真菌毒素，又称霉菌毒素，是指霉菌在其所污染食品中产生的有毒代谢产物，广泛污染农作物、食品及饲料等植物源性产品，一般会通过进食的方式进入人或动物体内，会引起人类和动物急性或慢性中毒，进而损害机体的肝脏、肾脏、神经组织等，对人类健康造成极大威胁。常见的真菌霉素有黄曲霉毒素、呕吐毒素、玉米赤霉烯酮、赭曲霉毒素、伏马菌素等。
目前，世界各国对粮食中各种毒素的限量和检测手段都趋于严格。2017年国家卫生和计划生育委员会发布了《食品安全国家标准食品中真菌毒素限量》标准，分别在谷物及其制品、水果及其制品、豆类及其制品、坚果及籽类、油脂及其制品、调味品、酒类、饮料类、特殊膳食用食品、乳及乳制品等10个领域作出限量要求。除了国家标准外，各行业也制定了相应的标准来用于市场监测管理，来确保食品安全。
一直以来，真菌毒素都是监控的重点项目，如何更快速的从各种检测目标物中检测出多种毒素，也是目前的重点需求。
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