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刚接触质谱的菜鸟想请教各位前辈一些问题!!!

  • huanluoran
    2012/04/30
  • 私聊

生物质谱

  • 我本来是学测控的,可是最近老师让我学习一下质谱的数据处理方法,不巧实验室的硬盘坏了,所以老师让我先用matlab仿真数据再编程序处理。以前都没接触过质谱,查了一些资料也没什么头绪,这里我先说说自己的初步想法。

    因为以后有对比不同算法的处理效果的问题,主要的步骤定为(1)需要根据标准谱图把几种物质的峰值集合在一个数据集中;(2)加上噪声;(3)用算法去噪;(4)利用数据库对结果打分。

    想请教各位前辈的问题是:(1)我看到有些谱图是离散的峰值有些是连续的,这是为什么呢,我应该选择哪种形式仿真呢?(2)数据处理是建立在蛋白质大分子基础上的,我应该如何选择合适的标准谱图?我也看了很多数据库,可是因为没有明确的物质名称,完全不知道该怎么差·····(3)加上什么样的噪声才符合实际情况的呢?

    这个题目没有学长指导我一个人乱看资料速度实在太慢了,恳请前辈们给我一些建议!!!!
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  • maldiguy

    第1楼2012/05/02

    现在常见质谱数据有两种格式,一种所谓的profile图(连续的),一种是棒状图(离散的)。但原始数据都是profile图,也就是针对每个质合比,都有一个响应的信号强度。将这些数据点连成曲线,就是一个profile图。所以profile图占用很多硬盘空间。现在高分辨质谱,一张质谱图就1M以上。如果走液质连用,每秒就算10张图,1小时的梯度下来,就有1*10*60*60=3600M,这个数据是很可怕的。所以需要将数据转存为棒状图。棒状图就是在profile图中,每检测到一个峰(取决于信噪比等),就保存该峰的分子量和信号强度。
    对你的课题我不了解,但建议你在profile图上做文章

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  • huanluoran

    第2楼2012/05/02

    十分感谢前辈的解答,我有点头绪了~

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  • liufeilzu

    第3楼2012/09/26

    蛋白质都有数据名称啊,很多数据库可查,不过很多是酶水解后的片段

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