lics05
第3楼2012/11/22
如果是检测已知物质可能扫描速率没啥影响,如果是复杂的未知物质扫描速率的影响就大了去了。
LCMS鉴定经常采用先全扫描,然后通过全扫描图谱,按照丰度从高到低选取母离子进行打碎并扫描这些碎片峰,得到所谓的二级质谱图进行结构鉴定。理论上来说在一个循环中,选取的母离子越多你得到的信息就越全面,不容易漏掉丰度低的物质;但在实际过程中,由于HPLC峰宽和质谱扫描速度的限制,你最多只能选择有限的几十个母离子进行扫描。Reudi用5600号称能检测所有离子靠的是将50道尔顿范围内的所有离子进行打碎,这样得到的二级扫描图谱是很复杂的,包含了多个离子的碎片信息。但他通过高分辨的二级图谱和相应软件能够将这些碎片峰还原出来,很了不起。不过我认为他会丧失部分灵敏度,如果扫描速率能更快就能解决这个问题。
gaoliang1012
第4楼2012/11/22
因为LC的峰宽一般都较宽,就算UPLC得到的峰宽也得5-10秒,因此即使1Hz的速率,对于定性来说影响也不大。
但是2D-GC的第二维GC的峰宽大概在0.1-0.2秒,这样的话采集速率对检测影响就比较大了。
只是非常奇怪LECO家的TOF居然能做到500Hz,这种检测器如果应用到LC-QTOF中,Fullscan的全谱图做二级就不再是问题了,对蛋白质组学可是一大福音啊。不过按说LECO的2D-GC-TOF也已经出了有段时间了,很奇怪怎么没人关注这方面呢?
gaoliang1012
第5楼2012/11/22
非常同意您的观点,不知道您对LECO的500Hz的TOF采集速率有什么看法呢。就我的理解来说,因为这个采集速率只是跟TOF检测器的性能相关,提高这个应该是电子学和物理学方面的事,跟前面的LC还是GC是没有什么关系的,因此这种检测器应该不难移植到LC的各种TOF检测器上,不知道我说的对不对。
个人觉得如果L能做到这些的话,AB和Agilent等似乎也应该可以做的到啊,不知道这两家为什么没有相关的进展
xueliwu2000
第6楼2012/11/22
对于一台QTOF而言,最主要的指标有分辨率,灵敏度及扫描速度(当然还有精度),正常而言,在采集速度与分辨率及灵敏度必须择其一。因为LC峰宽远大于GC峰宽,因此并不需要如此快的速度,以免牺牲其他性能。LECO的这些指标可能都是在比较极端的情况下做出来的结果,当在500HZ速度下,可能灵敏度及分辨率都会较差。扫描速度与各个厂家采用的数据采集方式是息息相关的,现在最主要的QTOF厂家主要是两大类采集方式,Agilent,bruker采用DDA,AB采用IDA和SWATH,IDA就是DDA,waters采用MSE,DDA是一种比较经典但稍显落后的方式,需要设定阈值,再按照丰度从高到低进行MS/MS,这样这个占空比会受到限制,必须去提高扫描速度,所以AB到100HZ,安捷伦50HZ,bruker50HZ,定量会稍弱,且对使用者经验要求较高。SWATH及MSE是同一条路,不需要阈值,同时去采集MS及MS/MS,这样会节省大量时间,定量较好。但需要有性能可靠的软件对复杂的谱图进行解析。当然,SWATH(AB去年推出此技术)跟MSE(waters在07年推出此技术)去比就是小儿科了,SWATH是在25Da(非楼上Lics05说的50Da)范围进行MS及MS/MS同时采集,MSE是在全质量范围进行MS及MS/MS采集,完全避免占空比的问题。
gaoliang1012
第7楼2012/11/22
对于一台QTOF而言,最主要的指标有分辨率,灵敏度及扫描速度(当然还有精度),正常而言,在采集速度与分辨率及灵敏度必须择其一。因为LC峰宽远大于GC峰宽,因此并不需要如此快的速度,以免牺牲其他性能。LECO的这些指标可能都是在比较极端的情况下做出来的结果,当在500HZ速度下,可能灵敏度及分辨率都会较差。扫描速度与各个厂家采用的数据采集方式是息息相关的,现在最主要的QTOF厂家主要是两大类采集方式,Agilent,bruker采用DDA,AB采用IDA和SWATH,IDA就是DDA,waters采用MSE,DDA是一种比较经典但稍显落后的方式,需要设定阈值,再按照丰度从高到低进行MS/MS,这样这个占空比会受到限制,必须去提高扫描速度,所以AB到100HZ,安捷伦50HZ,bruker50HZ,定量会稍弱,且对使用者经验要求较高。SWATH及MSE是同一条路,不需要阈值,同时去采集MS及MS/MS,这样会节省大量时间,定量较好。但需要有性能可靠的软件对复杂的谱图进行解析。当然,SWATH(AB去年推出此技术)跟MSE(waters在07年推出此技术)去比就是小儿科了,SWATH是在25Da(非楼上Lics05说的50Da)范围进行MS及MS/MS同时采集,MSE是在全质量范围进行MS及MS/MS采集,完全避免占空比的问题。[/quote]
您好,非常感谢您的意见,不过还是有些不太懂的地方:
1.不知道Waters的MSE的在全质量范围进行MS以及MS/MS采集具体是怎么做的,因为按照SWATH的25Da范围在m/z400-1200进行MS以及MS/MS同时采集,一个循环需要的时间大约是100ms(MS累积时间)+100ms(每个MS/MS的累积时间)*(1200-400)/25=3300ms,32张质量还可以接受的MS/MS谱图就需要三秒多,不知道Waters的MSE是怎么样的?
2.即使LECO的500Hz是极端的情况,那么50-100Hz应该是一个各个参数都能够顾及到得情况了,厂家应该不至于常用的条件是10Hz就拿500Hz的极端条件来宣传。然而50-100Hz对目前LC的MS和MS/MS同时采集来说也已经是很高很高的了。因为虽然AB宣传的是最高到100Hz,但为了谱图质量能接受,Reudi的SWATH也只是用了10Hz(每张谱图累积100ms)。如果能把LECO的检测器拿过来用的话,按照50Hz计算,在同样的3300ms时间范围内,一个MS能够得到约160张MS/MS谱图,很高的数目了。
gaoliang1012
第8楼2012/11/22
另外,您说的扫描数据与各个厂家采用的数据采集方式是息息相关的,这个说法我觉得是不是有些问题呢?因为我觉得扫描速度应该只跟硬件相关。对于DDA或者IDA,硬件方面扫描速度上去了的话(当然是在技术进步足以保证灵敏度 和分辨率可以接受的条件下),一个循环内按照从高到低选择离子时,可以选择的离子数目也多了,得到的信息也更丰富了;同样的,对于MSE或者SWATH,扫描速度上去了的话,同样的可以得到的MS/MS谱图的数量也多了,或者得到同样数目的谱图所花费的时间减少了。不知道我的理解正确与否?
peter2006
第10楼2012/11/22
同问,waters MSE 具体是个什么过程?AB的SWATH又是怎么样的一个过程?
我了解的waters MSe:假如waters的QTOF最大的扫描速度是20Hz,那么扫描时间最小也就是0.05S(1/20=0.05)。
当我们设定一个MSe方法扫描时间设定为0.1秒钟时,其中0.05S用于MS扫描,下一个0.05S用于MS/MS扫描,然后循环......(当然中间还有inter scan delay,lockspray snan time等,在此我们忽略这些次要因素),这样就在计算机的处理下,形成了两个数据通道,即低能量通道和高能量通道。这种办法是针对全质量范围的。不知道我的理解是不是正确?
gaoliang1012
第11楼2012/11/23
AB的SWATH是这样的,一个循环中,首先100ms的MS(400-1200),接下来进行32个100ms的MS/MS,第一个MS/MS的precursor ions是400-425(对Quad进行一种特殊的tune,使其可以选择这一范围的离子送到碰撞室去进行CID),第二个MS/MS的precursor ions是425-450,以此类推,第32个MS/MS的precursor ions是1175-1200,这样一个循环下来总共花费了3300ms,得到了一张MS谱图,以及32张MS/MS谱图。(为了简化描述,这里precursor ions的选择是整数,实际上Reudi做的时候,是有一个0.5Da的偏移)
按照我的理解,Waters的MSE一个扫描循环下来似乎只得到了一张MS谱图和一张MS/MS谱图,这样的话对MS/MS谱图进行解析的话,有些难以将谱图上的碎片峰与其precursor ion进行对应。当然了WATERS对此好像有解释,但我没有仔细看,不知道有没有高手对此了解的比较详细的来给大家解惑。
AB的swath虽然也不是对某个确定的m/z的precursor ion去打二级,但他们将全部的质量范围等分成了32份,至少我们知道第一张谱图的precursor ions来自400-425这个范围。即使这样,在谱图解析的难度上,这与我们常用的DDA,IDA等还是有不小的差距的,因为DDA或者IDA是选择一个确定的m/z去打二级的,每张MS/MS谱图都有一个确定m/z的precursor ion。当然了,SWATH是对全质量范围进行了MS/MS,其结构信息还是更为丰富的,DDA或者IDA只是对TOP 5, 10,20或者甚至到50,100(已经非常困难了)进行了MS/MS。若要以每张谱图都有一个确定m/z的precursor ion的要求来对全质量范围进行MS/MS的话,一个循环中要有800张二级谱图(当然要保证谱图的质量),这对扫描速度是一个极其巨大的挑战。