管谱分析方法

p 　　 strong 仪器信息网讯 /strong 近日，北京东西分析仪器有限公司(简称：东西分析)与北京市疾病预防控制中心合作，利用公司自主研发的Ebio Reader 3700飞行时间质谱系统与独特的蛋白指纹图谱技术，在MaldiTOF的技术平台上初步构建了创新的新冠病毒肺炎质谱蛋白检测方法，助力抗击新冠病毒肺炎疫情，有助于多环节多手段堵住检测漏洞。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202006/uepic/4de1de79-43cb-4c16-ae57-0fb5c799afed.jpg" title=" a54c7097-2053-4741-894a-d5235155dc82_副本.jpg" alt=" a54c7097-2053-4741-894a-d5235155dc82_副本.jpg" / /p p 　　 strong 据介绍，此方法的创新性有： /strong /p p 　　1) 利用疾病蛋白表达的特点，新冠肺炎患者在感染最早期就能发现。 /p p 　　2)使用血清样本进行检测，采样方式安全 速度快，前处理后只需要几十秒钟便能产生结果。 /p p 　　3)处理方法简单、无需复杂的核酸提取和PCR等步骤 /p p 　　4)纯化后的样本特异性较高，显著提高测试结果的灵敏度 /p p 　　5)平台检测通量高，结果精准 /p p 　　6)计算机神经网络聚合分类软件，避免人为因素干扰。 /p p 　　迄今为止，东西分析科研团队已构建了健康人群血清样本的初步蛋白指纹图谱；初步构建新冠肺炎阳性(经核酸法确认)血清样本的蛋白指纹图谱；测试了多例新冠肺炎阴性血清样本(包括正常人群和其他病原体样本)，结果显示与新冠肺炎阳性样本的生物蛋白峰有明显差异。 /p p 　　东西分析的科研人员目前正在加班加点，加大实验的数量和各种疾病种类，不断优化诊断的算法。后期的工作目前还在持续进行中。 /p p style=" text-align: center" img style=" max-width:100% max-height:100% " src=" https://img1.17img.cn/17img/images/202006/uepic/2124a161-9889-440b-a365-b5dc28301078.jpg" title=" 9233f9d8-2303-4939-ae9e-41a60bf7221f.jpg" alt=" 9233f9d8-2303-4939-ae9e-41a60bf7221f.jpg" / /p p 　　此前，东西分析自主研发的Ebio ReaderTM3700 全自动飞行时间质谱系统 (MALDI-TOF)入选中国医学装备协会新冠肺炎疫情防治急需医学装备清单。 /p p 　　新冠疫情发生以来，东西分析及全体员工已组织两次定向捐款，分别向武汉市金银潭医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院捐款共20万元，用于支持医院新型冠状病毒性肺炎的疫情防控工作。危难时刻，彰显了东西分析全体员工的社会责任感，为疫情防控贡献自己的力量。 /p

p 　　2020年3月31日，国家市场监督管理总局、国家标准化管理委员会联合发布186项国家标准，其中包括多项分析检测相关标准，涉及了质谱分析方法通则，以及紫外荧光法、拉曼光谱法、液相色谱-质谱法、毛细管电泳法等多类别的仪器检测方法。部分摘录如下： /p table border=" 1" cellspacing=" 0" cellpadding=" 0" width=" 600" align=" center" tbody tr class=" firstRow" td width=" 195" p style=" text-align:center " 国家标准编号 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 国& nbsp 家& nbsp 标& nbsp 准& nbsp 名& nbsp 称 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " 代替标准号 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 实施日期 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 6041-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 质谱分析方法通则 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 6041-2002 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 6324.10-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 有机化工产品试验方法& nbsp 第10部分：有机液体化工产品微量硫的测定& nbsp 紫外荧光法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.2-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 香辛料和调味品 & nbsp & nbsp 取样方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.2-2008 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.4-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 香辛料和调味品 & nbsp & nbsp 磨碎细度的测定（手筛法） /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.4-2008 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.5-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 香辛料和调味品 & nbsp & nbsp 外来物含量的测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 12729.5-2008 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 30987-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 植物中游离氨基酸的测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 30987-2014 /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38568-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 工业微生物菌株生长表型测定 & nbsp & nbsp 微液滴浊度法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38569-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 工业微生物菌株质量评价& nbsp 拉曼光谱法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38570-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 植物转基因成分测定& nbsp 目标序列测序法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38571-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 植物次生代谢物生物碱的检测 & nbsp & nbsp 液相色谱-质谱法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38578-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 水产源致敏性蛋白快速检测& nbsp 毛细管电泳法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38579-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 生物产品中光合细菌测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-03-31 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38592-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 纺织染整助剂产品中4,4& #39 -亚甲基双(2-氯苯胺)的测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38596-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 催化剂生产废水中重金属含量的测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38608-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 油墨中可挥发性有机化合物（VOCs）含量的测定方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38611-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 办公家具 办公工作椅 稳定性、强度和耐久性测试方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38612-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 人造革合成革试验方法 & nbsp & nbsp 拉伸负荷及断裂伸长率的测定 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38683-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 轴承钢中大夹杂物的超声检测方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38684-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 金属材料 薄板和薄带 双轴应力-应变曲线胀形试验 & nbsp & nbsp 光学测量方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2020-10-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38685-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 硫酸工业尾气硫酸雾的测定方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38691-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 石油炼制催化剂比表面积测试方法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38711-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 超薄玻璃再热线收缩率试验方法 & nbsp & nbsp 激光法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr tr td width=" 195" p style=" text-align:center " GB/T & nbsp & nbsp 38712-2020 /p /td td width=" 383" p style=" text-align:center " 超薄玻璃导热系数试验方法 & nbsp & nbsp 热流法 /p /td td width=" 156" p style=" text-align:center " & nbsp /p /td td width=" 117" p style=" text-align:center " 2021-02-01 /p /td /tr /tbody /table p br/ /p

2019年，上海交通大学丁显廷教授和林关宁教授团队联合在Genome Biology上发表了题为“A Comparison Framework and Guideline of Clustering Methods for Mass Cytometry Data”的文章。 该文章从准确性（precision）、一致性（coherence）和稳定性（stability）三个层面由浅入深地阐明了不同单细胞质谱流式技术（CyTOF）细胞族群分析方法的优劣及其适用场景。这是国际一线杂志第一次报道中国大陆学者在单细胞质谱流式技术数据标准化和分析方法学方面的工作。相比传统荧光标记的流式细胞术，CyTOF技术采用金属同位素标记抗体，避免了荧光重叠和自荧光消除的问题，可在单细胞水平同时测量数百万细胞中近百种蛋白质的表达量。这种同时获取高维度蛋白质的超强能力使得CyTOF技术在药物优化、疫苗开发和疾病标记发现方面具有重要的应用价值。然而，迄今为止CyTOF技术的数据标准化、样本和数据的质量控制、分析方法学，主要还是基于欧美学者提出的Accense，PhenoGraph和Xshift等分析方法。虽然这些分析方法已被广泛应用于不同的领域和临床研究，但是很多研究者对于采用哪个方法能更好地分析个体化的数据仍然存在疑惑。在这篇文章中，研究人员在三类异源（骨髓细胞、肌肉组织、结肠组织）6个单细胞组学的数据集上对目前经典的无监督和半监督细胞分群方法进行了基准分析和深度比较。在准确性（precision）分析上，根据四种内部评价指标（Accuracy，F-measure， NMI和ARI）讨论了不同方法对细胞进行分群的准确性；在一致性（coherence）分析上，利用三种外部评价指标（DB，CH和XB）探讨了细胞分群方法揭示细胞数据内部本质结构的能力；在稳定性（stability）分析方面，研究了随细胞采样数量变化，不同方法的准确性和识别出的细胞亚群数量的鲁棒性。此外，这篇文章还讨论了分群方法的分群分辨率，发现PhenoGraph和Xshifit能够识别出更细粒度的亚群（亚群数量偏多），而DEPECHE倾向于识别粗粒度的亚群（亚群数量偏少）。图1 CyTOF数据细胞分群方法的选择决策树综合上述框架的分析结果，这篇文章为单细胞质谱流式分析领域的研究者，特别是初学者以及没有生物信息学基础的研究者，提供了细胞分群方法的选择决策树。图2 聚类方法的稳定性分析上海交通大学生物医学工程学院个性化医学研究院是中国最早建立起单细胞质谱流式技术的单位之一，并已初步实现技术向临床应用的转化，先后利用单细胞痕量蛋白分析技术完成了寄生虫耐药、银屑病、结肠癌、肺结核方面的相关临床应用研究。刘晓博士、宋炜宸博士生是论文的第一作者。丁显廷教授和林关宁教授是论文的通讯作者。相关研究得到国际人类表型组计划、国家传染病重大专项、上海市高峰高原学科建设计划、国家自然科学基金等项目的支持。