长片段DNA回收全系列解决方案
——基于脉冲场电泳技术,从百bp到百kb
长片段DNA,即高分子量DNA(high molecular weight DNA,HMW DNA),目前在测序领域的应用备受关注。然而,提取后的长片段DNA容易断裂,现有的常规方法很难获得高纯度、高质量的HMW DNA。因此,长读长测序用户迫切需要找到一种有效回收HMW DNA的方法。
针对长片段DNA的特殊性,美国Sage Science公司推出了一系列基于脉冲场电泳技术的全自动DNA片段回收设备,涵盖了从数十个bp到2MB碱基范围内各种DNA片段的全自动回收,用户可以根据自己的需要选择最适合自己研究的设备。
1、几百bp-kb:全长转录组测序文库
型号: Blue Pippin、Pippin HT
“Blue Pippin的片段选择显著增加了神经元转录组的读取长度”
引自2023年《Cell》期刊文章:Alfonso-Gonzalez, Carlos, et al. "Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection." Cell 186.11 (2023): 2438-2455.
2、10-25kb:PacBio HiFi测序文库
型号: Blue Pippin 、Pippin HT、Sage ELF
PacBio HiFi测序对DNA文库的长度均一性要求较高,最佳片段范围为10-25kb。Sage Science产品中的Pippin HT、Blue Pippin、Sage ELF皆满足该测序要求,而且Sage ELF还可将一样本中不同长度的片段同时回收,最大限度利用样本。
Sage ELF同时精准回收一个样本中不同长度的片段
今年,Sage Science产品在原有功能基础上升级了全新“Range+T”回收模式,此模式的优点包括:(1)有效去除设置起点外的小片段DNA;(2)更精准控制回收片段的上限;(3)更细化调整文库分布的宽度。
Blue Pippin/Pippin HT全新“Range + T”模式,对HiFi文库的精细条件优化
不同样本的回收起点均设置为15kb,回收时间分别设置为13/15/17/20/30min,得到不同的文库分布宽度
3、10+kb:Nanopore常规测序文库
型号: Blue Pippin 、Pippin HT
Blue Pippin 、Pippin HT程序中自带的High Pass模式,即设定好回收的起点,系统可以自动回收起点以上的所有片段,干净彻底的去除小片段DNA,有效提高Nanopore测序效率和质量。
4、 50+kb以上 Nanopore超长(Ultra-long)测序文库
型号: HLS系列
Ultra-long DNA片段回收的一个重要应用是在ONT三代测序,可以最大发挥ONT测序长度长的优势。Sage Science公司针对超大片段文库的制备,推出了Sage HLS型号,最大可回收2Mb的DNA片段。下图所示PromethION同Sage HLS联用,N50最大可到143.3kb。
Sage HLS片段筛选后Nanopore测序,N50 高达 143.3 kb
5、长片段DNA样本质控
型号: Pippin Pulse脉冲场电泳仪
对于长片段DNA样本质控,Sage Science公司的Pippin Pulse脉冲场电泳仪使用简单,无特殊耗材,使用成本低,是实验室长片段DNA样本质控高性价比之选。
Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。
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