外显子序列捕获

安捷伦科技针对模式生物，推出世界首款商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒 2011 年 1 月 19 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出 安捷伦 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒，这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统，用以简化下一代测序实验。 日本 RIKEN 研究所使用安捷伦的 SureSelect 人全外显子试剂盒，取得了优异成果。在此基础上，安捷伦与该所的 Yoichi Gondo 博士联手开发了小鼠外显子靶向序列捕获产品。 Gondo 博士说：&ldquo 我们非常高兴有机会与安捷伦共同开发这一创造性的新产品。我们使用自己的 ENU-诱变的小鼠基因组样品对这一新产品进行了测试，该基因组中大约每 1Mb 就有一个位点出现 ENU 诱导的突变。使用 SureSelect 小鼠全外显子试剂盒，在第一次试验中就找到了 61 个 ENU 诱导的突变，这远远超出了我们的预期。&rdquo 安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道：&ldquo 人类外显子靶向测序方法已被公认为是遗传学中一种非常强大的研发工具，而安捷伦推出的用户自定义 SureSelect 试剂盒和人外显子 SureSelect 试剂盒系列产品凭借目前在业界遥遥领先的文献引用记录，当仁不让地走在了这一轮发现大潮的最前方。小鼠作为一种模式生物，在人类疾病研究中一直扮演着重要的角色，因此小鼠外显子靶向序列捕获试剂盒的研发便顺理成章地成为我们积极的 SureSelect 产品战略的下一步重要举措。&rdquo SureSelect XT在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备以及基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化系列产品搭配使用，用户即可畅享高性能靶向富集方案所带来的超高效率的和前所未有的便捷操作。 随着 SureSelect XT 小鼠全外显子试剂盒的推出，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类增至 34 种（首款SureSelect试剂盒于 2009 年 2 月推出）。目前已有超过 25 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集完整解决方案以及针对多种不同测序方法和平台的最优化分析流程。SureSelect XT 产品可用于在单管中富集从 200 Kb 到 50 Mb 的目标序列。 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化工作流程。结合先进的下一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。在过去，文库制备和靶向富集一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量的样品处理，安捷伦提供了综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 本方案除了可以支持 Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持 SOLiD 系统的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。最近，SureSelect 平台还进一步扩展到 Roche 454 系统，从而可以为所有三大下一代测序主流平台的用户提供SureSelect 全线产品（包括用户自定义产品和目录产品）。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任何目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可定制与安捷伦目录 SureSelect 试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 小鼠全外显子系列产品。关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为 54 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技公司推出新一代测序成员 &mdash 全新SureSelect 人全外显子 UTR捕获试剂超乎寻常的效率；为次日测序准备好外显子样品 2012 年 11 月 8 日，加利福尼亚州圣克拉拉市 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出新一代靶向序列捕获测序产品 SureSelect 人全外显子 V5 以及 V5 + UTR。做为此项技术的发起机构，新型的全外显子捕获解决方案结合了安捷伦基因组学的最新技术革新。 SureSelect 人全外显子 V5 建立在业内领先的 SureSelect 靶向序列捕获平台上，具有更快的周转时间，可以为次日测序生成外显子样品。它还提供了更高的测序效率，并全面覆盖了最新的基因组学数据库，包括RefSeq、CCDS、GENCODE、miRBase、TCGA 和 UCSC。 新型全外显子解决方案经过特别的优化，为用户提供了最高的特异性和灵敏度，仅需 4 Gb 的总测序量，与竞争对手的类似产品相比，可以减少 60% 的测序量。 &ldquo 我们很高兴可以不断提供高性能的外显子序列捕获产品，&rdquo 安捷伦基因组学高级市场总监 Kathleen Shelton 说道。&ldquo 我们的 V5 以及 V5+ UTR 是现有的最新、最全面的外显子捕获试剂盒。配合最新简化的工作流程，我们在显著减少测序量的基础上提供了更大的样品通量&mdash &mdash 对于研究者这意味着可以在测序上花费更少的时间和经费，而将更多的时间用于研发。&rdquo SureSelect 人全外显子 V5 是 SureSelect 产品系列的最新一员，提供完整的SureSelectXT 或 SureSelectXT2 解决方案。同时也可以与 SureSelect 的定制版和 HaloPlex 靶向序列捕获系统相匹配，成为后续研究的理想之选。 此外，安捷伦还提供了完整的新一代测序工作流程解决方案，包括质量控制、自动化、PCR 以及数据分析。更多信息，请访问 www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Product&SubPageType=ProductDetail&PageID=3041 关于安捷伦产品在基因组学方面的应用 安捷伦科技公司是针对下一代测序和基因组学芯片进行靶向序列捕获的全球领导者。Agilent SureSelect 和 HaloPlex 靶向序列捕获系统能使研究人员轻松选择待测序的基因组片段，无需花费对整个基因组进行测序所需要的时间和金钱。HaloPlex 系统具有&ldquo 当日完成样品至测序仪&rdquo 的工作流程，非常适合于下一代台式测序仪；而 SureSelect 系统能够在一个反应对中准确捕获所有的外显子和甲基化组，很适合配用高通量的下一代测序系统。这两个系统仅仅是两种代表性产品，其源自安捷伦在芯片制造过程中所获得的合成复杂定制的长寡核苷酸混合物的专业知识。其他基于此项核心技术的产品线包括用于基因表达的全基因组测量和比较基因组杂交的芯片，以及 SureFISH 试剂，它是一种用于原位杂交的高特异性、高灵敏度寡核苷酸荧光染料产品线。除了寡核苷酸类产品之外，安捷伦还提供用于测量样品质量的微流体生物分析仪、能够提高下一代测序效率的靶向序列捕获工具，以及用于基因组实验的全套试剂、硬件、方法和生物信息学软件。 关于安捷伦科技 安捷伦科技（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、诊断学、电子和通讯领域的技术领导者。公司的 20,000 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。有关安捷伦科技的更多信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技公司与维康信托基金会桑格研究院和 Gencode 研究团队合作开发了用于新一代测序的最新人全外显子靶向序列富集工具 2010 年 8 月 4 日，加利福尼亚州圣克拉拉市和英国剑桥市 &mdash 安捷伦科技公司（NYSE：A）今日推出用于新一代 DNA 测序的 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒。研究人员使用该试剂盒能够有效地去除非目标区域，只对基因组表达序列进行测序，从而大大简化实验步骤。 该新型试剂盒是安捷伦科技与维康信托基金会桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）和 Gencode 研究团队合作开发而成，科学家们为原有的 Agilent SureSelect 人全外显子试剂盒增加了 12 兆碱基（Mb）的新内容，使覆盖碱基总数达到约 50 Mb。原试剂盒是安捷伦与哈佛大学-麻省理工学院博德研究所 （Broad Institute）的研究者合作开发的，新增内容则由维康信托基金会桑格研究院的研究者确定，作为他们参与 Gencode 项目研究的部分工作。维康信托基金会桑格研究院的研究者和国际癌症基因组研究团队（ICGC）的成员作为早期用户，一年前已经开始使用该新型 SureSelect 人全外显子试剂盒。现在，该试剂盒的商业化产品正式推出。 &ldquo 这一新型试剂盒是安捷伦与维康信托基金会桑格研究院长期合作而开发的最新工具，&rdquo Agilent SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道，&ldquo 我们希望这种富有成效的合作关系能一直持续，在未来为基因组学研究领域带来更好的工具。&rdquo 此外，维康信托基金会桑格研究院已决定采用 Agilent SureSelect 靶向序列富集系统进行其未来的新一代测序工作。但是因为该研究院是一个慈善机构，它不会为商业化产品代言。 &ldquo 序列捕获流程是我们科研团队深入了解基因功能的最重要的环节，&rdquo 维康信托基金会桑格研究院基因组分析生产主任 Cordelia Langford 博士说道，&ldquo 所以，我们必须确保该流程能够为这一重要研究工作提供可重现的高质量和高效处理的样品。&rdquo Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向序列富集产品以及最优化的方案，适用于多种不同的测序方法和平台。SureSelect 产品线目前包括 14 种产品，更多产品正在开发当中。SureSelect 产品可用于在单个试管中捕获从小于 200 Kb 到大于 50 Mb 大小范围内的靶向序列。该产品现在除了可以支持Illumina系统的 单末端和双末端测序以及indexing方案外，还支持SOLiD 系统的片段文库测序、双末端测序和barcoding方案。 用户使用 Agilent eArray xD 桌面设计工具，可以轻松设计出在单个试管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而有效提高研究效率。或者，用户可利用安捷伦的 eArray 在线设计工具，定制基于原人全外显子试剂盒的SureSelect 靶向序列富集产品。在线定制 SureSelect 人全外显子 50 Mb 靶向序列富集试剂盒的产品，也将于不久后推出。 更多资讯，请访问：https://www.genomics.agilent.com/CollectionSubpage.aspx?PageType=Product&SubPageType=ProductDetail&PageID=2317.在 earray.chem.agilent.com 上查找 eArray，并单击&ldquo eArray 产品页面&rdquo 。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通讯领域的技术领导者，公司的 19,000 名员工在 110 多个国家为客户服务。在 2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技将华大基因（BGI）指定为中国首家新一代测序靶向序列捕获系统的认证服务提供商 2011 年4 月4 日，北京 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布知名的基因组学研究中心深圳华大基因（BGI）正式成为新一代测序技术安捷伦 SureSelect XT 靶向序列捕获系统的认证服务提供商（CSP）。安捷伦CSP 计划是一项针对全球服务提供商的合作计划，旨在为其客户提供更高质量的数据和服务。 位于深圳的BGI是世界上最大的基因组学研究机构，也是中国第一家SureSelect XT 的认证服务提供商。该机构已通过了所有SureSelect XT 靶向序列捕获操作方案的认证，其中包括人类全外显子捕获、SureSelect 索引捕获、DNA 捕获、RNA 捕获、激酶组RNA捕获和定制捕获。 &ldquo 我们非常高兴能够成为安捷伦的认证服务提供商，&rdquo BGI 的基因组测序运营总监李京湘说道，&ldquo 安捷伦SureSelect XT 靶向序列捕获系统是性能卓越的国际著名产品，借助此系统我们能够为客户提供最好的外显子靶向测序服务。&rdquo &ldquo 我们非常高兴地看到，这座顶尖的测序中心正在将SureSelect XT 靶向序列捕获技术的优势推广到极其广泛的基因组学实验中。&rdquo 安捷伦基因组学SureSelect 平台市场总监Fred P. Ernani 博士说道。 自2009 年该平台发布以来，安捷伦至今已推出35 种SureSelect 靶向序列捕获试剂盒。包括涉及各种遗传性疾病研究和发现的论文在内，已有超过45 篇同行评审的相关论文发表。 SureSelect XT 简化了靶向序列捕获流程，研究人员可以仅针对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序。结合领先的新一代测序系统不断增加的样品容量，SureSelect XT 平台的多重检测支持功能使科学家们可以在每次实验中分析更多样品的基因组，这在过去是难以实现的。迄今为止，文库制备和靶向序列捕获一直是此类实验的一个瓶颈。为了实现高通量的样品处理，安捷伦还提供了集成式工作站，用于自动化完成SureSelect XT文库制备和靶向序列捕获工作流程。 SureSelect XT 还能实现最大程度的定制化。用户使用安捷伦 eArray xD 桌面设计工具可轻松设计靶向任意目标基因组（均在单管内进行）的定制产品，从而有效提高研究效率。安捷伦还提供 eArray 在线设计工具，用户使用该工具可对预定义的 SureSelect XT 试剂盒，例如SureSelect XT 小鼠全外显子系列产品进行自行定制。 《科学》杂志12 月17 日刊登的2010 年十大科学突破中，其中两项突破&ldquo Reading the Neandertal Genome&rdquo （解读尼安德特人基因组）和&ldquo Homing In on Errant Genes&rdquo （外显子组测序/罕见疾病基因）均采用了SureSelect 靶向序列捕获系统。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500名员工为 100多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技新一代测序靶向序列捕获系统在两年内已被100 篇学术论文引用 2011 年8 月1 日，安捷伦科技公司（纽约证交所：A）宣布了用于新一代测序的SureSelect 靶向序列捕获系统自2009 年初面世后已被100 篇发表的学术论文引用，成为一个重要的里程碑。 第100 篇论文发表于2011 年7 月的《自然遗传学（电子版）》，作者是加拿大蒙特利尔大学卓越神经科学研究中心的Simon J. Girard 等人。研究人员利用SureSelect 全外显子试剂盒分析精神分裂症患者和他们健康的父母，从而确认突变。 Girard 说到：&ldquo 在高通量测序和外显子捕获时代以前，进行如此大规模的分析是根本不可能的。正是凭借SureSelect 试剂盒，我们能够捕获14 名精神分裂症患者的外显子并确认了15 个新生（de novo）突变。这些突变可视为是开创精神分裂症遗传学领域新纪元的重要标志。&rdquo 安捷伦应用与化学研发部主管Emily Leproust 表示：&ldquo 我们很高兴SureSelect 能迅速被遗传学领域所接受。我们推出首款商用液相靶向序列捕获产品才两年，SureSelect 就因其强大功能和高度灵活性成为市场上被论文引用次数最多的靶向序列捕获工具。我们非常乐于知道研究人员如何使用SureSelect 应对巨大难题。&rdquo 研究人员通过SureSelect 靶向序列捕获系统已经确认了和50 多种孟德尔疾病、10 种不同癌症类型以及其他复杂疾病比如精神分裂症和老年痴呆症相关的突变。这些研究所取得的突破性进展发表在影响力很大的期刊上，文中表明使用SureSelec 进行靶向重测序对于确认不同疾病相关的变异具有重要研究意义。 SureSelect 平台提供最全面的产品目录和定制捕获试剂盒，包括人、小鼠和其他模型生物的外显子试剂盒，灵活定制的DNA 或RNA 靶向序列捕获溶液，均可用于所有主要的新一代测序平台。此外，安捷伦还提供文库定量qPCR 试剂盒及其Bioanalyzer 系列产品进行新一代测序文库质量控制。安捷伦Bravo 液体处理系统实现了新一代测序工作流程自动化。 关于安捷伦SureSelect 安捷伦SureSelect 靶向序列捕获系统是一种溶液型杂交捕获技术，由安捷伦与麻省理工学院-哈佛大学博德研究所共同开发，研究成果随后刊登在《自然生物技术》上。该技术使研究人员能够将测序范围缩小到感兴趣的基因组区域，从而简化新一代测序。120-mer RNA 寡核苷酸能够可靠地捕获更多大小变异，包括SNP、CNV 和Indel，具有无与伦比的等位基因平衡。SureSelect XT 提供完整的靶向序列捕获工作流程，包括SureSelect 靶向序列捕获试剂盒、gDNA 提取试剂盒和文库构建试剂盒。还提供用于各个研究阶段的自动化友好的试剂。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500 名员工为100 多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技SureSelect靶向序列捕获解决方案现可用于Ion Proton新一代测序系统 2013 年 10 月 22 日，北京 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出了全新的针对Ion Proton测序平台的 SureSelect 靶向序列捕获解决方案，Ion Proton 用户能通过行业领先的人外显子和定制的 DNA 靶向序列捕获解决方案，完全释放出他们的新一代测序系统的全部能力。 SureSelect 靶向序列捕获系统现已支持所有主要的测序平台，研究者们得以借助各种测序仪获得最高性能的靶向序列捕获结果。 安捷伦基因组学解决方案部副总裁 Jacob Thaysen 说道：&ldquo 过去几年台式测序仪的使用量已显著增加，这使得新一代测序技术有望进一步扩展到临床研究领域。 我们很荣幸能为 Ion Proton 研究者提供行业领先的靶向序列捕获解决方案。&rdquo SureSelect 解决方案已广泛用于高通量测序仪和台式测序仪，仅需 1.5 天便能完成待测序样品制备，快速、简单的工作流程带来了高灵敏度和高特异性。 其他的一些独有特点包括测序的高度均一性和目标覆盖度，SNP 一致率超过 99 %。 SureSelect 的高度灵活性也使研究者能根据他们的目标基因，采用安捷伦用户友好在线设计软件 SureDesign，轻松创建定制的测序panel。 SureSelect Human All Exon V5 是使用最为广泛的人外显子试剂盒，在 Ion Proton 系统上使用 SureSelect TE 试剂盒的用户也可使用该试剂盒。 安捷伦为新一代靶向序列捕获测序仪提供了高性能、高灵活性以及完整的解决方案，其中包括靶向序列捕获试剂以及自动化、质量控制和分析工具。 想要了解更多信息，请单击此处访问 Agilent SureSelect 人全外显子试剂盒网页。安捷伦基因组学 安捷伦科技公司是新一代测序和基因组学微阵列靶向序列捕获领域的全球领导者。 Agilent SureSelect 和 HaloPlex 靶向序列捕获系统使研究人员能够轻松选择待测序的基因组片段，从而节省了对整个基因组进行测序所花费的时间和金钱。 HaloPlex 系统具有&ldquo 当日样品至测序仪&rdquo 的工作流程，同时 SureSelect 系统能在一个反应中准确捕获所有的外显子组和甲基化组。 这两个系统仅仅是两种代表性产品，源自于安捷伦在微阵列制造过程中所获得的合成复杂的定制长寡核苷酸混合物的专业知识。 其他基于此项核心技术的产品线包括用于基因表达的全基因组测量和比较基因组杂交的微阵列，以及用于寡核苷酸荧光染料原位杂交的高特异性、高灵敏度产品系列 SureFISH。 除了寡核苷酸类产品之外，安捷伦还提供用于测量样品质量的微流控生物分析仪，以及用于基因组实验的全套试剂、硬件、方法和生物信息学软件。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技（NYSE 代码： A）是全球领先的测试测量公司，同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。 公司拥有 20500 名员工，遍及全球 100 多个国家，为客户提供卓越服务。 在 2012 财年，安捷伦的净收入达到 69 亿美元。如欲了解关于安捷伦的详细信息，请访问：www.agilent.com.cn。 更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

安捷伦科技推出新一代测序样品制备、靶向富集和自动化方案，完善靶向序列捕获系统 2010 年 11 月 3 日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日发布新一代测序产品的新成员——安捷伦 SureSelect XT 靶向序列捕获系统，继续保持快速的新产品推出步伐。SureSelect XT 在成熟可靠的 SureSelect 靶向序列捕获系统的基础上，整合了测序文库制备系统和基因组 DNA 制备试剂。将该系统与安捷伦自动化产品搭配使用，即可畅享高性能靶向富集方案带来的超高效率和前所未有的便捷操作。 安捷伦SureSelect XT 靶向序列捕获系统 “安捷伦一直致力于帮助科学家简化样品制备流程，”安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 说道，“SureSelect XT 系统配备完全整合并经过验证的试剂，使工作流程效率达到一个新的水平。这套系统使研究人员有理由相信，他们的样品和资源必能产生高质量的数据。” 靶向富集使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化了工作流程。结合先进的新一代测序系统不断提升的性能，SureSelect XT 平台的多样本检测能力使基因学家可以在一次实验中相比以前探索更多样品的基因组。文库制备和靶向富集步骤一直是限制此类实验速度的瓶颈之一。为了实现高通量样品处理，安捷伦现已发布综合式工作站，用于SureSelect XT 文库制备和靶向富集工作流程的自动化。 “我们将安捷伦的自动化液体处理平台与 SureSelect XT 工作流程相结合，创造出了充分优化且成熟可靠的解决方案，从而使科学家能够平行处理多个操作步骤，最大程度地实现无人干预的自动化，”安捷伦全球自动化解决方案业务部营销经理 Todd P. Christian 说道，“这套系统的通量高于以往，每个工作站每周可处理 192 个样品，并可快速生成数据，显著提高实验室工作效率，其强大的性能有目共睹。” 安捷伦的自动化液体处理平台与 SureSelect XT 工作流程相结合 SureSelect XT 发布后，安捷伦 SureSelect 试剂盒的种类升至 32 种（第一种试剂盒于 2009 年 2 月发布）。本年内就有 17 篇文献引用了该系统，涉及多种遗传性疾病研究。与此同时，安捷伦“通过指定元素降低序列复杂性的方法”的专利申请获得美国专利局通过，专利号为 10/927809，从而进一步扩大了靶向富集知识产权的范围。该专利包括了一种制备指定核酸混合物的方法。在某些实例中，该方法使用与固相载体相连的寡核苷酸探针作为序列特异性亲和物，来分离指定核酸片段混合物并促使其扩增。多年以来，安捷伦不遗余力地在基因组学研究领域进行突破性的技术创新，获得该项专利授权实至名归。 安捷伦 SureSelectXT 靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的靶向富集产品以及针对多种不同测序方法和平台的最优化方案。SureSelect XT 产品实现在单管中富集从 200 Kb 到超过 50 Mb 的靶向序列。本方案除了可以支持Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持SOLiD系统上的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。 SureSelect XT 还为客户提供高度灵活的定制化产品。用户使用安捷伦eArray xD桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而提高研究效率。安捷伦还提供eArray在线设计工具，用户使用该工具可定制和安捷伦目录SureSelect试剂盒类似的产品，例如 SureSelect 人全外显子系列产品。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18500 名员工在 100 多个国家为客户服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技针对新一代测序的定制靶向序列捕获试剂盒序列范围扩展5 倍，碱基覆盖可高达34 Mb 2011 年4 月12 日，北京 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出用于新一代测序（NGS） SureSelect XT靶向序列捕获系统的最新定制试剂盒，该试剂盒可捕获高达34 Mb 的目标基因组区域。 新版定制试剂盒的序列覆盖范围比旧版扩展了5 倍，这使得研究人员能够将研究范围从人类外显子扩展到对动物、微生物、植物及其它生物体中较大的目标区域进行测序，目前尚没有针对此类研究的商业化预定义或目录版的靶向序列捕获试剂盒。 现在研究人员可以利用目录试剂盒或定制试剂盒对高达34 Mb 的序列进行研究，这种撒大网的方式有利于发现SNP、插入/缺失以及拷贝数变异。然后他们可以设计有针对性的自定义序列捕获文库，用于后续的大量样品研究。安捷伦提供eArray在线靶向序列捕获和芯片设计工具，可帮助用户设计并订购 SureSelect XT 定制版靶向序列捕获试剂盒（可选 10 到5000 次反应，及适用于各种主流 NGS 平台的格式）。 安捷伦SureSelect 平台市场总监Fred P. Ernani 博士说：&ldquo 安捷伦在定制长链寡核苷酸制造方面的出众能力再加上eArray 设计工具的强大功能，能够为研究人员带来卓越的具有高度灵活性且可定制的NGS 靶向序列捕获系统。现在，安捷伦能够为研究人员提供 200 Kb 到34 Mb 的大范围定制捕获试剂盒，几乎适用于任何规模的研究。&rdquo 随着测序结果的不断产生，研究人员可以不断采用 SureSelect 和eArray 工具反复进行快速设计和完善。现在，SureSelect XT 用户拥有全面的文库设计选择，从可直接使用的目录版试剂盒到结合了目录版和定制版内容的复合设计试剂盒，再到完全定制设计的试剂盒。 拥有DNA 靶向序列捕获和RNA 靶向序列捕获的SureSelect XT 产品线成为应用范围最广的新一代靶向测序技术平台。定制试剂盒的不断发展使得早期使用的客户能够捕获超过60 Mb 的序列。靶向序列捕获工作流程 靶向序列捕获使研究人员可以仅对目标基因组区域（而非整个基因组）进行测序，从而简化NGS工作流程。结合领先的新一代测序系统的更高速度，SureSelect XT的多重检测支持功能使得研究人员在每次实验中都能更全面地认识更多样品的基因组，这在过去是难以实现的。文库制备和靶向序列捕获流程的瓶颈已经得到有效解决。 为进一步提高处理通量，安捷伦还提供了集成式工作站，用于自动化完成SureSelect XT文库制备和靶向序列捕获工作流程。可针对多重测序对样品进行索引，且所有试剂都适合自动化操作。不久之后，安捷伦的Bravo 自动化液体处理系统所支持的自动化方案将增加RNA 捕获自动化统包方案。 SureSelect 靶向序列捕获平台作为基因发现的核心工具，现已被50 多篇同行评审的论文所引用。《科学》杂志12 月17 日刊登的2010 年十大科学突破中，其中两项突破&ldquo Reading the Neandertal Genome&rdquo （解读尼安德特人基因组）和&ldquo Homing In on Errant Genes&rdquo （外显子组测序/罕见疾病基因）均采用了本系统。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的 18500名员工为 100多个国家的客户提供服务。在2010 财政年度，安捷伦的业务净收入为54 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

安捷伦科技推出可实现当日完成待测序样品制备的 SureSelectQXT 靶向序列捕获试剂盒以快速的工作流程和最少的样品量完成临床研究测序的解决方案 2014 年 6 月 2 日，北京 — 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出 SureSelectQXT 试剂盒，这是一款革命性的新一代靶向序列捕获解决方案，可在短短七个小时内生成待测序样本文库并且只需 50 ng 的 gDNA。 经过设计的 SureSelectQXT 试剂盒能够真正满足临床研究员对快速、简单的“当日完成待测序样品制备”工作流程的需求，其速度是现有基于转座酶方法的三倍，所需时间比手动操作时间少 30%。它们经优化后可用于处理数量有限的样品并有效覆盖基因组靶序列，实现可靠的变体识别。这些试剂盒与市场上最快速的测序仪相结合，可在 24 到 36 个小时内完成“从样品到数据”的工作流程。 安捷伦诊断和基因组学事业部全球市场高级总监 Victor Fung 表示：“我们非常高兴能够为临床研究界提供这款快速且功能强大的新型靶向序列捕获解决方案。SureSelectQXT 试剂盒可帮助研究人员快速分析外显子组或特定靶基因，其变异识别的准确度高，并且能当日完成待测序样品的制备。” 基于转座酶的文库制备技术与先进的杂交化学技术相结合，使 SureSelectQXT 试剂盒获得了前所未有的高速度，不仅将杂交时间从 16 个小时大大缩短到 90 分钟，而且还保持了出色的性能。此试剂盒的杂交技术已得到验证，利用其高灵敏性和特异性能够对外显子组或自定义基因组区域进行完整且准确的变异分析。此试剂盒与各种靶向序列捕获解决方案相结合，可满足文库制备、捕获、自动化、质量控制和数据分析的需求。 安捷伦的 SureSelect 系列产品是行业领先的靶向序列捕获解决方案。SureSelect 利用各种试剂解决测序流程各步骤的需求，为研究人员快速轻松分析基因组、转录组和甲基化组的特定区域提供了完整的解决方案。在这个完整的解决方案中，为 SureSelect 提供支持的包括具有自定义功能的 SureDesign 软件、实现高重现性和高通量样品前处理的 Bravo 自动化平台，以及可简单快速分析目标基因组区域的 SureCall 软件。 了解更多有关 SureSelectQXT的信息，请访问：www.agilent.com/genomics/qxt. 关于安捷伦基因组学 安捷伦科技是新一代测序靶向序列捕获解决方案和基因组学微阵列芯片领域的全球领导者。SureSelect和HaloPlex靶向序列捕获解决方案通过合成定制的复杂长寡核苷酸混合物，可帮助研究人员识别目标基因组区域，从而对重点区域进行经济有效的变异分析，其工作流程仅在一天内即可生成待测序的文库。安捷伦独特的生产技术基于安捷伦的基因组系列产品，包括适用于全基因组范围基因表达准确检测的 SurePrint 技术、适用于结合了 SNP 信息的拷贝数评价的 arrayCGH，以及适用于高灵敏度、高特异性寡核苷酸荧光原位杂交的 SureFISH。安捷伦还提供了微流控生物分析仪和 TapeStation，以及用于样品定量分析和质量评估的试剂和软件。如需更多信息，请访问安捷伦基因组。 关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A) 是全球领先的测试测量公司，同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。公司拥有 20600 名员工，遍及全球 100 多个国家，为客户提供卓越服务。在 2013 财年，安捷伦的净收入达到 68 亿美元。如需了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。 2013 年 9 月 19 日，安捷伦宣布将通过对旗下电子测量公司进行免税剥离，分拆为两家上市公司的计划。分拆后的电子测量公司命名为是德科技 (Keysight Technologies, Inc.)，此次分拆预计将于 2014 年 11 月初完成。 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

安捷伦靶向序列捕获系统现已支持 454 Life Sciences 的下一代测序平台 2010年12月15日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布其SureSelect靶向序列捕获系统现已支持454 Life Sciences公司的下一代测序平台，借助该系统，用户可以仅测序目标基因组区域而非整个基因组，从而提高效率，节省成本。 安捷伦 SureSelect 平台业务经理 Fred P. Ernani 博士说道：&ldquo SureSelect 靶向序列捕获试剂盒已经过优化和验证，可用于所有三种主要的下一代测序平台。这将推动生命科学界持续快速地采纳我们的靶向序列捕获系统。相应地，我们将继续积极研发新型 SureSelect 产品，帮助客户应对更广泛的重大科学难题。&rdquo 除 454 公司的测序平台之外，安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获系统还与 Illumina 公司的基因组分析仪和 HiSeq 平台以及 Life Technologies 公司的 SOLiD 测序仪完全兼容。本年内，有 25 篇涉及各类遗传性疾病研究的出版物使用了 SureSelect 试剂盒。 SureSelect 系列产品包括针对用户指定的基因组区域、人类激酶组、人类 X 染色体以及人全外显子的靶向测序试剂盒。 安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获产品系列拥有业内最全面的的靶向序列捕获产品以及针对多种不同测序方法和平台的最优化分析方案。SureSelect 产品能够在单管中实现从不到 200 Kb 到超过 50 Mb序列的靶向序列捕获。 用户使用安捷伦eArray 桌面版或在线版设计工具，可以轻易地设计出靶向任意感兴趣基因组区域的 SureSelect 靶向序列捕获试剂盒。 要了解更多信息，请访问：www.agilent.com/genomics/sureselect 了解eArray：www.agilent.com/genomics/earray关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所： A）是全球领先的测量公司，同时也是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者。公司的18500名员工为100多个国家的客户提供服务。在2010财政年度，安捷伦的业务净收入为54亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn。

罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案，Kapa Biosystems公司将为罗氏NimbleGen定制二代测序建库试剂盒，搭配NimbleGen的各款序列捕获产品使用。该款试剂盒将有罗氏NimbleGen负责销售，该产品已经在国内上市。通过这次与Kapa的合作，客户将可以从罗氏NimbleGen购买到捕获测序上机前的所有实验用的试剂，换而言之，即NimbleGen提供包括二代测序文库构建试剂、目标区域捕获探针、杂交洗脱试剂等等各实验步骤的试剂。捕获实验操作方法、流程也再次进行了测试和优化，更新标准实验操作手册1。内部测试数据表明新试剂盒可以用于低起始量样品建库后进行目标区域捕获，包括可用于福尔马林包被（FFPE）的样品外显子组或其他捕获测序，相关技术文献可从NimbleGen官方网页下载2。除可用于低起始量的样本建库外，此次推出的建库试剂盒，相比其他同类实验，可以减少建库的GC偏好，保证更好的文库多样性，从而提高探针捕获后的富集效果。图1：不同起始量样本进行SeqCap EZ Exome v3捕获测序的结果（每个样本以随机抽取75M条测序数据位标准）。可见即使低至10 ng起始量，在目标区域的覆盖度上都是相当的。图2：此次推出的建库试剂盒可以提高测序结果的均一度。图中横坐标显示了捕获目标区域上GC含量，纵坐标表示该GC含量的目标区段的测序深度。蓝色为此次推出试剂盒的实验结果，相比红色用其他方法进行实验的结果，可以看到此次推出的建库试剂在AT富集和GC 富集区域的测序深度都有提高。对于此次合作，罗氏NimbleGen公司总裁Rebecca Selzer表示：” 罗氏NimbleGen不但一直追求技术上的创新，我们也不断努力为客户带来更便捷的体验。这次通过我们两家公司的合作，整合优秀的产品，将为我们的客户带来更完整、更高效的实验体验。” Kapa Biosystems公司的创始人及首席技术官John Foskett也表示：”与罗氏NimbleGen的合作，整合两个具有互补性的产品，提供优异的定向捕获富集方案，可对更多种类、不同样本量的样本实现高质量测序。我们将致力于持续提高产品，提供更多测序解决方案。 除新的建库试剂盒外，罗氏NimbleGen也推出了一些新的试剂，包括新版的扩增试剂、大豆、玉米、大麦、小麦等外显子组捕获探针等。更多产品相关信息请浏览罗氏NimbleGen官方网页www.nimblegen.com。NIMBLEGEN 及 SEQCAP是罗氏注册商标，KAPA是Kapa Biosystems的注册商标，归各自公司所有。 1. Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. RocheNimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf 2. Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D.(2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixed paraffinembedded (FFPE) tissue samples for next-generation sequencing. Roche NimbleGenInc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

安捷伦科技推出用于生物标记物发现的表达激酶组研究的靶向序列捕获系统该系统可帮助研究人员寻找新的癌症疗法和药物靶标 2010年10月，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日推出SureSelect激酶组靶向序列捕获试剂盒，帮助研究者实现针对表达激酶（激酶组）的新一代测序研究。科研人员逐渐发现，人体内的激酶不仅是一个丰富的生物标记物来源，还是治疗癌症和其他疾病的潜在药物靶标。 这种由荷兰癌症研究所Antoni van Leeuwenhoek医院的Rene Bernards博士开发的新型分析试剂盒，能够特异性地捕获500余种已知激酶基因以及一些癌症基因和非翻译区。 &ldquo 能够同时研究大约500种激酶基因，其优势是显而易见的，通过这种方法我们可以了解激酶突变情况及其与疾病状态的关联关系，从而为在日后实现为每个癌症患者制定个性化的治疗方案提供可能，&rdquo Bernards博士说道，&ldquo 通过在SureSelect研究获得的信息，我们可以更好地将患者群分层，为他们提供特定的靶向治疗方案。因为这些激酶基因的突变通常是反映病人对癌症靶向治疗应答效果的重要生物标记物，所以我们可以借助该试剂盒对激酶进行更深入的研究。通过集中精力研究有限的基因，我们能够将测序深度最大化，并且大幅降低总体测序费用。&rdquo &ldquo 通过与Bernards博士携手合作，安捷伦成功推出了人类激酶组试剂盒，该产品能够全面富集激酶和激酶相关基因，&rdquo 安捷伦应用与化学研发基因组学中心主任Emily LeProust博士说道，&ldquo 该试剂盒使科学家能够高效地绘制整个基因组的突变，加速生物标记物的发现，并实现对患者群更合理的分层。&rdquo SureSelect 激酶组靶向序列捕获试剂盒以安捷伦高度成熟的SureSelect平台为基础，后者可以仅针对目标基因组区域进行测序，从而大大简化了实验流程。仅今年一年，在涉及各类遗传性疾病研究的论文中，就有8篇引用了SureSelect靶向序列捕获系统。 安捷伦SureSelect靶向序列捕获系统提供目前市场上最全面的的靶向富集产品以及针对多种不同测序方法和平台的最优化方案。SureSelect产品线目前包括16种产品，更多产品正在开发当中。SureSelect产品可实现在单管中富集从200 Kb到50 Mb的靶向序列。本方案除了可以支持Illumina单末端测序、双末端测序和索引方案外，还支持SOLiD系统上的片段文库格式、双末端测序和条形码方案。 用户使用安捷伦eArray xD桌面设计工具，可以轻松设计出在单管中捕获任意目标基因组的定制产品，从而提高研究效率。安捷伦还提供eArray在线设计工具，用户使用该工具可定制和安捷伦目录SureSelect试剂盒类似的产品，例如SureSelect人全外显子系列产品。SureSelect系列产品均可采用安捷伦自动化解决方案中的机器人系统，实现高度的流程自动化。 要了解更多信息，请访问www.agilent.com/genomics/sureselect 和www.agilent.com/genomics/earray安捷伦科技公司简介 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的18,500名员工在100多个国家为客户服务。2009财政年度，安捷伦的业务净收入为45亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技公司与 10x Genomics 宣布合作开发优质外显子组新数据类型包括单倍型定相、结构变异检测以及改进的SNP识别 2016 年 2 月 11 日，北京 — 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）与 10x Genomics 今日宣布共同合作，开发能够通过分期深入探索外显子组之内与周围的全新重要内容的开创性外显子组，并通过利用两家公司的互补产品实现先前无法定位的基因座、结构变异与拷贝数的检测。 两家公司都将各自开发相关产品，为 10x Genomics Chromium 平台提供基于市场领先的安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获技术的简化的工作流程。 Chromium 平台是一个独特的分子条形码和分析平台，由硬件、试剂和软件组成，可产生一种全新的单分子分辨率测序数据类型： 即连锁读数 (Linked-Reads)。 连锁读数将从大约 1 ng的输入 DNA 中获得长片段信息，包括单倍型定相、结构变异以及其他关键基因组结构。 这次合作以安捷伦在靶向序列捕获领域的传统与领导力为基础，将 10x Genomics 连锁读数技术与最出色的 Agilent SureSelect 靶向序列捕获解决方案相结合，以实现包括基因组难以定位的区域在内的序列覆盖和变异识别。 最重要的是，该解决方案包括用于促进分期的外显子靶标和额外基因座，从而为复杂的基因组结构异常提供了目前市场上其他靶向序列捕获产品所无法提供的深度分析。 安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理 Herman Verrelst 说道：“我们与 10x Genomics 的合作有助于增进人类对复杂疾病内在原因的理解，我们也非常荣幸能够引领这项创新的前沿。 这一能够辨析母本和父本单倍型的独特潜力以及检测易位等结构变异的能力将对遗传性疾病和癌症的临床研究产生深远影响。” 10x Genomics 首席执行官 Serge Saxonov 表示：“10x Genomics 十分荣幸能够与安捷伦合作，共同将长片段信息的强大功能运用于外显子组测序应用中。 最出色的 Agilent SureSelect 基因组合与 10x Genomics Chromium 平台共同运行后，可提供先前难获取的基因组中的基因座信息以及复合杂合子分相、结构变异与拷贝数检测，从而显著提升客户靶向测序项目的价值。” 如需了解更多信息，请访问 10xgenomics.com 和 www.agilent.com。关于 10x Genomics 10x Genomics 通过一种显著提高现有短读数序列测序仪分析能力的创新型基因组学平台对测序进行了重新定义。 该公司将出色的微流控、化学和生物信息学技术相结合来实现这一目的。 凭借运行 GemCode? 技术的 Chromium 系统，研究人员现在能够通过现有测序工作流程发现结构变异、单倍型和其他有价值的远程信息。关于安捷伦科技公司 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，是致力打造美好世界的顶级实验室合作伙伴。 安捷伦与全球 100 多个国家的客户进行合作，提供仪器、软件、服务和消耗品，产品可覆盖到整个实验室工作流程。 在 2015 财年，安捷伦的净收入为 40.4 亿美元，全球员工数约为 12000 人。 如需了解安捷伦公司的详细信息，请访问 www.agilent.com。 编者注： 更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com/go/news。

作者Monica Heger　　本文最初发表于11月9日　　在9月推出Ion Proton台式测序仪之后，Life Technologies的官员上周宣布，在公司实验室和客户实验室的系统上已经完成了超过7,000次运行。　　客户之一，美国国家癌症研究院的Joe Boland，本周在美国人类遗传学协会年会的研讨会上报告称，他的实验室已在四台Proton仪器上开展了50次运行，通常每次运行可产生8 Gb &ndash 9 Gb的数据，读长约为150 bp。　　他谈道，9月份仪器刚安装时，通量为4 &ndash 6 Gb，读长为100 bp，但通量迅速增加到8 Gb，读长也达到150 bp。目前，研究小组的一些运行已超过10 Gb，预计到年底均能产生9 Gb &ndash 11 Gb。　　Boland也提到，准确性也有改善，目前大约为99%，这&ldquo 绝对满足了我们的需求&rdquo 。　　NCI的实验室还有两台Illumina的HiSeq 2000仪器、一台MiSeq和六台Ion Torrent PGM仪器。　　Boland计划将Proton主要用于快速的外显子组测序，以及500 &ndash 1,000个样品的&ldquo 高水平&rdquo 扩增子测序，和全转录组测序。　　他谈道，NCI的大部分测序是外显子组，实验室有两台HiSeq仪器，每台仪器每6-8天能产生56个外显子组，因此&ldquo 我们的流程总是很满&rdquo 。　　Proton将用来提高测序能力，以及对需要快速周转的外显子组进行测序。此外，如果HiSeq上的样品遇到技术上的困难，那么它将直接送到Proton，而不是再回到HiSeq的队伍中。　　Boland表示，该中心在Proton上开展的首批外显子组运行利用了NimbleGen捕获芯片，以20倍的覆盖度覆盖了80%的外显子组。随着实验室经验的不断增加，外显子组的覆盖比例也在不断改善，目前实验室能以20倍的覆盖度覆盖几乎90%的外显子组。平均覆盖度约为100倍。　　研究小组也检验了Proton上的转录组测序。利用第2版的Ion Total RNA Kit以及5-500 ng的poly-A RNA，他能够产生一个黑色素瘤样品的5000万个读取，而利用PGM 316芯片只有250万个读取。　　展望未来，Boland谈道，鉴于Life Tech计划在2013年推出Avalanche样品制备试剂和Ion Chef系统，他期待样品制备改善和自动化。　　Avalanche是Ion的emulsion-free PCR样品制备试剂，计划在明年推出。与该公司适用于SOLiD系统的Wildfire技术相似，Avalanche将基于等温扩增。同时，Ion Chef是一个自动化样品制备系统，能缩短手工操作的时间，从而提高芯片上样的效率。　　Boland在谈及Ion Chef时表示：&ldquo 一致性将是关键。&rdquo 　　此外，Boland表示实验室计划在2013年年中扩展到Proton上的全基因组测序。　　Proton仪器的其他用户也有类似的体验。西澳大利亚大学病理学和实验室医学学院的副教授Richard Allcock提到，他的实验室在10月收到了Proton。　　他谈道，他的实验室目前每次运行产生大约7 Gb的数据，读长在100-110 bp。实验室只利用Life生成的对照文库在系统上开展了5次运行，利用自己的文库开展了2次运行。　　实验室还有两台PGM仪器，他觉得两台仪器的数据质量相当，不过Proton&ldquo 对流程问题更为敏感&rdquo ，目前PI芯片的上样效率大约为80%。　　他表示，如果有至少60%的序列Q值达到20，他会认为仪器是准确的，到目前为止，所有Proton运行都达到了这个水平。　　展望未来，他希望读长能有所改善。他原本预计Proton的读长会从PGM的读长水平开始，&ldquo 因此在听到读长从100 bp起时，那会带来很多限制。&rdquo 　　除了两台PGM和一台Proton，实验室还在运行两台SOLiD 5500仪器，之前有一台454 GS FLX仪器。他表示，在接下来的一年，实验室有可能逐步淘汰5500仪器，而是运行两台PGM和一台Proton仪器。　　Allcock计划2013年在Proton上运行约200个外显子组，他还打算将目前在SOLiD上运行的300个基因的神经肌肉分析转换到Proton上。　　Proton和PGM的组合将带来&ldquo 空前的灵活性&rdquo ，可测序一切，从小型基因组和靶向分析，到外显子组和大规模分析，最终到全基因组。

2月23日，安捷伦与 Element Biosciences 合作发布了人全外显子测序简易工作流程。自 2009 年安捷伦推出全球第一款人全外显子产品至今，已走过十四载春秋。2021 年 4 月，安捷伦宣布首款基于机器学习探针设计方案的全外产品—人全外显子组 V8 (SureSelect Human All Exon V8) 正式在中国上市，继续书写人全外显子靶向捕获技术新篇章。现在，安捷伦 SureSelect 文库制备和靶向富集试剂盒与元素生物科学的 AVITI 测序系统 (Element Biosciences, San Diego, CA) 在肿瘤变异分析这类关键 NGS 应用上，实现了对单核苷酸多态性、结构和拷贝数变异、基因融合、插入和缺失的高灵敏度检测。主要优势❖安捷伦 SureSelect 工作流可用于 Element AVITI 系统，无需重新设计或优化实验方案；❖Element AVITI 可实现在每个流动槽完成 48 个全外显子组 (WES) 样本的测序工作；❖使用安捷伦 SureSelect 进行文库制备和富集的样品，可以在 Element AVITI 系统上进行分析，并生成高质量的关键数据指标。全新的 Element AVITI 测序平台采用其专有的 Avidity Sequencing 测序化学，可以独立运行两个流动槽，可在 40 小时内，生成约 10 亿个 2 x 150 bp paired-end reads，每个流动槽的总数据输出为 300Gb。具有更优越的性能、更低的成本和更高的灵活性。Element AVITI 测序平台使用 Element 的 Adept Library Compatibility 工作流程，只需简单一步，即可完成可靠且经过验证的安捷伦 SureSelect XT HS2 文库准备和靶向富集流程，无需开发新的文库准备解决方案，并将其应用于外显子检测（如 SureSelect Human All Exon V8）或个性化订制肿瘤 panel 的基因组分析中。测试结果表明，安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel，在 Element AVITI 测序平台表现优异。如表一所示，V8 在 5Gb 数据量，120X 覆盖度，及订制化肿瘤 panel 在 5Gb 数据量，1500X 覆盖度下，Passing Filter (PF)达到 97%，Q30 分别为 87.0% 和 86.7%。表 1 ：Element AVITI 系统上安捷伦 SureSelect XT HS2 建库方案的性能表现**此测试为早期数据，最新 Avidity 测序试剂，可获得 90% Q30 数据对于胚系突变的检测性能，则利用两个标准细胞系样本 NA12878 和 NA24385 进行测试。如表二，结果表明，单核苷酸多态性（SNPs）和插入缺失（indels）的检出率（正确检出已知变量的百分比）在 99.2% - 99.3%，精确度（已知变量检出的百分比）达 97.1% - 99.4%，Ts/Tv表示单个样本中所有检出变异 (called variants) 当中，转换 (transition) 与颠换 (transversion) 的比率，也与生物学过程相符；表 2：胚系突变检出性能对于体系突变的检测性能，则利用 Horizon HD728 参考样本进行测试，如表三所示，利用安捷伦 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行目标区域捕获后，可以在预期等位基因频率中检测到相应的变异；BRAF、EGFR 和 FLT3 的四个位点，突变频率范围在 4.7% 到 16.7% 之间，检测结果的一致性高。表 3：体系突变检出性能最后，对 8 个胚系突变样本和 8 个体系突变样本，分别用安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行测试，如图一，测序数据表明，样本的 Fold80 在 1.5 左右，重复率低至 2%，30X 覆盖度达 99% 以上，这三个关键的测序指标，证明了在 Element AVITI 系统上运行安捷伦 SureSelect 具备良好的化学稳健性。图 1：安捷伦 SureSelect 人外显子 V8 和 SureSelect 订制化癌症 Panel 在 Element AVITI 系统上具有稳健表现以上测试数据表明，安捷伦 SureSelect 靶向捕获产品一如既往的优异性能和 Element AVITI 测序平台准确灵活快速的特点相结合，将带给中国基因组学用户更优质的创新解决方案，推动基因测序在中国的更广泛落地。

安捷伦科技针对台式测序仪推出靶向序列捕获平台 2012 年 2 月 14 日，佛罗里达州马科岛（基因组生物学和技术，AGBT）- 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）推出SureSelect 靶向序列捕获系统，支持台式测序仪的HaloPlex 靶向序列捕获系统。该产品将于明日在基因组生物学技术进展年会上正式亮相。 独特的HaloPlex 技术完美融合了聚合酶链反应系统的速度和特异性以及基于液相杂交体系的可扩展性和捕获片段大小的灵活性。该实验方案无需文库构建，利用单管操作，从而解决了多重 PCR 由于存在交叉杂交问题而使靶向序列数量受限的问题。该方案使样品制备时间缩短到不到一天，适用于 Illumina MiSeq 台式测序仪以及 HiSeq 和 GAIIx 测序仪。 &ldquo 虽然新一代测序技术使全基因组分析成为可能，但是当我们想要在数量庞大的个体中测定少部分基因时，我们通常会遇到如何富集的问题。&rdquo Hubrecht 研究所基因组生物学首席研究员 Edwin Cuppen 说，&ldquo 对于几个到几十个范围的目标基因捕获，当前的杂交捕获技术有其局限性。HaloPlex 技术很好地填补了这个空白，可以帮助我们实现了在单次反应中捕获 2 至 20 个基因的完整编码序列，而且其在目标序列片段的的测序效率超过 90 %。 &ldquo HaloPlex 富集技术与 Ion Torrent 半导体测序技术联用，这种灵活高效的组合非常适用于高通量的小片段靶向基因重测序。&rdquo Cuppen 博士参与了安捷伦针对Ion Torrent 平台推出的 HaloPlex 技术的早期测试项目。 &ldquo HaloPlex只是我们为进一步巩固 SureSelect市场 领先地位而制定雄心勃勃的产品开发项目的一个例子。&rdquo Olle Ericsson 说道。他是 Halo Genomics 创始人，目前在安捷伦担任 DNA 测序市场总监一职。&ldquo 面世后的短短两年时间内，SureSelect 就已被超过200 篇的重要学术论文引用，在研究领域发挥了重要作用。在台式测序和靶向序列捕获技术通往临床研究的道路中，HaloPlex 这一创新技术使安捷伦成为领跑者。 HaloPlex 是一款定制产品，用户使用免费的在线设计向导（Web Design Wizard），在不到 10 分钟时间内就可完成设计，富集数以千计的目标基因组序列。 安捷伦于 2011 年 12 月收购了位于瑞典乌普萨拉的 Halo Genomics，从而获得了该产品。HaloPlex 技术完美补充了 Agilent SureSelect 靶向序列捕获系统。这项新产品如今也受益于安捷伦强大的研发、生产和分销资源。 要了解更多信息，请访问 www.agilent.com/genomics/ngs。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技针对新一代测序仪的靶向序列捕获技术提速四倍 2012 年 3 月 26日，加利福尼亚州圣克拉拉市&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）推出了 HaloPlex 靶向序列捕获系统的加速版本，该版本适用于台式测序仪。使用该系统后，从前需要大约 24 小时才能完成的实验方案，现在不到 6 小时便可轻松结束。这就意味着，用户可在一个工作班次内完成从样品制备到测序的一系列流程。 &ldquo 我们近期有机会参与了6小时操作流程的早期测试。应用这一新流程，我们在早晨开始准备文库，下午就可以开始测序。&rdquo Ontario癌症研究所Andrew Brown说：&ldquo 实验结果表明，无论是血液还是石蜡包埋样本，也不论是900ng还是100ng的gDNA起始量，我们都可以清晰无误地检测出变异。&rdquo 新的 HaloPlex 系统只需要 200 ng DNA，仅仅是以前用量的四分之一，可以大大节省珍贵的样品。HaloPlex 也可用于石蜡包埋样本。该产品随试剂盒配有 96 种不同的索引序列，支持同时对多个样品进行平行测序。 独特的 HaloPlex 技术完美融合了聚合酶链反应系统的速度和特异性以及基于液相杂交体系的可扩展性和捕获片段大小的灵活性。该实验方案无需文库构建，利用单管操作，从而解决了多重 PCR 由于存在交叉杂交问题而使靶向序列数量受限的问题。该实验方案适用于 Illumina MiSeq 台式测序仪以及 HiSeq 和 GAIIx 测序仪。该工作流程比杂交捕获和微流体 PCR 方法更加简便快捷。 Halo Genomics 创始人、现安捷伦 DNA 测序市场部主管 Olle Ericsson说道：&ldquo HaloPlex 是一项创新技术，在台式测序和靶向序列捕获广泛用于临床研究的当今，使用该系统能够产生巨大价值。这个版本运行周期短、定制简单，能够完全满足行业需求。&rdquo HaloPlex 是一款定制产品。用户使用免费的在线设计向导（Web Design Wizard），在不到 10 分钟时间内就可完成设计，富集数以千计的目标基因组序列。 安捷伦于 2011 年 12 月收购了位于瑞典乌普萨拉的 Halo Genomics 公司和 HaloPlex 平台。这项新产品如今也受益于安捷伦强大的研发、生产和分销资源。HaloPlex 技术完美补充了安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获系统。 要了解更多信息，请访问 www.agilent.com.cn/genomics/ngs。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn. 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。

许多白血病的致病机制尚不清楚，其中慢性中性粒细胞白血病（Chronic Neutrophilic leukemia）及非典型慢性髓性白血病（BCR-ABL1-negative atypical Chronic Myeloid Leukemia）的诊断通常仅仅基于粒细胞的恶性增殖，以不含有其他白血病的基因标记作为诊断标准，而缺乏对其本身驱动基因的认识。近期在新英格兰杂志上发表的一篇文章1对这类白血病的分子机制进行的深入研究。作者对27例慢性中性粒细胞白血病以及非典型CML骨髓或血液样本进行了部分基因定向高深度测序，分析基因突变的情况，发现一个基因CSF3R的突变在这个类群病人中的尤其常见。而CSF3R基因的功能正是细胞生长因子的受体，可以刺激中性粒细胞分化和增殖，这与这类病人的临床表型一致。同时对病人分离的肿瘤细胞进行tyrosine kinase&ndash specific small interfering RNAs 或 small-molecule kinase inhibitors筛选实验。对于突变进行体外细胞转化实验验证，并用原始细胞克隆进行药敏试验。这些实验验证了这一基因的突变改变下游信号通路，也可造成细胞的增殖。药敏试验也证实了该基因的多种突变可对不同的下游通路中的抑制剂敏感，尤其一个病人在接受相应的抑制剂治疗后临床症状得到改善。作者认为，CSF3R突变在CNL及atypical CML的常见，而在其他白血病亚型中相对罕见，可用于慢性中性粒细胞白血病及非典型慢性髓性白血病白血病分型的重要分子诊断参考。在CSF3R基因突变的发现过程中，主要利用NimbleGen的定制型序列捕获芯片，对1683个基因的外显子序列进行富集后，再进行二代测序仪进行深度测序。突变分析结果中，这一病人群体中的59%携带CSF3R突变，可活化这一受体，突变主要分布在CSF3R的两个独立区域内，分别导致CSF3R下游的SRC family-TNK2或者JAK Kinase的活化。图：显示不同CSF3R基因突变对于细胞通路的影响。1随着生物技术的发展，将为越来越多疾病的致病机制探索提供更加有效地手段，其中之一是利用高深度的定向测序方法寻找疾病相关基因。通过NimbleGen序列捕获芯片，可对人类全外显子组序列，或者所感兴趣的部分基因进行高效富集，衔接二代测序，可以更加经济有效地进行研究工作，同时也减少的数据分析的压力，这方法已经为国内外越来越多的研究人员所采用。1.Oncogenic CSF3R mutations in chronic neutrophilic leukemia and atypical CML. Maxson JE, Gotlib J, Pollyea DA, Fleischman AG, Agarwal A, Eide CA, Bottomly D, Wilmot B, McWeeney SK, Tognon CE, Pond JB, Collins RH, Goueli B, Oh ST,Deininger MW, Chang BH, Loriaux MM, Druker BJ, Tyner JW.N Engl J Med. 2013 May 9 368(19):1781-90. doi: 10.1056/NEJMoa1214514.

据外媒2012年6月4日消息，罗氏上周三宣布将专注于测序以及测序上游的序列捕获技术，退出固相DNA芯片市场。罗氏NimbleGen，这家位于麦迪逊的生物技术公司，在全球芯片市场上排名第4，曾一度被认为是冉冉升起的新星，在最近几年也推出了不少好产品 跟随大的科学技术环境当前将继续投入到序列捕获技术的研发。　　NimbleGen的国际营销总监Kary Staples表示：“我们的业务正在重新调整……在某些罗氏能够成为强的竞争者的领域，我们选择参与竞争。”　　同时，罗氏不会出售股份，离开麦迪逊。序列捕获技术的研发将继续在麦迪逊进行。Staples谈道：“研发、制造和销售还将留在这儿，一个创新的团队即将建立。该团队由NimbleGen的早期员工之一Tom Albert领导，目标是为生命科学市场开发新的、颠覆性技术。”　　1999年，威斯康星大学麦迪逊分校的科学家Michael Sussman和Franco Cerrina，遗传学教授Fred Blattner及其学生Roland Green开发了一种更快、更便宜的基因芯片制作方法，随后创立了NimbleGen公司。　　2007年，罗氏以2亿7千万美元的价格收购了NimbleGen公司。当时，罗氏总裁表示，NimbleGen的芯片技术能补充罗氏现有的基因组研究队伍。　　一年后，罗氏NimbleGen首家推出序列捕获芯片并大获成功，成为基因芯片行业中第一家研发出序列捕获的芯片厂家。全球的研究人员已通过此款序列捕获芯片对成千上万的外显子组进行捕获并随后测序。随后在2009年底，罗氏NimbleGen又推出液相外显子组序列捕获，提供液相的工作流程 并与Caliper合作研发推出液相捕获自动化流程，为各种项目提供灵活及高通量可扩容性方案。当前已经使用或正在开始使用外显子组序列捕获的重大项目包括英国一医学协会即将开展的罕见血液疾病研究，将捕获50000个外显子组 荷兰正在进行中的大规模老年流行病研究项目(Rotterdam Study)使用Nimblegen序列捕获3000个用于后期测序的样本。　　另外，近年来该公司的灵活定制序列捕获产品已经广泛应用于各大实验室，包括由贝勒医学院人类基因组测序中心提供设计的HGSC捕获定制，用于孤独症研究 而不久前，华大基因和罗氏NimbleGen公司还联合宣布已成功研发出全新人类MHC区域捕获技术，该技术突破了常规扩增和捕获方法的瓶颈，首次成功实现了对人类MHC区域的高度覆盖及有效富集 常规肿瘤热点关注的基因也通过序列捕获技术实现富集，该捕获产品可以同时捕获75个肿瘤相关基因的0.5Mb的区段。　　然而，正如Staples所说，基因芯片是一个竞争非常激烈的领域，罗氏NimbleGen从总销售额来看位居第四，但通过捕获技术上升的业务量还是很迅猛，因此将成为今后投入的重点。

安捷伦科技推出外显子基因芯片，扩展基因表达分析市场 2010 年 11 月 3 日，北京&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布推出基于 SurePrint G3 外显子基因芯片的外显子分析解决方案。该解决方案大大扩展了安捷伦基因表达试剂、芯片和生物信息学软件产品的市场。这套全新的系统将于 11 月中旬面世，研究人员使用该系统将能够分析目前已知的选择性表达外显子，从而拥有对RNA 表达的全面认知。 &ldquo 我们不断推出性能强大且经济有效的工具来充实我们的基因表达工作流程，从 RNA 提取试剂盒到数据解析和验证工具一应俱全。&rdquo 安捷伦的基因表达产品经理 Sharoni Jacobs 博士说道，&ldquo 我们去年 12 月推出了低上样量快速扩增标记试剂盒，仅需 10 纳克总 RNA 的起始量。另外，今年 5 月我们推出了第三代 SurePrint G3 基因表达芯片，该产品将编码和非编码 RNA 探针整合在单个芯片上。&rdquo Agilent G3 外显子基因芯片 安捷伦正是利用性能强大、高密度的 SurePrint 平台开发全外显子解决方案，帮助研究人员发现大约 30000 个基因和 100000 多种蛋白质之间的关系。 借助安捷伦 SurePrint G3 外显子芯片，研究人员只需一次实验就可以鉴别出基因水平和外显子水平的表达改变，从而捕捉到微小但至关重要的生物变化。RNA样品使用安捷伦低上样量快速扩增全转录组标记试剂盒进行处理，实现全转录本标记，用于随后的杂交。安捷伦 GeneSpring GX 11.5 生物信息学系统帮助研究人员同时分析基因水平的表达数据和剪切标记，极大地提高了实验室的工作效率。 &ldquo 外显子级芯片的推出标志着我们分析能力的显著提升。与传统的依赖于 3&rsquo 端的芯片相比，我们现在可以更为详细地分析基因组，&rdquo 英国曼彻斯特大学帕特森癌症研究所分子生物学中心主任 Stuart Pepper（早期用户之一）说道，&ldquo 我们己尝试着将这些芯片用于研究项目，初步实验结果表明，得到的数据十分清晰；这些数据有助于对选择性转录本表达的检测和定量。&rdquo 安捷伦的人、小鼠和大鼠外显子芯片目录产品包括 4× 180K（每张玻片四个芯片，每个芯片 180000 种特征序列）和 2× 400K 两种格式，使用户能够在实验成本、通量和覆盖完整度间作出选择。与安捷伦的其他芯片类似，安捷伦也提供定制格式的人、小鼠和大鼠 SurePrint G3 外显子芯片。定制格式包括：8× 60K、4× 180K、2× 400K 和 1× 1M。 与所有安捷伦芯片一样，SurePrint G3 外显子解决方案能够在很宽的动态范围内检测低丰度和高丰度的表达产物，准确反应整体的表达水平，从而保证结果高度可信。 安捷伦提供业内最全面的基因表达解决方案；集高芯片灵敏度，成熟可靠的 qPCR 平台和综合分析软件于一身，有效简化工作流程，确保获得最高质量的结果。关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18500 名员工在 100 多个国家为客户服务。2009 财政年度，安捷伦的业务净收入为 45 亿美元。要了解更多安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

安捷伦科技公司推出首款针适用于疾病研究的DNA甲基化靶向序列捕获产品 2012 年 2 月 14 日，佛罗里达州马科岛（基因组生物学和技术，AGBT）- 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）推出其靶向序列捕获平台的新成员，SureSelect XT 人甲基化测序系统，适用于表观遗传学研究中 DNA 甲基化位点检测。这是市场上第一款采用靶向序列捕获技术的全面 DNA 甲基化发现系统。安捷伦将于明日在基因组生物学技术进展年会上揭晓该产品的技术细节。 Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统基于液相杂交，是可以分析人类基因组中低甲基化与过度甲基化的胞嘧啶位点的独特研究工具。亚硫酸盐测序技术是 DNA 甲基化研究的黄金标准，也是第一种可以全面研究DNA 甲基化的发现系统。Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统将市场领先的靶向序列捕获平台 SureSelect 与亚硫酸盐测序结合在一起，挑选了与表观遗传学研究最相关的基因组序列，包含了与多种疾病（例如，癌症、基因组印记疾病、行为和精神障碍等等）相关的区域，实现了前所未有的序列覆盖范围。 &ldquo DNA 甲基化是重要的表观遗传学特征之一。&rdquo 华盛顿大学西北参考表观基因组图谱中心主任 John Stamatoyannopoulos 说，&ldquo 如果拥有一种经济实惠的可以在亚硫酸盐测序过程中智能地检测数百万 CpG 的平台，那么将大大降低成本并大幅扩展基因组规模 DNA 甲基化分析的范围和适用性。&rdquo &ldquo Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统涵盖了所有基因组中癌症研究领域关注的甲基化胞嘧啶位点，投入产出比相当好。&rdquo 马克斯普朗克分子遗传学研究所 Michal-Ruth Schweider 医学博士说道。 &ldquo 我们很高兴能为用户提供这种新工具来满足医学界日益增加的需求。&rdquo 安捷伦副总裁基因组学总经理 Robert Schueren 说道。&ldquo 由于异常甲基化是可逆的，因此这种分析方法非常有利于开发新的治疗方法。&rdquo Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统使研究人员能够分析超过 370 万个CpG 核苷酸序列位点，研究它们的甲基化状态。该系统针对启动子、经典 的CpG 岛以及最近被关注的位于CpG 岛上下游 2kb范围内的&ldquo shores&rdquo 和&ldquo shelves&rdquo 区域设计。研究表明，许多甲基化变化并不发生在启动子或 CpG 岛，而是发生在 CpG 岛上下游2kb 范围内，也就是 CpG 岛shores区域。除上述区域外，Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统的设计还包含了已知的差异性甲基化区域。 与全基因组亚硫酸盐测序相比，Agilent SureSelect XT 甲基化测序系统具有更高的通量和更低的成本。它可以识别限制性内切酶或免疫沉淀法不能检测的区域。因为该产品也属于SureSelect XT 产品系列，安捷伦为用户提供全套工作流程解决方案。并配有适用于文库构建和靶序列捕获的所有必备试剂。 要了解更多信息，请访问 www.agilent.com/genomics/ngs。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn

p style="text-align: center "strong全新解决方案可简化工作流程并消除测序误差/strong/pp　　2017年7月19日，北京——安捷伦科技公司(纽约证交所： A)今日宣布推出最新的新一代测序 (NGS) 文库制备解决方案 Agilent SureSelectXT HS，这是一款完整的靶向序列捕获研究解决方案，能够帮助实验室进行从 QC 到靶向序列捕获，再到分析和解析整个工作流程的管理。/pp　　SureSelectXT HS 是一款经过简化的高灵敏度 (HS) 研究解决方案，专为需要对福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样品中的 DNA 进行测序的实验室而优化，这种样品会随时间推移而发生降解。SureSelectXT HS 中包含的分子条形码提高了整体精度，与竞争产品相比，可利用多种组织类型以及低质量和高质量 FFPE 样品产生复杂程度更高的文库。/pp　　伦敦 Royale Marsden 医院与癌症研究所的 Marco Gerlinger 博士表示：“这项可定制的靶向序列捕获技术与集成式分子条形码误差校正工具相结合，可以帮助我们检测极小 DNA 含量中的超低频率变异。 这项功能使这一工具成为了检测与追踪液态活检中克隆与亚克隆变异的最佳手段。”/pp　　通过SureSelectXT HS 制备的文库，读出序列有更高比较在靶向区域中，最少仅需 10 ng 起始 DNA，并可利用分子条形码辅助进行误差校正。 此外，利用可缩短手动操作时间的反应预混试剂实现更快速更高效的处理，结合 90 分钟的杂交(市场上速度最快的杂交)，可让实验室在一天内完成样品测序前的流程。/pp　　安捷伦基因组学营销主管 Jeff Heimburger 谈道：“SureSelectXT HS 可对低起始量的降解 FFPE 样品实现稳定的文库制备，同时可显著缩短分析周期。 这些改进体现了安捷伦始终致力于为客户排忧解难以及通过创新提高实验室效率。”/pp　　strong关于安捷伦科技公司/strong/pp　　安捷伦科技公司(纽约证交所： A)是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者， 拥有 50 多年的敏锐洞察与创新，我们的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。 在 2016 财年，安捷伦的净收入为 42 亿美元，全球员工数约为 13000 人。/p

安捷伦科技将 IMAXIO 指定为新一代测序技术靶向序列富集服务的认证服务供应商 2012年7月3日，北京 &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）日前宣布，IMAXIO 正式成为安捷伦SureSelect新一代测序技术靶向序列富集系统的认证服务供应商。在过去的数年中，IMAXIO 一直是安捷伦芯片的认证服务供应商，2012 年初，该公司成功通过安捷伦的 SureSelect 服务供应商认证，扩展了服务范围。 IMAXIO 是一家专注于基因组学和疫苗研究的综合型生物技术公司，可以提供广泛的综合性基因组学服务，包括基于芯片的研究（比较基因组杂交研究和比较转录组学研究）和使用新一代测序方法进行DNA 和 RNA测序。最近，IMAXIO 采购了安捷伦 NGS 文库和芯片样品制备的自动工作站，有效提高了处理通量。 &ldquo 此次最新的靶向序列富集认证是一步重要举措，不仅增强了我们与安捷伦的合作关系，同时也可满足整合性基因组学研究中日益增长的需求&rdquo 。IMAXIO 基因组学事业部主任 Vé ronique Vidal 博士表示。 &ldquo SureSelect 是新一代测序技术（NGS）靶向序列富集领域中的顶尖技术，相关论文达 250 多篇，&rdquo 安捷伦基因组学市场高级总监 Kathleen Shelton 说道，&ldquo 我们希望与 IMAXIO 结成高效且富有成果的合作关系。&rdquo 为了获得认证服务供应商的身份，IMAXIO 参加了全面的现场培训，并通过了对专业知识和技能的一系列严格评估。 SureSelect 可与主要的 NGS 平台（例如 Illumina、SOLiD 与 454）相兼容。安捷伦 eArray 设计工具的用户可轻松设计定制型产品，靶向锁定任何目标基因组区域，有效提高研究效率。SureSelect 还可通过添加客户定制的基因来对通用试剂盒进行定制设计。 关于 IMAXIO IMAXIO 是一家专注于基因组学和疫苗领域的生物制药公司。基因组学事业部的工作涉及人类健康领域中伴随诊断测试开发的相关项目。IMAXIO 致力于独立开发或与合作伙伴共同开发应用于人类和动物健康领域的重组疫苗。在法国，IMAXIO 已经推出了应对细螺旋体病的人体疫苗 Spirolept。要了解更多信息，请访问 www.genomics-imaxio.com。 关于安捷伦的基因组学 安捷伦科技公司是新一代测序技术靶向序列富集和基因组学芯片领域中的全球领导者。安捷伦 SureSelect 和 HaloPlex 靶向序列富集系统可帮助研究者轻松选择要进行测序的基因组片段，避免了进行全基因组测序而造成的时间和成本浪费。HaloPlex 及其一天之内完成&ldquo 样品制备到测序仪&rdquo 的工作流程极好的配合了新一代台式测序仪的理念，而 SureSelect 在单次反应中精确捕获所有外显子组和甲基化组的功能则可与新一代测序系统完美匹配。这只是安捷伦利用从芯片生产中积累的定制合成长链寡苷酸的复杂混合物的专业技术开发出来的两个产品。其它都建立在此核心技术之上的产品系列还包括用于全基因组基因表达测定和用于比较基因组杂交的芯片，以及具有高度特异性和灵敏度的寡核苷酸荧光原位杂交产品系列 &mdash SureFISH。除了以寡核苷酸为基础的产品外，安捷伦还提供有用于样品质量检测的微流控芯片生物分析仪、加速新一代测序技术的靶向序列富集工具以及用于基因组实验的完整系列试剂、硬件、方法和生物信息学软件。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、诊断、电子和通信领域的技术领导者。公司的 20,000 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为 66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问 www.agilent.com。

p　　King Faisal Specialist医院和Fowzan Alkuraya研究中心的团队对辣子两个怀孕有苦难的家庭女性进行了同和性作图和外显子测序，这些女性即使进行体外受精，怀孕也十分困难。研究人员本周在《Genome Biology》上报道了他们的结果，他们发现，TLE6中的突变似乎在早期终止了胚胎发育。胚胎后发育中，其他基因的活性与胚胎杀伤作用的联系已经有所发现，但是研究人员会说，这是第一个在胚胎植入前具有杀伤活性的。 ??/pp　　“我们的数据表明，TLE6突变是一种造成人类女性不孕的罕见突变，并且其是现在已知的，最早的对胚胎具有杀伤力的单个基因的突变，” Alkuraya和他的同事们在文章中这样写道。/pp　　看似健康的精子与看似健康的卵子在胞浆内注射受精失败是十分罕见的，研究人员说，值得注意的是，在20年的体外受精的经验中，他们只记得有8对夫妇出现了这样的情况。而其中两队夫妇是近亲，因此研究人员能够与他们取得联系。研究人员补充道，一个女性患者也有一个受此影响的姐姐。/pp　　两姐妹都来自同一个家庭，这个家庭中的另外的兄弟姐妹都是健康和可孕的，但是她们却经历了多次失败的精子注射。只有三个卵子发育成了两个生殖核，这表明受精正常，但是这些受精卵在1个，2个4个细胞阶段停止了发育。/pp　　研究人员说，其他家庭的女性也表现出了类似的模式，这表明这些女性的表型是胚胎移植前具有杀伤力。/pp　　对于三个女人中的两个，Alkuraya和他的同事们进行了全外显子测序，以寻找他们受精卵中纯合子编码区或者可变剪接体。/pp　　在经过这些信息过滤后，一个新的变体变得清晰明显：在TLE6中出现了纯合子S510Y的替换。/pp　　研究人员进一步报道，这三个女性的受精卵都具有这个突变。她们都有一个相同的单体型，这表明他们具有共同的祖先。/pp　　他们还指出，来自一个家庭的某个兄弟是这个变种的纯合子，但是他是可孕的，这表明这种变异的影响仅仅局限于女性。/pp　　研究人员报道说，在哺乳动物的TLE6同源基因中，其变异残基似乎具有普遍的保守性，此外，使用PolyPhen和SIFT预测，S510Y变体是一种致病的突变。/pp　　Alkuraya和他的同事们补充说，TLE6编码一种蛋白，其是分皮质孕产妇复合物(SCMC)的一部分，而这种在但是是动物卵母细胞的一种结构，其对胚胎早期发育是至关重要的。他们还补充说，这种基因是目前已知的，为数不多的几个哺乳动物的母性效应基因。/pp　　蛋白激酶A是已知的，能够的磷酸化的TLE6，，研究人员怀疑说，氨基酸残基的更换会影响TLE6的磷酸化位点。/pp　　通过一系列的细胞系和免疫印迹分析，他们发现，表达TLE6突变的细胞会出现TLE6磷酸化的损伤。/pp　　同样，通过免疫沉淀反应和免疫印迹分析，他们进一步指出，OOEP，KDHC3L和SCMC之间的结合力减弱了-这是SCMC的另外两个元件。/p

近期主题我们梳理了分子诊断技术中测序部分，测序技术根据样本类型不同包含：DNA测序、RNA测序、单细胞测序、甲基化测序等。今天我们讨论DNA测序。图1 基因组、转录组、蛋白质组和代谢组（脂质组）关系示意图DNA测序类型包含：全基因组de novo测序（从头测序）和重测序；重测序包含：全基因组测序（WGS）、全外显子测序（WES）、靶向测序。全基因组de novo测序全基因组de novo测序又称从头测序，指不需要任何基因序列信息即可对某物种进行测序，最后通过生物信息学的分析方法对测得的序列进行拼接、组装，从而获得该物种完整基因组图谱的方法。从头测序的方法可用于测定基因组序列未知或没有近缘物种基因组信息的某物种，绘制出基因组图谱，从而达到破译物种遗传信息的目的。对于任何生物体，只有进行过从头测序后，才可能进行详细的基因分析。[1]重测序重测序（re-sequencing）又称重新测序，指对已有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析的方法。重测序包含：全基因组测序（WGS）、全外显子测序（WES）、靶向测序。重测序方法主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)、插入和缺失（Indels）、拷贝数变异（Copy number variation,CNV）等变异信息，从而获得生物群体的遗传特征。全基因组测序（WGS）全基因组测序 （Whole Genome Sequecing，WGS）：是指对某种生物基因组中的全部基因进行测序，即把细胞内完整的基因组序列从第一个DNA分子开始直到最后一个完完整整地检测出来，并按顺序排列好。图2 WGS测序示意图全基因组测序覆盖面广，能检测个体基因组中的全部遗传信息，并且准确性高。使用NGS技术分析全基因组可提供所有基因组改变的碱基序列图谱，包括：单核苷酸变异（SNV）、插入和缺失（Indels）、拷贝数变异（CNV）及结构变异（SV）等。目前可应用于人类、动植物及微生物，尤其可应用于鉴定遗传疾病、查找驱使肿瘤发展的突变及追踪疾病的暴发等发面。[1]2020年，全基因组泛癌联盟项目（PCWAG）针对38种不同癌症2,600例患者的WGS数据进行分析并同时发表了21篇Nature系列文章。该研究提供了目前较全面的原位癌基因组信息，利用这些基因组信息和WGS技术可检测95%的肿瘤样本中至少有一种突变，检测全面性远高于WES和大Panel测序技术。基于上述数据，肿瘤基因组学在非编码区和染色体结构上的变异研究又取得了巨大进展，对后期WGS在临床上的应用也有巨大推动作用。［3］图3 WGS检测突变示意图［4］全外显子组测序（WES）虽然WGS测序能提供基因组的完整序列组成，但复杂的数据分析和高昂的成本，使得全外显子组测序技术得以发展。全外显子组测序 （Whole Exome Sequecing，WES）：是指对某种生物基因组中的编码区域进行测序。真核生物基因的全部外显子，称为“外显子组”，外显子组一般包含22,000个基因，仅占人类基因组的1-2%，但却包含了85%的致病突变，研究人员利用WES发现了与广泛疾病相关的功能变异基因，并根据这些基因进行这些疾病的诊断以及辅助治疗方案的制定。相较于WGS，WES大大缩短检测周期、节约成本，因此可在一定程度上替代WGS。[5]图4 WES测序示意图[2]靶向测序（TS）靶向测序（Target region sequencing,TS），也称目标区域测序，指利用多重PCR或捕获方法扩增目标基因组区域并测序，可以获得指定目标区域的变异信息。靶向测序主要有两种形式：基于扩增子建库测序或基于杂交捕获法建库测序。与杂交捕获法建库测序相比，扩增子建库测序所需起始样本少，建库流程少，大大缩短了整体检测时间且对低质量样本的检测也非常有利。与WGS、WES相比，TS测序能够获得更深的覆盖度和更高的数据准确性，提高了对目标区域的检测效率。如福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)和循环肿瘤DNA(ctDNA)，其中DNA质量和/或肿瘤含量较低，更深的覆盖范围使TS能够识别出只存在于一小部分恶性细胞（即亚克隆）中的突变，并且在检测微小残留疾病的情况下，变异等位基因频率(VAF)低至0.1-0.2%。[6-8]图5 TS测序示意图[2]但常规多重PCR法建库技术一系列操作需要分多个步骤进行，在每一次开盖操作过程中都有引入污染物的风险，因此，2017年泛生子在多重PCR法建库技术原理基础上发明出专利技术——“一步法”扩增建库技术（中国发明专利ZL201710218529.4）（以下简称“一步法”）。“一步法”技术通过优化PCR温度和引物浓度，将常规PCR法建库的多个步骤进行浓缩，即在单管、单次PCR反应中就可以实现目标区域的扩增和接头连接的目的，样本全流程无损的同时进一步减少了污染的可能性，操作流程便捷的同时也大幅缩短了建库时间。图6 常规多重PCR法VS“一步法”建库操作流程对比点击图片免费报名参加“第五届基因测序网络大会”

参加我们的免费网络讲座，学习如何使用全新的Ion Proton&trade 测序仪进行RNA及外显子测序 立即报名 尊敬的用户，您已受邀参加我们的实时网络讲座，讲座将由Life Technologies区域市场经理 Dale Yuzuki 主讲。 三场 RNA-seq 讲座&mdash &mdash 均为实时现场讲座均为北京时间日期：2012年11月29日（周四）时间：上午 9：00 日期：2012年11月29日（周四）时间：晚间 22：00 日期：2012年11月30日（周五）时间：凌晨 1：00 三场外显子测序讲座&mdash &mdash 均为实时现场讲座均为北京时间日期：2012年11月30日（周五）时间：上午 9：00 日期：2012年11月30日（周五）时间：晚间 22：00 日期：2012年12月1日（周六）时间：凌晨 1：00 名额有限，请尽早报名。 点击链接至Life Technologies官网报名参加讲座。 Follow Life Technologies: FOR RESEARCH USE ONLY. NOT INTENDED FOR ANY ANIMAL OR HUMAN THERAPEUTIC OR DIAGNOSTIC USE.© 2012 Life Technologies Corporation. All rights reserved. The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. In compliance with federal regulations, we hereby disclose that this email communication is for commercial purposes.View the Life Technologies privacy policy.Life Technologies中国区办事处销售服务信箱：sales-cn@lifetech.com技术服务信箱：cntechsupport@lifetech.com客户服务热线：800-820-8982 400-820-8982www.lifetechnologies.com

p style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "span style="text-indent: 2em "2020年3月5日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）近日推出三款全新Agilent GenetiSure Cyto微阵列芯片，用于满足细胞遗传学实验室进行产前和产后研究的需要。/span/pp style="text-align: center"img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202003/uepic/22ed407b-490e-41ee-9a37-706914fe42b0.jpg" title="安捷伦2 200x109.jpg" alt="安捷伦2 200x109.jpg"//pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "Cyto微阵列芯片包含来自权威数据库的最新临床相关内容，芯片上的探针可实现拷贝数变异的高分辨率检测，以及与发育迟缓、神经精神疾病、智力障碍、先天异常或遗传性DNA样品中不明原因畸形体征相关的拷贝数中性杂合性缺失的高分辨率检测。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "安捷伦基因组学解决方案事业部总经理Kevin Meldrum表示：“随着新一代测序的发展，新的基因-疾病关联不断被发现，数据库也需要随之迅速演进，不断将这些发现囊括在内。临床研究人员需要这样一个平台以满足检测这些相关基因突变的需求。”Meldrum指出，安捷伦是高品质拷贝数分析微阵列芯片的领先制造商，可提供从样品前处理到解析的完整工作流程。此次发布的全新微阵列芯片专注于临床相关区域，提供不同规格芯片，根据不同应用（产前和产后研究），其分辨率可达到外显子级。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "Svetlana Yatsenko博士是宾夕法尼亚州匹兹堡市匹兹堡大学医学中心Magee-Women医院细胞遗传学实验室的负责人，他对新款微阵列芯片发表了自己的看法：“作为一家高通量细胞遗传学实验室，我们的一项关键需求就是要有一个包含最新临床相关内容的微阵列芯片平台，而Agilent GenetiSure Cyto微阵列芯片恰好满足了我们的需求。这款微阵列芯片的靶向设计涵盖超过3600个基因，且兼容种类丰富的临床相关样品，力求满足或升级微阵列芯片检测需求的所有实验室均可将其作为首选解决方案。”/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "strong关于安捷伦科技/strong/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em "安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者。安捷伦现已进入独立运营的第二十年，一直致力于为提高生活质量提供敏锐洞察和创新经验。安捷伦的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。2019财年，安捷伦营业收入为51.6亿美元，全球员工数约为16300人。/pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em text-align: right "br//pp style="text-indent: 2em margin-top: 10px margin-bottom: 10px line-height: 1.5em text-align: right "稿件来源：安捷伦科技/p

传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。　　肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DNA测序法结合起来。这一成果发表在近日的Nature Methods杂志上。　　&ldquo 这一技术可以帮助人们检测那些能够抵抗靶向性药物的突变，更好的监控癌症复发情况，&rdquo 文章的资深作者，华盛顿大学的Lawrence Loeb说。&ldquo 它可以与全基因组测序结合，为癌症治疗提供指导性的信息。&rdquo 　　这一测序技术主要是用生物素化的DNA寡核苷酸进行两轮捕获，然后进行双重测序。双重测序是Loeb等人之前开发的高精度测序技术，使用特殊的分子标签分别扩增和测序DNA的两条链。如果两条链同一个位置上出现突变，该突变就被认为是真实的 如果只在一条链上出现突变，该突变就被认为是测序错误。　　研究人员使用生物素化的探针，在人类基因组中捕获ABL1基因的外显子。ABL1基因与伊马替尼(imatinib)抗性有关，伊马替尼是一种治疗慢性粒细胞白血病CML的药物。他们通过两轮捕获得到了极高的测序深度和覆盖度(与传统方法相比)。(延伸阅读：遗传学大牛Nature发表新技术：单分子互作测序)　　研究人员选择的是一名在接受伊马替尼治疗后复发的CML患者。传统高通量测序没有检测出任何与药物抗性有关的突变，而他们的新技术鉴定到了E279K突变，已知这个突变能够抵抗伊马替尼。　　对外显子组或者基因组进行双重测序的成本很高，但这种技术很适合测序较小的基因组区域，比如某个人类外显子或者人类样本中的病毒序列。　　研究人员准备用这一技术在不同癌症患者中研究他们对药物的敏感性和疾病复发的风险。他们还将进一步优化这一技术，以便测序单个循环肿瘤细胞。&ldquo 除了癌症以外，这个技术还可以用于法医检测，&rdquo 文章的第一作者，华盛顿大学的Michael Schmitt说。&ldquo 这一技术可以帮助人们解决更多的生物学问题。&rdquo

2021年8月4日，北京——安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日宣布，公司已在位于浙江杭州的安捷伦生物建成了新一条 SureSelect 产品组合生产线。 作为二代测序（NGS）检测产品的行业领导者，安捷伦为客户的常规应用开发定制基因组合。交付周期是安捷伦极为看重的因素，其影响着公司为客户所提供服务的价值，更短的交付周期可以让客户更加快速有效地验证和实施检测。　　安捷伦采用与美国生产基地相同的高质量标准（ISO 13485:2016）扩大在中国的 SureSelect 产品生产能力，希望以此显著缩短从订单到产品交付的时间，从而加快定制基因组合的开发和迭代速度，并能更快地为常规测序应用提供其所需的产品。　　安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理Kevin Meldrum表示：“安捷伦在开发和扩大 SureSelect 产品生产能力方面的投资，践行了我们对持续改进以及预见中国市场发展机遇的承诺。这项在中国的投资将确保我们的客户能通过本地合作伙伴随时使用到安捷伦的检测技术，从而满足他们的特殊需求。”　　一直以来，安捷伦科技对中国市场保持投入。今天宣布建成的生产线是公司在现有生产基地扩展的二代测序探针生产线，借其更好地适应和满足中国市场的需求。该条生产线的建成进一步证明安捷伦对中国市场的重视，并有助于公司巩固在基因组学以及 NGS 产品组合的技术领导力。　　关于安捷伦科技　　安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是生命科学、诊断和应用化学市场领域的全球领导者，致力于提供敏锐洞察与创新，帮助提高生活质量。我们的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。在 2020 财年，安捷伦的营业收入为 53.4 亿美元，全球员工数为 16400 人。

单细胞全长转录本测序的价值单细胞测序技术为基础科研、临床诊断、药物研发等领域带来了诸多全新发现视角。现阶段主流的单细胞测序，大多是通过单细胞捕获设备获得cDNA文库后进行打断、扩增、建库，并用二代建库测序分析基因的整体定量。然而，基因在不同组织、不同细胞亚群中会使用mRNA的不同转录本，SNV、融合基因等结构变异也具有组织和细胞特异性，此外，科研界研究比较热门的lncRNA，在不同组织细胞亚群中也具有特异性的表达。这些基于全长序列方面的信息，是目前单细胞二代测序无法获取的。主要原因是目前基于二代测序的单细胞数据局限于3' 或5' 端的150-250bp，较难满足这类需求。而传统的Smart-seq虽然可以实现全长转录本覆盖，但需要经过拼接组装分析转录本结构，且通量较低，成本较高，研究单细胞可变剪切仍然较为困难。由于二代测序读长较短，三代测序如PacBio、Nanopore等技术以其长读长的优势解决了这一痛点，因此，如果能将二代测序与三代测序相结合，既能获得mRNA的全长序列，并通过Cell Barcode信息定位到细胞亚群，即可解决了这一单细胞研究领域的痛点。但是，在前期测试中发现，二代单细胞测序一般获得约3万个基因的表达矩阵，三代全长测序能获得超过10万个转录本的表达矩阵，两套数据的聚类图谱差异巨大，现有的分析流程并未很好地解决两套数据的一致性匹配问题。因此，如何能从庞大的二代+三代，也即基因+转录本的单细胞数据中，挖掘到有价值的特异性转录本，可以为单细胞临床转化、药物靶点发现带来更加细致的挖掘角度。及智医学团队出身单细胞科研服务行业，重点围绕单细胞富集与检测平台、单细胞测序技术平台和基于AI算法的单细胞数据分析算法平台，建立了单细胞转录组、空间转录组、单细胞联合Bulk多组学等多种独特的分析流程和方法，尤其擅长各类免疫细胞与基质细胞的分类、功能解析、细胞互作、药物靶点筛选等分析项目。最终通过积累的上百种单细胞分析方法与百万级别单细胞数据库，为单细胞临床转化类项目提供专业研发服务。及智医学团队生信专家通过高效的自动化分析脚本，并历时数月的二代+三代单细胞算法测试，目前已经解决了二代+三代单细胞聚类的诸多分析难点。伯豪生物基于十多年的单细胞组学服务经验，可提供从样品保存、运输、单细胞悬液制备，到单细胞分选、建库和数据分析的解决方案。及智医学与伯豪生物强强联合，正式推出单细胞全长转录本测序服务，即单细胞cDNA水平的转录、遗传变异研究，通过一次捕获，两种建库，同时获得单细胞聚类与转录本信息：目前，该技术方向为如下科研问题，提供了潜在的解决办法：发现携带特定突变的细胞，并与非携带突变细胞相比，挖掘基因表达规律挖掘功能基因，如膜蛋白、分泌蛋白、转录因子等的转录本使用情况，并发现全新功能转录本发现融合基因所在细胞亚群，研究它们与其他肿瘤细胞的拟时序分化关系发现亚群特异性全新IncRNA获得亚群特异性表达的转录本，能够辅助小核酸类药物开发企业，针对该特异性转录本设计siRNA干扰片段，提升小核酸干扰靶点的有效性。案例解析2021年11月11日，来自澳大利亚 沃尔特-伊丽莎霍尔医学研究所的Tian等人开发了一种基于Nanopore测序和10x Genomics的全长转录组单细胞测序方法，分析单细胞中的全长异构体、可变剪接和突变检测。研究成果发表在国际知名期刊Genome Biology（IF=13.6），论文题目为“Comprehensive characterization of single-cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing”。文章中，使用10x Genomics技术分选得到单细胞的全长cDNA后，将cDNA一分为二，一份进行打断建库用于二代测序，另一份进行全长扩增建库用于Nanopore三代测序。此时Nanopore的文库上也包含了细胞Barcode，后续可以通过分析流程将三代测序和二代测序结果通过细胞Barcode一一对应。通过这样的方式，即实现了获得全长转录本，分析亚群的特征性转录本使用，并同时拿到了突变所在细胞。文章数据分析显示其中40%-60%的Nanopore reads可以分配给预期的Barcode，并保留用于后续分析（图C）。在数据处理过程中，非全长且不能唯一分配给转录本的数据被丢弃。最终每个细胞的平均UMI为10,000至60,000个，并且与对应的短读数据情况相符（图D）。Nanopore和Illumina数据的基因水平的UMI计数也高度一致（图E）文章数据分析显示其中40%-60%的Nanopore reads可以分配给预期的Barcode，并保留用于后续分析（图C）。在数据处理过程中，非全长且不能唯一分配给转录本的数据被丢弃。最终每个细胞的平均UMI为10,000至60,000个，并且与对应的短读数据情况相符（图D）。Nanopore和Illumina数据的基因水平的UMI计数也高度一致（图E）通过聚类分析发现，CLL（慢性淋巴细胞白血病）细胞相比正常免疫细胞具有更高比例的新型转录本，特别是新型剪接的转录本。同样，相比激活的干细胞，静态肌肉干细胞也有更高比例的新型转录本（图 D）。分析发现，约80%的基因可以表达多种转录本（图E），但是大多数基因主要表达1到2种转录本类型（图F），约30%的基因含有多于一种的可变剪接事件，意味着2个最高表达的异构体可能涉及多个外显子的复杂剪接变化而产生不同。文章通过分析CLL数据，检测到CD45的多种亚型（图G），CD45的表达通过CITE-seq进行验证。CITE-seq可以同时检测RNA和细胞表面蛋白，这种方法结合三代测序，可以对细胞表面蛋白进行更深入的分析和探索。对CLL数据集进行分析，寻找只存在于癌细胞中的，且在不同的CLL转录簇中具有不同等位基因频率的SNVs，通过经典的曼哈顿图最终发现四个变异在不同的CLL聚类呈现显著差异（图C，D）。其中发现的Gly101Val突变，此突变已被证实通过降低BCL2对venetoclax的亲和力而使患者对venetoclax治疗产生耐药性，通过分析发现患者CLL2携带约25%的Gly101Val突变，并发现该突变不仅属于亚克隆，而且与特定的转录簇相关（图E）。样品选择与实验细节由于单细胞全长测序需要对mRNA反转录后的cDNA全长进行测序，核心是需要将完整的全长cDNA扩增至2ug的 Nanopore建库起始量，而常规单细胞是将一链cDNA做基础扩增后全部打断用来做建库测序，因此，这一验细节就意味着单细胞全长测序需要额外质控。本文也从如下四个方面给出一些基础建议：样品选择悬液质控文库质控单细胞测序剩余样品用于新的科研发现一：样品选择常规单细胞测序样品来源分为新鲜采集与液氮速冻两种类型，两种类型的样品需要两种处理方式，新鲜采集样品需要在48h内制备悬液并上机，液氮速冻样品需要将细胞膜破碎，丢弃细胞质，分离提取细胞核，用单个核来做单细胞测序。不过，由于细胞核里面的RNA大多为初始RNA，包含有较多内含子，而从初始RNA加工为成熟mRNA的过程大多发生在细胞质中，因此，抽核类的项目并不太适用于单细胞全长测序。虽然在2022年7月份一篇Nature Biotechnology的文章是对人脑抽核后的单细胞样品进行三代全长测序，不过由于拿不到成熟mRNA，文章是站在了特定基因在不同亚群的外显子保留这样的科研角度统计规律（如下图）。文章角度非常新颖，也是科研界首次用单细胞全长测序发现人脑中，某些基因在不同亚群中，使用不同的外显子组合，生成多种编码蛋白。不过，由于最终拿到的仍旧是细胞核内的RNA，后续还需要大量验证工作，因此抽核后做单细胞全长测序的临床转化价值较小。所以，单细胞全长测序的项目最适宜采集新鲜样品制备细胞悬液，捕获成熟mRNA开展后续验证工作。经三代单细胞全长测序发现CADM1基因在人脑神经元（兴奋性、抑制性）、星胶、小胶、少突细胞亚群中，会使用不同的外显子组合。原文也有用蛋白质谱技术对这些外显子的多肽产物进行验证的工作二：悬液质控在收集到新鲜样品之后，可以使用商品化的新鲜组织保护液将样品在24h-48h内从临床运输至实验室进行悬液解离，并通过显微镜、细胞计数仪检测悬液质量。由于全长单细胞对RNA质量要求较高，比较建议悬液活率在85%以上，同时用台盼蓝、AO/PI双染鉴定，并用显微镜仔细观察细胞真实活率、红细胞比例（红细胞在光镜下，可以观察到圆饼状的亮圈，中间有黑色小点，有经验的单细胞实验员可以通过肉眼观察判断出来，而不少品牌的细胞计数仪有可能会把红细胞计算为碎片，甚至检测不到）。另外，现阶段二代单细胞测序，单个样品的数据量大多为100G，可以容纳5000-8000左右的细胞捕获量；而三代测序成本较高，站在节省经费的角度，建议一方面准确的对细胞悬液的浓度进行测定（不可单纯依靠细胞计数仪），来控制上机细胞总数（建议上机不超过1万个细胞）；同时也要结合不同品牌单细胞捕获设备的真实捕获率（这点最好找成熟单细胞科研服务公司来完成）来进行综合判定（建议捕获不超5000个细胞，如果超过5000需要增加三代测序数据量）。三：文库质控单细胞全长转录本测序，只需要一次捕获，拿到一链cDNA之后要立刻进行全长扩增，如下图：因此，就需要将已扩增好的cDNA全长进行质控：如上图，cDNA条带主峰在1-1.5kb左右，下一步可以联系三代测序工厂寄送样品，由他们进行建库测序。但是，也要测序工厂及时反馈三代文库的质检图片，要求文库主峰与cDNA条带主峰一致，方可进行正式的Nanopore上机测序实验。四：单细胞测序剩余样品用于新的科研发现由于现阶段三代全长测序的准确性不够高，考虑到后续验证工作，比较建议在单细胞上机之后，将剩余的细胞样品进行冻存，从DNA、RNA、蛋白三个层面开展后续验证实验：01DNA水平：在我们前期测试中发现，三代原始数据中基因单核苷酸结构变异SNV（RNA层面的SNP、Indel）较多，为了拿到准确的，与DNA层面一致的突变信息，就需要结合DNA层面的检测来共同筛选核心突变。有两种做法：第一：同时将肿瘤患者的外周血和单细胞实验剩下的肿瘤细胞做全外显子测序（两个样品的市场价合计不超5000元），通过 肿瘤组织测出来 的突变 扣掉 自身PBMC 的胚系突变，可以得到体细胞突变，将这些突变 基因位点作为核心突变，利用自动化脚本，提取 三代数据中的原始 reads，这些reads都带有的 Cell barcode信息可以定位到突变所在的细胞与亚群！即可通过拟时序算法分析突变细胞vs非突变细胞的发育分化轨迹。第二：做全基因组重测序（可以根据具体课题决定是否还需收集PBMC），发现拷贝数变异CNV，以及融合基因信息，将这些信息与三代全长进行联合分析。后续分析内容也极为丰富，可以展开多个科研角度的解释。02RNA水平：在三代全长拿到特征性转录本之后，还需要做后续验证，如果序列较少，可以通过5' RACE、3' RACE实验拉全长获得准确序列；如果候选转录本序列较多，也可以通过Pacbio直接做 Bulk 测序（可以混样测一份即可，目的是拿到序列），再结合单细胞全长转录本的特异性表达规律，可以快速、低成本获得这些序列的完整信息，下一步即可通过构建动物模型，开展功能验证工作。03蛋白层面：现阶段的单细胞测序大多是以基因作为靶点，但是从已经发表的上万篇单细胞数据中，也经常发现基因的表达特异性并不强，这个是现阶段单细胞测序需要升级改进的核心关键点。而在真实组织中，基因在不同亚群中使用不同的转录本编码多种蛋白产物。有了单细胞全长转录本技术，也就意味着可以将靶点发现从基因细化为转录本，挖掘转录本的蛋白编码产物。因此，临床转化最核心的一步：膜蛋白层面，可以依靠全长转录本获得一些全新的发现。现有的蛋白质质谱技术无法做到 针对单个细胞进行广泛的蛋白质检测，但是蛋白质的编码序列都是从RNA层面的转录本翻译过来，转录本序列的检测比蛋白质的检测要容易很多。所以，这个里面就依托一套简单的逻辑：从DNA到RNA到蛋白的中心法则，即可做到通过单细胞全长转录本测序，发现亚群特异性转录本，再将转录本序列预测的多肽产物与蛋白质谱打出来的多肽产物进行匹配，发现一条潜在的转录本+编码产物，即为一条新型潜在靶点。其实，在肿瘤新抗原发现领域，这套序列预测+质谱检测的策略已经非常成熟并且较为实用，因此，可以基于中心法则将这套成熟策略转用到单细胞全长转录本发现新型蛋白编码产物领域。总结综上所述，单细胞全长转录本更适合做新鲜样品，整体实验过程并不复杂，基本上现阶段单细胞科技服务类公司都能实现，只需要在几个细节上稍加注意即可。总结下来，单细胞全长测序的本质只是对转录本加了 细胞亚群 的标签，方便从数万条转录本快速筛选到特异性表达的少数转录本。这个并不是一套全新开发的技术，只能算是从DNA到RNA到蛋白的一整套符合中心法则的单细胞多组学的技术方案。在我们前期拜访前沿课题组的过程中，有不少研究员曾想过这样的方法，只是行业内缺乏前人尝试。我们深入思考过这些细节后，发现这套方案从样品的选择、测序实验、数据呈现，均比现阶段的单细胞二代测序更加实用，更加贴近临床转化。从另外一个角度，转录本是基因功能实现的最小细分单位，针对转录本研究的单细胞全长测序，算得上是转录组研究领域的终点站。