你是否也遇到过类似的问题:
今天怎么这么背,每件事情都失算,
只想用机械打断法做个核酸样本片段化,
却在转移时把样本混淆了,
时间有限,样品不少,实验无法按预计完成……
谁能告诉我该怎么办?
放弃曾经(或目前仍为)最主流的二代测序核酸样本片段化方法机械打断法,尝试更便捷、经济、高效的片段化方法新宠酶切法。
酶切片段化法相较机械打断法有何过人之处?
一步完成,无需样本转移,不会混淆样本
速度更快,需要手动操作的时间更少
样品损失少,产率高,文库质量更好、复杂度更高
硬件投入低甚至无需硬件投入
而相较于市面上其它品牌的酶切打断试剂盒,安捷伦最新推出的 SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒则拥有更多亮点。
亮点 1:在文库质量方面具有更高的覆盖率和复杂性
SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒在新鲜冷冻和 FFPE 样品中表现出相同或更高的覆盖率(图 1)及更高的复杂性(图 2)。
图 1. 与机械剪切工作流程相比,SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可提供更好的 100x 碱基覆盖率。利用试剂盒或 Covaris 仪器对从新鲜冷冻和 FFPE 样品中提取的 10 ng DNA 进行剪切打断。FF 和 FFPE 1(DIN =2.7,ddCq = 1)为子宫样品。FFPE 2 为喉肿瘤样品(DIN = 2.3,ddCq = 2)。
图 2.与机械剪切工作流程相比,SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可得到更高的文库复杂性( HS文库大小)。利用 SureSelect XT HS 和XT 低起始量酶切片段化试剂盒或 Covaris 仪器对从新鲜冷冻和 FFPE 样品中提取的 10ng DNA 进行剪切打断。FF 和 FFPE 1(DIN= 2.7,ddCq = 1)为子宫样品。FFPE2 为喉肿瘤样品( DIN = 2.3,ddCq = 2 )。
亮点 2 :简单化一的程序应对广泛样本类型与样本质量
SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒一个程序应对各种 CG 含量样本、不同类型样本(血液、新鲜冷冻组织、FFPE样本等),以及不同质量的样本。无需针对不同样本类型或样本质量修改或重新摸索最优程序。
图 3. SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒对质量不同的 DNA 样品可产生相似的 DNA片段化模式。
亮点 3:同一程序应对不同起始量样本,无需调校程序
SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒一个程序应对从10ng – 200ng大跨度起始量的 DNA 样本。无需根据不同的起始 DNA 量优化和调整实验程序。
图 4. SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒针对各种 DNA 起始量,可产生高度一致的 DNA 片段谱。
亮点 4:对 EDTA 的超强容忍度,无需额外纯化步骤
SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒对不同的 DNA 缓冲液条件不敏感,从而省略了其它酶剪切方法所需的纯化或中和步骤。分别保存在 Tris、0.1× TE(10 mmol/LTris、0.1 mmol/L EDTA,pH 7.5)和 1× TE(10 mmol/LTris、1 mmol/L EDTA,pH 7.5)中的 DNA 可以产生高度相似的 DNA 片段谱(图 5)。
图 5. SureSelectXT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒可用于不同的 DNA 缓冲液,并显示了高度相似的 DNA 片段谱。将从新鲜冷冻组织中提取的 10ng DNA 作为起始样品,分别保存在 Tris、0.1×TE(和 1×TE中。将 DNA 样品进行剪切并用以下方法进行文库制备:A. SureSelectXT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒和 SureSelect XT HS 试剂盒。B. Kapa HyperPlus 试剂盒。B 图显示,保存在 1×TE 中且在没有活化溶液的情况下酶解的 DNA,观察到片段化受到完全抑制(橙色线)。
SureSelect XT HS 和 XT 低起始量酶切片段化试剂盒的其它亮点还包括从低质量的 FFPE 样本中获得的假阳性数据的量更少,以及更少的 C 到 T 的突变。该试剂盒支持 SureSelect XT HS 和 SureSelect XT 低起始量建库试剂,实现快速的无需机械打断的文库构建。
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