动物，植物中SSR分子标记检测方案(核酸提取仪)

智能文字提取功能测试中

analytikjena Biometra 应对SSR分子标记技术在育种及种质鉴定中的挑战——德国耶拿生命科学全套解决方案 德国耶拿分析仪器股份公司 分子标记技术简介 SSR分子标记技术的工作流程及举例介绍 SSR分子标记技术在育种及种质鉴定中的挑战 德国耶拿给出的解决方案 分子标记 分子标记： 分子标记是可遗传的DNA或蛋白质. 分子标记的种类： SSR (简单重复序列)/STR(短串联重复序列)； SNP(单核苷酸多态性) AFLP(扩增片段长度多态性) 在育种中的应用 传统方法-——通过上下代的表型来选择优良品种 缺点：大田种植，费时，不准确。0 0 分子标记法： 优点：省时，省力，选择准确高效。0 0 analytikjena|BiometraSSR是一种重要的分子标记法 ●什么是SSR和SSR分子标记? SSR (Simple Sequence Repeat) 简单重复序列也称微卫星DNA，重复单位序列最短，只有2-6bp，串联成簇，长度不大于200bp。 SSR分子标记： 就是直接分析遗传物质的多态性来鉴别生物内在的核苷酸排布及其外在状态表现规律的技术。 SSR是一种重要的分子标记法 ●为什么说SSR是一种重要的分子标记呢? (1)数量丰富，广泛分布于整个基因组； (2)具有较多的变异，且这种变异是呈孟德尔方式遗传的可通过分子手段检测的； 例如： AGTAGTAGTAGTAGT→十AGTAGTTGTAGTAGT 3)实验重复性好，结果可靠且较易开发； SSR分子标记的应用： 育种研究 种质鉴定 例如：(中国水科院) SSR多态性分析→生长特性分析→获得SSR评价体系 利用评价体系进行评估： 例如： 中国水科院..通过SSR选育优良品种…(工作进行中) 这就意味着PCR 和液体工作量的巨大。 构建SSR标记评价体系 筛查SSR标记→·→构建遗传连锁图谱→-→生长性状关联分析 育种研究： 构建SSR标记评价体系--技术路线 育种研究-——工作流程 举例：(中国水科院)： 处理192个镜鲤尾鳍样本(需要大概一周的时间) 利用核酸抽提试剂盒人工手提的方式提取核酸(大概一周) 禾用Nanodrop检测核酸质量(大概一周) 利用排枪或大型移液工作站构建PCR体系(大概没周需要构建一次PCR体系，平均每次需花费半天的时间，共构建了至少20次) 利用普通PCR仪扩增核酸(10台PCR仪，5个人，共花了5个月，共跑了约3000板) 利用基因分析仪进行多态性分析 接着，_构建遗传连锁图谱、 生长性状关联分析、构建生长性状评估体系。Canalytikjena GROUP 构建SSR评价体系一例如：(玉米中心) 筛选鉴定SSR→-→构建遗传连锁图谱→→对所有玉米种子进行关联分析 选定40对SSR引物用于中国所有的玉米种质鉴定工作 运用SSR评价体系对玉米种子进行鉴定： -例如： 玉米中心利用40对SSR引物构建DNA指纹图库用于所有玉米进行种质鉴定 ●构建SSR标记评价体系一工作流程 (同page 9) ●运用SSR评价体系进行种质鉴定一工作流程 包括两个部分： 合格性鉴定：根据中国条例， 种子质量必须达到95%才能算合格种子。 真实性鉴定：如果种子是真实的? 总结： PCR与液体工作量巨大 合格性鉴定_-工作流程： 举例(玉米中心) 每粒种子都需进行样品处理(数以千计的种子) 利用核酸抽提试剂盒人工手提的方式提取核酸 利用Nanodrop检测核酸质量 利用排枪或大型移液工作站构建PCR体系(大概没天都需要构建一次PCR体系) 利用普通PCR仪扩增核酸((40对引物) (100个样本如果用96孔板扩增的话需要40块板子) 利用基因分析仪进行多态性分析 (PCR结束后， PCR产物(384孔板)：)必须转移到96孔板中进行毛细管电泳) 注：这些工作是用于确定不同的种子是不是优良品种的 analytikjena Biometra SSR标记技术在育种及种质鉴定中的挑战 时间问题、人力不足的问题； 如何对核酸样本进行准确的评估； 如何保证人工加样的精准性； analytikjena Biometra 解决时间问题、人力不足问题的措施 ——InnuPure C16/C96 挑战：传统核酸纯化的局 限性 耗时长：2-3个小时； 产物容易被污染； 操作繁琐不灵活 InnuPure C16/C966白的优势 最快40分钟内完成一批样品； 最多可同时处理抽提96个样品； 操作流程标准化，试剂完全密封保证无污染。 analytikjena Biometra 解决时间问题、人力不足问题的措施 ———-SpeedCycler2 挑战：目前PCR的局限性 耗时长：11-2个小时； 模块温度与样品温度不一致： 产物特异性不佳，：，需要进行梯度实验； SpeedCycler2的优势 试剂量消耗大。 高速：最大15℃/s的速率，最快15分钟内完成标准的30个PCR循环； 模块与样品温度高度一致性：获得高品质产物，无需梯度实验； 经济：采用样品保护系统(SPS)大大减少试剂使用量，最低可达2 u 0 analytikjena Biometra SpeedCycler 同普通PCR仪的时间对比 A.原程序(ABI Verity) B.快速程序(AJ SC) 94℃/5min 94℃/2min 94℃/40s+60℃/35s+72℃/45s 35C 94C/5s+56℃/5s+72℃/10s 72℃/10min 72℃/2min 升温速率：3℃/s；：降温速率：：2.5℃/s. 升温速率：：88℃/s；降温速率：6℃/s， 总耗时：2h20min 总耗时： 1h10min 节省1h20min/reaction. 节省超过3000h /3000)ttimesPCR=超过15months. 镀金银槽，最大升温速率8℃/s，降温速率7C/s，带来快速的反应，节省PCR时间温度准确性±0.1℃，96孔温度均一性为±0.15℃，能明显提高扩增特异性， 提供更准确的扩增结果，利于育种工作的顺利开展 线性温度梯度功能，方便退火温度的优化 先进的超静音技术，仪器运行时几乎无声音，做分子育种的实验室通常PCR仪都比较多，静音运行能为用户提供安静舒适的工作环境 ●超大彩色触摸屏，操作方便，界面直观 解决加样精准性问题的措施 -Selma 96便携式半自动核酸液液工作站 挑战：传统排枪加样的不足 工作负荷大。 产生较大误差。 SELMA 96为您 轻松地完成96道384道移液、分液和稀释等功能以加速实验进程。 采用TipTrays技术完成精准加样。 可作为大型移液工作站的补充工具，处理液体体积：0.5-25pl、1-60pl、5-250pl、、110-1000ul。 不再需要累人的、乏味的手动移液器操作 不会再发生错误的加样 无需做重复试验以避免手动操作可能发生的错误 节省出时间来做更重要、更有意义的事情 每次都能得到准确的结果 SELMA96让你的工作更加高速、高效和有竞争力 analytikjena Biometra 解决准确快速评估核酸样本问题的措施 -SScanDrop超微量核酸蛋白测定仪 挑战：：在检测核酸时，核酸样品消耗量大；一次只能检测一个样品。 超微量核酸蛋白测定仪ScanDrop 超微量检测：样品可低至0.3ul. 高通量：采用16通道芯片比色板CHIPCUVETTE， 同时可以检测16个样品。 全程无污染。 德国耶拿- a "system provider" from sample to result 生命科学高效整体解决方案 农口类科研院所 农科院玉米研究中心等系列育种及种质鉴定研究所 农大高校，等等 德国耶拿为您SSR工作： 带来高重复性的实验结果； 减少您的工作负荷； 使您的工作效率最大化。 analytikjena Thanks for your Attention ! analytikjena GROUP