Komada等用配体亲和层析法和免疫亲和层析法将牛肺巨噬细胞清道夫受体纯化，并从部分氨基酸序列克隆得到Ⅰ、Ⅱ型清道夫受体cDNA。随后相继克隆了人、小鼠的清道夫受体的cDNA，三种动物的Ⅰ型受体的氨基酸序列一致性为64%～81%，Ⅱ型受体一致性为60%～84%。除了体内巨噬细胞、体外表达的清道夫受体基因外，平滑肌细胞、肝细胞、内皮细胞也存在着清道夫受体。
成熟的Ⅰ型清道夫受体由453个氨基酸残基组成，Ⅱ型清道夫受体约由349个氨基酸残基组成，不同动物之间存在着差异。Ⅰ型和Ⅱ型清道夫受体在合成过程中，先合成亚基，然后再聚合成三聚体。虽然细胞内可以分离到二聚体和三聚体，但只有三聚体具有与配体结合的能力。
清道夫的配体非常广泛。包括:①乙酰化或氧化等修饰的LDL。②多聚次黄嘌呤核苷酸，多聚鸟嘌呤核苷酸，但是多聚腺嘌呤核苷酸和多聚胞嘧啶核苷酸不是其配体。③多糖类，如硫酸右旋糖酐。④某些磷脂类，如丝氨酸磷脂。但磷脂酰胆碱不是其配体。⑤细菌脂多糖，如内毒素等。这些配体的共同的特点是多阴离子化合物，不过不是所有的多阴离子化合物都可作为其配体。由于Ⅱ型清道夫受体具有与Ⅰ型清道夫受体相同的功能，但没有SRCR域，显然配体结合域不在SRCR结构域。
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