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1.仪器介绍
Fragment AnalyzerTM全自动毛细管电泳系统是基于荧光检测技术和毛细管电泳技术发展而来的新型DNA/RNA片段分离仪器，它采用敏感的嵌入染料以及强大的LED光源，避免了传统方法中对荧光标记引物的依赖。
DNA/RNA片段的分离是通过对毛细管列阵里填充的可导电的分离胶施加高压电场，依据核酸片段长度不同在凝胶电泳中迁移速度不同的原理，来达到分离检测的目的。
TILLING（Targeting Induced Local Lesions In Genomes）,即定向诱导基因组局部突变技术，是一种高通量、低成本且全新的反向遗传学研究方法。TILLING技术借助高通量的检测手段，可快速有效从化学诱变剂处理的突变群体中进行点突变鉴定、突变体鉴定和突变表型鉴定以及SNP检测等。传统的未知突变检测是一个极具挑战且费时费力的过程。由美国AATI公司研发改进的TILLING流程省去荧光标记引物的使用和样品的清洗环节，大大缩短检测时间和人工操作步骤，使得突变检测更加快速、更加容易。
目前，Fragment AnalyzerTM全自动突变检测系统已成功应用于水稻、玉米、小麦、莴苣、西红柿、大豆的反向遗传学TILLING研究中。
2.Fragment AnalyzerTM系统Tilling分析优势
● 全自动 分离胶和样品自动上样，无需手动灌胶，避免交叉污染
● 高通量 可一次检测12或96个样品，最多为288个样品
● 高分辨 分辨率为2bp
● 高灵敏 检测最低浓度可达5pg/ul
● 运行快 15min内完成700bp片段分离
● 成本低 无需芯片，毛细管可反复利用
● 易操作 PROSize2.0软件直观显示分析结果
● 用途广 可分析片段范围为35-40000bp
● 更灵活 可提供12和96两种型号的毛细管列阵
3.Fragment AnalyzerTM在TILLING平台的应用
点突变鉴定；突变体鉴定；突变表型鉴定；突变特性研究
SNP检测和发掘；
自然资源评价；
作物品种改良；
创造突变资源；
功能基因组学研究
4.与传统DNA突变检测技术相比，Fragment AnalyzerTM优势
1)不需要标记的引物 2)省去脱盐清除步骤 4)可同时分析8个不同的DNA样本组成的DNA池 5)电泳时间短 |
AdvanCETM FS 96系统：3种不同浓度DNA样品突变位点检测结果
180ng/ul(红色)、90ng/ul（蓝色）、45ng/ul（绿色）均可检测到2个突变位点：215bp和417bp
DNA 2ul+2ul消化酶，酶切45min, 突变检测试剂盒AATI#DNF-480, 异源核酸：同源核酸为1：16（相当于8个二倍体个体混合）
AdvanCETM FS 96系统：无添加剂（红色）和有添加剂（蓝色）的相同DNA样品突变信号比较。异源核酸：同源核酸为1：16（相当于8个二倍体个体混合），LM: Lower Marker ; UM: Upper Marker
AdvanCETM FS 96系统：不同比例的异源核酸：同源核酸DNA样品突变检测结果。
结果显示，在1：24混合比例下系统仍有检测信号，保证了DNA样品检测的高通量。
AdvanCETM FS 96系统与突变检测试剂盒（AATI#DNF-480）结合应用实例
A:1492bp玉米（二倍体），1:3; 1:9; 1:17倍混合
B:1220bp水稻（二倍体），1:2; 1:16混合
C:西红柿（二倍体），水稻（二倍体），莴苣（二倍体），1：6倍混合
D:油菜（四倍体），1：4倍混合。
1194bp六倍体小麦的DNA 2倍池化，传统的板胶方法，得到2个预期的切割片段：397bp和786bp，Fragment Analyzer TM显示传统方法中未切开的DNA片段中还额外的切开片段，563bp和608bp。
筛查长为4291bp玉米样品的整个基因的自然突变。观察到一些切开的片段，显示这个片段有很多突变。
Fragment AnalyzerTM 12或96的技术参数
1.主要用途：
1.1 用于高通量动植物基因组核酸扩增产物微卫星片段大小分析，即SSR分析。
1.2 用于农业育种反向遗传学辐射或化学诱变突变体筛查，即Tilling分析。
1.3 用于常规DNA/RNA或扩增产物片段大小定性定量分析。
1.4 用于二代测序（NGS）过程中基因组DNA及文库的质控（定性定量）。
1.5 RNA定性定量分析。
1.6 质粒DNA分析、CAPS/RAPD/AFLP分析。
1.7 同时具备定性和定量的功能。
2.工作条件
2.1 环境温度: 15到25°C
2.2 电源：100-240 VAC, 50-60Hz
2.3 湿度：小于80%
3.技术指标
3.1 *自动进样系统标准要求：标准SBS格式96孔板装载样品，96个样品同时进样，同时检测。
3.2 *进样系统配置要求：3x 96样品进样托盘，可实现无人值守下288个样本连续进样定性分析或384个样本连续进样定量分析。
3.3 *毛细管电泳分离技术，96通道毛细管长度1375px或者2000px。片段大小分辨率2bp(小于300bp片段)
3.4 全自动仪器，每次标本分析都更换新的分离胶。
3.5 分析前全自动灌胶。
3.6 全自动进样。
3.7 全自动进Marker和Ladder。
3.8 分析结束后全自动清洗毛细管。
3.9 分析结束后全自动将毛细管置入毛细管保存液中。
3.10 标准分析时间：15分钟内完成96个样本的分析检测（小于3kbp样本）
3.11 *检出限：5 pg/μL，即2ul上述单组分标本稀释12倍后进样，可测出信噪比大于10：1的信号。
3.12 动态范围：从最小至最高优于3个数量级。
3.13 样品要求：PCR产物、基因组DNA、RNA等。样品无需纯化除盐等后处理，直接进样分析。
3.14 *可检测DNA范围：35～100000bp。最大可测到10万碱基对，可对gDNA基因组DNA进行质控检测。
3.15 *突变检测灵敏度：可检测1000bp大小的DNA片段中1个碱基突变的存在以及8个混合样本中1个突变样本的存在。
3.16 适用的试剂盒：基因组DNA，NGS，RNA及常规片段大小分离试剂盒。
3.17 片段大小计算精度：优于5%,
3.18 光源：长寿命LED光源（标准寿命超过10年）激发波长470nm。
3.19 *检测器：高灵敏度CCD检测器，检测样本的发射波长范围：500～600nm。
3.20 具备电压进样和真空进样2种进样方式。
3.21 可同时放入2种不同类型的分离胶，2种不同类型的应用可不需要人工干预连续进行，如可连续进行DNA和RNA定性定量分析。
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