代谢靶标分析

中国科技网北京4月2日电 （通讯员 沈基飞 记者 张克）记者今天从军事医学科学院了解到，经过近20年潜心研究，该院毒物药物研究所李锦课题组在戒毒研究领域取得重要进展：不仅发现了一条新的阿片成瘾调节机制，还找到一个较为理想的抗阿片成瘾候选靶标和候选药物胍丁胺。相关成果在《分子药理学》等国际SCI杂志上发表研究论文40余篇。 阿片成瘾，俗称吸毒，69%是吸食阿片类毒品。李锦介绍说，从蠕虫到人类，虽然进化相差数亿年，但它们都能对毒品成瘾。原因是生物在进化过程中，都必须能够对内外环境中的各种刺激作出辨别，形成不同程度的记忆，有的甚至能够遗传给下一代，这种能力是维系个体生存和种族延续所必需的。科学家证明，存在于中脑的多巴胺通路是机体具备这一功能的神经生物学基础。海洛因等成瘾物质恰恰就能模拟这种刺激，通过增加多巴胺的释放，使吸毒者产生欣快感，从而引起机体成瘾。 在我国，仍是以海洛因为代表的阿片类毒品危害最大。三大原因导致其毒瘾难以根除——强烈的心瘾、躯体依赖和稽延症状。由于成瘾涉及学习、记忆、情感、动机、控制和决策等一系列高级神经活动，而它们的神经生物学机制尚不清楚，因此相关研究遇到了巨大困难。数十年来，国内外治疗阿片成瘾均是以阿片受体为靶标的药物——阿片受体激动剂和阻断剂，但疗效均不理想。前者对心瘾有效，但其本身具有致成瘾性；后者自身不成瘾，但对心瘾无效。近年来，经李锦团队和国外实验室反复证明，胍丁胺对阿片吸食者形成的心瘾、躯体依赖和稽延症状都有明显疗效，且自身不成瘾。 作为项目负责人，李锦强调，目前胍丁胺仅是一个完成临床前研究的候选药物，它对人体预防阿片复吸的疗效需要通过长期的临床实践来验证。 《科技日报》（2013-04-03 一版）

随着代谢组学在医药生物各领域中的发展，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-质谱联用技术（GC/MS）成为组学分析平台中最为常见的技术手段之一。对于生物样本（如尿、血、组织、唾液以及细胞等）中氨基酸、有机酸、多糖、胆固醇、维生素、酰胺、多胺、多醇、脂肪酸、激素、核苷酸、磷酸酯、多肽等小分子代谢物而言，GC/MS具有灵敏度高、分辨率强、重现性好以及高通量的优点。在代谢组学的分析策略中，不同类型的样品通过不同的提取方法和衍生反应方法获得相应的GC/MS总离子流色谱图，然后经过数学转化得到不同生理或病理状态下的机体的代谢谱，并建立数学模型，获得体内内源性代谢物的变量，再利用MS中强大的谱库检索系统或谱图解析功能进行分析，最后解释这些代谢物变化的生物学意义。早在1971年GC/MS就被临床用于检测一些特征性标志的代谢物以诊断疾病，例如尿中胆固醇和有机酸代谢物的变化。1978年，Gates和Sweeley等曾采用代谢谱分析技术对临床患者血和尿等样品中化合物进行定性和定量分析。2000年，Fiehn研究小组采用GC/MS方法对模型植物拟南芥的叶子提取物进行了植物代谢网络的研究。此后，代谢物靶标分析、代谢轮廓（谱）分析代谢指纹分析、代谢组学研究已经逐渐地被广泛应用于生物样本的药物安全性评估、疾病机制分析和生物标志物探索，并且对于机体受到外界环境刺激或扰动后其代谢产物产生的动态响应提供了一种全面的理解。比如以血清为研究对象，基于GC/MS分析技术的代谢轮廓谱观察到尿毒症患者与正常人代谢物中氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）和脂肪酸（肉豆蔻酸、亚油酸）的异常变化，且被测物质灵敏度、稳定性非常好。同时与临床生化指标一致。同样，在中药雷公藤的毒性学研究时，根据GC/MS分析给药前后不同时间点的老鼠尿样结果，对中药安全性及多靶点作用的机制研究提供了新的思路。今年，GC/TOF-MS和GC×GC/TOF-MS技术中TOF-MS的快速扫描和强大的反卷积功能为生物样本的分析提供了高分辨率和高灵敏度的保证，也逐渐被用于代谢组学中尿、血、组织的研究，如Underwood等采用GC/TOF-MS研究Huntington疾病患者与转基因老鼠模型的血清代谢轮廓谱，并讨论其发病机制。与单维色谱相比，两维的色谱信息更全面更广泛，族分离效应、分辨率和灵敏度明显提高，且相应时间缩短，得到的光谱纯度大大改善。Welthagen等应用GC×GC/TOF-MS技术探究NZO肥胖鼠与C57BL/6鼠组织提取物中的代谢物变化，研究结果表明配置四级杆质量分析器的MS对样品的分析一次仅获得五六百个色谱峰，而TOF-MS却能检测到一千多个色谱峰，从而反映GC×GC/TOF-MS的快速扫描和信息采集对于复杂体系的全组分分析具有重要的意义，对于未来生物样品的代谢组学研究提供了技术上的保证。随着生命科学的发展，分析样品越来越复杂，分子量范围也越来越大，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp][color=#3333ff]气相色谱[/color][/url]-串联质谱技术如离子阱质谱联用仪具有MSn多级质谱功能，作为分析混合物和分子结构鉴定的重要手段，也逐渐成为当今医学和生物分析等领域研究的热点之一。目前，代谢组学技术正日益受到科研工作者的关注，特别是GC/MS技术的不断革新，有助于人们更好地理解机体内复杂的代谢网络以及生命活动规律

来源: 生物谷　　一半以上的人类癌症都具有脂质代谢化学信号异常上调，但这些信号在肿瘤形成过程中是如何被调控的仍没有得到充分的理解。　　近日，宾夕法尼亚大学Youhai Chen博士等人发现：TIPE3（一种新近被新发现的致癌蛋白），通过靶向这些脂质信号途径促进癌症。　　第二信使--脂质在细胞膜外信号到细胞内部的传递和放大过程中发挥基本作用。一个最好的例子就是脂质第二信使PIP3，其传递数以百计的膜受体信号进入细胞内。　　因此，当PIP3的功能出差错时，靶向PIP3药物可有效用于治疗多种疾病，包括癌症和炎症性疾病。TIPE3属于一种新的蛋白质家族，是人类癌症和炎症的危险因素，但对其作用机制知之甚少。　　Chen和同事们发现，TIPE3是第二信使PIP3的转运蛋白，但它被癌细胞“劫持”，导致失控的细胞分裂。TIPE3的高分辨率晶体结构显示其蛋白结构有一个大的空腔，捕获和传输PIP3及其化学前体PIP2，导致癌细胞的内膜中PIP3的增加，这就促进了激活下游PIP3效应，导致癌症。　　重要的是，人类肺癌，结肠癌，卵巢癌和食道癌都有显著的TIPE3表达上调。敲除TIPE3后，能减少恶性肿瘤细胞的生长，剔除小鼠TIPE3，能阻断肿瘤的形成。　　这些发现解释了为什么正常的细胞可以控制自己的脂质信号，但癌细胞不能，虽然这一现象被广泛认可，但了解甚少。新研究揭示在正常细胞中，TIPE3的表达量恰到好处，以确保适当的信号传送，调控细胞分裂。 而在癌症情况下，TIPE3表达上调，TIPE3可能是一种新的治疗标靶用于治疗恶性疾病。　　该小组目前正在研究对策，以控制异常TIPE3表达来治疗或预防癌症。

[b]清华大学药学院代谢分析（代谢组学和代谢流）和疾病代谢实验室胡泽平课题组[/b]主要从事：1.基于质谱平台的新型代谢分析技术（代谢组学和代谢流分析）的发展，及其在生物医学和药物研发领域的应用；2.疾病（主要是肿瘤和干细胞）及肿瘤治疗（包括毒性和耐药性）的代谢分子机制研究及新药靶标的发现；3.基于药物代谢组学的精准治疗等研究。[color=#333333]课题组具体介绍请参考清华大学药学院网页[/color][url]http://www.sps.tsinghua.edu.cn/cn/team/team/2016/1008/89.html[/url]。[color=#414042]现招聘博士后2名（1名为[/color]质谱分析和代谢组学方向，1名为细胞或分子生物学方向）[color=#414042]和实验员2名（生物、医学或化学方向）。[/color][color=#414042] [/color][b][color=#414042]博士后：质谱分析和代谢组学方向[/color][/b][color=#414042][/color][b][color=#414042]岗位职责[/color][/b][color=#414042]：负责代谢[/color][color=#414042]分析[/color][color=#414042]相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。[/color][b]职位要求：[/b]1. 具有分析化学、[color=#414042]化学工程、[/color]生物工程等相关专业的博士学位，熟练掌握生物质谱分析（包括高分辨质谱和三重四级杆质谱）技术；2. 具有代谢组学和代谢流分析的相关实验和数据分析经验者优先考虑；3. 对疾病（主要是肿瘤和干细胞）代谢及其相应药物治疗（包括毒性和耐药性）的代谢分子机制研究有强烈兴趣，具有独立开展科研课题的能力；4. 具有生物信息学或分子生物学研究经验的优先考虑；5. 发表过科研论文，有良好的英文文献阅读和写作能力；6. 具备良好的学术道德和诚信、沟通能力和团队合作精神，具有强烈进取心，工作刻苦努力。[b][color=#414042]博士后：细胞或分子生物学方向[/color][color=#414042]岗位职责[/color][/b][color=#414042]：负责[/color][color=#414042]疾病[/color][color=#414042]代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。[/color][b]职位要求：[/b]1. [color=#414042]具有生物学、医学或化学等相关专业博士学位；[/color]2. [color=#414042]熟练掌握细胞和分子生物学技术，能够独立开展肿瘤[/color][color=#414042]研究[/color][color=#414042]的相关实验（包括细胞和动物水平）[/color]3. 对疾病（主要是肿瘤和干细胞）及其相应药物治疗（包括毒性和耐药性）的代谢分子机制研究有强烈兴趣，具有独立开展科研课题的能力；4. 具有生物信息学研究经验的优先考虑；5. 发表过科研论文，有良好的英文文献阅读和写作能力；6. 具备良好的学术道德和诚信、沟通能力和团队合作精神，具有强烈进取心，工作刻苦努力。[b]博士后工资待遇：[/b]在清华大学博士后的标准薪酬和待遇（清华大学提供博士后公寓，子女入园/学，保险和住房公积金，享受出站个人及家属户口迁移）基础上，对于刻苦优秀有潜力的博士后，我们将提供具有竞争力的薪酬资助。另外，优秀博士后可获清华大学博士后支持计划，资助额度最高60万元。[b][color=#414042]实验员：生物学、医学或化学方向[/color][/b][color=#414042][/color][b][color=#414042]岗位职责[/color][/b][color=#414042]：协助博士后或博士生参与完成代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。[/color][b]职位要求：[/b][color=#414042]1. [/color][color=#414042]具有生物学、医学或化学等相关专业本科学历或硕士学位；[/color][color=#414042]2. [/color][color=#414042]熟练掌握基本的分子生物学[/color][color=#414042]、[/color][color=#414042]细胞培养和动物实验技术，能够独立开展分子生物学[/color][color=#414042]、[/color][color=#414042]细胞培养和动物[/color][color=#414042]等[/color][color=#414042]实验。[/color][color=#414042]3. [/color][color=#414042]工作细心，积极主动，具有较强的工作责任心、学习能力、沟通能力和团队合作精神；[/color][color=#414042]4. [/color][color=#414042]具有实验室管理经验者优先考虑；[/color][color=#414042]5. [/color][color=#414042]能够尽快到岗工作；[/color][color=#414042] [/color][b]培训：[/b][color=#414042]以上岗位能获得质谱分析技术、代谢组学和代谢流分析、药物分析等方面的系统培训。 [/color][b]实验员工资待遇：[/b][color=#414042]该岗位享受清华大学非事业编制人员待遇，按照清华大学合同制人员的相关规定办理，具体待遇面议。[/color][b]申请方法：[/b]有兴趣申请者请将个人简历、研究工作经历、及其它能证明科研能力的相关电子文件，发送至[b][color=#7b0c00]zeping_hu@tsinghua.edu.cn[/color][/b]请在邮件主题中使用“姓名+职位”的格式。

6月19日-6月25日一周科研动态不可不知[b][color=#333333]科学家找到能快速起效的抑郁症治疗药物靶标[/color][/b][color=#333333]氯胺酮能迅速稳定严重抑郁症患者但有较大的副作用。美国德州大学西南医学中心的科学家在6月21日的Nature上报道他们发现了氯胺酮在大脑中的靶蛋白，这是寻找新的替代药物的关键一步。[/color][b]美用化学方法创建四进制编程系统[/b]凯斯西储大学化学副教授艾米丽彭泽和同事在最新一期《材料化学C》杂志上发表论文称，他们利用化学方法创建的一种荧光存储系统，用无色、蓝色、绿色和青色四种颜色代替二进制中的数字0和1进行四进制编程，获得的信息数据占用空间会缩减一半。[b]ImmunoCellular Therapeutics停止ICT-107临床试验[/b]由于未能获得研究所需的资金，美国生物技术公司ImmunoCellular Therapeutics被迫停止了其主要在研产品癌症疫苗ICT-107的一项3期临床试验。该公司表示，正在寻找商业合作伙伴或将其出售。ICT-107被用于对付胶质母细胞瘤，是基于树突细胞的免疫疗法。2013年在一项2期临床试验中，研究显示药物能对总体生存率产生影响。[b]中国科大等首次揭示T细胞淋巴瘤的表观遗传调控机制[/b]近日，中国科学技术大学生命科学学院医学中心及中科院天然免疫和慢性疾病重点实验室教授瞿昆课题组联合美国斯坦福大学Howard Chang实验室，首次揭示了T细胞淋巴瘤（CTCL）的表观遗传调控机制。该研究成果以Chromatin accessibilitylandscape of cutaneous T cell lymphoma and dynamic response to HDAC inhibitors 为题发表在6月15日的国际期刊《癌细胞》（CancerCell）上。[b][color=#333333]官方宣布CFDA正式成为ICH成员[/color][/b][color=#333333]2017[/color][color=#333333]年6月19日，中国国家食品药品监督管理总局（CFDA）官方网站和国际人用药品注册技术协调会（ICH）官方网站正式公布，总局成为国际人用药品注册技术协调会正式成员。[/color][b][color=#333333]宁光院士团队首次揭示中国人肥胖的肠道菌群[/color][/b][color=#333333]上海交大医学院附属瑞金医院宁光院士团队一项最新研究首次揭示中国人肥胖的肠道菌群组成，发现一系列丰度显著异于正常人群的肠道共生菌，多形拟杆菌（BT菌）口服可降低小鼠血清谷氨酸浓度，增加脂肪细胞的脂肪分解和脂肪酸氧化过程，从而降低脂肪堆积，达到减重效果。[/color][b][color=#333333]10000[/color][color=#333333]例样本证实，患癌风险≈精准基因突变+家族史[/color][/b][color=#333333]近日，一项涉及近10000名BRCA基因突变携带者的研究预估了女性罹患乳腺癌和卵巢癌的高峰年龄区间。此外，家族史是基因突变携带者患癌的强力风险因子，而罹患癌症风险会因突变部位而异；因此个性化咨询应该结合考虑家族史档案和基因突变部位。[/color][b]360搜索升级医疗垂直搜索[/b]360搜索近日宣布，旗下良医升级上线2.0版本。良医是360搜索推出的聚合专业医疗、医药、健康信息的垂直搜索频道。此次升级，良医2.0将携手数千家权威医院和机构，运用人工智能技术，服务于用户查症、找药、寻医等医疗全过程。介绍，此次升级，360搜索与国内众多主流医疗网站建立了深度合作，其中包括好大夫、百科名医、寻医问药网、微医等知名互联网医疗平台。此举不仅满足了用户最为关注的医院、医生、病症信息的需要，还保障了内容来源的权威性和可信度。

有老师用HILIC柱做过非靶标代谢组学分析吗，可以交流一下吗？

做非靶向代谢组学，没有想要检测的目标物，目的在于尽可能多的检测出样品中的代谢物，在前处理过程中加入内标物质，在数据分析时，根据内标校正数据。。那如果做靶向代谢组学就是需要购买想要分析的目标物的标准品来做标准品对照液，是不是就是外标法？ 除了标准品以外还需要在前处理过程中加入内标吗？

[size=16px]源内裂解：[/size][font=Arial][size=16px][color=#4a90e2][/color][/size][/font][size=16px]当离子从高压电离源进入质量分析仪的真空区域时，可能发生离解或碎片化事件。某些药物代谢物的源内[back=#f7f8fa]（[/back][font=Arial][back=#f7f8fa]CID[/back][/font][back=#f7f8fa]）[/back]可能会产生与药物母体离子（目标分析物）相同的碎片离子。因此，将在用于定量药物的相同单反应监测（SRM）转换中检测到代谢物。在母体药物和代谢物之间缺乏足够的色谱分离度的情况下，可能会将代谢物来源中的CID产物离子误解为药物，从而使测定法没有选择性。[/size][size=16px]可以通过源内CID影响母体药物定量的最常见代谢物是：[/size][size=16px][color=#0080ff][b]酰基葡糖醛酸苷，O-和N-连接的葡糖醛酸苷，N-氧化物，硫酸盐结合物和内酯/羟基酸[/b][/color][/size][size=16px]如何控制或减少代谢产物的内源裂解：[/size][font=Arial][size=16px][back=#f7f8fa][/back][/size][/font][list][*][font=等线][size=16px]一般认为ESI应优先于大气压化学电离(APCI)，以减少内源CID或化合物的热分解[/size][/font][*][font=等线][size=16px]ESI源的锥孔电压参数与源温度对源内裂解起主要作用[/size][/font][*][font=等线][size=16px]不同的加和离子，+NH4，以及负离子模式（-H），优于正离子模式（+H）[/size][/font][/list][font=等线][/font][size=18px][b][color=#ff0000]解决问题的终极方法，还是需要 裂解峰与待测物峰 色谱分离，其它的只能说是降低源内裂解发生的机率[/color][/b][/size][size=18px][b]文章来源，微信公众号“临床与分析哪些事”。[/b][/size][size=18px][b][color=#ff0000][/color][/b][/size]

请问大家，我要用动物组织做内源性代谢物的靶向代谢组学，用标曲去定量，配制标曲所用的空白基质该如何选择呢？我是打算用相应的空白组织匀浆液去做空白基质，但是我要如何将该基质中的本底干扰去掉呢？蹲蹲比较实用的经验

1、雷公藤红素抑制CML细胞增殖作者首先进行了网络药理学分析，以评估在治疗CML方面最有效的天然产物。通过对3882种天然产物进行了网络药理学分析，发现从传统中药“雷公藤”（Tripterygium wilfordii）根皮中提取的五环三萜雷公藤红素在抑制CML方面排名第一。为了验证网络药理学筛选的可靠性，作者在CML细胞中进行细胞活力测定。选择18β-甘草次酸作为阴参，因为它与雷公藤红素的结构最相似，但在3882 种天然产物中预测得分不高，选择17-AAG（HSP90抑制剂，已有文章报道HSP90是雷公藤红素的靶点）和TKI 药物伊马替尼作为阳参。结果表明雷公藤红素、17-AAG和伊马替尼均能有效抑制CML细胞增殖，而18β-甘草次酸几乎不影响细胞生长。作者进一步开展细胞实验，发现雷公藤红素对K562和K562T315I细胞表现出抗增殖活性，诱导细胞凋亡。尽管对雷公藤红素的研究很深入，但尚未系统地鉴定出雷公藤红素在CML中的直接蛋白质靶点，尤其是在耐药性CML细胞中 雷公藤红素抑制CML细胞增殖2、雷公藤红素处理后 K562T315I 细胞的转录组和蛋白质组学分析接着，作者通过RNA 测序发现富集的通路包括铁死亡、蛋白水解调节、响应p53介导的DNA损伤等。作者还进行了蛋白质组学分析雷公藤红素对K562T315I细胞中蛋白质表达水平的调节，下调蛋白主要富集于DNA和RNA代谢途径以及 DNA损伤反应，以及蛋白质加工途径。MCODE分析发现“对DNA损伤刺激的反应”和“对未折叠蛋白的反应”分别是最具特征性的途径。雷公藤红素与其已知靶标HSP90的相互作用可能是“对未折叠蛋白的反应”上调的关键贡献事件。而目前尚未有报道称雷公藤红素的直接蛋白质靶标与“对DNA损伤刺激的反应”途径有关（ 雷公藤红素处理后 K562T315I 细胞的定量蛋白质组学分析3、雷公藤红素处理后 K562T315I 细胞的CETSA-MS分析作者接着检测了K562T315I细胞中celastrol处理后可溶性蛋白质水平的变化，在雷公藤红素处理后鉴定了178种差异溶解蛋白质，主要位于DNA中心区域，包括细胞核和线粒体，更具体地说是在DNA损伤位点。此外，“分子伴侣复合物”中溶解度降低，这可能是由于雷公藤红素和HSP90之间的互作所致 雷公藤红素处理后 K562T315I细胞的CETSA-MS分析4、雷公藤红素诱导 K562T315I 细胞DNA损伤对 K562T315I细胞经雷公藤红素处理后总蛋白和可溶性蛋白水平变化的系统分析表明，雷公藤红素主要诱导K562T315I细胞中的DNA损伤和未折叠蛋白反应。因此，作者进行了实验来验证这些观察结果。结果显示雷公藤红素显著诱导γ-H2AX（DNA损伤的常见标志物）的表达，并降低DNA损伤修复相关蛋白FANCD2水平，彗星试验进一步证实了雷公藤红素促进的DNA损伤（ 雷公藤红素诱导 K562T315I细胞DNA损伤5、雷公藤红素在K562T315I细胞中的靶点鉴定然后，作者在细胞裂解物中开展质谱耦合等温剂量反应-细胞热位移分析（MS-ITDR-CETSA）实验，以确定雷公藤红素的直接蛋白质靶标，特别是那些参与DNA损伤反应的蛋白质靶标。在检测到的3393种蛋白质中，有12种蛋白质表现出热稳定性的显著变化，代表了最有潜力且可信度高的靶标蛋白质。值得注意的是，雷公藤红素的已知靶标HSP90 (HSP90AA1和HSP90AB1) 的热稳定性仅表现出很小的变化，并且没有超过阈值。对这12个潜在靶标和定量蛋白质组学以及CETSA-MS分析的差异蛋白进行PPI分析，发现 YY1均为最紧密相关的蛋白质。因此，YY1与所有这些DEP/DSP的关联节点数量最多，并且可能是与DNA损伤相关的最重要的靶标。现有研究表明，YY1作为转录因子，可以调节参与DNA修复和细胞存活的各种蛋白质的表达，以响应DNA损伤。此外，HMCES已被确定为通过屏蔽脱碱基位点来保护基因组完整性免受氧化碱基损伤的关键蛋白。因此，作者继续通过蛋白质印迹结合细胞热位移分析（WB-CETSA）验证了celastrol与YY1和HMCES的互作。同样，报道的阳性对照HSP90蛋白也显示出明显的热稳定性增加（ 雷公藤红素在K562T315I细胞中的靶点鉴定6、雷公藤红素与YY1和HMCES相互作用的验证为了进一步验证celastrol与YY1和HMCES的直接相互作用，合成了可点击炔烃标签功能化celastrol探针（Cel-P），该探针保留了celastrol对K562T315I细胞的抑制活性。利用该探针开展Pulldown实验发现Cel-P 能够成功地从细胞中拉下HMCES和HSP90蛋白，但由于尚不清楚的原因，在蛋白质印迹膜上的下拉样本中未检测到YY1。随后，表达并纯化重组YY1（rYY1）蛋白，发现随着Cel-P浓度的增加，rYY1的标记以剂量依赖性方式增加 雷公藤红素与YY1和HMCES相互作用的验证7、雷公藤红素通过靶向YY1和HMCES诱导DNA损伤在验证了celastrol与YY1和HMCES之间的相互作用后，作者继续在K562T315I细胞中敲低 YY1或HMCES。结果显示YY1或HMCES的敲低显著增加了DNA损伤的发生率，同时影响细胞生长，增强细胞对celastrol的敏感性。此外，与HMCES相比，YY1敲低对细胞的影响更为显著，表明YY1发挥着更为重要的作用。对接分析显示，与HMCES相比，celastrol对YY1的亲和力略强，且Celastrol与YY1上的Leu132和Val316形成氢键，与HMCES的Glu127、Arg130和Arg137形成氢键 雷公藤红素通过靶向 YY1 和 HMCES 诱导 DNA 损伤鉴于YY1在雷公藤红素诱导的DNA损伤反应中发挥关键作用，作者对YY1蛋白进行了进一步实验。发现YY1过表达对细胞生长没有显著影响，但减轻了雷公藤红素引起的细胞死亡和DNA损伤，且通过裂解的PARP1和Caspase-3水平发现YY1表达与雷公藤红素诱导的细胞凋亡呈负相关。使用双荧光素酶报告基因发现雷公藤红素显著抑制了YY1的转录活性，BLI结合试验发现celastrol 可以与 rYY1 结合（图8）。图8 YY1在雷公藤红素诱导的 K562T315I细胞DNA损伤和细胞死亡中起关键作用总结研究使用多组学方法对雷公藤红素的作用机理进行了系统研究，利用蛋白质组范围的无标记靶标反卷积方法MS-CETSA来识别雷公藤红素的蛋白质靶标。研究不仅验证了雷公藤红素通过靶向HSP90来诱导未折叠蛋白反应，而且还发现它通过直接靶向耐药 K562T315ICML 细胞中的YY1和HMCES来诱导DNA损伤（图9）。研究有助于更好地理解雷公藤红素的多方面机制。研究提供了一种有效的系统药理学工作流程范例，该范例集成了网络药理学分析、蛋白质丰度和溶解度测量以及 MS-CETSA，以揭示任何天然产物或活性化合物的作用机理。

~@IxHc% 本书原著由代谢工程领域从事多年研究工作的国外专家撰写，是剑桥大学的权威参考书之一，现在由国内从事相关工作的学者翻译成中文。系统介绍代谢工程的建模方法与优化技术，检验了代谢途径操作的研发策略，验证了系统模型有效的必要性，讨论了模型的设计和分析，重点则是在优化上。作者还阐述了生化系统理论中的幂定律模型和方法，由基本原理导出概念，汇集了大量的图片与研究实例。 B*2peE 本书的读者首推生物工程、生化工程、发酵工程、生物科学和生物技术等专业的高年级本科学生和研究生，可以成为他们了解代谢工程和从事相关研究时的参考书或教材，也可供从事代谢工程研究的相关领域专家、学者阅读和参考。MS 质谱.用于同位素示踪分析.我们试验室将使用代谢工程结合同位素,对红霉素进行途径分析. FKz+xmJq MFA最关键的是建模型(代谢途径),而用matlab进行矩阵计算很方便正如细履平沙所言，代谢流分析的关键在于建立基于物料衡算和反应方程的化学计量学的代谢通量平衡模型，结合同位素示踪分析（与HPLC/MS/MS联合使用）的实验结果，得到中间代谢产物的通量，进而通过matlab[font=

[size=14px] [/size] [size=14px]青蒿素（Arteminsinin）是从植物青蒿中分离出来的倍半萜内酯，与它的一些衍生物一起被公认为一种有效的用于治疗疟疾药物，现已逐渐被认为是潜在的抗肿瘤药物，已有一些研究试图确定青蒿素的蛋白质靶点并破译青蒿素杀死癌细胞的分子机制，但迄今为止，青蒿素的确切抗肿瘤相关靶点仍有很大挖掘空间。[/size] [size=14px] [/size] [size=14px]1、细胞毒性筛查将ART1确定为潜在的抗肿瘤药物[/size] [size=14px]作者首先制备了C-10位的不同芳基取代基的青蒿素衍生物（ART1、ART2和ART3），利用肺癌细胞系H1299和A549比较了它们以及青蒿素（QHS）及其衍生物双氢青蒿素（DHA）的抗肿瘤活性。发现ART1，一种含有萘环的青蒿素衍生物，对肺癌细胞表现出最强的细胞毒性。在肿瘤类器官模型和白血病MV4细胞中均证明ART1是最有效化合物。此外，ART1表现出对正常细胞的抗增殖活性非常弱。结果表明ART1是一种有前途的潜在抗癌药物。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图1 ART1抑制肿瘤生长[/size] [size=14px]2、ART1诱导非经典铁死亡[/size] [size=14px]先前的报告表明青蒿素通过多种方式导致癌细胞死亡，包括细胞凋亡、自噬等。作者发现ART1触发的细胞死亡与凋亡、自噬无关。进一步确定ART1诱导癌细胞死亡的机制，发现ART1诱导的细胞死亡仅被铁死亡抑制剂ferrostatin-1（可防止脂质过氧化物的积累）抑制，而不能被细胞凋亡抑制剂z-VAD-FMK或坏死性凋亡抑制剂necrostatin-1抑制，表明ART1处理触发铁死亡。此外，ART1处理会诱导脂质过氧化，且ART1引起的脂质过氧化是铁依赖性的。深入机制研究发现ART1导致铁死亡已知类别的铁死亡诱导剂不同，它不影响其细胞内GSH水平和GPX4活性。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图2 ART1诱导非经典铁死亡[/size] [size=14px]3、鉴定HSD17B4蛋白作为ART1的直接靶标[/size] [size=14px]为了确定ART1介导诱导铁死亡的蛋白靶点，作者设计了并合成了ART16（生物素标记的ART1）来开展Pulldown。ART16类似于ART1可诱导铁死亡，可用于后续实验。Pulldown+蛋白质组学分析显示HSD17B4蛋白为可能靶点， BLI、Pulldown+WB技术证实了两者的直接结合。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图3 鉴定HSD17B4蛋白作为ART1的直接靶标[/size] [size=14px]4、ART1通过HSD17B4蛋白介导癌细胞死亡[/size] [size=14px]作者采用ART99（含有香豆素荧光团的ART1探针），发现ART99与靶蛋白HSD17B4的共定位。通过敲低HSD17B4来研究ART1诱导的细胞死亡是否由HSD17B4介导，发现HSD17B4敲低可显著减弱ART1的作用。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图4 ART1通过HSD17B4蛋白介导癌细胞死亡[/size] [size=14px]5、ART1靶HSD17B4蛋白直接诱导脂质氧化[/size] [size=14px]HSD17B4蛋白是一种双功能酶，同时具有脱氢酶和水合酶活性，并参与VLCFA（极长链脂肪酸）的过氧化物酶体β氧化。作者发现ART1并未改变细胞中HSD17B4蛋白丰度，也不影响其脱氢酶和水合酶活性。由于ART1中的过氧化物部分对于诱导铁死亡是必不可少的，作者推测ART1可能是一种启动铁死亡的选择性氧化剂，与HSD17B4结合并促进周围脂质的氧化。作者验证发现ART1可以直接氧化铁死亡相关底物。PUFA，易受脂质过氧化的影响，是执行铁死亡所必需的。由于不容易获得超长链多不饱和脂肪酸，AA被用作替代物，作者发现ART1单独可以氧化AA，ART1还可以显著促进由亚铁离子催化的脂质过氧化。此外，活细胞成像探针发现ART1可以氧化细胞中HSD17B4蛋白周围的脂质。这些数据证实ART直接氧化HSD17B4蛋白周边的脂质，积累脂质过氧化物，并最终在癌细胞中促进铁死亡。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图5 ART1靶向HSD17B4蛋白直接诱导脂质氧化[/size] [size=14px]6、ART1优先诱导高间充质状态癌细胞的铁死亡[/size] [size=14px]据报道，高间充质状态的耐药性癌细胞对铁死亡诱导剂敏感。作者检测这些肺癌细胞的上皮间充质状态，发现对ART1敏感细胞系H1299和H1838中的波形蛋白含量较高，表明高间充质状态，而对ART1耐药细胞系HCC366和H1650几乎表现出E-钙粘蛋白的丰度检测不到，这表明ART1的敏感性与癌细胞上皮间充质状态密切相关，ART1可优先诱导间充质癌细胞发生铁死亡。[/size] [size=14px]图片[/size] [size=14px]图6 ART1优先诱导高间充质状态癌细胞的铁死亡[/size] [size=14px]总结[/size] [size=14px]该研究将青蒿素衍生ART1已被确定为铁死亡诱导剂，对癌细胞增殖具有显著的抑制效果。接着使用化学蛋白质组学方法鉴定HSD17B4蛋白，一种在VLCF分解代谢中必不可少的酶，作为ART1的直接靶点。进一步研究发现ART1会导致铁死亡，通过直接氧化HSD17B4蛋白周围的脂肪酸而不干扰蛋白质的正常酶活性，揭示了一种意想不到的机制，其中ART1-HSD17B4用作“特洛伊木马”，潜入过氧化物酶体触发脂质氧化。总之，ART1通过靶向HSD17B4诱导铁死亡提供了一种有希望的癌症治疗方法。[/size]

请教一下，动物代谢组学分析，[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]液质联用[/color][/url]。用的是小鼠的血清，进色谱分析，再打质谱，为什么有些要研究的物质在谱图上找不到呢？是不是在代谢中，含量太少了？还是血清中的物质太多了，目标物质信号被覆盖？要如何解决呢？用的是full ms/dd ms2[img=,690,885]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/05/202105041308215017_7339_5232559_3.png[/img][img]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/05/202105041308217876_3479_5232559_3.png[/img][img=,690,429]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2021/05/202105041309199549_3655_5232559_3.png[/img]

清华大学药学院代谢分析与疾病代谢实验室主要从事基于质谱平台的新型代谢分析技术（代谢组学和代谢流分析）的发展，及其在转化医学和药物研发领域的应用；以及疾病（主要是肿瘤、神经退行性疾病、感染性疾病）及其相应治疗的代谢分子机制研究。　　现招聘质谱分析、代谢组学和代谢流分析博士后和实验员多名。　　博士后：质谱分析、代谢组学和代谢流分析　　岗位职责：负责代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。　　职位要求：　　1. 具有分析化学、化学工程、生物工程等相关专业的或博士（博士后）或硕士学位（研究助理），熟练掌握小分子化合物的质谱分析（包括高分辨质谱和三重四级杆质谱）技术；　　2. 具有代谢组学和代谢流分析的相关实验和数据分析经验；　　3. 具有强烈进取心，对疾病（主要是肿瘤、感染性疾病、心血管疾病、脑科学及神经退行性疾病）及其相应治疗的代谢分子机制研究有兴趣，具有独立开展科研课题的能力；　　4. 具有生物信息学或分子生物学研究经验的优先考虑；　　5. 具有较强的学习能力、工作责任心和积极性、沟通能力和团队合作精神；　　6. 有一定的英语读写能力。　　实验员2-3名　　岗位职责：负责代谢组学分析方法的建立，并负责/协助代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。　　职位要求：　　1. 具有生物学、医学或化学等相关专业本科学历或硕士学位；　　2. 掌握基本的分子生物学知识和技术；　　3. 具有质谱分析化学背景，尤其是小分子代谢物分析和代谢组学研究经验者优先考虑；　　4. 工作细心，积极主动，具有较强的工作责任心、学习能力、沟通能力和团队合作精神；　　5. 能够尽快到岗工作；　　工资待遇：　　该岗位享受清华大学非事业编制人员待遇，按照清华大学合同制人员的相关规定办理，具体待遇面议。　　简历投递地址：http://www.instrument.com.cn/job/IU_job_index.asp?ID=RC109193

清华大学药学院代谢分析与疾病代谢实验室主要从事基于质谱平台的新型代谢分析技术（代谢组学和代谢流分析）的发展，及其在转化医学和药物研发领域的应用；以及疾病（主要是肿瘤、神经退行性疾病、感染性疾病）及其相应治疗的代谢分子机制研究。 　　现招聘质谱分析、代谢组学和代谢流分析博士后和实验员多名。 　　博士后：质谱分析、代谢组学和代谢流分析 　　岗位职责：负责代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。 　　职位要求： 　　1. 具有分析化学、化学工程、生物工程等相关专业的或博士（博士后）或硕士学位（研究助理），熟练掌握小分子化合物的质谱分析（包括高分辨质谱和三重四级杆质谱）技术； 　　2. 具有代谢组学和代谢流分析的相关实验和数据分析经验； 　　3. 具有强烈进取心，对疾病（主要是肿瘤、感染性疾病、心血管疾病、脑科学及神经退行性疾病）及其相应治疗的代谢分子机制研究有兴趣，具有独立开展科研课题的能力； 　　4. 具有生物信息学或分子生物学研究经验的优先考虑； 　　5. 具有较强的学习能力、工作责任心和积极性、沟通能力和团队合作精神； 　　6. 有一定的英语读写能力。 　　实验员2-3名 　　岗位职责：负责代谢组学分析方法的建立，并负责/协助代谢相关课题的实验设计和具体操作实施、数据收集与整理、论文撰写等一系列研究工作。 　　职位要求： 　　1. 具有生物学、医学或化学等相关专业本科学历或硕士学位； 　　2. 掌握基本的分子生物学知识和技术； 　　3. 具有质谱分析化学背景，尤其是小分子代谢物分析和代谢组学研究经验者优先考虑； 　　4. 工作细心，积极主动，具有较强的工作责任心、学习能力、沟通能力和团队合作精神； 　　5. 能够尽快到岗工作； 　　工资待遇： 　　该岗位享受清华大学非事业编制人员待遇，按照清华大学合同制人员的相关规定办理，具体待遇面议。 　　简历投递地址：http://www.instrument.com.cn/job/IU_job_index.asp?ID=RC109193

[color=#444444]最近用maldi-TOF MS做的数据，是分析铜绿微囊藻在不同处理条件下的代谢物质变化，了解到产脂肪酸、烃类、脂质类等类的物质，得到的质谱峰比较多，怎样确定这种藻产的代谢物质是什么呢[/color]

[color=#444444]目前在做[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]气质联用[/color][/url]分析真菌代谢组差异的实验。大体步骤如下：[/color][color=#444444]培养真菌细胞，菌体离心，液氮研磨破碎细胞得到菌粉，用纯甲醇萃取细胞代谢物3次合并萃取物，空离心浓缩仪中烘干，甲氧胺盐酸盐和N-甲基-N-(三甲基硅烷)三氟乙酰胺(MSTFA)衍生化，然后进行[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]气质联用[/color][/url]分析[/color][color=#444444]目前问题：[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]气质[/color][/url]图谱峰较少（大概25个峰左右），适当修改分液比提高浓度还是不行，有的峰面积很大，衍生化产物（硅化物）出现，说明衍生化彻底，但就是不知道为啥代谢物种类这么少。我看别人文献[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]气质联用[/color][/url]分析代谢组能出峰200多个，最后最少可以挑选差异大的70-80个峰没问题，请各位做过相关研究的帮分析下出出主意，谢谢啦！！！！[/color][img=,absmiddle]http://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/rolleyes.gif[/img][img=,absmiddle]http://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/cry.gif[/img]

了解不同时间药物在血浆或血清中的浓度，对于计算一种药物的代谢动力学很有必要；反之，药物动力学也是药物吸收、分布、代谢和排泄过程的一部分。准确了解药物在体内吸收、分布、代谢和排泄的规律，便于精确地计算所需药物剂量，既能保持有效的药物浓度，同时避免用药过量致毒。预先对多屏深孔Solvinert（MultiScreen Deep Well Solvinert ）和多屏Solvinert滤板进行了验证，进行血浆或血清中蛋白质的板内沉淀，以便展开总药物分析。在滤板上可以快速、细致并完整地转移滤液，这样就可以在进行总药物分析之前为样品制备提供一个自动化兼容的平台。Solvinert滤板过滤的滤液中不含蛋白质，这与质谱分析法和紫外线分析法的结果一致。使用多屏深孔和多屏Solvinert滤板可产生有复验性的结果，它是一个稳定且可靠的平台。血清中的蛋白质被这些滤板过滤并沉淀之后，得到的样本中基本上不含蛋白质，回收率很高，便于萃取。药物动力学特性可以让新药开发商更了解药物的有效性和安全性，而这在新药的注册审批中是必要的。为了更好地了解候选药物的代谢动力，金斯瑞（ GenScript）建议用动物来做药物分布及其代谢的研究，分析在不同时间段、不同组织或血清中，药物及其代谢物的情况。金斯瑞进行精确的药物和药物代谢动力学研究，涉及两个主要方面：药物分布及其代谢动力研究和抗体药物的代谢动力研究。群体药代动力学研究的是个体之间药物浓度变异来源及其相关性，这些个体是指按临床上相关剂量接受候选药物的目标患者人群。患者的某些人口统计学特征、病理生理特征以及治疗方面的特征，比如体重、排泄和代谢功能、以及接受其他治疗，都能够有规律地改变药物剂量-浓度关系。例如，主要由肾脏排除的药物，在接受同样剂量的情况下，在肾功能衰竭患者体内的稳态浓度，通常高于肾功能正常的患者体内的稳态浓度。群体药代动力学的研究目的就是找出那些使剂量-浓度关系发生变化的、可测定的病理生理因素，确定剂量-浓度关系变化的程度，当这些变化与临床上有意义的治疗指数改变相关的情况下，能够恰当地调整剂量。在药品开发中使用群体PK方法，使获得完整的药代动力学资料有了可能，不但能从来自研究受试者的相对稀疏的数据中获取资料，而且还能从相对密集的数据或从稀疏数据和密集数据的组合中获取资料。群体PK方法能够分析来自各种不均衡设计的数据，也能分析因为不能按常用的药代动力学分析方式分析而通常被排除的研究数据，比如从儿科患者和老年患者获取的浓度数据，或在评价剂量或浓度与疗效或安全性之间的关系时所获取的数据。传统药代动力学研究的受试者通常是健康的志愿者或特别挑选的患者，一组成员的平均情况（即平均血浆浓度-时间曲线）一直是关注的主要焦点。许多研究将个体之间药代动力学的变异作为一个需要降到最低的因素进行观察，通常是通过复杂的研究设计和对照方案，或通过有严格限制的入选标准/排除标准，将其降到最低。事实上，这些资料对在临床应用期间可能会出现的变异至关重要，但是却被这些限制所掩盖。而且，传统药代动力学研究只关注单个变量（例如肾功能）的作法，还使其难以研究变量之间的交互作用。

有做过代谢数据分析的大佬吗？对拿到[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Yp][color=#3333ff]LC-MS[/color][/url] 和[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/bp][color=#3333ff]GC-MS[/color][/url] 的原始数据之后的分析有些犯怵，看了好多学习视频还是觉得这个流程不清晰，有没有系统一些的学习资料，求助！

北京华威中仪科技代理的由美国Seahorse Bioscience 公司最新研发的XF生物能量测定仪(细胞代谢呼吸动态分析仪)XF extracellular analyzer是世界首创使用24孔及96孔微孔盘为平台，采用无损伤专利固态探针侦测技术即时同步侦测有氧呼吸O2(OCR)以及糖酵解作H+(OCAR)、 CO2产率(CDPR)的动态分析仪，透过此系统的协助，研究者得以更快的速度、更简易的设计了解细胞以及线粒体如何运用不同的受质作为能量的来源、评估疾病与氧代谢及线粒体运作状态之交互作用、分析代谢调节药物对于生理的效应、建立细胞品管系统、快速筛选出具开发潜力之药物及药物毒性评估等多种不同应用。此系统现已被广泛应用于免疫学、药物筛选、肝脏及外源性毒理、糖尿病及肥胖症、老化、干细胞、细胞生理、药物转化等各个领域，哈佛大学等名校已借助该系统在nature、cell上发表文章几十篇，其他SCI高影响因子文章200多篇，现在就拥有Seahorse Bioscience 公司的细胞代谢呼吸动态分析仪，领先下一个细胞与线粒体研究的黄金十年。

如题，想找几篇文献，找找方法，如果您分析TCA循环中的代谢物，请帮个忙，谢谢

质谱分析代谢小分子文献资料 查找途径

代谢组学与中药分析有何关系？大家讨论下？