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Bio-protocol Webinars|标签保留扩展显微镜（LR-ExM）的成像与降噪

俞珺璟

2022.11.04 点击0次

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导读：扩展显微镜（Expansion Microscopy, ExM）由Ed Boyden团队于2015年首次推出，使得普通荧光显微镜也能实现超分辨成像。

Bio-protocol Webinars|标签保留扩展显微镜（LR-ExM）的成像与降噪


扩展显微镜（Expansion Microscopy, ExM）由Ed Boyden团队于2015年首次推出，通过将生物样品包埋到具有超强吸水膨胀能力的聚合物中，将样品均匀撑大，使得普通荧光显微镜也能实现超分辨成像。自发明以来，ExM已经用许多不同类型的生物样品进行了测试。然而使用ExM面临的主要挑战是聚合和消化过程中的荧光信号损失。最近开发的标签保留扩展显微镜(Label Retention Expansion Microscopy, LR-ExM)解决了三功能锚(trifunctional anchors)的问题。

本次研讨会我们很荣幸地邀请到加州大学旧金山分校的研究科学家、陈·扎克伯格生物中心研究员Xiang Zhao博士和陈·扎克伯格生物中心的Ahmet Can Solak工程师作为演讲嘉宾，加州大学欧文分校助理教授Xiaoyu Shi博士作为主持人和大家探讨使用Aydin软件进行去噪的标签保留扩展显微镜，会议主要围绕以下三个方面讨论。

  • 用标签保留扩展显微镜对细胞进行超分辨率成像

  • 使用Aydin去噪提高LR-ExM图像的质量

  • 介绍Aydin软件以用于处理大多数生物成像数据

届时有～30分钟的现场答疑环节 ，欢迎大家参与！

Bio-protocol Webinars|标签保留扩展显微镜（LR-ExM）的成像与降噪

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[1]Zhao, X., Garcia, J.Q., Royer, L.A., and Guo, S. (2022) Colocalization Analysis for Cryosectioned and Immunostained Tissue Samples with or without Label Retention Expansion Microscopy (LR-ExM) by JACoP. Bio-protocol 12(5): e4336. PMCID: PMC8918214.

[2]Zhao X, Garcia JQ, Tong K, Chen X, Yang B, Li Q, Dai Z, Shi X, Seiple I Zhao, X., Garcia, J.Q., Royer, L.A., and Guo, S. (2022) Colocalization Analysis for Cryosectioned and Immunostained Tissue Samples with or without Label Retention Expansion Microscopy (LR-ExM) by JACoP. Bio-protocol 12(5): e4336. PMCID: PMC8918214.B, Huang B, Guo S. Polarized endosome dynamics engage cytoplasmic Par-3 that recruits dynein during asymmetric cell division. Sci Adv. 2021 Jun 11;7(24):eabg1244. doi: 10.1126/sciadv.abg1244. PMID: 34117063; PMCID: PMC8195473.

[3]Aydin: image denoising but chill. DOI 10.5281/zenodo.5654826.

[4]Ahmet Can Solat: DaXi—high-resolution, large imaging volume and multi-view single-objective light-sheet microscopy. Yang et al., Nature Methods, April 2022.

[5]Democratising deep learning for microscopy with ZeroCostDL4Mic}{ Chamier and Laine et al., Nature Communications (April 2021).

[6]Image deconvolution via noise-tolerant self-supervised inversion. Hirofumi Kobayashi, Ahmet Can Solak, Joshua Batson, Loic A. Royer, ArXiv (June 2020).

[7]Shi X, Li Q, Dai Z, Tran AA, Feng S, Ramirez AD, Lin Z, Wang X, Chow TT, Chen J, Kumar D, McColloch AR, Reiter JF, Huang EJ, Seiple IB, Huang B. Label-retention expansion microscopy. J Cell Biol. 2021 Sep 6;220(9):e202105067. doi: 10.1083/jcb.202105067. Epub 2021 Jul 6. PMID: 34228783; PMCID: PMC8266563.

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来源于：Bio-protocol

超分辨率显微镜

标签保留扩展显微镜

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扩展显微镜（Expansion Microscopy, ExM）由Ed Boyden团队于2015年首次推出，通过将生物样品包埋到具有超强吸水膨胀能力的聚合物中，将样品均匀撑大，使得普通荧光显微镜也能实现超分辨成像。自发明以来，ExM已经用许多不同类型的生物样品进行了测试。然而使用ExM面临的主要挑战是聚合和消化过程中的荧光信号损失。最近开发的标签保留扩展显微镜(Label Retention Expansion Microscopy, LR-ExM)解决了三功能锚(trifunctional anchors)的问题。

本次研讨会我们很荣幸地邀请到加州大学旧金山分校的研究科学家、陈·扎克伯格生物中心研究员Xiang Zhao博士和陈·扎克伯格生物中心的Ahmet Can Solak工程师作为演讲嘉宾，加州大学欧文分校助理教授Xiaoyu Shi博士作为主持人和大家探讨使用Aydin软件进行去噪的标签保留扩展显微镜，会议主要围绕以下三个方面讨论。

  • 用标签保留扩展显微镜对细胞进行超分辨率成像

  • 使用Aydin去噪提高LR-ExM图像的质量

  • 介绍Aydin软件以用于处理大多数生物成像数据

届时有～30分钟的现场答疑环节 ，欢迎大家参与！

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[1]Zhao, X., Garcia, J.Q., Royer, L.A., and Guo, S. (2022) Colocalization Analysis for Cryosectioned and Immunostained Tissue Samples with or without Label Retention Expansion Microscopy (LR-ExM) by JACoP. Bio-protocol 12(5): e4336. PMCID: PMC8918214.

[2]Zhao X, Garcia JQ, Tong K, Chen X, Yang B, Li Q, Dai Z, Shi X, Seiple I Zhao, X., Garcia, J.Q., Royer, L.A., and Guo, S. (2022) Colocalization Analysis for Cryosectioned and Immunostained Tissue Samples with or without Label Retention Expansion Microscopy (LR-ExM) by JACoP. Bio-protocol 12(5): e4336. PMCID: PMC8918214.B, Huang B, Guo S. Polarized endosome dynamics engage cytoplasmic Par-3 that recruits dynein during asymmetric cell division. Sci Adv. 2021 Jun 11;7(24):eabg1244. doi: 10.1126/sciadv.abg1244. PMID: 34117063; PMCID: PMC8195473.

[3]Aydin: image denoising but chill. DOI 10.5281/zenodo.5654826.

[4]Ahmet Can Solat: DaXi—high-resolution, large imaging volume and multi-view single-objective light-sheet microscopy. Yang et al., Nature Methods, April 2022.

[5]Democratising deep learning for microscopy with ZeroCostDL4Mic}{ Chamier and Laine et al., Nature Communications (April 2021).

[6]Image deconvolution via noise-tolerant self-supervised inversion. Hirofumi Kobayashi, Ahmet Can Solak, Joshua Batson, Loic A. Royer, ArXiv (June 2020).

[7]Shi X, Li Q, Dai Z, Tran AA, Feng S, Ramirez AD, Lin Z, Wang X, Chow TT, Chen J, Kumar D, McColloch AR, Reiter JF, Huang EJ, Seiple IB, Huang B. Label-retention expansion microscopy. J Cell Biol. 2021 Sep 6;220(9):e202105067. doi: 10.1083/jcb.202105067. Epub 2021 Jul 6. PMID: 34228783; PMCID: PMC8266563.

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