我们都知道，相关性并不等同于因果关系。不过存在相关性，多半意味着某种因果关系的存在，这需要我们努力去发掘。
现在，研究者们可以通过设计，精确限定微生物组中的成分，建立缺乏某一类微生物的菌群，或者利用“芯片上的器官”测定微生物组的生化活性。这样的方法能够帮助我们确定，某一种微生物组对人体健康的影响。
研究是否足以反映真实情况？不过，就算微生物组在实验中能够影响健康，也可能并不是造成患者症状的主要原因。
举例来说，微生物组研究往往使用无菌小鼠，以便引入实验性的菌群。但是这些小鼠并不能代表动物的天然状态，缺乏微生物组的它们其实并不健康。因此，实验结果并不一定符合动物的天然应答。另外，小鼠的生活环境与人类差异很大，有关微生物组的实验结果也许并不能很好的用于人类。
结果是否可能有别的解释？我们有充分的理由相信，细菌正在通过多种途径对我们施加影响。但是也有许多其他因素（可能更重要）在起作用，比如饮食。在把某种微生物组与疾病关联起来之前，明智的做法是，把所有可能的因素都纳入考虑。
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