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脂质组数据

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脂质组数据相关的方案

  • 使用迭代 MS/MS 数据采集结合 Lipid Annotator 软件和 6546 LC/Q-TOF 改善血浆脂质组的覆盖范围
    基于质谱的脂质组学面临的一项主要挑战是,实现对生物样品中宽浓度范围内大量不同脂质的全面表征。虽然鸟枪法脂质组学推动了脂质分析领域的发展,但它受到一些限制,包括无法区分可能具有重要生物学意义的同质异位物质,并且由于电离抑制而导致动态范围较窄。由此催生了将高效液相色谱 (HPLC) 与高分辨率质谱(MS) 联用的基于色谱的脂质分析方法。为了与计算机生成的数据库进行子离子谱图匹配,可靠的脂质标注需要在 MS/MS 模式下进行数据采集。然而,虽然液相色谱分离有助于阐明同分异构脂质并降低复杂性,但数据依赖型高分辨率 MS/MS 数据受到色谱洗脱过程中可选择用于碎裂的母离子数量的限制。因此,在复杂样品的单次分析中无法获得所有目标 MS/MS 谱图。由于存在浓度偏差,该策略经常遗漏重要的低丰度脂质。本应用简报展示了应对这些挑战的解决方案。我们使用反相 (RP) 色谱,其非常适合分离许多同分异构脂质,并且是全面分析血浆、组织和细胞脂质的常用方法。将这种液相色谱分离技术与 Agilent 6546 LC/Q-TOF 相结合,后者是一种专门设计用于同时提供宽动态范围和高分辨率的质谱仪,并且其分辨率不受采集速度的影响。我们还评估了全自动 Q-TOF 迭代 MS/MS 采集模式,其中对样品多次进样,并循环排除之前选择用于 MS/MS 碎裂的母离子。这些结果表明,使用迭代 MS/MS 能够显著改善血浆脂质组覆盖范围。可以将迭代 MS/MS 数据用于 Agilent Lipid Annotator 软件,作为完整脂质组学工作流程的一部分。
  • 使用Q-Tof技术结合UNIFI科学数据库筛查分析β-受体阻滞剂
    采用UNIFI的法医毒理学应用解决方案分析人员能够可靠地筛查和鉴别尿液中的-受体阻滞药;数据将通过完全自定义的工作流程和报告进行自动处理并呈现给用户。
  • 安捷伦代谢组学动态 MRM 数据库和方法
    由于内源性细胞代谢物的理化性质差异巨大,因此代谢组学研究的一项主要挑战就是如何通过单一 LC/MS 分析方法对内源性细胞代谢物进行稳定、可重现的色谱分离。一种更易于控制的色谱解决方案是针对一小组代谢物开发 通路靶标的分析方法。建立优化的靶向 LC/MS/MS 方法是一项艰巨的任务,需要花费大量的时间和资金来表征大量化学标准品。 安捷伦开发出了一套适用于 215 种以上中心碳代谢物的 LC/MS/MS 解决方 案,可以稳定、可重现地分离酸性代谢物。该解决方案包括收录了保留时间和最佳 MS/MS 采集参数的优化数据库,还包括数据采集和分析方法。代谢组学 dMRM 数据库和方法利用了 Agilent 6470 三重四极杆 LC/MS 系统的高灵敏度和宽动态范围,以及安捷伦喷射流离子源久经考验的电离增强功能。本应用简报介绍安捷伦代谢组学 dMRM 数据库和方法的优势,其针对中心碳代谢物提供一套已经过优化且简单直接的靶向分析方法,让研究人员能够轻松执行分析。
  • 脂质组LCMS自动化鉴定及相对定量
    脂质组学作为一门新兴的研究学科,其成果对于科学家深入理解细胞生理和病理过程十分重要。脂质轮廓分析在疾病表型研究中的应用正成为转化医学中蓬勃发展的一个方向。通过特异性脂质生物标记物的鉴定,我们有希望区分健康人群与患病风险人群,进行疾病早期诊断、并推动个性化医疗的建立。液质联用(LC/MS)是脂质组学分析中广泛使用的分析技术。对生物样品中的脂类进行鉴定、相对和绝对定量需要先进的软件及全面完备的数据库。Thermo Scientific TM LipidSearch TM 软件提供 LC/MS 数据精确的脂类鉴定,并自动整合复杂数据输出精简的总结报告。软件操作界面采用网页型设计,简便易用,大大减少了数据分析所需时间。
  • Orbitrap GC-MS HRAM代谢组学数据库在代谢组领域更深入地探索
    生物学是复杂的。为了解释这些复杂性,代谢组学分析需要复杂的分析技术和先进的软件解决方案。Thermo Scientific™ Orbitrap™ GC-MS HRAM 代谢组学库是第一个商用高分辨率精确质量(HRAM)电子电离(EI)代谢组学数据库。包含超过 800 种代谢物的 900 条专门的保留指数索引,范围涵盖植物、动物和微生物中初级和次级代谢产物(包括挥发物)。将功能强大的 Orbitrap 质谱技术和独特的 Thermo Scientific 软件数据处理工具相结合,能够比以往更容易地应对代谢组学实验中非靶向检测带来的困难和挑战。
  • 使用迭代 MS/MS 数据采集结合 Lipid Annotator 软件和 6546 LC/Q-TOF 改 善血浆脂质组的覆盖范围
    前言基于质谱的脂质组学面临的一项主要挑战是,实现对生物样品中宽浓度范围内大量不同脂质的全面表征。虽然鸟枪法脂质组学推动了脂质分析领域的发展,但它受到一些限制,包括无法区分可能具有重要生物学意义的同质异位物质,并且由于电离抑制而导致动态范围较窄。由此催生了将高效液相色谱 (HPLC) 与高分辨率质谱(MS) 联用的基于色谱的脂质分析方法。
  • 应用代谢组学批量数据分析工作流程表征细菌中的差异代谢物
    本文应用发现代谢组学的精确质量Q-TOF LC/MS 工作流程,研究了处于早稳定期和晚稳定期的细菌。所采用的软件可批量处理数据,使得数据分析更高效且实现了自动化。应用Agilent MassHunter Profinder(批量特征提取软件)总共从正离子数据中获得了488 个特征,从负离子数据中获得了623 个特征。采用Mass Profiler Professional (MPP) 进行的统计学分析揭示了细菌在早稳定期和晚稳定期丰度具有显著差异的特征。在正离子数据中,有57 个特征在早稳定期中的丰度要高于晚稳定期。而在负离子数据中,有52 个特征在早稳定期中的丰度要明显高于晚稳定期。为了理解这些代谢组学数据的生物学和生物化学背景,我们通过数据库搜索、精确质量MS/MS 谱库匹配,以及MS/MS 分子结构关联对超过100 个差异特征进行了标注和鉴定。
  • 色差数据与目视评估不一致为什么?怎么办?
    仪器的测量原理是非常理想的状态(比如完全漫反射照明),但目视评估时的光源是非理想状态;仪器测量只给出颜色数据;但目视评估会同时感受到颜色和其它外观参数(比如光泽度和透明性);仪器测量可能是单组数据,但目视评估可能是从不同方向看到多组结果。这种差异性的存在,将导致短期内很难完全解决色差数据与目视评估不一致的情况。我们希望利用现有的工具,通过合适的设置和方法,减少这种情况的发生。
  • 使用岛津仪器研究代谢组学和脂质组学的复合组学方法
    本实验将以能高效生产含硫代谢产物—麦角硫因的大肠杆菌作为样品,对在合成基质的半胱氨酸时使用的硫源中添加了硫代硫酸盐或硫酸盐,通过代谢组学和脂质组学的方法来评价有关含硫代谢产物依赖于培养过程的变化实例进行介绍。本次分析中,确认到了49种一次代谢产物成分,56种磷脂质成分。本研究以与半胱氨酸产生相关的含硫代谢产物为中心,对大肠杆菌的培养过程相对应的代谢变化进行了回顾,通过采用三重四极杆质量分析装置进行的代谢组学分析和脂质组学分析相结合,使更为详细的代谢变化评价成为了可能。
  • 致病微生物不定靶代谢组学研究
    Compound Discoverer和 TraceFinder 自动化数据处理使得检测及鉴定发生具有统计显著性的改变的代谢物变得流畅、简单。本文描述的代谢组学工作流程能够促进及时且可靠的数据采集、数据处理和结果阐释。Q Exactive GC 系统是一个有力的分析工具,可以用于研究复杂的细菌相互作用中的代谢变化,有助于提供前所未知的、关于分子水平上病原菌之间的相互作用的信息。Q Exactive GC 质谱仪是一种独特的分析工具,仅需简单设置即可通过全扫高分辨实验检测大量小分子代谢物。
  • 代谢组学在植物表型研究中的应用
    近年来,代谢组学受到研究者越来越多的关注,是当今分析化学和生命科学的一个前沿的交叉学科,有广阔的发展前景。代谢物种类众多,在体内的分布广泛,且不同代谢物的浓度范围相差极大,这对分析仪器及数据分析手段均提出了巨大的考验。许国旺研究员课题组(大连化物所高分辨分离分析及代谢组学组)是我国最早进行代谢组学研究、同时也是目前国内外实力最强的专注于代谢组学研究的课题组之一:该课题组多年来根据分析化学的特点和国际前沿研究领域的发展趋势,立足于中国现状,结合国家重大应用领域的需求与自身技术优势,以分离分析研究为立足点,生命科学、重大疾病、中医药现代化、公共安全等领域的复杂样品分析为切入点,开展极端复杂体系分析的方法学研究及其应用、代谢组学方法及其应用研究和转化医学等工作。目前,课题组拥有以许国旺研究员为核心的固定职工17人,现有硕、博士研究生20多名,学科背景涵盖分析化学、生物化学、临床医学、药学和微生物学等领域。
  • 使用 6545 Q-TOF 液质联用系统采集脂质组数据
    The measurement of lipids in a biological matrix to studytheir responses to diseases, drugs, genetic modifications, and other stimuli requires a Q-TOF system with outstanding resolution, mass accuracy, and sensitivity. In this application, the 6545 Q-TOF and 1290 Infinity LC system are used to analyze an induced sputum lipid extract from a donorwith chronic obstructive pulmonary disease (COPD). The 6545 Q-TOF is tuned by novel Swarm Autotune for optimal performance in the m/z range of the lipids, and data acquired in both positive and negative ionization modes with reference mass correction
  • 利用 AGILENT 6545 Q-TOF LC/MS 系统探究脂质组
    通过测量生物基质中的脂质追踪其对疾病、药物、基因修饰和其他刺激因素的响应,需要采用具有较高分辨率、质量精度和灵敏度的四极杆飞行时间液质联用系统。本应用采用 6545 Q-TOF 和 1290 Infinity 液相色谱系统分析来自慢性阻塞性肺病 (COPD) 患者的诱导痰脂质提取物。6545 Q-TOF 系统利用全新 Swarm 自动调谐功能进行调谐,可在脂质的 m/z 范围内获得最佳性能,并在具有参比质量校正功能的正负离子化模式下采集数据。
  • 利用Py-GCMS多元数据分析鉴定东亚传统手工纸
    本文提出了一种基于热裂解-气相色谱质谱联用仪(Py-GCMS)多元数据分析的分析方法,利用在纸张样品Py-GCMS分析过程中检测到的生物标志物,鉴别区分不同纤维材料来源的东亚传统手工纸。首先以总离子色谱(TIC)响应为输入变量,然后利用提取离子色谱(EICs)以提高主成分分析(PCA)的效果。研究还分析了不同数据预处理方法(原始响应与标准化值)对主成分分析的影响,包括变量的不同权重(权重为1 vs权重为1/std,其中std代表标准偏差)。结果表明,与常用的显微分析技术相比,Py-GCMS技术能够鉴别出具有相似微观形貌特征的手工造纸材料,如桑科下桑属和构属植物纤维。数据预处理影响了主成分分析模型的建立:结果显示,基于归一化值的分析更适合区分桑科造纸纤维的区分鉴别。各化合物组分权重为1的PCA分析中,得分图(score plot)上不同手工纸的位置分布受到载荷图(loading plot)中几个高浓度生物标记物的影响;而当将权为1/std时,PCA分析中,得分图上不同手工纸的位置分布受到载荷图中几组化合物(大部分浓度较低)的影响。此外,特征EICs可提供数据矩阵用于统计分析,与从TIC获得的数据矩阵相比,能够避免共洗脱化合物和背景的干扰。因此,本研究首次提出了一种基于PCA模型的快速Py-GCMS手工纸鉴别方法,用于东亚传统手工纸的鉴别。这一分析流程能够助益文化遗产材料的分析。
  • 多维脂质组学方法:HILIC联合离子淌度Tof质谱分析
    本研究中将使用结合TransOmics信息学软件的沃特世组学研究平台和采用离子淌度Tof MS (SYNAPT G2-S HDMS)的HILIC-UPLC分离可实现复杂生物混合物的多维分离,改善脂质分析中获取的信息。HDMS对照软件和TransOmics信息学软件可帮助实现生物样品之间的比较。
  • 易科泰植物表型成像技术应用:植物病害表型组学分析(二)
    自然界中的植物都会面临各种病害的侵染。病害防治更是农业生产中的重中之重。科学家们一直致力于用各种技术研究植物病害的发病机制和防治方法。在近年的最新研究中,新兴的组学研究技术逐渐成为病害研究的热点。在各种组学技术中,从直观、无损、快速、简便以及农业应用推广上考虑,植物表型成像分析技术无疑是最优的选择之一。
  • 易科泰植物表型成像技术应用:植物病害表型组学分析(一)
    自然界中的植物都会面临各种病害的侵染。病害防治更是农业生产中的重中之重。科学家们一直致力于用各种技术研究植物病害的发病机制和防治方法。在近年的最新研究中,新兴的组学研究技术逐渐成为病害研究的热点。在各种组学技术中,从直观、无损、快速、简便以及农业应用推广上考虑,植物表型成像分析技术无疑是最优的选择之一。
  • 高阻值片式电阻浆料的分散解决方案
    片式电阻浆料由导电相、玻璃相、添加剂和有机载体组成,方阻等级有0.1Ω-10MΩ等,产品种类多,复杂性强。其中,高阻值段片式电阻浆料存在一个明显的缺陷:阻值分布不集中,导致产品的良率偏低,增加企业成本,主要原因可能是浆料分散不均匀。为了解决上述技术问题,我们提供了用TRILOS三辊机均匀分散高阻值片式电阻浆料的方法。
  • 多维脂质组学方法:HILIC联合离子淌度实现飞行时间质谱法分析
    本研究中将使用结合TransOmics信息学软件的沃特世组学研究平台和采用离子淌度Tof MS(SYNAPT G2-S HDMS)的HILIC-UPLC分离可实现复杂生物混合物的多维分离,改善脂质分析中获取的信息。HDMS对照软件和TransOmics信息学软件可帮助实现生物样品之间的比较。
  • 应用GC Orbitrap 质谱仪进行致病微生物不定靶代谢组学研究
    • 这些实验的结果显示,绝大部分 Candida albicans 和 Staphylococcus aureus 之间互相作用都是跟糖类合成和以糖类作为主要碳源的代谢相关的,尤其是景天庚酮糖-7-磷酸 (sedoheptulose-7-phosphate)代谢。• Compound Discoverer和 TraceFinder 自动化数据处理使得检测及鉴定发生具有统计显著性的改变的代谢物变得流畅、简单。• 更为重要的是,本文描述的代谢组学工作流程能够促进及时且可靠的数据采集、数据处理和结果阐释。• 这些实验取得的结果证明 Q Exactive GC 系统是一个有力的分析工具,可以用于研究复杂的细菌相互作用中的代谢变化,有助于提供前所未知的、关于分子水平上病原菌之间的相互作用的信息。• 总而言之,Q Exactive GC 质谱仪是一种独特的分析工具,仅需简单设置即可通过全扫高分辨实验检测大量小分子代谢物。
  • 代谢组学在疾病、中药及植物表型的研究以及复杂样品分离分析新方法、新技术及代谢组学技术的其他应用
    近年来,代谢组学受到研究者越来越多的关注,是当今分析化学和生命科学的一个前沿的交叉学科,有广阔的发展前景。代谢物种类众多,在体内的分布广泛,且不同代谢物的浓度范围相差极大,这对分析仪器及数据分析手段均提出了巨大的考验。许国旺研究员课题组(大连化物所高分辨分离分析及代谢组学组)是我国最早进行代谢组学研究、同时也是目前国内外实力最强的专注于代谢组学研究的课题组之一:该课题组多年来根据分析化学的特点和国际前沿研究领域的发展趋势,立足于中国现状,结合国家重大应用领域的需求与自身技术优势,以分离分析研究为立足点,生命科学、重大疾病、中医药现代化、公共安全等领域的复杂样品分析为切入点,开展极端复杂体系分析的方法学研究及其应用、代谢组学方法及其应用研究和转化医学等工作。目前,课题组拥有以许国旺研究员为核心的固定职工17人,现有硕、博士研究生20多名,学科背景涵盖分析化学、生物化学、临床医学、药学和微生物学等领域。
  • 炒货制品纸铝塑包装阻湿性能的验证方法
    炒货制品纸铝塑包装阻湿性能的验证方法摘要:炒货制品本身营养很高,含有大量的维生素、蛋白质及油脂成分,需要加强对包装阻湿性能的监控。本文利用Labthink兰光W3/031水蒸气透过率测试仪测试炒货制品纸铝塑包装对外界水蒸气阻隔性能,并介绍了试验的基本过程、检测原理及试验设备的适用范围等内容,企业在选择透湿性能试验设备及测试方法时可加以参考。关键词:炒货制品、高阻隔、阻湿性、电解法、水蒸气透过率、水蒸气透过率测试系统了解关于更多相关仪器信息,您可以登陆www.labthink.com查看具体信息或致电0531-85068566咨询。Labthink兰光期待与行业中的企事业单位增进技术交流与合作。
  • 秒准MAYZUM在线浓度计:各行业实时监测和控制的必备工具
    秒准MAYZUM在线浓度计主要基于折射原理进行工作,通过测量溶液的折射率来确定其浓度。这种仪器通常具有高精度和高可靠性,可以连续工作,并且可以与计算机或控制系统连接,实现实时数据采集和自动控制。
  • 基于高光谱数据的山地植被分类研究
    本文探讨了利用AisaFENIX高光谱航空影像在山地农业植被分类中的应用,高光谱数据提供了对农场景观进行详细分类和量化的可能性,补充了当地专家的知识,增加了决策的可信度。本次实验作为新西兰Ravensdown/MPI PGP项目“Pioneering to Precision”的一部分,使用AisaFENIX高光谱成像仪对八个不同的农场(5个在新西兰北部,3个在新西兰南部)进行数据采集,得到在380-2500 nm范围内有448个光谱波段,空间分辨率为1米的高光谱数据。PGP项目的主要目标是根据光谱信息绘制土壤肥力图,以相同的空间分辨率分别在春秋季节进行高光谱图像采集。利用各种数据预处理和分类技术,对农场的牧草成分进行了分类,以确定哪种组合能提供佳的精度;用支持向量机(SVM)对草地进行分类,准确率达99.59%。对同一两个农场的额外景观成分进行了分类。分类为非牧场牧草地面覆盖物的成分包括:水、履土壤、麦卢卡、灌木丛、树胶、杨树和其他树种。通过研究分析证明高光谱技术可成功地用于高精度的植被分类,同时也可应用于景观要素分类和量化,比如肥料和农场经营管理、农村估价、农场战略管理和规划等。利用芬兰SPECIM AisaFENIX高光谱成像系统对新西兰北岛Patitapu 和 Ohorea进行数据采集,然后利用支持向量机(SVM)进行数据处理分类。从Patitapu图像中选择感兴趣的区域(ROI)来表示图像中的两个期望类:牧场和非牧场类。非牧场类包括非草地的元素,包括树木、灌木、路轨、建筑物、裸露的土壤和水。牧草类只包括草地牧草。分类精度是通过将正确分类的像素数相加并除以收集到的总像素来测量的。P
  • 基于质谱成像技术进行不同营养状态下小鼠肾脏脂质组学分析
    本文展示了应用成像质谱显微镜iMScope QT对不同营养状态下小鼠肾脏中脂质化合物的代谢变化进行研究的应用案例。使用iMScope QT结合数据分析软件IMAGEREVEAL MS对正常饮食小鼠和高糖高脂饮食小鼠肾脏组织切片中的脂质化合物进行检测和数据分析,计算每组的平均值、比值、P值等信息,最终筛选出17个上调脂质化合物、10个下调脂质化合物,为研究膳食模式、脂质代谢变化与肥胖三者之间的关系提供理论依据。
  • 组学技术在食品科学方向的应用
    食品组学作为一门科学,是利用基因组学、蛋白质组学和代谢组学的数据来确定食品的分子特征,以全面研究食品的。近两年来,一门新科学,也就是食品组学已逐渐被人们熟知。这门科学可以从更宽泛的角度来定义特定的食品。仅仅知道宏量营养素的组成或只了解其中某些成分的详细信息,已不能满足当下的需求。从健康特性角度出发研究新型食品的生产,或者从类似角度对现有食品进行归类,都需要用到基于食品组学的新的详细定义,特别是针对那些原产地和名称受到保护或者属于法律规范范畴的食品。事实上,近年来国际食物组学会议已成功举办了两次。作为一门科学,食品组学通过基因组学、蛋白质组学和代谢组学的数据来测定食品的分子结构,以便对其进行全面研究。气相色谱-质谱联用(GC-MS)和液相色谱-质谱联用(LC-MS)等多个平台均可用于研究代谢物的特性。但得益于现代模拟数字转换器(ADC)的发明,使用NMR具有以下多项优势:重现性高、样品制备简单,且由于其动态范围广,NMR能提供被测生物样品中有关分子组成的详细且可靠的信息。即便其灵敏度略低于其它技术,NMR仍可以完全复原生物生命系统的代谢状态。
  • Q Exactive高分辨质谱脂质轮廓谱表征用于食品组学研究中的不同食用植物油分类
    采用 Thermo Scientific? Q Exactive? 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪及相关组学软件,开发的基于脂质轮廓谱的食品组学辨别实用植物油分类的方法。在食品组学中,高分辨质谱为研究表征功能蛋白与活性小分子物质群提供了有力技术手段。
  • 石油馏分及工业脂肪族烯烃溴值的测定 应用资料
    石油馏分及工业脂肪族烯烃溴值的测定 应用资料根据ASTM D1159 电化学滴定法测量石油馏分及商用脂族烯烃的溴值试验方法。将已知质量的试样溶解于温度维持在0oC~5oC的溶剂中,然后用溴化钾-溴酸钾标准溶液滴定。当溶液中出现的游离溴引起电位滴定仪的电位突然改变时,即表示达到滴定终点。
  • 赛默飞数据非依赖采集DIA解决方案
    赛默飞建立的专门针对基于Orbitrap的数据非依赖采集(DIA)解决方案,工作流程统一、方法成熟、简单易用,适用于任何复杂生物学样本和临床样本的高通量蛋白质组学定量分析。整套解决方案包括了方法设置与数据采集、数据分析、应用实例、文献资料以及更多DIA相关信息资源和产品信息。对于临床研究中的数量庞大的高度、高度复杂的、不稳定的样本,DIA提供条件统一、无差别的质谱采集方法,能够在样本信息“完全未知”的情况下,对样本进行高通量、高速度采集,获得数据之后再进行深入解析和挖掘,是临床蛋白质组学实验的利器。对于生物学研究中的分析重点——多个时间点或多种条件下蛋白表达量的变化趋势,DIA的灵敏度、精确度和重现性为获得准确、可靠的定量结果提供了有力保障。
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