刘晓蕙博士

p 　　清华大学代谢组学平台为国家蛋白质科学研究(北京)设施清华大学蛋白质研究技术中心下设平台之一。经过几年的发展，该平台拥有了完善的代谢产物及脂质物质的二级数据库及常见内源性代谢物的信息采集与数据分析方法，可以提供准确的代谢组学和代谢流分析服务。如今代谢组学领域的人提到清华大学代谢组学平台就像是找到了组织一样。 /p p 　　仪器信息网编辑近期采访了清华大学代谢组学平台主管刘晓蕙博士，刘晓蕙博士从代谢组学研究现状、代谢组平台建设情况、发展机遇与挑战等方面进行了详细的讲解。 /p p style=" text-align: center " img title=" 刘晓蕙老师0.jpg" src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201709/insimg/ad3dac0b-15d9-4275-aaec-cf6b762b4cb7.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong 清华大学代谢组学平台主管 刘晓蕙博士 /strong /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 20px " strong & nbsp & nbsp & nbsp 技术应用于实际，万变不离质谱 /strong /span /p p 　　刘晓蕙博士是一名年轻的80后，但是从事质谱研究却已经有14个年头了。不过期间她所研究的领域还是发生了很大变化。如，2003年博士就读于印第安纳大学，从事基于质谱的蛋白质组学方法开发研究 毕业以后，在布莱根医院/哈佛医学院进行博士后工作，主要从事质谱影像在临床中的应用工作 2013年回到清华大学，任蛋白质研究技术中心代谢组学平台主管，负责代谢组学平台的建立和发展。 /p p 　　对于三个研究方向的改变原因，刘晓蕙谈到，蛋白质组学、质谱成像、代谢组学学术上的关系是相辅相成的，方向变化是因为个人兴趣点的转移。“当时做了几年蛋白质组学方面的方法研究，觉得这些工作离实际应用较远。而我一直的想法是——希望做一些能真正帮助到别人的工作，同时质谱是不能抛掉的。” /p p 　　“博士毕业之际，听到布莱根医院/哈佛医学院招聘做‘质谱成像用于临床诊断’的博后，把质谱放在真正的临床当中、放在手术室里。当时冲着这个激动人心的项目就跑过去了。”刘晓蕙回忆到，“因为，大部分手术时用的影像还是术前的影像，在手术之中医生要凭着经验判断肿瘤组织是否切干净了。据统计这样做就算是乳腺癌这种成熟的手术至少有20%手术的肿瘤组织是没有切干净的。而质谱成像技术给出结果是非常快的，完全可以在手术进行时旁边放上一台，随时测试直到切干净为止，这样质谱发挥的作用就大了。” /p p 　　“后来，我意识到疾病诊断中小分子可能比蛋白质研究更有潜力，有些疾病在小分子上反应的更明显。因为小分子代谢物容易受到调控，而蛋白方面更多受基因影响，这个改变是很缓慢的。疾病状态、免疫系统变化等可能在小分子方面会更容易体现出来，还可以利用到我的质谱背景知识，发挥我的专长，同时还有家庭因素，所以就回到了清华大学。” /p p 　　谈到这些经历，刘晓蕙认为，“多积累不同背景的知识很有用，多接触不同知识背景的人也可以了解他们思考问题的方式。虽然我的研究方向发生了一定的变化，但不变的是一直在从事质谱方面的研究，也就是说最根本的东西从来没有变过。” /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 20px " strong & nbsp & nbsp & nbsp span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 目标：建立高通量的、结果可靠的代谢组学分析方法 /span /strong /span /p p 　　2013年刘晓蕙回国进入清华大学负责代谢组学平台的建设和运营，而平台主要做方法开发的工作。鉴于现在代谢组学整体发展程度还不够，平台进行方法开发时遇到了低覆盖率、数据库不完善等问题。为了解决以上问题，刘晓蕙带领团队从硬件、软件方面，在平台仪器配置、方法开发、数据库建设方面开展了一系列工作。 /p p 　　“工欲善其事必先利其器”，刘晓蕙的代谢组学平台是一个小而精的平台，只有四台仪器四个人。四台仪器都是质谱，包括高分辨的Orbitrap和高灵敏度的三重四极杆质谱。“因为之前做蛋白质组学时体会到了Orbitrap的优势，所以这次自然也选择了Orbitrap。在用Orbitrap采集数据的时候，用FS-ddMS2办法能够同时得到一此和二级信息，而且，Orbitrap只采一级的话也可以正负切换，通量提高了两倍。另外，三重四极杆的特性是灵敏度高，有些代谢产物做筛选的时候色谱条件不合适或者灵敏度达不到，这种情况下会用三重四极杆质谱方法做补充性的工作，结合起来可以达到准确分析的目的。 /p p 　　“现在代谢组学的方法还不是很成熟、不够完善，所以我们现在想建立的是高通量的、结果可靠的代谢组学分析方法，并且从数据采集到数据分析的整个流程实现自动化。”刘晓蕙说到。“为了实现代谢组学的高通量分析，数据库是非常关键的。目前，代谢组学研究的大部分人使用的还是线上的公共数据库，公共数据库不好的一点是不适合高通量分析。因为公共数据库鉴定100个样品的时候检索速度就会非常慢。所以，高通量分析的话最好使用本地数据库。我们自建的本地数据库即使搜索500个以上数据，使用普通电脑也没有问题。” /p p 　　另外，鉴于代谢物覆盖率低的问题，目前刘晓蕙的团队正在把不同小分子的检测方法补充进来，通过多种方法结合的方式提高代谢物的检测覆盖率。 /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) font-size: 20px " strong & nbsp & nbsp & nbsp span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 代谢流、代谢表型研究兴起，代谢组学研究有待突破 /span /strong /span /p p 　　代谢组学是近些年广受关注的热点，不过，刘晓蕙认为，代谢组学要实现真正的突破还需要时间。目前，无论国内还是国外，其实都没有出现突破性成果。如，很多人想从药物靶点方面着手通过代谢去治疗癌症，但是并没有取得很明确的效果。 /p p 　　“现在国内欠缺的是代谢流方面的研究。”据刘晓蕙介绍，“代谢流主要是做机理分析，对于机理诠释方面是非常重要的。代谢通路监测方面，单纯监测代谢产物变化有时无法反应整条通路的变化。代谢通路属于网络调控，特异性较小。比如说，一个代谢产物发生变化是一个综合结果，可能有十几条代谢通路产生或消耗。再比如，针对某种病变，我们敲除一个调控蛋白，然后监测到某个代谢产物发生了变化。但是我们不知道它是从哪个通路来的，因为它反映的是重新调控后的稳态。所以，如果要监测它来源于哪条通路就需要做代谢流分析了。代谢流分析对于机理方面的诠释非常明确。” /p p 　　“质谱不能说是做代谢流分析的唯一的手段，但是却可以肯定的说质谱是代谢流分析的最好手段。现在有人在尝试用NMR去做代谢流分析，但是总体来讲，质谱因为较高的灵敏度或对复杂组分解析程度成为代谢流分析的主要技术。”刘晓蕙说到，“代谢流研究在代谢方面占的比重会越来越大，尤其是在生物学和免疫研究方面，大家会越来越多用代谢流去追踪特定的代谢通路。” /p p 　　刘晓蕙还指出，除了代谢流之外，代谢组学领域另一个研究热点是代谢表型研究，即通过代谢产物或者轮廓表征疾病的状态。现在很多人在做临床诊断生物标志物方面的工作，通过代谢物检测做一些临床疾病的早期诊断，包括对阿尔兹海默病、心血管疾病的早期诊断等。另外，质谱影像也是通过代谢物去表征疾病的状态，主要是通过组织样本的代谢轮廓去判断这个组织是正常组织还是癌症组织。 /p p style=" text-align: right " 　　采访编辑：仝令坤 刘丰秋 /p p 　 strong 　后记 /strong /p p 　　关于质谱技术与代谢组学的关系，刘晓蕙认为不是代谢组学给质谱带来机遇，而是质谱技术的进步带给代谢组学以发展机遇。因为一般情况是技术发展推动学科发展，代谢组学发展很大程度上要依赖质谱等技术的发展。所以，采访中刘晓蕙特别提到，像赛默飞等仪器公司与科研单位以及高校的合作应该长期化、内容不断深入，达到双赢的目的。 /p p 　　 strong 简历 /strong /p p 　　刘晓蕙，女，博士，清华大学生命科学院助理研究员、清华大学蛋白质研究技术中心代谢组学平台主管。2003年本科毕业于中国科学技术大学，2011年毕业于印第安纳大学并取得博士学位，2011-2013年在哈佛医学院/布莱根医院任博士后。2013年6月起受聘于清华大学生命科学院。研究内容主要应用质谱技术为基础研究脂质组学与代谢组学。 /p p & nbsp /p

导师介绍：刘晓，研究员，清华大学深圳国际研究生院副教授，博士生导师。本科毕业于南京大学，在哥本哈根大学生物系获得博士学位。2020年加入清华大学深圳国际研究生院。在基因组学、分子免疫学领域有10多年研究经历，期间领导和参与多项国际重大项目合作，包括千人基因组计划, 国际肿瘤基因组协作ICGC, 亚洲癌症研究联盟ACRG，泛免疫组计划等。在Science、Nature、Cell 等国际学术期刊发表SCI收录科研论文70余篇，其中第一/共同第一和通讯作者论文30多篇发表在Nature Genetics、Nature Communications、Annals of Rheumatic diseases 等，论文总引用超过23000次, H指数36 （Google学术）。担任包括Nature Communications, Cell Research 等十多种SCI期刊审稿人，授权国内外专利20余项。主持和参与多项科技部和地方科研项目。获深圳市地方级领军人才和海外高层次人才B类，现为国家科技部在库专家和卫计委评审专家。课题组现在经费充裕，研究方向前景广阔，诚邀海内外优秀学生加盟。 研究方向：1、免疫微环境的单细胞和多组学研究；2、功能免疫组学的新技术和方法，及其在肿瘤、感染、自身免疫病等重大疾病的筛查、诊断、预后监控及治疗等方向应用。招聘岗位1：博士后（生物信息学方向）申请条件：1、在国内外已获得或即将获得生物学、生物信息学、计算机等相关专业博士学位；2、对科研有浓厚兴趣，具备在导师指导下独立开展科研的能力，以第一作者身份发表过高水平SCI论文，有NGS数据分析的科研经历，有良好的数理统计分析能力，和良好的英文文献阅读和写作能力；3、 具备良好的沟通和团队合作能力，正直、乐观、上进。招聘岗位2：博士后（免疫学方向）申请条件：1、在国内外已经获得或即将获得免疫学相关专业博士学位；2、具备扎实的细胞生物学、分子生物学和免疫学专业知识，熟练掌握分子生物学实验、细胞培养、流式细胞技术，有T细胞和小鼠模式动物科研经历者优先；3、对科研有浓厚兴趣，具备在导师指导下独立开展科研的能力，以第一作者身份发表过高水平SCI论文，有良好的英文文献阅读和写作能力；4、 具备良好的沟通和团队合作能力，正直、乐观、上进。科研条件和待遇：1、学校将为博士后提供具竞争力的薪酬待遇，根据个人和学术情况，综合年薪33-40万元（含深圳市补贴）；2、 学校为博士后提供开放包容的学术氛围、良好的办公环境，实验设备和科研环境支持，包括科研资助2万元。实验室支持博士后作为负责人申请各类基金，包括博士后科学基金，自然科学基金等；3、支持符合条件的同学申请深圳市高层次人才补贴，补贴金额160-300万不等；4、博士后如认定为深圳市高层次人才，可申请深圳市及南山区学术研修津贴，支持博后国际国内学术交流活动；5、协助出站留深从事科研工作的博士后申请三年共计30万元的科研资助，符合条件者可认定为深圳市高层次人才；6、学校统一缴纳五险一金，博士后本人及其配偶可落户深圳。7、导师将竭尽所能为博士后就业提供帮助，无论您想追求学术还是工业界工作。应聘方式：有意向申请者请将以下材料发送至liuxiao@sz.tsinghua.edu.cn1）个人简历；2）学术成果3）3位推荐人的姓名单位和联系方式 招聘岗位3：科研助理申请条件：1、已获得或即将获得生物学、医学、数学、物理学、化学等相关专业硕士学位；2、对系统免疫学、转化医学等学术方向有兴趣，对科研相关活动有热情，工作细致努力，具备不错的沟通和团队合作能力；3、具备不错的科技文书写作能力，发表过SCI论文者优先。 条件和待遇：1、薪资和补助面议；2、实验室提供宽松的氛围，提供科研条件支持其进行科研工作，优秀者推荐攻读博士学位；3、科研奖励，寒暑假带薪假期。 应聘方式：请将简历发送至liuxiao@sz.tsinghua.edu.cn

2010年6月2日，中国海军政委刘晓江中将率领海军师以上党委书记集训班成员，在江苏省委书记梁保华、省长罗志军及昆山市领导的陪同下，参观考察了位于昆山清华科技园的天瑞仪器研究院。 　　董事长刘召贵博士热情地接待了各位领导，并介绍了天瑞仪器产品在生产、生活以及国防等各个领域的广泛应用。　　 董事长刘博士向海军领导和江苏省领导一行介绍公司情况 　　海军及省领导一行在刘博士的带领下参观了天瑞仪器产品和荣誉展示厅，刘博士重点介绍了公司EDX3200S、GC5400 、EDX3600、EDX Pocket-III等产品在石油化工、矿产、冶金等国防重要行业的应用。 　　技术人员现场为前来考察的领导演示了仪器的操作，仅仅只用了十秒钟，“17.5%含量的铜矿石”的检测结果就展现在了各位领导面前，刘晓江中将对天瑞仪器产品在各专业领域内的运用表示了充分肯定。　　 　　刘博士向刘晓江中将、梁保华书记、罗志军省长介绍讲解天瑞仪器产品　　 刘博士与海军领导、江苏省领导一行合影 　　了解天瑞仪器：www.skyray-instrument.com