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【转帖】关于如何使用LocusLink来找自己的基因序列

去年冬天

2011/03/22

随着genome sequence的完成，大家研究的基因序列基本上都已经知道了。如何才能找到自己的基因序列哪? 去NCBI的LocusLink:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/

1.这是个功能非常强大的搜索工具。所有NCBI有的基因基本都连到了LocusLink。特别是你已经知道要找的基因，直接可以用基因的名字来检索。比如找基因“TGFa”，大家可以在上面的窗口直接试。你在Query里输入TGFa，点击"Go"，就可以找到所有NCBI里与TGFa有关的基因，包括所有已知的不同种群的homolog都会列出来。在Org一栏显示不同的organism,Hs是人,Mm是老鼠,Rn是大鼠等等。在每个基因名字的后面有一些彩色的小字母，那是代表不同的连接。

P是Pubmed, 连接着Pubmed里面以这个基因名做主题词检索的所有文献。
O是OMIM，这是个非常好的连接，总结介绍这个基因的名字及研究历史，对于了解该基因有总括性的作用，强烈推荐去看。
R是Refseq,是该基因的序列
G是Genbank，连着该基因的Genbank信息，有关该基因的序列
P是Protein，连接到该基因的蛋白序列
H是HomoloGene，连接到该基因的所有homolog
U是UniGene，解释该基因主要功能相关的分类
V是Variation，连接到NCBI的DbSNP，可以找到该基因的SNP信息

2.如果你点击你所要的organism的基因的LocusID，可以进入到该基因的具体介绍。里面有该基因的全名，和其他的名字。以及主要的文献。再往下看，可以找到该基因的染色体定位，还有mRNA,Protein,Genbank Source, GenomicDNA序列等等信息。功能非常强大。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/LocRpt.cgi?l=7039

3.LocusLink还可以用疾病做主题词来搜索，比如diabetes。你可以找到几乎NCBI里报道过的与diabetes有关的基因，包括相关的signal pathway以及主要起作用的基因，对于了解diabetes领域的研究有提纲挈领的作用。

希望大家有机会可以试试LocusLink，对于各位的研究会起到不同凡响的作用。几乎要什么有什么啊。会用LocusLink，可以节约你很多文献检索的时间，因为NCBI已经帮你打好了连接，只要你去开个门就行。

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无机麦地

第1楼2011/03/31

大家研究的基因序列基本上都已经知道了！是不是大家的基因序列都知道了啊？呵呵

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