二苄基硫醚

p style=" text-align: justify text-indent: 2em " Emmanuelle Charpentier和Jennifer A. Doudna共同获得2020年诺贝尔化学奖，以表彰他们“ span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong for the development of a method for genome editing. /strong /span ”（开发出一种基因组编辑方法）。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 关于将化学颁发给研究生物技术的科学家，有些人可能会感到奇怪。笔者开始也是这样认为，经过查阅资料发现诺贝尔奖没有设立“基础医学或者生物学奖”，所以可能就将化学奖给了研究“基因编辑”技术的二位美女科学家。 /p h4 style=" text-align: center text-indent: 0em margin-top: 15px " span style=" color: rgb(0, 0, 0) " strong CRISPR/cas 9的“基因编辑”步骤 /strong /span /h4 p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 518px height: 289px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/d4913037-a55d-4d1e-bbfc-f4bd5ae79fa7.jpg" title=" 文章首页截图.png" alt=" 文章首页截图.png" width=" 518" height=" 289" / /p p style=" text-align: center " span style=" color: rgb(89, 89, 89) " strong span style=" font-size: 14px " 图片中的文章就是获奖者当时在Nature的文章 /span /strong /span br/ /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Bacterial strains /strong /span /p p 准备菌株 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 文中使用了 span style=" color: rgb(0, 176, 80) " strong SLT Spectra Reader /strong /span 的酶标仪，在620 nm的条件下检查培养物生长的状态。 br/ /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Bacterial transformation /strong /span /p p 细菌转化 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 这一步用到了 a href=" https://www.instrument.com.cn/zc/128.html" target=" _blank" textvalue=" 基因导入仪（细胞融合仪）" style=" color: rgb(0, 176, 80) text-decoration: underline " strong span style=" color: rgb(0, 176, 80) " 基因导入仪（细胞融合仪） /span /strong /a ，广泛应用于各种动物、植物细胞和微生物的 strong 电穿孔 /strong ，也可作细胞 strong 杂交、融合、基因导入 /strong 的研究。为了提高基因受体细胞导入率及存活率，在真核细胞(如小鼠细胞和人类细胞等哺乳动物)导入基因时，须加入特殊的电缓冲液，在做大肠杆菌等原核细胞和酵母时可以不用以上特殊缓冲液。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong DNA manipulations /strong /span /p p DNA处理 /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " span style=" color: rgb(227, 108, 9) " DNA操作包括： /span DNA制备（DNA preparation）、扩增（amplification）、酶切（digestion）、连接（ligation）、纯化（purification）、琼脂糖凝胶电泳（agarose gel electrophoresis）和Southern blot分析。 /p p style=" text-align: center margin-top: 10px " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 504px height: 232px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/8969b3c9-8b14-44c3-8065-a38f5292131f.jpg" title=" 引物设计平台.png" alt=" 引物设计平台.png" width=" 504" height=" 232" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 质粒中插入定点突变试剂盒：QuickChangeR II XL kit ( strong span style=" color: rgb(0, 176, 80) " Stratagene /span /strong ). br/ /p p style=" text-align: center margin-top: 10px " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 484px height: 78px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/d8399632-5b60-470b-994e-3a7c2de4ba56.jpg" title=" vwr.png" alt=" vwr.png" width=" 484" height=" 78" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 质粒制备和DNA纯化：Kits ( strong span style=" color: rgb(0, 176, 80) " Peqlab /span /strong Biotechnology GmbH and strong span style=" color: rgb(0, 176, 80) " Qiagen /span /strong ) /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong In-frame gene deletion in i S. pyogenes /i /strong /span /p p 化脓性链球菌的框内基因缺失 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Construction of plasmids for complementation studies in i S. pyogenes /i /strong /span /p p 化脓性链球菌互补研究质粒的构建 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Construction of plasmids for transformation studies in i S. pyogenes /i /strong /span /p p 化脓性链球菌转化研究质粒的构建 /p p 以上2步使用 br/ /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong RNA preparation /strong /span /p p RNA制备 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 468px height: 178px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/c06e787e-926d-40bd-8cfc-840a27ce778e.jpg" title=" TRIzol试剂.png" alt=" TRIzol试剂.png" width=" 468" height=" 178" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " TRI试剂是由Chomczynski开发，是一步法提取分离总RNA的试剂。该试剂RNA分离方法已被广泛应用，是一种对人、动物、植物、酵母、细菌和病毒来源样本进行总RNA或RNA、DNA和蛋白同时分离的一种理想的快速、经济和高效的方法。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong cDNA library for differential RNA sequencing (dRNA-seq) and 454 pyrosequencing /strong /span br/ cDNA文库的差异RNA测序(dRNA-seq)和454焦磷酸测序 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/212f3cc4-aa94-412f-bd8e-a2c4e7328d2c.jpg" title=" 454.png" alt=" 454.png" / /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " GS FLX系统概括：“一个片段 = 一个磁珠 = 一条读长”。 /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " 具体步骤：1）样品输入并片段化；2）文库制备；3）一个DNA片段=一个磁珠；4）乳液PCR扩增。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Northern blot analysis /strong /span /p p Northern印迹分析 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/71aea3f4-4462-441f-8f3b-b99c5830b5b5.jpg" title=" GE.png" alt=" GE.png" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " northern研究的是RNA，southern研究的是DNA，western研究的是蛋白。电泳之后将样品转移到Hybond-N+ or Hybond-XL membranes（两种膜上）。用人工合成的核酸作为探针，检测样品里目的核酸或者目的蛋白的有无和多少。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong RNA metabolic stability analysis /strong /span /p p RNA代谢稳定性分析 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong RT-PCR analysis /strong /span /p p 逆转录聚合酶链反应分析 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 479px height: 242px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/9b6e0d5b-e684-47c3-99d3-ee35b8fd3a41.jpg" title=" QIAGEN.png" alt=" QIAGEN.png" width=" 479" height=" 242" / /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " QIAGEN一步RT-PCR试剂盒提供了Sensiscript和Omniscript逆转录酶、HotStarTaq DNA聚合酶、QIAGEN一步RT-PCR缓冲液、dNTP混合物和Q-Solution（一种新型添加剂，可有效扩增“困难”模板）。单管设置和优化的组件可以获得高灵敏度和成功的结果。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong RNA mapping /strong /span /p p RNA作图 /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " Mapping可以把原始的fastq格式的数据mapping到参考基因组上，从而获得此reads的位置信息。其中mapping quality代表了reads所mapping的位置是否可信。如果一条reads可以mapping到多个位置，那么就会有比较低的mapping quality。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " Mapping会用到多种软件，是一种生物信息学的方法。 br/ /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 407px height: 447px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/noimg/bc15b0a1-9d73-48a4-bc1e-d0e2658ca4b7.gif" title=" RNA mappingN.gif" alt=" RNA mappingN.gif" width=" 407" height=" 447" / /p p style=" text-align: center margin-top: 5px " span style=" color: rgb(89, 89, 89) font-size: 14px " strong miRNA 测序技术的mapping结果的可视 /strong /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em margin-top: 10px " 基因组mapping有以下误差来源： /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " 准确度：基因组很大，并且有重复。如果比对错误，则会造成假阳性的误差。敏感性：有variation的序列和参考基因组是不一样的。如果可以高效的把这些序列mapping到参考基因组上，并且每个个体是和参考基因组有差异的，那么实验结果就是比较理想的。速度：二代测序会产生非常多的数据，需要这些序列快速的比对到参考基因组上。 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong i In vitro /i transcription, purification and 5′ end labeling of RNA /strong /span /p p 体外RNA的转录、纯化和5& #39 端标记 /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong i In vitro /i RNA structure mapping and footprinting /strong /span /p p 体外RNA结构定位和足迹 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 使用了 strong 荧光及磷光分析仪 /strong （文中提到的型号为，FLA-3000 Series, Fuji富士）。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 该仪器的原理：用磷光屏代替X胶片成像的一种自显影仪器。由镧系元素掺杂的特殊晶体制成的磷光屏及信号读出设备组成。样品发射的射线在磷光屏中形成潜影，照射结束后用激光扫描磷光屏，读出其中的潜影信号并转化为数字信号储存。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 374px height: 427px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/e92906db-8d4a-4882-b93d-ac0d2c24d631.jpg" title=" FUJI-3000.png" alt=" FUJI-3000.png" width=" 374" height=" 427" / /p p style=" text-align: center " span style=" font-size: 14px color: rgb(89, 89, 89) " strong 图片中的注释提到了利用荧光成像仪和图像测量软件测定各泳道二聚体带中RNA的比例。 /strong /span /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Computational analysis of DNA and protein sequences /strong /span /p p DNA和蛋白质序列的计算分析 /p p style=" text-indent: 2em text-align: justify " 文中的计算分析软件： br/ /p table style=" border-collapse:collapse " width=" 648" tbody tr class=" firstRow" td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" p strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " 基因注释（Gene annotations） /span /strong /p /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" p span style=" font-size: 14px " NCBI genome browser br/ /span /p p span style=" font-size: 14px " KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/) /span /p /td /tr tr td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " 基因位点组织和质粒生成的DNA序列分析（DNA sequence analysis for genetic locus organization and plasmid generation） /span /strong /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" span style=" font-size: 14px " Vector NTI software ( strong span style=" font-size: 14px color: rgb(0, 176, 80) " Invitrogen /span /strong ) /span /td /tr tr td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " DNA和假定蛋白质的比较序列分析（Comparative sequence analysis of DNA and putative proteins） /span /strong /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" span style=" font-size: 14px " BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) /span /td /tr tr td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " 序列比对（sequence alignments） /span /strong /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" p span style=" font-size: 14px " ClustalW2 (http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html) br/ /span /p p span style=" font-size: 14px " AlignX ( strong span style=" font-size: 14px color: rgb(0, 176, 80) " Invitrogen /span /strong ) /span /p /td /tr tr td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " Putative rho-independent transcription terminators (RITs) /span /strong /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" span style=" font-size: 14px " TransTermHP (v2.04) program (http://transterm.cbcb.umd.edu/) /span /td /tr tr td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 340" valign=" top" strong span style=" color: rgb(0, 0, 0) " Putative promoters /span /strong /td td style=" border: 1px solid rgb(0, 0, 0) word-break: break-all " width=" 307" valign=" top" p span style=" font-size: 14px " BPROM software (http://www.softberry.com/) br/ /span /p p span style=" font-size: 14px " BDGP Neural Network Promoter Prediction NNPP version 2.2 (http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html) /span /p /td /tr /tbody /table p style=" margin-top: 10px text-align: justify text-indent: 2em " span style=" color: rgb(0, 0, 0) " /span /p p style=" text-align: center margin-top: 10px " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 522px height: 103px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/76fa36a1-08fd-42b7-b300-969d93895dcb.jpg" title=" invitrgen.png" alt=" invitrgen.png" width=" 522" height=" 103" / /p p style=" text-align: center" img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 517px height: 167px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/2d72f951-0ae3-4ff9-943c-05bf5fc862e0.jpg" title=" thermo.png" alt=" thermo.png" width=" 517" height=" 167" / /p p style=" margin-top: 10px text-align: left text-indent: 2em " span style=" color: rgb(0, 0, 0) " 上面提到的 span style=" color: rgb(0, 176, 80) " strong Invitrogen /strong /span 是一家生物信息学领域榜上有名的企业。网页的封面中显示了“Accelerating Research in Life Science”就是最好的证明。 /span span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong br/ /strong /span /p p style=" margin-top: 10px " span style=" color: rgb(0, 112, 192) " strong Computational predictions of RNA structure and co-folding /strong /span /p p RNA结构和共折叠的计算预测 /p p style=" text-align: left text-indent: 2em " 文中使用的软件为TBI（https://www.tbi.univie.ac.at/）开发的 strong VIENNIA 工具 /strong 。该软件可以对RNA的结构和折叠进行精准的计算和预测。 /p p style=" text-align: center margin-top: 10px " img style=" max-width: 100% max-height: 100% width: 516px height: 161px " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202010/uepic/43819bce-f78e-48dc-808f-20fe3775134b.jpg" title=" Vienna RNA package.png" alt=" Vienna RNA package.png" width=" 516" height=" 161" / /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em margin-top: 10px " Charpentier在2011年发表了这篇文章。后来，与Jennifer Doudna开始了合作共同研究。Doudna是一位对RNA有丰富的认识和经验丰富的生物化学家。他们成功地在试管中对细菌进行了基因的编辑，并简化了基因剪刀的分子组成。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " Charpentier和Doudna对基因编辑技术进行重新实验研究，发现了在自然形态下可以从病毒中识别出DNA的方法。这种技术可以在预定的位置切割任何DNA分子，DNA被切割后则生命的密码就容易被改写。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 2012年发现CRISPR/Cas9基因剪刀以来，促成了基础研究中的许多重要发现。比如植物学家可以培育出耐霉、害虫和干旱的作物。在医学方面，新的癌症疗法将给遗传疾病的治愈带来希望。基因编辑技术犹如一支神笔，改变生物的遗传密码的同时，也给我们的生活带来了多彩。 /p

p 　　第二届将于2018年11月27-29日在香港举办。该峰会会期预计三天，由香港科学院、英国伦敦皇家学会、美国国家科学院和美国国家医学院联合举办。第一届国际人类基因组编辑峰会曾于2015年在华盛顿特区举办。 /p p 　　近年来，基因编辑技术发展迅速，CRISPR等功能强大的编辑工具因为精确、简便等特性获得了爆发性的应用。但具体到人类基因组编辑，在应用伦理和技术管理等方面的诸多问题仍未得到完美解答。其中涉及到可遗传的基因编辑，以及治疗目的以外的基因编辑应用，更引起社会广泛忧虑。 /p p 　　第二届峰会将广泛召集基因编辑技术相关的各界人士，包括研究人员、伦理学家、决策部门、患者团体以及全球科学组织的代表等，继续推动相关的广泛讨论。 /p p 　　参与者将重点关注以下问题：一、自2015年首届峰会以来取得的科学进展 二、基因编辑应用于不可遗传的疾病治疗的进展 三、对生殖细胞基因编辑的科研状况及临床应用潜力 四、2015年首届峰会确定的技术挑战最新情况 五、制定国际监管框架的规划和前景 六、人类基因组编辑应用的可能伦理和社会问题 七、基因编辑话题的公众参与。 /p

p 　　在昨日于香港召开的第二届国际人类基因组编辑峰会上，此前媒体广泛报道的基因编辑婴儿出生一事的涉事研究者作了该项“研究”的技术报告。 /p p style=" text-align: center" img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/533ce26f-037d-48a5-a937-6b5c66056f6d.jpg" title=" 图片2.jpg" alt=" 图片2.jpg" width=" 241" height=" 359" style=" width: 241px height: 359px " / /p p 　　如情况属实，中国工程院医药卫生学部和科学道德建设委员会发表如下声明： /p p 　　在学术与技术上，该项“研究”没有先进性，并且对技术的应用严重失当。 /p p 　　在伦理与道德上，在严重缺乏科学评估验证，安全性存在不可预知风险的情况下，贸然开展以生殖为目的的人类生殖细胞基因编辑临床操作，严重违背了基本伦理规范和科学道德。 /p p 　　在法律与法规上，该项“研究”违反了国家相关部门出台的关于基因相关研究的系列政策、法规和管理办法，实施了明令禁止的技术操作。 /p p 　　我们深切关怀报告中所称已出生的两名婴儿。呼吁社会各界对她们的隐私给予最严格的保护，研究制定细致的医学与伦理照护方案，防范这种基因编辑可能产生的健康损害，以社会所能提供的最充分的关怀方式，使她们能够在心理上和生理上健康快乐成长。 /p p 　　我们呼吁，科技工作者必须加强科学道德自律，强化自我管束，在探索和创新活动中必须遵守相应的伦理道德准则和法律法规。针对科学技术发展中出现的新情况、新挑战，科技界要深入思考，认真研究，未雨绸缪，加强教育，完善相关行业规范和伦理指南，以保证科技界从事负责任的研究。有关部门要动态完善相关法规，严格审查监管程序，适时推进有关立法工作，严密防范科研伦理不端行为发生。 /p p 　　中国工程院将密切关注对这一事件的调查进展和结果，并愿意提供必要的学术与专业技术支持。 /p p style=" text-align: right " 　　中国工程院医药卫生学部 /p p style=" text-align: right " 　　中国工程院科学道德建设委员会 /p p style=" text-align: right " 　　2018年11月28日 /p