单核苷酸多态性

近日，中科院广州生物医药与健康研究院曾令文研究组成功开发出一种基于核酸等温链置换反应技术、T4连接酶反应与胶体金技术的单核苷酸多态性检测的生物传感器。 该生物传感具有以下三个特点：1.简单，无需复杂的检测仪器，仅需室温反应；2.高灵敏度，单次反应可检测约6个核酸分子；3.高特异性，可区分单碱基突变。该生物传感器克服了传统检测方法的操作技术复杂、耗时长、需要特殊仪器等缺陷。 该生物传感器可用于检测/诊断由单核苷酸多态性引起的遗传病、耐药性病原微生物、肿瘤等疾病易感基因。相关成果于7月6日发表在国际著名学术期刊Chemical Communications，2012，48(68): 8547-8549。 该项目由国家重大专项（2008ZX10004-004）、（2009ZX1004-109）经费资助。http://www.cas.cn/ky/kyjz/201208/W020120830533626771243.jpg单核苷酸多态性检测生物传感器

人类基因组单核苷酸多态性的研究进展与动态The research development of single nucleotide polymorphisms in human genome 摘要：第一张人类基因组序列草图已经公布，正式图预计也将于2003年4月完成。但序列图只基于少数个体，它反映了基因组稳定的一面，并未反映其变异或多态的一面，而正是这种多态性，即基因组序列的差异构成了不同个体与群体对疾病的易感性、对药物与环境因子不同反应的遗传学基础。人类基因组中存在广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，在CG序列上出现最为频繁。在转录序列上的SNP称为cSNP。SNP的数量大、分布广。按照1%的频率估计，在人类基因组中每100～300个核苷酸就有一个SNP。因此，整个人类基因组（3.2 X 109bp）中至少有1,100万以上的SNPs，在任何已知或未知基因内和附近都可能找到数量不等的SNP 目前普遍认为，作为数量最多且易于批量检测的多态标记，SNP在连锁分析与基因定位，包括复杂疾病的基因定位、关联分析、个体和群体对环境致病因子与药物的易感性研究中将发挥愈来愈重要的作用。迄今，对多基因疾病候选基因的SNPs研究已积累了丰富的数据，基于这些SNPs的关联分析也正方兴未艾。本文阐述了SNP的特征、不同研究者对基于SNP进行关联分析的观点以及SNP的研究进展与动态。 关键词： SNP；遗传标记；关联研究 中图分类号：Q75 随着分子遗传学的进展，疾病遗传学研究从简单的单基因疾病转向于复杂的多基因疾病（如骨质疏松症、糖尿病、心血管疾病、精神性紊乱、各种肿瘤等）与药物基因组学的研究中。与前者相比，多基因性状或遗传病的形成，受许多对微效加性基因作用，即其中每种基因的作用相对较微弱。这些不同基因构成的遗传背景中，可能有易感性主基因（major gene）起着重要作用。它们同时还受环境因素的制约，彼此间相互作用错综复杂，所以任一基因的多态性对疾病发生仅起微弱的作用。鉴于此，需要在人类基因组中找到一种数目多、分布广泛且相对稳定的遗传标记，单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)正是代表了这样一种标记，所以它成为继第一代限制性片段长度的多态性标记、第二代微卫星即简单的串联重复标记后，第三代基因遗传标记。 1． SNP作为遗传标记的优势 SNP自身的特性决定了它比其它两类多态标记更适合于对复杂性状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究。 （1）SNP数量多，分布广泛。据估计，人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP，人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs。SNP 遍布于整个人类基因组中，根据SNP在基因中的位置，可分为基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs）、基因周边SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs）以及基因间SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三类。 （2）SNP适于快速、规模化筛查。组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。 由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。主要的技术方法包括单链构象多态性(single strand conformation polymorphisms, SSCPs)法、异源双链分析（heteroduplex analysis, HA）、DNA直接测序分析、变异检测阵列（variant detector arrays, VDA）法以及基质辅助激光解吸附电离飞行时间（MALDI-TOF）质谱法等。 （3）SNP等位基因频率的容易估计。采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略。该策略的原理是：首先选择参考样本制作标准曲线，然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较，根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率。 （4）易于基因分型。SNPs 的二态性，也有利于对其进行基因分型。对SNP进行基因分型包括三方面的内容：(1)鉴别基因型所采用的化学反应，常用的技术手段包括：DNA分子杂交、引物延伸、等位基因特异的寡核苷酸连接反应、侧翼探针切割反应以及基于这些方法的变通技术；(2)完成这些化学反应所采用的模式，包括液相反应、固相支持物上进行的反应以及二者皆有的反应。(3)化学反应结束后，需要应用生物技术系统检测反应结果。目前许多生物技术公司发展出高通量检测SNP的技术系统，如荧光微阵列系统（Affymetrix）、荧光磁珠技术（Luminex,Illumina, Q-dot）、自动酶联免疫（ELISA）试验（Orchid Biocomputer）、焦磷酸的荧光检测（Pyrosequencing）、荧光共振能量转移（FRET）(Third Wave Technologies)以及质谱检测技术（Rapigene, Sequenom）。 2． 基于SNP的关联研究 如果某一因素可增加某种疾病的发生风险，即与正常对照人群相比，该因素在疾病人群中的频率较高，此时就认为该因素与疾病相关联。如非遗传因素吸烟与肺癌相关；在遗传因素中，如APOE4与Alzheimer`s相关。对疾病进行关联分析需要在年龄与种族相匹配的患者和对照人群中确定待测因素（环境的或遗传的）的频率分布，患者和对照人群的选择是否恰当直接影响结果的可靠性。对常见的由高频率、低风险等位基因导致的疾病，采用致病等位基因的关联分析比连锁分析更有效。 应用SNP进行关联研究，首先需明确多少SNPs才可满足在全基因组范围内的分析。Kruglyak应用计算机模拟法预测人类基因组中超过3Kb就不存在连锁不平衡，据此推出完成全基因组扫描将需要500,000个SNPs。而Collins等收集通过家系研究得到的常染色体单倍型的信息发现，在染色体上相距0.2cM到0.4cM（约200-400kb）之间的标记仍存在连锁不平衡，如按每100kb需要一个SNP计算，那么完成全基因组扫描仅需约30,000个SNPs，平均每3-4个基因用一个SNP就可识别出整个基因组内任何位置上的具表型活性的变异。最近发现SNP与SNP之间的连锁不平衡甚至可延伸到更远的区域（0.35cM-0.45cM），那么进行基因组扫描需要的SNP数量就更少。导致上述估算SNP 数量差异的主要原因是Kruglyak进行模拟计算时，假设现在的人群在5000年前起源于共同的祖先，且人群规模的有效大小保持在10,000左右，然后经过连续的指数扩增，直至达到现在的50亿左右。Collins认为这种假设是不现实的，在人类发展的历史过程中，人群数目的增长是迂回曲折的，经历扩张与萎缩的周期性变化。 Weiss等认为Collins及其同事的结果可能低估了问题的复杂性。因为他们的结果或是基于小样本资料推断出来的，就会使连锁不平衡（LD）程度的估算偏高；或是从理论上预测LD的水平，而忽略了基因组中大量的随机变异。如大多数位点的信息是来源于小样本中测序得到的资料，据此得到的单倍型结构不可靠。目前的研究集中于基因组中LD相对广泛存在的区域，在此区域内，基因相对容易作图。如基于这些经验来进行基因组其它区域的LD分析，就可能发生偏离。如两个相距较远的SNPs 之间具有强的LD性质，就认为它们之间的SNPs及该SNP侧翼的SNPs也存在强烈的LD，这种假设仅适合于其中一些多态位点，但它并不是通则。当然，在一些罕见人群中，如Saami，在较长的区域内广泛存在大量的LD，但对Fihland人群，则在较长区域内几乎不存在LD，对全球整个复杂人群而言，LD肯定变得更复杂一些。 Gray等认为随着人类基因组测序计划的进展，人类基因组的结构逐渐被阐明，因此就可在那些富含基因的区域选择SNP进行全基因组扫描，这样所需的SNP数量还会减少。Halushka等根据他们对75个基因检测的实验结果推测，SNPs在单个基因或整个基因组中的分布是不均匀的，在非转录序列中要多于转录序列，而且在转录区也是非同义突变的频率比其它方式突变的频率低得多。Templeton 等对LPL基因突变与重组热点的研究结果提示，SNP集中分布于基因组的CG二核苷酸处或单核苷酸重复区或αDNA聚合酶的识别位点（TGGA）处。将人类基因组不同区域物理图谱与遗传图谱的进行比较，发现遗传距离和物理距离的比值有很大的差异，提示基因组不同区域的重组水平存在差异。如Dunham等将22号染色体STR的物理位置与遗传位置进行了对比，发现该染色体的重组率差异很大，提示存在重组热点。根据基因组内不同区域重组频率的高低可进一步选择SNP的数量，重组热点需要的标记数量就多，相反就少。这种设计也可能会进一步减少基因组扫描所需的SNP标记。 使用SNP进行关联分析面临的另一个问题是如何选择SNP。如果对每一个SNP都进行独立研究，那么对几百万SNPs 的研究就会导致成千上万次的假关联，结果就掩盖真实的关联性，所以，进行关联分析前，一定要对所研究的SNP进行选

[size=4]请教各位，近期俺要设计一个实验，但经过4、5天反复思考和查资料都没有找到太好的方案，遂进来赐教！是这样的，有一个混合样品，已知里面含有蛋白质（少量）、多肽和游离氨基酸（占绝大部分≥50%）、核苷酸（可能有三种存在形式：核苷、核苷酸、碱基）、还有其他可溶性化合物质。要求：检测样品当中核苷酸的含量。疑难：由于样品中多肽和游离氨基酸含量较多，遂不能用紫外分光光度计法测量（蛋白质和核苷酸的吸光峰值很相近，只有在蛋白质含量（包括蛋白质、多肽和游离氨基酸）较少的情况下用此法才准确）。 我的思路是，先把多肽和游离氨基酸与核苷酸分离开，然后再用紫外分光光度计法测量核苷酸含量。但本人才疏学浅，不知用什么方法才能把两者分离开。请各位赐教~~[/size]

《自然—遗传学》：中美科学家揭示玉米杂交机制 作者：刘传书 来源：科技日报由中国农业大学玉米中心、华大基因研究院、美国爱荷华大学、明尼苏达大学等单位合作的研究成果“基因丢失与获得的多态变化揭示玉米中的杂交优势的机制”近日在国际著名杂志《自然—遗传学》上发表。该研究报道了中国重要玉米骨干亲本的全基因组的单核苷酸多态性、插入/缺失多态性以及基因获得和缺失变异图谱，为玉米的遗传学研究和分子育种提供了宝贵资源。该研究对6个中国重要玉米杂交组合骨干亲本进行全基因组重测序，发现了100多万个单核苷酸多态性位点（SNPs）和3万多个插入缺失多态性位点（IDPs），建立了高密度分子标记基因图谱；同时研究还发现了101个低序列多态性区段，在这些区段中含有大量在选择过程中与玉米性状改良有关的候选基因。此外，通过将玉米自交系Mo17及其他自交系的基因序列与玉米自交系B73的基因序列比对，研究人员对玉米自交系中基因丢失与获得的多态性进行了研究，发现在不同的自交系中存在不用数量的基因丢失与获得性变异；利用SAOPdenovo软件对在其他自交系中存在而在B73中缺失的序列进行组装，研究人员发现了很多目前公布的B73参考基因组序列中丢失的基因。这些发现不仅为高产杂交玉米育种骨干亲本的培育提高了重要的多态性标记，同时也补充了玉米基因数据集，为进一步挖掘玉米基因组和遗传资源提供了大量数据。玉米具有非常显著的杂交优势，利用该优势是提高产量的主要手段之一。研究人员选择了中国历史上和目前广泛流行的高产杂交组合骨干亲本，并根据多态性追踪了这些骨干亲本育成过程中基因组的变化方式。该研究还发现这些骨干亲本组合基因组的组合可弥补另一方功能元件的缺失，此种基因丢失与获得的多态变化和其他无义突变的互补作用可能与杂种优势有关。

中科院昆明动物所在张亚平院士带领下，该所彭旻晟、贺军栋、樊隆等人开发出针对DNA芯片数据中Y染色体单核苷酸多态性位点的分析策略。相关研究11月27日在线发表于《欧洲人类遗传学》。 随着全基因组关联分析广泛应用于人类遗传学工作之中，相关的DNA芯片（微阵列）也不断得到发展。许多Y染色体单核苷酸多态性位点（Y-SNPs）已被整合在DNA芯片中。然而，这些Y-SNPs数据在全基因组关联分析中都被弃之不顾，没有进行任何评估分析。　　为此，研究人员运用开发的分析策略对来自114个缅甸人和3个尼日利亚人共117份男性样本DNA芯片数据中的2041个Y-SNPs进行了评估分析。基于数据过滤后提取出的369个Y-SNPs，研究人员构建了Y染色体单倍型类群树，解析出缅甸人群的父系遗传结构。　　该结果得到基因分型实验和Y染色体重测序数据的支持，表明该策略切实可行。研究人员对分析中的数据格式转换、过滤和注释处理后发现，DNA芯片对Y-SNPs的检测灵敏度和准确性依旧有待提高，例如：芯片厂商可依据Y染色体重测序数据重新选择合适的Y-SNPs并设计相关探针。

各位老师好，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相[/color][/url]检测核苷酸，新换的柱子，第一针峰型还行，第二针就开始飘了，流动相配制有什么注意事项吗，求帮忙

核苷酸检测的标准品谁有啊？联系一下啊，我们现在需要做核苷酸的检测，谢谢

请做过核苷酸的老师们给予帮助，标准中说核苷酸的标准品（每个组分称取的质量都要校正水分和钠盐含量，以酸型计）是什么意思，应该怎么处理呀，很急，请大家帮助！

贡献几篇bruker质谱做SNP的文章！[img]http://www.instrument.com.cn/bbs/images/affix.gif[/img][url=http://www.instrument.com.cn/bbs/download.asp?ID=34002]GOOD Assay-质谱分析单核苷酸多态性（SNPs）基因分型的方法[/url]

求助：GB5413.40 核苷酸标准品中有5种核苷酸的标准品要购买，不知道应该买哪里的。请教各位，能具体告知下购买的品牌和货号吗？胞嘧啶核苷酸 CMP：标准品，C9H14N3O8P，纯度≥99%次黄嘌呤核苷酸 IMP：标准品，C10H13N4O8P，纯度≥99%鸟嘌呤核苷酸 GMP：标准品，C10H14N5O8P，纯度≥99%尿嘧啶核苷酸 UMP：标准品，C9H13N2O9P，纯度≥99%腺嘌呤核苷酸 AMP：标准品，C10H14N5O7P，纯度≥99%

婴幼儿配方食品和乳粉 核苷酸检测中，配制核苷酸标准品时要求每个组分的浓度都要校正水分和钠盐含量，采用酸型表示，校正水分这个没问题，就是纯品的含量，这个校正钠盐含量并采用酸型表示，这个是什么意思？不太明白，请知道的大侠详细解释一下，谢谢！

为临床标本病原微生物直接检测开拓新方法 中国科技网讯 近日，记者从第三军医大学大坪医院野战外科研究所获悉，该院所检验科主任陈鸣教授带领科研团队通过8年攻关，成功构建了用于大分子检测的漏声表面波生物传感器检测系统。该检测技术具有高度特异性、敏感性和低成本的特点，并已应用于单核苷酸多态性的检测，对临床诊断和指导疾病治疗有重要意义。日前，相关论文发表在国际传感器领域权威期刊《生物传感器与生物电子学》杂志上。 单核苷酸多态性（SNP）作为第三代遗传标记，目前广泛应用于病原微生物分型、临床耐药分析等领域。用于检测SNP的DNA测序、单链构象多态性等传统非均相分析方法，操作复杂且通量不高，导致数据可靠性降低。虽然基因芯片、变性高效液相色谱仪等技术能快速、高效、大批量检测基因组中的SNP，但设备价格昂贵，且技术上需要放射性或荧光标记等，还存在重复性差、结果难以标准化判定等缺陷。 生物传感器这种方法可以解决检测中存在的不足。随着声光、微电子技术的发展，一种新型传感器——漏声表面波传感器逐渐发展起来。与其他类型的生物传感器相比，漏声表面波传感器的检测基频更高，同时更适用于液相分析。 在长达8年的实验研究中，课题组与其他单位合作，共同设计制作了双通道LSAW传感器和数据分析采集软件，成功地构建了漏声表面波传感器检测系统。该系统建立了基于“DNA酶连接反应和生物酶放大”的新型漏声表面波生物传感器SNP检测技术。实验证明，该检测方法具有较高的灵敏度。 据介绍，该课题组构建的新型漏声表面波生物传感器SNP检测技术，与传统的SNP检测方法完全不同，将为临床标本病原微生物的直接检测开拓全新的方法。（邹争春 记者陈磊） 《科技日报》（2012-04-27 一版）

大家有做过核酸的红外吗，我做的寡核苷酸药物，需要买仪器建分析方法，在网上查不到相关资料，不知道核酸类药物和普通化药对仪器要求一样吗，还有仪器设置和样品配置啥的，最关键的是谱图怎么分析，有没有做过的大神支支招，或者手里有相关文献，谢谢啦

目前想用Thermo Fisher的四级杆－静电轨道离子阱质谱做一个药物单，二，三磷酸核苷酸分析。文献报道是用同位素做内标，是他们实验室自己合成的，买不到现成的。用阴离子，MRM模式来做。想问，如果没有内标的话，只有该药物的单，二，三磷酸核苷酸的标准品的话，能够定量吗？第一次发帖求助，先谢谢大家的热心帮助！

问题: 有没有做核苷酸的大神呀？ 就是有的扫不出来， 不稳定回复: 核苷酸我们就是按照标准做的 全都跑出来了。 安捷伦的C18柱。 安捷伦的C18柱[img]http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2017/07/201707081357_01_3114888_3.jpg[/img]

[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/5p][color=#3333ff]液相色谱[/color][/url]跑了一种特殊的核苷酸，也没有标品，目前用的磷酸盐跑，不能做质谱，所以能用什么方法鉴定我用磷酸盐跑的这个峰是什么

请教一下用pcr做多态性分析有哪几种方法？如果样品比较少的话适用哪种？谢谢

我最近用液相测定核苷酸，国标用的核苷酸基准试剂要在120度烘4h，但是我烘IMP和CMP后均发黄和结块，而GMP和UMP正常。我又在103度烘IMP和CMP，大概半小时又出现发黄和结块的现象，上网都没有找到相关的资料，不知道该在多少度烘才适合，求帮手

请教奶粉中核苷酸的测定样品前处理方法，最好是用SPE方法的，急！

5’-呈味核苷酸二钠的命名，为什么5上面要有那一撇？

HPLC检测奶粉中核苷酸，出现标品没有问题，或偶尔有杂峰样品开始没有问题，后来出现A腺嘌呤峰分裂，柱子，机子都已经换过，请问是什么问题

公司现有1台ABI3100 测序仪，成色较新，价格优惠，质量保证，可预约试机。电话：13717963569自动化程度高：提供连续，无监控的操作，自动灌胶,上样，电泳分离，检测及数据分析，可连续运行24小时无需人工干预。样品分析量大：可同时对16个样品进行全自动分析，一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作先进的荧光检测系统：采光栅分光，CCD摄像机成像技术，实现多色荧光同时检测应用广泛：除了新基因测序或比较测序工作外，可进行多种片段分析，包括微卫星DNA分析，比较基因型分析，单核苷酸多态性（SNP）研究

文献：遗传性脊髓小脑型共济失调的CAG三核苷酸突变检测 唐北沙[1] 夏家辉[2] [1]湖南医科大学汀雅医院神经病研究所 [2]中国医学遗传学国家重点实验室 《中华医学遗传学杂志》 1999年第16卷第5期

做寡核苷酸合成，50个碱基，部分硫代。用HPLC纯化制备，做了[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url]结果是好的。然后做了乙醇沉淀。再做[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url]，发现样品脱硫了。不知道是哪里出现了问题。哪位大佬知道吗？

专家您好！我用液相做核苷酸之前做了五种，分离挺好。最近尝试测六种时，图谱分离效果特差。请您给分析一下可能出现的原因！

食品企业，用液相法做核苷酸，前处理样品用淀粉酶酶解，用高氯酸沉淀蛋白，然后用氢氧化钠调PH到6.75～6.85，标液五种核苷酸分离度很好，但是样品杂质峰很多，基质干扰很明显，只有一个UMP没有干扰。色谱柱是安捷伦的EC-C18，150mm*4.6，4μm，流动相就是国标法的磷酸盐＋甲醇=1000+40，波长254。有没有老师提供一点思路，怎么能更好的去除杂质或者减小基质干扰。[img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/11/202111031701224266_3925_4230434_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/11/202111031701224510_8643_4230434_3.png[/img]

[font=&]婴幼儿配方食品和乳粉 核苷酸检测中，配制核苷酸标准品时要求每个组分的浓度都要校正水分和钠盐含量，采用酸型表示，校正水分这个没问题，就是纯品的含量，这个校正钠盐含量并采用酸型表示，这个是什么意思？不太明白，请知道的大侠详细解释一下，谢谢！[/font]