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定量结构

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定量结构相关的资讯

  • AFSEM™ 小试牛刀——SEM中原位AFM定量表征光子学微结构表面粗糙度
    近期,老牌期刊刊载了C. Ranacher等人题为Mid-infrared absorption gas sensing using a silicon strip waveguide的文章。此研究工作的目的是发展一种能够与当代硅基电子器件方便集成的新型气体探测器,探测器的核心部分是条状硅基光波导,工作的机理是基于条状硅基波导在中红外波段的倏逝场传播特性会受到波导周围气氛的变化而发生改变这一现象。C. Ranacher等人通过有限元模拟以及时域有限差分方法,设计了合理的器件结构,并通过一系列微加工工艺获得了原型器件,后从实验上验证了这种基于条状硅基光波导的器件可以探测到浓度低至5000 ppm的二氧化碳气体,在气体探测方面具有高的可行性(如图1、图2)。 图1:硅基条型光波导结构示意图图2:气体测试平台示意图参考文章:Mid-infrared absorption gas sensing using a silicon strip waveguide值得指出的是,对于光波导来说,结构表面的粗糙程度对结构的固有损耗有大的影响,常需要结构的表面足够光滑。传统的SEM观测模式下,研究者们可以获取样品形貌的图像信息,但很难对图像信息进行量化,也就无法定量对比不同样品的粗糙度或定量分析粗糙度对器件特性的影响。本文当中,为了能够准确、快捷、方便、定量化地对光波导探测器不同部分的粗糙度进行表征,C. Ranacher等人联系到了维也纳技术大学,利用该校电镜中心拥有的扫描电镜专用原位AFM探测系统AFSEM™ (注:奥地利GETec Microscopy公司将扫描电镜专用原位AFM探测系统命名为AFSEM,并已注册专用商标AFSEM™ ),在SEM中选取了感兴趣的样品部分并进行了原位AFM形貌轮廓定量化表征,相应的结果如图3所示,其中硅表面和氮化硅表面的粗糙度均方根分别为1.26 nm和1.17 nm。有了明确的量化结果,对于不同工艺结果的对比也就有了量化的依据,从而可以作为参考,优化工艺;另一方面,对于考量由粗糙度引起的波导固有损耗问题,也有了量化的分析依据。图3:(a) Taper结构的SEM形貌图像;(b) Launchpad表面的衍射光栅结构的SEM形貌图像;(c) 原位AFM表征结果:左下图为氮化硅层的表面轮廓图像,右上图为硅基条状结构的表面轮廓图像;(d) 衍射光栅的AFM轮廓表征结果通过传统的光学显微镜、电子显微镜,研究者们可以直观地获取样品的形貌图像信息。不过,随着对样品形貌信息的定量化表征需求及三维微纳结构轮廓信息表征的需求增多,能够与传统显微手段兼容并进行原位定量化轮廓形貌表征的设备就显得愈发重要。另一方面,随着聚焦电子束(FEB,focused electron beam)、聚焦离子束(FIB,focused ion beam)技术的发展,对样品进行微区定域加工的各类工艺被越来越广泛地应用于微纳米技术领域的相关研究当中。通常,在FIB系统当中能够获得的样品微区物性信息非常有限,如果要对工艺处理之后的样品进行微区定量化的形貌表征以及力学、电学、磁学特性分析,往往需要将样品转移至其他的物性分析系统或者表征平台。然而,不少材料对空气中的氧气或水分十分敏感,往往短时间暴露在大气环境中,就会使样品的表面特性发生变化,从而无法获得样品经过FIB系统处理后的原位信息。此外,有不少学科,需要利用FIB对样品进行逐层减薄并配合AFM进行逐层的物性定量分析,在这种情况下需要反复地将样品放入FIB腔体或从FIB腔体中去除,而且还需要对微区进行定标处理,非常麻烦,并且同样存在样品转移过程当中在大气环境中的沾污及氧化问题。有鉴于此,一种能够与SEM或FIB系统快速集成、并实现AFM原位观测的模块,就显得非常有必要。GETec Microscopy公司致力于研发集成于SEM、FIB系统的原位AFM探测系统,已有超过十年的时间,并于2015年正式推出了扫描电镜专用原位AFM探测系统AFSEM™ 。AFSEM™ 基于自感应悬臂梁技术,因此不需要额外的激光器及四象限探测器,即可实现AFM的功能,从而能够方便地与市场上的各类光学显微镜、SEM、FIB设备集成,在各种狭小腔体中进行原位的AFM轮廓测试(图4、图5)。另一方面,通过选择悬臂梁的不同功能型针(图6、图7),还可以在SEM腔体中,原位对微纳结构进行磁学、力学、电学特性观测,大程度地满足研究者们对各类样品微区特性的表征需求。对于联用系统,相信很多使用者都有过不同系统安装、调试、匹配过程繁琐的经历,或是联用效果差强人意的经历。不过,对于AFSEMTM系统,您完全不必有此方面的顾虑,通过文章下方的视频,您可以看到AFSEM™ 安装到SEM系统的过程十分简单,并且可以快速的找到感兴趣的样品区域并进行AFM的成像。图4:(左)自感应悬臂梁工作示意图;(右)AFSEMTM与SEM集成实图情况 图5:AFSEMTM在SEM中原位获取骨骼组织的定量化形貌信息 图6:自感应悬臂梁与功能型针(1) 图7:自感应悬臂梁与功能型针(2)目前Quantum Design中国子公司已将GETec扫描电镜专用原位AFM探测系统AFSEM™ 引进中国市场。AFSEM技术与SEM技术的结合,使得人们对微观和纳米新探索新发现成为可能。
  • 定量蛋白质组学方法应用于病毒结构、功能及感染机制研究
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 病毒是一种特殊的生命形式,与人类的疾病和健康都密切相关。在一些情况下,某些病毒会侵染人体,导致一系列的疾病,甚至危及生命。对病毒的防控,我们可以通过了解病毒的特点与传播规律,阻止病毒传播;也可以通过研发相应的疫苗来提前预防病毒的感染,而这些工作都需要对病毒有深入的认识和了解。SCIEX面向全球提供不同类型的高端质谱平台和多组学研究方案,能够在基础研究、临床诊疗和药物研发的领域助力对于病毒相关的研究与防控。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 基于iTRAQ试剂的定量蛋白质组学揭示相似病毒的结构和功能差异 /strong /span /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/dec9490a-bd41-4d1e-9bd3-67dc8f2d04d3.jpg" title=" 11111.jpg" alt=" 11111.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em text-align: center " span style=" text-align: justify text-indent: 2em " 图1:iTRAQ试剂结合定量蛋白质组学能够揭示病毒不同状态下的蛋白丰度差异(来源Zhihong Hu,JVI, 2012) /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " EV71(肠道病毒71型)是导致幼儿手足口病的主要病原体之一,其表达两种EV71病毒,包涵体衍生型病毒(occlusion-derived virus,ODV)和出芽型病毒(budded virus,BV)。ODV主要侵染肠,而BV则有可能侵染其他易感组织。如果能够对这两种病毒蛋白层面的差异进行分析,那么就能够掌握病毒颗粒侵染偏向的线索。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 基于iTRAQ试剂的定量蛋白质组学能够很好的完成相似样品在蛋白层面的差异比较。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 在本研究中,研究人员使用不同的iTRAQ试剂(116和117)来标记不同两种不同的肽段样品,等量混合后,使用SCIEX高分辨质谱仪进行数据采集。数据分析软件通过采集到的二级谱图,不仅可以进行肽段序列的鉴定,还能够通过报告离子116和117的相对强度来对该肽段在两个样品中的相对丰度进行定量。通过SCIEX 高分辨质谱系统对EV71两种不同状态下的病毒颗粒中的51个蛋白质进行定量蛋白质组学分析,揭示了EV71在不同状态下高表达的蛋白质,其中有12个BV特异表达的蛋白,有21个ODV特异表达的蛋白,这其中的差异很有可能就是病毒颗粒侵染偏向的原因,这为我们后续的研究提供了重要的线索。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 基于SWATH采集技术的定量蛋白质组学绘制全面的病毒蛋白表达及功能谱图 /span /strong /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " /span /strong /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/d6902936-0d92-4585-aa4e-308c18e939cc.jpg" title=" 2222.jpg" alt=" 2222.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em text-align: center " span style=" text-align: justify text-indent: 2em " 图2:使用SWATH采集技术结合定量蛋白质组学方法来得到病毒不同蛋白在侵染过程中不同时间点的表达情况(来源:MCP, Anthony,2015) /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 为了预防和控制急性病毒感染在全球流行,对病毒的基础研究是战略性的。病毒的基础研究中,病毒蛋白的功能,及其在宿主细胞中的动力学是重要的环节,能够让我们更加透彻的了解病毒。SWATH(sequential windowed acquisition of all theoretical fragment ions)采集技术结合定量蛋白质组学策略作为一种数据非依赖采集策略,基于超快速扫描的高分辨质谱TripleTOF系统,能够全面的采集到样品中所有肽段的信息,为我们完整的展现病毒所有蛋白的变化水平。在这个研究中,科研人员使用牛痘病毒为模式病毒,基于TripleTOF系统的SWATH采集模式,为我们展示了病毒蛋白在体内动力学变化的研究流程。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " 研究者将不同侵染阶段的样品分别进行蛋白提取及酶解,无需额外的同位素标记及其他后续工作,直接使用SCIEX特有的SWATH采集模式对不同的样品进行采集。之后借助数据分析软件,导入数据库后,就可以直接得到病毒各种蛋白在不同侵染阶段的表达曲线。基于这些信息,我们能够很清楚的了解病毒的不同蛋白各自在何时被表达及执行功能,能够帮助我们绘制出病毒不同蛋白的表达及功能谱图,是病毒基础研究重要的一环。 /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 基于差异比较蛋白质组学进行SARS冠状病毒炎症机制研究 /strong /span /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202004/uepic/8fe2a6d0-6c5e-40b7-87b2-4a5543e1715e.jpg" title=" 3333.jpg" alt=" 3333.jpg" / /p p style=" text-indent: 2em line-height: 1.75em " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong /strong /span br/ /p p style=" text-align: center text-indent: 2em line-height: 1.75em " 图3:定量蛋白质组学策略揭示SARS病毒的PLpro蛋白对宿主细胞免疫相关信号通路的影响(来源:Proteomcis,Cheng-Wen Lin,2012) /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em line-height: 1.75em " SARS(重症急性呼吸综合征)冠状病毒的PLpro蛋白具有去泛素化酶活性,能够让干扰素调节因子3(Interferon regulatory Factor 3)和NF-kB失活,抑制I型干扰素信号通路,从而降低干扰素(IFN)的表达。在这个研究中,作者使用SCIEX高分辨质谱系统对PLpro过表达的人源幼单核细胞系的蛋白质组学和细胞因子水平进行了分析。发现PLpro过表达后,细胞内炎症因子TGF-b1相关的蛋白呈现显著的上调趋势,与此相关的信号通路为p38 MAPK及 ERK1/2信号通路。这份研究能够为我们在临床抑制SARS冠状病毒介导的炎症提供机制依据。 /p p br/ /p
  • 清华大学瑕瑜课题组最新文献:Waters Cyclic IMS助力皮脂组精细结构定性定量分析
    近日,清华大学化学系瑕瑜教授课题组采用Waters Cyclic IMS高分辨质谱仪,开发了一种基于离子淌度-质谱、Paternò-Büchi反应-MS/MS的鸟枪法分析流程,实现了对皮脂组超过900种脂质C=C异构体的快速及灵敏分析。 极致淌度分辨率和多种且可灵活组合的碎裂模式 实现对皮脂组在精细结构层级上的定性定量 首先,利用Cyclic IMS可灵活组合的三个CID碎裂池的多种碎裂模式,使用电荷标签PB试剂和光催化剂对脂质C=C的PB反应进行评估。以单不饱和蜡酯WE 18:0/18:1(Δ9)(见图1)为例,其经电荷标签PB反应后,离子化效率可提升约1,000倍。PB产物的MS2 CID产生了指向n-端C=C位置的诊断离子,进一步的pseudo-MS3 CID分析能够识别出Δ-端位置,从而实现WE中FA链上C=C位置的特异性鉴定。研究者们还对WE 18:1(Δ9)/18:0进行了PB-MS/MS分析。无论C=C双键是位于FA链还是FOH链,PB-MS/MS均能实现链特异性的C=C位置鉴定。此外,研究者还对SQ的C=C进行了PB-MS1和PB-MS2 CID分析,成功鉴定了SQ中各个C=C双键的位置。 图1. 蜡酯WE 18:0/18:1(Δ9)的PB-MS/MS分析。 在鸟枪法分析皮脂时,采用高分辨率环形离子淌度谱(Cyclic IMS)出色的离子淌度分辨率,对来自含多一个不饱和度脂质的同位素峰([M+2Da])进行分离(见图2)。研究表明,经过10圈Cyclic IMS分离(分辨率约260),WE 36:2/WE 36:1 (5:1)的PB产物中,[M+2Da]干扰由60%显著降至4%。此方法相较于反相色谱法(干扰6%),干扰更少,分离速度也更快( 图3. 皮脂的分析工作流程。 论文作者 论文第一作者是清华大学博士研究生施恒学,通讯作者是清华大学化学系瑕瑜教授。点击此处查看文献原文。 图4.清华大学博士研究生施恒学。 Waters Cyclic IMS助力深度前沿科学研究 环形离子淌度质谱,自横空出世以来,就吸引着各领域研究者们的目光。经过近两三年的孵化测试,环形离子淌度质谱仪SELECT SERIES Cyclic IMS,已被成功应用于生物、医疗、化工、制药、食品及环境等前沿科学研究领域,特别是在蛋白结构、糖结构、金属配合物、中药天然产物、未知物化合物或结构类似物表征方面,都有着非常强大的用途。 更多Cyclic IMS已发表文献,请点击此处下载。
  • 微生物代谢的原位拉曼可视化定量分析成功实现
    记者21日从中科院海洋研究所获悉,该所研究员张鑫课题组和孙超岷课题组共同合作,基于共聚焦显微拉曼技术,通过三维定量成像实现了长期、近实时、非破坏性的微生物监测,对微生物生长和代谢情况进行可视化及定量分析,为未来分析微生物原位生物过程提供了新思路。研究成果近日发表于《微生物学谱》上。固体培养基培养的菌落的三维定量成像示意图 课题组供图记者了解到,张鑫课题组在之前的工作中,观测到我国南海冷泉环境中单质硫含量丰富。随后,孙超岷课题组发现了冷泉细菌Erythrobacter flavus 21-3可以高效氧化硫代硫酸钠生成单质硫,张鑫课题组通过拉曼光谱鉴定后发现单质硫结构为环状S8,研究成果发表在生物学领域权威期刊《国际微生物生态学会杂志》。后续两个课题组合作将E. flavus 21-3及其突变株布放到深海冷泉喷口附近进行原位培养,证实该菌株在深海原位环境中也能形成硫单质,相关成果发表在国际生物学期刊《微生物学》,为解释我国南海冷泉喷口广泛分布硫单质的成因提供了重要理论依据。E. flavus 21-3在高氧条件下的三维拉曼成像分析 课题组供图由此可见,微生物是深海硫形成和循环的重要贡献者,其介导的硫代谢的研究对于了解深海硫循环至关重要。然而,由于深海环境极端复杂,采样困难、微生物难于分离培养等因素,以及缺少对硫元素的形成的近实时无损的监测方法,深海微生物的原位探测面临巨大挑战。目前,主要通过经典的生物和化学方法研究硫元素的生成过程,例如X射线吸收近边结构、高效液相色谱、透射电子显微镜、离子色谱法或化学计量法等。但是,这些方法主要通过取样来获知特定时间点的微生物代谢情况,不能在不破坏样品的前提下连续监测其在时间尺度上的代谢过程;并且,其中一些方法样品制备复杂,会破坏细胞的原位真实性;也可能会出现取样不均匀及污染的情况,导致难以实现连续的原位观察。因此,亟需新的方法突破此瓶颈。低氧条件下E. flavus 21-3的三维拉曼成像分析 课题组供图共聚焦显微拉曼三维成像技术拥有低成本、快速、无标签和无破坏性的优势,具有将定性、定量和可视化完美结合的潜力,为我们解决相关问题提供了新的思路。因此,为证明此技术的潜力,研究团队构建了一套固态基底上微生物群落拉曼三维定量原位分析方法,将光学可视化与拉曼定量分析相结合,可在时间和空间两个维度上无损定量表征微生物群落代谢过程。该技术已成功应用到深海冷泉细菌E. flavus 21-3硫代谢过程的原位监测。据介绍,基于拉曼三维成像进行体积计算和比率分析,课题组对不同环境下的菌落生长和代谢进行了量化,发现了生长和代谢方面不为人知的细节,为厘清深海冷泉生物群落中广泛分布的硫单质成因提供了重要技术支持。“据我们所知,这是首次尝试长期监测菌落在固体培养基中生长的原位无损技术。我们能够快速确定代谢产物,推断反应发生的途径,并快速筛选产硫细菌。由于这一成功的应用,不仅证明了该方法在未来对微生物原位过程的可视化及定量分析的潜力,也为研究深海中附着在岩石沉积物等固体表面上的微生物提供了新的思路。”张鑫对《中国科学报》表示。该研究得到了国家自然科学基金、中国科学院A类战略性先导专项、中国科学院海洋大科学研究中心重点部署项目、泰山青年学者计划等项目联合资助。
  • 生物技术公司角逐荧光定量PCR产品
    荧光定量PCR(qPCR)是以荧光为基础的定量分析技术,应用非常广泛,可以用于定量RNA丰度(RT-qPCR),验证芯片或测序的数据,确定病原体的载量,进行基因分型等等。   荧光定量PCR仪负责监控反应体系中荧光强度的变化,记录检测荧光达到阈值时的循环数(被称为Ct或Cq值)。从理论上说,每一个qPCR循环会使目标序列翻倍,因此人们可以在Ct值的基础上对样本进行定量。   在进行荧光定量PCR时,我们往往会面临众多选择,每一步选择都影响着实验的最终结果。好在市面上的qPCR产品也种类繁多,可以满足我们的各种需求。   染料法VS探针法   荧光定量PCR主要分为染料法和探针法两种。染料法一般采用DNA染料SYP® Green(或Promega的PYT® Green等),这种方法不仅使用简单,成本也最低。不过染料法检测的是体系中的所有双链DNA,不具有序列特异性。为此,一些厂商提供ROX作为内部荧光参考标准,用来校正背景。   染料法   成本低是染料法qPCR的一个主要优势,DNA染料相对比较便宜,而且适用于任何序列。不过染料法无法在同一个样本中检测多个指标,也难以鉴定扩增得到的序列,会受到脱靶效应(如引物二聚体)的影响。在这种情况下,就需要进行熔解曲线分析,判断扩增所得产物是否只有一种。   据安捷伦的Surekha Karudapuram介绍,熔解曲线分析能够帮助研究者确定扩增的特异性。她还指出,理论上利用熔解曲线也可以进行多染料的反应,甚至可以粗略定量那些峰值。   市面上可供选择的染料法master mix非常多,例如:安捷伦的Pilliant III Ultra-Fast SYP® Green QPCR & QRT-PCR master mixes,Bio-Rad的SsoAdvanced™ SYP® Green Supermix,Life Technologies的SYP® Select Master Mix,Promega的GoTaq® qPCR Master Mix,Qiagen的Type-it CNV SYP Green PCR Kits,罗氏的FastStart SYP Green Master,Sigma-Aldrich的KiCqStart® SYP® Green qPCR ReadyMix™ ,以及Thermo的Luminaris Color HiGreen High ROX qPCR Master Mix等等。   TaqMan探针   探针法qPCR使用具有序列特异性的荧光寡核苷酸探针。目前最常用的是Life Technologies公司的TaqMan® 探针,该探针5’端连有荧光基团,3’端连有淬灭基团。在反应进行时,探针与正反向引物之间的模板结合,当聚合酶到达探针处时,酶的5’-3’外切活性将荧光基团切下,使其脱离淬灭基团,发出荧光。   探针法与染料法的最大区别在于,理论上探针法中的荧光信号只来源于目标序列。此外,人们还可以利用不同探针,在一个体系中同时检测多种指标。   市面上的探针法master mixes也是琳琅满目,包括:安捷伦的Pilliant III Ultra-Fast QPCR & QRT-PCR Master Mixes,Bio-Rad的SsoFast Probes Supermix,Life Technologies的TaqMan Fast Advanced Master Mix,Promega的GoTaq Probe qPCR Master Mix,Qiagen的Type-it CNV Probe PCR +qC Kit,罗氏的FastStart TaqMan Probe Master,以及Thermo的DyNAmo ColorFlash Probe qPCR Kit等等。   据估计,SYP Green或TaqMan的使用者占qPCR用户总数的80-90%,其他用户采用的也基本上是上述两种方法的变种,例如分子信标和Scorpion® 探针。   其他探针   分子信标是一个发夹结构的DNA探针,两头分别带有荧光基团和淬灭基团。与TaqMan一样,分子信标的序列也与扩增引物之间的模板互补。在退火阶段,这种探针的发夹结构展开与模板结合,这时荧光基团与淬灭基团分开,发出与模板丰度相对应的荧光信号。Scorpion探针将分子信标与PCR引物结合起来,在扩增阶段引物延伸形成PCR产物,产物中的序列能够与探针互补结合,使探针发夹结构打开,发出荧光。   此外,Promega还开发了一种新型的Plexor® qPCR系统。在Plexor系统中,引物含有经修饰的核苷酸(iso-dC)和荧光基团。随着扩增的进行,DNA聚合酶会向DNA链中引入荧光淬灭基团,使体系中的荧光逐渐减弱。其他qPCR方法记录荧光的增强,而Plexor记录的是荧光的衰减,Promega的市场经理Gapiela Saldanha解释道。   据Saldanha介绍,Plexor将探针法的序列特异性,与染料法的熔解曲线分析结合起来。“你可以验证目标扩增的特异性,”她说。此外,Plexor检测不同靶序列只需要两种引物,使多重分析的设计更为容易。   基因表达分析   从SNP分型、拷贝数分析到病原菌检测,qPCR应用范围非常广,不过最常见的是用qPCR进行基因表达分析。基因表达分析往往需要定量样本中的特定RNA,例如mRNA、microRNA、或长非编码转录本。进行这样的分析,首先要将RNA转变为可以扩增的DNA,进行cDNA合成。   RT-qPCR试剂盒主要分为一步法和两步法。一步法试剂盒将cDNA合成与qPCR合并为一步,速度更快,也更适用于自动化流程。两步法虽然需要进行两次反应,但反应的效率更高,而且可以允许用户保留cDNA样本,能够在一个RNA样本中检测多个转录本。   “两步法(qPCR)更有优势,其cDNA合成和qPCR反应的效率更高,”Saldanha说。安捷伦,Bio-Rad,Life Technologies,Promega,罗氏和Qiagen都提供有相应的RT-qPCR试剂盒。   样本的挑战   荧光定量PCR结果的好坏往往取决于核酸制备的质量。处理环境样本(如土壤)和植物样本比较困难,因为其中往往含有抑制PCR反应的物质。此外,FFPE样本也较难处理,其中不仅有PCR抑制剂,样本中的核酸可能也遭到了降解。   “这种情况对于灵敏度要求较高,因为模板量非常少。”Karudapuram说,“需要提取更纯的核酸,并且使用能扩增少量初始模板的master mix。”我们可以选用进行了相应优化的核酸提取试剂盒,例如Promega的ReliaPrep™ FFPE RNA Miniprep System或者Life Technologies的Plant RNA Reagent等等。   选择理想的qPCR扩增引物,也是一个不容忽视的问题。专家认为,对于相同基因的检测,最好采用已经标准化了的引物。目前,不少供应商都为研究者们准备了预先设计好的qPCR文库,例如Sigma-Aldrich公司就制备了人类、小鼠、大鼠和斑马鱼的文库。此外,Qiagen,Life Technologies,和Thermo等公司也提供有类似的工具。   qPCR仪与数字PCR   从本质上来讲,荧光定量PCR仪就是PCR仪与荧光检测仪的结合,用于记录qPCR反应时产生的数据。市面上的qPCR仪主要有以下几种:安捷伦的Mx3000P qPCR System,Bio-Rad的CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System,Illumina的Eco Real-Time PCR System,Life Technologies的QuantStudio™ 12K Flex System,Qiagen的Rotor-Gene Q,罗氏的LightCycler® systems,以及Thermo的PikoReal Real-Time PCR System等。   荧光定量PCR已经是一个相当成熟的技术了,不过当样本间的绝对差异较小时,qPCR检测的效果并不那么理想。例如,qPCR很难区分一个基因两拷贝和三拷贝之间的差异。好在,能够进行绝对定量的数字PCR技术诞生了。   数字PCR将样本分为许多份,使每一份包含零或一个拷贝的模板。然后在每一份样本中运行qPCR反应,对呈阳性的孔进行计数,以此确定样本中模板分子的绝对数量。这一技术的精确性非常高,可以区分很小的拷贝数差异。Bio-Rad、Fluidigm、Life Technologies和RainDance是目前几家主要的数字PCR厂商。
  • qCMOS vs EMCCD,科研相机迎来“光子定量”新纪元!
    帧速、分辨率、信噪比毋庸置疑,这是科研相机最重要的几项性能,它的发展主线,也始终紧紧围绕着“如何获得更快帧速、更高分辨率以及更优秀的信噪比”来展开。另一方面,光信号究竟有多强?各个像素上究竟收集到了多少光子?相机测得究竟准不准?诸如此类的“定量”需求,也是科研相机应用中一直会被问到的。 5月20日,滨松全球同步发布的ORCA-Quest qCMOS相机,在以上两个问题中都交出了一份突破性的答卷。接下来,工程师将会“掰开了揉碎了”,为大家详解新型定量qCMOS相机的各个“知识点”。鱼与熊掌可以兼得:高帧速、高分辨率以及高信噪比 早期的CCD相机中,像素数目越多(分辨率越高)、帧速越快,相机电路每秒钟需要读出的像素就越多,也就越不容易准确。换句话说,相机的读出速度越快,噪声就越高,继而影响到图像的信噪比和图像质量。针对这个问题,业界给出了两条解决的路子: (1)EMCCD与电子倍增技术当光子在芯片上转换为光电子之后,EMCCD利用电场将这些光电子加速,轰击材料产生更多电子,实现了信号的增益。由于电子倍增过程在数据读出之前,所以信号放大了但读出噪声维持原样——以此大幅提升了图像信噪比。(2)CMOS与极低的读出噪声 sCMOS(包括接下来我们要说的新发布的qCMOS)相机,则走了另外一条技术路线。sCMOS/qCMOS相机直接压制读出噪声——相比之前的CCD相机,sCMOS/qCMOS的读出速度大幅上涨,但读出噪声因为设计工艺的改进却反而下降了。这也是sCMOS在过去十年大行其道的根本原因。 站在2021年的时间关口上,当比较以上两个技术路线的产品,我们发现,CMOS技术路线中的滨松新型ORCA-Quest qCMOS相机,在参数上已经完全超过了EMCCD相机。 按照像素读出计算,ORCA-Quest的读出速度已经高出了EMCCD 1-2个数量级;而在信噪比上,即使在1个光子/像素的信号强度下,qCMOS的表现也已优于EMCCD。量变到质变:低读出噪声与光子定量得到今天这样碾压式的参数,源自于在CMOS势呈井喷的十年间,滨松一直关注更低的读出噪声。从最初Flash 4.0系列sCMOS相机1.4个电子的读出噪声,到Fusion系列sCMOS相机0.7个电子的读出噪声,直至ORCA-Quest qCMOS相机最低0.27个电子。 而当ORCA-Quest相机的读出噪声下降到0.27个电子时,量变终于产生了质变——实现了“光子定量”。 相机成像中,信号中的光子在像素中转化为电子被收集——称之为光电子。光子定量就是通过精确定量光电子的方式得到每个像素所收集到的光子数目。 在光子转换为光电子之后,光电子会在相机芯片中转化为电压/模拟信号。虽然会有一个转换系数存在(例如0.16mV/电子),但是由于读出噪声的原因,当一个像素中有3个光电子时,读出的电压并不一定就是 3e x 0.16mV/e = 0.48mV,而是一个0.48mV左右的一个不确定的电压数值,可能是0.43mV,也可能是0.62mV。 粗略地说,读出噪声越大,这个不确定性就越大。这就意味着,如果读出噪声比较大,当相机芯片中读出0.48mV的时候,对应像素中的光电子可能是3个,也可能是2个,4个,甚至1个,5个。 但如果读出噪声足够小,就不会出现上述情况——当读出0.48mV的时候,我们就能确定对应像素上是3个光电子,而非其他。通过概率理论计算,当RMS读出噪声(Readout noise rms)为0.3e时,这个准确度达到90%以上。 滨松ORCA-Quest qCMOS相机的最低读出噪声为0.27e rms,所以我们在相机中加入了上述“光子定量”(Photon number resolving)功能。用户可以直接读出每个像素中精确的光电子数目,从而获得像素所收集的光子数目。领跑背照的高分辨率:独特的“沟槽结构”芯片技术相机像素中,电子被硅等半导体材料转换为光电子之后,会被相应的电路收集;这些电路结构会阻挡光信号。为了消除这部分信号损失,背照技术中将这些电路结构放到了芯片的背后(如下图)。在理想的情况下,每个像素中的光电子会被本像素的电路通过电场进行收集,但在背照芯片中,由于结构毕竟有一定的厚度,收集光电子的电场可能并不容易将本像素对应的光电子全部收集——一部分光电子会扩散到相邻像素中,造成相机分辨率的下降。这也是为什么一般而言,前照式相机的分辨率会优于对应参数的背照式相机。在滨松ORCA-Quest qCMOS相机中,芯片采用了独特的“沟槽结构”(Trench structure),阻挡了相应的光电子扩散,配合4.6μm的像素大小,940W像素,极大提升了相机的分辨率。此外,EMCCD在近红外成像中存在干涉条纹的问题,而ORCA-Quest qCMOS相机通过特殊的背照芯片结构设计,也解决了这个问题,进一步保障了成像质量。我们对ORCA-Quest qCMOS相机的出现非常兴奋,并将之视为科研级相机“光子定量”纪元的开启。而未来我们也将继续前行,带来更多技术的革新。 滨松相机,从未停止追求巅峰的脚步。
  • 技术干货 | 实时荧光定量(qPCR)知多少
    实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR)是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析的方法。Real-timePCR是在PCR扩增过程中,通过荧光信号,对PCR进程进行实时检测。由于在PCR扩增的指数时期,模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系,所以成为定量的依据。qPCR 原理将标记有荧光素的Taqman探针与模板DNA混合后,完成高温变性,低温复性,适温延伸的热循环,并遵守聚合酶链反应规律,与模板DNA互补配对的Taqman探针被切断,荧光素游离于反应体系中,在特定光激发下发出荧光,随着循环次数的增加,被扩增的目的基因片段呈指数规律增长,通过实时检测与之对应的随扩增而变化荧光信号强度,求得Ct值,同时利用数个已知模板浓度的标准品作对照,即可得出待测标本目的基因的拷贝数。那在我们了解了qPCR的原理之后,我们接下来就要了解一下这几个我们在做实时荧光定量PCR的实验时,一定要清楚的知道的几个概念:CT值、扩增曲线、基线、荧光阈值和阈值循环数01Ct 值的定义在荧光定量PCR技术中,有一个很重要的概念 —— Ct值。C代表Cycle,t代表threshold,Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号到达设定的域值时所经历的循环数。02扩增曲线(amplification curve)是在实时荧光定量PCR中监测到的荧光信号随着循环数变化而绘制的一条曲线。在进行PCR反应过程中,通过检测系统对PCR管内的样品进行实时检测,最后将荧光信号值通过成像技术显现在计算机上。正常的扩增曲线包括四个阶段:基线期、指数增长期、线性增长期、平台期。03基线(baseline)是背景曲线的一段,在扩增反应的最初数个循环里荧光信号变化不大,接近一条直线。04荧光阈值(threshold)是在荧光扩增曲线指数增长期设定的一个荧光强度标准(即PCR扩增产物量的标准)。荧光阈值可以设定在PCR扩增的指数期。05阈值循环数表示每个PCR反应管内荧光信号达到设定的荧光阈值所经历的循环数,研究表明,各模板的CT值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,即起始拷贝数越多,CT值越小 起始拷贝数越少,CT值越大。我们利用已知起始拷贝数的标准品可做出以起始拷贝数的对数为横坐标,CT值为纵坐标的一条标准曲线。只要获得未知模板的CT值,即从标准曲线上计算出该模板的起始拷贝数。06荧光化学目前,实时荧光定量PCR技术主要通过两种方式——荧光染料或者荧光标记的探针对PCR产物进行标记跟踪,实时在线监控反应过程,并结合相应的软件对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度。现将其原理简述如下:1)TaqMan荧光探针:PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,该探针为一寡核苷酸,两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收;PCR扩增时,Taq酶的5’-3’外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,即每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。2)SYBR荧光染料:在PCR反应体系中,加入过量SYBR荧光染料,SYBR荧光染料特异性地掺入DNA双链后,发射荧光信号,而不掺入链中的SYBR染料分子不会发射任何荧光信号,从而保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步。那我们要如何选择qPCR的检测方法呢?下面我就列出他们各自的优缺点,大家可以参考一下! qPCR和常规PCR的区别实时检测(在对数扩增时期)而不是终点检测敏感性高需要样品少特异性高精确定量qPCR常见问题分析1.无Ct值出现检测荧光信号的步骤有误: 一般SG法采用72℃延伸时采集,Taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。引物或探针降解: 可通过PAGE电泳检测其完整性。模板量不足: 对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。模板降解: 避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。2. Ct值出现过晚(Ct38)扩增效率低: 反应条件不够优化。设计更好的引物或探针;改用三步法进行反应;适当降低退火温度;增加镁离子浓度等。PCR各种反应成分的降解或加样量的不足。PCR产物太长: 一般采用80-150bp的产物长度。3. 标准曲线线性关系不佳加样存在误差: 使得标准品不呈梯度。标准品出现降解: 应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品。引物或探针不佳: 重新设计更好的引物和探针。模板中存在抑制物,或模板浓度过高4. 负对照有信号引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix试剂盒。模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。5. 扩增效率低反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。反应体系中有PCR反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。6. 溶解曲线不止一个主峰引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的 mix 试剂盒。模板有基因组的污染:RNA提取过程中避免基因组DNA的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。7. 同一试剂在不同仪器上产生不同的曲线,如何判断?判断标准:扩增效率,灵敏度,特异性如果扩增效率在90%-110%,都是特异性扩增,都可以把数据用于分析。8. 扩增曲线的异常?比如“S”型曲线?参比染料设定不正确(MasterMix不加参比染料时,选NONE)模板的浓度太高或者降解荧光染料的降解
  • 用AFM统计定量研究纳米析出相
    对新型电子和功能材料的重视,以及对更轻重量和更可持续结构材料的需求,大大推动了聚合物、2D材料和陶瓷等材料的研究。然而,从飞机发动机到家用电器的众多工程应用仍然依赖于金属的高强度和耐用性。因此,金属材料的研究一直持续进行中,而且新材料及其新工艺的开发仍是当下材料界的研究热点,包括高品质高强钢、不锈钢、耐热钢及高温合金等材料[1-4]。大多数金属材料工程应用中必须考虑其强度和韧性。纳米级的第二相弥散强化既能够提高材料强度,又能改善材料韧性的方法之一,因此它对开发新的高性能材料非常有帮助,引起研究者的兴趣。目前,已经有文献报道纳米析出相Nanoprecipitates(NPs)可以大大提高材料的力学性能、耐蚀性、高温性能等。金属材料的性能强化机理与第二相的特征参数及分布有着密切的关系,很多材料强度计算模型也是基于第二相尺寸及百分含量进行计算的。如Friedel和Orowan模型,Friedel切过机制模型:其中r为粒子半径,f为析出相体积分数Orowan绕过机制模型:其中d为粒子半径上述模型说明材料的屈服强度与其内部第二相粒子的平均直径密切相关。此外,纳米析出物类型、尺寸和数量等对疲劳、蠕变等力学性能也有较大影响。因此 NPs的定量表征工作尤为重要。特别是基于当前众多材料均是利用NPs改善材料的力学性能、耐蚀性能、耐热性能、韧性等,析出相定量工作具有较为广泛的实际应用意义,简便、高效定量测试方法的开发工作尤为必要。金属材料的表面形貌与材料的服役过程中表面摩擦行为、腐蚀行为等密不可分,因此对表面形貌的定量分析显得极为有意义。同时金属材料里面的纳米析出相的力学性能一直是材料力学表征的难点,主要受限于尺寸问题,使得众多力学测量设备无能为力。而标准AFM的探针曲率半径为10nm左右,牛津AFM的AMFM技术可以完美解决金属纳米析出物的定量力学问题。表面形貌的定量统计目前, 传统的金属材料NPs的研究主要使用XRD,SEM和TEM。其中,XRD可以表征NPs平均尺寸,但仅能给出粒度范围,尺寸定量精度有限,无法同时获得NPs在材料内的分布。SEM可以表征NPs,但统计结果容易受到表面起伏的影响。由于材料表面腐蚀原因造成某些部位凸起也有可能被统计成析出物颗粒。而TEM可以观察NPs,但在定量统计NPs含量存在问题,主要是纳米析出相在金属材料晶粒和晶界上随机分布导致部分NPs以及边界不明显,从而导致后面的统计出现较大偏差。如图1所示,通过SEM和TEM检测贝氏体钢析出相的尺寸存在明显差异。因此本文推荐使用原子力显微镜检测的方法对金属领域中NPs的定量进行快速且精确的表征。图1 贝氏体钢微观形貌(a)SEM结果(b)TEM结果原子力显微镜(AFM)是一种高精度、快速的表征样品表面特征的技术,可以用来定量表征金属中的NPs。它不仅可以测量颗粒的大小,还可以定量测量其力学和电学性能。技术的进步使得Oxford AFM成像比上一代原子力显微镜的速度更快,操作更容易,数据更可靠。此外,AFM的样品制备要求与其它技术相比更方便,实际使用极具有优势。AFM可以通过形貌、相位图以及材料的力学性质图直接分析NPs。图2给出了高温合金经过抛光之后的析出相的AFM形貌图和相位图,图中可以清楚观察到NPs呈弥散分布,类圆形,尺寸主要分布在10-50nm,该结果与TEM观察结果一致,也说明了AFM表征粒子尺寸信息的准确性。图2 高温合金AFM形貌图,相位图和TEM图
  • 球差校正技术助力材料微结构与性能关系解析
    2021年10月30日,科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技与中国分析测试协会高校分析测试分会合作,首次冠名设立的“赛默飞高校分析测试优秀青年人才奖”在线揭晓获奖名单。作为微纳结构分析室负责人和重庆大学分析测试中心的助理研究员,张斌博士凭借优秀的技术成果荣获赛默飞高校分析测试优秀青年人才奖二等奖。对此,仪器信息网走进重庆大学分析测试中心并特别视频采访了张斌。电子显微镜发明于上世纪30年代,距今已90年,电子显微镜有两大特点:第一是超强的空间分辨能力,可以达到纳米甚至原子尺度;第二个是强大的分析能力,可以分析一些化学成分、电子结构等。张斌从研究生起便开始了电子显微学的研究,主要从事相变存储材料、热电材料等功能材料的微结构研究。在此基础上,为了解决一些问题,投身开发一些新的显微学分析方法。这一路走来,丰富的研究经历奠定了他今后在电子显微学的研究方向:电子显微学方法的开发和应用,以及材料微结构与性能关系的解析。当谈及这次的获奖技术成果“基于透射电子显微分析的材料微结构定性/定量研究”时,张斌谦虚地表示,“获奖核心技术不能说是太好的一些成果,就是有一点点小的进步而已。”其中,图像分析、数据处理分析的技术最早被用于相变存储材料微结构研究中空位分布的解析,其主要利用图像上点阵的位置和强度来描绘空位可能的占据以及定量化的动态演变过程。去年张斌团队将这套方法加以改进,首次应用在原子尺度的构型解析实践上,并取得突破。另一个核心技术成果经典案例就是制样,在做显微学分析时,观测100纳米及以上的Cu5FeS4颗粒存在尺度太大的问题,通过超薄切片和引入酸刻蚀腐蚀等方法,张斌团队将其内部结构解析得更加清楚。正是通过这种制样方法,张斌团队发现了二十面体、五次孪晶结构和独到的核壳结构等一系列丰富的结构信息,对热电材料的性能提升带来很大帮助。科研技术的发展离不开仪器技术的发展。张斌表示,这些成果的取得离不开球差校正技术的突破和发展,因为大部分实验图像来源于赛默飞的球差校正电镜,所有的图像分析都是基于球差校正获得的HAADF图像,正是有了这些清晰的照片和先进的技术,才能获得更多的实验结果。采访最后,张斌向我们展示了他的“收藏品”——上万片承载研究观察样品的小铜环。这里的每一片铜环都代表着一个人一次研究的样品,张斌从电镜装好的那一天就开始把这些铜环收集到玻璃皿中,近4年的积累,如今铜环数量已达上万片。关于重庆大学分析测试中心重庆大学分析测试中心,于2014年正式挂牌成立,是面向学校和社会开放的校级仪器共享机构和学科交叉融合平台。2018年3月通过国家级实验资质认定,具备为社会提供公正、科学、准确数据的条件和资格,成为可提供具有法律效力检验检测报告的第三方检测基地。中心遵从源于需求、重在统筹、共建共享、优化资源、科学管理、高效运行的建设原则,致力于为校内科研工作的顺利开展提供高水平测试服务,同时也为重庆市高校、企业及科研院所自主创新能力的提升提供服务与支持。
  • 上海交大团队用拉曼光谱助力分子定量检测
    )4月17日,国际顶级期刊Nature(《自然》)在线发表了题为“Digital colloid-enhanced Raman spectroscopy by single-molecule counting”(通过单分子计数进行数字胶体增强拉曼光谱定量检测)的研究论文。该研究针对表面增强拉曼光谱领域内定量的挑战,系统阐述了基于数字胶体增强拉曼光谱(digital colloid-enhanced Raman spectroscopy, dCERS)的定量技术。基于单分子计数,dCERS成功实现了超低浓度目标分子的可靠定量检测,为表面增强拉曼光谱技术的普遍应用奠定了重要基础。本文的第一作者为上海交通大学生物医学工程学院致远荣誉计划博士研究生毕心缘,通讯作者为叶坚教授。作为资深作者,邵志峰教授在基本概念、数据解析以及文章的凝练、修改等方面做出了关键贡献。Daniel M. Czajkowsky教授也对数据的物理原理与文章修改做出了重要贡献。上海交通大学是论文的唯一完成单位和通讯单位。图为论文发表截图。本文图片均由受访团队提供拉曼散射(Raman scattering)是Chandrasekhara Venkata Raman于1928年发现的一种指纹式的、具有分子结构特异性的非弹性散射光谱,并获得了1930年颁发的诺贝尔物理学奖。通过拉曼谱峰可以直接判断对应的分子结构,进而识别具体的分子的类型。该技术具有无需标记的优势,使其在物理、化学、生物、地质、医学、国防和公共安全等各个领域均具有重要的应用价值。拉曼信号通常比较弱,因此增强其信号就变得非常有必要。表面增强拉曼光谱(surface-enhanced Raman spectroscopy, SERS)源于1974年英国南安普敦大学化学系Martin Fleischmann等人的一个重要实验。1997年SERS迎来了里程碑的事件——单分子SERS检测的实现。自此,SERS技术被认为有希望使得拉曼光谱第二次获得诺贝尔奖。屏幕截图 2024-04-18 112443但是,随着SERS研究的不断深入,人们发现在低浓度检测时,拉曼信号强度存在极大的不可重复性。因此,具有单分子检测的灵敏度并不意味着超灵敏定量的实现。换言之,获得更高的增强因子只是实现SERS高灵敏定量检测的必要条件,而只有实现了具有可重复性的测量,SERS技术才具有实际应用与大规模推广的能力。这一困扰拉曼领域几十年的难题,难以在现有的技术框架中得到圆满解决。上海交通大学生物医学工程学院叶坚教授和邵志峰教授团队发明了数字胶体增强拉曼光谱(dCERS),利用胶体纳米颗粒,可以实现较高效率的单分子检测。通过该单分子计数的方式可以实现对多种分子(如染料分子、代谢小分子、核酸、蛋白)的定量检测。其中,dCERS技术所采用的胶体颗粒的合成步骤简单,易于放大生产,在应用中,可以方便地取出每个批次的少量颗粒来针对具体的目标分子预先建立标准曲线,从而可以可靠地用于后续未知浓度样本的定量。为了确立dCERS在实际测量中的潜力,该团队选取了百草枯和福美双作为展示实例。百草枯是一种高效、剧毒的除草剂,可以诱导帕金森氏病的发生,目前已有32个国家严格禁止其使用。福美双是一种含硫剧毒杀真菌剂,被欧盟归为二类致癌物。因此,超高灵敏度的、准确可靠的定量检测技术对于这些分子的检测非常重要,尤其是致癌物,原则上不存在安全剂量。选取普通的湖水作为背景并混入微量的百草枯,该团队成功实现了低于欧盟最大残留量规定三个数量级的检测灵敏度。对于福美双,该团队选取了实验室培养的豆芽提取液,达到了优于质谱五个数量级的检测灵敏度。他们证明了,通过系列稀释的方法,检测中的背景干扰可以得到完美的抑制,从而实现准确的靶分子浓度的测量。而dCERS的超高灵敏度和可靠的统计分布是实现这些定量测量的关键基础。图为研究团队成员。这项研究展示了dCERS技术基于单分子计数实现了超低浓度目标分子在未知复杂背景中的可重复性定量,无需使用任何目标分子的特定标记。由于不同的目标分子大多具有独特的SERS光谱,dCERS可以实现多种不同分子的同时定量检测,因此具有很好的应用前景。另外,本工作使用的胶体纳米颗粒可以方便地进行大规模生产和制备,而检测方法相对简单,因此,dCERS有望进一步推动高灵敏检测技术的变革和进步。今年刚好是发现SERS技术的50周年,随着dCERS技术的进一步成熟,dCERS在生命科学、临床医学、环境保护、食品检测、国防与公共安全以及基础研究等领域有望得到广泛应用。
  • 第二届近红外纤维定量分析比对试验结果公布
    纺织品纤维含量分析是决定纺织产品标识准确度的重要因素,多国制定相关技术法规,要求纺织服装产品上贴有永久性的标签,并在标签上按照规定的方法注明产品的纤维成分及含量。传统纺织品成分定量方法采用的化学溶解法存在着使用化学试剂、对环境污染、检测周期长、破坏样品等缺点。近红外光谱分析技术作为一种新兴检测技术已经开始迅速被应用于纺织品成分定性和定量检测,具有快速、无损、环保、便捷等优点。该技术主要利用在近红外光的照射下,不同的纤维成分呈现不同吸收峰,其成分含量不同则体现出不同大小、缓陡的吸收峰,利用相应的化学计量学方法和纤维成分数据库,即可获得准确的纤维成分及含量。但在纺织品纤维定量方面,由于近红外模型受仪器类型、实验室环境、织物结构、颜色、染料、纤维含量、检测条件等因素影响,校正模型建立好坏程度直接影响其预测效果,且目前仍存在定量模型无法统一或互通的问题。中国海关科学技术研究中心工业与消费品安全研究所联合深圳市菲雀兰博科技研究中心有限公司,在中国仪器仪表学会近红外光谱分会的大力支持下,于2021年成功举办了第二届(2021)近红外纤维定量分析比对试验,以期推动近红外光谱分析技术的发展和应用。本次比对试验,共涉及棉/氨纶、聚酯纤维/氨纶、棉/聚酯纤维、锦纶/氨纶、棉/聚酯纤维/氨纶 5 大类别,4 类二组分,1 类三组分。分别是棉/氨纶(1-3#)、聚酯纤维/氨纶(4-6#)、棉/聚酯纤维(7-9#)、锦纶/氨纶(10-12#)、棉/聚酯纤维/氨纶(13-15#),五组面料均由中国海关科学技术研究中心工业与消费品安全研究所提供。本次比对试验共有16个机构报名参加,包括中纺标检验认证股份有限公司、北京市毛麻丝织品质量监督检验站、天纺标检验认证股份有限公司、青岛市产品质量监督检验研究院、江苏省纺织产品质量监督检验研究院、南通市纤维检验所、上海英柏检测技术有限公司、上海冉紫实业有限公司、上海纺织集团检测标准有限公司、国家纺织服装产品质量监督检验中心(浙江桐乡)、浙江中纺标检验有限公司、福建省纤维检验中心晋江检验部、中山海关技术中心、广州亚诺检测技术有限公司、中纺标(深圳)检测有限公司、深圳市英柏检测技术有限公司等。在规定期限内有15家实验室反馈了测试结果,1家实验室取消了比对。在15个实验室中,Lab 1、2、3、7、11参加了全部模型比对;Lab 6、8、9、10、12参加了4个模型的比对;Lab 4、5、14、15参加了3个模型比对;Lab16参加1个模型比对。执行标准FZ/T 01144-2018。结果Z比分数图:从参试实验室比对结果可以看出,棉/氨纶、聚酯纤维/氨纶两类样品,各参试实验室所建模型预测结果较为理想,锦纶/氨纶、棉/聚酯纤维、棉/聚酯纤维/氨纶样品,存在少数参试实验室所建模型预测结果不理想的情况。由于纺织纤维种类众多,且复合织物的种类和比例各不相同,使得近红外光谱校正模型的建立难度较大,需要大量的样本数据,校正数据的准确性及合理的计量学方法都对测试结果有影响。针对此次近红外纤维定量分析比对计划,对于相关模型的建立,给出以下建议:1)样品筛选:某些较厚双层针织结构的织物,其谱图看不到明显的吸收峰,或与其他的谱图偏差较大,在建模过程中,此类样品对模型的建立会造成很大影响,不适宜做校正样品,应该去除。2)样品采集: 样品采集过程中,建议将样品折叠适宜厚度,一般4层,水平放置测试窗口上,并在样品上施加一固定压力。采集中对于吸收峰不明显、谱图偏移或漂移严重、光谱形态异常的应提前剔除。3)光谱数据预处理:仪器采集的原始光谱中除包含与样品组成有关的信息外,同时也包含来自各方面因素所产生的噪音信号。这些噪音信号会对谱图信息产生干扰,从而影响校正模型的建立和对未知样品组成或性质的预测。光谱数据预处理主要解决光谱噪音的滤除、数据的筛选、光谱范围的优化及消除其他因素对数据信息的影响,为下步校正模型的建立和未知样品的准确预测打下基础。常用的数据预处理方法有导数、滤噪(平滑)、多点基线校正、归一化处理等。在近红外分析中,对于样品不同组分之间的相互干扰导致吸收光谱谱线重叠的现象,可采用求导的方法进行处理。其中常用的是一阶导数和二阶导数。4)定量校正算法: 近红外光谱分析常用的计量方法有主成分分析(PCR),偏最小二乘法(PLS)和人工神经网络法(ANN)等,其有着各自的优点和局限。选择适合的校正算法,对模型的适用性,有效性有着显著帮助。比如:TQ Analyst提供了定量校正算法,包括了比尔定律、最小二乘法(CLS)、偏最小二乘法(PLS)和主成分回归法(PCR)等。其中在纺织纤维定量检测模型中,偏最小二乘法(PLS)较为经典和常用。5)光谱波长范围的选择:光谱范围的选择在NIR定量分析模型的建立中是最难的一步。至今为止,化学计量学领域仍无完美算法来选择最佳的光谱范围。目前,已有一些配套软件可实现自动化选择光谱范围。例如:TQ Analyst软件中自带Suggest向导进行自动选择光谱范围。光谱波长范围的选择会直接影响模型的精度,即相关系数与均方差。6)建模及模型优化:近红外光谱存在谱带宽、重叠较严重、吸收信号弱、信息解析复杂等问题,它依赖于化学计量学方法,在样品待测属性值与近红外光谱数据之间建立一个校正模型,再通过模型对未知样品的近红外光谱进行预测来得到各性质成分的预测值。目前,近红外建模方法大都以“光谱数据预处理,波长筛选进行特征降维和突出,再通过PLS、SVM算法进行建模”的方法为主。建模的优化常见于如何使用预处理算法对光谱进行预处理,来消除仪器变异所引起的偏差;如何使用波长选择算法,提取光谱中的有效特征;如何利用化学计量方法建立稳定可靠的模型。除此之外,随着人工智能技术的发展,深度学习可以利用现有的大规模已标记数据集训练出一个预测能力强、鲁棒性好的多层网络结构模型。此外深度学习方法建模,其对预处理、波长选择等依赖性很低,该法也将为近红外光谱检测带来新的机遇。
  • AES/XPS/SIMS/GD-OES(MS)深度剖析定量分析
    溅射深度剖析作为表面分析的常规技术,被广泛应用于膜层结构元素成分随深度变化的表征,但由于溅射、样品粗糙度以及测量信号来源于距样品表面不同的深度等因素的影响,使得测量的深度谱与原始的膜层结构比较可能会有较大的畸变。对测量深度谱数据进行定量分析,不仅可以确定样品的膜层结构,还可以获得其界面粗糙度、元素间的互扩散系数、元素的溅射速率、以及溅射深度分辨率等定量信息。报告讨论了多晶样品深度剖析中溅射诱导粗糙度产生的原因及消除的方法。并以4Si(15nm)/Al(15nm) AES、XPS和ToF-SIMS,以及60Si(3.7nm)/B4C(0.3nm)/Mo(3.0nm) 脉冲-射频-GDOES等深度谱为例,讨论了溅射诱导粗糙度对测量深度谱的影响及其相应的定量分析。同时还提出了将TV正则化与MRI深度分辨率函数结合,对深度谱数据进行反卷积定量分析的新方法,并应用于8Ni(25nm)/Cr(25nm) AES、60Si(3.5nm)/Mo(3.5nm) 脉冲-射频-GDOE和ToF-SIMS深度谱的定量分析,获得的膜层结构与HR-TEM的测量结果相吻合。点击查看视频回放王江涌,博士,教授,1984年武汉大学理论物理专业学士;1989年四川大学原子与分子物理专业硕士;1997年南非自由州大学表面物理专业博士;1998-2001年美国堪萨斯州立大学物理系研究助理;2001-2009年德国马普金属研究所高级研究员;2009年起任汕头大学物理系教授。从事表面分析工作近三十年,在薄膜相变及深度剖析定量分析领域做出了诸多创新性工作。发表英文专著2部,论文150余篇(SCI 110余篇)。现任广东省分析测试协会表面分析专业委员会副主任委员、中国机械工程学会表面工程分会常务委员;《功能材料》、《材料科学研究与应用》与《表面技术》等期刊编委、评委。
  • 体视荧光模块实现定量实验的要求
    体视荧光模块采用双色三通道设计,最多可实现3色荧光的观察需求,可选配V/B/G/Y/R在内的相关波段,配套数显屏显设计,实现定量实验的要求,对于亮度调节变得更加可控。另外扩大了通光视野范围,相比之前,与显微镜兼容匹配性更高。还可匹配各品牌伽利略光学系统体视显微镜,使普通显微镜实现荧光功能,且不改变显微镜原有光路,轻松为普通显微镜实现荧光观察功能。体视荧光模块实现定量实验的要求,使用改性沥青提升路面的耐磨耗能力和延长道路的使用寿命,已经成为我国基建的新常态。成品的改性沥青对比普通沥青优势明显,但其品质无法用肉眼观察分析,这导致很多客户在因达不到效果而与上游产生质量问题纠纷。对沥青掺杂橡胶、树脂、高分子聚合物、磨细的橡胶粉或其他填料等外掺剂,或利用轻度氧化加工等措施,使沥青或沥青混合料的性能得以改善制成的沥青结合料,就是改性沥青。性能优势:1、双色三通道结构设计,标配两个大视野荧光通道与一个明场通道;2、可根据用户需求,自由选择荧光波段、数量,波段切换稳定顺畅;3、采用LED冷光源,驱动电源、LED激发光源及荧光滤光组一体化;4、侧置通道、亮度数字化显示直观便捷;5、体视荧光模块基本可以将沥青放大到100X,对沥青的观察也十分简便。同时,它采用优异的无限远平行光路系统,LED荧光双光路照明设计。体视荧光模块应用领域:生物活体成像;线虫;果蝇;斑马鱼;胚胎;司法刑侦。体视荧光模块产品详情页:体视荧光模块 BGU-LED-ZMH
  • 上海光机所在研究铝磷酸盐玻璃的结构和性质方面取得进展
    近日,中国科学院上海光学精密机械研究所高功率激光单元技术实验室胡丽丽研究员团队采用了一种将实验、分子动力学模拟和定量结构性质关系分析(QSPR)相结合的方法研究磷酸铝玻璃,相关研究成果发表于《美国陶瓷》(Journal of the American Ceramic Society)。目前,磷酸铝玻璃在许多领域都有广泛的应用,包括生物医学材料、光学元件、密封材料和核废料固化等。通过实验技术手段对磷酸铝玻璃的短程结构已有较多的研究,但其性质与中程结构之间的关系尚不清楚。而分子动力学模拟已成为了研究的有效工具,在揭示玻璃性质的结构起源方面发挥着越来越重要的作用。   在本项研究中,研究人员结合了实验、分子动力学模拟方法研究Al2O3对磷酸铝玻璃的短程及中程结构的影响,并通过QSPR方法建立其结构性质模型。通过拉曼、同步辐射等实验结果验证了模拟的准确性。模拟结果表明,玻璃网络中存在的P-O-P键随Al2O3含量变化逐渐被P-O-Al键替代,对玻璃的性能变化起着重要的作用。同时,磷酸铝玻璃中的长链易形成环状结构,并集中在4~20元环。此外,利用三个不同的结构描述符来建立QSPR模型,并成功地将实验数据与模拟结果相关联,表现出良好的模型预测性。这一方法为预测玻璃性质及设计玻璃组分提供新思路。图1以磷酸铝玻璃的(a)配位数(CN)、(b) Qn、(c)环尺寸作为结构输入所建立的定量结构-性能关系模型。从左到右列为结构描述符Fnet分别与实验密度、硬度、玻璃化转变温度和热膨胀系数的关系。
  • 酷搏科技推出q900系列384孔高通量荧光定量PCR系统
    96孔荧光定量PCR仪已成为分子生物学实验室的必备工具,但对于基因表达分析、基因分型研究(SNP/CNV)、病原体检测、核酸药物开发、测序文库定量、作物育种等细分领域,依然存在更高通量的荧光定量检测需求。为此,酷搏科技于2023年夏天推出全新产品——Quantagene q900系列384孔荧光定量PCR系统,以更全面的功能、更快速的检测、更准确的定量结果助力用户更高效的实验室研究。产品特点一台优秀的荧光定量PCR仪,需要在运行快速、操作简便的基础上最大程度实现每个反应孔温度、光学性能的一致,从而得到准确的检测结果。为了实现这一目标,q900的热循环系统设计了3组独立输出的Peltier模块,分别对加热模块的 3个区域独立控制,确保不同区域间的温度均一性。反应体积5µ l,全部384孔使用完全一致的反应溶液时Tm值的分布。图中Tm最大与最小值之差为0.18°C,Tm平均值为80.52°C。另一方面,q900 采用独特的双重反射静态光学模组阵列技术。每个光学通道配置独立的长寿命 LED光源、滤光片组和CMOS相机,双重反射的设计在小体积的机身中延长光路,降低孔板中心和边缘的荧光信号差异。左:在q900MX上使用四种探针(蓝色:FAM,绿色:HEX,黄色:ROX,红色:Cy5)分别进行7个浓度10个梯度稀释(n=6)的一步法四重RT-qPCR实验。右:双重反射静态光学模组阵列结构示意图。性能展示优秀的384孔整板Ct一致性得益于均一的热循环系统和稳定的光学系统,q900可以轻松实现整板Ct标准差小于0.05,有效消除边缘效应,在任何孔位进行实验都可以获得相同的准确结果。实验一实验二实验三仪器编号123Ct平均值17.77517.78317.580Ct 标准差0.0220.0200.031Ct CV0.12%0.11%0.18%使用q900进行整板实验的全384孔归一化扩增曲线图及Ct值附近局部放大图大范围浓度精准定量q900可以在100-1010拷贝/反应范围内进行定量检测,稳定均一的温控系统确保全浓度范围高效扩增,为文库定量、基因表达定量等应用提供更准确的数据结果。仪器型号q225q900扩增效率100.1%100.1%R20.99960.9996使用q225及q900进行连续2倍梯度稀释实验,反应体积5μl,每一浓度三个平行反应。在Ct值为4-30的区间范围内,q900均可以进行准确定量,且结果与q225实验结果高度一致。1-25μl反应体积均可适配考虑到操作方便性,q900推荐反应体积为5-10μl。而对于样本或试剂较为珍贵的情况,在q900上使用低至1μl的反应体系,依然可以获得相同准确性的测试结果,配合拟合算法计算Ct值,使得相同反应体系在不同反应体积下可以获得完全一致的Ct结果。反应体积Ct平均值Ct标准差20μl17.9180.05010μl17.9150.0075μl17.9330.0092μl17.9390.0271μl17.9540.026新品试用活动已开启,诚邀您来体验q900系列384孔荧光定量PCR仪的高效、准确与便捷。详询北京酷搏科技有限公司或各地销售伙伴。
  • 3D液滴微反应器用于手持拉曼光谱仪进行定量SERS检测
    定量测量是表面增强拉曼光谱(SERS)的终极目标之一,但在控制热点的均匀性和将目标分子置于热点空间中存在困难。中科院合肥物质研究院健康与医疗技术研究所、合肥肿瘤医院 Pan Li教授、HongZhi Wang教授、Liangbao Yang 教授等证明了一种方便的三相平衡控制三维(3D)热点液滴收缩的方法,用于使用手持拉曼光谱仪定量检测血清中的抗癌药物 5-氟尿嘧啶(5-FU)。在添加负离子和丙酮后,水性纳米颗粒 (NP) 胶体与不混溶的油氯仿 (CHCl3) 摇晃引发液滴收缩,不仅使纳米颗粒靠近,而且还可以充当微反应器以增强空间富集分析物在等离子位点的能力,从而实现同时控制 3D 热点和将目标分子放置在热点中。此外,使用高速相机、原位透射电子显微镜(原位 TEM)和暗场显微镜(DFM)研究了银胶体液滴的收缩过程,证明了纳米粒子在液滴中的稳定性和均匀性。缩小的 Ag NP 液滴在 50-1000 ppb 的大范围内对 5-FU 的定量分析表现出出色的 SERS 灵敏度和重现性。因此,它有望用于复杂系统的定量分析和生物反应的长期监测。表面增强拉曼光谱 (SERS) 因其提供超灵敏检测和指纹信息的优势而被广泛应用于各个领域。 众所周知,SERS 的信号放大主要来自与金属纳米结构相关的表面等离子共振 (SPR) 引起的巨大电磁增强,也称为等离子“热点”,其中只有热点内的分子 可以显着放大。 理想的 SERS 纳米结构应具备为传感应用提供高信号增强和产生均匀响应的能力。 然而,由于活性纳米结构上 SERS 增强的重现性差和分布广泛,定量 SERS 测量仍然面临挑战。为了实现可靠的定量 SERS 检测,需要解决制造均匀 SERS 基底和将目标分子置于热点中的两个主要挑战。 SERS检测的典型模式包括固体纳米阵列和胶体聚集测量,但少数基板可以同时实现控制热点的均匀性和将分子置于制造的热点中。 通过固体纳米阵列方法,制造均匀纳米级热点的不同尝试,例如使用不同的封端剂,嵌段共聚物自组装,或对流自组装,但是由于咖啡环效应,干燥固体纳米阵列基底上的分析物液滴可能会产生不均匀的分子吸附。 此外,整个基底上只有一小部分有效的热点位置,从而导致信号均匀性变差。对于具有大量热点的基于胶体聚集体的 SERS 方法,离子强度降低导致纳米粒子的快速聚集可能导致纳米粒子对分子的吸附较弱,从而导致分子可及性差和灵敏度差。因此,制造均匀的纳米结构热点和将分子高效定位到等离子体热点位点是 SERS 定量分析的主要目标。与传统的固体纳米阵列和胶体聚集 SERS 测量相比,具有可变性和多功能性的液-液界面组装方法可以为二维 (2D)和三维 (3D) 纳米颗粒阵列的制备提供有效途径。更重要的是,它可以实现分析物在等离子体热点中定位的可行性。 尽管如此,界面 SERS 平台仍存在激光共焦体积利用不足和对热刺激的潜在敏感性以及物理搅拌下的信号波动导致 SERS 信号不稳定的困难。文章详细信息:文章题目:Controlling the Shrinkage of 3D Hot Spot Droplets as a Microreactor for Quantitative SERS Detection of Anticancer Drugs in Serum Using a Handheld Raman Spectrometer作者:Guoliang Zhou, Pan Li,* Meihong Ge, Junping Wang, Siyu Chen, Yuman Nie, Yaoxiong Wang, Miao Qin, Guangyao Huang, Dongyue Lin, Hongzhi Wang,* and Liangbao Yang*Citas: Anal. Chem. 2022, 94, 4831−4840
  • 荧光定量PCR实验,荧光标记怎么选?
    荧光定量PCR技术是将常规的PCR和荧光检测技术相结合,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,以此实现对初始模板的定量分析。荧光定量PCR技术作为当今生物学研究的重要手段之一,在基础科学、生物技术、医学研究、法医学、诊断学等多方面具有广泛的应用前景。说到荧光定量PCR技术,我们经常会问类似于“你的实验是染料法还是探针法”,“你用的探针是什么类型”等之类的问题,这其实是对荧光标记的选择。根据荧光标记的不同,可以将荧光定量PCR实验分为探针法和染料法两大类。染料法染料法利用能与DNA双链结合的染料来实现,如SYBR Green I。该染料在游离状态下呈现微弱的荧光,一旦与双链DNA的双螺旋小沟结合,其绿色荧光增强约1000倍。因此其总的荧光强度与双链DNA含量成正比,利用这一关系可以反映生成的PCR产物的量(图 1)。SYBR Green I的最大吸收约在497 nm,发射波长最大约在520 nm,与FAM荧光分子的光谱性质类似,因此在所有的荧光定量PCR设备中都是第一通道检测,即“FAM/SYBR Green I”通道。▲ 图1 染料法原理图理论上,所有能与双链DNA结合的染料都可以用于qPCR检测,如溴化乙锭EtBr,碘化丙啶PI,吖啶橙、Cy3等。而选择用于qPCR反应的染料通常会从信号强度、生物安全性、检测简便性和经济适用性这几个因素考虑。例如EtBr可能存在潜在的致癌性。综合考虑下来,SYBR Green I成了比较理想的选择。目前,使用Evagreen的实验者也越来越多,Evagreen作为一种新型的染料,其光谱性质与SYBR Green I类似,其优势在于:▶ 对PCR反应的抑制程度小。高浓度SYBR Green I会强烈抑制PCR反应,因此要控制其使用浓度,一定程度上降低了DNA检测的灵敏度。▶ 与DNA结合密度高。单位长度的DNA双链上Evagreen的密度更高,为饱和型染料,消除了SYBR Green I存在的“染料重分布”的缺陷,提高检测灵敏度的同时也可用于高分辨率溶解曲线HRM。▶ 化学性质更稳定,适合长期保存。TaqMan 探针TaqMan 探针基本可以满足60%以上的qPCR实验,如常规的基因表达和拷贝数变异CNV实验。TaqMan 荧光探针是一种寡核苷酸探针,荧光基团连接在探针的5' 末端,而淬灭剂则在3' 末端(图2)。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针,探针完整时,报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收 PCR扩增时, Tag酶的5' -3' 外切酶活性将探针酶切降解,使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离,从而荧光监测系统可接收到荧光信号,每扩增一条DNA链,就有一个荧光分子形成,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。常用的荧光基团是FAM,TET,VIC,HEX。▲ 图2 Taqman探针MGB探针对于要分辨单碱基差异的SNP实验,采用对碱基错配容忍度更低的MGB探针,在淬灭基团后加入了DPI3基团(图3),从而提高了与靶标结合的亲和力;而且可以对靶点碱基进行化学修饰,如PeptideNucleic Acid和Locked Nucleic Acid。▲ 图3 MGB探针双杂交探针Taqman探针对探针的长度有比较严格的要求,双杂交探针则消除了这一“缺陷”。双杂交探针是由两条寡核苷酸单链组成,一条的3’端带有供体荧光分子,另一条的5’端带有受体荧光分子(图4)。游离状态下荧光供体会发出荧光,但当两条单链都匹配到模板链上时,就会发生荧光共振能量转移FRET,受体荧光分子就可以发出荧光,其荧光强度与生成的产物的量成正比。双杂交探针的优势有两点:摆脱了探针长度的限制,较长的探针可以提高与模板匹配的成功率;只有上下游两条探针都正确匹配后才能检测到受体荧光分子发出的荧光,特异性有所提高。▲ 图4 双杂交探针分子信标探针游离状态下,分子信标探针是一种茎环结构,其环状部分的15-30个碱基可以与靶标区域相结合匹配,下端的配对区域(左右一般各5-6个碱基)则由重复的GC组成,从而将5’的荧光分子和3’的淬灭基团紧紧聚在一起,荧光发生淬灭;当退火时,分子信标探针解开环并与模板靶标杂交,这样荧光分子和淬灭基团的物理距离就变大了,荧光淬灭的前提就打破了(图5)。除了MGB探针,分子信标探针也非常适合用于SNP检测。▲ 图5 分子信标探针除了上述几种类型的探针之外,还有尝试将引物和探针功能相结合的技术,如Amplifluor、LUX等,在设计难度上有所提高,但使用时更简便。各有其应用的侧重点和设计上的利弊,在此不多赘述。那么在荧光定量PCR实验中,我们应该如何进行选择呢?在这里,给大家总结了一些两种方法的区别,供大家参考。表1 染料法和探针法的区别
  • 定量蛋白质组学揭示内质网应激作用下蛋白质的构象变化
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章Quantitative Structural Proteomics Unveils the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress1,文章的通讯作者是来自美国佐治亚理工学院的Ronghu Wu助理教授。在真核细胞中,内质网(endoplasmic reticulum,ER)负责蛋白质组中40%蛋白质的合成和成熟。蛋白质合成或折叠过程中的变化都将影响内质网的稳态,进而导致未折叠蛋白的积累和蛋白分泌效率的降低。在过去几十年的研究中,内质网应激反应被广泛研究,但是内质网应激反应后蛋白质折叠状态的变化却没有被深入研究。基于丰度的蛋白质组学方法不能直接用于分析蛋白质状态的变化,在这篇文章中,作者整合了半胱氨酸(cysteine,Cys)共价标记、选择性富集和定量蛋白质组学,称为半胱氨酸靶向共价蛋白绘制(cysteine targeted covalent protein painting,Cys-CPP),用于研究蛋白质组范围内的蛋白质结构和变化(图1A)。  使用CPP分析蛋白质结构,需要一种具有高反应活性的探针。作者设计了一种针对半胱氨酸的探针,其中包含半胱氨酸反应基团、用于富集的生物素部分和用于生成半胱氨酸特异性识别位点标签的可裂解连接部分(图1B)。以变性处理后的蛋白样品作为蛋白质展开形式的参考,计算肽段在原始样本和变性样本中的比例从而获得宝贵的蛋白质结构信息。  图1.利用半胱氨酸反应探针定量分析人细胞蛋白质组中半胱氨酸暴露率的原理。(A)Cys-CPP的一般工作流程。(B)半胱氨酸残基与探针之间的反应。富集后,进行紫外裂解,在修饰的半胱氨酸上留下一个小标记,用质谱进行位点特异性分析。  半胱氨酸暴露率Rexpo通过每条肽段在原始样本和变性样本中的比值进行计算。结果显示:(1)半胱氨酸的暴露率和溶剂可及性呈现正相关(图2C) (2)在丝氨酸和苏氨酸等极性氨基酸残基旁边的半胱氨酸具有相对较高的暴露率,这与人们普遍认为亲水残基更有可能暴露在蛋白质表面的观点一致 (3)甘氨酸和脯氨酸附近的半胱氨酸具有更高的暴露率,这是因为这两种氨基酸通常出现在蛋白质的转角和环结构中,对半胱氨酸的空间位阻较小 (4)半胱氨酸暴露率与其有/无序区(图2D)或所处二级结构(图2E)的相关性分析均表明,较低的暴露率与更稳定和结构化的局部环境有很好的相关性。这些数据结果共同证明目前的方法可以准确地测得半胱氨酸暴露率,并为蛋白质结构提供有价值的信息。  图2.HEK293T细胞中半胱氨酸暴露率的分析。(A) VAHALAEGLGVIAC#IGEK(#代表标记位点)的串联质谱样本。报告离子的强度使我们可以准确定量一个半胱氨酸的暴露率(左框为报告离子强度的放大视图)。(B)蛋白CCT3中被定量半胱氨酸的定位和暴露率演示(PDB代码:6qb8)。(C−E)比较不同的溶剂可及性(C)、预测无序区(D)和二级结构(E)的半胱氨酸暴露率。  衣霉素(Tunicamycin,Tm)可抑制 N-糖基化并阻断 GlcNAc 磷酸转移酶 (GPT)。由于蛋白质的N-糖基化经常发生在共翻译过程中,在蛋白质折叠的调节中起着至关重要的作用,所以衣霉素会引起细胞内质网中未折叠蛋白的积累并诱导内质网应激。基于此,作者用衣霉素对细胞进行处理,计算并对比了衣霉素处理样本和正常样本中的半胱氨酸暴露率。正如预期的那样,Tm处理样本中许多半胱氨酸的暴露率升高,且Tm对于蛋白质不稳定区域的作用尤为显著。根据Tm处理样本和正常样本之间半胱氨酸暴露率的差值,作者将所有位点划分为5个部分,在Tm处理下,近三分之一的半胱氨酸定位区域没有明显的结构变化(差值在-0.05~0.05之间),而28%的位点则高度暴露(差值0.15)(图3B)。对这两种蛋白质进行基因本体(GeneOntology,GO)功能富集分析(图3C),结果显示:差值在-0.05~0.05之间的蛋白通常是糖异生或折叠过后具有良好结构区域的蛋白,而差值0.15的蛋白则是与囊泡转运相关的蛋白。这表明抑制N-糖基化主要影响经典分泌途径中的蛋白质,与预期相符。  图3.利用Tm抑制蛋白质N-糖基化对蛋白质折叠影响的系统研究。(A)Tm处理和对照样品之间半胱氨酸暴露率的比较。(B) 不同暴露率变化范围内的蛋白质数量。(C)在具有高度展开或稳定区域半胱氨酸的蛋白之间进行GO功能富集分析。  由于Tm对于预先存在的、折叠良好的蛋白质所产生的影响可能远小于对新合成蛋白的影响,分别研究Tm对这两种蛋白的影响是必要的。作者通过将目前的方法Cys-CPP与细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记(pSILAC)结合(图4A),探究了细胞中已存在蛋白和新合成蛋白在内质网应激作用下的不同变化。结果显示:(1)抑制N-糖基化对新合成蛋白的去折叠影响比对已存在蛋白的影响更显著(图4C) (2)N-糖基化除了调节蛋白质的二级结构外,在蛋白质三级或四级结构的形成中起着更重要的作用(图4D)。  图4. 抑制N-糖基化对新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态影响的研究。(A)量化新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态变化的实验设置。(B) 经Tm处理和未经处理的细胞中新合成和已存在蛋白质的重叠。括号内为每组蛋白质数。(C)不同蛋白质组中暴露率的分布。(D) 在有或没有Tm处理的细胞中、在不同的二级结构下,新合成和已存在蛋白之间半胱氨酸暴露率的差值分布。  本文通过设计一种半胱氨酸靶向探针,定量半胱氨酸残基的暴露率,系统地研究了蛋白质的结构以及结构的变化。结果表明,半胱氨酸暴露率与蛋白质局部结构的相关性非常好。利用该方法,作者研究了Tm引起的内质网应激反应下细胞中蛋白质的结构变化。此外,通过将Cys-CPP与pSILAC结合,研究了在内质网应激反应下原有蛋白和新合成蛋白的结构变化差异,并详细分析了内质网应激对蛋白质去折叠的影响,深入和准确地了解内质网应激下的蛋白质结构变化,有助于深入了解蛋白质的功能和细胞活性。  参考文献:[1] Yin K, Tong M, Sun F, et al. Quantitative Structural Proteomics Unveil the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress[J]. Analytical Chemistry, 2022,
  • 上海交大叶坚教授团队Nature发文:拉曼光谱助力分子定量检测
    2024年4月17日国际顶级期刊Nature(《自然》)在线发表了题为“Digital colloid-enhanced Raman spectroscopy by single-molecule counting”的研究论文。该研究针对表面增强拉曼光谱领域内定量的挑战,系统阐述了基于数字胶体增强拉曼光谱(digital colloid-enhanced Raman spectroscopy, dCERS)的定量技术。基于单分子计数,dCERS成功实现了超低浓度目标分子的可靠定量检测,为表面增强拉曼光谱技术的普遍应用奠定了重要基础。 本文的第一作者为上海交通大学生物医学工程学院致远荣誉计划博士研究生毕心缘,通讯作者为叶坚教授。作为资深作者,邵志峰教授在基本概念、数据解析以及文章的凝练、修改等方面做出了关键贡献。Daniel M. Czajkowsky教授也对数据的物理原理与文章修改做出了重要贡献。上海交通大学是论文的唯一完成单位和通讯单位。该工作得到了上海交通大学古宏晨教授、徐宏教授和沈峰教授的帮助,得到了国家自然科学基金委、国家重点研发计划、上海市科学技术委员会、上海市妇科肿瘤重点实验室、上海交通大学、王宽诚教育基金会的资助。该成果成员:(从左往右)邵志峰、叶坚、毕心缘、Daniel M. Czajkowsky拉曼散射(Raman scattering)是Chandrasekhara Venkata Raman于1928年发现的一种指纹式的、具有分子结构特异性的非弹性散射光谱,并获得了1930年颁发的诺贝尔物理学奖。通过拉曼谱峰可以直接判断对应的分子结构,进而识别具体的分子的类型。该技术具有无需标记的优势,使其在物理、化学、生物、地质、医学、国防和公共安全等各个领域均具有重要的应用价值。拉曼信号通常比较弱,因此信号增强就变得非常有必要。表面增强拉曼光谱(surface-enhanced Raman spectroscopy, SERS)源于1974年英国南安普敦大学化学系Martin Fleischmann等人的一个重要实验。他们发现,在粗糙的银电极表面所附着的吡啶分子所产生的拉曼散射信号会被极大地增强,其物理原理在1977年分别由美国西北大学化学系David L. Jeanmaire和Richard P. Van Duyne以及英国肯特大学化学实验室M. Grant Albrecht和J. Alan Creighton从电磁场效应和电荷转移效应做出了解释。1997年SERS迎来了里程碑的事件——单分子SERS检测的实现。自此,SERS技术被认为有希望使得拉曼光谱第二次获得诺贝尔奖。迄今为止,研究人员开发了各种不同的纳米增强基底,如纳米星、纳米海胆、纳米花、纳米森林等,通过采用不同的湿化学合成方案与芯片制造工艺,使得基底表面具有更为丰富的尖端、缝隙结构,形成更强的热点区域为其中的分子提供更高的增强能力,实现超低浓度的分子检测。 但是,随着SERS研究的不断深入,人们发现在低浓度检测时,拉曼信号强度存在极大的不可重复性。因此,具有单分子检测的灵敏度并不意味着超灵敏定量的实现。换言之,获得更高的增强因子只是实现SERS高灵敏定量检测的必要条件,而只有实现了具有可重复性的测量,SERS技术才具有实际应用与大规模推广的能力。很显然,这一困扰拉曼领域几十年的难题,难以在现有的技术框架中得到圆满解决。本工作展示了dCERS技术基于单分子计数实现了超低浓度目标分子在未知复杂背景中的可重复性定量,无需使用任何目标分子的特定标记。由于不同的目标分子大多具有独特的SERS光谱,dCERS可以实现多种不同分子的同时定量检测,因此具有很好的应用前景。dCERS成功实现具有普适意义的1fM水平定量灵敏度。另外,本工作使用的胶体纳米颗粒可以方便地进行大规模生产和制备,而检测方法相对简单,因此,dCERS有望进一步推动高灵敏检测技术的变革和进步,验证了在环境保护、食品安全等领域的实用性。 今年刚好是发现SERS技术的50周年,可以预见,随着dCERS技术的进一步成熟,dCERS在生命科学、临床医学、环境保护、食品检测、国防与公共安全以及基础研究等领域都会得到广泛的应用。
  • 合肥研究院等在拓扑磁结构的转变研究中取得进展
    近期,中国科学院合肥物质科学研究院强磁场中心研究团队等利用透射电镜定量电子全息磁成像技术,在单轴手性磁体Cr1/3NbS2中发现了磁孤子向磁斯格明子的拓扑相变。相关研究成果发表在Advanced Materials上。拓扑磁结构是构筑新型磁存储器的基本单元。在手性磁体中,拓扑磁结构的形成和自旋构型取决于Dzyaloshinskii-Moriya(DM)相互作用的类型。例如在单轴手性磁体中(如Cr1/3NbS2),会形成周期可调的磁孤子;在立方非中心对称的手性磁体中(如FeGe、Mn1.4PtSn),会形成磁斯格明子或反斯格明子。具有不同自旋构型的拓扑磁结构之间可以发生转换,例如斯格明子和麦韧、斯格明子和反斯格明子、斯格明子和磁泡等。在单一材料中,利用两种不同类型的拓扑磁结构分别存储二进制数据“0”和“1”,对于拓扑磁存储器件的构筑具有实际意义。然而,由于DM(Dzyaloshinskii–Moriya)作用类型不同,手性磁孤子和斯格明子之间的拓扑转换一直受到限制。针对这一问题,研究团队利用几何边界限域效应,通过对磁孤子两端磁结构的调制,打破了DM作用的限制,在单轴手性磁体Cr1/3NbS2中实现了磁孤子向磁斯格明子的拓扑相变;利用透射电镜电子全息磁成像技术,发现新形成的斯格明子是长度可调的,并且上下末端由两个拓扑荷为1/2的麦韧组成,拓扑磁结构的总拓扑荷为单位1。研究人员在实验上也发现了这一拓扑相变的厚度依赖性,表明偶极-偶极相互作用在相变过程中发挥了重要作用,与微磁模拟的结果一致。这一发现丰富了拓扑磁结构家族,对于构筑新型磁电子学器件具有重要意义。上述研究工作得到国家自然科学基金、国家重点研发计划、中科院战略性先导科技专项等项目的支持。DM作用类型与对应的拓扑磁结构(左);电子全息技术揭示单轴手性磁体Cr1/3NbS2中发现的磁斯格明子(右)
  • Nature Communications|金属所在仿生材料结构优化设计方面取得新成果
    材料的强度和断裂韧性是保障构件安全服役至关重要的性能参数,但二者往往表现为相互制约关系,并且材料性能的持续优化也压缩了既有强韧化策略进一步发挥作用的空间。天然生物材料具有复杂巧妙的组织结构和优异的力学性能,可为材料强韧化设计提供重要启示。然而,在金属材料体系中设计构筑仿生结构面临两方面挑战:传统的制造加工方法(如熔炼、轧制、热处理等)很难在多级尺度上对金属材料的组织结构进行有效控制和精细调节;金属仿生材料的结构与性能之间关系尚不清晰,仿生材料结构的优化设计缺乏理论依据,更难以实现按需设计。 近日,中国科学院金属研究所在前期研制高阻尼镁基仿生材料的基础上(Sci. Adv. 6 (2020) eaba5581),通过模仿典型天然生物材料的微观三维互穿结构与空间构型,利用“3D打印+熔体浸渗”工艺制备了一系列新型镁-钛仿生材料,在金属体系中成功构筑了类似鲍鱼壳的“砖-泥”结构、螳螂虾壳的螺旋编织结构和紫石房蛤壳的交叉叠片结构(如图1所示),并在经典层合理论基础上建立了能够定量描述仿生材料结构与力学性能之间关系的力学模型,实现了其模量与强度的定量预测。研究成果发表在Nature Communications 13 (2022) 3247。 研究发现:在镁-钛复合材料体系中,仿生结构能够起到显著的强韧化作用,与组成相似但不具有仿生结构的复合材料相比,仿生材料的强度与韧性同步提高,其断裂能提升2-8倍,特别是交叉叠片结构因具有多级结构特征而表现出最佳的强韧化效果;仿生材料中镁、钛两相在三维空间相互贯穿,有利于促进它们之间的应力传递,并抑制各自相中的变形与损伤演化,减轻应变局域化程度,从而延缓仿生材料整体发生断裂,提高其拉伸强度与塑性;微观取向不断变化的特定空间构型能够诱导裂纹沿仿生结构发生偏转,增大裂纹面的面积,并且凹凸不平的裂纹面之间能够产生摩擦并形成桥连,有助于消耗外加机械能,实现高效增韧;不同类型的仿生结构均可通过提取结构中的最小重复单元,并考察其在三维空间的紧密堆积形式进行定量描述,进而将经典层合理论发展应用于仿生结构,能够建立仿生材料的结构与力学性能之间的定量关系,从而为预测仿生材料的性能以及优化设计仿生结构提供理论依据,如图2所示。 相关工作由中国科学院金属研究所材料使役行为研究部与轻质高强材料研究部以及加州大学伯克利分校的研究人员合作完成。博士研究生张明阳为文章第一作者,刘增乾研究员、张哲峰研究员和Robert O. Ritchie教授为共同通讯作者。相关工作得到了国家重点研发专项、王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队”及国家自然科学基金(51871216、52173269)项目资助。 图1:具有不同仿生结构的镁-钛复合材料及其与天然生物材料原型的比较图2:具有不同仿生结构的镁-钛复合材料中的裂纹扩展形貌、结构模型及其强度和模量与特征角度之间的定量关系
  • 沃特世在京成功举办质谱技术在蛋白表征及高级结构中应用技术研讨会
    沃特世公司(纽约证券交易所代码:WAT)近日在北京成功举办了以“质谱技术在蛋白表征及高级结构中应用”为主题的技术研讨会,吸引了60余位来自国家蛋白质组中心、中国食品药品检定研究院、中国科学院、清华大学、北京大学、军事医学科学院、中国农业科学院等知名高校、科研院所、分析测试平台及生物制药企业等相关领域的研究人员参加了会议。 研讨会的主旨为 “提升国内蛋白表征领域对蛋白高级结构研究的认知”,涵盖三大议题:蛋白药物深度结构表征所需要的质谱技术与生物信息学软件、氢氘交换(HDX)技术及IMS在结构生物学特别是表位学研究、蛋白质相互作用研究领域的最新进展及SONAR技术在蛋白质鉴定和非标记定量蛋白质组学研究中的进展。 会上国际知名学者、日本大阪大学副教授Susumu Uchiyama博士指出,氢氘交换质谱(HDX MS)逐渐成为蛋白质高级结构研究不可或缺的技术,并介绍了氢氘交换质谱技术及其在表位学和蛋白相互作用研究上的具体应用 。同时对其最近发表在Nature Communication上的题为《Haem-dependent dimerization of PGRMC1/sigma-2 receptor facilitates cancer proliferation and chemoresistance》论文的研究成果进行了汇报,获得了与会科研学者的一致高度评价。 日本大阪大学副教授Susumu Uchiyama博士做大会报告 沃特世(Waters® )总部制药业务部高级市场拓展经理Asish Chakraborty博士对生物制药行业普遍关注的宿主蛋白残余测定进行了报告演讲,并介绍了使用通用型UPLC/MS分析对生物治疗性蛋白质中的HCP进行全面鉴定和定量。此分析方法采用在线二维液相色谱法分离多肽,然后利用高分辨率、高质量准确度的质谱仪进行蛋白质鉴定和定量。另外,Chakraborty博士对当前氢氘交换质谱方案的新进展也作了更新介绍。 沃特世公司总部Asish Chakraborty博士做大会报告 来自沃特世亚太区的高级科学家陈熙博士作了题为“非变性质谱技术及IMS行波离子淌度质谱技术在蛋白质高级结构研究上的应用进展”的精彩报告,介绍了行波离子淌度高分辨质谱技术在生物药分析上的最新应用进展,成熟的行波离子淌度分离技术为常规高分辨质谱增加了更多一个维度的分离能力,在蛋白质药物常规结构表征如二硫键错配、氢-氘交换质谱技术进行蛋白质药物高级结构和动态变化研究以及HCP(宿主细胞蛋白)残留的鉴定和定量上发挥着重要作用。 沃特世亚太区高级科学家陈熙博士做大会报告 沃特世中国应用科学家殷薛飞博士作了 “最新DIA质谱技术-SONAR在非标记定量蛋白质组学研究中的应用”的报告。殷博士介绍的 SONAR数据采集模式于今年9月发布,科学家们只需执行一次进样即可完成更准确的定性和定量分析,对复杂样品中脂质、代谢物和蛋白质的定量和鉴定,可免去采用MS/MS方法分析时通常需要额外进行方法开发的麻烦。 大会还邀请了来自美国Genentech的蛋白质化学部科学家甘雨田博士分享了她运用蛋白质组学思路进行生物药物研究开发的思路与实践,甘博士还介绍了她今年8月发表于Nature Biotechnology上的ISDetect快速自动蛋白末端质谱检测法,引起与会人员的强烈兴趣。 会议最后 ,沃特世中国生物制药高级经理宋兰坤女士作了“LC/MS平台化方案助力生物药研究开发”的报告,并对会议进行了总结。宋经理说:“质谱技术是蛋白质研究中不可取代的工具,其在蛋白质常规表征及高级结构研究中均有很好的应用方案及研究文献, 为揭示生命科学的奥秘发挥着越来越重要的作用。作为全球生物制药领域解决方案顶尖供应商,沃特世公司为生物药物产业界及蛋白质研究相关科学领域提供先进的仪器和技术。希望本次会议的议题可以激发与启迪科研工作者的思路,为生物药物产业的从业人员搭建一个学术讨论与经验分享的平台。 会议同期展出的蛋白科学研究先进生物技术墙报
  • 只会半定量分析?来看WB的灵活运用吧
    WB实验是我们平时最常接触到的实验类型,也是最经典的免疫学实验,每年写WB实验技巧的文章,真是让人看花了眼,如果你厌倦了老生常谈的实验技巧,不如来看看我们今天的拓展,WB在半定量分析之外的妙用吧。 一、目标蛋白构象结合功能分析WB 用于构象分析,主要基于其不同构象形式时分子量所发生的变化,比如不同的寡聚、翻译后修饰、配体结合等情况。还原和非还原型电泳分析链间二硫键,并判断蛋白聚合情况;抗体表位分析法初步判断蛋白空间结构;利用(N - 端或 C - 端)抗体研究蛋白异构体及翻译后酶切修饰;更重要的是,WB 等方法获得的是蛋白在寡聚、结合配体、底物、信号标签等生理条件下,其分子量的动态变化,从而将蛋白结构研究与功能研究有机结合。泛素化-蛋白酶体系统对于错误蛋白降解具有重要意义。上图显示 Nrf2 蛋白在泛素连接酶作用时间延长后,泛素化程度逐渐增加。若将各时间点的 Nrf2 蛋白结构解析,即可将该蛋白的结构研究与功能研究相结合。在 Virology 的这篇文献中,作者发现蛋白酶体抑制剂 MG132 和 lactacystin 可显著降低猪 II 型圆环病毒(PCV2)早期感染的滴度,并通过对泛素基因的沉默实验,发现其也显著降低 PCV2 滴度,由此推断泛素 - 蛋白酶体系统是 PCV2 的早期复制所必须的。 二、磷酸化信号分析磷酸化是细胞信号系统的重要调节方式,特异的磷酸化抗体可以用于:分析信号分子磷酸化水平,从而与其功能研究建立联系;分析不同磷酸化位点对于信号分子功能的影响,比如 p53 总磷酸化水平与不同位点磷酸化水平对转录的调控,以及与癌症发生发展之间的联系。Cai 等在JBC上发表的文章,揭示了微小RNA在肿瘤发生中的调节作用。研究发现微小RNA miR-17/20a 靶向抑制 p53 的核心激酶DAPK3(死亡相关蛋白激酶 3)的表达,去除这些微小 RNA 将导致依赖于 p53 的微小RNA转录抑制被去除,从而形成一个正反馈环,促进肿瘤形成,它们被称为原癌微小 RNA(oncomiRs)。C图清楚显示了当对 Hela 细胞转入 miR-17、miR-20a 或 miR-17/20a 拮抗剂后,DAPK3 蛋白表达增加,双链 DNA 不稳定性的标志物 ATM(Ser-1981)、p53BP1(Ser-25/29)蛋白丝氨酸磷酸化程度增高,而各自总蛋白水平并没有变化。D 图进一步确认了这些磷酸化水平升高是由 DAPK3 表达量升高引起的。p53 磷酸化水平升高将导致其抑制原癌微小 RNA 转录的水平下降,进一步提高 DAPK3 激酶的表达。该研究补充了原有的通过 E2F 家族蛋白激活 miR-17/20a 的负反馈调节通路。 爱必信的两款经典的WB产品,ECL发光液(abs920)和marker(abs924、abs922) 货号 品名 规格 abs50001 Annexin V-FITC apoptosis assay kit 50T/100t abs920 ECL化学发光检测试剂盒 2*250ml abs922 预染蛋白marker, 10-180kDa 500ul abs924 预染蛋白marker, 10-180kDa 2×250ul abs923 预染蛋白marker 500ul/5*500ul※ECL发光液是持久型,有效延迟淬灭时间。爱必信彩虹marker,经过与多种品牌对比验证,结果如图,看的见得优秀!Absin特色产品线(全部现货):WB相关:ECL发光液、预染marker、预制胶;IHC相关:二抗试剂盒、组化笔;IP/CoIP试剂盒;激动剂/抑制剂;血清、BSA、蛋白酶K、CTB、TTX、CEE;凋亡试剂盒;呼吸爆发试剂盒;ELISA试剂盒;重组蛋白;抗体: 二抗、标签抗体、对照抗体;定制服务(抗体/多肽/蛋白/标记/检测)... 爱必信(上海)生物科技有限公司联系邮箱:info@absin.cn公众平台:爱必信生物
  • 技术线上论坛 | 1月12日《定量超分辨技术助力外泌体在精准医学中的应用》
    主题:Quantitative single molecule localization microscopy of extracellular vesicles for precision medicine[报告简介]基于临床患者的治疗方式逐渐向医学的趋势转变,如何在单个分子水平上测试临床样本是目前医学工作者的一大研究方向。Tijana课题组开发了一种新的定量单分子定位成像技术(qSMLM)可以对患者组织和患者细胞分泌的外泌体两种类型的临床样本进行单分子定量分析。该技术可以量化特定蛋白分子的密度,定义单个分子在患者标本中的结合方式。本次报告中,Tijana研究员会介绍其课题组对于乳腺癌患者组织中的人表皮生长因子受体HER2在外泌体中的表达与分布情况的新研究进展。通过qSMLM技术可以量化HER2的密度和纳米结构,并且提供了一个具有可用药物结合位点的受体数量。同时,qSMLM检测到HER2的密度与临床分析得到的HER2拷贝数之间存在显著的正相关性。此外qSMLM可以量化胰腺癌患者血浆中细胞外小泡的大小和分子含量等结果,通过比较病人和正常人参数,与临床分析相结合,终推进医学。[直播二维码]扫描上方二维码,无需注册,即可观看此次讲座![主讲人介绍]Tijana Jovanovic-Talisman 研究员,美国希望之城医疗中心Tijana Jovanovic-Talisman,化学博士,毕业于哥伦比亚大学。2013年加入希望之城医疗中心分子医学系,结合超分辨成像技术和纳米生物分析来研究生物学机制和推进治疗。Tijana课题组研发了定量单分子定位成像技术对细胞或者组织中的外泌体以及特定蛋白的表达观测与表征,旨在对细胞结构和过程进行单分子层次的描述。[报告时间]开始: 2022年1月12日 14:00结束: 2022年1月12日 15:00[技术线上论坛]http://www.qd-china.com/zh/n/2004111065734
  • 汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱网络会议报告推荐
    随着生命科学研究的深入开展,科学界对解析复杂生物大分子结构以揭示生命现象的渴望日益增加。在各种结构生物学技术快速发展的背景下,结构质谱技术凭借其独特的优势,日益成为连接静态结构与动态功能、实现从分子到细胞的跨尺度研究的重要手段。在12月12-15日即将召开的“第十四届质谱网络会(iCMS 2023)”同期,特别新增了“结构质谱新方法”主题专场,来自全国的顶尖科学家团队将汇聚一堂,围绕氢/重氢交换质谱、化学交联质谱、原位质谱等前沿技术,报告他们在蛋白质结构生物学研究中的最新进展。本次主题会议的召开,恰逢结构质谱技术发展的重要机遇,必将推动该领域技术的重要突破及交叉创新,开启生命科学研究的新篇章。热忱欢迎质谱界的科技工作者报名参会交流、了解前沿动态、开拓合作视野。部分报告预告如下,点击报名  》》》会议主持人:中山大学 教授 李惠琳中山大学药学院教授,博士生导师。主要从事生物质谱新技术的开发及应用,侧重于(1)开发整合结构质谱技术(包括native top-down MS, HDX-MS, CX-MS等),用于药物作用分子机制及蛋白复合物结构研究;(2)Middle-down/top-down蛋白质组学新技术的开发及应用。共发表SCI收录论文40篇,其中第一作者或通讯作者15篇,主要发表在Nat. Chem.、Anal. Chem.等期刊;2014年获得American Society of Mass Spectrometry Postdoctoral Career Development Award;2019年入选“珠江人才计划”青年拔尖人才;主持国家自然科学基金项目3项。报告人:香港理工大学 教授 姚钟平报告题目:氢氘交换质谱揭示β-内酰胺酶与抑制剂相互作用的动态构象复旦大学学士及硕士,香港科技大学博士,香港理工大学应用生物及化学科技学系教授。长期从事质谱、分析化学、化学生物学、组学的交叉学科研究,主要发展和应用质谱技术解决化学、生物、食品安全、信息科学等领域的基础和应用问题,在Nature Communications, PNAS, JACS等期刊发表论文100多篇。现任香港研究资助局专家委员会委员、深圳市中药药学及分子药理学重点实验室副主任、中国化学会有机分析专业委员会委员、Frontiers in Chemistry副主编以及Analytica Chimica Acta, Rapid Communications in Mass Spectrometry,《中国质谱学报》,《分析测试学报》等期刊编委。会上,姚钟平教授将作主题为《氢氘交换质谱揭示β-内酰胺酶与抑制剂相互作用的动态构象》的报告。利用氢氘交换质谱(HDX-MS)并结合原态离子迁移质谱(Native IM-MS)以及分子动态(MD)模拟,发现不同亚型的A型β-内酰胺酶在几个主要的结构域存在显著的动态构象差异。进一步研究了A型β-内酰胺酶与抑制蛋白结合界面的动态结构变化,结果揭示了H10区域是一个可调节β-内酰胺酶抑制作用的别构部位。报告人:浙江大学 研究员 周默为报告题目:非变性质谱剖析异质性蛋白复合体结构和功能信息浙江大学首位“求是实验岗”研究员,分析化学专业,长期从事前沿生物质谱技术和仪器的开发工作。2008年本科毕业于武汉大学,2013年博士毕业于美国俄亥俄州立大学,之后两站博士后分别在美国FDA和西北太平洋国家实验室PNNL。2018年成为PNNL的研究员开展独立研究,培养多名博士后和学生。2023年加入浙江大学。截至目前共发表60余篇学术论文,代表作包括在Angewandte Chemie, Nature Communications, Analytical Chemistry等期刊的论文。现任自上而下蛋白组协会(Consortium for Top Down Proteomics)的青年委员会主席,曾担任美国质谱协会(ASMS)的出版委员会委员、短课程讲师、评审委员等学术任职,努力推动新分析测试技术的开发和跨学科领域的应用研究。本次会议中,周默为研究员将为介绍题为《非变性质谱剖析异质性蛋白复合体结构和功能信息》的报告。精准表征生物大分子的微观结构对各类生物工程、生物医药领域的研究至关重要。由于大部分质谱检测到的分子量范围有限,在分析之前生物大分子需要先被剪切为分子量更小的片段。但是剪切和碎片化的过程中会丢失一些关键的结构信息。前沿质谱技术提高了仪器的分子量上限,使非变性条件“自上而下”研究完整的生物大分子更加容易。我将以具体案例,阐述自上而下非变性质谱技术在异质性蛋白质复合体结构和功能解析中的贡献,以及与其他方法的互补性。报告人:北京大学 研究员 王冠博报告题目:生物样本中蛋白高级结构的质谱分析北京大学生物医学前沿创新中心研究员。北京大学学士,美国马萨诸塞大学博士,曾于荷兰乌特勒支大学暨荷兰蛋白组学中心从事博士后研究;曾任南京师范大学教授、博士生导师。主要从事免疫反应相关蛋白质的高级结构及相互作用研究,以生物质谱为核心工具,结合新型分析设备研发,应用于生物物理学、蛋白质药物分析等领域。长年与国际药企合作研发新型药物表征技术并应用于新药研发。获国际国内授权专利,出版《Mass Spectrometry in Biopharmaceutical Analysis》等专著、译著、合著多部。任中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会委员、国际学术组织Consortium for Top-Down Proteomics青委会委员。本次会议中,王冠博研究员将围绕生物样本中蛋白高级结构的质谱分析主题分享报告。生物质谱已成为蛋白质多次结构表征的重要工具。为将蛋白结构质谱技术的应用拓展至生物样本乃至临床样本中,我们针对背景基质复杂、糖基化等修饰异质性高、超大分子量颗粒结构层次多样等问题,以非变性质谱等质谱手段为核心工具开发了一系列组合策略,提供生物样本乃至临床样本中的蛋白高级结构和相互作用关系信息。报告人:中国科学院大连化学物理研究所 研究员 王方军报告题目:高能紫外激光解离-串联质谱仪器研发和应用2011年于中科院大连化物所获博士学位,师从邹汉法研究员。研究工作致力于生物大分子质谱新仪器、新方法及其在生命健康领域的应用研究,搭建了世界首台50-150 nm可调波长极紫外激光超快解离-串联质谱;提出了位点光解离碎片产率和原位化学标记效率定量表征蛋白质结构变化的两种质谱分析新原理,实现亚微克蛋白质复合物序列和结构变化单氨基酸位点分辨表征;发展了蛋白质-纳米材料界面相互作用精细结构的质谱分析新方法等。在Nat. Protoc.,J. Am. Chem. Soc.,Cell Chem. Biol.,Chem. Sci.,Anal. Chem.等期刊发表论文130余篇,他引5000余次。本次会议中,王方军研究员将分享题为《高能紫外激光解离-串联质谱仪器研发和应用》的报告。高能/真空紫外激光解离是表征生物大分子序列和动态结构的前沿结构质谱表征技术,但相关仪器和理论都亟待发展。报告人将介绍近年来自主研发的皮秒脉冲极紫外激光解离装置和蛋白质原位光化学标记仪器的原理、主要参数、与商品化质谱对比、及在蛋白质瞬态结构表征、蛋白-蛋白识别和相互作用机制分析等方面的应用情况。报告人:中国科学院大连化学物理研究所 研究员 赵群报告题目:活细胞内蛋白质原位构象和相互作用规模化解析新方法研究中国科学院大连化学物理研究所研究员,博士生导师。本科毕业于西北大学化学基地班。同年进入大连化学物理研究所攻读博士学位,师从张玉奎院士和张丽华研究员,2014年获得理学博士学位。毕业后留所工作至今,主要从事蛋白质组定性定量及相互作用分析新技术研究,共发表学术论文62篇,其中近五年以通讯/第一作者(含共同)在Nat. Commun., Angew. Chem. Int. Ed.,Anal. Chem.等SCI期刊发表论文23篇;已获20项发明专利授权。作为课题负责人承担国家重点研发计划,作为项目负责人承担国家自然科学基金面上基金等,2023年获国家自然科学基金优秀青年基金支持;2018年入选大连市科技之星,2020年入选中国科学院青年促进会会员,2023年获中国化学会菁青化学新锐奖;兼任《色谱》青年编委、中国化工学会理事、中国蛋白质组学会青年委员、中科院青促会沈阳分会委员等。本次会议中,赵群研究员将围绕题为《活细胞内蛋白质原位构象和相互作用规模化解析新方法研究》的报告。作为生命活动的执行者,蛋白质通过相互作用形成复合体等形式行使其特定的生物学功能。不同于细胞外的离体环境,细胞内的限域效应、拥挤效应和细胞器微环境等对于维持蛋白质复合体的结构和功能起着至关重要的作用。因此,实现细胞内蛋白质相互作用的精准解析对于深入研究其生物学功能,进而理解生命现象本质具有重要意义。近年来,化学交联质谱技术已逐渐成为蛋白质复合物解析的重要手段。它是利用化学交联剂将空间距离足够接近的蛋白质内/间的氨基酸以共价键连接起来,再利用质谱对交联肽段进行鉴定,进而实现蛋白质相互作用的组成、界面和位点的解析。现有化学交联技术主要用于解析体外表达纯化的或细胞裂解液中的蛋白质复合物,而在细胞内蛋白质复合物的原位构像解析方面仍处于起步阶段。 针对上述问题,我们团队发展了一系列新型高生物兼容性的可透膜多功能化学交联剂,实现了活细胞内蛋白质复合物构像的原位交联捕获;建立了多种高选择性的低丰度交联肽段的富集方法和高可信度的交联肽段鉴定方法,显著提高了原位交联信息的鉴定灵敏度、覆盖度和准确度;进而,通过靶向富集特定亚细胞器内的交联蛋白质复合物,实现了亚细胞器空间分辨的蛋白质相互作用精准解析;在上述基础上,利用基于化学交联距离约束的分子动力学技术获得了蛋白质复合物的动态系综构像,实现了活细胞微环境下蛋白质复合物组成、相互作用界面及作用位点的规模化精准解析,为规模化地揭示蛋白质复合物功能状态下的结构调控机制提供了重要的技术支撑。为了分享质谱技术及应用的最新进展,促进各相关单位的交流与合作, 仪器信息网与北美华人质谱学会(CASMS)将于2023年12月12-15日联合举办第十四届质谱网络会议(iCMS2023)  。以上仅是部分报告嘉宾的分享预告,更多精彩内容请参加会议页面:https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/iCMS2023/ (点击下图去报名)》》》
  • 借力表面增强拉曼 中科院实现对水体中Hg(II)免标记定量检测
    p   近日,中国科学院合肥物质科学研究院技术生物与农业工程研究所研究员黄青课题组,利用表面增强拉曼光谱(SERS)技术,实现了对水体中汞离子的选择性、免标记、半定量的检测。该项成果对实现实际水样中重金属离子的高选择性及准确检测具有一定的科学意义和实用价值,相关成果在线发表在Sensors and Actuators B: Chemical上。 /p p   表面增强拉曼光谱(SERS:surface enhanced Raman spectroscopy)作为一种正在快速发展的技术,因其快速、无损和痕量检测等特点,得到广泛关注并开始走向实际应用。汞是一种毒性极强的重金属,对人体及生物体有很大危害。Hg(II)作为汞在环境中的一种常见的存在形式,对其进行快速、可靠、有效测量具有必要性和迫切性,但基于SERS技术对其特异性和相对定量检测存在一定难度。为此,黄青等设计了能够有效的捕捉水样中的汞离子并产生拉曼散射增强效应的纳米粒子——适配体复合检测体系。研究人员在SiO2@Au纳米粒子表面修饰上能有效捕获汞离子的DNA适配体,利用DNA分子中T碱基和Hg(II)形成T-Hg2+-T结构的特性,能够高效捕获Hg2+,并产生SERS信号改变。实验结果表明,在加入Hg(II)后,设计DNA分子中的腺嘌呤(A)产生736cm-1SERS信号与鸟嘌呤(G)产生的位于660cm-1的SERS信号的峰强的比值会随检测Hg(II)浓度增加而减小,并出现一些特征新峰,如550cm-1。计算表明,它来源于汞离子取代了T上的H在两个DNA分子间形成N-Hg-N结构而发生的伸缩振动。利用这些变化,可以对Hg(II)的进行快速、特异性和半定量的痕量检测。 /p p   研究工作得到国家自然科学基金、国家重点基础研究发展计划等的支持。 /p p   论文题目:A label-free SERS approach to quantitative and selective detection of mercury (II) based on DNA aptamer-modified SiO2@Au core/shell nanoparticles /p p style=" text-align: center " img title=" 001.png" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201712/insimg/ca52438b-c746-4230-bd80-e8cad9d9affa.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 合肥研究院实现对水体中Hg(II)高选择性、免标记的定量检测 /strong /p p & nbsp /p
  • 赛默飞质谱助您辨别真羊肉,定量肉类掺假比例
    2015年6月29日,上海——科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技(以下简称:赛默飞)近日发布了基于全方位质谱平台的肉类检测解决方案,建立了从掺假发现,到定量多肽选择,以及定量实现的完整流程,并对发现的部分多肽进行了掺假实验与定量能力考察。目前最常用的肉类检测方法有:基于核酸的聚合酶链式反应技术(PCR)和基于抗体抗原结合的酶联免疫法(ELISA)。前者受到DNA降解,复杂基质的干扰和样品提取与扩增方法的影响,会对定性和定量的准确性造成干扰。后者往往受制于抗体制备,加工过程中蛋白变性,复杂基质和近亲缘种属之间同源干扰导致的假阳性影响。随着生物质谱技术的发展,大规模定性和定量研究蛋白表达谱的技术已经非常成熟。因此,利用质谱技术寻找不同肉类样品特征性蛋白或者多肽,并进行定量,能够避免现在最常用的PCR技术和ELISA所面临的种种问题,质谱技术不受食品加工的过程影响,因为氨基酸序列比核酸序列在加工过程中更容易保存;同时实现定性与定量,避免假阳性且定量结果更加准确可靠;能够同时监测多种添假。赛默飞基于Thermo ScientificTM超高分辨Q Exactive质谱平台,研究了五种常见肉类彼此之间的特征性专属多肽, 各自找到了数百条相对于其他四个物种的特征性多肽。选取其中找到的部分多肽,通过人为将几种不同的肉类进行混合研究,模拟现实中掺假的情况,通过利用Thermo ScientificTM TSQ QuantivaTM三重四极杆质谱仪建立了基于SRM(Selected Reaction Monitoring)的掺假比例定量方法。基于实验结果,对于每一个物种,为避免假阴性的结果,赛默飞研究人员同时选取鸡和鸭的六条特征性多肽,分别对两种禽类肉掺假进行了监测,并确定了最低的掺假监测限。考虑到掺假比例的经济性与可操作性,远远超过了实际监测的需求。与传统基于PCR和抗体的检测方法相比,质谱具有大致相当的灵敏度,拥有更好的避免假阴性与假阳性结果的能力,且能够避免由于加工所带来的PCR或者抗体相关空间结构破坏所带来的影响。与上述掺假相比,还有一种相对来说更为严重,性质更恶劣的掺假——病死肉的掺假。基于上述的方法,通过进一步系统研究,质谱也能够成为一种监测病死肉的手段,斩断病死肉流上餐桌的魔爪,与我们全方位的农残筛查与检测手段一起,为食品安全提供全方位的保障。同时,利用这种研究方法,我们还能助力有机肉类产品生产商,提供从肉类良种选择依据到肉类质量标准建立的可能性。产品链接:超高分辨Q Exactive质谱http://www.thermoscientific.cn/product/q-exactive-hybrid-quadrupole-orbitrap-mass-spectrometer.html TSQ QuantivaTM三重四极杆质谱仪http://www.thermoscientific.cn/product/tsq-quantiva-triple-quadrupole-mass-spectrometer.html解决方案下载链接:http://www.thermoscientific.cn/content/dam/tfs/Country%20Specific%20Assets/zh-ch/CMD/MS/LCMS/documents/meat%20adulteration%20by%20TSQ%20Quantiva.pdf------------------------------------------------关于赛默飞世尔科技赛默飞世尔科技(纽约证交所代码:TMO)是科学服务领域的世界领导者。公司年销售额170亿美元,在50个国家拥有约50,000名员工。我们的使命是帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。我们的产品和服务帮助客户加速生命科学领域的研究、解决在分析领域所遇到的复杂问题与挑战,促进医疗诊断发展、提高实验室生产力。借助于首要品牌Thermo Scientific、Applied Biosystems、Invitrogen、Fisher Scientific和Unity Lab Services,我们将创新技术、便捷采购方案和实验室运营管理的整体解决方案相结合,为客户、股东和员工创造价值。欲了解更多信息,请浏览公司网站:www.thermofisher.com赛默飞世尔科技中国赛默飞世尔科技进入中国发展已有30多年,在中国的总部设于上海,并在北京、广州、香港、台湾、成都、沈阳、西安、南京、武汉等地设立了分公司,员工人数约3700名。我们的产品主要包括分析仪器、实验室设备、试剂、耗材和软件等,提供实验室综合解决方案,为各行各业的客户服务。为了满足中国市场的需求,现有8家工厂分别在上海、北京和苏州运营。我们在全国共设立了6个应用开发中心,将世界级的前沿技术和产品带给国内客户,并提供应用开发与培训等多项服务;位于上海的中国创新中心结合国内市场的需求和国外先进技术,研发适合中国的技术和产品;我们拥有遍布全国的维修服务网点和特别成立的中国技术培训团队,在全国有超过2000名专业人员直接为客户提供服务。我们致力于帮助客户使世界更健康、更清洁、更安全。欲了解更多信息,请登录网站www.thermofisher.cn
  • 材料微区结构与形貌分析方法研究及应用
    材料的微区结构与形貌特征具有重要的研究意义,常用的分析方法有光学显微镜、扫描电子显微镜、能谱和电子背散射衍射、透射电子显微镜、扫描隧道显微镜、原子力显微镜、X射线CT等。为帮助广大工作者了解前沿表征与分析检测技术,解决材料表征与分析检测难题,开展表征与检测相关工作,仪器信息网将于2023年12月18-21日举办第五届材料表征与分析检测技术网络会议,特别设置微区结构与形貌分析专场,邀请多位专家学者围绕材料微区结构与形貌分析技术研究与相关应用展开分享。部分报告预告如下(按报告时间排序):天津大学材料学院测试中心副主任/副高 毛晶《透射电子显微镜技术在材料微区结构及形貌分析中的应用研究》点击报名听会毛晶,天津大学材料学院测试中心副主任/副高。负责透射电镜、X射线衍射仪及透射相关制样仪器(包括球差透射电镜、离子减薄仪等)的运行维护及分析测试工作,具有较丰富的测试经验。熟悉其他各种大型仪器,包括XPS 、FIB 、 SEM等仪器原理、构造及使用。2017年赴美国布鲁克海文国家实验室纳米功能所透射电镜组研修一年。掌握球差及冷冻杆、原位加热杆、电感、三维重构等各种透射电镜先进技术。通过合作的模式将其应用在各种纳米及能源材料的表征中。报告摘要:透射电子显微镜技术具有高分辨率,可以实现原子尺度材料结构及形貌观察,是材料研究必不可少的手段。本报告主要介绍透射电子显微技术在材料微区结构及形貌分析的应用研究,例如透射电镜STEM技术在电催化材料界面中的研究应用、纳米束衍射及中心暗场像在合金材料析出相观察等,并围绕具体工作对透射电子显微镜相关数据处理技术例如几何相位分析、三维成像技术等进行简单的介绍。牛津仪器科技(上海)有限公司应用科学家 杨小鹏《牛津仪器多种显微分析技术及成像系统的介绍及应用》点击报名听会杨小鹏,博士,2010年毕业于清华大学材料科学与工程系。在校期间主要研究材料相变及表征微观组织,熟悉SEM、XRD、TEM、同步辐射等技术手段。曾任职EBSD后处理功能软件开发,熟悉晶体学及EBSD技术底层的计算。2014年加入牛津仪器,主要负责EBSD技术支持及应用推广。报告摘要:本报告主要介绍牛津仪器MAG部门的多种显微分析技术及成像系统,包括NA部门的EDS和EBSD,在电镜上提供微区的元素和结构分析;全新的Unity探测器,集合了BSE图像探测器和X光探测器,适合快速、大区域、实时的样品表面形貌和成分成像;AZtecWave系统将Wave波谱仪整合到成熟的微区分析系统AZtec中,有效提高了波谱仪的操控性,适合微量、痕量元素的高精度定量分析,也能有效避免元素的重叠峰。AR部门的原子力显微镜,如Cypher、Jupiter等,能提供高通量、高分辨的原子力显微镜成像,适合多种物性的分析和研究。WiTec部门提供的高灵敏度、高分辨激光共聚焦拉曼显微镜,通过分析微区的化学键,可以提供相、结晶性、含量等丰富的信息,分辨率达到300nm,也能做浅表层的3D成像。拉曼显微镜还能和电镜整合成一体化的联用系统,适合快速多技术分析同一感兴趣区。报告还会介绍几个多技术联用的应用案例。徕卡显微系统(上海)贸易有限公司应用工程师 姚永朋《徕卡光学显微镜在不同尺度下的形貌表征》点击报名听会姚永朋,徕卡显微系统工业显微镜应用工程师,负责徕卡工业显微镜技术支持工作,在制样及显微观察等方面经验丰富。报告摘要:光学显微镜是材料表面及微观结构观察分析中的常用仪器,此次报告将分别介绍徕卡体式显微镜、金相显微镜、数码显微镜等不同类型的光学显微镜在不同尺度下的表面结构观察及分析应用。华中科技大学,武汉光电国家研究中心教授 李露颖《半导体纳米材料原子尺度结构性能研究》点击报名听会李露颖,华中科技大学武汉光电国家研究中心教授,博士生导师。2011年5月毕业于美国亚利桑那州立大学,获博士学位,主要从事半导体纳米材料原子分辨率微结构及纳米尺度电学性能的结合研究,重点关注材料的特定原子结构及相应电势、电场、电荷分布对宏观物理性质的影响,取得了一系列有影响力的研究成果,工作被Nature Physics 杂志选为研究亮点,并评价为结构-性能相关研究的典范。到目前为止累积发表SCI 收录第一作者或通讯作者论文39篇(IF≥10的21篇),包括Advanced Materials、Nano Letters、Nature Communications、Advance Science、Advanced Functional Materials、Science Bulletin、ACS Nano、Nano Energy、Chemical Engineering Journal、Small等,论文总引用4500余次,H因子为31,多次受邀在国际国内电子显微学年会上做邀请报告,目前担任湖北省电子显微镜学会理事。报告摘要:结合电子全息技术的纳米尺度定量电学性能表征功能和球差校正技术的原子分辨率微结构表征功能,实现了半导体纳米材料电荷分布的电子全息研究,半导体纳米材料界面纳米尺度电场与原子尺度微结构的结合研究,以及各种外界激励下半导体纳米材料及器件的原位结构性能相关研究。 利用电子全息技术,得到了IV族Ge/Si族量子点和核壳结构纳米线、III-V族GaAs/InAs纳米线、量子点和量子阱组合器件的电荷分布情况,以及n-ZnO/i-ZnO/p-AlGaN异质结发光二极管性能增强的微观机理;利用球差校正技术的原子尺度表征功能,获得了复合半导体ZnSe纳米带同质异构结中自发极化相关电荷裁剪效应的直接实验证据,并对InSe纳米棒中多型体界面极化场进行了原子尺度定量研究。同时通过精确测定(K,Na)NbO3铁电纳米线界面原子尺度极化场,获得其相应材料在退火后宏观压电效应线性增加的微观机制。利用原位热学表征技术,研究了KxWO3纳米片中阳离子有序结构并随温度的变化规律,CsPbBr3纳米晶中 Ruddlesden–Popper层错的调控机制及其对光致发光性能的影响机理;利用原子尺度的原位热学表征技术研究了PbSe纳米晶随尺寸变化的晶体生长和升华机制。利用原位力学表征技术获得MXene高性能压阻传感器的微观作用机理。上海交通大学分析测试中心冷冻电镜中心副主任 郭新秋《透射电镜表征磁性材料样品的前处理技术路线探索》点击报名听会郭新秋,上海交通大学分析测试中心冷冻电镜中心副主任。长期在透射电镜相关领域的测试一线工作,在场发射透射电镜、冷冻透射电镜及相关样品制备等方面积累了丰富的表征分析经验,主持或参与多项显微成像方法学研究课题,支撑相关团队在Small, Nature Physics, Nature communications, energy & environmental science等期刊上发表多篇高水平论文。报告摘要:透射电镜是以波长极短的电子束作为照明源,用电磁透镜对透射电子聚焦成像的一种具有高分辨本领、高放大倍数的大型电子光学仪器。作为一种先进的表征手段,透射电子显微技术在各种功能材料的研究中发挥了重要的作用。磁性材料指能直接或间接产生磁性的一类材料,通常含有铁、钴、镍、钕、硼、钐以及稀土金属(镧系),其磁性强弱与样品本身的含量和价态相关。随着表征技术的快速进步,磁性材料的设计与应用不断更新,相关的研究广受关注。不同组成、不同结构的磁性材料展现出不同的化学与磁学特性,在众多领域都有着广泛的应用。但是,由于透射电镜原理是基于电子与磁场的相互作用来进行成像,镜筒内部磁场强度高达2T以上,如果样品未固定好,更会发生被吸到极靴上的危险。镜筒一旦受到磁性颗粒污染则很难处理,长时间的积累对电镜是一种慢性伤害。在调研中得知,有实验室就发生过此类事件,最终不得不拆机进行维修。还有一些高校平台直接在网站上明确表明了无法进行磁性材料测试。本报告提出了一种透射电镜表征磁性材料的前处理的分类和方法,希望对广发电镜工作者和科研工作者有所帮助。弗尔德(上海)仪器设备有限公司应用经理 王波《二维及三维EBSD分析样品的高效制备方法介绍及应用》点击报名听会王波,天津大学材料学专业博士毕业,曾在摩托罗拉-实验室(亚洲)担任高级失效分析工程师及资深实验室经理。2013年起先后担任知名美国金相品牌亚太区应用主管及德国ATM品牌中国区应用经理。在先进制样尤其是EBSD样品制备方面拥有丰富的经验,并应邀在国内进行过多场金相制样技术讲座,分享最新的样品制备理论、设备耗材及应用案例,深受好评。报告摘要:EBSD分析样品的制备极具挑战性,导致科研人员常会遇到制样成本高、效率低、成功率低等问题。本讲座将着重介绍现代金相制样方法——机械磨抛法及电解抛光法高效制备EBSD分析样品的基本理论、适用范围、技术难点、实操技巧及应用案例,分享经济、高效制备EBSD样品的思路和经验。同时,使用3D分析表征和重构技术,从(亚)纳米到毫米的尺度来研究微观组织和性能的关系已经成为关注热点。讲座也将介绍基于金相连续切片重构和EBSD技术的大体积材料三维EBSD分析样品制备的最新进展和解决方案。钢研纳克检测技术股份有限公司高级工程师 李云玲《原位拉伸及电子背散射衍射在金属材料微观表征中应》点击报名听会李云玲,钢研纳克检测技术股份有限公司高级工程师,从事金属材料微观表征工作10余年,主要研究方向包括金属构件失效分析、断口分析、微观表征技术等。独立完成400余项材料失效分析案例。完成的典型项目有:某型号舰艇动力系统部件失效原因分析、高铁车轮裂纹原因分析、核电乏燃料池不锈钢壁附着物分析、国电逆流变部件失效原因分析、合成氨设备焊接裂纹分析等。大型失效分析项目的完成,为国防设备可靠性提供了技术支持,挽回了客户大量经济损失,得到企业的多次好评。相关工作成果多次在全国钢铁材料扫描电镜图像竞赛及金相比赛中获奖,在国外SCI、EI、中文核心等期刊上发表论文20余篇,参与起草修订多个团体标准,如《钢中夹杂物的自动分类和统计扫描电镜能谱法》(T/CSTM 00346-2021)、《钢中晶粒尺寸测定 高温激光共聚焦显微镜法》(T/CSTM 00799-2023)、《材料实验数据扫描电镜图片要求》(T/CSTM 00795-2022)等。报告摘要:从原位拉伸(in-situ tensile)及电子背散射衍射(EBSD)的基本理论及基本方法出发,介绍两种新技术在金属材料微观表征中的应用,阐述其技术应用过程,包括但不限于在微观表征领域的重要作用,最后从当前技术局限出发探讨未来可能的重要创新。布鲁克(北京)科技有限公司应用科学家 陈剑锋《布鲁克的平插能谱仪与微区XRF介绍》点击报名听会陈剑锋,2003年毕业于中科院长春应化所,主要研究方向是高分辨电子显微镜在高分子结晶中的应用,毕业后加入FEI,负责SEM/SDB的应用、培训以及市场等推广工作。2011年加入安捷伦公司负责SEM的市场和应用工作,2018年在赛默飞负责SEM的应用工作。2021年加入布鲁克,负责EDS,、EBSD、 Micro-XRF等产品的技术支持工作,对电子显微镜的相关应用具有多年的实操经验。报告摘要:布鲁克独有的平插能谱探头因其独特的设计,具有更大的立体角,使能谱分析在低能谱线的采集方面有很大的优势,尤其是目前比较流行的纳米结构材料的分析,而微区荧光在检测限上的优势则是目前工业,地质,环境检测等领域进行重金属元素,微量元素的强有力的工具,在相关的领域中也得到了越来越广泛的应用。本报告将主要介绍布鲁克公司的平插能谱和微区荧光产品及其应用。中国科学院上海硅酸盐研究所研究员 程国峰《X射线三维成像技术及应用》点击报名听会程国峰,理学博士,博士生导师,中国科学院上海硅酸盐研究所 X射线衍射结构表征课题组组长。中国晶体学会粉末衍射专业委员会委员、中国物理学会固体缺陷专业委员会委员、上海市物理学会X射线衍射与同步辐射专业委员会副主任兼秘书长。主要研究领域为X射线衍射与散射理论及应用、三维X射线成像术、拉曼光谱学等。曾先后主持国家自然科学基金、上海市和中国科学院项目多项,主编出版《纳米材料的X射线分析》、《二维X射线衍射》等专译著4部,发布国家标准和企业标准12项,获专利授权7项,在Nat. Mater.,J. Appl. Phys.,Mater. Lett.等SCI期刊上发表论文90余篇。参会指南1、进入第五届材料表征与分析检测技术网络会议官网(https://www.instrument.com.cn/webinar/meetings/icmc2023/)进行报名。扫描下方二维码,进入会议官网报名2、会议召开前统一报名审核,审核通过后将以短信形式向报名手机号发送在线听会链接。3、本次会议不收取任何注册或报名费用。4、会议联系人:高老师(电话:010-51654077-8285 邮箱:gaolj@instrument.com.cn)5、赞助联系人:周老师(电话:010-51654077-8120 邮箱:zhouhh@instrument.com.cn)
  • 国标计划溶液聚合丁苯橡胶微观结构测定红外ATR法拟立项
    p   日前,国家标准委发布201项拟立项推荐性国家标准项目征求意见的通知,其中国家标准计划《溶液聚合丁苯橡胶(SSBR)微观结构的测定 第2部分:红外光谱ATR 法》由TC35(全国橡胶与橡胶制品标准化技术委员会)归口上报,TC35SC6(全国橡胶与橡胶制品标准化技术委员会合成橡胶分会)执行,主管部门为中国石油和化学工业联合会。主要起草单位 中国石油天然气股份有限公司石油化工研究院 、中国石油天然气股份有限公司独山子石化研究院 、国家合成橡胶质量监督检验中心 、怡维怡橡胶研究院有限公司 。项目周期24个月。 /p p   SSBR的微观结构含量直接影响着抗湿滑性,滚动阻力、冲击强度、软化温度和硫化特性等重要性能,因此SSBR微观结构含量的控制在SSBR工艺技术研究、新产品开发、产品质量控制等工作中具有重要意义。目前,测定SSBR微观结构含量的方法有核磁共振法与红外光谱法。 /p p   核磁共振法需要配备核磁共振仪,因该仪器价格昂贵,维护、运行成本很高,不是通用型仪器,运用不广泛,很少用于常规检测,多用于标准物质定值。 /p p   红外光谱法是测定SSBR微观结构含量的通用方法。测定SSBR微观结构的红外光谱法包括红外光谱溶液涂膜方法和红外光谱ATR方法。GB/T 28728—2012规定了采用核磁法和红外光谱溶液涂膜法,对SSBR中微观结构含量进行定量测定的分析方法。但红外光谱溶液涂膜法需要将样品溶解再涂膜,溶解过程需要5个小时以上。且涂膜法直接读取吸光度,没有采取通常的扣除基线法,因此,基线对测定结果的影响很大。而且溶解的完全性和膜片的光滑、平整性都会影响基线,从而对测定结果产生较大的影响,测定结果的重复性不是很好。同时,该方法需要将样品溶解,对环境和实验人员健康有一定的不良影响。 /p p   ATR(衰减全反射)技术通过样品表面反射的光信号获得样品表层有机成分的结构信息。该技术由于无需溶解样品,也不需要制备样品盐片及设置透射池,并无损样品表面,完成1次测定只需要1分钟,且不消耗任何原材料和备品备件,方便、环保、快速,因此被广泛用于物质成分的定性和定量分析。 /p p   目前国内尚没有测定SSBR微观结构含量的红外光谱ATR法的相关标准,为了与国际标准接轨,扩大国际交流,同时也为SSBR的科研、生产、外贸提供一个统一、方便快捷、环保的微观结构测定方法,因此制定该标准十分必要。 /p p   本标准规定了采用红外光谱衰减全反射(ATR)法,对溶液聚合丁苯橡胶(SSBR)中丁二烯单体的微观结构和苯乙烯单体的含量进行定量测定的分析方法。 适用于溶液聚合丁苯橡胶,不适用于乳液聚合丁苯橡胶。 /p p   主要技术内容如下: 1)获得ATR谱图的步骤。 2)丁二烯微观结构和苯乙烯含量的测定:每个微观结构组分相应吸光度的测定 微观结构的计算( 每一个吸收谱峰的基线校正、吸光度的比值、二阶项、苯乙烯和微观结构的质量百分含量通过回归方程得到、微观结构的质量百分含量) 3)精密度。 4) 微观结构回归方程的获得。 5)核磁法测定微观结构。 /p p br/ /p
  • 我国科研人员在冷冻电镜解析神经突触超微结构方面取得重大突破
    p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201802/insimg/e2f81b1e-e30b-4ff6-8cc6-54a29e2ec276.jpg" title=" 20180211094445855.jpg" / /p p   记者10日从中国科学技术大学获悉,该校科研人员在利用冷冻电镜解析神经突触超微结构方面取得突破,解密了神经突触“黑匣子”。 /p p   国际学术期刊美国神经科学学会会刊《神经科学期刊》(《Journal of Neuroscience》)近日以封面形式报道了该项研究成果。 /p p   突触是大脑行为、意识、学习与记忆等功能的最基本结构与功能单元,同时也是多种脑疾病发生的起源。精确解析突触的分子组织架构及其在神经活动过程中的变化,被认为是解密大脑奥妙的最直接有效的方法,也是神经科学中最基础的研究工作之一。 /p p   早期,生化与分子生物学、电生理学等研究发现了突触中的各种大量分子和细胞器组份,并揭示了突触的各种功能特性和可塑性规则。然而,由于研究手段的局限,突触中的这些不同组件是如何组织成复杂的机器来执行不同的功能,还远远没有充分观察和解析。 /p p   中国科学技术大学合肥微尺度物质科学国家研究中心与生命科学学院毕国强、刘北明与周正洪教授合作,利用最新发展的冷冻电子断层三维重构技术(cryoET),结合自主研发的冷冻光电关联显微成像技术,实现了对中枢神经系统中两类最主要突触的定量化分析。通过将大鼠的海马神经元培养在冷冻电镜的特型载网上,课题组获得了一系列完整突触在近生理状态下的三维结构。 /p p   结合定量分析手段,首次报道了抑制性突触的均匀薄片状突触后致密区结构,并发现两类突触中均存在椭球状突触囊泡,结束了关于两类突触在突触囊泡和突触后致密区形态精细结构上的由来已久的争论。 /p p   随后,课题组进一步获得了突触在分子水平的精细组织架构,实现了在突触原位直接观察单个神经递质受体蛋白复合物及其与支架蛋白的相互作用。 /p p   这是当前国际上首次利用冷冻电镜技术对完整突触进行系统性定量分析。该工作一方面推动了对突触超微结构与功能这一“黑匣子”的解密,另一方面为突破冷冻电镜技术在复杂细胞体系中原位解析生物大分子复合物的组织结构这一技术难题奠定了基础。 /p
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