应用 Thermo Scientific TSQ 8000 对 IRRI 提供的不同基因型的大米进行代谢组学表征研究,旨在鉴定出能够区别不同种类、品质大米的潜在生物标记物。无论代谢组学测试流程中的无目标性分析还是目标性定量分析,TSQ 8000 均运行良好,展现了它的一级质谱全扫描、SRM 和同时进行一级质谱全扫描 / SRM 扫描模式对于表征、定量宽动态范围内的主要代谢物的独特优势。
尽管 TSQ 8000 质谱仪是一台三重四极杆质量分析器,在一级质谱全扫描模式下所获得的谱图仍与 NIST 标准谱库具有良好的匹配度。通过标准谱库检索可对未知化合物进行匹配鉴定,结果置信度高。同分异构体化合物则可根据其色谱保留时间不同而进行区别,并可根据其特定的质谱碎裂特征进行选择性定量。
利用 TSQ 8000 配置的 AutoSRM 软件包建立并优化大米样品中包括氨基酸、有机酸、脂肪酸、醇类、糖类(单糖、双糖)在内的 66 种代谢物的 SRM 方法。整个 SRM 方法可在 24 小时以内建立并完成优化,并对 12 种不同的大米样品中的代谢物进行测试。定量结果具有高重复率,即使是在基质复杂的衍生化大米提取物样品中,超过 90% 的代谢物 RSD 小于 15%。
经测试,所有目标代谢物在各大米样品中含量差异明显,均有作为鉴定不同种类大米的生物标记物的潜力。本次实验对于未来的水稻多样性研究打下良好基础,有助于提高稻谷品质和大米营养价值。
方案
不同基因型大米中代谢组学研究检测方案(工作站及软件)