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[RNAi&miRNA] miRNA研究中常用的软件和数据库资源

省部重点实验室

2011/12/13

生命科学仪器综合讨论

以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者有所帮助。

（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。网址：http://mirbase.org/index.shtml

（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：http://microrna.gr/tarbase/

（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：http://mirecords.biolead.org/

（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址http://www.targetscan.org/

（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址：<http://www.microrna.org/microrna/home.do>

（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。网址：<http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>

（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址：<http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>

（12） miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址：<http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>

（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址：<http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>

（14） miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址：<http://mirdb.org/miRDB/>

（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。网址：<http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>

（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址：<http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>

（17） Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。网址：<http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>

（18） miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。网址：<http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>

（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。网址：<https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html>

（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。网址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php

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该帖子已被版主-zhang8826857加3积分，加2经验;加分理由:鼓励发帖交流

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tangtang

第1楼2011/12/25

很丰富的资源。
研究分工越来越细，越来越深入。

0

分
该帖子已被版主-省部重点实验室加2积分，加2经验;加分理由:谢谢交流( ⊙ o ⊙ )啊！

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