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1、软件为中文版本，具有中文界面和操作提示，方便技术人员准确、快捷地对生物信息数据进行比较筛查、分析研究、监测溯源，同时具备中英文双语言切换功能。可构建基于项目导向的多用户关系型数据库，数据库支持文本、数字、日期等格式的字段存储；数据库管理员可针对字段进行权限设置，限制其它用户对数据库字段进行编辑更改；内置高级搜索引擎，可实现样本字段信息及实验数据的快速检索查询等；支持多类型实验数据存储的多数据库系统，支持数据库层级划分，可更直观的展示多样本重复实验；支持Excel、csv、txt、XML等多种数据格式的数据导入及导出。
2、指纹数据模块：可用于处理电泳数据（包括凝胶电泳和毛细管电泳）、色谱数据、光谱数据等，实现用户对可变数目串联重复序列（VNTR）、 多位点串联重复序列分析（MLVA）、 基于CECE的异源双链分析（HAD）、金黄色葡萄球菌A蛋白分型（spa-typing）、AFLP标记辅助育种（AFLP-based breeding）等实验进行数据存储与分析。
3、树状分析及网络推理模块： 能对关系数据库中的多种实验数据进行聚类分析。BioNumerics通过把关系数据库中的各种记录之间，各种实验之间，用多种有效的聚类算法实现多种聚类分析，包括皮尔逊积差相关性分析、余弦相关性分析、Dice、Nei、Li、Jaccard、Jeffrey X、Ochiai相关性分析；支持UPGMA、WPGMA、Furthest Neighbor、Nearest Neighbor、Ward、Centroid、Median等多种聚类分析算法。
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