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【第三届原创参赛】手把手教你如何在API Analyst软件中创建个性化报告模板

  • 小猪飞飞
    2010/08/04
  • 私聊

液质联用(LCMS)

  • 维权声明:本文为zpf20031212原创作品,本作者与仪器信息网是该作品合法使用者,该作品暂不对外授权转载。其他任何网站、组织、单位或个人等将该作品在本站以外的任何媒体任何形式出现的,均属侵权违法行为,我们将追究法律责任。


    仪器信息网第三届原创大赛参赛作品-


    手把手教你如何在API Analyst软件中创建个性化报告模板



    液质联用仪器的常规样品分析中,耗费精力较多的工作是最初的液相、质谱条件的优化和确立,但做任何事都要善始善终,因此,结尾即输出报告也显得相当重要。从这几年用到过的几大软件,主要有Empower、Masslynx、Analyst、Chemstation,各有千秋、各有特色。总的来说Empower功能较为强大,但操作较为复杂,其中也有不少功能是多数人用不到的。Masslynx做得比较漂亮,很直观,功能也比较强大。Chemstation是公认的比较容易上手的软件。Analyst1.5的可视性不是特别好,不够直观,但是用起来还比较顺手。最近还用了个岛津的GPCGCMS,随机带的操作光盘倒是做得非常棒,基本上跟着视频边做边学,很快就会上手。下面主要谈谈如何利用Analyst软件创建自己的模板。

    一、结果表格中条目的编辑

    言归正传,今天主要谈最近用得较多的Analyst软件。Analyst中自带的模板较多,大概20多个,但不一定能满足我们的工作需要。最近因为模板,老是请教工程师帮忙做,后来不太好意思总是让工程师改来改去,自己就研究了一下。现将体会分享给大家。

    如下图所示,是大家非常熟悉的Analyst1.5版本的登陆界面。API的软件有个好处就是安装时不用输序列号,不用担心key的丢失,因此每次登陆都要点下Register later。




    如题,跳过样品优化及分析过程,直接进入样品的数据分析过程。在定量方法建好、并将数据批量分析好后会得到如下图所示的一个表格。




    这个表格每次都会以默认的条目打开,因此有时就显得不太方便。举几个例子,默认是将sample ID放在里面,但事实上很少用得到;默认是将峰面积以及峰高等显示为科学计数法,看起来不太方便。又如,默认不显示峰的名称,这样看起来很不方便。但是可以进行适当的修改,如下图所示,在表中任意处右键,在出现的快捷方式中依次选择table settings->Edit->column->done,会弹出一个对话框(如下图),在这里,可以对表格中所有条目的显示与否以及格式进行修改。




    在上图中的下拉菜单中是分析物、样品、内标等等所对应的条目,表格中共五列,从左到右依次是条目的名称、显示与否、有效数字与否、科学技术法与否、数字位数,其中,如果勾选了有效数字、没有选择科学技术法,precision中的数字的意思就是有效数字的位数,如果前两者都没有选,则precision中表示的是小数的位数,还有其他的情况,版友们可以自己去尝试。另外,在这当中还比较常用的,就是把分析物的名称以及信噪比条目显示出来。

    在这里要提下,每个用户按照自己习惯的设定方式改动之后,可以将其保存,以便下次处理数据时直接套用这样的格式。方法是在表格任意处右键,快捷菜单中选择table settings->Export To New Table Settings。这时会弹出一个对话框,要你为新的表格格式输入一个名字,如api。




    下次处理数据后,可通过在表格任意处右键,快捷菜单中选择table settings->api,这样就能按照自己需要的表格格式来显示结果了。




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  • 小猪飞飞

    第1楼2010/08/04

    二、报告模板及report3.0.1版本的安装

    先看看1.5版本上自带的1.0的Report,在上述结果表的窗口上端的tools的下拉菜单中选择report,在弹出的对话框中选择所需要的模板(这里选择默认的sample report 1模板),直接ok即可生成报告。如下图所示。



    但从图中可以看出,有的项目所显示的信息较为多余,有的信息显示不正确。如峰面积,即使我在软件的结果表格中已经将显示方式改为非科学计数法,但此处仍然显示的是科学计数法。这时就需要修改模板,以便符合出具报告的需要。

    Report 1.0中修改模板的方法是依次点击:开始->所有程序->Applied Biosystems MDS Sciex->Analyst Report->Creat or edit Templets。如下图所示


    点开之后出现一个对话框,上面的选项卡分别是编辑已有模板、创建新的模板。点击sample report 1,将以word形式打开这个模板,可以发现这个模板上有向语言一样的内容,如图中的a. Aera就是表示分析物质的峰面积。如图中右边所示,模板中会出现report专用的模板编辑工具条。所有的编辑就是通过这个工具条进行。如图,中,选中模板中,然后选择工具条中Content Tags,这时会弹出一个对话框,在其中可以对的属性进行修改。如图中对话框中Number Format后显示的是0.00,这就表示模板中的保留时间将保留两位小数,如果需要三位,就在此处输入0.000,即可。



    Report 1.0的模板总的来说不是那么直观,改变某个值的属性要在一堆符号中选择。现在官方网站上已经有3.01版本的了。下面就阐述下如何通过3.01版本的report来修改自己想要的模板。软件下载地址http://www.absciex.com/Downloads/Software-Downloads
    找到Reporter 3.0.1,上述的链接包含了两个安装程序(另一个尚未使用到),下载后解压缩选择setup,如图所示



    安装开始时会问你要安装2003及以上的版本的word,这个版本的report已经支持到2007版的word,但鉴于大多数人还是使用的2003版word,下面按2003版描述。有的电脑(xp sp2)会提示要安装sp3,需要下载安装SP3。

    安装完之后,在Analyst中的导航菜单的最下方,会出现report 3.01的栏目。如下图



    首先打开模板。如果report 3.01是默认路径安装,则按照下图的路径打开文件夹Templates,并选择其中名称为sample report 1 的模板。


    打开sample report 1后可以发现这个模板与老版本的模板有了一些微小的差别。


    注意:编辑模板之前,要么将这个模板另存为一个文件,要么把默认的所有模板进行备份,以防覆盖。另外,3.01版本模板的后缀是.xml,而1.0版本的后缀是.dot,这两个版本不兼容,似乎不太好直接转变,两者之间还有个2.0版本(在此不做累述)。

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  • 小猪飞飞

    第2楼2010/08/04

    三、编辑模板

    下面就开始编辑模板。

    (一)xml架构的调用

    首先要使得模板处于可编辑的状态。点击word菜单栏:工具->模板和加载项,出现对话框



    选择第二个选项卡XML架构,选择添加架构,在弹出的对话框中选择C:\Program Files\Applied Biosystems MDS Sciex\Reporter\Resources\ ASciexWordReporterSchema.xsd

    打开后,在弹出的对话框中输入任意一个别名,此处输入xml


    确定后如下图所示,注意:要将xml或者你命名的架构前打上勾,再确定。


    添加架构之后,就可以对模板进行编辑了。可以看到模板已经多了很多粉红色的标记,而这些标记正是用来编辑所对应条目属性,与1.0版本相比,编辑界面更为直观。


    在某一红色区域右键,快捷菜单中选择查看XML结构


    屏幕的右边会出现XML的结构图,其中的每一个元素都对应于表格中的某一个粉红色区域。点击时光标会移动到对应的位置。

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  • 小猪飞飞

    第3楼2010/08/04

    (二)几个实例操作

    (1)去掉不必要的信息

    首先是去掉一些不要的信息,这个很简单,只要选中对应的单元格,剪切即可,如去掉图中黑色选中的部分



    剪切之后在做略微调整,得到如下图所示的效果




    (2)增加文字及数值

    第二个操作是在上图data file下面加入一个同样的data file。方法有几种,一种是直接复制某条目。




    另一种是在对应的单元格内右键->应用XML元素->TField,




    再在该单元格红色区域内右键选择属性。


    或者在右边的XML架构图中选择相应的XML元素,单击选属性,这会在架构图中的这个TField 之前会有显示“此标记的某些属性无效”的标记,直接选属性。




    会得到如下的属性编辑对话框,其中有三项。一般会用到Name和format。




    选中Name,在下拉菜单中选择Sample File Name,点击添加




    这样,Name就进入到下面的属性中。




    在对话框中打开一个处理过的数据结果表




    双击导航菜单中的report 3.0.1




    产生选择模板的对话框




    选择之前编辑过的模板(之前我已将模板另存为example),点击生成报告。如图所示,添加的Data File与模板原有的格式内容均一致。其他的添加文字内容的都可以如法炮制,用TField这个元素完成。


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  • 小猪飞飞

    第4楼2010/08/04

    (3)改变峰面积的显示格式

    下面对峰面积的数字显示格式进行修改。选中峰面积值的红色区域,右键选择属性,出现如下对话框。可以看到当前模板中峰面积的默认格式,即Format的值是0.000e+00,这是科学记数法,0的个数是显示的数字位数。其它选项还有非科学计数法,如0(表示的是显示为整数)、0.0(显示一位小数),以此类推……在选定为新的格式后,要点一下右上角的“修改”,再确定。如果直接点确定,显示的还是原来的值。如果需要直接显示出Analyst结果表中的值(有关结果表中如何显示所需要格式的值,见上述阐述内容),有两种方法。一种是下图中Format值另一个选择项“none”,第二种方法是将Format这一条目直接删除,只留下Name一个条目。



    (4)改变图谱的显示格式

    下面看下图谱格式的修改,如修改图的放大与缩小。下图是按照报告模板生成的报告,默认方式是将图谱放大,显得峰特别宽,不是很好看。




    同样是在模板图谱区域的红色处右键选择属性,具体的选择设定方法,板油们可以自己体会,在此不做赘述。改变后的结果如下图,这样就好看多了。




    (5)其他

    给出一个修改后的模板所生成的报告,可以看到图中有些内容已经不是默认格式。包括下面还增加了一条标准曲线。



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  • 小猪飞飞

    第6楼2010/08/04

    总之,修改这个模板看似复杂,其实不是很难,主要是要知道如何添加一个xml架构,如何查看xml架构,以及理解架构属性中赋值的含义。当然,还要熟悉Analyst软件中结果表格属性的设定。基本上看了以上的叙述后,会对如何运用Analyst 1.5出具报告有了一定的认识。由于篇幅较长,有些内容还未放在其中,但都可以触类旁通。如果以上内容有不正确之处还请各位版友指正,如果还有不清楚的问题或者有与模板相关的问题,也请板油们积极提问、探讨,共勉!

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  • wuyuandaai

    第7楼2010/08/05

    有这样的报告当然不错!我现在用的是1.42版本的,能不能设置这样的版本的报告呢???

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  • 小猪飞飞

    第8楼2010/08/05

    我也有1.42版本的Analyst,但没装过。楼主可以到上面的链接中下那个版本的报告软件,看看能不能用

    wuyuandaai(wuyuandaai) 发表:有这样的报告当然不错!我现在用的是1.42版本的,能不能设置这样的版本的报告呢???

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  • netsking

    第9楼2010/08/05

    谢谢分享,十分感谢。已经加入收藏.

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  • xiandan

    第10楼2010/08/06

    还没用过呢,学习了

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