普通的液相色谱柱子C18 5微米，用来分离蛋白质会怎么样？

首先做蛋白的C18与粒径大小关系不大，要选在孔径大的C18柱，越大分子量需要越大的孔径柱子。

其次，蛋白质样品一般不能溶解在甲醇中，要用乙腈溶解，一般蛋白质在乙腈的溶解度比甲醇高。包括流动相，也要用乙腈。一般还要加三氟乙酸形成离子对增加蛋白质在C18上的保留。所以，一般C18对蛋白的保留性能差，不会被吸附在C18颗粒上，除非堵在柱头或由于流动相性质改变而造成蛋白沉淀在C18颗粒之间。

还有，你用梯度程序初始状态下的流动相配比来溶解样品，溶解后用高速离心机离心（4000-5000g），之后抽取中间的溶液上你现有C18柱试试看能不能分离，如果可以，就不用买柱子了。