导读:北美时间9月1日,赛默飞发布了两款最新的NGS系统Ion S5 和Ion S5XL,旨在提供更加简捷的靶向测序流程,10月29日Ion S5测序仪的首批实验数据产生于阜外医院。那么Ion S5试验数据到底怎样?研究人员将Ion S5与Ion Torrent PGM系统数据做了详细比对。
北美时间9月1日,赛默飞发布了两款最新的NGS系统Ion S5 和Ion S5XL,旨在提供更加简捷的靶向测序流程。10月29日Ion S5测序仪的首批实验数据产生于阜外医院。阜外医院研究人员选用了主动脉基因疾病组合测序,该基因组合包括15个与主动脉疾病相关的致病疾病,研究人员通过文库构建——模板制备——上机测序三个大步骤最后得出了Ion S5的首批数据。
Ion S5以5“S”为主要特性:Simple-最简捷的靶向测序流程,Scalability- 灵活的通量选择,Speed-最快的测序速度,Small Sample Input-微量样本输入,Streamlined Data Analysis-流畅的数据分析流程。那么Ion S5真实实验数据如何,研究人员将此批数据与Ion Torrent PGM数据做了比对,结果如下表所示:
该表格最显眼的就是测序时间、总数据量、平均深度以及总读数。
(1) 测序时间
Ion S5的第三个“S”为 Speed—最快的测序速度,实验数据显示IonS5的测序时间为2.5小时,比Ion Torrent PGM系统所需时间明显少2小时。
(2) 总数据量
与Ion Torrent PGM不同,IonS5总数据量以G为单位,总数据量为1.15G,为Ion Torrent PGM总数据量的1.4倍左右。
(3) 平均深度
测序的错误率和假阳性结果与测序深度息息相关,随测序深度的提升而下降。IonS5系统平均深度为449,比Ion Torrent PGM高出128,由此可见IonS5系统测序错误率和假阳性结果均低于Ion Torrent PGM。
(4) 总读数
由比对数据可知,IonS5系统总读长为5995559个 Reads,比Ion Torrent PGM多出472592个Reads。
(5) 信号值、均一性、平均变异位点数目等
无论在信号值、均一性还是平均变异位点数目,IonS5系统均优于Ion Torrent PGM系统。
研究人员还对该系统文库扩增效果进行了比对。本次试验中研究人员采用Ion ChefTM 仪器进行自动化测序模板的制备,试剂采用Ion 520TM & 530TM Chef试剂盒,芯片类型是Ion 520(与318芯片通量一致),起始文库使用量为60pM/25μL。经过与Ion Torrent PGM系统比对,研究人员发现Ion Chef在文库制备操作上更简单,针对长片段扩增效率更高。
最终,阜外医院对IonS5系统的首批数据下了三个结论:
1. Ion Chef在文库制备操作上更简单,针对长片段扩增效率更高。
2. Ion S5测序速度和分析速度均比PGM快。
3. Ion S5数据的整体质量优于PGM。
备注:本文表格和数据来自阜外精准医学
来源于:生物探索
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