安捷伦二代维修手册

p style=" text-align: center " strong 分子和样本条形码系列知识产权巩固了安捷伦在下一代测序靶向富集解决方案的领导地位，这一系列知识产权旨在提高二代测序检测的准确度和灵敏度 /strong /p p 　　2017年7月27日，北京——安捷伦科技公司(NYSE: A)(“安捷伦”)今天宣布，已成功收购 Population Genetics Technology公司(“Population Genetics”公司)的分子和样本条形码系列专利。Population Genetics公司成立于 2005 年，致力于将诺贝尔奖得主 Sydney Brenner 在高敏感度和高特异性下一代测序检测方面的系列知识产权实现商业化。2015 年，Population Genetics 公司成为拥有超过 30 项专利的知识产权持有实体。本次收购的财务条款未予披露。 /p p 　　安捷伦副总裁兼基因组学事业部总经理 Herman Verrelst 表示：“我们的客户日益迫切地需要具有高性能、全面集成的二代测序流程方案。通过收购这一系列知识产权，我们可以向客户提供值得信赖的完整靶向富集解决方案，满足他们从质检到靶向富集，以及分析和解析的各方面要求。” /p p 　　此次收购获得的 Population Genetics 公司知识产权包括与分子和样品条形码相关的专利，这些专利能够提高下一代测序检测的准确度和灵敏度。这些专利可以提供定制化的靶向富集解决方案，让客户通过非常小的 DNA 量即可检测超低突变频率。这些功能非常适合检测癌症和生殖遗传学中的罕见变种，包括液态活检。 /p p 　　安捷伦诊断和基因集团总裁 Jacob Thaysen 表示：“我们很高兴将这些技术带给客户。我们已经规划了今后的发展战略，准备大力拓展诊断业务和构建完整的常规临床二代测序工作流程方案。本次收购就是贯彻这一战略的又一实例，也是我们致力于帮助客户改善人类生活质量的例证。” /p p 　　安捷伦最新的二代测序文库制备解决方案 Agilent SureSelectXT HS 纳入了该系列知识产权中的分子条形码技术。分子条形码技术的融合提高了文库的整体精度，使其与竞争产品相比，在更广泛的组织类型以及从低质量到高质量 FFPE 样本方面具有更高的复杂度。了解 SureSelectXT HS 的信息，请访问安捷伦网站。 /p p 　　安捷伦和 Population Genetics 公司此前曾达成专利许可协议，授权安捷伦使用 Population Genetics 公司的某些分子条形码专利技术。这些技术可以在新一代测序平台上灵敏、可靠地检测低于0.1%的少数基因变异。 /p p 　　 strong 关于安捷伦科技公司 /strong /p p 　　安捷伦科技公司(纽约证交所：A)是全球生命科学、诊断和应用化学市场的领导者。拥有 50 多年的敏锐洞察和创新，安捷伦的仪器、软件、服务、解决方案和专家能够为客户最具挑战性的难题提供更可靠的答案。2016 财年，安捷伦的收入达到 42 亿美元。公司在全球拥有大约 13,000 名员工。 /p p 　　 strong 前瞻性陈述 /strong /p p 　　本新闻稿包含 1934 年《证券交易法》中定义的前瞻性陈述，并受其中规定的安全港规则约束。前瞻性陈述包括但不限于：关于安捷伦未来收入、盈余和盈利能力的信息 规划的新产品 市场趋势 未来对安捷伦产品和服务的需求 客户期望 以及 2017 年第三季度和整个财年的收入和非公认会计准则(GAAP)获利指导。这些前瞻性陈述涉及风险和不确定因素，可能导致安捷伦的业绩与管理层当前预期产生实质性差异。这些风险和不确定因素包括但不限于：客户业务实力不可预见的变化 对当前以及新产品、技术和服务的需求不可预见的变化 当前市场不可预见的变化 客户的购买决策和时机，以及我们不能实现由于整合和重组活动所带来的预期节省的风险。 /p p 　　此外，安捷伦在经营方面所面临的其他风险包括：顺利度过各个业务周期的能力 达到和实现其成本节约目标而受益的能力，或将其成本结构成功调整到适应业务状况不断变化的能力 持续的竞争、定价和毛利率压力 成本削减举措带来的风险，如可能会损害我们开发产品、保持竞争力和有效经营的能力 地缘政治方面的不确定性和全球经济状况给安捷伦的运营、市场和业务能力带来的影响 提高资产绩效以适应需求变化的能力 我们的供应链适应需求变化的能力 在正确的时间，以正确的价格和两者兼具的情况下成功推出新产品的能力 安捷伦成功整合近期并购的企业的能力 安捷伦成功符合特定复杂法规的能力 以及安捷伦向证券交易委员会提交的文件(包括我们截止到 2017 年 4 月 30 日 的 10-Q 表格季度报告)中详述的其他风险。前瞻性陈述是根据安捷伦管理层的理解和假设以及当前可以得到的信息而作出的。安捷伦不负责公开更新或修改任何前瞻性陈述。 /p

自 2019 新型冠状病毒（2019-nCoV）肺炎疫情爆发以来，相关科研单位便紧锣密鼓地开展病毒研究工作，并取得了一系列重要的研究成果。2 月 3 日，Nature 在线发布了复旦大学张永振教授团队的一项重要研究成果，该团队对患者支气管肺泡灌洗液进行了宏基因组二代测序（mNGS），鉴定出了一种新型冠状病毒，并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的 SARS 样冠状病毒基因组有 89.1% 的相似性[1]。张永振教授团队发表的文章截图 | 图源：Nature2 月 20 日，bioRxiv 预印本平台发布了华南农业大学沈永义教授、肖立华教授团队关于新冠病毒中间宿主的研究成果。通过对穿山甲样品进行宏基因组分析，该团队发现穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主[2]。沈永义教授、肖立华教授团队发表的文章截图 | 图源：bioRxiv可以说，宏基因组测序在新病原体的诊断、监测、跟踪，以及溯源方面具有关键作用，更是新冠病毒研究的一大助力。宏基因组测序：病原体检测的新风口1998 年，威斯康辛大学的 Jo Handelsman 提出宏基因组学（Metagenomics）的概念，并将其定义为：一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系、以及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法[3]。包括宏基因组学在内的各类组学研究（右）相较传统遗传学与生物化学方法（左）在全基因水平的研究上效率更高 | 图源：Science2014 年，新英格兰医学杂志发表宏基因组二代测序（mNGS）确诊钩体病的首例临床应用案例[4]，打响了病原体 mNGS 的第一枪。新英格兰医学杂志发表宏基因组二代测序（mNGS）确诊钩体病的文章截图 | 图源：NEJM短短 5 年来，mNGS 在新发病原体鉴定、罕见重要病原体诊断和临床大数据研究等方面取得诸多进展。例如在 2018 年，Clinical and Research in Hepatology and Gastroenterology 发布了上海华山医院感染科张文宏教授团队使用 mNGS 协助临床诊断肝结核的案例，mNGS 的适时使用，准确快速地帮助临床明确了患者的发热病因，推动了临床的精准诊断[5]。张文宏教授团队发表文章截图 | 图源：ScienceDirect2019 年，中国临床专家也达成共识，认可了宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染领域的临床应用[6]。临床专家共识文章截图 | 图源：万方宏基因组二代测序的流程及原理宏基因组二代测序的检测流程可以大致分为5个步骤：核酸提取、文库构建、上机测序、生物信息学分析与报告解读[7]。具体来看，对于不同的临床样本，核酸提取前需要进行不同的前处理，比如痰液液化、破壁、去宿主等以提高病原体检出率。RNA 病毒需要在文库构建前进行逆转录，生成 cDNA。文库构建的目的在于给未知序列的核酸片段两端加上已知序列信息的接头以便于测序，单样本文库构建完成后需要经历 PCR 扩增、再将多个文库样本混合后进行测序。测序完成后，数据会自动进入搭建好的病原体自动分析流程，该流程包括去除人源宿主序列和低质量序列、以及微生物数据库比对注释等步骤。最后，解读专家根据自动化系统产生的初步结果，再结合部分临床指标、样本类型、病原体种类等因素进行综合分析解读。宏基因组工作流程示意图 | 图源：Nature Biotechnology样本文库质量是宏基因组测序的关键由于环境中的微生物种类五花八门，相对复杂，构建一个高质量的宏基因组文库在整个检测流程中便显得十分重要。故而在取样时，我们要严格遵循取样规则，在取样中应尽量避免对样本的干扰，缩短保存和运输的时间，使样品尽可能代表自然状态下的微生物原貌。并且要采用合适的方法，既要尽可能地完全抽提出环境样品中的 DNA/RNA，又要保持较大的片段以获得完整的目的基因或基因簇。在构建 RNA 文库之前需要对 RNA 样本进行完整性评估[8]，只有达标的样本才能进入下一阶段反转录及文库构建。宏基因组文库的质量直接关系到测序的数据量，在影响成本的同时也影响了测序时间，因此，为了提高测序准确性、减少测序过程中的风险，测序前需要测定文库样品的浓度和片段大小分布，确定合适的上机 pooling 方案和测序深度。可见样本的质量控制对于宏基因组测序的重要性。安捷伦自动化样本质控解决方案安捷伦在核酸蛋白质量控制领域拥有愈二十年的经验，针对不同来源样本，分析靶标和通量需求提供全套的自动化解决方案。安捷伦的 2100 生物分析仪是目前最为普遍使用的二代测序质控设备。安捷伦在 2100 生物分析仪上最早开发出了 RNA 完整性参数（RIN），它已成为全世界公认的 RNA 质控指标，它以 0-10 的数值直观反应 RNA 样本的完整性程度，为标准化的实验操作提供了样本质量评估的参考标准。在本次新冠病毒（RNA 病毒）的序列确定中，安捷伦 2100 生物分析仪发挥了重要作用。随着测序样本量的增加，特别是随着后续病毒变异监测以及病毒溯源工作的逐步展开，安捷伦中-高-超高通量自动化核酸质控平台（4200 tapestation 和 AATI FA）将发挥它们的优势。参考文献[1] Yong-Zhen Zhang , Edward C. Holmes,Lin Xu,et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China[J].nature,2020.[2] Xiao K, Zhai J, Feng Y, et al. Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins[J]. bioRxiv, 2020.[3] Handelsman J, Rondon M R, Brady S F, et al. Molecular biological access to the chemistry of unknown soil microbes: a new frontier for natural products[J]. Chemistry & biology, 1998, 5(10): R245-R249.[4] Wilson M R, Naccache S N, Samayoa E, et al. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing[J]. New England Journal of Medicine, 2014, 370(25): 2408-2417.[5] Jing-Wen A , Yang L , Qi C , et al. Diagnosis of local hepatic tuberculosis through next-generation sequencing: Smarter, faster and better[J]. Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology, 2018, 42(3):178-181.[6] 宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用专家共识组. 宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识[J]. 中华急诊医学杂志, 2019, 28(2):151-155.[7] Quince C, Walker A W, Simpson J T, et al. Shotgun metagenomics, from sampling to analysis[J]. Nature biotechnology, 2017, 35(9): 833.[8] Fan W, Su Z, Bin Yu, et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China[J]. Nature. 2020 Feb 3. [Epub ahead of print]推荐阅读：1. 抗击新型冠状病毒，安捷伦核酸/蛋白质质量控制产品从这些方面入手！https://www.instrument.com.cn/netshow/SH100320/news_521879.htm2. Agilent 2100 生物分析仪https://www.agilent.com/zh-cn/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument/2100-bioanalyzer-instrument-228250关注“安捷伦视界”公众号，获取更多资讯。

p style=" text-align: center " img src=" https://img1.17img.cn/17img/images/201903/uepic/a28bff32-c695-4d4e-bc0d-e8f5e7a8dd0a.jpg" title=" 1.jpg" alt=" 1.jpg" style=" text-align: center " / /p p style=" text-indent: 2em " 安捷伦科技股份有限公司(NYSE: A)今天发布一款二代测序(NGS)文库制备系统——Magnis NGS Prep全自动系统。该系统专为分子实验室设计，系统设计简单，只需按一下按钮就可以进行复杂的DNA测序分析。 br/ /p p 　　全自动Magnis NGS Prep系统能够分析混合基因组分和复杂基因突变，包括由于福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)导致的DNA降解。该系统将于今日下午在佛罗里达州马尔科岛举行的安捷伦赞助研讨会上展示。 /p p 　　“自从NGS被广泛应用以来，DNA文库制备工作一直是NGS工作流程中最复杂、变数最大的步骤之一，”该公司诊断和基因组学集团总裁Sam Raha说，“我们很高兴能够为NGS提供一个自动化的工作流解决方案。该系统不仅易于使用，还能提高测序的可重复性。这对于癌症研究和其他疾病分子诊断实验室来说无疑是一个明智的选择。” /p p 　　 strong span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 全自动Magnis NGS Prep系统特点 /span /strong /p p 　　Magnis系统为NGS文库制备提供了一套完整的解决方案。该系统尽可能的缩短了复杂NGS建库时间，实现操作完全自动化。 /p p 　　 span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 1. Magnis系统具有自检及优化功能。 /span /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 　　2. 提供预引用试剂和预设置协议。 /span /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 　　3. 与安捷伦的SureSelect XT HS文库准备工作流程完全兼容。 /span /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 　　4. 能进行基于基因分子标签的错误校正。 /span /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 　　5. 进样量低至10ng，能够对质量较差的标本进行质量优化。 /span /p p span style=" color: rgb(0, 112, 192) " 　　6. 操作简单易于上手。无需专业培训也可进行Magnis系统操作。 /span /p p 　　该系统具有一个界面向导，通过此可以在5分钟内完成实验设置，并通过自动DNA标签检查组件检测试剂是否正确放置。按下“start”按钮后，用户可以离开仪器，同时通过向导界面和LED指示灯直观查看试验进度。 /p p 　　安捷伦致力于为病理实验室提供操作简便的自动化仪器，这一理念也贯穿于其Dako系列产品，包括H& amp E、IHC、ISH和辅助诊断等全方位解决方案。 /p p 　　当与Agilent 4150 TapeStation结合使用时，Magnis系统可以提供整个NGS工作流程的样品质控部分。该系统还可与安捷伦的SureSelect富集系统以及Alissa临床信息学平台无缝结合，提供稳定、重复性的测序结果。 /p p 　　据了解，Magnis系统现在可以申请预购，仪器将于2019年6月开始在全球发售，在欧洲将有一个CE-IVD标记的版本。 /p