细胞中分离、测序检测方案(流式细胞仪)

智能文字提取功能测试中

Namocell 单细胞分离仪应用---单细胞测序The Fastest Way to a Single Cell 2018年11月，Namocell 与 CZ-Biohub (Chan Zuckerburg Biohub)合作，在单细胞测序领域做出了新的尝试。CZ-Biohub 利用 Namocell 单细胞分离仪分选出目的B细胞，并且将其进行单细胞测序，为抗体新药的发现迈出了重要一步。 单细胞 RNA测序 (scRNA-seq)作为一种全基因组测序的方式，在单细胞层面广泛用于确定细胞类型和细胞变异的鉴定。Namocell 单细胞分离仪可以通过细胞标记CD27 以及一种细胞活性的染料，来分选出单个活的B细胞。通过分析分离后的单细胞基因表达情况，对比静息记忆B细胞，可以从单细胞层面研究基因表达差异。 图一，人的未成熟记忆B细胞在 mCD40L-3T3中批量刺激培养6天。收集细胞并用 CD27-PE 和 CellTracker Green 进行细胞染色。通过 Namocell单细胞分离仪筛选 PE/FITC 双阳性的细胞，单细胞分选至 96孔 PCR 板， 分选前 PCR 板中已预先铺好 4ul/孔的裂解液。通过 cDNA合成情况得出单细胞分选的比例为97%。接下来进行 Vn和V抗体可体区域(A， n=8)的特异性基因的扩增或者全转录组文库制备；通过二代测序获取序列，参照静息记忆B细胞BCR 抗体表达资料组进行对比分析(B)；B细胞激活基因的差异(C)； 整体基因升降规律(D)。每孔只有一一BCR 转录物，以及通过 Sanger 测序确定的V和VL质量，都充分说明了分入 PCR管中的只有一个细胞。 Data courtesy of Krista MCutcheon and Eric Waltari (CZ Biohub) 上述实验数据确定了分选出来的单细胞的效率，同时也验证了通过实验前期处理和设门标准得到的确定是激活的B细胞。更重要的是，来自分选后的单细胞的 cDNA 适用于后续的单细胞转录组文库制备和免疫球蛋白轻重链可变区域的全长 PCR。Namocell单细胞分离仪提供了一种全新的桌面式单细胞分选平台，并且可以与下游单细胞测序分析无缝对接。 Namocell单细胞分离仪在单细胞测序上的方案上的开发，是跟CZ Biohub（Chen Zuckerberg Biohub）合作完成的。数据中体现出来Namocell优异的单细胞分选效率---高达97%的单细胞获取比例。另外，优质的测序数据结果也进一步表明，经过Namocell单细胞分离仪分选出来的单细胞，不但是经过筛选后的目的细胞，而且也保持了良好的细胞活性。