GCMS仪器的不确定度怎样合成到某定量方法的不确定度评定里去

这个因素应该包括在仪器线性校准后的测定浓度c(mg/L)不确定度，为A类评定，可参考CNAS-GL006:2018 化学分析中不确定度的评估指南(原CNAS-GL06:2006) 附录A 例A5。

不确定度评定不需要真的去刨根问底，你可以把仪器当做一个出数据的"黑箱"工具。在评定时能合并尽量合并，如附录A 例A4。
JJF 1164-2006 EI离子源信噪比是100pg八氟萘 m/z=272处的性能指标，不具有普适性，针对不同分析物和碎片离子肯定不能机械套用，再说信噪比相比校准时的LOQ浓度应该不算大，一般对重复性影响较大的在进样部分，在有机测定时可忽略。