序列变异

外显子组测序和靶向基因组合测序是常用的新一代测序 (NGS) 方法，用于鉴定和表征科研与临床样品（如癌症样本）中的不同基因突变。基因组合靶标设计、实验室处理操作和生物信息学分析等许多因素都会影响变异/畸变检测的灵敏度和准确性。本文展示相同 FFPE 样品在多个供应商的六种不同文库制备试剂盒中得到的对比结果。在 100X 原始测序深度下，Agilent SureSelectXT HS 文库制备试剂盒在四个关键指标上表现出最佳性能，即在靶率、平均读出序列深度、20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率以及捕获前文库产率。供应商 A 试剂盒在 20X 读出序列深度下的靶标碱基覆盖率和捕获前文库产率两个指标中排名第二；供应商 E 在在靶率和平均读出序列深度两个指标中排名第二。总体来说，Agilent SureSelectXT HS 试剂盒的性能优于评估的其他 5 种试剂盒。

目前，由 NMR 波谱确定的小分子结构表征主要遵循完善的规程，这些规程依赖于一系列相关的二维实验，包括 COSY，TOCSY，NOESY/ROESY，HSQC，HMQC 和 HMBC 序列，或其变体【1】。如今，我们更加关注开发实验方法，已将其确立为主要技术。这些实验方法通常凭借低温探头等敏锐的现代仪器快速收集数据集。仪器性能的改进进一步引进了 NMR 并行采样技术（PANSY）【2】，使用多个接收单元，仅需一次实验便可建立有机小分子的分子结构（PANACEA）【3】。在此，我们展示了多达五个基于 1H 直接检测的常规 NMR 脉冲序列可组合为单个超级序列。与常规数据记录相比，该方法显著节省了时间，并提高了 NMR 实验效率，其在组合脉冲序列中仅采用单次恢复（弛豫）延迟（d1）的方法。

作为生物药品的N末端氨基酸序列分析的实例，这里介绍使用蛋白质测序仪PPSQ-50A系列分析小鼠抗体IgG的氨基酸序列分析。

摘要　采用核磁共振成像技术 MRI,magneticresonanceimaging 中的反转恢复自旋回波 IR,inversionrecoveryspinecho 序列对猪肉进行二维成像 , 从信号成像的质量效果入手 , 在改变成像参数的情况下分析图像变化规律。探索 IR序列成像信号强度和对比度之间有相关性 , 得到最佳的参数。这将为今后在猪肉的保藏与加工过程中质量的评估打下良好的基础。关键词　核磁共振成像 MRI 　IR序列　猪肉　信号强度

本文应用岛津蛋白质测序仪PPSQ-53A，对经过无花果蛋白酶酶切处理解除N端封闭的多黏菌素B2组分进行氨基酸序列分析，测得N端氨基酸序列为Thr-DABA-X-DABA-Phe-Leu-DABA-DABA-Thr（X代表信号无检出），与理论一致。本方法操作简单、检测灵敏可靠，可作为多肽类抗生素氨基酸序列分析时的参考。

"安捷伦快速序列火焰原子吸收系统可通过一次进样实现多元素同时分析，在降低分析成本的同时，还具有序列式 ICP-OES 的分析速度与效率。该系统与智能样品在线导入系统 SIPS 10/20 相结合，只需配制一个最高浓度标准溶液作为母液，即可自动稀释获得其它浓度的标准溶液，并且能够对超出标准曲线范围的样品自动智能稀释后进样。建议同时配备 SPS 4 自动进样器，以实现全自动、无人值守的快速检测。

通过自制脱盐装置对蛋白质药物注射用重组人促红素原液（CHO细胞）进行脱盐处理，应用蛋白质测序仪PPSQ-53A进行重组人促红素的N-末端氨基酸序列分析，避免了盐分干扰和对仪器的损害，成功测定了样品N-末端前15个氨基酸的序列，结果与理论一致，表明使用PPSQ可以检测蛋白质的N-末端序列，是生物技术药物研发和质控管理中具有重要作用的分析手段。

本文将介绍利用 Agilent 2100 生物分析仪系统的微流控芯片电泳，在新一代测序工作流程的 SureSelect 靶向序列捕获之前或期间，对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织的 DNA 样品进行质量控制。借助 2100 生物分析仪系统可靠的 DNA 电泳技术，可提供弥散条带谱及详细的文库统计信息，例如峰高、平均弥散条带分子量、分子量分布和 DNA 浓度。FFPE DNA 样品的结果与新鲜冷冻组织和对照 DNA 的 DNA 分析结果具有可比性。

安捷伦快速序列火焰原子吸收系统可通过一次进样实现多元素分析。在分析过程中，所有空心阴极灯均开启，高速反射镜驱动装置可根据需要迅速切换至合适的空心阴极灯。“气锤式”气体控制系统能瞬间改变气流，在最佳条件下对每种元素进行分析。从而大大提高分析效率，降低运行成本，并尽可能减少所需的样品量，同时降低试剂和处理成本。

MALDI-8020作为台式基质辅助激光解析电离飞行时间质谱，体积紧凑、分析速度快、仪器维护方便，性能卓越，是蛋白质序列分析的有力工具。

本文对血清中的铜、铁、锌进行超声酸提取，减少了湿法消解引入的误差，缩短了前处理时间，同时使用 Agilent AA 240FS 火焰原子吸收中 FS 快速序列测定功能，实现了一次进样同时测定血清中铜、铁、锌含量，平均每个样品测定耗时约 40 s，耗用样品量 2–4 mL，该法尤其适用于难以取样或样品量较少的生物样品，既节省样品量，又缩短了分析时间，相较于传统的单元素测定，极大的提高了工作效率。

本文介绍了采用安捷伦快速序列火焰原子吸收光谱仪同时测定土壤中铬 (Cr)、铜 (Cu)、镍(Ni) 和锌 (Zn) 元素的方法，对多种土壤成分分析标准物质 GSS-4、GSS-8、GSS-9、GSS-11、GSS-13、GSS-21、GSS-23、GSS-24 中 Cr、Cu、Ni 和 Zn 元素进行验证测试，测定值在标准物质标准值范围内。该方法操作简便，方法检测限完全满足《土壤环境质量 农用地土壤污染风险管控标准 》的分析要求，适用于土壤中多元素的快速测定。

本文建立了一种使用岛津超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱进行寡核苷酸分子量测定和序列确认的方法。目标寡核苷酸是长度为21mer、进行了2'-O-methyl修饰的RNA类型的寡核苷酸。使用Insight Explore CSD软件中Respect算法进行多电荷解卷积处理，寡核苷酸各同位素峰分离良好，单同位素质量误差0.16 ppm。使用Protein metrics中Oligo模块进行了寡核苷酸序列确认，结果显示目标寡核苷酸序列与设计序列匹配良好。可为寡核苷酸分子量测定和序列确认提供参考。

Using GenOptics SPRi sensitive technology (Surface Plasmon Resonance imaging) a method was developed to detect DNA point mutations.

目前，LTQ-Orbitrap Elite 组合式质谱仪结合了以前的双压线性离子阱质谱仪和新型高场 Orbitrap TM 质量分析器，提高了 MS和 MSn 的性能和多功能性。该系统具有高于 240,000 的分辨率（FWHM）、更高的灵敏度、高扫描速度和更大的动态范围，同时结合了多种碎裂技术，为深度复杂样品分析，包括蛋白质组学、代谢组学、脂类组学等样品的鉴定，翻译后修饰和定量分析，提供了全面、高效和快速的质谱分析平台。

目前，在蛋白质的分析中，使用质谱仪及利用基因组数据库搜索引擎进行蛋白质鉴定的蛋白质组分析是主流的分析技术。体内表达的蛋白质经过翻译后修饰而具有各种功能，并且前体和成熟蛋白质之间可能具有不同的理论质量数。在不使用数据库的情况下，使用质谱仪鉴定氨基酸序列非常复杂和困难。另一方面，作为常规方法，使用埃德曼降解法的蛋白质测序仪所得到的氨基酸序列结果的可靠性高，即使在数据库不充分的情况下，也可以轻松地鉴定氨基酸序列。本次为您介绍使用蛋白质测序仪PPSQ™ -50A系统（等度系统和梯度系统）对含有半胱氨酸和胱氨酸的样本进行氨基酸序列分析的实例。

利用化学偶联法将末端修饰氨基的寡聚核苷酸固定在表面修饰有羧基化碳纳米管(CNTs-COOH)的金电极表面,制备新型核酸探针, 可以特异性结合目标单链寡聚核苷酸. 以阿霉素作为嵌合指示剂, 利用示差脉冲法测定杂交的结果. 经过实验条件的优化, 测定DNA 浓度在1.0×10－6～1.0×10－9 mol/L 呈良好的线性关系. 检测限为: 2.54×10－10mol/L. 碳纳米管特有的纳米结构对检测结果的放大作用, 提高了该传感器的检测限和灵敏度

本文介绍了利用微量IgG蛋白（来自小鼠血清）进行氨基酸测序的方法。。PPSQ-51A/53A梯度系统测序简便、可靠，是蛋白质分析不可缺少的工具。

文中使用筛选合适的DNA条形码序列,以建立基于DNA条形码技术的银柴胡及其混伪品鉴定方法。该研究团队共收集了60份银柴胡及其混伪品，进行DNA提取：取经鉴定的银柴胡及其混伪品基原植物样品30 mg, 干燥药材去除表皮取中间部分50 mg,加入GP1 缓冲液和钢珠2 枚, 经高通量组织研磨机（美国SPEX公司 Geno 2010）研磨4 或6 min 后, 采用DNA 提取试剂盒提取总DNA,详细操作参照试剂盒说明书。结果显示, ITS序列的PCR扩增及测序成功率最高,为95.2%, matK最低,为75% 4种序列的长度范围为211～797 bp, ITS的GC含量在各序列中最高,为54.35% matK和ITS的鉴定成功率较高,分别为92%和90% Barcoding gap图显示ITS有明显的间隔区, rbc L、mat K和psb A-trn H序列间隔区不明显或种间种内变异有部分重叠 NJ系统进化树显示, ITS可将银柴胡聚为一支,同属混伪品二柱繁缕与银柴胡明显分为不同支, rbc L和mat K不能把混伪品二柱繁缕分开。因此, ITS序列可作为银柴胡及其混伪品鉴定的优选条形码序列,为银柴胡的真伪鉴定提供科学依据。

重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，用PCR扩增（引物设计时尽量避免有CpG，以免受甲基化因素的影响）所需片段，则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。最hou对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点的甲基化状态。

Agilent 2200 TapeStation 系统可对新一代测序 (NGS) 工作流程中的样品进行全程分析，从最初的起始材料一直到测序前的最终 DNA 文库质量控制 (QC)。本应用简报遵循 SureSelect 文库制备实验方案，展示了基因组 DNA ScreenTape、D1000 ScreenTape 及高灵敏度 D1000 ScreenTape 分析方法对该工作流程中样品的分析性能及适用性。数据证明了 2200 TapeStation 系统是可靠的文库分子量测定及定量分析 QC 平台。数据还证明了这些 DNA ScreenTape 分析方法与 Agilent 2100 生物分析仪的相应分析方法具有可比性，并在其性能指标内。

A numerical implementation of the advectionequation is proposed to increase the temporal resolution ofPIV time series. The method is based on the principle thatvelocity fluctuations are transported passively, similar toTaylor’s hypothesis of frozen turbulence. In the presentwork, the advection model is extended to unsteady threedimensionalflows. The main objective of the method is thatof lowering the requirement on the PIV repetition rate fromthe Eulerian frequency toward the Lagrangian one.

MALDI-8020作为台式基质辅助激光解析电离飞行时间质谱，体积紧凑、分析速度快、仪器维护方便，性能卓越，是蛋白质分子量分析的有力工具。

通过 Trypsin，LysC，Chymotrypsin，GluC 和 AspN 5 种酶进行多酶酶切，采用 HCD 和 ETD 两种互补碎裂方式，以及后续的软件分析和人工确认，建立了单抗药物简单、快速的 De novo 质谱测序分析流程，为未知氨基酸序列蛋白药物的分析和确认提供了质谱方法，有望大规模应用于生物制药企业的早期研发中。

采用SPD-M30A检测器，实现高灵敏度检测；采用等度洗脱分离苯乙内酰硫脲（PTH-氨基酸），基线稳定，保留时间重复性好，降低分析成本；符合FDA 21 CFR Part11要求的完备功能；简单、方便的数据分析功能。

肽阵列的这种适应性应用表明，通过培养绵羊（ARQ）PrPC与麦芽糖结合蛋白（MBP）融合的成熟部分，PrP部分与绵羊朊病毒衍生肽之间发生了结合，并表明单个PrP分子之间可能发生一些特定的自相互作用；在此说明肽阵列的这种适应性应用是进一步明确哪些不同的氨基酸序列参与蛋白质-蛋白质相互作用的可行方法。

本手稿的目的是检查VDC设备的关键参数和使用其开发的方法，并强调开发、验证和实施高效VDC方法时必须充分理解的潜在变异性来源。

线粒体病是遗传缺陷引起线粒体异常，致使ATP合成障碍、能量来源不足等导致的一组异质性病变，又称为线粒体细胞病。为了确保低丰度mtDNA突变的检测不受核假基因的干扰，许多研究人员采用传统的氯化铯密度梯度离心法来富集mtDNA，或在NGS二代测序前通过PCR富集特异性的mtDNA序列，该方法虽然是mtDNA富集的金标准，但是整个富集流程所需试剂多，操作繁琐且耗时。SageHLS只需通过一个步骤，就可富集得到mtDNA。整个工作流程完全自动化，仅包含1.25小时的提取和片段分离电泳，以及1.5小时的洗脱。

中药陈皮中的橙皮苷具有抗氧化性，防止自由基的形成，能够作为功能性因子加入到食品中。参照2010版药典，对橙皮苷的提取需先采用石油醚索氏提取陈皮中的挥发油类成分，然后再进行橙皮苷的提取，该前处理方法需要消耗大量的时间和溶剂。赛默飞生产的加速溶剂萃取仪（ASE），很好地解决了上述问题，具有简单、快速、溶剂消耗小、萃取效率高及环境污染小等优点。采用ASE提取，建立序列（sequence）的方式，分别用石油醚和甲醇顺序提取，能够在半个小时左右的时间内处理好样品，大大的节省了前处理时间及溶剂消耗。

通过拉曼光谱对变异山羊绒纤维的为进一步探究变异山羊绒纤维的拉伸、染色、防缩等性能以及后加工整理技术提供一定的判断依据。