xueliwu2000
第13楼2012/11/23
您的理解很准确,waters的MSE一个Scan只得到一张MS及MS/MS图,瞬间切换(约1ms),它解析整个母离子与子离子关联的方法是依靠waters家的chromlynx的软件(设计是一个三元的高斯函数),此软件的原理是母离子应该与子离子具备相同的色谱行为,必须保证有高度稳定的保留时间,这也是waters号称只有他们有底气同时采集MS及MS/MS的原因,他家的UPLC有足够稳定的泵。
xueliwu2000
第14楼2012/11/23
理解很准确,就是低能量及高能量两通道瞬时切换。waters的扫描速度MS和MS/MS均为30scan/sec
徐好狗
第15楼2012/11/23
这些机器用的是TDC,而且是TDC里面比较老的LIST模式。数据线上传输的是HIT信息,并不是质谱的谱图。到了电脑以后再转换成HIST模式,才是谱图。理论上LIST可以记录每一个离子打击的时间,但是问题是动态范围低会失真。
如果是ADC的话,一张谱图大概至少256k点x 32bit=1Mb,如果一秒钟100张,总线传输能力要达到100Mb,超过PCI-32和100M以太网,特别是硬盘,需要用阵列8个硬盘才够。也不是不能做,麻烦一点。USB2号称480Mb,实际效果也就10MB随机BLOCK的样子。或者根本不开FPGA处理功能,这样,一秒钟可以到3万张,但是数据量大概2Gb的样子,用板载的32G RAM,可以记录15秒,但是无法传输。
xueliwu2000
第16楼2012/11/23
您好,非常感谢您的意见,不过还是有些不太懂的地方:
1.不知道Waters的MSE的在全质量范围进行MS以及MS/MS采集具体是怎么做的,因为按照SWATH的25Da范围在m/z400-1200进行MS以及MS/MS同时采集,一个循环需要的时间大约是100ms(MS累积时间)+100ms(每个MS/MS的累积时间)*(1200-400)/25=3300ms,32张质量还可以接受的MS/MS谱图就需要三秒多,不知道Waters的MSE是怎么样的?
2.即使LECO的500Hz是极端的情况,那么50-100Hz应该是一个各个参数都能够顾及到得情况了,厂家应该不至于常用的条件是10Hz就拿500Hz的极端条件来宣传。然而50-100Hz对目前LC的MS和MS/MS同时采集来说也已经是很高很高的了。因为虽然AB宣传的是最高到100Hz,但为了谱图质量能接受,Reudi的SWATH也只是用了10Hz(每张谱图累积100ms)。如果能把LECO的检测器拿过来用的话,按照50Hz计算,在同样的3300ms时间范围内,一个MS能够得到约160张MS/MS谱图,很高的数目了。[/quote]
waters的MSE据我所知,因为整个过程非常简单,只是在整个质量数范围做高低能量切换从而得到一张MS及一张MS/MS图,以30HZ计,一个duty cycle time约为33ms+33ms=66ms,1s可以采集15张MS/MS图及15张MS/MS图。您的第一条中MS及MS/MS累积时间均为100ms,我觉得因为AB的MS最高速度为100hz,而MS/MS为50hz,因此我想如果MS累积时间为100ms,那么MS/MS是否应该为200ms呢?我个人觉得waters及AB在速度上或者说在单位时间所采集谱图的数量上应该差别不大。倒是有个担心,当SWATH以25Da做扫描质量数范围切换,四级杆需要变换质量数范围,会不会有信号会丢失呢?不明白。
gaoliang1012
第17楼2012/11/23
1.虽然AB的MS最高速度为100Hz,MS/MS为50Hz,但是swath中的MS和MS/MS均只是用到了10Hz,因此MS和MS/MS都累积100ms应该没什么问题
2.我个人的理解,SWATH的quad是做了一种特殊的Tune,从而能够选择一定质量范围的母离子,切换应该不会有影响,因为常用的DDA或者IDA在对TOP5或者TOP10做二级的时候也会有切换的问题,只不过SWATH的切换是从一个质量范围到另一个质量范围,而DDA或者IDA是从一个确定的m/z到另一个确定的m/z.
gaoliang1012
第18楼2012/11/23
非常感谢徐老师的回复,不过您提到的TDC的一些相关名词真心不太懂。另外按照您提到的,是不是受电脑和通讯等硬件方面的限制,因此ADC的扫描速度不能做到100Hz以上,但是就ADC本身来说还是能够达到500Hz甚至更高的。还有后面的FPGA等彻底不懂了
lics05
第21楼2012/11/25
讲得太好了,我们假设一个循环是3300ms,而且已经能做800张二级谱图。那SWATH的窗口最小就可开成是1Da(实际工作时由于同位素峰不需开得这么小),基本上一个样品做下来所有看得见看不见的母离子二级信息都全了,那将推动二级谱图采集从data dependent 到data independent的巨大改进。我想这也是楼主对500HZ技术那么感兴趣的的原因。