无胆甾原体

导读指尖上的食源性病原体鉴定 目前新冠病毒仍在全球肆虐，做好个人的卫生防护非常重要。古人云：病从口入。意思是疾病多是由食物传染。据世界卫生组织(WHO)报道，全球每年发生约5.8亿例由食品引起的疾病，其中约有35万例死亡。由于食源性细菌通常通过摄入受污染的食物进行传播，因此不适当的食物处理可能会威胁到食物的安全性。双手是日常生活中我们与外界接触最多的部位，也使得手成为病菌传播的重要中转站。不干净的手部皮肤上每平方厘米密布着上百万个细菌，因此洗手能很好的去除常见致病菌。公共卫生专家强调，应采用肥皂液或洗手液以少量水反复揉搓后，在流动水下冲洗干净。食源性致病菌 食品致病菌是可以引起食物中毒或以食品为传播媒介的致病性细菌。致病性细菌直接或间接污染食品及水源，人经口感染可导致肠道传染病的发生及食物中毒以及畜禽传染病的流行。食源性致病菌是导致食品安全问题的重要来源。常见食品致病菌主要有痢疾杆菌、致病性大肠杆菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、蜡样芽胞杆菌、布氏杆菌、副溶血杆菌、单增李斯特菌、金黄色葡萄球菌等。 以金黄色葡萄球菌为例，金黄色葡萄球菌是常见的食源性致病菌，广泛存在于自然环境中。金黄色葡萄球菌在适当的条件下，能够产生肠毒素，引起食物中毒。近几年，金黄色葡萄球菌引发的食物中毒报道层出不穷，由金黄色葡萄球菌引起的食物中毒占食源性微生物食物中毒事件的25%左右，金黄色葡萄球菌成为仅次于沙门氏菌和副溶血杆菌的第三大微生物致病菌。 探究指尖上的微观秘密 受试者在含有胰蛋白大豆琼脂和5%绵羊血的血琼脂培养基上轻轻印上5个手指的指纹。将血琼脂平板上的来自于指纹的细菌置于5%CO2培养箱中37℃培养18至48小时。然后从培养皿中选择不同的单一细菌菌落转移至不同的血琼脂平板上进行纯细菌的培养 (图1) 。 图1. 细菌传代培养 快速鉴定过程采用岛津iDPlus微生物鉴定系统，其工作流程由样品制备、质谱检测和SARAMIS数据库鉴定三个阶段组成(图2)。取琼脂平板上的单菌落溶解于20μL的20%甲酸溶液中。将1μL的裂解液点在不锈钢靶板上，再点上1μL基质溶液。然后，混合物在室温下干燥，使基质和分析物分子形成共结晶。使用MALDI-TOF iDPlus Performance进行质谱检测。将样品质谱图与SARAMIS数据库中的超级谱图进行比对来进行鉴定。 图2. iDPlus微生物鉴定流程图 指尖上都有哪些细菌？ 未洗手的人指纹样本中发现了14种微生物 (表1)。其中，从未洗手的指纹样品中发现了蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）。这两种菌属于疾病控制和预防中心列出的食源性致病菌。当感染者赤手触摸或摄入食物时，这些细菌很容易被传播。图3a和3b显示蜡样芽孢杆菌(a) 和金黄色葡萄球菌 (b) 的质谱图和细菌培养形态图。 【重要提醒！】研究显示，充分洗手后，在洗净手指的指纹样本中已找不到病原体。 表1 iDPlus平台对受试者未洗手的指纹样品微生物鉴定结果图3. 蜡样芽孢杆菌 (a) 和金黄色葡萄球菌 (b) 的质谱图和细菌培养形态图 “看见”细菌和“认识”危害的有效手段 隐藏在微观世界中的各类细菌几乎布满我们日常生活中的所有区域，完全的隔离和避免接触是不现实的，让大众能够“看见”和充分“认识”细菌的所在和危害，可以引起社会卫生观念的提升和全民健康意识的提高，科学仪器就是此间有效的手段。岛津iDPlus Performance结合SARAMIS数据库快速可靠地用于未清洗的手指上的微生物鉴定（包括各种食源性病原体）以及洗手后不存在微生物的验证。正确处理食物和实施卫生管理对于降低人与人之间传播感染性病原体的风险非常重要。 友情提示 疫情期间，建议大家在处理食材前后、进食前、如厕后、拧鼻涕后、戴口罩前，以及就医和接触动物后及时洗手。最后提供正确洗手姿势供大家参考，口诀是“内、外、夹、弓、大、立、腕”，谢谢！

细菌必须经过培养之后才能进行物种鉴定，这是一直以来我们的认知。法国马赛地中海感染研究所的研究可能会改变我们的看法。尿样是临床实验室中处理最多的样品之一。以作者所在的马赛大学医院为例，细菌学实验室每年能收到大约62050份尿样，约占所有分析生物样品的17%（中国医院的尿样肯定比这个数字多得多）。而事实上，尿路感染在细菌感染中很普遍。快速鉴定引起尿路感染的病原体十分重要，可以避免感染性休克等致命并发症。由于细菌需要培养后才能进行鉴定，常规方法需要24至48小时才能准确识别存在于尿样中的病原体。在这个时差内，患者通常会接受不必要的广谱治疗，显然，这会影响微生物群和细菌耐药性。减少接收样本和诊断之间的延迟时间，可以帮助患者更快地使用上恰当的药物，从而防止细菌耐药的发生。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)目前已经成为临床实验室病原体鉴定的重要工具，它能对细菌进行快速而可靠的鉴定，有潜力成为尿液病原体直接鉴定的工具。研究团队使用被感染的尿液样本创建了MALDI-TOF质谱参考数据库，建立了使用该数据库来直接识别尿液中病原体的新方法。该方法使用少量样品(1mL)和低细菌计数，即可快速鉴定多种尿路病原体，且无需事先培养。研究人员收集了1000个感染尿样的MALDI-TOF质谱，用于创建参考数据库。并将使用参考数据库的鉴定结果与标准数据库进行比较，对参考数据库进行评估。结果显示，使用参考数据库可以正确诊断500个受感染的单杆菌样本中的近90%，而使用标准数据库可以正确诊断50%。对肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、腐生葡萄球菌、铜绿假单胞菌、粪肠球菌和屎肠球菌的鉴定有了很大的提高，但对表皮葡萄球菌的鉴定却没有得到很大的改善。显而易见地，创建适合特定类型临床样本的数据库对于提高病原体鉴定的准确率和速度具有非常重要的意义。总之，研究人员开发的方法能够快速鉴定尿液中的病原菌，方案可以用于需要快速诊断的特定患者群体，例如肾移植患者或新生儿。目前，临床上所用的病原鉴定方法仍然需要先培养，然后进行微生物质谱鉴定。虽然病原体直接鉴定距离真正临床应用还有很远的距离，但是这项研究给临床病原体鉴定带来了新思路。融智生物QuanTOF新一代宽谱定量飞行时间质谱平台，集核糖体蛋白与核酸（RNA、DNA）检测于一机，新一代的MALDI-TOF MS（QuanTOF）不仅能鉴定细菌、真菌，对于病毒鉴定也游刃有余，同样可以为临床病原体鉴定提供新的思路。QuanTOF新一代宽谱定量飞行时间质谱平台参考文献：Direct identification of pathogens in urine using a specific MALDI-TOF spectra database. doi:10.1128/JCM.01678-18

p 　　2018年1月19日，国家自然科学基金委员会医学科学部组织由中科院院士赵国屏研究员任组长的11位微生物学、病原学、感染病学及免疫学领域专家，对国家自然科学基金重大项目“动物源病原体的发现及其对人类致病性研究”(项目批准号：81290340)进行结题验收。基金委医学科学部孙瑞娟副主任及相关工作人员参加会议。 /p p 　　许多野生动物是重要人类传染病病原体的自然宿主，这些病原体一旦接触并感染人类，可能引起严重疾病，形成重大公共卫生事件。研究发现，人们熟知的艾滋病毒(HIV)来自非洲的黑猩猩和大猩猩 登革病毒(Dengue virus)来自埃及伊蚊和白纹伊蚊 严重急性呼吸道综合症(SARS)也称“非典型肺炎”冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸综合症冠状病毒(MERS-CoV)、埃博拉病毒(Ebola virus)据证都来自蝙蝠 寨卡病毒(Zika Virus)来自非洲伊蚊等蚊虫 来自禽类、猪、马等的流感病毒也可以导致人类罹患流感等等。对动物尤其是野生动物携带微生物和寄生虫等情况进行基础性、前瞻性调查及相关研究，将会对人类传染病的预警及防控提供可靠的理论指导。国家自然科学基金委员会服务国家重大战略需求，于2012年正式立项重大项目，资助我国优秀的科学家团队对动物源性病原体进行了前沿研究。 /p p 　　重大项目验收会首先听取项目负责人徐建国院士及五个课题负责人石正丽、梁国栋、张永振、曹务春、徐建国研究员对项目及课题结题情况的汇报，在充分交流的基础上，对项目结题情况进行认真评价。专家组认为，项目组经过五年努力，在标本采集、微生物及病原体的发现与鉴定、微生物的进化与致病性等多个方面，取得一批重大研究成果，形成一系列重要论文 研究过程培养了一批高水平专业人才，提升了我国科学家在该领域的学术地位 也支撑了我国相关的重要战略研究和科普宣传，已经并将进一步形成重要的社会影响。具体成果包括：(1)发现和鉴定了一批新的病原体，并在相关技术上取得创新突破。在国际上率先发现和命名了4种新的病原体 在我国首次发现20种新的病原体 发现9种过去认为非致病微生物的致病性 发现已知病原体的新基因型24个、新动物宿主4个，分离和命名了新的细菌10种，利用宏基因组技术发现1640余种新病毒。(2)通过研究病原体与动物宿主关系，提升了对潜在病原体野外宿主谱的认识。发现喜马拉雅旱獭携带已经存在千年的喜马拉雅型蜱传脑炎病毒和喜马拉雅旱獭甲肝病毒。首次揭示了我国蝙蝠、蜱、蚊、喜马拉雅旱獭、秃鹫、广西猕猴等野生动物的病毒谱或细菌谱。(3)前瞻性地提出我国存在潜在新发传染病的风险，主要包括西尼罗病毒、寨卡病毒、SARS样冠状病毒、山羊无形体、艾尔博特埃希菌等的感染。(4)在病原微生物学基础认识上，获得若干具有重要理论意义的创新。主要包括：①获得了SARS病毒可能来源于蝙蝠的更有说服力的证据 ②重新界定无脊椎动物RNA病毒圈，可能会带来病毒分类学的重大变化 ③发现节肢动物可能是RNA病毒进化的“心脏” ④发现RNA病毒从单链进化为双链的新机制等。(5)大量研究成果发表在权威学术期刊及核心期刊上，包括Nature(《自然》)，Science(《科学》)，New England Journal of Medicine(《新英格兰医学杂志》)，Lancet Infectious Diseases(《柳叶刀?传染病》)，Nature Medicine(《自然?医学》)，Annals of Internal Medicine(《内科学年鉴》)，eLife(《e生命》)，PNAS(《美国科学院院刊》)，PLOS Pathogens(《科学公共图书馆?病原体》)等。(6)培养了一批专门人才，研究成果已获得省部级自然科学一等奖一项、科技进步一等奖一项。部分成果已在中央电视台等国内外重要媒体进行报道。 /p