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蛋白质质谱定量同位素标记合成多肽标记氨基酸的选择问题

carnivore

2020/01/11

目的：合成稳定性同位素多肽作为质谱定量内标
咨询国内多肽合成公司，标记不同氨基酸价格差很多（稳定性标记的原料贵），我自认为无论标记哪个氨基酸都是可以作为质谱定量内标的（有一定的质荷比差），但是看到的文献上都是标记R K S的。如果可以选择价格相对低廉的L I V作为标记的话，文献作者为什么会依然坚持选择R K S标记。何况其中价格差值很大。
所以我想咨询下：标记氨基酸不同对质谱定量有什么影响？请讲清理由，谢谢！

carnivore

第1楼2020/01/11

这个要看具体肽的序列，因为检测用MS/MS，看主要碎片（丰度较高的子离子）上有哪些氨基酸，如果主要碎片上没有低廉的LIV，那就不能选择LIV啊。我的建议是，先将肽做串联质谱，确定定量峰的序列，然后再确定标记哪个氨基酸。

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