二代测序

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  • 基因测序“摩尔定律”初现,“三代测序”要革“二代”的命?
    在“二代测序”(NGS)尚未迎来投资热潮的情况下,技术突破捷报连连的“三代测序”(3GS)又进入到了投资人的视野中。1986年,第一台商用基因测序设备正式出现,到第二代测序设备出现,期间间隔了19年时间。而第二代设备问世,到第三代设备的诞生,仅仅用了5年,基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。这就好比“2G”手机跳过“3G”,直接跨越到了“4G”时代。  报告通过四个方面对第三代基因测试技术进行分析:  1、第三代基因测试技术的发展现状   2、第三代基因测试方法原理   3、第三代极影测试技术优势和劣势   4、国内外布局第三代基因测试技术的公司情况。  1、第三代基因测试技术的发展现状  以Helicos公司的Heliscope单分子测序仪、Pacific Biosciences公司的SMRT技术和Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔单分子技术为代表的三代测序技术在经过了多年发展后,已经逐步趋于成熟。  尽管当下该技术还有成本偏高、错误率较高、生物信息学分析软件不够丰富的问题,但其在读长、测序速度等方面都具有明显优势。  三代测序设备已实现稳定性、小型化,未来随着准确度提升、平行测序能力和酶活性等问题的解决,第三代测序技术将成为未来发展的重要技术趋势,实现大规模商业化将是大势所趋。  2、第三代基因测序方法原理  Helicos公司的Heliscope单分子测序仪、Pacific Biosciences公司的SMRT技术和Oxford Nanopore Technologies公司的纳米孔单分子技术,被认为是第三代测序技术。  与前两代技术相比,他们最大的特点是单分子测序,其中,Heliscope技术和SMRT技术利用荧光信号进行测序,而纳米孔单分子测序技术利用不同碱基产生的电信号进行测序。  PacBio SMRT技术应用了边合成边测序的思想,并以SMRT芯片为测序载体,芯片上有很多小孔,每个孔中均有DNA聚合酶。  测序基本原理是:DNA聚合酶和模板结合,4色荧光标记4种碱基(即是dNTP),在碱基配对阶段,不同碱基的加入,会发出不同光,根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。DNA聚合酶是实现超长读长的关键之一,读长主要跟酶的活性保持有关,它主要受激光对其造成的损伤所影响。  另外,可以通过检测相邻两个碱基之间的测序时间,来检测一些碱基修饰情况,既如果碱基存在修饰,则通过聚合酶时的速度会减慢,相邻两峰之间的距离增大,可以通过这个来之间检测甲基化等信息。SMRT技术的测序速度很快,每秒约数个dNTP。  但是,同时其测序错误率比较高(这几乎是目前单分子测序技术的通病),达到15%。但好在它的出错是随机的,并不会像第二代测序技术那样存在测序错误的偏向,因而可以通过多次测序来进行有效的纠错(代价是重复测序,也就是成本会增加)。SMRT技术原理图  Oxford Nanopore Technologies公司所开发的纳米单分子测序技术与以往的测序技术皆不同,它是基于电信号而不是光信号的测序技术。  该技术的关键之一是,设计了一种特殊的纳米孔(只能容纳单分子通过),孔内共价结合有分子接头。当DNA碱基通过纳米孔时,它们使电荷发生变化,从而短暂地影响流过纳米孔的电流强度(每种碱基所影响的电流变化幅度是不同的),灵敏的电子设备检测到这些变化从而鉴定所通过的碱基。Nanopore技术原理图  3、第三代基因测序技术的优势和劣势  相比于二代测序,三代测序具有如下优势:  1、第三代基因测序读长较长。如Pacific Biosciences公司的PACBIO RS II 的平均读长达到10kb,可以减少生物信息学中的拼接成本,也节省了内存和计算时间。  2、直接对原始DNA样本进行测序,从作用原理上避免了PCR扩增带来的出错。  3、拓展了测序技术的应用领域。二代测序技术大部分应用基于DNA,三代测序还有两个应用是二代测序所不具备的:第一个是直接测RNA的序列,RNA的直接测序,将大大降低体外逆转录产生的系统误差。第二个是直接测甲基化的DNA序列。实际上DNA聚合酶复制A、T、C、G的速度是不一样的。正常的C或者甲基化的C为模板,DNA聚合酶停顿的时间不同,根据这个不同的时间,可以判断模板的C是否甲基化。  4、三代测序在ctDNA,单细胞测序中具有很大的优势:ctDNA含量非常低,三代测序技术灵敏度高,能够对于1ng以下做到监测 在单细胞级别:二代测序要把DNA提取出来打碎测序,三代测序直接对原始DNA测序,细胞裂解原位测序,是三代测序的杀手应用。  同时,第三代基因测序也存在一定的缺陷:  1、总体上单读长的错误率依然偏高,成为限制其商业应用开展的重要原因 第三代基因测序技术目前的错误率在15%-40%,极大地高于二代测序技术NGS的错误率(低于1%)。不过好在三代的错误是完全随机发生的,可以靠覆盖度来纠错(但这要增加测序成本)。  2、三代测序技术依赖DNA聚合酶的活性。  3、成本较高,二代Illumina的测序成本是每100万个碱基0.05-0.15美元,三代测序成本是每100万个碱基0.33-1.00美元。  4、生信分析软件也不够丰富(如图所示):一、二、三代基因测序技术对比图  4、国内外布局三代测序的公司情况  国外布局三代测序的主要有Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies等公司,2015年10月27日,国内公司瀚海基因(Direct Genomics)公布了基于Helicos技术研发的专门用于临床的第三代单分子测序仪GenoCare 原理样机。  中科院北京基因组研究所与浪潮基因组科学也在共同研制国产第三代基因测序仪。在测序仪价格方面,PACBIO 2011年的第一台三代测序仪PacBioRS在美国价格80万美金,2015年生产的sequel测序仪价格35万美金,大幅下降。在测序成本方面,预计未来5年内三代测序能达到100美元全基因组测序的价格。国内外布局三代测序的公司  第三代测序技术是大势所趋  从兴证医药健康这份报告中可以看到:目前,第三代测序在技术上相对于二代在读长和测序速度等方面有明显优势,但在成本和准确率等方面还有待提升。目前国内只有瀚海基因在三代测序上有临床成果,而国外已经初步实现技术商业化。总体而言,第三代测序技术是未来发展趋势,实现大规模商业化将是大势所趋。  本篇报告内容由动脉网整理自兴证医药健康投资报告
  • 全球二代基因测序行业投研报告
    摘要:数据分析成为基因测序行业发展的关键环节 生殖健康领域产品相对成熟,市场仍有较大发展空间 中国基因测序市场增长率超20%,为增长最快国家之一。  基因测序行业发展环境分析  ● 政策环境:政策利好,临床级产品监管逐步规范化  2016年3月,科技部发布《关于发布国家重点研发计划精准医学研究等重点专项2016年度项目申报指南的通知》,将“精准医学研究”列为2016年优先启动的重点专项之一。政府鼓励和支持以基因测序为基础的精准医疗,行业迎来政策红利。  政府在鼓励行业发展的同时,也逐步加强临床级基因测序产品的监管。2014年,卫计委和食品药品监管总局加强基因测序行业监管,规定基因检测仪器、诊断试剂和相关医用软件等产品,需经CFDA审批注册,并经卫计委批准技术准入方可临床应用。此后分别批准了华大基因、达安基因和贝瑞和康等企业的基因测序诊断NIPT产品,无创产检和肿瘤测序等临床级别的基因测序产品和服务逐步走向规范化。  ● 经济环境:医疗支出呈增长趋势,提升行业机会  世界银行数据显示,除中低收入国家外,其余各类收入类型国家人均医疗支出占人均GDP的比重均呈现逐年上升趋势。医疗保健人均支出占比的提高,一方面来自医疗费用的上涨,另一方面则来自人们对于健康的重视程度的提高。  艾瑞分析认为,随着人均收入的增长,人们越来越重视自己的健康状况,因而人均医疗支出占比也呈现逐步上升的趋势。人们健康意识的提高,将有利于提高用户或病患对于基因测序产品和服务的接受度和付费意愿。  ● 社会环境:复杂疾病死亡率高,催生精准医疗需求  卫生统计年鉴数据显示,2013年城市居民主要疾病死亡率前三分别为恶性肿瘤、心脏病和冠心病,这组数据表明肿瘤等复杂疾病在我国具有较高的死亡率。而传统治疗方案在治疗肿瘤等复杂疾病时,治疗效果不佳。数据显示,传统治疗方案在肿瘤治疗上的用药无效率高达75%,在老年痴呆症治疗上的用药无效率为70%,在糖尿病治疗上的用药无效率为43%。  艾瑞分析认为,传统医学在治疗复杂疾病时的效果并不佳,同时人们也逐渐意识到大多数复杂疾病是自身基因同外界环境和个人生活习惯等因素共同作用的结果,迫切需求在治疗上的个性化。  ●技术环境:基因测序技术更新迭代速度加快  从1986年第一台商用基因测序设备出现,到第二代测序设备出现,中间间隔19年 而第二代设备到第三代设备只用了5年,基因测序设备更新迭代的速度正在加快。目前二代测序设备在通量、准确度上都有了较大的提高,同时测序成本也随之大幅度下降,已成为商用测序的主流 三代测序设备在DNA 序列片段读长上优于二代设备,但在准确度上较二代设备差,未来随着技术的改善,三代测序设备也将更为稳定和成熟。  ● 技术环境:二、三代测序技术并存,但二代技术仍为主导  基因测序技术历经Sanger双脱氧终止法、边合成边测序法和单分子测序法等三代技术。一代技术在读长和准确率上具有优势,但其通量较小并且成本非常高 二代技术改进了一代技术在通量上的问题,同时大幅度降低了测序成本,但二代技术在读长上较短 三代技术在读长上优于二代技术,但在准确率上较二代技术差,目前还不成熟。现阶段,二代技术同三代技术并存,由于三代技术在准确率上不高,技术有待进一步完善,因而使用范围还比较小 二代技术凭借高通量和较高的准确率拥有较高的使用率,是目前主流的基因测序技术。  ● 技术环境:技术进步带动基因测序成本大幅下降  艾瑞整理公开数据显示,基因测序成本呈现大幅度下降趋势,2001年平均每兆数据量基因测序成本是5292.4美元,单人类基因组测序成本是9526.3万美元,至2006年新一代测序技术推出,平均每兆数据量基因测序成本下降至581.9美元,单人类基因组测序成本下降至1047.5万美元,此后基因测序成本以超“摩尔定律”的速度不断下降,从单个人类基因组1000万美元下降到 2013年的5000美元 2014年1月Illumina推出HiSeq X Ten 更是将单人类基因组测序成本降至1000 美元以下。  艾瑞分析认为,伴随基因测序技术的更新换代,基因测序的成本不断下降的趋势仍将继续。基因测序成本的进一步下降,将为基因测序技术的广泛使用提供良好的经济基础,也将推动医疗行业的大变革。  基因测序行业产业链图谱  ● 国外基因测序产业链图谱  ● 中国基因测序产业链图谱  基因测序行业产业链解析  ● 上游:测序设备由国外垄断,国产设备多方式突围  艾瑞整理公开数据显示,目前共有7389台基因测序设备,分布在60多个国家中,其中Illumina公司的HiSeq2000、GA2x、MiSeq和NextSeq等测序平台占比为83.9% ThermoFisher公司的SOLiD、IonTorrent和IonProton等测序平台占比为9.9% Roche公司的454平台占比为5.3%。Illumina和ThermoFisher设备占比超过90%,上游基因测序设备制造已形成垄断。  尽管基因测序设备目前仍由国外垄断,但国内企业已经通过各种方式研发和生产基因测序设备。基因测序设备国产化主要有三种方式:1)自主研发方式,如紫鑫药业同中科院合作开发的二代测序设备BIGIS系列产品,华因康开发的基因测序仪HYK-PSTAR-IIA 2)收购国外企业的方式,如华大基因于2013年收购美国Complete Genomics公司,获取CG公司基因测序设备知识产权 3)合作开发的方式,如贝瑞和康和Illumina合作开发的基因测序仪NextSeqCN500。  ● 上游:新技术不断涌现,但技术还未成熟  ● 中游:国内测序服务竞争趋于白热化  基因测序上游设备制造环节目前处于国外垄断状态,且进入技术门槛非常高,一般企业难以从上游设备制造环节切入市场。相较于上游设备制造环节,中游的基因测序服务在技术门槛上相对要低一些。近几年,尽管卫计委和药监局对基因测序临床应用市场加强了管理,但消费级基因测序服务企业层出不穷,目前已有超过150家企业和机构从事基因测序相关业务。  艾瑞分析认为,国内提供基因测序服务的机构呈现逐年增长的趋势,随着测序服务机构数的增长,测序服务市场的竞争也将趋于白热化。而整个测序服务行业的竞争加剧,在一定程度上也将驱动测序服务价格下降。  ● 中游:多加企业引入X Ten,测序服务持续升温  2014年药明康德、云健康和诺禾致源分别引入HiSeq X 10测序平台,掀起中国企业采购“测序神器”的第一波小高潮。2016年4月,多家基因测序公司集中引进IlluminaHiSeq X Ten,掀起引进“测序神器”的第二波高潮。目前累计对外披露拥有IlluminaHiSeq X Ten的企业(或机构)有8个,共计9套测序平台。  HiSeq X Ten是Illumina于2014年推出的测序系统,其功能定位为工厂规模的测序平台,由10台超高通量测序仪组成,测序读长为2×150bp,单台仪器每次运行可产出高达1.8Tb的数据,10台仪器同时运行时,每周至少可完成320个人类基因组测序,每年至少完成18000个人类基因组测序。  艾瑞分析认为,目前我国基因组测序需求主要来自科研机构,多加企业密集引入HiSeq X 10测序平台,将有利于我国基因组学的发展,但是目前科研机构对于基因组测序的需求远低于基因组测序服务的供给能力,整体而言,基因组测序处于供大于求的状态,竞争将加剧。  ● 中游:数据分析成为基因测序行业发展的关键环节  艾瑞整理公开数据显示,全球基因测序数据分析市场规模发展迅速,2012 年市场规模不超过 2 亿美元的市场,预计 2018 年将达到接近 6 亿美元,复合增长率为 22.7%。  艾瑞分析认为,随着高通量测序设备的广泛应用,基因数据量也呈倍数增长。数据量的增长,也使得基因测序的工作重心从繁重的人工测序转到了中游的数据分析上。从二代测序仪运行下来得到的原始数据并不能提供关于疾病的信息,需要后期经过基因组的比对,数据的过滤筛选等多个步骤才能得到基因组上的变异信息,才能为疾病的诊断和治疗提供参考。基因数据分析和解读,关系到下游基因测序的应用,其是掣肘基因测序行业发展的关键环节。  目前基因测序数据分析市场行业集中度比较低,全球越有超过 100 家生物信息公司从事基因数据的分析和处理。同时现阶段生物信息公司业务往往大而杂,而专注某一医疗领域的生物信息公司(如精准癌症)少之又少。国内市场专注基因组数据分析的生物信息公司并不多,该领域值得期待。  ● 基因数据到知识的滞后,阻碍基因测序临床上的广泛应用  随着高通量测序技术的出现及应用,人类基因组的测序成本从1000万美元下降至 1000 美元以下,同时基因数据也呈指数增长。尽管当前基因测序成本大幅下降,但是基因测序的应用仍主要集中在医疗领域,且主要集中在生殖健康和肿瘤诊断治疗两个领域,在临床上的应用范围并不广泛。  艾瑞分析认为,限制基因测序临床上大规模应用的主要原因有:1)从基因数据到知识的滞后,复杂疾病是由于心理因素、生活习惯、自然环境、居住环境和社会环境等多方面因素作用于人体而导致的 2)人体生物信息复杂而多样,以DNA 为基础的基因测序只能反映细胞活动的一部分机制 3)样本处理能力还不高,现阶段对各种样本(血、组织、粪、便等 )。    ● 下游:科研机构为基因测序主要应用机构  艾瑞整理公开数据显示,2015年上半年华大基因Top5客户中,科研机构占了3个,来自这三个科研机构的销售收入为5563.9万元,在总销售收入中的占比为6.8%,说明华大基因的大客户主要来自中国科学院等科研机构。此外,GEN研究报告也显示,目前科研机构是基因测序服务的主要应用机构,占比为64.0%,其次是生物科技公司,占比为17.0%。  艾瑞分析认为,目前基因测序的应用主要还是以基础研究为主,临床及健康管理方向还未得到广泛应用。一方面,基因数据分析和解读上仍有较大限制,基因数据的解读目前很大程度还停留在基因水平,而不是精确的基因突变水平,同时基因数据未能同病患生理体征、生活习惯检测和微观环境等多维度数据进行综合分析 另一方面,目前测序技术周期较长(以周为单位)和成本较贵(以万为单位)。随着基因测序技术的更新迭代和医疗大数据的兴起,未来基因测序将在临床和个人健康管理上得到广泛应用。  基因测序行业需求分析  ● 临床医疗是目前基因测序主要应用领域之一  基因测序目前可应用于医疗领域和非医疗领域。医疗领域的应用领域主要有生殖健康、遗传病检测、新药研发、肿瘤诊断及治疗、心血管疾病以及医学基础研究,其中生殖健康、肿瘤诊断及治疗、新药研发和医学基础研究是目前最主要的应用领域。基因测序在非医疗领域的应用主要有环境污染治理、生物多样性保护、食品及中药材同源鉴定、农牧业育种及司法鉴定等。  ● 生殖健康领域产品相对成熟,市场仍有较大发展空间  基因测序技术在生殖健康领域的应用可分为胚胎植入检查、产前检查和新生儿疾病筛查。基因测序技术在生殖健康领域的应用较早,同时卫计委和CFDA在2014年也加强了对相关产品的监管,目前生殖健康基因测序产品已开始逐步成熟。  艾瑞分析认为,我国二胎政策的放开,高龄产妇和新生婴儿的数量将有一定的增长,同时对于产前检查和新生儿疾病筛查的需求也会增长。此外,我国不孕不育率呈逐年上涨趋势,对于胚胎植入前基因测序服务的需求也将增长。伴随基因测序技术的成熟,生殖健康基因测序服务的渗透率也将增长,行业仍有较大的发展潜力和空间。  ● 肿瘤诊断治疗应用为基因测序最具潜力的应用市场  肿瘤是机体在各种致癌因素作用下,局部组织的细胞在基因水平上失去对其生长的控制增生所形成的新生物。《2014 年世界癌症报告》数据显示,全球癌症病例预计癌症新增病例会从 2012 年的 1400 万,递增至 2025 年的1900 万,到 2035 年将达 2400 万。  Illumina公司预测基因测序全球总市场容量为200亿美元,肿瘤诊断与治疗应用方向为120亿美元,占比为60%,是基因测序最大的应用市场。同时,麦肯锡预测基因测序技术在肺癌、肠癌、乳腺癌和前列腺癌等领域的渗透率将高于20%。  艾瑞分析认为,肿瘤诊断和治疗是基因测序最具发展潜力的应用市场,主要原因有:1)全球癌症发病率逐步攀升,癌症负担正在不断加重,8 个死亡病例中就有 1 个就是癌症,特别对中国而言,人口老龄化的不断增加,环境污染和食品安全问题日益恶化,都使癌症的负担尤为突出 2)由于肿瘤具有显著的个体差异性,传统医疗方式在肿瘤治疗上具有非常大的局限性,而基因测序能够提供病患个体差异信息,并为肿瘤治疗提供指导,能够提高用药的安全性和有效性。  ● 全球基因测序市场将超110亿美元,复合增长率超20%  艾瑞整理公开数据显示,全球基因测序市场规模呈逐年增长的趋势,2007年全球基因测序市场规模为7.9亿美元,到2014年市场规模为54.5亿美元,预计2018年全球基因测序市场规模将超过110亿美元,年复合增长率为21.1%,市场增长迅速。  艾瑞分析认为,基因测序服务和上游基因测序耗材和试剂是带动市场规模快速增长的主要因素。随着基因测序技术的成熟,基因测序成本呈逐年下降趋势,测序成本的下降,将提高基因测序服务的渗透率,进而推动市场快速发展。基因测序需求增长的同时,也增加了对基因测序耗材和试剂的需求,因此在基因测序服务增长的同时,也带动了测序耗材和试剂的增长。  ● 中国基因测序市场增长率超20%,为增长最快国家之一
  • 华大基因二代测序产品获批点评
    国家药监局网站7月2日发布:批准BGISEQ-1000基因测序仪、BGISEQ-100基因测序仪和胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(联合探针锚定连接测序法)、胎儿染色体非整倍体(T21、T18、T13)检测试剂盒(半导体测序法)医疗器械注册。这是国家食品药品监督管理总局首次批准注册的第二代基因测序诊断产品,预计达安基因申报的基因测序平台获批是大概率。   一、基因测序产业链分为:仪器、试剂、服务。仪器与试剂属国家药监局审批,开展技术服务需要通过卫计委审批。此次华大基因二代测序产品的获批,对于国内巨大的潜在需求市场来说具有里程碑意义,但二代测序服务是否大规模推广需要等待卫计委的意见。但总的来说,中国基因测序行业正逐步走向规范,长远来看基因测序市场的爆发只是时间问题。   二、华大基因采取&ldquo 自主+合作&rdquo 仪器推广模式,预计达安基因与Life Tech合作申报仪器将获批。仪器技术壁垒高、呈垄断格局,目前全球二代基因测序仪市场被Illumina和Life Technologies把持,二者合计约占全球90%市场,呈现高度垄断格局。按照现行的医疗器械注册规定,进口医疗器械注册申报时需提交在原产国地区的上市证明文件,目前FDA仅批准了Illumina的MiSeqDx测序平台,因此与国内企业合作申报&ldquo 国产&rdquo 测序仪是通过审批的快速方法。BGISEQ-1000是基于华大基因收购的美国基因测序公司CG(Complete Genomics)的测序平台,BGISEQ-100则是基于Life Technologies公司的Ion Proton测序平台。达安基因与Life Technologies合作的同样是基于Ion Proton测序技术平台的DA8600,已完成在国内的申报工作,预计获批是大概率。同时,贝瑞和康与Illumina合作申请了基因测序平台的注册申报。   三、无创产前诊断引领基因测序行业发展。2月份,国家药监局和卫计委叫停基因测序服务。随后,3月份卫计委对基因测序服务试点申报门槛做了限定:具有通过省级技术审核的临床基因扩增检验实验室的三级甲等综合医院,妇幼保健院,专科医院,医学检验所,具备与拟申报项目相应的专业技术力量,包括仪器、技术、人员等。申报门槛的限定一定程度上重新整顿清理了基因检测行业。目前二代测序主要用于无创产前诊断,近2年在国内兴起,安全性(避免羊水穿刺带来的流产风险)和准确度较传统的筛查手段高,相关测序产品的获批将引领基因测序行业发展。未来,基因测序在遗传病筛查、个体化诊疗、健康管理方面都有巨大潜力。   四、技术推动分子诊断市场快速发展,PCR产品在新兴诊断领域有潜力。分子诊断技术包括临床PCR、原位杂交技术、基因芯片和基因测序技术等,目前国内以PCR产品和原位杂交为主(基因芯片市场规模尚小,基因测序技术服务尚未得到卫计委审批),临床主要用于传染病、性病、艾滋、肿瘤、遗传病的筛查检测,其中传染病(尤其是肝炎系列)检测占大部分市场。国内分子诊断市场保持20%以上增速,达安基因的临床PCR产品国内医院市场占有率约50%~60%。临床PCR产品在一些新的领域有较大潜力,2014年3月FDA批准罗氏cobas HPV Test用于宫颈癌一线初级筛查,这也是HPV分子诊断产品在全球首次获批用于宫颈癌一级初级筛查。个体化诊疗崛起下的诊断,尤其是在肿瘤治疗的临床应用有较大潜力,一是个体化靶向用药分子诊断 二是个体化化疗用药分子诊断,目前获批的个体化分子诊断产品多以PCR技术为主。   五、基因芯片需求突破。基因芯片由于涉及生物、电子、材料、计算机等多学科,技术壁垒较高,制造成本高,缺乏统一标准等问题困扰基因芯片技术的快速发展,基因芯片最大的优势是高通量,但这也是基因测序的优势,而基因测序成本不断下降挤压了基因芯片的空间。Affymetrix为全球最大的基因芯片公司,也是全球极少数盈利的基因芯片公司。Affymetrix2013年收入3.3亿美元,同比增11.8%,净利740万美元,2012年为亏损680万美元。其中芯片业务收入2.1亿美元,与2012年持平。国内基因芯片主要公司有北京博奥生物、珠海赛乐奇生物、上海百傲科技和宏灏基因。   六、达安基因未来将受益于基因测序行业的发展。国内目前产前诊断做的比较大的为华大基因和贝瑞和康,达安作为上市公司注重合规合法,公司的基因测序主要面向科研用户。此次卫计委叫停基因测序产品后,公司申报了用于产前诊断的21三体、18三体和13三体检测试剂盒已进入《创新医疗器械特别审批申请审查结果公示》,公司与Life Technologies合作的基于Ion Proton测序技术平台的DA8600获批是大概率。二代基因测序除在产前诊断外,在遗传病筛查、个体化诊疗、健康管理方面都有巨大潜力。公司为国内分子诊断龙头,在分子诊断试剂开发方面国内最强,假若公司二代测序平台获批和国内放开基因测序技术服务,公司将充分有益于基因测序行业的发展。

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  • 【转帖】第三张“基因变异图谱”与第二代基因组测序技术

    第三张“基因变异图谱”与第二代基因组测序技术——评“千人基因组计划”首期研究成果的医学意义世界上任意两个人的基因99%都是相同的,而恰是那1%不同,负责着个体间的表型差异。《自然》杂志近期披露,当人体内携带有250到300基因变异位点的时候,相关基因就就会“沉默”。甚至,一个人只携带了 50到100基因变异位点,就可能患上某种疾病。10年前,“人类基因组计划”这一耗资30亿美元、历时10余年的伟大科学工程完成之际,人们以为得到了揭开自身生命奥秘的天书,生命科学也划时代地进入了“后基因组时代”。如今看来,当时得到的仅仅是人类基因组的“参考图谱”,对于人群里个体间的基因差异,或是更具医学意义的“基因变异图谱”来说,人们知之甚少。第三张“基因变异图谱”为了探寻个体间的基因差异,科学界在2002年启动了HapMap(人类基因组单体型图谱)计划。Hapmap在2005年完成的“第一张基因变异图谱”含有一百万个“单核苷酸多态性”(SNPs)位点;HapMap在2008年完成的“第二张基因变异图谱”含有三百一十万个SNPs位点。而此次“千人基因组”所公布的一期结果——“第三张基因变异图谱”,已经包含了一千五百万个SNPs位点。今年10月28日,《自然》杂志为此刊出的文章题目为“基于群体规模的基因变异图谱”,鲜明的指出,“千人基因组计划”首期研究成果,其最大优势在于:“第三张基因变异图谱”所采用的样本,针对了“大规模人群”。 远超过此前两张“基因变异图谱”所测定的样本数。绘制“第三张基因变异图谱”的所有数据,是基于两个核心家庭,6个个体的精确基因组测序,179个个体的低覆盖率基因组测序,以及七百多人的蛋白编码区的基因测序。检测人群数目庞大,人种涉及中国人、日本人、西欧人等。因此,第三张“人类基因变异图谱”的问世,可以从更深的层次上了解,种族之间、个体之间的基因差异。更具医学意义的是,对于人群中发生频率在1%以上的基因变异,本次研究的覆盖率达到95%以上。这就意味着:此前Hapmap计划所绘制的两张“基因变异图谱”中,没能涉及的“罕见病”致病基因,可能在“第三张基因变异图谱”中已经被标出。“基因变异图谱”的医学应用随着,“人类基因变异图谱”绘制的日臻完善,和商业化全基因组SNP 分型芯片成本的不断降低,以及新的统计方法和软件的出现, “全基因组关联分析”( Genome-Wide Associat ion Study , GWAS) 越来越多的应用于复杂疾病“易感基因”的确定。今年6月6日,安徽医科大学的张学军教授领衔的团队,通过对中国汉族和维吾尔族人群近2万份样本进行分析,在人类基因组的3个区域内发现与白癜风发病密切相关的4个易感基因。今年8月2日,中***事医学院贺福初院士领衔的蛋白质组学国家重点实验室,通过对大陆5个肝癌高发区的4500多名肝癌病例和对照的研究,发现了肝癌易感基因新区域(1p36.22)今年8月23日,新乡医学院的王立东教授联合国内18家医院,建立了数十万份的食管癌标本资料库,并首次在人类第10号和20号染色体上,发现两个食管癌易感基因(PLCE1和C20orf54)。基因变异有着很强的人种差异,相比国外此领域的研究成果,以上研究成果的临床意义,在于其是针对我国的特有人群。也就是说,以上研究成果在我国的临床上更具医学价值。更为可喜的是,以上研究成果均发表在此领域最为权威的《自然 遗传学》杂志上。我国在利用GWAS需找复杂疾病易感基因领域的研究,已经得到了世界的公认。

  • 74万!海南省疾病预防控制中心新冠病毒二代基因测序试剂耗材采购项目

    [quote]项目概况新冠病毒二代基因测序试剂耗材采购项目 采购项目的潜在供应商应在海口市蓝天路名门广场北区B座1-5号3005室获取采购文件,并于2023年04月06日 09点00分(北京时间)前提交响应文件。[/quote][font=inherit]一、项目基本情况[/font]项目编号:HZ2023-126项目名称:新冠病毒二代基因测序试剂耗材采购项目采购方式:竞争性谈判预算金额:74.9107000 万元(人民币)采购需求:详见用户需求书合同履行期限:详见用户需求书本项目( 不接受 )联合体投标。[font=inherit]二、申请人的资格要求:[/font]1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定;2.落实政府采购政策需满足的资格要求:无3.本项目的特定资格要求:(1)企业需提供营业执照,事业单位需提供事业单位法人证书,其他组织提供法人登记证书等相关证明文件,自然人提供身份证明;(2)需提供2023年以来任意一个月企业纳税证明,或者会计师事务所出具的2021年度或2022年度财务审计报告;(3)需提供2023年以来任意一个月企业社保缴费记录;(4)需提供具备《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定条件的承诺书;(5)需提供本项目谈判保证金的缴纳证明。[font=inherit]三、获取采购文件[/font]时间:2023年03月30日 至 2023年04月04日,每天上午9:00至12:00,下午14:30至17:00。(北京时间,法定节假日除外)地点:海口市蓝天路名门广场北区B座1-5号3005室方式:1.直接购买, 报名时需出示加盖公章的公司营业执照副本复印件、介绍信(或委托函)、委托人身份证复印件。 2. 线上购买,将加盖公章的公司营业执照副本复印件、介绍信(或委托函)、委托人身份证复印件发送至hnhzzb@163.com。售价:¥200.0 元(人民币)[font=inherit]四、响应文件提交[/font]截止时间:2023年04月06日 09点00分(北京时间)地点:海口市蓝天路名门广场北区B座1-5号3002室[font=inherit]五、开启[/font]时间:2023年04月06日 09点00分(北京时间)地点:海口市蓝天路名门广场北区B座1-5号3002室[font=inherit]六、公告期限[/font]自本公告发布之日起3个工作日。[font=inherit]七、其他补充事宜[/font]1、递交响应文件时间:2023年 4月 6日08:45~09:00。2、谈判保证金为:¥3500.00元,可通过转账到招标代理机构以下账户并注明汇款单位、项目编号。保证金必须在响应性文件递交截止时间前到账,否则投标无效。保证金也可选择以支票、汇票、本票或者金融机构、担保机构出具的保函等非现金形式提交。 户 名:海南海政招标有限公司开户行:中国建设银行海口国兴大道支行帐 户:460501002537000001843、公告发布媒介: www.ccgp.gov.cn。4、文件售价:¥200元/套(售后不退),标书费用转入以下账户:户 名:海南海政招标有限公司开户行:中国建设银行海口龙珠支行帐 户:46001003536053003445[font=inherit]八、凡对本次采购提出询问,请按以下方式联系。[/font]1.采购人信息名 称:海南省疾病预防控制中心地址:海南省海口市美兰区海府路40号联系方式:林先生0898-653157822.采购代理机构信息名 称:海南海政招标有限公司地 址:海口市蓝天路名门广场北区B座1-5号(30楼)3005室联系方式:电话: 0898-68500661(报名电话)、68500660; 财务:0898-68555187;公司邮箱:hnhzzb@163.com3.项目联系方式项目联系人:成小姐电 话:  0898-68500661(报名电话)、68500660

二代测序相关的资料

二代测序相关的仪器

  • Ion GeneStudio&trade S5系列是一条可在多种研究应用中运行小型及大型项目的桌面式二代测序(NGS)系统新产品线,具有最为简单的覆盖从样本到数据的NGS流程和超快的运行速度。这些系统可以灵活选择五种不同Ion Torrent&trade 芯片,因而能进行十分广泛的实验应用。Ion Torrent&trade 测序芯片——系统多功能性的法宝单凭一台仪器是如何如此轻松地扩展来适应多种应用、通量以及数据输出量的呢?答案在于配套的测序芯片。您只需考虑测序所需的样本数量以及最适合自身应用的预期数据输出量。然后,便可轻松选择合适您的通量或应用需求的测序芯片。如此的多功能性使得您无需更换测序平台,也能满足小型或大型项目的需求。手工操作时间不足45分钟的简单、快速NGS工作流程通过与Ion AmpliSeq&trade 靶向富集和Ion Chef&trade 自动化文库及模板制备系统联合使用,Ion GeneStudio S5系列平台可使您的NGS工作流程更加流畅,让您将更多精力放在研究问题上。
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  • 日立DS3000紧凑型基因分析仪 上世纪90年代初,三大科学计划之一的 “人类基因组计划”启动,并于2001年完成了人类基因组草图,而这一伟大工程,正是基于“Sanger法”的DNA测序技术。 随着科学技术的不断发展,一代测序受检测效率的限制,无法应对大量基因组测序的需要,因此二代测序、三代测序技术,甚至四代高通量测序技术不断涌现。但一代测序因其极高的准确率,直到今天仍然在科研、法医、疾控、食药及临床领域等广泛使用,也是高通量测序验证过程中的重要环节,因此,被称为基因检测的金标准。制药,食品,科研等研究机构均需要通过测序来进行基因分析,为了满足该需求,日立研发了紧凑型基因分析仪“DS3000”,现已全新上市。 日立DS3000秉承日立高新多年来研究开发的毛细管技术与激光辐射技术,作为小型CE测序仪不仅外形“紧凑”,还实现了“高性能”及“高速处理”,可轻松完成片段与测序分析。此外,本产品还采用了环境友好型设计,通过减少在产品使用时排出的CO2排放量,为客户提供可降低环境负荷的产品。DS3000采用4通道毛细管,一次性可处理32个样本,可同时进行6色荧光检测。支持短串联重复序列分析、微卫星不稳定性检测、突变分析和测序分析等用途。 产品特点:1. 操作简便-结构紧凑&触摸屏设计设备采用GUI的触摸屏显示设计,宽400 mm×长600 mm×高600 mm,结构紧凑,节省空间。触摸屏采用扁平化设计,界面布局直观,加强操作的便捷与实用性。 -卡槽式包装耗材耗材包装采用卡槽式设计,安装简便。-流程高效1. 简化的操作流程,安装方法和步骤说明清晰易懂,无论是初次使用仪器的新手,还是不定期使用仪器的用户,均可轻松完成操作。 2. 配备远程监控系统:DS3000配备远程监控系统,支持“远程设备访问”,可以在Web端监测设备状态,设置检测条件,显示分析结果及生成报告等。进一步提升了操作的便利性,实现高效的工作流程。3. 方便普适,用户可使用任何电脑:可使用用户端网络及电脑输出报告,进行二次解析等。 2. 系统智能-智能耗材管理耗材使用情况实时监控,根据参数,系统能够自动计算出耗材剩余使用次数,提高耗材管理效率。-检测结果智能判断校准检测通过波形及数值表现每道毛细管的信号强度,样本检测根据质量参数设置,自动判断检测结果合格与否,一目了然。 3. 性能优异-创新无泵注胶系统——无需清洗泵,无需排气泡DS3000 采用无泵注胶系统,并成功研发出可移动密封式注射型聚合物,经久耐用,在填充聚合物时无需排气泡,避免了不必要的浪费,同时免除了以往的清洗步骤,有助于缩短维护时间并降低成本。由此可降低用户维修频率,操作性能得到极大提升。 -创新设计光源——使用寿命更长DS3000采用全新设计的激光二极管光源 (LD光源),受模拟脉冲信号控制,DS3000仅在检测时打开光源,与以往光源相比,延长了实际亮灯时间。 日立DS3000基因分析仪作为一款小型的集成化台式DNA分析仪,“紧凑”而“高效”,可以帮助生命科学专家在各种规模实验室进行Sanger测序和DNA片段分析工作。 (此产品仅供科研使用)
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  • Ion TorrentTM GenexusTM系统由Genexus纯化系统、Genexus一体化测序仪和Genexus软件组成,极具创新性地将NGS全部湿实验和干实验,及全流程硬件系统和软件系统实现一体化。自动化程度高只需两台仪器,即可将整个流程从样本核酸提取、纯化、定量、稀释,到文库构建、模板制备、测序,再到数据质控、分析、变异查找、注释、报告出具的诸多步骤实现自动化操作。全程仅需2步人工操作,极大程度减少了人工干预。一体化程度高创新性地将核酸提取设备、纯化设备、定量设备、移液设备、视觉监控设备、温控设备、文库构建设备、模板制备设备、二代测序主机、基础分析软件、数据和报告服务器,众多硬件设备和软件集成一体,引领行业发展。可及性强简单易用的系统,全流程只需2步、15分钟的手动操作和设置。所有试剂预装且耗材配有条形码,即拆即用,机载智能化视觉追踪反馈系统实时监控耗材情况,具有防错保护功能。全程由一个操作简便的软件控制,只需快速的4步设定。1~32个样本通量,最快一天完成NGS全流程,灵活高效。Genexus系统兼具“智慧大脑” 和“发达四肢”,即便是没有NGS经验的人员,也能迅速开展NGS项目。拓展性强广泛的应用范围,可用于肿瘤、微生物与感染性疾病、生殖遗传领域相关检测,以及更多领域的转化研究应用。借助Ion AmpliSeqTM核心技术,可为人类和其他各物种自由灵活定制各种基因检测Panel,提供一站式解决方案。兼容性强兼容丰富的样本类型,包括FFPE、全血、血浆、新鲜组织、冷冻组织、外周血白细胞等。周转时间快检测速度快,最快只需一天即可获得最终变异检测报告。准确性高目前,采用Ion Torrent技术已发表的原创研究文献已超过10,000多篇,国内外诸多研究和实践均证明Ion Torrent技术和Ion AmpliSeq方法的准确性和可靠性。
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二代测序相关的耗材

  • 二代测序DNA片段筛选试剂盒BeaverBeads
    DNA片段筛选试剂盒 BeaverBeads™ DNA Select Isolation Kit包含超顺磁性微球,以及预制缓冲液,可用于二代测序(Next Generation Sequencing, NGS)建库时特定范围DNA片段的筛选。将缓冲液与样品按照一定比例混合后,即可实现不同分子量核酸 片段的回收,免去了切胶纯化带来的不便。(备案号:苏苏械备20160054) 产品名称 编号 规格 包装 单价 BeaverBeads™ DNA Select Isolation Kit 70407-10 10mL ¥4000.00 BeaverBeads™ DNA Select Isolation Kit 70407-50 50mL ¥15000.00 产品特性1. 高纯度:回收产物可直接用于二代测序(NGS)建库;2.***筛分:自由选择核酸片段的筛选范围,并实现***筛分;3.良好操作性能:磁珠磁响应能力强,有效防止因磁珠残留而造成的影响。 产品应用实例1.左侧片段筛选:用于回收分子量大于筛分界限的核酸片段,在该操作流程中,随着磁珠悬液与样本比率的增大,小片段核酸的结合效率会逐渐增大,如图1所示: 图1 左侧片段筛选效果M:Marker; Shear:打断的核酸片段; 0.8×~ 0.4×:磁珠悬液的加入量与样本量的比率 2.右侧片段筛选:用于回收分子量小于筛分界限的核酸片段,在该操作流程中,随着磁珠悬液与样本比率的增大,大片段核酸的结合效率会逐渐降低,如图2所示: 图2 右侧片段筛选效果M:Marker; Shear:打断的核酸片段; 1.2×~ 0.5×:磁珠悬液的加入量与样本量的比率3.两侧片段筛选:用于回收分子量处于特定范围的核酸片段,在该操作流程中,可通过调整BeaverBeads TM 与样本比率在左右两侧的变化(左侧片段筛选比率总大于右侧片段筛选比率),来控制反应体系对某一范围内核酸片段的回收,如图3所示: 图3 两侧片段筛选效果M:Marker;Shear:打断的核酸片段;Shear:打断的核酸片段;
  • 欧罗拉自动化回收测序反应产物试剂盒
    MagPure纯化技术介绍MagPure(磁珠法)纯化技术是专门为自动化核核酸提取设计的。该技术采用超顺磁性粒子为基质, 在其表面包被硅醇基或羧基基团,使得微粒与核酸发生特异性的吸附作用,从而达到纯化核酸的目的。 MagPure技术配合自动化核酸提取工作站,可将核酸分离纯化,从手工变成机械自动化操作,可大大 提高实验的准确度和通量,并减少操作人员接触危险样品的机会。MagPure DTR Removal Kit (自动化回收测序反应产物)磁珠法荧光测序产物回收试剂盒MagPure DTR Removal Kit是专门为大批量测序反应产物回收纯化设计的。试剂盒采用超顺磁性磁性粒子纯化技术,适合于从各种体积的 测序反应产物中回收DNA片段,并高效去除测序反应中游离的荧光染料。引物、引物二聚体、盐和蛋白质等杂质也可被高效去除,纯化的 DNA可直接用于自动测序应用。试剂盒采用夹心包被法制备的磁性粒子,粒径均一,表面活性基团丰富,可高效回收DNA。使用该方法纯 化测序反应物,能有效提高测序仪的信号强度,并可以节省更多的BigBye染料。提高速度的同时,可以减少测序成本。将BigDye进行梯度稀释后,进行测序PC R反应。再用不同的DTR纯化试剂盒进化 纯化,最后上样于ABI 3730XL进行分析。结果表明,经Magen DTR Removal Kit 纯化的测序产品得到的荧光信号更强。96个相同的测序反应物经Magen DTR Removal Kit和经典 的乙醇沉淀纯度后,然后上样于ABI 3730XL进行分析。结 果表明,经Magen DTR Removal Kit纯化的测序产品得到 的荧光信号更强。可兼容液体处理系统VERSA 10 PCR/NAP 自动化核酸提取-PCR建立工作站VERSA HT 高通量自动化液体处理工作站VERSA 1100 NGLP 下一代测序工作组VERSA 1100 4ch Independent 独立四通道液体处理工作站VERSA 1100 PCR/NAP 自动化核酸提取-PCR建立工作站Aurora在核酸分离纯化领域拥有完整和先进的技术,MagPure试 剂盒为不同样品提供不同粒径或不同官能基团的磁性粒子,以达到 最佳的纯化效果。在满足产品精确性及可重现性的要求,实现高通 量自动化核酸纯化的同时 保证产品绝对的兼容性。
  • 齐碳科技 QCell-6k 纳米孔基因测序芯片
    产品介绍 配套齐碳自主研发的QPursue纳米孔基因测序平台,适用于各种核酸分子的测序实验。用户只需将制备好的文库加载至测序芯片,即可开始测序。 通过电场力驱动单链核酸分子穿过纳米尺寸的蛋白孔道,由于不同碱基通过纳米孔道时产生了不同阻断程度和阻断时间的电流信号,根据电流信号识别每条核酸分子上的碱基信息,实现对单链核酸分子的测序。产品特点1、全新打造硅基材生物芯片带来更稳定的测序表现和数据产出;2、全新ASIC电路信号排布方式,密度更高;3、单芯片搭载通道数超6000个,极大提升测序通量;4、集成电路/生物芯片二合一,抗干扰性强,准确率高。 登录齐碳科技官网,查询更多详情信息:http://www.qitantech.com/

二代测序相关的试剂

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