 长聘副教授单细胞分析经过几十年的发展,已成为基础生物学、疾病标志物筛查及新药研发等领域的关键技术。当前,单细胞代谢分析技术蓬勃发展,并与单细胞转录组和蛋白组技术融合,驱动单细胞多组学分析和应用研究。但是,代谢物的结构表征是单细胞代谢组分析亟需解决的关键问题。本报告介绍单细胞结构脂质组学的新技术进展及其在生物医学领域的应用。报告主题:利用单细胞质谱技术定量分析细胞中的小分子报告嘉宾:杨志柏 俄克拉荷马大学 副教授细胞是生命的基本单位。许多疾病的产生,发展,治疗需要在单细胞层面上进行研究。然而传统分析方法只能得到样品的平均结果。质谱以其灵敏度高、检测范围广的特点,已成为单细胞分析的一种很有前途的技术。Single-probe是我们开发了一种微型采样和电离装置,与谱仪耦合能够对单个活细胞直接进行质谱并获得代谢组学特征,并且可以定量分析单个细胞中分子(如抗癌药物)的量和浓度。——02分会场——【类器官与器官芯片】报告主题:干细胞与血管类器官报告嘉宾:王凯 北京大学 研究员严重下肢缺血(Critical limb ischemia, CLI)是由于下肢动脉狭窄或闭塞、血流灌注不足,从而导致下肢疼痛、溃疡或坏疽甚至截肢。目前,CLI的治疗尚无彻底治愈的药物,主要依赖于外科治疗,旨在通过绕过或消除动脉阻塞来重建血运,亦有复发的风险。针对以上的治疗困境,干细胞治疗等新疗法将为这些患者带来新的希望。本项目利用IPS衍生出来的可注射血管类器官在体内极强的生成血管的能力,有望孵化出一种新的细胞治疗方法,用于下肢缺血的治疗。报告主题:安捷伦 细胞分析助力类器官研究报告嘉宾:周鑫 安捷伦细胞分析事业部 产品应用经理安捷伦Seahorse XF Pro细胞能量代谢分析仪品牌:安捷伦型号:安捷伦Seahorse报告中主要围绕以下三点展开:1. 安捷伦类器官成像分析解决方案 ;2. 安捷伦类器官能量代谢分析Seahorse XF技术解决方案 ;3. 类器官分析案例分享。报告主题:复杂类器官构建及其疾病应用报告嘉宾:冷泠 中国医学科学院北京协和医院 教授冷泠研究团队基于空间基质组学技术及其研究成果,创建了多种复杂类器官模型,进行微生物感染致病机理、罕见病发病机制病等多项研究,推动类器官在罕见病治疗和药物筛选中的应用。报告主题:Hamilton自动化在细胞培养和3D类器官培养中的应用报告嘉宾:万米根 哈美顿 (上海)实验器材有限公司 应用工程师Hamilton Microlab STAR V自动化液体处理工作站品牌:哈美顿型号:Hamilton干细胞类的细胞系的培养一直是细胞培养中的难点。不合适的培养操作方式会对细胞克隆产生多种刺激导致细胞异常分化,细胞密度、克隆状态等因素也对干细胞的状态产生影响。Hamilton自动化液体处理系统可以自动化完成细胞接种、传代、维持培养和融合度检测等操作。3D类器官培养是疾病模型、体外药物发现和细胞治疗的重要工具。类器官药物敏感性高通量检测涉及患者类器官在微孔板(通常为96、384甚至1536孔板)中的分装、大规模药物微量施加、药物敏感性判读等多个关键环节。自动化液体处理系统可以通过控制关键因素确保整个过程的标准化,这包括培养液的自动配制、自动温敏基质胶铺板、类器官传代与铺板、自动孵育、自动高内涵染色和自动检测等多个环节。Hamilton专利的MagPip移液通道可实现基质胶和类器官的快速铺板。该系统的高精度和稳定性保证了实验结果的准确性和可靠性,助力生物医学领域的研究和创新。(暂无回放)报告主题:工程化的胰岛类器官在糖尿病治疗中的应用报告嘉宾:王茜 北京大学第三医院 研究员中国正面临着糖尿病带来的巨大医疗和经济负担,随着干细胞分化的蓬勃发展,干细胞来源胰岛类器官有望提供无限的细胞来源并应用于糖尿病患者的临床治疗中,然而其中的科学难题包括免疫排斥、缺血缺氧等仍亟待解决。针对上述关键科学问题,王茜研究员构建了一系列安全性、可大规模生产的可植入免疫隔离装置、仿生支架材料和功能增强型干细胞,用于高效地递送细胞及提高细胞移植后的存活率。报告主题:类器官模型建立和检测的要点梳理报告嘉宾:鲁扬 赛默飞世尔科技 现场应用专家赛默飞Bigfoot全光谱超高速流式细胞分选仪品牌:Invitrogen型号:Bigfoot器官研究近几年有了迅速发展。随着多种自定义类器官模型的涌现,研究者也提出了诸如质量控制,形态观察和功能检测等更多需求。本次报告拟对类器官模型建立和检测过程中的主要步骤做出汇总和梳理,为研究者提供类器官研究的整体解决方案。(暂无回放)报告主题:微流控和脑-类器官技术探索报告嘉宾:马少华 清华大学深圳国际研究生院 副教授脑类器官,由胚胎干细胞或诱导多能干细胞培育而成,能够在体外模拟人脑的发育和功能,以及在体外模拟脑疾病的发生、发展以及治疗干预。此外,脑类器官通过与多器官、组织和细胞的共培养,能够探究神经系统与其他系统如免疫系统之间的互作及其调控机制,为脑科学研究和理解器官间的相互作用和维持生理稳态提供先进的研究工具。(暂无回放)报告主题:一种类器官的电活动检测分析方法报告嘉宾:刘晓燕 上海科技大学 工程师类器官作为目前研究的前沿技术之一,在疾病建模,抗癌药物筛选,药物毒理检测,基因和细胞疗法的领域有广大的应用前景。对于可以检测动作电位的类器官如心肌类器官,类脑器官而言,电生理活性检测是判断类器官是否能够模拟在体器官的标准之一。基于此向大家分享类器官简单培养方法的基础上,为大家介绍一种无创的可以实时监测类器官电生理活性的一种检测方法。此方法通过对类器官放电进行收集和处理,可以输出脑类器官的动作电位发放频率,发放数目,也可输出心肌类器官的FPDc,收缩频率,跳动频率等相关的心电图检测指标。可以更无创准确的反应类器官的电生理活性从而判断类器官的状态。
  • 单细胞电学特性流式分析方法及分析仪器研究取得进展
    近日,中国科学院微电子研究所健康电子中心研究员黄成军、副研究员赵阳团队,在单细胞电学特性流式分析方法及高通量实时分析仪器研究方面取得重要进展。 单细胞电学特性生物传感与分析技术为单细胞生物物理学研究提供了新维度。该技术已被证明在全血分析、肿瘤细胞分型和免疫细胞状态评估方面具有重要的应用潜力。然而,现有的电学检测方法难以实现高通量实时性分析,限制了需要大量系统实验的单细胞电学特性研究的开展。 面该团队提出了快速并行物理拟合求解器,仅需0.62 毫秒即可在线求解出单个细胞膜比电容和细胞质电导率。与传统求解器相比,在不损失准确度的前提下,速度提升了27000倍,且不需要任何数据预采集和预训练过程,进一步实现了基于物理模型信息的实时阻抗流式细胞分析仪(piRT-IFC)(图1)。该技术可在50分钟内实时表征高达100902个单细胞,具有高稳定性、高通量、实时化和全流程自动化等特点。作为示范应用,该团队对药物处理后HL-60中性粒细胞脱粒现象这一典型的快速变化的生物过程进行实时表征分析。与普遍采用的神经网络辅助加速方法对比研究表明,piRT-IFC具有速度快、准确度高和泛化能力强的优势,具备广泛的应用潜力。 相关研究成果以piRT-IFC: Physics-informed real-time impedance flow cytometry for the characterization of cellular intrinsic electrical properties为题,发表在《微系统与纳米工程》(Microsystem and Nanoengineering)上。该研究由微电子所和计算技术研究所合作完成。近年来,该课题组面对单细胞物理特性检测存在敏感机理不明和技术实现困难等关键技术瓶颈,开创性提出了基于微流控技术的“交叉压缩通道”敏感新原理和单细胞电学模型,建立了基于微流控芯片的单细胞电学特性高通量定量检测方法,检测参数包括细胞膜比电容和胞浆电导率,通量比膜片钳等常规方法高10000倍,并进一步研发出实时高通量单细胞电学特性流式分析仪(图2)。仪器入选中国科学院自主研制科学仪器名录,与首都医科大学宣武医院、首都医科大学附属北京胸科医院、计算所等单位合作,成功用于脑卒中动物模型、癌症病人样本、药物模型等领域的多种细胞的分析,为肿瘤/脑卒中等精准诊断、药物筛选等提供了有力工具,并发现了新型标志物,验证了相关药物候选分子的作用、获得授权专利。研究工作得到科学技术部、国家自然科学基金委员会、北京市、中国科学院的支持。阻抗流式细胞分析仪(piRT-IFC)原理样机、核心微流控芯片、设备交互界面、典型结果和自动化实时数据处理流程 图2. 基于微流控芯片技术的单细胞电学特性活体单细胞分析仪(左)及核心微流控芯片(右)
  • 更高通量!10x Genomics推出新一代单细胞分析平台Chromium X
    单细胞分析已经成为生物学领域的一个变革性突破。了解细胞多样性有助于人们深入了解细胞内机制及其在健康和疾病中的应用。不过对许多研究人员而言,因为存在技术、成本和扩展性上的挑战,单细胞分析遥不可及。10x Genomics公司近日宣布推出新一代的单细胞分析平台——Chromium X系列。Chromium X单细胞分析平台由于其专有的Next GEM技术,使单细胞分析简单、可靠、可扩展。该技术的关键是能够生成数十万个单个单元分区,每个分区包含用于下游分析的识别条码。结合创新的试剂输送系统和软件分析工具,可以发现以前无法获取的生物信息。此外,Chromium X在10x Genomics Cloud中提供了完全集成的自动化系统支持,完整的温度控制,并改进了访问支持。总而言之这是一台强大而灵活的仪器,能够让百万级别的细胞研究变得常规。新系列Chromium X是10x Genomics单细胞分析平台的高通量版本,据10x Genomics公司介绍,其单个细胞实验仅需花费2美分。随着Chromium X系列的推出,单细胞测序在技术、成本和扩展性方面的挑战正在消失。Chromium X相当灵活,适合任何实验室,它能够在单次运行中分析数百个至数十万个细胞,让百万级的细胞研究变得常规。哈佛医学院单细胞核心实验室的科学主管Luciano Martelotto表示:“我们需要以更大的规模和尽可能高的分辨率来分析细胞,以便回答科学家的许多问题。大规模、高分辨率的时代即将到来,我们需要一些产品,让大规模转化实验变得常规,就像Chromium X承诺的那样。”10x Genomics的联合创始人兼首席科学官Ben Hindson表示:“新的Chromium X系列对我们来说是一个里程碑,也是我们迄今为止最雄心勃勃的项目。我们为科学家提供了一种先进的仪器,具有极大的灵活性,能够产生新的见解来促进人类健康。”Chromium X系列与10x Genomics现有的各种低通量和标准单细胞分析兼容,在数据管理、分析和协作上获得10x Genomics Cloud Analysis的支持。Chromium X系列现在接受预订,预计将在本季度晚些时候发货。
  • 空间代谢组学:单细胞空间代谢流分析新方法
    空间代谢组学:单细胞空间代谢流分析新方法原创 飞飞 赛默飞色谱与质谱中国 关注我们,更多干货和惊喜好礼刘甜生物体内的代谢物和脂质不仅是细胞的关键组成模块,它们在信号传导、表观基因组调控、免疫、炎症和癌症发展中同样具有重要作用和意义。代谢组学分析是我们了解、评估生物体、器官和细胞状态的重要方式。而单细胞技术通过展示组织内部甚至单克隆细胞之间的细胞异质性,将生物学研究推进至新维度。质谱成像(MSI)技术可以从样品中创建特定化合物的图像,这些图像是由样品表面获得的数千个质谱生成的。每个记录的质谱都会为图像贡献一个像素,而每个质谱中的峰都可以生成一个图像。与其他成像方法相比,MSI无需化合物标记,可实现非靶向分析。本次与大家分享的是一篇最新发表于bioRxiv上的有关单细胞空间代谢流分析方法的文章[1]。研究人员基于AP-SMALDI Orbitrap平台开发了一种命名为“13C-SpaceM”的新方法,通过13C标记的葡萄糖示踪葡萄糖依赖性脂肪酸从头合成途径(glucose-dependent de novo lipogenesis)。本方法应用超高分辨率的基质辅助激光解吸/电离实现了单细胞质谱成像,并通过全离子碎裂模式(AIF)模拟了脂肪酸分析前处理过程中的皂化反应,对包括甘油磷脂在内的主要脂质中的脂肪酸部分实现了共同分析。超高灵敏度、高分辨质谱检测器为单细胞内脂肪酸同位素检测提供了准确的定性、定量结果。研究人员通过鼠肝癌细胞的常氧-低氧模型,对检测方法进行了验证,确认方法的有效性。之后应用本方法分别检测了ATP柠檬酸裂解酶基因敲降(ACLY knockdown)鼠肝癌细胞以及携带异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变的小鼠胶质瘤脑组织切片,通过比较脂肪酸的同位素丰度变化评估脂肪酸从头合成比例以及外源性脂肪酸摄取的变化。分析结果揭示了在脂肪酸从头合成过程中,乙酰辅酶A池(Acetyl-CoA pool)中存在大量的空间异质性,这表明在微环境适应过程中发生了代谢重编程。01研究背景脂质在生物体生命过程中承担着多种重要作用,多数脂质是由脂肪酸合成而来。成年哺乳动物体内的细胞通常由血液中摄取脂肪酸,而脂肪、肝脏以及癌细胞还可以Acetyl-CoA为底物,从头合成脂肪酸[2]。Acetyl-CoA经过一系列代谢反应,可以生成含有16个碳的饱和脂肪酸棕榈酸(16:0),之后棕榈酸发生碳链延长或去饱和反应生成不同的饱和、不饱和脂肪酸,从而影响脂质组成。而Acetyl-CoA同样有多种来源,除了葡萄糖经由TCA循环生成的柠檬酸在ACLY作用下生成Acetyl-CoA以外,在缺氧环境下,葡萄糖后续代谢产物丙酮酸会转化为乳酸,从而无法合成Acetyl-CoA、进入脂肪酸合成途径。在此情况下,谷氨酰胺可通过还原羧化反应生成柠檬酸,进而合成Acetyl-CoA [3,4] 。另有文献报道,缺氧环境下的癌细胞还可以将乙酸作为脂肪酸合成的前体 [5,6] 。而Acetyl-CoA除了作为脂肪酸合成底物以外,对于蛋白翻译后修饰、基因表达等均有重要作用。通过监控脂肪酸合成和Acetyl-CoA代谢间的互动可以帮助我们深入理解癌细胞的生存状态。02分析方法大气压MALDI成像分析是通过AP-SMALDI5离子源配合Q Exactive plus高分辨质谱仪实现的。激光像素设置为 10×10 µ m,激光衰减器角度设置为33°。质谱在负离子模式下采用一级全扫描和全离子碎裂(AIF)扫描模式。AIF模式的隔离范围为 m/z 600-1000,扫描范围为m/z 100-400,分辨率 140k,最大注入时间500 ms,碰撞能量NC 25%。(图1)图1. 单细胞代谢流质谱成像分析流程(点击查看大图)MALDI分析前后,分别应用显微镜检测,确定细胞影像位置及MALDI消融标记位置。通过检测MALDI的消融标记,将其与细胞影像叠加,并通过应用数学公式进行解卷积,从而整合显微镜图像和MALDI图像。实现了应用MALDI成像质谱检测到的单细胞分子轮廓。(图2)图2. 整合显微镜和MALDI-MS分析结果实现单细胞质谱成像(点击查看大图)03鼠肝癌细胞常氧-低氧模型单细胞成像分析鼠肝癌细胞在添加25 mM的12C-葡萄糖或U-13C-葡萄糖后,用含1mM醋酸、2 mM谷氨酰胺和10%透析胎牛血清的无葡萄糖DMEM细胞培养基培养,在37°C、5% CO2的培养箱中在常氧(20% O2)或低氧(0.5% O2)条件下培养72小时。选择72小时的时间点是为了确保棕榈酸的同位素标记已经达到稳态。(图3)在低氧条件下培养的细胞被表达绿色荧光蛋白(GFP)标记。在共培养实验中,常氧和低氧细胞使用胰酶分离,每种条件下混合10000个细胞,在同一张玻璃片上进行培养,并在固定之前允许其附着3小时。图3. 由稳定同位素标记的13C6-葡萄糖生成细胞质Acetyl-CoA以及后续的脂肪酸和脂质合成途径(点击查看大图)通过质谱一级全扫描分析,质谱成像共检测到64种脂质,包括磷脂酸(PA)、磷脂酰肌醇(PI)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰丝氨酸(PS)等。具体脂质鉴定结果经过了常规LCMS脂质分析确认。在AIF模式下,检测到了11种含量最高的脂肪酸,相应检测结果同样与常规LCMS分析结果相符。为了验证本方法,研究人员检测了常氧-低氧培养的鼠肝癌细胞混合样本。通过对氨基酸同位素峰的定量分析,发现13C标记的棕榈酸(M0)主要在正常细胞中检出,而缺氧细胞中的棕榈酸以未标记状态(M+0)为主。通过GFP标记结果的对照,证明了本方法可以通过同位素峰分布有效识别不同培养状态的细胞。图4. 在常氧(GFP阴性)和低氧(GFP阳性)条件下的原代鼠肝癌细胞共培养模型的显微镜和质谱成像结果(点击查看大图)图5. 通过GFP标记验证识别不同培养模式细胞的准确性(点击查看大图)04单细胞Acetyl-CoA池标记水平分析研究人员使用了两种表达不重叠的shRNA序列(ACLYkd oligo1和ACLYkd oligo 2)细胞系以及一个对照组细胞系。通过使用1 μg/mL的四环素处理细胞72小时实现了ACLY沉默。质谱成像数据是以10 μm的像素大小获得的,每个细胞的平均面积为550μm2,平均每个细胞有12个像素。通过应用二项式模型计算每个细胞的acetyl-CoA池标记程度p值,从而量化细胞质中acetyl-CoA池中从葡萄糖衍生的同位素标记acetyl-CoA的比例。测试结果与预期相符,ACLYkd细胞中的acetyl-CoA池标记水平低于对照组。值得注意的是,两种ACLYkd细胞之间的差异非常明显。ACLYkd oligo1的结果呈双峰分布,p值的差异明显较大,表明该细胞系存在两个亚群体。其中一个模式显示的p值与对照组相近,说明存在一个“沉默失败”的细胞亚群。ACLYkd oligo1第二个模式具有的p值明显则低于ACLYkd oligo 2,表明ACLYkd oligo 1中还存在一个“强沉默”的亚群,在这些细胞中,沉默效率非常高,导致acetyl-CoA同位素标记比例大幅降低。在ACLYkd oligo 2中,acetyl-CoA池的标记程度以及GFP报告基因强度显示出更均一的分布。M+2峰是最能表现出ACLYkd oligo1细胞中“强沉默”群体的低acetyl-CoA标记表型的质谱峰。M+8峰则为对照组细胞的特征标记峰。M+2和M+8之间的差异可以作为显示异质性的指标,用于展示葡萄糖对细胞质中acetyl-CoA的相对贡献。因此,13C-SpaceM能够检测ACLY敲降细胞中的异质性,并识别不同的亚群体。这种单细胞和空间异质性无法通过整体分析揭示,显示了13C-SpaceM方法的独特优势。图6. 细胞ACLY敲降后acetyl-CoA的同位素标记程度分析(点击查看大图)05肿瘤组学中氨基酸合成异质性的空间组学分析研究人员分析了从横向植入表达突变型异柠檬酸脱氢酶(IDH)和红色荧光蛋白(RFP)的GL261胶质瘤细胞的小鼠大脑组织切片。在采集组织前的48小时,小鼠被喂食未标记的或含有U-13C葡萄糖的液体饮食。首先,研究人员分析了12C-葡萄糖饮食的肿瘤携带小鼠大脑切片中的酯化脂肪酸组成。通过比较质谱TIC与显微镜明场和荧光成像,发现整个大脑(包括肿瘤区域)的质谱离子响应很高(图7a)。测试过程中,肿瘤区域与组织切片的其余部分分别采用10μm和50μm激光分辨率进行分析。对不同脂肪酸的空间分析揭示了在非肿瘤携带的脑半球组织中,脂肪酸丰度存在高度的异质性,我们可以仅根据它们的脂肪酸组成来识别的某些结构,如胼胝体和前连合部,这两个区域都富含油酸(18:1)且棕榈酸(16:0)、硬脂酸(18:0)和花生四烯酸(20:4)的含量低。有趣的是,尽管棕榈酸、油酸、硬脂酸和花生四烯酸在肿瘤和周围的大脑组织中的含量相似,肉豆蔻酸(14:0)和棕榈酸(16:1)在肿瘤组织中则明显增加。与大脑其它部分相比,肿瘤中必需脂肪酸亚麻油酸(18:2)和α/γ亚麻酸(18:3)也明显增高。之后,研究人员分析了喂食含有U-13C葡萄糖饮食的小鼠肿瘤组织,从肿瘤组织中选择性分离出的5种主要从头合成的脂肪酸的同位素分布(图7c)。三种饱和脂肪酸肉豆蔻酸(14:0)、棕榈酸(16:0)和硬脂酸(18:0)的13C摄入丰度较高,同位素分布最大分别可至M+10,M+12和M+14。其中,肉豆蔻酸M+0的强度极低,几乎完全源自脂肪酸从头合成。由于肉豆蔻酸对一些重要信号蛋白的翻译后修饰很重要,这一发现表明胶质瘤可能选择性地上调肉豆蔻酸的合成以促进自身生长。相比之下,两种单不饱和脂肪酸,棕榈酸(16:1)和油酸(18:1)的M+0同位素的相对丰度较高。硬脂酸和油酸的M+2同位素丰度明显增加,表明它们是由未标记的前体(即棕榈酸和棕榈酸)延长形成的。研究人员进一步利用棕榈酸的同位素分布计算acetyl-CoA池中源自葡萄糖的比例,发现肿瘤组织内的该比例同样具有显著的空间异质性(图7d)。图7. 小鼠脑胶质瘤组织内部脂肪酸代谢空间异质性分析(点击查看大图)总结本文作者开发了一种全新的单细胞代谢流成像检测方法,将超高激光分辨率的大气压MALDI与高分辨率、高灵敏度的质谱检测器相结合,对细胞和肿瘤组织内的葡萄糖依赖性脂肪酸从头合成途径实现单细胞层面的空间分析。不仅为单细胞水平空间探测代谢活动提供了新的方法,还为正常和癌症组织中的脂肪酸摄取、合成和修饰分析提供了前所未有的视角。参考文献:1. Buglakova E, Ekelö f M, Schwaiger-Haber M, et al. 13C-SpaceM: Spatial single-cell isotope tracing reveals heterogeneity of de novo fatty acid synthesis in cancer. Preprint. bioRxiv. 2024 2023.08.18.553810. Published 2024 Feb 28. doi:10.1101/2023.08.18.5538102. Rö hrig F, Schulze A. The multifaceted roles of fatty acid synthesis in cancer. Nat Rev Cancer. 2016 16(11):732-749. doi:10.1038/nrc.2016.893. Metallo CM, Gameiro PA, Bell EL, et al. Reductive glutamine metabolism by IDH1 mediates lipogenesis under hypoxia. Nature. 2011 481(7381):380-384. Published 2011 Nov 20. doi:10.1038/nature106024. Wise DR, Ward PS, Shay JE, et al. Hypoxia promotes isocitrate dehydrogenase-dependent carboxylation of α-ketoglutarate to citrate to support cell growth and viability. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 108(49):19611-19616. doi:10.1073/pnas.11177731085. Kamphorst JJ, Chung MK, Fan J, Rabinowitz JD. Quantitative analysis of acetyl-CoA production in hypoxic cancer cells reveals substantial contribution from acetate. Cancer Metab. 2014 2:23. Published 2014 Dec 11. doi:10.1186/2049-3002-2-236. Schug ZT, Peck B, Jones DT, et al. Acetyl-CoA synthetase 2 promotes acetate utilization and maintains cancer cell growth under metabolic stress. Cancer Cell. 2015 27(1):57-71. doi:10.1016/j.ccell.2014.12.002如需合作转载本文,请文末留言。
  • 新芯片实验室技术让单细胞基因分析更高效
    据美国物理学家组织网近日报道,最近,加拿大英属哥伦比亚大学与英属哥伦比亚癌症研究所、转化与应用基因组学中心合作,开发出一种硅酮材料的芯片实验室技术,能让每个细胞像弹球机里的球一样各就各位,然后进行基因检测。这种“单细胞基因分析”技术使基因检测更加灵敏迅速,有助于肿瘤分析和临床疾病的诊断。本周出版的《美国国家科学院院刊》对该芯片实验室进行了详细介绍。   这种芯片实验室大小跟一个9伏电池相当,能同时分析300个细胞。研究人员设计了一种路线,用液体载运细胞通过显微管道和一个个小阀门,当细胞挨个进入各自的小空位时,它们的RNA就会被提取出来,经过复制用于进一步分析。   标准基因检测要求使用大量细胞,才能得出由上千万不同细胞平均化以后的“综合图像”,这会掩盖细胞的真实属性和它们之间的相互作用。“这就好比用混合水果慕丝来研究草莓和树莓为什么不一样。”领导该研究的高通量生物中心副教授卡尔汉森介绍说,而单细胞分析正在成为基因研究中的黄金手段,因为即使是从同一肿瘤组织中采集的样本,也包含了正常细胞和多种癌细胞类型,而单细胞分析显出极微小的差异。   此外,这种芯片实验室几乎将所有细胞分析过程整合在了一起,不仅能分离细胞,还能用化学试剂将细胞混合起来,通过检测反应过程中的荧光发射获得它们的基因编码。所有这些都能在芯片上完成,不仅操作简单,而且成本效益高。
  • 【视频回看】微流控芯片、拉曼SERS、流式细胞术、膜片钳?“花样”单细胞分析前沿技术都给你!
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 细胞是生物体和生命活动的基本单位,细胞分析对于细胞结构和功能的研究、生命活动规律和本质的探索、疾病的诊断与治疗、药物的筛选与设计等都具有十分重要的意义。作为细胞研究的“标配”,创新细胞分析技术在生命科学基础研究、生物制药、新型治疗方法中的应用与进展不可不知! /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 仪器信息网举办的“细胞分析技术与应用”专题网络研讨会在6月5日成功召开,本次会议报告干货十足,诚意满满,对广大细胞分析领域用户的研究工作具有一定指导意义。错过了直播的小伙伴不要遗憾,部分专家的精彩报告视频回放即刻奉上! /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《单细胞试剂盒分析》 /strong /span /p p span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 212px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/c6e217a3-3a1c-404e-ab9a-af4cc9876f3b.jpg" title=" 001.jpg" alt=" 001.jpg" width=" 200" height=" 212" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 江德臣,南京大学化学化工学院及生命分析化学国家重点实验室教授,博士生导师,单细胞分析课题组组长,教育部青年长江学者,江苏省化学化工学会质谱专业委员会秘书长。研究兴趣为高内涵单细胞分析方法和装置的建立,及其在细胞信号传导机制研究中的应用。以第一/通讯作者在PNAS、JACS、Anal Chem 等期刊发表学术论文50余篇。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 单细胞分析可以揭示细胞个体特征,以助于理解细胞自身的复杂性及彼此之间存在巨大差异,具有重要的生物学价值。在过去的六年中,江德臣教授所在实验室发展了基于微/纳试剂盒的单细胞分析策略,将宏观维度生物测量理论与方法引入单细胞分析中,建立了通用性强、通量高且可测量单细胞及单细胞器内生物分子活性的新型分析方法和装置。 span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105263.html" target=" _blank" ( span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 点击查看视频回放 /span ) /a /strong /span /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《微流控芯片单细胞分泌分析》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 239px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/c6f4bf34-0adc-48e7-aa50-6026304a3bef.jpg" title=" 陆瑶.jpg" alt=" 陆瑶.jpg" width=" 200" height=" 239" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em " span style=" text-align: justify font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 陆瑶,博士, 副研究员,中国科学院大连化学物理研究所单细胞分析研究组组长。研究相关工作发表于PNAS,Science Signaling等国际期刊,主要科研成果在美国两家公司获得应用,作为主要发明人参与开发的单细胞蛋白分析技术获国际发明专利授权,目前已应用于CAR-T肿瘤免疫治疗药品开发及临床测试,被美国著名科普杂志科学家(The Scientist)评选为2017年度十大医疗技术发明首位。现主要从事基于微流控芯片的单细胞分析技术开发及其在人类健康/疾病相关问题中的应用等研究。 /span br/ /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 细胞是生命存在的基础,探索生命健康与疾病常需要以细胞研究为基础。由于细胞与细胞之间存在差异,群体细胞的研究结果只能得到一群细胞的平均值,这往往会掩盖个体差异信息。为更全面的了解细胞以服务人类健康、疾病研究,单细胞分析就变得尤为必要。在过去的几年中,陆瑶老师团队开发了一系列的基于抗体条形码微流控芯片的高通量、高内涵单细胞细胞分泌分析工具,大大加深了人们对细胞分泌异质性的认识,并尝试将其服务临床实现个体化、精准医疗。 span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 14px " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " (含未公开发表内容,暂不提供回放视频) /span /strong /span /p p style=" text-align: center " strong span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 报告题目:《拉曼单细胞流式分选技术及应用》 /span /strong /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 240px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/e7fe07cf-f676-4425-985b-a6b1b99d2bc7.jpg" title=" 马波.jpg" alt=" 马波.jpg" width=" 200" height=" 240" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-indent: 2em text-align: justify " 马波,研究员,博士生导师,中科院青岛生物能源与过程研究所微流控系统团队负责人。自2003 年起致力于微流控芯片技术在分析化学和生命科学中的基础和应用研究。目前研究方向聚焦在:基于微流控技术的高通量单细胞分析技术和仪器研究,研制了首套拉曼单细胞流式细胞分选仪;用于临床、环境和食品安全的便携式微生物检测系统;工业酶、菌株和微藻的高通量筛选、选育和定向进化研究等。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " “单细胞拉曼图谱” 是特定细胞的“化学指纹”,蕴含着该特定细胞在特定生理状态下的丰富的生化信息,通过体现细胞化学组成及其变化,能够静态和动态地表征和监测该细胞的遗传背景、生理状态及所处微环境。与现有荧光细胞分选技术FACS相比,拉曼激活单细胞分选RACS 具有无损非标记的特点。因此,马波教授团队先后研发了单细胞拉曼光镊液滴分选、高通量流式拉曼单细胞分析与分选及单细胞测序等系列关键技术,并于新近推出了单细胞拉曼分选耦合测序的RACS-SEQ系统,同时提供适用于拉曼抗生素耐药性快检、单细胞测序的芯片和试剂盒。该仪器及试剂盒将为耐药性快速检测、合成生物学细胞工厂表型筛选、工业菌株和高通量酶定向进化和筛选等提供创新的系统解决方案。 strong span style=" font-size: 14px color: rgb(0, 112, 192) " (含未公开发表内容,暂不提供回放视频) /span /strong /p p style=" text-align: center " strong span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 报告题目:《肿瘤靶向的拉曼SERS探针和拉曼微球的构建和应用》 /span /strong /p p strong span style=" color: rgb(192, 0, 0) " /span /strong /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 242px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/7c59cb63-76ee-4bdd-ba86-db17ae600e1e.jpg" title=" 汤新景.jpg" alt=" 汤新景.jpg" width=" 200" height=" 242" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 汤新景,博士,北京大学药学院教授,长江学者奖励计划青年学者,国家优秀青年科学基金获得者,教育部跨世纪(新世纪)人才。近年来,在反义核酸药物及非编码RNA等功能核酸的定点修饰及其功能的精确光调控、新型荧光核酸探针和新型肿瘤靶向的光学纳米探针等方面开展了一系列的研究工作。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 拉曼纳米探针基于其高的光谱分辨率和深的组织穿透性而被广泛应用于生物体系。目前大多数的拉曼纳米探针是利用增敏金属表面负载的染料分子,且拉曼信号位于1400-1700 cm-1 范围内。鉴于此,汤新景教授设计并构建了一系列基于生物体系拉曼信号静默区(1900-2500 cm-1)的拉曼报告基团的金纳米拉曼探针以及无需金属增敏的拉曼纳米微球。通过进一步的拉曼纳米探针表面的靶向修饰和功能化,实现对肿瘤细胞、组织以及活体小鼠的特异性拉曼光谱检测或拉曼成像。 a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105271.html" target=" _blank" style=" text-decoration: underline color: rgb(0, 112, 192) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong (点击查看视频回放) /strong strong /strong /span /a /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《肝细胞移植治疗肝衰竭的问题和策略》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 239px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/bd1cd376-e0ab-4ac6-8ad6-43c62228704c.jpg" title=" 何志颖.jpg" alt=" 何志颖.jpg" width=" 200" height=" 239" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-align: justify text-indent: 2em " 何志颖,研究员,博士生导师。同济大学附属东方医院再生医学研究所执行所长、课题组长,同济大学东方临床医学院生物技术教研室主任。入选上海市浦江人才计划等。现任中华医学会医学细胞生物学分会委员、中国整形美容协会干细胞研究与应用分会副秘书长等。科研上以干细胞与肝脏再生为研究方向,开展肝细胞移植基础和应用研究,致力肝脏疾病的细胞治疗。在Nature,Cell Stem Cell,Gastroenterology等期刊发表SCI论文37篇。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 肝衰竭是多数肝脏疾病重症化的共同结局,肝细胞移植治疗肝衰竭成为新的希望。如何获得非供体来源的肝细胞、提高移植肝细胞在宿主肝脏中的植入和增殖效率及开展活体示踪评价细胞移植的安全性等,成为肝细胞移植应用于临床迫切需要解决的主要问题。何志颖老师在报告中分享了应用多能干细胞肝向诱导分化、肝向谱系重编程等方案,获得充足的非供体来源的肝系细胞;通过局部磁场干预促进移植肝细胞在受体肝脏的植入效率;通过基因修饰或在受体肝脏释放生长因子促进移植肝细胞的增殖能力,寻找特异标志物分选具有肝脏再殖能力的肝系细胞,实现了移植肝细胞在受体肝脏的有效再殖;最后,应用活体生物体内发光成像系统,何志颖教授对肝细胞移植后在体内的分布进行了动态观察,开展了肝细胞移植后在肝脏中归巢与再殖规律的研究。 a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105264.html" target=" _blank" style=" color: rgb(0, 112, 192) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong (点击查看视频回放) /strong strong /strong /span /a /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目《质谱对大脑代谢通路的解析——从单细胞分析到组织成像》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 200px height: 239px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/bf5f8e7b-bab1-45d3-9b30-42440313e939.jpg" title=" 黄光明.jpg" alt=" 黄光明.jpg" width=" 200" height=" 239" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 黄光明,中国科学技术大学化学系教授,博士生导师。2001及2004年先后在北京师范大学获分析化学学士和硕士学位,2007年在清华大学获得博士学位。2012-今在中国科学技术大学化学系任教。于2013年入选中组部第四批“青年千人计划。美国质谱协会会员,中国质谱分析专业委员会委员。长期从事质谱分析及其化学、生命科学等领域的应用研究。目前主要承担国家自然科学基金青年及面上项目,中组部千人计划以及科技部重大研发计划子课题等课题。在Cell,PNAS,Angew. Chem. Int. Ed.,Anal. Chem.,Chem. Sci., Chem. Comm. 等国际期刊上发表论文50余篇,引用1200余次。于2018年获得中国质谱学会首届“质谱青年奖”。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 针对单细胞分析中的一系列技术难题,黄光明教授通过兼容膜片钳技术实现了活体细胞原位取样,并结合毫秒级超快电泳分离技术,搭建了单细胞质谱分析平台。利用该平台实现了对脑切片组织样品上的单个神经元细胞研究,在脑内发现了一条新的谷氨酸合成通路,阐释了其促进学习记忆功能的分子机制,为在单细胞内开展代谢通道研究提供了新的研究平台。 a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105270.html" target=" _blank" style=" color: rgb(0, 112, 192) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong (点击查看视频回放) /strong /span /a /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 虽然会议已经结束,但是精彩仍在继续,仪器信息网已经将部分报告老师的现场讲座视频上传到仪器信息网网络讲堂,想要重复学习或者错过参与会议直播的网友,可以点击报告视频精彩回放进行学习与分享。 /span span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai color: rgb(0, 0, 0) " 更多专家报告请点击查看: /span a href=" https://www.instrument.com.cn/news/20190612/486910.shtml" target=" _blank" style=" text-decoration: underline border: 1px solid rgb(0, 0, 0) " span style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) " i strong span style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) color: rgb(192, 0, 0) font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 【视频回看】单细胞原位、定量分析、无损分选,还有?“最夯”重器都在这儿! /span /strong /i i strong span style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) color: rgb(192, 0, 0) font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " /span /strong /i /span /a /p p style=" text-align: center " span style=" text-decoration: underline " & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp /span br/ /p p style=" text-align: center " strong 关注 span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 【3i生仪社】 /span 解锁生命科学新鲜资讯! /strong /p p strong /strong /p p style=" text-align: center " img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/bb3dca69-d424-4faa-b6d3-f9b9d6eee2d8.jpg" title=" 小icon.jpg" alt=" 小icon.jpg" / /p
  • 厦门大学杭纬教授课题组LA-ICP-MS技术新进展:实现单细胞质谱成像分析
    近日,厦门大学化学化工学院杭纬教授课题组在单细胞质谱成像研究方面取得进展,相关成果以“Single-Cell Mass Spectrometry Imaging of Multiple Drugs and Nanomaterials at Organelle Level”为题发表于ACS Nano(DOI: 10.1021/acsnano.1c02922)。  探究化学物质在生物组织甚至单细胞内的位置分布是生命科学研究的重要方向之一。特别是随着金属元素组学和元素标记技术的发展,对于元素的分析检测显得愈加重要。电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)技术是最常用的元素检测手段之一,通过与激光剥蚀(LA)采样方法的联用,使得这种传统的溶液进样质谱技术具有了原位分析和化学成像的能力。但是,由于衍射极限以及透镜数值孔径等因素的限制,这种激光采样方法的空间分辨能力仍然停留在微米级别,难以应用于单/亚细胞水平上的成像研究。  杭纬课题组首次设计了具有三通结构的样品剥蚀池,从而将微透镜光纤激光采样技术与ICP-MS相结合,搭建了LA-ICP-MS成像平台,该装置可以实现低至400纳米空间分辨率的质谱成像,对生物组织和单细胞内的多种化学物质进行可视化探测,还易于实现可调分辨率的成像模式。以同一片小鼠小肠剖面组织为研究对象,获得了从500纳米至10微米空间分辨率的药物分布成像图片。利用高分辨模式的成像,能够更直观、精准地描绘出小肠组织内微小的细节和药物的分布,从而揭示小肠对药物的吸收和作用机理。  这种高空间分辨率的LA-ICP-MS成像装置也可以在细胞器水平上实现对单细胞的成像分析。课题组将HeLa细胞与金纳米棒、卡铂等药物同时培养,而后将在石英片上贴壁生长的细胞放入样品剥蚀池内进行成像检测。结果表明金纳米棒主要位于细胞的溶酶体内,而金纳米棒上修饰的不同基团会影响细胞对纳米材料的摄取量、细胞的形貌以及活性产生 而卡铂药物被癌细胞摄取后主要分布在细胞核内,通过与核内DNA的相互作用诱导癌细胞凋亡。这种纳米级空间分辨的元素成像有望在生物学与医学等多领域获得应用,在纳米尺度下揭示待测物的化学物质分布。  该工作是在杭纬教授指导下完成的。实验部分主要由该院2017级博士研究生孟一凡(已毕业)完成,高超鸿、陆桥等参与了论文的研究工作。研究工作得到国家自然科学基金(项目批准号:21974116、21521004、22027808)的资助和支持。  论文链接: https://doi.org/10.1021/acsnano.1c02922
  • 快讯:伯乐收购单细胞分析公司Celsee
    p    strong 仪器信息网讯 /strong Bio-Rad(伯乐)周四表示,已经收购了位于密歇根州安娜堡的Celsee,一家提供用于分离、检测和分析单细胞仪器与消耗品的供应商。 /p p   收购的财务条款没有披露。 /p p   Celsee公司的Genesis系统为科学家提供了一种强大、灵活且可扩展的方式,让他们能够分析和解释细胞行为,并收集以往无法检测的细胞关键信息。此系统可应用在蛋白质组学、免疫监测(替代流式细胞仪)以及新一代测序文库制备。 /p p   Genesis系统采用的是一种专利技术。利用重力和Celsingle& #8482 微量分析玻片,它能够温和地捕获和分离单细胞,同时保持细胞活力和结构完整性,而不用担心微流体或分液装置引起的细胞应激。据介绍,Genesis流程可达到& gt 70%的捕获效率,且灵敏度高于其他的单细胞分析技术,玻片可容纳多达100万个细胞分离微孔。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/5e15c56c-a675-4a0a-8ba6-aac1a4fd4028.jpg" title=" 微信图片_20200410005113_副本.jpg" alt=" 微信图片_20200410005113_副本.jpg" / /p p   Celsee公司目前正卷入10x Genomics的专利诉讼中,后者在美国特拉华州地方法院对Celsee提出专利侵权、不正当竞争、虚假广告及相关索赔。 3月下旬,Celsee提出了答复,并对10x Genomics的第二次修订投诉提出反诉。 /p p   同时,总部位于加利福尼亚州赫拉克勒斯的伯乐也参与涉及10x Genomics的多项专利诉讼。 /p
  • 【视频回看】单细胞原位、定量分析、无损分选,还有?“最夯”重器都在这儿!
    p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 386px height: 141px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/45ae82e3-6bd8-4341-b057-0dcf3ac8a69b.jpg" title=" 000.jpg" alt=" 000.jpg" width=" 386" height=" 141" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 单细胞质谱分析、拉曼单细胞流式、基于微流控芯片的细胞分离和分析技术、原位单细胞生化分析技术、质谱流式细胞分析、高内涵分析和各种单细胞分析等创新的细胞分析技术发展迅速,使得对细胞进行精确操控、识别、分离和分析成为了可能。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 仪器信息网举办的“ strong 细胞分析技术与应用” /strong 专题网络研讨会于2019年6月5日成功召开。本次会议报告干货十足,诚意满满,对广大细胞分析领域用户的研究工作具有一定指导意义。本篇梳理了 strong 四位产品技术专家的精彩报告 /strong ,供大家查看学习! /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《微流控芯片质谱联用细胞分析仪在细胞研究中的应用》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 160px height: 192px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/d9acab07-9de0-4778-9d1e-b5e718f30cf3.jpg" title=" 001.jpg" alt=" 001.jpg" width=" 160" height=" 192" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 韩美英,岛津分析测试仪器市场部 生命科学产品经理,毕业于日本东京大学医科学研究所,从事生命科学相关质谱应用技术和市场相关工作10年。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 细胞分析的难点主要是尺寸小、含量低和通量大。新的方法学CM-MS结合了微流控芯片与质谱分析的特点,为用户提供了一种全新的细胞分析手段。韩美英老师在本次报告中主要介绍了岛津和清华大学化学系林金明教授合作研发的微流控芯片质谱联用细胞分析仪(CELLENT CM-LC-MS/MS· QTOF)的原理与应用( a href=" https://www.instrument.com.cn/news/20190604/486235.shtml" target=" _blank" 查看相关资讯:探索细胞微世界的利器,清华岛津联合开发CM-MS发布 /a )。该细胞分析仪是由细胞微流控芯片与LC-MS/MS 或QTOF联用组成,具有易操作(模拟细胞微环境、细胞自动注入、自动清洗管道)、自动化(节约人工、试剂)与低消耗等特点,可应用于细胞共培养研究、细胞药物代谢研究、疾病机理研究等领域。当该细胞分析仪与LCMS-9030联用后可对未知物进行分析,具有出色的稳定性、质量准确度、高灵敏度和高分辨率的特点& #8230 & #8230 ( a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105269.html" target=" _blank" style=" color: rgb(192, 0, 0) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 详情请点击查看视频回放 /strong /span /a ) /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/sh100277/C311495.htm" target=" _blank" 高分辨液质联用四极杆飞行时间质谱LCMS-9030(点击查看详细信息) /a /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 379px height: 380px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/15a7f79d-6a9f-4371-93e8-a986597cee75.jpg" title=" 002.jpg" alt=" 002.jpg" width=" 379" height=" 380" / /p p strong style=" text-align: justify " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 报告题目:《单细胞-ICPMS应用实例——实现分析单个细胞内纳米颗粒物和元素含量的新技术》 /span /strong /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 120px height: 168px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/62b2fb9c-0d4d-4ac7-8804-2090768dcbbe.jpg" title=" 003.jpg" alt=" 003.jpg" width=" 120" height=" 168" border=" 0" vspace=" 0" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 王娟,应用产品专家,负责PerkinElmer& nbsp ICPMS产品的技术支持工作。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 报告主要介绍了单细胞-ICPMS分析方法、原理与相关的热门应用实例。该方法中使用的NexION 2000 ICPMS配备特有的单细胞进样系统与专用软件,具有强大的样品分析能力、简便的操作和极低的使用成本等特点,可以检测出单个细胞中元素含量和纳米金属颗粒。目前主要研究单一种类的细胞悬液(肿瘤细胞)对抗癌药的吸收情况。此外,王娟老师在报告中展示了珀金埃尔默在分子水平(多功能酶标仪、ICPMS表及分析)、细胞水平(高内涵成像、SC-ICPMS分析)、活体动物水平(小动物活体成像)、组织切片水平(病理学成像、肿瘤免疫、组织成像、LA-ICPMS联用、多元素组织成像)和临床等解决方案& #8230 & #8230 ( a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105247.html" target=" _blank" style=" color: rgb(192, 0, 0) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 详情请点击查看视频回放 /strong /span /a ) /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/sh100168/C263840.htm" target=" _blank" PerkinElmer NexION 2000 ICP-MS(点击查看详细信息) /a /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/3ea86319-fe5e-4a97-995f-44f11d08ab35.jpg" title=" 004.jpg" alt=" 004.jpg" / /p p br/ /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《实时原位单细胞生化分析技术在细胞代谢领域的应用》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 128px height: 152px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/03a7bdd3-c7b4-4746-99b2-42b0f56e007b.jpg" title=" 005.jpg" alt=" 005.jpg" width=" 128" height=" 152" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 徐艇,新加坡南洋理工大学学士、博士学位。共发表SCI论文40余篇,拥有专利20余项。现任西南大学、上海理工大学兼职教授。2013年创建江苏瑞明生物科技有限公司,带领团队开发出国内第一台单细胞分析仪,获得2018年度科学仪器行业“优秀新产品奖”。个人获得江苏省高层次创新创业人才计划、无锡市科技创业领军人才、宜兴市陶都英才、宜兴市科学技术带头、宜兴政府高层次人才服务对象、江苏省生物学会会员、中国化学学会会员。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 单细胞研究已经成为热点且单细胞分析是必不可少的技术手段。报告中的调查表明:从2012年至今发表的SCI论文中已有超过2000篇使用了单细胞分析技术,其中包含Cell、Nature、Science论文300余篇。徐艇老师在报告中主要介绍了单细胞分析技术在细胞代谢、细胞动力学、酶活检测、干细胞、生殖发育等领域的应用。基于此技术的单细胞分析仪(Single Cell Analyzer)可以检测单个活细胞,具有实时、原位、定量等特点。此外徐老师还介绍了膜片钳技术、流式细胞术、激光共聚焦、Home Made等研究方法的特点& #8230 & #8230 ( a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105266.html" target=" _blank" style=" color: rgb(192, 0, 0) text-decoration: underline " strong span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 详情请点击查看视频回放 /span /strong /a ) /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/SH104051/C292806.htm" target=" _blank" 单细胞分析仪SCA系列(点击产看详细信息) /a /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 355px height: 254px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/96db93bd-9ec3-426e-ae5b-1b13129d1d12.jpg" title=" 微信图片_20190613154413.jpg" alt=" 微信图片_20190613154413.jpg" width=" 355" height=" 254" / /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 报告题目:《微流控单细胞分选的技术特点及其应用》 /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 240px height: 173px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/32d409fb-ad89-4150-be6b-e2379383fb9f.jpg" title=" 007.jpg" alt=" 007.jpg" width=" 240" height=" 173" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 陈科立先生负责Namocell中国地区的全面工作,毕业于浙江大学并获得硕士学位。从事生命科学领域相关市场销售工作八年。曾在美国BD公司工作6年,担任华东地区大客户经理,并且全面负责细胞治疗相关项目;2013-2016年期间负责全国IVF市场开发和渠道管理工作。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " Namocell单细胞分离仪结合了传统流式细胞术和微流控技术优势,在单细胞分离方面的某些性能又优于前面两者。相比于传统的流式细胞分选仪,Namocell单细胞分离仪分选过程更为轻柔,保证细胞活性,操作更为简便,能够更好地避免样本交叉污染;相比于目前的微流控技术,Namocell更是突破性地直接用微流控芯片直接分离出单细胞,能够支持后续更多应用(可单克隆培养,也可单细胞分析)& #8230 & #8230 ( a href=" https://www.instrument.com.cn/webinar/video_105267.html" target=" _blank" style=" color: rgb(192, 0, 0) text-decoration: underline " span style=" color: rgb(192, 0, 0) " strong 详情请点击查看视频回放 /strong /span /a ) /p p style=" text-align: center " a href=" https://www.instrument.com.cn/netshow/SH104231/C296222.htm" target=" _blank" Namocell单细胞分选分离仪(点击查看详细信息) /a /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/4b772ede-2683-461f-992d-fcb389fe34f7.jpg" title=" 008.jpg" alt=" 008.jpg" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 虽然会议已经结束,但是精彩仍在继续,仪器信息网已经将部分报告老师的现场讲座视频上传到仪器信息网网络讲堂,想要重复学习或者错过参与会议直播的网友,可以点击报告视频精彩回放进行学习与分享。 span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai color: rgb(192, 0, 0) " 更多专家报告请点击: /span /span a href=" https://www.instrument.com.cn/news/20190613/486922.shtml" target=" _blank" span style=" color: rgb(192, 0, 0) " i strong span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " 【视频回看】微流控芯片、拉曼SERS、流式细胞术、膜片钳?“花样”单细胞分析前沿技术都给你! /span /strong /i /span /a /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai " span style=" font-family: 楷体, 楷体_GB2312, SimKai text-decoration: underline " & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp & nbsp /span /span /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " strong 关注 span style=" color: rgb(192, 0, 0) " 【3i生仪社】 /span 获取生命科学新鲜资讯! /strong /p p style=" text-align: center " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 225px height: 225px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201906/uepic/67673c55-541c-49cc-aa56-8dd4e8af7447.jpg" title=" qrcode_for_gh_91d290758d40_344.jpg" alt=" qrcode_for_gh_91d290758d40_344.jpg" width=" 225" height=" 225" / /p
  • iCCA2023报告摘要|单细胞分析技术专题
    全日程更新|8月30日开播!31位嘉宾云聚第六届细胞分析网络会议iCCA2023(点击查看)8月31日,第六届细胞分析网络大会(iCCA2023)特设【单细胞分析技术】专题会场,12位嘉宾在线分享!在线免费向听众开放报名,欢迎报名参会!报名链接: https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/icca2023  (点击报名)分会场设置日期上午下午08月30日类器官与器官芯片08月31日单细胞分析技术(上):微流控/质谱单细胞分析技术(下):测序/代谢组学09月01日细胞治疗产品的CMC质量控制分析细胞成像分析技术iCCA 2023 交流群 精彩报告 速览 微流控芯片质谱联用细胞药物代谢分析方法研究林金明 清华大学 教授【摘要】细胞是生物体结构和功能的基本单位。了解细胞的组成、结构和功能,探索细胞的生命活动,对于人类认知与掌控生物体生命活动的基本规律有着十分重要的意义。微流控芯片技术,结合先进的质谱检测、分子成像、生物信息学等技术,为细胞生物学研究提供了强有力的研究平台,也为改变细胞生物学的研究方式提供了可能。本次讲座将结合我们研究组近期的科研工作,简要介绍微流控芯片质谱联用技术在细胞药物代谢领域的进展和研究成果,探讨微流控芯片技术在中药的代谢分析研究中所面临的挑战和发展方向,为扩大其在生物医学领域的研究和应用提供参考和可能的思路。 基于有源数字微流控的单细胞分选和操控系统马汉彬 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 研究员【摘要】 相对于传统数字微流控,有源矩阵数字微流控基于薄膜半导体技术,其阵列规模、样本体积和操控精度均有指数级提升。该平台能够高效的生成大规模微滴阵列,无需借助微纳结构,便可实现单细胞微滴样本生成,并在二维平面内进行样本的可编程控制。高通量单细胞分泌分析技术研究陆瑶 中国科学院大连化学物理研究所 研究员【摘要】分泌是细胞的基本行为,介导通讯、免疫保护等功能。由于细胞存在异质性,往往只是细胞群中的小部分细胞主导分泌相关功能,群体细胞检测无法分辨这些多功能性细胞,必须发展单细胞分析工具进行相关研究、应用。但传统单细胞分泌分析技术存在检测信息不全面的不足,难以满足研究、应用需求。基于此,我们利用微流控芯片发展单细胞分泌因子多维、动态、互作等创新分析技术,显著提高了当前活体单细胞分泌分析技术检测能力,在药物/疫苗开发、疾病诊断、免疫学研究等领域具有重要的科学意义和十分广阔的应用前景。实时单细胞多模态分析仪的应用丁琳 江苏瑞明生物 高级产品经理【摘要】实时单细胞多模态分析仪的应用案例 (1)助力药物开发和药物载体开发; (2)检测细胞代谢标志物,信号分子和酶活为生物传感器开发提供表征工具。。单细胞结构脂质组学及生物医学应用马潇潇 清华大学 长聘副教授【摘要】单细胞分析是揭示细胞间异质性的关键技术,对基础生物学研究,疾病标志物筛查及新药研发均有重要意义。目前,单细胞脂质组分析仍面临诸多技术挑战。本报告介绍本团队在单细胞结构脂质组技术及应用方面的最新研究进展。单细胞固有电学特性高通量流式分析技术研究赵阳 中国科学院微电子研究所 副研究员【摘要】面对单细胞固有电学特性测不快、传感原理不明等难题,我们提出一种基于交叉压缩通道的检测方法,将检测通量提升了1万倍。并设计了一种基于物理模型快速求解器的实时阻抗流式细胞分析仪(piRT-IFC),实现了“细胞进,结果实时出”的全流程自动化处理能力,并验证其在未知细胞样本上具有相较神经网络加速方法更好的泛化能力。基于单细胞测序的肿瘤免疫研究:从机制到疗效预测胡学达北京百奥智汇科技有限公司 副总裁【摘要】 靶向 CTLA4、PD-1 和 PD-L1 等免疫检查点抑制剂(Immune Checkpoint inhibitor, ICI)的发现和临床应用彻底改变了癌症临床治疗的局面。免疫治疗为抗肿瘤带来突破,但只有部分患者发生响应,建立响应与持久性精准预测体系是目前该领域最关键的科学与临床问题。通过单细胞组学研究ICI治疗过程中肿瘤微环境免疫细胞动态演化规律与互作特征,能够发现具有抗肿瘤特异免疫响应驱动作用的细胞类型与分子标记。我们鉴别了不同患者对PD-1治疗不同耐药机制,寻找在响应或耐药患者中差异富集的细胞类型和特征表达基因,作为克服PD-1单抗耐药的治疗靶点创新智造助力单细胞组学标准化和规模化左亚军 深圳华大智造科技股份有限公司 产品市场中心产品经理【摘要】 创新智造助力单细胞组学标准化和规模化 1. MGI 单细胞组学全流程解决方案 2. 单细胞行业进入湿实验标准化时代 3. DNBelab C系列单细胞新品和应用案例。新一代中通量FISH技术、自动化仪器开发及其在精准诊断中的运用曹罡 深圳理工大学 教授【摘要】生物大分子(蛋白质、DNA、RNA等)在组织、细胞内的精确定位对生命体维持正常功能扮演着重要角色。在单细胞水平高通量的检测生物大分子的原位空间组学新技术对理解生命的重要生理功能及疾病的发生发展有着重要意义。目前从一代测序到高通量基因测序技术和单细胞测序都需要从细胞、组织提取核酸,丢失基因的空间位置与病理、组织学特征等信息,只能获得一个维度的基因序列信息。空间基因原位测序与原位检测技术可以整合基因序列信息与空间位置信息,必将对基因测序与病理诊断有着巨大的推动作用!近年来我们实验室开发了相关的高通量单细胞生物大分子(蛋白质、DNA、RNA等)空间组学和新一代FISH解析技术的开发及其仪器开发。此外,我们也将这些技术运用到肿瘤精准诊断中,以期推动肿瘤的精准治疗。单细胞核酸编码扩增分析赵永席 西安交通大学生命分析化学与仪器研究所 教授【摘要】团队开发的肿瘤类器官精准药物芯片筛选(Tumor Organoid Precision Medicine On-chip Screening Platform, TOPMOS)平台可在短时间内高通量培养出大小可控、均一性高的肿瘤类器官,实现高仿生化模拟体内微环境和高精度模拟体内药代动力学,能与现有常规检测设备匹配,实现多药物多浓度的快速药敏测试。单细胞转录组学解析前列腺管腔干细胞身份属性以及谱系可塑性郭旺昕 深圳湾实验室 博士后(高栋课题组)【摘要】前列腺成体干细胞身份属性的解析对研究前列腺组织的损伤修复和肿瘤起始都具有重要的意义。然而正常前列腺成体干细胞的身份属性存在巨大的争议,是前列腺研究领域悬而未决的重要科学问题。因此,我们利用单细胞转录组测序技术系统分析了35129个正常成年雄性小鼠前列腺细胞,发现前列腺管腔细胞可以分为Luminal-A、Luminal-B和Luminal-C三个细胞亚群。进一步阐述了Luminal-C细胞通过自我更新和分化维持前列腺管腔细胞谱系,证实了Luminal-C细胞可以作为前列腺肿瘤的起始细胞。单细胞测序技术与应用解析崔淼 深圳湾实验室 工程师/测序平台负责人【摘要】近几年来,单细胞测序技术发展迅速,与传统测序方法相比起来,其对解决生物材料的低获取量和生物异质性等问题尤为重要。凭借这一技术,研究者们可在单细胞水平上面研究生物进程和一些疾病的发生发展,包括肿瘤进化和癌变、早期胚胎发育、神经细胞异质性等。本次报告将从多方面逐一介绍单细胞测序技术:包括单细胞测序技术概念及发展历程、单细胞测序技术原理及实验设计、单细胞测序技术操作流程及注意事项、单细胞测序条件选择、单细胞测序技术应用等。温馨提示:1) 报名后,直播前一天助教会统一审核,审核通过后,会发送参会链接给报名手机号。填写不完整或填写内容敷衍将不予审核。2) 通过审核后,会议当天您将收到短信提醒。点击短信链接,输入报名手机号,即可参会。
  • 让单克隆细胞成活率更高!单细胞可视化分选培养系统-isoCell重磅来袭
    近年来,随着单细胞组学、单细胞克隆研究的持续走热、循环肿瘤细胞研究的不断深入,如何高效、准确地分选单细胞成为研究工作中的桎梏。作为单细胞分选与培养领域领先者,英国iotaSciences公司推出了单细胞可视化分选培养系统-isoCell,不仅确保分选所得的样品中只有单个单细胞,分离效率高达100%,更进一步实现了将挑选出的单个细胞自动化地、直接地培养成单克隆细胞系,且分选与培养过程全程可验证、可追踪,保证每一个单克隆细胞系均来自单细胞。Quantum Design中国作为iotaSciences公司的战略合作伙伴进一步将单细胞可视化分选培养系统引进中国,为中国研究人员提供可靠且功能强大的单细胞分选与培养技术和解决方案。 单细胞可视化分选培养系统-isoCell iotaSciences公司特有的网格式单细胞腔室技术(GRID技术)是单细胞可视化分选培养系统-isoCell自动化分离和培养单细胞解决方案的核心。该技术每个腔室尺寸微小、光学清晰度卓越且无边缘效应(如下图所示),可以清晰地查看腔室内的细胞数量与形态。设备创新性的将GRID技术与可视化分选相结合,确定腔室内只有单个细胞,通过自动化地微流控技术从GRID腔室挑选出单个细胞用于下游应用,也可以在GRID腔室内将单个细胞直接培养成单细胞系,单克隆细胞系成活率高。 单细胞的分选与培养操作流程高度自动化保证了单细胞的高活性与单克隆细胞系的高成活率,且全流程可视化监控确保了每一个单克隆细胞系均来自单个细胞。单细胞可视化分选培养系统-isoCell的优势:☛ 全自动化流程☛ 操作条件温和,对单细胞无损伤☛ 全培养、分析流程可追踪☛ 单细胞分离效率高达100%☛ 单克隆细胞系构建成活率高☛ 直接转移到PCR管或96孔板☛ 结构紧凑,体积小 文献举例: 单细胞可视化分选培养系统-isoCell已在Cell、Advanced Science、Small Methods、Nature Communications 等知名期刊发表多篇文章,如下摘引了近年三篇具有代表性的文献和大家分享。 Soitu C, Stovall‐Kurtz N, Deroy C, et al. Jet‐Printing Microfluidic Devices on Demand[J]. Advanced Science, 2020, 7(23): 2001854.Gangoso E, Southgate B, Bradley L, et al. Glioblastomas acquire myeloid-affiliated transcriptional programs via epigenetic immunoediting to elicit immune evasion[J]. Cell, 2021, 184(9): 2454-2470. e26.Deroy C, Nebuloni F, Cook P R, et al. Microfluidics on Standard Petri Dishes for Bioscientists[J]. Small Methods, 2021, 5(11): 2100724.Deroy C, Wheeler J H R, Rumianek A N, et al. Reconfigurable microfluidic circuits for isolating and retrieving cells of interest[J]. ACS Applied Materials & Interfaces, 2022, 14(22): 25209-25219.Oliveira N M, Wheeler J H R, Deroy C, et al. Suicidal chemotaxis in bacteria[J]. Nature Communications, 2022, 13(1): 7608.样机体验: 为更好地服务中国科研工作者,Quantum Design 中国也建立了样机演示实验室,将为大家提供为专业的售前、销售、售后技术支持,欢迎各位老师垂询!用户名单 用户评价路易莎埃姆斯,研究科学家:The Native Antigen Company(LGC 临床诊断集团旗下公司)”使用 isoCell 进行单细胞克隆工作从一开始就简单可靠,并且已无缝地融入我们的流程中。 该程序对细胞很温和,我们看到非常好的存活率,可以筛选大量克隆。 我们收到的客户服务是优质的。“
  • ACS Editors’ Choice:单细胞质谱分析
    近日,清华大学欧阳证教授课题组在analytical chemistry上发表了single-cell mass spectrometry analysis of metabolites facilitated by cell electro-migration and electroporation,且以acs editors' choice形式亮点报道。 文章介绍了基于细胞电迁移-电穿孔的单细胞质谱分析方法,该方法无需细胞高精度操控平台,仅通过对单细胞施加一定序列的电压,即可实现对单个酵母等具有细胞壁的细胞内代谢物的可控释放与质谱分析。 acs美国化学会报道: acs 编辑良择 | 基于细胞电迁移-电穿孔的单细胞质谱分析方法通讯作者:欧阳证,清华大学作者:zishuai li (李自帅),zhengmao wang (王正茂),junmin pan (潘俊敏),xiaoxiao ma (马潇潇),wenpeng zhang (张文鹏),zheng ouyang (欧阳证) 单细胞分析对研究细胞在转录组学、蛋白组学以及代谢组学等方面的异质性有着重要的意义。目前,科学家们开发了大量的单细胞分析方法和技术,例如荧光分析法、微流控芯片、流式细胞仪、单细胞测序等。质谱分析,因其低样品消耗量、高灵敏度、高定量准确性等优势,已经被广泛应用于单细胞蛋白组学、脂质组学和代谢组学分析中。然而,目前大部分的单细胞质谱分析方法,都需要依托于高精度操作平台,这给单细胞分析技术的应用带来了一定的挑战。 清华大学欧阳证教授课题组报道了一种基于细胞电迁移-电穿孔的单细胞质谱分析方法。该方法无需细胞高精度操控平台,仅通过对单细胞施加一定序列的电压,即可实现对单个酵母等具有细胞壁的细胞内代谢物的可控释放与质谱分析。如图1所示,在硼玻璃纳喷管中加入适当体积(约0.5 μl)的细胞悬浮液(约104细胞/ml),该溶液内平均只含有单个细胞。由于细胞表面通常带负电,通过非接触式电极对溶液施加直流负电压,使细胞迁移到纳喷管尖端,并在针尖处封闭一段超小体积(约1.5 pl)的液体。之后施加高压脉冲电压,在细胞膜表面形成电穿孔,细胞内代谢物即释放到前端的超小体积液体中,从而避免了细胞内代谢物的过度稀释。最后,采用非接触式电极加压,由纳升电喷雾离子化将该部分溶液离子化并进行质谱分析。图1. 基于细胞电迁移-电穿孔的单细胞质谱分析方法 该研究中,首先用酵母细胞进行了方法验证。如图2所示,从离子流热图中可以看出,施加脉冲电压后,在质荷比m/z 50到800的范围内出现了大量的代谢物离子信号。图2b-c中比较了施加脉冲电压前后的单细胞分析质谱图。通过精确质量对比、串级质谱分析等方法,该课题组在单个酵母细胞内检测到了71种代谢物。图3a-f展示了几种典型代谢物的串级质谱谱图。 图2. (a)质谱离子流热图。在5 s时刻施加了高压脉冲电压。(b)负离子模式。(c)正离子模式。 图3. 负离子模式下单酵母菌代谢产物典型的串级质谱谱图 (a) glu, (b) gsh, (c) amp, (d) adp, (e)atp, (f) udp-hex. 除了酵母细胞,该方法还可用于其他种类的具有细胞壁结构的单细胞菌类的高灵敏度质谱分析。图4展示了莱茵衣藻(chlamydomonas reinhardtti)、杜氏盐藻(dunaliella salina)、斜生栅藻(scenedesmus obliquus)、绿眼虫(euglena viridis)的单细胞分析质谱图。图4. 不同种类细胞的单细胞质谱谱图。从内向外依次为:莱茵衣藻,杜氏盐藻,斜生栅藻,绿眼虫。 此外,该课题组还研究了不同培养环境下,单个细胞内代谢物相对含量的变化情况。将两组莱茵衣藻细胞,分别在有/无光照条件下培养24小时,之后采用本方法进行单细胞内代谢物的质谱分析。单细胞质谱分析表明,在黑暗条件下,衣藻细胞内的卡尔文循环内的碳固定被终止,细胞内有氧呼吸强度下降,糖酵解代谢增强。此时,细胞的光合作用停止,细胞通过糖酵解分解糖类以提供基本的代谢需求,同时降低有氧呼吸强度以维持生存。图5. 黑暗条件下的莱茵衣藻单细胞内部分代谢物强度比值变化。 本研究的相关结果已发表在analytical chemistry,并以acs editors' choice形式亮点报道。该论文得到了国家自然科学基金项目的支持。 文章链接:https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.analchem.0c02147
  • 北京生科院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
    环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子,在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子,并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而,由于大多数环形RNA表达量较低,传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱系特征及异质性。近年来,随着单细胞全长转录组测序技术的发展,已可对单个细胞中环形RNA进行捕获测定。尽管效率较低,仍可部分揭示单细胞分辨率下环形RNA的表达模式。因此,单细胞水平的环形RNA表达及功能研究已成为该领域重点关注的问题。 中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆团队致力于环形RNA方面的研究。6月10日,该团队在《自然-通讯》(Nature Communications)上,发表了题为Exploring the cellular landscape of circular RNAs using full-length single-cell RNA sequencing的研究论文。该研究基于海量单细胞全长转录组测序数据集,实现了单细胞分辨率下环形RNA的高效识别及深度挖掘,基于大规模时空组学数据的整合分析,探索了环形RNA的细胞异质性,揭示了环形RNA作为细胞类型标志物的应用潜力。该研究将目前环形RNA研究从传统组织水平提升至单细胞水平,为探究不同细胞类型中环形RNA的生物学功能提供了重要的数据资源和分析技术。 科研人员收集整理了171个已发表的单细胞全长转录组数据集(图1),包含人和小鼠中58种组织和细胞类型,共计172,137个细胞。同时,研究建立了基于单细胞转录组数据的环形RNA识别和整合分析方法,在人和小鼠中共识别出40,604和131,533个高度可靠的环形RNA分子。基于以上数据所生成的单细胞环形RNA综合表达图谱,为环形RNA的研究提供了有力的数据支持,并为揭示环形RNA在不同细胞类型及发育阶段的动态变化提供了重要资源。 该研究深度剖析了单细胞数据中环形RNA的表达模式,发现它们在不同细胞类型上具有高度特异性。研究对小鼠大脑不同细胞类型中环形RNA的表达的分析表明,抑制性和兴奋性神经元的差异性表达与RNA结合蛋白的表达具有高度相关性。此外,研究观察到胚胎发育不同阶段的特征性环形RNA,阐释了环形RNA从母体来源至合子表达发生的动态转变过程。 进一步地,基于单细胞测序技术可有效的揭示肿瘤发展和转移过程中细胞水平的异质性,研究建立了20名乳腺癌患者的单细胞数据集,分析发现环形RNA在正常和肿瘤细胞的上皮间质转换过程中的表达规律和潜在功能。研究筛选出人和小鼠中细胞类型特异性环形RNA,并验证了其可作为生物标志物在解析肿瘤浸润性免疫细胞中的适用性。最后,研究构建了目前首个单细胞环形RNA数据分析和资源平台——circSC(http://circatlas.biols.ac.cn)(图2),为环形RNA研究奠定了独特而重要的数据和技术基础。 研究工作得到国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金基金重点项目和国家重点研发计划的支持。赵方庆团队致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,解析它们与人类健康和疾病的关系。近年来,相关成果先后发表在Cell(2020)、Gut(2022/2020/2018)、Nature Biotechnology(2021)、Nature Computational Science(2022)、Nature Communications (2022a/2022b/2021/2020/2017/2016)、Genome Biology(2021/2020/2016)、Molecular Biology and Evolution(2022)、ISME J(2019)等上,这些研究丰富了科学家对人体微生物与非编码RNA多样性、结构组成与功能的认识,并为相关数据挖掘及功能机制研究提供了重要方法学工具。   论文链接 图1.基于单细胞全长转录组的环形RNA识别和整合分析 图2.环形RNA单细胞表达图谱及数据平台——circSC 精彩会议预告:点击图片免费报名参加“第五届基因测序网络大会”
  • 293万!BD中标单细胞荧光分析系统
    一、项目编号:2022-JL13(03)-W10004(招标文件编号:2022-JL13(03)-W10004)二、项目名称:单细胞荧光分析系统招标公告2022-JL13(03)-W10004三、中标(成交)信息供应商名称:重庆九州合康医疗器械有限公司供应商地址:重庆中标(成交)金额:293.0000000(万元)四、主要标的信息序号 供应商名称 货物名称 货物品牌 货物型号 货物数量 货物单价(元) 1 重庆九州合康医疗器械有限公司 单细胞荧光分析系统 BD BD FACSAria Fusion 1 2930000
  • 《iScience》重磅丨LESA-MS 单细胞高通量脂质分析聚焦帕金森发病机理
    亮点1流式细胞荧光分选技术(facs)与液滴萃取表面分析质谱(lesa-ms)结合,建立高通量单细胞脂质分析平台,测量群体中大量单细胞的脂质。亮点2发现人类多巴胺神经元群体内和群体间的脂质差异,和细胞异质性在个体多巴胺神经元功能代谢中的重要性,提示a53t突变型α-突触核蛋白(snca)神经元的膜功能受损。亮点3方法学高度标准化和强质控,不需额外的成像分析,直接将非靶向脂质谱应用于单细胞,探索细胞群的功能异质性及对疾病病理学的影响,意义重大,必将在生物医学领域开创广泛应用。1简介单细胞基因组学和转录组学的研究表明,在组织水平上存在复杂的细胞异质性。欲了解细胞异质性对代谢的影响,需开发一种单细胞脂质分析方法,测量人群中大量单细胞脂质。英国剑桥大学代谢院核心代谢组学与脂质组学albertkoulman课题组和英国痴呆研究所、剑桥大学临床神经科学系emmanouilmetzakopian课题组利用基于“多通道纳喷源”的“液滴萃取表面分析”(lesa)技术与高分辨质谱(hrms)联用,成功搭建了高通量非靶向单细胞脂质分析平台,分析通量可达280个单细胞/天。2020年底,《iscience》在线发表了这一突破性重要成果。图1、本研究的lesa-hrms分析流程课题组利用三个独立群组的脂质分析验证了该平台的可靠性,并进一步将此平台应用于分析诱导多功能干细胞(ipscs)发育获得的人类多巴胺神经元细胞,2天内分析560个单细胞,发现snca-a53t基因突变会损伤神经元细胞膜功能,从而揭示了snca-a53t基因突变引致帕金森的致病机理。lesa-hrms分析平台突显了细胞异质性在个人多巴胺神经元功能代谢中的重要性,表明a53tα-突触核蛋白(snca)突变神经元具有受损的膜功能。该单细胞脂质分析平台可以提供可靠的数据,将扩展生物医学研究的前沿领域。2工作流程第一步对诱导多功能干细胞基因编辑,使其表达红色荧光蛋白,并进行多巴胺能分化;第二步将细胞送入流式细胞仪,通过流式细胞荧光分选技术(facs)进行单细胞分选;第三步分选出的单细胞以lesa-hrms进行脂质组学分析。lesa-hrms:萃取剂:含20mm乙酸铵的异丙醇、甲醇、氯仿混合溶液(体积比4:2:1)萃取体积:1μl萃取时间:7s直喷分析时间:90s纳喷电压:1.4kv质谱型号:exactiveorbitrap质谱采集模式:正离子模式,m/z650-850全扫3单细胞脂质分析与细胞总脂分析图2(a)细胞总脂pls-da分析图(c)单细胞脂质pls-da分析图(绿色表示野生型,蓝色表示突变型)本研究共使用了4个野生型snca样本(绿色)和4个snca-a53t突变样本(蓝色),每个样本各取70个单细胞进行分析,去除pc34:1和pc36:2两种脂质同时缺失的细胞(可能是细胞未成功进入流式细胞仪造成,详见参考文献),剩余细胞进行统计学分析。图2(c)中每个点表示一个单细胞,图2(a)中每个点表示样本中约70个单细胞的平均值。偏最小二乘回归分析图(pls-da图)显示,当样本进行总脂分析时,通过细胞脂质差异能够显著的区分野生型和突变样本;而当进行单细胞分析时,虽然两种基因型样本仍有一定的区分度,但由于细胞异质性较大,因而分布很广。另外,不同基因型脂质间差异主要是甘油磷酸胆碱pc36:2造成的。虽然作为细胞总体进行统计分析时,野生型和突变型的pc36:2含量具有显著性差异,但由于细胞异质性很强,组间差异变小。因此,搭建一个能够获取细胞异质性和细胞特异性特征的高通量单细胞分析平台是十分必要的。在这个平台的开发过程中,课题组尽可能多地自动化流程,以最大限度地增加在给定时间内可分析的样本数量,并使分析标准化,以减少误差来源。流程的标准化消除了细胞储存效应,结果也表明样品储存不会对细胞的脂质组成产生任何偏差。还发现lesa液滴萃取暨纳喷注射顺序和脂质组成之间没有关系(参见原文图s1),这表明从第一个和最后一个单细胞样本生成的数据是可比较的。因为lesa需要的溶剂体积比传统提取方法小得多(1-3微升),从而产生更高浓度的提取物。当然基于lesa-ms的方法进行单细胞脂质分析时,细胞定位是重大挑战。尽管其他方法借用成像定位细胞(ellis等人,2012;neumann等人,2019),但这那很冗繁耗时和降低效率。课题组通过校正流式细胞分选,可最大限度地提高细胞被分配到孔中央的几率,随后在该点进行lesa萃取;在某些情况下,lesa会遗漏某个细胞。通过搜索两种冗余(最丰富)脂质(pc34:1和pc36:2)产生的质谱信号来确定这些遗漏,若两种脂质都不在,则该样品被视为失败,并从随后的统计分析中剔除。识别和排除两个细胞错误地分配到同一个孔中也很重要,可通过寻找具有明显更高丰度的总脂质的样品来实现这一点(两个细胞的脂质相对于单个细胞的脂质丰度要高)。基于lesa-ms的单细胞脂质分析方法灵敏度已然很高。可以想象在这一方法的检测下限(llod)以下,仍有大量的超痕量的脂质。理论上,方法灵敏度的小幅度提高应可大幅增加测得的脂质数量。目前该领域仍然存在着局限性,未来随着质谱仪灵敏度的快速提升和改进,此lesa-ms平台将能扩展检测到更多的单细胞内超低丰度脂质。4snca-a53t多巴胺神经元的膜功能受损已有研究表明snca可能在脂质运输和突触膜生物合成中起到关键作用,因此,snca-a53t突变可能导致细胞膜组成变化,从而破坏突触的传递作用。课题组根据pc36:2的丰度高低,将11种脂质(包括pc36:2)各分为两组,发现其中4种在两种基因型的表达中有显著差异,可能操控细胞脂质组成。细胞膜中总pc和总pe比值影响双分子层流动性、囊泡形成和跨膜蛋白的组成和存在。研究发现snca-a53t神经元细胞中pc36:2高低丰度组间的pc:pe比值差异比野生型中更大。大部分突变组pc36:2较低,导致pc:pe值较低。健康细胞通常有一系列机制来应对生理刺激,并适应这种压力。课题组看到野生型(本文指健康细胞)的异质性更强,鉴于细胞膜是细胞脂质最大的来源,可能是这种细胞膜组成的异质性使细胞更好地做出反应机制,而突变型(本文指致病型)脂质的分布更狭窄,使它们损失了应激能力。总而言之,本研究介绍的lesa-hrms单细胞质谱分析方法为探索突变如何操控脂质代谢提供了解决方案。●参考文献snowdenetal.,developmentandapplicationofhigh-throughputsinglecelllipidprofiling:astudyofsnca-a53thumandopamineneurons.cellpress:iscience23,101703,november20,2020https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.101703欲索取原文,请后台留言。关于液滴萃取表面分析lesalesa多通道纳喷离子源利用机器人抓取、转移和连接样品与刻蚀于芯片上的400个高度重现的独立喷针,进行全自动的纳升电喷雾质谱分析,实现其他纳喷质谱或常规液质不能实现的功能:(1)纳升级注射全自动电喷雾直接进样,无需清洗,自动分析达400个样品;零残留、高灵敏度。适于活性物质或代谢物及毒性成分的鉴定解析;对组学分析、adcs抗体药物偶联物、非共作用研究特效。(2)馏分收集,以信号累加方式鉴定复杂基质中的痕量未知物。(3)在线nanolc-ms接口,可自动感应喷雾电流和堵塞,3秒自动移换喷头,实现无人值守的连续分析,保障超长时间nanolc-ms分析的连贯性、重复性。(4)表面轮廓分析,以一滴溶剂在中药切片、生物体组织、培养皿、药材、薄层板、maldi板等特定表面进行1秒的微萃取,纳升电喷雾质谱检测,实现分子成像和或分布轮廓分析(0.4毫米空间分辨率)。(5)可升级为lesaplus,液滴萃取后,通过六通阀切换萃取液至纳升或微升柱,分离后再纳喷质谱检测。lesa兼容主流质谱厂商(agilent、sciex、thermofisher、waters、bruker、shimadzu)各类型质谱仪如ftms、orbi、飞行时间、离子阱、三重四极杆及混联质谱。文章来源:华质泰科服务平台微信公众号
  • 温和细胞分选,开启单细胞测序成功的第一步!
    随着单细胞测序技术的快速发展,科研工作者们可对每个独一无二的单细胞进行分析,认识到细胞间的异质性,深入了解如胚胎发育早期的分化特征、肿瘤微环境中的非均质性、罕见循环肿瘤细胞的转录组等等以往传统高通量测序方法难以攻克的领域。单细胞分析的应用已进入百花齐放的时代,涵括神经生物学、癌症、免疫学、微生物学、胚胎发育、临床诊断等多个领域。单细胞测序分析的第一步,即是单细胞样品的制备,同时确保其生物完整性不被破坏。高质量的样品制备影响着后续单细胞分析成功与否。高活性、无细胞碎片且均一的单细胞悬液可使测序结果在完整性、真实性、数据可重复性得到提升。最常见细胞分离的方法可用MACS磁珠或流式细胞仪进行目的细胞分选与富集。单细胞测序流程利用流式细胞分选法富集目的细胞群体缩小研究范围,对单细胞群体可进一步精细化解读。尤其在研究罕见细胞族群,单细胞测序前先以流式细胞分选富集稀有细胞,可大大增加实验数据真实性与可靠性。现今已有愈来愈多单细胞测序研究结合流式细胞分选,筛选目的细胞、过滤死细胞减少样本中無效细胞的比例,提高单细胞文库构建的成功率以及后续的数据质量,让单细胞测序更有深度与广度分析实验数据,推动进一步研究范畴。传统高压液滴分选仪分选单细胞传统液滴式流式细胞分选(Droplet cell sorter),将目的细胞利用适宜的荧光标记。经荧光染色或标记的单细胞悬液,被高压压入流动室内,在鞘液的包裹和推动下,细胞被排成单列,以一定速度从流动室喷口喷出。通过相应荧光检测及充电,获得目的细胞,实现单细胞分离。然而操作过程中,分选的细胞相继受到高压、充电带有电荷、减压的刺激,常导致分选的目的细胞在分类过程中的损伤和溶解,活细胞回收率不高;即使回收的活细胞也因分选过程受刺激影响细胞基因转录图谱表现,无法维持其生物完整性。传统高压液滴分选仪进行单细胞分选Adapted from Technologies for Single-Cell IsolationInt. J. Mol. Sci. 2015, 16美天旎MACSQuant® Tyto® 革命性的细胞分选仪专利的微芯片技术,精准地控制阀门开合以进行细胞分选,该仪器的特性在于整个分选过程在一次性使用的全封闭样本舱(cartridge) 中进行,且无需鞘液、避免了样本污染和残留风险。上样简单、自动进行分选设置,无需操作人员进行高强度与长时间的培训就能轻松操作。由于实际分选过程都在样本舱进行,不会损失珍贵的样本材料;阳性和阴性分选组份均可在无菌洁净操作台内轻松回收。细胞不会受到高压、电荷及减压刺激,不同于传统的液滴分选仪,这种温和的分选方法可最大保持细胞活性和功能,即使经过多次分选,细胞活性也不会受影响,充分表明这种阀门介导的分选机制具有温和性质。美天旎MACSQuant® Tyto® 细胞分选仪与样本舱功能示意图。A. 美天旎MACSQuant® Tyto® 细胞分选仪;B. 样本舱;C.独特微芯片技术的分选示意图。单细胞测序前,使用美天旎MACSQuant® Tyto® 细胞分选仪(MQ Tyto)进行目的细胞分选富集。分选过程不受到高压、电荷、减压与剪切力刺激,作用温和不影响细胞生物功能完整性,维持细胞基因转录图谱表现,提高细胞存活率与回收率。位于美国加州大学(University of California, Irvine- UCI)的Dr. Kai kessenbrock研究团队致力于研究机体正常组织内环境稳态和乳腺癌中的细胞通讯。他们在单细胞水平上系统性分析研究乳腺干细胞微环境(stem cell niche)中细胞通讯的机制和乳腺上皮組織内的异质性,进一步加深对早期肿瘤发生过程中系统性变化的理解;最终目的是开发用于早期检测的生物标记物以及改善乳腺癌的治疗策略。Dr. Kai kessenbrock团队在FVB小鼠取出小鼠乳腺组织,分别以美天旎MACSQuant® Tyto® 细胞分选仪(MQ Tyto)与传统液滴式流式细胞分选(Droplet cell sorter)分离乳腺上皮细胞(CD49f+/EpCAM+)后,标记建库并进行单细胞测序;比较两种不同的流式细胞方法分选后,所获得的测序数据真实性与可靠性,也进行分选后的细胞培养,观察细胞存活与功能。小鼠乳腺上皮细胞分离与单细胞建库 (Data kindly provided by Quy Nguyen, UCI)1. MQ Tyto可有效分选出不同乳腺上皮细胞亞型(Luminal 1, Luminal 2, Basal-like subtypes),基因转录图谱完整呈现。聚类分析与差异基因热图展示2. 经由MQ Tyto分选,每个单细胞可捕获更多的mRNA数量(UMI),获得更多可分析的基因数(Genes);显示MQ Tyto保留了细胞的完整性。质控图3. 传统液滴式流式(Droplet cell sorter)细胞分选后细胞应激基因表现明显上调。这主要是来自于细胞分选操作过程中所受到的外力刺激,而非原始组织环境细胞的真实表现。应激基因表现量展示4. 细胞分选后,持续培养七天乳腺上皮细胞并形成乳腺球(mammosphere formation)进行计数。结果显示MQ Tyto组形成更多的乳腺球,表示其MQ Tyto分选后的上皮细胞维持其功能性与高存活率。综上,利用MQ Tyto对目的细胞进行分离与富集,作用温和不影响细胞生物功能完整性,维持细胞基因转录图谱表现,提高细胞存活率与回收率,开启单细胞测序成功的第一步。
  • 技术+应用双突破,单细胞分析市场初见成效——访江苏瑞明生物科技有限公司总经理徐艇
    在生命科学领域,对细胞进行精细操作和提取注射的需求日益增多。为了满足这一需求,高精度细胞注射提取仪应运而生,它能够在单细胞和亚细胞层面上实现精确且高效的注射与提取。该仪器技术在单细胞微创递送和组分提取方面发挥着关键作用,广泛应用于细胞生物学、分子生物学、基因工程和药物研发等领域。近期,香港大学成功引进了瑞明生物的高精度细胞注射提取仪,对瑞明生物而言是一次重大的肯定。在第十七届中国科学仪器发展年会(ACCSI2024)的盛会期间,仪器信息网邀请江苏瑞明生物科技有限公司总经理徐艇博士,就瑞明生物的核心产品技术、过去一年的业绩、海外市场拓展情况技未来战略规划展开分享。徐艇 江苏瑞明生物科技有限公司 总经理详见采访视频:仪器信息网:2023年瑞明生物业绩表现如何?取得哪些亮眼成绩?徐艇:2023年公司在整体业务上实现了稳中有进的发展态势。尽管之前受到疫情的影响,但在2023年,我们迎来了一些积极的变化。特别是单细胞分析仪,在销售数量和客户质量上都有了显著的突破。同时,其他产品也取得了新的进展。去年的亮点主要表现在两个方面:一是在技术层面,瑞明生物取得了重要的突破,成功申请了8项专利,包括发明和实用新型;二是在应用层面,我们也取得了显著的成果。去年,我们发表了超过20篇SCI论文,创下了历年来的最高记录。这些论文主要涉及新药的发现、药代动力学、生物纳米材料以及内器官研究等领域。这些成果充分展示了我们在技术研发和应用方面的实力。仪器信息网:在设备更新等利好政策下,瑞明生物有哪些生物科学产品解决方案推向市场呢?徐艇:这次设备更新对我们来说是一个难得的机遇。瑞明生物一直致力于为细胞生物学提供一套完整的解决方案,涵盖从细胞观察到分析的各个环节。不仅有活细胞监测仪用于实时观察细胞状态,细胞显微操作系统用于精确操控细胞,还有单细胞分析仪进行深入分析。此外,瑞明生物还提供细胞培养、活细胞检测以及生物芯片点样仪等相关设备和服务,这些都是与内器官研究密切相关的。因此,我们拥有一整套完备的解决方案,能够满足客户在细胞生物学领域的各种需求。仪器信息网:瑞明生物MC-S100 高通量活细胞监测系统上市一年以来,该产品市场表现如何?收到哪些用户反馈?徐艇:坦白说,产品市场表现并未达到我们的预期,主要原因有两方面。首先,该产品定位主要服务于生物药领域,然而近两年医药行业经历了较大的回落,导致这方面的需求有所减少。其次,在科研领域,由于科研经费的缩减,对这款产品的投入也有所降低。不过,从客户反馈来看,他们对这款产品在研究方面的帮助表示肯定。未来,我们将在软件分析功能上进行提升,并努力提高产品的性价比,以满足更多客户的需求。仪器信息网:请您谈谈高精度细胞注射提取仪的主要技术优势及应用领域。近期,香港大学引进瑞明生物的高精度细胞注射提取仪对于瑞明而言有何重要意义?徐艇:生命科学中,越来越多的场景需要对细胞进行细微操作和提取注射。瑞明生物的高精度细胞注射提取仪不同于常规的油压或气压显微操作器,提取注射体积的精度更高,达到fL级别。该产品采用了尖端的纳米技术和自动化控制系统,能够实现单细胞和亚细胞级别精准、高效的注射和提取操作,应用于单细胞微创递送和组分抽提,这对于细胞生物学、分子生物学、基因工程、药物研发等领域有重要意义。 江苏瑞明超微量自动提取注射仪(点击查看)这款产品独具的技术特点,在活细胞水平对细胞器进行抽取,如溶酶体或线粒体,而后进行测序或质谱分析。此外,它能够在细胞保持活性期间,向细胞中微量注入液体或质粒,例如进行细胞转染等操作。这项能够实现在活细胞水平进行亚细胞提取和注射的仪器技术,目前处于国际先进水平,我们对这项技术的发展充满期待。瑞明高精度细胞注射提取仪走进香港大学(点击查看)这款设备是瑞明生物首款正式“出海”产品,实际上瑞明生物从2022年底就已经开始筹划海外出口计划。目前,在新加坡、东南亚、印度以及美国等地,已有不同的代理商与我们取得联系,并对产品技术高度认可,相信能为科研人员带来实实在在的价值。拓展中国香港市场的成功经验为瑞明生物后续的出海计划奠定了坚实基础,也为我们积累了宝贵的经验。仪器信息网:请您谈一谈瑞明生物未来3年的市场策略和战略规划。徐艇:未来三年,瑞明将继续采取“两条腿走”的策略。一方面,继续专注于细胞生命科学,致力于产品打磨得更加出色。另一方面,我们也会逐步向企业市场拓展,例如在生物制药领域进行布局,以实现更广泛的市场覆盖和多元化发展。仪器信息网:今年是仪器信息网成立25周年,请您谈谈与仪器信息网的合作感受及发展寄语。徐艇:我个人对仪器信息网有三大深刻的感受。首先,仪器信息网真正以客户为中心。那年夏天,仪器信息网的赵鑫总经理亲自来到我们公司,尽管他满头大汗,但仍然耐心而详细地为我们介绍了仪器信息网的服务和产品。作为总经理,能如此深入一线与客户交流,这让我深感服务确实非常到位。在长期接触中,我也发现仪器信息网的团队成员都非常真诚和务实,这与瑞明生物的企业文化非常契合;其次,我欣赏仪器信息网具有的无私奉献精神。例如,“国产科学仪器腾飞行动”之“创新100”项目活动一直坚持免费举办,这让我非常敬佩。通过这个活动,我结识了许多企业家和朋友,对创业者来说,这是一个极好的机会,还可以参观一些优秀的企业。因此,我认为仪器信息网是一个非常出色的平台;最后,仪器信息网提供的服务内容非常专业。自从瑞明在仪器信息网上展示产品以来,我们每周都会接到2-3个咨询电话,并成功促成了一些交易。这充分证明了仪器信息网是一个极具价值的平台。针对仪器信息网,我也有一些建议。在功能方面,可以进一步优化人才招聘板块,使其更加专业和细致。同时,为代理商渠道提供更全面的解决方案,帮助企业解决更多实际问题。如果能将这些方面结合起来,我相信仪器信息网将会更加出色。
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