流动相在使用前必须进行脱气处理，以除去其中溶解的气体（如O
2），以防止在洗脱过程中当流动相由色谱柱流至检测器时，因压力降低而产生气泡。若在低死体积检测池中，存在气泡会增加基线噪声，严重时会造成分析灵敏度下降，而无法进行分析。
此外，溶解在流动相中的氧气，会造成荧光猝灭，影响荧光检测器的检测，还会导致样品中某些组分被氧化或会使柱中固定相发生降解而改变的分离柱能。
液相色谱仪常用的脱气方法有如下几种：
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吹氦脱气法
使用在液体中比空气溶解度低的氦气，在0.1MPa压力下，以约60ml/min流速通入流动相10-15min以驱除溶解的气体。此法适用于所有的溶剂，脱气效果较好，但在国内因氦气价格较贵，本法使用较少。
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加热回流法
此法的脱气效果较好。
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抽真空脱气法
此时可使用微型真空泵，降压至0.05~0.07MPa即可除去溶解的气体。显然使用水泵连接抽滤瓶和G
4微孔玻璃漏斗可一起完成过滤机械杂质和脱气的双重任务。由于抽真空会引起混合溶剂组成的变化，故此法适用于单一溶剂体系脱气。对多元溶剂体系，每种溶剂应预先脱气后再进行混合，以保证混合后的比例不变。
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超声波脱气法
将欲脱气的流动相置于超声波清洗器中，用超声波振荡10-15min。但此法的脱气效果最差。
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在线真空脱气法（on line degrasser）
以上几种方法均为离线（off-line）脱气操作，其会随流动相存放时间的延长又会有空气重新溶解到流动相中。现在使用的在线真空脱气技术，把真空脱气装置串接到储液系统中，并结合膜过滤器，实现了流动相在进入输液泵前的连续真空脱气。此法的脱气效果明显优于上述几种方法，并适用于多元溶剂体系。
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