阅读器

从小到大，我感性思维多一些，不善于读书。85至89年在清华生物系读本科期间，从未读过任何一种英文专业期刊。我受到的与英文阅读相关的训练一共只有两个。一是我在1986年暑假期间选修的时任系主任的蒲慕明老师开设的《生物英语》系列讲座，隐隐约约记得蒲先生让我们阅读一些诸如DNA双螺旋发现之类的科普性英文文章，很有意思。但时间较短，暑假过后也没有养成读英文文章的习惯。二是《生物化学》这门课。与现在的清华生命学院形成鲜明对比，我上大学期间的所有基础课和专业课都是采用中文教材、中文讲课，只有郑昌学老师讲授的《生物化学》采用了Lehninger的《Principles of Biochemistry》，而且郑老师要求我们每个学生每次课后阅读10-20页教材。我们同学大多感觉到专业英文阅读有所提高。 　　1990年4月至7月初，我在依阿华州Ames小镇的Iowa State University度过了初到美国的前三个月，其中大部分时间在Herbert Fromm教授的实验室做轮转(rotation)，跟随刘峰和董群夫妻两人做研究(刘峰现在University of Texas Health Science Center做教授)。当时感觉最困难的就是读专业论文。有一次，Fromm教授要求我在组会上讲解一篇《Journal of Biological Chemistry》的文章，我提前两天开始阅读，第一遍花了足足六个小时，许多生词只能依靠英汉词典，文章中的有些关键内容还没有完全读懂，当时的感觉是JBC的文章怎么这么长、这么难懂?!真有点苦不堪言。为了能给Fromm教授和师兄师姐留下好印象，第二天又花了好几个小时读第二遍，还做了总结。第三天我在组会上的表现总算没有给清华丢脸。但是，前前后后，真搞不清楚自己为了这一篇文章到底花了多少时间! 　　90年7月我转学到约翰霍普金斯大学以后，与本科来自北大的虞一华同在IPMB program。虞一华大我一岁，来巴尔地摩之前已经在夏威夷大学读了一年的研究生，对于科研论文的阅读比我强多了。他常常在IPMB的办公室里拿着《科学》和《自然》周刊津津有味地阅读，看得我很眼馋，也不理解其中那些枯燥的文章有什么意思。他告诉我：他在读很有意思的科学新闻。科学新闻能有什么意思?虞一华给我讲了好几个故事：洛克菲勒大学校长诺贝尔奖得主David Baltimore如何深陷泥潭、人类基因组测序如何争辩激烈、HIV病毒究竟是谁发现的，等等。我还真没有想到学术期刊上会有这么多我也应该看得懂的内容!从那时起，每一期新的《科学》和《自然》一到，我也开始尝试着阅读里面的新闻和研究进展介绍，这些内容往往出现在&ldquo News & Comment&rdquo &ldquo Research News&rdquo &ldquo News & Views&rdquo &ldquo Perspectives&rdquo 等栏目，文笔平实，相对于专业的科研论文很容易读懂。有时，我还把读到的科研新闻讲给我的同事朋友们听，而同事的提问和互动对我又是更好的鼓励。除了《科学》和《自然》，我也常常翻看《科学美国人》(&ldquo Scientific American&rdquo )。 　　与《细胞》(Cell)、《生物化学期刊》(JBC)等非常专业的期刊不同，《科学》和《自然》里面有相当一部分内容是用来做科普教育的。《科学》周刊的&ldquo Perspectives&rdquo 和《自然》周刊的&ldquo News & Views&rdquo 栏目都是对重要科学论文的深入浅出的介绍，一般1-3页，读起来比较通俗易懂，较易入门。读完这些文章后，再读原始的科学论文，感觉好多了!而且可以把自己的体会与专家的分析比较一下，找找差距，有时甚至也能找回来一点自信! 　　从1998年在普林斯顿大学任职到现在清华大学做教授，我总是告诉自己实验室的所有年轻人(包括本科生、硕士生、博士生、博士后)下面这几点读科研论文的体会，也希望我的学生跟我学： 　　1.请每位学生每周关注《科学》和《自然》。(生命科学界的学生还应该留心《细胞》)。如果时间有限，每周花一个小时读读这两种周刊里的文章标题以及与自己研究领域相关的科研论文的abstract,即可!这样做可以保证一个学生基本上能够跟踪本领域最重要的发现和进展，同时开阔视野，大概知道其它领域的动态。 　　2.在时间充足的情况下，可以细读《科学》和《自然》里的新闻及科研论文。如果该科研论文有&ldquo News & Views&rdquo 或&ldquo Perspectives&rdquo 来介绍，请先读这些文章，这类导读的文章会提炼问题，就好比是老师事先给学生讲解一番论文的来龙去脉，对学生阅读原始论文有很大帮助。 　　3.在读具体的科研论文时，最重要的是了解文章的主线逻辑。文章中的所有Figures都是按照这个主线逻辑展开描述的。所以，我一般先读&ldquo introduction&rdquo 部分，然后很快地看一遍Figures。大概知道这条主线之后，才一字一句地去读&ldquo results&rdquo 和&ldquo discussion&rdquo 。 　　4.当遇到一些实验或结果分析很晦涩难懂时，不必花太多时间深究，而力求一气把文章读完。也许你的问题在后面的内容中自然就有解答。这与听学术讲座非常相似!你如果想每个细节都听懂，留心每一个技术细节，那你听学术讲座不仅会很累，而且也许会为了深究一个小技术环节而影响了对整个讲座逻辑推理及核心结论的理解。 　　5.对个别重要的文章和自己领域内的科研论文，应该精读。对与自己课题相关的每一篇论文则必须字斟句酌地读。这些论文，不仅要完全读懂，理解每一个实验的细节、分析、结论，还必须联想到这些实验和结论对自己的课题的影响和启发，提出自己的观点。 　　6.科学论文的阅读水平是循序渐进的。每个人开始都会很吃力，所以你有这种感觉不要气馁。坚持很重要，你一定会渐入佳境。当你有问题时或有绝妙分析时，应该与师兄师姐或找导师讨论。 　　7.科研训练的一个重要组成部分就是科研论文的阅读。每一个博士生必须经过严格的科研论文阅读的训练。除了你自己的习惯性阅读外，你应该在研究生阶段选修以阅读分析专业文献为主的一至两门课，在实验室内也要有定期的科研论文讨论(Journal Club)。如果你的实验室还没有这种讨论，你们学生可以自发地组织起来。 　　8.前面几条都是讨论如何提高科研论文的阅读能力，但是一旦入了门，就要学会critical reading。不要迷信已发表的论文，哪怕是发表在非常好的期刊上。要时刻提醒自己：该论文逻辑是否严谨，数据是否可靠，实验证据是否支持结论，你是否能想出更好的实验，你是否可以在此论文的基础上提出新的重要问题?等等。 　　天外有天，读科研论文是一件很简单、但也很深奥的事情。一般的学生常常满足于读懂、读透一篇好的论文，优秀的学生则会举一反三、通过查找references纵深了解整个领域的历史、现状，并展望该领域未来的可能进展。 　　我从1990年对学术论文一窍不通到96年博士后期间的得心应手，还常常帮助同事分析，自以为水平了得。但是有一件事让我看到了自己的严重不足，颇为羞愧。 　　1996年，是SMAD蛋白发现及TGF-b信号转导研究的最激动人心的一年，哈佛医学院的Whitman实验室在十月份的《自然》杂志上以&ldquo Article&rdquo 的形式发表了一篇名为&ldquo A transcriptional partner for MAD proteins in TGF-b signaling&rdquo 的文章。读完之后，正好遇到TGF-b领域的著名学者Joan Massague,我对Joan评论说：I&rsquo m not so sure why this paper deserves a full article in Nature. They just identified another Smad-interacting protein, and the data quality is mediocre. 完全出乎我的意料，Joan马上回应我：I disagree! This paper links the cytoplasmic Smad protein into the nucleus and identifies a transcription factor as its interacting protein. Now the TGF-b signaling pathway is complete. It is a beautiful Nature article! 这件事对我触动极大：原来大师的视野和品位远远在我之上。从那以后，我也开始从整个领域的发展方面来权衡一篇文章的重要性，这件事对我今后为国际重要学术期刊审稿、自己实验室选择研究课题都起到了相当重要的作用。 　　如今，我阅读一篇本领域内的科研论文，非常顺利，而且常常可以看出一些作者没有想到或分析到的关键点。回想从前，感慨万千，感谢蒲慕明、郑昌学、虞一华、John Desjarlais、Jeremy Berg、Joan Massague等一批老师和同事对我的帮助。我很留心，也很用心。 　　希望所有的学生也能通过努力和坚持对英文科研论文的阅读得心应手!

Science杂志的专栏作家Adam Ruben最近发表了一篇文章，对阅读文献的技巧谈了谈自己的看法。简要叙述如下。 “从来没有什么事像读文献一样，让你觉得自己蠢到家了。 我记得我第一次读这类超级晦涩难懂的文章时是在读大学时期，当时我们被要求每周必须通读并讨论一篇新发表的文章，但我的确读不下来。 于是，我每周都坐在桌子上，两眼盯着文章中的每一句话看来看去，半天以后我才发现我一点知识都没学到。等到每次上课时，我脑子里只有一点是清楚的：我读过这篇文章。然而，当老师就文章的内容提出一个问题时，我都不知道她在问什么。没办法，她又换了一个更为简单的问题，可我还是不知道她在问什么。特么的我真读过啊！这种经历就像在幼儿园的时候：当我刚读完一本超过我年级的读物时我会感到十分骄傲，但如果你问我书中的任何内容，我却答不上来。在参加了几次课后，我决定不能这样下去了：在我没有读懂一篇文章的时候，绝不去读下一篇。然后，我拿着当周的文献去到图书馆。注意，不是普通的图书馆，而是一个灰暗的小型生物学图书馆，里面充斥着世界上最奇怪的生物：虫子和博士后。我将文献放在一张大大的、空空的桌子上准备开始撸。为了避免干扰我当时也是绝了：1、避免同学朋友叫我喝酒，我故意选了幽暗的，人流少的前厅；2、避免电话骚扰，我看了一下，哦，1999年，没有电话呢还。最重要的，如果我有一句话里一个字看不懂，那就不能往下一句去。除非通过查字典找到这个字的意思，然后保证整句话理解通透了。记忆犹新的是一个叫“exogenous”的字，这个字我之前不认得，但过去经常会略过去，然而这是错误的做法。整篇文章（一共三页）通读下来，花了我两个多小时，但这次，我保证我理解了。然后我想到：“喔，我拿下了，拿下了！”忽然又想到：“特么的，我还要再来一次？” 以上是我的个人经历，如果你刚开始学术生涯，那么也许你会面临相同的困境。我将列举你在读文章时会经历的十个不同阶段，这会帮助你更好的去认识自己。1. 乐观。“这能有多难，”你轻轻地给自己一个自信的微笑，“一天喝八杯咖啡都没事”，“有一大堆的终身教职等着我呢”。毕竟自己已经读了几十年的文字了，文献有怎么样，不就是字么？（真的吗，傻乎乎地）2．害怕。这时候你会有这样的感觉：“噢，这些才不是文字呢，简直了”，然后你会慢下来，开始分析音节，研究术语的语法，查阅缩略语，一遍遍地重复。恭喜你：题目终于看完了！3．后悔。你开始认识到这工作也许要花费比想象中多得多的时间。为什么？你难道以为坐公交就能顺便读篇文章吗？这时候你会感觉时间真的不够用。然后就是开始妄想，你会妄想自己生活在60年代，办公室中有一堆蜂鸣器，然后随便一按，“Phoebe，取消我一月的计划”。你会妄想是不是这篇文章有更精简的版本，比如250字以内的？4. 投机取巧。为什么？这是什么？摘要吗？杂志的编辑们肯定知道没有文章是理解不了的，干脆找他们要摘要得了。“我想要一个短一点的版本”。好吧，就这么干。5. 困惑。什么玩意儿啊，这篇文章的摘要到底想说什么？为什么40个字的句子会这么长？为什么会有这么多的缩略语？为什么作者要用“Characterize”这个字五次这么多？6.分心。…有没有给鸭子用的智能手机呢，如果有的话，应该怎么工作呢？这种设备能拿来干什么？…Paul Simon的那首歌中的歌词“You can call me AI”到底是什么意思？…如果拥有一个面包机人生是不是会变得不一样？那首先是不是需要买酵母，酵母贵吗？没几天就能自己给自己做面包吃，味道跟买来的肯定不一样。…Paul Simon还活着吗？最好查查维基百科，有时候会把他跟Paul McCartney 或者Paul Shaffer搞混了…7. 意识到时间已经过了15分钟，而你却还停在上一句中。8. 下决心。好啦好啦，这次要来真的了。真的真的要读了，好的，深呼吸。现在最主要的事情就是读文章…纸上的墨点点，一个，两个，三个…9.发狂。这特么是个人写出来的句子吗？谁能读懂！！！10. 对人文学科的发展历程陷入了沉思。学术类文章如果写在非学术期刊上是不是会好懂一点？ 科学类文章是很奇怪的东西。我们为了写这么一篇要花几个月甚至长达数年的时间。我们用晦涩难懂的语言去描述，甚至别的同行都不一定会懂。我们把它放在付费网站中，需要花34.95$可能才能买到。我们自己不一定能搞定，因此我们需要召开“journal club”去完全理解一篇文章。 你能想象如果主流期刊中的文章都像科学类文章会怎样吗？考虑一下，《时代周刊》的封面文章突然出现了48个作者。或者在《经济学人》杂志的一个小方块的文章也需要作者对其写进去的每一个东西做详细的描述，比如公司的地址，生产商信息等等。 你们明白吗，科学类文章富集了人类智慧，需要利用高度集中的精神来理解其中的奥义，而你仅仅觉得它写的不好。对于刚刚入门的孩子们，欢迎你们。但抱歉的是，即使我们非常希望写的通俗易懂，然而有时候由于学科专业过于深入，我们需要大量的专业术语。打个不恰当的比方，即使是黑莓手机，如果是鸭子的话，也用不惯的。”

p 　　 strong 仪器信息网讯 /strong 2019年10月23日-26日，两年一度的北京分析测试学术报告会暨展览会(BCEIA2019)在北京国家会议中心隆重召开。北京东西分析仪器有限公司(简称：东西分析)携众多产品盛装亮相，并带来了最新推出的医用Ebio Reader sup TM /sup 3700型全自动生物信息智能阅读仪。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201911/uepic/3ecd5878-de52-4cf6-8bf4-6b22685541f5.jpg" title=" f16687ae-5bc2-4860-85ed-9ee93bcceb61_副本.jpg" alt=" f16687ae-5bc2-4860-85ed-9ee93bcceb61_副本.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong BCEIA2019东西分析展台 /strong /p p 　　Ebio Reader sup TM /sup 3700 全自动生物信息智能阅读仪是东西分析新开发的一款以MALDI-TOF为平台的多功能生物信息阅读仪。它采用了低噪音隔膜泵、特殊材料飞行管、长寿命N2激光器等关键部件，具备无油气体排放、自带多种FPGA功能的数据采集卡、可对谱图进行预处理等特点，既可以用于临床医学检测，也可以用于非临床领域诸如食品安全、非法添加、疾控、工业微生物等的检测。作为一款多用途多功能的生物检测平台，Ebio Reader sup TM /sup 3700 还开发了全新的应用领域，可利用MALDI-TOF质谱法体外定量测定血管性血友病因子裂解酶(ADAMTS13/vWF-cp)的活性。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201911/uepic/780b4b71-5c44-47df-80a2-211bfd0aac3f.jpg" title=" fcaf616d-f6f6-43fc-b8f4-a041a4f9f298.jpg!w300x300.jpg" alt=" fcaf616d-f6f6-43fc-b8f4-a041a4f9f298.jpg!w300x300.jpg" / /p p style=" text-align: center " strong Ebio Reader sup TM /sup 3700 全自动生物信息智能阅读仪 /strong /p p 　　东西分析总经理李晓鸥在接受仪器信息网采访时谈到，生命科学将是分析仪器未来重要增长市场，东西分析为此特别推出Ebio Reader sup TM /sup 3700型全自动生物信息智能阅读仪，针对疾病筛查、分析诊断等领域已开发特定解决方案，相应的发明专利、医疗器械许可申请工作也陆续开展中。作为东西分析在生命科学领域的一次关键探索，Ebio Reader sup TM /sup 3700被寄予厚望。 /p