原来Koch那个也可以上DM了哦，太好了。我好久没用这玩意了，偶尔用用也是用老mac在跑，麻烦。
意大利那个人以前来我们这边讲过一次课，他主要做STEM模拟和量化衬度分析，GPA只是他软件里头的一个副产品，当时演示的时候我就觉得还不如NCEM十多年前写的那个。所以后来也没有用他的了。

建议不要跑Mac了，DM都已经停止支持mac了，我用的NECM的插件都是99-2000年那时候的，只能跑在OS 9上面。只是我折腾了它大半年，基本上把里头的参数变量摸清楚了，所以才没有继续自己写或者用别人的。
如果想要玩，可以到这里下载：
http://ncem.lbl.gov/frames/source/software.htm

第一步选一个g-vector 的时候是全图“平均效果”得到的phase，这时候的reference等于是全图的平均，所以需要refine，从而选取合适的晶体区域作为计算strain的reference。

Hytch指导的一个博士生博士论文一部分发的一篇UM上面有很详细的讨论：
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304399105001038

Theoretical discussions on the geometrical phase analysis

yihuiiii(yihuiiii) 发表:能否将操作步骤介绍一下：我按照Christoph T. Koch的步骤做了一下，发现并未获得理想效果。求指教。
另外对步骤中这两步不是很了解，能否给解释一下。


为什么要 refine G-vector?

那好吧，就不折腾了，以后有时间再弄，不知道我上面贴出的那两张图你看了没有，为什么要refine G－Vectors呢，请帮忙分析一下，或者说说原理和具体操作步骤。不胜感激。

非常感谢提供文献，我会仔细阅读的，另外我比较疑惑的是a＊和b＊；Koch解释为first reflection 和 second reflection ,可是我的感觉确是衍射的不同衍射斑点啊。对应着不同的方向，是不是相当于a轴和c轴晶格常数的表征，也就是说面内和面外的应力状态的表征啊。另外根据koch提供的manual里步骤，是平行操作还是要按照提供的顺序依次进行？

花点耐心好好读懂那两篇文献吧，你问的原理在原始论文和后来那篇讨论的文章里头都写的很详细，读懂了就知道为什么要那么个步骤了。真那么简单的话，用GPA发文章应该不止现在那么点（当然，GPA本身也有很多局限）。有些文章发表的时候作者自己都没有完全搞懂GPA算出来的数值是什么意思。
关于你问的refine的问题，我觉得根据我的理解回答的应该是准确的。
“第一步选一个g-vector 的时候是全图“平均效果”得到的phase，这时候的reference等于是全图的平均，所以需要refine，从而选取合适的晶体区域作为计算strain的reference。 ”

我以前一直用NCEM的插件，效率非常低，处理一张图前后起码半个小时，2K*2K的图片要跑更久，就不用说4K的了。刚刚试试了koch的新插件，确实方便了许多1K的图几乎几秒钟，2K图一分钟左右可以搞定，4K的图十几分钟也没问题。我还在摸索他的参数定义。不过结果应该是不错的！试了一张贴出来吧。


谢谢iamikaruk 的提醒，省了不少功夫。
我记得去年9月开会的时候 Koch自己演示还是用他自己的MatLab的，没想到这么快就移植到DM上来了.
不过我觉得现在这个插件主要是出射波重构的晶体结构分析的定制的。（参见 Harald Rosner 发表在 今年3月 Imageing&Microscopy 上的文章）

恩，我也有同感，是我着急了，仔细看文献了，多谢指教。

w4m0330(w4m0330) 发表:花点耐心好好读懂那两篇文献吧，你问的原理在原始论文和后来那篇讨论的文章里头都写的很详细，读懂了就知道为什么要那么个步骤了。真那么简单的话，用GPA发文章应该不止现在那么点（当然，GPA本身也有很多局限）。有些文章发表的时候作者自己都没有完全搞懂GPA算出来的数值是什么意思。
关于你问的refine的问题，我觉得根据我的理解回答的应该是准确的。
“第一步选一个g-vector 的时候是全图“平均效果”得到的phase，这时候的reference等于是全图的平均，所以需要refine，从而选取合适的晶体区域作为计算strain的reference。 ”

我以前一直用NCEM的插件，效率非常低，处理一张图前后起码半个小时，2K*2K的图片要跑更久，就不用说4K的了。刚刚试试了koch的新插件，确实方便了许多1K的图几乎几秒钟，2K图一分钟左右可以搞定，4K的图十几分钟也没问题。我还在摸索他的参数定义。不过结果应该是不错的！试了一张贴出来吧。


谢谢iamikaruk 的提醒，省了不少功夫。
我记得去年9月开会的时候 Koch自己演示还是用他自己的MatLab的，没想到这么快就移植到DM上来了.
不过我觉得现在这个插件主要是出射波重构的晶体结构分析的定制的。（参见 Harald Rosner 发表在 今年3月 Imageing&Microscopy 上的文章）

GPA 如果没有明确的unstrained reference, 显示的就是个相对比较。同张镜像上最好有个确定的reference,

比如substrate.

没有的话，就和reference一起测，比如 dark field holography, 有点麻烦，用到biprism.

现在有用HRSTEM-Lattice fringe 做GPA，一通花拳绣腿，无法确认。

这是用stem cell 的GPA, 比较花妙。传上stem cell, 对照网页所述就可做很多分析，但他的内容不让人踏实。

这行就这样，编程好的张牙舞爪，别人还不敢响，文章来了，你还不得不发。

俺的老师就信他写的DALI，对GaxAl(1-x)N/GaN之类很管用，但到了四相的就不行了。一切都在探索啊。

都有HRSTEM 的lattice fringe了，还做什么GPA啊，直接 Intensity interpretation 不就好了，结构和准确的原子位置都出来了……羡慕啊~羡慕~
GPA啦，像模拟啦等等，这些是吾等木有好设备实验室的Cs corrector。

不过说回来，只是想要测Strain的话，HRSTEM还真的不一定有HRTEM（包括出射波重构结构像）管用，除非你机器够稳定，照片信噪比够高。