病原样本

2018年8月，非洲猪瘟疫情在我国大规模爆发，至今已流行近3年。根据各地监测数据，我国目前已出现非洲猪瘟变异毒株，包括基因缺失株、自然变异株、自然弱毒株等。与2018年传入的非洲猪瘟毒株相比，该类毒株的基因组序列、致病力等发生明显变化。生猪感染该类毒株后，潜伏期延长，临床表现轻微，后期可出现关节肿胀、皮肤出血型坏死灶，感染母猪产仔性能下降、死淘率增高，出现流产死胎/木乃伊胎等。与传统的流行毒株相比，生猪感染非洲猪瘟变异毒株后排毒滴度低、间隙性排毒，难以早期发现。因此，对可疑猪群、人员、环境等进行非洲猪瘟病毒，特别是变异株病原的检测尤为重要，是猪场防控非洲猪瘟的重点。但是，在猪场实际检测采样时，猪场地面、墙面、栏舍、物品、人员和环境等场景中，可疑待测病原浓度低，采样样本容量大。这些实际问题导致病原核酸检出率低、检测量增大、检测成本增加。那么，在进行非洲猪瘟变异毒株的监测工作时，我们该如何解决这些问题呢？2021年3月22日，我国农业农村部发布《养猪场非洲猪瘟变异株监测技术指南》，指导养猪场对猪群、人员、环境等进行科学排查，防控变异毒株。该指南指出：与传统毒株相比，生猪感染变异毒株后排毒滴度低、间隙性排毒，难以早期发现，应该加强监测。此外，由于环境样本病原浓度低，核酸检出率低等原因，指南推荐：混样检测时，混样数量不超过5个。混检确实大大减少了检测工作量，降低养殖场检测成本，但是，针对本身病原浓度较低的待测样本，传统的200ul核酸提取上样量，混样检测时会降低病原检出率。而采用1000ul核酸提取上样量时，经过大量实验验证，病原检出率不会降低。天隆科技GeneRotex 48全自动核酸提取仪及配套试剂，上样量高达1000ul，大体系富集样本病原，可保障高灵敏检测需求。该提取系统可提高低浓度病原体检出率、降低养猪场检测成本，特别适用于养殖场大环境、人员、物品样本和猪鼻（咽）拭子、血液等大容量或低浓度样本的检测。大体系，高灵敏，让您不再为环境样本容量大、病原检出率低而烦恼！

p 　　11月8日，中国首艘远洋渔业资源调查船& quot 淞航& quot 号离开上海芦潮港，开启首轮科考之旅。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/5f25fcfe-408a-4f5c-b3e1-cc5807cdbe84.jpg" title=" 1.jpg" / /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center background-color: rgb(255, 255, 255) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 中国首艘远洋渔业资源调查船& quot 淞航& quot 号 /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " br/ /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　上海海洋大学& quot 淞航& quot 号由国家农业部与上海市出资建造，船名取用上海海洋大学100年之前拥有的& quot 淞航& quot 号实习船。此后在& quot 一· 二八& quot 淞沪抗日战争中，被日本侵华军炸毁。为铭记历史、传承海洋文化，上海海洋大学决定把这艘远洋渔业资源调查船命名为& quot 淞航& quot 号。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/6daf9cec-ffe2-41d8-98e8-6685f1ac41e4.jpg" title=" 2.jpg" style=" width: 600px height: 339px " width=" 600" vspace=" 0" hspace=" 0" height=" 339" border=" 0" / /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center background-color: rgb(255, 255, 255) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 淞航号整装待发 /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " br/ /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　淞航号配备多台目前最先进的科考仪器设备，可进行水文、底栖生物、浮游生物、海洋气象、海洋大气监测等调查取样。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/346468cf-4b98-4103-85d0-9d8756fdc8f2.jpg" title=" 3.jpg" / /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center background-color: rgb(255, 255, 255) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong 配备先进科考仪器的淞航号 /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " br/ /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　“淞航”号的主要航行海域将在北太平洋、东南太平洋（秘鲁外海）和西南大西洋（阿根廷外海）等海域，航程近40天。海尔生物医疗提供整体冷链解决方案，助力淞航号此次科考。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/f87acd50-70cb-4c1f-8d64-a86491db493b.jpg" title=" 5.jpg" / /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center background-color: rgb(255, 255, 255) " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 海尔节能芯超低温冰箱338J装备淞航号 /span /strong /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 17px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " br/ /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 16px max-width: 100% box-sizing: border-box !important word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify line-height: 1.75em background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　海尔节能芯超低温冰箱338J，全球率先突破HC碳氢制冷技术，无氟对臭氧层零破坏，零碳排放，真正绿色环保，保护海洋环境；同时制冷效率提高30%，节能降耗50%；高温报警、多重故障报警；确保海洋生物样本安全和远洋科考的顺利进行。 /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 16px max-width: 100% box-sizing: border-box !important word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify line-height: 1.75em background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　海尔-25℃低温保存箱，20年传统产品，品质更成熟稳定。精准温控，超温报警，故障报警，保证海洋生物样本存储安全；抽屉式设计，储物更方便；防腐台阶式内胆，适合配置各类物品框。 /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 16px max-width: 100% box-sizing: border-box !important word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: justify line-height: 1.75em background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　2-8℃医用冷藏箱，风冷系统，精准温控；高温、多重故障报警，内置蓄电池，断电声光报警，保证样本存储安全；电加热玻璃门，轻松应对海上潮湿环境带来的门体凝露现象；内设照明灯，便于观察和存取操作。 /p p style=" text-align: center" img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201711/insimg/692ca277-a3d7-42b2-b95b-67cb87879aa8.jpg" title=" 6.jpg" / /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 20px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: 0px orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center line-height: normal background-color: rgb(255, 255, 255) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" font-size: 16px " 海尔超低温冰箱、2-8℃医用冷藏箱、-25℃低温保存箱等 /span /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 20px max-width: 100% box-sizing: border-box word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: 0px orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px text-align: center line-height: normal background-color: rgb(255, 255, 255) " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 16px " 全力协助& quot 淞航& quot 号科考 /span /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 20px max-width: 100% box-sizing: border-box overflow-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: " hiragino=" " sans=" " microsoft=" " font-style:=" " font-variant:=" " letter-spacing:=" " text-indent:=" " text-transform:=" " white-space:=" " word-spacing:=" " -webkit-text-stroke-width:=" " line-height:=" " background-color:=" " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 16px " br/ /span /strong /span /p p style=" margin: 0px 8px padding: 0px font-weight: 400 font-size: 16px max-width: 100% box-sizing: border-box !important word-wrap: break-word !important color: rgb(62, 62, 62) font-family: & #39 Hiragino Sans GB& #39 , & #39 Microsoft YaHei& #39 , Arial, sans-serif font-style: normal font-variant: normal letter-spacing: normal orphans: auto text-indent: 0px text-transform: none white-space: normal widows: 1 word-spacing: 0px -webkit-text-stroke-width: 0px line-height: 1.75em text-align: justify background-color: rgb(255, 255, 255) " 　　航天冰箱四载神舟，助力空间科学；超低温冰箱搭载雪龙号，助力南极科考；搭载蛟龙号，助力深海科学探秘和海底资源探索；搭载深渊科考船张謇号和“彩虹鱼”深潜器，助力中国深海探测和深渊科研计划。此次搭载“淞航”号远洋科考，是海尔超低温冰箱参与的又一项国家重大科研项目。海尔生物医疗紧密协同海洋科研工作者的步伐，持续创新，为我国 span style=" font-family: 微软雅黑, Microsoft YaHei " 的海洋探索和科研事业提供最有力的保障。 /span /p p br/ /p p span style=" font-family: 微软雅黑, Microsoft YaHei " 　　海尔生物医疗，与海洋科研事业同行。 /span /p

分子诊断是指在人体之外，应用分子生物学方法，检测患者体内遗传物质结构或表达水平的变化，通过对人体样本(血液、体液、组织等)进行检测而获取临床诊断信息，进而判断疾病或机体功能的技术。而检测人体样本的关键步骤之一，是样本中的核酸（DNA和RNA）提取与纯化，核酸的质量直接决定了检测结果的有效性和准确性。新羿生物作为国内数字PCR行业领导者，搭建了以数字PCR、荧光定量PCR两大技术平台为核心的，包括从样本采集、核酸提取到试剂检测等一整套“高灵敏”检测整体解决方案，其中多款核酸提取产品经大量临床样本验证，现隆重推出：┃新冠病毒核酸提取新速度（目录号：#11022 #11023）为更好地应对新冠病毒的快速检测需求，进一步提升检测效率，新羿生物针对新冠病毒检测最常用的拭子样本，研发出病毒核酸快速提取纯化试剂， 经过不断的产品性能优化，可实现12min 完成病毒RNA提取纯化。产品特点操作简单：无需蛋白酶K，使用方便提取纯度高：对PCR扩增无抑制提取时间短：自动化提取，12min 完成拭子样本提取纯化提取效率高且对PCR反应无抑制┃病原体核酸提取：感染性疾病诊断急先锋（目录号：11004# 11005# 11019# 11020#）病原微生物是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物，包括真菌、细菌、病毒等。鉴定病原微生物的种类，判断病原微生物的感染程度，对于疾病诊断和治疗具有重要意义。病原检测样本类型十分复杂，涉及血清、血浆、脑脊液、肺泡灌洗液、痰液、胸腹水及组织等多种类型样本。如何充分裂解样本并高效提取病原核酸，是首要解决的问题。为此，新羿生物推出了病原体系列核酸提取试剂，以解决不同样本的核酸提取问题。产品特点试剂裂解性能优异：无需额外预处理，可从多种微生物中提取核酸。提取物兼容性好：所得核酸可直接进行qPCR、数字 PCR实验用于临床疾病诊断等。适用样本类型多：基质较为复杂的样本、血液、保存液、脑脊液、肺泡灌洗液、痰液、培养基中微生物（细菌、真菌）等样本。┃订购信息

细菌必须经过培养之后才能进行物种鉴定，这是一直以来我们的认知。法国马赛地中海感染研究所的研究可能会改变我们的看法。尿样是临床实验室中处理最多的样品之一。以作者所在的马赛大学医院为例，细菌学实验室每年能收到大约62050份尿样，约占所有分析生物样品的17%（中国医院的尿样肯定比这个数字多得多）。而事实上，尿路感染在细菌感染中很普遍。快速鉴定引起尿路感染的病原体十分重要，可以避免感染性休克等致命并发症。由于细菌需要培养后才能进行鉴定，常规方法需要24至48小时才能准确识别存在于尿样中的病原体。在这个时差内，患者通常会接受不必要的广谱治疗，显然，这会影响微生物群和细菌耐药性。减少接收样本和诊断之间的延迟时间，可以帮助患者更快地使用上恰当的药物，从而防止细菌耐药的发生。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)目前已经成为临床实验室病原体鉴定的重要工具，它能对细菌进行快速而可靠的鉴定，有潜力成为尿液病原体直接鉴定的工具。研究团队使用被感染的尿液样本创建了MALDI-TOF质谱参考数据库，建立了使用该数据库来直接识别尿液中病原体的新方法。该方法使用少量样品(1mL)和低细菌计数，即可快速鉴定多种尿路病原体，且无需事先培养。研究人员收集了1000个感染尿样的MALDI-TOF质谱，用于创建参考数据库。并将使用参考数据库的鉴定结果与标准数据库进行比较，对参考数据库进行评估。结果显示，使用参考数据库可以正确诊断500个受感染的单杆菌样本中的近90%，而使用标准数据库可以正确诊断50%。对肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、铜绿假单胞菌、粪肠球菌和屎肠球菌的鉴定有了很大的提高，但对表皮葡萄球菌的鉴定却没有得到很大的改善。显而易见地，创建适合特定类型临床样本的数据库对于提高病原体鉴定的准确率和速度具有非常重要的意义。总之，研究人员开发的方法能够快速鉴定尿液中的病原菌，方案可以用于需要快速诊断的特定患者群体，例如肾移植患者或新生儿。目前，临床上所用的病原鉴定方法仍然需要先培养，然后进行微生物质谱鉴定。虽然病原体直接鉴定距离真正临床应用还有很远的距离，但是这项研究给临床病原体鉴定带来了新思路。融智生物QuanTOF新一代宽谱定量飞行时间质谱平台，集核糖体蛋白与核酸（RNA、DNA）检测于一机，新一代的MALDI-TOF MS（QuanTOF）不仅能鉴定细菌、真菌，对于病毒鉴定也游刃有余，同样可以为临床病原体鉴定提供新的思路。QuanTOF新一代宽谱定量飞行时间质谱平台参考文献：Direct identification of pathogens in urine using a specific MALDI-TOF spectra database. doi:10.1128/JCM.01678-18

p style=" text-align: center " img title=" 1.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/1dcefe7e-5719-404e-9ba2-4e136fe75ea3.jpg" / /p p 　　原因不明的感染一向是医学上的难题。在电视剧《外科风云》中，在病原检测不出的情况下，医生只能凭借经验尝试治疗。 /p p 　　现在，医务人员有了一种新的利器--基于二代基因测序的病原快检技术。这种技术自进入中国以来，已经在众多疑难感染患者的诊断中到关键性作用。其中，就包括一位来自菲律宾的船员。 /p p 　　 strong 生死时速，基因科技“秒揪”病原 /strong /p p 　　今年7月中旬，唐山万航国际船务有限公司的一名菲律宾籍船员从唐山启程。北京协和医院、华大基因和华北理工大学附属医院联手解决了他的疑难感染，使他得以平安地踏上归国之旅。 /p p 　　6月2日，这名船员在船上发生头痛、左半身偏瘫的症状。货轮就近停靠在唐山，患者先在曹妃甸当地医院就诊，后转至华北理工大学附属医院神经内科一病区。 /p p 　　主治医生毛文静回忆，患者来院的时候出现发热，左侧瞳孔散大、反射差，左侧手臂完全无力，意识也在逐步丧失，情况危重。腰穿检测结果显示，患者的脑脊液中白细胞含量高、糖类含量低，液体呈微黄色。“感觉上像是结核性脑膜脑炎。”毛医生说，“当即就把结核药用上了。” /p p 　　但医院使用常规的方法，始终没有找到结核菌，因此一直采取多种抗菌药物并用的保守治疗方案。在6月12日，神经内科主任刘斌教授请来北京协和医院的关鸿志教授，对患者进行会诊。 /p p 　　在此之前，从2014年起，协和医院神经科与华大基因研究院合作，在国内首先开展脑脊液二代测序研究，用于中枢神经系统感染性疾病的病原体筛查。关鸿志教授正担任此项目的负责人。他提出建议：试试使用二代基因测序技术进行的病原快检。 /p p 　　6月22日下午，天津华大基因交付病原组收到了患者脑脊液样本。这项检测一般需要2-3天，此次由于感染危重，华大做了加急处理，30个小时左右就完成了检测流程。23日晚上，检测报告出炉，样本中检出了结核分枝杆菌。 /p p 　　获得了明确的病原信息后，医院立即调整了治疗方案，一改之前多管齐下的保守用药，集中火力向结核发起反攻。7月中旬，该患者病情好转、出院回国，继续进行抗结核治疗。 /p p style=" text-align: center " img title=" 2.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201708/insimg/9916b637-dd25-4a61-9af6-f20282836eba.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 菲律宾船员的治疗团队与技术人员，从左到右依次为：华大基因天津交付李媛，北京协和医院关鸿志，华北理工大学附属医院刘斌、李世英、毛文静 /strong /p p 　　 strong 广谱病原检测，“十年沉疴”一朝解决 /strong /p p 　　现在，利用二代测序技术进行的病原快检，比传统的涂片技术范围更广，比病原培养更加快速。同时，这项技术的检测范围与病原数据库的大小一致，突破了临床上以往“怀疑什么，检测什么”的限制，是对抗不明原因感染的新利器。 /p p 　　在二代测序技术普及之前，一旦出现症状不典型的感染，往往需要依赖医务人员的经验，通过涂片、培养等方式进行针对性检查，常造成病情贻误。关鸿志说：“以前在颅内感染中，可能有50%的病人--甚至更多的病人，是诊断不清的。试验性治疗治好了就治好了，治不好那就??” /p p 　　关鸿志讲到，有位内蒙古的患者从2007年起持续头疼、发热，十年间辗转多家医院，都没有得到确诊，按照各种感染治疗也未痊愈，经常需要靠输液来降低颅压，生活十分痛苦。 /p p 　　十年后，这位患者的治疗终于迎来转机。2016年12月，华大基因和协和医院等多个单位发起了针对不明病因脑炎脑膜炎的多中心研究，该患者最初就诊的医院作为中心之一，重新关注起这个“老”病例。今年5月，该患者的样本送到华大基因进行检测，结果竟然为脑囊虫病。协和医院针对脑囊虫进行血清学筛查，很快证实病因。现在，经过对症治疗，该患者已经基本痊愈。 /p p 　　“二代测序的方法，不会说怀疑你是什么感染就查什么感染。它会把你脑脊液里的核酸都测一遍，再看看这些核酸分别属于哪种细菌、哪种病毒，包括哪种虫子。” 关鸿志说。 /p p 　　 strong 二代测序病原快检将助力民生 /strong /p p 　　更广、更快、更准确，是二代基因测序病原快检技术的优势。例如，华大基因的技术可以同时检测2700多种病原微生物和寄生虫，只要每毫升样本液体中有100到1000个核酸片段的拷贝，就能检测出来，鉴定的种属准确率大于99%。 /p p 　　华大基因是中国最早利用基因测序技术进行病原检测的单位之一。早在2003年，华大基因就和相关单位合作，完成了中国第一例SARS病毒的基因组测序，并向全国防治非典型肺炎指挥部捐赠30万人份自行研制的SARS病毒诊断试剂盒。 /p p 　　利用基因测序技术进行病原快检，不但要求一定的测序能力，还需要完整的病原数据库建设、算法匹配和分析运算能力、精确解读的能力。这项技术在国外已经趋于成熟，相关的科研项目已经在国内开展，“技术科普”和整个行业正当风口。 /p p 　　天津华大基因交付病原组的李媛说：“到今天，临床的检测了1276例，送检单位主要集中在北京和上海。”统计显示，华大收到的样本中八成以上来自北京的医院。这些医院最先从各个方面接触到这项技术，并对合适的患者加以应用。 /p p 　　不过，关鸿志分析，最需要这项技术的可能是三四线城市的非三甲医院，这些医院用传统方法检测病原的能力更低。普及成本较低、广谱高效的二代测序病原检测技术，减少不明感染的无效经验治疗带来的“折腾”，能够有效地为诊断、为患者、为医患关系减负，具有重要的民生和社会意义。 /p

成人呼吸道感染类型多样，不同感染类型及不同基础疾病患者病原谱各具特点，在临床常规诊疗过程中，应以患者临床症状体征为基础，联合应用影像学、传统微生物学、免疫学和分子生物学等检测技术，依据相应检测标准做出快速、精准诊断。分子生物学诊断技术在临床的应用目前仍有较多问题亟待解决，尤其是对临床结果的正确解读。不同检测技术所提供的结果具有不同临床意义，如何做到合理应用是所有相关临床医生和检测工作者共同思考的问题。于2023年8月在《协和医学杂志》最新发布的《成人呼吸道感染病原诊断核酸检测技术临床应用专家共识（2023）》参考国内外指南及文献， 分析了实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)技术、等温扩增技术、数字PCR技术、核酸即时检测技术和病原体高通量测序技术的临床应用场景、技术特点和性能验证要求，以及该类技术在成人急性上呼吸道感染、气管支气管炎、社区获得性肺炎、医院获得性肺炎/呼吸机相关肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、肺结核和免疫功能受损人群呼吸道感染中的应用，供临床借鉴参考。其中数字PCR作为新兴的核酸检测技术，第一次被写入呼吸道病原检测的专家共识中，为不同的应用场景提供了更多的选择。共识内容摘要一、不同核酸检测技术性能特征和应用场景的比较PCR：聚合酶链反应 TAT：检验结果回报时间。说明和补充: 数字PCR除了检出限远低于其它检测方法外，能够精准定量的优势让它还可以用来做疗效评估。此外，随着技术的发展，以新羿生物D50为代表的新机型能够实现高通量的检测，检测时间缩短到了1h左右。二、核心推荐意见PCR：聚合酶链反应；mNGS：宏基因组高通量测序。说明和补充: 相较于实时荧光PCR，数字PCR更适合多靶标呼吸道病原体核酸检测。随着数字PCR仪器自动化水平和检测通量的升级，它也可以用于门急诊，住院患者和大规模人群筛查。三、成人呼吸道感染病原体核酸检测技术应用建议PCR：聚合酶链反应；mNGS：宏基因组高通量测序；tNGS：多重病原靶向测序；BALF：支气管肺泡灌洗液；ESBL：超广谱β-内酰胺酶；HIV：人免疫缺陷病毒。说明和补充: 数字PCR可以实现对上表中各种感染类型病原体的检测，并且可以做到单个样本的检测数量更少、样本量要求更低以及对病原体的精准定量。总结分子诊断技术在呼吸道感染性疾病，尤其是全球应对新型冠状病毒大流行中发挥了重要作用，高灵敏度和高特异度的核酸扩增试验(nucleic acid amplification tests，NAATs)已成为诊断新冠病毒感染的参考标准。随着基因组学、工程学和纳米科学等前沿学科的交叉融合快速发展，NAATs 呈现出多种多样的检测方法和日新月异的技术手段，以PCR为基础发展出的实时荧光PCR、多重PCR、数字PCR和等温扩增技术，以及高通量测序、基因芯片、核酸质谱、生物传感器等检测技术，在大型实验室批量检测或现场核酸即时检测(point-of-care testing, POCT)中得以广泛应用。除呼吸道病毒外，一些系统还能检测细菌性肺炎的常见病原体及特定耐药基因。不同检测技术所提供的结果具有不同临床意义，联合应用可进一步提高病原学检测的灵敏度和特异度，更好的解释患者的病程发展并进行治疗监测。其中数字PCR以其灵敏度高(检出限 1copies/mL)、同时检测靶标较多(病原体数个~数十个)、用时短和定量准确等优点，被推荐用于“直接定量检测呼吸道标本中病原体个数，适用于低浓度样本、低丰度基因或突变基因的检测，和其他核酸检测方法的检测限标定”，以及对“造血干细胞及实体器官移植后患者 ”进行病毒(包括巨细胞病毒和其他呼吸道病毒)的定量、动态检测。应用场景包括“定量检测，疗效评估，环境检测，参考品或标准品定标”。

感染性疾病是由病原微生物（细菌、病毒、真菌、寄生虫等）引起的疾病的统称。据统计感染性疾病死因占全部死因的25%以上，是当今世界严重威胁人类健康的重大疾病。长期以来感染性疾病的诊断和疗效监测一直依靠形态学、免疫学、分子生物学以及病原体分离培养等方法，这些方法各有优缺点，在感染性疾病的辅助诊断中发挥着重要作用。近年来新兴的病原体宏基因组高通量测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术，是指采用高通量测序技术对特定临床样本中所有核酸进行测序，并通过生物信息学分析判断样本中是否存在病原体的检测方法。与传统基于分离培养的病原体检测技术相比，该技术从理论上讲能够无偏倚的检测各类微生物（如：病毒、细菌、真菌、寄生虫等），包括难以培养的病原体以及新发病原体。mNGS技术是一个开放的分析和诊断系统，对于mNGS技术所检测的病原体数量未有明确规定，根据不完全统计，开展相关检测服务的机构已纳入的病原体有近万种，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等，为疑难危重症及罕见病原体感染的诊断提供了有效的技术手段。在特定的临床应用场景下，具有临床意义。针对mNGS的临床应用，目前已有多个临床专家共识。结合该技术的特点，我中心对相关产品的临床应用、设计开发、验证确认等方面进行了专题研究，现将当前的几点考虑总结如下。一、关于产品预期临床使用场景基于mNGS技术的产品与常规的病原体检测产品相比，具有检测过程较为复杂、易受到人源基因的干扰、检测时间较长、结果解读专业要求高、检测成本高等特点，一般用于传统检验方法未能给出明确病原学结果从而影响患者准确诊疗的感染性疾病、新发突发传染病、危急重症或排除其他发热疾病。推荐临床通过拟诊先行传统微生物检验及常规分子生物学产品检测常见病原体，不盲目使用mNGS技术。在必要或紧急情况下，如危急重症、群体性感染事件等，可考虑与常规方法同步进行检测。对常规微生物学检查容易明确的病原体不建议进行mNGS检测。从临床角度，mNGS结果不能单独作为病原学确诊或排除的证据。适用场景举例如下：（一）患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，在应用常规技术检测的基础上，开展mNGS产品检测。（二）各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，在常规检测的基础上，开展mNGS产品检测。（三）免疫受损患者疑似继发感染，常规病原学检查未能明确致病原或/和规范性经验抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测的同时，或在其基础上，开展mNGS产品检测。（四）疑似局部感染，病原学诊断未明确、不及时处理则后果严重时，在常规检测的基础上，开展mNGS产品检测。（五）高度疑似感染性疾病，但病原学诊断未明确且常规抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测、处理原发感染灶，调整经验抗微生物治疗方案的同时开展mNGS检测。（六）慢性感染，或慢性疾病不除外感染，尤其是二者临床表现相似、难以鉴别时，病情严重或抗感染治疗疗效不佳需要明确病因，建议在完善常规检测、调整经验治疗的同时开展mNGS产品检测。（七）其他患者疑似特殊病原体感染或从相关流行病学角度考虑需要进行mNGS产品检测。二、关于产品的检测样本及适应证mNGS产品在目前的临床应用研究中涉及多种适应证，如：中枢神经系统感染、血流感染、局灶性感染、呼吸道感染、感染性腹泻等,对于具有相关临床症状的病例，应在按照现有诊疗流程进行标准化诊疗的基础上开展检测。针对患者感染部位不同，采集的样本类型也不同，产品适用的样本类型主要包括：静脉血、脑脊液、痰液、肺泡灌洗液、胸腔积液、腹水、组织、局灶穿刺物、粪便等多种类型。对于样本的采集，应注意以下两个方面，一是，对于无菌体液，如静脉血、脑脊液、胸腔积液、腹水等，需按照严格的无菌操作采集样本，采集的样本须置于无菌容器内；二是，对于有菌部位的样本，如痰液、肺泡灌洗液、咽拭子等，应标明样本的采集部位，在样本采集过程中应尽量避免引入该部位的正常菌群，以免干扰后续检测结果。采集的样本应尽量选取感染部位的体液或组织，可提高检测结果的可信度。若感染部位的样本采集难度较大，可选择外周血液样本，但有可能会降低检测结果的准确性。产品适用的样本类型推荐优先选择无菌采集的样本。关于不同适应证适用的样本类型举例见表1。表1.产品适应证与适用的样本类型举例三、关于产品检测病原体种类范围mNGS产品检测原理为对临床样本中存在的病原体核酸进行无偏倚的检测，从产品检测的技术角度考虑，除新发病原体外，产品的检测范围不应局限为某一种或某几种常见病原微生物，应为产品适应证、适用样本中所有可报告的病原微生物。产品所检测的病原微生物受几个方面的影响，一是产品配套使用的参考数据库及生信分析过程涵盖的病原体种类，如数据库中未涵盖某种病原体基因组参考序列，则该类病原体不在该产品的检测范围之内；二是检测样本类型、核酸提取等会直接影响产品病原体的检测种类，不同的样本类型可能检出的病原体会存在差别，如脑脊液样本检出的病原体主要以中枢神经系统感染的病原体为主，而粪便样本检出病原体主要为消化系统感染的病原体。不同的核酸提取方式对病原体的检出种类也会产生影响，如核酸提取过程未考虑破壁，则产品可能不适用于具有厚细胞壁的病原体检测；三是产品检测的目标物是否包括不同类型的核酸靶标，如产品检测的靶标仅为DNA，则RNA病毒不在该产品的检测范围之内。相关产品的申请人应依据产品设计、适用的样本类型、适应证等多个方面综合考虑产品预期用途，确定合理的病原体检测范围。四、关于产品配套使用的数据库mNGS产品检测结果，除了产生可用于比对的微生物短片段序列外，还存在大量人源、环境微生物、试剂含有的微生物等背景核酸序列，必须依靠生物信息学手段对其进行筛选、过滤、比对，最终给出微生物物种注释。结果分析过程中，数据库的使用是必需的，而且是影响mNGS产品检测结果准确性的重要因素。目前相关产品在选择配套使用的数据库时，一般会存在两种情况，一种为直接选择公共数据库，如：NCBI nr/nt database、NCBI RefSeq database等；另一种为自建数据库，对公开数据库中基因组序列进行挑选、整理、分类，然后通过程序软件将收集到的基因组序列整理成适用于本产品的微生物及人源序列比对数据库。针对成熟的产品，建议根据产品特点及临床需要，使用临床应用级的自建数据库。在数据库的构建、使用和管理方面应注意以下问题：（一）需要考虑数据库的全面性以及纳入物种在分类学上的代表性，对于同一种微生物，往往存在具有遗传差异的不同亚型或株，所以在选择基因组时，应考虑到微生物的遗传多样性，尽可能选取具有高度代表性的不同亚型或株的高质量基因组。（二）无论所选择的参考基因组的来源如何，申请人需要考虑其注释的准确性及序列的完整性，防止注释错误、命名错误或者代表性不足临床相关微生物列入库。（三）申请人应在有必要的基础上，对纳入库中的微生物的潜在的临床意义进行注释，让结果解读人员对检测的微生物有基本的认识和判断。（四）由于病原体在自然状态下是不断发生进化变异的，致病性也是动态变化的，所以需要及时（或定期）对参考数据库中的基因组信息及临床致病证据进行更新。（五）当数据库发生可能影响病原体判读结果的更新后，应对更新后的数据库进行验证与确认。（六）应构建全面的人源基因序列数据库，并评估最新版国际人类参考基因组和用于构建人源基因序列数据库所选择的参考基因组差异，进而评价人源基因序列数据库的代表性，人源基因序列数据库用于在生信分析过程中过滤人源基因数据。（七）mNGS检测产品检测过程中一些样本中会存在背景菌序列、环境微生物及实验室残留微生物，这些基因序列可造成测序污染，导致假阳性结果产生；另外，一些样本（例如呼吸道样本）会存在定植微生物，因此，针对产品需要构建检测背景库用于过滤污染序列、区分背景病原体和致病性病原体。五、关于测序数据要求人体不同的样本类型单位体积含有的细胞数量有巨大的差异，最终的测序数据由微生物序列和人源基因组序列组成，不同的人源细胞含量、病原微生物感染的类型和病原体含量的高低都会影响测序数据中目标微生物序列占比，如组织样本的人源细胞含量比较高，测序所得的序列数据中相应微生物的占比可能较少，因此，mNGS产品在不同的样本类型中，产品分析灵敏度会存在差异。该类产品可通过增加测序数据量来提高待检出的微生物数据量，或通过富集微生物含量以提升微生物序列的占比，从而提高微生物的检出率。一般而言，在一定范围内随着测序数据量的增加，产品的灵敏度会有所提升。因此，为了保证产品具有满足临床要求的灵敏度，针对某一样本类型，应保证一定的测序数据量。产品在设计上，一般分为去除宿主人源基因与未去除宿主人源基因两种设计，去除宿主人源基因后，产品产生的相应数据量会大大减少。在缺乏有效的人源宿主去除步骤的情况下，单个样本检测所需的数据量应充分评估并设立合理的指标要求。测序模式一般为单端测序和双端测序，双端测序所花费的经济成本及时间均高于单端测序，如产品设计选择单端测序，为确保序列比对的准确性，避免因同源错配导致的序列比对错误，可参考相关专家共识的要求，如测序序列单端读长当前建议不少于50bp。为了保证数据分析的可靠性，产品检测的下机数据应有一定的质量要求。下机数据经拆分后即得到每个样本的测序数据，需要进行数据质量过滤，包括过滤测序接头、低质量序列、低复杂度序列、重复序列等，将获得的高质量读长序列作为微生物鉴定的输入数据。一般而言，数据应达到以下指标：Q30碱基数量占比80%、接头污染比例不超过1%、有效序列长度不小于50bp、数据的有效比对率应大于70%等。六、关于产品阳性判断值的研究产品阳性判断值的研究，主要是为了区分真阳性、真阴性，以及判断实验过程中污染的微生物等。基于mNGS技术的产品，阳性判断值应包含度量标准，例如检测结果中能够比对到数据库中的微生物的序列数、对某种微生物的基因组覆盖度等，可通过ROC曲线分析的方法对产品的阳性判断值进行研究。在阳性判断值研究过程中应注意，胞内菌和厚壁微生物检出率低，因此即使在检测报告中某种/某些胞内菌/厚壁菌检出序列数不高，也要考虑其为致病病原体的可能。七、关于产品检测结果的报告用于临床辅助诊断的mNGS报告应包括测序总序列数、检测病原微生物列表、检出病原特异序列数量、检测病原范围、覆盖度、测序深度、检测方法及检测技术说明。需要注意的是，检测结果仅代表临床样本中检出或未检出某微生物的核酸片段，不能明确该物种与感染的关系，即使阴性结果也需结合临床表现及其他检查结果进行综合判断。对于胞内菌和厚壁微生物的检测，因技术原因存在一定的偏倚，如对于胞内感染菌因释放到体液中含量较少而导致检测敏感性偏低，对具有较厚细胞壁的病原微生物如真菌感染，可能由于核酸提取效率较低，相对检出率低，导致临床检出率和敏感性较低。因此即使在检测结果中某种胞内菌/厚壁菌检出序列数不高，也要考虑其为致病病原体的可能。mNGS信息量大，临床应用过程中，检验机构依据检测结果出具检验报告时，有些情况下不可能在结果中列举出所有检测到的病原体，对于罕见病原体、胞内菌等，可能因检出序列数少、微生物丰度低，在报告中未能列举，如果临床有疑似特殊病原体的感染，应该可以追溯原始数据库进行查询。八、关于产品验证与确认的考虑基于mNGS技术的产品，因其预期用途涵盖的病原体的种类非常广，产品验证与临床试验应对检测范围内的病原体进行有充分覆盖度、有充分代表性的性能评价。产品临床试验在入组人群上，应与产品临床适用人群一致。在对比方法选择上，应选择临床参考方法作为对比方法，临床参考方法应综合病原体分离培养、患者的影像学检查结果、基于宿主反应的检测结果等。同时，由mNGS获得致病病原体后，临床上会针对病原体进行精准治疗，治疗后患者的临床表现和治疗效果的随访结果也可以作为临床试验对比方法的证据。临床试验过程中，应关注试验体外诊断试剂对一些对于胞内感染菌、具有较厚细胞壁的病原微生物等的临床性能研究。参考文献：1.宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识[J].中华急诊医学杂志,2019(02):151-155.2.宏基因组学测序技术在中重症感染中的临床应用专家共识(第一版)[J].中华危重病急救医学,2020,32(05):531-536.3.《中华传染病杂志》编辑委员会.中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[J].中华传染病杂志,2020,38(11):681-689.4.中华医学会检验医学分会.高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识[J].中华检验医学杂志,2020,43(12):1181-1195.5.宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识[J].中华检验医学杂志,2021,44(02):107-120.6.中华医学会检验医学分会.宏基因组测序病原微生物检测生物信息学分析规范化管理专家共识[J].中华检验医学杂志,2021,44(09):799-807.7.Charles Y. Chiu and Steven A. Miller Clinical metagenomics Nature Reviews Genetics 2019,20, 341-355.8.fda. Infectious Disease Next Generation Sequencing Based Diagnostic Devices:Microbial Identification and Detection of Antimicrobial Resistance and Virulence Markers(Draft)

仪器信息网特别策划话题：#3i流式大咖说# （点击查看），邀请高校、科研院所、临床、生物技术企业等流式技术研发、应用专家分享技术心得和经验，方便生命科学领域研究人员了解相关技术应用进展、学习仪器使用方法。本期，中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所纳米生化平台高级工程师原丽华博士为流式人3iFlower分享流式分选样本制备经验之谈。 流式分选样本制备作者：原丽华 博士单位：中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所纳米生化平台纳米生化平台目前有光学配置不同的两台BD FACS AriaII流式分选设备，都配置了单细胞分选装置。可以将任意数量的细胞分选到6、24、48、96、384孔板的每个孔中；或者1.5 mL、15 mL离心管、12 × 75 mm流式管。不同的是，当把细胞分选到6、24、48、96或384孔板时，只能进行单群体分选；而分到1.5 mL离心管，12 × 75 mm流式管，或15 mL离心管则可以同时进行4路分选，就是同时把4个细胞亚群收集到不同的试管中。完成流式分选，首先需要制备合格，可以用于分选的样本。 ——1—— 细胞密度 下表是根据细胞类型和喷嘴大小整理出的细胞重悬密度。实际分选过程中细胞密度常规控制在1-20×106/mL之间；单细胞分选的细胞密度一般在1-3×106/mL；这样可以兼顾细胞分选得率和细胞分选效率。上样重悬体积不要小于100μL。如果细胞样本个数不超过10000个，也可以进行分选，但上样体积控制在100μL。 ——2—— 单细胞悬液 样本推荐使用1×PBS w/ 0.1% BSA or 0.5% FCS进行重悬后上机；分选前细胞样本一定要经过45μm或者70μm滤网过滤，滤网孔径要小于喷嘴的大小，确保细胞是单细胞状态。对于容易结团的细胞样本，推荐以下样本缓冲液使用:— 用不含钙和镁的PBS；— 加入EDTA (2-5mM)；— 如果细胞活性不佳，加25μg/ml DNAse I+5mM MgCL2 (no EDTA)用于消化死亡细胞释放的DNA；— 加1% Accutase 在上样缓冲液中；不要使用含血清的细胞培养基当作上样缓冲液。 ——3—— 细胞收集容器 FACS Aria II可以将细胞分选到1ml/1.5ml/12×75mm/15ml锥形离心管；或者6/24/48/96/384孔板中。— 分选超过10%的细胞群体到样本管中，建议使用15ml离心管进行收集，离心管中提前加入5ml的分选缓冲液；— 分选的细胞群小于原样本群体的10%，那么15ml的收集管加入10ml的分选缓冲液或采用12×75mm的流式管，装有1-2ml的缓冲液。— 分选到96孔细胞培养板，分选前应在每个孔中放置100-200μl(建议200 μl)的缓冲液。— 如果分选到96孔尖底的PCR管中，那需要提前加入4.5μL专门的裂解液样本收集管排布：— 1.5 ml 离心管 (两路或四路分选) ；— 12×75mm流式管(两路或四路分选或3支12×75mm流式管加1支15ml离心管) ；— 15ml离心管(两路分选或3个12×75mm加1个15ml离心管)； ——4—— 细胞染色 分选样本的染色方法和流式分析样本基本一致，都建议加入死活染料对细胞活力进行鉴别，这在分选样本制备上尤其要求如此。 ——5—— 对照设置 阴性对照；阳性对照；Mock转染对照；处理对照；未处理对照；如果是多色样本，那么还需要FMO对照。________________________________________【参考文献】1、Sample Preparation Guidelines for Cell Sorting. UWCCC Flow Cytometry Laboratory https://cancer.wisc.edu/research/resources/flow/ 2、Staining for sorting. https://medicine.yale.edu/immuno/flowcore/protocols/sorting/ 3、Sample Preparation for cell sorting. https://medicine.uiowa.edu/flowcytometry/protocolssample-prep/sample-preparation-sorting———————————————【作者简介】中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所纳米生化平台高级工程师 原丽华 博士2010年博士毕业于上海交通大学生物医学工程专业，2011年在中国科学院苏州纳米所从事博士后研究，2013年进入纳米生化平台，负责搭建流式平台服务体系，代领团队完成细胞流式对外服务工作，建立了标准化流式服务体系，可以提供从药物研发和细胞治疗质量控制中流式的整体解决方案。（本文编辑：刘立东KOL）相关推荐：流式大咖说|流式分选应用中喷嘴的选择——上海科技大学高级工程师任晓越流式大咖说|全光谱流式十问十答——中科蓝华生物医药谢简明、亢中奎流式大咖说|量化成像分析流式在水生生物研究中应用——中国科学院水生生物研究所高级工程师 汪艳流式大咖说|FSC与SSC在流式细胞术中的应用——西南医院马清华副研究员流式大咖说|流式检测中最易忽视的时间参数——首都医科大学中心实验室副主任技师 徐晓雪 流式大咖说|技术干货|如何去黏连？流式新手绕不开的数据处理难题 流式大咖说|流式细胞技术平台发展与使用心得分享中科院分子细胞卓越中心 俞珺璟博士流式大咖说|流式、免疫组化、免疫荧光的抗体区别流式大咖说|流式荧光技术检测与化学发光技术检测那些事儿【行业首发征稿】若您有生命科学、医药、临床等行业相关研究、技术、应用、管理经验等愿意以约稿形式共享，欢迎自荐或引荐投稿联系人：刘编辑word图文投稿邮箱：liuld @instrument.com.cn微信：JaysonXY（备注来意：投稿）即日本网特别开设专栏【流式极客谈】，面向国内外各流式细胞仪厂商技术、研发、市场等资深专家入驻投稿，将为投稿者个人或单位成立KOL主页。欢迎踊跃投稿，分享流式细胞仪技术干货文章！

以色列本-古里安大学和美国麻省理工学院的研究人员开发出一种高敏感度，节约成本的技术，只需在24小时之内，就能快速完成空气、土壤、水和农产品中的细菌性病原体检测。　　根据这项研究的领导者，正在本-古里安大学扎克伯格水研究所攻读博士学位的以斯拉奥洛夫斯基博士介绍，“现场样本中快速可靠的病原体检测对于公共卫生、安全和环境监测是至关重要的。目前在食品、水或临床应用上使用的方法需要依赖实验室以及花费大量的时间培养技术，比如在乳品业、废水和径流处理这样的活动中，需要在环境样本中实时监测病原体。　　这项发表在《水、空气&土壤污染》期刊网络版上的研究，定义了一个准确的、价格低廉的、高通量的以及快速的替代方法来检测不同环境样本中的病原。“这是首次在种类广泛的环境样本类型中，全面评估病原体浓度的研究，通过标准(或传统)方法，利用完整的并行测试，实现多病原检测。　　“我们能够在24小时内准确地确定土壤样品中的沙门氏菌，而传统的方法需要四到五天，而且需要分类，”以斯拉奥洛夫斯基博士说。“我们还成功地确定了一种致命的感染，铜绿假单胞菌，存在于气溶胶中，是国内污水处理系统中的产生的。结果表明，我们开发的技术提供了一种广泛的方法，在具有挑战性的环境样品中的快速，高效，可靠地检测出相对低浓度的致病微生物。　　为了评估这项技术，各种类型的环境样本，包括气溶胶，各种土壤类型，废水和蔬菜表面(番茄)，被同时侵入了沙门氏菌或铜绿假单胞菌。研究人员选择了这些病原是因为他们是主要的致病病原，在环境中有着较高的生存潜能，而且在浓度低的时候很难被准确地检测出来。　　“当这个方法应用于没有侵入病原的现场样本时，我们的方法显著优于标准方法，能够在收到样本一天之内检测出病原，” 以斯拉奥洛夫斯基博士说。“由于这个集中而且经济的检测程序告诉我们在一天之内重点检测哪里，因此我们不需要花费几天时间来检测数以百计的样本和子样本。”　　这个快速检测方法同时使用了两种技术，一个是用于微生物检测的进化的“MPN-type enrichment”技术，再加上广泛用于分子生物学用于实时监测DNA扩增的“qPCR”技术。　　“我们大大缩短了之前的方案，也不再使用任何名牌昂贵的试剂对DNA进行提纯和净化，也不用增加工作流程，从原始样品很容易地进行到qPCR实验，” 以斯拉奥洛夫斯基博士说。　　土壤、水和蔬菜样本的检测是高度敏感的(低至每一个细胞的测试)，研究人员认为需要额外的步骤来进一步提高检测水平，使得这项技术能够反映出气溶胶中的低病原浓度(特别是低浓度感染剂量)。　　研究人员推荐今后用这种方法来检测其他病原，如军团菌，金黄色葡萄球菌和空肠弯曲杆菌，其中第二个病菌是食源性疾病的最常见原因。

广东省内所有从事与人体健康有关的病原微生物菌(毒)种、样本实验活动的一、二级实验室，均需实行备案管理。现已建成并开展实验活动的一、二级实验室必须在规定施行之日起六个月内完成备案工作。 　　据最新一期《广东省人民政府公报》披露，近日广东省卫生主管部门出台相关规定，要求加强对病原微生物实验室生物安全的管理，以保护好实验室工作人员和公众的健康。 　　该规定所称的病原微生物实验活动，是指从事与病原微生物菌(毒)种、含有或可能含有病原微生物的样品有关的研究、教学、检测、诊断等活动。加强对病原微生物实验室生物安全管理，是指为了避免危险生物因子造成病原微生物实验室人员暴露、向实验室外扩散并导致危害的综合措施。 　　该规定要求，一、二级实验室需建立健全的生物安全管理体系和制度，明确实验室工作人员的分工与责任，制定实验室生物安全手册，建立生物危害评估制度。 　　同时要求，对病原微生物标本的采集、标本及菌毒种的运输、接收、登记、保存、实验操作、废弃物处理、实验室感染应急处置预案、安全保卫、生物安全柜和高压蒸汽灭菌器等生物安全设备的使用与维护等，制定相应的管理制度和操作技术规范。 　　此外，还要建立相关档案，记录实验室活动情况和生物安全监督情况，档案保存期不得少于二十年 以及建立工作人员上岗考核制度和严格的实验室人员和项目准入制度。 　　根据该规定，实验室工作人员需在身体状况良好的情况下进入实验区工作，若出现疾病、过劳状态或其他意外状况时，则不应进入实验区。 　　据悉，该管理规定将于今年十月一日起实施。

近日，中国科学院西安光学精密机械研究所博士张周锋带领的研究团队，在光谱医学诊断领域取得新进展，将高光谱显微成像技术与深度学习理论相结合，实现了临床多类病原菌的快速识别。相关研究成果以A deep-learning based system for rapid genus identification of pathogens under hyperspectral microscopic images为题，发表在Cells Topical Collection Computational Imaging for Biophotonics and Biomedicine上。本研究与多家医疗单位合作，利用自研高光谱病原菌快速分析系统，捕获到单细菌尺度的高分辨高光谱图谱数据；利用深度学习网络对临床上万例样本数据进行分析，最终实现了多类临床病原菌类别的高效、准确识别。该成果可使临床医生在较短时间内掌握患者的病原菌感染信息，对于诊疗方案的快速制定具有重要的临床指导意义。该工作为光谱成像技术研究室、西安市生物医学光谱学重点实验室在医工交叉领域的研究开辟了新方向，同时，将推进癌变组织快速诊断、数字病理、手术引导等研究的发展。

气溶胶因近期得到官方证实，可作为2019-nCov传播和流行的媒介，而突然进入大众的视野并得到广泛关注，成为媒体讨论的焦点。气溶胶究竟是什么？跟疾病传播是否相关？对新病原研究及未来科研工作有何提示？气溶胶（aerosol）一词汇看似生僻，但其实在日常生活中非常常见。气溶胶是直径范围在0.001～100 μm，由固体或液体小质点分散并悬浮在气体介质中形成的胶体分散体系，又称气体分散体系。天空成为蓝色，太阳落山时成为红色，这些都是由于气溶胶微粒具备如普通微粒一样，能发生光散射的物理性质造成的。未燃尽的燃料所形成的烟、矿石研磨形成的固体粉尘、喷洒的气雾剂也都是气溶胶的具体实例。微生物气溶胶与致病性相比于这些，生物样本来源的微生物气溶胶形成及其影响却了解较少。微生物气溶胶内可携带大量细菌、真菌及其孢子、病毒等，并随同空气流动而传播。早在1883年，有学者就曾报道了巴黎每年季节变化周期、空气中微生物含量与当地感染致死病例发生率之间的密切联系【1】。这应该是最早的气溶胶及其致病性研究的报道。与非生物来源气溶胶的形成机理类似，生物组织样本在经历研磨、匀浆、高速流动等过程中，其中包含的微生物均可得到释放并在以气体为主的分散介质作用下，形成气溶胶。如果其中包含致病性较高的病原物质，则增加了疾病传播的几率。【1】Miquel, P. 1883. Les Organismes Vivants de l' atmosphere. Gauthier-Villars, Paris.人员安全保障：全自动封闭系统不可忽视的优势面对当前来势汹汹的新型冠状病毒肺炎疫情，大量医护人员不舍昼夜抢救危机病人的同时，针对全新病原体的基础性研究和新型治疗方案、药物及疫苗开发的艰巨工作也摆在科研工作者的面前。从感染患者体内分离获得毒株、鉴定、模型建立、前导药物高通量筛选及下游检测等等，每一环节都涉及到研发人员面临高致病性病原体的暴露，那么具备什么特征的样本处理及分析系统才能最大程度实现对研发人员的有效防护呢？全自动的封闭系统无疑成为了最佳的答案。此前对于全自动的封闭系统重要性的认知，仅停留在样本安全：杜绝受外源微生物污染及非目的样品混入的风险；即便在临床样本的分析中，如研究热点肿瘤异质性、肿瘤免疫研究，由于样本不具传染风险，封闭体系在对操作人员安全防护中的优势常被忽略。全自动封闭完整工作流程致力安全的细胞生物学研发当前阶段，对于新型冠状病毒肺炎的研究将着眼于病毒溯源、传播机制、动物模型建立、感染与致病机制、快速疫苗研发等方向着重发力。美天旎多款全自动封闭系统可满足固体样本解离、目的细胞分选、细胞扩增及检测分析的完整细胞生物学工作流程需要，旨在确保生物样本可靠性的同时，更为一线科研人员提供安全保障。现在美天旎已全面复工，任何技术产品相关疑问可随时与我们取得联系。一切与疫情相关咨询均将被优先受理。美天旎携手一线医护人员、科技工作者，共同致力疫情消除！如有兴趣，欢迎联系我们！电话：400-860-5168转4396

5月28日，北京诺赛基因组研究中心(国家人类基因组北方研究中心)、北京师范大学、中国科学院微生物研究所与美国加州大学戴维斯分校在北京师范大学就&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 达成合作协议。据悉，中美双方将共同参与十万食源性病原微生物基因组计划的研发，建立重要的食源性致病微生物基因序列综合数据库，共享未来的研究成果，包括试剂盒、大样本数据分析以及在产业化和商业化中的应用。 　　查找食源性病原微生物基因 　　食源性疾病是食品安全的主要问题，世界卫生组织将食源性疾病定义为：凡是通过摄食进入人体的，引发人体罹患感染性或中毒性的疾病，其中包括由食品微生物污染和化学性物质引起的食源性疾病，微生物引起的食源性疾病是食品安全的主要问题。 　　&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 是由美国食品药品监督局(FDA)支持，美国国家卫生院、农业部、国家疾控中心和欧盟等国家参与，加州大学戴维斯分校牵头的一个国际基因组项目，其目标是通过大规模病原基因组研究，获得新方法新技术，以保证对食品安全问题提供解决方案。此项目是一个里程碑式的大规模研究，于2013年初启动，旨在创建一个包含大多数食源性致病菌基因组的公共数据库。 　　&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 负责人、美国加州大学戴维斯分校(UC Davis)教授Bart Weimer教授在北京接受科技日报记者采访时表示，&ldquo 我们正在创建一个免费的、在线的基因组百科全书或参考数据库，以确保在食源性疾病暴发时，科学家和公共卫生专家可以很快确定致病微生物的种类，并且使用自动化信息处理方法追踪到其在食物供应中的源头。&rdquo 　　中美双方将开展多项合作 　　随着食品供应成为一个全球性的产业，食品安全已成为全球的责任，Bart Weimer教授希望通过全球的合作，为国际公共健康管理带来一种新的模式。他说，该项计划还将彻底改变农业检测中现行的一些方法，以提高对食物链各环节(从农场到餐桌)分子检测的精确性和稳定性。 　　在中国，对于食源性致病菌的基因研究还刚刚开始，北京诺塞基因组研究中心有限公司曾参与2003年全人类基因组测序项目，并一直关注着基因检测领域的研究和发展趋势。此次由该中心牵头，联手中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫重点实验室和北京师范大学生命科学研究院基因资源与分子发育北京市重点实验室三方形成中国科学家团队，与美国加州大学戴维斯分校Bart Weimer博士实验室开展合作研究，将在全球食源性致病菌基因研究中扮演积极的角色，为数据共享、市场开发和技术应用提供有效的应用平台。 　　记者了解到，在&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 签约项目中，中美双方的合作包括以下七大方面：一是中美专家在科学和技术人员之间培训和交流 二是&ldquo 十万病原基因组项目&rdquo 的基因组测序技术在亚洲范围内的扩大合作 三是生物资源的交换 四是项目相关信息和生物信息学的交换 五是联合发表科学出版物 六是争取两国对此合作项目联合资助。 　　中国将建立综合性基因数据库 　　中美合作开展&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo ，对于诺赛基因组研究中心的发展是一次新的机遇。北京诺赛基因组研究中心总经理李秉珅表示，诺赛基因组研究中心最初是为了完成人类基因组计划而建立的，但是随着人类基因组计划的完成，诺赛研究中心的发展亟须新活力的注入，实现体制上的改革与转变。&ldquo 此次国际合作的开展对于诺赛的未来发展意义深远，诺赛将再前期投入500万元用于平台建设和研发需要，我们也期待着政府能够给予项目更多的支持&rdquo ，李秉坤强调。 　　在本次合作中，中国科学院微生物所的主要职责是进行食源性病原微生物的基因测序与收集工作，同时，以高通量测序技术建立和完善生物信息分析平台。中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫重点实验室负责人朱宝利教授称,他们将实现对大样本食源性病毒基因的总监控，对外公布基因测序相关数据，并且建立综合性基因数据库。 　　北京师范大学生命科学研究院王英典院长告诉记者，病源性病菌基因数据库的建立对于国家食品安全问题的解决具有重大战略意义。当前，中国市场上食品并未进行食源性病源微生物检测，因此，与美国合作建立病源性基因组数据库，将为粮食安全、食品安全以及环境安全问题提供更加有效便捷廉价的解决方案。北京师范大学将利用&ldquo 基因资源与分子发育北京市重点实验室&rdquo ，与诺赛基因组研究中心和中科院微生物所共同建立技术平台和功能实验室。 　　作为北京市生物医药产业发展的重要平台，北京生物技术和新医药产业促进中心一直承担着引领技术创新，促进国际交流和成果转化的作用，该中心主任雷霆在阐述此次国际合作的意义时指出，中美双方在国际化平台上，将打破原有的研发合作模式，遵循各项法律法规，强调生物材料如微生物分离株、DNA序列及微生物综合数字的转移和共享，同时，对于知识产权将做出合理的界定，为推动基因组测序技术推广、学术交流和人员培训开展更多合作。 　　北京市科委主任闫傲霜对于&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 的国际合作平台的建立给予了积极肯定。她表示，目前的食品安全、土地环境污染以及农业技术的可持续发展都面临着严峻的形势，而基因技术将为上述领域带来跨越式飞跃，尽管现在应用还不很明朗，但是，未来技术产业化和市场空间前景不可预期。她说，&ldquo 北京生物医药产业发展非常强调国际合作，此次与美国加州大学戴维斯分校Bart Weimer博士建立合作，将在创新技术、人才培养、信息资源共享以及企业成果转化上开辟出新的模式。 　　据了解，中美双方关于&ldquo 十万食源性病原微生物基因组计划&rdquo 已正式签订合作备忘录，并制定了合作框架，有望于今年下半年正式开始基因测序样本的研发和数据库建立。

近期， 西安光机所张周锋博士带领研究团队在光谱医学诊断领域取得新进展，将高光谱显微成像技术与深度学习理论相结合，实现了临床多类病原菌的快速识别。 　　研究成果以“A deep-learning based system for rapid genus identification of pathogens under hyperspectral microscopic images”为题发表于国际著名学术期刊《Cells》的Topical Collection 《Computational Imaging for Biophotonics and Biomedicine》，IF:7.7。该Collection在显微成像、光谱学、机器学习和AI领域具有较高的影响力。论文第一作者为中国科学院大学2020级博士研究生陶成龙，合作者为杜剑助理研究员，通讯作者为胡炳樑研究员与张周锋博士。 　高光谱病原菌数据分析流程 　　本次研究通过与多家医疗单位合作，利用自研高光谱病原菌快速分析系统成功捕获到单细菌尺度的高分辨高光谱图谱数据，利用深度学习网络对临床上万例样本数据进行分析，最终实现了多类临床病原菌类别的高效、准确识别。该研究成果可使临床医生在较短时间内掌握患者的病原菌感染信息，对于诊疗方案的快速制定具有非常重要的临床指导意义。 　　本次研究为光谱成像技术研究室、西安市生物医学光谱学重点实验室在医工交叉领域的研究开辟了新方向，预期未来将在癌变组织快速诊断、数字病理、手术引导等应用领域取得更多的研究成果。

近日，中国农业科学院作物科学研究所作物分子育种技术和应用创新团队鉴定了RfxCas13d靶向RNA引发“反式切割”活性的基本特征，研制出基于RfxCas13d、LwaCas13a、LbCas12a与AsCas12a的多套核酸检测工具，并研发出田间实时可视化灵敏定性定量检测方法，为动植物病原体检测提供了高效、低成本的开发途径，具有广阔的技术开发场景与应用价值。相关研究结果在线发表在《中国科学：生命科学（Science China-Life Sciences）》上。 据谢传晓研究员介绍，植物真菌性病害、细菌性病害及病毒性病害严重危害作物生产与品质安全，如禾谷镰孢菌和拟轮枝镰孢菌是玉米穗粒腐、茎腐病、小麦赤霉病的罪魁祸首；水稻黑条矮缩病毒则通过灰飞虱在水稻、小麦和玉米宿主之间迁移传播，严重威胁水稻、小麦和玉米生产。建立快速、准确、灵敏及便携的病原体诊断技术，可为病害的早期预警与绿色防控提供重要依据。 　　针对以上植物病害病原体，团队成员研制了多套基于CRISPR-Cas12a和CRISPR-Cas13系统“反式切割”活性的病原体核酸诊断技术。通过优化样本处理方法，可实现田间实际样本粗提物稀释液的灵敏检测，且可利用小型手持式荧光仪或试纸条进行田间现场定性读取结果。此外，以禾谷镰孢与拟轮枝镰孢菌复合侵染为样本，建立了基于Cas12/Cas13联合应用的复合检测，实现了一个检测能诊断判读多种病原，进一步拓展了检测工具的应用场景与潜力。此外，该系列检测方法还可应用于食品安全质量检验、动植物检疫、转基因检测、动植物群体的基因分型与基因表达检测等，具有重要的应用价值。 　　该研究得到国家自然科学基金和中国农科院科技创新工程等项目资助。

瑞典卡罗林斯卡研究所科学家开发了一种使用DNA纳米球检测病原体的新方法，旨在简化核酸和病原体检测技术。这一最新研究有望催生一种低成本的检测方法，在不同情况下简单、快速地识别各种核酸。相关论文发表于最新一期《科学进展》杂志。新方法将分子生物学(DNA纳米球生成)和电子学(基于电阻抗的定量)相结合，产生了一种开创性的检测工具。为此，团队修改了一种名为环介导等温扩增技术(LAMP)的DNA扩增反应，如果样本中存在病原体，就会产生1—2微米的DNA纳米球。然后，这些纳米球被引导通过微小的通道，并在穿过两个电极时被识别出来。该系统紧凑高效，能在1小时内检测出多达10个目标分子，非常灵敏且快速。在新冠疫情期间，基于蛋白质的诊断方法被广泛采纳，但这些方法需要耗时开发高质量的抗体。相比之下，基于核酸的方法更容易开发，灵敏度更高且更灵活。这种检测方法有望加快新诊断试剂盒的推出。这些试剂盒将能大规模生产的电子产品与冻干试剂相结合，或成为一种廉价、可广泛部署和可扩展的检测方法。研究人员表示，快速准确地检测出遗传物质是诊断的关键，尤其在新型病原体出现时。目前，他们正在积极探索将这项技术整合到环境监测、食品安全、病毒和抗微生物耐药性检测等领域，并为其申请了专利。

11月28日，我们发布了第三款基因测序产品FASTASeq 300，FASTASeq 300极简灵活、极速交付的特点能够很好地满足病原微生物的检测需求。近期，我们与诺禾致源联合开展了FASTASeq 300病原微生物检测性能的测评工作，测评结果显示，FASTASeq300表现优异，其单Lane单样、Pooling上样两种模式和GenoLab M在致病菌检测结果上一致性达100%。本次联合测评，诺禾致源选用了8种不同类型的临床样本来制备宏基因组文库，制备的文库分别在GenoLab M和FASTASeq 300上进行SE50测序。FASTASeq 300四流道芯片支持灵活的分Lane加载样本，因此，基于FASTASeq 300开展“单Lane单样本（FASTASeq 300 0 index）测序”和“Pooling 混样（FASTASeq 300 8+8 Dual index）测序”。以上三种测试方式共产生27份下机数据，均由诺禾致源进行分析评估。测评结果FASTASeq 300 & GenoLab M 样本微生物组成与相对丰度结果在测试样本中挑选微生物含量较高且组成较丰富的4例临床样本进行微生物组成展示（相对丰度TOP 10），GenoLabM和FASTASeq300单Lane单样/Pooling上样测序方式检出的TOP10微生物物种组成和丰度分布一致性高。图1. 肺泡灌洗液（S1550）样本不同测序方式检测结果图2. 肺泡灌洗液（S1553）样本不同测序方式检测结果图3. 尿液（S1555）样本不同测序方式检测结果图4. 手术组织（S1556）样本不同测序方式检测结果左右滑动查看更多测评结果致病微生物判读结果GenoLab M和FASTASeq 300单Lane单样/Pooling上样测序方式的致病菌检测结果一致性达100%。图5. 不同测序方式下的样本致病菌检测结果（RPM）* 为了使物种检出数据在不同平台、不同样本间具有可比性，基于RPM（Reads per million mapped reads）对下机数据进行均一化处理。FASTASeq 300具有极简灵活、极速交付的特点，用户可根据检测场景需求灵活调整测序策略。本次联合测评验证了FASTASeq 300的极速测序和稳定的致病菌检出能力。FASTASeq 300将为病原检测应用提供强有力的国产平台支撑。基于多年在测序技术上的探索与创新积累，真迈生物完成多款基因测序系统的研发制造和商业化。未来，真迈生物将一如既往地秉承以用户为中心，与合作伙伴共同推动测序技术在基因检测领域的应用，进一步实现基因检测全流程国产化，为科研用户及临床工作者提供更便捷、更灵活、更精准的核心工具。

8月11日，一名采集员(左)将采集的灾区水样送至检测车。 8月11日，工作人员在检测车内对采集的水样进行分析。 8月11日，一名工作人员走下在龙头山镇驻扎的病原微生物检测车。 　　8月10日，国家卫生应急队病原微生物检测车抵达鲁甸地震震中龙头山镇，开展卫生学检测，监控灾区饮用水安全。截至11日中午，已完成11份水质样本检测，为水源地消毒提供了可靠依据。

由于传播途径多样、影响范围广泛，症状发展迅速，传染病仍然是世界范围内引起人类大量死亡的重要原因。21世纪以来多次严重疫情给我们留下深刻印象：一是2003年的“非典”（SARS），二是2009年的甲型H1N1流感（人感染猪流感），再有就是现在席卷全球的新型冠状病毒肺炎疫情。因此，传染病的防控一直是医学科学工作者面临的巨大挑战。其中，对病原体进行快速准确的鉴定是传染病精准防控的基础。中国医学科学院病原生物学研究所彭俊平研究员自2000年起即深耕于病原体检测技术方法及基因组学、耐药机制相关的研究工作。近日，仪器信息网特别采访了彭俊平研究员，与他就核酸质谱技术在病原体检测领域的应用现状及前景进行了深入交谈。中国医学科学院病原生物学研究所 彭俊平研究员“国内最早开展核酸质谱病原体检测研究的团队之一”随着各项科学技术的进步，病原体检测技术也在不断发展，由病原分离、电镜观察、免疫学检测等传统生物学方法发展到PCR技术、芯片技术、测序技术、质谱技术等分子生物学方法。“因为引起疾病的病原体种类繁多，单一的平台技术不能解决所有问题，所以，我们的主要工作是利用各种平台技术对病原体进行筛查。”彭俊平介绍到，“多年来我们课题组一直致力于搭建一个病原体组合筛查技术体系，这也是我国在传染病防控领域的一个重要工作。另外，我们利用多重PCR反应结合飞行时间质谱技术（以下简称：核酸质谱）在病原体检测领域开展了10多年的工作，这也是我们多年来的一个重点发展方向。”核酸质谱是什么？彭俊平为笔者解答到，核酸质谱其实是基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）在核酸水平的应用，是一种将多重PCR反应与质谱结合的复合技术。此前，MALDI-TOF主要应用于蛋白质水平的微生物鉴定研究，应用发展不过30多年，而MALDI-TOF在核酸水平的相关应用则是近些年提出的概念，应用发展时间就更短。最初，MALDI-TOF在核酸研究领域开展的应用是SNP基因分型，其首先通过PCR扩增含有SNP的基因组片段，再通过检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。因为MALDI-TOF本身的高灵敏度和高通量等特点，使其非常适合应用于SNP多位点的筛查。而MALDI-TOF在病原体检测领域的研究则鲜少有报道。彭俊平课题组是国内最早开展核酸质谱病原体检测研究的团队之一。“我们是在2009年引进的这个技术平台，正好是H1N1全球大流行的时候，当时核酸质谱的技术水平还不足以帮助我们开展相关工作，因此我们就开始自己开发方法。”核酸质谱病原体检测的原理是利用MALDI-TOF检测多重PCR反应的产物，即单碱基延伸的产物质量大小，来判定检测靶基因的有无，从而进一步判定样本中目标病原体的有无。与传统的病原体检测技术相比，核酸质谱在灵敏度、检测通量以及操作简便性等方面均有一定优势。此外，核酸质谱检测的核酸序列均来源于公共数据库，不需要依赖其他的数据库。 “开发了7种人冠状病毒的检测方法，成功申请专利”经过多年的技术摸索，彭俊平团队利用核酸质谱在病原体检测领域做出了很多成果。最近其团队开发了7种人冠状病毒的检测方法，并申请了发明专利。目前，已知可以感染人的冠状病毒共有7种，其中包括2003年的“非典”SARS冠状病毒、2012年在中东地区出现的MERS冠状病毒以及2019年12月爆发的严重性呼吸系统综合征冠状病毒SARS-Cov-2。彭俊平介绍到，课题组是从2012年开始开展人冠状病毒的检测技术研究，其中一部分工作内容就是利用核酸质谱进行检测应用。该部分成果是与岛津公司合作开发的，利用一步法多重反应PCR与MALDI-TOF质谱联用鉴定7种人冠状病毒与新型冠状病毒的重要突变位点。“本次合作中我们将多重PCR反应从两步法改进为一步法，既缩短了实验时间，又减少了人为操作的工作。而且我们改进的方法适用于所有的RNA病毒，可以说是摸索出了一种通用的解决方案。”彭俊平介绍到，“和岛津合作成果的应用价值很明确，我非常期待未来该方法的推广。接下来我们也将继续和岛津合作在MALDI-TOF平台上开发出更多病原体检测解决方案，并合力推动核酸质谱在临床领域的应用。”笔者追问到目前国际上核酸质谱在病原体检测领域的应用现状如何？彭俊平坦言道，国际上相关的成果并不多，而团队于2009年就开展了相关研究，可以说是走在了国际前列。不过，目前核酸质谱病原体检测的应用还以科研阶段为主，临床应用正处于拓展阶段。此外，彭俊平也谈到他认为核酸质谱走向临床所面临的瓶颈，一是MALDI-TOF本身的硬件设备比较贵；其次，基于MALDI-TOF平台提供给临床应用的成熟方法不多。因此，核酸质谱这样的技术平台想要真正推广到临床，首先需要提供“一揽子”的解决方案，这样应用场景就会被打开。不过，彭俊平也观察到，无论国内还是国外，越来越多的团队和厂商开始关注这一领域，相信核酸质谱的临床应用情况将在短短几年之内得到很大的改变。最后彭俊平表示，未来核酸质谱病原体检测值得重点关注的方向有呼吸道感染疾病、腹泻性疾病和性传播疾病等，其涉及的病原体种类繁多，是核酸质谱可以“大展身手”的方向。后记：采访中彭俊平反复提到“病原体的组合筛查技术体系”，他也为笔者解释到，为了获取更全面的生物信息，往往需要多种技术平台共同解决问题，而不是希望用一个技术平台去解决所有的问题。回到MALDI-TOF这一技术来说，总有人拿质谱与NGS测序相比较，其实它们的应用场景和目标都不一样，发展核酸质谱也并不是为了替代测序技术。事实上，核酸质谱只需要在中高通量的检测中建立并巩固其“王者地位”，在此基础上能够再提升灵敏度和分辨率等性能，就为自身的发展开辟了新天地。

病原所2011年第一批设备采购项目中标公告 　　一、采购人：中国医学科学院病原生物学研究所 　　采购人地址：北京市东单三条九号 　　采购人联系方式：010-67837130 　　二、招标采购代理机构：中国技术进出口总公司 　　三、项目名称：病原所2011年第一批设备采购项目第一包蛋白质组设备和第二包抗体组设备 　　四、招标编号：0706-11410008N016 　　五、项目内容： 包号 货物名称 数量 (单位：套) 第一包：蛋白质组设备 三重四级杆线性离子阱质谱系统 1 高性能样本处理系统 1 蛋白酶解系统 1 蛋白质纯化系统 1 多功能激光扫描成像系统 1 蛋白质芯片分析系统 1 第二包：抗体组设备 高效自动化分泌细胞筛选系统 1 高通量酶标洗板系统 1 激光显微切割系统 1 超速离心机 1 　　六、招标公告发布日期：2011年05月04日 　　七、中标人及中标金额： 包号 中标人名称 中标金额 （单位：人民币） 第一包：蛋白质组设备 北京中原合聚经贸有限公司 7,926,330.00 第二包：抗体组设备 东方科学仪器进出口集团有限公司 7,580,570.00 　　八、中标公告截止日期：2011年06月01日 　　九、评标委员会成员：刘陇昌、胡岳风、龚士明、桂福如、熊朝晖 　　十、本项目联系人：孟瑶、陈轶 　　联系电话：010-63349323/9368 　　地址：北京丰台区西三环中路90号通用技术大厦1704室 　　2011年05月24日

夏秋季气温高、湿度大，加之近期长江流域进入梅雨季节，气候潮湿闷热，有利于肠道致病菌和霉菌的生长繁殖，若食物加工贮存不当、生熟交叉污染，或未完全加热，致病菌都在食物上大肆生长繁殖，不仅会造成食物变质，还会引起食物中毒。常见的食物中毒可分为四类：细菌性食物中毒、霉菌毒素与霉变食品中毒、化学性食物中毒与有毒动植物中毒。其中细菌性食物中毒是我国食物中毒事件的最主要原因。数据显示，2018年全国25个省通过突发公共卫生事件信息报告管理系统报告食物中毒事件共291起，中毒人数7856人，其中细菌性食物中毒事件107起，中毒人数4958人。在细菌性食物中毒中，常见的病原菌为沙门氏菌、副溶血性弧菌、蜡样芽孢杆菌、致泻大肠埃希菌等，其中我国近年来较为常见和高发的是沙门氏菌引起的食物中毒。在食品安全领域，国家颁布了多项法律法规文件，如《中华人民共和国食品安全法》、 GB 29921-2021《食品安全国家标准预包装食品致病菌限量》、GB 4789《食品安全国家标准 微生物检测方法》、卫生行业标准等，其中对病原菌具体的检测方法主要参照GB 4789食品安全国家标准。《WS/T 81-1996 副溶血性弧菌食物中毒诊断标准及处理原则》《GB 4789.7-2013 食品安全国家标准 食品微生物学检验 副溶血性弧菌检验》在对病原菌进行检测时多采用传统培养法，存在大量人工操作，费时费力。检测时间往往需要两天以上，而对食物中毒事件的处理需要快速、高效地完成，这让微生物检测领域的自动化设备成为一种更优选择。【杭州大微食物中毒快速检测】DW-ES800型 微生物实时检测系统DW-BT100型 快速微生物定量检测系统食物中毒检测流程【杭州大微食物中毒解决方案】第一步：样本采集DW-28系列 水中微生物膜过滤装置仪器是对“包含少量微生物污染”水样进行微生物检测的新一代仪器，用于食品、化妆品、环境监测等水中微生物质量控制。第二步：重量稀释DW-JURAY系列 微生物样品自动重量稀释仪仪器用于食品、药品、化妆品等含微生物样品的前处理自动稀释，仪器可自动计算并完成对任意重量样品的准确稀释，使工作简易化，提高效率。第三步：样品均质DW-4型 拍击式均质器仪器是微生物实验室进行“样品匀液”制备的最佳工具，可对样品进行均质处理，独有的静音设计可使您摆脱噪音困扰。第四步：螺旋接种DW-L2000型 全自动微生物平皿螺旋接种仪仪器是依据阿基米德螺旋，以递减比率自动接种样本，可实现标准化生成大量单颗菌落，方便后续菌落计数、分离纯化等需求，广泛用于食品、化妆品、药学实验等微生物实验室。第五步：培养DW-100A-K系列 智能厌氧微生物培养系统仪器服务于食品安全国家标准所需的厌氧菌和微需氧菌培养，可根据需要选择特定氧气浓度（1%-15%可选）和CO2浓度（5%-15%可选），能够快速生成环境，微需氧最快约2min，厌氧最快约4min，仪器稳定可靠，确保重现性100%。第六步：生化鉴定/药敏分析DW-M80型 自动微生物生化鉴定系统仪器通过生化反应原理捕获细菌生化表型特征，对微生物进行鉴定，可用于食源性致病菌的分离鉴定和耐药分析，可鉴定550种以上常见微生物，广泛运用于食品安全、市场监督管理部门、疾控等微生物实验室。【如何预防细菌性食物中毒？】养成良好的卫生习惯，用餐前应洗手，改变生食等不良饮食习惯。选用新鲜食材，对食物进行彻底清洁、加热熟透后才能食用。食物加工环节保持清洁，定期做好食具、加工工具以及容器的消毒。加工后的食物应尽快食用，或低温储存，并尽可能缩短储存时间，再次食用前应彻底加热。生熟食物应分开保存，防止交叉污染。

多重耐药菌（MDR）和其耐药性的传播已成为全球公共卫生问题，MDR引起的血流感染往往病情较重，快速完成药敏检测并采取有针对性的治疗措施，对于降低患者的死亡率至关重要。但是，目前病原药敏试验耗时很长，导致临床医生主要依赖经验进行治疗。开发一种简单、快速、准确，而且临床广谱适用的药敏表型试验方法一直是临床上的迫切任务。针对这一难题，中科院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心与北京协和医院、青岛大学附属医院和青岛星赛生物等单位合作，以替加环素治疗败血症为模型，利用重水标记单细胞拉曼光谱技术（D2O-SCRS），建立了自动化版本的拉曼病原体药敏快检系统（CAST-R），将常见病原体（血液感染阳性培养瓶内）的药物敏感性实验（AST）的时长缩短至3小时，实现了十倍加速，可在培养瓶报阳当天得出药敏结果。该研究成果于近日发表在《微生物》杂志。该工作由北京协和医院检验科教授杨启文和该所单细胞中心研究员徐健共同主持完成。败血症是指病原菌侵入血液循环而引发的急性全身性感染。在引起血流感染的病原体中，鲍曼不动杆菌是最常见的病原体之一。目前，针对多重耐药或泛耐药病原体感染，比如鲍曼不动杆菌或碳青酶烯类耐药肠杆菌目等细菌感染，替加环素往往是针对抗感染治疗的最后一道防线。然而，临床检测病原体对替加环素的药敏性面临诸多难点。首先，替加环素理化性质不稳定，易氧化分解，而且培养基的类型、配制时间、检测方法、不同的菌种以及折点的选择等因素，都对替加环素的体外药敏结果有影响。其次，目前的药敏方法存在较多的难点和操作误区，也不易标准化。在中科院青岛能源所单细胞中心，记者看到，以年轻党员为骨干的“薛鸣球单细胞药敏快检技术攻关突击队”攻坚克难，展开了数轮技术攻关。由生物能源第一党支部单细胞中心的朱鹏飞、任立辉、戴靖以及北京协和医院朱盈等带领的攻关小组，联合青岛星赛生物公司和青岛大学附属医院的研究人员，从血培养阳性培养瓶中样本开始，使用CAST-R中自动化液体处理工作站（PLS）一站式完成样品D2O孵育、自动清洗和芯片定位；然后，利用仪器内置的软件（自主研发的算法）实现细胞精准定位与高通量拉曼光谱采集；最后，结合机器学习实现了光谱采集过程的自动化和智能化以及光谱的质量控制，得出准确药敏结果。CAST-R可针对血培养阳性培养瓶中的病原体直接进行自动化的药敏试验，速度提高了10倍。此前，单细胞中心科研团队提出了“最小代谢活性抑制浓度（MIC-MA）”这一测量药物敏感性的新概念，在此基础上，新的科研工作引入了“eMIC-MA”概念，以有效排除菌株起始状态和仪器改变对检测结果的影响。通过CAST-R测试了100株鲍曼不动杆菌临床分离株对替加环素药敏性，与临床金标准（微量肉汤稀释法；BMD）相比较的基本一致率和分类一致率分别为99%和93%，从而验证了CAST-R的准确性和可靠性。进而，针对26例患者血培养阳性培养瓶，测定了常见血流感染菌对替加环素、美罗培南、头孢他啶和氨苄西林/舒巴坦等8种抗生素的药物敏感性，并与BMD结果相比，分类一致率达到93%，验证了CAST-R在血流感染用药上的广谱适用性。这些结果验证了CAST-R自动化系统的快速、准确和可靠性以及临床适用性，加速了其临床应用。此外，利用单细胞中心前期发明的拉曼分选和测序技术（RACS-Seq）技术（Xu, et al., Small, 2020），CAST-R有望在单细胞精度建立耐药表型和基因型的联系，从而跟踪超级细菌的出现与耐药性的传播。该工作得到了北京协和医院检验科教授徐英春、青岛大学附属医院检验科教授朱元祺和单细胞中心研究员马波等的支持。获得了中科院先导专项、基金委国家重大科学仪器研制项目、中科院STS区域重点项目、广州生物岛实验室等的资助。

感染性疾病是指由病原微生物(包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等)侵入人体所引起的局部或全身性炎症或器官功能障碍。《2019世界卫生统计报告》显示：感染是造成人类死亡的重要因素，全球因感染性疾病死亡人数达610万，约占全球每年总体死亡率的11%[1]，严重威胁着人类健康。当今社会疑难危重感染与日俱增、新发/罕见病原体层出不穷、多重耐药亟待解决，快速准确鉴定病原体、指导临床靶向用药是临床早期精准诊疗、控制疾病蔓延和降低医疗负担的关键。近年来，随着测序技术的快速发展，基于宏基因组学测序技术(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)越来越多的应用于临床感染诊断。该技术不依赖培养，直接提取临床样本中的全部核酸进行高通量测序，一次性检测上万种病原体，并可对相关耐药和毒力基因进行提示；可直接对各种已知、未知、混合感染病原微生物进行检测，打破了传统微生物检验的局限性，在临床微生物领域展现了广阔的前景[2]。华大基因作为中国基因行业的奠基者，多年来致力于提供包括传感染疾病防控在内的多领域相关检测服务，实现全方位全生命周期的健康管理。作为宏基因组测序技术的开创者，华大基因依托自主测序平台、核心实验技术和生物信息算法，凭借PMseq 病原微生物高通量基因检测主力产品迅速占据市场，并积极加大该检测服务的入院布局，旨在解决临床疑难危重感染性疾病病原检测困难、阳性率低、检测周期长的难题，以实现感染病原的快速精准诊断。截至2023年6月30日，PMseq 系列产品累计为超过 27 万人提供检测。临床对mNGS技术在感染性疾病诊断应用的时效性提出了更高要求，如何快速、全面、准确地鉴别病原体，是临床医生及时、有针对性地采取治疗措施的前提。华大基因基于 DNBSEQ-G99 测序仪开发的PMseq 极速病原体精准检测产品，可以进一步缩短临床急性感染病例的诊断时间，快速鉴定感染病原体，以便及时实施更精准的治疗措施，提高患者的治疗效果和生存率。基于DNBSEQ-G99平台的PMseq 病原微生物高通量基因检测产品本产品采用自动化样本制备系统MGISP-100提取临床疑似感染标本中全部核酸并构建测序文库，在华大自主极速中小通量DNBSEQ-G99测序平台上进行测序获得序列信息，通过本地HALOS PMseq 基因数据分析一体机，基于临床级别PMDB微生物数据库进行比对与智能化算法分析，无偏性检测17500种病原体，以及代表性耐药和毒力基因，显著提高病原诊断阳性率，指导临床靶向用药，协助感染的精准诊疗。TAT低至8-10小时，一站式轻松在本地实现从样本到分析报告的全流程。产品优势优势1 | 极致的测序速度“PMseq 病原微生物高通量基因检测”产品在相同测序读长(SE50)的情况下，MGISEQ-2000平台的测序时间需要12-15h，MGISEQ-200平台需要7-9h，而DNBSEQ-G99仅需3h(SE100试剂，实测SE50读长)，将测序效率提升到极致。全流程TAT缩短至8-10h，大大地降低了等待时间，以便医生快速针对用药，提高诊治效率，进而挽救急危重症感染患者生命。优势2 | 灵活的样本通量“PMseq 病原微生物高通量基因检测”产品在DNBSEQ-G99平台上，可以根据临床实际样本量情况灵活上机检测。单次运行单张载片支持1-4例样本，若两张载片同时运行，最大可一次检测8例样本。减少凑样等待时间，随到随检，能够满足中小型医疗检测机构每日开机通量需求。优势3 | 兼容多项目同时检测DNBSEQ-G99平台双载片相互独立，支持单载片上机、双载片同时上机、双载片滚动上机，以及混合读长的双载片混动上机测序等多种测序模式。除了“PMseq 病原微生物高通量基因检测”以外，还可扩展病原靶向测序(tNGS)、地贫血基因检测、遗传性耳聋基因检测、肿瘤的“五癌共检”靶向用药基因检测、HPV分型基因检测等项目检测。临床可根据检测项目需求及样本量情况灵活上机，极大地提高了仪器利用率。优势4 | 极简的测序操作DNBSEQ-G99配备了超简易的卡式载片，一插即可开始测序。同时，测序试剂盒上采用试剂预制设计，一步按压即可完成测序试剂的配制。G99的清洗试剂盒和测序试剂盒一体化，进一步简化了操作环节。此外，操作界面智能交互，可以实时掌握测序进度。“PMseq 病原微生物高通量基因检测”产品在DNBSEQ-G99测序平台上的运行简单便捷，方便实验人员操作，利于本地化开展。结 语秉承“基因科技造福人类”愿景，华大基因坚持自主创新，基于全新的DNBSEQ-G99平台，为精准感染防控提供更灵活、快速、便捷的临床解决方案，助力实现感染病原的快速精准诊断。华大基因PMseq 病原微生物测序专家系统将持续推进优化升级，助力医院本地化一站式轻松检测，让病原宏基因组测序简单易用！

随着全国疫情防控进入常态化阶段，局部地区出现小规模聚集性病例，是现阶段疫情的主要特点。作为新冠筛查“金标准”的核酸检测，整体检测速度和通量的要求逐步严苛和多元化。为保障检测人员远离病原体感染风险，提升病原体核酸检测的准确性和效率，睿科集团推出自动化样本前处理解决方案助力新冠病毒核酸检测。其中包含原始样本分分装、高效自动化核酸提取，到PCR体系构建的整套自动化样本前处理流程，能在大幅缩短病毒核酸提取时间的情况下，满足医护工作者和检验人员在病毒核酸提取过程中对通量灵活、快速自动及安全防控的需求。睿科新冠病毒核酸检测自动化操作流程产品介绍Vitae Lids分杯工作站可一次实现48/96个采样管的开关盖、样本分杯等功能，适用范围广，具备液滴捕获、气密防滴落设计，可配置生物防污染外罩或者直接放置到生物安全柜中使用，有效防控污染。Vitae 100全自动核酸纯化系统采用磁珠分离技术，可以快速提取1-96个样本，具有紫外灭菌及HEPA过滤系统，防止样本交叉污染，保护操作人员的安全。Vitae 全自动PCR体系构建系统代替手工的PCR反应体系中重复移液步骤，实现自动化高效精准移液，避免了人为重复操作带来的误差以及污染；可实现384孔PCR板的分装；移液精度可以达到CV2%；兼容国内外任意品牌核酸提取的耗材和PCR板。

据新加坡媒体日前报道，新加坡研究人员研发出一种病毒检测芯片，可一次性快速检验上万种病原体。 　　据介绍，这种病毒检测芯片由新加坡基因组研究所的研究团队研制，通过快速分析病患DNA样本，可在24小时内详细检测出患者感染何种病毒或细菌。 　　研究人员表示，这种检测芯片可以一次性检测高达7万种病毒和细菌等病原体，其中包括最新出现的H7N9禽流感病毒。 　　相比之下，传统的病毒或细菌测试方法，一般针对某一种特定的病原体进行测试，难以同时检测多种病原体。 　　研究人员说，这种新的检测手段可以尽快明确病因，减少确诊时间，并且成本也不高。目前这种病毒检测芯片还只用于实验用途，研究人员希望该芯片通过相关部门批准后尽快投入市场。

吉林检验检疫局建立的金标法检测单核细胞增生性李斯特氏菌技术作为当今检测病原体和诊断疾病方面最为敏感的免疫学技术之一，不仅操作简便、快速、特异，更为重要的是适用于广大基层食品监管部门的现场检测和诊断，这些特点都是其他免疫学方法所无法比拟的。 　　该技术不仅具有巨大的发展潜力，而且还具有广阔的市场和应用前景，如可适用于医疗卫生行业，出入境食品口岸抽查和鉴定、流通领域卫生监督和工商行政部门和质监部门的食品企业监管等，甚至可以走进餐馆、家庭进行简易的食品自控和检测等。 　　由吉林出入境检验检疫局承担的国家质检总局科研课题《应用化学发光探针及免疫金标法检测食品中多种致病菌的研究》在2011年获得了国家质检总局“科技兴检”三等奖。该课题建立的化学发光探针检测技术能够快速检测食品中常见的四种病原菌：空肠弯曲菌、单核细胞增生性李斯特氏菌、大肠杆菌O157和金黄色葡萄球菌。其中对单核细胞增生性李斯特氏菌还建立了应用免疫胶体金试纸条的快速检测方法。 　　急需速测技术 　　我国的食品生产加工企业数量多，规模小，较分散，而且为数较多企业过分追求利润法律意识淡薄，社会责任心不强导致其产品质量良莠不齐。 　　据报道，我国45万个食品生产企业中，员工人数10人以下的食品生产加工小作坊就有35万家，约占80%，因而导致食品安全事故时有发生，给社会和消费者的健康造成了巨大危害。 　　而目前的食品卫生监管的检测手段主要依据国家标准或行业标准规定方法进行，虽然这些方法准确可靠，但这些方法一般都需要建设专门的微生物检测实验室，配备专业的检测技术人员，需要较长的检测周期，由此造成的检测成本过高，缺乏时效性等问题，使一些突发的食品安全事件不能迅速得以解决。因此发展和建立一种快速、简便、灵敏准确的检测技术，作为标准检测方法的初筛技术，是解决上述问题的有效手段之一。 　　食品检验新兵 　　化学发光探针技术的原理是互补的核酸单链会特异性识别并结合成稳定的双链复合物。这一检测系统利用一个标记有化学发光物的单链DNA探针，可以特异性的识别和结合目标微生物的核糖体RNA。微生物中的核糖体RNA释放出来后，化学发光标记的DNA探针就与之结合形成稳定的DNA-RNA杂合体。标记的DNA-RNA杂合体会与非杂交探针分离，并在化学发光检测仪中进行测量。样本的检测结果通过计算与阴性对照进行比较得出结果。利用化学发光剂标记和检测核酸使得许多非放射性标记检测的灵敏度达到甚至超过了同位素标记测定。 　　在众多的化学发光体系中，应用最多的化学发光体主要有三类：增强鲁米诺发光体系、吖啶类化合物发光体系和碱性磷酸酶催化的1，2-二氧环己烷发光体系。吉林检验检疫局建立的化学发光技术使用吖啶酯标记核酸探针。 　　利用化学发光杂交保护分析的原理检测空肠弯曲菌、单核细胞增生性李斯特氏菌、大肠杆菌O157和金黄色葡萄球菌4种致病菌特异性RNA序列，这种方法无需物理分离，利用吖啶酯标记DNA探针，通过核酸杂交保护分析法，即应用人工合成的靶DNA保守区的寡核苷酸，在合成时引入一个烷氨基的手臂，经活化后接上吖啶酯，制成化学发光探针。 　　杂交后无需分离步骤，而是利用差分水解来鉴别，即加入碱性溶液，游离的发光探针遇碱水解失去发光特性，而与特异性目的片段结合的探针形成DNA-RNA杂交体，由于吖啶酯是平面结构很容易进入双螺旋的内部而获得杂交保护，水解速度缓慢(半衰期达10分钟以上)，仍有发光性能，可以在发光仪上显示化学发光信号，从而实现对病原菌的检测。 　　应用前景广阔 　　该项目利用胶体金技术研制了胶体金检测试纸条，用于单核细胞增生性李斯特氏菌的快速检测，该检测试纸条的灵敏度高，具有很强的特异性，不同批次生产的免疫胶体金具有良好的检测重现性，稳定性好，操作简单，检测时间只需10至20min即可报告结果，胶体金法无污染，不会危害操作者以及环境。胶体金抗体复合物在冻干状态下室温储存相当稳定，有效期长 此外胶体金技术还具有检测迅速、灵敏、不需要复杂仪器设备、产品永不褪色等优点，适合于食品中单核细胞增生性李斯特氏菌的初筛检验。 　　吉林检验检疫局建立的基因探针化学发光检测方法可在30分钟内快速确定病原体，并可直接于固体或液体培养基上鉴定目标微生物。该方法可直接应用于国外生产的LEADER 50i检测仪上，仪器自动注入检测试剂，立刻测量标记物所产生化学反应的化学发光强度，并自动计算结果及打印报告，该检测方法敏感性高，特异性强，检测成本低，操作简便、快速，对我国食品安全快速检测和监控工作具有重要意义，具有广泛的推广前景。 胶体金快速检测试纸

图说：用于同时检测多种呼吸道病原体的集成微流控芯片 采访对象供图（下同）新民晚报讯（记者 郜阳 通讯员 徐凌）引起呼吸道感染的病原体复杂多样，给全球公共卫生健康带来严重威胁，迫切需要有效的诊断方法。近日，中国科学院上海微系统与信息技术研究所赵建龙、贾春平团队联合上海海洋大学卞晓军团队，开发了一种集成微流控芯片，能够高效、灵敏地同时检测12种常见呼吸道病原体，实现了从样本到结果的快速全自动化诊断流程，为现场多重病原体检测提供了一种有前景的分子诊断平台。相关成果发表于国际学术期刊《分析化学》（Analytical Chemistry）。“这项创新技术的核心在于其高度集成化的设计，它整合了多个步骤，实现了样本处理到结果分析的全自动化流程。”卞晓军介绍，芯片的设计巧妙，通过微柱和气泡捕获阵列结构实现磁珠的高效混合，同时采用油包水体系有效防止了交叉污染。图说：声流混合的优化卞晓军解释，该芯片实现磁珠高效混合的方式主要包括以下六个方面，分别是微柱设计、气泡捕获阵列结构、声流驱动混合、共振频率的应用、油相驱动、微柱间隙的优化。通过上述设计和操作，该芯片能够在大约35秒内实现磁珠的高效混合，为后续的核酸提取和检测提供了均匀的磁珠混合物。“这一成果不仅提高了检测效率，也大大缩短了诊断时间，整个检测过程仅需约70分钟，其多重病原体分析能力、灵敏度和速度均优于现有的大多数微流控芯片分子诊断方法。”卞晓军说，芯片的检测灵敏度极高，检出限低至10拷贝/μL，确保了对低浓度病原体的有效检测。在临床鼻拭子样本的验证中，芯片展现了出色的多重病原体分析能力，无论是单一病原体还是混合感染，都能准确检测。“我们期待芯片能够提供快速、准确的诊断信息，为疾病控制和治疗赢得宝贵时间。”

近些年来，类似新冠肺炎疫情（COVID-19）的突发传染病事件频繁发生。如2003年的“非典”（SARS）、2009年的甲型流感（H1N1）、2014年的埃博拉（EBOLA）、2015年的寨卡（ZIKA）等。自从《国际卫生条例（2005）》（IHR）颁布以来，世界卫生组织（WHO）已宣布包括COVID-19在内的共6次国际关注的突发公共卫生事件（Public Health Emergency of International Concern, PHEIC）。以上传染病的迅速传播给全国乃至全球造成公共卫生危机，严重威胁人类生命健康。加强病原体的鉴别筛查能力，完善传染病监测系统，是各种传染病防治的重要措施，对守护人类健康至关重要。天隆与您相约首届PDIS线上线下同步精彩2021年5月28日至31日，由中华医学会杂志社和北京协和医学院群医学及公共卫生学院共同主办的“2021年病原检测与传染病监测学术交流大会（PDIS）”在重庆融汇丽笙酒店举办。天隆科技作为基因检测、分子诊断行业的领军企业，届时将携带传染病检测整体解决方案参会，期待您莅临展位参观交流。值得一提的是，亮相本次展会的大体系高灵敏全自动核酸提取仪——GeneRotex 48，是天隆科技专为HPV、脑脊液等大体积样本或多样本混检而量身定制的最新方案，助力IVD行业各位“打工人”更快、更准、更便捷完成核酸提取。天隆科技推出的全自动样品处理系统——GeneMix 48也可以在本次展会上一睹芳容。GeneMix 48可一次实现48个采样管的开关盖、样品分杯、蛋白酶K/内参添加等功能。全程自动化，有效提高工作效率，将您从繁琐机械操作中解放出来，为医护健康创造新动力。同时，“天隆科技传染病分子诊断试剂家族”也将一起赴会。此外，此次会议线下线上将同步进行，通过扫描下方二维码即可参观天隆科技线上展厅，还可实时观看展会动态。

图源：网络侵删病原体（pathogens）是指可造成人或动植物感染疾病的微生物（包括细菌、病毒、立克次氏体、真菌）、寄生虫或其他媒介（微生物重组体包括杂交体或突变体）。（来源：百度百科）传统的病原体检测金标准方法是“涂片镜检法+分离培养法”，但这种方法耗时长，细菌培养一般需要1-3天，真菌培养一般需要1-3周，对于发病较快结核杆菌等则需要1个月，同时还存在镜检和分离培养等方法还不易对相关病原体进行分型检测的问题，特别是临床上对于急性感染疾病一般无法用这种方法在就诊前获得检测结果。图源：网络侵删随着技术的发展，陆续出现了分子诊断技术、免疫学检测方法和化学法检测等病原体检测手段，目前使用最多的是分子诊断技术。第三代PCR技术-数字PCR，作为分子诊断领域的佼佼者，在病原体核酸检测方面彰显出巨大优势：1、摆脱病原微生物检测对标准品的依赖病毒等微生物的载量对于阐释疾病病程，后续治疗及疗效评估是至关重要的， qPCR技术的最大瓶颈在于需要依赖标准曲线，而且扩增效率的差异会直接导致实验室内或者不同实验室之间的荧光定量PCR检测结果的偏差。数字PCR基于单分子层面的检测可以摆脱对标准品的依赖，且不受PCR抑制物的影响，尤其是在缺乏标准品的检测项目中，数字PCR可用于直接定量病原微生物的拷贝数。2、灵敏度高在病原微生物的检测方面，数字PCR利用其灵敏度高的特点，对各种样品中的病原微生物展开广泛的研究，可以用于早期诊断和用药的低拷贝病毒的监控。如人类免疫缺陷病毒（HIV）抗逆转录病毒治疗过程中病毒残留的监控；抗甲氧西林金黄色葡萄球菌的感染监控。（详细内容见文末相关文章链接）3、大大缩短报告周期使用数字PCR检测临床标本无需经过病原微生物培养过程，大大缩短了报告周期，使快速检测潜在的病原微生物成为可能，且利于从大量不同的背景核酸中检出病原微生物，对于感染性疾病的诊断和控制意义重大，有助于及时减少患者服用无效药物的数量，及早采用其他备用药物。naica® 微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica® 微滴芯片数字PCR系统，源于Crystal微滴芯片数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度，融合传统微滴式和芯片式优势，被称为下一代数字PCR技术。深蓝云病原体分子生物学检测解决方案naica® 数字PCR 10x Mix和5x Mix为您的多重检测体系提供更大上样空间，现货供应，欢迎订购。订购信息：naica® PCR Mix也可订购。

MGISTP-7000 全自动分杯处理系统快速处理大量样本 支持原管带盖上样40分钟/192样本?全自动MGISTP-7000分杯处理系统是一款样本前处理工作站，可在40分钟内完成192例样本从单管到96孔板的自动化精准分装，有助于快速提升大规模核酸能力。特别地，MGISTP-7000采用非并行处理模式，即使是单例样本也能实现原管带盖上样，15秒即可完成单管分装，无需凑样，灵活高效。MGISTP-7000将大量需要人工操作的前处理步骤整合到一个封闭系统中，内设独立双通道移液模块，有效移液范围10-1000μL，快速精准；同时，内置HEPA负压过滤系统及UV紫外消毒系统，安全可靠。创新点：1）全自动MGISTP-7000分杯处理系统是华大智造针对样本采集管全自动化前处理环节而特别开发的一款设备，可在40分钟内完成192例样本的全自动样本分杯工作。 2）较之传统的手工模式，全自动MGISTP-7000分杯处理系统将大量需要人工操作的前处理步骤整合到一个封闭系统中，内设独立双通道移液模块，有效移液范围10-1000uL，可实现192例样本从单管到96孔板的快速精准分装，大大节省了人力，减少了实验室空间压力，提高了检测能力。 3）MGISTP-7000支持灭活后的样本采集管“原管带盖上样”，支持自动化开盖和关盖、自动化条码信息录入，同时内置负压过滤系统，安全可靠。利用MGISTP-7000输出的样本板可与下一工序的核酸提取设备如MGISP-960无缝链接，避免操作人员和病原样本的接触，大大降低了出错概率和生物风险。 MGISTP-7000 全自动分杯处理系统