| 比对项目 | 实时荧光定量PCR技术 | 环介导等温扩增技术 |
| 检测技术 | 化学荧光，实时监测目标DNA片段 | 等温扩增+生物荧光，检测的扩增产物中的副产物焦磷酸盐 |
| 酶 | Tag聚合酶，目前已经第四代DNA聚合酶，技术成熟 | Bst酶 |
| 特异性 | 引物+探针双重特异性 | 引物特异性 |
| 荧光检测通道 | 最多6个荧光检测通道，支持多重致病菌检测 | 仅支持单一致病菌检测 |
| 扩增条件 | 变温（热启动：95℃，变性95℃，退火60℃，延伸72℃） | 恒温60℃ |
| 抗干扰能力 | 强 | 较低 |
| 灵活性 | 开放式平台，检测更灵活 | 封闭式系统 |
| 准确性 | 部分试剂盒含内参，可防止PCR抑制产生的假阴性 | 无内参，易产生假阴性结果 |
扩增区、扩增产物分析区可合并。
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