安捷伦与 Element Biosciences 合作发布人全外显子测序简易工作流程

2月23日，安捷伦与 Element Biosciences 合作发布了人全外显子测序简易工作流程。自 2009 年安捷伦推出全球第一款人全外显子产品至今，已走过十四载春秋。2021 年 4 月，安捷伦宣布首款基于机器学习探针设计方案的全外产品—人全外显子组 V8 (SureSelect Human All Exon V8) 正式在中国上市，继续书写人全外显子靶向捕获技术新篇章。现在，安捷伦 SureSelect 文库制备和靶向富集试剂盒与元素生物科学的 AVITI 测序系统 (Element Biosciences, San Diego, CA) 在肿瘤变异分析这类关键 NGS 应用上，实现了对单核苷酸多态性、结构和拷贝数变异、基因融合、插入和缺失的高灵敏度检测。

主要优势

❖安捷伦 SureSelect 工作流可用于 Element AVITI 系统，无需重新设计或优化实验方案；

❖Element AVITI 可实现在每个流动槽完成 48 个全外显子组 (WES) 样本的测序工作；

❖使用安捷伦 SureSelect 进行文库制备和富集的样品，可以在 Element AVITI 系统上进行分析，并生成高质量的关键数据指标。

全新的 Element AVITI 测序平台采用其专有的 Avidity Sequencing 测序化学，可以独立运行两个流动槽，可在 40 小时内，生成约 10 亿个 2 x 150 bp paired-end reads，每个流动槽的总数据输出为 300Gb。具有更优越的性能、更低的成本和更高的灵活性。

Element AVITI 测序平台

使用 Element 的 Adept Library Compatibility 工作流程，只需简单一步，即可完成可靠且经过验证的安捷伦 SureSelect XT HS2 文库准备和靶向富集流程，无需开发新的文库准备解决方案，并将其应用于外显子检测（如 SureSelect Human All Exon V8）或个性化订制肿瘤 panel 的基因组分析中。

测试结果表明，安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel，在 Element AVITI 测序平台表现优异。如表一所示，V8 在 5Gb 数据量，120X 覆盖度，及订制化肿瘤 panel 在 5Gb 数据量，1500X 覆盖度下，Passing Filter (PF)达到 97%，Q30 分别为 87.0% 和 86.7%。

表 1 ：Element AVITI 系统上安捷伦 SureSelect XT HS2 建库方案的性能表现*

*此测试为早期数据，最新 Avidity 测序试剂，可获得 > 90% Q30 数据

对于胚系突变的检测性能，则利用两个标准细胞系样本 NA12878 和 NA24385 进行测试。如表二，结果表明，单核苷酸多态性（SNPs）和插入缺失（indels）的检出率（正确检出已知变量的百分比）在 99.2% - 99.3%，精确度（已知变量检出的百分比）达 97.1% - 99.4%，Ts/Tv表示单个样本中所有检出变异 (called variants) 当中，转换 (transition) 与颠换 (transversion) 的比率，也与生物学过程相符；

表 2：胚系突变检出性能

对于体系突变的检测性能，则利用 Horizon HD728 参考样本进行测试，如表三所示，利用安捷伦 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行目标区域捕获后，可以在预期等位基因频率中检测到相应的变异；BRAF、EGFR 和 FLT3 的四个位点，突变频率范围在 4.7% 到 16.7% 之间，检测结果的一致性高。

表 3：体系突变检出性能

最后，对 8 个胚系突变样本和 8 个体系突变样本，分别用安捷伦 SureSelect 全人类外显子 V8 和 SureSelect 订制化肿瘤 panel 进行测试，如图一，测序数据表明，样本的 Fold80 在 1.5 左右，重复率低至 2%，30X 覆盖度达 99% 以上，这三个关键的测序指标，证明了在 Element AVITI 系统上运行安捷伦 SureSelect 具备良好的化学稳健性。

图 1：安捷伦 SureSelect 人外显子 V8 和 SureSelect 订制化癌症 Panel 在 Element AVITI 系统上具有稳健表现

以上测试数据表明，安捷伦 SureSelect 靶向捕获产品一如既往的优异性能和 Element AVITI 测序平台准确灵活快速的特点相结合，将带给中国基因组学用户更优质的创新解决方案，推动基因测序在中国的更广泛落地。