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小鼠大脑皮层

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小鼠大脑皮层相关的资讯

  • Nature:中心体调控大脑皮层发育的崭新机制
    放射状胶质细胞是大脑发育最为关键的一种神经前体细胞,分裂产生大脑皮层几乎所有的神经元和胶质细胞。所有动物细胞都有中心体,通常位于细胞核附近的细胞质中。然而中心体在放射状胶质细胞内的定位十分独特,位于远离细胞核的顶端细胞膜上,即脑室腔的表面上。这种独特的亚细胞特征已被发现数十年,但其成因及功能一直令人困惑。清华大学生命科学学院、IDG-麦戈文脑科学研究院时松海教授和结构生物学高精尖创新中心史航研究员课题组线发表了题为“中心体的锚定调控神经前体细胞特性和大脑皮层的形成”(Centrosome anchoring regulates progenitor properties and cortical formation)的研究论文,首次揭示了中心体调控哺乳动物大脑皮层神经前体细胞机械特性和分裂能力,进而影响大脑皮层的大小和折叠的崭新机制。这一发现公布在Nature杂志上。时松海教授和史航研究员课题组采用基于透射电镜成像的连续超薄切片技术,首次观察到了放射状胶质细胞内的中心体是通过附着在母体中心粒上的远端附属物(distal appendages)锚定在顶端细胞膜上的(图1)。为了探索其分子调控机制和生理功能,研究人员在大脑皮层放射状胶质细胞内特异性地去除了远端附属物的重要构成蛋白CEP83,使得远端附属物无法形成,从而阻止中心体与细胞膜的连接。结果发现,去除CEP83蛋白后,母体中心粒上不再形成远端附属物,中心体和顶端膜发生了微小的错位,不再锚定在顶端膜上。进一步研究表明,中心体这一不足1微米的位移,不是通过影响初级纤毛的形成,而是破坏了顶端膜上特有的环状微管结构,导致顶端膜被拉伸、变硬。这一物理特性的改变引起了放射状胶质细胞内机械敏感信号通路相关的YAP蛋白(Yes-associated protein)的过度激活,从而导致了放射状胶质细胞前期的过度扩增以及之后中间前体细胞的增多,最终使得大脑皮层神经细胞显著增加,体积扩大,并引发异常折叠。该研究解决了长期以来关于放射状胶质细胞内中心体特殊定位原因和作用的谜题,为研究神经前体细胞行为和皮层发育调控提供了全新的角度。另外,中心体相关的许多突变都和小头症(microcephaly)紧密相关,然而该研究首次揭示了中心体蛋白突变导致大头症的机制。更重要的是,人类CEP83双等位基因突变会导致脑室体积增大,智力障碍和小儿肾消耗症,该研究为揭示人皮层形态和智力异常提供了重要线索。
  • 单细胞测序绘制人类大脑皮层图谱,揭示神经发育中分子动态特征
    从解剖学角度来看,大脑可以被细分为多个特定区域,包括新皮层(neocortex)。大脑皮层是高级认知的中枢,是人类进化过程中大脑中扩张和多样化最多的区域。早期的大脑分区和皮层分区是由形态发生梯度(morphogenetic gradient)引导建立的【1-2】,但随着发育进程的展开,这些早期模式如何产生更加精细更加离散的空间差异目前还不是很清楚【3】。大脑皮层的发育过程已被研究了一个多世纪,历史上科学家通过每次只观察一种细胞类型,研究少量的基因,随后逐步拼接整个发育事件来进行探索。但我们必须意识到,大脑在同一时间并不是只产生一种细胞类型,而是数百种细胞类型一起发生发展,就像交响乐一样美妙且复杂。随着单细胞和空间转录组学的出现和发展,结合大数据分析,我们已经能够去探究神经发育这支交响乐中所隐藏的规律。2021年10月6日,来自美国加州大学的Arnold R. Kriegstein团队在Nature杂志上在线发表了题为An atlas of cortical arealization identifies dynamic molecular signatures的研究论文。该研究利用单细胞测序研究了神经发育和早期胶质生成阶段10个主要的脑区和6个新皮层区域,揭示了不同皮层区域不同细胞纵向发育的分子图谱。绘制人类大脑发育图谱 为了描绘大脑发育过程中不同脑区及皮质区域的细胞多样性,作者收集了妊娠中期(怀孕3-6个月,神经发育高峰期)的大脑组织,随后进行为分割(大脑细分后的区域称为“regions”,皮层细分后的区域称为“areas”)和单细胞转录测序(图1)。作者从13个个体中拿到了10个脑区(主要是前脑、中脑和后脑)样本及6个新皮层区域样本(prefrontal cortex(PFC), motor, somatosensory, parietal, temporal 和primary visual(V1)皮层),最终获得了698,820个高质量的单细胞数据。通过UMPA(uniform manifold approximation and projection,新的降维技术,用于数据可视化和探索)分析,作者发现了预期的细胞类群(包括excitatory neurons,intermediate progenitor cells(IPCs),radial glia等)。数据表明,在整个大脑中,细胞类型是产生区域分化隔离的主要因素。区域特定基因分析显示,一些区域特异性基因存在于同一区域中的多个细胞类型中,说明某些区域性表达基因特征在细胞类型中具有高度渗透性。图1. 测序样本收集示意图新皮质中的细胞类型 已有研究表明新皮质包括几十个专门从事认知过程的功能区【4】。V1和PFC中的神经元在出生后就完全不同【5】,而其他的细胞类型并没有展示出明显的区域特异性差异。为了进一步扩展已有的研究,作者对来自于特定皮层区域的单细胞进行测序分析,获得了387,141个高质量的单细胞数据。通过分析,作者发现了预期的细胞类型,包括Cajal-Retzius neurons, dividing cells, excitatory neurons等。随后,按细胞类型进行分层聚类得到了138个新皮质细胞群,其中104个细胞群是由来自多个皮层区域的细胞组成的。动态区域性基因特征 为了探究新皮质发育过程中的细胞区域性差异,作者在皮质不同区域的兴奋性谱系中(radial glial (RG), IPCs和excitatory neurons)寻找每个细胞类型中的差异表达基因,同时通过检测已知的区域特异性基因的表达来评估皮质区域划分的可靠性。作者构建了星座图来探索不同皮质区域细胞类型之间的关系:RG节点主要在同细胞类型之间相互连接;IPC与兴奋神经元之间存在相互连接;PFC 和 V1 细胞类型节点之间没有连接,说明这两个基因表达模式之间相互排斥。在每一组区域标记基因中,作者鉴定了编码转录因子的基因,这些转录因子在特定区域的细胞中大量富集。其中包括一些在区域化过程中功能已知的转录因子,例如NR2F1和BCL11A,这两个基因都与神经发育疾病相关【6】。作者还发现一些与皮层区域化不相关的转录因子:在V1中,包括NF1A, NF1B和NF1X,它们是大脑发育的重要调节因子,与大头症和认知障碍有关【7】;ZBTB18, 大脑扩张驱动因子,与神经元分化和皮层迁移有关;在PFC中,包括HMGB2和HMGB3,它们在发育的不同阶段在神经干细胞中差异性表达,是神经分化的关键性调节因子,但它们在皮层区域化的过程中的功能未被研究和报道。原位杂交验证候选标志物 上述单细胞数据揭示了人类大脑发育过程中皮层的6个不同区域内细胞类型的多样性和转录谱。接下来,作者选择了兴奋神经元簇的候选标记基因进行验证,采用单分子荧光原位杂交(single-molecule fluorescent in situ hybridization, (smFISH))量化了20个样本中(来自4个皮质区域)31个RNA转录本的表达情况(图2)。与之前的报道一致,神经基因SATB2和BCL11B呈现区域动态性表达:他们在frontal区域共表达,但在occipital区域相互排斥。通过分析所有的区域,作者找到了新的亚细胞群标志物候选基因:NEFL, SERPINI1和NR4A1。这三个基因在PFC, somatosensory, temporal和V1皮层细胞中的表达量基本相等,但是它们相对的空间位置发生巨大改变:NEFL, SERPINI1和NR4A1在PFC中共表达,但在其他区域中相互排斥;在somatosensory皮层中,这些标记基因主要表达在上层分子层中。图2. 自动化空间RNA转录检测流程综上所述,该研究对新皮质区域不同细胞类型的基因表达特征提供了细致的理解。作者发现:(1) 在主要的大脑结构中,区域特征在不同的细胞类型中非常普遍;(2) 新皮质中的区域特征非常特殊,受限于单个细胞类型;(3) 除了细胞类型特征外,细胞的发育阶段(即妊娠周)是基因表达特征组合的有力决定因素。这些发现表明,区域特异性基因表达特征的动态变化速度非常快,而且是细胞类型特异性的(图3),这与之前的理论似乎不太一致,在以前认知中,基因表达模式通常被认为是一旦建立就会持续存在。通过绘制大脑发育过程中的基因表达图谱,研究人员对大脑皮层是如何形成有了更好的理解,有助于探索大脑皮层是如何在神经发育疾病中受到影响的。图3. 发育过程中皮层区域化模式图原文链接:https://doi.org/10.1038/s41586-021-03910-8
  • 杨扬/韩华团队成功开发小鼠听觉皮层亚细胞结构的三维电镜重构算法
    2022年8月,上海科技大学生命科学与技术学院杨扬团队与中国科学院自动化研究所韩华团队合作,在Cell Press细胞出版社期刊Cell Reports上以长文形式发表了题为“Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data”的研究论文,该研究通过对恐惧学习小鼠听觉皮层突触的三维电镜重建和大规模比较分析,探究了小鼠听觉皮层中与恐惧记忆相关的神经元突触等亚细胞结构的变化情况,并用模型分析方法揭示了突触连接模式变化引起的信息存储容量的大幅提升。中国科学院自动化研究所刘静助理研究员、上海科技大学生命科学与技术学院漆俊倩博士、中国科学院自动化研究所陈曦研究员和李贞辰博士生为本文的共同第一作者,杨扬研究员、韩华研究员、谢启伟教授为本文的共同通讯作者。大脑中的神经网络由神经元通过复杂的突触连接构成,神经元编码、处理和存储信息从根本上依赖于突触的连接模式以及在此基础之上的协调活动,解析突触的连接模式对理解大脑的结构与功能至关重要。在哺乳类动物大脑中,除了由单个轴突小结(axonal bouton)与单个树突棘(dendritic spine)形成的1-1型连接,即单位点突触连接外,大脑中的突触连接模式还包括由单个轴突小结与多个树突棘形成的1-N型连接,或多个轴突小结与单个树突棘的N-1型连接,统称为多位点突触(multiple-contact synapses,MCS)。此前,已有很多研究通过光学显微镜发现学习记忆可以改变突触的组织结构,由于突触间隙宽度仅有几十纳米(低于一般光学显微镜的衍射极限),因此在光学显微镜下观察突触结构的精细变化非常困难。与此同时,突触三维结构的光学数据获取和分析高度依赖于人工,更是极大限制了突触结构的重建数量和分析规模。为探究学习记忆如何促进突触多位点连接模式的形成及效果,本项研究以经典的听觉条件恐惧学习(auditory fear conditioning)为范式设置了实验组和对照组,基于大规模序列电子显微镜成像技术和深度学习识别模型,实现了电镜图像中多种亚细胞三维结构的自动提取,重构了小鼠听觉皮层135,000个线粒体和160,000个突触。实验组和对照组的大规模对比分析表明,尽管恐惧学习训练没有改变突触的空间密度与空间分布,却特异性地增加了1-N型突触的比例。进一步分析发现,绝大多数1-N型突触中的树突棘来自不同树突主干,并且这种多树突1-N型突触在神经元网络中能够起到信号广播的作用。为了进一步分析多树突1-N型突触的信息编码能力,本项研究建立了基于香农信息熵来计算突触信息存储容量(information storage capacity,ISC)的组合数学模型。在无新增突触的静态网络和包含新增突触的可塑性动态网络两种条件下,分别计算了引入多树突1-N型突触的ISC增量。在静态网络中,引入此类突触只是略微增加了ISC容量,而在动态可塑性网络中,此类突触将信息存储容量显著提高了50%。综上,基于序列电子显微镜成像技术和深度学习计算方法,研究者开发了小鼠听觉皮层亚细胞结构的三维电镜重构算法,自动重建精度可以满足大规模分析的精度需求,有效地节省了人工校验时间消耗,极大提高了分析效率。大规模电镜重构和对比分析结果在亚细胞水平揭示了学习记忆对大脑皮层突触、线粒体的组织结构和连接模式的影响,为类脑计算仿生模型的精确建模提供了结构基础和启发依据。图:(上左)听觉条件恐惧学习的对照组和实验组。(上右)轴突小结与树突棘替换或增加的示意图。(中左)不同突触连接模式的电镜图像及三维重构结果。1-N型突触由单个轴突小结与多个树突棘形成,N-1型突触由多个轴突小结与单个树突棘形成。(中右)不同突触连接模式示意图。绿色:树突;蓝色:轴突。(下左)密集重构揭示绝大多数1-N型突触中的树突棘来自不同树突主干。(下右)无新增突触的静态网络和包含新增突触的可塑性动态网络。该研究获得了国家科技创新2030重大项目、中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、北京市科技计划的经费支持。作者专访Cell Press细胞出版社公众号特别邀请杨扬研究员、刘静博士和韩华研究员代表研究团队接受了专访,请他们为大家进一步详细解读。CellPress:过去也有基于电镜图像重构来探究突触和线粒体的研究报道,有的还完成了更大规模的密集重构。本文的方法和思路与过去的研究有何不同?杨扬研究员:电镜图像的密集重构对运算量的要求很高,工作量极大。而本文所使用的方法可以在不做密集重构的前提下,选择性识别和分割出研究者感兴趣的亚细胞结构,如本文关注的突触、线粒体,也可以推广到其他有特殊结构的细胞器。已有的突触或线粒体的自动重构算法多是像素或体素分割模型,也就是将图像中的像素或体素分类成前景或者背景。本文所使用的region-based卷积神经网络是一种实例分割网络,可端到端的完成目标实例的检测和分割。另外,针对强各向异性的序列电镜数据,本文提出一种2D到3D的重构方法,首先在2D上识别和分割亚细胞结构,随后应用3D连接算法完成3D的重构。这种方式可有效避免直接应用3D卷积神经网络带来的目标尺度在特征空间和图像空间不一致的问题。CellPress:多位点突触是一个新的概念吗?本文对此类突触的研究有何特别之处?杨扬研究员:一个突触前轴突小结与多个突触后树突棘形成的1-N多位点突触,和多个突触前轴突小结与一个突触后树突棘形成的N-1多位点突触,在过去的文献中都有过报道。但限于电镜图像人工识别的效率,过去的工作未能对这种特殊突触进行大规模的定量研究。本文通过基于机器学习的自动识别与重构算法实现了这一突破。此外,连接同一个多位点突触中的多个树突棘是来自同一根树突还是不同树突,代表了两种不同的神经元连接方式:前者仍是1对1的神经元连接,后者则是1个神经元对多个神经元的信息广播。本文通过密集重构,首次对这两类多位点突触进行了区分和定量,并发现后者在大脑皮层中,特别是学习之后占据了绝大多数,提示这种连接可能表征了大脑中突触层面的记忆痕迹。CellPress:人工智能算法在这个研究中发挥着怎样的作用?刘静博士、韩华研究员:近年来,人工智能算法已经深入应用到生命科学领域,加速甚至革新了生物学的研究进程。在连接组(Connectomics)领域,面对海量的高分辨电镜数据,借助人工智能算法绘制神经元的线路图是一个必不可少的环节。在本文中,我们设计了一套深度学习算法工具集,可以自动识别序列电镜图像中神经元、突触以及线粒体并恢复其三维形态。深度学习算法的应用大大提高了识别效率,将人从大量冗余复杂的标注工作中解放出来,加速了研究进程。CellPress:可否用简要的语言解释文中所提及的突触连接静态网络和动态网络,两者最核心的区别是什么?具有何种生物学意义?刘静博士、韩华研究员:突触连接网络是指根据神经元的几何拓扑特征来模拟突触连接模式的一种建模方式。其中,静态模型中仅考虑稳定的突触连接,假设没有新突触的形成或旧突触的消亡,本文使用信息熵定义静态网络的信息存储容量。而动态模型则将突触可塑性引入到网络中,允许新突触的形成,本文使用信息熵的增益表示新突触形成带来的信息存储容量的增加。动态模型通过模拟突触可塑性,与真实的大脑神经网络更为相似。CellPress:您认为该项研究对类脑计算有什么启发吗?刘静博士、韩华研究员:类脑智能(Brain-inspired Intelligence)本身就是通过模仿和借鉴人类神经系统的工作原理以构建新型的计算结构和智能形态。然而,目前人对大脑的生理机制还知之甚少。类脑研究的第一步就是要理解大脑,突触作为神经元连接的桥梁,是大脑中最重要的结构之一。突触的可塑性(synaptic plasticity)被认为与长时程记忆(long-term memory)有关。本文通过恐惧学习实验范式和电镜成像技术,发现了恐惧记忆能促进小鼠听觉皮层中一种特殊的1-N突触连接模式的形成,且这种连接模式大大增强了局部环路的信息编码能力。本研究中发现的这种局部神经环路信息传递模式或许能够作为一种记忆存储模块启发新型的类脑计算模型。作者介绍谢启伟教授谢启伟,北京工业大学现代制造业基地教授研究兴趣、领域:数据挖掘、图像处理和复杂系统智能;应用图像处理、机器学习和深度学习等方法研究基于电镜数据的神经元重建,集中于神经元电镜图像的前处理、超体素分割、图融合后处理等方法的研究,为神经科学提供有力工具,期待从脑的结构中挖掘出智能的本源。韩华研究员韩华,中国科学院自动化所研究员研究兴趣、领域:高通量显微成像技术产生海量影像数据,如何重构数据、分析数据、可视数据等已成为脑科学与类脑研究领域的重大挑战。我们致力于建立我国微观脑图谱的高通量技术体系和自主可控技术平台,持续突破大体块神经组织样品制备、长时程超薄切片连续收集、高通量扫描电镜三维成像、高精度神经结构三维重建等关键技术,开展多个百TB规模的微观脑图谱绘制工程,为构建类脑计算仿真提供生物真实网络和仿生建模依据。杨扬研究员杨扬,上海科技大学生命科学与技术学院助理教授、研究员研究兴趣、领域:以条件恐惧学习和增强式学习为行为范式,使用在体双光子成像、双光子全息光遗传、电镜、电生理等技术,研究与学习记忆相关的神经环路活动性和可塑性,及神经调制系统在其中所起的作用。
  • 科学家绘制出哺乳动物大脑运动皮层细胞图谱
    美国BRAIN计划于2017年设立了“大脑细胞普查网络”项目(BICCN),旨在对人类、猴和小鼠大脑中的不同细胞进行识别和分类。目前该项目第一部分已经完成,在分子水平上对哺乳动物初级运动皮层细胞类型进行了全面的定位和图谱绘制。近期,该研究成果在《Nature》期刊上同时发表了16篇文章,并以合集的形式呈现。  该系列论文介绍了项目方法、工具、研究结果和产生的数据集。该项目绘制了哺乳动物初始运动皮层多层次、多模式的细胞图谱,具体包括:(1)利用转录组、染色质可及性、DNA甲基化图谱等多组学描绘了运动皮层细胞中的分子遗传景观;(2)跨物种分析揭示了从小鼠到狨猴到人的细胞类型的保守性;(3)原位单细胞转录组学揭示了运动皮层空间图谱;(4)交叉模式分析揭示了神经元类型的生理与解剖特性和基因调控基础。该项目构建的大脑皮层初级运动神经元图谱中,涵盖了小鼠、非人灵长类动物以及人类大脑中神经元的分子、功能以及与其物理状态相关的数据,并向公众开放(https://biccn.org);同时构建了可以直接应用的软件,确保这些数据能够对神经元多样性的性质和起源的研究有帮助。  该研究形成的数据库对于理解运动神经环路是如何工作的提供了研究数据库和操作平台,同时这些研究成果对于制定特定细胞类型的大脑疾病治疗方案至关重要,最终将有助于临床医疗手段和药物研发,实现个性化医疗。   论文链接:  https://www.nature.com/collections/cicghheddj
  • Nat Neurosci:清华大学时松海团队揭示乳酸代谢调控大脑新皮层发育的关键机制
    2022年6月20日,清华大学时松海课题组在 Nature Neuroscience 期刊在线发表了题为:Metabolic lactate production coordinates vasculature development and progenitor behavior in the developing mouse neocortex(乳酸代谢调控小鼠大脑新皮层血管生长和神经前体细胞行为)的研究论文。该研究揭示了大脑新皮层发育过程中的早期增殖型放射状胶质前体细胞(Radial glia progenitor,RGP)具有更强的糖酵解代谢能力并大量合成和分泌乳酸,进而调节血管生长及其自身增殖分裂特性。大脑新皮层是神经系统的最高级中枢,理解大脑新皮层的发育组装及工作机制是脑科学乃至整个自然科学的终极目标之一。研究大脑新皮层的发育及其调控机制有助于更好地理解其细胞组成和结构特性,进而推动生理功能和运行工作机制的认知,同时对相关疾病的诊断治疗有着至关重要的意义。大脑新皮层是进化的末期产物,其发育是一个高度复杂且受到多种因素的共同调节的生物学过程,这也为系统性研究其内在机制带来了诸多挑战。为此该研究从细胞最为基本特征—细胞代谢的角度出发,揭示了细胞代谢方式及相关产物在调控大脑新皮层发育过程中的关键作用和机制,为更好的理解大脑皮层发育机制提供了重要的理论补充。放射状胶质前体细胞(RGP)是大脑发育最为关键的一种神经前体细胞,其分裂产生大脑皮层几乎所有的神经元和胶质细胞。在小鼠发育早期(E10.5-E11.5),大脑新皮层中几乎没有血管生长,此时 RGP 以对称分裂进行增殖。伴随着血管的生长,RGP 也随之改变其分裂方式,以不对称分裂进行神经细胞产生。基于单细胞代谢状态分析,该研究首先发现大脑新皮层发育过程中,随着 RGP 谱系发生过程的进行,RGP 及其子代细胞具有不同的代谢状态,并呈现出不同的代谢特征。在此基础上,结合基因表达分析、细胞代谢类型分析以及碳代谢流分析多方面研究,进一步发现进行对称分裂的增殖型 RGP 具有更强的糖酵解代谢能力,并大量合成和分泌乳酸,而进行不对称分裂的分化型 RGP 具有更强的氧化磷酸化代谢能力,并积累高浓度的乙酰辅酶A。图1: 单细胞代谢状态分析揭示神经细胞代谢特征为深入探讨细胞代谢方式与大脑新皮层发育的相互关系,研究团队考察了具有强糖酵解代谢能力的增殖型 RGP 对早期大脑新皮层发育的影响,发现当抑制增殖型 RGP 的乳酸合成或分泌,导致大脑新皮层中乳酸浓度降低,血管生长出现缺陷。进一步分析发现,乳酸可以通过调节趋化因子配体 CXCL1 的表达来调节血管内皮细胞的迁移和增殖。此外,研究团队发现抑制增殖型 RGP 的乳酸合成代谢会系统性改变其基因表达谱并重塑细胞代谢方式,导致 RGP 过早分化。为探讨这一内在机制,研究者发现与分化型 RGP 相比,增殖型 RGP 呈现出更长的线粒体形态,抑制或阻断乳酸合成或分泌都会导致线粒体长度大幅度缩短,进而导致 RGP 分化。该结果表明增殖型 RGP 通过加强乳酸合成来影响线粒体形态,进而保持其对称分裂增殖特性。图2: 乳酸合成代谢调控早期大脑新皮层发育清华大学生命科学学院时松海教授为本文通讯作者,清华大学生命科学学院2017级博士董晓翔为本文第一作者。清华大学生命科学学院张强强博士和马健博士、清华大学生命科学学院博士研究生于翔宇和王玎,以及美国达特茅斯学院本科生马嘉明为本文共同作者。该研究得到了清华大学实验动物中心和生物医学测试中心的大力协助和支持。该研究获得了国家自然科学基金委创新群体基金、国家科技部脑科学与类脑研究基金、北京市教育委员会卓越青年科学家计划、北京市科技委员会科技计划、北京生物结构前沿研究中心、生命科学联合中心和北京脑科学与类脑研究中心的资助。
  • Cell子刊:杨扬/韩华团队开发听觉皮层亚细胞结构三维电镜重构算法
    生命科学  Life science  2022年8月2日,上海科技大学生命科学与技术学院杨扬团队与中国科学院自动化研究所韩华团队合作,在Cell Press细胞出版社期刊Cell Reports上以长文形式发表了题为“Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data”的研究论文,该研究通过对恐惧学习小鼠听觉皮层突触的三维电镜重建和大规模比较分析,探究了小鼠听觉皮层中与恐惧记忆相关的神经元突触等亚细胞结构的变化情况,并用模型分析方法揭示了突触连接模式变化引起的信息存储容量的大幅提升。  中国科学院自动化研究所刘静助理研究员、上海科技大学生命科学与技术学院漆俊倩博士、中国科学院自动化研究所陈曦研究员和李贞辰博士生为本文的共同第一作者,杨扬研究员、韩华研究员、谢启伟教授为本文的共同通讯作者。  大脑中的神经网络由神经元通过复杂的突触连接构成,神经元编码、处理和存储信息从根本上依赖于突触的连接模式以及在此基础之上的协调活动,解析突触的连接模式对理解大脑的结构与功能至关重要。在哺乳类动物大脑中,除了由单个轴突小结(axonal bouton)与单个树突棘(dendritic spine)形成的1-1型连接,即单位点突触连接外,大脑中的突触连接模式还包括由单个轴突小结与多个树突棘形成的1-N型连接,或多个轴突小结与单个树突棘的N-1型连接,统称为多位点突触(multiple-contact synapses,MCS)。此前,已有很多研究通过光学显微镜发现学习记忆可以改变突触的组织结构,由于突触间隙宽度仅有几十纳米(低于一般光学显微镜的衍射极限),因此在光学显微镜下观察突触结构的精细变化非常困难。与此同时,突触三维结构的光学数据获取和分析高度依赖于人工,更是极大限制了突触结构的重建数量和分析规模。  为探究学习记忆如何促进突触多位点连接模式的形成及效果,本项研究以经典的听觉条件恐惧学习(auditory fear conditioning)为范式设置了实验组和对照组,基于大规模序列电子显微镜成像技术和深度学习识别模型,实现了电镜图像中多种亚细胞三维结构的自动提取,重构了小鼠听觉皮层135,000个线粒体和160,000个突触。实验组和对照组的大规模对比分析表明,尽管恐惧学习训练没有改变突触的空间密度与空间分布,却特异性地增加了1-N型突触的比例。进一步分析发现,绝大多数1-N型突触中的树突棘来自不同树突主干,并且这种多树突1-N型突触在神经元网络中能够起到信号广播的作用。  为了进一步分析多树突1-N型突触的信息编码能力,本项研究建立了基于香农信息熵来计算突触信息存储容量(information storage capacity,ISC)的组合数学模型。在无新增突触的静态网络和包含新增突触的可塑性动态网络两种条件下,分别计算了引入多树突1-N型突触的ISC增量。在静态网络中,引入此类突触只是略微增加了ISC容量,而在动态可塑性网络中,此类突触将信息存储容量显著提高了50%。  综上,基于序列电子显微镜成像技术和深度学习计算方法,研究者开发了小鼠听觉皮层亚细胞结构的三维电镜重构算法,自动重建精度可以满足大规模分析的精度需求,有效地节省了人工校验时间消耗,极大提高了分析效率。大规模电镜重构和对比分析结果在亚细胞水平揭示了学习记忆对大脑皮层突触、线粒体的组织结构和连接模式的影响,为类脑计算仿生模型的精确建模提供了结构基础和启发依据。  图:(上左)听觉条件恐惧学习的对照组和实验组。(上右)轴突小结与树突棘替换或增加的示意图。(中左)不同突触连接模式的电镜图像及三维重构结果。1-N型突触由单个轴突小结与多个树突棘形成,N-1型突触由多个轴突小结与单个树突棘形成。(中右)不同突触连接模式示意图。绿色:树突;蓝色:轴突。(下左)密集重构揭示绝大多数1-N型突触中的树突棘来自不同树突主干。(下右)无新增突触的静态网络和包含新增突触的可塑性动态网络。  该研究获得了国家科技创新2030重大项目、中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、北京市科技计划的经费支持。  作者专访  Cell Press细胞出版社公众号特别邀请杨扬研究员、刘静博士和韩华研究员代表研究团队接受了专访,请他们为大家进一步详细解读。  CellPress:  过去也有基于电镜图像重构来探究突触和线粒体的研究报道,有的还完成了更大规模的密集重构。本文的方法和思路与过去的研究有何不同?  杨扬研究员:  电镜图像的密集重构对运算量的要求很高,工作量极大。而本文所使用的方法可以在不做密集重构的前提下,选择性识别和分割出研究者感兴趣的亚细胞结构,如本文关注的突触、线粒体,也可以推广到其他有特殊结构的细胞器。已有的突触或线粒体的自动重构算法多是像素或体素分割模型,也就是将图像中的像素或体素分类成前景或者背景。本文所使用的region-based卷积神经网络是一种实例分割网络,可端到端的完成目标实例的检测和分割。另外,针对强各向异性的序列电镜数据,本文提出一种2D到3D的重构方法,首先在2D上识别和分割亚细胞结构,随后应用3D连接算法完成3D的重构。这种方式可有效避免直接应用3D卷积神经网络带来的目标尺度在特征空间和图像空间不一致的问题。  CellPress:  多位点突触是一个新的概念吗?本文对此类突触的研究有何特别之处?  杨扬研究员:  一个突触前轴突小结与多个突触后树突棘形成的1-N多位点突触,和多个突触前轴突小结与一个突触后树突棘形成的N-1多位点突触,在过去的文献中都有过报道。但限于电镜图像人工识别的效率,过去的工作未能对这种特殊突触进行大规模的定量研究。本文通过基于机器学习的自动识别与重构算法实现了这一突破。此外,连接同一个多位点突触中的多个树突棘是来自同一根树突还是不同树突,代表了两种不同的神经元连接方式:前者仍是1对1的神经元连接,后者则是1个神经元对多个神经元的信息广播。本文通过密集重构,首次对这两类多位点突触进行了区分和定量,并发现后者在大脑皮层中,特别是学习之后占据了绝大多数,提示这种连接可能表征了大脑中突触层面的记忆痕迹。  CellPress:  人工智能算法在这个研究中发挥着怎样的作用?  刘静博士、韩华研究员:  近年来,人工智能算法已经深入应用到生命科学领域,加速甚至革新了生物学的研究进程。在连接组(Connectomics)领域,面对海量的高分辨电镜数据,借助人工智能算法绘制神经元的线路图是一个必不可少的环节。在本文中,我们设计了一套深度学习算法工具集,可以自动识别序列电镜图像中神经元、突触以及线粒体并恢复其三维形态。深度学习算法的应用大大提高了识别效率,将人从大量冗余复杂的标注工作中解放出来,加速了研究进程。  CellPress:  可否用简要的语言解释文中所提及的突触连接静态网络和动态网络,两者最核心的区别是什么?具有何种生物学意义?  刘静博士、韩华研究员:  突触连接网络是指根据神经元的几何拓扑特征来模拟突触连接模式的一种建模方式。其中,静态模型中仅考虑稳定的突触连接,假设没有新突触的形成或旧突触的消亡,本文使用信息熵定义静态网络的信息存储容量。而动态模型则将突触可塑性引入到网络中,允许新突触的形成,本文使用信息熵的增益表示新突触形成带来的信息存储容量的增加。动态模型通过模拟突触可塑性,与真实的大脑神经网络更为相似。  CellPress:  您认为该项研究对类脑计算有什么启发吗?  刘静博士、韩华研究员:  类脑智能(Brain-inspired Intelligence)本身就是通过模仿和借鉴人类神经系统的工作原理以构建新型的计算结构和智能形态。然而,目前人对大脑的生理机制还知之甚少。类脑研究的第一步就是要理解大脑,突触作为神经元连接的桥梁,是大脑中最重要的结构之一。突触的可塑性(synaptic plasticity)被认为与长时程记忆(long-term memory)有关。本文通过恐惧学习实验范式和电镜成像技术,发现了恐惧记忆能促进小鼠听觉皮层中一种特殊的1-N突触连接模式的形成,且这种连接模式大大增强了局部环路的信息编码能力。本研究中发现的这种局部神经环路信息传递模式或许能够作为一种记忆存储模块启发新型的类脑计算模型。  作者介绍  谢启伟   教授  谢启伟,北京工业大学现代制造业基地教授  研究兴趣、领域:数据挖掘、图像处理和复杂系统智能;应用图像处理、机器学习和深度学习等方法研究基于电镜数据的神经元重建,集中于神经元电镜图像的前处理、超体素分割、图融合后处理等方法的研究,为神经科学提供有力工具,期待从脑的结构中挖掘出智能的本源。  韩华   研究员  韩华,中国科学院自动化所研究员  研究兴趣、领域:高通量显微成像技术产生海量影像数据,如何重构数据、分析数据、可视数据等已成为脑科学与类脑研究领域的重大挑战。我们致力于建立我国微观脑图谱的高通量技术体系和自主可控技术平台,持续突破大体块神经组织样品制备、长时程超薄切片连续收集、高通量扫描电镜三维成像、高精度神经结构三维重建等关键技术,开展多个百TB规模的微观脑图谱绘制工程,为构建类脑计算仿真提供生物真实网络和仿生建模依据。  杨扬   研究员  杨扬,上海科技大学生命科学与技术学院助理教授、研究员  研究兴趣、领域:以条件恐惧学习和增强式学习为行为范式,使用在体双光子成像、双光子全息光遗传、电镜、电生理等技术,研究与学习记忆相关的神经环路活动性和可塑性,及神经调制系统在其中所起的作用。  相关论文信息  ▌论文标题:  Fear memory-associated synaptic and mitochondrial changes revealed by deep learning-based processing of electron microscopy data
  • 科学家将人类大脑分为180个不同区域 下一步的计划又是什么?
    科学家将人类大脑分为180个不同区域 下一步的计划又是什么?在一项来自神经科学研究的爆炸性新闻中,最近来自美国的一组研究人员对人类的大脑外层结构—大脑皮层进行了绘制,研究者将人类大脑皮层分为180个不同区域;人类连接组计划(human connectome project)是美国政府发起的一项绘制人类大脑结构和功能性连接的重大计划,利用人类连接组计划的相关数据,科学家们对210名健康年轻人的大脑进行分析,相关研究结果将是人类大脑的现代图集,其中97个区域是此前研究者并未描述过的。人类的大脑皮层是一种折叠的大脑外层结构,其给予大脑一种典型“皱纹”样的结构表现,大脑被分为左右两个半球;我们都知道大脑皮层的特殊区域行使着不同的功能,位于中脑竖向凹槽中的主要体觉皮质区(primary somatosensory cortex)结构主要负责机体的触觉感受。我们关于大脑精细结构的大部分理解都源于对啮齿类动物的研究,大鼠、小鼠和灵长类动物的大脑结构和人类大脑结构大部分相似,但又存在着明显的差异;并不像啮齿类动物那样,人类大脑中有着较大面积的前额皮质结构,该区域主要负责高度的“行政职能”,比如决策制定等;我们可以通过语言进行交流,同样我们大脑中还有着特殊的加工处理区域,这些区域可以帮助说话并且理解说话的意思。功能性磁共振成像(fmri)技术可以通过检测血流改变来测定机体大脑的活性,而诸如此类技术的改善或可帮助我们以一种空前详细的方式来对活体大脑进行实时成像。古老神经科学研究的目标对大脑图谱进行绘制是几个世纪以来科学家们的夙愿,追溯到19世纪颅相学学科领域时,研究者认为个体的人格特质位于大脑的特殊部分中。一些研究支持者在相应的大脑区域测定了大脑的头骨结构,从而来确定个体如何表现得有责任心、有仁慈心及好战的?一个多世纪以前,德国的解剖学家korbinian brodmann根据大脑每个区域中细胞的结构和组成将大脑分为多个特殊的区域,到目前为止,这些区域都是被人们广泛接受的大脑特殊区域,即所谓的布劳德曼区(大脑皮层细胞结构分区)。这项最新研究中,研究者利用不同mri成像技术进行结合对结构和功能不同的大脑区域进行绘图,这些区域看起来像物理结构,比如大脑皮质的厚度等,同时在进行特定任务期间被激活的大脑区域以及其活性表现都通其它区域的活性相协调一致。某些大脑区域主要和单一功能的发挥有关,比如视觉加工和运动区域等,但很多区域却并不是这样的;实际上科学家们还发现了当大脑处于休眠状态时被激活的大脑区域网络。一个详细的大脑图谱—那又如何?这项对大脑图谱的最新绘制将是神经科学研究的一个重大标志,最新的大脑绘制图谱信息将为科学家们提供更多细节性的信息来帮其解析大脑控制行为的机制,以及大脑特殊区域的障碍为何会诱发大脑疾病的发生。啮齿类动物的大脑图谱来源于近交系的动物,这些动物在大脑解剖学上改变较少,而在人类大脑中单一改变非常常见;目前人类的左脑和右脑半球在解剖学结构上存在较大差异,从而就会使得不同年龄和性别个体大脑结构的差异。比如近来对1400名个体的研究结果就发现,和记忆相关的大脑区域—左侧海马体结构,通常男性要大于女性。由于存在一定差异,科学家们历来难以比较不同大脑成像研究产生的结果,同时他们也很难确定大脑成像扫描可以表现出相同大脑区域的活性;但如今对大脑区域的精确区分就可以使得科学家们进行更好地比较和研究了。大脑图谱的绘制对于神经外科研究领域有着较大的实用价值,当前外科医生会利用一种立体定位系统(3d)来确定并且对大脑特殊区域进行操作,但这或许并不是理想的,因为不同个体的大脑结构并不相同,科学家们利用新的算法往往可以绘制出新的大脑图集,而这或许会被用于个体化的图谱绘制来帮助更加特殊精确地指导外科手术的进行。未来的分类未来研究者很有可能对大脑进行重新区分,将其分为超过180个区域的结构,随着成像技术的改善,我们未来就可能在大脑组成和活性上发现更具特性的不同亚结构。但是研究者仍然认为,某些新绘制出的大脑区域或许要更加晚于亚结构区域的发现,以主要体觉皮质区(primary somatosensory cortex)为例,大脑皮层是由躯体特定区域的亚结构区域组成,这些大脑区域同机体不同部分的感觉感受器点对点相对应。目前不同的研究小组正在开始对不同大脑区域的基因组架构进行绘制,相关的研究发现或将帮助未来科学家们绘制出更加精细完整的人类大脑结构。
  • 科学创新 | 白藜芦醇有效改善母体免疫激活(MIA) 诱导的小鼠自闭ASD症样行为
    科学创新 | 白藜芦醇有效改善母体免疫激活(MIA) 诱导的小鼠自闭ASD症样行为自闭症谱系障碍(Autism spectrum disorder,ASD)是一种主要在儿童中出现的神经发育障碍性疾病,主要特征是社交功能障碍和局限、重复的行为或兴趣。妊娠期母体感染是子代发生ASD的重要原因,母体免疫激活(Maternal immune activation,MIA)引起的炎症浸润可导致胎儿神经发育障碍。根据流行病学调查,全球大约有7800万人患有ASD,而且在过去20年里,ASD患者的数量迅速增加。然而,一些用于治疗ASD的药物效果有限,而且还会引起高血糖、血脂异常、体重增加等副作用。因此,迫切需要找到更有效的治疗方法。近期,哈尔滨医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健教研室在《Journal of Nutritional Biochemistry》发表题为“Resveratrol regulates Thoc5 to improve maternal immune activation-induced autism-like behaviors in adult mouse offspring”(第一作者:曾心、范琳琳;通讯作者:武丽杰、梁爽)的研究成果,基于中医药食同源的概念,验证了白藜芦醇对母体免疫激活诱导的小鼠ASD样行为的治疗作用。研究团队采用综合生物信息学方法,对药食同源的中草药和药物靶点进行了大规模筛选和分析,确定白藜芦醇和Thoc5分别是治疗母体免疫激活诱导的小鼠ASD样行为的最佳小分子成分和药物靶点,经体外实验结果显示,发现白藜芦醇能够增加Thoc5的表达。为更好的验证白藜芦醇的药用潜力,研究人员对小鼠进行了体内实验,通过 SOPTOP激光共聚焦扫描显微镜 观察Iba-1(小胶质细胞的标志物)在胎鼠大脑中的表达情况。实验结果显示,MIA胎鼠大脑中Iba-1的表达水平明显高于PBS组,但经过白藜芦醇预处理后,Iba-1在胎脑中的表达显著降低。▲免疫荧光法观察Iba-1表达情况本研究首次全面探索了药食同源草药治疗ASD的有效成分和靶点。通过体外和体内实验,成功证明了白藜芦醇能够增加Thoc5的表达,降低IL-6的水平,并抑制MIA引起的胎盘、胎脑和后代大脑皮层的炎症,改善成年后代的ASD样行为。论文信息:Zeng X, Fan L, Li M, Qin Q, Pang X, Shi S, Zheng D, Jiang Y, Wang H, Wu L, Liang S. Resveratrol regulates Thoc5 to improve maternal immune activation-induced autism-like behaviors in adult mouse offspring. J Nutr Biochem. 2024 Apr 5:109638. doi:10.1016/j.jnutbio.2024.109638. Epub ahead of print. PMID: 38583499.
  • Nature!庄小威团队利用MERFISH技术绘制小鼠全大脑分子可定义和高空间分辨的细胞图谱
    在哺乳动物的大脑中,许多不同类型细胞形成复杂的相互作用网络,从而实现广泛的功能。由于细胞的多样性和复杂的组织,人们对大脑功能的分子和细胞基础的理解受到了阻碍。单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞表观基因组分析的发展使发现大脑中许多分子上不同的细胞类型成为可能[1,2]。然而,这些研究中有限的样本量可能导致对大脑细胞多样性的低估。此外,了解大脑功能背后的分子和细胞机制不仅需要对细胞及其分子特征进行全面的分类,还需要详细描述分子定义的细胞类型的空间组织和相互作用。在更精细的尺度上,细胞之间的空间关系是通过相邻分泌和旁分泌信号传递的细胞间相互作用和通信的主要决定因素。虽然突触通信可以发生在细胞体相距较远的神经元之间,但神经元和非神经元细胞之间的相互作用以及非神经元细胞之间的相互作用通常借助直接的体细胞接触或旁分泌信号,因此需要细胞之间的空间接近。而且涉及局部中间神经元的相互作用也倾向于发生在空间近端神经元之间。因此,一个高空间分辨率的全脑细胞图谱对于理解大脑的功能极其重要。来自美国哈佛大学的庄小威教授课题组使用多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH)技术对整个成年小鼠大脑中大约1000万个细胞中的1100多个基因进行了成像,并通过整合MERFISH和scRNA-seq数据,在全转录组尺度上进行了空间分辨的单细胞表达谱分析。研究人员在整个小鼠大脑中生成了5000多个转录不同的细胞簇(属于300多种主要细胞类型)的综合细胞图谱,将该图谱与小鼠大脑共同坐标框架进行定位,可以系统量化单个大脑区域的细胞类型组成和组织,并进一步确定了具有不同细胞类型组成特征的空间模块和以细胞渐变为特征的空间梯度。这种高分辨率的细胞空间图—每个细胞都具有转录组表达谱,有助于推断数百种细胞类型对之间的细胞类型特异性相互作用和预测这些细胞-细胞相互作用的分子(配体-受体)基础和功能。总之,此研究不仅为大脑的分子和细胞结构提供了丰富的见解,而且为其在健康和疾病中的神经回路和功能障碍奠定了基础。该结果于近日发表在Nature上,题为“Molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain”。研究小组通过MERFISH技术对横跨4只成年小鼠(1雌3雄)大脑整个半球的245个冠状面和矢状面切片上进行成像,根据DAPI和总RNA信号,单个RNA分子被识别并被分配到细胞,进而得到单个细胞的表达谱。总之,该研究对成年小鼠大脑中大约1000万个细胞进行成像和分割,包括11个主要的大脑区域:嗅觉区、等皮层(CTX)、海马形成、皮质底板(CS)、纹状体(ST)、苍白球、丘脑、下丘脑(HT)、中脑、后脑和小脑。基于典型相关性分析整合MERFISH数据和scRNA-seq数据,采用K最近邻(k-NearestNeighbor,KNN)分类算法对MERFISH细胞进行分类。为了对不同大脑区域的细胞类型组成和组织进行系统定量,他们将MERFISH生成的细胞图谱注册到艾伦脑科学研究所发布的小鼠脑三维图谱第三版(Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework,CCFv3)[3],可将每个单独的MERFISH成像细胞及其细胞类型身份标签放入3D CCF空间(图1)。图1 对整个小鼠大脑的分子定义和空间分辨的细胞图谱(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)据统计,整个小鼠大脑由46%的神经元和54%的非神经元细胞组成,神经元细胞与非神经元细胞的比例在后脑中最低、在小脑中最高。神经元细胞包括315个亚类和超过5000个集群,其类型也表现出很强的区域特异性,大多数神经元亚类仅在11个主要区域中的一个区域富集。这11个主要区域包含了不同数量的细胞类型,尤其是后脑、中脑和下丘脑所包含的神经元细胞类型的数量以及局部复杂性远远高于其它大脑区域。基于神经递质转运体和参与神经递质生物合成相关基因的表达,他们将成熟的神经元分为8个部分重叠的组别。其中,谷氨酸能神经元和γ-氨基丁酸(GABA)能神经元分别约占神经元总数的63%和36%,谷氨酸能与GABA能神经元的比例在不同的大脑区域中差异很大,而5-羟色胺(5-HT)能、多巴胺能、类胆碱能、甘氨酸能、去甲肾上腺素能和组胺能神经元仅占神经元总数的2%(图2c)。谷氨酸能神经元和GABA能神经元广泛分布于全脑,可分为具有不同空间分布的不同细胞类型;在谷氨酸能神经元中,Slc17a7(Vglut1)、Slc17a6(Vglut2)和Slc17a8(Vglut3)在不同的脑区分布存在差异,Slc17a7主要位于嗅觉区、CTX、海马形成、CS和小脑皮层,而Slc17a6主要位于HT、中脑和后脑(图2d,e)。他们还观察到两个未成熟神经元(IMNs)亚类:一种是抑制性的,一种是兴奋性。抑制性IMNs由30个簇组成,沿脑室下区(SVZ)分布,通过前连合处延伸至嗅球;兴奋性IMNs由七个簇组成:簇516主要位于嗅觉区域,而其它簇沿海马体形成的齿状回分布(图2f),这与之前关于海马形成中成人神经发生的发现一致[4]。图2 神经元细胞的类型和空间分布(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)非神经元细胞包括23个亚类和117个簇。通过量化,研究小组发现在整个大脑中,非神经元细胞由30%少突胶质细胞、6%少突胶质细胞前体细胞(OPCs)、28%血管细胞、23%星形胶质细胞、8%免疫细胞和5%其它类型细胞组成。一些非神经元细胞类型,特别是星形胶质细胞和心室系统中的细胞也表现出很强的区域特异性。星形胶质细胞包括36个细胞簇,最大的两个集群Astro 5225和Astro 5214,分别占星形胶质细胞总数的48%和33%。基本上每个Astro星团都显示出独特的空间分布,Astro 5225只位于端脑区,Astro 5214只位于非端脑区,Astro 5215位于丘脑,Astro 5216位于后脑,Astro5231-5236位于嗅球,Astro 5207位于小脑,Astro 5222位于齿状回,Astro 5208富集于靠近软脑膜表面的髓质,Astro 5228、5229和5230位于SVZ沿线,延伸至嗅球,并与抑制性IMNs广泛共定位(图3d)。少突胶质细胞在纤维束中富集,在整个脑干中十分丰富,而OPCs则均匀分布地整个大脑;在集群水平上,一些少突胶质细胞和OPCs也表现出区域特异性,如Oligo 5277在皮层中富集,而Oligo 5286在后脑中富集(图3e)。与心室系统相关的细胞也呈现区域特异性分布,在第三脑室,下丘脑室管膜—胶质细胞位于腹侧区域,而ependymal细胞占据背侧区域,Hypendymal细胞位于第三脑室背侧的下联合器,心室内的主要细胞是脉络膜丛细胞和血管软脑膜细胞(VLMCs)。除了VLMC 5301和VLMC 5302,大多数VLMC集群被限制在软脑膜(图3f)。图3 非神经元细胞的类型和空间分布(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)接下来,研究团队为每个细胞定义了一个局部细胞类型的组分矢量,并使用这些矢量聚类细胞,从而得到了包含相似邻域细胞类型组成的细胞的“空间模块”(图4a)。他们确定了16个一级空间模块和130个二级空间模块,一级空间模块将大脑分割成与CCF中定义的主要大脑区域基本相吻合的区域,一个显著的差异是中脑和后脑之间的边界(图4b,c)。许多2级空间的模块与CCF中定义的子区域一致,但观察到更多的差异(图4d)。此研究中的空间模块描述是基于单个细胞的转录组范围内的表达谱所定义的细胞类型,因此比CCF中脑区描述的信息具有更高的分子分辨率,空间梯度代表了对该区域的分子轮廓的更精确的描述。图4 空间模块:分子定义的大脑区域(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)考虑到在某些情况下,细胞的基因表达谱可能会表现出渐进或连续的变化,他们因此检查了所有的细胞亚类,结果发现细胞的空间梯度广泛分布在大脑的许多区域。例如,颅内(IT)神经元在整个CTX上形成了一个连续的梯度,在这个区域,基因表达沿皮层深度方向逐渐变化,但第2/3层IT神经元的分离更为明显(图5a)。在纹状体中,D1和D2中棘神经元均沿背外侧-腹内侧轴形成空间梯度(图5b,c)。在外侧间隔复合体(LSX)中,几个GABA能亚类沿着背腹轴形成了一个梯度(图5d)。在海马体的CA1、CA3和齿状回区域和中脑的下丘中也观察到空间梯度。他们也观察到了一些非神经元细胞之间的空间梯度,如下丘脑室管膜—胶质细胞,沿着第三脑室的背腹轴形成了一个连续的梯度(图5e)。通过基于UMAP(一致的多方面逼近和投影以进行降维)的基因表达可视化分析,他们发现一个大规模的跨越HT、中脑和后脑区域的空间梯度(图5f)。图5 分子定义的细胞类型的空间梯度(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)最后,他们分析了亚类水平上的细胞类型,并推断单个大脑区域中细胞类型特异性的细胞-细胞相互作用(包括非神经元细胞间,非神经元细胞和神经元之间以及神经元间)。几百对细胞亚类被确定,统计学结果显示有显著的相互作用。预测的大多数具有相互作用的细胞类型对包含多个配体-受体对,与同一细胞类型对中的非近端细胞对相比,近端细胞对的表达显著上调,为这些细胞间相互作用的分子基础提供了见解。在非神经元细胞之间,发现内皮细胞和周细胞均与大脑中的边缘相关巨噬细胞(BAMs)、巨噬细胞有显著的相互作用。在这两种情况下,与非近端细胞对相比,来自层粘连蛋白信号通路的配体-受体对在近端细胞对中均明显上调,一些细胞因子(内皮细胞中的Cytl1和周细胞中的Ccl19)在BAMs近端血管细胞中表达上调,这说明大脑中的血管细胞可能利用这些细胞因子来招募巨噬细胞(图6d,e)。小胶质细胞也被发现与内皮细胞、周细胞之间的显著相互作用;与内皮细胞相比,周细胞与小胶质细胞相互作用的可能性更高,而与BAMs相互作用的趋势则相反(图6f,g)。他们还观察到神经元和非神经元细胞之间的显著相互作用,例如星形胶质细胞和抑制性IMNs在嗅球中、星形胶质细胞和兴奋性IMNs在海马形成中表现出显著的相互作用。此分析也预测了一些神经元亚类之间的相互作用,例如,海马形成过程中Pvalb枝形吊灯状GABA神经元和CA3谷氨酸能神经元之间、IPN Otp Crisp1 GABA神经元和中脑的DTN-LDT-IPN Otp Pax3 GABA神经元之间的相互作用。图6 细胞间的相互作用和通信(图源:Zhang, M., et al.. Nature, 2023)文章结论与讨论,启发与展望通过MERFISH技术成像约1000万个细胞,并将MERFISH数据与全脑scRNA-seq数据集整合,该研究生成了一个具有高分子和空间分辨率的、横跨整个小鼠大脑的分子定义的细胞图谱。进一步将该图谱注册到了艾伦脑科学研究所发布的CCF中,提供了一个可被科学界广泛使用的参考细胞图谱,使科研人员能够确定每个大脑区域不同转录细胞类型的组成、空间组织和潜在的相互作用。一方面,非神经元细胞与神经元细胞或非神经元细胞之间的相互作用,以及配体-受体对、基因的相关上调,为测试不同非神经元细胞类型的功能作用提供了切入点。另一方面,将转录组成像与不同行为范式下的神经元活动成像相结合可以揭示神经元的功能角色[5]。未来的研究将结合空间分辨的转录组学分析和各种其它特性的测量(如表观基因组谱、形态学、细胞的连通性和功能、系统的基因扰动方法),将有助于大家阐述大脑的分子和细胞结构的功能和功能障碍在健康和疾病中的作用。MERFISH(Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization),一种空间分辨的单细胞转录组学方法,经过近年的发展已成为生命科学领域中最具有前景的单细胞测序技术之一。该技术独特的原理和方法,可实现对单细胞进行多重靶向探测,从而深入研究细胞的生物学特性,对于疾病诊治及药物研发等方面也有着广泛的应用价值。
  • 王凯研究组:共聚焦光场显微镜对小鼠和斑马鱼大脑快速体成像
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 8月10日23点, i Nature Biotechnology /i 在线发表了由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室研究员王凯研究组完成的题为《共聚焦光场显微镜对小鼠和斑马鱼大脑快速体成像》的研究论文。该研究发展了一种新型体成像技术:共聚焦光场显微镜(Confocal light field microscopy),可以对活体动物深部脑组织中神经和血管网络进行快速大范围体成像。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 跨脑区大规模的神经元如何整合信息并影响行为是神经科学中的核心问题,解答这一问题需要在更高时空分辨率上捕捉大量神经元活动动态变化的工具。共聚焦显微镜和双光子显微镜等运用于活体脑成像的传统工具基于点扫描,时间分辨率较低,难以研究大范围脑区中神经元的快速变化。因此,近年来科研人员一直致力于开发更快的成像方法。在多种新技术中,光场显微镜具有潜力,得到广泛关注,其特点在于可以在相机的单次曝光瞬间,记录来自物体不同深度的信号,通过反卷积算法重构出整个三维体,实现快速体成像,在线虫、斑马鱼幼鱼等小型模式动物上已获得初步应用。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 传统光场显微镜存在两个难以解决的问题,限制了其在生物成像上的应用。首先,重构的结果会出现失真。2017年,王凯研究组研发的新型扩增视场光场显微镜(eXtended field-of-view Light Field Microscopy, XLFM)解决了这一问题,并应用于自由行为斑马鱼幼鱼的全脑神经元功能成像上,首次三维记录了斑马鱼幼鱼在完整捕食行为中的全脑神经元活动的变化。其次,现有光场显微成像技术缺乏光学切片能力,无法对较厚组织,如小鼠的大脑进行成像。让光场显微镜具有共聚焦显微镜一样的光学切片能力,滤除大样品中焦层之外的背景信号来提高信噪比,是提高成像质量、可广泛应用的关键所在。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 然而,传统共聚焦显微镜采用激光逐点扫描和共轭点针孔检测来降低焦面外噪声的策略不适用于三维光场显微镜。面对这一挑战,研究团队创新提出广义共聚焦检测的概念,使其可以与光场显微镜的三维成像策略结合,在不牺牲体成像速度的前提下有效滤除背景噪声,提高了灵敏度和分辨率。这种新型的光场显微成像技术称为共聚焦光场显微镜。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 研究团队在不同动物样品上测试了共聚焦光场显微镜的成像能力。团队成员对包埋的活体斑马鱼幼鱼进行全脑钙成像,对比共聚焦和传统光场显微镜的成像结果,发现加入光学切片能力后,图像分辨率和信号噪声比提高,可以检测到更多较弱的钙活动。进一步的,将共聚焦光场显微镜和高速三维追踪系统结合,对自由行为的斑马鱼幼鱼进行全脑钙成像,在ø 800 μm x 200 μm的体积内达到2 x 2 x 2.5 μm sup 3 /sup 的空间分辨率和6Hz的时间分辨率。受益于更高的分辨率和灵敏度,可以识别出斑马鱼幼鱼在捕食草履虫过程中单个神经元的钙离子活动的变化。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 团队成员验证了共聚焦光场显微镜对小鼠大脑的成像效果,对清醒小鼠的视皮层进行钙成像,可以同时记录ø 800 μm x 150 μm的体积内近千个神经元的活动,最深可达约400 μm,且连续5小时以上稳定记录超过10万帧,没有明显的光漂白。团队成员进一步尝试使用共聚焦光场显微镜对鼠脑中的血细胞进行成像,深度可达600 μm,拍摄速度70 Hz,同时记录上千根血管分支中群体血细胞的流动情况并计算血细胞的速度,相比之前的传统成像方法通量提高了百余倍。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 研究团队在自由行为的斑马鱼幼鱼和小鼠大脑上证明了共聚焦光场显微镜有更高的分辨率和灵敏度,为研究大范围神经网络和血管网络的功能提供了新的工具。同时,该技术不仅适用脑组织的成像,还可以根据所需成像的样品种类灵活调整分辨率、成像范围和速度,应用在其他厚组织的快速动态成像中。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 研究在王凯的指导下,主要由博士研究生张朕坤、白璐,以及助理研究员丛林共同完成。王凯研究组余鹏、张田蕾,中国科学技术大学本科生石万卓,杜久林研究组李福宁做出贡献,研究员杜久林参与合作并给予指导意见。研究得到中科院脑智卓越中心实验动物平台的支持。研究工作受到科技部、中科院、国家自然科学基金委员会和上海市的资助。 /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/9bfa0661-24ad-4d0d-9ccd-10db465617c7.jpg" title=" 图1.jpg" alt=" 图1.jpg" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 图1.(上)共聚焦光场显微镜原理示意图。(下)不同于传统光场显微镜,共聚焦光场显微镜采用片状照明,选择性激发样本的一部分,在垂直照明的方向上扫描,采集到的信号被遮挡板过滤掉焦层范围之外的部分。对采集到的图像进行重构可以得到焦层内的三维信息。 /p p style=" text-align: center " img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/28e2bd6d-59f5-4ff1-8085-355f6d295cbf.jpg" title=" 图2.jpg" alt=" 图2.jpg" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 图2.(左)斑马鱼幼鱼捕食行为的一个例子。0s 为斑马鱼吞食草履虫的时刻。(右)左图斑马鱼捕食行为中,共聚焦光场显微镜记录到的两个不同脑区的神经元活动。箭头所指为过程中激活的单个神经元。 /p p style=" text-align: center text-indent: 0em " img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202008/uepic/c26412e7-a408-4c67-8533-1c5a118fdb4b.jpg" title=" 图3.jpg" alt=" 图3.jpg" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" color: rgb(68, 68, 68) font-family: 微软雅黑 background-color: rgb(255, 255, 255) "   /span 图3.(左)共聚焦光场显微镜拍摄得到的小鼠视皮层中的复杂血管网络。6个在不同深度拍摄的体积连接为一个深度达600 μm的三维结构。(中)100 μm到250 μm深度血管网络的平面投影,颜色代表不同血管分支中血细胞的平均流速。(右)图中箭头所指的区域中五个血管分支在一段时间内流过血细胞数量的计数。 /p
  • 大脑成像揭示记忆形成复杂性
    大脑每天都会产生并回忆起新的记忆,但目前的高分辨率大脑成像技术一次只能捕获数百个单独的神经元,限制了可收集到的信息量。据美国密歇根州立大学官网10日报道,该校研究人员建立了迄今最先进的成像系统,可同时捕获10000—20000 个神经元的活动。这将使研究人员能够追踪记忆形成的演变过程,从而进一步揭示阿尔茨海默病等记忆障碍的病理机制。图片来源:美国密歇根州立大学官网这种创新的成像系统使用了一个特殊设计的透镜,连接在显微镜上,显微镜可在不同的平面之间快速上下移动,每秒可拍摄数十张在大脑皮层外层放电的神经元照片。在实验中,研究人员将小鼠暴露在一系列特定的景象、气味和声音中,以此给小鼠制造记忆。研究人员表示,神经科学的一个长期目标是记录动物在做某项活动时的大量神经元,并试图理解在某一点上放电的特定神经元与动物正在做的事情之间的关系。特定的神经元在特定的时间活跃,这些神经元与动物正在做的事情或正在经历的事情相关。通过将成像系统与新开发的先进图像处理软件相结合,研究团队希望最终能够识别动物用来记忆和回忆的特定神经元。
  • Nature:王潇/刘嘉团队绘制大脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
    显微镜的发明让科学家们能够观察和归类神经系统中丰富的细胞形态和类型,了解它们在健康和疾病中的作用。近年来单细胞RNA测序的发展更揭示了大脑中细胞类型组成的复杂性和多样性。借助新兴的空间转录组技术,研究人员实现了显微成像和单细胞测序的结合,在亚细胞空间分辨率的精度下,不仅可以揭示单个细胞的基因表达,还可同时了解它们在组织和器官中的排列分布,在解剖学的观察上加入了分子表达的丰富信息。2023年9月27日,美国麻省理工学院化学系/Broad 研究所王潇团队和哈佛大学刘嘉团队合作,在 Nature 期刊发表了题为:Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 的研究论文。该研究对小鼠大脑和脊髓中的一百万个单细胞的基因表达以亚细胞的空间分辨率进行了刻画和分析,用空间基因表达定义了更精细的组织区域。王潇团队使用了他们开发的空间转录组学工具(STARmap, STARmap PLUS, 和ClusterMap)表征和绘制了成年小鼠中枢神经系统中的一百多万个单细胞。通过大规模的分析和细胞注释,该团队展示了数百种细胞类型的空间分布,精确划分上百种组织区域的边界。研究人员还利用RNA条形码,揭示了全脑范围感染的病毒AAV-PHP.eB在不同细胞类型和区域的感染能力。图1:小鼠中枢神经系统单细胞分辨率细胞类型空间图谱,230种细胞类型由彩色点标注研究者们使用STARmap PLUS技术,在200-300纳米的空间分辨率下,原位检测了20片组织切片中的1022个基因的表达量。在这项技术中,他们用分子探针原位杂交组织切片,检测特定的RNA序列并特异放大为可测序的DNA纳米球,并通过化学处理将DNA纳米球和组织样品固定成水凝胶,最后用共聚焦显微成像原位测序 (SEDAL)。实验结果通过研究者先前开发的ClusterMap算法划分成带有空间位置信息的单细胞基因表达。图2:STARmap PLUS以及ClusterMap流程示意图(左);STARmap PLUS共聚焦显微镜成像数据图示例(右,SEDAL cycle 1),每个点代表由单个RNA分子产生的DNA纳米球。通过与已发表的单细胞测序数据集整合分析,研究者们基于单细胞基因表达定义和注释了230种“分子细胞类型 ”(molecular cell types),并基于空间基因表达定义和注释了106种“分子组织区域”(molecular tissue regions),从而对脑内的细胞进行了分子表达和空间分布的联合定义。图3:(a)通过单细胞基因表达与空间基因表达共同定义小鼠中枢神经系统重细胞类型的多样性。(b)“分子细胞类型“在”分子组织区域“上的分度热度图全脑范围内丰富的基因表达信息和高精度的空间分布信息,使得细胞类型的注释更为精确。例如,作者们发现部分端脑抑制性中间神经元(telencephalon inhibitory interneurons)亚型存在脑区分布特异性,比如纹状体(striatum)中特有的中间神经元、嗅球的外网状层 (olfactory outer plexiform layer)特有的表达多巴胺的中间神经元。基于空间上的分子表达,作者们还补充和完善了小鼠大脑解剖学结构。例如,作者们可以从“分子组织区域”组成的角度出发,对小鼠大脑皮层进行分区,并与传统解剖学的定义比较。一个有趣的发现是,作者们发现解剖学上的压后皮层(retrosplenial cortex)在小鼠大脑的前端和后端具有截然不同的“分子组织区域”组成;后端压后皮层在“分子组织区域”组成上与相邻的视觉皮层有着更高的相似性,这为理解压后皮层在视觉相关的行为和记忆中的功能提供了新的思路。通过和小鼠中枢神经系统单细胞测序数据集的整合,作者们将单细胞空间表达的基因维度从实验测量的1,022个基因拓展到了11844个基因,预测了全转录组范围的空间分辨单细胞基因表达特征。综上所述,这项工作为理解小鼠中枢神经系统提供了一个大规模的分子空间图谱,囊括了超过一百万个细胞,以及他们的基因表达特征,空间坐标,分子细胞类型,分子组织区域类型,以及遗传操作的可及性。这项工作为建立分子空间图谱提供了实验和计算的框架,涵盖了从单个RNA分子到单细胞再到器官组织区域的跨越多个空间尺度的分析,为神经科学研究提供了重要的数据和工具。作者们已将这套图谱开放共享(http://brain.spatial-atlas.net/),供研究者探索。图4:该工作的研究范式图5:该工作的空间细胞图谱数据网页截图示意“我们不仅提供了细胞的空间图谱,还提供了神经科学中常用的病毒工具对这些细胞的可及性。这份图谱代表了我们实验室目前分析的最大的数据集。这项工作也为神经科学研究者们提供了资源和基础,以进一步探索各种基因、细胞和组织在健康和疾病中的作用。“共同第一作者施海玲博士评论。“我们提供了前所未有的细胞级别的空间基因表达信息,为研究大脑的结构和功能提供了宝贵的数据。此外,我们的团队开放共享了相关数据和资源,希望未来能看到更多的高质量研究,进一步揭示大脑的奥秘”。共同第一作者贺一纯评论。“大脑的结构和功能依赖于不同类型的细胞在空间位置上的排列和分布,空间转录组、空间翻译组等空间组学技术的开发和应用无疑将为大脑的解析提供新的思路。”共同第一作者周一鸣博士表示。
  • Cell |清华大学研究团队开发新型双光子显微成像术,实现深层活体时空跨尺度观测
    双光子显微镜是对深层散射组织进行活体观测不可或缺的仪器,以其远超单光子显微成像的穿透深度而受到生命科学和医学研究的广泛关注。然而,传统双光子显微成像的点扫描成像模式从根本上限制了其成像通量与三维感知速度,极易受复杂活体成像环境干扰,同时激发点巨大的瞬时光强会对活体生物样本造成持续性的非线性光损伤,导致高速三维成像时长严重受限,极大地制约了病理学、免疫学和脑科学的发展。2023年5月12日,清华大学戴琼海、吴嘉敏、祁海作为共同通讯作者在 Cell 期刊发表了题为:Two-photon synthetic aperture microscopy for minimally invasive fast 3D imaging of native subcellular behaviors in deep tissue 的研究论文。该研究首次提出了基于空间约束的多角度衍射编码,实现非相干光孔径合成;建立了双光子合成孔径显微术(Two-photon synthetic aperture microscopy,2pSAM),“化点为针”,通过多角度针状光束的扫描在实现高速三维感知的同时,将双光子成像光毒性降低了1000倍以上;融合了戴琼海院士团队2021年同样在 Cell 上所提出的数字自适应光学架构,具备高速多区域像差矫正能力,即使在恶劣复杂活体环境下依然保持近衍射极限的空间分辨率,并进一步提升了传统双光子成像的穿透深度。基于此,2pSAM能够在哺乳动物深层散射组织中非侵入式地观测大范围亚细胞级动态变化,将毫秒级三维连续观测时长从数分钟提高到数十小时,为系统性地研究大规模细胞在不同生理与病理状态下的交互作用打开了大门。交叉研究团队利用2pSAM在小鼠活体观测到了一系列新现象,包括急性脑损伤后脑组织内周的多细胞互作,神经元在超长时程连续观测下展现出对视觉刺激的表征稳定性与功能多样性,以及首次完整高速记录下了小鼠免疫反应过程中淋巴结生发中心的形成过程,为病理学、脑科学和免疫学的研究打开了新窗口。传统双光子显微镜使用“点扫描”的方案对三维样本进行扫描,类似于共聚焦荧光显微镜,由于双光子成像的非线性效应使其能够获得数倍于单光子成像的穿透深度。例如,双光子显微镜在小鼠大脑皮层的最大穿透深度可以达到1 mm。然而,这种点扫描方式严重限制了双光子显微镜的三维成像速度与数据通量,并且由于在聚焦点位置极大的瞬时光强带来了非常严重的非线性光损伤隐患。2pSAM采用了轴向景深拓展的“针扫描”方案,通过改变针状光束的不同倾角实现样本三维信息的多角度投影,类似CT一样实现快速三维成像;同时,受到雷达成像中合成孔径方法的启发,通过在像面处引入针孔所带来的空间衍射编码约束,实现了非相干光的孔径合成,将多角度信息融合为大数值孔径对应的高空间分辨率;进一步利用样本的时空连续性先验,有效避免了视角扫描带来的时间分辨率损失。这样一种全新的计算双光子成像架构,在保留双光子本身深层组织穿透能力的同时,将有效成像通量提升了三个数量级以上。图1. 双光子合成孔径显微术(2pSAM)系统图除此之外,样本引起的光学像差给显微成像带来的分辨率与信噪比损失十分严重,随着成像深度的增加这种降质尤为明显。目前双光子成像中的硬件自适应光学技术主要面临着以下一些问题:1、成像系统复杂、成本高昂;2、有效校正视场有限,大视场多区域校正速度缓慢。2pSAM通过激发光编码获得了超精细的四维空间角度光场数据,能够使用数字自适应光学架构(DAO),无需在光学系统中增加额外的波前传感器或者空间调制器,就能实现信号采集与自适应像差校正的解耦,在后处理端完成大范围多区域自适应光学,显著提升在复杂成像环境中的空间分辨率与信噪比。图2. 双光子合成孔径显微术(2pSAM)结合数字自适应光学(DAO)与传统双光子显微镜(TPM)面对复杂成像条件下的结果对比。从左至右依次为:正常条件下拍摄,物镜校正环不匹配情况下拍摄,物镜为水镜且缺乏浸润水的情况下拍摄,物镜与样本之间增加散射胶带后进行拍摄长时间的激光照射会对活体样本产生严重的光毒性。研究团队发现,传统双光子显微成像由于使用飞秒激光激发与高NA会聚,在样本局部会产生巨大的瞬时光强,由此所产生的非线性光毒性在以往被极大地低估了,而一旦在长时程成像过程中,就会不断积累损伤从而影响细胞正常状态。与之对比,2pSAM化点为针,通过轴向景深拓展,在保持同样荧光激发效率的前提下,将瞬时峰值功率降低了1000倍,从而有效解决了非线性光损伤的问题。一方面能显著减少荧光探针的光漂白,对于同一类易淬灭染料,在同样激发光强下,传统双光子仅能拍摄几十个三维体,而2pSAM能够连续拍摄几十万个三维体而没有明显的信号衰减。除此之外,团队还对小鼠脑皮层中的小胶质细胞与脑损伤过程中的中性粒细胞进行了连续成像测试,发现即使使用较弱的光强,传统双光子显微成像在连续拍摄半小时以上时仍会导致大量细胞凋亡,而在2pSAM成像过程中细胞保持了正常的表型,并且相比于对照组结果无明显差异。团队通过一系列在体与离体实验充分证明了2pSAM能够将传统双光子成像的光毒性下降三个数量级以上,为长时程高速活体组织成像打开了新窗口。图3. 小鼠大脑急性开窗损伤后的皮层免疫细胞成像,TPM(左)与2pSAM(右)光漂白对比(GIF图)图4. 离体B细胞(GFP,蓝色通道)连续拍摄实验:使用PI标记细胞凋亡(红色通道),对比TPM(左)与2pSAM(右)的光毒性(GIF图)生发中心(Germinal center,GC)是次级淋巴器官中的动态组织区域,是被抗原激活后的B细胞在趋化作用引导下聚集形成的结构,也是产生高亲和力抗体及形成长期免疫记忆关键场所。但是由于GC形成的随机性和免疫细胞本身对光损伤的敏感性,完整的GC形成过程从未被高速长时间的清晰记录过。借助2pSAM,得以首次完整清晰地观测到了免疫反应下GC形成的全部过程。研究人员将带有荧光标记的抗原特异性B细胞回输到小鼠体内,随后将抗原接种到腹股沟附近以诱导引流淋巴结中生发中心的形成,并于免疫后90到110个小时内(生发中心未形成期),在大视场下持续地对淋巴结中抗原特异性B细胞的动态行为进行追踪,成功揭示了GC形成过程中B细胞的分裂增殖是GC形成的主因,辅助以周围活化B细胞的聚集。由于拍摄时长达十余小时,淋巴结本身会产生剧烈的形变,2pSAM通过多视角信息能够进行实时轴向聚焦位置反馈,实现自动对焦,有效避免了长时程拍摄过程中的样本漂移。 图5. 小鼠腹股沟淋巴结免疫反应后生发中心形成过程的完整观测和记录(GIF图)研究人员进一步借助2pSAM在患有创伤性大脑损伤(Traumatic brain injury,TBI)的小鼠和正在接受视觉条纹刺激的GCaMP转基因小鼠进行脑皮层组织的细胞动态观测。在TBI小鼠受伤区域磨薄颅骨后观测到了外周免疫细胞中性粒细胞在浸润后与内周星形胶质细胞的相互作用,如通过直接接触定向产生迁移体(migrasome)来传递物质和信息。对GCaMP转基因小鼠开颅恢复2周后进行视觉上的条纹刺激,进一步证实了长达数小时内小鼠视觉皮层神经元钙信号对不同方向条纹选择性表达的持续性和稳定性,同时也通过长时程功能数据挖掘出了多种单细胞水平的神经响应类型,体现了神经元的功能多样性。这些现象对于传统双光子显微镜而言都极具挑战,特别是会由于光毒性本身导致会导致细胞异常表现,比如会导致神经元在长时程拍摄过程中响应强度不断下降。
  • 微型化多光子显微镜揭秘大脑,开启自由活动动物成像新范式——超维景生物科技研发总监胡炎辉
    近年来,光学成像技术如荧光分子成像、光声成像和生物发光成像等广泛应用于小动物活体成像。同时,多模态成像技术的兴起将多种成像技术结合,为小动物活体成像提供了更精确和信息丰富的工具。为帮助广大用户及时了解小动物活体成像前沿技术、产品与整体解决方案,仪器信息网特别制作【小动物活体成像技术创新突破进行时】专题,并策划“小动物活体成像技术”主题征稿活动,以期进一步帮助广大用户从多维度深入了解小动物活体成像技术应用、主流品牌、市场动态以及相关内容。本期约稿特别邀请超维景生物科技有限公司研发总监胡炎辉,就小动物活体成像技术发展、市场规模及未来趋势进行分享,并就超维景生物科技在面对小动物自由运动活体成像瓶颈取得的突破性进展。 本期嘉宾:胡炎辉,超维景生物科技有限公司 研发总监 胡炎辉,超维景生物科技有限公司研发总监。2018年毕业于北京大学,电路与系统专业,曾参加基金委国家重大仪器专项,负责逻辑控制、微弱信号探测及系统设计,在激光扫描显微成像、微弱信号探测及高速信号处理等技术方向有着多年的积累。2017年至今,作为超维景核心创始团队成员之一,参与公司技术专利20余项,开发了新一代双光子成像处理平台,推出了科研、医疗等多款多光子产品,具有丰富的产学研融合开发及落地经验。——01—— 从单光子到多光子成像,推动活体成像技术发展在医学和生命科学研究的领域内,不断的革新和突破在成像技术方面是推进科学发展的关键,同时也是推动新的生物学发现和进步的重要引擎。其中,多光子成像技术通过激光与生物样本内的分子和原子相互作用产生荧光反应,以荧光显微的形式,允许我们以无损害的方式直接观察到组织的内部结构。尽管生物样本本身对光有较好的透光性,它们也具有强烈的散射特性。通常,细胞水平的高分辨成像技术在生物组织中的穿透深度“软极限”大约为1mm。不过,使用更长波长的激光可以减小对光的散射,并且增强穿透力。多光子吸收提供了一种非线性的荧光激活方法,其中双光子和三光子吸收的波长分别是单光子激发的两倍和三倍。与单光子相比,多光子成像可以实现几乎10倍的成像深度增强。这种非线性激发方法也带来了更高的信号-背景比及更优秀的层析成像能力。所有这些成像上的优势使得多光子成像特别适合用于复杂条件下的活体成像研究,成为一种在这些应用中非常重要的工具。Winfried Denk于1990年在康奈尔大学发明了世界上第一台双光子激光扫描显微镜。而自21世纪初以来,随着超快激光技术的突破及商业化,双光子显微成像技术迅速成为最广泛使用的活体动物成像方法。特别值得提及的,超维景的创始人程和平院士早在1992年就开始涉足双光子显微技术,成为最早的技术参与者之一,并致力于推广这一技术。历经近三十年的发展,双光子显微成像技术已变得在脑科学研究中不可或缺。尽管传统的台式双光子显微镜分辨率高,但它们体积庞大且重量重,需将实验动物固定或麻醉以完成成像,因此无法适用于自由活动的动物。微型单光子成像技术可以实现对自由活动的小鼠进行成像,但它在分辨率和对比度方面相对较低,难以达到亚细胞级别的分辨率和三维成像效果。——02——直面脑科学研究自主研发工具挑战,2.2克微型化双光子显微镜“轻装上阵”打造用于全景式解析脑连接和功能动态图谱的研究工具是当代脑科学的一个核心方向。针对如何在自由行为动物上绘制大脑神经元功能图谱的难题,超维景团队研发出了头戴式2.2克微型化双光子显微镜,首次实现自由活动小鼠大脑神经元和突触水平钙信号功能成像,为脑科学研究提供了革命性的新工具。这项技术解决了困扰领域近20年的挑战,显著领先于美国脑计划催生的微型化单光子技术,入选“2017年度中国科学十大进展”,并被评为Nature Methods“2018年度方法”。依托此技术建成“南京脑观象台”,为中国脑计划提供了“人无我有”的支撑平台;专利技术的产业转化实现高端显微成像装备自主创制的突破,完成对欧美国家的整机出口,累计实现销售额过亿元。通过技术拓展,研发了应用于人体的手持式双光子显微镜,在临床医学与航天医学中具有巨大的应用前景。为病理诊断技术带来一种全新的手段,成为临床疾病精准检查的重要工具。这项技术成果属于国家基金委重大仪器专项转化的科技成果,是国家在高端装备研发方向投入的典型产出代表。除了在脑科学、医疗应用领域的技术贡献之外,同时彰显了中国也可利用具有自主知识产权的国际领先的技术,实现在高端仪器方向的突破,提振了中国科学家在高端仪器装备方向的研究信心,并以此为核心技术来推动国内以及国际的科学研究大计划,对国内的脑科学研究领域也起到积极引领作用。——03——深耕小动物自由运动活体成像,持续提升核心竞争力超维景公司始创于2016年,公司核心力量来自北京大学院士创建和领导的多学科交叉团队,是一家专注于高端生物医学成像设备研发、生产和销售的国家高新技术企业。2017年,超维景核心团队成功研制仅2.2g的超高时空分辨微型化双光子显微镜,在国际上首次获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像,被评为“2017年度中国科学十大进展”和《Nature Methods》“2018年度方法”(无限制行为动物成像),开启自由活动动物成像新范式,研究成果可应用于脑认知基本原理研究、脑重大疾病机理研究和脑疾病的药物研究,本技术进一步可应用于临床实时在体无创细胞级检测。部分获奖照片“微型化”是指将显微镜做到拇指大小,可以佩戴在小鼠头上,同时不影响小鼠的自由活动,进而观察小鼠在觅食、社交、睡觉等自主行为时大脑神经元的真实活动和功能连接。超维景的微型化显微镜体积微小,让小鼠能够“戴着跑”,实现了自由行为动物的清晰稳定成像,可用于在动物觅食、跳台、打斗、嬉戏、睡眠等自然行为条件下,或者在学习前、学习中和学习后,观察神经突触、神经元、神经网络等的动态变化,从而获取小鼠在自由行为过程中大脑神经元和神经突触活动的动态图像。2.2g微型双光子荧光显微镜2021年,团队的第二代微型化双光子显微镜将成像视野扩大了7.8倍,同时具备获取大脑皮层上千个神经元功能信号的三维成像能力,原始论文发表于《Nature Methods》。2023年2月,团队将微型化探头与三光子成像技术结合,成功研制微型化三光子显微镜,重量仅为2.17克,并在 《Nature Methods》 发表文章。一举突破了此前微型化多光子显微镜的成像深度极限,首次实现对自由行为小鼠的大脑全皮层和海马神经元功能成像,为揭示大脑深部结构中的神经机制开启了新的研究范式。 《Nature Methods》发表相关技术成果2023年2月,神州十五号航天员乘组使用由我国自主研制的空间站双光子显微镜开展在轨实验任务并取得成功,是目前已知的世界首次在航天飞行过程中使用双光子显微镜获取航天员皮肤表皮及真皮千层的三维图像,为未来开展航天员在轨健康监测研究提供了全新工具。图为神舟十五号航天员乘组在轨使用空间站双光子显微镜2023年12月,由超维景公司自主研发的在体双光子显微成像系统获批上市,是中国首个基于双光子显微成像原理的医疗器械。本次研发是首次实现脑科学技术跨学科助力皮肤检测的技术应用,将最前沿的双光子显微成像技术引入现代皮肤医学检测领域,实现“实时、无创、在体、原位、无标记”的高分辨率皮肤细胞及胞外组织三维成像,为患者和医生带来便利。——04——布局微型化多光子产品体系,开启自由行为动物显微成像新范式解析脑连接图谱和功能动态图谱是我国和世界多国脑计划的一个重点研究方向,但传统的多光子显微镜进行常规脑成像通常需要将动物的头部固定在台式显微镜上,这严重限制了模式动物的自由生理状态。为此需要打造自由行为动物佩戴式显微成像类研究工具。基于团队及技术发明,超维景已布局微型化多光子成像产品体系,并成功实现多款产品的产业化,包括SUPERNOVA-100一体式微型化双光子显微镜、SUPERNOVA-600集成式微型化双光子显微镜与SUPERNOVA-3000微型化三光子显微镜等,解决了困扰领域近20年的挑战,显著领先于美国脑计划催生的微型化单光子技术。超维景微型化多光子显微成像系列产品,可以在微观尺度上、不干扰自由运动动物行为的前提下,对大脑神经元和神经突触进行无创性观察和实时、动态成像,为研究神经科学、行为学、认知科学等多个领域提供了新的视角和手段,从而为脑健康研究开辟新的道路。树突棘成像 单树突棘级分辨率 神经元轴突与亚细胞结构成像 ——05——持续加码小动物自由运动活体成像系统“科研+临床”的广阔应用脑科学机理研究。大脑是一个极度复杂的器官,目前,各国脑科学计划的一个核心方向就是打造用于全景式解析脑连接图谱和功能动态图谱的研究工具。其中,如何打破尺度壁垒,融合微观神经元和神经突触活动与大脑整体的信息处理和个体行为信息,是领域内亟待解决的一个关键挑战。要想实现动物在体脑功能实时成像的研究,能够观察到整个皮层甚至更为深入的其他脑区,涉及到仪器开发、手术技术、生物研究等等不同的方面领域,技术挑战非常大。为了真正解密大脑的工作原理和流程,人们需要在对大脑神经元高分辨成像的同时,被观察者能够自由的正常活动,也就是最理想的脑功能成像需要被观察者在自由运动状态下进行脑功能观测。脑疾病机理研究。目前一些重要的脑疾病,如自闭症、精神类疾病、老年痴呆症等都是全世界的难题。以老年痴呆症为例,根据得病率统计,85岁以上老人中的 50%患有老年痴呆。预计到2050年,中国将有近1亿患者的生活需要照顾、需要医疗系统的救助,这是严重的社会负担。通过本技术对脑科学疾病研究,如果有新发现,对于老年痴呆症,就可能找到早期诊断的方法,早发现、早干预,把严重症状出现期从85岁延缓到95岁,社会负担就可以大大减轻,提高国民生活质量。神经药物筛选。微型化双光子显微镜不仅可以“看得见”大脑工作的过程,还将为可视化研究自闭症、阿尔茨海默病、癫痫等脑疾病的神经机制发挥重要作用。而此类疾病的药物开发,由于缺少快速直接的药效反馈手段,而大大受阻。微型化双光子技术的应用将极大的推动此类神经疾病药物的开发进程,为人类脑疾病的诊断和治疗提供新的手段。携手全球合作伙伴,携手共谋发展。微型化多光子成像系统已获得国内的上亿元订单,以及国外的数千万元订单。其中,国内用户包括北京大学、中科院上海神经所、中科院深圳先进技术研究院、复旦大学、上海交通大学、西湖大学、中山大学、华南理工大学、南京脑观象台等。国外用户包括加州理工、纽约大学、德国马普神经所、德国波恩大学、德国马普鸟类研究所等。未来,超维景将在多光子显微成像技术继续深挖“科研+临床”的广阔应用,这将作为神经探索领域的引路明灯,照见更多未知的领域。参考文献:• Zhao, C., et al. (2023). Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection. Nat Methods, 2023 Apr 20(4):617-622.• Zong, W., et al., Miniature two-photon microscopy for enlarged field-of-view, multi-plane and long-term brain imaging. Nat Methods, 2021. 18(1): p. 46-49.• Zong, W., et al., Fast high-resolution miniature two-photon microscopy for brain imaging in freely behaving mice. Nat Methods, 2017. 14(7): p. 713-719.
  • 最新研究:微塑料在人胎盘中的发现率高达100%,这一种含量尤其高!心脏、大脑等多器官均存在
    随着塑料品的消费量逐年增加,塑料污染已然成为全球面临的最紧迫的环境威胁之一。而这些塑料制品释放出的塑料碎片,又会在物理、化学和生物的进一步降解后分解成为“更微小但更严重”的威胁,即「微塑料」或「纳米塑料」。 微塑料(Microplastic),是指直径在1μm至5mm之间的塑料碎片和颗粒,在塑料制品使用过程中释放,特别是食物用途的塑料制品。事实上,越来越多的实验表明,塑料聚合物的碎裂并未止步于“微米级”,而是进一步形成了纳米塑料,数量上更是比预期高出了好几个量级。 纳米塑料(Nanoplastics),则是目前已知最小的微塑料,尺寸在1μm以下。与微塑料相比,纳米塑料更易进入人体,其体积小到可以穿过生物屏障(比如细胞膜)并进入生物系统,包括血液、淋巴系统,甚至全身。 胎盘中微塑料检出率高达100% 微/纳米塑料可能会遍布全身并产生损害? 这并非空穴来风,Toxicological Sciences上最新刊登的研究,采用了一种新的分析工具测量了人类胎盘中存在的微塑料,得到的结果令人震惊!在接受测量的62个胎盘样本中100%地检测出了微塑料,浓度为每克组织中6.5-790微克。 微克,听起来不多?但正如毒理学中的基本原理“剂量决定毒性”所述,积少成多聚沙成塔,如果剂量不断增加,很可能带来一定的健康危害。“如果连胎盘中都存在微塑料,那么地球上所有哺乳动物的生命均可能受到影响,说明事态很严峻了!”美国新墨西哥大学的Matthew Campen博士强调。 图源:https://hsc.unm.edu/news/2024/02/hsc-newsroom-post-microplastics.html 人类胎盘由贝勒医学院数据库提供,收集时间为2011-2015年,最终有62个符合条件的胎盘被用于Py-GC-MS分析。 为了能更精准地确定和量化纳米和微塑料(NMPs)在人体组织中的累积程度,研究者开发了一种新方法:通过皂化反应和超速离心从人体组织样本中提取出固体材料,从而可以采用热裂解-气质联用(Py-GC-MS)来对塑料进行高度特异性和定量分析。 具体来说,研究者首先对样本进行化学处理,使得脂肪、蛋白质进一步水解和皂化成小分子。接着,将样品放入超速离心机中,最终在试管底部观察到一小块塑料。 再然后,研究者采用Py-GC-MS对收集到的塑料块儿进行处理,将其加热到600℃后,从而捕捉不同类型的塑料在特定温度下燃烧时释放出的气体。“很酷的是,气体进入质谱仪后,会留下属于自己的印迹。”Campen解释道。 实验流程 Py-GC-MS分析显示,纳入分析的62个胎盘样本中均存在微塑料,每克胎盘组织中的NMPs浓度从6.5µg到685µg不等,均值为126.8±147.5µg/g。 其中,胎盘组织中最常见的聚合物是聚乙烯(PE),几乎所有样本中都存在。按重量计算,PE占NMPs总量的54%,平均浓度为68.8±93.2µg/g。事实上,生活中聚乙烯的使用率非常高,主要用于食品包装和塑料瓶,比如水果、蔬菜、超市采购回来的半成品都是用PE保鲜膜。 聚氯乙烯(PVC)和尼龙紧随其后,各占总量的10%左右。而剩余的26%,由其他9种聚合物组成。 胎盘中的NMPs含量 研究者表示,在胎盘中发现如此高浓度的微塑料,是一件非常令人担忧的事儿!胎盘是孕期母体和胎儿循环系统之间的接口,约在怀孕后一个月开始形成。时间跨度上来说,胎盘组织仅有8个月左右的生长期,就能囤积如此之高浓度的NMPs;那么,这些微塑料也会在人体内其他器官进行更长期的积累。 警惕!微塑料已入侵人类心脏及全身 而这绝不是杞人忧天。去年,来自中国首都医科大学的研究学者们竟然在与外部环境没有接触的器官——心脏及其周围组织中发现了微塑料的存在! 研究者从心脏收集来的5种不同类型的组织中,包括心包、心外膜脂肪组织(EAT)、心包脂肪组织(PAT)、心肌和左心耳(LAA),检测到直径20-469μm不等的微塑料颗粒。 doi: 10.1021/acs.est.2c07179. 为了获得人体内器官存在微塑料的“直接证据”,研究者招募了15名正在经历心脏手术的参与者,最终收集到6个心包样本、6个EAT样本、11个PAT样本、3个心肌样本和5个LAA样本。最终,在所有的5类样本中均检测到了微塑料的存在,直径从20到469μm不等。 其中,最常见的微塑料类型是聚对苯二甲酸乙二醇酯(PET),约占总数的77%,在心包、EAT、PAT和心肌中的具体占比分别高达96%、83%、49%和43%;其次为占12%的聚氨酯(PU),主要存在于LAA样本中。 值得注意的是,虽然PE只占到微塑料颗粒总数的1%,但在所有的组织样本中均检测到。同时,在9号患者的心肌样本中也能找到PE,说明微塑料的污染已达到了人体最深的解剖结构! 微塑料在人体中的分布情况 由于此次样本是接受心脏手术的患者,研究者还发现了另一个微塑料的来源途径——没错,就是心脏手术本身。 在手术过程中,患者会接触到各种带有塑料成分的医疗器械,这也使得手术前后患者血液样本中的微塑料类型以及直径分布出现了改变。举例来说,手术前血液中检测到的最常见的微塑料类型为PET,占67%;而聚酰胺(PA)则是手术后血液样本的含量最高的微塑料颗粒类型。 因此,研究者强调,侵入性医疗程序很有可能成为被忽视的微塑料暴露途径,值得重视! 心脏中的各种微塑料类型分布 先前,加拿大的Kieran D. Cox教授和他的团队以美国人饮食为基础,根据食物消费种类以及不同种类食物所含有的微塑料数量,估算出每人每年会吃掉5万个微塑料颗粒,如果算上漂浮在空气中、被呼吸吸入的微塑料,那么每人每年吃掉的微塑料颗粒数量在7.4万-12.1万之间。 按照重量计算的话,每人每周大约吃掉5g微塑料,相当于一张银行卡的重量!还真是活到老,吃微塑料到老呢。 微/纳米塑料的“温水煮青蛙”式健康危害 不夸张地说,NMPs对人的影响往往是“温水煮青蛙式”的——很容易被忽视,但对健康的危害或是积年累月的。 去年,维也纳医科大学等多院校联合开展的研究,揭示了一个令人惊讶的现象:仅摄入后2小时,纳米塑料便会穿过血脑屏障(BBB)抵达大脑,而这可能会增加炎症、神经系统疾病以及神经退行性疾病的风险。 本研究中,研究者选择了聚苯乙烯(PS)来模拟塑料微粒通过血脑屏障后的转移。PS属于热塑性塑料,经常被用来制作各种需要承受开水温度的塑料杯、一次性泡沫饭盒;因其使用广泛,污染环境的程度较高,而被纳入了本次的重点研究对象。 令研究学者意想不到的事情发生了!在灌胃的仅仅2小时后,小鼠脑组织中便出现了特定的纳米级绿色荧光信号。这表明,0.293µm的PS微粒能在很短的时间内被胃肠道吸收,并穿透BBB进入脑组织中。 有意思的是,脑组织中只检测到了绿色荧光颗粒(即0.293µm的纳米塑料),而没有更大颗粒的信号。也就是说,塑料微粒的大小或是影响其穿透BBB能力的关键因素。 给药的2小时后,小鼠脑内检测到纳米级PS塑料微粒 此外,Science Advances上最新刊登的研究揭露了微塑料的另一大新罪证——纳米塑料能够进入大脑,与神经元中的蛋白纤维发生作用,从而加剧帕金森病的风险。 这些“狡猾”的塑料微粒不仅仅是进入大脑这么简单,还诱导了严重的神经毒性,成为某些疾病的“铺路石”。 DOI: 10.1126/sciadv.adi8716 帕金森病(PD)的病理特征是α-突触核蛋白在脆弱的脑神经元中病理性积聚,可以说α-突触核蛋白是PD发病中的中心环节。 为了探明塑料微粒与帕金森病之间的关系,第一步,研究者先在体外将高浓度的野生型人类α-突触核蛋白单体蛋白(~1 mg/ml)与聚苯乙烯纳米塑料(平均直径~39.5±0.7nm的1nM)进行混合。 结果显示,在阴离子纳米塑料污染物的催化下,α-突触核蛋白发生了聚集。具体来说,在α-突触核蛋白与纳米塑料污染物持续混合的6天后,产生了浑浊的白色泡沫界面,整体也出现了浑浊。使用负染色透射电镜(TEM)观察溶液中的产物发现,早在第3天就有多条α-突触核蛋白纤维从单个微塑料中发出。纳米塑料污染物与α-突触核蛋白的混合过程 第二步便是探究“how”——具体来说,阴离子纳米塑料是如何加速α-突触核蛋白的聚集的呢? 分子动力学(MD)模拟表明,α-突触核蛋白与阴离子纳米塑料形成了相当稳定的复合物,其特点是在两亲结构域和邻接非淀粉样成分(NAC)结构域中具有很强的静电吸引和压实作用。然而,如果使用中性或阳离子纳米塑料来取代阴离子纳米塑料时,则未能形成类似的复合物。 仔细观察发现,阴离子纳米塑料能够置换水,插入α-突触核蛋白的两亲结构域和NAC结构域,并与之形成强烈的相互作用。正是两亲结构域和NAC结构域的存在,促成了阴离子纳米塑料与α-突触核蛋白的特异性结合,从而促进α-突触核蛋白成核。 与此同时,阴离子纳米塑料还会导致神经元的轻度溶酶体损伤,减缓α-突触核蛋白聚集体的降解。生成的增多,降解的减少,自然会导致“不平衡”的发生。 阴离子纳米塑料与α-突触核蛋白共同形成了稳定的复合物 第三步便是追踪真实的脑内链路,研究者构建了小鼠模型,将不同浓度的人类α-突触核蛋白纤维滴定在小鼠的初级神经元上。光片显微镜和共聚焦分析表明,α-突触核蛋白纤维很容易扩散开来,在大脑皮层、丘脑和杏仁核的神经元以及黑质紧密区(SNpc)的多巴胺能神经元中积聚。 当共同注射纳米塑料与α-突触核蛋白纤维时则出现了更令人惊讶的情况——注射3天后,SNpc中大约20%的多巴胺能神经元的α-突触核蛋白纤维和纳米塑料均呈阳性,且有75%的α-突触核蛋白纤维信号与纳米塑料共定位。 事实上,当给小鼠同时注射纳米塑料和α-突触核蛋白纤维时,会在多巴胺能神经元中观察到成熟的胞质磷酸化Ser129-α-突触核蛋白包涵体,同时在整个皮质幔、杏仁核和SNpc中均出现了pS129-α-突触核蛋白病理变化的大幅增加。 总结而言,在较高的纳米塑料浓度下,这些大脑中的阴离子纳米塑料污染物会与α-突触核蛋白纤维发生协同作用,上调pS129-α-突触核蛋白包涵体在相互连通的大脑区域中的传播,进而增加了小鼠大脑皮层、杏仁核和SNpc中的病理沉积。 纳米塑料在小鼠脑内聚集并形成包涵体 最后一步,也是与人类关联性最强的一步——研究者采用裂解气相色谱-质谱法在人脑中检测到清晰的苯乙烯纳米塑料。 聚苯乙烯并非止步于血液中,其纳米塑料颗粒可穿透哺乳动物的血脑屏障。在先前的研究中,研究者在路易体痴呆症患者的额叶皮层脑组织中观察到很强的α-突触核蛋白种子活性,同时也发现了强烈的苯乙烯离子痕迹。 这些数据首次测量了纳米塑料可能作为污染物进入人脑组织中,但其浓度与作用还需要更进一步的人体试验进行探究。 神经元α-突触核蛋白和纳米塑料污染物之间的病理相互作用 综上,纳米塑料污染能够促进帕金森病以及痴呆症相关的α-突触核蛋白的聚集。具体来说,阴离子纳米塑料污染物能够进入大脑组织,通过与α-突触核蛋白的两亲和NAC结合域的高亲和相互作用,导致α-突触核蛋白病理学的传播和积聚,进而诱导帕金森等神经性疾病的发生。 众所周知,塑料降解速度很慢,通常会持续数百年甚至数千年,这也增加了微塑料被摄入并累积在许多生物体和组织中的可能性。 为了避免人类的五脏六腑变成“塑料制品”,最简单的办法就是——尽量在生活中减少塑料制品的使用并及时治理塑料污染,别让地球被塑料“攻陷”之后再追悔莫及。
  • Nature:迄今最精确人类大脑图谱出炉
    据悉,7月20日,美国圣路易斯华盛顿大学的一个研究小组称,他们绘制出迄今最全面、最精确的人类大脑图谱,其中97个人类大脑皮层区域此前从未描述过,属于首次公布。  一直以来,科学家试图描绘出一幅包含人脑连接性、功能和微观结构的高清图谱,但由于技术难度过大,这一设想一直未能成真。目前,绝大多数的大脑图谱都从较小的人群中得来,仅涉及上述特性的一小部分,这些限制导致大脑图谱“模糊不清”,且无法在个体间进行复制。  新研究中,该大学的马修格拉塞、大卫冯埃森和他们的同事借助机器学习技术,根据210位健康年轻成年人的大脑成像数据,绘制出了这幅精确的大脑图谱。这些年轻人都来自人类连接组计划。  始于2010年的人类连接组计划相当于人类基因组计划的大脑版,是一项耗资高达4000万美元的项目,旨在通过扫描1200名健康成年人的大脑,比较他们大脑各区域神经连接的不同,以及由此导致的认知和行为方面的个体差异,最终描绘出人类大脑的所有神经连接情况。  新的大脑图谱中,大脑的每个半球都分成了180个特定的皮层区,在共360个皮层区中,有97个区域第一次被描述。据悉,新图谱还在另外210位独立被试者中得到了验证。研究人员称,虽然存在个体差异,但他们在新被试者中准确地辨别出了这些区域。  论文作者称,科学家现在就能使用这一解剖框架,将其与其他人脑造影方法进行比较,在已被定义的大脑区域发现与功能和疾病相关的信息。这幅被称为“人类连接组计划多模态分区1.0版”的神经解剖图谱未来还会进一步改进和升级。由于几乎适用于所有人,新图谱有望首先在神经手术中获得应用。此外,通过与灵长动物对比,它还可能提供有关人类认知演化的新见解。  相关论文发表在最新一期《自然》杂志上。 小结  大脑的运行原理就像生命起源一样,是人类的终极问题。本研究为大脑建立了一个基本模型,用直观可视化的方式,让疾病治疗和基础研究有了参考的标准。这只是一个意义重大的起步,相信这个模型会不断完善,让我们日益接近进化的奥秘。当然,要达成这个目标,就需要全世界科学家的参与,也需要更多志愿者的付出。
  • 新品发布 | 超维景微型化三光子显微镜SUPERNOVA-3000隆重上市
    大脑深部区域与基本生命功能密切相关,在各种神经疾病中均观察到深部大脑的结构和功能异常,例如帕金森病、阿尔茨海默症、抑郁症和强迫症等。但在啮齿类动物研究模型中,由于神经组织,特别是胼胝体,具有对光的高散射光学特性。如何突破成像深度极限,在自由活动动物上对距离脑表层深度>1 mm的结构进行成像存在极大的挑战。三光子成像技术的出现将成像深度大大扩展至1500 μm,为非侵入式深脑成像带来了曙光。北京大学研发团队最新发文Nature Methods图1.文章截图Zhao, et al. (2023). Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection. Nat Methods. 10.1038/s41592-023-01777-3.[1]解析脑连接图谱和功能动态图谱是我国和世界多国脑计划的一个重点研究方向,但传统的多光子显微镜进行常规脑成像通常需要将动物的头部固定在台式显微镜上,这严重限制了模式动物的自由生理状态。为此需要打造自由行为动物佩戴式显微成像类研究工具。※ 2017年,北京大学程和平院士团队成功研制第一代 2.2g微型化双光子显微镜,获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像。※ 2021年,该团队的第二代微型化双光子显微镜将成像视野扩大了 7.8 倍,同时具备获取大脑皮层上千个神经元功能信号的三维成像能力。※ 2023年2月,北京大学程和平-王爱民团队再一次实现技术突破,将微型化探头与三光子成像技术结合,并在 Nature Methods 发表文章 “Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection ”。文章报道了仅2.17g的微型化三光子显微镜,首次实现对自由行为小鼠的大脑全皮层和海马神经元功能成像,为揭示大脑深部结构中的神经机制开启了新的研究范式。图2. 小鼠佩戴微型化三光子显微镜探头SUPERNOVA-3000应运而生依托专业的研发团队和深厚的技术积淀,SUPERNOVA-3000应运而生。SUPERNOVA-3000通过高度集成化、系统化、工业化设计将微型化探头的重量控制在2.2g。搭配独有的光学设计突破微型化显微镜的成像深度极限,在全球范围内开创性构建自由行为动物深脑成像“新范式”。自由行为动物非侵入式深脑成像解决方案Go deeper利用五阶非线性效应以及穿透力更强的激发荧光(1300 nm),一举突破此前微型化多光子显微镜的成像深度极限。图3. 荧光激发示意图图4. 小鼠脑组织中散射长度的光谱分布[2]显微镜激发光路可以穿透整个小鼠大脑皮层和胼胝体,实现对小鼠海马CA1亚区形态及功能的直接观测记录。神经元钙信号最大成像深度可达1.2 mm,血管成像深度可达1.4 mm。图5. 微型三光子显微镜记录小鼠大脑皮层L1-L6和海马CA1的结构和功能动态。CC:胼胝体。绿色代表GCaMP6s标记的神经元荧光钙信号,洋红色代表硬脑膜、微血管和脑白质界面的三次谐波信号。More Freedom&bull 2.2g新型微型化探头微型化探头通过新型内嵌阿贝聚光镜复合式光学构型,体积仅2 × 1.6 × 0.9 cm3,实现飞秒激光脉冲无畸变传输、高质量激光汇聚、高效率荧光收集和激发。开创性的将三光子光学组件高度集成在一个微型化探头内。同时外壳使用超轻金属,重量仅2.2g既轻盈又坚固,搭配电动变焦模块、定制光纤、光屏蔽GaAsP PMT,保证了对自由运动小鼠深脑神经活动的高稳定性、高分辨成像。图6. 小鼠佩戴微型化三光子探头&bull 激光传导光纤--空芯光子带隙光纤系列光纤均具有准单模传输、低损耗、低非线性、低色散、高激光器损伤阈值的特点。高效率传输1300 nm飞秒脉冲激光,将空间光路转变为光纤传输,强抗弯折性能,使自由运动下观察成为可能。图7. 空芯光子带隙光纤截面和输出光斑示意图图8. 出口处激光脉冲时间剖面Less damage&bull 非侵入式手术◎ 深脑成像避免使用GRIN Lens,对小鼠大脑损伤更小,避免影响小鼠正常神经生理状态◎ 无GRIN Lens,成本更低◎ 手术便捷,成功率更高&bull 超低光毒性散射荧光增强收集系统——深脑超低功率成像SUPERNOVA-3000创新的使用微型阿贝聚光镜与无限远物镜密接提高散射光的收集效率,李斯特微型管镜复用简化结构,优化光路设计,提高荧光收集效率的同时,保证了大视场分辨率。总体上,散射荧光增强收集构型使微型化显微镜的散射荧光收集效率实现了成倍的提升,实现了在超低成像功率下对自由运动小鼠大脑深部脑区神经元活动进行实时监测。图9. 散射荧光增强收集构型基于散射荧光增强收集构型,实现全皮层钙信号成像仅需几个毫瓦,海马钙信号成像仅需要几十毫瓦,大大低于组织损伤的安全阈值。因此,SUPERNOVA-3000可以长时间、不间断连续观测神经元功能活动,且不产生明显的光漂白与光损伤。图10. AAV-hSyn-GCaMP6s病毒注射小鼠大脑不同深度脑区超低功率钙成像生物应用动物自由运动成像&bull 行为学实验下的小鼠顶叶后皮质 L6(PPC L6)的神经元钙活动(成像深度650 μm)微型化三光子显微镜可以搭配不同行为学实验的深部脑区进行单细胞级的稳定高时空分辨率成像,满足实时监测单个神经元的活动,结构变化以及不同功能神经元分类等实验需求。图11. 行为学实验下小鼠大脑PPC L6的神经元活动&bull 自由运动小鼠大脑海马CA1亚区的神经元钙活动(成像深度1.2 mm)安全激光功率下通过非侵入式手术对背侧海马CA1(深度达1.2 mm)的钙活动进行成像,监测神经元的钙活动轨迹,并与小鼠行为视频进行同步。图12. 自由运动小鼠大脑海马CA1亚区的神经元活动&bull 长时程监测自由运动小鼠大脑海马CA1亚区的神经元钙活动(成像深度978 μm)在8.35 Hz的成像速率下,进行100分钟不间断连续监测采集自由运动小鼠大脑海马CA1亚区神经元活动,钙信号瞬态特征无明显变化(平均振幅,衰减时间常数,SNR)图13. 100分钟不间断采集自由运动小鼠大脑海马CA1亚区神经元活动小鼠大脑组织3D重构国际影响--Nature Methods 发表社评图14. 文章部分截图Benjamin F. Grewe et al. Nat. Methods https://doi.org/10.1038/s41592-023-01808-z [3]3月,Nature Methods期刊邀请Benjamin F. Grewe等领域专家发表在线社评文章Deep brain imaging on the move ,特别指出微型化三光子显微镜对于深脑成像的重要意义。三光子成像则将可到达的成像深度大大扩展至1500 μm。因此,在小鼠中,微型化三光子显微镜将直接实现对整个大脑皮层及下方区域,例如海马CA1进行成像,同时保留完整的大脑皮层结构投影。随着微型化三光子显微镜SUPERNOVA-3000的出现,神经科学的研究人员将可实现对例如涉及纹状体结构的,大脑皮层及皮层下方脑区之间的神经网络进行深入研究图15. 微型化三光子显微镜SUPERNOVA-3000【参考文献】[1]Zhao, C., Chen, S., Zhang, L., Zhang, D., Wu, R., Hu, Y., Zeng, F., Li, Y., Wu, D., Yu, F., et al. (2023). Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection. Nat Methods. 10.1038/s41592-023-01777-3.[2] N. G. Horton, K. Wang, D. Kobat, C. G. Clark, F. W. Wise, C. B. Schaffer, and C. Xu, Nature Photonics 7, 205- 209 (2013)[3]Lecoq, J.A., Boehringer, R., and Grewe, B.F. (2023). Deep brain imaging on the move. Nat Methods. 10.1038/s41592-023-01808-z.
  • 北京大学程和平院士等开发深脑成像的利器—微型化三光子显微镜
    2023年2月23日,北京大学程和平/王爱民团队在Nature Methods在线发表题为“Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection”的文章。文中报道了重量仅为2.17克的微型化三光子显微镜(图1),首次实现对自由行为小鼠的大脑全皮层和海马神经元功能成像,为揭示大脑深部结构中的神经机制开启了新的研究范式。图1 小鼠佩戴微型化三光子显微镜实景图解析脑连接图谱和功能动态图谱是我国和世界多国脑计划的一个重点研究方向,为此需要打造自由运动动物佩戴式显微成像类研究工具。2017年,北京大学程和平院士团队成功研制第一代2.2克微型化双光子显微镜,获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像。2021年,该团队的第二代微型化双光子显微镜将成像视野扩大了7.8倍,同时具备获取大脑皮层上千个神经元功能信号的三维成像能力。此次,北京大学最新的微型化三光子显微镜一举突破了此前微型化多光子显微镜的成像深度极限:显微镜激发光路可以穿透整个小鼠大脑皮层和胼胝体,实现对小鼠海马CA1亚区的直接观测记录(图2,Video 1-2),神经元钙信号最大成像深度可达1.2 mm,血管成像深度可达1.4 mm。另外,在光毒性方面,全皮层钙信号成像仅需要几个毫瓦,海马钙信号成像仅需要20至50毫瓦,大大低于组织损伤的安全阈值。因此,该款微型三光子显微镜可以长时间不间断连续观测神经元功能活动,而不产生明显的光漂白与光损伤。图2 微型三光子显微成像记录小鼠大脑皮层L1-L6和海马CA1的结构和功能动态。CC:胼胝体。绿色代表GCaMP6s标记的神经元荧光钙信号,洋红色代表硬脑膜、微血管和脑白质界面的三次谐波信号。Video1 这是使用北大微型化三光子显微镜拍摄的小鼠大脑从大脑皮层到胼胝体再到海马CA1亚区的三维重建图。绿色代表GCaMP6s标记的神经元荧光信号,洋红色代表硬脑膜、微血管和脑白质界面的三次谐波信号。左上角显示成像深度,可以看到,激光进入大脑,以硬脑膜作为0点,向下移动z轴位移台,我们一次看到了皮层L1至L6分层的神经元胞体和微血管,之后我们看到了胼胝体致密的纤维结构。在穿过胼胝体后,我们继续向下,我们终于看到了位于海马CA1亚区的神经元胞体。Video2 左下图是小鼠佩戴着微型化三光子探头,在鼠笼(长29厘米× 17.5厘米宽× 15厘米高)中自由探索。左上图是此时小鼠佩戴的微型化三光子探头正在对深度为978 μm的海马CA1亚区神经元荧光钙信号进行成像(帧率8.35Hz,物镜后的光功率为35.9 mW)。右图展示了左上图中10个神经元的钙活动轨迹,尖峰代表钙信号发放。钙活动轨迹上移动的蓝线与小鼠自由行为视频同步。海马体位于皮层和胼胝体下面,在短期记忆到长期记忆的巩固、空间记忆和情绪编码等方面起重要作用。在啮齿类动物研究模型中,海马距离脑表面深度大于一个毫米。由于大脑组织,特别是胼胝体,具有对光的高散射光学特性,所以突破成像深度极限是长期以来困扰神经科学家的一个极大的挑战。此前的微型单光子及微型多光子显微镜均无法实现穿透全皮层直接对海马区进行无损成像。北京大学微型化三光子显微镜成像深度的突破得益于全新的光学构型设计(图3)。作者通过对皮层、白质和海马体建立分层散射模型进行仿真,发现荧光信号从深层组织到达脑表面时已经处于随机散射的状态,使得显微物镜荧光收集效率降低,从而极大限制了成像深度。针对这一问题,经典阿贝聚光镜结构被引入构型设计中:微型阿贝聚光镜与简化的无限远物镜密接可以提高散射光的通透效率;阿贝聚光镜与激发光路中的微型管镜部分复用,可以进一步简化结构,降低损耗。总体上,新微型化显微镜的散射荧光收集效率实现了成倍的提升。图3 微型化三光子显微镜光学构型同时,利用微型三光子显微镜,作者研究了小鼠顶叶皮层第六层神经元在抓取糖豆这一感觉运动过程中的编码机制:发现大约37%的神经元在抓取动作之前就开始活跃且在抓取时最活跃,大约5.6%的神经元在抓取动作之后开始活跃,说明不同神经元参与了不同阶段的编码(图4,Video 3)。这一结果初步展示了微型化三光子显微镜在脑科学研究中的应用潜力。图4 小鼠顶叶皮层第六层神经元在抓取糖豆任务中的不同反应类型Video3 左图是佩戴着微型化三光子显微镜的小鼠在0.5厘米狭缝中用手抓取糖豆吃。中间图是此时微型化三光子显微镜探头拍摄的PPC脑区皮层第6层神经元(位于650微米深度)荧光钙信号(GCaMP6s标记的神经元,帧率15.93 Hz)。右图是选取中间图中5个神经元的钙活动轨迹,其中每条绿线表示一次小鼠的抓取动作。移动的蓝色线与左图的小鼠行为视频以及中间图中的神经元活动同步。视频以正常(×1)、慢速(×0.5)和快速(×10)的速度播放,以便于查看抓取行为。北京大学未来技术学院博士后赵春竹、北京大学前沿交叉学科研究院博士研究生陈诗源、北京大学分子医学南京转化研究院研究员张立风为该论文的共同第一作者,北京大学程和平、王爱民、赵春竹为论文的共同通讯作者。原文链接:https://doi.org/10.1038/s41592-023-01777-3这是程和平院士领衔发表的又一重大微型化显微成像成果。更早之前,由程和平院士牵头研发的微型化双光子活体成像技术,被Nature Methods评为“2018年度方法”,被国家科技部评为“2017度中国十大科学进展”。该技术将传统双光子显微镜中的核心探头,都缩减在一个仅有2.2克重的微小部件中。这项自主研发的核心技术已经成功商业化生产,产品为配戴式双光子显微镜,目前已经在世界多地实现销售,被国内外科学家应用于神经科学研究的多个领域,并获得了业内知名专家学者的高度认可。
  • 深脑成像的利器:超维景助力北京大学微型化三光子显微镜问世
    2023年2月23日,北京大学程和平-王爱民团队在 Nature Methods 在线发表题为 Miniature three-photon microscopy maximized for scattered fluorescence collection 的文章。 文中报道了重量仅为2.17克的微型化三光子显微镜(图1),首次实现对自由行为小鼠的大脑全皮层和海马神经元功能成像,为揭示大脑深部结构中的神经机制开启了新的研究范式。 图1 小鼠佩戴微型化三光子显微镜实景图 解析脑连接图谱和功能动态图谱是我国和世界多国脑计划的一个重点研究方向,为此需要打造自由运动动物佩戴式显微成像类研究工具。2017年,北京大学程和平院士团队成功研制第一代 2.2 克微型化双光子显微镜,获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像。2021年,该团队的第二代微型化双光子显微镜将成像视野扩大了 7.8 倍,同时具备获取大脑皮层上千个神经元功能信号的三维成像能力。 微型化三光子显微镜突破成像深度极限 海马体位于皮层和胼胝体下面,在短期记忆到长期记忆的巩固、空间记忆和情绪编码等方面起重要作用。在啮齿类动物研究模型中,海马距离脑表面深度大于一个毫米。由于大脑组织,特别是胼胝体,具有对光的高散射光学特性,所以突破成像深度极限是长期以来困扰神经科学家的一个极大的挑战。此前的微型化单光子及微型化多光子显微镜均无法实现穿透全皮层直接对海马区进行无损成像。此次,北京大学最新研发的微型化三光子显微镜一举突破了此前微型化多光子显微镜的成像深度极限:1、显微镜激发光路可以穿透整个小鼠大脑皮层和胼胝体,实现对小鼠海马CA1亚区的直接观测记录(图2)。神经元钙信号最大成像深度可达1.2 mm,血管成像深度可达1.4 mm。2、在光毒性方面,全皮层钙信号成像仅需要几个毫瓦,海马钙信号成像仅需要20至50毫瓦,大大低于组织损伤的安全阈值。因此,该款微型化三光子显微镜可以长时间、不间断连续观测神经元功能活动,且不产生明显的光漂白与光损伤。图2 微型三光子显微成像记录小鼠大脑皮层L1-L6和海马CA1的结构和功能动态。CC:胼胝体。绿色代表GCaMP6s标记的神经元荧光钙信号,洋红色代表硬脑膜、微血管和脑白质界面的三次谐波信号。 全新的光学构型设计 北京大学微型化三光子显微镜成像深度的突破得益于全新的光学构型设计。(图3)图3 微型化三光子显微镜光学构型 通过对皮层、白质和海马体建立分层散射模型进行仿真,发现荧光信号从深层组织到达脑表面时已经处于随机散射的状态,使得显微物镜荧光收集效率降低,从而极大限制了成像深度。针对这一问题,经典阿贝聚光镜结构被引入构型设计中:微型阿贝聚光镜与简化的无限远物镜密接可以提高散射光的通透效率;阿贝聚光镜与激发光路中的微型管镜部分复用,可以进一步简化结构,降低损耗。总体上,新微型化显微镜的散射荧光收集效率实现了成倍的提升。 生物应用 同时,利用微型化三光子显微镜,作者研究了小鼠顶叶皮层第六层神经元在抓取糖豆这一感觉运动过程中的编码机制:发现大约37%的神经元在抓取动作之前就开始活跃且在抓取时最活跃,大约5.6%的神经元在抓取动作之后开始活跃,说明不同神经元参与了不同阶段的编码。(图4)这一结果初步展示了微型化三光子显微镜在脑科学研究中的应用潜力。 图4 小鼠顶叶皮层第六层神经元在抓取糖豆任务中的不同反应类型北京大学未来技术学院博士后赵春竹、北京大学前沿交叉学科研究院博士研究生陈诗源、北京大学分子医学南京转化研究院研究员张立风为该论文的共同第一作者,北京大学程和平、王爱民、赵春竹为论文的共同通讯作者,北京超维景生物科技有限公司胡炎辉、李谊军、陈燕川、付强、高玉倩、江文茂、张颖也参与了此项工作的开发。该项目得到科技创新2030-“脑科学与类脑研究”重大项目、中国医学科学院医学与健康科技创新工程—脑疾病的线粒体机制研究创新单元、国家自然科学基金委、国家重大科研仪器研制专项、科技部重点研发计划等经费支持。超维景一直致力于前沿生物医学成像技术的产业转化,为推动生命科学的研究与发展提供优质的、系统化的解决方案。 经过多年的沉淀 我们即将推出自主研发的最新一代微型化三光子显微成像系统敬 请 期 待 !Nature Methods 原文链接:https://doi.org/10.1038/s41592-023-01777-3
  • 中美联合研制自适应光学双光子荧光显微镜
    像差问题一直困扰着光学领域的工作者。像差会使光波前发生形变,不仅降低成像的信噪比和分辨率,使得很多时候我们只能&ldquo 雾里看花&rdquo ,更甚者,产生赝像,或无法获得有意义的图像。像差问题对双光子成像的影响尤为严重,因为在那里,荧光信号对入射光强度的依赖是平方关系,一旦入射光波前形变,不仅聚焦强度大幅下降,成像分辨率也急剧恶化。因此,如何解决像差问题,实现活体,例如小鼠大脑皮层,深层区域的高质量成像成为光学成像发展中最具挑战性的问题之一。   美国Howard Hughes Medical Institute (霍华德· 休斯医学研究所)在Janelia Farm Research Campus的吉娜博士小组与来自中科院上海光机所强场激光物理国家重点实验室的王琛博士最近成功将一种新的自适应光学的方法和双光子显微镜结合,研制出一种新的自适应光学双光子荧光显微镜。通过校正活体小鼠大脑的像差,在视觉皮层的不同深度处均获得了提高数倍的成像分辨率和信号强度,大大改进了成像质量,使得原来在活体鼠脑中不可见或者模糊的细节变得清晰可见,她们成功将该方法应用于老鼠视觉皮层第五层(约500µ m)的形貌结构成像和钙离子功能成像。这一新的自适应光学方法,首次使得在活体小鼠深层区域成像中获得近衍射极限的成像分辨率成为现实。这一成果以题Multiplexed aberration measurement for deep tissue imaging in vivo发表在最新一期的Nature Methods (自然· 方法)杂志上。   在该自适应光学双光子荧光显微镜中,她们将空间光位相调制器光学共轭到显微物镜的后焦平面,通过位相调制器将入射光分成若干子区域,每一块子区域的波前都可以被独立控制。同时,她们用数字微阵列光处理器,以不同的频率同时调制其中一半子区域的入射光强度,以另一半子区域作为&ldquo 参考波前&rdquo 。来自所有子区域光束会在焦点处会聚干涉,通过监测焦点激发的双光子信号随时间的变化情况,并进行傅里叶变换分析,可以&ldquo 分解&rdquo 得到被调制的每一块子区域的&ldquo 光线&rdquo 的贡献信息,从而可以实现对一半子区域波前的并行测量。对另一半子区域重复这一测量过程,从而获得整个入射波前的信息并进行校正。该方法耗时很短,通常约1~3分钟左右即可完成像差的测量和校正,无需复杂的计算,适用于任何标记密度和标记类型的样品。更重要的是,得到的像差校正图案可以用于提高较大视场范围内的成像质量。该方法无疑为在体研究小鼠大脑皮层深层区域的生物、医学问题提供了可行性方案。
  • 岛津成像质谱显微镜应用专题丨小鼠大脑成像分析
    优势● iMScope QT可测量的最大范围超过100万像素,能够进行大面积样本分析,例如在一次检测中对小鼠大脑全切片进行分析。● iMScope QT的分析速度比前一代产品快8倍以上,能够进行快速分析。● iMScope QT具有高质量准确度、分辨率及高空间分辨率,能够进行精确质谱成像分析。 概述质谱成像技术可以通过质谱仪直接检测生物分子和代谢物,同时保留其在样本组织上的位置信息,因此,可以生成不同生物分子基于特定离子信号强度和位置信息的二维质谱图像。iMScope成像质谱显微镜是用于质谱成像分析的整合型仪器,结合了光学显微镜和质谱仪,能够分析物质的结构和分布特征,拓展了药物研发和代谢物研究等领域的范围。通过将MALDI转换成LC和ESI系统,iMScope还可用于LC-MS定性及定量分析。本文将介绍配备Q-TOF质谱仪的新型iMScope QT(图1),并与前一代iMScope TRIO设备进行比较。图1 iMScope QT 小鼠全脑切片分析前一代iMScope TRIO设备的最大可测量范围是250 × 250像素。在iMScope QT中,可测量范围已扩展至1024 × 1024像素,能够以15 μm的空间分辨率分析小鼠全脑切片(约17mm × 9.4 mm)。根据表1条件进行检测,可在m/z 885.557处获得磷脂酰肌醇PI (38:4),并在m/z 888.631处获得硫苷脂(C24:1)的清晰质谱图像(图2)。 此外,由于iMScope QT的最大激光频率为20 kHz,分析速度比iMScope TRIO快8倍以上。结果显示完成图2所示的小鼠全脑切片(702624 pix)质谱成像分析仅需6小时。 表1 分析条件图2 小鼠全脑切片的质谱成像结果(空间分辨率:15 μm) 小鼠小脑的高空间分辨率分析对小鼠小脑附近的区域进行高空间分辨率质谱成像分析,如图2(a)中红色部分所示。根据表1中的分析条件,空间分辨率为5 μm。如图所示,可在m/z 885.557处获得 PI (38:4)、在m/z 888.631处获得硫苷脂(C24:1),检测到更清晰更详细的质谱图像(图3(b)和(d))。 此外,由于iMScope QT的质量准确度和分辨率较高,能够分离和检测PI (38:4)的同位素(m/z 888.573)和硫苷脂(C24 :1)(m/z 888.631),并能提取每种同位素的质谱图像(图3(c)和3(d))。而iMScope TRIO则无法获得以上结果。 图3 小鼠小脑的光学图像和质谱图像(空间分辨率:5 μm) (a) 光学图像(b) PI (38:4)的质谱图像,m/z 885.557(c) PI (38:4)同位素的质谱图像,m/z 888.573(d) 硫苷脂(C24:1)的质谱图像,m/z 888.631 结论与iMScope TRIO相比,iMScope QT的分析范围更广,分析速度更快,可实现更广泛的快速成像分析。此外,随着检测准确度和分辨率的提高,能够对各种目标化合物进行高精确度、高特异性的质谱成像分析。 iMScope QT不仅整合了质谱和形态学分析,而且能够在更广泛的领域实现更快速、更灵敏以及更高的空间分辨率的检测。 本文内容非商业广告,仅供专业人士参考。
  • 借助双光子显微成像技术 北京大学陈良怡团队合作揭示小鼠社交行为神经编码机制
    陈良怡团队合作揭示小鼠偏好“喜新厌旧”的神经元集合和孤独症小鼠的缺陷社交行为是个人和人类社会生存和发展的基础。有关大脑通过何种方式编码社交行为信息这一科学问题,目前尚无确切答案。此外,孤独症、抑郁症、精神分裂症、社交恐惧症或创伤后应激障碍(PTSD)等患者,均存在显著社交识别或互动障碍,给家庭、社会和国家带来诸多问题和负担,当前仍缺乏行之有效的干预手段或治疗方法,原因之一在于对大脑处理和编码社交行为信息的神经机制知之甚少。既往研究表明,大脑内侧前额叶皮层(mPFC)在社交探索、社交恐惧和社会竞争等方面均发挥重要调控功能[1-4]。当小鼠进行社交探索行为时,mPFC脑区前边缘皮质(PrL)内部分兴奋性锥体神经元活动会显著增强[5, 6],mPFC神经元集群在处理不同社交对象信息时,其活动表现出较强的异质性[7, 8],而且mPFC脑区内抑制性GABA能中间神经元也同社交行为密切相关[1, 4, 9],然而,由于缺乏在体单细胞分辨率水平、实时动态可视化的神经编码研究方法,这些不同亚型神经元集群是如何编码特定社交对象信息的尚不明了。北京大学未来技术学院分子医学研究所、IDG麦戈文脑科学研究所、北大-清华生命科学联合中心、生物膜国家重点实验室陈良怡实验室,联合军事医学研究院吴海涛实验室以及北京大学工学院张珏实验室,在Science Advances杂志发表了题为“Encoding of social novelty by sparse GABAergic neural ensembles in the prelimbic cortex”的研究论文,解析了孤独症小鼠“喜新不厌旧”社交缺陷下的神经编码机制。在陈良怡实验室和程和平院士团队联合开发两代高时空分辨率的微型化双光子显微成像系统基础上[10, 11],通过建立改进型小鼠两箱社交行为学研究范式,利用MeCP2转基因孤独症小鼠模型和细胞亚型特异性Cre小鼠,借助微型化双光子显微镜钙成像技术,结合基于Tet-off系统的细胞特异性化学遗传学操控技术、CRISPR-Cas9介导的基因编辑和功能挽救等前沿技术,系统探讨了正常和孤独症小鼠模型不同社交行为过程中,PrL脑区内不同亚型神经元集群编码特定社交信息的模式差异。首先,借助微型化双光子钙成像技术,研究人员发现在小鼠自由社交活动过程中,PrL脑区内抑制性中间神经元较之于兴奋性锥体神经元具有更强的相关性。数学分析揭示其中存在稀疏分布的“社交特异”神经元,与之前研究的“社交相关”神经元不同,它们特异性地参与了同“陌生”或“熟悉”老鼠的社交行为。通过化学遗传学技术,特异性抑制社交行为过程中被激活的这些抑制性中间神经元亚群,能够显著破坏小鼠社交偏好及社交新颖性行为。提示PrL脑区内这群稀疏分布的中间神经元集群在调控小鼠社交偏好性以及“喜新厌旧”行为模式中,扮演着极为关键的角色。进一步,研究人员在进行小鼠两箱社交行为学观察时发现,MeCP2转基因孤独症小鼠社交偏好性并无显著缺陷,但会丧失典型的“喜新厌旧”样社交新颖性行为。利用CRISPR-Cas9基因编辑技术,在MeCP2转基因孤独症小鼠PrL脑区中间神经元内特异性剔除外源性MeCP2转基因后,可显著挽救孤独症小鼠“喜新厌旧”样社交缺陷表型。表明PrL脑区抑制性中间神经元内过表达MeCP2转基因可能是诱发孤独症小鼠产生社交新颖性行为缺陷的罪魁祸首。最后,通过系统分析野生型和MeCP2转基因孤独症小鼠模型PrL皮层内编码“陌生”和“熟悉”社交对象信息、且稀疏分布的抑制性中间神经元钙信号动力学特征,研究人员发现,当野生型小鼠分别与“陌生”或“熟悉“小鼠发生社交时,其PrL皮层中编码相关社交对象特异性神经元的发放概率、钙信号变化幅度以及达峰时间均存在显著差别。这两群细胞通过“跷跷板”式的协同增强效应,帮助小鼠确定面对不同类型对象采取不同的社交策略。而孤独症小鼠PrL脑区内相关神经元集群均明显异常,总体表现为“陌生”或“熟悉”社交对象引起社交特异神经元间反应差异消失,从而无法区分“陌生”和“熟悉”不同社交对象之间的差别,最终导致社交新颖性行为缺陷。综上,该研究工作发现在小鼠前额叶皮层内存在一群稀疏分布的中间神经元集群,分别负责编码社交行为中的“熟悉”和“陌生”社交对象信息,这些稀疏分布的神经集群在调控小鼠社交行为,尤其是社交新颖性行为中发挥着重要作用,揭示了个体在面对不同类型对象进行社交行为时的神经编码机制。该研究为深入理解孤独症等神经精神疾病患者社交行为缺陷的神经机制,探索精准靶向诊疗新策略提供了新的证据和线索。PI简历陈良怡北京大学未来技术学院学院教授北大-清华生命科学联合中心PI邮箱:lychen@pku.edu.cn实验室主页:http://www.cls.edu.cn/PrincipalInvestigator/pi/index5489.shtml研究领域:我们发展自驱动的活细胞智能超分辨率成像技术,并应用这些技术来研究生物医学重要问题。目前一方面的工作主要集中在引入物理光学中新成像原理、数学和信息学科中的图像重建新方法等,致力于发展可以在活细胞中实现两种以上模态光学信号探测的三维超分辨率成像的通用工具,实现同一活细胞样本上长时间、超分辨率、三维成像特定生物分子(荧光)和主要细胞器(无标记)。建立基于深度学习等手段Petabyte级的图像数据的高速处理以及分割手段,自动化、定量化描述活细胞内不同蛋白等分子以及细胞器的形状、位置以及相互作用等参数,找到新的细胞器并定义它们生化特性,最终目标是建立单细胞细胞器互作组学以及活细胞超分辨率病理学的概念,利用成像来揭示细胞内的异质性动态变化以及如代谢类疾病的发生发展机制。另一方面,我们也应用发展的高时空分辨率生物医学成像的可视化手段,系统研究血糖调控紊乱激素分泌在活体组织、细胞水平以及分子代谢水平的关系。参考文献:1.Xu, H., et al., A Disinhibitory Microcircuit Mediates Conditioned Social Fear in the Prefrontal Cortex. Neuron, 2019. 102(3): p. 668-682 e5.2.Kingsbury, L., et al., Cortical Representations of Conspecific Sex Shape Social Behavior. Neuron, 2020.3.Báez-Mendoza, R., et al., Social agent identity cells in the prefrontal cortex of interacting groups of primates. Science, 2021. 374(6566): p. eabb4149.4.Zhang, C., et al., Dynamics of a disinhibitory prefrontal microcircuit in controlling social competition. Neuron, 2021.5.Murugan, M., et al., Combined Social and Spatial Coding in a Descending Projection from the Prefrontal Cortex. Cell, 2017. 171(7): p. 1663-1677 e16.6.Liang, B., et al., Distinct and Dynamic ON and OFF Neural Ensembles in the Prefrontal Cortex Code Social Exploration. Neuron, 2018. 100(3): p. 700-714 e9.7.Pinto, L. and Y. Dan, Cell-Type-Specific Activity in Prefrontal Cortex during Goal-Directed Behavior. Neuron, 2015. 87(2): p. 437-50.8.Rigotti, M., et al., The importance of mixed selectivity in complex cognitive tasks. Nature, 2013. 497(7451): p. 585-90.9.Cao, W., et al., Gamma Oscillation Dysfunction in mPFC Leads to Social Deficits in Neuroligin 3 R451C Knockin Mice. Neuron, 2018. 97(6): p. 1253-1260.e7.10.Zong, W., et al., Miniature two-photon microscopy for enlarged field-of-view, multi-plane and long-term brain imaging. Nat Methods, 2021. 18(1): p. 46-49.11.Zong, W., et al., Fast high-resolution miniature two-photon microscopy for brain imaging in freely behaving mice. Nat Methods, 2017. 14(7): p. 713-719.
  • 走进复旦大学国家重点实验室,看VR如何用于科研
    VR即虚拟现实,在游戏、新闻报道等领域被广泛使用,如今,科学家们将这个技术用在科研中,下面跟随记者一起走进复旦大学的医学神经生物学国家重点实验室,看看小鼠如何遨游在VR的世界里。   如上图所示,在实验室里,小鼠在三块屏幕前奔跑着,这个通过VR呈现出来的视觉信息被小鼠的大脑所接收,并反应到了行动上。   研究者们给出不同的画面,小鼠也对此作出了不同的行为,比如,在这样的一个如同迷宫般的世界里,小鼠正疾步向前寻找出口,但这一切却都是虚拟的。   这些都是服务于实验室脑功能建立的相关研究,研究者通过给小鼠视觉、听觉和味觉的不同刺激,来观察小鼠的大脑变化。   复旦大学医学神经生物学国家重点实验室青年研究员张嘉漪说道:这个是一个小鼠的虚拟现实的系统,这个系统主要是由视觉的VR的信息、听觉的上面有4个喇叭,以及前面有对它(小鼠)嗅觉的这样多种的感觉输入的整合,所以我们主要是想让小鼠在这样一个(环境),下面有一个球,小鼠可以在自由活动的状态下进行没有干扰的行为,我们主要是想看在不同的感觉输入的情况下,小鼠的大脑活动的整体的变化。   复旦大学医学神经生物学国家重点实验室主要进行的是多领域的脑科学研究。在认识脑的相关研究中,脑功能的建立是重中之重,小鼠的VR实验正是以此为出发点。   此外,由于脑功能建立依赖于大脑神经环路的形成,因此,解析实施脑认知功能的神经环路成为实验室里多位学科家的研究命题,而这也是国际公认的科学前沿。   复旦大学医学神经生物学国家重点实验室研究员禹永春说道: 我们实验室主要研究的是大脑皮层的发育,最关注的是大脑皮层如何形成环路,并且最终行使高级的功能,这里边我们也很感兴趣在环路的发育过程中,存在的一系列的精神疾病的问题,像自闭症的一些疾病模型。   诸如帕金森等疾病,是大脑发育过程中某些神经元的缺失,科学家通过研究干细胞发育成神经元的过程,找出了调控发育过程的基因,为今后疾病的干预和治疗提供理论基础。   复旦大学医学神经生物学国家重点实验室研究员杨振纲说道: 绿色的就是神经元,从神经干细胞长到神经元是一个发育的过程,我们最近发现两个基因调控这个过程,这两个基因撬掉以后脑髓就长不出新的神经元,主要是在基底神经节纹状体这一类,比如说帕金森病和舞蹈症,又叫亨廷顿氏病,就是这个神经元缺失。
  • 《Neuron》大脑“看见”不需要用“眼”,因为视觉能够反向输出
    为了更好地观察周围的世界,动物总是在运动。灵长类动物和人类使用复杂的眼球运动来集中视觉(比如人类在阅读时所做的);鸟类、昆虫和啮齿动物通过移动头部来实现同样的效果,甚至可以用这种方式估计距离。然而,这些运动是如何在大脑用来“看见”的神经元的复杂电路中发挥作用的,在很大程度上是未知的。这可能是一个潜在的问题领域,因为科学家们创建了人工神经网络来模拟自动驾驶汽车的视觉工作原理。为了更好地理解运动和视觉之间的关系,哈佛大学的一个研究小组研究了当动物可以自由地自由漫游时,大脑中用来分析图像的主要区域之一发生了什么。周二发表在《Neuron》杂志上的这项研究结果表明,初级视觉皮层的图像处理电路不仅在动物移动时更活跃,而且它们接收来自大脑运动控制区域的信号,该区域独立于处理动物所看到的东西的区域。事实上,研究人员描述了视觉皮层中两组与运动相关的模式,它们是基于头部的运动以及动物是在光明还是黑暗中。这项与运动有关的发现出乎意料,因为视觉往往被认为是一种前馈计算系统,视觉信息通过视网膜进入,在单向运行的神经回路上传播,逐块处理信息。研究人员在这里看到的更多证据表明,视觉系统有更多的反馈组件,其中信息可以以相反的方向传播,这比我们想象的要多。这些结果提供了一个微妙的一瞥,神经活动如何在大脑的感觉区域工作,并重写了教科书中的大脑视觉模型。哈佛医学院神经生物学系博士后研究员、该研究的主要作者Grigori Guitchounts说:“在视觉皮层中看到这种(与运动有关的)信息真的令人惊讶,因为传统上人们认为视觉皮层只处理图像。”“大脑在某种程度上需要协调感知和行动,”Guitchounts说。“你需要知道什么时候感觉输入是由你自己的行为引起的,而不是由世界上其他事物引起的。”在这项研究中,Guitchounts与前分子和细胞生物学系教授David Cox,博士后研究员Steffen B.E.Wolff合作进行了这项研究。这项工作于2017年开始,2019年结束,当时Guitchounts是Cox实验室的研究生。该论文的预印本于1月出版。过去视觉实验的典型设置是这样工作的:给小鼠或猴子等动物注射镇静剂,将它们的头固定在固定的位置,然后给予视觉刺激,比如照片,这样研究人员就可以看到大脑中哪些神经元有反应。这种方法是由哈佛大学的科学家David H. Hubel和Torsten N. Wiesel在20世纪60年代首创的,1981年他们因此获得了诺贝尔医学奖。自那以后,许多实验都遵循了他们的模型,但没有阐明运动是如何影响分析神经元的。在这项最新的实验中,研究人员想探索这一点,于是他们观察了10只小鼠。科学家们把每只鼠放在一个围栏里,这个围栏是它的家的两倍,并连续记录它们的头部运动。通过植入电极,他们测量了小鼠移动时初级视觉皮层的大脑活动。一半的录像是在灯亮的情况下拍摄的。另一半被记录在完全黑暗中。研究人员想比较有视觉输入时和没有视觉输入时视觉皮层的活动。为了确保房间漆黑一片,他们用胶带封住了任何能让光线进来的缝隙,因为老鼠在晚上的视力是出了名的好。数据显示,平均来说,在黑暗中,小鼠运动时视觉皮质的神经元比休息时更活跃。这让研究人员措手不及:在一个漆黑的房间里,没有视觉数据可供处理。这意味着活动来自运动皮层,而不是外部图像。研究小组还注意到,在运动过程中,视觉皮层的神经模式在黑暗和光明中是不同的,这意味着它们没有直接的联系。一些在黑暗中准备激活的神经元在光线下处于一种睡眠模式。研究人员使用机器学习算法对两种模式进行编码。这样他们不仅可以通过观察小鼠视觉皮层的神经活动来判断小鼠头部的运动方式,而且还可以在小鼠移动之前的几百毫秒内预测出这种运动。研究人员证实,这些运动信号来自大脑的运动区域,主要集中在第二运动皮层。他们在几只小鼠身上进行了手术破坏,然后再次进行实验。大脑这一区域受损的小鼠不再在视觉皮层发出信号。然而,研究人员无法确定信号是否来自第二运动皮层。他们说,可能只有在它经过的地方。此外,科学家们指出了他们发现的一些局限性。例如,他们只测量头部的运动,而不测量眼睛的运动。这项研究也以夜间活动的啮齿动物为基础。它们的视觉系统与人类和灵长类动物有相似之处,但复杂性不同。尽管如此,这篇论文增加了新的研究思路,而且这一发现有可能应用于控制机器视觉的神经网络,比如自动驾驶汽车。“这一切都是为了更好地理解视觉是如何工作的,”Guitchounts说。“神经科学正在进入一个新的时代,在这个时代里,我们明白感知和行动是相互交织的循环… … 没有知觉就没有行动,没有行动就没有知觉。我们现在有技术来衡量这一点。”
  • Cell Stem Cell公布年度最佳论文 多篇中国学者成果上榜
    p   《Cell Stem Cell》杂志是2007年Cell出版社新增两名新成员之一(另外一个杂志是Cell Host & amp Microbe),这一杂志内容涵盖了从最基本的细胞和发育机制到医疗软件临床应用等整个干细胞生物学研究内容,特别关注胚胎干细胞、组织特异性和癌症干细胞的最新成果。《Cell Stem Cell》自创刊以来就倍受关注,影响因子一路攀升,近期《Cell Stem Cell》公布了2016年度最佳论文,其中包括两篇综述,九篇研究论文。 /p p   在研究论文中,有多篇关于寨卡病毒,以及CRISPR技术研究成果,比如“CRISPR Interference Efficiently Induces Specific and Reversible Gene Silencing in Human iPSCs”,就是第一次采用CRISPR-Cas9系统的变种技术,改变了读取诱导多能干细胞(iPSCs)基因组的方式。这是在构建遗传病细胞模型上取得的一个重大技术进步。 /p p   另外也有多项中国学者的成果,比如“Zika Virus Disrupts Neural Progenitor Development and Leads to Microcephaly in Mice”是由中国科学院与军事医学科学院合作完成的一项研究。研究人员建立了寨卡病毒小头畸形动物模型,并在全球首次证实寨卡病毒感染能够直接导致小头畸形的发生,该成果也为进一步研究寨卡病毒的致病机制和治疗研究打下了理论基础。 /p p   许执恒团队与授秦成峰团队合作在哺乳动物小鼠中发现,寨卡病毒可以在胚胎脑中快速复制并感染神经干细胞,造成神经干细胞的增殖与分化异常,以及神经元的大量死亡,最终导致大脑皮层变薄以及小头畸形。研究人员通过全基因组表达谱分析,发现大量与免疫、小头畸形、寨卡病毒的潜在受体及细胞凋亡相关的基因出现了明显异常。这是科学家首次拿到直接的证据,证明寨卡病毒和小头畸形的关系。研究人员不但采用国际上类似研究将病毒注入怀孕母鼠腹腔的做法,而且进一步选择使用纤维针穿过孕鼠子宫,直接将病毒精确注入胚胎鼠直径不到1毫米的脑腔中。 /p p   “Complete Meiosis from Embryonic Stem Cell-Derived Germ Cells In Vitro”则是由中科院动物研究所、中国科技大学等处的研究人员完成,他们首先诱导小鼠胚胎干细胞产生功能性的精子样细胞(sperm-like cells),然后将这种精子样细胞注入小鼠卵细胞中产生能生育的小鼠后代。 /p p   在体外重现生殖细胞发育一直是生殖生物学和生殖医学领域的一个中心目标。这项研究建立了一种稳健的和循序渐进的方法,利用该方法可在盘碟中重现功能性精子样细胞形成。这一方法完全符合由一个生殖生物学家共识小组最近提出的金标准,所以具有巨大的希望用于治疗男性不育症。 /p p   具体来说,研究人员开发出一种基于干细胞的方法,利用这种方法可以完全重现减数分裂,以及产生功能性的精子样细胞。该方法的第一步就是让小鼠胚胎干细胞(ESCs)接触一种由GSK3抑制剂、MEK抑制剂和白血病抑制因子(LIF)组成的化学混合物,从而将ESCs诱导为原始生殖细胞(primordial germ cells)。接下来,研究人员模拟这些原始生殖细胞的天然组织环境:让这些细胞接触睾丸细胞和诸如睾酮之类的性激素。 /p p   在这些生物相关的条件下,这些由ESCs产生的原始生殖细胞经历完整的减数分裂,产生具有正确细胞核DNA和染色体含量的精子样细胞。为了进一步提供符合减数分裂金标准的证据,研究人员将这些精子样细胞注射进小鼠卵细胞中,将形成的胚胎植入雌性小鼠体内。引人注目的是,这些胚胎发育正常,产生健康的有生育力的后代,而且这些后代也能繁殖下一代。 /p p   在“Zika Virus Infects Human Cortical Neural Progenitors and Attenuates Their Growth”中,明国丽等人发现实验室培养的人神经祖细胞能够被寨卡病毒毒株感染和杀死,这首次提示着孕妇感染寨卡病毒如何可能导致她们的婴儿患上头小畸型(microcephaly),即一种大脑和头颅不能按照正常速度生长的神经疾病。 /p p   鉴于人们一般是被蚊子携带的寨卡病毒感染,研究人员将病毒在蚊子细胞中培养几天,然后再用它们感染人类神经细胞。研究显示,大脑皮层的神经前体细胞被感染之后成为了寨卡病毒繁殖的天堂,病毒颗粒在短短三天内就扩散到了整个培养皿的干细胞。而且研究人员没有发现细胞启动抗病毒应答,还不清楚病毒是否会被清除出去。这项研究告诉我们,寨卡病毒可能对大脑皮层的破坏最大。这只是第一步,还有很多工作要做,寨卡病毒还有许多问题有待解答,比如为何成年感染者症状轻微,病毒又是如何进入胎儿神经系统的。 /p
  • 超维景完成数千万元A2融资!累计融资超亿元
    北京超维景生物科技有限公司(以下简称“超维景”)完成数千万元的A2轮融资,由中信建投资本、广州同新科创基金、首正泽富和老股东北京协同控股、广东协同控股、星润资产共同投资。本轮资金将主要用于多光子显微镜和多光子医疗器械研发和海外市场开拓。超维景是一家专注于高端生物医学成像设备研发、生产和销售的国家高新技术企业。在顺利完成本轮A2轮融资后,超维景已累计获得超亿元融资,公司团队的研究成果也数次登上国际顶刊。2017年超维景核心团队成功研制仅2.2g的超高时空分辨微型化双光子显微镜,在国际上首次获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像,被评为“2017年度中国科学十大进展”和《Nature Methods》“2018年度方法”(无限制行为动物成像),2021年该团队的第二代微型化双光子显微镜将成像视野扩大了7.8倍,同时具备获取大脑皮层上千个神经元功能信号的三维成像能力,原始论文发表于《Nature Mehtods》。2023年成功研制微型化三光子显微镜,重量仅为2.17克,一举突破了此前微型化多光子显微镜的成像深度极限,首次实现对自由行为小鼠的大脑全皮层和海马神经元功能成像,为揭示大脑深部结构中的神经机制开启了新的研究范式。2023年12月由超维景公司自主研发的在体双光子显微成像系统获得江苏省二类创新医疗器械上市审批,这是中国首个基于双光子显微成像原理的医疗器械。超维景已布局微型化多光子成像产品体系,并成功实现多款产品的产业化---SUPERNOVA-100一体式微型化双光子显微镜、SUPERNOVA-600集成式微型化双光子显微镜与SUPERNOVA-3000微型化三光子显微镜等。SV780在体双光子显微成像系统于 2023年12月获批上市,是中国首个基于双光子显微成像原理的医疗器械。该产品可以辅助医生在几秒内获得活细胞及其生理环境中的组织结构详细信息,具有实时、无创、动态的辅助诊断优势。
  • 《Science》重塑成人大脑的可塑性
    星形胶质细胞是大脑中的细胞,长期以来被认为仅仅是神经元的支持细胞。近年来,对星形胶质细胞的研究日益增多,逐渐揭示了星形胶质细胞在脑功能中的重要性。Inserm、CNRS和法国生物跨学科研究中心学院的研究人员现在已经发现了它们在结束出生后大脑可塑性阶段中的关键作用,发现它们是感官和认知能力发展的关键。从长远来看,这些发现将使我们有可能设想出新的策略,在成人中重新引入大脑可塑性,从而促进脑损伤或神经发育障碍后的康复。这项研究已发表在《Science》杂志上。大脑可塑性是出生后的一个短暂的关键时期,在这一时期,大脑根据所接受的外部刺激(环境、相互作用等)重塑神经元的“线路”。这个时期的结束或“结束”标志着神经回路的稳定,与有效的信息处理和正常的认知发展有关。可塑性在未来仍然是可能的,尽管比生命开始时的水平要低得多。20世纪80年代的开创性研究表明,将不成熟的星形胶质细胞移植到成年动物的大脑中,会重新引入一段主要的可塑性时期。Inserm研究员团队和生物学跨学科研究中心从这一过程中获得灵感,揭示了迄今未知的导致可塑性闭合的细胞过程。大脑可塑期出现的问题可能会产生重大的长期后果。例如,如果一个人的眼睛状况使他不能正确地看东西,比如斜视(交叉眼),如果不及时治疗,相应的大脑线路就会永久性地改变。为了弥补这一点,研究人员试图通过确定一种治疗方法来重塑这种连接,这种治疗方法可以重新引入大脑的可塑性,即使大脑已经关闭。为了实现这一点,他们还试图更好地描述这种封闭背后的生物学机制。移植未成熟星形胶质细胞重建脑可塑性通过对小鼠视觉皮层的实验,研究人员表明,不成熟星形胶质细胞的存在是大脑可塑性的关键。随后,星形胶质细胞在可塑期参与中间神经元的发育成熟,最终导致其关闭。这种成熟过程是通过一种涉及连接蛋白30的新机制发生的,研究人员发现在成熟的星形胶质细胞中,连接蛋白30在闭合过程中水平很高。将星形胶质细胞移植到成年小鼠体内能重新引入大脑可塑性吗?为了找到答案,研究人员从幼鼠(1到3天大)的视皮层培养了不成熟的星形胶质细胞。这些不成熟的星形胶质细胞被移植到成年小鼠的初级视皮层,然后在单眼蒙蔽四天后评估视皮层的活动——这是一种用于评估大脑可塑性的标准技术。他们发现,与未接受移植的对照组小鼠不同,移植了未成熟星形胶质细胞的小鼠表现出高度的可塑性。这项研究提醒我们,在神经科学领域,我们不能只关注神经元。胶质细胞是星形胶质细胞的一个亚型,它调节着大脑的大部分功能。我们意识到这些细胞有积极的作用。神经胶质细胞比神经元不那么脆弱,因此是一种更容易作用于大脑的手段。胶质细胞占大脑细胞的一半以上。它们与神经元的细胞谱系不同,功能也有很大的不同。直到最近,它们还被认为是大脑的“清洁剂”,但研究人员意识到它们在释放分子方面也起着积极的作用。与神经元相比,它们发生在大脑发育的后期,不以同样的方式进行交流,并且占主导地位。
  • 磁共振成像新技术“看清”大脑神经活动
    韩国研究团队开发出一种新方法,可使用磁共振成像(MRI)在毫秒级时间尺度上,非侵入性地跟踪大脑信号的传播。这项发表于《科学》杂志的最新研究有望给了解大脑带来革命性突破。依赖血氧水平的功能磁共振成像(fMRI)用于获取活人的大脑图像。这项技术并不是直接观察神经元活动,而是通过一项指标追踪大脑中血流的变化,即血氧水平依赖效应。在实践中,通常在几秒钟内,依赖血氧水平的fMRI会随着时间的推移产生多幅图像。在这项新研究中,研究人员没有用到任何全新的仪器设备,而只是修改了磁共振脑部扫描的方式。这项新技术名为神经元活动直接成像(DIANA),其工作原理是对传统的MRI机器进行改造,以更快的速度,在毫秒级别生成一系列局部图像。这一速度相当于思维的速度,神经信号传递在毫秒级别,整个认知、决策等活动只需要0.1秒。然后,研究人员将这些局部图像拼接在一起,以获得每个时间点的大脑横截面的完整视图。为了看看他们是否可以通过这种方法识别大脑活动的任何信号,研究人员将麻醉的老鼠放入MRI扫描仪中,然后用电流轻轻敲击其面部的胡须垫。他们发现,在电击后25毫秒左右,他们的技术产生的图像在体感皮层(感知胡须刺激的小鼠大脑部分)中记录了某种信号。进一步探索发现,DIANA信号实际上随着时间的推移而移动。它在敲击胡须垫后大约10毫秒出现在称为丘脑的大脑区域,在大约25毫秒时移动到体感皮层的一个部分,然后在几毫秒后在体感皮层的另一部分出现。通过使用电生理学和光遗传学等侵入性技术对同一大脑区域进行测量,研究小组表明,DIANA信号实际上是在追踪神经元活动对胡须刺激的反应。到目前为止,这项新技术只在小鼠身上进行了测试,但研究人员已经将其称为“游戏规则的改变者”,这表明它可能会改变科学家研究大脑的方式,并可能导致对大脑工作原理的新理解。
  • 磁共振成像新技术“看清”大脑神经活动
    科技日报北京10月19日电 (实习记者张佳欣)韩国研究团队开发出一种新方法,可使用磁共振成像(MRI)在毫秒级时间尺度上,非侵入性地跟踪大脑信号的传播。这项发表于《科学》杂志的最新研究有望给了解大脑带来革命性突破。依赖血氧水平的功能磁共振成像(fMRI)用于获取活人的大脑图像。这项技术并不是直接观察神经元活动,而是通过一项指标追踪大脑中血流的变化,即血氧水平依赖效应。在实践中,通常在几秒钟内,依赖血氧水平的fMRI会随着时间的推移产生多幅图像。在这项新研究中,研究人员没有用到任何全新的仪器设备,而只是修改了磁共振脑部扫描的方式。这项新技术名为神经元活动直接成像(DIANA),其工作原理是对传统的MRI机器进行改造,以更快的速度,在毫秒级别生成一系列局部图像。这一速度相当于思维的速度,神经信号传递在毫秒级别,整个认知、决策等活动只需要0.1秒。然后,研究人员将这些局部图像拼接在一起,以获得每个时间点的大脑横截面的完整视图。为了看看他们是否可以通过这种方法识别大脑活动的任何信号,研究人员将麻醉的老鼠放入MRI扫描仪中,然后用电流轻轻敲击其面部的胡须垫。他们发现,在电击后25毫秒左右,他们的技术产生的图像在体感皮层(感知胡须刺激的小鼠大脑部分)中记录了某种信号。进一步探索发现,DIANA信号实际上随着时间的推移而移动。它在敲击胡须垫后大约10毫秒出现在称为丘脑的大脑区域,在大约25毫秒时移动到体感皮层的一个部分,然后在几毫秒后在体感皮层的另一部分出现。通过使用电生理学和光遗传学等侵入性技术对同一大脑区域进行测量,研究小组表明,DIANA信号实际上是在追踪神经元活动对胡须刺激的反应。到目前为止,这项新技术只在小鼠身上进行了测试,但研究人员已经将其称为“游戏规则的改变者”,这表明它可能会改变科学家研究大脑的方式,并可能导致对大脑工作原理的新理解。
  • 中国首款“在体双光子显微成像系统”二类创新医疗器械获批上市!
    12月22日,由超维景公司自主研发的在体双光子显微成像系统获得江苏省二类创新医疗器械上市审批,其注册证编号为苏械注准20232061797,是中国首个基于双光子显微成像原理的医疗器械注册证。该产品用于医疗机构对体表上皮细胞及组织在体所成图像进行采集、储存、检索和显示,辅助医生进行临床诊断,具有实时、在体、原位、无创、动态的优势。该成像系统通过双光子激发角蛋白、NAD(P)H/FAD、弹性纤维、胶原纤维、黑色素等物质的自发荧光或谐波信号,不仅实现对表皮和真皮组织的高分辨率三维层切扫描成像,还可辅助识别组织组分、辅助判断代谢功能等,为皮肤科临床诊断和科学研究提供了一种多模态成像的新范式。皮肤结构示意图超维景由北京大学程和平院士及北大团队始创于2016年,是一家专注于高端生命科学仪器和医疗器械研发、生产和销售的国家高新技术企业。超维景的多学科交叉团队攻克了多项关键核心技术。2017年成功研制仅2.2g的超高时空分辨微型化双光子显微镜,在国际上首次获取了小鼠在自由行为过程中大脑皮层神经元和神经突触活动的动态图像,被 《Nature Methods》评为“2018年度方法”(无限制行为动物成像)。2023年微型化三光子显微镜再发《Nature Methods》,首次实现小鼠“深脑成像”。空间站皮肤双光子显微镜成功在空间站运行,是全球首次实现双光子显微镜在轨正常运行、首次在轨观测到航天员细胞结构和代谢成分信息。超维景成功开发一系列具有自主知识产权的微型化多光子显微成像系统,目前超维景已实现核心部件全部国产自主可控,科学家与企业家组合的创业团队未来将在多光子科研和医疗领域开拓创新并将积极开拓国内外市场。在生命科学和医学研究中,成像技术至关重要,是推动生命科学进步的核心动力,生物医学发展的历史大半部是成像技术的发展史。进入新千年,脑科学研究成为热点,根据《“十四五”规划纲要和2035年远景目标纲要》,我国脑科学与类脑研究将以脑认知原理解析、脑介观神经联接图谱绘制、脑重大疾病机理与干预研究等方向作为重点。中国要做原创科学,必须要有自己的仪器。超维景曾表示作为科技成果产业化的典型公司,将以自主创新的核心技术,将继续为我国的脑科学研究做出重要贡献,利用神经科学的基础研究成果来造福社会。
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