脂多糖中性溶液在室温可放置数月，其生物学活性不发生明显的改变，如置入4℃或低温冰箱，则其生物学活性可保持数年至数十年不变。干燥的脂多糖中性粉剂，在室温或冰箱条件下可放置几十年或更长时间而不失去其生物学活性。
脂多糖在酸性溶液中置室温，其分子发生部分降解，这一变化主要涉及到多糖与类脂A间糖苷键的裂解，及类脂A1-糖苷键的裂解，加热可促进这一反应。强酸溶液在加热条件下可使脂多糖彻底破坏。
碱性因素对脂多糖分子的影响较大，主要表现在类脂A分子上。此时类脂A骨架上联结的4-磷酸酯键及3与3位上脂肪酸酯键易遭到破坏，可使分子发生裂解。此时降解后的分子便失去了典型的内毒素活性。强碱条件下可使脂多糖彻底破坏。
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