分析翻译后修饰

在翻译后修饰和/或极碱肽的序列分析方面，电子转移裂解（ ETD ）线性离子阱质谱是很有优势的工具。传统的诱导活化裂解（CAD）常用来鉴定蛋白，并试图确定和找到他们修饰的位点，但这种技术有其本身固有的缺点，下面将详细叙述。与线性离子阱的结合使用的ETD是蛋白质组学研究的一个可靠的技术，可以很容易鉴定用CAD不能鉴定的多肽。ETD 是一个相对较新的肽/蛋白质碎裂的技术，能够大大推进质谱鉴定蛋白质这个领域的进步。 翻译后修饰 翻译后修饰（PTM）是翻译后的蛋白质进行的一种化学修饰，是蛋白质生物合成的后续步骤之一。蛋白的分析及其翻译后修饰的分析对于研究许多疾病是非常重要的，如癌症、糖尿病、心血管疾病和神经退行性疾病---阿尔茨海默病。这是因为在蛋白质的合成的过程中以及合成之后，可能发生各种蛋白修饰。对于正常细胞的功能，这些修饰是必须的，但调节这些修饰的变化可能会导致疾病的发生，如阿尔茨海默病，癌症和勃起功能障碍。蛋白质修饰可提高/降低蛋白质的活性，可以与其他蛋白质发生相互作用和将某一蛋白质定位到细胞的特定地方。 翻译后修饰，如磷酸化，乙酰化和甲基化被用作化学开关，激活/灭活组蛋白基因转录调控， DNA复制和DNA损伤修复。组蛋白是染色质的主要蛋白，DNA盘绕时，它们起到线轴的作用，而且在基因调控中发挥重要作用。因此，鉴定这种翻译后修饰是必需的，因为它在生物系统中对于某些蛋白的功能和作用至关重要。 用CAD鉴定蛋白 质谱在确定蛋白及其翻译后修饰上发挥了不可或缺的作用。CAD是一种常见的分析鉴定蛋白质的技术。一般用胰蛋白酶将蛋白质消化成较小的多肽，然后用反相色谱将其分离，并直接注入电喷雾质谱仪检测，通过串联质谱（ MS / MS法）获得序列信息。通过电喷雾电离这些多肽形成几种带电状态的肽离子，而较低带电状态的最适合CAD分析。低能量的CAD串联质谱一直是最常用的分析方法，通过裂解肽离子进行后续的序列分析。 翻译后修饰分析，如磷酸化，磺酸化和糖基化很难用CAD进行分析，因为这些修饰通常是不稳定且容易丢失肽骨架的碎裂信息，从而导致很少或几乎不能得到肽序列和磷酸化位点。利用常规的CAD质谱对于含多个碱性残基多肽测序也是极为困难。 根据不同的蛋白质序列，有时胰蛋白酶会产生过小或过大的肽段。在这种情况下，缺乏可信的序列分析手段。因此CAD对短的，低带电的多肽是最有效的。对于鉴定蛋白和了解蛋白的生物学功能，这是一种广泛使用的方法，然而，限制了研究者分析了所有的肽段，这也阻止多个翻译后修饰位点的检测和了解这些蛋白的生物学功能。 先进的碎裂方式：ETD ETD是基于离子/离子气相化学一种碎裂多肽的新方法。ETD通过从阴离子自由基到质子肽转移电子的化学能量将肽碎裂，这引起多肽骨干的分裂。 ETD产生的骨干肽序列和肽侧链的信息往往与CAD互补。 ETD已成功应用与线性离子阱以及其前身三维离子阱。虽然ETD在三维阱的执行价格具有竞争力且和CAD自身相比提供了独特好处 ，这样的组合并没有提供蛋白质组学分析所需的技术能力。非线性离子阱的ETD，它一直未能很好控制裂解过程，而且由于三维阱离子存储能力的有限不能处理大量的多肽。基于此，研究人员已经提出ETD功能应用于线性离子阱（Thermo Scientific LTQ XL mass spectrometer质谱仪） 。 相对于传统的CAD技术， ETD提供了更稳定的方法来定性PTMs，鉴定大型多肽或甚至整个蛋白质。 ETD能够将普通翻译后修饰的多肽，或者多个碱性残基的多肽甚至整个蛋白质生成离子。 ETD也可以轻易碎裂含有二硫键的的多肽。 ETD是为更复杂的FT-ICR仪器开发相似的裂解技术。使用电子转移试剂，而不是影响肽碎裂的自由电子使ETD在广泛使用的射频四极离子阱中得到应用。射频离子阱质谱仪具有低成本，低维护费用以及更易接受优点，相对于CAD碎裂方法，ETD碎裂技术能够产生更多的产物离子，利于肽段的解读。 ETD的线性离子阱提供了强有力的工具鉴定蛋白及其翻译后修饰 。LTQ XL线性离子阱质谱仪比其他任何离子阱提供更多的结构信息，ETD能够得到常规方法无法得到的序列信息。相比非线性离子阱，ETD的线性离子阱的显著特征在于离子和离子发生反应。虽然ETD功能是完全自动的且通常无需用户干预，但是当需要对离子数进行累积的时候，用户可通过软件完全控制线性离子阱的离子。线性离子阱质谱仪有能力处理大量的样品，并分析低浓度的大分子和小分子。与非线性离子阱的相比，该过程更为复杂和费时 应用实例 在最近的应用中，极碱的多肽和大量重要的翻译后修饰已经用含CAD和ETD线性离子阱质谱分析了。通常CAD碎裂方式产生的普通只显示有限的肽碎裂信息。然而，用ETD碎裂这些多肽的时候， 肽骨架碎裂信息能完全或几乎完全产生，因此得到更广泛的多肽序列的信息。 ETD的灵敏度和稳定性对于蛋白质组学分析是必不可少的。 ETD提供了高度可靠的解决方案，此方案具有用户友好性，几乎不需要日常维护，并提供高度准确的数据，而且ETD的数据分析有相应的软件支持，非常方便简单。 结论： 在蛋白质组学研究领域，ETD的应用对于研究疾病的机理，如癌症，药物开发研究以及细胞功能和信号转导有重大意义，ETD将扩大目前的分析，包括更多的碱性、非胰酶切肽段和蛋白质。它们能确定各种翻译后修饰以及鉴定新的蛋白亚型。 配备ETD的线性离子阱质谱可应用于蛋白质组学各个领域内。ETD的线性离子阱将继续推动蛋白质组学的发展，而且已被证明是替代CAD一种有效技术，而且ETD同样可以应用于非线性离子阱进行肽序列分析。在不久的将来，配备ETD的线性离子阱预计将成为碎裂技术的一种新选择。 参考文献 Leann M. Mikesh et al, The utility of ETD mass spectrometry in proteomic analysis, Biochemica et Biophysica Acta (2006), doi:10.1016/j.bbapap.2006.10.003 关于 Thermo Fisher Scientific （赛默飞世尔科技，原热电公司） Thermo Fisher Scientific纽约证交所代码：TMO）是全球科学服务领域的领导者，致力于帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。公司年销售额超过100亿美元，拥有员工约30000人，在全球范围内服务超过350000家客户。主要客户类型包括：医药和生物公司，医院和临床诊断实验室，大学、科研院所和政府机构，以及环境与工业过程控制装备制造商等。公司借助于ThermoScientific和FisherScientific这两个主要的品牌，帮助客户解决在分析化学领域从常规的测试到复杂的研发项目中所遇到的各种挑战。ThermoScientific能够为客户提供一整套包括高端分析仪器、实验室装备、软件、服务、耗材和试剂在内的实验室综合解决方案。FisherScientific为卫生保健，科学研究，以及安全和教育领域的客户提供一系列的实验室装备、化学药品以及其他用品和服务。赛默飞世尔科技将努力为客户提供最为便捷的采购方案，为科研的飞速发展不断地改进工艺技术，提升客户价值，帮助股东提高收益，

仪器信息网讯，2009年11月24日由中国生物化学与生物学会蛋白质组学专业委员会、北京蛋白质组研究中心、岛津国际贸易(上海)有限公司共同主办的题为“翻译后修饰蛋白质组技术及应用”研讨会在北京蛋白质组研究中心成功举办，约200多位多从事相关研究的学者出席了此次研讨会 会议由钱小红教授、杨芃原教授共同主持。 　　在大会上做报告的专家有：Koichi Tanaka(田中耕一，岛津公司研究实验室，2002年诺贝尔化学奖获得者)，Catherine Fenselau (University of Maryland)，Robert J. Cotter (Johns Hopkins University), Emmanuel Raptakis (Kratos Analytical., Shimadzu Biotech), Pengyuan Yang(复旦大学)，Siqi Liu (Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences), Xiaohong Qian (Bdijing Proteome Research Center) Fuquan Yang, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences) Koichi Tanaka(田中耕一，岛津公司研究实验室，2002年诺贝尔化学奖获得者) 　　Title：MALDI Matrix Development History 　　蛋白质是生命的物质基础，每一种生命运动形式，都是特定蛋白质群体发挥功能的结果；因而蛋白质组研究是人类研究细胞功能和疾病发生发展过程的中心环节。目前蛋白质组研究采用的主要技术是双向凝胶电泳和质谱法。具备测定大分子、快速、大规模分析的MALDI-TOF技术是用于蛋白质组分析的主要手段之一，并被认为是蛋白质分析领域的一项重大突破。在蛋白质组研究中，除了研究蛋白质一级结构外，还要对翻译后修饰的进一步分析，如蛋白质的糖基化、蛋白质的磷酸化等，MALDI-TOF在其中发挥了极其重要的作用。 　　田中耕一先生发明的“激光解吸附软电离技术”使分析生物大分子成为可能。MALDI是这一技术直接的商品化，广泛用于测定多肽和蛋白质的分子量、肽指纹图谱、以及氨基酸序列等。　　 Catherine Fenselau (University of Maryland) 　　Title: Proteomic Strategies for Longer Peptides: How and Way 　　Robert J. Cotter (Johns Hopkins University) 　　Titel: Characterization of Protein Post-Translational Modifications Using MALDI Mass 　　Emmanuel Raptakis (Kratos Analytical., Shimadzu Biotech) 　　Title: Using the Power of a MALDI-quadrupole Ion Trap-TOF to Elucidate Structures of Complex Biomolecules 　　Pengyuan Yang(复旦大学) 　　Titel:Mass Spectrometry Based Protein Glycosylation Analysis 　　Siqi Liu (Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences) 　　Title: Proteomic and Functional Analysis Towards the Nitrated Proteins in the Heart Mitochondria of db/db Diabetic Muse Model 　　Xiaohong Qian (Beijing Proteome Research Center) 　　Titel:Globel Analysis of Core-fucosylated Glycoprotein 　　Fuquan Yang, (Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences) 　　Title: Phosphoproteome Analysis of Rat L6 Myotubes Using Reverse Phase C18 Prefractionation and Titanium Oxide Enrichment 大会现场

21世纪初期，人类发现了抗体药物偶联物（ADC），该物质可作为一类新型抗癌药物，其抗体可与细胞毒性药物绑定结合。结合抗体的高底物特异性与低分子药物的药效，相比常规低分子药物，ADC有望成为更为有效的抗癌药物。通过人工手段将不同的化合物与蛋白质结合时（如ADC），化合物的结合程度以及结合位点将成为药物的重要的质量特性之一。通过人工结合低分子化合物与标准研究抗体，创建伪ADC，之后使用MALDImini-1紧凑型MALDI数字离子阱（DIT）质谱仪对其实施分析。 Me-荧光素-ABNO抗体修饰标准抗体质谱图对比（红色：未经修饰抗体，蓝色：经修饰抗体） MSn (n=2,3)质谱与Mascot MS/MS离子搜索结果重链和修饰位点的氨基酸序列（粗体：通过Mascot MS/MS离子搜索确认的肽氨基酸序列，红色：ME-荧光-ABNO的修饰位点） MALDImini-1基质辅助激光解吸/电离数字离子阱质谱 MALDImini-1数字离子阱（DIT）技术是岛津的原创技术，紧凑迷你的体积，即可实现MS多级的检测。宽范围的分子量范围提供更多新可能，适用于大量应用。抗体化学修饰位点、未知生物分子结构分析，蛋白质、多肽、翻译后修饰肽、脂质、糖链等。

近日，北京大学王初课题组与芝加哥大学Ben May癌症研究所赵英明课题组合作，在Science Advances杂志上发表题为“Identification of 113 new histone marks by CHiMA, a tailored database search strategy”的研究文章。在这项工作中，作者详细探索了传统数据分析方法应用于组蛋白修饰组鉴定修饰肽段存在的问题，并进行了针对性优化发展了一种名为“Comprehensive Histone Mark Analysis (CHiMA)”的数据分析方法。应用CHiMA对此前的组蛋白修饰组数据进行重分析发现了113个新的组蛋白修饰位点(histone mark)。　　组蛋白翻译后修饰是细胞对DNA转录调控的重要手段之一。蛋白质组作为一种高通量全局性分析蛋白质翻译后修饰的技术，在组蛋白修饰的发现和功能研究中发挥了重要作用。如赵英明课题组在2019年利用蛋白质组手段首次鉴定到了组蛋白上来源于L型乳酸(L-lactate)的赖氨酸乳酰化修饰，并揭示了其在调控基因表达中的重要作用。组蛋白修饰组相对于全蛋白质组数据有着显著的区别，譬如：1)组蛋白修饰组中包含的肽段数目远少于全蛋白质组中的肽段数目 2) 组蛋白由于富含赖氨酸和精氨酸，经过胰蛋白酶切后，氨基酸数目小于或等于6个的短肽占比远超全蛋白质组中比例。尽管如此，目前还没有研究探索传统蛋白质组数据分析策略是否适用于组蛋白修饰组中修饰位点的鉴定，以及针对组蛋白修饰组优化开发的搜库方法。为了验证传统蛋白质组数据分析策略应用于组蛋白修饰位点鉴定是否会产生漏报的情况，作者首先准备了四组组蛋白乳酰化修饰组数据。这些数据使用同样色谱条件和质谱条件采集，因此同一条修饰肽段在四组数据中应在相似时间被色谱洗脱并送入质谱鉴定，从而可以利用在其他三组数据中的鉴定肽段来检查漏报。作者使用ProLuCID+DTASelect2.0作为搜库软件并使用传统分析策略进行搜库，发现在这四组数据中均存在着不同比例(12.5%-36.4%)的修饰位点漏报。为了验证这一结果不是由特定搜库引擎的算法所导致，作者使用另一种常用的搜库引擎Andromeda(内置于MaxQuant)进行了同样的测试并得到了相似的结果。　　搜库分析首先将实验产生的二级谱图与蛋白质数据库中模拟酶切产生肽段的理论谱图进行比对，以得到每个二级谱图潜在的匹配肽段。随后需要对所有的肽段-谱图匹配(peptide-spectrum matches, PSMs)进行过滤以筛选出高置信度的鉴定结果。传统的搜库方法通常使用target-decoy策略来进行PSM筛选[3]。这一策略首先在蛋白质数据库中产生与正确蛋白质序列(target)同样数目的诱饵序列(decoy，通常为正确序列的反向序列)。诱饵序列不存在于细胞中，所以匹配于诱饵序列的鉴定结果均为假阳性。同时由于数据库中正确序列与诱饵序列数目相同，可以通过decoy PSMs的数目估算出同等打分筛选条件下的target PSMs数目，从而估算出假阳性率(false discovery rate, FDR)。由于组蛋白修饰组通常只含有数十条或最多上百条修饰肽段，作者猜测使用 target-decoy-based FDR进行PSM过滤会导致打分线完全取决于打分最高的1-2个decoy PSM，从而丧失统计效力。为了验证这一猜测，作者对数据A搜库过程每一步的结果进行了仔细检查，发现所有漏报的修饰肽段均被搜库软件正确匹配到了相应的二级谱上，而漏报确实产生于后续的PSM过滤过程。作者随后绘制了测试数据中target PSM和decoy PSM的打分分布曲线，发现两者也几乎完全重合，只有65个target PSMs的打分高于打分最高的decoy PSM，因此在该数据中打分线仅由这一个decoy PSM决定，导致其他正确修饰肽段被漏报。作者随后对搜库策略进行优化以解决这一问题。谱图匹配的质量是最重要的衡量肽段鉴定可靠性的标准。因此，对于组蛋白修饰组这样的小数据集来说，完全可以根据谱图质量来筛选高置信度的PSM。由于数据中仅含有少量阳性肽段，筛选出的鉴定结果可以在随后很方便地进行手动验证。通常来说，一个正确的PSM中肽段的碎片离子(fragment ion)应该尽可能多地被匹配到谱图中的离子。因而，我们选择碎片离子覆盖率(fragment ion coverage，FIC)作为筛选高质量PSM的标准。经过一系列的评测，作者证明基于FIC的筛选策略在测试数据集中显著优于基于FDR的筛选策略，而50% 的FIC可以在不引入过多假阳性鉴定的情况下鉴定到所有的正确修饰肽段。　　作者随后对组蛋白修饰组数据更进一步探索发现组蛋白赖氨酸乙酰化(Kac)和一甲酰化(Kme1)和精氨酸一甲基化(Rme1)在测试数据集中被广泛发现共存于目标修饰的肽段上。这些赖氨酸和精氨酸上的背景修饰(尤其是Kac)可以导致酶切效率的降低，产生更长的含目标修饰的肽段，从而使得短肽上的修饰位点被鉴定到。因此考虑这些高丰度的背景修饰可以促进对目标修饰位点的鉴定，同时也有助于对组蛋白修饰crosstalk的研究。在两个测试数据集中，作者证明在搜库时考虑Kac，Kme1和Rme1帮助多鉴定到了45%和75%的组蛋白乳酰化修饰位点。基于以上对搜库分析流程的优化，作者建立了深度组蛋白修饰鉴定分析方法CHiMA (Comprehensive Histone Mark Analysis)。作者在两个测试数据集中对CHiMA进行详细地测试证明其相对传统搜库方法能够多鉴定到近一倍的组蛋白修饰位点。在以上方法开发过程中，所有鉴定结果作者均进行了手动验证以确保准确性。　　作者最后使用CHiMA对组蛋白赖氨酸乳酰化、2 -羟基异丁酰化、巴豆酰化和苯甲酰化的数据进行重分析，发现了113个新的组蛋白修饰位点(histone mark)，将此前的数目提高了几乎一倍。作者手动检查了所有新鉴定位点肽段的PSM质量，并将其分为了高置信度和中等置信度两类，其中后者的PSM可能有如下瑕疵：1) 肽段碎片离子的信号强度过低 2)谱图中高质核比区间(大于母离子质核比)有无法被解释的高强度离子。为了确保这些新鉴定的组蛋白修饰位点的可靠性，作者合成了所有中等置信度的乳酰化和巴豆酰化新鉴定位点的肽段。所有合成肽段的二级谱图均与鉴定肽段的谱图一致，证明了这些新鉴定位点的正确性。除了这些新鉴定位点之外，作者还总结了所有共存于同一条肽段上的修饰组合，并人工合成了其中部分肽段以验证其正确性。　　综上所述，CHiMA提供了第一个专为组蛋白修饰鉴定量身定做的数据分析方法，为组蛋白修饰参与的表观遗传学研究提供了重要工具。在本工作中新发现的组蛋白修饰位点也将为未来表观遗传学的机制研究提供重要的基础。本文的通讯作者为芝加哥大学Ben May癌症研究所的赵英明教授和北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心、北京大学合成与功能生物分子中心的王初教授。赵英明课题组博士后高晋君(王初课题组2019届毕业生)为本文第一作者，明尼苏达大学陈悦教授、北京大学张迪教授、赵英明课题组盛心磊博士等合作者为本课题做出了贡献。该工作得到了国家自然科学基金委、科技部重点研发计划、北京市杰出青年科学家等项目的经费支持。　　文章链接：https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adf1416　　原文引用：DOI: 10.1126/sciadv.adf1416

细胞中的信号转导在很大程度上依赖于蛋白质氨基酸侧链的翻译后修饰状态。当翻译后修饰发生在不同位点、占据不同比例和产生多样的修饰组合，这会使得同一个底物蛋白被“装扮”成了构象、功能、结合伴侣、定位存在巨大差异的蛋白质变体。这激发了研究者们研究蛋白质翻译后修饰的热情。近年来，人们对经典的翻译后修饰如磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、甲基化等已经有了深入了解。然而，有趣的是在赖氨酸残基上仍旧不断有新的酰化修饰如巴豆酰化、丁酰化、丙二酰化、琥珀酰化被发现。同样在赖氨酸残基上，2019年芝加哥大学赵英明教授课题组首次报道了在组蛋白上发现了乳酰化，并且证明组蛋白乳酰化修饰是由乳酸衍生而来的，该修饰在不同的生物学场景中具有和组蛋白乙酰化不重叠的转录调控功能。这无疑是解答了细胞是如何感知代谢变化、启动转录调节机制的一项重要发现。但是有趣的问题尚待解答：乳酰化是一种广泛存在于人类细胞、组织中的翻译后修饰吗？乳酰化可能发生在人类非组蛋白的赖氨酸残基上吗？非组蛋白的乳酰化修饰水平如何，是否具有生物学调控作用？为了解答这些问题，中国药科大学郝海平/叶慧团队联合南京中医药大学王南溪教授进行了探索。他们的最新研究成果Cyclic immonium ion of lactyllysine reveals widespread lactylation in the human proteome于2022年6月27日发表在Nature Methods。该工作首次鉴定并确证了携带乳酰化修饰赖氨酸的多肽所产生的特征环状亚胺离子，应用该离子从现有的非富集、大规模的人类蛋白质组数据资源中挖掘出全新的乳酰化修饰底物蛋白和位点的信息，并通过向代谢酶定点引入乳酰化修饰，初步确证了乳酰化发生在人类的非组蛋白底物上同样具有重要的调控功能。该研究的灵感来自于对蛋白组翻译后修饰研究的规律总结：磷酸化、乙酰化等翻译后修饰均可产生具有诊断意义的特征离子。乳酰化修饰是否也会产生诊断离子？为了验证此猜想，该团队提出在共享的海量人类蛋白质组数据库中探究乳酰化修饰是否存在新的底物。然而，从非富集的蛋白质组数据中检索修饰位点的假阳性率极高，若能发现修饰特异性的特征离子则能通过谱图筛选，显著降低赖氨酸位点存在修饰的假阳性率，揭示真实的修饰靶标，指导后续的生物学功能探索。基于此需求，该团队通过合成和研究模型乳酰化肽段的谱图，首次发现了携带乳酰化修饰赖氨酸的多肽在质谱碰撞室中经过二级断裂会形成链状亚胺离子，该离子经过脱氨环化再形成次生碎片——环状亚胺离子。该团队通过分析化学修饰和生物样本中富集出的阳性乳酰化肽段，再以近十万条人类蛋白质组的非修饰合成肽段谱图作为阴性对照，确证了环状亚胺离子指征乳酰化修饰的灵敏度和特异性，能作为判定数据库搜索获得的乳酰化修饰新位点的金标准。基于该诊断离子策略，研究者从现有的非富集、大规模人类蛋白质组数据资源中挖掘了大量全新的乳酰化修饰底物蛋白及其位点的信息，特别是从2020年Nature Methods[7]发表的多种人类细胞系的蛋白质组热稳定性Meltome Atlas数据资源里发现乳酰化修饰高度富集在糖酵解通路代谢酶这一现象。其中，乳酰化修饰的代谢酶ALDOA在多种人类肿瘤细胞系中具有保守性且修饰占位比高，引发了乳酰化修饰能调节代谢酶活性等功能，进而调控糖酵解通路的猜想。郝海平、叶慧团队进一步联合王南溪课题组，利用先进的化学生物学技术——基因密码子扩展技术，首次实现向靶蛋白ALDOA定点引入乳酰化修饰，发现修饰后酶活性显著降低，揭示了乳酸蓄积后，通过共价修饰糖酵解通路中上游代谢酶，抑制糖酵解活跃度的反馈调节机制，对生物化学领域现有的“终产物抑制”的调控模式进行了补充。综上，该研究表明乳酰化是广泛存在于人类组织、细胞中的一种非组蛋白特异性的翻译后修饰，对非组蛋白的底物蛋白也具有调控功能。该分析策略可为揭示乳酸更多的共价修饰靶标，阐释乳酰化修饰的动态变化与乳酸紊乱在炎症、肿瘤等重大慢性疾病发生发展中的重要作用之间的因果关系，进而发现新的疾病治疗靶点提供线索。2019级博士研究生皖宁和2018级硕士研究生王念为本论文的共同第一作者，叶慧研究员、郝海平教授、王南溪教授为本文的共同通讯作者。该工作获得了王广基院士和江苏省药物代谢动力学重点实验室以及谭仁祥教授和中药品质与效能国家重点实验室（培育）的大力支持。示意图 环状亚胺离子示踪技术揭示保守的乳酰化修饰人醛缩酶，该修饰具有酶活抑制作用作者简介：郝海平教授主要从事代谢调控与靶标发现/确证研究、中药及天然药物体内过程及作用机理研究。提出了“反向药代动力学”、代谢处置导向的作用靶标与机理研究的学术思想；在胆汁酸、色氨酸等内源活性代谢调控研究中取得重要研究成果。在Cell Metab, Nat Commun, Trends Pharmacol Sci等发表代表性工作。叶慧研究员致力于组学技术驱动的小分子靶标发现研究。旨在通过发现疾病状态下紊乱的内源性代谢物的结合靶标蛋白，阐明其调控模式，发现具有转化价值的治疗靶点。代表性工作发表于APSB, Redox Biol, Anal Chem, Mol Cell Proteomics等。王南溪教授的研究兴趣集中在通过基因密码子扩展等技术开发新的蛋白质研究工具，从而探索生命过程和开发生物技术药物。代表性工作发表于JACS, Angew等。郝海平/叶慧团队长期招收具有生物信息学、代谢调控、靶标发现等背景的博士生/硕士生，简历投递邮箱：haipinghao@cpu.edu.cn和cpuyehui@cpu.edu.cn；欢迎报考王南溪教授的博士生/硕士生，简历投递邮箱：nanxi.wang@njucm.edu.cn。文章发表链接: https://www.nature.com/articles/s41592-022-01523-1

p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 基因组编辑是在基因组水平对基因进行精确、定向修饰的一种高效生物技术方法。简单、高效的CRISPR/Cas9编辑体系的出现给生命科学带来了新的技术革命。CRISPR/Cas9通常在基因组靶向位点造成DNA碱基的添加或删除，导致基因功能的缺失。近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组建立了一个通过CRISPR/Cas9高效调控内源mRNA翻译的方法。该方法可通过提高蛋白质翻译效率，增加目标基因的编码蛋白水平。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 蛋白编码基因的表达产物一般受到转录、转录后RNA加工、蛋白质翻译及翻译后加工、蛋白降解等多个水平的调控。真核细胞的mRNA由5’非翻译区（5’Untranslated Region，5’UTR）、编码蛋白的开放阅读框区（Open Reading Fragment）及3’端非翻译区（3’Untranslated Region，3’UTR）构成。研究发现，5’UTR存在一些具有翻译能力的开放阅读框，称为上游开放阅读框（Upstream Open Reading Fragment，uORF）。与之对应，5’UTR之后的开放阅读框被称为主开放阅读框（Primary Open Reading Fragment，pORF）。uORF通常能够抑制下游的pORF的翻译。生物信息学分析表明，uORF在动植物中广泛存在，人、小鼠、拟南芥、水稻、玉米中超过30%的mRNA含有预测的uORF，但还缺乏高效、精细的方法对uORF进行功能研究与遗传操作。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 高彩霞研究组利用CRISPR/Cas9对uORF进行编辑，发现能够显著提高目标基因的翻译效率。通过CRISPR/Cas9编辑拟南芥和生菜中的4个基因的uORF翻译起始区及周边序列，获得了多个相应基因的uorf突变体。这些uorf突变体目标基因的pORF的mRNA翻译水平都有不同程度的提高。其中，通过突变维生素C合成途径中关键基因GGP（GDP-L-galactose phosphorylase）上游的uORF，可使生菜叶片中维生素C含量提高约150%。利用CRISPR/Cas9编辑uORF翻译起始区会出现两种结果：（1）完全破坏uORF的翻译起始能力导致uORF功能缺失；（2）改变uORF的翻译起始密码子（例如ATG突变为翻译起始能力较弱的GTG）及其周边序列，使uORF对pORF的抑制效率发生微调。该研究展示了通过基因组编辑uORF操纵mRNA翻译，调控蛋白质水平在植物分子生物学研究及遗传育种中的应用前景。此外，该方法可能随着新型基因组编辑工具不断出现及方法的进一步优化，而变得覆盖率更广且更易操作。由于uORF在动植物基因中普遍存在，该方法也具有广阔的应用前景。 /p p style=" text-align: justify " & nbsp & nbsp 相关成果于8月6日发表在《自然-生物技术》上。高彩霞研究组副研究员张华伟，博士研究生司小敏、姬祥为论文共同第一作者。该研究得到了科技部、国家自然科学基金委基础科学中心、中科院的资助。 /p p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201808/insimg/db01d975-1e1c-43d2-8ca4-feabbe73f981.jpg" title=" W020180807251428902441.jpg" / /p p style=" text-align: center " CRISPR编辑uORF调控蛋白质翻译水平 /p

蛋白质精氨酸甲基化修饰是一类由精氨酸甲基转移酶（Arginine methyltransferases, PRMTs）介导的翻译后修饰作用。PRMTs不仅能够通过甲基化修饰组蛋白上特定位点的精氨酸来调控下游靶基因的转录活性，还参与修饰了多种非组蛋白类作用底物，以此来影响RNA剪接、蛋白质翻译、细胞周期等一系列细胞生物学行为。近年来，越来越多的证据表明蛋白质精氨酸甲基化水平的失调与恶性肿瘤的发生、发展密切相关。因此，PRMTs作为潜在的肿瘤治疗靶点，逐渐引起了全球科学家的关注。2021年11月19日，威斯康星大学麦迪逊分校医学院许伟教授团队在Nucleic Acid Research上发表题为BAF155 methylation drives metastasis by hijacking super-enhancers and subverting anti-tumor immunity的研究成果。该研究发现，精氨酸甲基化修饰的BAF155蛋白可以通过操纵增强子、破坏机体的抗肿瘤免疫能力，从而促进恶性肿瘤的转移 。BAF155是染色质重组复合物SWI/SNF的重要亚单位之一。2014年，许伟课题组在Cancer Cell发文，首次证实了PRMT4（又称CARM1）能够通过甲基化修饰BAF155蛋白第1064位精氨酸，起到促进三阴性乳腺癌转移的作用【1】。近日，该课题组以基因编辑的乳腺癌细胞系与小鼠模型为基础，结合多组学技术揭示了me-BAF155促进乳腺癌转移的内在分子机制。超级增强子（Super-enhancers, SEs）是基因组中大量增强子富集的转录调控区域。在转录过程中，通过富集多种转录因子和辅因子（BRD4等）来大幅度激活下游靶基因的转录活性。本研究中，作者采用ChIP-seq技术对me-BAF155的基因组结合位点进行全局定位分析，发现me-BAF155和BRD4在SEs处共定位，以此调节关键癌基因的表达水平。CARM1抑制剂（CARM1i）的处理，能够使得me-BAF155和BRD4从SE上解离，减少SE数量，激活干扰素α/γ通路，增强宿主免疫反应，起到抑制肿瘤生长和转移的治疗效果。最后，作者采用VERSA技术分离循环肿瘤细胞，证实me-BAF155在高转移特性的三阴性乳腺癌患者的循环肿瘤细胞中呈稳定、持续的强阳性表达（图1）。该研究首次揭示了me-BAF155在促进恶性肿瘤转移中具有双重作用：通过招募BRD4激活增强子依赖的癌基因转录活性；通过抑制干扰素α/γ通路以削弱宿主免疫反应。尽管CARM1抑制剂具有较低的细胞毒性，但是在体外依然能够显著抑制三阴性乳腺癌细胞的迁移，在体内显著抑制肿瘤生长和转移。因此，作者提出CARM1抑制剂有望被开发成为单独使用的抗癌药物，或与其他治疗药物（如免疫治疗）联合使用，用于治疗转移性恶性肿瘤。另外，相较于现有的CARM1抑制剂，开发me-BAF155（R1064）靶点特异性的小分子抑制剂，有望产生抑癌效果更好、副作用更少的新型抗肿瘤药物。

RNA 分子具有多种修饰，这些修饰在各种生物过程中发挥着重要的调节作用。已在 RNA 分子中鉴定出超过 150 种修饰。N6-甲基腺苷 (m6A) 和 1-甲基腺苷 (m1A) 是哺乳动物的各种 RNA 物种中普遍存在的修饰。除了腺苷的单甲基化(m6A 和 m1A)外，据报道，在腺苷的核碱基中发生的双重甲基化修饰，例如 N6,N6-二甲基腺苷 (m6,6A)，也存在于哺乳动物的 RNA 中。除了 m6,6A 之外，腺苷的核碱基中是否存在其他形式的双重甲基化修饰仍然难以捉摸。2022年9月12日，武汉大学袁必锋团队在Nucleic Acids Research (IF=19)在线发表题为“Formation and removal of 1,N6-dimethyladenosine in mammalian transfer RNA ”的研究论文，该研究报告了在活生物体的 tRNA 中存在一种新的腺苷双甲基化修饰，即 1,N6-二甲基腺苷 (m1,6A)。该研究证实 m1,6A 位于 tRNA 的第 58 位，并且在哺乳动物细胞和组织中普遍存在。tRNA 中 m1,6A 的测量水平范围为 0.0049% 至 0.047%。此外，该研究证明了 TRMT6/61A 可以催化 tRNA 中 m1,6A 的形成，并且 m1,6A 可以被 ALKBH3 去甲基化。总的来说，m1,6A 的发现扩大了 RNA 修饰的多样性，并可能引发新的 tRNA 修饰介导的基因调控途径。　　除了四种典型的核碱基之外，RNA 分子还带有多种修饰。近年来，为了揭示和表征 RNA 上存在的修饰，人们付出了巨大的努力，这些修饰具有调节 RNA 代谢的潜力。据报道，超过 150 种不同类型的修饰存在于各种 RNA 。RNA 分子中这些自然发生的修饰在影响 RNA 结构方面发挥着关键作用，也拓宽了我们对 RNA 分子功能的理解。以类似于 DNA 的方式，越来越多的证据表明 RNA 分子中的这些修饰参与调节 RNA 过程。甲基化是哺乳动物 RNA 分子中最普遍的修饰。据报道，N6-甲基腺苷 (m6A) 和 1-甲基腺苷 (m1A) 的两种异构腺苷甲基化修饰广泛存在于哺乳动物的不同 RNA 中。m6A 存在于真核信使 RNA (mRNA)、转移 RNA (tRNA)、核糖体 RNA (rRNA) 和非编码 RNA (ncRNA)。近年来对 m6A 的深入研究表明 m6A 与广泛的关键功能有关，从细胞发育和分化 、应激反应到癌症的发展 。在分子水平上，m6A 参与 RNA 稳定性、翻译调控和 microRNA 生物合成 。m1A 是一种修饰，主要在 rRNA 和 tRNA 的保守位点中观察到。m1A 也在哺乳动物 mRNA 中发现，在 5' 非翻译区 (5' UTR) 中富集。RNA 中的 m1A 可以影响核糖体的生物合成，对环境应激作出反应，并介导细菌的抗生素耐药性。　　文章模式图(图源自Nucleic Acids Research )　　除了腺苷(m6A和m1A)的核碱基上的单甲基化外，据报道，腺苷的核碱基中发生的双重甲基化修饰，例如N6，N6-二甲基腺苷(m6,6A)也存在于RNA中。m6,6A 是在人类 18S rRNA 中发现的保守修饰，在核糖体生物发生中起关键作用 。由于 m1A 和 m6A 都是哺乳动物 RNA 中普遍存在的修饰，研究人员推测除 m6,6A 之外的二甲基化腺苷，例如 1,N6-二甲基腺苷 (m1,6A)，可能存在于 RNA 中。然而，与 m6,6A 不同的是，m1,6A 从未在包括古生菌、细菌和真核生物在内的三域系统的生物体中被发现。RNA 中 m1,6A 的存在仍然是一个悬而未决的问题。在这项研究中，报道了哺乳动物细胞和组织的 tRNA 中存在一种新的腺苷双甲基化修饰，即 m1,6A。值得注意的是，该研究证明了 m1,6A 位于 tRNA 的第 58 位。此外，该研究证明了 TRMT6/61A 负责 tRNA 中 m1,6A 的形成，而 ALKBH3 能够使 tRNA 中的 m1,6A 去甲基化。总的来说，m1,6A 的发现扩大了 RNA 修饰的多样性，并可能引发新的 tRNA 修饰介导的基因调控途径。

研究背景蛋白质脂化在几乎所有与膜相关的生物学途径中都起着核心作用，例如细胞信号传导、蛋白质分泌、细胞死亡和免疫。然而，由于脂化是高度可变的，可逆的，并且经常与其他蛋白质翻译后修饰相互交叉影响，大多数蛋白脂化的生理功能仍然不明确，常见的功能缺失诱变方法对于探索蛋白质脂化往往效果不佳。研究内容2023年8月，浙江大学生研院林世贤课题组在 Nature Chemical Biology（自然化学生物学）杂志发表了题为“Computational design and genetic incorporation of lipidation mimics in living cells”的研究成果，报告了一种设计脂化模拟的计算方法。研究团队建立了一个工程系统，用于将这些脂化模拟物整合到大肠杆菌和哺乳动物细胞中几乎任何所需的蛋白质位置。这项研究策略能够实现数百种蛋白质脂化的功能获得研究，促进了卓越治疗候选药物的创造。在该研究中，为了证明基因编码脂质模拟物在设计和合成治疗候选药物中的效用，研究人员使用Monolith分子互作仪检测了人血清白蛋白HSA和脂质模拟改造的多肽药物GLP-1变体之间的相互作用。GLP-1-K20-4HexyF和GLP-1-K20-4OctyF对HSA的Kd值分别为2.31 μM和0.58 μM，分别比GLP-1-K20-HepoK的15 μM增加了6.5倍和25.9倍。相比之下，野生型(WT) GLP-1未检测到结合，表明增强的结合是由脂质模拟介导的。图：MST分析多肽药物GLP-1变体对人血清白蛋白HSA的亲和力https://doi.org/10.1038/s41589-023-01400-8IF: 14.8 Q1技术优势Monolith系列仪器可以直接检测带有荧光标记（如CY5）的多肽与其他分子间的相互作用，也可以检测经过荧光标记的蛋白与无荧光的多肽分子间的相互作用。检测不依赖于分子量的改变，样品用量少，仅需10分钟就可获得精确的Kd值。

近日，北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心王初课题组在Journal of American Chemical Society杂志上发表题为“Quantitative Site-Specific Chemoproteomic Profiling of Protein Lipoylation”的研究文章。在这项工作中，作者发展了新型的用于捕获硫辛酰化修饰的化学探针，并结合定量化学蛋白质组学的技术，首次实现在大肠杆菌和哺乳动物细胞中的硫辛酰化修饰位点全局性鉴定与定量，并对大肠杆菌中特定底物蛋白中三个硫辛酰化修饰位点的调控和硫辛酰化修饰合成酶的功能进行了研究。 硫辛酰化修饰是一种通过酰胺键将硫辛酸共价连接到蛋白质赖氨酸残基上的翻译后修饰。硫辛酰化修饰在进化中高度保守，并且位于细菌和哺乳细胞核心代谢途径几种重要蛋白质复合物（丙酮酸脱氢酶复合物，酮戊二酸脱氢酶复合物和支链酮酸脱氢酶复合物）的活性口袋中，作为关键辅因子发挥着重要的催化作用。硫辛酰化修饰的失调与人类代谢紊乱、癌症等疾病相关。因此，加深对硫辛酰化修饰调节的理解对于研究与这些疾病相关分子机制具有重要的意义。 早期工作主要通过结构生物学和生物化学的方法对单个蛋白硫辛酰化修饰进行研究。近些年来，科学家们通过将基于抗体或化学连接的方法与基于质谱的蛋白质组学技术结合，实现了不同细胞类型和组织中硫辛酰化修饰的检测。然而，硫辛酰化抗体的结合亲和力不足，无法实现对所有硫辛酰化修饰蛋白进行鉴定。最近，北京大学陈兴课题组发展了一种化学连接策略用于硫辛酰化修饰蛋白的鉴定（Angew. Chem. | 蛋白质硫辛酰化修饰的化学标记），但未能实现在组学层面对硫辛酰化修饰位点的定量分析和检测。而使用选择反应检测扫描（SRM）的方法则可以实现对特定的底物蛋白二氢硫辛酰胺乙酰转移酶（DLAT）中硫辛酰化修饰位点进行相对定量，但很难实现对所有的硫辛酰化修饰位点进行全覆盖。因此，到目前为止，仍然缺乏一种用于全局分析蛋白质组中蛋白质硫辛酰化修饰的位点特异性鉴定和定量的方法。本论文发展了一种标记硫辛酰化修饰的探针和一套具有位点分辨率的定量化学蛋白质组技术。作者受醛基基团保护策略中常用的基于硫缩醛的方法启发，设计了丁醛探针BAP。该探针中含有醛基，可与硫辛酰化修饰发生缩合反应，并结合生物正交基团炔基，通过铜催化的点击化学反应引入可切割的富集标签。作者结合底物序列分析结果，使用V8蛋白内切酶Glu-C代替常规的胰蛋白酶Trypsin，实现了对大肠杆菌中所有已知硫辛酰化修饰位点的鉴定。在大肠杆菌中，其中一个蛋白底物二氢硫辛酰赖氨酸乙酰转移酶ODP2上含有三个修饰位点，在Glu-C进行酶切后会产生完全一致的肽段序列。为了能够对ODP2中三个硫辛酰化修饰位点进行区分，作者巧妙地利用修饰肽段下游的序列来代表三个硫辛酰化修饰位点，结合稳定同位素二甲基化定量的方法，开发出一种能够将ODP2上三个硫辛酰化位点进行区分定量的流程。利用发展的大肠杆菌硫辛酰化修饰位点定量策略，本研究对ODP2中三个硫辛酰化修饰任意的单突变和双突变组合菌株中硫辛酰化修饰状态进行分析。实验结果显示，ODP2中三个硫辛酰化修饰位点在体内的调控是相对独立的，并且当体内感受到整体的硫辛酰化修饰降低到一定限度时，会启动一定的补偿调控机制。作者进一步在大肠杆菌中探究了硫辛酰化修饰从头合成途径（由辛酸转移酶LipB和硫辛酰化合成酶LipA级联介导调控）和硫辛酰化修饰直接合成途径（由硫辛酸蛋白连接酶LplA调控）在硫辛酰化修饰合成过程的重要性。作者对三个硫辛酰化修饰合成酶LplA、LipB和LipA进行敲除，利用开发的位点定量流程对大肠杆菌中所有已知硫辛酰化修饰位点进行定量。实验结果显示，在营养充足的情况下，从头合成途径比直接合成途径起了更重要的作用。同时LplA在辛酸充足的条件下能够发挥与LipB类似的辛酸转移酶的功能。但是相比之下，LipB是体内更为重要的辛酸转移酶。作者接下来将该定量化学蛋白质组学流程运用到哺乳细胞体系中。作者发现，在人源细胞大多数的硫辛酰化修饰肽段都含有两个酸性氨基酸，这严重影响了质谱正离子检测模式下肽段的检测效率。为了解决这个问题，作者在常规的酸切标签DADPS的结构中引入了一个额外的氨基，发展了新一代酸切割的生物素叠氮标签CY58。利用新型的电离辅助亲和标签CY58，结合二甲基化标记定量策略，作者成功地实现了对人源细胞中所有已知的六个硫辛酰化修饰位点进行定量。最后，作者利用BAP探针结合质量标签的方法，成功地实现对甘氨酸裂解系统 H 蛋白（GCSH）中硫辛酰化修饰的修饰率进行测量，未来有望进一步在蛋白质组水平上直接检测所有蛋白中硫辛酰化修饰的修饰率。总之，本工作为组学层面的硫辛酰化修饰位点定量分析提供了强有力的工具，极大地助力了硫辛酰化修饰位点的功能研究。本文的通讯作者为北京大学化学与分子工程学院、北大-清华生命联合中心的王初教授。其指导的化学与分子工程学院2016级博士研究生赖书畅和博士后陈颖博士为本文的共同第一作者。王初课题组杨帆博士，肖伟弟博士和刘源博士等合作者为本课题做出了突出的贡献。该工作得到了科技部、基金委、北京分子科学国家研究中心、教育部生物有机和分子工程重点实验室的经费支持。

在阿尔茨海默病（AD）进展中，存在beta淀粉样蛋白（β-Amyloid，Aβ）的积累。Aβ在受影响的脑组织区域形成病理性聚集，被认为与AD的发生、进展和表型密切相关。多种翻译后修饰（如磷酸化、硝基化、糖基化等）对Aβ的病理性聚集及体内生物活性具有重要且不同的调控作用。在AD患者脑内，多种病理相关蛋白的糖基化位点、数量和水平都发生了显著性改变，表明了糖基化修饰在AD发生和发展中的重要意义。2011年，科学家对AD病人脑脊液中的Aβ片段进行鉴定，检测到之前未在哺乳动物中发现的酪氨酸O-糖基化修饰，然而由于天然来源的翻译后修饰蛋白丰度低、微观不均一等困难，Aβ糖基化修饰的生物学功能及在疾病中的作用尚未能得以阐释。　　近日，中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心刘聪课题组与北京大学药学院董甦伟课题组合作，在J. Am. Chem. Soc.上发表题为O-Glycosylation Induces Amyloid-β to Form New Fibril Polymorphs Vulnerable for Degradation的研究论文，利用化学合成策略构建了一系列含不同O-糖基化修饰的均一结构Aβ，并系统研究了糖基化修饰对Aβ病理性聚集的调控作用及其构效关系。　　该研究中，研究人员首先合成了三种O-糖修饰的酪氨酸砌块，糖基分别是α-GalNAc, Galβ1-3GalNAc和Neuα2,3Galβ1-3GalNAc。然后，通过固相多肽合成策略将上述三种酪氨酸砌块制备相应的Aβ糖肽。然而，Aβ含有较多大位阻氨基酸，且自身疏水性强、容易聚集，再加上糖基的引入，给Aβ糖肽的合成带来了不少困难。为了克服这些合成难题，研究人员利用微波辅助的合成策略以及多赖氨酸亲水标签等方法，以较高效率获得了结构均一、含有不同O-糖修饰的Aβ糖肽。他们进一步对三种Aβ糖肽和不含糖链的Aβ多肽进行性质表征，发现糖基化修饰能够显著抑制Aβ的聚集，并且抑制效果与糖链结构相关。通过对Aβ聚集/解聚动力学的进一步研究，表明糖基修饰可以降低纤维结构的稳定性。在酶解实验中，糖基修饰的Aβ纤维表现出了更差的酶解稳定性。　　为进一步阐述糖基化修饰降低Aβ纤维稳定性的分子机理，研究人员通过冷冻电镜技术（Cryo-EM），获得了Galβ1-3GalNAc糖型Aβ纤维的3.1埃近原子级分辨率结构。糖基修饰的Aβ组装形成了一种全新的淀粉样纤维结构，其纤维核心由6-42位氨基酸残基组成，并且在Tyr10残基侧链附近可以观察到修饰糖基的电子密度。通过与未修饰的Aβ纤维核心结构进行比较，研究发现Tyr10的糖基化会增大其与相邻氨基酸残基的空间位阻，从而导致整个Aβ纤维核心结构的重排。相较而言，糖基化Aβ纤维的结构具有更小的原纤维间交互界面，且仅由两对盐桥（Asp23和相邻原纤维的Lys28）所维持。这为糖基化修饰降低Aβ纤维稳定性提供了分子层面的解释。　　该工作首次发现糖基化修饰在动态调控Aβ病理性聚集方面的重要功能，为后续研究不同糖基修饰对神经退行性疾病病理蛋白聚集的生物活性及病理毒性的调控作用，提供了有利的研究工具及新的研究思路。该工作得到了国家自然科学基金委、北京市自然科学基金委和中科院稳定支持基础研究领域青年团队计划的资助。　　论文链接

PerkinElmer 公司新产品 ICP-MS NexIONTM 300 的最佳中文广告翻译征集活动已经完成创意收集，五个候选广告翻译最终选出。 十分感谢大家的热心参与及支持，截至5月31日，经过了两个月的收集，我们共收到了近千条参与者提供的广告翻译创意。在这么多的创意中进行取舍是件非常困难的事情，经过多轮艰苦的仔细筛选与讨论，并根据收到创意时间的先后顺序，该项目的评审委决定了最终以下五个候选广告翻译作为下一轮竞争者。 他们是： 我能，尽显其能！ 作者：曾瑞新单位：浙江省环境保护科学设计研究院心想试成作者：王冠单位：北京莱伯泰科仪器有限公司 做事情，我有我方式！ 作者：张戴玲单位：浙江贝奇尔医疗用品有司 随您所思 测您所想 作者：金广庆单位：中山大学测试中心 想到做到 作者：韩宝媛单位：威斯特北京机械设备有限公司 按照此次活动的规定，这些创意的作者每人将获得RMB1,000元的奖励。 目前，网络投票工作已经开始，在接下来的两个月中，大家可以登陆PerkinElmer公司的网站或点击 参与投票，在五个创意中，选出您心目中认为可以真正反映PerkinElmer公司NexIONTM 300 ICP-MS英文广告 "Do Things the Way You Want” 精髓的翻译。 最佳中文翻译的最终五千元大奖的结果将在7月底全国质谱大会暨第三届世界华人质谱研讨会上揭晓。 所有选中最佳翻译的投票者将可以参加9月慕尼黑上海分析生化展（analytical China 2010）在PerkinElmer公司展台的现场抽奖，将有五位幸运者获赠上海世博入场券一张。请积极参与投票，开启您的精彩世博之旅机会！

若要实验室分析工作得心应手，除了性能优异的硬件，功能强大的软件也是必不可少。作为提高工作效率、将分析人员从繁重的方法摸索过程中解放出来的利器，液质方法包的出现降低了质谱分析门槛、提高了实验室分析通量。 液质分析方法包一般包括预先设置好的方法文件，包括LC分离条件，MS离子源参数，最优化的MRM参数，各目标化合物的保留时间等，以及用于输出定量结果的报告模板。只需准备指定色谱柱、流动相以及标准品就可以开始分析工作了。方法包导入后，还可以根据HPLC的配置进行保留时间的修正。用户也可以直观地追加或删除目标成分，自行创建感兴趣化合物的目标成分表。 本期将为您介绍的是修饰核苷分析方法包。 背景 修饰核苷是评价新冠肺炎（COVID-19）严重程度的候选生物标志物，本方法包提供完整的修饰核苷定量分析方法。 RNAs（核糖核酸）是蛋白质合成的重要化合物，现在已知一些 RNAs 会被酶修饰。这些修饰的RNAs在细胞质中被分解，原来的核酸碱基被重新利用，被修饰的部分被分泌出来，随后通过尿液排出体外。近年来，测定修饰核苷在各种传染病和其他疾病的研究中变得极为重要。熊本大学 Kazuhito Tomizawa 教授的研究小组进行的研究表明，修饰核苷与新冠肺炎（ COVID-19）症状的严重程度有关。 在基于这些结果的联合研究中，开发出一种快速定量分析血清和尿液中特定修饰核苷的方法。该方法包提供了优化的分析条件，包括色谱分析条件和MS参数，用于测定两种类型的修饰核苷和标准化因子。它还包括血清和尿液样本的样品制备方法示例。因此，无需经历耗时的方法开发过程，即可利用该产品分析尿液和血清中特定的修饰核苷。 应用 该方法包提供从样品制备到分析结果的完全解决方案，仅需6分钟即可测定血清和尿液中的修饰核苷。 血清样品中修饰核苷分析 小结 LC/MS/MS修饰核苷分析方法包特点：◆ 包括用于血清和尿液样品的制备方法。◆ 快速且高度稳定的色谱分析条件（六分钟内）。◆ 优化的 MS/MS 参数。◆ 无需摸索条件、即时可用的方法，适用于LCMS-8050/8060和LCMS-8060NX。 注：本产品仅用于研究，不能用于医疗诊断目的。

大家好，本周分享一篇发表在ACS central science上的文章，题目是Redirecting RiPP Biosynthetic Enzymes to Proteins and Backbone-Modified Substrates，通讯作者是来自UC伯克利分校的Matthew B. Francis教授和Alanna Schepartz教授。核糖体合成和翻译后修饰多肽 (RiPP，Ribosomally synthesized and post-translationally modified peptides) 是肽衍生的天然产物，具有强效的抗菌、抗病毒和抗癌特性。RIPP 生物合成始于核糖体合成的多肽，其 N 端先导序列 (~20–110 aa) 会招募一种或多种能够对相邻 C 端底物序列进行多种翻译后修饰 (PTM) 的内源酶。环化脱水酶和脱氢酶是其中研究得非常充分的 RiPP 酶。这些酶共同催化分子内环化和随后的芳构化反应，在多肽链中安装恶唑啉/恶唑和噻唑啉/噻唑杂环。Naismith 及其同事设计了一个环化脱水酶家族，先导肽与脱水酶催化剂的 N 端而不是与底物多肽的N端相融合。这些酶，尤其是LynD Fusion (LynD-F)和 MicD Fusion (MicD-F)，以不依赖先导肽的方式发挥作用，以促进含有 C 末端上Ala-Tyr-Asp (AYD) 识别序列的多肽环化脱水。此外， Schmidt 和同事证明了两种脱氢酶 ArtGox 和 ThcOx 也接受无先导肽底物。总而言之，与基于嵌合先导肽或先导肽交换的方法不同，这些酶代表了一种完全无先导的途径得到安装噻唑和恶唑键的多肽。在本文中，作者报告了使用 MicD-F和 ArtGox共同作用来处理含有多种翻译相容的氨基苯甲酸衍生物和 β-氨基酸的多肽底物，得到含恶唑啉/恶唑和噻唑啉/噻唑杂环的骨架。作者在测试中发现，MicD-F 和 ArtGox 在 +1 位点（环化反应位点前一个残基）和-1位点（环化反应位点后一个残基）均接受具有不同结构的底物，且-1 位点对非α-氨基酸单体的耐受性低于 +1 位点。作者进一步实验证明，RiPP 生物合成酶可以重定向到完整的折叠蛋白。他们发现MicD-F 和 ArtGox 可以在蛋白质loop和linker安装杂环骨架，而不会破坏天然的三级折叠。即使插入的 CAYD 序列在mCherry（一种大的 β-桶蛋白）的C 末端，或是嵌入在二聚体 α-螺旋束蛋白 Rop中的loop区，仍然可以得到折叠完好的球蛋白产物，其中含有构象受限的、完全非天然的杂环骨架。作者认为他们的研究代表了第一个在环化位点旁边含有多种非α-氨基酸单体的多肽中进行无前导azol(in)e生物合成的例子，以及第一个含有翻译后安装的杂环的折叠蛋白。作者还通过计算揭示了这些杂环限制构象空间的程度；它们还在合成中消除了肽键——这两种特征都可以提高稳定性或增加接头序列的功能，这在新兴的生物治疗药物中很常见。作者认为这项工作提出了一种扩展蛋白质组的化学多样性的一般策略。本文作者：Cyao责任编辑：LDY原文链接：https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acscentsci.1c01577文章引用：DOI：10.1021/acscentsci.1c01577

一、项目基本情况项目编号：GR23A064ZHG0039项目名称：云南大学生命科学学院大型仪器平台建设进口科研蛋白修饰鉴定及成像项目采购预算金额（万元）：1870最高限价（万元）：1870采购需求：蛋白质翻译后修饰鉴定系统 1 套低于光学衍射极限共聚焦成像系统 1 套模式生物深度成像系统 1 套合同履行期限：以采购人及中标人具体签订合同内容为准。本项目（否）接受联合体投标。二、获取招标文件时间：2023-11-01 00:00至2023-11-10 23:59，每天上午00:00至11:59，下午12:00至23:59（北京时间，法定节假日除外）地点：云南省公共资源交易信息网（https：//ggzy.yn.gov.cn/#/homePage）方式：本项目采用电子招标投标，投标人必须在云南省公共资源交易信息网（https://ggzy.yn.gov.cn/#/homePage）获取电子招标文件。网上获取招标文件：凡有意参加投标者，请于文件获取截止时间前（北京时间，下同），进入“云南省公共资源交易信息网”（http://ggzy.yn.gov.cn/#/homePage），从投标入口进入“云南省公共资源交易系统”，使用CA数字证书进行登录，在我要投标模块下【确认投标】菜单中针对要参与投标的项目确认投标。确认投标之后，点击【下载采购文件】菜单，选择参与投标的项目即可查看和下载采购文件（电子招标文件，格式为*.ZCZBJ）及其他附件等文件售价（元）：0三、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。1.采购人信息名 称：云南大学地址：云南省昆明市呈贡区雨苍西路联系方式：刘老师 0871-650328502.采购代理机构信息名 称：云南冠睿咨询有限公司地址：云南省昆明市西山区万达广场南塔32层3201号联系方式：0871-65511240王彦飞、刘晓云、张振荣、蒋兴杰、杨益鑫、肖枝莲、戚玮薇3.项目联系方式项目联系人：邓楚卿、汪怡含、丁传觐、王国玺、吴翊、祝欣、李腾芳、陈沿锦电　话：0871-65511240、65511241

蛋白质是构成生物体的主要成分，同时也是生命活动的主要承担者。具有生物学功能的蛋白质往往具有特定的空间结构，而蛋白质结构在多个层级上被定义，其中一级结构，即氨基酸的种类和排列，最为重要，它可以决定蛋白质的高级结构。但一直以来，想要直接读取蛋白质的一级结构是十分困难的，在大多数情况下，科学家们会根据基因序列和氨基酸密码子表来“破译”蛋白质的氨基酸序列。然而，由于转录后修饰和翻译后修饰的存在，破译结果并非完全正确，甚至与真实的氨基酸序列有很大差异。2021年11月4日，荷兰代尔夫特理工大学的研究人员在 Science 期刊上发表了题为：Multiple rereads of single proteins at single–amino acid resolution using nanopores（利用纳米孔在单氨基酸分辨率下对单蛋白质进行多次重读）的研究论文。该研究利用纳米孔测序技术成功扫描并读取单个蛋白质的氨基酸序列：线性化的DNA-肽复合物缓慢通过一个微小的纳米孔，根据电流的变化和强度，研究人员就能读取相关的蛋白质信息内容，直接对蛋白质的氨基酸序列进行测序。蛋白质是生命活动的主要承担者。事实上，所有生物的蛋白质都是由大约20种不同的氨基酸组成的长肽链，就像项链上有不同种类的珠子一样。遗憾的是，目前的蛋白质测序方法价格昂贵，而且不能检测许多稀有蛋白质。近年来发展起来的纳米孔测序技术，已经能够直接扫描和排序单个DNA分子。如今，这篇发表在Science 上的研究表明，我们完全可以以类似于DNA纳米孔测序的方式直接读取蛋白质的氨基酸序列。本研究的通讯作者 Cees Dekker 教授表示：在过去的30年里，基于纳米孔的DNA测序已经从一个想法发展成为一个实际的工作设备，并成功开发了商业化的便携式纳米孔测序仪，服务于价值数十亿美元的基因组测序市场。在我们的论文中，我们将纳米孔的概念扩展到单个蛋白质的读取。这可能会对基础蛋白质研究和医学诊断产生重大影响。牛津纳米孔开发的纳米孔基因测序仪直接读取氨基酸序列对于如何利用纳米孔读取肽链中的单个氨基酸的特征，这篇论文的第一作者 Henry Brinkerhoff 博士打了一个形象的比喻：“想象一下，一个肽链中的氨基酸链就像一条项链，上面有不同大小的珠子。然后，你打开水龙头，慢慢地把项链送入下水道，也就是纳米孔。如果在某个时间点是一颗大珠子，它会堵塞下水道，那里面的水也就成了涓涓细流。相反，如果是一颗小珠子，那么下水道剩余的空隙就会比较大，水流也更大。”用纳米孔肽阅读器直接读取氨基酸序列因此，通过这项技术，研究人员可以非常精确地测量纳米孔的电流大小，并以此推测相应的氨基酸种类。更关键的是，这个过程并不会影响肽链的完整性，因此我们能够一次又一次地读取单个肽链，然后对所有数据进行拟合，从而以基本上100%的准确率获得肽链的序列组成。解旋酶（红色）拖动连接了多肽（紫色）的 DNA 分子（黄色），使其缓慢通过纳米孔（绿色），从而通过读取电信号（橙色高亮）表征多肽的氨基酸序列。条形码般的识别精度为了进一步验证这项技术的准确性，研究人员改变了肽链的某个氨基酸，然后能够检测到显著差异的电信号，表明该技术是极其灵敏的。事实上，这项新技术在识别单个蛋白质和绘制它们之间的细微变化方面非常强大，打个形象的比方——就像超市的收银员通过扫描条形码来识别每个产品一样。这也可能为未来的蛋白质从头测序提供新的途径。纳米孔肽阅读器可以区分单氨基酸替代的单肽Henry Brinkerhoff 博士表示：这项方法可能为未来蛋白质测序奠定基础，但就目前来说，蛋白的从头测序仍然是一个巨大的挑战。我们仍然需要大量描述来自不同序列的电信号，以便创建一个对应电信号和蛋白质序列的“密码表”。但即便如此，该研究已经能够成功分辨蛋白质序列中的单个氨基酸的改变，这无疑是一项重大进步，也将产生许多直接应用。看见生物学的“暗物质”https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4381

随您所思 测您所想 - PerkinElmer ICP-MS NexIONTM 300型电感耦合等离子体质谱仪 致力促进环境、材料和消费品的安全应用中的元素分析 自今年三月至五月, PerkinElmer开展了一连串的ICP-MS NexION™ 300巡回讲座及最佳中文广告翻译创意征集活动后，反应非常熱烈，我们共收集到近千个广告翻译创意。经过该项目的评审委多轮筛选与讨论，最后五强候选广告翻译创意终于在六月初公布并开展了网络投票。 两个多月来得到了您们的支持，我们共收到近七百个投票响应。七月三十一日我们在2010年全国质谱大会暨第三届世界华人质谱研讨会上把ICP-MS NexION 300TM 最佳中文广告翻译结果揭晓了。在此，谢谢您们对这个活动的一直支持！ 得奖者：金广庆先生 单 位：广州中山大学测试中心 所有选中最佳翻译的投票者将可以参加9月PerkinElmer 在慕尼黑上海分析生化展（analytical China 2010）展台上的现场抽奖，届时，将有五位幸运儿诞生，获奖者将赠送上海世博入场券一张。请留意PerkinElmer网站最新信息。 随您所思 测您所想 - PerkinElmer ICP-MS NexIONTM 300型电感耦合等离子体质谱仪致力促进环境、材料和消费品的安全应用中的元素分析；其功能先进、使用简便的全新原子光谱平台，适于各类应用，检测能力可达万亿分之一！

与我们一衣带水，「与子同袍」的日本医疗同道，从2020 年初的第一波疫情冲击开始，一直遭受不间断疫情挑战，至此，已经经历第八波冲击。疫苗的普及以及奥密克戎毒株的致死性减弱，一部分让人对情况变化感到放松，但12月初“新十条”的逐渐落地和实行，COVID-19 在中国国内加速流行，依然给医疗资源带来了很大的负担。他山之石，可以攻玉。日本过去两年的经历，为我们提供了对 COVID-19相对立体的认识，中国医科大学日本校友会组织了数十名校友，为我们紧急地翻译出日本厚生省编制的《新型冠状病毒肺炎COVID-19治疗手册（第8.1版）》治疗方针及其它相关资料。该手册内容含括七个章节，分别是日本同道对COVID-19的病原体（流行病学特点）认识、临床特征、诊断和上报方式、临床分型及管理、药物治疗原则、院内感染对策，以及出院标准、隔离解除标准等工作细节。一嘉医课（J-Academy）获得了团队的特别授权，对本手册的翻译、制作团队进行了简短的采访，并在本文中对该手册的关键内容进行分享。另外，文末为各位提供其双语全文文档的免费阅读和下载入口，希望上述内容能为新冠流行中辛苦奋斗的同仁们提供一些参考。中国医科大学日本校友会翻译团队访问J-Med：可以为我们介绍一下参与翻译/制作这个治疗手册的团队吗？本次完成这本手册翻译和制作的是中国医科大学日本校友会。这是一群活跃在日本和中国的医疗及科研第一线的医学博士的团体，校友们拥有共同的祖国和母校，也都曾经或正在日本留学或工作。部分校友持续关注着中日两地新冠相关的医疗更新信息，日本在过去两三年面对疫情时，累积的经验可能对目前正在经历感染高峰的国内医疗机构有一定的支持，因此我们在短暂的信息交流后，决定在校友会内部招募翻译工作人员，并迅速进行排版和发布，希望能对国内同行有一点启发性帮助。J-Med：这本手册的信息是否会因为中日两地有差异而无法直接使用？我们也有过这个担忧，但是最终打消了疑虑。这主要有几个方面的考虑：首先，目前日本流行的新冠毒株是以奥密克戎为主，这和中国目前流行的毒株是近似的，因此感染者的临床表现和相关流行病学表现有近似性。其次，因为日本和中国的人种都是东亚人种，我们认为不同人种因其基因表现的多样性，因此可能在感染后出现一些细微的差异，但日本人和中国人在这方面的差异上较小，因此此手册的内容还是有一定参考性。再次，我们在组织翻译之前，对手头上掌握的资料进行了梳理。发现这个手册在今年经历两次更新，一次是 2022年2月，一次是2022年10月，我们选用了10月更新的8.1版本进行了制作，希望用最新的资讯来满足目前的信息需求。J-Med：你们在翻译制作这个手册过程中，对这个手册中的内容最突出的感受是什么？确实是有几点突出表现。首先是这个手册的每一部分内容所应用的证据都会分别非常清晰地展示在该部分的结尾，而且其所属的证据级别亦非常清晰地陈列，专业人士可以根据其展示有选择地溯源或进一步了解。其次是日本人的工作事无巨细的特点，亦反映在这个工作手册中。我们在翻译过程，发现手册的编写人员，把很多的真实世界场景提前考虑到，使用本手册内容对工作进行指导，你会发现你工作中下一步遇到的问题手册中亦有解决的方案供参考。因此我们作为临床工作人员，感觉实操性较强，是一本真正的指导手册。J-Med：这本手册适用于什么样的人群阅读和使用呢？这本手册覆盖的内容非常广泛，它全文包含七章，从微观层面对COVID-19的病原体（流行病学特点）认识，到临床特征、诊断和上报方式、临床分型及管理、药物治疗原则、院内感染对策，亦包含关于出院标准、隔离解除标准等管理工作细节。另一方面，这本手册的用语比较平直显浅，不论是日语原文还是中文翻译，都是阅读比较轻松的感觉。因此，我们认为不论临床工作人员、院感控制人员，参与卫生管理工作的人员，还是对于普通感染者、未感染者；不论较高级别的教学医院，或者基层卫生机构都适用。虽然无法完全套用上面的内容，但拿到这本手册，读起来都会有属于自己的收获。这本《COVID-19治疗手册》主要讲了什么？下文根据国内读者较为关心以及讨论较多的主题，精简部分内容呈现给读者，全文内容可在文末扫码免费获得。1. 关于变异株和病死率至2022 年 9 月，世界范围内检测出的病毒几乎都是奥密克戎，BA.5谱系已成为其中的主要流行株。而同时，参考世界卫生组织 (WHO)等的评级意见，日本国立感染症研究所依据传播能力及抗原性变化， 认为日本国内最值得关注的 SARS-CoV-2 的变异株 Variants of Concern (VOC)为 B.1.1.529 谱系 (奥密克戎)。其他变异株状况请见表1-1。现在流行的奥密克戎株，虽然感染人数有史以来最多，但是需人工呼吸治疗的重症患者较少。另一方面，以超过 80 岁的高龄老人为主的死亡人数也是有史以来最多的 (图 1-2)。2. 奥密克戎和流感没有区别吗？SARS-CoV-2 首先感染鼻咽部的上呼吸道。多数患者在症状开始后约一周痊愈，部分患者会发展至下呼吸道，此外，也有患者进展为急性呼吸窘迫综合症 (ARDS)。根据日本 COVID-19 住院患者登记表 (COVIREGI-JP)，在流行初期 (2020年3月至2020 年7月) 2636 例住院病例的重症情况为：无需给氧治疗 (62%)、给氧治疗(30%) 和机械通气 (9%)。并发症中，血栓栓塞被认为是 COVID-19 的特点之一，并可导致死亡。重症患者通常具有高龄和肥胖等危险因素。儿童一般病情较轻，但若有严重基础疾病，有必要予以注意防止重症化。此外，部分孕妇也可能容易发生重症。仅凭临床症状很难区分 COVID-19 和流感。根据当地疫情情况，诊疗同时有发热和呼吸道症状的患者，考虑到流感和 COVID-19 两种可能性，需要同时检测。3. 哪些人可能会出现重症？截至 2022 年 6月30日，根据日本的行政联络和上报情况，通常将以下列为重症化的危险因素。患者重症化程度评估和预后预测的潜在生物标志物，国内外进行了大量研究。通过对这些辅助的灵活应用，医疗质量将得到提高，医疗资源将得到有效利用。根据最近的一项荟萃分析 (32 项研究；10491 名住院患者)，以下 10项标志物和机械通气及死亡相关性显著增加： (1) 淋巴细胞减少症 (2) 血小板减少症 (3) D-二聚体增加 (4) CRP 增加 (5) 降钙素原增加 (6) 肌酸激酶增加 (7) AST 增加 (8) ALT 增加 (9) 肌酐增加 (10) LDH 增加等4. 疫苗预防发病和重症的效果如何？国立传染病研究所进行的病例对照研究中，报告了新型冠状病毒疫苗在奥密克戎毒株流行期间 (2022 年 1 月)的预防效果。第 2 剂接种后的 0 至 2 个月的有效率 (预防发病效果)为 71%，随后的 2～4 个月为 54%， 4～6 个月为 49%，6 个月以后的有效率为 53%，追加接种后约 2 周 (中位数 16 天)的有效率为 81%。5. 并发症COVID-19 可引起呼吸道以外多种器官、脏器疾病及病理组织学变化。这些呼吸道外的病变部位中也可检测出 SAR-CoV-2。另有一些报告提出相斥观点， 认为目前并不能确定 SARS-CoV-2 是否会引起呼吸系统以外的脏器感染。呼吸道外组织的损伤是由 SARS-CoV-2 感染直接造成，还是由感染后的宿主应答变化引起，还待进一步研究。目前较为严重的并发症牵涉的包括：呼吸衰竭、心血管系统问题，血栓栓塞症、炎症并发症、于其他病原体的合并感染继发感染等。6. 儿童感染及儿童重症、死亡病例迄今，儿童 COVID-19 病例少于成人，但儿童在阳性检测病例中的比例正在上升，且已出现死亡病例。(截至 2022 年 3 月 15 日：10 岁以下占阳性病例 12.5%，10～19 岁 13.4%， 20 岁以下死亡 10 例)。在本手册中，对儿科病例的临床特征随时间的变化、儿科重症、死亡病例、感染传播途径、 COVID-19 流行期间儿科的疫苗接种以及儿科多系统炎症综合征 (MISC)等进行了概述。日本重症监护医学会儿科重症监护委员会对新型冠状病毒相关儿科病例重度和中度病例鉴定的相关资料表明，第七波中儿童住院治疗的主要原因有急性脑病(25.0%)、 COVID-19 肺炎 (19.7%)和惊厥 (16.4%)。小儿中重症的年龄层分布为新生儿 (0.7%)、学龄前儿童 (49.3%)、小学生 (29.6%)、初中生 (4.6%)、高中生(4.6%)。国立传染病研究所的报告指出，在 2022 年 1 月至 2022 年 8 月期间，日本共确认了 41 例 20 岁以下的 COVID-19 感染后死亡病例。年龄分布为 0 岁 8 例 (20%)、1～4 岁 10 例 (24%)、 5～11 岁 17 例 (41%)、 12～19 岁 5 例 (12%)、不详 1 例(2%)，约一半病例年龄在 5 岁以下。7. 孕妇病例特征已明确的是，妊娠后半期的感染会增加早产率并增加孕妇重症化风险。另外，目前尚无孕早期和孕中期因感染导致胎儿先天性异常的报道，宫内感染也很少见。年龄 31 岁以上、妊娠 21 周后的感染、 BMI25 以上、哮喘等呼吸系统疾病等合并症 (既往或现症)是重症化的危险因素。其他国家的统计数据表明，妊娠期间接种疫苗可降低新生儿住院的风险。据报道，所有导致死产或危及母婴生命状况的感染，均为未接种疫苗病例。日本妇产科学会和日本妇产科感染病学会建议不同孕周的所有孕妇都应积极接种疫苗。8. COVID-19 后遗症WHO 将 COVID-19 后遗症定义为持续 2 个月以上且无法用其他疾病解释的症状。图 2-9 总结了典型后遗症。其主要表现有以下这些内容：9. 病例管理及住院标准新冠流行初期是通过疑似病例定点医疗机构进行疑似病例监测、病原学检查及报告， 2020 年 2 月 1 日之后开始作为指定传染病来报告。自 2021 年 2 月 13 日开始由于传染病法的变更，将新型冠状病毒肺炎从“指定传染病”变更为“新型流感等传染病”基于报告，日本将重症风险较高、中度和重症的患者列为建议住院或治疗的对象。（表3-1）自 2022 年 9 月 26 日起，基于奥密克戎变异株的特性，为保护高龄等重症风险较高人群，已将报告对象从所有患者限定为下方四部分人群，并强化保健医疗体系，突出重点。① 65 岁以上；② 需要住院者（也包括即使诊断时不需要立即住院，医生判断有基础疾病因而有可能需要住院的情况）；③ 有重症危险因素，同时需要进行抗新冠药物治疗者*2 或者有重症时由于感染新冠而需要吸氧者；④ 孕妇。10. 临床分型及管理对重症度分类及各级别管理进行说明推荐病情有较高恶化风险患者及中重度感染患者住院治疗，其他无症状感染者及轻度感染者居家隔离并进行自我健康管理，或集中隔离疗养。关于轻症和中症患者，原手册给予具体的治疗建议，亦有部分建议有别于国内主流意见，并具有参考意义，如轻症患者建议定期检测指尖血氧饱和度，在居家自行治疗时，在什么条件下应就诊，应如何就诊。中症患者应常规检测何种指标判断病情及进行预后判断。（图片更多备注说明请见原文）对于COVID-19 重症肺炎，临床还进一步划分了L 型 (相对轻症)及 H 型 (重症)两类。其相关信息为：尽管哪一种都需要高 PEEP，但呼吸疗法及镇静方式有所不同。一部分 L 型可进展为 H 型，但是由 L 型向 H 型转变的过程很难判断。妥善的治疗，需要重症医学的专门知识及监护体制。不属于这两种分型的患者，需考虑个体化治疗。11. 基本用药原则COVID-19 中，主要病理生理学机制是发病后数天内的病毒增殖，以及此后 7 天左右引发的宿主免疫炎症反应。因此，在发病早期给予抗病毒药物或中和抗体药物，在发病 7 天以后中症或者重症的患者给予抗炎药物显得很重要。在此，轻症指没有合并肺炎，无需吸氧；中症是指合并肺炎或血氧饱和度低于 94%(室内空气)或需要氧疗；重度是指要进入 ICU 或需要机械通气或需要 ECMO(体外心肺循环)。对于有重症化风险患者及相关治疗药物可见：12. 院内感染的对策SARS-CoV-2是具有包膜的RNA病毒，高温、干燥、乙醇以及次氯酸钠都能起到消毒效果。针对变异病毒的感染预防策略基本上等同于既往针对病毒的措施。新冠患者病房区域划分，在手册中也给出了一定指引（图6-1）。对临终后的流程以及相关人员的管理，手册也做了人性化的设计：

蛋白质的糖基化修饰是一种重要的蛋白翻译后修饰。对于蛋白糖基化修饰的深入表征将有助于加深糖基化作用机制的理解，为相关疾病药物、疫苗的研发提供理论基础，然而糖基化修饰的类型和结构非常复杂，给分析检测带来了非常大的难度。过去10年间，北京大学分析测试中心高级工程师周文和多个课题组深入合作，致力于针对不同种类的糖基化发展相应的质谱分析检测新方法。北京大学分析测试中心高级工程师周文在过去的20年里，糖基化修饰领域在仪器方面有了很多进展，如从传统的碰撞解离到现在的电子转移解离（ETD）的碎裂方式，同时还可以将不同的碎裂方式进行组合。周文形容到，ETD就像闪电一样，它的碎裂过程非常的快，更便于我们进行糖基化的分析。周文表示，希望让更多人关注分析测试领域，也给分析测试人员更多的展示自己的舞台，相信将来一定会有更多的优秀人才加入到我们当中来！

2013年12月12日，部分工业领域国家标准文本翻译需求座谈会在京召开。来自商务部、国家铁路局，石油天然气、船舶、铁道、交通、机械、航空、航天、有色金属、冶金、建材等有关行业协会、集团公司，有关全国专业标准化技术委员会，国家标准委有关部门代表共39人参加了会议。 　　会议介绍了我国开展国家标准文本翻译的基本情况。各有关行业代表先后发言，介绍了本领域出口贸易现状和国家标准文本翻译需求，并就推进国家标准文本翻译工作提出了建议。商务部产业司、商务部机电商会有关领导介绍了我国国际贸易整体情况和对标准文本翻译的需求。会议认为开展标准外文版翻译工作对促进国际贸易和服务于“走出去”战略具有重要作用。 　　会议就国家标准文本翻译工作提出三点基本要求：一是需求导向原则，重点支持贸易急需的标准翻译项目 二是运用综合标准化方法，系统推进文本翻译工作，针对具体的国际贸易和海外工程项目成套翻译标准 三是按照项目急需程度，排出翻译项目优先顺序。 　　这次会前，共收集汇总以上工业领域国家标准文本翻译需求200多项，根据座谈情况，请有关行业按照会议要求，对国家标准文本翻译项目进行系统分析、补充完善、明确优先顺序。

聚糖是蛋白质的一种翻译后修饰产物，是一类拥有高结构异质性的分子，由葡萄糖、甘露糖和其他单糖复合键形成。已知此类复杂结构与蛋白质调节功能相关，且可根据不同疾病和其他因素，产生各种不同现象。其中包括蛋白质主链出现异常聚糖结构，并且可能在认为应该发生此类键合的位点却不存在聚糖键。关于复杂聚糖结构和聚糖与蛋白质结合位点的信息并非直接编码于基因中，而是在蛋白质生物合成过程中起效的大量聚糖转移酶发生反应时产生的。因此，必须对目标糖蛋白实施直接分析，进而了解糖蛋白上聚糖的结构与结合位点。 从抗体中提取的糖肽组分质谱图 糖肽的MS/MS质谱图（前体离子m/z 2796.2） 糖肽的MS3质谱结果 顶部：肽主链（前体离子m/z 1189.7）底部：包含根GlcNAc部分结构的肽主链（前体离子m/z 1272.7） 糖肽结构预测 MALDImini-1基质辅助激光解吸/电离数字离子阱质谱 MALDImini-1数字离子阱（DIT）技术是岛津的原创技术，紧凑迷你的体积，即可实现MS多级的检测。宽范围的分子量范围提供更多新可能，应用范围广泛：糖肽分析、抗体化学修饰位点、未知生物分子结构分析，蛋白质、多肽、翻译后修饰肽、脂质等。

活动回顾：6月中旬，为迎接德国耶拿进入中国20周年，耶拿特联合仪器信息网举办了“双十华彰 携手远航” 德国耶拿20周年庆典超级品牌日，并在5月启动了”译笔生华—最佳Slogan翻译征集”活动，邀请网友集思广益，为他们的Slogan ”Our Products to Your Success, Our People to Your Success” 找出最贴切的中文翻译。第一轮评选结果已于6月30日在耶拿公众号：德国耶拿分析仪器，进行公示，欢迎朋友请自行前往查阅。“Our Products to Your Success，Our People to Your Success”# 入围十强Slogan翻译公示 #恭喜上述网友入围十强，率先获得小度智能音箱一套（已邮寄完毕）~大众评审阶段已于（2021年7月1日-2021年8月1日）在耶拿公众号评选结束。后续最终评选结果也已出炉，小编这里卖个关子，大家猜猜上面哪个slogan获奖了呢？点击回顾超级品牌日

研究背景与成果生物分子的结构解析与相关生物学功能的关联研究已成为现今生命科学的前沿。生物分子存在多级结构，而其结构复杂度的一个重要因素为分子异构。不同的异构分子（Isomers and isoforms）具有相同的化学式和分子量，但化学结构不同。例如，单糖存在多种异构体，包括葡萄糖、果糖、半乳糖等；多糖由单糖两两通过糖苷键相互连接组成，导致出现更为复杂的构造异构（分子中原子或原子团互相连接次序不同，Structural or constitutional isomers）和立体异构现象（连 接 次 序 相 同 但 空 间 排 列 不 同，Spatial isomers or stereoisomers）。离子迁移（Ion mobility, IM）与质谱（Mass spectrometry, MS）联用（IM-MS）分析已经发展为生物分子特别是生物大分子结构解析的一种主要手段，并成为质谱仪器发展的主要方向。IM可以区分MS不能区分的异构体或同重素（Isobars），这一独到的特性对生物分子的结构解析研究十分关键，近年来被广泛用于糖结构、脂质结构、蛋白质结构和活性、蛋白质-分子相互作用等研究中。近年来，多种IM 分析方法被纷纷提出，例如迁移时间 DTIMS （Drift time ion mobility spectrometry）、囚禁式 TIMS（Trapped ion mobility spectrometry）、行波 TWIMS（Travelling wave ion mobility spectrometry） 以及非对称场 FAIMS（Field asymmetric ion mobility spectrometry）等。然而，这些技术均基于低E/N场原理（E/N 图2. 二糖异构体分析。（a）四种二糖异构体及其（b）离子云扫描谱图。乳糖和纤维二糖混合物的（c）离子云扫描谱图和（d）串级质谱分析谱图。（e）两种二糖标准品及（f）混合物的定量分析结果。离子云扫描技术对各类生物分子异构体具有普遍适用性。如图3所示，该技术同样可分辨脂质和多肽分子异构体。研究工作中，离子云扫描方法展现出多种优点，如分析部件结构简单、操作方便、具有强大的时间/空间串级质谱能力等，可以方便地与多类质量分析器联用，用于设计混合型串联分析质谱仪器，在生物分子复杂结构解析上展现出较好的应用前景。图3. 脂质与多肽异构体分析。（a）脂质异构方式示意图。各种脂质异构体的离子云扫描谱图：（b）sn异构、（c）碳碳双键位置异构和（d）双键顺反异构。（e）多肽的不同翻译后修饰类型及其异构方式示意图。不同翻译后修饰类型的多肽异构体离子云扫描谱图：（f）甲基化、（g）乙酰化和（h）磷酸化。本研究由国家自然科学基金项目和清华大学精准医学科研项目资助。论文第一作者为清华大学精仪系周晓煜副教授，通讯作者为欧阳证教授，其他作者还包括精仪系博士生王卓凡和范菁津，第一完成单位为清华大学精密仪器系精密测试技术与仪器国家重点实验室。这项研究也得到了清华大学化学系瑕瑜教授、精仪系马潇潇副教授与张文鹏助理教授的大力帮助。

仪器信息网讯 2010年8月20-22日，由国家自然科学基金委员会化学科学部主办，北京大学、清华大学和中国科学院化学研究所共同承办的“第三届全国生命分析化学学术报告与研讨会”在北京大学召开。 　　大会同期举办了“组学分析”系列报告会，300余人参加了此会。会议由中国科学院武汉物理与数学研究所唐惠儒研究员、中国科学院大连化学物理研究所许国旺研究员共同主持，8位来自科研院所和高校的专家学者做了精彩的报告。报告内容摘录如下： 　　中国科学院武汉物理与数学研究所 王玉兰研究员 　　报告题目：代谢组学研究寄生虫疾病 　　在寄生虫研究方面，代谢组学方法主要研究了宿主感染寄生虫后的代谢应答，如宿主对血吸虫、钩虫、锥虫和虐原虫等感染的代谢应答。其目的首先是进一步了解在寄生虫病的发生发展过程中其宿主的代谢通路的改变，其次是希望通过代谢通路的改变找到适合早期诊断寄生虫病代谢性标记物。王玉兰研究员总结了近年来代谢组学在寄生虫病研究领域所取得的进展，并且展望了代谢组学在寄生虫病早期诊断的潜在应用前景。 　　厦门大学 张博副教授 　　报告题目：基于液滴接口的二维分离平台 　　张博副教授在报告中指出：蛋白质组体系的高度复杂性迫切需要高分辨率的多维分离技术。他的研究采用微液滴技术，基于其微体积、低扩散、无返混等优点作为二维分离接口的解决方法，耦合毛细管液相色谱与毛细管电泳技术，构建二维微分离平台。分别通过“T”形芯片与“工”形芯片实现了样品由连续流至液滴以及液滴至连续流的转移，并实现了纳升尺度的全进样。通过简单的多肽混合物，初步验证了全二维分离与目标二维分离在该平台上的可行性。 　　中国医学科学院 李智立教授 　　报告题目：糖肽富集分离方法及糖链结构研究 　　李智立教授在报告中分别介绍糖肽富集分离的几种方法的优缺点以及使用范围。他着重介绍了通过优化免疫球蛋白G(IgG)分离条件和MALDI-FTICR MS检测条件，对IgG不同糖型的糖链进行了精细结构分析。在m/z2400-3000范围内，发现了GOF、G1F和G2F结构的IgG糖肽，此外还有类似“角平分线”的糖型结构。该研究为IgG糖型结构的高通量研究打下基础。 　　中国科学院长春应用化学研究所 姜秀娥研究员 　　报告题目：表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构和功能 　　姜秀娥研究员介绍了他们课题组如何采用表面增强红外光谱研究膜蛋白的结构与功能。利用光感视紫红C端组氨酸与螯合的赖氨酸的强亲和性将膜蛋白定向组装到电极表面。利用表面增强红外光谱从分子水平上首次研究了跨膜电位是如何调制光感视紫红结构和功能。研究发现：当电位逐渐降低时，光激发诱导的红外差谱与溶液PH值逐渐上升时，光激发诱导的红外光谱显示了惊人的相似性。这一现象表明：电位降低驱动的电荷补偿行为改变了双层膜附近局部PH值，从而改变了膜附近质子释放基因的质子化状态，进而影响了光感视紫红蛋白的光循环动力学。 　　安捷伦科技(中国)有限公司 冉小蓉博士 　　报告题目：安捷伦最新生物信息学软件及在代谢组学标志物发现中的应用 　　冉小蓉博士在报告中介绍了安捷伦科技推出的全新的生物信息学软件Mass Profiler Professional(MPP)。该软件是专为质谱工作者设计的，能够通过对质谱数据的分析快速寻找代谢组学生物标志物并进行生理学意义的解释。MPP结合安捷伦优异性能的仪器硬件平台可以为靶标和非靶标代谢组学研究提供最全线的解决方案。 　　中国科学院大连化学物理研究所 梁玉同学 　　报告题目：基于新型整体材料的微流控芯片系统及其在蛋白质组学中的应用 　　梁玉同学报告中介绍到：在微流控芯片上原位光聚合制备酶反应器、强阳离子交换(SCX)整体材料、反相整体材料，搭建了芯片上酶反应器酶解-C18tip分离-质谱鉴定平台、芯片上SCX-C18tip二维分离-质谱鉴定平台、芯片上反相色谱分离-质谱鉴定平台，并用于蛋白质的分析。通过相关实验，证明了这些平台的潜力与适用性。 　　赛默飞世尔科技(中国)有限公司 戴捷先生 　　报告题目：赛默飞世尔科技iSRM试验方法和Pinpoint软件运用于大规模的目标蛋白质定量分析研究 　　戴捷先生在报告中对赛默飞世尔iSRM技术工作原理及Pinpoint软件功能在目标蛋白质定量分析研究中的应用进行了详细的介绍。通过将iSRM技术及Pinpoint软件二者结合，组成了目标蛋白质定量分析的整体工作流程，该工作流程可以在一次LC-MS/MS分析中对大规模的肽段实现同时的验证与定量分析，显示了iSRM技术及Pinpoint软件在目标蛋白质定量分析中的强大的功能。 　　南开大学 张锴副教授 　　报告题目：系统分析激酶家族蛋白多种翻译后修饰的研究 　　张锴副教授在报告中介绍了他们课题组以激酶中磷酸化和多种低丰度非磷酸化修饰为目标，将蛋白标签融合技术与Shotgun技术相结合，探索系统研究激酶中各种翻译后修饰的新方法。实验结果表明：通过联合标签蛋白融合技术与Shotgun策略，他们成功的在激酶上鉴定了未见报道的甲基化和乙酰化修饰形式，同时发现了一些潜在的修饰形式。研究结果预示激酶这类重要的蛋白生物酶可能存在更为复杂的修饰形式和生物功能。

父母将基因传给他们的后代，帮助他们适应生活。这说起来简单，但随着近年来研究的深入，表明现实更加复杂，父母所赋予的不仅仅是基因。马普免疫生物学和表观遗传学研究所的Asifa Akhtar实验室最新一项研究表明，效的表观遗传修饰也从一代传给了下一代。这一发现公布在Cell杂志上。我们人类的母亲花了九个月时间生下孩子，之后又要花费数年的时间抚养和养育孩子，教他们如何执行基本的和高级的生存任务。而果蝇产下卵子，让它们自行发育，这看起来果蝇像是不负责任的父母，抛弃了自己的孩子。但是Asifa Akhtar实验室进行的研究表明，果蝇妈妈其实也为果蝇宝宝提供了有关生命周期编码的生命使用手册来确保后代的成功，这就是表观基因组。从基因组到表观基因组我们从父母那里获得遗传信息。但是，即使人体中的所有细胞都包含相同的DNA，它们也会表达不同的基因来实现不同的功能。 DNA包裹在组蛋白周围，形成称为核小体的单个重复单元。许多核小体结合在一起形成位于所有细胞核中的“染色质”。表观遗传修饰（例如向组蛋白中添加化学基团）会导致染色质组织发生变化，从而触发基因激活（也就是“表达”）或基因沉默。表观遗传学代表了附加的信息层，可以帮助细胞确定激活哪些基因。尽管我们的细胞具有通用的基因组，但它们具有不同的“表观基因组”。来自母亲的传代信息传递母体的生殖细胞，卵母细胞和精子在受精过程中融合形成新的生物。科学家们认为，大多数表观遗传标记在每一代之间被删除。而表观遗传复位使得每个新个体都可以重新读取所有基因。最新研究发现，一种特殊的组蛋白修饰，即H4K16ac上组蛋白H4的乙酰化作用，是从母亲的卵母细胞到年轻胚胎的传代遗传。“H4K16ac是一种表观遗传修饰，通常与基因的激活有关。但是，我们知道基因在卵母细胞或胚胎生命的前三个小时都没有表达。这提出了一个问题：H4K16ac在这个早期阶段如何完成修饰的？”Akhtar说。为了研究该组蛋白标记在早期果蝇发育中的功能，研究小组进行了全基因组分析。结果他们发现H4K16ac在其基因激活开始之前的早期发育阶段就“标记”了许多DNA区。母亲的表观遗传信息对胚胎发育至关重要当母亲未能将此标记传递给她的孩子时，H4K16ac对后代的重要性就变得显而易见。科学家利用遗传方法和转基因果蝇设计了实验，从果蝇母体内去除MOF酶——已知MOF负责H4K16ac修饰物的沉积。值得注意的是，当科学家研究没有H4K16ac信息的后代时，他们发现在正常条件下以H4K16ac标记的基因现在不再正取表达，其染色质组织受到严重破坏。大多数未能获得母亲H4K16ac指示的胚胎随后死于灾难性的发育缺陷。从果蝇到人类的教训Akhtar表示：“果蝇妈妈甚至在受孕之前就已经通过表观遗传学确保了后代的生存，这一事实令人着迷。”接下来，研究人员转向哺乳动物，发现雌性小鼠还通过卵母细胞将H4K16ac组蛋白修饰传递给子代。这就提出了一种有趣的可能性，即人类也可能将母亲的H4K16ac用作成功胚胎发育的“蓝图”。情况是否如此以及该蓝图可能编码哪些信息，还有待未来进一步的研究。

治疗性单克隆抗体结构相对小分子更加复杂。不仅仅是序列影响蛋白活性，同时蛋白的翻译化修饰也会影响。常见的修饰包括脱酰胺、二硫键、末端赖氨酸丢失和糖基化修饰，糖基化修饰是相对复杂的特殊翻译后修饰，包括N糖修饰和O糖修饰，N糖基化修饰主要发生在蛋白质一级结构中的特征性序列NXT(其中X是除脯氨酸外的任意氨基酸)，修饰存在一定规律，O糖修饰可以与任何含有羟基基团的氨基酸连接，丝氨酸(S)和苏氨酸(T)是最常见的修饰位点，因此更加复杂。糖型结构会显著影响治疗效果，是单抗药物质量监测的重要关键质量属性。 抗体生物类似药在面临生产和临床过程中，需要保证质量的一致性，糖基化分析是重要的关键分析流程。糖修饰异质性会间接影响药效，因此需要在多批次生产过程中，保证工艺和质量的稳定性。N糖根据不同的连接方式使得N-糖基化的五糖核心结构分为高甘露糖型、杂合型和复杂型3 种类型，FDA，EMA 等生物类似药指导原则都鼓励研发单位采用最新的分析技术手段，对生物类似药和原研药的糖基化修饰位点、程度以及寡糖的组成进行深入比较分析，例如可以利用岛津液相以及质谱等设备可进行由浅入深的糖型修饰分析，进而对产品生产过程中严格监测。岛津在糖基化分析方面有三大护法守护。下面一一道来。 岛津抗体糖型分析质控解决方案 第一护法-高分辨质谱LCMS-9030 LCMS-9030四极杆飞行时间质谱仪使高速度、高灵敏度的四极杆质谱与TOF技术的紧密结合。融合岛津先进工程技艺的DNA，打造出速度与出色性能兼备的全新一代高分辨质谱仪，以优异表现轻松胜任定性和定量分析挑战。对完整蛋白以及亚基水平的糖型进行初步分析。 第二护法-MALDI-MSMALDImini-1 MALDImini-1数字离子阱（DIT）体积极小，功能强大，可实现质谱多级的检测。针对糖肽分析、抗体化学修饰位点、未知生物分子结构分析，蛋白质、多肽、翻译后修饰肽等都有专向解决方法。 第三护法-高效液相色谱系统Nexera Bio 从完整蛋白或者亚基水平分析，利用质谱可快速的分析带有糖基化修饰蛋白分子量。可以分析简单的糖型结构，速度比较快，重现性较好，但是精细的糖型结构也不能很好的监测清楚，所以可以搭配糖肽水平和游离寡糖水平一同研究。 首先，第一步从完整蛋白水平，利用岛津LCMS-9030四极杆飞行时间质谱仪从完整分子量水平分析抗体的糖修饰情况如下表所示，鉴定并分析相关糖型的分布。 不同糖型抗体形式分子量测定结果与理论对比 第二步可以从糖肽水平分析，通常抗体通过使用蛋白酶酶切后，产生分子量大约为0. 5 ～ 5 kDa 的小肽，采用色谱或电泳分离后再进行MALDI-MS 或ESI-MS 分析。利用质谱分析糖肽序列、寡糖组成，岛津MALDI-TOF和MALDI-数字离子阱质谱可以分析相关糖肽组成分析。 例如针对血清糖蛋白，使用MALDI-离子阱质谱分析得到的衍生N-聚糖谱图，如下图所示：血清糖蛋白N-聚糖质谱解析谱图 第三步可以从游离寡糖层面分析，药典相关要求，针对游离寡糖的分析通常有三种方法: （第一法）亲水相互作用色谱法、（第二法）毛细管电泳法、（第三法）高效阴离子色谱法，通过N-糖苷酶F对单抗N糖进行酶切后，使用2-氨基苯甲酰胺( 2-AB) 或2-氨基苯甲酸( 2-AA) 对寡糖进行标记即可进行糖型分析。针对唾液酸分析，岛津超高效液相色谱结合荧光检测器建立了抗体中唾液酸Neu5Ac 和Neu5Gc 含量测定，结果如下图所示： 唾液酸液相分析定量标准曲线 单抗糖基化是作为重要的翻译化修饰，宿主细胞培养工艺过程会影响不同的修饰构成，岛津不仅可以提供糖基化质量分析质控方案，同时针对培养工艺优化以及工艺残留物监测，提供特色的培养监测在线和离线分析解决方案，为了更好地把握产品质量，力图让产品质量更加稳定和安全。虽然生物类似药与原研药批次糖基化修饰结构差异依然存在，但在生物类似药相似性评价和适应症外推的征途上还有许多路要走，岛津依旧陪伴左右。

北京蛋白质组研究中心蛋白质翻译后修饰研究室招聘博士后和研究人员 　　实验室概况: 　　北京蛋白质组学研究中心是由军事医学科学院与北京大学、清华大学等单位于2005年成立的综合性研究机构，是人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)的国际总部和蛋白质组学国家重点实验室的主体。在国家相关部门的大力支持和我国蛋白质组学科学工作者的多年努力下，该中心已经成为以蛋白质组学研究为特色的、多学科交叉的国际知名的的综合研究机构。 　　蛋白质翻译后修饰研究室创建于2010年，由新近回国的中国蛋白质组学专业委员会秘书长、“973”首席科学家徐平教授领导。该研究室主要利用生物化学、遗传学和蛋白质组学的手段研究蛋白质翻译后修饰，特别是蛋白质泛素化过程中泛素链的合成、降解以及泛素链与被修饰蛋白质底物间的特异性决定的酶学机制，解析肝病等中国人高发的重大疾病过程中蛋白质翻译后修饰失控及其致病的生物学机理。研究室装备有完整的细胞、分子生物学研究必需的仪器和包括Waters公司的nano Acquity UPLC、Thermo Fisher Scientific的LTQ Orbitrap Velos和SageN Sorcerer搜索引擎在内的先进的蛋白质组学研究技术平台，在蛋白质组学、定量蛋白质组学和蛋白质翻译后修饰研究领域具有先进独特的技术。研究室组建以来得到国家“973”计划、“863”计划、蛋白质组学国家重点实验室基金、国家自然科学基金以及科技部国际合作项目等多项经费的支持。 　　现因工作需要，拟在分子生物学、蛋白质组学和仪器分析方向招聘2-3名博士后和2名工作人员。 　　应聘博士后和工作人员应具备的条件： 　　1. 有志于科学研究事业，具有较强的责任心和进取精神，具有开拓创新、独立的工作能力和良好的合作精神，品学兼优，身体健康，年龄一般不超过35周岁。 　　2. 近一年内获得 (或即将获得) 生物学或基础医学专业博士学位，有志于从事蛋白质组学研究。有海外学习、研究经历者优先考虑。 　　3. 具有所从事研究方向国际主流杂志以第一作者论文发表记录，并有较好的英语阅读、写作及听、说交流能力。 　　4. 因工作需要，仪器分析专业的应聘者，男性优先。 　　待遇 　　薪酬待遇将根据应聘者的能力、技术水平、资历和研究所相关规定商定。 　　联系人:常蕾 　　电话：010-80727777-1314 E-mail：15801311156@163.com 　　实验室主页：http://www.bprc.ac.cn/expert/show.php?itemid=4 　　地址：北京市昌平区科学园路33号，北京蛋白质组研究中心 　　应聘程序 　　有意应聘者请通过电子邮件发送一份详细简历(包括教育和工作经历、论文发表情况及其他成果)和一份简要科研与工作计划到15801311156@163.com。中心专家委员会将对应聘者的材料进行评审。我们对通过第一轮的面试者安排面试。

活动一：译笔生“华”——最佳Slogan翻译征集德国耶拿分析仪器股份公司在发展高质量精密仪器和发明创造方面有着悠久的历史，公司始终致力于技术革新，不断研发及生产世界上先进的高端精密分析仪器，旨在满足不同用户在光谱、质谱、总量分析、元素分析以及生命科学等不同领域的检测需求。德国耶拿的愿景是：提到实验室分析，世界各地的客户都对我们的产品、解决方案和服务充满信心，这源于我们长期不懈地为提升客户的产品质量以及生活品质和环境保护所付出的努力。德国耶拿的使命是：通过最先进的分析技术，在工业和研究领域给与客户最有力的支持，助其改进产品质量，实现科学突破。“Our Products to Your Success，Our People to Your Success”，如何让这句Slogan有最贴切的中文翻译，更好的体现德国耶拿的愿景与使命，我们需要您的智慧，期待您的参与。活动细则： 第一轮：海选 5月17日-6月17日 首轮征集，德国耶拿将从所有参与作品中选取10条贴切翻译，公示进入下一轮评选 第二轮：大众评审 6月21日-7月21日首轮入围后的作品将在网站上公布，同时启动投票通道，最终由广大网友投票评选出最佳翻译Slogan奖品设置：参与奖：益智魔方入围奖（10名）：小度智能音响 （价值100元）最佳Slogan奖（投票第一名）：华为mate40 Pro 5G 256GB一部（价值8000元） 译笔生“华”，扫描下方二维码，快快来参与，大奖最后将终落谁家？让我们拭目以待 活动二：寻找记忆里有风采的你—耶拿老爷机德国耶拿自二十世纪初进入中国以来，凭借优异的品质、专业的服务迅速获得了广大实验室用户的青睐，其产品遍布神州大地。耶拿中国二十周年之际，为了答谢广大用户对德国耶拿品牌的支持和厚爱，德国耶拿特开展“寻找记忆里有风采的你——耶拿 “老爷机””活动，以回馈二十年来广大用户对德国耶拿的信赖与支持！ 三十功名尘与土，八千里路云和月。德国耶拿的产品是您实验室里的可靠伙伴，伴随着一批批分析人员的成长，是大家青春的印记。伙伴们在坚守，耶拿在寻找，用您的镜头，把实验室里曾经陪伴我们青春记忆的耶拿的仪器，借助网络传递给全世界吧。 我们将从所有的参报作品中，评选出“经久不衰奖”（目前正在使用设备中服务年限最长）和“情有独钟奖 ”（拥有耶拿产品数量最多） 活动时间：2021年5月18日 —— 2021年8月30日 评选标准： 经久不衰奖：1、 现在在使用的耶拿的所有类型的仪器2、 拍摄照片的同时，请提供仪器后面的序列号3、 配上简单的文字描述，讲述您和该台设备的小故事（使用感受，取得的成就等）4、 根据如上所提供的图片，我们将从中选取出服务年限最久的仪器5、 德国耶拿对所有投稿，后续在对外宣传中享有使用权 情有独钟奖：1、 您实验室里正在使用的所有耶拿设备的照片2、 提供仪器序列号3、 配上简单的文字描述，讲述您和耶拿仪器间的小故事（使用感受，取得的成就等）4、 根据如上材料，数量最多的即获得最终大奖5、 德国耶拿对所有投稿，后续在对外宣传中有使用权 快快晒出您工作好伙伴的靓照吧，让这些幕后英雄予以展示它独特的风姿！ 奖项设置： 早鸟奖：前50名参与用户，将获得精美护甲套装一套 参与奖：便携野营灯一个 经久不衰奖 & 情有独钟奖（各1各）：新秀丽20寸拉杆箱1个（价值2000元，共计2个） 活动细则：1、 活动自2021年5月18日起至2021年8月31日止。2、正在使用的德国耶拿所有型号仪器，每台机器仅限所在单位或平台的第一位参与者，用户可通过德国耶拿官方微信公众号“德国耶拿分析仪器“进行注册报名。 3、用户参与活动注册报名时，需要填写用户单位名称、注册人姓名、注册人联系方式（包括地址、电话、电子邮箱等）、已购仪器型号、购机时间、仪器使用状态、仪器服务年限等。4、本活动最终解释权归耶拿分析仪器（北京）有限公司所有。所有报名参加此次活动的用户及注册人视为同意上述条款。 参与方式：扫描如下二维码，上传参赛照片，即可有机会获得新秀丽拉杆箱~

HPLC肽图分析是蛋白质一级结构研究中极为重要的手段之一，不但可以比较重组与天然蛋白质结果之间的同一性，确认基因工程上游和下游处理过程中是否发生差错、重组产物中是否存在翻译后修饰及未预期氨基酸的变异等，而且不同批次产品的肽谱比较可验证工艺过程的稳定性。因此，肽图分析在生物技术药物质控中尤为重要。 目前肽图分析常用方法主要是胰蛋白酶切RP-HPLC方法。蛋白样品经酶解后进入HPLC，进行色谱分离，保留时间不同的肽段依次进入紫外检测器进行检测。 岛津的相关液相产品，例如Nexera-i系列、LC-40以及生物惰性兼容液相Nexera Bio均可实现蛋白类药物的HPLC肽图分析。 蛋白类药物肽图分析电荷异构体的存在将会影响到蛋白质药物的活性、结合能力、药代动力学、免疫原性及结构稳定性，从而影响药物有效性、安全性及保质期。同时，电荷异质性的控制程度也反映了重组蛋白类药物生产工艺的一致性。因此，在生物类似药的研发及与原研药的一致性评价研究中，电荷异质性是工艺质量控制的重要因素。 为了最大限度地降低蛋白质与固定相填料的离子相互作用及二者之间可能存在的吸附作用，电荷异质性分析通常使用高离子强度的流动相，并且采用碱性或酸性分析条件。但是，高离子强度流动相和碱性/酸性分析条件给液相色谱仪的耐腐蚀性和系统稳定性带来严峻的挑战。 ATP分析 糖基化是蛋白质的一种重要翻译后修饰，糖基分析主要包含唾液酸含量测定、单糖组成分析、糖基化位点测定、糖链结构测定等。 唾液酸含量的测定是先将唾液酸从糖链上解离成游离状态，再进行化学反应实现衍生化，通过测定衍生化产物从而测定唾液酸含量，常用的方法有间苯二酚显色法和HPLC法。间苯二酚显色法是利用间苯二酚将游离的唾液酸进行衍生生成有色化合物，再用紫外分光光度法测定其含量；HPLC法是利用邻苯二胺（OPD）对唾液酸进行衍生，然后用带紫外检测器的HPLC或者LC-MS/MS进行定量。 蛋白类生物药糖型分析 蛋白质药物在其生产、贮藏、运输、销售以及用药过程中由于外力因素的作用可能会产生聚集。蛋白质聚集现象会导致蛋白药活性和其在药品中的浓度降低，并可能产生有害的毒理学作用和免疫应答，甚至发生危及生命的药物反应。FDA关于聚集体的指导原则中就指出蛋白聚集体在人体内极易产生免疫原性。 对于常见的蛋白质低聚体（二聚~四聚体），非还原型聚丙烯酰胺凝胶电泳（ SDS-PAGE ）需要在变性条件下进行，一般会影响多聚体的检测。而体积排阻色谱法（SEC）条件温和，不会对蛋白的形态产生较大的影响。因此，SEC法能较准确地检测蛋白质中的低聚体，是蛋白质药物开发、质量控制和稳定性研究中常用的聚集体分析方法。 大小变异体，聚体分析 应用案例：单抗药物聚集体分析，推荐生物惰性液相 作为细胞生长的环境和营养来源，培养基的性能很大程度上决定了细胞密度和表达产物的产量和质量，因此培养基是工艺开发最重要的环节之一。其中，在生产工艺优化和确认过程中，以及QC过程中，细胞上清液中氨基酸含量的监测对细胞培养有着重大的意义。但是，离线衍生后使用HPLC分析，以及HPLC柱后衍生法检测氨基酸等方法，不仅耗时耗力，并且对结果准确度影响较大。因此，开发操作简单、高效稳定的分析方法，对氨基酸组成分析非常有意义。 24种氨基酸标准溶液色谱图（双波长同时检测）

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