仪器信息网APP
选仪器、听讲座、看资讯

【讨论】关于质谱对DNA片断长度识别的问题,欢迎讨论

同位素及其它无机质谱

  • 有这么几个问题想和大家讨论,

    1,质谱对DNA测定的浓度范围是多少?低于多少的浓度是不可测的。pg/ul ng/ul或者单分子是不是就没有可能了?
    2,对DNA长度的限制? 多数文献都是测定小片断,100base以上都很少。
    3,据说maldi-tof对大分子比esi好,不知道是不是老皇历了。
    4,我这里试过一次maldi,设备旧了些ABI的Voyager-4379,
    337纳米的激光激发。测很低浓度的138b的没有测出来,1ug/ul的10 bp ladder只有10 bp的峰在,后续的峰都很弱。怀疑matrix和样品准备有问题。
    用HPA : 醋酸氨 :样品= 1:1:1 样品1ug/ul的10 bp ladder (10, 20 -330)

    其他条件在文件里。

    实际想测的比这个浓度低百万倍吧。对质谱不了解,不知道有没有可能测了。欢迎介绍好的文献过来。
  • 该帖子已被版主-Allen加3积分,加2经验;加分理由:鼓励讨论
    +关注 私聊
  • alexee

    第1楼2010/08/06

    you can try nanoESI in the negative mode, with a fine tip.
    I think the multiple charge will help you to see them.
    ng/ul should be good. Single molecule is not possible for MS detection.

0
    +关注 私聊
  • maldiguy

    第2楼2010/08/06

    你的样品是怎么来的?样品里除了DNA/Oligo,还有其他的么,尤其是盐
    总的来说,DNA/Oligo的样品比较难做,因为含有太多的磷酸根,特容易和钠离子等结合
    我做过100 base以上的olio,一个OD的浓度没问题

0
  • 该帖子已被版主-hendle加1积分,加2经验;加分理由:不错的建议
    +关注 私聊
  • sklzhy

    第3楼2010/08/08

    非常感谢大家。
    听说盐化是一个重要问题。我的样品主要还有TPE缓冲液,而且有讨厌的EDTA。
    另外不知道尿素对检测的影响。如果方便,maldiguy兄,可否点拨一下?如何处理样品和实验条件?
    还有,对于附件中多片断的检测,为什么只有一个峰出来了?

    maldiguy(maldiguy) 发表:你的样品是怎么来的?样品里除了DNA/Oligo,还有其他的么,尤其是盐
    总的来说,DNA/Oligo的样品比较难做,因为含有太多的磷酸根,特容易和钠离子等结合
    我做过100 base以上的olio,一个OD的浓度没问题

0
    +关注 私聊
  • maldiguy

    第4楼2010/08/09

    如果样品量不是很大的情况下,可以考虑用ZipTip desalt
    如果盐浓度太高,ziptip也不好使的
    把脱盐的问题解决,应该能看到其他峰的,尤其是你的ladder样品
    对20 bases以下的oligo,可以考虑THAP做基质
    同时,对ABI DE-STR,可以增加wire的电压,提高灵敏度

0
猜你喜欢最新推荐热门推荐更多推荐
举报帖子

执行举报

点赞用户
好友列表
加载中...
正在为您切换请稍后...