数据分析软件

大连达硕信息技术有限公司(以下简称“达硕信息”)专注企业级数据的分析整合、深度挖掘与商业智能，掌握数据核心技术，提供专业化的数据处理软件产品，个性化的数据整体解决方案，以及平台级的数据整合服务。公司目前推出多款数据分析软件产品，欢迎试用。魔力TM复杂多变量数据智慧化处理软件系统 (ChemDataSolution)科学仪器数据因其高维、高通量与高复杂度的特征，价值密度大，但分析处理的困难度亦很高。食品快检与安全监测、工业过程分析与生物组学研究等众多领域所面临的在线与动态、快速与实时，以及模型共享与大数据分析等诸多问题，对智慧型数据挖掘与深度价值利用提出了现实的需求。与传统的多变量数据分析产品或仪器自带的软件相比，ChemDataSolution系统在复杂情形下的文件夹数据批载入、智能算法流、一键数据处理与多模型分析、同时模型构建、验证与预测、多线程与并行计算以及用户体验等各个方面具有开创性，是分析处理色谱和质谱，尤其是近红外等光谱数据的强大工具。主界面截图 (ChemDataSolution)该系统具有如下的特色与优势： 1、数据分析算法流算法流是指构造包含不同数据处理方法的数据整合与优化流程，设置算法参数，在实际的数据分析处理中，仅需往算法流中添加待分析数据即可获得最终结果，完整保留中间计算结果以备查验，实现更快速便捷，准确智能的分析模式。 2、一键处理与多模型处理因算法流思想可实现数据处理方法的逐级串联与优化整合，将训练集、验证集或预测集同时添加到算法流中，达到一键处理即获得所有分析结果的目的。 3、同步建模、验证与预测在算法流的使用中，用户可分别添加建模、验证与预测数据，系统先构造模型，然后再将验证与预测数据进行相同的预处理或特征选择操作，基于已构建的模型获得计算结果，同样可极大减少用户的操作步骤。 4、智能数据批载入与数据库数据载入是数据分析的基础，实现复杂情形下的数据批载入是实现智慧型数据分析的前提。通过研究不同类型数据结构，尤其是数据自动载入时可能遇到的各种情形，提出数据智能载入的整体解决方案，如数据类型与长度、数据与字符、数据分隔符、化学坐标处理、数据头文件、数据排列方式、数据载入后是否放入已经存在的数据文件中，以及多个数据文件的上述处理方式是否存在差别等。 5、用户体验ChemDataSolution实现了非常人性化的用户体验与功能，比如基于XML技术的参数预设值、保存与调用，用户偏好设置，自定义报表，特别是基于导航栏文件式的数据、图形、算法流与模型结果管理等。 代谢组学小分子化合物快速鉴定软件系统该系统由达硕信息与中国科学院大连化学物理研究所共同开发完成，是未知代谢物定性分析的不二选择。系统融合多级质谱的精确质量数与保留时间信息，实现未知代谢物的多层次鉴定分析。系统主要具有如下功能与特色： 1、完备的代谢标准化合物数据库系统以SOP的方法，在正、负二个电离模式，以及三个不同检测电压下，采用先进的AB SCIEX 5600+仪器，构建2,000个不同代谢物的LC-MSn数据库，同时包含高分辨精确一级和二级质谱，以及保留时间的信息。这也是系统的核心优势之一。 2、定性经验的传递基于LC-MSn分析的化合物鉴定，经验性极强，初学者或者研究生需要花费很大的时间与精力才能基本掌握；而且学生一旦毕业，其定性结果与经验又无法为实验室继续利用，导致学生循环往复，研究组的积累却很是有限。系统通过不同成员构建灵活的扩展库数据库、未知物数据库，本地与局域网互联互通，以及强大的数据库功能，达到这样的目标：“研究生毕业不要紧、定性知识留下来”，“新进实验室不要紧，站在师兄师姐的肩膀上”。 3、多层次定性分析除上述自建标准化合物数据外，系统集成HMDB、Metlin、LIPID MAPS以及MMCD网络数据库，用户可在系统直接批量搜索这些数据库，实现与自建数据库分析结果的比较、融合与定性结果相互补充、扩展。在此基础上，用户可实现自建标准化合物数据库、网络数据库、扩展数据库，以及未知物数据库的综合定性分析，并可在不同数据库所得到的结果间相互比较分析，以获得最可靠的鉴定结果。此外，系统通过先进的样本间数据校正、定性匹配算法、原始数据批载入，批量定性分析，快速丰富查询(如中性丢失等)，以及优越的用户体验等功能，实现代谢小分子化合物的快速鉴定。主界面截图 (代谢小分子化合物快速鉴定软件系统)

与其他的组学学科相似，代谢组学的数据收集是个问题，但肯定不是研究人员面对的最大问题。大多数人都同意，更大的问题是弄清楚代谢组学数据集到底意味着什么。幸运的是，不断出现的分析工具正在帮助打破这个瓶颈。　　研究人员逐渐懂得，如果你真的想要了解细胞行为，你需要研究代谢物。基因编码蛋白质，而蛋白质作用于小分子。这些分子的存在和丰度，被统称为代谢组(metabolome)，反映和影响了健康、营养、免疫系统等。　　与其他的组学学科相似，代谢组学的数据收集是个问题，但肯定不是研究人员面对的最大问题。大多数人都同意，更大的问题是弄清楚代谢组学数据集到底意味着什么。&ldquo 数据分析仍是个巨大的瓶颈，&rdquo 赛默飞世尔代谢组学的市场部经理Yingying Huang说。　　幸运的是，不断出现的分析工具正在帮助打破这个瓶颈。　　光谱图库　　代谢组学的数据分析主要分为两个部分：峰值检出(peak picking)和峰值鉴定(peak identification)。峰值检出是利用代表不同条件(如健康和患病)的多个数据库进行筛选的过程，并鉴定出它们之间不同的光谱特征。在这些峰被发现之后，它们所代表的化合物必须被鉴定。　　多个软件包可处理第一个问题，包括商业化工具(如安捷伦的MassHunter Profinder，布鲁克的ProfileAnalysis，赛默飞世尔的SIEVE&trade 和Waters的Progenesis QI)以及免费工具(MZmine和XCMS Online)。而一些图库正在开发或已被开发出，以解决第二个问题。　　斯克里普斯研究所(Scripps Research Institute)代谢组学和质谱中心的主任Gary Siuzdak谈到，他的METLIN数据库目前列出了240,000种化合物，其中11,600种有MS/MS光谱数据。而人类代谢组数据库(HMDB)有近42,000种化合物，其中1,164种有MS和MS/MS数据。此外还有其他选择，包括ChemSpider和MassBank。　　当然，我们不可能收集每个代谢产物的实验数据，加州大学戴维斯分校的Oliver Fiehn认为。目前有太多的代谢产物，而并非全部都有纯化形式作为标准品。&ldquo 在某些时候，你必须预测MS/MS图谱会怎么样，&rdquo 他说。　　Fiehn解决这个问题的工具是LipidBlast，它包含200,000个预测的脂类光谱。&ldquo 这很难[做到]，&rdquo Fiehn承认，因为与肽段不同，代谢物有各种形状、形式和大小。有了LipidBlast，用户能够将它们未知的图谱与图库进行比较，看看是否有hit，就像DNA研究人员利用BLAST将基因序列与GenBank比较。赛默飞世尔也有个类似的工具，叫LipidSearch&trade 。　　阿尔伯塔大学(University of Alberta)的化学教授Liang Li最近推出了一个类似的项目，MyCompoundID.org，以扩展HMDB的用途。MyCompoundID的建立是从HMDB中抽取8,000种代谢物，并计算它们的质量以及经历76种可能的生物转化(如磷酸化、甲基化或D-核糖基化)后的预测光谱特征。这些结果将帮助研究人员缩小未知光谱特征的可能身份。　　SWATH采集　　代谢组学研究可能是靶向，也可能是非靶向的。对于前者，研究人员设定他们的仪器(通常是三重四级杆质谱仪)来扫描特定的代谢物。而对于后者，仪器扫描特定质量范围内的一切，但只收集高丰度离子的MS/MS碎片数据。　　这种所谓的数据依赖的流程是为方便起见而设计的。不过Fiehn认为，它不尽如人意，有时研究人员发现样品之间的特定离子变化明显，但没有被碎裂，因为它是低丰度的。　　最近，苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold介绍了这个问题的解决方案1，它已被AB SCIEX商业化。这种被称为SWATH&trade MS的策略避开了数据依赖处理，而支持数据非依赖的处理，即所有进入质谱仪的离子都被碎裂和分析。它逐步分析用户定义的分离窗口，重复，并通过计算整理出产生的碎片，从而覆盖很宽的质量范围。　　2013年，华盛顿大学的化学家Gary Patti利用安捷伦的6520 Q-TOF质谱仪和定制的R package，在代谢物上应用了一种类似的方法2。据AB SCIEX的高级营销经理Fadi Abdi介绍，AB SCIEX如今正将SWATH技术应用在蛋白质组学上。　　用户在TripleTOF质谱仪上收集高速的光谱数据，并利用MS/MS光谱图库来解释它，这与蛋白质组学的方法相似。&ldquo 在数据依赖的分析中，如果您没有触发您的分子，则无法识别它，&rdquo Abdi谈道。&ldquo SWATH允许您收集样品中所有可检测种类的数据，带来更为全面的定量覆盖。&rdquo 　　通路分析　　在研究人员鉴定出有趣的代谢物后，他们需要找出它们在生物系统中的作用。这时就需要通路分析的工具。通路分析让研究人员能够将代谢物定位到已知的生化通路上，为可能的遗传角色及其他代谢物提供线索。　　Fiehn的实验室写了一个通路分析的工具，名为MetaMapp，而大部分商业化的代谢组学数据分析包也包含通路分析。赛默飞世尔的SIEVE数据分析包中就有这样的模块，它关联到KEGG通路数据库，而Bruker Daltonics也即将推出它的Compass PathwayScreener工具。　　不过，Metabolon(北卡罗来纳州的一家代谢组学服务供应商)的首席科学家Mike Milburn认为，仅仅将代谢物定位到已知的通路商，还不足以看清整幅图像。Metabolon已经完成了约3000项代谢组学研究，每年开展600-700项，半数是科研客户。这些经验使得他们能够看到其他研究人员难以获得的代谢鸟瞰图。　　对许多研究人员而言，开始代谢组学流程所需的技能、专长和费用使得外包给Metabolon这样的公司更为常见。但是那些愿意自己承担重任的研究人员也会发现，他们并不缺少计算上的工具。　　无论采用哪种方式，Bruker Daltonics代谢组学的市场部经理Aiko Barsch说，&ldquo 我会鼓励新客户进入代谢组学，因为那儿包含了那么多的信息。有那么多新东西有待发现。&rdquo

药物热分析讲座第四部分：全自动软件流程 – 热分析数据分析的有力助手率耐驰热分析学苑 No.16课程描述分析仪器的应用过程中，软件的作用越来越重要。对于分析软件，基本的要求是直观、操作简便、分析结果可靠。在热分析行业，耐驰公司提供的AutoEvaluation 和Identify毫无疑问是里程碑式的软件工具。它们提供的自动分析、自动识别和检索功能是业界绝无仅有的。对于DSC和TGA用户来说，这些工具不但节省时间，而且极大地减少了人为因素的干扰，使分析结果更为可靠。AutoEvaluation是业界第一个自动分析软件。它可以自动检测并分析热效应，无需人工干涉。例如可以使用此功能分析包含多个吸热、放热峰的DSC曲线。Identify是一个图谱检索和数据库系统。使用者通过几次鼠标点击就可以完成数据库检索。目前系统标配的数据库中包含了1200多条参考曲线，其中也包括了药物和有机物的数据。而且，Identify也可用于质量控制。本次课程将介绍如何使用这些软件工具，或者说NETZSCH的软件系统如何能帮助使用者提高日常测量的效率及可靠性。课程安排时间 2018年12月13日，星期四，10:00-11:00 上午，北京时间授课语言 中文设备软件 台式机、笔记本：在初次点击链接进入会议室时，链接会自动引导安装Go to Webinar软 件，并加入会议； 手机、平板电脑：需事先下载安装Go to Webinar客户端软件，后输入会议ID加入。