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数据进行归一化

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  • 【BLT小课堂】蛋白归一化在Western Blot中的应用
    蛋白归一化在Western Blot中的应用 在Western Blot(WB)实验中,归一化是实验数据处理的关键步骤。WB实验常设计不同的内部对照或检查点,对样本或者实验中的偏差进行监控、修正。在WB中的偏差通常来自蛋白样本浓度不均、凝胶上样不一致或转膜不完全。这些不一致性可以通过凝胶和膜的可见光或荧光标记法监控,用泳道总蛋白或内参蛋白(比如GAPDH、β-tubulin、β-actin或cyclophilin B)进行归一化校正, 来保证实验结果的可靠性。那么泳道总蛋白校正和内参蛋白校正有什么不同呢?内参蛋白校正使用内参蛋白校正是目前比较成熟的一种手段。具体校正方法就是在各蛋白样品中选一种表达量保持一致的蛋白作为内参蛋白(一般是管家基因),将每个样品目的蛋白含量与内参蛋白含量相除,得到每个样品目的蛋白的相对含量。再进行样品与样品之间的比较。例:当前有三份蛋白样品S1、S2、S3,选择的内参基因为Control,需要检测目的蛋白Test在这三份样品中的相对表达量。经过电泳、转膜、封闭、孵育、清洗等一系列实验操作后,获得一张蛋白印迹膜。用GelView 6000 Pro全自动化学发光成像系统或GelView 6000Plus智能图像工作站进行显影成像,获得的发光图。如图1所示:图1BioAnaly分析软件具有蛋白归一化分析功能,可以直接输出蛋白归一化结果,不需要进行额外的操作,方便快捷,如图2所示: 图2最终得到实验结果如图3所示:图3如果仅看三个样品中目的蛋白的灰度值(如图3中蓝色数据条所示),会发现其发光强度基本一致。此时并不能判断目的蛋白的含量一致,因为内参蛋白的灰度值相差较大(如图3中橙色数据条所示),因此还需要通过内参蛋白进行校正,将内参蛋白的灰度值归一化,可得到三个样品中目的蛋白的真实灰度值,该结果才能比较准确地反映目的蛋白的含量。计算结果如图4所示:图4通过内参蛋白校正后发现待测蛋白在三个样品中的相对表达量呈梯度上升趋势。泳道总蛋白校正总蛋白校正是一种新兴的实验策略。具体校正方法就是直接测量样品中总蛋白的含量(通过非特异性蛋白染料对泳道中所有蛋白进行染色测定),将每个样品目的蛋白含量与总蛋白含量相除,得到每个样品目的蛋白的相对含量。再进行样品与样品之间的比较。例:当前有四份蛋白样品S1、S2、S3、S4,需要检测目的蛋白Test在这四份样品中的相对表达量(本次实验中使用的非特异性荧光染料,可以对所有蛋白进行染色;二抗为FITC荧光标记)。经过电泳、转膜、封闭、孵育、清洗等一系列实验操作后,获得一张蛋白印迹膜。用GelView 6000Plus智能图像工作站的荧光模块进行荧光成像,结果如图5所示,泳道内所有蛋白均产生荧光,荧光强度可以代表样品总蛋白的含量:图5通过分析软件BioAnaly计算灰度值,得到实验数据,如图6所示:图6使用475nm的蓝光(不同荧光染料所需波长参照试剂的使用说明)激发目的蛋白Test,结果如图7所示:图7通过分析软件BioAnaly计算发光强度,得到实验数据,如图8所示:图8从上图可以看出,目的蛋白在S3中的发光强度最大,接近S2的2.5倍。然而经过蛋白归一化后,结果,如图9所示:图9我们不难发现目的蛋白在四份样品中表达量基本一致,所以我们说蛋白归一化是必须的。相应的,BioAnaly分析软件也可以直接对总蛋白进行归一化分析。两种方法的对比内参蛋白校正优点1、发展时间久,技术成熟;2、成本低,不需要额外的染色;缺点1、需要根据不同的组织选择不同的内参蛋白,以保证样品间的一致性;2、内参蛋白大小与目的蛋白大小相差5KD以上,防止发光时互相干扰;3、内参蛋白与目的蛋白表达量不能相差过大,防止内参蛋白曝光过度;4、需要证明内参蛋白本身的表达量在各样品间保持一致;总蛋白校正优点1、适用于任何组织样本;2、具有更好的说服力,投稿更方便;缺点1、染料具有一定的线性范围,需要一定程度上控制上样量;2、每次都需要对整张膜进行染色,试剂使用量大;
  • 催化剂的时间分辨降解可以用实验室SAXS进行原位研究吗?
    为了应对气候变化,可再生能源的使用被认为是行业以及私人要实施的最优先行动之一。现今所谓干净能源的使用受到若干因素的限制,其中间歇性的性质,即电力在不同时间范围内波动,是一个特别具有挑战性的问题。此外,锂电池的广泛使用使其效率受限,从而阻碍了向零排放电力来源的过渡。另外,燃料电池利用化学反应将能源转化电能,从而规避了发电、运输和储存的时间依赖性问题。质子交换膜燃料电池 (PEMFC) 被认为是用于运输和其他移动应用的有前景的可再生能源 。图1. 质子交换膜燃料电池示意图。阳极(2H2 - 4h + + 4e -)和阴极(O2 + 4H+ + 4e - - 2H2O)发生了两个化学反应,从而产生电流。概述碳载铂电催化剂的降解过程 为了催化氧还原和氢氧化反应,碳载铂或铂合金纳米颗粒是目前应用最广泛的质子交换膜燃料电池电催化剂。然而,铂的高成本和稀缺性阻碍了其大规模的商业化。为了使这种类型的燃料电池在实际应用中具有竞争力,目前大量的研究集中在了解降解机制,最终目标是提高催化活性和稳定性。加速应力测试(ASTs)通常用于减少实验的测试时间。根据外加电位,可以区分出两种降解路径。1、当操作电位在≈6到≈1 V之间时,电化学Ostwald熟化过程有利于形成较大的Pt纳米粒子,而牺牲较小的Pt纳米粒子。2、当阴极电位大于5v时,碳载体的腐蚀会导致Pt纳米粒子的分离并最终形成聚集。 因此,纳米尺度的粒径分布研究成为了解电催化剂材料降解研究的重要部分。为此,小角X射线散射(SAXS)是一种强大的技术,可以提供关于催化剂形貌(纳米颗粒的形状、大小和粒径分布)等有价值的信息。催化剂降解循环中粒径分布的时间分辨演化可以通过对大量样品进行的非原位测量或通过更合适的原位操作进行推断。原位SAXS测试通常在同步辐射X射线光源进行,因为它们的强光源和碳载体的直接背景扣除。对于实验室光源进行的测试,背景通常是在无铂碳电极上进行非原位测量,其降解过程与研究对象的降解过程相同。通常,这需要二次单独实验,如果测量条件不相同,则在归一化过程中会产生额外的误差。数据采集的发展提供了用实验室X射线光源采集高质量催化剂降解原位SAXS数据的可能性 最近,来自哥本哈根大学和尼泊尔大学的一组研究人员提出了一种工作电极的新设计,可以在电池的无催化剂部分上记录操作背景数据,该部分进行了与催化剂膜相同的电化学处理。他们的概念验证研究表明,作为单个实验的一部分,在实验室X射线源上进行的原位SAXS测量可以进行适当的背景扣除。 使用加速应力测试前后(即使用新设计的工作电极)收集的背景数据获得的概率密度函数,与非原位测量的原始无电解样品上记录的数据进行比较(见下图)。第一个显著观察结果是电化学测试后采集的背景扫描归一化(图2b)比电化学测试前采集的背景扫描归一化(图2a)与原始样本更匹配。 此外,当将粒径分布作为AST步骤的函数进行分析时,使用包含两种不同粒径分布的模型,就会出现如图2 (b)所示的两种明显的转变:1、小颗粒的粒径尺寸不断增大,而大颗粒的粒径尺寸保持不变2、小颗粒的概率密度随大颗粒概率密度的增大而减小。 因此,原位SAXS测量结果表明,在ASTs作用下,Pt/C燃料电池的降解过程包括Pt的连续溶解,和Oswald熟 化,而不是粒子聚集的过程。图2. 概率密度随粒子直径变化的函数,从SAXS测量中获得,记录在AST周期的不同时刻。(a) AST周期前采集的归一化背景扫描数据。(b) AST周期后采集的归一化背景扫描数据。每张图的插图描述的是AST周期之前(并对其各自的背景扫描进行归一化)的样品与原始的非原位样品(不使用电解质测量)之间的比较。由Johanna Schröder和Jacob j.k Kirkensgaard提供。 这一概念验证研究证明了利用实验室X射线光源和改性电化学电池获得催化剂降解采集高质量SAXS数据的可能性。背景扣除的进展为实验室实验打开了机会的大门,与同步辐射相比,实验室测量为优化实验和重复性研究提供了更大的灵活性。同时,在实验室环境中获得的SAXS初步数据可用于设计更有效的同步辐射实验。
  • 新品发布丨LabSolutions家族再添利器【多通道归一化软件】
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  • Resonon | 使用高光谱成像仪和机器学习对新鲜和冻融牛肉进行分类
    肉类富含丰富的蛋白质和营养物质,不仅能够满足我们的味蕾,还能够提供我们身体所需的能量和营养。随着肉类需求的增加,大规模的肉类生产和运输过程中,肉类的速冻可以一定程度保持食物的新鲜度和口感。然而,关于速冻解冻的肉类,和新鲜肉类的混淆,让人难以分辨。首尔大学的研究人员利用高光谱成像技术,做了相关的研究。使用高光谱成像仪和机器学习对新鲜和冻融牛肉进行分类由于对安全、可食用肉类的需求的不断增加,冷冻储存技术得到了不断改进。然而目前存在解冻肉在处理和销售过程中被进行了错误的标记,宣称为新鲜肉类,这可能导致消费者受到误导或产生安全隐患。在这项研究中,使用高光谱图像数据构建了一个机器学习(ML)模型,用于区分新鲜冷藏、长期冷藏和解冻的牛肉样本。通过四种预处理方法,共准备了五个数据集来构建ML模型。使用PLS-DA和SVM技术构建了模型,其中应用散点校正和RBF核函数的SVM模型性能最佳。结果表明,利用高光谱图像数据立方体,可以构建区分新鲜肉类和非新鲜肉类的预测模型,这可以成为肉类储存状态常规分析的快速、非侵入性方法。安装在暗室中的高光谱数据采集系统的配置示意图基于此,来自首尔大学的研究人员使用Resonon Pika L 高光谱成像仪,在近红外光谱的400-1000 nm波段内获取高光谱图像数据立方体,进行了相关研究。在本研究中,图像采集系统安装在暗室中,以确保完全消除外部光并能够采集高光谱图像。将九个样本同时放置在哑光黑色板上,通过移动相机获取高光谱图像数据立方体。所有样品均经过光学稳定处理,在采集高光谱数据之前将它们置于实验环境中 20 分钟,消除由肌红蛋白/氧肌红蛋白含量差异引起的巧合差异。随后,通过分离红色肉部分,从高光谱数据立方体中提取了(ROI)的光谱,确保了只有红色部分肉的光谱被提取用于分析。这个过程产生了高质量的数据集,适用于后续的分析和解释。使用四种预处理技术(MSC、SNV转换、一阶Savitzky–Golay滤波和最小-最大归一化)对提取的光谱进行模型开发。本研究获取的高光谱数据立方体中的光谱图像。(a–c) 分别为“新鲜”、“受损”和“冷冻”样品的 630–650 nm 平均图像;(d-f)分别为“新鲜”、“受损”和“冷冻”样品的 540-560 nm 平均图像。用于构建肉样本分类模型的高光谱数据立方体中的光谱。(a) 实验数据的完整光谱;(b) 每个实验组的平均光谱(实线)以及加减标准差后的光谱(虚线)。研究结论这篇文章研究了使用NIR高光谱成像仪,对牛肉进行分类,区分其“新鲜”、“受损”和“冷冻”状态。通过将韩国产牛肉样品划分为新鲜冷藏、长期冷藏和解冻状态,共获得了九个高光谱图像数据立方体,并通过滴水损失测试定量分析了牛肉样品的状况。本研究共收集了4950个光谱图像,将其80%用作训练集,20%用作测试集。在构建机器学习模型时,使用了四种预处理方法,包括MSC和SNV用于校正,Savitzky-Golay 1st滤波器用于平滑,Min-Max用于归一化,以及原始数据,共准备了五个数据集。采用PLS-DA和SVM技术构建模型,其中SVM模型使用了四个核函数。评估模型性能时,准确性是主要指标,同时对“新鲜”类别的F1分数进行了估计,以独立验证生鲜肉分类的性能。测试集的准确率在几乎所有模型中都超过90%,主要错误是由于未能正确区分“受损”和“冻结”类别。具有散点校正和RBF核函数的SVM模型表现最佳,其准确度达到96.57%,“新鲜”类别的F1分数为100%。研究结果表明,通过纯化高光谱图像数据立方体筛选的光谱可以构建一个预测模型,用于区分新鲜肉和非新鲜肉。这些模型在未来的实际肉类采购场所中具有可行性。
  • 沃特世12月21日"代谢组学数据处理软件Progenesis QI 高级培训"网络讲座即将启动
    日期: 2017年12月21日时间: 14:00 – 16:00地点: 网络讲座语言: 简体中文 在本期讲座,我们会深入探讨代谢组学数据处理的难点。如何实现代谢组学数据的真实提取?如何选择归一化算法?以及详细解析统计分析软件EZinfo以及代谢通路检索工具IMPaLA。欢迎各位老师参加! 讲座概要: 峰提取和共检测全化合物归一化算法EZinfo统计分析软件IMPaLA代谢通路分析工具 主讲人:白旭(沃特世市场部资深应用工程师) 登录沃特世官网并搜索“代谢组学数据处理软件Progenesis QI 高级培训”即可进行注册报名。 此网络讲座免费报名参加。您只需要使用一台链接网络的电脑即可参加,收到您的注册信息后我们会筛选并在讲座前一天通过电子邮件给您发送讲座登录链接。如有任何问题请拨打电话:021-61562642或发送邮件至minxing_guo@waters.com,谢谢。
  • 沃特世11月23日"代谢组学数据处理软件Progenesis QI 操作培训"网络讲座即将启动
    日期: 2017年11月23日时间: 14:00 – 16:00地点: 网络讲座语言: 简体中文 代谢组学作为当代新兴的科研方法学工具,愈来愈受到科学家的青睐。 Progenesis QI 可以处理主要厂家液相质谱联用产品采集的代谢组学数据,其真实提取数据,最佳的归一化算法,灵活全面的代谢物鉴定方式,全面的代谢通路检索功能以及没有限制的数据处理能力获得了广大代谢组学工作者的认可。 本讲座介绍Progenesis QI的操作流程和使用技巧,交流Progenesis QI的使用心得。 讲座概要: 1.Progenesis QI 的安装和激活2.Progenesis QI 工作流程3.交流使用心得 主讲人:白旭(沃特世市场部资深应用工程师) 登录沃特世官网并搜索“代谢组学数据处理软件Progenesis QI 操作培训”即可进行注册报名。 此网络讲座免费报名参加。您只需要使用一台链接网络的电脑即可参加,如果您需要在讲座中加入讨论或语音提问,请您提前准备好麦克风。收到您的注册信息后我们会筛选并在讲座前一天通过电子邮件给您发送讲座登录链接。如有任何问题请拨打电话:021-61562642或发送邮件至minxing_guo@waters.com,谢谢。
  • 锂电正极材料新进展!台式X射线吸收精细结构谱仪easyXAFS提供关键数据支撑
    锂离子电池(LIBs)是电动汽车的主要动力来源,同时在电网储能方面显示出巨大的应用前景。然而,对于其材料的能量密度、功率和安全性等方面的研究并未得到真正的完善。近期研究表明,富锂无序岩盐(DRS)体系是非常有前途的材料之一,如富锂-过渡金属(TM)氧氟化物就表现出巨大潜力。但DRS正极材料的一个关键问题是容量衰退明显。例如电极材料和电解质之间的副反应,导致容量下降和循环过程中的结构变化;锰基尖晶石中观察到Mn从阴极溶解并随后迁移到阳极,造成容量衰退;较高的充电电压可以触发氧化还原反应形成二氧化碳,导致不可逆的O损失和降解。为了解决该问题,研究人员发现可以通过替换初始部分的过渡金属来稳定DRS氧氟相。近期,Maximilian Fichtner课题组采用机械化学球磨法合成了锰基无序岩盐氧氟化物Li2Mn1&minus xVxO2F(0≤x≤0.5)作为锂离子电池正极材料,分析了部分钒取代对样品性能的影响,重点研究了样品的电化学性能。为了确定合成材料中Mn和V的氧化状态,作者利用美国台式X射线吸收精细结构谱仪easyXAFS进行了X射线吸收光谱分析。该系统,摆脱了同步辐射光源的束缚,在实验室中提供了一套媲美同步辐射光源数据的表征技术,包括X射线吸收光谱(XAFS)和X射线发射光谱(XES),实现了对元素化学价态、局部配位结构以及自旋态的多重互补信息的获取,为阐明电化学性能的改善机理提供了关键数据支撑。图1. 美国台式X射线吸收谱仪系统easyXAFS300+ 图2a是Li2MnO2F (LMOF)和Li2Mn0.5V0.5O2F (LMVOF)的Mn K边XANES光谱,并与各种锰氧化态的标准物进行对比。从MnO金属到MnIVO2,随着氧化状态的增加,吸收边逐渐向高能量移动。两种LMOF样品(正常和高温)都接近MnIII2O3的吸收边,表明Mn的平均氧化态为3+。相反,LMVOF接近MnIIO的+2氧化态。因此,与所使用的前驱体相比,Mn氧化态未发生变化,而且热处理对氧化态无任何影响。此外,两个LMVOF样品中V K边的能量位置均位于VIII2O3和VIVO2之间,如图2b所示,V的边前锋与1s→3d转变有关,在两个LMVOF样品的边前锋不同,表明其DRS结构中六配位V-O(F)发生局部畸变,p-d轨道杂化使得1s→3d跃迁成为可能。边前峰的强度反映了偏离中心对称性的程度,在HT-LMVO中变弱的边前锋表明热处理减轻了局部畸变。如图2c所示,拟合的边前峰中心随V的氧化态增加向高能偏移,两个LMVOF都接近VIII2O3的边前锋位置,表明平均氧化态为3+。因此,从Mn和V的K 边光谱可以看出,在高能球磨过程中没有发生电荷转移,可以认为合成的化合物保持了起始前驱体的价态。图2. (a) LM(V)OF的归一化Mn K边XANES谱 (b)LMVOF的归一化V K边XANES谱。插图为边前区。(c)线性+洛伦兹基线函数的高斯峰值模型对LMVOF进行边前区拟合。V2O3、VO2和V2O5采用相同的拟合方法。 图3为测得的Mn K边X射线吸收精细结构(XAFS)光谱。如图3a所示,原始的LMOF、以及经20个循环的LMOF和HT-LMOF XANES光谱与Mn2O3的吸收边能量一致。这表明Mn3+处于放电/锂化状态,与原始LMOF(图3)和前20个循环的锰可逆的氧化还原反应类似。如图3b所示,虽然两个循环的电极都表现出比原始材料更高的振幅,但扩展边(EXAFS)数据的傅里叶变换证实了他们相同的局域配位,这表明循环后局部无序化降低。在HT-LMOF_20C中,观察到第一和第二配位壳的傅里叶变换峰振幅略高,这表明热处理减少了局部无序化现象。对第一个Mn-O/F和第二个Mn-Mn配位壳进行了壳拟合(表2)。对于HT-LMOF来说,Mn-O/F的原子间距离变大,Mn-Mn的配位键长略有增加。可以推断,热处理有助于提高球磨化合物的对称性并减少缺陷,但也可能影响结构中的局部氟化程度。图3. 原始LMOF、以及LMOF及HT LMOF 20个循环后的Mn k边XAFS光谱。(a)标准物的XANES (b) EXAFS的傅里叶变换,原始LMOF (c和d)、原始LMOF_20C (e和f)和HT-LMOF_20C (g和h) 的R空间壳层拟合;k3加权χ(k), dk = 1。 图4为放电状态下HT-LMVOF电极的V和Mn K-边XANES光谱。Mn K-边略向高能量移动,表明Mn氧化态的升高。此外,V的 K 边出现明显的吸收边偏移和显著的边前锋强度增加,表明V的平均氧化态已经从3+增加到4+。因此,经过长时间的循环,V和Mn都被轻微氧化,尤其是Mn的氧化态,这可能是受到Mn溶解的影响。图4. 放电状态下,(a) LMVOF_20C电极的V和Mn 的K边XANES光谱。 台式X射线吸收精细结构谱仪-XAFS/XES测试数据展示: XAFS for 3d-transition metalseasyXAFS硬x射线能谱仪具有宽的能量范围,可以测量从Ti到Zn的所有三维过渡金属的高质量XANES和EXAFS。这些元素在从电池到催化、环境修复等现代研究的关键领域关重要。Fe\Mn\Ni\Co\Cu XANES & XES Kβ data用easyXAFS300+测量了Fe\Mn\Ni\Co\Cu XANES 谱图及 Fe XES Kβ数据,分别提供元素价态及自旋态的数据支撑。Adv. Func. Mater. 2022, 2202372。Cu EXAFSeasyXAFS光谱仪探测了Cu K-edge X射线近边吸收谱(XANES)。实现材料元素价态及配位结构的解析对MOFs材料的性能及机理研究尤为重要。J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 4515&minus 4521Ni EXAFSeasyXAFS硬x射线光谱仪拥有与同步加速器匹配的高能量分辨率。实现对Ni近边区XANES和扩展边区EXAFS的高质量数据采集。J. Mater. Chem. A, 2021, 9, 14432–14443Fe EXAFS高性能Fe K-edge 扩展边到k = 14 &angst ,样品为Fe金属箔。EXAFS提供了对局部结构和配位环境的数据测量。NMC Ni K-edge高性能NMC 442和NMC 811电池电极的Ni K-edge XANES谱图。Ni K-edge位置的变化反映了不同NMC组成导致Ni氧化态的变化。J. Electrochem. Soc., 2021, 168, 050532Co K-edge Rapid XANESeasyXAFS硬x射线光谱仪能够与同步加速器匹配的能量分辨率高质量的数据收集。优异的性能可以在几分钟内实现。这使得在短时间内收集大数据集以及实时跟踪反应过程成为可能。Pr L3-edge XANESPr2O3和Pr6O11的L3边XANES数据表明对Pr氧化状态变化的敏感性。用easyXAFS300光谱仪测量。V XANES利用台式X射线吸收精细结构谱仪获得了V k边的边前及近边结构谱图,揭示了引入Al3+后,VOH的结构变化及充放电过程中的有利作用。Nano Energy, 2020, 70, 104519Cr Kα XES用easyXAFS光谱仪测量了不同氧化态的Cr Kα X射线,兼具高能量分辨率及X射线荧光的高灵敏度。Anal. Chem. 2018, 90, 11, 6587–6593V EXAFSV K-edge EXAFS显示了easyXAFS谱仪与同步辐射光源相匹配的高k值下的优异表现。Fe Oxide XANES data用easyx150光谱仪测量Fe和Fe(III) [Fe2O3]的Fe K-edge,利用XANES对氧化态差异进行表征。Ti\Mn XANES dataeasyXAFS谱仪获取Ti元素和Mn元素的价态变化,进一步验证了高价Ti离子和部分F离子替代后策略背后的作用机理。Chem. Mater. 2021, 33, 21, 8235–824Mn&Fe EXAFSeasyXAFS谱仪获取Ti元素和Mn元素的XANES和EXAFS谱图,解析化学价态及局部配位结构。Adv. Func. Mater. 2022, 2202372Fe oxide XES(low weight %)Fe Kβ 光谱测量浓度低0.25 wt. %,测量时间仅为4分钟。X射线发射谱XES非常适合于低元素浓度。XES-Se VTC 在easyXES150光谱仪上对金属Se和Na2SeO4的价带→核心的XES测量。12639 eV处出现的附加峰反映了Na2SeO4中硒价电子的价电子结构的变化,这可能是由于与氧的轨道混合所致。XES- Ni VTC用easyXAFS光谱仪测量了不同化合物的Ni Kβ XES,在高能量分辨率下,显示了对X射线荧光的灵敏度。Adv. Mater. 2021, 2101259【参考文献】[1]. Synthesis and Structure Stabilization of Disordered Rock Salt Mn/V-Based Oxyfluorides as Cathode Materials for Li-Ion Batteries. Iris Blumenhofer, Yasaman Shirazi Moghadam, Abdel El Kharbachi, Yang Hu, Kai Wang, and Maximilian Fichtner. ACS Materials Au, DOI: 10.1021/acsmaterialsau.2c00064
  • 医学免疫研究所选用安捷伦ELN进行数据管理
    医学免疫研究所选用安捷伦电子实验室记录本进行数据管理 2010年1月11日,北京安捷伦科技公司(NYSE代码:A)今天宣布,布鲁塞尔自由大学(ULB)医学免疫研究所(IMI)选择了安捷伦电子实验室记录本(Electronic Lab Notebook,ELN)进行科研数据管理。 “我们非常高兴IMI的科研人员在经过严格评估筛选参与竞争的系统后,经测试毫无异议地选择了安捷伦ELN,”安捷伦资深信息产品经理Debra Toburen表示。 “安捷伦ELN提供了一套完美的工具用于整理科研人员获取的大规模实验数据,”IMI副主管说,“除此之外该产品也有助于我们内部 知识产权保护政策的应用。我们的购买决定,很大程度源自于安捷伦产品系统的易操作性、结构化,以及安捷伦团队一直以来提供的高水准的技术支持。” 除了可以免除文案工作,安捷伦ELN的设计还有诸多好处。这个 可扩展、可集成的平台采用整合的安全框架,简化并加速了研发过程。研究人员可以很方便的使用ELN的网络界面进行数据查询、恢复及共享。 关于免疫研究所(IMI) 位于布鲁塞尔南部沙勒罗瓦BIOPARK的IMI是ULB医学院的一部分。他们致力于将医生和从事基础研究的科学家们组成多学科领域的研究团队所取得的研究发现成果由“实验室转向临床”。其科研项目可被归纳为以下四个研究方向以解决医学免疫学的诸多问题:疫苗辅助药剂,早期生命的免疫系统,移植医学和免疫生物标记物。通过涉足多个研究网络,预计这将有助于位于欧洲科研区域内的瓦隆尼亚的发展。 关于安捷伦科技 安捷伦科技(NYSE: A)是全球领先的测量公司,是通信、电子、生命科学和化学分析领域的技术领导者,公司的17,000名员工在110多个国家为客户服务。在2009财政年度,安捷伦的业务净收入为45亿美元。要了解安捷伦科技的信息,请访问:www.agilent.com.cn
  • PerkinElmer发布云端数据分析管理平台Signals——支持精准医学完整工作流
    2015年10月28日,专注于人类健康和环境健康的全球领先供应商,珀金埃尔默公司今日宣布发布一款基于云的科学数据分析管理平台 SignalsTM,应用于医药领域的数据汇总分析。这个新产品集成了多方面的实验和临床研究数据,支持从数据采集到生物标志物发现一系列完整的精准医学分析流程。珀金埃尔默与多家顶尖医药企业合作开发的科学数据分析管理平台Signals?TM?, 旨在帮助研究人员更轻松地整合来自公司内部的及公共数据库,比如GEO 及 tranSMART中的实验和临床数据。现在,越来越多的制药公司开始从事精准医学的研究工作,珀金埃尔默的Signals? 也将支持更广泛的合作,提高科学家为患者开发药物的速度和效率。“珀金埃尔默的 SignalsTM 为新药研发提供了一个新的平台。”奥尔巴尼分子研究公司(AMRI)高级副总裁Christopher Conway说。我们已将这一平台整合到AMRI关键部门,位于纽约布法罗新药研发中心的高通量筛选平台,Signals? 科学数据分析管理平台将显着提高我们在多个数据来源迅速获取、管理、整合并分析大型复杂数据的能力,使我们能更好更快的进行药物研发工作。”珀金埃尔默的科学数据分析转化平台SignalsTM 的数据获取界面十分简洁,并拥有一个专门用于生物标志物识别和管理的研究数据模型。它简化了药企与他们在学术领域,生物技术领域及其它商业合作伙伴间的数据共享方式。“在过去,新药研发的研究人员无法直观地利用研究数据,这使得识别和描述生物标志物成为一件极具挑战性的工作。”珀金埃尔默信息部总裁 Karen Madden说。 “这个全新的分析管理能够加强研发和临床数据之间的紧密联系,确保患者与药物之间的最佳配对,从而保证促进人类健康”珀金埃尔默科学数据分析转化平台SignalsTM 提供了软件即服务(SaaS)模式,降低了药企IT部门的运营成本并为其提供了强大的灵活性和可扩展性。它与 TIBCO Spotfire 可视化分析平台无缝集成,使转化医学科学家更容易进行调用、整合并可视化分析数据。此外,研究人员还可以:存储结构化及非结构化数据,包括生物信息输出文件及科学家的分析工作流。轻松查询、提取、识别和存储样本实体信息,这些都是转化医学分析所需要的信息。对存储数据进行归一化或者其它一系列的数据预处理。更多信息请访问:www.perkinelmer.com/signals
  • 珀金埃尔默自动化整合系统一步到位,助力新冠病毒研究
    随着各地陆续开始复工,目前正是疫情防控能否取得最终胜利的关键时刻。如何高效、快速、准确的“早发现、早隔离”疑似及确诊病例,提高核酸检测的效率和安全性,仍是各地医院、检测机构需要重视的问题。然而在样本处理的过程中,手工操作不仅使得核酸提取流程耗时长,操作相对繁琐,更重要的是医务人员在频繁接触样本过程中会增加病毒感染风险。珀金埃尔默推出的实验室自动化机器人整合系统,包括了自动化样品处理、样品管开盖、核酸提取、PCR反应体系构建及在线QPCR扩增检测。大大减少人工操作,优化样本检测流程,提高检测通量,还同时满足了医务人员在病毒核酸提取过程中对安全防控性的要求。何为实验室自动化机器人系统(ARS,Automated Robot System)?通过机械臂及中央控制软件,将样品及实验器具在多台分别用于样品处理、检测、存储等的设备之间有序移动,使上述设备无缝协同工作,从而无人值守的完成特定复杂实验流程,并实现一定通量。重点应用领域珀金埃尔默的explorer G3自动化机器人整合系统,适用于广泛的应用领域:高内涵筛选RNA及小RNA干扰筛选初级与次级高通量筛选ADMETox干细胞筛选;菌种筛选自动化的基因分型 细胞系的筛选和Cherry Picking高通量表达分析自动化的细胞培养、病毒扩增与蛋白表达纯化高通量核酸提取、浓度归一化、PCR Setup与QPCR合成生物学、益生菌发酵选种筛选基因组学-高通量全流程自动化针对这次新冠病毒核酸检测,应用珀金埃尔默实验室自动化机器人整合系统,可进行自动化样品开盖、核酸提取、浓度归一化、PCR反应体系构建和在线QPCR扩增检测:点击视频了解详情↓https://v.qq.com/x/page/e3072ddm4g9.html系统自动从样品管转移样品到96深孔板,自动添加裂解液,然后自动转移到珀金埃尔默的chemagic 360自动核酸提取仪(自带快速分液器和自我旋转混匀功能)进行磁珠法核酸提取。后续取2ul核酸产物(JANUS G3工作站)交由核酸分析仪进行质控分析(浓度、纯度)。根据质控结果,Janus G3随后进行样品均一化及实时荧光定量PCR反应体系的构建,封好的PCR板(第三方封膜仪)由Roche LightCycler 480完成扩增与基因表达、分型检测。珀金埃尔默,整体解决方案提供者珀金埃尔默是全球性技术先进公司,也一直致力于不断发展和提升实验室自动化处理技术,以保持实验室自动化产品在生命科学研究领域、疾病筛查和药物筛选实验室应用中的先进性。珀金埃尔默凭借80多年的科技创新经验、30多年的自动化研发使用经验,25年自动化机器人系统整合经验。其自动化产品线从常规自动化液体处理到高通量微孔板处理、特定应用及客户定制型解决方案,多种产品及不同费用组合供选择,充分满足客户的多种需求。explorer G3自动化机器人整合系统,可实现从样品制备到结果数据分析的高通量全面自动化,全自动处理各个流程,减少人为参与、减少手工操作、避免人为误差。提高了操作的精确度和准确度、确保实验结果的可靠性和重复性;便于用户全程追踪管理整个实验,对实验样品进行溯源,便于分析和进一步实验;可加快操作速度,提高通量,提高实验室工作效率,大大加快研究的实验进程。扫描下方二维码,即可下载珀金埃尔默实验室自动化机器人整合系统相关资料。
  • 国际衍射数据中心(ICDD)发行2024版PDF-2数据库
    国际衍射数据中心(ICDD)于2023年9月发行2024版PDF-2 数据库。 概述 物相鉴定+定量分析PDF-2 主要专注于无机材料的物相鉴定,内含常见的有机物材料的衍射数据,方便快速进行物相鉴定。——专门为正确鉴定材料物相而设计;——349,700+套特色数据;——244,500+套数据含有参比强度I/Ic 值,用于RIR定量分析;——内置73种快速检索PDF卡片条件功能;——每张PDF卡片含有57类信息;——赠送配套的物相检索软件SIeve;——使用版权为5年。 合作数据库 ICDD Powders (00) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心)ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe(FIZ) (国际晶体结构数据库)NIST (03) – National Instituteof Standards and Technology, (美国国家标准技术研究所数据库)ICDD SingleCrystal Data (05) – International Centre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶) 应用领域 PDF-2 2024版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约50多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。 检索方式 PDF-2数据库支持60多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索 PDF-2标准衍射卡片提供物相信息 1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如立方相的Si 的PDF卡片号为 01-070-5680,其中01代表数据来源,该卡片的结构数据来自于ICSD数据库,070代表收录的第70卷,5680代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-2 中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag以及用户自定义波长等。一般收集PDF卡片时,采用X射线光源是Cu靶Kα1所对应的波长。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。1) PDF-2 卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity)和可变狭缝强度(Variable Slit Intensity)两种;2) 如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以Si为例,其PDF卡片的信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:1) 该张PDF卡片的状态(Status),具体解释如下:Primary –通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate – 某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted – 该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。2) 该张PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark 中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。3) 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。4) 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相对应的空间群、晶胞参数、物理性质等晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、原胞内原子数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。1) 一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。2) 参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 物相对应的类别 (Classifications) 主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。8) 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。9. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。10. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。 PDF-2 2023数据库授权期限为5年,并免费赠送物相搜索软件SIeve,可将实验的衍射数据直接导入SIeve,该软件支持所有格式的衍射数据,帮助用户快速准确的鉴定物相。 PDF-2 2024数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如JADE、EVA、 Highscore等,实现无缝衔接,为科研提供必要的帮助。
  • 上海技物所可见短波红外高光谱相机在轨应用情况良好
    近日,生态环境部在北京举行高光谱观测卫星在轨投入使用仪式。上海技物所研制的可见短波红外高光谱相机(AHSI)经过在轨测试交付用户投入业务应用。AHSI是2021年发射的高光谱观测卫星主载荷之一,可实现2.5到10纳米光谱分辨率、30米空间分辨率、60公里幅宽,能够同时获取地物从0.4到2.5微米波段范围内的高光谱影像信息,是我国首台可在轨动态配置的宽幅宽谱高光谱相机。AHSI获取的武汉市(2022年5月)的可见近红外光谱立方体(左)和短波红外光谱立方体(右)南四湖、太湖、滇池水质叶绿素a浓度反演结果测试结果表明,AHSI获取的图像清晰,光谱和辐射定量准确,空间结构和光谱反映能力强。与国际同类载荷相比,其综合性能达到国际领先水平。相机在河流/水库/湖泊等不同体量内陆水体的各类水质参数提取、矿区周边生态胁迫、植被精细分类和植被指数反演、大宗固体废弃物遥感监测、海洋生态环境监测、点源甲烷探测等生态环境应用方面,以及在矿物信息精细提取、作物种类识别和生长参数反演、区域产草量等行业应用方面,均具备突出的在轨应用能力,为我国水环境监测、自然生态监测、碳排放监测以及生态环境监管等主体业务提供了国产高精度高光谱数据保障。通过矿物识别分层谱系、光谱特征归一化与光谱特征综合法以及光谱分解法进行矿物信息提取。图为测试区高光谱矿物填图。测试区农田土壤类型调查。图(左)为假彩色合成原始影像,图(右)为测试区农田土壤类型遥感监测识别结果图。煤炭工业园区内的煤矿矿井开展甲烷泄漏监测目前,AHSI正与同为上海技物所研制的资源02D、资源02E、高光谱综合观测卫星同类载荷组网协同观测,使我国拥有当前国际上时-空-谱综合观测性能最强的高光谱对地遥感能力,有效服务于我国环境质量监管和自然资源调查等重大需求。
  • OLED材料分析之必备的液相色谱和色谱数据系统
    OLED材料分析之必备的液相色谱和色谱数据系统关注我们,更多干货和惊喜好礼 售价高达5位数的折叠屏为什么这么火爆?一经上市,随即售罄! 还不是被那高科技、超炫酷、可折叠的屏幕吸引, 飞飞今天就来给您讲讲这折叠屏中最重要元器件——OLED的奥秘! OLED全称为有机电致发光二极管,具有自发光性、响应速度快、柔性化可弯曲等优点,是一种全新的平面显示技术,OLED材料是OLED显示技术的核心,是OLED实现自发光的基础。*赛默飞液相色谱服务于国内大型光电材料企业致力于OLED发展(视频来源:眉山天府新区公众号) OLED的有机发光材料一般分为小分子材料和高分子共轭聚合物材料两大类。01小分子发光材料以有机小分子金属螯合物和稀土配合物为代表,常用金属离子包括铝、铱和铂等元素,常用配体有席夫碱类和羟基喹啉类材料。02聚合物发光材料主要包括聚苯撑乙烯类(PPV)材料、聚咔唑类材料以及聚芴类(PF)材料等。此外,OLED的封装材料和柔性OLED的衬底材料,也均采用聚合物材料。 OLED有机材料分析,最重要的检测手段之一便是高效液相色谱(HPLC)。 广东某光电材料有公司质量部主管介绍说: OLED材料对纯度要求非常高,现有的标准检测方法是GB/T 37949-2019,用高效液相色谱峰面积归一化法分析材料纯度,由于OLED材料本身含量达到99.9%以上,杂质含量很低,想要准确测定纯度,对硬件设备是一大考验。Vanquish液相色谱具有检测器灵敏度高、基线噪音低、耐压高、柱温控制能力优异、更准确的流速控制等优点,大大提高了峰容量,节约了分析时间,提高了分析效率,借助Chromeleon 7.3色谱数据系统,在OLED材料分析上有显著优势。 细说说颇受OLED业内人士称赞的——Vanquish液相色谱Vanquish系列液相色谱是赛默飞全新一代的液相产品,系统耐压范围从700bar到1500bar,拥有出色的分析精密度、检测灵敏度和操作简便性,可实现前所未有的检测可靠性和耐用性,能够帮助用户得到更好的结果、更多的信息,提供更强的交互体检。针对OLED材料检测中要求极低的基线噪音,赛默飞可以提供不同规格的混合器,用户可以根据自己的实验需求来选择不同体积的混合器,以达到最you的检测效果。 高通量分析解决方案——超快速分析(赛默飞液相家族)飞飞独jia的电雾式检测器(CAD)是一种新型的质量型通用检测器,灵敏度高,重现性好,用于检测非挥发性和半挥发性的有机物,且不需要发色基团。OLED材料对纯度要求极高,除了常规的紫外检测器外,可以使用CAD来辅助检测产品里的弱紫外吸收或无紫外吸收成分,进一步提高产品质量。另外,CAD还可以应用于硅油类等聚合物材料的分析。 电雾式检测器(CAD)稠环芳烃类 卟啉类 硅油类 近瞧瞧OLED中聚合物材料分析的得力助手——Chromeleon 7.3 色谱数据系统聚合物的分子量和分子量分布会极大的影响聚合物材料的性能,因此需要对材料进行分子量测定,通常通过凝胶渗透色谱(GPC)表征材料的相对分子量及其分布,以评估合成工艺的改善和控制情况。而GPC计算功能由于其复杂性,同类色谱软件或对该功能收费,或需使用第三方软件计算。而Chromeleon色谱数据系统集成了GPC分子量计算功能,无需额外付费购买,与常规数据处理过程类似,使用原有功能即可实现,且拓展灵活,极大地节约了软件成本,提高了生产效率。 赛默飞的Thermo Scientific™ Chromeleon™ 7 色谱数据系统一直因全面兼容、简约智能而广受用户认可。今年,赛默飞全新发布了Thermo Scientific Chromeleon 7.3 色谱数据系统,更是将其易用性、兼容性提高到一个更高的层次。作为第三方仪器控制的先驱与领导zhe,全新的7.3软件全面拓展支持全新的仪器Vanquish Core与全新的MS系列,继续引领全面仪器兼容与MS控制的潮流。行业领xian的LC、GC、IC与MS仪器控制能力,使Chromeleon网络版成为最符he企业环境的多厂商色谱数据系统。 提速增效而更优化的客户端功能,将是实验室自动高效运行的更有力的工具。如智能判断与智能控制(SST/IRC)自动计算结果并根据结果执行不同的进样或其他操作;自动标识未检出的峰,可在色谱图上即对全部杂质一目了然;趋势分析图可快速查看产品质量变化趋势… … 更强大智能的Chromeleon变色龙系统,为您提速增效,期待相遇。 “码”上下载 填写表单即刻获取【Thermo Scientific Vanquish UHPLC系统样本】 如需合作转载本文,请文末留言。 扫描下方二维码即可获取赛默飞全行业解决方案,或关注“赛默飞色谱与质谱中国”公众号,了解更多资讯+
  • 人类首次用激光在星际间进行图像数据传输
    图片来源:Xiaoli Sun, NASA Goddard   美国航天局日前利用激光束将名画《蒙娜丽莎的微笑》传输到绕月飞行的“月球勘测轨道飞行器”上,这是人类首次利用激光在星际间进行图像数据传输。   美国航天局发表声明说,这是该局利用“月球勘测轨道飞行器”进行激光通信试验的一部分。通常飞离地球的航天器都是利用无线电通信,“月球勘测轨道飞行器”是目前唯一绕其他星球飞行且能使用激光通信的航天器。   这幅名画首先被数字编码,分解为152×200个像素 然后每个像素都变为激光脉冲,从美国航天局位于马里兰州的戈达德航天中心发出,传输到近24万英里(约38万公里)外的“月球勘测轨道飞行器”上,数据传输速率约为300比特每秒。   “月球勘测轨道飞行器”上的仪器在接收到激光脉冲后重建图像,并通过传统的无线电系统再将图像传回地球,从而验证激光传输成功。   “在不久的将来,这种简单的激光通信技术可能成为卫星无线电通信的补充”,美国航天局专家戴维史密斯说,“再往后看,这种传输方式有可能实现比现有无线电通信线路更高的数据传输速率”。   美国“月球勘测轨道飞行器”项目耗资4.91亿美元,于2009年进入月球轨道,重点考察月球两极,为未来载人探月寻找合适的着陆点。
  • PDF-2 2023 数据库介绍
    国际衍射数据中心(ICDD)于2022年9月发行2023版本PDF-2 数据库。 概述 物相鉴定+定量分析PDF-2 主要专注于无机材料的物相鉴定,内含常见的有机物材料的衍射数据,方便快速进行物相鉴定。——专为正确鉴定材料物相而设计;——339,500+套特色数据;——235,600+套数据含有参比强度I/Ic 值,用于RIR定量分析;——内置超过70种快速检索PDF卡片条件功能;——每张PDF卡片含有57类信息;——免费赠送配套的物相检索软件SIeve;——版权使用长达5年。 合作数据库 ICDD Powders (00) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心)ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe(FIZ) (国际晶体结构数据库)NIST (03) – National Instituteof Standards and Technology, (美国国家标准技术研究所数据库)ICDD SingleCrystal Data (05) – International Centre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶) 应用领域 PDF-2 2023版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约50多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。PDF数据库是材料学、物理学、化学、地质学、药物学、生物学、检验检疫、司法鉴定等科学研究及工业生产等领域不可缺少的数据库。 检索方式 PDF-2数据库支持60多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表 2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索 PDF-2标准衍射卡片提供物相信息 1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如立方相的Si 的PDF卡片号为 01-070-5680,其中01代表数据来源,该卡片的结构数据来自于ICSD数据库,070代表收录的第70卷,5680代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-2 中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag以及用户自定义波长等。一般收集PDF卡片时,采用X射线光源是Cu靶Kα1所对应的波长。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。PDF-2 卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity)和可变狭缝强度(Variable Slit Intensity)两种;如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以Si为例,其PDF卡片的信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:①该张PDF卡片的状态(Status),具体解释如下:Primary –通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate – 某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted – 该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。② 该张PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark 中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。③ 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。④ 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相对应的空间群、晶胞参数、物理性质等晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、原胞内原子数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。① 一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。② 参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 物相对应的类别 (Classifications) 主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。8. 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。9. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。10. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。PDF-2 2023数据库授权期限为5年,赠送物相搜索软件SIeve,可将实验的衍射数据直接导入SIeve,该软件支持所有格式的衍射数据,可为您快速准确的鉴定物相。 PDF-2 2023数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如Jade、EVA、 Highscore等,实现无缝衔接,为科研提供必要的帮助。
  • 高光谱观测卫星可见短波红外高光谱相机在轨应用情况良好
    2023年4月4日,生态环境部在北京举行高光谱观测卫星在轨投入使用仪式。上海技物所研制的可见短波红外高光谱相机(AHSI)经过在轨测试交付用户投入业务应用。   AHSI是2021年发射的高光谱观测卫星主载荷之一,可实现2.5到10纳米光谱分辨率、30米空间分辨率、60公里幅宽,能够同时获取地物从0.4到2.5微米波段范围内的高光谱影像信息,是我国首台可在轨动态配置的宽幅宽谱高光谱相机。   测试结果表明,AHSI获取的图像清晰,光谱和辐射定量准确,空间结构和光谱反映能力强。与国际同类载荷相比,其综合性能达到国际领先水平。相机在河流/水库/湖泊等不同体量内陆水体的各类水质参数提取、矿区周边生态胁迫、植被精细分类和植被指数反演、大宗固体废弃物遥感监测、海洋生态环境监测、点源甲烷探测等生态环境应用方面,以及在矿物信息精细提取、作物种类识别和生长参数反演、区域产草量等行业应用方面,均具备突出的在轨应用能力,为我国水环境监测、自然生态监测、碳排放监测以及生态环境监管等主体业务提供了国产高精度高光谱数据保障。   目前,AHSI正与同为上海技物所研制的资源02D、资源02E、高光谱综合观测卫星同类载荷组网协同观测,使我国拥有当前国际上时-空-谱综合观测性能最强的高光谱对地遥感能力,有效服务于我国环境质量监管和自然资源调查等重大需求。AHSI获取的武汉市(2022年5月)的可见近红外光谱立方体(左)和短波红外光谱立方体(右)南四湖、太湖、滇池水质叶绿素a浓度反演结果通过矿物识别分层谱系、光谱特征归一化与光谱特征综合法以及光谱分解法进行矿物信息提取。图为测试区高光谱矿物填图。测试区农田土壤类型调查。图(左)为假彩色合成原始影像,图(右)为测试区农田土壤类型遥感监测识别结果图。煤炭工业园区内的煤矿矿井开展甲烷泄漏监测
  • 《仪器厂商如何助推环境监测数据真实可靠?》主题约稿活动正在进行
    据了解,新京报近日刊发了《环境监测机构造假调查:自来水替代废水水样,监测仪留后门改数据》报道。记者调查发现,西安市、太原市存在第三方环境检测机构造假的情况。随着环保意识的增强,越来越多的地方需要第三方检测机构进行环境监测。但正如目前的乱象所反映出的,第三方环境检测机构“包合格”逐渐成为一种“盛行”的行业风气,为了方便检测机构操弄数据,有厂家生产的监测仪器专门留有“后门”,只要输入密码,就能更改其中任意监测数值。这意味着,造假的触角已然延伸到了上游的设备制造环节,产业链的“成熟”程度可见一斑。在今年2月初召开的全国生态环境保护工作会议上,全面整治第三方环保服务机构弄虚作假问题,被列入生态环境部2023年重点工作任务之一。因此,对于国家监督检查部门、第三方检测机构、监测设备厂商等,如何在监管、运行、设施等方面规范好这个新兴市场是亟需解决的重点难题。为此,仪器信息网特别策划了以《仪器厂商如何助推环境监测数据真实可靠?》为主题的约稿活动,旨在让大家踊跃提出自己的观点和看法,共促健康的监测环境。欢迎大家积极投稿。(1) 回稿内容包括但不限于以下问题的回答:1.《环境监测机构造假调查:自来水替代废水水样,监测仪留后门改数据》一经发布,就得到了多方关注,您对文章所反馈的事件持什么样的看法?数据造假会对社会和行业带来什么样的后果?2. 就目前行业现状而言,您认为是哪些原因导致“环境监测机构造假”问题的出现?环境监测数据造假主要体现在哪些环节?3 .环境监测离不开仪器设备,从仪器设备及软件系统等角度,如何实现环境监测数据的溯源,防止数据的篡改,进而关上造假的后门? 您认为,这其中要解决哪些关键问题?4 .您认为,为了防止环境监测数据造假,仪器厂商能做什么(可以从研发、质控、监管等方面描述)?贵单位做了哪些工作?有什么样的成果?5. 为了维护环境监测行业健康、稳定的发展,规避造假问题的发生,您对环境监测行业及仪器企业设备研发上有什么样希冀与呼吁?(2)稿件要求原创,文责自负,请勿一稿多投(3)字数应多于500字(4)投稿须为Word文档,本网编辑有权对文稿进行修改,如不同意请注明(5)符合要求的稿件会发布在仪器信息网资讯栏目,收录专题,并通过全网渠道进行推送(6)投稿邮箱:wudy@instrument.com.cn(7)联系电话:010-51654077-8462
  • SPECIM IQ | 开创性小型手持智能型高光谱相机如何精准进行植物表型鉴定和病害检测?
    导读 高光谱成像传感器是近几年研究用于监测不同环境中农作物和植被的有效工具。植物的生理学,形态学或生物化学信息可以通过非接触的方式以及不同尺度下评估。例如,利用高光谱传感器用于植物表型分析或农业中的生理胁迫研究。截至目前,市面上有各种非成像和成像高光谱传感器可供选择,这些仪器进行测量的过程相当复杂。因此,现代化检测及研究中对易于用户操作的高光谱传感器的需求日益增加。芬兰新发布的一款新型小型手持式智能型高光谱相机——SPECIM IQ,就是基于用户的现代化便携操作而设计的。SPECIM IQ的机身小巧轻便,只有1.3kg,实现轻松手持操作;同时在相机中直接集成了操作控制系统,通过相机自带的触摸屏就可实时实现基本数据的采集和分析过程(如预处理和分类例程),实现智能化操作。便携手持、现场实时快速检测、全自动智能分析、高质量数据,相信 SPECIM IQ 如此多的现代化特征会让您的高光谱研究更加得心应手!以下我们将SPECIM IQ采集的高光谱数据与已经十分成熟高光谱成像仪技术SPECIM V10E 进行定性对比,发现SPECIM IQ便携手持的设计并未影响到相机的数据准确性,一致地获得了高质量高光谱数据。同时,手持智能型SPECIM IQ还可以实现对植物表型的鉴定以及病害研究检测等,在植物科学研究及其他领域具有无限可能。1、手持智能型高光谱相机SPECIM IQ与SPECIM V10E的定性对比 通过与性能的SPECIM V10E相机对比,我们评估了新型SPECIM IQ的成像质量。SPECIM V10E在推扫式高光谱相机领域是一款具有代表性且广受好评的产品,与SPECIM IQ具有相同的光谱范围(400-1000nm)。在实验过程中,通过采用4倍的光谱合并,达到与SPECIM IQ相似的光谱采集,共有211个波段,每行数据具有1600个像素。研究人员利用两款设备分别在室内(卤素灯光源)和室外(自然光光源)对具有不同颜色的样本:纸片和聚乙烯胶片,进行了高光谱数据采集和对比。 图1 智能型高光谱相机SPECIM IQ(207mm*91mm*74mm) 经过对比,得到如图2所示结果。对相同样本,两款设备采集的光谱形状高度重合:实验室的平均值是0.009,室外平均值为0.043。SPECIM IQ和SPECIM V10E的平均标准偏差分别为室内(0.017和0.021)和室外相同(0.029和0.029),但SPECIM IQ更为均,SPECIM V10E在光谱边界处具有更高的噪声水平(400 -450nm和400-450nm)900-1000nm,见图2)。研究表明,除了925-970nm范围内的大气水汽吸收带之外,周围光谱的原始信号较弱,导致反射信号的快速增加。 图2 平均光谱包含绿色纸片(A)和紫色聚乙烯片(B)的标准差,C表示室内测试的不同颜色的样本 图3 室外数据的光谱对比(A-D):绿色纸片、暗黄色纸片、紫色聚乙烯胶片以及蓝色聚乙烯胶片 2、手持智能型高光谱相机SPECIM IQ对拟南芥的生理胁迫研究 通过植被指数可评估不同状态下植被的生理结构和功能特性,包括生物量、冠层结构、叶面积指数、叶绿素含量以及植物冠层的光利用效率等。研究人员利用SPECIM IQ对拟南芥的两个变种在胁迫状态下的生理状态分别进行了研究。由于缺乏PsbS蛋白质和紫黄质脱环氧化酶,拟南芥的变种样本对光能量利用能力减弱(非光化学淬灭),但在室温条件下可正常发育,在高光照条件下,突变体可能受光损伤,这些都是肉眼无法察觉的。利用SPECIM IQ对18个样本进行数据采集,并对所采集的数据进行植被指数计算,在此基础上,对样本的叶绿素含量和类胡萝卜素转化的敏感程度进行了评估(图4)。 图4 在非胁迫适应(NSA)和胁迫适应(SA)拟南芥野生型(Col-0)和PQ缺陷突变体(npq1和npq4)之间观察到的差异。 左侧面板显示选定感兴趣区域的假彩色图像(A) NDVI(C) REIP(E) 和由SPECIM IQ采集数据计算的PRI(G)。 右侧面板显示计算出的平均值和标准差(B) NDVI(D) REIP(F) 和PRI(H)从三个单的植物随机分布在成像框架,不同的字母表示基于LSD的显着差异(a = 0.05)。 研究表明,SPECIM IQ可用于拟南芥中叶绿素(NDVI)和叶黄素(PRI)的含量的检测,并能评估植株样本的状态。通过验证具有代表性的植被指数,可为其它植被指数的评估计算提供样例,并为在植被研究领域获得更多生理信息奠定了基础。 3、手持智能型高光谱相机SPECIM IQ对大麦白粉病的研究 高光谱成像作为非接触式的测量传感器,在植物疾病严重程度与宿主植物对特定植物病原体的易感性的评估方面有很大的应用。本研究利用SPECIM IQ评估了不同大麦品种在冠层尺度上的白粉病严重程度,并对品种Milford和Tocada进行了4个和7个不同的白粉病易感性等的比较。研究准确地检测了两个品种的白粉病症状,并通过高光谱成像结合数据分析方法评估品种的不同疾病严重程度。研究人员利用SPECIM IQ对在温室中培养的360个大麦植物样本(稳定的漫射光条件下培养)进行检测,并使用的白色参考板(见图5)和SPECIM IQ的内置功能对高光谱数据进行归一化。研究人员利用SPECIM IQ Studio的光谱角匹配方法(SAM)进行感染检测并与支持向量机分类(SVM)方法进行对比,检测到上部叶中具有类似病状的区域。 图5 使用光谱角匹配(SAM)和支持向量机(SVM)对白粉病进行分类,图像左侧包含白色参考面板研究表明,大麦白粉病的样本检测到的疾病症状分别为所有植物像素的25.8%和4.4%,而健康部分只有2.0%和2.2%。现有的错误分类主要是白色参考边界处(看起来像叶面上的白色菌丝体)混合像素的影响。为了消除这种系统偏差,通过减去错误分类像素量来确定疾病严重程度,预测分析的品种的2.2%至23.7%的强烈差异。因此,SPECIM IQ可用来测量评估复杂冠层的疾病严重性,控制光源照明条件保证高信号质量,此项研究也证明SPECIM IQ空间分辨率足以确定大麦叶片上的单一症状。4、总结 手持智能型SPECIM IQ相机在植物生理和病害检测中具有巨大潜力。通过SPECIM IQ与SPECIM V10E室内和室外环境中对不同材质色卡辐射测量评估,得到两者的光谱特性高度一致性。根据植被指数分析得到的结果表明手持智能型SPECIM IQ在植物研究和表型分型策略的背景下的应用潜力:对于白粉病的评估,表明SPECIM IQ具有足够的测量能力,并且与SVM相结合,在量化中对视觉评估的高度一致性。作为新智能型的高光谱相机设备,手持式SPECIM IQ除具有高精度的数据质量外,其设备本身具有高紧凑性、可移动性强和快速集成处理能力,为科技新领域的应用创造了有利条件。手持智能型SPECIM IQ的发布让高光谱传感器技术以实验室设备的质量水平传输到温室和现场,而无需任何载体平台或控制和存储设备,因此,该款设备的诞生无疑可以支持各个场景下的不同应用,并推动现代高光谱技术在更多领域的发展和影响。 相关产品及其链接1、手持智能型高光谱相机SPECIM IQ:http://www.instrument.com.cn/netshow/C282348.htm 2、芬兰SPECIM高光谱航空遥感成像系统:http://www.instrument.com.cn/netshow/C160539.htm 3、芬兰SPECIM 工业高光谱相机FX系列:http://www.instrument.com.cn/netshow/C265811.htm
  • 有机光电二极管 - 超越硅光电二极管的新星
    【重点摘要】硅光电二极管的刚性结构给大面积低成本扩展带来困难,限制了它在一些新兴应用中的使用。通过详细的表征方法,揭示了基于聚合物体异质结的有机光电二极管中,收集电荷的电极对低频噪声的影响。经过优化的有机光电二极管在可见光范围内的各项指标(响应时间除外)可媲美低噪声硅光电二极管。溶液处理制备的有机光电二极管提供了一些设计机会,例如用于生物识别监测的大面积柔性环形有机光电二极管,其性能可达到硅器件的水平。【硅光电二极管的局限性】 数十年来,硅光电二极管一直是光检测技术的基石,但它们的结构刚性给大面积低成本扩展应用带来许多局限。这给新兴的光电检测应用带来挑战。为实现更大面积的光电检测以及柔性基片上低成本光电二极管的制作,我们需要寻找新的材料体系。【有机光电二极管的低频噪声特性】 有机光电二极管常基于聚合物制成,具有结构灵活性等优势。研究人员通过详细的表征方法学,考察了这类二极管低频电子噪声的来源,发现负责收集电荷的电极对低频噪声有重要影响。这为设计低噪声的有机光电二极管奠定了基础。【有机光电二极管的指标表现】 经过优化设计后,有机光电二极管的大多数指标已可达到商用硅光电二极管的水平,特别是在可见光范围内。例如响应度、灵敏度、线性度、功耗等。它们的响应时间仍比不上硅二极管,但对大多数视频速率的应用已经足够。【应用展望】 溶解性的有机光电二极管制造过程为它们带来了许多应用机会。例如,大面积柔性的环形有机光二极管可用于生物识别监测。此类二极管成本低,可在多种非平面基片上制作,性能已达商用硅器件的水平。它们有望在新兴的光电子学领域大放异彩。图1 硅光电二极管(SiPD)与有机光电二极管(OPD)性能比较(A) OPD 尺寸结构。(B)测量所得光谱响应度。EQE,外量子效率。(C) 测量所得光照度依赖的光电流和响应度。LDR,线性动态范围。(D) 测量所得均方根噪声电流、噪声当量功率 (NEP)和特定探测度统计框图(_N_代表数据点数量)。Max,最大值 Min,最小值。图2 SiPD 和 OPD 中的稳态暗电流密度和电子噪声特性(A) 电压依赖的暗电流密度。Exp.,实验值。(B) 反向偏置下,建模和测量所得均方根噪声电流比较。图3 SiPD 和 OPD 中的时域响应特性(A) 负载电阻依赖的 10-90% 上升和下降响应时间。(B) 525 nm处频率依赖的归一化响应度。图4 弯曲 OPD(Flex-OPD)及其在光电容积图(PPG)中的应用(A) Flex-OPD 器件几何结构。PES,聚醚砜。(B) 小面积、大面积 Flex-OPD 和大面积 OPD 中的均方根噪声电流、响应度、NEP 和特定探测度统计框图。(C) S1133 SiPD 和环形 Flex-OPD PPG 阵列原理图(上) 手指反射模式 PPG 信号的 SiPD 和不同功率红色 LED驱动的环形 Flex-OPD PPG 阵列比较(下)。
  • 面向未来的实验室数据完整性合规利器
    冯庆斌实验室数据完整性合规利器数据完整性和可靠性是受法规监管行业持续关注的重点,而随着工业化和信息化水平的不断提高,诸多企业在确保合规的同时更加关注技术创新和成本控制。对于在合规环境下应用的新技术和注重效率的新模式迫切需要新的监管、指导以进行管控,因此,监管部门和相关组织也在不断优化法规和指南:左图:2022年7月,ISPE(国际制药工程协会) 发布GAMP 5(良好自动化生产规范 版本5)第二版(以下简称为GAMP 5第二版)右图:2022年11月,EMA发布了关于修订GMP 附录11《计算机化系统》的概念性指南,文件对现行版提出33条修订意见(以下简称为EMA GMP Annex 11概念文)赛默飞Chromeleon 7 色谱数据系统(CDS),为以色谱质谱分析为主导的实验室提供了完善的合规解决方案,同时,基于智能化高度集成的设计理念,引入前瞻性的功能持续优化操作流程,帮助用户轻松应对新形势下的新挑战。1加强系统访问的持续管理在EMA GMP Annex 11概念文中提出:仅“记录访问授权的创建、更改和取消”是不够的。不仅要记录系统的访问,随着人员及职位的变动,需要持续管理系统访问和角色,并进行定期审查,以避免不应出现在系统的访问。人员的流动和职责变化直接影响软件中用户管理的设置,而历史帐户的信息和状态关系到历史数据追溯甚至在系统生命周期中的合规操作,在Chromeleon CDS中除了能自动记录帐户设置的修改,可进一步通过“帐户限制”控制管理员能否“删除帐户,重命名帐户、重复使用已删除或重命名的帐户名”。通过限制删除帐户使停止使用的帐户状态可被设置为“停用”的非活动状态,无法再登录软件,同时,帐户信息保留并和与其相关历史数据关联。而限制帐户名的重命名和重复使用在受控的环境下进一步保证了系统实际操作者与帐户信息一一对应,软件操作、数据修改准确归属到人。通过“帐户限制”可约束系统管理级别行为,减少人为对流程的控制,保持软件的合规访问。(上下滑动查看更多)2审计追踪功能被强制要求计算机化系统的审计追踪始终是电子记录法规的关键要求,此次在EMA GMP Annex 11概念文中明确提出了作为自动记录在GMP关键系统中对用户,数据和设置手动修改的审计追踪功能,应该被认为是强制的同样,在GAMP 5第二版中也增加了对数据审计追踪和复核的解释。Chromeleon CDS的审计追踪可以具体追溯到11个领域,从仪器到数据,再到系统管理和域资源,从安装即保持开启自动记录到软件操作和系统变化的细节,内容可以基于仪器、数据和管理分别查看,与法规中要求“系统大量的警报和事件信息不应与手动交互的审计追踪查看相互混淆”,“数据审计追踪应与其他的系统和技术日志明确区分”相一致。此外,在Chromeleon中审计追踪和数据也实现了动态关联,例如:进样期间仪器的审计追踪可直接结合谱图和数据查看;无需进入管理后台,在操作界面可清楚了解操作者的帐户设置和登录登出记录。(上下滑动查看更多)3关注审计追踪的“异常报告”审计追踪内容同样属于计算机化系统的电子记录范畴,而在海量信息当中如何进行快速精准的查看是令数据复核者头疼的问题,为此GAMP 5第二版中对数据审计追踪复核进行了详细说明:审计追踪复核可以基于 “exception reporting”程序,“exception report”(异常报告)是“一个经过验证的用于识别和记录预先定义的‘异常’数据和动作的搜索工具”。同时,也正式提出在合规环境下使用的计算机化系统具备实时产生电子数据的“Review by Exception”( RBE)报告要求,能够进行突出重点或限定条件的审核。Chromeleon 7 CDS在设计之初已经内置了多样化审计追踪查看工具帮助用户实现了快速准确的审计追踪复核,而在2020年正式发布的Chromeleon 7.3版本,则基于RBE理念对审计追踪复核框架进行了升级,引入了“审计追踪事件”(ATE),实现了在审计追踪记录中自动突出标记预先选择的期望关注或认为有潜在风险的事件。所有审计追踪信息包括ATE可直接生成只读格式的报告或一键添加到实验报告中和数据一起进行审批,从而将审计追踪复核正式融入批放行流程,确保数据复核过程和内容的完整有效。(上下滑动查看更多)此外,Chromeleon软件还增加了“审计追踪查询”功能,通过自定义条件分别从数据、仪器和管理的不同角度对软件操作和系统事件实现跨时间、跨数据以及不同操作者间的筛选和审查,并且基于已建立的查询可动态查看实时更新的记录。进一步通过查询结果自动生成与关注事件相关的趋势分析结果,帮助管理者清晰识别系统风险来源,同时对操作者行为起到约束作用。(上下滑动查看更多)Chromeleon 7 作为业内领先的色谱数据系统,始终致力于为用户提供完善的数据完整性解决方案,时刻洞察法规进展与行业发展趋势,在具备全面合规工具的基础之上超前完成面向未来的优化和更新,消除了用户合规需求升级的滞后性,助力法规监管实验室工作流程持续合规运行。结语✦ 如需合作转载本文,请文末留言。
  • 国际衍射数据中心(ICDD)发布2025版PDF-5+标准衍射数据库
    2024年9月,国际衍射数据中心(ICDD)正式发布2025版PDF-5+标准衍射数据库,为世界上最大的标准衍射数据库,整合了之前的PDF-4+数据库和PDF-4 Organic数据库中的全部数据,收录物相的标准衍射数据超过110万条,其中超过45万+张卡片为无机物,超过65万+张卡片为有机物,满足所有XRD数据物相鉴定和定量分析的需求。 应用领域 PDF-5+ 2025版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约50多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。PDF数据库是材料学、物理学、化学、地质学、药物学、生物学、检验检疫、司法鉴定等科学研究及工业生产等领域必备数据库。 PDF-5+数据库不仅仅包含标准的衍射数据,同时收录了单晶的结构数据,整合了世界上著名的单晶结构数据库,收录的单晶结构数据库有:ICDD Powders (00) – International Centre for DiffractionData (国际衍射数据中心)ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ) (国际晶体结构数据库)NIST (03) – National Institute of Standards and Technology, (美国国家标准技术研究所数据库)MPDS (04) – MaterialPhases Data System, Linus Pauling File (LPF,莱纳斯鲍林文件)ICDD Single Crystal Data (05) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶)PDF数据库全球唯一ISO 认证晶体学数据库粉末衍射和单晶结构的综合数据库XRD数据分析唯一标准数据库 PDF-5+2025收录概况 —— 1104,100+套特色衍射数据条目;—— 626,140+PDF卡片内含有原子坐标;—— 457,800+ 套无机物数据;—— 650,200+ 套有机物数据;—— 997,300+ 套数据含有参比强度I/Ic值,快速进行RIR定量分析;—— 内含PDF卡片检索界面和软件;—— 世界上最大、最多样化综合性晶体学数据库;—— 世界上唯一ISO认证的晶体学数据库;—— 免费赠送物相检索程序 SIeve+,可导入一维、二维粉末XRD数据进行物相检索和定量分析。 PDF-5+2025 XRD物相鉴定 —— 1104,100+套特色衍射数据条目;—— 2025版新增 42,239张卡片;—— 200,800张卡片含有纯相的原始衍射数据,支持鉴定半结晶、黏土矿物、聚合物及纳米材料物相鉴定。 PDF-5+2025 XRD定量分析 —— 997,300+ 套数据含有参比强度I/Ic值,快速进行参比强度法(RIR)定量分析;—— 626,140+PDF卡片内含有原子坐标;结合JADE Pro/JADE Standard软件或衍射仪自带软件进行全图拟合法(WPF)或 Rietveld精修法定量分析。 PDF-5+卡片检索方法 —— 85种检索条件;—— 136种应用领域。 PDF-5+ 子相库 —— 32个子相库;—— 精选子相库:金属&合金 – 179,390张PDF卡片矿物&矿物相关 – 53,439张PDF卡片陶瓷 – 25,777张PDF卡片常见物相 – 24,037张PDF卡片PDF-5+数据库可以满足几乎所有的材料领域的分析需求,无机材料如水泥、金属和合金、电池、矿物和固态设备,有机材料包括药物、染料、颜料和聚合物,以及其他材料,PDF-5+数据库中均有收录。PDF-5+数据库中对于单个PDF卡片而言,不仅仅收录了X射线的标准衍射数据,同时还有同步辐射标准衍射数据、电子标准衍射数据和中子标准衍射数据等,满足几乎所有粉末XRD数据的分析需求!PDF-5+数据库可兼容的XRD分析软件有 JADE Pro、JADE Standard、以及主流衍射仪自带的分析软件。如果您没有XRD设备,也不必担心分析数据的问题。PDF-5+免费赠送物相分析模块SIeve+SIeve+支持分析一维、二维XRD数据,进行物相检索分析,同时支持K值法定量分析,值得一提的是,SIeve+可以分析中子衍射数据。 检索方式 PDF-5+ 2025数据库支持80多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索 PDF-5+标准衍射卡片 常规物相信息 PDF-5+标准衍射卡片,每张卡片可提供超过130种信息,用户可快速方便把握材料整体概况。1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如铁基超导体 KFe2Se2 的PDF卡片号为 00-063-0202,其中00代表数据来源,该卡片来自于ICDD的粉末衍射数据库,063代表收录的第63卷,0202代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-5+中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag和用户自定义波长,同时含有中子衍射(固定波长和TOF中子数据)和电子衍射数据等。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。—— PDF-4 卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity),可变狭缝强度(Variable Slit Intensity),积分衍射强度(Integrated);—— 如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以PDF卡片号为00-063-0202 的KFe2Se2化合物为例,PDF卡片信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:—— PDF卡片的状态(Status),分为 Primary,Alternate和Deleted三种:Primary,通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate,某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted,该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。—— PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。—— 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。—— 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相的晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、化学式单位数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 单晶结构数据 (Structure)主要包括晶体学参数、空间群对称操作、原子坐标、占位信息、温度因子等信息。8. 物相对应的类别 (Classifications) 主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。9. 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。10. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。10. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。 PDF-5+/4系列标准衍射卡 特色物相信息 PDF-5+/4系列卡片中,除了含有传统中PDF-2卡片的所有内容之外,还附加了系列的附加特色功能,包含材料纯相的实验衍射谱、电子/中子衍射谱、二维粉末衍射谱(2D-XRD)、高低温衍射谱、原位高压衍射谱、结构信息、键长键角、选区电子衍射(SAED)、电子背散射衍射谱(EBSD)等信息。1. 温度系列(Temperature Series)PDF-5+/4系列数据库中收录了部分物相的原位的高低温衍射数据,通过不同温度的衍射数据,可以方便的查找材料的热膨胀性能、相变等。以PDF卡片号为00-046-1045 SiO2为例,PDF-4+数据库中收录的温度变化范围从10 K到1813K不等。2. 工具箱(Toolbox)Toolbox功能区域中,用户可根据需求自定义波长,计算该物相的峰位、密勒指数、晶面间距、晶面夹角等信息。3. 物理化学性质文件(Property Sheet)PDF-5+/4系列数据库中,部分PDF卡片(如电池材料、离子导体材料、储氢材料、半导体材料等)包含物理性质文件(Property Sheet),以文档的形式显示该物相的附加信息,如电池材料和离子导体材料包含导电数据等。用户可点击Property Sheet图标,将自动生成一个文档,文档中显示物相的基本物理性质,主要有文字和图表格式,并附有相关的参考文献。以PDF卡片号为00-004-0545 单晶Ge为例,其Property Sheet中附加的物相的基本物理性质的文档如下图所示:4. 2D或3D结构示意图对于有机物而言,通常PDF卡片中显示的为二维(2D)结构示意图;对于无机物而言,通常PDF卡片中显示的为三维(3D)结构示意图且为动态示意图;对于一部分物相,PDF卡片中同时收录了2D和3D的结构示意图。通常在2D结构示意图中,C原子和H原子以省略的形式表示,但当C原子和H原子存在歧义时,PDF卡片将在2D结构中将其特别标注出来。用户可点击2D/3D图标,将显示物相的2D或3D的结构示意图。以PDF卡片号为02-094-1952的C17H12N2O4为例,点击2D/3D图标,其2D/3D结构示意图如下所示,其中3D结构为动态示意图,本实例仅仅显示了其中一个静态示意图的截面:5. 键长键角信息(Bonds)PDF-5+/4系列数据库中,提供物相详细的键长、键角、原子坐标、对称性、晶面间距、原子间距、原子分布等信息,可应用于电子对分布函数数据(PDF)的分析。6. 选区电子衍射(SAED)以PDF卡片号为00-065-0110 Ag3S(NO3)的选区电子衍射图(SAED)为例:7. 电子背散射衍射(EBSD)8. 二维德拜环PDF-4系列数据库中提供物相的二维(2D)衍射环(Ring)谱图,该谱图为模拟图,假定探测器位于入射光束透射几何的居中位置,待测物相为随机取向的微晶颗粒。9. 模拟XRD图及纯相的XRD实验图PDF-4系列数据库中提供物相的模拟衍射图(Simulated Profile)及纯相实验衍射谱(Raw DiffractionData)。以PDF卡片号为 00-063-0202 铁基超导体 KFe2Se2 为例: PDF-5+ 2025数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如JADE、EVA、 Highscore等,实现真正无缝衔接,为科研提供助力。
  • 国际衍射数据中心(ICDD)正式发布PDF-5+标准衍射数据库
    2023年9月,国际衍射数据中心(ICDD)正式发布PDF-5+标准衍射数据库。PDF-5+标准衍射数据库为世界上最大的标准衍射数据库,整合了之前的PDF-4+数据库和PDF-4 Organic数据库中的全部数据,收录物相的标准衍射数据超过106万条,其中超过44万张卡片为无机物,超过62万张卡片为有机物,满足所有XRD数据物相鉴定和定量分析的需求。PDF-5+数据库中收录的所有数据都进行了审核,并给给出质量标记,超过95万张卡片中收录了参比强度RIR(I/Ic)值,可用于K值法定量分析。PDF-5+数据库结合JADE Pro或JADE Standard软件可实现结晶材料、半结晶材料的物相鉴定和定量分析,也可与主流的XRD设备配套的软件兼容。同时,不仅仅含有物相标准衍射数据,还收录了单晶的结构数据,结合JADE Pro/JADE Standard软件、或第三方软件,可实现三种定量分析方法:RIR法,Rietveld精修法和全图拟合法(Whole Pattern Fitting)。PDF数据库全球唯一ISO 认证晶体学数据库粉末衍射和单晶结构的综合数据库XRD数据分析唯一标准数据库PDF-5+数据库专门为正确鉴定粉末XRD数据的物相和定量分析而设计,收录的数据,除了ICDD收录的标准衍射数据和单晶结构数据之外,还加入了世界上知名的单晶结构数据库的数据,收录涵盖的数据库有:ICDD Powders (00) – International Centre for DiffractionData (国际衍射数据中心)ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ) (国际晶体结构数据库)NIST (03) – National Institute of Standards and Technology(美国国家标准技术研究所数据库)MPDS (04) – MaterialPhases Data System, Linus Pauling File (LPF,莱纳斯鲍林文件)ICDD Single Crystal Data (05) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶)PDF-5+数据库可以满足几乎所有的材料领域的分析需求,无机材料如水泥、金属和合金、电池、矿物和固态设备,有机材料包括药物、染料、颜料和聚合物,以及其他材料,PDF-5+数据库中均有收录。PDF-5+数据库中对于单个PDF卡片而言,不仅仅收录了X射线的标准衍射数据,同时还有同步辐射标准衍射数据、电子标准衍射数据和中子标准衍射数据等,满足几乎所有粉末XRD数据的分析需求!PDF-5+数据库可兼容的XRD分析软件有 JADE Pro、JADE Standard、以及主流衍射仪自带的分析软件。如果您没有XRD设备,也不必担心分析数据的问题。PDF-5+免费赠送物相分析模块SIeve+SIeve+支持分析一维、二维XRD数据,进行物相检索分析,同时支持K值法定量分析,值得一提的是,SIeve+可以分析中子衍射数据。PDF-5+2024收录概况无机-有机综合数据库1061,800+套特色衍射数据条目;586,700+PDF卡片内含有原子坐标;442,600+ 套无机物数据623,000+ 套有机物数据956,600+ 套数据含有参比强度I/Ic值,快速进行RIR定量分析;内含数据检索软件;世界上最大、最多样化综合性晶体学数据库;免费赠送物相检索程序 SIeve+,可导入一维、二维粉末XRD数据进行物相检索和定量分析。应用领域PDF-5+2024版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约50多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。PDF数据库是材料学、物理学、化学、地质学、药物学、生物学、检验检疫、司法鉴定等科学研究及工业生产等领域必备数据库。 检索方式PDF-5+ 2024数据库支持80多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索PDF-5+标准衍射卡片常规物相信息PDF-5+标准衍射卡片,每张卡片可提供超过130种信息,用户可快速方便把握材料整体概况。1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如铁基超导体 KFe2Se2 的PDF卡片号为 00-063-0202,其中00代表数据来源,该卡片来自于ICDD的粉末衍射数据库,063代表收录的第63卷,0202代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-5+中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag和用户自定义波长,同时含有中子衍射(固定波长和TOF中子数据)和电子衍射数据等。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。1) PDF-4卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity),可变狭缝强度(Variable Slit Intensity),积分衍射强度(Integrated);2) 如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以PDF卡片号为00-063-0202 的KFe2Se2化合物为例,PDF卡片信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:1) PDF卡片的状态(Status),分为 Primary,Alternate和Deleted三种;Primary –通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate – 某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted – 该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。2) PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark 中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。3) 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。4) 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相的晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、化学式单位数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。1) 一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。2) 参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 单晶结构数据 (Structure)主要包括晶体学参数、空间群对称操作、原子坐标、占位信息、温度因子等信息。8. 物相对应的类别 (Classifications)主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。9. 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。10. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。11. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。PDF-5+/4系列标准衍射卡特色物相信息PDF-5+/4系列卡片中,除了含有传统中PDF-2卡片的所有内容之外,还附加了系列的附加特色功能,包含材料纯相的实验衍射谱、电子/中子衍射谱、二维粉末衍射谱(2D-XRD)、高低温衍射谱、原位高压衍射谱、结构信息、键长键角、选区电子衍射(SAED)、电子背散射衍射谱(EBSD)等信息。1. 温度系列(Temperature Series)PDF-5+/4系列数据库中收录了部分物相的原位的高低温衍射数据,通过不同温度的衍射数据,可以方便的查找材料的热膨胀性能、相变等。以PDF卡片号为00-046-1045 SiO2为例,PDF-4+数据库中收录的温度变化范围从10 K到1813K不等。2. 工具箱(Toolbox)Toolbox功能区域中,用户可根据需求自定义波长,计算该物相的峰位、密勒指数、晶面间距、晶面夹角等信息。3. 物理化学性质文件(Property Sheet)PDF-5+/4系列数据库中,部分PDF卡片(如电池材料、离子导体材料、储氢材料、半导体材料等)包含物理性质文件(Property Sheet),以文档的形式显示该物相的附加信息,如电池材料和离子导体材料包含导电数据等。用户可点击Property Sheet图标,将自动生成一个文档,文档中显示物相的基本物理性质,主要有文字和图表格式,并附有相关的参考文献。以PDF卡片号为00-004-0545 单晶Ge为例,其Property Sheet中附加的物相的基本物理性质的文档如下图所示:4. 2D或3D结构示意图对于有机物而言,通常PDF卡片中显示的为二维(2D)结构示意图;对于无机物而言,通常PDF卡片中显示的为三维(3D)结构示意图且为动态示意图;对于一部分物相,PDF卡片中同时收录了2D和3D的结构示意图。通常在2D结构示意图中,C原子和H原子以省略的形式表示,但当C原子和H原子存在歧义时,PDF卡片将在2D结构中将其特别标注出来。用户可点击2D/3D图标,将显示物相的2D或3D的结构示意图。以PDF卡片号为02-094-1952的C17H12N2O4为例,点击2D/3D图标,其2D/3D结构示意图如下所示,其中3D结构为动态示意图,本实例仅仅显示了其中一个静态示意图的截面:5. 键长键角信息(Bonds)PDF-5+/4系列数据库中,提供物相详细的键长、键角、原子坐标、对称性、晶面间距、原子间距、原子分布等信息,可应用于电子对分布函数数据(PDF)的分析。6. 选区电子衍射(SAED)以PDF卡片号为00-065-0110 Ag3S(NO3)的选区电子衍射图(SAED)为例7. 电子背散射衍射(EBSD)8. 二维德拜环PDF-4系列数据库中提供物相的二维(2D)衍射环(Ring)谱图,该谱图为模拟图,假定探测器位于入射光束透射几何的居中位置,待测物相为随机取向的微晶颗粒。9. 模拟XRD图及纯相的XRD实验图PDF-4系列数据库中提供物相的模拟衍射图(Simulated Profile)及纯相实验衍射谱(Raw DiffractionData)。以PDF卡片号为 00-063-0202铁基超导体 KFe2Se2 为例:PDF-5+ 2024数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如JADE、EVA、 Highscore等,实现真正无缝衔接,为科研提供不可缺少的帮助。
  • 华大智造ZTRON基因数据一体机完成GDPR合规升级 加强生命数据隐私安全保护
    随着基因测序技术的迅速发展,基因组学的研究和应用产出了海量的数据。华大智造作为生命科技核心工具提供方,围绕基因数据的生产、计算、存储和管理提供了一系列融合生物科技(Biological Technology)和信息科技(Information Technology)的创新BIT产品。近日,华大智造BIT业务线一款重磅产品 ZTRON 基因数据中心一体机(ZTRON)完成升级。作为高通量测序仪的理想伴侣, ZTRON是集实验室信息管理、生信计算和海量基因数据存储及管理为一体的产品。值得一提的是,近期欧洲隐私保护认证权威组织 EuroPriSe 向 ZTRON基因数据一体机授予了 European Privacy Seal证书,获得全球范围内最为严苛的欧盟GDPR 认证。历时一年半、历经层层审核,此次获证进一步验证了 ZTRON 基因数据中心一体机的隐私保护能力,为客户数据安全筑起一面隐私保护墙。华大智造CIO单日强表示:“当下,生命数据隐私安全是在业界用户最为关注的问题之一,通过GDPR的合规性设计、实例与确认,不仅是产品进入海外市场的敲门砖,进一步满足客户对合法合规的要求,也展现了公司对基因数据、生命大数据隐私保护的信心。”完成升级后的ZTRON 内置高性价比的生信分析加速器,配合业界优秀的并行文件系统和自动化分析及数据管理平台,以及实验室信息管理系统满足大规模的测序极致交付要求。ZTRON基因数据中心一体机在运行过程中展示体现了其高性能、高安全、高智能、高可用、高性价比的特点。在产品安全上,通过离线部署、独立网络等特性,保障产品高安全性。在产品性能上,分析速度相较升级之前提升高达300倍,交付能力提升4倍,并针对基因数据存储性能进行了优化。另外ZTRON也支持横向扩展,并实现了最小化IT维护成本。除支持连接华大智造所有型号的测序仪外,ZTRON 也支持其他品牌测序仪的数据处理,当前已经在全球若干个万人、百万人级别基因组项目、国家级基因组项目配合超高通量基因测序仪投入运作,大幅提升数据处理速度。在今年2月,深圳华大生命科学研究院一项万人级全基因组科研项目通过华大智造ZTRON平台,对总计超过1.2Pbp的高深度全基因组测序(WGS)数据进行了生信分析加速,完成了基因组比对及变异检测分析,集中处理了超过2.5PB数据,比经典计算方案提速近300倍。GDPR是 (The European) General Data Protection Regulation 的缩写,即通用数据保护条例,是欧盟议会和欧盟理事会在 2016 年 4 月通过,在 2018 年 5 月开始强制实施的规定。该条例规定了企业在对用户的数据收集、存储、保护和使用时新的标准,也给予了用户对自有数据更大的处理权,曾被称为“史上最严的数据保护立法”。
  • 沃特世亮相CPhI畅谈药典更新与数据合规
    2017年6月20-21日,第17届世界制药原料中国展(CPhI China)在上海隆重召开。沃特世(Waters)携众核心技术及解决方案亮相展会,并同与会的医药行业专业人士及医药媒体围绕“药典最新动态与药物分析”和“信息化数据合规及管理”两大主题进行了深入的探讨。 全面解析药典标准提升与信息化数据合规沃特世药物分析与合规高端峰会上,沃特世邀请了来自国内外药典专家、药物分析专家、信息化合规性专家级制药企业代表,就“各国药典前沿动态、仿制药一致性评价、数据合规性”等热点话题展开了广泛热烈的交流。 沃特世中国区市场发展总监黄静女士在致辞中表示:“制药市场作为沃特世公司的第一大业务体,占据公司一半多的业务量。随着亚太地区制药市场的快速发展,沃特世在该领域不断投入资源,不仅在产品研发上突破创新,在合规性方面也始终走在法规前沿 。 沃特世中国区市场发展总监黄静女士发表致辞 针对近年来美药典标准不断提升,美国药典化学药物部门总监Leonel M. Santos表示:自2005年以来,USP的初步评估结果表明,其美国药典国家处方集(USP-NF)中约有700种各论方法都已过时。2010年,FDA成立了各论现代化工作组(Monograph Modernization Task Group),旨在排查亟待更新的各论方法,尤其是已经过时的那些方法。2010年至今,USP通过在内部实验室开展研究以及与US-FDA、制药企业和其他利益相关者合作等多种方式对各论方法进行现代化更新。此工作的主要目的是为药物分析建立现代化的针对性文件标准,从而有效保障药物质量,改善全球公众健康。 美国药典化学药物部门总监Leonel M. Santos先生介绍美药典的最新动态及方法现代化进程 沃特世总部制药市场开发部总监Eric S. Grumbach则介绍了沃特世新技术在药物方法现代化及杂质分析中的应用策略,他提到:“新技术的合理运用是确保企业获得可持续发展竞争优势的关键因素之一,帮助企业在获得良好的产品质量、满足不断严格的法规需求的同时降低成本,缩短产品上市周期。同时,帮忙企业更好地应对未来的发展需求,实现企业的商业目标。” 沃特世总部制药市场开发部总监Eric S. Grumbach分享沃特世药物分析解决方案 随后,药典委员会委员、CFDA审评专家库专家周立春老师、国家药品GMP检察员战丹老师、天士力医药集团股份有限公司高级经理孙玉侠老师以及沃特世亚太区信息学业务拓展经理何雪仪女士分别为与会人员带来了“USP溶出度测定方法学建立及方法学验证”、“CFDA数据可靠性最新进展及如何应对可靠性(完整性)检查”、“实验室数据可靠性实践分享”、“周期性回顾实例学习”的精彩报告以及案例剖析,得到现场与会人士的热烈反响。 专家报告受到与会人员的热烈反响 明星产品亮相沃特世实验室中心Demo Show峰会期间,沃特世精心设计的沃特世实验室中心Demo Show环节吸引了50余位参观者亲临现场,观看了药物分析方法开发及Empower数据合规功能设置流程,对ACQUITY Arc、ACQOUITY UPLC H-Class超高效液相色谱、ACQUITY UPC2超高效合相色谱、ACQUITY QDa质谱检测器、Xevo TQ-XS三重四极杆质谱仪、Xevo G2-XS QTof飞行时间质谱仪表现出了浓厚的兴趣。 参观者现场体验仪器操作及合影留念(部分) 各抒己见共商制药行业新趋势同期,沃特世还举办了媒体圆桌会,与医药行业媒体共话制药行业新机遇及挑战。 美国药典化学药物部门总监Leonel M. Santos表示:USP在未来4年内将致力于完成文件标准的更新,为此,他们将与各大机构和利益相关者开展广泛合作,如其他药典委员会、US-FDA以及诸如沃特世这样的仪器制造商。与此同时,也将在引进现代化方法与保证全球用户应用新方法的可行性之间找到平衡。 作为药典标准提升的重要推动者,沃特世总部制药市场开发总监Eric S. Grumbach表示,制药行业是沃特世整体发展战略的重中之重,未来五大发展战略:关注药物治疗的可及性、加大对多元市场的投入、提升仿制药和生物制药的研发能力、应对药物分析的复杂性、保持数据完整性助力日益严苛的合规需求。 而正是出色的数据完整性表现,让浙江创新生物有限公司坚定地选择了沃特世UPLC/Empower系统。浙江医药股份有限公司副总裁兼浙江创新生物有限公司总经理赵俊兴先生指出,沃特世UPLC技术的高效率、高产能,能为企业带来非常显著和直观的时间成本及运营成本上的节省。 沃特世中国区市场发展总监黄静女士强调,长久以来,沃特世一直在制药行业保持着领先地位。两年前,沃特世与中国药典合作开设“金典珐玛联合实验室”,旨在改善药品相关测试方法,包括小分子药物、生物制剂的测试方法开发,帮助中国药企提升国际竞争力。 媒体圆桌会合影 关于沃特世公司沃特世公司(纽约证券交易所代码:WAT)专注于为实验室相关机构开发和生产先进的分析和材料科学技术。50多年来,公司开发出一系列分离科学、实验室信息管理、质谱分析和热分析技术。
  • ICDD-PDF-4+ 2023版数据库介绍
    应用领域 PDF-4+2023版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约50多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。PDF数据库是材料学、物理学、化学、地质学、药物学、生物学、检验检疫、司法鉴定等科学研究及工业生产等领域必备数据库。 合作数据库 ICDD Powders (00) – International Centre for DiffractionData (国际衍射数据中心)ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ) (国际晶体结构数据库)NIST (03) – National Institute of Standards and Technology, (美国国家标准技术研究所数据库)MPDS (04) – MaterialPhases Data System, Linus Pauling File (LPF,莱纳斯鲍林文件)ICDD Single Crystal Data (05) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶) 概述 用于物相鉴定+定量分析。ICDD-PDF-4+ 数据库,含有全面无机物数据,同时含有粉末衍射数据和单晶结构数据。——快速、准确物相鉴定,自动进行定量分析;——480,300+套特色衍射数据条目;——369,500+ 的PDF卡片内含有单晶结构数据,可用于全谱拟合;——51,400+ 套有机物衍射数据条目;——内含数据检索软件;——所有数据均含有数字化的衍射谱,便于全谱分析;——376,300套数据具有参比强度I/Ic值,快速进行RIR定量分析;——世界上最大、最多样化的无机材料结构数据库;——数据库每年更新;——更多选择:单机版,多机版,单机版多年版权,多机版多年版权。 检索方式 PDF-4+ 2023数据库支持80多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索 PDF-4+标准衍射卡片 常规物相信息 PDF-4+标准衍射卡片,每张卡片可提供超过130种信息,用户可快速方便把握材料整体概况。1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如铁基超导体 KFe2Se2 的PDF卡片号为 00-063-0202,其中00代表数据来源,该卡片来自于ICDD的粉末衍射数据库,063代表收录的第63卷,0202代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-4+中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag和用户自定义波长,同时含有中子衍射(固定波长和TOF中子数据)和电子衍射数据等。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。① PDF-4 卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity),可变狭缝强度(Variable Slit Intensity),积分衍射强度(Integrated);② 如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以PDF卡片号为00-063-0202 的KFe2Se2化合物为例,PDF卡片信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:① PDF卡片的状态(Status),分为 Primary,Alternate和Deleted三种;Primary –通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate – 某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted – 该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。② PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark 中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。③ 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。④ 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相的晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、化学式单位数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。① 一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。② 参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 单晶结构数据 (Structure)主要包括晶体学参数、空间群对称操作、原子坐标、占位信息、温度因子等信息。8. 物相对应的类别 (Classifications) 主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。9. 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。10. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。11. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。 PDF-4+标准衍射卡 特色物相信息 (仅限于PDF-4系列数据库)PDF-4系列卡片中,除了含有传统中PDF-2卡片的所有内容之外,还附加了系列的附加特色功能,包含材料纯相的实验衍射谱、电子/中子衍射谱、二维粉末衍射谱(2D-XRD)、高低温衍射谱、原位高压衍射谱、结构信息、键长键角、选区电子衍射(SAED)、电子背散射衍射谱(EBSD)等信息。1. 温度系列(Temperature Series)PDF-4系列数据库中收录了部分物相的原位的高低温衍射数据,通过不同温度的衍射数据,可以方便的查找材料的热膨胀性能、相变等。以PDF卡片号为00-046-1045 SiO2为例,PDF-4+数据库中收录的温度变化范围从10 K到1813K不等。2. 工具箱(Toolbox)Toolbox功能区域中,用户可根据需求自定义波长,计算该物相的峰位、密勒指数、晶面间距、晶面夹角等信息。3. 物理化学性质文件(Property Sheet)PDF-4系列数据库中,部分PDF卡片(如电池材料、离子导体材料、储氢材料、半导体材料等)包含物理性质文件(Property Sheet),以文档的形式显示该物相的附加信息,如电池材料和离子导体材料包含导电数据等。用户可点击Property Sheet图标,将自动生成一个文档,文档中显示物相的基本物理性质,主要有文字和图表格式,并附有相关的参考文献。以PDF卡片号为00-004-0545 单晶Ge为例,其Property Sheet中附加的物相的基本物理性质的文档如下图所示:4. 2D或3D结构示意图对于有机物而言,通常PDF卡片中显示的为二维(2D)结构示意图;对于无机物而言,通常PDF卡片中显示的为三维(3D)结构示意图且为动态示意图;对于一部分物相,PDF卡片中同时收录了2D和3D的结构示意图。通常在2D结构示意图中,C原子和H原子以省略的形式表示,但当C原子和H原子存在歧义时,PDF卡片将在2D结构中将其特别标注出来。用户可点击2D/3D图标,将显示物相的2D或3D的结构示意图。以PDF卡片号为02-094-1952的C17H12N2O4为例,点击2D/3D图标,其2D/3D结构示意图如下所示,其中3D结构为动态示意图,本实例仅仅显示了其中一个静态示意图的截面:5. 键长键角信息(Bonds)PDF-4系列数据库中,提供物相详细的键长、键角、原子坐标、对称性、晶面间距、原子间距、原子分布等信息,可应用于电子对分布函数数据(PDF)的分析。6. 选区电子衍射(SAED)以PDF卡片号为00-065-0110 Ag3S(NO3)的选区电子衍射图(SAED)为例7. 电子背散射衍射(EBSD)8. 二维德拜环PDF-4系列数据库中提供物相的二维(2D)衍射环(Ring)谱图,该谱图为模拟图,假定探测器位于入射光束透射几何的居中位置,待测物相为随机取向的微晶颗粒。9. 模拟XRD图及纯相的XRD实验图PDF-4系列数据库中提供物相的模拟衍射图(Simulated Profile)及纯相实验衍射谱(Raw DiffractionData)。以PDF卡片号为 00-063-0202铁基超导体 KFe2Se2 为例:PDF-4+ 2023数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如Jade、EVA、 Highscore等,实现无缝衔接,为用户的科研提供帮助。
  • 质谱法对新冠病毒和流感单克隆抗体进行模板辅助从头测序
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Journal of Proteome Research上的文章,Template-Assisted De Novo Sequencing of SARS-CoV‑2 and Influenza Monoclonal Antibodies by Mass Spectrometry [1],文章的通讯作者是德克萨斯大学生物医学研究支持中心的Maria D. Person。抗体在对病毒和其他病原微生物的适应性免疫反应中起着重要作用。对病毒中和抗体的详细表征对于开发能够有效预防病毒疾病的新疫苗和单克隆抗体疗法至关重要。目前,仅从蛋白质中获得抗体的完整氨基酸序列仍然具有挑战性,且许多用于氨基酸从头测序的软件对计算、硬件及操作人员知识和经验的要求较高。另一种蛋白基因组学方法是使用来自DNA序列的数据库作为起点,以数据库序列和实验数据之间的最佳匹配作为模板。这种方法在分析抗体时特别有用,因为大部分抗体序列(不包括CDR3区域)通常与种系序列非常相似。此外,准确区分Ile和Leu在抗体CDR区测序时尤为重要,而大多数蛋白质从头测序软件都没有解决这个问题。Supernovo是从种系序列模板开始的测序程序之一,该模板可以利用ETD和EThcD片段数据来自动区分Ile/Leu。在这项研究中,作者利用SARS-CoV-1人类抗体来开发模板辅助从头测序的方案,对两株SARS-CoV-2人类单克隆抗体进行了测定,最终优化的方案使用四种蛋白酶、双片段化方法、优化补充激活归一化碰撞能量和Supernovo获得99%准确的氨基酸序列,并以该方案对25株流感人单抗进行了测序。一、模板辅助从头测序方法的建立Supernovo的工作原理是,首先将MS/MS数据与种系数据库中的序列进行匹配,在初始种系序列选择之后,使用通配符搜索来确定接合(J)区域,以与可变区和恒定区候选最佳结合,然后进行in silico重组以生成模板。接下来,限制的从头测序和Byonic通配符搜索通过在迭代过程中改变单个氨基酸来改进模板,实现实验数据最佳匹配。最初由种系序列确定的Ile和Leu残基通过蛋白酶切割特异性和w离子的存在进行修正。利用多种蛋白酶从基因组数据库中选择种系支架序列,并通过通配符搜索获得从头测序所需的各种肽。胰蛋白酶和糜蛋白酶是根据其不同的切割特异性选择的,并选择特异性较低的弹性蛋白酶和胃蛋白酶提供额外的切割位点。由于Supernovo利用来自特异性和非特异性裂解肽的所有信息来构建序列,因此具有许多重叠的裂解位点对于序列测定至关重要。作者首先用序列已知的重组单抗CR3022制定和优化方案。CR3022用胰蛋白酶、糜蛋白酶、弹性蛋白酶和胃蛋白酶酶切,用HCD和EThcD LC-MS/MS分析酶切溶液。实验显示使用EThcD可以在不针对选定的单个z离子的情况下全局碎裂肽混合物,并且产生足够的w离子来区分Ile/Leu。b、c、y、z和w离子的产率取决于SA-NCE, 35%的SA-NCE值产生了最高数量的高置信度Ile/Leu分配,并被选择用于最终方案。图1显示了两种含有Leu和Ile的重链肽,其中检测到w离子z-43(Leu)和z-29(Ile),从而允许Supernovo区分Ile和Leu。虽然在碎裂谱中可以检测到w离子,但使用单一SA-NCE值的宽带碎裂,其丰度较低,这是该方法的主要限制。将多重断裂能量相结合,可以提高对w离子的检测,而使用额外的蛋白酶增加切割位点的数量,有助于分离位置相近的Ile/Leu。图1 使用EThcD对Ile/Leu进行MS/MS分配图2显示了用胰蛋白酶、糜蛋白酶、胃蛋白酶和弹性蛋白酶酶切的重链Fab区域在HCD碎裂下的序列覆盖图。由于四种蛋白酶的不同切割特异性以及Supernovo对非特异性切割肽的匹配,可以观察到肽在许多氨基酸残基上的切割。除脯氨酸外,大多数残基的MS/MS中都观察到对应碎片离子。图3显示了DNA确定的参考CR3022序列(DNA sq)、通过将IMGT数据库中的序列片段与MS数据(SNO-gm)进行数据库匹配而识别的种系模板,以及通过对抗体可变区Fab的MS数据(SNO-MS)进行Supernovo分析而生成的最终从头序列之间的比较。所有CDR区域均实现100%正确的氨基酸序列(灰色高亮)覆盖,具有正确的Ile/Leu分配。Supernovo的错误分配(蓝色高亮)主要发生在HC和LC上的N-末端残基以及LC上的C-末端序列。与DNA衍生序列不匹配的外来N和 C-末端残基均与初始种系支架存在偏差,如图3中重链末端的洋红高亮所示。末端氨基酸具有较少的裂解和片段数据,并且可能具有混杂的修饰。半胱氨酸残基可导致附近氨基酸的错误分配,因为半胱氨酸硫的氧化修饰。总的来说,99%的单克隆抗体序列是通过这种方法正确测定的。结合HCD和EThcD数据,68个Ile/Leu中有67个被正确分配。图2 用胰蛋白酶(黑色)、糜蛋白酶(蓝色)、弹性蛋白酶(红色)和胃蛋白酶(黄色)酶切并用HCD裂解的CR3022重链Fab的肽覆盖图。图3 对CR3022 DNA衍生序列(DNA sq)、MS Supernovo种系模板(SNO-gm)和Fab区域的实验结果(SNO-MS)进行比对接着,作者使用两种具有DNA衍生序列的SARS-CoV-2抗体CM66和CM67来测试该方案的最终版本(即四蛋白酶酶切,HCD和EThcD活化,SA-NCE 35%)。表1总结了该方法对已知序列的三种抗体CR3022、CM66和CM67的测试结果。CDR区氨基酸在HC和LC中的分配均正确,只有两个Ile错误分配给Leu。在高通量方法中,产生足够强度的诊断性w离子仍然不一致,但当与蛋白水解切割偏好和种系模板结合使用时,该方法是有效的,至少提供97%的正确Ile/Leu分配。因此,四酶酶切双活化法被确定足以对抗体进行高度准确的序列测定。表1 受试单抗的氨基酸序列和Ile/Leu分配置信水平以及正确匹配的总结二、基于质谱的25种流感抗体分析产生高置信度序列作者用最终确定的方案分析了另外25种序列信息不确定的抗体,以评估该方法在更大规模的实验下是否能产生与SARS-CoV-1和2抗体相同水平的高置信度结果,并最终确定生成的序列是否可用于产生克隆和表达功能性抗体的基因。对于25株流感单克隆抗体,平均97%的序列和76%的Ile/Leu分配可在高置信度下确定。大多数置信度较低的氨基酸分配位于N端和C端,因此不太可能影响抗体结合。与半胱氨酸残基相邻的序列也有较高的中低置信度分配和偏离种系序列的发生率。在25株单克隆抗体中的24株中,两条链上三个CDR区域的所有残基都得到了高度可信的鉴定。由于该方法不总是在可检测水平上产生可区分的w离子,CDR区域具有一些中低置信度Ile/Leu分配。因此,当大规模应用于各种IgG抗体时,该方案提供了高置信度氨基酸序列。获得的流感单克隆抗体序列随后用于通过克隆和在HEK293细胞中表达产生抗体。三、流感病毒HA特异性人单克隆抗体的生物学活性及序列分析在克隆、表达和纯化后,通过ELISA评估原始25种流感病毒和相应重组表达的HA特异性单克隆抗体的生物活性。图4显示了25种单克隆抗体与原始和重组单克隆抗体的HA抗原的结合曲线。通过评估单克隆抗体对相应HA抗原的结合活性,证实了单克隆抗体对H1N1、H3N2和B型流感病毒HA的特异性。如图4所示,流感特异性单克隆抗体表现出与季节性和大流行性流感病毒株的重组HA(rHA)的差异结合,与原始抗体显示的结合活性相当。图4 原始MS测序(左曲线)和重组表达(右曲线)流感HA特异性单克隆抗体的ELISA结合曲线总的来说,作者通过对25个未知序列单克隆抗体进行测序,确认所采用的方法在不同单克隆抗体上产生的残基测定置信度与已知序列或商业来源的单克隆抗体相同。蛋白质组学方法可以用来检查基于DNA的方法,这些方法被认为更准确,或者可以用来清除样本处理和标记中的错误。通过ELISA结合试验观察并验证了CDR序列的多样性。这些分析证实,当克隆和重组表达时,质谱模板辅助从头测序产生的高置信度序列会产生与特异性流感病毒rHA抗原结合的重组单克隆抗体,从而对该方法进行生物学验证。撰稿:夏淑君 编辑:李惠琳文章引用: Template-Assisted De Novo Sequencing of SARS-CoV-2 and Influenza Monoclonal Antibodies by Mass Spectrometry.
  • 关于仪器信息网进行数据库升级的通知
    p   为了更好地服务广大用户,提升网站性能,仪器信息网将于2020年3月6日(今日)晚间19:30进行数据库升级,预计持续30分钟,届时网站及APP的部分功能可能会出现短暂的卡顿,给您造成的不便我们深表歉意,感谢您的支持! /p p style=" text-align: right "   仪器信息网技术部 /p p style=" text-align: right "   2020年3月6日 /p
  • 全国检验检测机构资质认定管理数据归集工作现场会在金华召开
    10月12—13日,全国检验检测机构资质认定管理数据归集工作现场经验交流会在金召开,加快推进检验检测机构信用监管和智慧监管建设。国家市场监督管理总局认可检测司司长顾绍平、信息中心副主任沈阳,省市场监督管理局一级巡视员纪圣麟,市委常委、常务副市长张新宇参加会议。会上,国家市场监督管理总局介绍检验检测机构资质认定和监督检查数据归集工作,金华介绍浙江省检验检测智慧治理“一件事”综合集成改革试点经验。金华现有检验检测机构182家、国家质检中心4家、省级质检中心6家,涉及食品、疾控、环境、建工、机动车等多领域,年营收近8亿元。近年来,金华积极探索开展检验检测机构数字化改革工作。2022年被确定为浙江省检验检测智慧治理“一件事”综合集成改革试点以来,金华探索建设检验检测数据“集成建”、检验检测机构“精准管”、资质认定审批“智能审”三大特色场景,目前已基本完成检验检测机构资质认定管理平台、检验检测机构管理服务应用平台、检验检测综合治理平台3个子系统构成的“浙里检”平台建设。“浙里检”平台集市场准入、高效服务、智慧治理等功能于一体,获评2022年度浙江省数字化改革“最佳应用”。金华将以此次会议为契机,聚焦检验检测机构资质认定管理数据归集工作核心重点,瞄准审批更高效、监测更智能、监管更精准、服务更优质,持续深化检验检测智慧治理集成改革,积极配合做好改革试点经验推广应用,为全国检验检测智慧治理体系建设贡献更多“金华经验”。
  • PDF-4 Axiom 2024——精简版PDF-5+数据库
    PDF-4 Axiom 2024版数据库,所收录物相的标准衍射卡片涵盖约多种科学研究领域,如电池材料、热电材料、超导材料、金属材料、陶瓷材料、矿物材料、金属合金、药物、聚合物等。PDF数据库是材料学、物理学、化学、地质学、药物学、生物学、检验检疫、司法鉴定等科学研究及工业生产等领域必备数据库。 合作数据库 —— ICDD Powders (00) – International Centre for DiffractionData (国际衍射数据中心)—— ICSD (01) – Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ) (国际晶体结构数据库)—— NIST (03) – National Institute of Standards and Technology, (美国国家标准技术研究所数据库)—— MPDS (04) – MaterialPhases Data System, Linus Pauling File (LPF,莱纳斯鲍林文件)—— ICDD Single Crystal Data (05) – InternationalCentre for Diffraction Data (国际衍射数据中心-单晶) 概述 物相鉴定+定量分析ICDD-PDF-4 Axiom数据库,同时含有粉末衍射数据和单晶结构数据,为精简版PDF-5+数据库,提供全面的衍射数据。—— 108,000+ 套特色衍射数据;—— 78,500套内含原子坐标位置;—— 包含常见的无机物和有机物数据;—— 包含所有矿物Primary数据;—— 内含数据检索软件;—— 更多选择: 单机版, 多机版。 检索方式 PDF-4 Axiom 2024 数据库支持80多种物相搜索方式,如研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表、空间群、晶体学参数、化合物名字、衍射数据、材料的物理性质以及参考文献等进行物相搜索,为用户快速准确搜索、鉴定物相提供便利。1. 研究领域、数据来源、数据质量、元素周期表2. 化学式相关检索3. 按类别、官能团检索4. 晶体学参数、空间群检索5. 衍射数据检索6. 参考文献检索7. PDF卡片号检索 PDF-4 Axiom 标准衍射卡片提供常规物相信息 单张的PDF-4 Axiom标准衍射卡片功能和PDF-5+一致,每张卡片可提供超过130种信息,用户可快速方便把握材料整体概况。1. PDF卡片号每张PDF卡片都有属于自己唯一的编号,每张PDF卡片号对应一个物相。PDF卡片号由三组数据、9位数组成,XX-XXX-XXXX,如铁基超导体 KFe2Se2 的PDF卡片号为 00-063-0202,其中00代表数据来源,该卡片来自于ICDD的粉末衍射数据库,063代表收录的第63卷,0202代表该PDF卡片对应的编号。2. 衍射波长PDF-4+中,用户可选择的X射线衍射靶材有Cu、Fe、Mo、Co、Cr、Mn、Ag和用户自定义波长,同时含有中子衍射(固定波长和TOF中子数据)和电子衍射数据等。3. 衍射数据,衍射峰的相对强度、d-I-(hkl)列表PDF卡片中最强峰强度归一化为1000,其他所有衍射强度均为相对衍射强度;三强线对应的晶面间距d值为加粗字体。1) PDF-4 卡片中,衍射的强度分为固定狭缝强度(Fixed SlitIntensity),可变狭缝强度(Variable Slit Intensity),积分衍射强度(Integrated);2) 如果相对强度I值后缀有m的话,表示存在其他晶面衍射峰的相对衍射强度与该晶面衍射峰的相对衍射强度相等。以PDF卡片号为00-063-0202 的KFe2Se2化合物为例,PDF卡片信息如下:4. PDF卡片中的物相基本信息PDF 卡片中物相的基本信息,主要包含以下几点:1) PDF卡片的状态(Status),分为 Primary,Alternate和Deleted三种;Primary –通常是表明PDF卡片收录的数据质量最好,且为室温下的衍射数据;Alternate – 某一材料诸多PDF卡片中的一张PDF卡片,并不一定表明该PDF卡片收录的质量差;Deleted – 该PDF 卡片有目前尚未解决的错误,已经被目前的PDF数据库删除的数据。但该卡片仍然可以检索,方便用户参考该数据。一般情况下,标识为“Deleted”的PDF卡片,会有质量更好的PDF卡片代替“Deleted”的PDF卡片。2) PDF卡片的质量标记(Quality Mark),ICDD出版的PDF卡片是世界上唯一对所有收录的数据,进行质量标记的,每张PDF卡片均经过不同级别的编辑进行审查、编辑、标准化。如果同一物相对应有多张PDF卡片时,一般建议选择质量标记等级较高的卡片使用。Quality Mark 中各个质量标记具体的定义可关注该公众号其他专业文章。3) 收集该张卡片时的温度和压强。值得注意的是,在物相鉴定的过程中,一定要选择和实验相符的温度和压强。否则,物相鉴定的结构可能是错误的。4) 该物相的化学式、结构式、原子比、原子重量比、通用的英文名称、矿物名称、IMA编号、CAS编号、收录时间等。5. 收集PDF卡片时所用的实验条件 (Experimental)主要包括X射线波长、滤光片、相机半径、内标、d值、强度等信息。6. 物相的晶体学数据(Physical、Crystal)主要包括晶系、空间群、晶胞参数、晶胞体积、原胞内原子数Z,密度、F因子、参比强度RIR值I/Ic、R因子等信息。1) 一般情况下,F因子大于15,则认为该物相的XRD图比较可信。2) 参比强度I/Ic 为待测化合物与标样刚玉重量1:1时,待测化合物与标样刚玉最强峰的积分强度比值。X射线波长影响I/Ic值,大多数收集PDF卡片时,采用的X射线源是Cu Kα1(1.5406 A)。如实验中使用的是其他波长的X射线源,在分析物相的相对含量时,需要特别注意收集该PDF卡片时所用的波长,此时可能该PDF卡片中的I/Ic值不再具有参考价值。如果该PDF卡片对应有结构数据,可以使用JADE standard 或者JADE Pro软件,理论计算不同波长下,该物相的I/Ic的具体值。7. 单晶结构数据 (Structure)主要包括晶体学参数、空间群对称操作、原子坐标、占位信息、温度因子等信息。8. 物相对应的类别 (Classifications) 主要包括所属的子领域、矿石分类、晶体结构原型等信息。9. 交叉引用的相似PDF卡片 (Cross-Reference)显示一系列与当前PDF卡片可交叉引用的PDF卡片的基本信息,并标明交叉引用的PDF卡片的状态(Primary, Alternate, or Deleted)或者是交叉引用的PDF卡片的衍射图与当前PDF卡片具有“相关相”,“相关相”是指二者具有相同的空间群和分子式,其化学计量比可能略有变化。10. 参考文献(Reference)主要显示当前PDF卡片所参考的文献信息,不同的PDF卡片参考的文献数量不同。11. 编辑评论(Comments)主要显示当前PDF卡片的评论,该评论来自卡片的贡献者或者ICDD编辑,一般包含样品合成方法、衍射收录条件等基本信息,如果当前PDF卡片的质量较差时,编辑也会注明其原因。很多人在使用PDF卡片中,往往忽略了该项信息。很多情况下,PDF卡片中编辑评论部分,含有该物相的关键信息,这些关键信息往往可以有效帮助用户在物相检索中进行二次判断。 PDF-4 标准衍射卡片提供特色物相信息 (仅限于PDF-4系列数据库)PDF-4系列卡片中,除了含有传统中PDF-2卡片的所有内容之外,还附加了系列的附加特色功能,包含材料纯相的实验衍射谱、电子/中子衍射谱、二维粉末衍射谱(2D-XRD)、高低温衍射谱、原位高压衍射谱、结构信息、键长键角、选区电子衍射(SAED)、电子背散射衍射谱(EBSD)等信息。1. 温度系列(Temperature Series)PDF-4系列数据库中收录了部分物相的原位的高低温衍射数据,通过不同温度的衍射数据,可以方便的查找材料的热膨胀性能、相变等。以PDF卡片号为00-046-1045 SiO2为例,PDF-4+数据库中收录的温度变化范围从10 K到1813K不等。2. 工具箱(Toolbox)Toolbox功能区域中,用户可根据需求自定义波长,计算该物相的峰位、密勒指数、晶面间距、晶面夹角等信息。3. 物理化学性质文件(Property Sheet)PDF-4系列数据库中,部分PDF卡片(如电池材料、离子导体材料、储氢材料、半导体材料等)包含物理性质文件(Property Sheet),以文档的形式显示该物相的附加信息,如电池材料和离子导体材料包含导电数据等。用户可点击Property Sheet图标,将自动生成一个文档,文档中显示物相的基本物理性质,主要有文字和图表格式,并附有相关的参考文献。以PDF卡片号为00-004-0545 单晶Ge为例,其Property Sheet中附加的物相的基本物理性质的文档如下图所示:4. 2D或3D结构示意图对于有机物而言,通常PDF卡片中显示的为二维(2D)结构示意图;对于无机物而言,通常PDF卡片中显示的为三维(3D)结构示意图且为动态示意图;对于一部分物相,PDF卡片中同时收录了2D和3D的结构示意图。通常在2D结构示意图中,C原子和H原子以省略的形式表示,但当C原子和H原子存在歧义时,PDF卡片将在2D结构中将其特别标注出来。用户可点击2D/3D图标,将显示物相的2D或3D的结构示意图。以PDF卡片号为02-094-1952的C17H12N2O4为例,点击2D/3D图标,其2D/3D结构示意图如下所示,其中3D结构为动态示意图,本实例仅仅显示了其中一个静态示意图的截面: 5. 键长键角信息(Bonds)PDF-4系列数据库中,提供物相详细的键长、键角、原子坐标、对称性、晶面间距、原子间距、原子分布等信息。6. 选区电子衍射(SAED)以PDF卡片号为00-065-0110 Ag3S(NO3)的选区电子衍射图(SAED)为例7. 电子背散射衍射(EBSD)8. 二维德拜环PDF-4系列数据库中提供物相的二维(2D)衍射环(Ring)谱图,该谱图为模拟图,假定探测器位于入射光束透射几何的居中位置,待测物相为随机取向的微晶颗粒。9. 模拟XRD图及纯相的XRD实验图PDF-4系列数据库中提供物相的模拟衍射图(Simulated Profile)及纯相实验衍射谱(Raw DiffractionData)。以PDF卡片号为 00-063-0202铁基超导体 KFe2Se2 为例: PDF-4 Axiom 2024数据库亦可直接导入其他常用的搜索软件中,如JADE Pro 或JADE Standard、EVA、 Highscore等,实现真正无缝衔接,为科研提供不可缺少的帮助。
  • 智能化管理,实现噪声监测“自动化”与数据“可视化”
    2023年,16部门发布“声十条”,提出2024年底前,设区的市级城市完成功能区声环境质量自动监测系统建设工作,并与省级和国家生态环境监测系统联网。鼓励有条件的县级城市开展功能区声环境质量自动监测;2025年1月1日起,设区的市级以上城市全面实现功能区声环境质量自动监测,统一采用自动监测数据评价。不仅如此,一系列行业领域噪声自动检测技术规范等也陆续发布。据了解,“十四五”期间,国家将实现全国地级及以上的城市建成3800多个自动监测站点,目前,全国噪声领域科研及产业发展已形成一定规模。随着技术的进步,现代噪声监测系统正朝着智能化、网络化方向发展,利用物联网、大数据分析等技术实现远程实时监控和预警,使得噪声管理更加精准高效,市场更加广阔。为了解当前噪声监测技术进展、应用成效、行业状况及挑战机遇,向大家展现当前噪声监测市场现状,仪器信息网开展了“噪声监测现状与市场动态”主题约稿活动,本篇文章为北京爱唯施环境科技有限公司回稿内容。生产生活中工业运营的噪声会导致一系列问题,从居民健康污染到居民不动产贬值等。减轻工业噪音污染的一揽子方法往往导致更大更贵的一揽子工程。那么,运营者在部署噪声管理策略时,首先的难点是如何在最低的投入下减少系统的总监控成本和资源。工程噪音控制、声屏障和限制营业时间只是有效噪音管理实践的几个例子,这些方法通常需要大量投资,而精确智能化部署可以减少超额监测成本,确保更有效地缓解噪音。澳大利亚Envirosuite公司(简称:EVS),旗下子公司爱唯施,有30多年的环境管理经验,以自主开发的智能环境管理软件和噪声监测设备为平台,向客户提供实时及持续的噪声监测,分析报告,溯源预测等功能为一体的专业噪声管理方案。(1)智能噪声监测软件实现环境数据可视化和自动化:EVS 的Omnis和Anoms是基于云的数据管理平台,提供24/7的噪声监测与数据分析,以专用算法和建模将远程设备的数据可视化,实时设定、监控和导出报告,以实现自动管理其辖区的多个环境参数。包括预测潜在的环境噪音问题,跟踪噪音水平随时间的变化,以及环境影响评估等。同时提供噪声事件回放以及噪声阈值警报功能,可用于即时调查违规的噪声事件(频谱图或波形格式),还可以根据导致超标的原因进行噪声分类,帮助了解哪些噪声源不合规,以便进行降噪措施调整以提高噪音合规性。图:EVS 的智能噪声监测软件实现环境数据可视化和自动化(2)适用于任何环境的全天候实时噪声监测设备:EVS 提供专业的全天候噪声监测设备EMU3700 ,可部署在机场、工业、市政运营区内或周边社区的任何场地。EMU3700能够捕获准确的噪音和天气数据,这些数据与EVS噪音监测软件的专有算法相结合。为用户提供可视化的数据分析与见解。用户友好界面可实时查看噪音和天气数据。使操作人员能监控从设备端到远程的数据。包括测量指数,多种标准的报告格式,警报和报告的触发级配置。产品符合AS/NZS 62368-1 CE & FCC等安全性和合规性标准,独立IEC61672:2013 1级型批认证。Envirosuite的NMT 3700系列专门设计用于在恶劣环境中进行永久、移动和便携式的无人值守操作和噪声监测。产品可以安装部署于采矿作业、工业设施,机场,城市环保和建筑工地等各种行业应用。案例1:北京首都国际机场噪声监测项目北京首都国际机场于2005开始使用EVS为其安装25个噪声监测终端NMT和ANOMS 机场噪声管理软件,通过不同站点安装NMT噪声监测设备,实时监测记录站点周边的噪声数据, 并通过ANOMS远程管理软件进行噪声监测与分析报告,管理雷达、飞行计划、天气和投诉等一系列环境管理解决方案。爱唯施对后期运维方面的站点校准、硬件软件使用和技术支持、对硬件故障进行判断和排除、对软件服务进行定期维护和检测。用我们的解决方案跟踪噪声、航班,解决投诉,有效处理了机场与居民、航空公司和其他利益相关者的关系。为机场环境管理和噪声合规提供了稳定而有力的支持。图:Envirosuite 噪声监测智能化管理系统案例2:北京生态环境监测中心 声环境质量自动监测项目北京生态环境监测中心采用EVS噪声管理方案进行城市声环境监测,监测系统于 2007 年安装、2008 年 2 月通过最终验收,已经过多年连续工作,系统在全市包括 1 个监控中心(C/S 架构,服务器及系统软件、客户端软件)、18套噪声监测设备(16套设备在线运行, 2套设备备用),爱唯施提供专业技术人员和团队,对本系统提供运行维护服务保障。为项目提供专业的噪声监测管理和报告,运行多年来以其专业性和运行稳定性为国家站噪声采集和分析提供了重要数据,获得了一致的好评和认可。噪声监测市场在全球范围内呈现出增长的趋势,中国噪声监测系统行业也在不断发展壮大。&zwnj 这些趋势反映了社会对噪声污染问题的关注度提高以及对噪声监测和管理需求的增加。Envirosuite使用专有技术和实时可视化数据来帮助行业和社区的噪声监测管理并保持合规性,EVS的环境智能技术提供灵活和量身定制的解决方案来帮助您应对噪音及振动的挑战,通过改善环境性能使世界变得更加美好。
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